Struttura del DNA II
Struttura della doppia elica
Come abbiamo detto, il dna ha un diametro di 20
A, un giro d’elica corrisponde a 34 A (quindi 10,5
paia di basi) e i solchi minori e maggiori
corrispondono rispettivamente a 12A e 22A.
Queste misure non sempre vengono rispettate
perché la doppia elica ha una certa flessibilità
strutturale dovuta a:
 il legame tra gli atomi di C2’ e C3’ dello
zucchero può ruotare determinando il
fenomeno chiamato sugar pucker
 rotazione del legame beta-n-glicosidico
che forma tra la base e lo zucchero che
porta a una diversa conformazione delle
basi in posizione syn o anti
 modificazioni delle basi che producono dei
movimenti chiamati base pair slide, twist e
roll
 propeller twist
Parliamo di polimorfismi strutturali.
Sugar pucker
L’anello del ribosio a 5 atomi ha una certa
flessibilità. Questo non può rimanere planare pr
motivi sterici quindi i cinque atomi non possono
trovarsi sullo stesso piano. Uno degli atomi di
carbonio quindi si sposta di 5pm fuori dal piano. I
due atomi che hanno la possibilità di spostarsi dal
piano sono il C3 o il C2. Nel primo caso abbiamo
la rotazione attorno ai legami del C2’-C’3/C3’-
C4’ quindi rimane fuori il C3’, nel secondo caso
invece la rotazione avviene C1’-C2’/C1’-C3’ e
quindi rimane fuori il C2’
Endo-pucker => Il C2’ o il C’3 si spostano fuori
dal piano nella stessa direzione del C5’. E’ la
conformazione più frequente e possono essere in
equilibrio. Il fenomeno dell’endo-pucker
determina una certa distanza tra i fosfati di due
nucleotidi adiacenti e quindi si ha una variazione
strtturale. Se il C3’ va in posizione endo, la
distanza tra i due nucleotidi sarà 5,9 A mentre se il
C2’ si trova in posizione endo, la distanza sarà di
7 A.
Eso-pucker => quando si spostano fuori dal piano
in direzione opposta.
Rotazione attorno al legame β-N-glicosidico
I nucleosidi si possono trovare nella
conformazione syn o anti.
Nella sin-adenosina, la porzione della molecola
che contiene i gruppi funzionali (amminico e
idrogeno) si trovano nella stessa direzione del C5’
dello zucchero mentre nella anti-adenosina si
trovano in posizione opposta. Anche la guanosina
e timidina si trovano in conformazione syn o anti
(prevalente). La citidina si trova solo nella
conformazione anti perché nella conformazione
syn l’O legato con doppio legame a C si
troverebbe troppo vicino all’O legato al C5’ dello
zucchero.
Conformazioni delle basi
Consideriamo una coppia di basi come un unico
oggetto. Per descrivere i movimenti delle basi e le
conformazioni di esse, bisogna partire dal lavoro
di Euler, il quale dice che si può descrivere la
posizione di un oggetto (le basi) utilizzando 6
variabili o “gradi di libertà” ovvero 3 traslazioni e
3 rotazioni. Nel caso del DNA, le due coppie di
basi non sono libere tra di loro ma sono legate allo
scheletro zucchero-fosfato e quindi sono possibili
solo li spostamenti chiamati: base pair twist, roll,
side. L’entità di questi spostamenti dipende dalla
sequenza delle basi.
Basi diverse sono in grado di formare interazioni
diverse e quindi disporsi in maniera diversa
rispetto alla base adiacente poiché cercano di
formare un numero maggiore di interazioni per
raggiungere uno stato favorevole.
Base pair twist (T)
E’ la rotazione di una coppia di basi rispetto a
quella adiacente lungo l’asse dell’elica (stucking).
L’angolo di twist può variare in base alla sequenza
(20°-50°)
Base pair roll (R)
Una coppia ruota lungo l’asse longitudinale della
coppia stessa rispetto all’asse dell’elica. L’angolo
di roll può variare da +20° a -10°
Base pair slide (S)
Lo scivolamento di una coppia di basi rispetto a
quella adiacente. Lo slide può variare da +3A a
-2A.
Propeller-twist
In questo caso consideriamo le due basi di una
coppia come oggetti distinti. Nel disegno,
possiamo vedere la superficie laterale del DNA.
In blu l’asse dell’elica, due basi appartenenti a due
coppie adiacenti, il puntino nero rappresenta l’asse
longitudinale di quella base, i trattini rossi
rappresentano la superficie di sovrapposizione e in
basso la doppia freccia rappresenta il diametro
dell’elica.
Le due basi adiacenti ruotano insieme nella stessa
direzione rispetto alle loro basi appaiate. Nel
primo caso la superficie di sovrapposizione è più
piccola rispetto alla seconda perché in questo
caso, visto che lo spazio che le basi possono
occupare rimane lo stesso indicato dalla freccia in
basso, devono sovrapporsi a causa della rotazione.
Una maggiore sovrapposizione di due superficie
idrofobica è favorita.
Questo spostamento può avere un angolo di
rotazione diversa, se abbiamo un DNA ricco di A-
T la variazione dell’angolo può essere 15-25°
mentre nel caso di G-C è più basso 5-15°. Questo
perché nel caso di A-T si viene a formare un
legame idrogeno tra il gruppo amminico di A e
l’ossigeno di T della coppia in alto. La possibilità
di formazione di questo legame favorisce il
propeller twist.
Sequenze di basi diverse possono adottare
conformazioni diverse.
Nel purine-pyramidine step è presente una coppia
purina- pirimidina adiacente a una pirimidina-
purina. Una base per ogni coppia opera una
rotazione determinando un propeller twist. Questo
tipo di sequenza porta a una situazione di contatto
troppo ravvicinato e le due purine si trovano
troppo vicine. Per controbilanciare questo contatto
si verificano due situazioni: 1) la coppia di basi
superiore Purina-Pirimidina operano uno slide di
-1° a sinistra allontanando la purina in basso
(Roll=0)
2 ) Ciasciuna coppia opera il propeller twist e la
coppia superiore opera uno slide a destra di 2°. Lo
slide è favorito dal fatto che le superfici delle due
purine sono parzialmente sovrapposte e per
controbilanciare questa conformazione le due
pirimidine operano pure un roll di +20°.
Per ogni tipo di sequenza sono possibili tutti i
movimenti che consentono una conformazione
stabile (maggior numero di legami).
Conformazioni diverse della doppia elica
La più nota è la conformazione DNA B ma
esistono anche il tipo A e Z.
Il DNA di tipo A è più largo rispetto al tipo B e il
tipo Z invece ha la direzione di avvolgimento di
tipo sinistrorso (antiorario)
Osservando la sezione trasversale, nel DNA di
tipo B si possono osservare le basi impilate le une
sulle altre al centro del cerchio della doppia elica,
nel DNA di tipo A invece c’è un buco al centro e
le basi sono spostate verso lo scheletro zucchero-
fosfato mentre osservando il tipo Z vediamo una
forma più affusolata e le basi appaiono attaccate
allo scheletro senza lasciare alcuno spazio.
Parametri e confronti
Confronto A e B: Il DNA di tipo A fu osservato per la
prima volta quando si ebbero dei cristalli nei quali
l’umidità relativa era diminuita al 75%. Utilizzando la
diffrazione dei raggi X, si vide che l’elica cambiava
conformazione. Ha un numero maggiore di paia di basi
per ogni giro di elica, ha un passo dell’elica più corto e
un diametro maggiore poiché le basi si allontanano
dall’asse dell’elica e vanno verso lo scheletro
zucchero-fosfato creando un buco al centro con
conseguente appiattimento della dimensione del giro
dell’elica. L’angolo di twist di conseguenza passa da
36° a 33°, questo consente che ogni giro d’elica ci
siano 11 basi.
Come avviene il passaggio?
Le basi nel tipo B sono tutte parallale all’asse di
rotazione. Il passaggio avviene grazie ad un
movimento di slide di -2 A e di roll di una coppia di
basi rispetto a quella adiacente di 12°. Le basi nel tipo attraversano delle fasi della loro vita in cui si trovano
A sono ruotate uno rispetto all’altra, sovrapposte in in fase di disidratazione (spore). Il tipo Z potrebbe
maniera maggiore (angolo di twist 33°) quindi si crea avere un ruolo regolativo (ad esempio genico) perché
un buco al centro. esistono delle proteine che possono legare il Dna di
tipo Z.
Confronto tipo B e Z: Il DNA di tipo Z fu osservato
per la prima volta quando furono analizzate delle Altri tipi di variazioni strutturali
molecole di DNA sintetizzate chimicamente con una Queste variazioni non avvengono a livello di
sequenza particolare ovvero una sequenza composta singole sequenze di DNA ma sono
solo da C-G. La formazione di questo DNA si osserva
macroscopiche.
quando si pone in una concentrazione salina molto
DNA BENDING
elevata.
Si dice che una molecola di DNA che sia più corta di
Il tipo Z prevede un numero pari a 12 di basi per giro
150 basi non sia in grado di piegarsi
d’elica, aumenta il passo dell’elica di 45 A (allungata),
spontaneamente. Quando studiarono il DNA da un
il diametro diminuisce a 18 A, il twist diminuisce a 30°
cinetoplasto di Crithidia fasciculata si osservò che dei
e le basi si avvicinano. La molecola è sinistrorsa.
frammenti di Dna costituiti da 223 nucleotidi erano in
Come avviene il passaggio?
grado di formare dei DNA circolari. Questi frammenti
I residui di citosina e guanina ruotano di 180°
apparivano con migrazione elettroforetica anomala,
assumendo la configurazione syn relativamente al
ovvero avevano una dimensione diversa se analizzate
legame tra base e zucchero. Tuttavia la citosina non
in agarosio o acrilammide.
può assumere la conformazione syn e quindi dopo
questa rotazione, lo zucchero legato alla citosina ruota
Analizzando questi DNA con esperimenti di
per mantenere la conformazione anti. La guanina avraà
permutazione circolare ottenendo la sequenza di queste
un legame beta-glicosidico in conformazione syn
moelcole di DNA, fu possibile mappare la sequenza
mentre la citosina in conformazione anti. La guanina si
del sito in cui avveniva la curvatura. Osservando la
trova con lo sugar pucker in conformazione C3’ endo
sequenza, erano presenti dei blocchi con 5-6 adenine
mentre la citosina in conformazione C2’ endo.
ripetute in fase ogni 10 paia di basi. Questa
disposizione era indispensabile per ottenere la piega.
Questi cambiamenti conformazionali portano il DNA a
Due modelli spiegano la piegatura =>
girare in direzione contraria rispetto al DNA di tipo B.
Il primo modello è detto Wedge. Ogni dinucleotide
In opportune condizioni il tipo B può trasformarsi nel
AA (due coppie di basi A-T adiacenti) formano tra
tipo Z. Per compensare lo stress torsionale dovuto ai
loro un angolo di wedge (cuneo). Avendo 5-6 adenine
cambiamenti, soprattutto nella parte in cui si ha la
adiacenti, la somma di questi wedge consento di avere
trasformazione, il Dna subisce un ulteriore
una piegatura su tutta la molecola.
cambiamento conformazionale per cui le due basi,
Il secondo modello detto Junktion model, la sequenza
quasi sempre A-T, che si trovano al limite tra tipo B e
di poliA non assume una struttura di tipo B ma assume
tipo Z sono estruse ovvero esposte all’esterno e inizia
una strttura chiamata eteronoma. Di conseguenza, il
l’avvolgimento sinistrorso. Nel punto di confine, di
punto di giunzione tra la conformazione di tipo B e
nuovo, A-T vengono rivolte verso l’esterno.
non-B sarebbe un punto di bending.
L’inizio della transizione avviene al confine tra la
sequenza G-C e A-T che viene indicato come
nucleazione, estrusione di A-T e poi propagazione
Strutture cruciformi
della trasformazione in DNA Z fino alla fine della
Si formano in corrispondenza di sequenze ripetute.
sequenza di C-G dove riprende la struttura di DNA B.
Nel Dna si possono avere delle sequenze ripetute
Nel tratto di DNA Z vediamo un andamento a zig zag
invertite, speculari e dirette.
dello scheletro zucchero fosfato. Questo andamento è
dovuto al fatto che le molecole di zucchero si trovano
Le sequenze ripetute invertite (dette palindrome)
in maniera alternata in conformazione C2’-endo e C3’-
prevedono che il filamento in direzione 5’-3’ abbia la
endo. Quindi si vengono a creare diverse distanze tra
stessa sequenza ma invertita del filamento in direzione
fosfati adiacenti, nel primo caso di 7 A e nel secondo
3’-5’. Questo fa sì che le due sequenze sullo stesso
caso di 5.9 A.
filamento siano complementari e quindi possono
appaiarsi fra di loro.
Utilizzi di queste conformazioni
Come si forma? Al centro della sequenza di circa 10
Queste conformazioni sono state studiate in vitro e non
paia di basi deve avvenire un iniziale svolgimento.
si sa ancora se esistono in vivo. Il DNA di tipo A
Quest’apertura del doppio filamento fa si che le sue
potrebbe esistere in quei microorganismi che
sequenze che si trovano sullo stesso filamento iniziano
ad appaiarsi fra di loro su tutta la sequenza e per
questo si ha la struttura cruciforme.

G-quadruplex
Un singolo filamento di Dna particolarmente ricco di
G (ad esempio a livello dei telomeri) può portare a una
struttura nel quale il singolo filamento si ripiega in
modo da produrre un quadrupletto di filamenti. Quattro
G, quindi, possono formare i legami idrogeno.

Imotif???