Struttura del DNA I
La struttura a doppia elica del DNA
La struttura del DNA fu scoperta da Watson e
Crick a seguito di alcuni esperimenti.
Alcune caratteristiche fondamentali del DNA sono
la presenza dell’impalcatura zucchero- fosfato
esterna alla doppia elica e all’interno la presenza
delle basi appaiate fra di loro grazie a dei
legami idrogeno. Un giro di elica corrisponde a
34 Armstrong e contiene 10,5 paia di basi. Il
diametro è sempre costante ed equivale a 20
Armstrong.
All’interno della molecola ci sono due solchi: uno
maggiore con ampiezza 22 Armstrong e quello
minore con ampiezza di 12 Armstrong. Questi
solchi sono importanti nell’interazione con le
proteine.
Nella struttura del DNA, si vedono i due scheletri
zucchero fosfato i quali sono antiparalleli.
Struttura del Nucleotide
L’unità fondamentale degli acidi nucleici è il
nucleotide. E’ costituito da uno zucchero
pentoso (situato al centro della molecola) il quale
lega la base azotata alla destra e il gruppo
fosfato alla sinistra tramite un catadomo di
carbonio che si trova all’esterno dell’anello dello
zucchero.
Zucchero pentoso
E’ costituito da cinque atomi di carbonio e viene
chiamato β-D-2-Deossiribosio. Nell’anello dello
zucchero il C1 e il C$ sono uniti attraverso
l’atomo di ossigeno dell’ossidrile legato al C4. Gli
atomi di carbonio vengono indicati come C1’,
perché quando si parla della direzionalità del
DNA e si definisce la direzionalità del segmento,
il 5’ e il 3’ fanno riferimento agli atomi di
carbonio. Il C2 non presenta l’ossidrile e presenta
solo il C legato a due atomi di idrogeno.
(differente dall’RNA).
Basi azotate
Le basi sono aromatiche, eterocicliche e planari.
Sono di due diversi tipi: purine e pirimidine.
Le purine sono costituite da due anelli e sono
l’adenina e la guanina. I gruppi funzionali legati
ad alcuni atomi di carbonio e azoto sono molto
importanti per la formazione dei legami idrogeno
tra basi complementari. L’azoto n°9 forma il
legame beta-glicosidico con il C1 dello zucchero.
Le pirimidine sono costituite da un anello singolo
a 6 atomi. Le due pirimidine sono la citosina e la
timina. Sono presenti i gruppi amminici, ossigini
e nel caso della timina è presente un gruppo
metilico. L’atomo di azoto in posizione 1 è
responsabile della formazione del legame con il
C1 dello zucchero.
Nella formazione del nucleotide (a destra), la base
purina con l’azoto in posizione 9 forma un
legame β- glicosidico con il C1 del deossiribosio
con eliminazione di una molecola di H20.
L’unione della molecola di zucchero con una base
porta alla formazione di un nucleoside. Dall’altra
parte, il fosfato è legato tramite un legame
fosfoesterico al C5 del 2-deossiribosio con
l’eliminazione di una molecola di H20. L’unione
di zucchero, base e un gruppo fosfato porta alla
formazione di un nucleotide (in questo caso il
deossi-adenina-monofosfato dAMP).
I nucleotidi possono esistere in diverse forme
perché i nucleosidi possono essere monofosfato,
difosfato e trifosfato (possono essere chiamati
anche nucleotidi) a seconda del numero di gruppi
fosfato legati al C5.
I gruppi fosfato possono essere definiti α, β, γ in
base alla vicinanza al C5 (α più vicino) e questi
legami tra il primo e il secondo fosfato e secondo
e terzo fosfato sono ricchi di energia. I nucleotidi
5’-trifosfati sono precursori nella sintesi degli
acidi nucleici quindi per produrre un filamento di
nuova sintesi.
Legami tra nucleotidi in un singolo filamento
Il C5’ è legato al gruppo fosfato. Ogni nucleotide
è legato al nucleotide adiacente tramite un legame
covalente fosfodiesterico che si viene a formare
tra il fosfato legato al C5’ di un nucleotide e il
gruppo OH (ossigeno) legato al C3’ nel nucleotide
adiacente. Questo consente di ottenere un
filamento con una certa polarità e le due estremità
di conseguenza avremo l’estremità 5’ fosfato e
l’estremità 3’ fosfati.In questo modo lo zucchero e
gruppo fosfato si alternano andando a formare lo
scheletro zucchero fosfato rimanendo all’esterno
della doppia elica.
… in due filamenti
I due filamenti hanno un andamento
antiparallelo. Quindi avremo un filamento che
andrà in direzione 5’ appaiato a un filamento che
andrà in direzione 3’.
Formazione del legame fosfodiesterico
La sintesi del DNA avviene grazie all’enzima
DNA polimerasi. Le DNA polimerasi
aggiungono i nucleotidi sono nella direzione 3’
OH libera e utilizzano come substrato un
nucleotide trifosfato.
Il fosfato in posizione α del nucleotide va a
formare un legame con l’ossigeno legato al C3’
del filamento già formato.
La DNA polimerasi è in grado di sistemare il
nucleotide vicino alla catena già presente e di
catalizzare la formazione del legame 5’-3’
fosfodiesterico, rilasciando una molecola di
pirofosfato che sarà degradata da una
pirofosfatasi. Il nucleotide introdotto sarà un
nucleotide che potrà formare dei legami
complementari con il filamento a cui si trova
appaiato.
Stabilizzazione della struttura del DNA
La doppia elica viene resa più stabile grazie ai
legami idrogeno tra le basi e le basi stesse grazie
al base stacking (impilamento). Queste grazie alla
loro natura aromatica tendono a sovrapporsi tra di
loro (all’interno) e questo porta alla formazione di
interazioni idrofobiche (con sovrapposizione di
orbitali p), interazioni elettrostatiche e formazione
di legami Van der Walls.
Appaiamento tra basi complementari
La citosina e la guanina possono formare tre
legami idrogeno mentre la timina e l’adenina ne
possono formare due. Ciò consegue che due
regioni di DNA possono avere stabilità diversa su
base della loro composizione. Un DNA ricco di C-
G avrà una stabilità maggiore mentre uno ricco di
A-T avrà una stabilità minore.
Forme tautomeriche delle basi
La guanina e la timina possono trovarsi in forma
chetonica ed enolica. La differenza risiede nella
posizione di un doppio legame con l’ossigeno che
si trasforma in doppio legame con l’azoto.
L’ossigeno acquista un idrogeno perso dall’azoto.
Il cambiamento che si osserva è che gli atomi di
questi gruppi possono diventare accettori o
donatori di legami idrogeno. La guanina nella
forma enolica non forma legami con la citosina e
così anche la timina. All’interno del DNA si può
avere la trasformazione da forma chetonica a
enolica, se avviene durante la sintesi del DNA, la
DNA polimerasi inserirà delle mutazioni.
L’adenina e la citosina, poiché hanno il gruppo
amminico, possono esistere nella forma
amminica e , in bassa frequenza, in forma
imminica.
Base stacking
L’energia di stacking varia in base alla regione del
DNA. Le coppie di basi adiacenti possono avere
un’energia di stacking diversa in base al tipo di
base. Se abbiamo la sovrapposizione di basi G-C
e C-G abbiamo un’energia di stacking pari a
-14.59.
In base alla formazione di due o tre legami
idrogeno tra basi complementari e l’energia di
stacking possiamo capire che la stabilità della
doppia elica non è uniforme e dipende dalla
sequenza delle basi.
La stabilità del DNA è importante ma è anche
importante il fatto che in alcuni casi possa
diventare instabile per potersi aprire (come nella
duplicazione o trascrizione).
Perché una doppia elica?
Se il filamento avesse una conformazione a pioli,
si verrebbero a formare dei buchi di circa 1,7
Armstong dai quali entrerebbero delle molecole di
acqua.
Grazie alla loro natura aromatica e la
conformazione ad elica si ha l’avvicinamento
delle basi e la diminuzione della distanza fra esse.