Lezione 1

CHIMICA FARMACEUTICA: prof. Massarotti

FARMACO: “qualsiasi sostanza, inorganica o organica, naturale o sintetica, capace di produrre in
UN ORGANISMO VIVENTE modi cazioni funzionali, utili o dannose, mediante un’azione chimica,
chimico- sica o sica”. -def. Treccani-

De novo track design: creazione di una molecola dal nulla.

Il farmaco deve agire su un organismo vivente, per questo non possiamo dire di progettare (in
senso ingegneristico) un farmaco, perché non possiamo creare un qualcosa ed essere poi certi
che agirà in quel modo, perché le interazioni con le proteine derivano dalla speci cità chimica del
farmaco che abbiamo progettato. Ricerca di base è progettare delle molecole, non il farmaco
nale. È più corretto dire che disegniamo molecole, con la speranza che queste, un giorno,
diventino dei farmaci. Tuttavia, potranno diventare farmaci soltanto dopo aver attraversato una
serie di passaggi (dobbiamo quindi “allenare” le molecole, come i giocatori di una squadra).
Anche gli allenatori di queste molecole evolveranno man mano che si perfezionerà la molecola
stessa (veri cando se è tossica, rendendola più speci ca, togliendo alcune parti): si parte dai
chimici organici, no ad arrivare ai farmacologi ed ai medici (che spesso si prendono il merito di
aver scoperto un nuovo medicinale, senza considerare tutti gli altri esperti che li hanno preceduti
e che hanno contribuito a raggiungere tale traguardo). Servono circa 14 anni da quando si inizia
a lavorare su una molecola per la prima volta no a quando questa viene commercializzata
come farmaco. Non funziona sempre così, per il vaccino del covid i tempi sono stati molto più
ristretti. Chiunque ha fatto progetti sul covid, l’approvazione del vaccino è avvenuta in maniera
rapida perché determinati dati saranno disponibili sono in un periodo di tempo più lungo, quindi
non ora, ma il vaccino serve ora.

Ci sono determinati farmaci sui quali le cause farmaceutiche non vanno ad investire e sono le
malattie neglette, scarsamente di use. Chi fa ricerca su queste malattie sono le università perché
non devono preoccuparsi di fare ricerca su qualcosa che poi avrà un ritorno economico, come
invece fanno le case farmaceutiche. Mentre i farmaci orfani sono quei farmaci di cui non si
conosce il target o dove vanno ad agire.

Il chimico farmaceutico ha l’obbiettivo di scoprire molecole utili biologicamente, rispetto a un

chimico organico.

Si parte da più di 100.000 composti circa (drug discovery)—> si arriva a 10-50 composti durante i
test preclinici —> ci si limita a 3-5 composti per i clinical trials —> in ne 1 SOLO FARMACO
OTTIENE L’APPROVAZIONE.

La ricerca di un farmaco ha due fattori da considerare: tempo e costi. Bisogna valutare quanto
costa ogni passaggio
per lo sviluppo
di un farmaco
— > Processo
ricorsivo: si ripete lo
stesso

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 procedimento più volte se un clinical trial dovesse fallire. Si segue il motto “Fallisci presto, fallisci
subito”: se serve tanto tempo per sviluppare un farmaco e sono necessari anche costi ingenti, è
meglio che la molecola fallisca in un saggio iniziale sulle cellule, che è poco costoso, rispetto ad
un suo fallimento in fase tardiva quando già si sono spesi milioni di dollari.

Cosa interessa alle industrie farmaceutiche? Un blockbuster, ossia una molecola che genera più
di 1 miliardo di dollari di fatturato annuo. Dalla vendita di un farmaco bisogna rientrare negli
investimenti e ettuati in precedenza, anche i fallimenti. Dopo 7 anni bisogna aver brevettato il
farmaco e il brevetto ne dura 20 con la possibilità di proroghe. I farmaci generici sono i farmaci il
cui brevetto è scaduto e quindi hanno un costo più ridotto. Un farmaco coperto da brevetto può
essere comunque utilizzato per fare ricerca.

Ultimo gra co aggiornato al 2016 dell’FDA drug approval: rappresenta per ogni anno (in giallo) le
nuove unità chimiche scoperte e (in blu) le nuove funzioni scoperte per unità chimiche già note.
Quindi sta variando il rapporto tra nuove molecole e/o nuove funzioni.

Il rapporto 100.000 a 1 ovviamente non è un
rapporto accettabile. Quindi lo scopo è
abbattere questo rapporto e il miglior modo per
farlo, piuttosto che stare a disegnare ex novo
una molecola perfetta, è eliminare le molecole
che non avranno caratteristiche/funzioni ottimali
per il ne terapeutico ricercato.

Il processo regolatorio cambia e si modi ca gli

anno.

FASI DEL DRUG DISCOVERY: (regioni dello

spazio gra co)

• 1) Scoperta dell’hit compound

(composti attivi)


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 • 2)  Sintesi di analoghi (hit expansion) 


• 3)  Identi cazione del lead compound

Asse X e cacia/potenza del composto, asse Y dimensione del composto (espressa in peso
molecolare). Si parte da frammenti a basso PM e bassa potenza; man mano che viene ottimizzata
la molecola, quindi aumenta di e cacia, aumenta anche il suo peso molecolare, perché ci stiamo
costruendo sopra gruppi e funzioni chimiche che migliorano le sue proprietà chimico- siche.

1. HIT COMPOUND: primo composto su cui andiamo a lavorare, che deve già avere alcune delle
proprietà che vogliamo poi ritrovare nel farmaco nale:

• I l farmaco dev’essere attivo in vitro (attività riproducibile in un determinato saggio

biologico ovvero cellule). Per in vitro si intendono: test dove, ad esempio, vogliamo
valutare l’inibizione di una proteina, dopo che è stata tolta dal contesto cellulare; quindi
stiamo valutando la funzionalità dell’e etto della molecola solo su una porzione che non è
vivente. Poi abbiamo le colture cellulare, per arrivare in ne a test in vivo, cioè su modello
animale (topo animale piccolo, ratto animale più grande).

• I l farmaco, di cui si conosce la struttura, deve avere selettività per il target che si sta
studiando.

• eve avere una struttura confermata ed elevata purezza. La struttura si identi ca con
D
l’NMR: si inserisce il campione, il quale a seconda del campo magnetico, cambia la sua
posizione e così siamo in grado di risalire alla struttura esatta di quel composto.

• eve avere una struttura nuova (e brevettabile). Si parla di brevetto di selezione per la
D
nuova molecola, se la molecole era già stata progettata per un altro uso.

È il primo passo.

2. HIT EXPANSION:

- ricerchiamo dei composti che si de niscono “drug like”: cioè devono avere caratteristiche simili
a quelle dei composti che sono già diventati farmaci.

- chiare SAR (structure activity relationship): signi ca che per ogni parte della struttura del
composto bisogna avere un’idea precisa di come questa contribuisce all’attività. Quindi devono
essere fatti una serie di derivati, con lo stesso sca old centrale, mancante di un particolare
derivato, per capire quali sono le parti strutturali importanti, che danno l’attività biologica o la
selettività di un farmaco. Si mette in relazione l’attività con il cambiamento conformazionale
utilizzando dei sostituenti diversi sulla molecola.

• uona solubilità acquosa, per essere certi che il farmaco venga assorbito—> però non è
b
così vincolante. Oppure si usano micelle, liposomi.

• eve avere stabilità chimica e metabolica. Nessuno vuole una struttura che si
d
autodegrada o che è degradato ad opera dall’organismo.

• essuna tossicità (eccezione: farmaci antitumorali sono citotossici, ma ovviamente

n
bisogna veicolare la loro tossicità).

3. LEAD: (il farmaco ha dimostrato avere delle potenzialità)

• Il farmaco dev’essere attivo in vivo

• Non deve essere tossico, non solo sull’uomo, ma anche sugli organismi a noi simili.

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 • on deve contenere funzionalità chimicamente reattive: i gruppi funzionali dei
N
composti non devono agire in maniera indiscriminata sulle nostre proteine

• I l composto non deve essere di cile e troppo costoso da sintetizzare: dovrà essere
realizzabile in grande quantità (scalaggio) per soddisfare la richiesta del mercato da parte
delle industrie e non più in laboratorio dove le quantità sono inferirori.

• revettabilità che copre una classe di molecole e se fatto bene non deve far capire quale
B
sia il lead.

DRUG DISCOVERY: storicamente questo processo non era molto strutturato, si andava
semplicemente per tentativi (medicina tradizionale: si testa sul malato una sostanza e se
questa fa e etto si continua ad usarla). 

Nel 19esimo secolo i chimici iniziano a lavorare sulle piante e gli estratti (anche quelle
derivate da zone esotiche) ed iniziano ad identi care i rispettivi principi attivi: si individua
che cosa è contenuto nell’estratto.

Drug bank: pubblicati tutte le molecole che hanno dimostrato di non essere tossiche.

Lezione III

Il nome dei farmaci

Generalmente con la parola farmaci ci riferiamo a piccole molecole organiche di cui generalmente
si conosce la struttura. Si può fare un nome IUPAC.

Ad esempio: Tachipirina è il nome dato del proprietario che l’ha messa in commercio e quindi il
nome è protetto. Mentre paracetamolo (non va scritto con la lettera maiuscola) è il nome dato dal
INN (nome internazionale non-proprietario) o DCI (denominazione comune internazionale). Il nome
comune deve rimandare solamente alla struttura o all’utilizzo e non può essere registrato o
inserito come brevetto.

Principali fasi nell’azione di un farmaco (3):

• Fase farmaceutica:

- Somministrazione

- Disgregazione (disciolto) (sfaldamento della forma farmaceutica cosa che non avviene
quando abbiamo a che fare con delle polveri)

- Dissoluzione

• Fase farmacocinetica: ADME(T) ovvero l’e etto che può avere il farmaco sull’organismo

- Assorbimento

- Distribuzione

- Metabolismo

- Escrezione

- (Tossicità)

• Fase farmacodinamica:

- Interazione con il target—> e etto biologico

FASE FARMACEUTICA

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 Il farmaco può essere somministrato tramite (come arriva al circolo sanguigno):

1. Via enterale: quando l’assorbimento del farmaco deve avvenire attraverso il passaggio nel
sistema digerente, quindi può avvenire sia attraverso la via boccale che quella rettale. Non
tutti i farmaci però posso essere somministrati per via orale, nonostante questa sia la via
preferita dal paziente.

2. Via parenterale: farmaci che arrivano direttamente nel circolo sanguigno.

3. Somministrazioni intramuscolari o sottocutanee, quindi sono somministrazioni topiche, per

cui il farmaco viene iniettato dove c’è il target, quindi nel sito d’azione, non c’è passaggio nel
sistema digerente.

Ci sono circa un centinaio di vie di somministrazione.

La concentrazione del farmaco è diversa nei vari passaggi nell’organismo, la concentrazione è

variabile nel tempo. La periodicità con cui deve essere somministrata la successiva dose di un
farmaco dipende dalla velocità con cui il principio attivo viene assorbito e eliminato perché sarà
questa velocità a determinare la nestra terapeutica, ossia l’intervallo di concentrazione utile per
avere un e etto terapeutico. Al di sotto del valore minimo, non si ha abbastanza principio attivo
per avere un e etto terapeutico, al di sopra, invece, del valore massimo avremo troppo principio
attivo e quindi si andrà in contro a e etti indesiderati e tossicità. Il farmaco per arrivare al circolo
sanguigno dovrà seguire diversi ostacoli: stomaco e intestino e poi dal circolo dovrà arrivare al
fegato.

Per os

La formulazione, ossia l’insieme del principio attivo e delle sostanze additive, necessarie per
ottenere la forma della pastiglia, possono determinare il modo in cui il farmaco venga assorbito.
Facilitando l’assorbimento, per esempio, nello stomaco. Lo stomaco ha la funzione siologica di
andare ad aggredire il cibo a valori di pH che possono arrivare a elevatissima acidità (pH=1). Il pH
può in uire sul comportamento dei farmaci e quindi l’assorbimento, perciò è necessario che
determinati principi attivi vengano “protetti” tramite la formulazione. Determinati farmaci devono
essere assunti a stomaco vuoto oppure a stomaco pieno, perché a seconda della situazione in cui
si trova lo stomaco, potrebbero essere in grado di degradare o meno le sostanze che si stanno
assumendo come farmaci. Alcuni farmaci che sono destinati all’assorbimento a stomaco vuoto,
non necessitano della presenza di cibo. Il cibo aumenta il volume dello stomaco, rallenta il
passaggio nell’intestino, innalza il pH e quindi può aumentare l’assorbimento nello stomaco,
anche la tipologia di cibo può andare ad in uenzare l’assorbimento del farmaco perché ci sono
sostanze che possono andare a legare il farmaco e rallentare l’assorbimento. Quindi questo
aspetto deve essere tenuto conto nei clinical trials. Vi sono enzimi che vanno a idrolizzare anche
alcune porzioni del principio attivo oltre agli amminoacidi, grassi e zuccheri introdotti con la dieta,
quindi non si conosce più quanto principio attivo c’è in circolo e bisogna somministrarlo più
spesso. La concentrazione è detta pulsata e non regolare.

Quello che arriva e ettivamente in circolo è solo una porzione del principio attivo. Non è un
aspetto banale somministrare un farmaco e dare un antiacido, ma in uisce su come il farmaco
arriverà al circolo ematico e verrà assorbito.

Vi sono alimenti che possono aumentare il passaggio in circolo, il succo di pompelmo ne è un

esempio. Questo e etto del succedi pompelmo può capitare a diversi farmaci ed è un e etto
negativo, perché questa sinergia causa un e etto di overdose del farmaco stesso. Sono stati
analizzati i componenti molecolari del succo di pompelmo ed è stato notato che sono presenti
sostanze che vanno ad inibire il citocromo p450, che è necessario per la metabolizzazione di
molti farmaci. Inibendo quindi il citocromo, il principio attivo non va ad essere eliminato con la
stessa velocità con cui verrebbe tolto normalmente dal circolo sanguino. Questo meccanismo
potrebbe essere usato per prolungare l’emivita dei farmaci.

Per via rettale

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 Ci sono stati in cui le supposte vengono utilizzate e altri in cui no. Passa per l’intestino e poi viene
immessa nel circolo sanguigno altrimenti in alcuni casi passa direttamente in circolo, in ne il caso
delle pomate rettali è de nita come via topica. Fra i vantaggi della via rettale è che vengono evitati
i metabolismi di primo passaggio. Può essere di cile stabilire quanta è la quantità che arriva
disponibile nella zona terapeutica.

Per via sublinguale

L’assorbimento avviene per passaggio diretto al circolo sanguigno (è sempre inteso come entrale)
quindi in maniera molto più veloce, viene saltato il metabolismo di primo passaggio. Non passa
attraverso stomaco, intestino, né fegato. La formulazione delle compresse richiede un granulato
di erente. Vi possono essere delle di coltà nel momento in cui il sapore dovesse essere amaro o
sgradevole.

La nitroglicerina nel caso dell’angina pectoris ne è un esempio.

Per via parenterale

Ha un indice di gradimento molto ridotto a causa della paura degli aghi per esempio, a causa di
una lesione nella cute o per l’impossibilita di non potersi autosomministrare la dose. Questo
metodo può essere utilizzato anche quando il paziente è incosciente. Metodo facile e sicuro. Nel
caso dell’insulina questo metodo è accettato senza alcun problema.

Al tempo zero si ha il 100% del principio attivo. Usato molto in ambito ospedaliero e in caso di
emergenza. Non è necessario andare a veri care il pH, come ad esempio nel caso dello stomaco
e abbiamo un controllo diretto e costante nel
tempo.

Le iniezioni possono essere:

• Iniezione endovenosa

• Infusione endovenosa ( ebo)

• Iniezioni intramuscolari

• Iniezioni sottocutanee

Sono sempre classi cate come vie parenterali, ma potrebbero essere classi cate in altre
categorie, in base a dove è il target del nostro principio attivo.

Un farmaco iniettato nel muscolo o in altri distretti può esser soggetto al fenomeno del deposito,
ossia resta nel distretto e viene rilasciato in circolo con un certo ritardo e una certa frequenza.
L’e etto è lo stesso di un’infusione endovenosa.

Per via topica

Si intende la somministrazione di un farmaco che non ha bisogno di essere trasportato in nessun

modo al sito di azione, non sfrutta né l’apparato digerente, né il sistema circolatorio: si trova
direttamente nel sito terapeutico, quindi una crema, una lozione somministrata sul derma.

Altre vie topiche sono l’iniezione di farmaci all’interno di una massa cancerosa, maniera meno
invasiva e con meno e etto collaterali. Non abbiamo dei meccanismi di metabolismo al contrario
delle altre vie.

Per via transdermica

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Come per esempio i cerotti transdermici.

Per via inalatoria

Ad esempio, attraverso gas o aerosol. Si ha perciò una somministrazione polmonare. Potrebbe

anche essere considerata come via topica se il sito d’azione sono i polmoni stessi.

Lezione IV

Fase farmaceutica e assorbimento

Come fa un farmaco a raggiungere il circolo sanguigno e quindi viene esclusa la via parenterale.

Si utilizza una soluzione cui il farmaco viene disciolto, compressa, polveri che a seconda della
forma farmaceutica possono subire dei processi diversi (es compressa si deve prima disgregare,
ovvero lo sfaldamento della forma farmaceutica). A questo punto il farmaco si trova dissolto in
una soluzione, se non lo è di per sé (sciroppo), e si procede con l’assorbimento. Può avvenire o a
livello dello stomaco o dell’intestino e questo dipende da diversi fattori, come la capacità del
farmaco di essere solubilizzato dato dalla struttura (gruppi polari come ammine, ossidrili
aumentano la sua capacità ad essere solubilizzato in acqua, mentre al contrario gruppi apolari
come anelli aromatici, catene alifatiche che ne riducono l’assorbimento). Alcuni farmaci sono
carichi e anche in questo caso andranno ad in uenzarne l’assorbimento.

Per assorbimento si intende il passaggio del farmaco dal sito di somministrazione alla
circolazione sistematica. Questo processo deve coinvolgere le barriere biologiche del nostro
corpo che sono un bilayer fosfolipidico con diverse proprietà, alcune proprietà la velocizzano altre
no. Alcuni franchi sono in grado di passare autonomamente questo ostacolo e quindi entrare
all’interno delle cellula e raggiungere il target. Non c’è una via più favorevole ma diverse vie
sfruttavate da diverse molecole e variano in base alla loro struttura.

Per trasporto passivo attraversano la membrana (5 nanometri formata principalmente da

fosfolipidi): di onde il farmaco solubilizzato formando un equilibrio tra parte esterna della
membrana e citoplasma. Il farmaco per attraversare la membrana deve essere neutro. Il farmaco
come paradosso deve anche essere un po’ apolare per attraversare la membrana, quindi si
utilizzano delle soluzioni debolmente acide o debolente basiche a pH siologico che possono
essere facilmente protonate (acido) o deprotonate (base) (entrambi nella forma neutra) e che
quando è a ridosso delle membrana riesce a passare, una volta diventa di nuovo basica o acida.
Le molecole solo neutre, quindi, fanno molta più fatica a passare le membrane e anche quelle
sempre polari. Il glucosio ha molti gruppi ossidrili e quindi ha la tendenza ad entrare nella
membrana plasmatica perché è neutra ma non è più in grado di uscire dalla membrana perché
non è in grado di attraversa correttamente e una volta disciolto all’interno di un liquido non riesce
ad attraversare la membrana. La di usione si utilizza per piccole molecole organiche parzialmente
polarizzate perché quelle ad alto peso molecolare di cilmente passano.

Regole del 5 (o regola drug like): si riferiscono solo alle molecole con assorbimento orale. Sono
in realtà 4, ma il numero 5 si trova ripetuto in queste regole. Il 90% delle molecole orali ha un peso
molecolare inferiore a 500, lipo lia (CLogP) minore di 5, donatori di legami ad H inferiore a 5,
accetto di legami H inferiore a 10. Non necessariamente devono essere rispettate tutte e 4, ma ne
bastano anche solo 3, sono delle linee giuda non un dogma o una cosa vincolante. Se hanno
queste caratteristiche le molecole sono molto inclini a sfruttare la di usione passiva come metodo
di assorbimento, ci sono ovviamente delle eccezioni, non è da applicare in maniera rigida, minori
sono le regole applicato maggiore sarà il rischio di fallimento.

Con valori elevati di lipo lia il composto è in grado di entrare così bene nella membrana che non
riesce più a uscire e continua a di ondere in essa. Questa capacità di ripartirsi tra una fase
organica e una acquosa (coe ciente di ripartizione: P=Co / Ca) è quindi molto importante per
lo studio di un farmaco, si calcola con una scala logaritmica (CLogP) e con dei software. Se il
rapporto è maggiore di 0 è lipo lo, se minore idro lo. Se troppo lipo lo rimane intrappolato nelle
membrana citoplasmatica. Il LogD è un coe ciente di distribuzione che ci va ad attualizzare il
lavoro del LodP in base alla pKa e al Ph in cui andiamo ad operare.

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 I legami ad H vanno ad in uenzare la
polarità della molecola ed essere
solfatati in modo diverso dalle molecole
d’acqua e quindi la presenza di un
numero troppo elevato di legami H
vorrebbe dire un numero eccessivo di H
che la molecola deve riuscire a perdere
attraverso la membrana e andrebbe a
sfavorire la sua ripartizione lungo la
membrana.

Un equilibrio acido/base è un altro

equilibrio molto importante (pKa e pH).
Utilizzando tutti questi parametri si può
fare una previsione già accurata dell’assorbimento del farmaco.

Per un acido debole il logD coincide con il logP quando il pH è

inferiore di almeno 2 unità alla pKa, mentre per una base debole la
stessa cosa, ma superiore di almeno 2 unità rispetto alla pKa. Se i
farmaci sono neutri logD uguale a logP perché il pH non ha nessun e etto,
il farmaco non è coinvolto in nessun equilibrio.

Più il valore di pKa è piccolo più l’acido è forte e a pH=pKa il 50% dell’acido è indissociato e il
50% è dissociato.

Se il pH è maggiore di 5 (che è il valore della pKa) (pH > 5) prevale la forma deprotonata,

Se il pH è minore della pKa (pH < 5) prevale quella protonata.

Esempio: Acido ufenammico pKa 3,9, valore di logP 5,25

A pH molto acido il valore è estremamente inferiore alla pKa quindi il valore di logP è uguale a
quello del logD e la forma con cui esisterà questa molecola sarà protonata. Se invece il pH
aumenta (7,4) ci calcoliamo il logD diminuisce perché a pH maggiore della pKa parte dell’acido
ufenammico sarà deprotonato e quindi abbiamo ridotto la sua lipo lia.

Esempio: TEA

La pKaH rappresenta la pKa dell’acido coniugato ed è importante quando stiamo lavorando con
una base debole. A pH siologico ad esempio la TEA è in equilibrio tra protonata e deprotonata,
se il pH è maggiore di 11 prevarrà la TEA tale e quale (deprotonata), se siamo a pH minore di 11
prevale la formula protonata.

Esempio: Fentanyl valore di logP 3,93

Abbiamo un’ammina terziaria che potrà essere protonata, essendo un’ammina è basica, quindi si
comporta con valori di logD che sono più bassi di quello del logP ma che a pH superiore a quello
dato tendono ad avvicinarsi al logP che avevamo come dato di partenza.

La di usione viene calcolata con la legge di Fick che ne determina la velocità e le caratteristiche
dalla molecola in uenzando per la maggior parte questo parametro. Altre caratteristiche
importanti sono lo spessore della membrana, più è spessa minore sarà la velocità, anche la
concentrazione tra interno ed esterno ne regola la di usione, più farmaco c’è dentro minore sarà
la sua velocità ad entrare perché tende a raggiungere l'equilibrio.

L’equazione di Henderson-Hasselback invece regola l’equilibrio acido/base e va a de nire

l’equilibrio tra la forma prorogata e deprotonata sia di un acido debole che di una base debole in
relazione con il pH e la pKa. I compartimenti del nostro organismo hanno della variazioni di pH
ben precise e quindi utili e sfruttabili per utilizzare i farmaci. La maggior parte dei farmici sono
acidi o basi deboli con pKa che variano 6 e 8 e quindi tendenzialmente si trovano in una forma
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 non ionizzata, mentre una piccola parte è ionizzata. Gli acidi deboli sono assorbiti meglio nello
stomaco perché si trovano in forma protonata.

Nello stomaco con pH=2 una base è protonata perché la pKaH è più alta di pH, mentre l’acido si
troverebbe nella sua forma neutra. La base protonata quindi è carica e non è in grado di
attraversare la membrana. Quando si trova nell’intestino, l’equilibrio della base è nella sua forma
neutra e quindi riesce a transitare, poi va nel plasma dove il pH è ancora più elevato si ha un
equilibrio e aiutata del usso sanguigno non torna indietro ma è portata in circolo e quindi la
forma protonata è intrappolato nel usso sanguigno.

Se le molecole hanno una carica ssa e permanente non possono passare la membrana con la
di usione passiva e quindi si usa il trasporto mediante coppia ionica come con la Tubocurarina
che è carica positivamente che lega uno ione negativo, forma il complesso neutro e attraversa la
membrana sempre per di usione. Alternativamente si utilizzano le proteine carrier con il metodo
di di usione facilitata o per trasporto attivo.

Con la di usione facilita le carrier si legano al farmaco ed insieme si legano alla membrana, in un
gra co la velocità non è costante ma è di tipo incrementativo perché vi è un fatto aggiuntivo. Non
viene consumata energia e si sfrutta il gradiente. Si possono avere anche dei pori selettivi che
permettono il passaggio del farmaco, è un trasporto attivo e quindi contro gradiente utilizzando
ATP. Alcuni esempi di molecole che sfruttano proteine carrier che minimano molecole che
utilizzano già questi carrier (di solito esistono per sostanze naturale o endogene) e sono la
Levodopa, Fluorouracile, Lisinopril, mentre altri mimano i nucleosidi e utilizzano i canali del
glucosio. La glicopreotina P si trova sulle membrana e forma un poro per il passaggio delle
molecole, ma lo stesso meccanismo può essere sovraespresso nella cellule tumorali che la
utilizzano per liberarsi dei farmaci che gli stiamo somministrando. La glicoprateina P è in grado di
indurre l’e usso di diversi farmaci, anche molto di erenti. É però sovraespressa nella cellule
tumorale che al contrario la utilizzano per liberi dei farmaci con cui stiamo cercando di
combatterla e quindi si trasforma in qualcosa di sfavorevole. Usata per molecole con peso molto
elevato.

Un altro tipo di trasporto è quello vescicolare o pinocitosi. Una volta che la molecola si trova
all’interno, la vescicola può rompersi e il farmaco è libero all’interno oppure la vescicola transita
all’interno dell’intera cellula e fuoriesce nella spazio extracellulare. Questo meccanismo è
utilizzato da alcuni antibiotici ad elevato peso molecolare.

Il Gabentin è un antiepilettico, amminoacido è più utilizza una proteina carrier che riconosce gli
amminoacidi. Il Pancuronio ha delle cariche sse e quindi utilizza un trasportatore per coppia
ionica. Il Glucosio è una proteina neutra ed essendo lo zucchero utilizza il carrier speci co per gli
zuccheri. L’Insulina non riesce a sfruttare la di usione passiva, non ha una proteina carrier e
quindi entra per pinocitosi.

PRESSURE TEST KETOPROFENE

Ha un centro stereogenico, un gruppo acido con pKa intorno a 5, è un acido alifatico. Ha un logP
di 2,81, pH 7 e un logD di 0,07. La pKa è inferiore al pH è quindi è deprotonato e quindi ha carica
negativa, cercherà di rimanere nei solventi polari, tendenza a non attraversare la membrana
cellulare. A pH 9 avremo sempre la stessa cosa metro a pH 2 sarà protonato, neutro e tenderà a
passare le membrana plasmatica e il valore di logD sarà simile a quello di logP. Sarà assorbito
principalmente nello stomaco dove ha forma neutra.

PENFLURIDOLO

Ha un centro basico (N) e basta con pKa intorno a 15. A pH siologico sarà protonata perché il pH
è minore della pKa e quindi sarà assorbito principalmente a livello d’intestino.

Lezione V

FASE FARMACOCINETICA

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 Il farmaco assunto per OS supera la barriera dello stomaco, entra nelle cellule e arriva al circolo
sanguigno e poi verrà portato all’interno del corpo e distribuito nel sito dove ci interessa che vada
ad agire.

Il sangue è costituito principalmente da acqua (solvente) e da diverse proteine (albumina e le

globuline) e elettroliti (ormoni, sali) che costituiscono buona parte del contenuto del sangue stesso
e dagli eritrociti per il trasporto dell’O.

La biodisponibilità di un farmaco è visibile come percentuale all’interno del sangue (per iniezione è
al 100%). Nel momento in cui il farmaco lo consideriamo presente nel circolo sanguigno avrà la
stessa concentrazione sul sito d’azione, con buona approssimazione; questo ovviamente dipende
anche dalla localizzazione del sito e il numero di barriere che deve superare prima di arrivare al
sito di legame. Poiché vi sono delle molecole che lo possono sequestrare all’interno del circolo
sanguigno, possiamo essere in grado di quanti care il farmaco libero (non legato a proteina e
quindi non è una stima corretta) o legato (legami transiente a proteine) oppure la quantità totale se
andiamo lisare tutte le proteine. Warfarin e Ibuprofene (acidi) per esempio sono legati per 99,5%
all’albumina, all’interno della sua nestra terapeutica. Ci sono anche farmaci (basici) che si legano
all’acido alfa-1-glicoproteina, come il Disopyramide. La % è intorno al 70%.

Una molecola che si trova legata alla proteina plasmatica non è in grado di superare la membrana
plasmatica ma ne aumenta l’emivita. Finché la molecola è legata alla proteina plasmatica, la
distribuzione del farmaco viene a essere rallentata (sequestrato all’interno del circolo sanguigno),
la molecola non può né essere metabolizzata né escreta. Il metabolismo viene catalizzato da
alcuni enzimi, che però se le molecole sono legate, non possono agire. Il farmaco sequestrato
dalle proteine plasmatiche non può agire, viene semplicemente trasportato nel usso ematico e
non può essere metabolizzato dagli enzimi. Avremo un equilibrio ovvero una costante di
associazione e distribuzione tra farmaco legato e proteina. Sapere quale è la percentuale di
farmaco legato ha delle implicazioni nel momento in cui bisogna andare a valutare il dosaggio da
somministrare che può essere anche dilazionato perché lentamente si stacca dalla proteina e
viene rilasciato (come avviene per la ebo). Dove ci sono tanti capillari avremo una fuoriuscita di
farmaco maggiore in quanto la super cie è esposta maggiormente al usso ematico; ovviamente
questo può avvenire se la molecola è dissociata perché se legata non riesce a passare per
di usione o attraverso i pori. Parte del farmaco può essere depositata all’interno del circolo
ematico e quindi se la somministrazione del farmaco è cronica e per sbaglio si salta il farmaco
quel giorno, la situazione non è così grave perché non avremo una situazione di farmaci presente/
assente.

Le benzodiazepine (lipo le) tendono ad accumularsi nei tessuti adiposi, dove non hanno un e etto
biologico, nel momento in cui si sospende la somministrazione si continua a vederne l’e etto per
un certo periodo. Le tetracicline sono in grado di chelare il calcio e quindi si vanno ad accumulare
nelle ossa o nei denti, questo è un problema per i bambini, dato che sono in fase di sviluppo.

Con distribuzione intendiamo il processo con cui farmaco che si trova in circolo viene portato nei
vari distretti. Questo dipende dal circolo sanguigno e da dove passa prima di arrivare al target: se
parliamo di tessuti ricchi di grassi, i farmaci possono essere immagazzinati in questi distretti e
rimanervi bloccati. Il farmaco tendenzialmente andrà ovunque. Quando le molecole escono dal
circolo ematico, dobbiamo considerare che ogni distretto del corpo umano attraversato è diverso
da un altro, ci sono delle particolarità come ad esempio il cervello è protetto dalla barriera emato
encefalica. I farmaci non possono di ondere all’interno del cervello, perché il trasporto può
avvenire solo grazie al trasporto attivo, non passivo. Non vi sono così tante proteine che
possono facilitare il trasporto attraverso della membrana e quindi bisogna cercare di utilizzare i
pori già esistenti o le proteine canale per questo diventa molto di cile progettare questi farmaci
che devono assimigliare come strutture a molecole endogene. Le metastasi spesso di ondo nel
cervello e sono di cilmente aggregabili perché i farmaci vengono bloccati prima
dell’attraversamento della barriera.

Un’altra barriera è quella placentare che protegge l’organismo che si sta formando da sostanze
nocive. Esistono molecole in grado di passare la placenta. Gli enzimi adibiti al metabolismo nel
feto non sono ancora tutti presenti o funzionanti, perciò la barriera impedisce una possibile
tossicità del feto. Infatti determinati farmaci sono veri cati nei clinica trails e sono sconsigliati
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 durante il periodo di gestazione. Alcune molecole possono passare per di usione passiva se sono
piccole e lipo le o attraverso pori.

Il metabolismo può avvenire in qualunque momento, quando il farmaco passo del circolo al
fegato grazie ad enzimi citosolici o microsomiali. Esiste il metabolismo anche in altri distratti come
pelle (esterasi), intestino, placenta. Questo è il metodo con cui si va a ridurre la concentrazione di
farmaco all’interno dell’organismo (plasma che è in equilibrio con tutti gli altri distretti corporei). Ci
sono due metodi con cui si può andare a promuovere l’eliminazione dei farmaci. La principale
proteina che va a modi care le strutture è il citocromo p450, le molecole devono diventare idro le
per rimane bloccate nelle urine e non essere riassorbite a livello renale. Vi sono enzimi e batteri
all’interno dell’intestino ( ora batterica) che permettono il metabolismo del farmaco prima
dell’assorbimento.

Il metabolita è la struttura chimica del farmaco che è stato modi ca dal metabolismo che può
essere attiva oppure no e può essere riassorbito, questo dipende dalla sue caratteristiche. Il
farmaco sottoposto a metabolismo può essere riassorbito più e più volte nell’organismo. Il
metabolismo può essere di fase 1 o di fase 2.

Una volta che le molecole vengono modi cate, regolando la lipo lia e l’idro lia, avviene la fase
nale ovvero l’escrezione, quindi tramite la via renale, fuoriesce dal rene per andare nelle urine.
Questo processo può essere quanti cato è può esserne de nita la velocità detta clearance renale
(quantitativo di farmaci espulso nell’unità di tempo). Le molecole vengono eliminate/espulse non
scomposte come invece avviene per le proteine. Vi sono dei fenomeni di passaggio all’interno del
usso sanguigno del rene e anche nei tubuli renali dove i metaboliti rimangono bloccati e
niscono nelle urine. È presente anche qui un equilibrio in base alla modi cazioni e possono
ritornare in circolo facendo un altro passaggio nel organismo.

Ci sono anche altri metodi di eliminazione come il latte materno.

Lezione VI

Il volume di distribuzione e la clearance vengono determinati andando a valutare la

concentrazione plasmatica del farmaco in funzione del tempo.

La farmacocinetica di un farmaco permette di andare a stabilire il regime di dosaggio (numero di

dosi) e l’intervallo di tempo nel quale il farmaco deve essere somministrato per mantenere
un’e cacia. Il bolo endovenoso permette di valutare le tempistiche e etc perché ha il minor
numero di variabili da considerare entrando subito in circolo e saltanto le varie barriere.

I gra ci, alcune volte, vengono espressi in scala logaritmica. Spesso ci si riferisce al sangue, ma si
misura la concentrazione plasmatica. L’unità di misura è mg/L, raramente è espressa in mol/
volume. I tempo è generalmente rappresentato da minuti e ore (h).

La concentrazione del 100% ematica di farmaco è raggiunta al tempo 0, nel momento

dell’iniezione endovenosa; man mano che passa il tempo la curva decresce perché viene
eliminato il farmaco. Viene de nito un processo di primo ordine, ossia vi è una costante che
regola l’eliminazione (costante di eliminazione), correla la concentrazione plasmatica nel tempo,
quindi è negativa perché è una costante di eliminazione.

Con T1/2 andiamo a vedere quando la concentrazione di farmaco dimezza. La velocità di

eliminazione è direttamente proporzionale alla quantità di farmaco eliminato (doppio velocità
doppia eliminazione) mentre l’emivita è costante. Il farmaco si considera eliminato (3%) dopo 5
volte il tempo di dimezzamento. Il modello sempli cato è detto modello a un compartimento, è un
modello sempli cato perché il farmaco potrebbe essere accumulato in alcuni tessuti e poi essere
reinfeuso nel sangue. Con la scala logaritmica otteniamo una linea retta, la cui pendenza è la
costante di dimezzamento/eliminazione.

Nella seconda colonna di gra ci andiamo a vedere un andamento della curva di erente tra
concentrazione ed eliminazione. Il primo caso era una situazione di idealità, nel secondo caso

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 invece abbiamo una distribuzione che si allontana dall’idealità: il farmaco ha una distribuzione
lenta nella rima fase e poi inizia ad essere eliminato in maniera costante.

Nella terza colonna, invece, il farmaco non è somministrato attraverso la via endovenosa, ma per
os, quindi il farmaco deve prima essere assorbito. A T0 non abbiamo una concentrazione
massima, ma andrà ad aumentare no a raggiungerla, quando il farmaco sarà nel circolo. Ma
questa non rappresenta la stessa concentrazione che è stata somministrata, perché una parte va
dispersa.

Il processo di eliminazione è quello che prende il nome di Clearance: rimozione del farmaco dal
circolo sanguigno; avviene a livello dei reni per ltrazione (clearance renale) e per opera del
metabolismo (clearance epatica). Maggiore è la cleraance più l’emivita (T mezzi) sarà veloce.

ClT= clearance epatica (enzimi) + clearance renale + clearance in altri organi

L’unita di misura è mL/min, o L/h.

Con biodisponibilità intendiamo la frazione della dose di farmaco che è somministrata e

raggiunge il torrente circolatorio. È un valore compreso sempre tra 0 e 1, dove 1 rappresenta
sempre il 100% del farmaco. Dipende dal tipo di assorbimento che andiamo a utilizzare e va ad
in uenzare il quantitativo disponibile all’interno dell’organismo e il metodo con cui verrà eliminato.
La biodisponibilità può avere valori completamente di erenti a
seconda del tipo di somministrazione che andiamo ad utilizzare.
Per OS sempre inferiore a quella del quantitativo iniziale.

L’AUC (area sotto la curva) è un modo per calcolare la quantità

totale di farmaco al quale il paziente viene esposto nel tempo.

Nel caso di una somministrazione per os possiamo sempre

calcolare il quantitativo di farmaco, ma non sarà tutto quello che
viene assorbito, bensì quello che deve essere eliminato.

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Il volume di distribuzione è un altro parametro importante perché è una rappresentazione teorica
di quello che è il volume utilizzato dal farmaco per andarsi distribuire all’interno dell’organismo. Si
calcola grazie a dei prelievi.

Il quantitativo di farmaco presente lo rapportiamo sempre al volume totale nel quale il farmaco
stesso è presente, quindi il volume di distribuzione è il volume virtuale di liquidi biologici
necessario a contenere il farmaco nella stessa concentrazione in cui si trova nel plasma.

- Plasma: 3 litri

- Fluidi interstiziali: 10 litri

- Fluidi intracellulari: 30 litri

Se:

• Vd < 20 —> concentrazione plasmatica elevata: si ha una ridotta distribuzione nei tessuti

• Vd > 20 —> concentrazione plasmatica bassa: si ha un’elevata distribuzione ai tessuti

Sapere che un farmaco non è localizzato completamente all’interno del sangue ci dà un’idea di
come sarà la clearance.

Una volta raggiunto il valore massimo, il

farmaco si trova tutto in circolo e da lì inizia
l’eliminazione. Esistono farmaci che si possono
somministrare sia per os che per via
endovenosa.

Le due curve non si incroceranno mai perché

per os una parte viene sempre persa.

Lezione VII

Metabolismo: processo con cui vengono trasformati i farmaci all’interno dell’organismo.

Qualunque sostanza assorbita subisce delle trasformazioni che avvengono per rendere il farmaco
più facilmente eliminabile. Ciascun metabolita può subire anche più reazioni e dovrebbe essere
eliminabile dal corpo con una velocità superiore con cui il farmaco verrebbe eliminato dal corpo.
Metabolita non signi ca necessariamente che quella struttura non sia più biologicamente attiva.

Le bio-trasformazioni avvengono per motivi precisi. Ci sono dei metaboliti attivi sul target, ma
derivano da un farmaco che è completamente inattivo (pro-drug/pro-farmaco): quindi dopo il
metabolismo il farmaco viene attivato.

Il metabolita potrebbe anche essere tossico: ci sono sostanze che sono considerate cancerogene
solo quando sono metabolizzate, quindi ovviamente l’e etto sull’organismo è negativo. Durante il
suo sviluppo il farmaco deve essere sottoposto a uno studio di stabilità. Per sapere quanto tempo
ci mette ad essere metabolizzato e che e etto hanno i suoi metaboliti.

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 I pro-drug sono farmaci non attivi che dopo il metabolismo lo diventano perché ne viene modi ca
la struttura.

Le reazioni metaboliche sono divise in: (non necessariamente una di seguita all’altra, ma può
farne anche solo una)

• Fase I:

- reazioni in cui andiamo a modi care dei gruppi funzionali: ossidazione, riduzione, idrolisi.
Quindi vengono cambiate delle piccole porzioni, come ad esempio la polarità per permettere
il passaggio di membrana.

- Gli enzimi della fase I si trovano nel reticolo endoplasmatico liscio e non sono molto speci ci
perché le tasca sono essibili o di grosse dimensioni

- Idrolisi: idrolasi, microcosmi, citosol, plasma

- Riduzioni: reduttasi, nel citosol

- Ossidazioni: citocromo p450, FMO, MAO, alcol deidrogenasi (sono speci ci ma alla ne non
così speci ci)

• Fase II:

- coniugazioni: si creano molecole più grandi che deverranno riconosciute e faciliteranno la

reazione.

- Gli enzimi si trovano nel citosol

REAZIONI DI OSSIDAZIONE

Comportano la sottrazione di elettroni da una molecola. Il prodotto dell’ossidazione sarà più

elettro lo e quindi più reattivo all’attacco di una specie nucleo la. L’acqua può agire da nucleo lo,
questo spiega perché questo tipo di reazioni sono poi seguite da reazioni di idrolisi.

I carboni che hanno un’ibridazione sp3 (catena alchilica) si possono ossidare facilmente se
vengono attivati da eteroatomi elettronegativi: azoto, ossigeni, alogeni, anelli aromatici, legami
pigreco. La reazione su un carbonio richiede la rottura di un legame tra carbonio e idrogeno che
va a formare un intermedio radicalico o cationico. I gruppi attivanti vanno a stabilizzare la carica e
quindi facilitano il processo di ossidazione. Le reazioni di ossidazione possono ricadere in 3
tipologie:

• Trasferimento di un singolo elettrone

• Trasferimento di un atomo di idrogeno

• Trasferimento di un idruro

Il meccanismo dipende dall’enzima che va ad

e ettuare l’ossidazione. Nel caso del citocromo
p450 (contiene un gruppo EME) vanno a coinvolgere
un atomo di idrogeno. Le MAO sfruttano il
meccanismo di trasferimento del singolo elettrone.
Le alcol deidrogenasi trasferiscono un idruro.

Qualunque sia il meccanismo si va sempre a formare

un intermedio cationico.

L’ a c q u a v a a d a t t a c c a r e o
deprotonare l’intermedio cationico.
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 Si ha la perdita dell’idrogeno e da un
alcol si va a formare un’aldeide.

Il prozac (antidepressivo) quando viene

metabolizzato perde il metile (perde la
sua attività), la stessa cosa succede con
la codeina, che ha un’attività analgesica,
per andare a formare la mor na,
che ha comunque un’attività
analgesica: perciò in questo
secondo caso il farmaco mantiene
la stessa azione.

Il metabolito è un processo
continuo e le reazioni possono
essere anche in catena una di
seguito all’altra.

La tioridazina (antipsicotico) ha
una prima reazione in cui si va a
formare un intermedio cationico
(doppio legame), subentra la
molecola d’acqua che va ad agire
e si aggiunge un gruppo ossidrile,
creando il carbinolo che viene
ossidato ulteriormente e si forma
un carbonile (due reazioni di
ossidazione di seguito). Si vanno a
creare dei metaboliti con
concentrazioni di erenti all’interno dell’organismo che possono andare su target che erano stati
considerati, ma anche su dei target che non lo erano e quindi si ottengono degli e etti collaterali.

Il losartan viene ad essere ossidato il gruppo alcolico ad aldeide, che in presenza di acqua viene
idratata formando un doppio ossidrile che può essere a sua volta ossidato per andare a creare un
metabolita con una caratteristica acida.

In questo caso, il passaggio dell’acqua
poiché va ad intervenire l’enzima che
l’equilibrio e lentamente si andrà a
concentrazione maggiore e lentamente
esempio in cui se non ci fosse stata la
avuto più forme del metabolita.
è una reazione all’equilibrio (può tornare indietro), ma
va ad ossidare l’aldeide ad acido viene sbilanciato
formare il metabolita acido che avrà sempre una
il losartan verra ad essere consumato. Questo è un
presenza dell’8.13 per reazione all’equilibrio, avremmo

Quando si studia il metabolismo è importante considerare tutti i metaboliti che si possono andare
a formare, ma in realtà solo la metà di questi avrà un ruolo siologico di importanza.

L’ossidazione degli anelli aromatici (sp2 come areni o alcheni) è una di quelle reazioni molto
frequenti e che è facile da andare a studiare perché presenti spesso nei farmaci, sono reazioni
solitamente catalizzate dal citocromo. Si ha la formazione di un intermedio instabile, l’arene
ossido, che riarrangia il prodotto ossidrilato.

L’esempio pratico può essere quello della ropivacaina (anestetico locale): ci sono due posizioni
che possono subire l’ossidazione, dove si può andare a formare l’intermedio: in posizione 3 o 4,

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perciò avremo due isomeri. È importante andare a studiare la percentuale di formazione degli
isomeri.

La carbamazapina, un anticonvulsante, è un alchene sul quale viene formato un epossido tramite

un ossidazione e poi un’idrossilazione. Questo è il metabolismo principale del farmaco, poi ce ne
possono essere anche altri.

Possiamo avere degli eteroatomi (atomi ricchi di elettroni) come azoto e zolfo che possono essere
ossidati e possono andare a formare una idrossilammina o dei solfossidi. L’ossidazione su un
atomo di zolfo va a creare un solfossido.

Le reazioni ossidative rivestono un ruolo principale. Conoscendo il metabolismo si è in grado che

di bloccarlo e contrastarlo per allungare l’emivita della molecola.

REAZIONI DI RIDUZIONE

I gruppi funzionali che subiscono una riduzione sono gruppi già in uno stato di ossidazione
elevato. Non possono essere ossidati ulteriormente, perciò passano alla riduzione: gruppo nitro
ridotto ad ammina, gruppi carbonilici (chetone che viene ridotto ad alcol/ossidrile).

Il gruppo azoico (N=N) è molto raro perché

tende ad essere scisso, perciò viene divisa la
molecola in due parti. Alcuni composti che
partono con questo doppio legame, dopo il
metabolismo, generano dei prodotti che
sono dei chemioterapici e quindi, studiando
il metabolismo, è stato utile scoprire questo
fatto. È un po’ come il concetto di pro-
farmaco, il metabolita ha diversa o ulteriore
attività biologica. Avrei un e etto collaterale
non dovuto può essere una strategia per
sviluppare nuovi farmaci che in altri contesti possono avere un e etto terapeutico
(chemioterapici).

REAZIONI DI IDROLISI

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 Riguardano principalmente i derivati degli acidi carbossilici: esteri ed ammidi, a dare acido+alcol o
acido+ammina. Sono più idrosolubili del
composto di partenza.

Vi sono reazioni più rare come quelle di

apertura dell’anello epossidico presente
nella molecola.

L’acqua è onnipresente in qualunque

compartimento cellulare, ma non è una
specie attiva di per sé, perciò, c’è sempre la
necessità di un’azione enzimatica.

L’aspirina per idrolisi viene scissa la funzione

esterea ad ottenere acido salicilico e acido
acetico.

La reazione di idrolisi è quella che si presta

meglio per la formazione di un pro-farmaco,
perché una delle
due parti viene
“eliminata”
(cascata del
segnale).

Come pro-drug
de niamo sempre strutture che devono subire il metabolismo. Le
twin-drugs invece sono farmaci legati da un linker in modo da agire
su due target di erenti, per esempio la proteina sulla quale vogliamo
andare ad agire ha più siti di legame.

Il citocromo P450

Il citocromo P450 è un enzima con all’interno un gruppo eme e un atomo di ferro (reazione redox
che riduce il ferro). P450 perché ha un pro lo di assorbimento della luce a 450 nm.

I citocromi hanno una sigla e una nomenclatura che dipende dalle sottofamiglie. La classi cazione
dei citocromi è utile perché essi sono enzimi che vanno a catalizzare un tipo preciso di reazione,
ma accettano diversi substrati. Il citocromo CYP1A2, per esempio, è in grado di metabolizzare
paracetamolo, teo llina, zolpidem, tamoxifene, etc., ma anche CYP2E1 può metabolizzare
paracetamolo e teo llina. La presenza di queste famiglie permette di andare a inibire una
sottofamiglia precisa di citocromo che metabolizza un determinato farmaco e quindi di questo
modo ne aumenta l’emivita.

Il metabolismo di fase II va a formare molecole più grandi perché andiamo a modi care le
proprietà polari delle molecole. Il metabolismo di fase I va formare dei gruppi (acidi, ammidi, alcoli
che sono reattivi) che vengono poi utilizzati nella fase II.

Sono reazioni di glucuronidazione, metilazione, acetilazione, solfatazione, etc.

Le acetilazioni sono e ettuate grazie all’acetil-CoA sulle ammine, soprattutto se di tipo aromatico.
Questa reazione permette al prodotto di ridurre la propria reattività e tossicità. È una sottostruttura
che può avere un e etto tossico, ma che grazie alle modi cazioni apportate (acetilazione) no.

Le solfatazioni sono meccanismi importanti per i farmaci che presentano un gruppo fenolico:
viene addizionato un gruppo solfato (negativo) che facilita, per esempio, l’eliminazione.

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La glucuronidazione si aggiunge l’acido glucuronico: prima si ha un’ossidazione e poi il farmaco
subisce poi la glucoronidazione.

La bilirubina, che non è un farmaco, subisce comunque una reazione di fase II per essere
eliminata; ha due gruppi acidi che non sono in grado di bilanciare la lipo lia e solo grazie alla
glucuronidazione essa può essere metabolizzata ed eliminata attraverso i reni, dando una
colorazione gialla alle urine.

La coniugazione con amminoacidi viene e ettuata su acidi carbossilici. Soprattutto viene usata la
glicina. L’acido deve essere attivato tramite la formazione di un intermedio, grazie all’acetil-CoA.

Il glutatione è un tripeptide epatico che tende a reagire con gruppi elettro li (alchilanti), essendo

esso stesso nucleo lo. Questi gruppi fortemente elettro li sono scarsamente presenti nei farmaci
perché rischierebbero di andare ad interagire con altre sostanze.

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Lezione VIII

Il metabolismo, oltre ad essere il meccanismo con cui l’organismo va ad eliminare il farmaco, è

anche una complicazione nel processo di scoperta dei farmaci, perché bisogna considerare
l’attività biologica dei metaboliti che si formano.

Ogni metabolita è un nuovo composto che si forma nell’organismo, quindi deve essere
classi cato in una categoria. Il farmace somministrato è de nito pro-farmaco perché non è attivo
da principio, ma lo diventa una volta metabolizzato e ha un e etto terapeutico. Il farmaco però
può essere attivo da principio e così lo è anche il metabolita, d’altra parte il metabolita può
rappresentare invece un composto tossico.

METABOLITI INATTIVI

La perdita di attività può avvenire a

causa di motivi farmacodinamici o
farmacocinetici. Se la porzione del
farmaco che lega il bersaglio è
signi cativamente modi cata dal
metabolismo, allora il metabolita
potrebbe non essere più in grado di
raggiungere il target.

Il metabolita principale della sertralina

deriva dalla dealchilazione ossidativa
del gruppo amminico da parte del
citocromo nel fegato; questo
metabolita, la n-dimetilsertalina, è
inattivo e velocemente eliminato a livello dei reni. Sia la sertalina chetone che la sertalina n-
carbamoilglucuronide non sono e caci inibitori del bersaglio della sertralina (che è il sistema di
trasporto della serotonina), ci sono quindi più metaboliti, nessuno dei quali è in grado di agire sul
bersaglio originale.

METABOLITI “ON TARGET”

Molti metaboliti conservano l’attività originale del farmaco, una volta dopo essere stati
metabolizzati: vengono de niti metaboliti “on target”.

Il metabolita ha un’emivita più breve del farmaco di partenza, qualora sia più polare del farmaco
originale, in questo caso l’attività biologica sarà rappresentata dal farmaco. Mentre, se il
metabolita ha un’emivita maggiore del farmaco originatore, allora sarà il metabolita a
rappresentare l’attività biologica, un esempio può essere quello della uoxatina (prozac): un
antidepressivo.

La sertralina è un inibitore selettivo della ricettazione della serotonina, usato nella depressione. È
molto lipo lo, ha un elevato volume di distribuzione, quindi ha un lungo tempo di dimezzamento. I
farmaci con queste caratteristiche sono somministrati per via orale e sono velocemente assorbiti
e vanno a depositarsi nei tessuti grassi, in particolare del fegato. Successivamente il farmaco si
distribuisce lentamente dal fegato, perciò per il paziente questo signi ca che il farmaco
manifestare lentamente i suoi e etti. Quindi, se si sospende il farmaco, i livelli terapeutici
permangono per lungo tempo. Questo è un problema per l’aspetto iniziale, perché il paziente
tendere a smettere il farmaco perché non vedrà un bene cio e in quanto depresso non sarà
propenso a continuare la terapia.

L’obiettivo pre ssato da P zer era quello di ottenere un farmaco con basso volume di
distribuzoone con un tempo di dimezzamento di 8 ore per avere un e etto immediato:
inizialmente gli sforzi furono focalizzati sull’anello benzenico condensato col cicloesano; si
aspettavano che l’introduzione di un gruppo polare solfanilammidico consentisse di diminuire sia
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il volume di distribuzione che il tempo
di dimezzamento, l’inibizione della
recaptazione della serotonina era
migliore, tuttavia però nell’uomo il
composto si trasformava nel
composto dimetilato, il qual evadeva
un tempo di dimezzamento di 240 ore.
L’attenzione si è spostata quindi
nell’aprire l’anello e rimuovendo due
gruppi CH2 e aggiungendo un legame
etereo tra i due anelli aromatici.
L’attività era diminuita, il volume di
distribuzione era diminuito; ulteriori
ricerche hanno permesso di arrivare
alla 8.69, le cui attività erano
decisamente migliori. In vivo però
veniva demetilato formando il
composto 8.70 che aveva un’emivita
lunga. L’aggiunta di altri composto
comportava diversi problemi, ma il
problema principale era quello del
gruppo amminico quindi hanno deciso
di trovare il modo di indirizzare il
metabolismo verso un’altra porzione
della molecola. I tioeteri subiscono
una rapida ossidazione e quindi
decisero di introdurre un tiometile sull’anello aromatico (8.73) che origina un solo metabolita
inattivo. Questo composto non è mai stato approvato per la commercializzazione, ma può essere
un esempio per far capire come sia complicato lo sviluppo di un farmaco e cace.

I metaboliti che legano uno stesso bersaglio non presentano necessariamente una stessa attività,
un esempio è rappresentato dal tamoxifene che è un debole antagonista del recettore degli
estrogeni ed è utilizzato per alcune forme di cancro al seno. Il metabolita di fase uno è 8.76,
potente antagonista del recettore degli estrogeni. Vi è poi una via metabolica secondaria che
porta al distacco della catena amminoetilica (8.77): lega il recettore degli estrogeni, ma va ad agire
come agonista. Questo tipo di attività invertita è rara e può avvenire solo con i farmaci che legano
i recettori, ma non con quelli che legano gli enzimi.

FARMACI “OFF TARGET”

Sono metaboliti che hanno attività diversa dal farmaco generatore. Nonostante sia un aspetto
frequente è di cilmente prevedibile. È nel fegato che vengono a formarsi i metaboliti tossici e sul
quale agiscono. Per questo vengono fatti degli studi clinici. Gli e etti collaterali vengono valutati in
base alla patologia che devono curare. É il fegato che produce la maggior parte dei metaboliti
tossici e su di esso manifesta la gran parte del danno.

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 Paracetamolo

È principalmente metabolizzato nel fegato attraverso due processi del metabolismo di fase II:
solfatazione e glucuronidazione. Entrambe le reazioni interessano la porzione fenolica del
farmaco.

Una piccola percentuale di paracetamolo è anche metabolizzato da un processo del metabolismo

di fase I: la N-ossidrilazione
dell’ammide; per perdita dell’acqua si
ottiene l’N-acetil-p-
benzochinoninammina.

I benzochinoni sono molecole che

a c c e t t a n o e l e t t ro n i , e l e t t ro l e ,
caratteristica tipica dei metaboliti più
tossici.

Il composto 8.82 si forma nel fegato,

dove c’è la presenza di tanto
glutatione, un forte nucleo lo, grazie
al gruppo tiolico, e quindi va a reagire
con la chinonimmina formando un
coniugato. L’intermedio che risulta
può tautemerizzare e formare 8.84 che
è stabile, idrosolubile e viene
facilmente eliminato. Ad alte dosi si
forma benzochinonimmina, il cui accesso va a consumare il glutatione nel fegato, lasciando il
fegato senza e un’ulteriore eccesso di questo composto andrebbe a danneggiare il fegato stesso.

MPPP

In un paziente, negli anni ’80, che faceva uso di eroina sintetica, si è manifestato il morbo di
Parkinson precoce, a causa di impurezze contenute in questa eroina sintetica. Il composto in
questione è l’MPPP. Durante la sua sintesi, per una reazione di eliminazione a contatto con acidi
ad alte temperature, si forma come impurezza MPTP, responsabile della comparsa dei sintomi del
morbo. Nel fegato, MPTP viene metabolizzato a MPTP+, mediante una metabolismo di fase I,
reagisce con l’acqua e subisce un’ossidazione da parte dell’aldeide ossidasi epatica, per formare
MPTP lattate, un composto stabile e inattivo che viene eliminato dai reni. Ma l’MPTP non viene
metabolizzato dal fegato, perché essendo lipo lo, è in grado di passare la barriera
ematoencefalica; nel cervello non è presente l’aldeide ossidasi epatica, qui viene ossidato a
MPP+. Sia MPTP+ che MPP+, sono specie polari, quindi non in grado di passare la barriera
ematoencefalica, quindi una volta generati rimangono intrappolati nel cervello, danneggiando la
substantia nigra, danneggiata ugualmente nei pazienti con morbo di Parkinson. La storia del
MPPP dimostra come prevedere come si comporteranno i farmaci è molto complesso.

Inibizione del metabolismo

Gli enzimi devono avere di erenti siti attivi, ma in uno stesso sito attivo devono potersi legare
di erenti xenobi. L’inibizione di un enzima metabolico è un tema molto importante qualora il
paziente stia assumendo altri farmaci.

Tra i citocromi il più importante è il CYP3A4 (isoforma), responsabile del metabolismo di

moltissimi farmaci e quindi prima di commercializzare il farmaco vengo fatti dei saggi per testare
la capacità di inibizione.

La cimetidina è un antagonista del recettore H2 dell’istamina, utilizzata per la cura dell’ulcera e

della pirosi gastrica, inibisce molte isoforme del citocromo, soprattutto il CYP3A4 interagendo
quindi con altri farmaci. Interagisce con farmaci per la cura del dolore, depressione, ipertensione.

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 Anche la ranitidina va ad interferire con il metabolismo ma solo quello del 2D6 che è meno
importante.

L’erba di san Giovanni è una droga vegetale venduta come integratore alimentare per la
depressione. Due metaboliti attivi sono l’iperforina e l’ipericina. L’iperforina stimola l’attività del
citocromo 3A4 e 2C9 legando i recettori nucleari che regola l’espressione di alcuni geni codi canti
citocromi. Quindi l’erba di san Giovanni può dare e etti opposti alla cimetidina quindi una
diminuita e cacia della terapia.

Negli stati uniti l’indinavir fu oggetto di studio

a causa di un’interazione con l’erba di san
Giovanni; l’indinavir inibisce la protesi dell’HIV
ed è metabolizzato dai citocromi. Se un
paziente assume contemporaneamente
indinavir e erba di san Giovanni, la
concentrazione plasmatica dell’inidnavir sarà
troppo bassa per avere un’azione e caci
contro l’HIV.

Il problema è che gli integratori alimentari non

sono farmaci, ma contengono sostanze
chimiche che se sono farmacologicamente
attive possono interagire con i farmaci da
prescrizione.

I parametri di metabolizzazione di un farmaco

variano nella popolazione. L’età del paziente
può in uire. Gli anziani hanno un metabolismo
ridotto, mentre i bambini accelerata. Queste
informazioni vengono alla luce durante le
sperimentazioni cliché dei fase 2 e 3, quando
il farmaco viene somministrato ad un alto

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 numero di persone.

L’alprazolam (ansiolitico) e la lamivudina (anti HIV) mostrano entrambi tempi di emivita variabili in
funzione dell’età del paziente.

I prodotti derivati dal tabacco possono interferire nella metabolizzazione del farmaco, i citocromi
lavorano molto di più. Il sesso sembra in uire, soprattutto perché le donne possono andare
incontro a gravidanza che può incidere.

I reni servono per espellere il farmaco, ogni forma di danno renale rallenta l’eliminazione.

Tra tutti i fattori che in uenzano il metabolismo, quelli genetici sono i più complessi (farmaco
genetica). La specie umana possiede 50 specie di citocromi.

Sia il citocromo 2D6 e 3A4 metabolizzano la terfenadina a fexofenadina, attraverso un’ossidazione

a carico di un atomo di carbonio non attivato. Circa il 10% della popolazione porta delle variazioni
genetiche sul CYP2D6 che non fa metabolizzare la terfenadina. Questi pazienti sono classi cati
come metabolizzatori lenti, l’intero processo metabolico è svolto dal CYP3A4, ma se il paziente
assume inibitori di questo citocromo, la terfenadina verrà metabolizzata con tempi ancora più lenti
e il paziente avrà una concentrazione plasmatica elevata. La terfenadina può causare aritmie nei
pazienti e a causa di questo rischio è stata ritirata dal mercato e rimpiazzata dal suo metabolita, la
fexofenadina. Attività tiroidea va ad interferire con il metabolismo.

L’isoniazide è un farmaco con metabolismo variabile, con N-acetilazione dell’azoto terminale ed è

catalizzata dalla n-acetiltransferasi (NAT2), questo enzima ha due isoforme che hanno di erente
velocità di acilazione dell’n-niazide. I pazienti possono quindi essere inattivatori rapidi (70 minuti)
o lenti (2-5 h) e questo varia in base all’etnia.

Il warfarin mostra metabolismi variabili in base a fattori genetici a livello del CYP2C9.

Non tutti i principi attivi dei medicinali agiscono nella forma chimica in cui sono somministrati. Le
case farmaceutiche possono produrre un profarmaco quando il farmaco originale ha scarsa
biodisponibilità.

Gli inibitori dell’enzima di conversione

dell’angiotensina (ACE) sono una
classe di antiipertensivi costituiti quasi
esclusivamente da profarmaci.

L’enalaprilato è uno dei primi inibitori

dell’angiotensina, un suo metabolita,
l’enelapril, ne migliora la
biodisponibilità, attivo se iniettato.

L’aciclofosfamide è un profarmaco
che viene ossidato nel fegato dagli
enzimi citocromo 2B, l’ossidazione
produce 8.105 che è trasportata in
tutto il corpo dal sistema circolatorio.
Questo composto è in equilibrio con
8.106, nelle cellule tumorali subisce
un eliminazione che comporta la
formazione di acroleina e fosforamide (attivo).

I profarmaci non sono mai una prima scelta ma possono migliorare la biodisponibilità orale.

Il clopidogrel agisce come antagonista dei recettori che producono l’attivazione delle piastrine. Il
farmaco è attivato dalla metabolizzazione grazie al CYP2C19 che va ad ossidare l’anello tiofenico
formando un composto: 8.110, questo subisce ulteriori reazioni, si apre l’anello e si forma il
composto nale che è una metabolita attivo.

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 Negli USA è inserito il Black box warning nel
foglietto illustrativo del clopidogrel per indicare
che determinati pazienti potrebbero non
metabolizzare il farmaco in maniera adeguata,
portando alla formazione di trombi con
conseguente infarto o attacco cardiaco.

Il prasugrel è simile al clopidogrel, ma l’anello è

già in uno stato di ossidazione. L’anello tiofenico
ha un gruppo acetossilico. Si ottiene il composto
nale che è la forma attiva grazie alla lipasi. Ha
un livello di attività più uniforme, quindi non è
necessario riportare un black box warning.

Lezione IX

FASE FARMACODINAMICA (interazione tra

due molecole)

I bersagli dei farmaci possono essere (e etto

biologico) :

• Proteine: enzimi, recettori, canali ionici, proteine di trasporto, proteine strutturali

• Acidi nucleici: DNA, RNA

• Altro: antiacidi, chelanti dei metalli pesanti, diuretici e purganti osmotici (non hanno un bersaglio
speci co all’interno dell’organismo)

Qualunque sia il bersaglio, le interazioni sono sempre le stesse. Si tralasciano i passaggi con cui il
farmaco è veicolato nel sito e ci si concentra sulla sua capacità di legarsi alla controparte
biologica assumendo dei comportamenti diversi.

La molecola tende a massimizzare le interazioni con il recettore (punto di interazione o sito). Il sito
ha una forma che dipende dal tipo di molecola che andrà ad agire. Se il farmaco non fosse una
piccola molecola organica, vi sarebbe una porzione sul target dove dovrebbe andare ad interagire
(crepaccio), ma sarà più un’interazione di contatto/super ciali, non un crepaccio come nel caso di
una piccola molecola (vedi gura) o di una proteina.

Nel momento in cui il farmaco si avvicina alla proteina si formano queste interazioni che vanno a
de nire la forza del legame. Sono interazioni regolate da un equilibrio. Il farmaco va ad interagire
con una certa forza che
dipende dalle interazioni
che riesce ad instaurare
con gli amminoacidi sulla
super cie. Questo
meccanismo all’equilibrio
può essere descritto da
un’equilibrio, ma
soprattutto si può andare a
de nire una costante di
equilibrio (Kd). Di erente
forza di interazione con il
target.

Quando un’interazione
non è regolata da una
costante di equilibrio si
ha un legame covalente,
perché stabile e
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 irreversibile. Progettando correttamente il farmaco si riesce a far sì che il farmaco si leghi ad un
determinato enzima o target. Si utilizzano di solito gruppi elettro li che attaccano aa.

Le penicilline si pongono all’interno del sito, ma si forma un legame irreversibile che rende
impossibile l’attacco di altre sostanze e scherma quindi il sito.

Le mostarde azotate (covalente) hanno due gruppi Cloro, uno dei quali si stacca e va a reagire
con una base azotata del DNA, dall’altra parte fa la stessa cosa con una seconda base azotata
del DNA. Si forma quindi un crosslinker all’interno del DNA stesso che viene poi riconosciuto
come danno al DNA da parte della cellula e quindi va in apoptosi. Il problema della mostarda
azotata e che non distingue un DNA di una cellula tumorale e di una cellula normale. L’unico
modo per poter evitare e etti collaterali sulle altre cellule era veicolare la mostarda nel sito della
cellula tumorale per evitare un e etto sistemico.

Ad oggi di farmaci con legami covalenti (cisterne e serine) ci sono:

• Antibiotici 33%

• Antitumorali 20%

• Disordini Gastro intestinali 15% (omeprazolo)

• Malattie SNC e cardiovascolari 15%

I legami ionici danno luogo a interazioni laddove ci sono cariche nette sia sul farmaco che sul
target (dipende dal pH) per mantenere le strutture secondarie, terziarie e quaternarie. L’interazione
ionica è estremamente forte ed è adirezionale, devono essere vicine, ma non importa in che
direzione. Questa interazione viene sfruttata nei farmaci.

Un legame più di uso è il legame idrogeno, uno dei parametri che si possono utilizzare per
descrivere le caratteristiche ottimali che dovrebbe avere una molecola per poter essere assunta
per os. Si forma tra un atomo di idrogeno legato a un ossigeno solitamente o azoto e poi va ad
interagire con un altro eteroatomo. Questo tipo di legame è direzionale e ha una distanza
massima entro la qual tesi può formare: questa interazione dipende dalla direzione dell’orbitale.

Il legame si accetta dai 180° no ai

135° gradi: se l’angolo fosse più acuto,
non importa la vicinanza, il legame
idrogeno non si andrebbe a formare.

A seconda dei gruppi funzionali

possiamo avere dei legami più o meno
forti, questo dipende dall’eteroatomo
come gruppi acidi negativi. Ci sono
anche legami H con altri gruppi come
tioli, alogeni, anelli aromatici o tripli
legami.

Nel caso dell’ammina terziaria è sicuramente un accettare legame molto forte, il legame peptidico
invece lo è meno.

Le interazioni dipolo/ione-dipolo si presentano quando sono presenti cariche parziali. Nel caso
dello Zaleplon interagisce con una parziale carica positiva presente sul carbonile.

Il legame dipolo-dipolo può essere rappresentato da un gruppo carbonile del legame peptidico
che è presente per ogni amminoacido sulla struttura.

Il trasferimento di carica è un legame debole che diventa signi cativo solo se riguarda ampie
super ci, come avviene nel caso di strutture policicliche piatte (anelli aromatici). Un esempio può
essere l’interazione π-π. Vi sono dei farmaci che sfruttano questo tipo di interazioni per andare ad
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 agire:

intercalanti del DNA. Come ad

esempio l’etidio bromuro che va a
bloccare la trascrizione ne del DNA.

Le interazioni π stacking possono

essere:

•Edge-face (i due sistemi aromatici

sono perpendicolari)

• O set stacked (due anelli paralleli ma leggermente sfasati)

• Face-face (anelli perfettamente sovrapposti)

Le cariche super ciali possono quindi essere perfettamente impilate o uno punta verso l’interno di
un altro anello aromatico: questo viene sfruttato da amminoacidi con catene laterali con sistemi
aromatici (triptofano, fenilalanina).

Vi è poi un quarto tipo di interazione che è un legame π

associato con una carica positiva (interazione
catione-π).

Un legame poco sfruttato è il legame alogeno,

riguarda alcuni atomi alogeni: iodio, bromo e cloro che
possono inglobare un accettare che può esser un
a t o m o d i a z o t o , o s s i g e n o o z o l f o , c re a n d o
un’interazione di tipo ionico per andare a migliorare
l’attività dei farmaci.

I farmaci e le proteine sono sempre solvatate, in base

alla loro capacità di attirare le molecole di acqua o no.

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 L’acqua viene spiazzata nelle regioni idrofobiche per lasciare che la molecola si leghi al substrato
proprio in quella regione, andando a formare un legame idrofobico. la forza del legame
idrofobico dipende dalla grandezza della molecola che si sta considerando.

Le interazioni di van der Waals sfruttato l’interazione super ciale o dette di London. Solitamente
non sfruttate nella fase di progettazione del farmaco.

Un’altra interazione non utilizzata per lo viluppo di un farmaco è la forza di coordinazione di un

metallo. I metalli sono presenti nell’organismo in alcune strutture. Ci sono farmaci che hanno
gruppi funzionali che sfruttano i siti del gruppo eme, per esempio. Il Fe ha 6 siti di coordinazione
ma rimane un unico sito di coordinazione che può essere utilizzati dal substrato oppure se si sta
sviluppando un inibitore.

Comprendere come i farmaci vanno ad interagire nel sito permette di capire come avviene
l’interazione tra farmaco e controparte biologica e permette di andare a disegnare nuove molecole
che andranno ad interagire all’interno del sito.

Per esempio, la mor na di tutta la struttura è importante solo la struttura azzurra (gruppi
farmacoforici), gli altri gruppi regolano veramente poco, quindi sono parti che si possono andare a
modi care la sue capacità.

LEZIONE X (stereochimica)

Il farmaco e il substrato possono essere de niti

“chiave serratura”: ci deve essere una
complementarietà tra le forme, in caso contrario
di cilmente il farmaco potrà attaccarsi. Le forze dei
legami direzionano la forza di interazione.

La forma di una molecola è determinata dalla

stereochimica.

La muscarina e la nicotina sono riconosciuti

unicamente o dai propri recettori: muscarinici e
nicotinici; l’acetilcolina (più essibile come struttura)
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 può essere riconosciuta da entrambi i recettori.

Le con gurazioni possono essere o sfalsate o eclissate sul legame carbonio-carbonio a seconda
dell’angolo di rotazione che andranno a mimare o la muscarina o la nicotina.

Il modo per non permettere una rotazione è quello dei inserire un doppio legame: si va a bloccare
la struttura. Questo può essere fatto sull’acetilcolina, ma si vanno a formare dei composti instabili.
Così hanno deciso di introdurre un ciclo
esano per irrigidire la struttura ma sono
ancora instabili. Si è visto che il composto
che mostra un minimo di attività
muscarinica è rappresentata da un
composto con due anelli di cicloesano,
ma ciò crea un ingombro sterico tale da
rendere la molecola non riconoscibile dal
recettore quindi lavora poco.

Si può inserire un ciclopropano con

angolo di 145 gradi, anello più piccolo, si
va a formare un composto muscarinico.
In questo modo abbiamo raggiunto la

selettività.

Le chinasi legano tutte l’ATP (molecola molto

essibile) perché devono prendere un P per
fosforilare. Non si può creare un inibitore
essibile quanto l’ATP stesso perché non
sarebbe più selettivo. Quindi, creare composti
rigidi è una strategia per bloccare una
conformazione che sia poi attiva su unico
target.

Un’altra strategia per inserire composti rigidi è

l’inserimento del doppio legame. La
cloropromazina ha una catena essibile con
azoto metilatoche può avere più orientamenti.
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Se si sostituisce l’azoto e si inserisce un doppio legame si può creare un analogo Z e un analogo
E, ma andando ad analizzare l’attività si vede che solo Z mantiene l’attività biologica.

I composti con centri stereogenici non sono solo importanti per l’attività biologica, ma per il
metabolismo perchè una struttura verrà metabolizzata più in fretta rispetto all’altra.

• Stereoisomeri: isomeri che di eriscono

per l’orientazione degli atomi nello
spazio.

• Molecola chirale: esiste sotto forma di

due enantiomeri e presenta attività ottica

• Enantiomeri: coppie di stereoisomeria

caratterizzati dal fatto di essere immagini
speculari non sovrapponibili (non hanno
la stessa attività biologica):

- Identiche proprietà chimico- siche

- Rotazione del piano di luce polarizzata

in senso opposto

• Centro sterogenico: Van’t Ho e Le Bell lo identi cano come un atomo di carbonio con 4
sostituenti di erenti. Questo non si applica solo al carbonio, ma anche all’azoto per esempio,
silicio, fosforo.

Rotazione del piano di luce polarizzata: (deve essere sperimentato)

• Destro (d): rotazione in senso orario

• Levo (l): rotazione in senso antiorario

Rapportare R-S (si riferisce alla priorità dei composti nel centro stereogenico) con d-l non lo si
può sapere a priori, ma bisogna andare a fare misura sperimentale.

La chiralità non è dovuta solo alla presenza dei centri stereogenici: vi è un e etto che è chiamato
apotroisomeria che è dovuta all’a ollamento sterico dei sostituenti presenti.

Il metaqualone è composto da due strutture planari, ma che non sono planari tra di loro a causa
dell’ingombra sterico.

Molto spesso quando si ottiene un farmaco si ottiene una miscela di enantiomeri: racemo.

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 Nell’omeoprazolo la forma attiva è quella
di esomeprazole.

La chiralità è stata scoperta con i sali di

Tartrato di ammonio che in presenza di
una mu a le permettevano di crescere o
meno, in base a quale dei due sali era
presente.

Gli enantiomeri, sebbene caratterizzati

dal possedere identiche proprietà
chimico- siche, possono in alcuni casi
avere attività biologiche profondamente diverse. Ciò non è prevedibile, ma si ricava solo per via
sperimentale. Con la strutture cristalliate si può simulare in anticipo l’attività di queste molecole.

Modello a tre punti: quando si ha una struttura che almeno tre sostituenti di erenti, quindi una
struttura tetraedrica, se noi abbiamo il suo enantiomero non avremo mai la possibilità di
presentare lo stesso tipo di interazioni con una controparte biologica.

Il centro stereogenico può anche non interferire con il legame al recettore.

Nella natura gli atomi chirali sono assolutamente presenti: gli amminoacidi lo sono. Gli atomi
chirali possono essere/avere:

1. Un enantiomero attivo e l’altro inattivo

2. Un enantiomero attivo e l’altro meno attivo (es. pindololo)

3. Medesima attività/potenza (clorochina)

4. E etto sinergico (es. ibuprofene, naprossene), uno migliora l’attività dell’altro

5. Antagonismo (attività sullo stesso target, ma antagonista)

6. Di erente attività/target

7. Mostra e etti indesiderati/collaterali (es. talidomide, si scoprì che l’enantiomero S è

teratogeno)

Vi sono degli organi nel nostro organismo che si occupano di riconoscere le molecole che
vengono a contatto con il nostro organismo e ne riconoscono la loro chiralità dando sensazioni
diverse.

La quanti cazione degli enantiomeri nei farmaci è stata possibile inizialmente grazie alla regola di
Pfei er (1956) che dice che: più grande è la di erenza in termini di attività biologica tra i due
isomeri ottici, più grande è la potenza dell’isomero attivo.

Ma Ariens e Lehmann (1976) determinarono l’analisi eudismica:

• Eutomero, E: enantiomero più attivo

• Distomero, D: enantiomero meno attivo

EC50 E
Rapporto eudismico, ER: ER =

EC50 D

Indice eudismico, EI: EI = logER

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 In questo modo si può stabilire l’attività degli enantiomeri. Se il rapporto eudermico è basso
possiamo considerarli con la stessa attività biologica perché la di erenza è minima.

Nel caso della α-metilacetilcolina il rapporto eudismico è basso, quindi i due enantiomeri non
hanno rilevante attività biologica di erente. Mentre nel caso della β-metilacetilcolina il rapporto è
alto, quindi i due enantiomeri avranno diversa attività
biologica.

I diastereoisomeri si creano anche con la presenza di

doppi legami CC (E e Z).

Se sono presenti più centri stereogenici si può calcolare il

rapporto eudismico di tanti composti. →

Non è necessario avere un doppio legame C=C nei

diastereoisomeri, ma si possono avere: ossime, idrazoni,
diazocomposti (tutti con N).

Con racemizzazione intendiamo il processo per cui un

enantiomero va a formare un racemo: parte
dell’enantiomero S va a formare l’enantiomero R che può
avere un’attività diversa.

L’FDA nel 1992 ha deciso di cambiare il processo di accreditamento per la messa in commercio di
farmaci con centri chirali. Si mettono sempre di più in commercio enantiomeri puri (che non sono
mai puri al 100%).

Vantaggi dell’uso di farmaci enantiomericamente puri rispetto ai racemi:

• Incremento della selettività d’azione

• Incremento dell’indice terapeutico

• Pro lo farmacocinetico meno complesso

• Vantaggi da un punto di vista brevettuale

I metodi di ottenimento di enantiomeri puri è dato da:

1. Risoluzione ottica di racemati: avviene una complessazione con un’altra sostanza che
permette di separarli di solito chirale (resa del 50%)

2. Risoluzione cromatogra ca: vengono utilizzati per quanto riguarda il laboratorio chimico, non
in processo industriale. Si possono utilizzare fasi stazionarie chirali che riescono a trattenere in
maniera di erente sostanze chirali.

3. Risoluzione enzimatica: enzima che catalizza una reazione utile per generare un unico
prodotto chirale

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4. Si può partire da un reagente di partenza già chirale, con i centri stereogenici di interesse. Lo
svantaggio è che si produce uno solo dei due enantiomeri

5. Uso di catalizzatori chirali (stesso principio degli enzimi) ma dipende dalla reazione

6. Uso di ausiliari chirali (catene aggiuntive) per ottenere l’enantiomero di interesse e poi devono
essere rimosse, quindi questo è un po’ lo svantaggio perché deve essere poi puri cato

7. Fermentazione: grazie all’utilizzo di un microrganismo

PRESSURE TEST

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LEZIONE XI (target di tipo proteico)

Ci sono farmaci che non hanno un bersaglio unico e speci co come gli anestetici locali o i
chelanti e non sono considerati target terapeutici.

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 Le proteine sono una sequenza di amminoacidi: struttura primaria, poi hanno una struttura
secondaria e successivamente terziaria e quaternaria.

Le strutture secondarie sono organizzate in: α-

elica e β-foglietto.

Le catene laterali sono molti importanti per

l’interazione con la tasca di legame.

Gli enzimi catalizzanti le reazioni. Sull’enzima

è presente una tasca che è il punto in cui si
andrà a legare il substrato. Non viene
consumato durante la reazione. Solitamente il
sito attivo dell’enzima ha delle imboccature
ridotte che danno spazio a una cavità interna
dove avviene la reazione di interesse. Non è
detto che la forma della tasca sia quella del
substrato: durante la reazione non
visualizziamo l’acqua e la proteina è sempre in
movimento, per questo la forma della tasca
non è costante nel tempo, quello che vediamo noi è solo una “fotogra a” di quello che sta
succedendo.

A volte gli enzimi, oltre a dover lavorare sul substrato, hanno la necessità di utilizzare dei cofattori
(coenzimi): il sito del cofattore può essere vicino o lontano dal substrato. Il cofattore non è però
necessariamente presente.

Gli enzimi sono catalogati in famiglie e quindi su quale tipo di reazione va ad agire.

Tutte le reazioni catalizzate da un enzima sono

all’equilibrio. Il legame enzima substrato è
de nito “Lock and Key model”.

In realtà il modello chiave-serratura è molto

sempli cato, perché le proteine sono in
continuo movimento, perciò la forma della
tasca nel momento il cui il substrato non è
legato, non sia la forma nella quale si lega il
substrato. Non è quasi mai un legame
covalente.

La tasca si adatta al substrato. Il modello è quello dell’adattamento indotto (induce t model):

questa è la situazione reale.

L’attività di un enzima può essere regolata anche con molecole che non si legano nel sito del
substrato: sito allosterico. La modi cazione può essere permanente. L’induzione del

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 cambiamento conformazione parte dal sito allosterico per
raggiungere il sito catalitico (fosforilazione).

Gli enzimi a volte producono dei feed back e quindi bisogna

tener conto di questo aspetto.

Gli enzimi che consideriamo non esistono sempre nella

struttura che vogliamo andare a colpire: a volte le proteine
presenti nella cellula non sono ancora nella forma che stiamo
studiando, perché quella è la forma nale.

La cinetica enzimatica può esser sempli cata in un’unica reazione all’equilibrio che vede il legame
col substrato e poi il suo successivo allontanamento. La reazione di dissociazione si può
considerare come una reazione non all’equilibrio. La conformazione della tasca dell’enzima è
maggiormente a ne con il substrato.

L’equazione di Michaelis-Menten permette

di rappresentare gra camente il rapporto
tra la velocità e la costante della reazione
catalizzata dall’enzima rispetto alla
concentrazione del substrato. Il plateu alla

velocità massima dell’enzima.

In passato era molto più semplice convertire il

tutto in una retta, tramite l’equazione di
Lineweaver-Burk.

I substrati possono essere multipli, quindi si parla di complessi ternari. La reazione parte sia un
solo substrato per poi proseguire sul secondo. Possono legarsi entrambi oppure a step.

Inibitori reversibili competitivi

Sono inibitori che si vanno a legare nella stessa tasca del substrato, così facendo l’enzima non
sarà disponibile a lavorare sul substrato perché non si può legare. L’inibitore potrà poi essere
spiazzato e l’enzima potrà andare a produrre il prodotto. Si possono forzare gli equilibri in base
alle a nità. Quando aggiungiamo un inibitore modi chiamo l’a nità del substrato: andando ad
incrementare la concentrazione dell’inibitore, si cambia la velocità con cui l’enzima sarà in grado
di metabolizzare il substrato.

La fase più veloce di una reazione catalizzata enzimaticamente è quella che riguarda la
formazione dello stato di transizione in cui il substrato viene trasformato in un prodotto.

L’intermedio di reazione è instabile e quindi non si può utilizzare quella struttura come inibitore
della reazione. La strategia è quella di utilizzare una
molecola simile a quella dello stato di transizione.

L’imatinib, per esempio, compete per l’ATP. L’ATP si

va a legare con tre legami idrogeno, così come
l’imatinib.

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Inibitori non-competitivi

La tasca allosterica è nettamente distinta dalla tasca dove si va a legare il substrato e quindi non
c’è nessun e etto diretto tra l’inibitore e il substrato.

La formulazione di un’inibitore non-competitivo è di cile da creare perché non ci sono esempi su

cui basarsi, come nel caso dei competitivi.

Ci sono determinati siti che vengono de niti “criptici” perché magari non esistono, ma vengono
creati dal continuo movimento della proteina.

Inibitori incompetitivi

Condividono una parte del sito del substrato.

Inibitori irreversibili (legame covalente)

Spesso vengono creati quando si tratta di farmaci anti virali

o anti batterici, perché non si ha il timore che vadano ad
inibire irreversibilmente anche enzimi all’inter no
dell’organismo umano, perché sono farmaci fatti per inibire
un enzima batterico/virale e non umano. Un esempio è quello delle penicilline che non sono
reattive a priori. Si possono creare anche degli inibitori che non sono subito attivi ma solo dopo
che vengono tagliati o modi cati.

Le capacità di inibizione di un farmaco nei confronti

di un enzima sono studiate dalla costante di
inibizione (Ki) che regola l’equilibrio tra l’enzima
legato all’inibire e no. L’altro parametro che si può
considerare è l’IC50. Il suo valore è la concentrazione
dell’inibitore quando si è nel punto di esso della
curva.

Ci sono mutazioni che presenti negli enzimi possono produrre delle resistenze, per quanto
riguarda dei target di tipo batterico o virale.

Nei tumori gli enzimi hanno un’alta probabilità di mutazione, a causa dell’elevata velocità di
replicazione. L’imatinib, per esempio, perde la sua e cacia quando subentra una mutazione sulla
chinasi su cui dovrebbe andare ad agire. Anche gli antivirali per l’HIV attuano lo stesso processo.

LEZIONE XII (i recettori)

Nel caso dei recettori non viene catalizzata nessuna reazione endogena, ma il rigando (no
substrato) interagisce con il recettore
generando/modulando un segnale all’interno
della cellula.

Per la reazione riportata nell’immagine si può

andare a de nire una costante di attivazione.

Ci sono diversi tipi di recettori, il modo più

semplice per classi carli sono in base al loro
ligiando naturale: recettore GABA lega
naturalmente il GABA, per esempio. La
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 di erenza tra enzima e recettore è che il recettore
non va a fare nessun cambiamento su un substrato,
mentre nel caso dell’enzima abbiamo un prodotto
nale e possiamo sviluppare dei farmaci basandoci
sull’intermedio di reazione.

Il recettore dell’acetilcolina è formato da 5 subunità

con di erenti combinazioni, quando si lega
l’acetilcolina queste subunità si aprono, si forma un
poro e quindi il rettore è canale e permette lo

scambio sodio-potassio.

Questo tipo di recettore trasmette un

segnale veloce.

I recettori accoppiati alle proteine-G hanno

una trasmissione del segnale di tipo lento,
sono 7 domini transmembrana. I domini
transmembrana vanno ad interagire con un
ligando, nel momento in cui vi è l’interazione,
la proteina G che è costituita da 3 subunità
riesce a interagire con il GDP, si stacca dal
recettore e la proteina G va a separarsi nella
subunità α rispetto alle β e γ; a questo punto
α andrà a ricostituire la proteina G per
ritornare ad essere legata al recettore
transmembrana, mentre β e γ andranno ad
agire nella cellula per trasmettere un segnale e dare una risposta biologica.

La reazione per la formazione del cAMP è un esempio di utilizzo di proteine G.

I recettori tirosin-chinasici sono recettori

che quando si legano con un legame
esterno vanno a dimerizzare e soltanto la
formazione del dimero induce la
trasduzione del segnale.

I recettori nucleari si trovano nella cellula e

legano una molecola. Una volta legato il
ligando si trasferisce nel nucleo per
completare la trascrizione genica.

Agonista pieno

Un ligando che si comporta come agonista

pieno è un ligando che si lega al rettore e
induce una risposta che è pari al 100%
della risposta che potrebbe dare con il
ligiando endogeno.

La pendenza della curva può essere espressa in scala logaritmica, andando a de nire il punto di
esso (immagine sotto).

Agonista parziale

Non tutti i composti sono in grado di comportarsi come agonisti totali, ci sono dei ligandi che non
sono in grado di attivare il recettore al 100%: parliamo di agonisti parziali. È parziale perché,
nonostante si aumenti la concentrazione, si arriva a plateau, ma è comunque un valore, per
esempio, dell’80%.

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 Si può de nire agonista parziale una sostanza che posta in
presenza di un recettore già attivo al 100%, l’agonista
parziale andrà a diminuire l’attivazione del recettore
stesso, perché andrà a competere per il sito di legame
abbassandolo.

Antagonista

Quando si somministra un antagonista a un recettore già

attivo al 100%, porterà il recettore allo 0%. Se lo si
somministra ad un recettore che non è attivato, rimane a
0%.

I composti antagonisti possono essere competitivi,

non-competitivi.

Antagonista competitivo

Possono competere per lo stesso sito; questo

dipende molto da recettore a recettore, certe volte
basta cambiare la lunghezza della molecola
all’interno dello stesso sito.

Riducono l’attività nel caso siano antagonisti

competitivi, ma in basse dose possono anche solo
andare a shiftare la curva di attivazione e il recettore
può funzionare.

Antagonista non-competitivo

Si ha l’abbassamento della curva rispetto al totale

(antagonista dell’istamina).

Agonista inverso

L’agonista inverso, rispetto all’antagonista fa

una cosa diversa.

Avviene quando siamo di fronte a un recettore

che aveva già un’attività basale. Questo
recettore può essere attivato al 100% con il
proprio ligando naturale, se invece è posto in
presenza di un agonista inverso, questo porta a
0 l’attività del recettore stesso. Antagonista se
c’è un’attività basale mantiene l’attività basale.

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 Teoria dell’occupazione

Clark (1930) sosteneva che l’intensità dell’e etto biologico dipende direttamente dal numero di
recettori occupati dal ligando. Poi Ariens (1954) ha de nito che l’interazione legando-recettore
avviene. In due stadi:

1. Formazione del complesso farmaco-recettore: a nità (Kd)

2. Iniziazione dell’e etto biologico: attività intrinseca (0-1)→nel caso di un agonista pieno avremo
il massimo che è 1, quando avremo un agonista parziale sarà inferiore, con un antagonista
pari a 0.

La teoria di Stefenson (1956) era importante valutare l’e cacia, quindi non soltanto la possibilità
di legame, ma se una volta legato avrebbe dato un risultato. Introduce i recetti di riserva.

• Agonista pieno: ha un’alta e cacia, ovvero occupa un basso numero di recettori per dare
l’e etto massimo.

• Antagonista: e cacia nulla.

• Agonista parziale: ha bassa e cacia, ovvero pur occupando tutti i recettori disponibili non
provoca l’e etto massimo.

La teoria dell’induced t di Koshland è un’evoluzione del concetto chiave-serratura. Ovviamente il

cambio conformazionale può non essere lo stesso.

Esistono recettori costitutivamente attivi, che hanno un’attività intrinseca anche in assenza del
ligando. Esistono un equilibrio tra conformazione attiva e inattiva (teoria dei due stadi). Agonista
pieno sposta l’equilibrio e si lega alla
forma attiva del recettore.
L’antagonista non sposta l’equilibrio,
si lega ma non cambia il rapporto far
lo stadio attivi e quello inattivo,
l’agonista parziale cercherà di
spostare l’equilibrio ma non lo
sposta completamente, l’agonista
inverso va a spostare
completamente verso la forma
inattiva e annulla l’attività basale.

Secondo Paton (1961) l’e etto

biologico è determinato dalla velocità
con cui il ligando si associa e si
dissocia dal recettore. Diversi ligandi
danno velocità diverse a parità di
recettore.

“Recettori di riserva” servono se i

recettori disponibili vengono
degradati.

•Agonista pieno: velocità molto alta.

• Agonista parziale: velocità intermedia.

• Antagonista: velocità bassa.

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 Il concetto di residence time (2006) (tempo di permanenza) privilegia lo studio su quanto permane
un ligando all’interno del sito di legame del recettore. Non è importante sapere che è a ne al sito,
ma per quanto il ligando lo occupa. Anche se è meno a ne può essere più e cace perché
rimane più tempo nel sito del recettore.

Lezione XIII (gli oligonucleotidi)

Gli acidi nucleici, DNA e RNA, sono formati da subunità di erenti.

I nucleosidi, zucchero e base azotata, sono 5 e sono di origine naturale, ma esistono anche degli
analoghi perché una delle strategie per bloccare la replicazione cellulare è quella di andare a
sviluppare delle molecole che vadano a mimare queste strutture. Queste strutture mancano, per
esempio, di catene che avrebbero permesso il funzionamento.

I nucleotidi sono rappresentati generalmente in forma deprotonata. A pH siologico ci saranno

sempre le cariche espresse, quindi la forma è sempre carica quando va a costituire la struttura di
DNA e RNA, questo è importante perché le strutture che andranno ad agire nei solchi del DNA
dovranno mimare le caratteristiche sia polari, dovute alla presenza del fosfato, sia apolari, dovute
alla presenza delle basi azotate.

Il DNA viene ad essere costituito quando si vanno a legare tra di loro più nucleotidi. La struttura
del DNA è un’alfa elica non perfettamente simmetrica: si ha un solco maggiore e un solco minore.

Questa di erenza tra solchi è importante

perché un modo per inibire la trascrizione del
DNA è quello di intercalare delle molecole in
uno dei solchi, a seconda di quale sia il solco
che si vuole colpire.

Esistono delle altre strutture del DNA, ovvero

può esistere una forma di A-DNA che è molto
più compatta, la Z-DNA in cui la struttura è più
travagliata.

Si possono andare a colpire dei bersagli per

bloccare la produzione delle proteine; nelle
lezioni precedenti abbiamo parlato di
bloccaggio di proteine già prodotte, qui ci si
riferisce a un processo a monte.

Per andare a produrre la proteina abbiamo bisogno del tRNA, che visivamente non ha una
struttura a trifoglio.

Si può andare a bloccare la produzione di

una proteina andando ad usare un siRNA
o un miRNA: dato un mRNA che deve
codi care, si va semplicemente ad
identi care una sequenza che si andrà ad
appaiare a questo RNA messaggero e ciò
impedirà che venga letto. In questo modo
non si va a modi care il patrimonio
genetico, ma si va a silenziare la
produzione di una proteina. Questo è
molto utile se si sta studiando una
patologia a livello di un modello animale:
così si veri ca che la proteina in usare si
un buon target e che sia proprio quella la
proteina di interesse.

Esistono dei farmaci che si basano su

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 questo principio che sono sequenze di nucleotidi che vanno a riconoscere una sequenza
speci ca di RNA, mentre ci sono delle altre strutture in cui si va ad inserire un nucleotide che è
modi cato.

Il DNA e l’RNA sono molecole acide (gruppi funzionali carichi), si può sfruttare questa
caratteristica per creare molecole che vadano ad interagire con le cariche dei gruppi fosfato
carichi negativamente.

La neomicina B e la canamicina A (solco minore) grazie alla semplice interazione ionica possono
andarsi a legare al DNA e una volta legati disturbano la lettura del DNA stesso per poi ottenerne
la replicazione.

Le interazioni si possono avere con il gruppo fosfato o si possono avere anche delle interazioni di
tipo legame idrogeno se queste strutture riescono a posizionarsi nel DNA e sostituire nelle
interazioni le basi azotate del DNA stesso.

Vi sono invece delle sottane che si legano al DNA e si legano al solco minore tramite un
meccanismo ionico.

L’eritromicina ha delle cariche positive, ma delle strutture molto più grandi che possono andarsi
ad incastrare, sempre per complementarietà di carica, ma nel solco maggiore.

Con queste molecole non si va a

bersagliare un punto speci co,
ma si ha un tipo di interazione che
dipende principalmente dalla
complementarietà di carica e
quindi andranno a legarsi in
maniera aspeci ca sul DNA, lo
scopo è di impedire che la cellula
possa continuare a replicarsi.

Queste molecole sono degli

intercalanti del DNA, sfruttano la
carica per andarsi ad avvicinare al
DNA e il resto della struttura della
molecola va ad inserirsi come un
cuneo tra gli strati delle basi
azotate del DNA stesso. Non

sono speci che.

L’actinomicina nel momento in cui si

intercala alle basi azotate, va a
stortare l’intera struttura. quindi,
questo DNA non potrà più essere
eletto come un DNA normale.

Vi sono delle altre sostanze, tipo le mostarde azotate (si

riconoscono visivamente perché hanno due atomi di cloro
che sono legati a due atomi di carbonio e una molecola di
azoto), che interagiscono con il DNA, ma con un legame
covalente. Le due porzioni di cloro vanno a legarsi con due
diversi livelli del DNA, quindi due strati delle basi azotate del
DNA, in questo modo si andrà a creare una struttura “
disturbata”.

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 Ci sono altre molecole, come
il cisplatino, che fa la stessa
cosa; questo composto va
legarsi con due basi azotate
in maniera irreversibile, il
DNA risulta esser illeggibile
anche in questo caso e
manda il segnale di apoctosi
alla cellula.

Un altro esempio è
rappresentato dalla
adozelesina e dalla
netropsina che hanno
strutture aromatiche che si
possano intercalare tra le
basi azotate e bloccare il
DNA stesso.

Per quanto riguarda i meccanismi con cui si può andare a bloccare la replicazione virale, si parla
di virus HIV e si hanno dei farmaci che assomigliano alle basi azotate, ma non corrispondono alle
strutture che il virus andrebbe ad utilizzare.

Esistono degli antivirali che non vanno ad agire su DNA o RNA, ma agiscono su substrati proteici
e quindi le strutture sono completamente diverse. Altre volte viene lasciata intatta la struttura della
base azotata e viene ricostruita tutta la base relativa dello zucchero, ma comunque manca la
struttura che potrebbe essre inglobata nel DNA.

Con antimetabolita si va ad intendere quella sostanza che è molto simile ad un substrato e si

può considerare la maggior parte dei farmaci appartenenti a questa categoria, ma in realtà questo
questo termine va a riferirsi agli acidi nucleici, in cui si identi cano delle sostanze che
assomigliano alla struttura di un acido nucleico e quindi vengono utilizzate per andarne ad inibire
la sintesi.

Noi possiamo bersagliare l

produzione degli acidi nucleici, in
maniera indiretta, andando ad agire
sugli enzimi che catalizzano le
reazioni di formazione delle basi
azotate.

Si può anche impedire la divisione

cellulare o il blocco della
progressione cellulare, oppure
l’apotosi, colpendo la tubulina,
proteina coinvolta nella produzione
cellulare. La tubulina è una proteina
che va a formare dei lamenti, che a loro volta vanno a formare dei microtubuli: queste strutture
sono importanti perché danno la forma alla proteina stessa. I microtubuli sono utili soprattutto per
formare il fuso mitotico e far separare i cromosomi durante la mitosi. Il microtubuli viene
continuamente assemblato ad un estremità e disassemblato all’altra. A seconda di quale di
queste strutture va ad interagire (rappresentate nell’immagine riportata) si possono avere due
e etti di erenti:

• Stabilizzazione del fuso mitotico: il microtubuli non va più a disassemblarsi (tassuolo)

• Destabilizzazione del fuso mitotico perché si inseriscono al suo interno

Queste molecole vengon usate come antitumorali perché le cellule sono molto attive nella
proliferazione cellulare (meccanismo indiretto).

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Lezione XIV (storia della scoperta dei farmaci)

PS: molto discorsivo e credo abbastanza inutile

Si è partiti da estratti naturali, piante medicinali soprattuto in Cina tramandati per esperienza da
generazione a generazione. In India si usa soprattuto la curcuma (curcumina), si usa come
inibitore delle aldeidi deidrogenasi. In Medio Oriente si conosce l’e etto bene co del vino e
dell’alcool (molecola di acido tartarico) non usato speci catamente per una particolare malattia.

Lo studio della medicina ha promosso il processo di drug discovery nell’Antica Grecia con
Ippocrate.

Nell’800 si inizia ad utilizzare l’oppio che contiene la mor na e alcuni suoi derivati come la
codeina e l’eroina e hanno un’emivita più lunga. Ognuno poteva mettere in commercio un
farmaco e il concetto di e cacia non era ancora considerato. Un’altra molecola utilizzata come
antimalarico soprattutto in Sud America è la chinina e se si invertono i suoi due centri stereogenici
non ha più un utilizzo malarico ma come debole antiaritmico. La ca eina (basata sulla struttura
della purina) veniva utilizzata come diuretico ed è la stessa identica molecola delle teina. Altra
molecola conosciuta è la nicotina, presente nel tabacco ed è uno stimolante che dà dipendenza.

James Lind nel 1630 è il primo medico che ha fatto uno studio clinico per cercare di curare lo
scorbuto. Dopo alcune settimane ha scoperto che i marinai che consumavano vitamina C (acido
ascorbico) non sviluppavano questa malattia.

Esistevano anche dei medicamenti di origine inorganica che provenivano da minerali come sali di
ferro e zinco (ossido di ferro per curare l’anemia). Il solfato di zinco come supplemento alla dieta
per carenza di zinco assorbito. Altre sostanze sono dei derivati a base di arsenico (di per se
tossico) usati come antibatterici o antivirali (anfetamina o composto 606). Paul Herlich invece è il
padre del processo di drug discovery che con Domagk iniziò a lavorare sui sulfamidici.

l’FDA nasce nel 1930 circa per dare una regolamentazione ai farmaci. La causa è stata il
sulfanilammide che era tossico ma veniva utilizzato.

Il caso Talidomide è diventato famoso in quanto era utilizzato come sedativo ma era teratogeno e
venne bloccato dell’FDA. La talidomide riusciva a racemizzare in vivo dando origine alla forma S
che è teratogena. Oggi viene utilizzata per la cura di alcuni tumori. In Italia come agenzia del
farmaco abbiamo l’AIFA e l’EMA a livello europeo. Importante è anche l’ente regolatore del
Giappone.

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 Lezione XV (moderno processo di scoperta dei farmaci)

Il processo moderno di drug discovery è la progettazione razionale di un farmaco, non è una

scoperta casuale.

Nel 20esimo secolo, le tecniche e gli approcci che sono stati usati prevedevano di partire dai
composti naturali, da cui venivano isolati i principi attivi, che erano poi testati in animali. Si
creavano, in ne, le forme farmaceutiche e queste venivano testate sull’uomo. 

Successivamente, nei tempi più recenti, si è introdotta la genomica (come sono espresse le
proteine, le cascate del segnale), la proteomica, il computer aided drug design, la chimica
combinatoriale (sintetizzare in poco tempo migliaia di composti dalla combinazione di diversi
composti ma questo non garantisce che tra questi vi sia qualcosa che abbia un’utilità per il target)
e l’high-throughput screening (test automatizzato dei composti ovvero uno screening), tecniche
con l’utilizzo di computer (posso veri carne la tridimensionalità e possiamo progettare atomo per
atomo le molecole sfruttando la proteine come se fosse una stampo su cui costruire la molecola-
de novo drug design, il limite è però la fattibilità sintetica dello sviluppo delle molecole).

Sviluppare farmaci per malattie largamente di use creano un grande introito di denaro
(Blockbuster) che poi possono essere reinvestiti nella ricerca.

Come allestire un processo di drug discovery:


1) Primo passaggio—> scegliere la malattia per la quale non esiste ancora cura.

Si valuteranno gli aspetti medici (basi della malattia, target) e quelli economici (rendita e tempo)
—> si parla di “malattie neglette”, ovvero quelle patologie che non interessano alle industrie
farmaceutiche perché il numero di malati non è rilevante per il loro business (100000-200000
persone nel mondo). Non sono malattie per le quali le industrie non potrebbero trovare una cura,
bensì i numeri di malati non permetterebbero mai con le vendite di equiparare i soldi spesi per
sviluppare il farmaco. Queste sono le malattie che lasciano spazio alle università o ai gruppi di
ricerca. Oppure le orfan drug avvero molecole di cui non si conosce ancora il loro possibile
utilizzo. Ci sono dei siti che vanno a raccogliere tutte queste informazioni.

Blockbuster nell’industria farmaceutica è quel composto che rende almeno 1.000.000 di euro
all’anno, usati poi per nanziare gli sviluppi di altre molecole. Spesso quando le aziende
farmaceutiche falliscono è proprio perché è esaurito il fondo del loro blockbuster. L’università, al
contrario, non riuscirà mai a fare un blockbuster.

Prima di tutto viene individuato un farmaco che cura una determinata malattia come il re usso
gastrico e la prima molecola che è stata sviluppata (cimetidina) che prende spunto dal substrato
naturale e mima quel composto. Un’altra strategia è copiare dal competitor e si de nisco farmaci
“me too” perché come il primo vanno ad agire sullo stesso target ma non devono ricadere nel
brevetto della prima. I farmaci “me too” possono essere scoperti da un competitor oppure dalla
stessa industria farmaceutica alla scadenza del brevetto. Importante non è solo capire il target ma
anche la cascata del segnale che sta alla base di quel processo siologico per cercare un target
più speci co o evadere dal brevetto.

2) Secondo passaggio—> scelta del bersaglio (target).


In passato, trovato il composto, si ricercava il bersaglio; ora si fa il contrario: si studia la malattia,
si identi cano la/le proteine coinvolte
nello sviluppo della patologia e a quel
punto si va a trovare una molecola
capace di agire su quel bersaglio
(ACE inibitori).



Si parla di “Recettore orfano”:
recettore su cui non si sa che cosa
vada ad agire. Signi ca che è un
campo di ricerca libero; magari si sa
in che cosa è coinvolto, ma non si sa
se ci sono molecole che vanno ad
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 interagire con esso.

Una volta ssato il target, bisogna avere la certezza che quella proteina non abbia funzioni troppo
generali (il bersaglio dev’essere selettivo e speci co per la patologia di interesse). Al pari,
anche la nostra molecola, sarà selettiva verso quel target, in modo che vada ad agire SOLO su
questo e non su specie a lui simili. Esempio: chinasi, tantissime di numero (512 totali,
rappresentate nell’albero KINOVA, dove i rami vicini rappresentano chinasi molto simili tra loro per
la sequenza genica) ma con simile funzioni (fosforilazione): si progettano inibitori delle chinasi che
si posizionano nel sito dell’ATP, ma che siano comunque speci ci per quel sito e selettivi, perché
vadano a colpire una precisa chinasi e non tutte le altre.

Altro problema: non è detto che la proteina sia speci ca per un unico tessuto/organo, potrebbe
essere ubiquitaria, ma a noi interessa colpirla solo in un dato distretto. Quindi dovremo tener
conto, in questa fase, anche di questo aspetto.

Non sempre, però, la selettività è vincolante. Essere troppo selettivi e bloccare solo una data
proteina potrebbe causare l’attivazione di un’altra via di trasduzione del segnale (che prima era
stata trascurata), che potrebbe essere altrettanto dannosa, e quindi compensa gli e etti della
nostra molecola terapeutica. Ciò dipende dal continuo processo di evoluzione e di adattamento
del nostro organismo. Ad esempio nel caso degli ACE inibitori e dei farmaci per l’ipertensione, si
può agire su più fasi delle cascata del segnale che hanno tutti come ne quello di abbassare la
pressione sanguigna. Negli anni sono stati sviluppati diversi inibitori con target diversi ne ad
arrivare a quelli con minori e etti collaterali oppure per eludere brevetti precedenti. Lasortan e
Valsartan sono mimetici dell’angiotensina II derivano dei primi esempi di sviluppo dei farmaci
utilizzando il computer. L’Aliskiren è stato sviluppato direttamente conoscendo la struttura del
recettore stesso ovvero un piccolo peptide e quindi non partendo dal substrato naturale. Se
dobbiamo lavorare su una cascata del segnale l’indicazione solitamente è quella di andare ad
agire più a valle possibile sempre se si hanno tutte le informazioni a riguardo.


3) Terzo passaggio scegliere il test biologico, che può essere in vitro (test sviluppati a livello di
laboratorio, non automatizzati
perché c’è un operatore), con
colture cellulari o in vivo, oppure
e s i s t o n o g l i h i g h - t h ro u g h p u t
screening che sono in vitro ma
sono automatizzati tentando più
molecola sullo stesso saggio.



In vitro (su una cellula): usati per enzima, recettore, cellule, tessuti, microsomi; classici i composti
che vanno ad agire su una proteina (si parla di inibizione enzimatica di quella proteina). Si
possono usare saggi di spiazzamento o test di radioattività: in tal caso si marca un substrato
particolare della proteina d’interesse, si misura la sua radioattività, si aggiunge il composto che
stiamo sperimentando e, se diminuisce la radioattività, vuol dire che il nostro composto è riuscito
a spiazzare/a competere per il sito dove il substrato naturale andava a legarsi. Quindi, per
di erenza di radioattività tra il test senza inibitore e quello con, si riesce a capire quant’è la forza
dell’inibizione del nostro composto ed in questo caso, si ha esattamente la conoscenza del
meccanismo d’azione di quel farmaco. Invece, quando si fa un saggio cellulare, non si va a
valutare se il farmaco sta agendo direttamente su quella proteina (questo deve essere già stato
veri cato prima), ma si valuta se il composto riesce ad attraversare anche la membrana, per
arrivare all’interno della cellula, e dare un e etto biologico sul bersaglio precedentemente
determinato.

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 In ne, quando poi si passa in vivo, si va a studiare se la molecola prescelta, con il sistema di
somministrazione utilizzato, è in grado di arrivare alla cellula che contiene la proteina target su cui
si vuole andare ad agire. Questi test non possono essere automatizzati.

Al contrario, i test in vitro (soprattutto quelli su enzimi o recettori) possono essere automatizzati e
per fare questo si ricorre all’high-throughtput screening. Tendenzialmente si tratta di test che
danno una uorescenza o una colorazione. Grazie a questa tecnologia, un gran numero di
composti sono testati su un gran numero di target: si eseguono 30-50 saggi biologici in una volta
sola per migliaia di composti di erenti. Utilizzato per fare un primo screen di tutte le molecole
possibili per poi sviluppare la vera molecola speci ca.

L’industria farmaceutica, tutti i composti che ha sviluppato nella sua storia, ce li ha memorizzati;
ogni volta che ha un target nuovo, una delle prime cose che fa, nel momento in cui a messo a
punto il saggio da usare, è prendere tutti i composti che ha già ottenuto e testarli con uno
screening. Quindi raggiungere il numero di 100.000 molecole della drug discovery non è così
di cile con queste metodiche.

Una volta trovate queste molecole per valutare la loro reale e cacia su usano i test preclinici (in
vivo) su animali per capirne la loro tossicità. Si può valutare anche il metabolismo, no a questo
momento nulla è stato ancora brevettato. Dopo il deposito del brevetto si passa al dialogo con gli
enti regolatori (tabella slide con i nomi) nel quale si decidono i vari aspetti della documentazione
che servono per l’approvazione del farmaco (il brevetto rimane segreto per i primi 6 mesi).

Finita la fase dei clinical traials si iniziano i veri traial clinici per valutare l’e cacia del trattamento
da portare in commercio.

Si dividono in di erenti fasi e coinvolgo soggetti diversi con una numerosità di erente. Sono svolti
sui soggetti umani.

La fase 1 serve per valutarne la tollerabilità nell’uomo e si iniziano raccogliere i dati di farmaco
cinetica per capire il dosaggio da utilizzare nei successi passaggi. Viene testato su 20-80 individui
volontari sani e dura 1-2- anni. Nel caso in cui il farmaco abbia un’alta tossicità (tumori) allora si
utilizzano pazienti malati. Per patologie rare non si possono applicare esattamente gli stessi
protocolli perché non ci sono su cienti pazienti nel mondo e quindi si utilizzano criteri di erenti.

Nella fase 2 il farmaco si studia su pazienti (100-200) per capirne l’e cacia, tollerabilità e rapporto
dose/e etto, durata 1-2 anni. Questa
fase spesso viene suddivisa in due
momenti (A e B) prima con un
numero ridotto di pazienti per capire
la dose e una seconda fase con più
pazienti con uno studio in singolo,
doppio, triplo cieco (e etto placebo).
Vi sono dei casi in cui non si lavora
con questa modalità perchè sono
casi in cui vi è un evidente e cacia
del trattamento, ovvero farmaci in cui
ci si rende conto di appartenere o un
determinato gruppo, quindi si
informa il paziente in modo da
renderlo cosciente dell’appartenenza
a un determinato gruppo e non
indurlo a lasciare l’esperimento.

La fase 3 si basa sull’acquisizione di

dati di e cacia e tollerabilità su un
mio campione (migliaia di pazienti). Si identi ca eventuali e etti collaterali che possono essere
signi cativi su un’ampia popolazione e dura circa 3-4 anni. Anche la fase 3 si può dividere in due
fasi (A e B) e si deposita il dossier completo all’ente regolatorio. Si possono continuare a
sviluppare clinical trial in parallelo.

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Una 4 fase avviene quando il farmaco è sul mercato per monitorare il farmaco dopo la messa in
commercio che non riguarda l’industria farmaceutica ma ospedali o mutua che raccolgono dati su
eventuali e etti collaterali.

Lezione XVI (la scoperta dell’hit)

Gli hit compound possono essere di origine naturale (piante o microrganismi) oppure sintetica
(chimico organico), in ne troviamo il mondo virtuale. Per ognuna di queste categoria vi è
problema di approvvigionamento.

Il CAS è un ente americano che si occupa dell’esistenza dei diverse composti organici e inorganici
che vengono così classi cati anche se non sono stati sintetizzati. 10 alla 60 è una stima di tutti i
composti chimici esistenti (spazio chimico).

Le strutture privilegiate sono delle zone di questo spazio chimico che hanno dimostrato di essere
più frequentemente presenti nelle strutture dei farmaci e sono 32 (sca olds) e questi sono solo
quelli scoperti n ora ma non è detto che siano tutti. L’idea di queste strutture privilegiate si è
evoluta nel tempo e si pensa che esistano queste strutture nei farmaci perché esistono delle
strutture conservate nelle proteine su cui queste molecole vanno ad agire. La competitività tra
industrie ha portato spesso a utilizzare sempre lo stesso sca old per sintetizzare più composti
(moda delle benzodiazepine).

Qualunque sia l’origine di questi composti,

secondo l’approccio classico, il chimico
facendo lezioni fa sintesi sequenziali per
arrivare al prodotto nale. Il limite è la
manualità dell’operatore stesso e quindi il numero di composti ottenuti. Per questo con la chimica
combinatoriale, usando lo stesso sca old o la stessa reazione e cambiando i reagenti, sembrava
si fosse risolto questo problema grazie alla screening di nuovi composti.

Nella chimica classica vale l’associazione: 1 chimico, 1 composto nell’n unità di tempo; ovvero un
chimico sintetizza dai 25 ai 50 composti all’anno, in maniera sequenziale (1 alla volta); caratterizza
ogni prodotto in base alle sue proprietà chimiche (IR, MASSA, NMR), ne valuta la purezza, ed
in ne esegue prove farmacologiche su ogni singolo composto. Non è però un processo veloce.

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Vi sono alcuni casi in cui gli screening non vengono fatti sui composti puri ovvero la tecnica mixer
split creando delle miscele con diversi composti che possono o meno avere attività. Il problema è
che può essere soggetto a falsi negati o a falsi positivo. È meglio ottenere dei falsi positivi, perché
i falsi negativi vanno buttati per sempre. I falsi positivi vengono studiati per capire l’origine
dell’errore o se sono determinate da alcune strutture nei composti chimici stessi (esempio il
farmaco dà luminescienza che invece non è data dal saggio) . I PAINS sono strutture presenti nei
composti che possono creare falsi positivi e a volte vengono eliminate a priori. Esistono degli
elenchi che contengono questi sottogruppi.

Le librerie di composti sono un valore aggiunto che possono essere acquistate o vendute, sono
una fonte di strutture disponibili e reali che ogni ditta crea in base alle proprie ricerche scienti che
e ai proprio prodotti creati. Si reperiscono così nuovo strutture senza spendere troppi soldi per
doverle sintetizzare.

Il fragment based è una tecnica che permette di sintetizzar nuovi composti prendendo in
considerazione solo dei piccoli frammenti (minori di 300 Dalton), andando ad esplorare le sotto
zone della tasca di binding e quella è la piccola molecola che meglio interagisce con questa
piccola porzione (ancoraggio) e da questa informazione possiamo costruire tutta la molecola
andando poi ad occupare tutte le tasche (incrementale). Un’altra possibilità è andare a vedere
quale sia il frammento migliore per ogni singola tasca e a quel punto viene poi disegnato il linker
che collega tutti questi frammenti.

Un limite è che nella molecola nale nale i vari frammenti linkati fra di loro si possono mettere in
posizione diversa rispetto ai singoli elementi. Alcuni esempi di farmaci ottenuti con questa tecnica
sono il Vemurafenib o il Venetoclax. Può essere usato anche per scremare diverse librerie di
frammenti.

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 Per ovviare questo limite, il chimico si è voluto con 2 strategie (def. Slide 36): sintesi in parallelo o
sintesi combinatoriale.

• sintesi in parallelo: il chimico mette a punto la sintesi; sa su quali reagenti quella sintesi
può funzionare, e lascia così il lavoro ad un sintetizzatore automatizzato che prende ogni
volta la stessa reazione.

• sintesi combinatoriale: se la nostra reazione prevede la sintesi di un acido e di

un’ammina, in modo automatico, si eseguono tutte le combinazioni che da questi si
possono formare. 

Oppure si usa lo screening per NMR: con questo possiamo analizzare la struttura delle
nostre molecole, possiamo mettere nel nostro campione anche la proteina target (in
soluzione) e possiamo fare uno screening dei composti che riescono ad interagire con quel
target. Quindi possiamo selezionare quali molecole sono attive sulla nostra proteina. 

Oppure possiamo fare uno screening virtuale, cioè fatto interamente al pc.

•Con il drug discovery si cerca in qualche modo

di navigare nello spazio chimico, nelle zone in
cui possiamo sperare di trovare più facilmente
molecole la cui attività biologica è di nostro
interesse. Da un punto di vista pratico non si
potrà mai analizzare tutto lo spazio chimico, ma
con un virtual screening si potrebbe usare tutto
lo spazio chimico.

Lezione XVII (la selezione del lead)

Virtual screening (VS) (con composti che sicamente non abbiamo): viene sempre
rappresentato con uno schema ad imbuto: si parte da un database, che è una porzione ridotta
del vero spazio chimico, seguono una serie di ltri successivi, no ad arrivare al numero di
molecole che possiamo maneggiare (molecole sintetizzate, comprate, estratte, ecc...). serve
per selezionare solo le molecole che ci interessano utilizzando dei ltri ovvero in base alla
caratteristiche della molecola o del target. All’inizio i ltri sono poco dispendiosi ovvero basati
sulle caratteristiche della molecola, quelli più dispendiosi vengono utilizzati come ultimo step.
L’ultimo passaggio è un’ispezione visiva (un operatore che controlla il lavoro del computer).

Il ltro principale che ci permette di simulare le interazione

tra molecola e target è il docking site (ormeggiare), come
si va a posizione una molecola all’interno di un sito, come
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le due molecole interagiscono e l’energia di questa interazione. L’acqua non è visibile all’interno
della simulazione per sempli care le cose perché è implicita, è data per scontata. Il docking
simula solo la posa all’interno del sito e l’energia, non il movimento verso il sito di binding o il
tempo che impiega.

Per comprendere il docking abbiamo bisogno della

strutture 3D della proteina (data bank) e del
ligiando. Il docking molecolare si divide in tre step
principali: ovvero si individua il sito di legame, poi si
campiona lo spazio conformazionale ovvero fra
tutte le conformazioni che il ligiando in teoria può
assumere quale è la probabile e in ne quanti care
con un valore energetico questa interazione.

Il primo punto da capire è dove è il sito di legame, di tutte le tasche sulla super cie (sintesi locale)
quale è la porzione che ci interessa . La forma delle proteine è irregolare e quindi se la proteina è
cristallizzata con il substrato naturale presente all’interno del sito di binding allora possiamo
vedere il sito togliendo il substrato naturale e simuleremo il docking. Altra strategia è che se noi
conosciamo dalla letteratura quali sono gli aa coinvolti in quel sito, visualizziamo la strutture e in
quale tasca si trova il sito di interesse. Se la struttura invece è completamente nuova possiamo
valutare tutte le tasche presenti con dei PROBE che si posizionano nelle tasche e se la tasca
quindi si può legare al farmaco. Ci sono tasche che legano le molecole organiche che sono strette
(crepacci) e quelle che legano proteine che sono super ci di contatto.

Il box identi ca è quindi l’unica zona che verrà considerata.

I cristalli sono una rappresentazione istantanea di una conformazione della nostra proteine e le
proteine sono in un ambiente acquoso e in costante movimento, questo signi ca che non è detto
che la conformazione che hanno in quel momento sia la conformazione che leghi il substrato, ma
potrebbe cambiare modi carsi dopo. E non è detto che se adesso è legata a quel substrato si
leghi solo a quello.

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 Dopo di che si simulano tutte le
possibili conformazioni di una molecola
ma ci interessa limitare il numero di
conformazioni dello spazio
conformazionale. Il ligiando è essibile
e la proteina rigida e in base a queste
caratteristiche si de nisce docking
rigido se entrambe le unità sono rigide,
poi il semi essibile dove rigida è la
proteina, il docking essibile dove
essibili sono entrambe ma non viene
mai fatto.

Il software quindi scegliere l’orientamento più adatto (posa). I sorfware si dividono in base a come
sono in grado di scegliere tra le varie conformazioni.

Autodock si basa sugli algoritmi genetici, ogni conformazione è descritta da un cromosoma e

mimando l’evoluzione le varie conformazioni evolvono e passano solo quelle più energeticamente
favorite per quel sito. Altri algoritmi sono basati su aspetti naturali come le formiche, le
conformazioni lascino degli ipotetici ferormoni e vengo scelte le conformazioni dove questi sono
più presenti.

Nei software che utilizzano conformazioni rigide dobbiamo calcolarci tutte le pre conformazioni
noi a priori e poi lui selezionerà la migliore (simile al semi essibile).

Altri software utilizzano un metodo incrementale ovvero tagliano la molecola in frammenti e di

quello più grande che è più rigido facciamo il docking e poi da questa struttura ci ricostruisco la
molecola iniziale aggiungendo i vari frammenti ottenendo l’intera molecola con la conformazione
migliore.

Ogni volta che ho una conformazione devo stimare l’energia di interazione (può avvenire in
contemporanea con la fase precedente) utilizzando delle equazioni e dipende dalle interazioni che
vengono considerate perché alcune non vengono considerate a priori per velocizzare il processo
(empiric scoring functions). Questi valori devo essere presi con cautela se si vogliono correlare
all’e ettiva energia di binding. Solitamente più è basso il valore più è forte l’interazione. Serve per
dare priorità alle conformazioni ma non necessariamente rappresenta l’attività reale del composto,
quindi ci indica gli Hit compound da provare non il farmaco vero e proprio. Dal virtual screening
possiamo trovare composti con meccanismi d’azione di erenti (agonista antagonista).

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Ogni risultato deve essere validato e vengono utilizzati dei datebase di prova ovvero prendono dei
ligandi che sono attivi e delle molecole che sono riportate non attive e li mettono a disposizione.
Se invece abbiamo dei composti attivi, li va a elaborare e genera 50 composto presi (con
caratteristiche intrinseche paragonabili al nostro composto) a caso che sono considerati inattivi. Il
software ci dà così una lista di composti ordinati dal più attivo a quello meno e quindi ci
aspettiamo nella top i composti attivi. L’idealità è la curva verde, più invece assomiglia a una retta
più il software sta funzionando male (curva ROC test con risposta binaria).

Una volta trovato l’Hit dobbiamo trovare il Lead e quindi valutare la farmaco dinamica e cinetica,
fare più saggi biologici e tenere presente le regole di Lipinski. A volte vengono utilizzate altre
regole dette lead like o fragment like come la parziale super cie carica e il numero di legami
ruotabili.

Lezione XVIII (la selezione del lead)

Serendipity ovvero scoprire farmaci in modo causale però da parte di persone competenti (es
penicillina). Possiamo progettare farmaci anche partendo da altri farmaci attraverso il SOSA
approac andando ad ottimizzare una caratteristica non desiderata o non voluta di un farmaco che
abbiamo a disposizione come un e etto collaterale o una scarsa selettività su un target speci co.

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Si parte quindi sempre da molecola

drug-like, non da zero. La brevettabilità
dipende da caso a caso e da quanto
sono rilevanti le modi cazioni che andremo ad implementare sperando di non arrivare alla
molecola corrispondente dal primo brevetto (esempio minaprina). Il Sildena l da antianginoso è
stato utilizzato nel trattamento della disfunzione rettile.

Dalla serendipity si arriva alla drug repositioning come per il covid ovvero farmaci usati per altre
malattie che possono essere impiegati anche in altro modo (abbatte i costi, è molto utilizzato e si
ha subito qualcosa da poter testare). Un esempio è la talidomide riposizionata contro l’eritema
della lebbra o come antitumorale.

L’alicondrina B, proveniente una spugna marina, ha dimostrato di avere attività antitumorali ma il

problema è l’approvigionamento. La sintesi dei composti naturali viene chiamato sintesi totale. La
sintesi formale invece signi ca che si fanno tutti i passaggi tranne l’ultimo perché l’ultima reazione
è dato per scontato che avverrà in quanto è una reazione molto di usa (è una formalità).

Esistono anche i farmaci MET TOO ovvero un farmaco che ha una struttura simile ma in parte
diversa sempre attiva su quel target (es Docetaxel), sviluppata sia da competitor che dalla stessa
industria farmaceutica.

L’ultima tecnica per scoprire nuovi composti non partendo da qualcosa di reale o di già scoperto
ma di progettare da zero una struttura è la “de novo drug design”, l’unico vincolo è la conoscenza
della struttura o un modello del target cristallizzato. È diverso dal fragment based che comprende
qualunque approccio che invece che considerare una molecola per intero si considera solo un
frammento sia nel mondo reale che non mondo virtuale (de novo drug design). I frammenti
vengono posizionati facendo un docking trovando prima un frammento principali e poi legando a
mano a mano gli altri oppure troviamo il ligando migliore per ogni tasca e poi andiamo a disegnare
il linker. Il problema è che sintetizzare la struttura disegnata al computer non sempre è possibile
perché nessuno l’ha mai vista, perciò si utilizzano dei programmi che suggeriscono linker che
hanno caratteristiche precise di sui si conoscono le reazioni.

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Un software famoso è LUDI.

Un interfaccia aptica è qualunque cosa che ci dà un feedback tattile (vibra). Sei usa per cercare di
posizionare la molecola all’interno del sito di legame.

Lezione XIX (ottimizzazione del lead)

Come si può modi care la struttura del farmaco per cercare di migliorarlo ulteriormente perciò
dobbiamo individuare i gruppi funzionali fondamentali del composto che vanno ad interagire con il
target è vengono chiamati punti farmacofori (non intendiamo un punto speci co o uno speci co
gruppo funzionale ma intendiamo le caratteristiche che quel gruppo funzionale deve possedere).
Questo ci permette di sostituire i gruppi funzionali grazie alla loro capacità di interazione e alle loro
interazioni (idrogeno, pi greco.)… Per identi care un farmacoforo si fa una sintesi di derivati,
ovvero una singola modi cazione della struttura e si vede se quella struttura migliora o meno il
composto oppure si può avere a disposizione già dei derivati e si identi cano le componenti che
sono conservati tra le varie molecole. Un esempio è la mor na con struttura complessa e
possiede come gruppi fondamentali un azoto e un anello aromatico con ossidrile (punti
fondamentali). Se noi confrontiamo le strutture di altri
derivati che hanno la stessa attività vi è lo stesso
identico motivo strutturale. Il vero farmacoforo
andrebbe trasformato in una struttura 3D per
individuarlo meglio con un insieme di sfere collegate
tra di loro di cui conosciamo la distanza (tre punti
collegati nello spazio).

Il modello farcomoforico può essere utilizzato anche per descrivere altri Hit e quindi per utilizzarlo
come virtual screening. Non sempre si riesce ad arrivare a un utile modello farmacoforico per
spiegare l’attività. Si possono portare avanti anche molecole meno attive ma più stabili o con
emivita maggiore. Ci sono due modi per individuare gli elementi farmacoforici: se abbiamo dei
cristalli possiamo studiare le interazioni legame tra amminoacidi e target altrimenti o si fa un
docking molecolare sempre se abbiamo la struttura cristallizzata. Il secondo approccio è quello di
testare una serie di analisi (chimico farmaceutico) e i composti si chiamano SAR (relazioni
struttura attività), ovvero ogni modi ca strutturale viene correlato al cambiamento nell’attività che
viene misurata. Prima si cerca di migliorare una porzione, poi si procede con un’altra porzione e
poi si uniscono i due composti così si ottimizzato i tempi. La somma delle soluzioni migliori dà il
composto migliore anche se non è sempre
detto perché questa alla ne può non
riadattarsi perfettamente al target anche se è il
composto più attivo in assoluto.

La cosa importante quando si considerano i

punti farmacoforici è comprendere le
interazioni che possono avvenire all’interno di
un sito e quindi catalogare e raccogliere in
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 gruppi per tipologia di interazione i vari gruppi funzionali. I gruppi funzionali che vengono utilizzati
sono gli alcoli e fenoli che permettono di valutare i legami H (la metilazione permette di schermare
i legami H, oppure anche il gruppo estere scherma ). Gli anelli aromatici interagiscono tramite pi
greco staking e quindi si può capire se questa interazione è pigreco oppure idrofobia andando a
sostituire con un cicloesano (si passa da una struttura planare a una a sedia o barca). In questo
modo manteniamo l’interazione idrofobia passando però da una struttura planare a una a sedia o
barca. Le intenzioni idrofobiche possono essere esplorate anche tramite doppi o tripli legami. Le
ammine spesso vengono utilizzate al posto dei gruppi ossidrili perché hanno un doppietto
elettronico (può essere considerato un centro stereogenico). Gli acidi carbossilici invece possono
essere deprotonati e i gruppi che posso mimare le sue interazioni sono esteri, alcol primario o
chetoni.

Un concetto importante è l’isosteria (Lougmir) ovvero la sostituzione di un atomo gruppo con un

altro atomo che ha delle proprietà che sono equivalenti quindi si creano molecole con stesso
numero di atomi, stesso numero di elettroni e stessa disposizione spaziale (le cariche all’inizio non
venivano considerate) (esempio CO2 e N2O). Grill postula la legge dello spostamento degli idruri
(stesso numero di elettroni ma anche diverso numero di atomi). Erlenmeyer elabora la teoria degli
esteri è importante sono l’equivalenza degli elettroni nello strato più esterno, non il loro numero
totale (silicio isostero del C). Hisimber elabora l’equivalenza anellare ovvero atomi che sostituiti
all’interno di un anello non causano grosse variazioni chimico siche. Esistono anche degli isosteri
non classici ovvero tutti quello che non rientra nelle precedenti teorie (sono indipendenti dal
numero degli elettroni).

Il concetto di isostetria è applicato in chimica farmaceutica originando la bioisosteria (sostituzioni

che migliorano o mantengono l’attività biologica) (1950 Friedmann). Anche in questo caso ci sono
bioisosteri non classici. (Vedi tabelle slide) La bioisosteria può essere piena o parziale quando si
opera su una struttura che è un agonista, quando esso viene modi ca ma rimane agonista è
piana, se diventa antagonista è parziale. Una sostituzione può dare bioisosteria su un composto
ma non necessariamente su un altro. I farmaci me too sono un esempio classico.

Le sostituzioni possono essere mono, bi, tri, tetravalente. Ci permettono di studiare le interazione
tra farci e recettore e capire i gruppi funzionali più importanti. Possiamo fare una sostituzione
anche per variare l‘azione del composto.

Un’isosteria classica che viene utilizzata è quella tra tra H e Fl o tra tri oruro e metile. È utilizzata
sugli anelli aromatici per impedirne il metabolismo. Il uoro in uenza anche l’elettronegatività ma
senza ingombro sferico oppure bloccare gli enzimi del metabolismo. Un’altra isosteria è quella tra
H e Cl per bloccare la posizione e impedirne il metabolismo oppure quella tra OH e NH2 che
accettano e donano legami H. Alcune sostituzioni possono intaccare alcuni equilibri come nel
caso della tautomeria. A volte la sostituzione può essere drammatica e si può passare dal
substrato a un inibitore. Altra sostituzione equivalente è quella tra Cl e CH3 per facilitare il
metabolismo mentre la sostituzione inversa invece blocca il metabolismo.

Le sostituzioni bivalenti coinvolgono gruppi che stanno ponte tra due strutture e questo vale sia
per i doppi legami o per due legami singoli. A seconda dell’elemento l’angolo di legame che si
andrà ad impostare varierà e quindi in uenza la geometri a dei composti e quindi non
necessariamente si mantiene l’attività oppure i composti si possono aprire e si metabolizzano in
maniera di erente.

Quelle trivalenti sono tra CH e N oppure tra C e N protonato quelle tetravalenti.

Vale sempre il concetto di equivalenza ad anello. L’estradiolo se sostituto in maniera non classica
riguarda l’apertura dei due due quattro anelli ma i composti hanno la stessa attività perchè gli OH
hanno la medesima distanza.

Lo statuizione può avvenire anche tra gruppi molto diversi come la metansolfonammide e OH
(entrambi acidi) se la tasca lo permette. Tra le isometria più utilizzate c’è quella con il tetragono
perché serve a sostituire il carbossile e sono entrambi planari, mantengono le stessa attività, ma
aggiunge lipotimia ed è più resistente.

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Gli isosteri del gruppo ammidico solitamente si formano invertendo l’ammide sul peptide così gli
enzimi non riconoscono più il gruppo funzionale e non lo scindono ma il peptide funzione nello
stesso modo.

Si possono ottenere degli isosterin dello stato di transizione sviluppando degli inibitori di proteasi
anti HIV o antiipertensivi.

Lezione XX (ottimizzazione del lead)

Vedere delle strategie per migliorare l’interazione con il sito di legame che sia conosciuta la
struttura del target oppure in base all’attività che andiamo a valutare per ogni singolo derivato che
andremo ad ottenere. Non è detto che dato un cristallo che interagisce con il suo sito il cristallo
abbiamo la conformazione ottimale per quel sito. Si può estendere la strutture del composto per
renderlo maggiormente complementare al target, così diventa sempre più speci ca e selettiva e
non si lega ad altro (come variare la
lunghezza di una catena alifatica per le
tasche idrofobiche). Serie omologhe
possono di erire per un solo CH2 e
quindi si allunga la catena arrivando a un
massimo di attività per poi decrescere,
posso possiamo anche trovare altri
andamenti.

Se la molecola è formata da doppi legami si de nisce virologia e non più omologia se invece è
formata da una serie di anelli (benzologia) possiamo andare a ridurre o aumentare il numero di
atomi degli anelli per fare il modo che si possa adatte meglio alla tasca e di trovare l’orientamento
migliore tra tutti gli aa e il sito di legame. Non necessariamente il cambiamento di un anello porta
a una maggiore attività, si possono cambiare anche i sostituenti. Possiamo anche aggiungere
anelli (anelli equivalenti) oppure fondere insieme alcuni gruppi funzionali per creare un anello
aggiuntivo.

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 Un’altra strategia usata con i composti naturali è quella di sempli care la struttura andando a
lasciare lo sca old minimo dotato di quella attività biologica che ci interessa (possiamo anche
eliminare la tossicità togliendo parti non utili).

Alcuni molecole hanno una bassa essibilità perché hanno una struttura molto simile a quella che
deve avere per legarsi all’interno del sito e quindi irrigidire la essibilità ci permette di migliorare
l’interazione in quel sito e anche evitare che un’altra conformazione si leghi a un altro sito non
speci co. Per irrigidire si utilizzano doppi legami, tripli o anelli aromatici in base alla forma della
tasca stessa. Si può irrigidire la molecole anche con gruppi funzionali come il legame peptidico
oppure si inserisco gruppi funzionali che facciano un legame H all’interno della stessa. A volte
posso essere aggiunti elementi che inducono un irrigidimento senza però eliminare l’elemento
essibile (due anelli aromatici) come ad esempio aggiungendo un metile che crea un ingombro
sterico e il legame non riesce più a ruotare.

Per incrementare l’attività di un composto si possono creare omodimeri o twin drug

(raddoppiamento molecolare) ovvero due molecole delle stesso farmaco legate da un linker ed è
utile perché il target può essere un omodimero. I due siti possono essere identici sulla stessa
struttura o su due proteine diverse legate. Se parliamo di eterodimeri si utilizza lo stesso concetto
ma con due farmaci di erenti (due strutture fuse di erenti), quindi composti ad ampio spettro.

Gli ibridi si creano perché in questo modo si incrementa la loro attività oppure non dobbiamo più
valutare due molecole ma consideriamo l’assorbimento di un’unica molecola. L’importante è
bilanciare l’attività dei due composti uno non deve essere più attivo dell’altro, ci deve essere un
equilibrio. Le pro drug vengono somministrate non nella forma con cui vanno ad agire ma
vengono modi cate dal metabolismo e si forma il vero composto (omodimeri ed eterodimeri non
hanno questo meccanismo), mutual pro drug sono molecole che legate non vanno ad agire sul
loro target ma una volta separate vanno ad agire ciascuna sul proprio target.

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 La sca old hopping va ad indicare quando si ha una una struttura base che viene sostituta con un
altro sca old e quindi si passa a una struttura completamente di erente togliendo lo sca old ma
le strutture esterne conservate rispecchiano il modello farmacoforico e le interazioni principali
all’interno del sito. Ad esempio se la molecola è troppo polare introduciamo dei gruppi apolari
oppure possiamo andare a mascherare quelli polari sempre non impediamo l’interazione con il
target. Si possono usare anche i bioisosteri che hanno una polarità di erente, se la molecola è
troppo lipo la si può aumentare la polarità o ridurre i gruppi alchilici/arilici.

Un’altra aspetto è la resistenza al metabolismo, possiamo aumentarlo, o bloccarlo schermano i

punti più facilmente aggregabili.

In alcuni casi si possono spostare dei gruppi funzionali per proteggere dal metabolismo il
composto oppure perché non è nella posizione ottimale.

Termine pro drug introdotto nel 1958 e quando sono somministrati non sono nella loro forma
biologicamente attiva. Hanno una porzione aggiuntiva che poi viene ad essere eliminata e rimane
solo la vera struttura attiva. Più essere una pro drug generica, polimerica oppure mutual pro drug
dove la parte che viene limita in realtà è un farmaco anch’essa. Una pro drug è la Fenacedina che
poi diventa paracetamolo. Vengono costruite pro drug per problemi di assorbimento o per
problemi di accettazione
da parte del paziente
(gusto o odore), in altro
modo si potrebbero ad
esempio bloccare i
recettori del gusto amaro.
Una pro drug può
aumentare la stabilità
(etacillina a ampicillina)
o p p u re l a s o l u b i l i t à ,
prolungare la durata. Gli
enzimi utilizzati molto
spesso per separare le
pro drug sono le esterasi
perché quelle più di use.

“Proiettile magico” farmaco speci co per un unico farmaco, molto speci che come i farmaci
antitumorali. Le mostrate azotate (non speci che) sono state legate all’uracile per essere veicolate
all’interno della cellula tumorale in forte crescita. L’approccio più moderno sono gli anticorpi
monoclonali progettati con un farmaco (Trasduzumab). Possiamo avere delle pro drug per
migliorare la ionizzazione oppure per la mor na che riesce a passare così la barriera
ematoencefalica. Le mutual pro drug non sono ibridi molecolare ma due farmaci che non vanno
ad agire in contemporanea e quindi posso anche non essere all’equilibrio.

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