DNA

Struttura DNA e RNA

Il DNA e l’RNA sono acidi nucleici formati da lunghe catene (polimeri) formate da piccole unità chimiche
(monomeri) che si ripetono e sono chiamati nucleotidi.

A sua volta ogni nucleotide si divide in 3 parti principali: una base azotata, uno zucchero e un gruppo
fosfato.

I nucleotidi si differenziano tra di loro per le differenti basi azotate di cui sono composti (adenina, timina,
guanina, citosina).

Il legame che tiene unito i nucleotidi si chiama legame fosfodiesterico e si forma tra lo zucchero di un
nucleotide e il gruppo fosfato di quello successivo.

Il DNA ha come zucchero il desossiribosio che ha un atomo di ossigeno in meno rispetto al ribosio,
contenuto nell’RNA.

L’RNA al posto della timina ha l’uracile.

Duplicazione del DNA

La duplicazione è un processo attraverso il quale la cellula è in grado di produrre una cellula figlia identica a
quella del patrimonio genetico originale.

Il DNA per essere replicato necessita di separarsi; questa separazione ha inizio in dei punti chiamati punti di
origine della duplicazione e sono ricchi di adenina e timina poiché hanno solamente 2 legami ad idrogeno e
rendono più semplice la separazione.

Il meccanismo procede dando origine a bolle di duplicazione sulle quali estremità possiamo trovare una
forcella di duplicazione ossia un primo tratto di DNA, a forma di Y, con i due filamenti originare separati.

Durante questo processo entrano in gioco anche molti enzimi e proteine: l’elicasi è una proteina in grado di
continuare l’apertura dei filamenti e rompere i legami di idrogeno tra le basi azotate.

Per evitare, a questo punto, che i due filamenti si ricongiungano entrano in azione le proteine
destabilizzatrici dell’elicasi che mantengono distaccati i due filamenti. Questo origina una torsione che
implica l’ingresso degli enzimi topoisomerasi che evitano la torsione dei filamenti e fanno si che possano
ruotare su se stessi.

Tuttavia gli enzimi che sintetizzano il DNA (DNA polimerasi) non sono in grado di iniziare la sintesi di un
filamento, ma possono solamente allungarlo.

La capacità della DNA polimerasi di allungare il filamento in una sola direzione fa si che la sintesi proceda
lungo i 2 filamenti in modo diverso:

- Un filamento (filamento veloce) procede senza interruzioni;

- Il secondo filamento (filamento lento) procede a ritroso e in modo discontinuo, per i piccoli
frammenti isolati che necessitano di un primer. (piccolo frammento di RNA costruito aggiungendo
uno alla volta dai 5 ai 10 ribonucleotidi al filamento di DNA)

Mentre la forcella si apre, l’estremità del filamento veloce, si allontana dal punto di separazione lasciando
uno spazio non duplicato sempre più ampio. Per contrastare questo, un’altra polimerasi sintetizza, uno alla
volta, piccoli frammenti di DNA, chiamati frammenti di Okazaky.
Al termine del processo un altro enzima, detto DNA ligasi, unirà i frammenti l’uno con l’altro e formerà
un’unica catena di DNA.

Telomero
Si tratta di una breve sequenza ripetuta moltissime volte che non codifica per nessuna proteina, ma ha una
funzione importante: a ogni ciclo di duplicazione del DNA i telomeri diventano un po' più corti.

Per impedire che i telomeri si accorcino troppo passando da una generazione all’altra di individui, è
presente un’enzima che ripristina la lunghezza dei telomeri: telomerasi.

Passaggio dell’informazione genica dal DNA all’RNA alle proteine

Genotipo e fenotipo
Il genotipo e l'informazione ereditaria contenuta nel suo DNA; il fenotipo corrisponde alle sue
caratteristiche fisiche.

A livello molecolare il collegamento tra genotipo e fenotipo è rappresentato dalle proteine. Il processo
attraverso il quale il DNA dirige la sintesi delle proteine è chiamato espressione genica.

Passaggio dell’informazione
La serie di istruzioni parte dal DNA contenuto nel nucleo della cellula, è trasferita una molecola di RNA ed è
tradotta con la sintesi della proteina nel citoplasma.

Le due fasi principali del processo sono:

- trascrizione, ovvero il trasferimento dell'informazione genetica dal DNA ad una molecola di RNA.
- traduzione, cioè l'utilizzo dell'informazione contenuta nella molecola di RNA per costruire una
proteina.

Trascrizione
I due filamenti devono prima di tutto separarsi nel pento in cui il processo inizia. L'inizio della trascrizione è
determinato da una speciale sequenza di DNA chiamata promotore. Un promotore è uno specifico sito cui
si lega la RNA polimerasi, l'enzima che guida la trascrizione e che indica quale dei due filamenti della doppia
elica di DNA deve essere usato come stampo.

Nella prima fase l'RNA polimerasi si unisce al promotore sul DNA e incomincia la sintesi dell'RNA.

Nella seconda fase la RNA si allunga. Mentre la sintesi prosegue il filamento di RNA si separa dal DNA
stampo, i cui filamenti possono così appaiarsi nuovamente lungo il tratto già trascritto.

Nella terza fase l'RNA polimerasi raggiunge una sequenza di basi sul DNA stampo, detta sequenza di
terminazione.

Traduzione
La traduzione è la conversione del linguaggio degli acidi nucleici nel linguaggio dei polipeptidi. Come gli
acidi nucleici anche i polipeptidi sono polimeri, ma i monomeri che li compongono sono i 20 amminoacidi
comuni a tutti gli organismi. in questo modo l’RNA funge da messaggero che trasporta l'informazione
genetica proveniente dal DNA. Questo tipo di molecola di RNA viene chiamato per questo RNA
messaggero. Durante la traduzione avviene però un cambiamento di linguaggio dalla sequenza di
nucleotidi del RNA alla sequenza di amminoacidi del polipeptide: in che modo?

Supponiamo che nel DNA ogni parola in codice consista di una tripletta. Ci sarebbero allora 64 possibili
parole in codice. In realtà il numero di triplette è tale che a ogni amminoacido può corrisponderne più di
una. Gli esperimenti hanno confermato che il flusso di informazioni dal gene alla proteina è effettivamente
basato su un codice a triplette: le istruzioni sono quindi scritte nel DNA viene la RNA come una serie di
parole di tre lettere, dette codoni.

Codice genetico
Il codice genetico consiste di una serie di regole che stabiliscono la corrispondenza tra i codoni dell'RNA e
gli amminoacidi delle proteine. E sappiamo che soltanto 61 dei 64 codoni codificano per gli amminoacidi.
Gli altri tre codoni non specificano alcun amminoacido ma sono i codoni di arresto che segnalano la fine
della traduzione.

Nel codice genetico:

- C’è ridondanza, ovvero la presenza di più triplette che codificano uno stesso amminoacido
- Non c'è ambiguità
- il codice genetico è universale in quanto è condiviso da tutti gli organismi, dai batteri fino alle
piante e agli animali più complessi. Ciò suggerisce che esso si sia evoluti in tempi molto antichi nella
storia della vita ed è un'ulteriore testimonianza dell'origine di tutti i viventi da un antenato comune

Splicing
Nelle cellule eucariote gli mRNA, prima di lasciare il nucleo, vengono modificati in vario modo.

Un tipo di elaborazione consiste nell’aggiunta di un breve cappuccio e di una breve coda al filamento; Il
cappuccio e la coda non saranno tradotti in una sequenza aminoacidica, infatti servono solo a facilitare
l'esportazione dell’mRNA dal nucleo.

Lo splicing, invece, all'atto della trascrizione copia sia gli esoni sia gli introni dal DNA al RNA. Tuttavia, prima
che l'RNA lasci il nucleo, gli introni sono rimossi mentre gli esoni si uniscono producendo una molecola di
mRNA con una sequenza codificante continua.

tRNA
Durante la traduzione delle informazioni da una lingua all'altra è necessario un interprete ossia qualcuno in
grado di riconoscere le parole e convertirli in un'altra lingua. Ad occuparsi della traduzione del messaggio
contenuto nel mRNA è un interprete molecolare chiamato RNA di trasporto che converte le parole di tre
lettere (codoni) nelle parole di una sola lettera delle proteine (amminoacidi).
Regolazione genica
La regolazione genica, in generale, e l'attivazione o la disattivazione dei geni ed è uno dei processi che
permette agli organismi di rispondere ai cambiamenti ambientali.

Operone lac (procarioti)

Un operone regola l'espressione genica nei batteri e comprende:

- Un tratto di DNA promotore, ovvero il sito a cui si lega l’RNA polimerasi per iniziare la trascrizione
- un operatore, un segmento di DNA che agisce da interruttore e a cui si lega il repressore, ovvero
una proteina regolatrice
- uno o più geni strutturali disposti uno di seguito all'altro

Promotore, operatore e geni che codificano per il metabolismo del lattosio costituiscono un operone. Salvo
rare eccezioni, gli operoni esistono soltanto nei procarioti.

Quando l’operone lac è inattivo, cioè quando il lattosio non è presente nella cellula batterica, la trascrizione
è bloccata dal repressore.

Eucarioti
Anche negli eucarioti, l'attivazione la disattivazione della trascrizione sono gli strumenti principali per
controllare l'espressione genica ma i meccanismi di regolazione genica sono più complessi e seguono più
vie.

Spiralizzazione
E un punto di controllo cruciale dell'espressione genica negli eucarioti e agisce prima della trascrizione, a
livello della struttura dei cromosomi, ovvero le strutture nucleari che portano i geni.

La spiralizzazione è un processo di avvolgimento e ripiegamento di ciascun cromosoma.

Oltre al DNA, i cromosomi degli eucarioti contengono anche piccole proteine chiamate istoni.

Il complesso di DNA e istoni è chiamato cromatina.

Il primo livello di spiralizzazione corrisponde al legame tra DNA e istoni: si aggregano 8 istoni avvolti dal
DNA e questa struttura va a formare un nucleosoma. Successivamente brevi tratti di DNA, detti linker,
uniscono i nucleosomi consecutivi.

Nel secondo livello di spiralizzazione i nucleosomi si avvolgono formando una spessa fibra compatta.
Quest'ultima a sua volta forma dei loop attorno a un'impalcatura proteica, dando luogo a una struttura con
diametro di 300 nanometri.

Metilazione
Il DNA può essere modificato chimicamente però non bisogna interferire nella corretta sequenza delle basi:
per esempio ci sono degli enzimi che aggiungono un gruppo metile alla base azotata della citosina.

Nelle cellule, i geni che sono intensamente metilati generalmente non vengono espressi mentre la
rimozione del metile permette loro di ritornare attivi e poter essere trascritti.
Fattori di trascrizione
Per funzionare, l'RNA polimerasi degli eucarioti necessita dell'intervento di proteine chiamate fattori di
trascrizione. La prima tappa della trascrizione di un gene è rappresentata dal legame di attivatori proteici a
combinazioni di sequenze di controllo dette enhancer. A differenza degli operatori presenti negli operoni
dei procarioti, gli enhancer sono spesso molto distanti dai geni che contribuiscono a regolare.

Durante questo processo possono essere coinvolti diversi enhancer e attivatori. Esistono anche proteine
che agiscono da repressori e si legano a sequenze di controllo chiamate silencer, inibendo l'inizio della
trascrizione.

Splicing alternativo
È un processo per il quale un organismo può tenere polipeptidi diversi a partire da un singolo gene. Lo
splicing alternativo è uno dei sistemi usati dagli eucarioti per disporre di un gran numero di proteine,
contenendo le dimensioni del genoma.

Un esempio di splicing alternativo si osserva nella drosofila, il comune moscerino della frutta, in cui le
differenze tra maschi e femmine sono dovuti in massima parte a diverse modalità di splicing dell’RNA.

miRNA
Fino a poco tempo fa gli studiosi pensavano che gran parte del rimanente DNA non codificante,
apparentemente privo di funzioni, fosse inutile, tanto da definirlo DNA spazzatura. Negli ultimi anni, però,
questa idea è stata smentita. Oggi i biologi ritengono che una quantità significativa del genoma possa
essere trascritta in molecole di RNA che non servono per codificare proteine ma svolgono un ruolo
importante nella regolazione genica. Questi RNA prendono il nome di non coding RNA. Tra questi vi è
un'ampia gamma di RNA di piccole dimensioni: a questa famiglia appartengono molecole di RNA,
generalmente a singolo filamento, della lunghezza di circa 20 nucleotidi e chiamate microRNA.

Attivazione delle proteine

Quando la traduzione è completata, talvolta è necessario modificare i polipeptidi sintetizzati perché
diventino funzionali. Negli eucarioti le modifiche comportano spesso il taglio di una parte del polipeptide,
detto clivaggio: il prodotto finale presenta la proteina attiva in grado di eseguire una funzione specifica
nell'organismo. (insulina)

Degradazione delle proteine

L'ultimo meccanismo di controllo che interviene dopo la traduzione è la degradazione selettiva delle
proteine, svolta da un complesso multiproteico chiamato proteasoma, che è presente nel citoplasma ed è
in grado di riconoscere le singole proteine da degradare. Questo è possibile grazie al legame dell'ubiquitina
alla proteina da degradare: la funzione dell'ubiquitina è quella di marcare le proteine da degradare, per
questo è detta proteina segnale.

Nel proteasoma avviene la degradazione vera e propria: la proteina è degradata per idrolisi da alcuni enzimi
che la riducono in piccoli frammenti e amminoacidi liberi; quindi l’ubiquitina si stacca e viene riciclata in un
nuovo ciclo.

Ciò permette alla cellula di adeguare il tipo e la quantità di proteine ai cambiamenti ambientali e di
mantenerla in uno stato di funzionamento ottimale, demolendo o sostituendo quelle danneggiate.
Cancro
Oncogene = gene modificato che può causare il cancro.

Proto-oncogene = gene normale che promuove la divisione cellulare.

Geni oncosoppressori = geni che inibiscono la divisione cellulare incontrollata.

Una mutazione può convertire un proto-oncogene in un oncogene.

Altre mutazioni possono ostacolare l’attività dei geni oncosoppressori.

Molti tumori dipendono dall' interazione di fattori genetici e ambientali; è importante cercare di prevenirli
adottando un corretto stile di vita, riducendo i fattori di rischio come il fumo e l'alcol ed evitando
l'esposizione ad agenti cancerogeni capace di indurre delle mutazioni.