Sei sulla pagina 1di 1463

INDICE

PARTE 1 L’informazione genetica negli eucarioti 25


INTRODUZIONE ALLA CELLULA ■ Le cellule eucariotiche possono avere avuto origine
come predatori 25
■ Le cellule eucariotiche attuali si sono evolute
CAPITOLO 1
da una simbiosi 25
Cellule e genomi 2
■ Gli eucarioti hanno genomi ibridi 29
Le caratteristiche universali delle cellule ■ I genomi eucariotici sono grandi 29
sulla Terra 2
■ I genomi eucariotici sono ricchi di DNA regolatore 30
■ Tutte le cellule conservano la loro informazione ■ Il genoma definisce il programma dello sviluppo
ereditaria nello stesso codice chimico lineare: il DNA 3 pluricellulare 31
■ Tutte le cellule replicano la loro informazione ereditaria ■ Molti eucarioti vivono come cellule solitarie 31
mediante polimerizzazione su stampo 4
■ Un lievito serve da modello eucariotico minimo 32
■ Tutte le cellule trascrivono porzioni della loro
■ I livelli di espressione di tutti i geni di un organismo
informazione ereditaria nella stessa forma intermedia:
possono essere monitorati simultaneamente 33
l’RNA 5
■ L’Arabidopsis è stata scelta fra 300 000 specie come
■ Tutte le cellule usano proteine come catalizzatori 6
modello di vegetale 33
■ Tutte le cellule traducono RNA in proteine allo stesso ■ Il mondo delle cellule animali è rappresentato
modo 7
da un verme, da un moscerino, da un topo
■ Ogni proteina è codificata da un gene specifico 8 e da un essere umano 34
■ La vita richiede energia libera 9 ■ Lo studio della Drosophila fornisce una chiave
■ Tutte le cellule funzionano come fabbriche biochimiche per lo sviluppo dei vertebrati 35
che utilizzano le stesse unità molecolari di base 9 ■ Il genoma dei vertebrati è un prodotto di duplicazioni
■ Tutte le cellule sono racchiuse da una membrana ripetute 36
plasmatica attraverso la quale devono passare ■ La rana e il pesce zebra forniscono modelli
i nutrienti e i materiali di rifiuto 10 per lo sviluppo dei vertebrati 36
■ Ci può essere una cellula vivente con meno ■ Il topo è il principale organismo modello
di 500 geni 10 per i mammiferi 36
SOMMARIO 11 ■ Gli esseri umani manifestano le proprie peculiarità 38
La diversità dei genomi e l’albero della vita 11 ■ Nei dettagli siamo tutti diversi 39
■ Le cellule possono essere alimentate da varie fonti ■ Per capire le cellule e gli organismi abbiamo bisogno
di energia libera 12 della matematica, di computer e di informazioni
quantitative 39
■ Alcune cellule fissano azoto e anidride carbonica
per le altre 12 SOMMARIO 40
■ La diversità biochimica maggiore si osserva PROBLEMI 40
fra le cellule procariotiche 14 BIBLIOGRAFIA 42
■ L’albero della vita ha tre ramificazioni principali:
i batteri, gli archei e gli eucarioti 15
CAPITOLO 2
■ Alcuni geni evolvono rapidamente, altri sono
Chimica e bioenergetica della cellula 44
altamente conservati 16
■ La maggior parte dei batteri e degli archei I componenti chimici di una cellula 44
ha 1000-6000 geni 17 ■ L’acqua è tenuta insieme da legami idrogeno 45
■ Nuovi geni sono generati da geni preesistenti 18 ■ Quattro tipi di interazioni non covalenti aiutano
■ Duplicazioni geniche danno origine a famiglie di geni a riunire tra loro le molecole nelle cellule 45
correlati all’interno di una singola cellula 19 ■ Alcune molecole polari in acqua formano acidi e basi 46
■ I geni possono essere trasferiti fra organismi, sia in ■ Una cellula è formata da composti del carbonio 48
laboratorio che in natura 19 ■ Le cellule contengono quattro famiglie principali
■ Il sesso porta a scambi orizzontali di informazione di piccole molecole organiche 48
genetica all’interno di una specie 21 ■ La chimica delle cellule è dominata
■ La funzione di un gene può spesso essere dedotta da macromolecole con proprietà notevoli 49
dalla sua sequenza 21 ■ Legami non covalenti specificano sia la forma precisa
■ Più di 200 famiglie di geni sono comuni a tutti di una macromolecola che il suo legame con altre
e tre i rami principali dell’albero della vita 21 molecole 50
■ Le mutazioni rivelano le funzioni dei geni 22 SOMMARIO 51
■ I biologi molecolari si sono concentrati su E. coli 23 La catalisi e l’uso di energia da parte delle cellule 52
SOMMARIO 24 ■ Il metabolismo cellulare è organizzato da enzimi 52
INDICE
XVI © 978-88-08-62126-9

■ L’ordine biologico è reso possibile dal rilascio QUADRO 2.1


di energia sotto forma di calore dalle cellule 53 Legami e gruppi chimici incontrati comunemente
■ Le cellule ottengono energia dall’ossidazione nelle molecole biologiche 94
di molecole organiche 56 QUADRO 2.2
■ Ossidazione e riduzione comportano trasferimenti L’acqua e la sua influenza sul comportamento delle
molecole biologiche 96
di elettroni 56
QUADRO 2.3
■ Gli enzimi abbassano le barriere che bloccano
I tipi principali di legami non covalenti deboli che
le reazioni chimiche 58
tengono insieme le macromolecole 98
■ Gli enzimi possono dirigere le molecole di substrato QUADRO 2.4
lungo vie specifiche di reazione 59 Alcuni tipi di zuccheri comunemente presenti
■ Il modo in cui gli enzimi trovano i loro substrati: nelle cellule 100
l’enorme rapidità dei movimenti molecolari 60 QUADRO 2.5
■ Il cambiamento in energia libera di una reazione, DG, Acidi grassi e altri lipidi 102
determina se essa può avvenire spontaneamente 61 QUADRO 2.6
■ La concentrazione dei reagenti influenza Una rassegna dei nucleotidi 104
il cambiamento di energia libera e la direzione QUADRO 2.7
di una reazione 62 Energia libera e reazioni biologiche 106
■ Il cambiamento di energia libera standard, DG°, QUADRO 2.8
rende possibile la comparazione delle proprietà Dettagli dei 10 passaggi della glicolisi 108
energetiche di reazioni differenti 62 QUADRO 2.9
■ La costante di equilibrio e il DG° si ottengono Il ciclo completo dell’acido citrico 110
facilmente l’uno dall’altro 63
■ I cambiamenti di energia libera delle reazioni CAPITOLO 3
accoppiate sono additivi 64 Le proteine 112
■ Le molecole trasportatrici attivate sono essenziali La forma e la struttura delle proteine 112
per la biosintesi 65
■ La forma di una proteina è specificata dalla
■ La formazione di un trasportatore attivato
sua sequenza di amminoacidi 112
è accoppiata a una reazione energeticamente
favorevole 65 ■ Le proteine si ripiegano nella conformazione
con l’energia più bassa 115
■ L’ATP è la molecola trasportatrice attivata più usata 66
QUADRO 3.1
■ L’energia conservata nell’ATP è spesso imbrigliata
I 20 amminoacidi che si trovano nelle proteine 116
per unire due molecole 67
■ L’a elica e il foglietto b sono schemi comuni
■ NADH e NADPH sono importanti trasportatori
di ripiegamento 118
di elettroni 68
■ I domini proteici sono unità modulari che
■ Nelle cellule ci sono molte altre molecole
costituiscono le proteine più grandi 120
trasportatrici attivate 70
■ Poche delle molte catene polipeptidiche possibili
■ La sintesi dei polimeri biologici richiede idrolisi di ATP 72
sono utili per le cellule 122
SOMMARIO 75 ■ Le proteine possono essere classificate in molte
Il modo in cui le cellule ottengono energia dal cibo 75 famiglie 122
■ La glicolisi è una via centrale che produce ATP 76 ■ Alcuni domini proteici formano parti di molte
■ Le fermentazioni producono ATP in assenza proteine diverse 124
di ossigeno 77 ■ Certe coppie di domini si trovano insieme in molte
■ La glicolisi illustra il modo in cui gli enzimi accoppiano proteine 126
l’ossidazione alla conservazione dell’energia 78 ■ Il genoma umano codifica una serie complessa
■ Gli organismi conservano le molecole di cibo di proteine, la funzione di molte delle quali
in speciali depositi 80 è sconosciuta 126
■ Durante il digiuno la maggior parte delle cellule ■ Le molecole proteiche più grandi spesso
animali trae l’energia dagli acidi grassi 83 contengono più di una catena polipeptidica 126
■ Zuccheri e grassi sono entrambi degradati ■ Alcune proteine globulari formano lunghi filamenti
ad acetil CoA nei mitocondri 84 elicoidali 127
■ Il ciclo dell’acido citrico genera NADH ossidando ■ Molte molecole proteiche hanno una forma
gruppi acetilici a CO2 85 allungata fibrosa 128
■ Il trasporto degli elettroni spinge la sintesi ■ Molte proteine contengono quantità
della maggior parte dell’ATP in quasi tutte le cellule 87 sorprendentemente grandi di catene polipeptidiche
■ Gli amminoacidi e i nucleotidi sono parte del ciclo non strutturate 129
dell’azoto 88 ■ Le proteine extracellulari spesso sono stabilizzate
■ Il metabolismo è altamente organizzato e regolato 89 da legami crociati covalenti 131
■ Le molecole proteiche spesso servono da subunità
SOMMARIO 90
per l’assemblaggio di grandi strutture 131
PROBLEMI 91 ■ Molte strutture nelle cellule sono capaci di
BIBLIOGRAFIA 92 autoassemblaggio 132
INDICE
© 978-88-08-62126-9 XVII

■ La formazione di complesse strutture biologiche ■ Una proteina che lega GTP mostra come possano
è spesso aiutata da fattori di assemblaggio 134 generarsi grandi movimenti di proteine 167
■ Molte proteine possono formare fibrille amiloidi 134 ■ Motori proteici producono grandi movimenti
■ Le strutture amiloidi possono svolgere funzioni utili nelle cellule 168
nelle cellule 136 ■ Trasportatori legati a membrane imbrigliano energia
■ Molte proteine contengono domini a bassa per pompare molecole attraverso le membrane 170
complessità che possono formare strutture amiloidi ■ Le proteine spesso formano grandi complessi
reversibili 136 che funzionano come macchine proteiche 171
SOMMARIO 138 ■ Impalcature proteiche concentrano gruppi
di proteine che interagiscono tra loro 171
Funzione delle proteine 138
■ Molte proteine sono controllate da modificazioni
■ Tutte le proteine si legano ad altre molecole 139
covalenti che le indirizzano in siti specifici all’interno
■ La conformazione della superficie di una proteina della cellula 172
ne determina la chimica 140
■ Una rete complessa di interazioni fra proteine
■ Il confronto delle sequenze fra membri di una è alla base del funzionamento della cellula 173
famiglia proteica evidenzia siti di legame cruciali 141
SOMMARIO 176
■ Le proteine si legano ad altre proteine tramite
diversi tipi di interfaccia 142 PROBLEMI 177
■ I siti di legame degli anticorpi sono particolarmente BIBLIOGRAFIA 179
versatili 142
■ La forza di legame è misurata dalla costante
di equilibrio 143 PARTE 2
■ Gli enzimi sono catalizzatori potenti e altamente MECCANISMI GENETICI DI BASE
specifici 145
■ Il legame del substrato è il primo passaggio
della catalisi enzimatica 146 CAPITOLO 4
■ Gli enzimi accelerano le reazioni stabilizzando DNA, cromosomi e genomi 182
selettivamente gli stati di transizione 146 La struttura e la funzione del DNA 184
■ Gli enzimi possono usare simultaneamente catalisi ■ Una molecola di DNA consiste di due catene
acida e basica 147 complementari di nucleotidi 184
QUADRO 3.2 ■ La struttura del DNA fornisce un meccanismo per
Alcuni dei metodi usati per studiare gli enzimi 148 l’ereditarietà 186
■ Il lisozima illustra il modo in cui funziona un enzima 150 ■ Negli eucarioti il DNA è racchiuso in un nucleo
■ Piccole molecole strettamente legate aggiungono cellulare 188
ulteriori funzioni alle proteine 152 SOMMARIO 188
■ Complessi multienzimatici aiutano ad aumentare la
Il DNA cromosomico e il suo compattamento
velocità del metabolismo cellulare 153
nella fibra di cromatina 188
■ La cellula regola le attività catalitiche dei suoi enzimi 155
■ Il DNA eucariotico è compattato in una serie di
■ Gli enzimi allosterici hanno due o più siti di legame
cromosomi 189
che interagiscono 156
■ I cromosomi contengono lunghe stringhe di geni 190
■ Due ligandi i cui siti di legame sono accoppiati
devono influenzare reciprocamente il loro attacco 157 ■ La sequenza nucleotidica del genoma umano mostra
come sono disposti i geni 192
■ Complessi simmetrici di proteine producono
transizioni allosteriche cooperative 158 ■ Ogni molecola di DNA che forma un cromosoma
lineare deve contenere un centromero, due telomeri
■ Molti cambiamenti delle proteine sono indotti da
e origini di replicazione 194
fosforilazione proteica 159
■ Le molecole di DNA sono altamente condensate
■ Una cellula eucariotica contiene numerose proteina
nei cromosomi 196
chinasi e proteina fosfatasi 160
■ I nucleosomi sono l’unità base della struttura dei
■ La regolazione della proteina chinasi Src mostra
cromosomi eucariotici 197
come una proteina possa funzionare da microchip 161
■ La struttura della particella centrale del nucleosoma
■ Proteine che legano e idrolizzano GTP sono
rivela il modo in cui il DNA è compattato 198
regolatori cellulari ubiquitari 162
■ I nucleosomi hanno una struttura dinamica
■ Le proteine regolatrici GAP e GEF controllano
e sono spesso soggetti a cambiamenti catalizzati
l’attività di proteine che legano GTP determinando
da complessi di rimodellamento della cromatina
se è legato GTP o GDP 163
dipendenti da ATP 200
■ Le proteine possono essere regolate da un’aggiunta
■ I nucleosomi sono in genere impacchettati
covalente di altre proteine 163
in una fibra compatta di cromatina 201
■ Per contrassegnare le proteine viene usato
SOMMARIO 203
un elaborato sistema che coniuga molecole
di ubiquitina 165 La struttura e la funzione della cromatina 203
■ Complessi proteici con parti intercambiabili fanno ■ L’eterocromatina è altamente organizzata e limita
un uso efficiente dell’informazione genetica 166 l’espressione genica 204
INDICE
XVIII © 978-88-08-62126-9

■ Lo stato eterocromatico si autopropaga 204 ■ È possibile ricostruire la sequenza di alcuni genomi


■ Gli istoni del nucleo sono modificati covalentemente antichi 234
a livello di molti siti diversi 206 ■ I confronti di sequenze fra specie multiple
■ La cromatina acquisisce un’ulteriore variabilità tramite identificano sequenze importanti di DNA a funzione
l’inserzione sito-specifica di una piccola serie sconosciuta 235
di varianti istoniche 207 ■ Cambiamenti in sequenze precedentemente
■ Le modificazioni covalenti e le varianti istoniche conservate possono aiutare a decifrare passaggi
agiscono in maniera concertata per controllare cruciali dell’evoluzione 236
le funzioni cromosomiche 208 ■ Mutazioni nelle sequenze di DNA che controllano
■ Un complesso di proteine di lettura e di scrittura l’espressione genica hanno determinato molti dei
del codice può diffondere modificazioni specifiche cambiamenti evolutivi nei vertebrati 237
della cromatina a grande distanza lungo ■ La duplicazione genica fornisce una fonte
un cromosoma 211 importante di novità genetica durante l’evoluzione 238
■ Sequenze barriera di DNA bloccano la diffusione ■ I geni duplicati divergono 239
dei complessi di lettura-scrittura separando così ■ L’evoluzione della famiglia dei geni delle globine
domini adiacenti di cromatina 212 mostra come duplicazioni del DNA contribuiscano
■ La cromatina dei centromeri rivela il modo in cui all’evoluzione degli organismi 240
le varianti istoniche possono creare strutture speciali 212 ■ Geni che codificano nuove proteine possono essere
■ Alcune strutture della cromatina possono essere creati dalla ricombinazione di esoni 241
ereditate direttamente 215 ■ Le mutazioni neutrali spesso si diffondono per
■ Esperimenti con embrioni di rana suggeriscono fissarsi
che sia le strutture di cromatina attivanti che in una popolazione, con una probabilità che dipende
quelle inattivanti possano essere ereditate dalle dimensioni della popolazione 241
epigeneticamente 216 ■ Dall’analisi della variazione fra gli esseri umani
■ Le strutture della cromatina sono importanti per la si possono imparare molte cose 243
funzione dei cromosomi eucariotici 216 SOMMARIO 245
SOMMARIO 217 PROBLEMI 245
La struttura globale dei cromosomi 218 BIBLIOGRAFIA 147
■ I cromosomi sono ripiegati in grandi anse
di cromatina 218
CAPITOLO 5
■ I cromosomi politenici sono utili in quanto Replicazione, riparazione
permettono di visualizzare le strutture della cromatina 219
e ricombinazione del DNA 249
■ Esistono molteplici forme di cromatina 221
Il mantenimento delle sequenze di DNA 249
■ Le anse di cromatina si decondensano quando i geni
al loro interno vengono espressi 221 ■ Le frequenze di mutazione sono estremamente
basse 249
■ La cromatina si può spostare in siti specifici
all’interno del nucleo per alterare l’espressione ■ Basse frequenze di mutazione sono necessarie
dei geni 222 per la vita così come la conosciamo 250
■ Reti di macromolecole formano una serie SOMMARIO 251
di ambienti biochimici distinti all’interno del nucleo 223 Meccanismi di replicazione del DNA 251
■ I cromosomi mitotici sono formati da cromatina ■ L’appaiamento delle basi è il fondamento della
nel suo stato più condensato 225 replicazione e della riparazione del DNA 251
SOMMARIO 226 ■ La forcella di replicazione del DNA è asimmetrica 253
Il modo in cui evolvono i genomi 226 ■ L’alta fedeltà della replicazione del DNA richiede
■ Il confronto fra i genomi rivela sequenze funzionali parecchi meccanismi di correzione delle bozze 254
di DNA conservate durante l’evoluzione 227 ■ Soltanto la replicazione nella direzione 5’-3’
■ Le alterazioni del genoma sono causate da errori permette una correzione efficiente degli errori 256
dei normali meccanismi di copiatura ■ Uno speciale enzima che polimerizza nucleotidi
e di mantenimento del DNA, nonché da elementi sintetizza brevi molecole di RNA primer sul filamento
di DNA trasponibili 228 ritardato 257
■ Le sequenze dei genomi di due specie differiscono ■ Proteine speciali aiutano ad aprire la doppia elica
in proporzione al tempo durante il quale si sono del DNA davanti alla forcella di replicazione 258
evolute separatamente 229 ■ Un anello scorrevole trattiene una molecola
■ Gli alberi filogenetici costruiti in base al confronto di in movimento di DNA polimerasi sul DNA 259
sequenze di DNA tracciano le relazioni fra tutti ■ Le proteine a livello di una forcella di replicazione
gli organismi 229 cooperano per formare una macchina di replicazione 261
■ Un confronto fra i cromosomi umani e quelli di topo ■ Un sistema di riparazione delle basi male appaiate
mostra come divergono le strutture dei genomi 231 diretto dal filamento rimuove gli errori di replicazione
■ Le dimensioni del genoma di un vertebrato che sfuggono alla macchina di replicazione 262
riflettono il ritmo relativo di aggiunta e perdita ■ Le DNA topoisomerasi impediscono al DNA
di DNA in una linea evolutiva 233 di aggrovigliarsi durante la replicazione 263
INDICE
© 978-88-08-62126-9 XIX

■ La replicazione del DNA è fondamentalmente simile ■ Le cellule regolano attentamente l’uso della
negli eucarioti e nei batteri 264 ricombinazione omologa nella riparazione del DNA 295
SOMMARIO 266 ■ La ricombinazione omologa è cruciale per la meiosi 297
L’inizio e il completamento della replicazione ■ La ricombinazione meiotica inizia con una rottura a
del DNA nei cromosomi 267 doppio filamento programmabile 298
■ Le giunzioni di Holliday si formano durante la meiosi 300
■ La sintesi del DNA inizia a livello delle origini di
replicazione 267 ■ La ricombinazione omologa durante la meiosi
produce sia crossing over che non crossing over 300
■ I cromosomi batterici hanno in genere una singola
origine di replicazione del DNA 268 ■ La ricombinazione omologa spesso porta a
■ I cromosomi eucariotici contengono origini multiple conversione genica 302
di replicazione 269 SOMMARIO 302
■ Negli eucarioti la replicazione del DNA avviene Trasposizione e ricombinazione sitospecifica
soltanto durante una parte del ciclo cellulare 272 conservativa 303
■ Regioni diverse dello stesso cromosoma si replicano ■ Tramite la trasposizione gli elementi genetici mobili
in momenti distinti della fase S 272 si possono inserire in qualunque sequenza di DNA 304
■ Un grande complesso multisubunità si lega ■ I trasposoni a solo DNA si possono muovere
alle origini di replicazione degli eucarioti 272 mediante un meccanismo di taglia e cuci 304
■ Le caratteristiche del genoma umano che specificano ■ Alcuni virus usano un meccanismo di trasposizione
le origini di replicazione sono ancora da identificare 273 per spostarsi nei cromosomi della cellula ospite 306
■ Nuovi nucleosomi sono assemblati dietro la forcella ■ I retrotrasposoni similretrovirali assomigliano
di replicazione 274 ai retrovirus, ma sono privi di un rivestimento
■ La telomerasi replica le estremità dei cromosomi 276 proteico 307
■ Le telomerasi sono compattate in strutture ■ Una grande frazione del genoma umano è composta
specializzate che proteggono le estremità da retrotrasposoni non retrovirali 307
dei cromosomi 276 ■ Elementi trasponibili diversi predominano in
■ La lunghezza dei telomeri è regolata da cellule e organismi diversi 308
organismi 278 ■ Le sequenze dei genomi rivelano i tempi
SOMMARIO 279 approssimativi in cui gli elementi trasponibili
La riparazione del DNA 280 si sono mossi 308
■ Senza la riparazione del DNA il danno spontaneo ■ La ricombinazione sito-specifica conservativa può
al DNA cambierebbe rapidamente le sequenze 280 riarrangiare reversibilmente il DNA 308
■ La doppia elica del DNA viene prontamente riparata 283 ■ La ricombinazione sito-specifica conservativa
può essere usata per accendere e spegnere i geni 309
■ Il danno al DNA può essere rimosso mediante più
di una via 283 ■ Ricombinasi batteriche conservative sito-specifiche
sono diventate uno strumento potente per i biologi
■ L’accoppiamento della riparazione per escissione
che studiano le cellule e lo sviluppo 310
dei nucleotidi alla trascrizione assicura che il DNA
più importante per la cellula venga riparato in modo SOMMARIO 310
efficiente 285 PROBLEMI 311
■ La chimica delle basi del DNA facilita BIBLIOGRAFIA 314
il riconoscimento del danno 286
■ Speciali DNA polimerasi translesione sono usate per
riparare il DNA in situazioni di emergenza 286 CAPITOLO 6
■ Le rotture a doppio filamento sono riparate in modo
Il modo in cui le cellule leggono
efficiente 289 il genoma: dal DNA alle proteine 315
■ Il danno al DNA ritarda la progressione del ciclo Da DNA a RNA 317
cellulare 290 ■ Le molecole di RNA sono a singolo filamento 317
SOMMARIO 291 ■ La trascrizione produce RNA complementare
La ricombinazione omologa 291 a un filamento di DNA 320
■ La trascrizione è eseguita dalle RNA polimerasi 320
■ La ricombinazione omologa ha caratteristiche
comuni ■ Le cellule producono parecchi tipi di RNA 321
in tutte le cellule 292 ■ Segnali codificati nel DNA indicano alla
■ La ricombinazione omologa è guidata RNA polimerasi dove iniziare e dove fermarsi 322
dall’appaiamento delle basi del DNA 292 ■ I segnali di inizio e di terminazione della trascrizione
■ La ricombinazione omologa può riparare hanno sequenze nucleotidiche eterogenee 324
perfettamente le rotture a doppio filamento ■ L’inizio della trascrizione negli eucarioti richiede
nel DNA 293 molte proteine 326
■ Lo scambio di filamento è effettuato dalla proteina ■ L’RNA polimerasi II richiede i fattori generali
RecA/Rad51 293 di trascrizione 327
■ La ricombinazione omologa può ripristinare forcelle ■ La polimerasi II richiede anche proteine attivatrici,
di replicazione con DNA spezzato 295 mediatrici e di modificazione della cromatina 329
INDICE
XX © 978-88-08-62126-9

■ L’allungamento della trascrizione negli eucarioti ■ Gli inibitori della sintesi proteica procariotica sono
richiede proteine accessorie 330 utili come antibiotici 370
■ La trascrizione genera tensione ■ Meccanismi di controllo di qualità operano
di superavvolgimento 330 per impedire la traduzione di mRNA danneggiati 370
■ L’allungamento della trascrizione negli eucarioti è ■ Alcune proteine iniziano a ripiegarsi mentre vengono
strettamente accoppiato alla maturazione dell’RNA 331 sintetizzate 372
■ L’aggiunta del cappuccio all’RNA è la prima ■ Chaperoni molecolari aiutano a guidare
modificazione dei pre-mRNA eucariotici 334 il ripiegamento di molte proteine 374
■ Lo splicing dell’RNA rimuove sequenze introniche ■ Le cellule utilizzano diversi tipi di chaperoni 374
dai pre-mRNA appena trascritti 334 ■ Regioni idrofobiche esposte forniscono segnali
■ Sequenze nucleotidiche segnalano dove deve cruciali per il controllo di qualità delle proteine 376
avvenire lo splicing 335 ■ Il proteasoma è una proteasi compartimentata
■ Lo splicing dell’RNA è eseguito dallo spliceosoma 336 con siti attivi sequestrati 377
■ Lo spliceosoma usa l’idrolisi di ATP per produrre ■ Molte proteine sono controllate mediante
una serie complessa di riarrangiamenti RNA-RNA 338 distruzione regolata 379
■ Altre proprietà del pre-mRNA e della sua sintesi ■ Ci sono molti passaggi da DNA a proteine 380
aiutano a spiegare come sono scelti i siti corretti
SOMMARIO 381
di splicing 338
■ La struttura della cromatina influisce sullo splicing Il mondo a RNA e le origini della vita 382
dell’RNA 340 ■ Le molecole di RNA a singolo filamento possono
■ Lo splicing dell’RNA mostra una notevole plasticità 340 ripiegarsi in strutture altamente elaborate 383
■ Lo splicing dell’RNA catalizzato dallo spliceosoma ■ L’RNA può sia conservare informazioni che catalizzare
si è probabilmente evoluto da meccanismi reazioni chimiche 384
di autosplicing 341 ■ In che modo si è evoluta la sintesi proteica? 385
■ Enzimi di modificazione dell’RNA generano ■ Tutte le cellule attuali usano DNA come materiale
l’estremità 3’ degli mRNA eucariotici 342 ereditario 385
■ Gli mRNA eucariotici maturi sono esportati SOMMARIO 386
selettivamente dal nucleo 343
PROBLEMI 386
■ Anche gli RNA non codificanti sono sintetizzati
e modificati nel nucleo 345 BIBLIOGRAFIA 388
■ Il nucleolo è una fabbrica che produce ribosomi 347
■ Il nucleo contiene vari aggregati subnucleari 348 CAPITOLO 7
SOMMARIO 350
Controllo dell’espressione genica 389

Da RNA a proteine 351 Una visione d’insieme del controllo dei geni 389

■ Una sequenza di mRNA viene decodificata in serie ■ I diversi tipi cellulari di un organismo pluricellulare
di tre nucleotidi 351 contengono lo stesso DNA 389
■ Molecole di tRNA appaiano gli amminoacidi ai codoni ■ Tipi cellulari diversi sintetizzano gruppi diversi di RNA
dell’mRNA 352 e proteine 391
■ I tRNA sono modificati covalentemente prima ■ Una cellula può cambiare l’espressione dei suoi geni
di uscire dal nucleo 354 in risposta a segnali esterni 392
■ Enzimi specifici accoppiano ciascun amminoacido ■ L’espressione genica può essere regolata a livello
alla molecola appropriata di tRNA 354 di molti passaggi della via DNA-RNA-proteine 392
■ Un controllo da parte delle tRNA sintetasi assicura SOMMARIO 393
accuratezza 356 Il controllo della trascrizione mediante
■ Gli amminoacidi sono aggiunti all’estremità proteine che legano il DNA su sequenze
C-terminale di una catena polipeptidica in crescita 357 specifiche 393
■ Il messaggio dell’RNA è decodificato nei ribosomi 358 ■ La sequenza di nucleotidi della doppia elica del DNA
■ I fattori di allungamento spingono in avanti può essere letta da proteine 394
la traduzione e ne migliorano l’accuratezza 361 ■ I regolatori trascrizionali contengono motivi
■ Molti processi biologici risolvono le limitazioni strutturali che possono leggere sequenze di DNA 394
intrinseche dell’appaiamento di basi complementari 363 QUADRO 7.1
■ L’accuratezza della traduzione richiede il consumo Motivi strutturali comuni nei regolatori
di energia libera 364 trascrizionali 396
■ Il ribosoma è un ribozima 364 ■ La dimerizzazione dei regolatori trascrizionali
■ Sequenze nucleotidiche nell’mRNA segnalano dove aumenta la loro affinità e specificità per il DNA 398
iniziare la sintesi proteica 366 ■ I regolatori trascrizionali si legano cooperativamente
■ I codoni di stop segnano la fine della traduzione 367 al DNA 398
■ Le proteine sono prodotte su poliribosomi 368 ■ La struttura basata sui nucleosomi favorisce il legame
■ Nel codice genetico standard esistono piccole cooperativo dei regolatori trascrizionali 399
variazioni 368 SOMMARIO 400
INDICE
© 978-88-08-62126-9 XXI

I regolatori trascrizionali accendono ■ Alterazioni su scala cromosomica della struttura


e spengono i geni 401 della cromatina possono essere ereditate 431
■ Il repressore del triptofano spegne alcuni geni 401 ■ Meccanismi epigenetici assicurano che schemi
■ I repressori spengono i geni e gli attivatori stabili di espressione genica possano essere trasmessi
li accendono 402 alle cellule figlie 433
■ Un attivatore e un repressore controllano SOMMARIO 435
l’operone Lac 403 Controlli post-trascrizionali 435
■ Durante la regolazione genica nei batteri possono ■ L’attenuazione della trascrizione provoca
formarsi anse di DNA 404 la terminazione prematura di alcune molecole
■ Interruttori complessi controllano la trascrizione di RNA 435
dei geni negli eucarioti 404 ■ I ribointerruttori potrebbero rappresentare forme
■ Una regione regolatrice eucariotica consiste antiche di controllo dei geni 436
di un promotore e di varie sequenze cis-regolatrici 405 ■ Lo splicing alternativo dell’RNA può produrre forme
■ I regolatori trascrizionali eucariotici agiscono in gruppi 406 diverse di una proteina dallo stesso gene 437
■ Le proteine attivatrici promuovono l’assemblaggio ■ La definizione di gene è stata modificata in seguito
dell’RNA polimerasi in corrispondenza del punto alla scoperta dello splicing alternativo dell’RNA 439
di inizio della trascrizione 407 ■ Un cambiamento nel sito di taglio del trascritto
■ Gli attivatori trascrizionali eucariotici dirigono la di RNA e di aggiunta del poli-A può modificare
modificazione della struttura locale della cromatina 407 il C-terminale di una proteina 439
■ Gli attivatori trascrizionali possono promuovere la ■ L’editing dell’RNA può cambiare il significato del
trascrizione rilasciando l’RNA polimerasi messaggio dell’RNA 440
dai promotori 409 ■ Il trasporto dell’RNA dal nucleo può essere regolato 442
■ Gli attivatori della trascrizione agiscono ■ Alcuni mRNA sono localizzati in regioni specifiche
sinergicamente 410
del citosol 443
■ I repressori trascrizionali eucariotici possono inibire
■ Le regioni non tradotte 5’ e 3’ degli mRNA
la trascrizione in vari modi 410
ne controllano la traduzione 445
■ Gli isolatori sono sequenze di DNA che impediscono
■ La fosforilazione di un fattore di inizio regola in modo
ai regolatori trascrizionali eucariotici di influenzare
globale la sintesi proteica 445
geni distanti 412
■ L’inizio a livello dei codoni AUG a monte dell’inizio
SOMMARIO 413 della traduzione può regolare l’inizio della traduzione
I meccanismi genetici molecolari che creano negli eucarioti 446
e mantengono tipi cellulari specializzati 413 ■ Siti interni di ingresso dei ribosomi forniscono
■ Interruttori genetici complessi che regolano opportunità per il controllo della traduzione 448
lo sviluppo di Drosophila sono costruiti a partire ■ L’espressione dei geni può essere controllata da un
da moduli più piccoli 413 cambiamento nella stabilità dell’mRNA 448
■ Il gene Eve di Drosophila è regolato da controlli ■ La regolazione della stabilità dell’mRNA coinvolge
combinatori 415 P-body e granuli da stress 450
■ I regolatori trascrizionali sono messi in moto SOMMARIO 451
da segnali extracellulari 416
Regolazione dell’espressione genica con RNA
■ Il controllo combinatorio dei geni crea molti tipi
non codificanti 452
cellulari diversi negli eucarioti 417
■ Tipi cellulari specializzati possono essere ■ Piccoli trascritti di RNA non codificante regolano
sperimentalmente riprogrammati per diventare delle molti geni degli animali e delle piante attraverso il
cellule staminali pluripotenti 419
processo di interferenza da RNA (RNA interference) 452
■ Le combinazioni di regolatori trascrizionali master ■ I miRNA regolano la traduzione e la stabilità
specificano i tipi cellulari controllando l’espressione dell’mRNA 452
di molti geni 420 ■ L’interferenza da RNA è utilizzata anche come
■ Le cellule specializzate devono rapidamente meccanismo di difesa cellulare 454
accendere e spegnere gruppi di geni 421 ■ L’interferenza da RNA può dirigere la formazione
■ Le cellule differenziate mantengono la loro identità 421 di eterocromatina 455
■ Circuiti di trascrizione permettono alla cellula ■ I piRNA proteggono la linea germinale dagli elementi
di eseguire operazioni logiche 423 trasponibili 455
SOMMARIO 424 ■ L’interferenza da RNA è diventata un potente
strumento sperimentale 457
I meccanismi che rinforzano la memoria ■ I batteri utilizzano dei piccoli RNA non codificanti
cellulare nelle piante e negli animali 425 per proteggersi dai virus 457
■ Lo schema di metilazione del DNA può essere ■ I lunghi RNA non codificanti hanno varie funzioni
ereditato quando le cellule dei vertebrati si dividono 425 nella cellula 458
■ Isole ricche di CG sono associate a molti geni nei SOMMARIO 460
mammiferi 427
PROBLEMI 460
■ L’imprinting genomico si basa sulla metilazione
del DNA 429 BIBLIOGRAFIA 462
INDICE
XXII © 978-88-08-62126-9

PARTE 3 ■ Molecole purificate di DNA possono essere marcate


METODI DI LAVORO CON LE CELLULE specificamente con radioisotopi o marcatori chimici
in vitro 495
■ I geni possono essere clonati utilizzando i batteri 496
CAPITOLO 8
Analisi di cellule, molecole e sistemi 466 ■ Un intero genoma può essere rappresentato in una
libreria di DNA 498
Isolamento delle cellule e loro crescita ■ Librerie genomiche e di cDNA hanno vantaggi
in coltura 466 e svantaggi differenti 498
■ Le cellule possono essere isolate da tessuti intatti 467 ■ L’ibridazione rappresenta un modo potente
■ Le cellule possono essere fatte crescere in coltura 467 ma semplice per rintracciare specifiche sequenze
■ Le linee cellulari eucariotiche sono una fonte molto nucleotidiche 500
usata di cellule omogenee 469 ■ I geni possono essere clonati in vitro utilizzando
■ Le linee cellulari di ibridoma sono fabbriche che la PCR 501
producono anticorpi monoclonali 471 ■ La PCR è utilizzata anche per applicazioni
SOMMARIO 472 diagnostiche e forensi 503
Purificazione delle proteine 472 ■ Sia il DNA sia l’RNA possono essere sequenziati
rapidamente 504
■ Le cellule possono essere separate nelle frazioni che
QUADRO 8.1
le compongono 472
Metodi di sequenziamento del DNA 506
■ Gli estratti cellulari forniscono sistemi accessibili per
■ Per essere utili le sequenze genomiche devono
studiare le funzioni della cellula 475
essere annotate 510
■ Le proteine possono essere separate mediante
■ Il clonaggio del DNA permette di produrre in grande
cromatografia 475
quantità qualunque proteina 511
■ L’immunoprecipitazione è un metodo rapido di
purificazione per affinità 478 SOMMARIO 513
■ Etichette ingegnerizzate geneticamente Studio dell’espressione e della funzione
rappresentano un modo facile di purificare dei geni 514
le proteine 478 ■ La genetica classica inizia interrompendo
■ Sistemi acellulari purificati sono necessari per l’analisi un processo cellulare mediante mutagenesi
precisa delle funzioni molecolari 479 casuale 514
SOMMARIO 479 QUADRO 8.2
Ripasso di genetica classica 515
Analisi delle proteine 479
■ Screening genetici identificano mutanti con
■ Le proteine possono essere separate mediante
anomalie specifiche 517
elettroforesi su gel di poliacrilammide in SDS 479
■ Le mutazioni possono provocare perdita
■ L’elettroforesi bidimensionale su gel permette una
o guadagno della funzione della proteina 518
separazione maggiore delle proteine 480
■ Un test di complementazione rivela se due mutazioni
■ Proteine specifiche possono essere rivelate
sono nello stesso gene o in geni diversi 519
mediante blot con anticorpi specifici 482
■ I prodotti genici possono essere ordinati in vie
■ Misurazioni idrodinamiche rivelano le dimensioni
mediante analisi dell’epistasi 519
e la forma di un complesso proteico 483
■ Le mutazioni responsabili di un fenotipo possono
■ La spettrometria di massa è un metodo
essere identificate mediante l’analisi del DNA 520
altamente sensibile per identificare proteine
sconosciute 483 ■ Il sequenziamento rapido ed economico del DNA
■ Alcune serie di proteine interagenti possono essere ha rivoluzionato gli studi genetici sull’uomo 521
identificate con metodi biochimici 485 ■ Blocchi collegati di polimorfismi ci sono stati
■ Le interazioni fra proteine possono essere trasmessi dai nostri antenati 521
monitorate con metodi ottici 486 ■ I polimorfismi possono servire nella ricerca
■ La funzione delle proteine può essere inibita delle mutazioni associate alle malattie 522
selettivamente con piccole molecole 487 ■ La genomica sta accelerando la scoperta di
■ La diffrazione ai raggi X può rivelare la struttura mutazioni rare che ci predispongono a malattie
di una proteina 488 gravi 523
■ La NMR può essere usata per determinare la ■ La genetica inversa inizia con un gene noto
struttura delle proteine in soluzione 489 e determina quali processi cellulari richiedono
la sua funzione 523
■ La sequenza e la struttura di una proteina forniscono
indizi sulla sua funzione 490 ■ Animali e piante possono essere alterati
geneticamente 525
SOMMARIO 491
■ Il sistema batterico CRISPR è stato adattato
Analisi e manipolazione del DNA 491 per modificare i genomi in un’ampia varietà
■ Le nucleasi di restrizione tagliano in frammenti di specie 526
specifici grosse molecole di DNA 492 ■ Ampie serie di mutazioni ingegnerizzate forniscono
■ L’elettroforesi su gel separa molecole di DNA di uno strumento per esaminare la funzione di ciascun
dimensioni diverse 493 gene in un organismo 527
INDICE
© 978-88-08-62126-9 XXIII

■ L’interferenza da RNA è un sistema semplice e rapido CAPITOLO 9


per saggiare la funzione di un gene 529 Visualizzazione delle cellule 562
■ I geni reporter rivelano quando e dove un gene
Osservazione delle cellule al microscopio ottico 562
è espresso 530
■ Il microscopio ottico può risolvere dettagli separati
■ L’ibridazione in situ può rivelare la localizzazione
da 0,2 mm 563
di mRNA e di RNA non codificanti 532
■ Quando i livelli di luce sono bassi il rumore dei
■ L’espressione di singoli geni può essere misurata
fotoni crea ulteriori limiti alla risoluzione 565
usando la RT-PCR quantitativa 532
■ Le cellule viventi si vedono chiaramente
■ L’analisi degli mRNA con i microarray o con
con un microscopio a contrasto di fase o a contrasto
l’RNA-seq fornisce un’istantanea dell’espressione
di interferenza differenziale 566
genica 533
■ Le immagini possono essere migliorate e analizzate
■ L’immunoprecipitazione della cromatina su scala
con tecniche digitali 567
genomica identifica i siti del genoma occupati da
regolatori trascrizionali 534 ■ I tessuti intatti vengono fissati e sezionati per la
microscopia 568
■ La determinazione del profilo ribosomiale rivela quali
mRNA vengono tradotti nella cellula 536
■ Molecole specifiche possono essere localizzate nelle
cellule con la microscopia a fluorescenza 569
■ I metodi del DNA ricombinante hanno rivoluzionato
■ Gli anticorpi possono essere usati per rivelare
il modo di curare le malattie 536
molecole specifiche 572
■ Le piante transgeniche sono importanti per
■ La visualizzazione di oggetti tridimensionali
l’agricoltura 537
complessi è possibile con il microscopio ottico 573
SOMMARIO 538 ■ Il microscopio confocale produce sezioni ottiche
Analisi matematica delle funzioni cellulari 539 escludendo la luce fuori fuoco 573
■ Le reti regolatrici dipendono da interazioni ■ Singole proteine possono essere etichettate con
molecolari 540 composti fluorescenti in cellule e organismi viventi 575
■ Le equazioni differenziali ci aiutano a prevedere ■ La dinamica delle proteine può essere seguita
comportamenti transitori 542 in cellule viventi 576
■ Sia l’attività del promotore, sia la degradazione della ■ Concentrazioni ioniche intracellulari che cambiano
proteina influenzano la velocità di cambiamento rapidamente possono essere misurate con indicatori
della concentrazione proteica 543 che emettono luce 579
■ Il tempo necessario per raggiungere lo stato ■ Singole molecole possono essere visualizzate
stazionario dipende dalla vita media della proteina 545 usando la microscopia a fluorescenza a riflessione
■ I metodi quantitativi sono simili per i repressori interna totale 581
e per gli attivatori della trascrizione 545 ■ Singole molecole possono essere toccate, visualizzate
■ Il feedback negativo è una strategia potente nella e spostate con il microscopio a forza atomica 581
regolazione cellulare 545 ■ Tecniche di fluorescenza a super-risoluzione
■ Un feedback negativo ritardato può indurre delle possono superare i limiti dovuti alla diffrazione 583
oscillazioni 547 ■ La super-risoluzione può essere ottenuta anche
usando metodi di localizzazione a singola molecola 585
■ Il legame al DNA a opera di un repressore o di un
attivatore può essere cooperativo 548 SOMMARIO 586
■ Il feedback positivo è importante per le risposte a Osservazione di cellule e molecole
interruttore e per la bistabilità 549 al microscopio elettronico 587
■ La robustezza è un’importante caratteristica delle ■ Il microscopio elettronico risolve la struttura fine
reti biologiche 551 della cellula 587
■ Due regolatori trascrizionali che si legano al ■ I campioni biologici richiedono una preparazione
promotore dello stesso gene possono esercitare un speciale per il microscopio elettronico 589
controllo combinatorio 552 ■ Macromolecole specifiche possono essere
■ Un’interazione a feed-forward incoerente genera localizzate mediante microscopia elettronica
impulsi 553 immunogold 590
■ Un’interazione a feed-forward coerente permette ■ Immagini differenti di un singolo oggetto possono
di rilevare segnali di ingresso persistenti 554 essere combinate per ottenere una ricostruzione
■ La stessa rete di vie biochimiche può comportarsi tridimensionale 591
in modo differente in cellule diverse a causa di effetti ■ Immagini di superfici possono essere ottenute
stocastici 555 mediante microscopia elettronica a scansione 592
■ Molti approcci computazionali possono essere ■ La colorazione negativa e la microscopia
utilizzati per creare modelli delle reazioni crioelettronica permettono di visualizzare
in una cellula 556 macromolecole ad alta risoluzione 595
■ I metodi statistici sono cruciali per l’analisi dei dati ■ Più immagini possono essere combinate
biologici 556 per aumentare la risoluzione 596
SOMMARIO 557 SOMMARIO 597
PROBLEMI 557 PROBLEMI 597
BIBLIOGRAFIA 560 BIBLIOGRAFIA 598
INDICE
XXIV © 978-88-08-62126-9

PARTE 4 ■ Ci sono due classi principali di proteine di trasporto


L’ORGANIZZAZIONE INTERNA DELLA CELLULA di membrana: trasportatori e canali 638
■ Il trasporto attivo è mediato da trasportatori
CAPITOLO 10 accoppiati a una fonte di energia 639
La struttura della membrana 602 SOMMARIO 640
Il doppio strato lipidico 603 Trasportatori e trasporto attivo di membrana 641
■ Fosfogliceridi, sfingolipidi e steroli sono i lipidi ■ Il trasporto attivo può essere spinto da gradienti
principali delle membrane cellulari 603 ionici 642
■ I fosfolipidi formano spontaneamente doppi strati 605 ■ I trasportatori nella membrana plasmatica regolano
■ Il doppio strato lipidico è un fluido bidimensionale 607 il pH citosolico 645
■ La fluidità di un doppio strato lipidico dipende ■ Una distribuzione asimmetrica di trasportatori
dalla sua composizione 608 nelle cellule epiteliali è alla base del trasporto
■ Nonostante la loro fluidità, i doppi strati lipidici transcellulare di soluti 645
possono formare domini con composizione diversa 610 ■ Ci sono tre classi di pompe spinte da ATP 646
■ Le goccioline lipidiche sono circondate da un ■ Una pompa ATPasi di tipo P pompa Ca2+ nel reticolo
monostrato fosfolipidico 610 sarcoplasmatico delle cellule muscolari 647
■ L’asimmetria del doppio strato lipidico ■ La pompa Na+-K+ di tipo P della membrana
è importante dal punto di vista funzionale 611 plasmatica stabilisce il gradiente di Na+ attraverso
■ I glicolipidi si trovano sulla superficie di tutte la membrana plasmatica 649
le membrane plasmatiche eucariotiche 612 ■ I trasportatori ABC costituiscono la più grande
SOMMARIO 614 famiglia di proteine di trasporto di membrana 649
Le proteine di membrana 614 SOMMARIO 652
■ Le proteine di membrana possono essere associate al I canali ionici e le proprietà elettriche delle
doppio strato lipidico in vari modi 614 membrane 652
■ Le ancore lipidiche controllano la localizzazione di ■ Le acquaporine sono permeabili all’acqua ma
membrana di alcune proteine di segnalazione 615 impermeabili agli ioni 653
■ Nella maggior parte delle proteine transmembrana ■ I canali ionici sono selettivi per gli ioni e oscillano
la catena polipeptidica attraversa il doppio strato fra stati aperti e chiusi 654
lipidico in una conformazione ad a elica 617
■ Il potenziale di membrana nelle cellule animali
■ Le a eliche transmembrana spesso interagiscono dipende soprattutto dai canali che perdono K+
fra loro 618
(K+ leak channel) e dal gradiente di K+ attraverso la
■ Alcuni barili b formano grossi canali transmembrana 619 membrana plasmatica 656
■ Molte proteine di membrana sono glicosilate 620 QUADRO 11.1
■ Le proteine di membrana possono essere solubilizzate La derivazione dell’equazione di Nernst 657
e purificate in detergenti 621 ■ Il potenziale a riposo decade lentamente soltanto
■ La batteriorodopsina è una pompa protonica (H+) quando si ferma la pompa Na+-K+ 658
alimentata dalla luce che attraversa il doppio strato ■ La struttura tridimensionale di un canale per il K+
lipidico con sette a eliche 625 batterico mostra come può funzionare un canale
■ Le proteine di membrana spesso esercitano la loro ionico 659
funzione sotto forma di grossi complessi 627 ■ Canali sensibili a forze meccaniche proteggono
■ Molte proteine di membrana diffondono nel piano le cellule batteriche da pressioni osmotiche estreme 661
della membrana 627 ■ La funzione di una cellula nervosa dipende dalla sua
■ Le cellule possono confinare proteine e lipidi struttura allungata 661
in domini specifici all’interno di una membrana 628
■ I canali cationici regolati da voltaggio generano
■ Il citoscheletro corticale conferisce forza meccanica potenziali d’azione nelle cellule eccitabili
alle membrane e limita la diffusione delle proteine elettricamente 663
di membrana 630
■ L’utilizzo delle canalrodopsine ha rivoluzionato
■ Le proteine che piegano la membrana deformano lo studio dei circuiti neuronali 664
il doppio strato 632
■ La mielinizzazione aumenta la velocità e l’efficienza
SOMMARIO 633 della propagazione del potenziale d’azione
PROBLEMI 634 nelle cellule nervose 667
BIBLIOGRAFIA 635 ■ Le registrazioni a patch-clamp indicano che singoli
canali ionici si aprono in una modalità tutto o nulla 667
I canali cationici regolati da voltaggio sono correlati
CAPITOLO 11 ■

evolutivamente e strutturalmente 669


Il trasporto di membrana di piccole
■ Tipi diversi di neuroni mostrano caratteristiche
molecole e le proprietà elettriche
proprietà stabili nella generazione di potenziali
delle membrane 637
d’azione 669
I principi del trasporto di membrana 638 ■ I canali ionici regolati da trasmettitore convertono
■ I doppi strati lipidici privi di proteine sono altamente segnali chimici in segnali elettrici a livello delle sinapsi
impermeabili agli ioni 638 chimiche 670
INDICE
© 978-88-08-62126-9 XXV

■ Le sinapsi chimiche possono essere eccitatorie o ■ L’idrolisi di ATP e un potenziale di membrana


inibitorie 671 sono usati per spingere l’importazione delle proteine
■ I recettori dell’acetilcolina a livello della giunzione nei mitocondri 706
neuromuscolare sono canali cationici eccitatori ■ I batteri e i mitocondri usano meccanismi simili per
regolati da trasmettitori 672 inserire porine nella loro membrana esterna 707
■ I neuroni contengono molti tipi di canali regolati da ■ Il trasporto di proteine nella membrana mitocondriale
trasmettitori 674 interna e nello spazio intermembrana avviene tramite
■ Molti farmaci psicoattivi agiscono a livello delle sinapsi 674 diverse vie 708
■ La trasmissione neuromuscolare comporta ■ Due sequenze segnale dirigono le proteine
l’attivazione sequenziale di cinque serie diverse di alla membrana tilacoidale dei cloroplasti 710
canali ionici 675 SOMMARIO 711
■ I singoli neuroni sono complessi dispositivi di I perossisomi 712
elaborazione dei dati 676
■ I perossisomi usano ossigeno molecolare e acqua
■ L’elaborazione neuronale richiede una combinazione
ossigenata per svolgere reazioni ossidative 712
di almeno tre tipi di canali del K+ 677
■ Una breve sequenza segnale dirige l’importazione
■ Il potenziamento a lungo termine (LTP)
di proteine nei perossisomi 713
nell’ippocampo dei mammiferi dipende dall’ingresso
di Ca2+ attraverso i canali dei recettori NMDA 679 SOMMARIO 714
SOMMARIO 681 Il reticolo endoplasmatico 715
PROBLEMI 682 ■ Il reticolo endoplasmatico è strutturalmente
e funzionalmente diversificato 715
BIBLIOGRAFIA 683
■ Le sequenze segnale sono state scoperte per la prima
volta in proteine importate nel RE ruvido 718
CAPITOLO 12 ■ Una particella di riconoscimento del segnale (SRP)
Compartimenti intracellulari dirige le sequenze segnale del RE a un recettore
e smistamento delle proteine 685 specifico nella membrana del RE ruvido 719
La compartimentazione delle cellule 685 ■ La catena polipeptidica passa attraverso un poro
■ Tutte le cellule eucariotiche hanno la stessa serie di acquoso nel traslocatore 721
base di organelli racchiusi da membrane 685 ■ La traslocazione attraverso la membrana del RE
■ Le origini evolutive spiegano le relazioni topologiche non richiede sempre che la catena polipeptidica
degli organelli racchiusi da membrana 687 si stia allungando 723
■ Le proteine si possono muovere fra i compartimenti ■ Nelle proteine transmembrana a singolo passaggio,
in modi diversi 689 una singola sequenza segnale interna del RE rimane
nel doppio strato lipidico come a elica che attraversa
■ Sequenze segnale e recettori di smistamento dirigono
la membrana 723
le proteine verso il corretto indirizzo cellulare 691
■ La maggior parte degli organelli non può essere ■ Combinazioni di segnali di inizio e di stop del
costruita dal nulla: sono necessarie informazioni trasferimento determinano la topologia delle
presenti nell’organello preesistente 692
proteine transmembrana a passaggi multipli 725
■ Le proteine ancorate al reticolo endoplasmatico
SOMMARIO 693
mediante la coda sono integrate nella membrana
Il trasporto di molecole fra il nucleo e il citosol 693 del RE da un meccanismo speciale 728
■ I complessi dei pori nucleari attraversano l’involucro ■ Le catene polipeptidiche traslocate si ripiegano
nucleare 694 e si assemblano nel lume del RE ruvido 729
■ I segnali di localizzazione nucleare dirigono le ■ La maggior parte delle proteine sintetizzate nel
proteine nucleari nel nucleo 694 RE ruvido viene glicosilata per aggiunta di un
■ I recettori di importazione nucleare legano sia segnali oligosaccaride comune legato al gruppo NH2 della
di localizzazione che proteine dell’NPC 696 catena laterale di un’asparagina 729
■ L’esportazione dal nucleo funziona come ■ Gli oligosaccaridi sono usati come etichette per
l’importazione nucleare, ma alla rovescia 697 indicare lo stato di ripiegamento delle proteine 731
■ La GTPasi Ran conferisce direzionalità al trasporto ■ Le proteine ripiegate in modo inappropriato sono
attraverso gli NPC 698 esportate dal RE e degradate nel citosol 732
■ Il trasporto attraverso gli NPC può essere regolato ■ Le proteine ripiegate male nel RE attivano una
controllando l’accesso al macchinario di trasporto 699 risposta alle proteine non ripiegate 733
■ L’involucro nucleare si disassembla durante la mitosi 701 ■ Alcune proteine di membrana acquisiscono
SOMMARIO 702 un’àncora di glicosilfosfatidilinositolo (GPI) attaccata
covalentemente 735
Il trasporto di proteine nei mitocondri
■ La maggior parte dei doppi strati lipidici è assemblata
e nei cloroplasti 703
nel RE 735
■ La traslocazione nei mitocondri dipende da sequenze SOMMARIO 738
segnale e da proteine traslocatrici 704
■ I precursori delle proteine mitocondriali sono PROBLEMI 738
importati come catene polipeptidiche non ripiegate 705 BIBLIOGRAFIA 740
INDICE
XXVI © 978-88-08-62126-9

CAPITOLO 13 ■ Vie multiple portano materiali ai lisosomi 774


Traffico intracellulare di membrana 742 ■ L’autofagia degrada proteine e organelli indesiderati 774
I meccanismi molecolari del trasporto di ■ Un recettore del mannosio 6-fosfato smista le idrolasi
membrana e il mantenimento della diversità lisosomiali nel reticolo del trans-Golgi 776
dei compartimenti 744 ■ Negli esseri umani i difetti nella GlcNAc
fosfotrasferasi causano una malattia da deposito
■ Esistono vari tipi di vescicole rivestite 744
lisosomiale 777
■ L’assemblaggio di un rivestimento di clatrina
determina la formazione della vescicola 745
■ Alcuni lisosomi e alcuni corpi multivescicolari possono
subire esocitosi 778
■ Le proteine adattatrici selezionano il cargo dentro
le vescicole rivestite di clatrina 746 SOMMARIO 779
■ I fosfoinositidi agiscono come marcatori di organelli Il trasporto nella cellula dalla membrana
e domini di membrana 747 plasmatica: endocitosi 779
■ Le proteine che piegano la membrana contribuiscono ■ Le vescicole pinocitiche si formano da fosse rivestite
a deformare la membrana durante la formazione nella membrana plasmatica 780
della vescicola 748 ■ Non tutte le vescicole pinocitiche sono rivestite di
■ Sia il distacco che la perdita del rivestimento clatrina 780
delle vescicole rivestite sono regolati da proteine ■ Le cellule importano macromolecole extracellulari
citoplasmatiche 749 selezionate tramite endocitosi mediata da recettore 782
■ GTPasi monomeriche controllano l’assemblaggio ■ Proteine specifiche sono rimosse dagli endosomi
del rivestimento 749 precoci e riportate alla membrana plasmatica 783
■ Non tutte le vescicole di trasporto sono sferiche 752 ■ I recettori della segnalazione sulla membrana
■ Le proteine Rab guidano le vescicole di trasporto plasmatica sono sotto-regolati dalla degradazione
verso la loro membrana bersaglio 753 nei lisosomi 784
■ Le cascate di Rab possono cambiare l’identità ■ Gli endosomi precoci maturano in endosomi tardivi 785
di un organello 755
■ I complessi proteici ESCRT mediano la formazione
■ Le SNARE mediano la fusione delle membrane 755 delle vescicole intraluminali nei corpi multivescicolari 786
■ Le SNARE che interagiscono devono essere separate ■ Gli endosomi di recupero regolano la composizione
prima di poter funzionare di nuovo 757 della membrana plasmatica 787
SOMMARIO 758 ■ Cellule fagocitiche specializzate possono ingerire
Il trasporto dal RE attraverso l’apparato grosse particelle 788
del Golgi 758 SOMMARIO 790
■ Le proteine lasciano il RE in vescicole di trasporto Il trasporto dal reticolo del trans-Golgi
rivestite di COPII 759 all’esterno della cellula: esocitosi 791
■ Soltanto le proteine che sono ripiegate e assemblate ■ Molte proteine e molti lipidi sono trasportati
correttamente possono lasciare il RE 760 automaticamente dal reticolo del trans-Golgi (TGN)
■ Il trasporto dal RE all’apparato del Golgi è mediato alla superficie della cellula 791
da gruppi vescicolari tubulari 760 ■ Le vescicole secretorie gemmano dal reticolo del
■ La via di recupero verso il RE usa segnali di trans-Golgi 792
smistamento 762 ■ I precursori delle proteine secretorie sono spesso
■ Molte proteine sono trattenute selettivamente nei processati proteoliticamente durante la formazione
compartimenti in cui agiscono 763 delle vescicole secretorie 794
■ L’apparato del Golgi è costituito da una serie ordinata ■ Le vescicole secretorie restano in attesa vicino alla
di compartimenti 763 membrana plasmatica fino a che non ricevono il
■ Le catene degli oligosaccaridi sono processate segnale per rilasciare il loro contenuto 794
nell’apparato del Golgi 765 ■ Per l’esocitosi rapida le vescicole sinaptiche
■ I proteoglicani sono assemblati nell’apparato sono pronte a livello della membrana plasmatica
del Golgi 766 presinaptica 795
■ Qual è lo scopo della glicosilazione? 768 ■ Le vescicole sinaptiche si possono formare
■ Il trasporto attraverso l’apparato del Golgi può direttamente dalle vescicole endocitiche 795
avvenire per maturazione delle cisterne 769 ■ I componenti della membrana della vescicola
■ Le proteine della matrice del Golgi aiutano a secretoria sono rimossi rapidamente dalla membrana
organizzare la pila 770 plasmatica 796
SOMMARIO 771 ■ Alcuni eventi di esocitosi regolata servono
a ingrandire la membrana plasmatica 797
Il trasporto dal reticolo del trans-Golgi
ai lisosomi 771
■ Le cellule polarizzate dirigono le proteine dal
reticolo del trans-Golgi al dominio appropriato della
■ I lisosomi sono i siti principali di digestione membrana plasmatica 799
intracellulare 771
SOMMARIO 800
■ I lisosomi sono eterogenei 772
■ I vacuoli dei vegetali e dei funghi sono lisosomi molto PROBLEMI 801
versatili 773 BIBLIOGRAFIA 802
INDICE
© 978-88-08-62126-9 XXVII

CAPITOLO 14 ■ I cloroplasti catturano energia dalla luce solare


Conversione dell’energia: mitocondri e la usano per fissare il carbonio 835
e cloroplasti 804 ■ La fissazione del carbonio utilizza ATP e NADPH
per convertire CO2 in zuccheri 836
Il mitocondrio 806
■ Gli zuccheri generati dalla fissazione del carbonio
■ Il mitocondrio ha una membrana esterna e una
sono immagazzinati come amido o sono consumati
membrana interna 808
per produrre ATP 837
■ Le creste della membrana interna contengono il
■ Le membrane tilacoidali dei cloroplasti contengono
macchinario per il trasporto degli elettroni e per la
i complessi proteici necessari per la fotosintesi
sintesi dell’ATP 809
e per la produzione di ATP 838
■ Il ciclo dell’acido citrico nella matrice produce NADH 809
■ I complessi clorofilla-proteina possono trasferire sia
■ Il mitocondrio ha molti ruoli essenziali nel l’energia di eccitazione sia gli elettroni 839
metabolismo cellulare 810
■ Un fotosistema è formato da un complesso antenna
■ Un processo chemiosmotico accoppia l’energia di e da un centro di reazione 840
ossidazione alla produzione di ATP 812
■ La membrana del tilacoide contiene due diversi
■ L’energia derivata dall’ossidazione è conservata fotosistemi che operano in serie 841
come gradiente elettrochimico 812
■ Il fotosistema II usa un gruppo manganese per
SOMMARIO 814 rimuovere gli elettroni dall’acqua 843
Le pompe protoniche della catena di trasporto ■ Il complesso del citocromo b6-f collega il fotosistema
degli elettroni 814 II al fotosistema I 844
■ Il potenziale redox è una misura dell’affinità per gli ■ Il fotosistema I effettua il secondo passaggio di
elettroni 814 separazione della carica nello schema Z 845
■ I trasferimenti di elettroni rilasciano grandi quantità ■ L’ATP sintasi del cloroplasto usa il gradiente protonico
di energia 815 formato dalle reazioni fotosintetiche della luce per
QUADRO 14.1 produrre ATP 845
Potenziali redox 816 ■ Tutti i centri di reazione fotosintetici si sono evoluti
■ Gli ioni dei metalli di transizione e i chinoni accettano da un antenato comune 846
e rilasciano facilmente gli elettroni 817 ■ La forza motrice protonica per la produzione
■ NADH trasferisce i suoi elettroni all’ossigeno di ATP nei mitocondri e nei cloroplasti è
attraverso tre grandi complessi enzimatici immersi sostanzialmente la stessa 846
nella membrana interna 818 ■ I meccanismi chemiosmotici si sono evoluti
■ Il complesso della NADH deidrogenasi contiene dei per fasi 847
moduli separati per il trasporto degli elettroni e per ■ I batteri fotosintetici, fornendo una fonte
pompare i protoni 820 inesauribile di potere riducente, superarono uno
■ La citocromo c reduttasi prende i protoni e li rilascia degli ostacoli principali dell’evoluzione 849
sul lato opposto della membrana della cresta, ■ Le catene fotosintetiche di trasporto degli elettroni
pompando così i protoni 821 dei cianobatteri producevano ossigeno atmosferico
■ Il complesso della citocromo c ossidasi pompa i permettendo nuove forme di vita 849
protoni e riduce O2 utilizzando un centro catalitico
SOMMARIO 850
ferro-zolfo 821
■ La catena respiratoria forma un supercomplesso nella I sistemi genetici dei mitocondri
membrana della cresta 824 e dei cloroplasti 852
■ I protoni si possono muovere rapidamente attraverso ■ I sistemi genetici dei mitocondri e dei cloroplasti
le proteine lungo vie predefinite 825 assomigliano a quelli dei procarioti 853
SOMMARIO 826 ■ Con il tempo i mitocondri e i cloroplasti hanno
esportato la maggior parte dei loro geni nel nucleo
La produzione di ATP nei mitocondri 826
attraverso il trasferimento genico 853
■ Un alto valore negativo di DG per l’idrolisi di ATP
■ La scissione e la fusione dei mitocondri sono processi
rende l’ATP utile alla cellula 826
topologicamente complessi 854
■ L’ATP sintasi è una nanomacchina che produce ATP
■ I mitocondri animali contengono i sistemi genetici
attraverso una catalisi rotatoria 828
noti più semplici 856
■ Le turbine spinte dai protoni hanno un’origine antica 829
■ I mitocondri presentano un uso leggermente
■ Le creste mitocondriali aiutano a rendere efficiente la ridondante dei codoni e possono mostrare lievi
sintesi di ATP 830 differenze del codice genetico 857
■ Speciali proteine di trasporto scambiano ATP e ADP ■ Tra i cloroplasti e i batteri esistono molte somiglianze
attraverso la membrana interna 831
impressionanti 859
■ I meccanismi chemiosmotici sono comparsi per la
■ I geni degli organelli sono ereditati per via materna
prima volta nei batteri 832
negli animali e nelle piante 860
SOMMARIO 834 ■ Mutazioni nel DNA mitocondriale possono causare
Cloroplasti e fotosintesi 834 gravi malattie ereditarie 861
■ I cloroplasti assomigliano ai mitocondri ma hanno ■ L’accumulo di mutazioni nel DNA mitocondriale
un compartimento tilacoidale separato 834 contribuisce all’invecchiamento 861
INDICE
XXVIII © 978-88-08-62126-9

■ Perché i mitocondri e i cloroplasti mantengono un ■ I segnali sono amplificati da secondi messaggeri


dispendioso sistema separato per la trascrizione e da cascate enzimatiche 902
del DNA e per la traduzione? 862 ■ La desensibilizzazione dei GPCR dipende dalla
SOMMARIO 862 fosforilazione del recettore 903
PROBLEMI 862 SOMMARIO 904
BIBLIOGRAFIA 864 Segnalazione tramite recettori accoppiati
a enzimi 904
CAPITOLO 15 ■ I recettori tirosina chinasi (RTK) attivati fosforilano
Segnalazione cellulare 866 se stessi 905
■ Le tirosine fosforilate sugli RTK fungono da siti
Principi della segnalazione cellulare 866
di attracco per le proteine di segnalazione
■ I segnali extracellulari possono agire su distanze intracellulari 907
brevi e lunghe 868 ■ Le proteine con domini SH2 si legano a tirosine
■ Le molecole di segnalazione extracellulari si legano fosforilate 907
a recettori specifici 869 ■ La GTPasi Ras media la segnalazione proveniente
■ Ciascuna cellula è programmata per rispondere dalla maggior parte degli RTK 909
a combinazioni specifiche di segnali extracellulari 869 ■ Ras attiva un modulo di segnalazione della MAP
■ Ci sono tre classi principali di recettori proteici di chinasi 910
superficie 871 ■ Proteine impalcatura aiutano a impedire interferenze
■ I recettori di superficie trasmettono segnali tramite tra moduli paralleli di MAP chinasi 912
molecole di segnalazione intracellulari 872 ■ I recettori presenti sulla superficie cellulare sono
■ I segnali intracellulari devono essere specifici e precisi collegati funzionalmente al citoscheletro da GTPasi
in un citoplasma con molto rumore di fondo 874 della famiglia Rho 913
■ A livello dei recettori attivati si formano dei complessi ■ La PI 3-chinasi produce siti di attracco per lipidi
di segnalazione intracellulare 875 nella membrana plasmatica 913
■ Le interazioni fra proteine di segnalazione ■ La via di segnalazione PI 3-chinasi-Akt stimola
intracellulare sono mediate da domini di legame le cellule animali a sopravvivere e a crescere 915
modulari 875 ■ RTK e GPCR attivano vie di segnalazione che si
■ Il rapporto tra segnale e risposta varia nelle diverse sovrappongono 916
vie di segnalazione 877 ■ Alcuni recettori accoppiati a enzimi sono associati
■ La velocità di una risposta dipende dal turnover a tirosina chinasi citoplasmatiche 917
delle molecole di segnalazione 879 ■ I recettori delle citochine attivano la via di
■ Le cellule possono rispondere in modo brusco segnalazione JAK-STAT 918
a un segnale che aumenta gradualmente 880 ■ Proteine tirosina fosfatasi specifiche eliminano le
■ I feedback positivi possono generare risposte fosforilazioni in tirosina 920
“tutto o nulla” 882 ■ Le proteine segnale della superfamiglia del TGFb
■ Il feedback negativo è comune nei sistemi di agiscono tramite recettori serina/treonina chinasi e
segnalazione 883 Smad 920
■ Le cellule possono regolare la loro sensibilità a un SOMMARIO 922
segnale 884
Vie di segnalazione alternative
SOMMARIO 885 nella regolazione genica 923
Segnalazione tramite recettori accoppiati ■ Il recettore Notch è una proteina latente che regola
a proteine G 886 la trascrizione 923
■ Le proteine G trimeriche trasmettono segnali ■ Le proteine Wnt si legano a recettori Frizzled e
derivanti dai GPCR 886 inibiscono la degradazione della b-catenina 925
■ Alcune proteine G regolano la produzione ■ Le proteine Hedgehog si legano a Patched,
di AMP ciclico 888 rimuovendo la sua inibizione su Smoothened 927
■ La proteina chinasi dipendente da AMP ciclico (PKA) ■ Molti stimoli infiammatori e di stress agiscono tramite
media la maggior parte degli effetti dell’AMP ciclico 889 una via di segnalazione dipendente da NFkB 929
■ Alcune proteine G comunicano attraverso i fosfolipidi 890 ■ I recettori nucleari sono regolatori trascrizionali
■ Il Ca2+ ha la funzione di mediatore intracellulare modulati da ligando 930
ubiquitario 892 ■ Gli orologi circadiani contengono circuiti a feedback
■ Il feedback genera onde e oscillazioni del Ca2+ 893 negativo che controllano l’espressione genica 933
■ Proteine chinasi dipendenti da Ca2+/calmodulina ■ Tre proteine in una provetta possono ricostituire
mediano molte delle risposte ai segnali del Ca2+ 894 l’orologio circadiano di un cianobatterio 934
■ Alcune proteine G regolano direttamente canali ionici 896 SOMMARIO 935
■ Olfatto e vista dipendono da GPCR che regolano Segnalazione nei vegetali 936
canali ionici 898 ■ Pluricellularità e comunicazione cellulare si sono
■ L’ossido nitrico è un mediatore gassoso della evolute in modo indipendente nei vegetali e negli
segnalazione che passa tra le cellule 901 animali 936
INDICE
© 978-88-08-62126-9 XXIX

■ I recettori serina/treonina chinasi sono la classe più ■ I batteri possono sequestrare il citoscheletro di actina
grande di recettori di superficie nei vegetali 937 dell’ospite 971
■ L’etilene blocca la degradazione di specifiche SOMMARIO 971
proteine che regolano la trascrizione nel nucleo 937
Miosina e actina 972
■ Il posizionamento regolato dei trasportatori
■ Le proteine motrici basate su actina sono membri
di auxina modella la crescita vegetale 938
della superfamiglia della miosina 972
■ I fitocromi rilevano la luce rossa e i criptocromi
■ La miosina genera forza accoppiando l’idrolisi di ATP
la luce blu 940
a cambiamenti conformazionali 973
SOMMARIO 941
■ Lo scivolamento della miosina II lungo i filamenti
PROBLEMI 942 di actina causa la contrazione muscolare 974
BIBLIOGRAFIA 944 ■ La contrazione muscolare inizia con un improvviso
aumento della concentrazione citosolica di Ca2+ 978
■ Il muscolo cardiaco è una macchina di alta
CAPITOLO 16 ingegneria 981
Il citoscheletro 946
■ Actina e miosina svolgono molte funzioni nelle
Funzione e origine del citoscheletro 946 cellule non muscolari 981
■ I filamenti citoscheletrici si adattano per formare SOMMARIO 983
strutture dinamiche o stabili 947
I microtubuli 984
QUADRO 16.1
I tre tipi principali di filamenti proteici che formano ■ I microtubuli sono tubi cavi formati
il citoscheletro 948 da protofilamenti 985
■ Il citoscheletro determina l’organizzazione e la ■ I microtubuli sono sottoposti a instabilità dinamica 985
polarità cellulari 949 ■ Le funzioni dei microtubuli sono inibite sia da farmaci
■ I filamenti si assemblano a partire da subunità che stabilizzano il polimero sia da farmaci che lo
proteiche che conferiscono specifiche proprietà destabilizzano 986
fisiche e dinamiche 950 ■ I microtubuli sono nucleati da un complesso proteico
■ I filamenti del citoscheletro sono regolati da proteine che contiene g-tubulina 988
accessorie e da proteine motrici 952 ■ Nelle cellule animali i microtubuli si estendono dal
■ L’organizzazione e la divisione delle cellule batteriche centrosoma 989
dipendono da proteine omologhe a quelle che ■ Le proteine che legano i microtubuli regolano
costituiscono il citoscheletro degli eucarioti 953 l’organizzazione e la dinamica dei filamenti 990
SOMMARIO 955 QUADRO 16.4
I microtubuli 991
LÕactina e le proteine che legano lÕactina 955
■ Le proteine che legano le estremità più dei
■ Le subunità di actina si assemblano testa-coda, microtubuli ne regolano la dinamica e la stabilità 992
creando filamenti flessibili e polari 956 ■ Le proteine che sequestrano la tubulina e che
■ La nucleazione è il passaggio limitante nella tagliano i microtubuli destabilizzano i microtubuli 994
formazione dei filamenti di actina 957 ■ Ci sono due tipi di proteine motrici che si muovono
QUADRO 16.2 lungo i microtubuli 994
La polimerizzazione di actina e tubulina 958
■ I microtubuli e i motori muovono gli organelli
■ I filamenti di actina hanno due estremità distinte e e le vescicole 997
crescono a velocità diverse 960
■ La costruzione di assemblaggi complessi di
■ L’idrolisi dell’ATP nei filamenti di actina porta il microtubuli richiede la dinamica dei microtubuli
treadmilling allo stato stazionario 960 e le proteine motrici 999
■ Le funzioni dei filamenti di actina sono inibite sia ■ Ciglia e flagelli mobili sono costituiti da microtubuli
dalle sostanze chimiche che stabilizzano il polimero e dineine 1000
sia da quelle che lo destabilizzano 961
■ Le ciglia primarie svolgono importanti funzioni di
■ Le proteine che legano l’actina influenzano le segnalazione nelle cellule animali 1002
dinamiche e l’organizzazione del filamento 962
SOMMARIO 1003
■ La disponibilità dei monomeri controlla
l’assemblaggio del filamento di actina 962 I filamenti intermedi e le septine 1003
QUADRO 16.3 ■ La struttura dei filamenti intermedi dipende
I filamenti di actina 963 dalla formazione di fasci laterali e dall’avvolgimento
■ I fattori che nucleano l’actina accelerano la a spirale 1004
polimerizzazione e formano filamenti ramificati o diritti 964 ■ I filamenti intermedi conferiscono stabilità
■ Le proteine che legano il filamento di actina alterano meccanica alle cellule animali 1005
le dinamiche del filamento 966 ■ Le proteine linker connettono i filamenti del
■ Proteine che tagliano i filamenti regolano la citoscheletro e costituiscono un ponte con
depolimerizzazione dei filamenti di actina 967 l’involucro nucleare 1008
■ Complessi di ordine superiore di filamenti di actina ■ Le septine formano filamenti che regolano
influenzano le proprietà meccaniche cellulari e la la polarità cellulare 1009
segnalazione 968 SOMMARIO 1010
INDICE
XXX © 978-88-08-62126-9

La polarizzazione cellulare La mitosi 1039


e la migrazione 1010 QUADRO 17.1
■ Molte cellule possono strisciare su un substrato Gli stadi principali della fase M (mitosi e citochinesi)
solido 1010 in una cellula animale 1040
■ M-Cdk induce l’ingresso in mitosi 1042
■ La protrusione della membrana plasmatica è spinta
dalla polimerizzazione dell’actina 1011 ■ La defosforilazione attiva M-Cdk all’inizio
■ I lamellipodi contengono tutto il macchinario della mitosi 1042
necessario per la motilità cellulare 1012 ■ Le condensine aiutano a configurare i cromosomi
■ La contrazione della miosina e l’adesione duplicati in vista della separazione 1043
cellulare permettono alle cellule di spingersi ■ Il fuso mitotico è una macchina basata
in avanti 1014 su microtubuli 1044
■ La polarizzazione cellulare è controllata da membri ■ Motori proteici dipendenti dai microtubuli
della famiglia di proteine Rho 1016 governano l’assemblaggio e la funzione del fuso 1045
■ Segnali extracellulari possono attivare i tre membri ■ Molteplici meccanismi collaborano all’assemblaggio
della famiglia di proteine Rho 1018 di un fuso mitotico bipolare 1046
■ Segnali esterni possono determinare la direzione ■ La duplicazione dei centrosomi avviene
della migrazione cellulare 1018
precocemente durante il ciclo cellulare 1046
■ M-Cdk inizia l’assemblaggio del fuso nella profase 1047
■ La comunicazione tra gli elementi del citoscheletro
coordina la polarizzazione e la locomozione ■ Nelle cellule animali il completamento
dell’intera cellula 1019 dell’assemblaggio del fuso richiede la demolizione
dell’involucro nucleare 1047
SOMMARIO 1020
■ L’instabilità dei microtubuli aumenta
PROBLEMI 1020 molto durante la mitosi 1048
BIBLIOGRAFIA 1022 ■ I cromosomi mitotici promuovono l’assemblaggio di
fusi bipolari 1048
■ I cinetocori attaccano i cromatidi fratelli al fuso 1049
CAPITOLO 17 ■ Il biorientamento si ottiene per tentativi ed errori 1051
Il ciclo cellulare 1024 ■ Varie forze spostano i cromosomi sul fuso 1053
Una panoramica sul ciclo cellulare 1025 ■ APC/C determina la separazione dei cromatidi
■ Il ciclo cellulare eucariotico si divide in quattro fasi 1025 fratelli e il completamento della mitosi 1054
■ Il controllo del ciclo cellulare è simile in tutti gli ■ I cromosomi non attaccati bloccano la separazione
eucarioti 1027 dei cromatidi fratelli: il punto di controllo
dell’assemblaggio del fuso 1056
■ La progressione del ciclo cellulare può essere
■ I cromosomi segregano nell’anafase A e B 1056
studiata in vari modi 1027
■ I cromosomi segregati sono introdotti
SOMMARIO 1028
nei nuclei figli in telofase 1057
Il sistema di controllo del ciclo cellulare 1028 SOMMARIO 1058
■ Il sistema di controllo del ciclo cellulare innesca La citochinesi 1058
gli eventi principali del ciclo cellulare 1028
■ Actina e miosina II nell’anello contrattile generano
■ Il sistema di controllo del ciclo cellulare dipende la forza per la citochinesi 1059
da proteina chinasi dipendenti da ciclina (Cdk)
■ L’attivazione locale di RhoA innesca l’assemblaggio
attivate ciclicamente 1030
e la contrazione dell’anello contrattile 1060
■ L’attività della Cdk può essere soppressa sia dalla
■ I microtubuli del fuso mitotico determinano il piano
fosforilazione inibitrice che da proteine della divisione delle cellule animali 1061
Cdk inibitrici (CKI) 1031
■ Il fragmoplasto guida la citochinesi nelle piante
■ La proteolisi regolata attiva la transizione superiori 1063
da metafase ad anafase 1032
■ Gli organelli racchiusi da membrana devono essere
■ Il controllo del ciclo cellulare dipende anche dalla distribuiti alle cellule figlie durante la citochinesi 1063
regolazione trascrizionale 1033
■ Alcune cellule riposizionano il loro fuso
■ Il sistema di controllo del ciclo cellulare funziona per dividersi asimmetricamente 1064
come una rete di interruttori biochimici 1034
■ La mitosi può avvenire senza citochinesi 1064
SOMMARIO 1035 ■ La fase G1 è uno stato stabile di inattività di Cdk 1065
La fase S 1035 SOMMARIO 1067
■ S-Cdk inizia la replicazione del DNA una volta La meiosi 1067
per ciclo 1036
■ La meiosi comprende due cicli di segregazione dei
■ La duplicazione dei cromosomi richiede la cromosomi 1067
duplicazione della struttura della cromatina 1038 ■ Gli omologhi duplicati si appaiano durante
■ Le coesine aiutano a mantenere uniti la profase meiotica 1069
i cromatidi fratelli 1038 ■ L’appaiamento degli omologhi termina con la
SOMMARIO 1039 formazione di un complesso sinaptonemale 1069
INDICE
© 978-88-08-62126-9 XXXI

■ La segregazione degli omologhi dipende da molte ■ Le caderine mediano l’adesione omofilica 1106
caratteristiche peculiari della meiosi I 1070 ■ L’adesione cellula-cellula dipendente
■ Il crossing over è strettamente regolato 1072 dalle caderine guida l’organizzazione dei tessuti
■ La meiosi spesso non ha successo 1073 in via di sviluppo 1106
SOMMARIO 1073 ■ Le transizioni epiteliali-mesenchimali dipendono
dal controllo delle caderine 1108
Il controllo della divisione cellulare
■ Le catenine collegano le caderine classiche al
e della crescita cellulare 1073
citoscheletro di actina 1109
■ I mitogeni stimolano la divisione cellulare 1074 ■ Le giunzioni aderenti rispondono alle forze generate
■ Le cellule possono entrare in uno stato specializzato dall’actina citoscheletrica 1109
di non divisione 1075 ■ Il rimodellamento tissutale dipende dalla
■ I mitogeni stimolano le attività di G1-Cdk e G1/S-Cdk 1075 coordinazione della contrazione mediata dall’actina
■ Il danno al DNA blocca la divisione cellulare: la con l’adesione cellula-cellula 1111
risposta al danneggiamento del DNA 1077 ■ I desmosomi conferiscono resistenza meccanica
■ In molte cellule umane c’è un limite innato agli epiteli 1112
al numero delle volte che si possono dividere 1079 ■ Le giunzioni strette formano un sigillo
■ Nelle cellule non cancerose segnali anormali di tra le cellule e una barriera tra i domini
proliferazione causano l’arresto del ciclo cellulare delle membrane plasmatiche 1114
o la morte per apoptosi 1079 ■ Le giunzioni strette contengono filamenti
■ La proliferazione cellulare è accompagnata dalla di proteine di adesione transmembrana 1115
crescita della cellula 1080 ■ Proteine impalcatura organizzano i complessi
■ Le cellule proliferanti di solito coordinano delle proteine giunzionali 1117
crescita e divisione 1081 ■ Le giunzioni gap accoppiano le cellule sia
SOMMARIO 1082 elettricamente che metabolicamente 1118
PROBLEMI 1082 ■ Un connessone di giunzione gap è composto
da sei subunità transmembrana di connessine 1119
BIBLIOGRAFIA 1083
■ Nei vegetali i plasmodesmi svolgono molte
funzioni analoghe a quelle delle giunzioni gap 1120
CAPITOLO 18 ■ Le selectine mediano le adesioni transitorie
La morte cellulare 1085 cellula-cellula nel torrente circolatorio 1121
■ La morte cellulare programmata elimina cellule ■ Membri della superfamiglia delle immunoglobuline
indesiderate 1086 mediano l’adesione cellula-cellula indipendente
■ L’apoptosi dipende da una cascata proteolitica da Ca2+ 1123
intracellulare mediata da caspasi 1087 SOMMARIO 1124
■ Recettori di morte della superficie cellulare
La matrice extracellulare dei tessuti connettivi
attivano la via estrinseca dell’apoptosi 1088
animali 1124
■ La via intrinseca dell’apoptosi dipende
dai mitocondri 1089 ■ La matrice extracellulare è prodotta e orientata
dalle cellule al suo interno 1125
■ Le proteine Bcl2 regolano la via intrinseca
dell’apoptosi 1091 ■ Catene di glicosamminoglicano (GAG) occupano
grandi quantità di spazio e formano gel idratati 1125
■ Gli IAP sono coinvolti nel controllo delle caspasi 1092
■ Lo ialuronano svolge la funzione di riempitivo
■ I fattori di sopravvivenza extracellulari inibiscono
durante la morfogenesi e la riparazione dei tessuti 1126
l’apoptosi in vari modi 1094
■ I proteoglicani sono composti da catene di GAG
■ I fagociti rimuovono la cellula apoptotica 1095
unite covalentemente a un nucleo proteico 1127
■ Un’eccessiva o una insufficiente apoptosi possono
■ I collageni sono le proteine principali della matrice
contribuire a determinare malattie 1095
extracellulare 1129
SOMMARIO 1097 ■ Collageni associati alle fibrille secrete aiutano a
PROBLEMI 1097 organizzarle 1131
BIBLIOGRAFIA 1099 ■ Le cellule aiutano a organizzare le fibrille di collagene
che secernono, esercitando tensione sulla matrice 1132
■ L’elastina conferisce ai tessuti la loro elasticità 1133
PARTE 5 ■ La fibronectina e altre glicoproteine multidominio
aiutano a organizzare la matrice 1134
LE CELLULE NEL LORO CONTESTO SOCIALE
■ La fibronectina si lega alle integrine 1135
■ La tensione esercitata dalle cellule regola
CAPITOLO 19 l’assemblaggio delle fibrille di fibronectina 1136
Giunzioni cellulari e matrice
■ La lamina basale è una forma specializzata
extracellulare 1102
di matrice extracellulare 1137
Le giunzioni cellula-cellula 1104 ■ La laminina e il collagene di tipo IV sono
■ Le caderine costituiscono una famiglia diversa di i componenti principali della lamina basale 1138
molecole di adesione 1105 ■ Le lamine basali hanno funzioni diverse 1139
INDICE
XXXII © 978-88-08-62126-9

■ Le cellule devono essere capaci di degradare ■ Le cellule tumorali hanno un metabolismo dello
e di produrre la matrice 1141 zucchero alterato 1168
■ I proteoglicani della matrice e le glicoproteine ■ Le cellule tumorali hanno un’anomala capacità di
regolano le attività delle proteine secrete 1142 sopravvivere allo stress e ai danni del DNA 1169
SOMMARIO 1143 ■ Le cellule cancerose umane sfuggono a un limite
intrinseco alla proliferazione cellulare 1171
Le giunzioni cellula-matrice 1143
■ Il microambiente tumorale influenza lo sviluppo del
■ Le integrine sono eterodimeri transmembrana che cancro 1171
legano la matrice extracellulare al citoscheletro 1144
■ Le cellule tumorali devono sopravvivere e proliferare
■ Difetti delle integrine sono responsabili di molte in un ambiente estraneo 1172
malattie genetiche 1145
■ Molte proprietà contribuiscono in genere alla crescita
■ Le integrine possono passare da una conformazione cancerosa 1173
attiva a una inattiva 1146
SOMMARIO 1174
■ Le integrine si raggruppano per formare adesioni
forti 1147 I geni cruciali per il cancro: come si scoprono e
■ I punti di attacco alla matrice extracellulare che cosa fanno 1174
agiscono tramite le integrine per controllare la ■ L’identificazione di mutazioni con guadagno
proliferazione e la sopravvivenza cellulari 1148 di funzione e con perdita di funzione ha
■ Le integrine reclutano proteine di segnalazione tradizionalmente richiesto metodi differenti 1175
intracellulare a livello dei siti di adesione cellula- ■ I retrovirus servono da vettori di oncogeni che
matrice 1149 alterano il comportamento cellulare 1176
■ Le adesioni cellula-matrice rispondono alle forze ■ Diverse linee di ricerca di oncogeni hanno portato
meccaniche 1150 allo stesso gene: Ras 1176
SOMMARIO 1151 ■ I geni mutati nel cancro possono essere resi iperattivi
in molti modi 1177
La parete cellulare vegetale 1151
■ Studi di rare sindromi cancerose ereditarie hanno
■ La composizione della parete cellulare dipende dal
identificato per la prima volta geni soppressori dei
tipo di cellule 1151
tumori 1178
■ La resistenza elastica della parete cellulare permette
■ Meccanismi genetici ed epigenetici possono
alle cellule vegetali di sviluppare la pressione di
inattivare i geni soppressori dei tumori 1179
turgore 1153
■ Il sequenziamento sistematico dei genomi di cellule
■ La parete cellulare primaria è costituita da
cancerose ha trasformato le nostre conoscenze
microfibrille di cellulosa intessute con un reticolo di della malattia 1180
polisaccaridi di pectina 1153
■ Molti cancri hanno un genoma estremamente
■ La deposizione orientata della parete controlla danneggiato 1182
la crescita della cellula vegetale 1154
■ Molte mutazioni nelle cellule cancerose sono
■ I microtubuli orientano la deposizione della parete solamente trainate 1183
cellulare 1155
■ I geni cruciali per il cancro rappresentano circa l’1%
SOMMARIO 1157 del genoma umano 1184
PROBLEMI 1157 ■ Il danneggiamento di poche vie chiave è comune a
BIBLIOGRAFIA 1159 molti cancri 1184
■ Mutazioni nella via di PI3K/Akt/mTOR inducono le
cellule tumorali a crescere 1185
CAPITOLO 20
■ Mutazioni della via di p53 permettono alle cellule
Il cancro
tumorali di sopravvivere e proliferare nonostante lo
Il cancro come processo microevolutivo 1161 stress e i danni al DNA 1186
■ Le cellule cancerose aggirano i controlli della ■ L’instabilità genomica prende forme diverse in tumori
proliferazione normale e colonizzano altri tessuti 1162 differenti 1188
■ La maggior parte delle forme di cancro deriva da una ■ I cancri di tessuti specializzati utilizzano varie strade
sola cellula anormale 1163 per colpire le vie cruciali comuni del cancro 1188
■ Le cellule cancerose contengono mutazioni ■ Gli studi sui topi aiutano a definire le funzioni dei
somatiche 1164 geni cruciali per il cancro 1189
■ Una singola mutazione non è sufficiente a ■ Mentre progrediscono i tumori diventano sempre più
trasformare una cellula normale in una cancerosa 1164 eterogenei 1189
■ Il cancro si sviluppa gradualmente da cellule sempre ■ Le modificazioni delle cellule tumorali che portano a
più aberranti 1165 metastasi sono ancora in gran parte un mistero 1190
■ La progressione tumorale coinvolge cicli successivi di ■ Una piccola popolazione di cellule staminali del
modificazioni casuali ereditate seguiti da selezione cancro può essere alla base del sostentamento di
naturale 1166 molti tumori 1192
■ Le cellule tumorali umane sono geneticamente ■ Il fenomeno delle cellule staminali del cancro
instabili 1167 determina ulteriori difficoltà nella cura dei tumori 1193
■ Le cellule tumorali mostrano un controllo della ■ I cancri colorettali si evolvono lentamente attraverso
crescita alterato 1168 una successione di cambiamenti visibili 1194
INDICE
© 978-88-08-62126-9 XXXIII

■ Poche lesioni genetiche cruciali sono comuni a una ■ Il DNA regolatore sembra il maggior responsabile
grande percentuale di cancri colorettali 1195 delle differenze fra le specie animali 1222
■ Alcuni cancri colorettali hanno difetti nella ■ Un ridotto numero di vie di segnalazione cellula-
riparazione delle basi male appaiate nel DNA 1196 cellula conservate coordina lo schema spaziale 1223
■ I passaggi della progressione tumorale possono ■ Segnali semplici possono generare degli schemi
essere spesso correlati a mutazioni specifiche 1197 complessi attraverso il controllo combinatorio
SOMMARIO 1198 e la memoria cellulare 1223
■ I morfogeni sono segnali induttivi a lungo raggio
Prevenzione e trattamento del cancro:
che esercitano effetti graduati 1224
presente e futuro 1199
■ L’inibizione laterale può generare schemi di tipi
■ L’epidemiologia rivela che molti casi di cancro cellulari differenti 1225
possono essere evitati 1199
■ L’attivazione a corto raggio e l’inibizione a lungo
■ Saggi sensibili possono rilevare quegli agenti che raggio possono generare degli schemi cellulari
causano il cancro e che danneggiano il DNA 1200 complessi 1226
■ Il 50% dei tumori potrebbe essere prevenuto da ■ Anche la divisione asimmetrica delle cellule può
cambiamenti nello stile di vita 1201 generare diversità 1226
■ I virus e altre infezioni contribuiscono a una ■ Gli schemi iniziali vengono stabiliti in piccoli gruppi
percentuale significativa di cancri umani 1202 di cellule e vengono rifiniti dall’induzione
■ I tumori della cervice uterina possono essere evitati sequenziale durante la crescita dell’embrione 1226
con la vaccinazione contro il papillomavirus umano 1203 ■ La biologia dello sviluppo fornisce indicazioni sulle
■ Agenti infettivi possono causare il cancro in vari malattie e sul mantenimento dei tessuti 1227
modi 1204 SOMMARIO 1228
■ La ricerca di cure per il cancro è difficile ma non è
Meccanismi di formazione degli schemi 1229
senza speranza 1204
■ Animali differenti utilizzano meccanismi differenti
■ Le terapie tradizionali sfruttano l’instabilità genetica
per stabilire i loro assi primari di polarizzazione 1229
e la perdita delle risposte ai punti di controllo
del ciclo cellulare nelle cellule cancerose 1204 ■ Studi su Drosophila hanno rivelato i meccanismi di
controllo genetico alla base dello sviluppo 1230
■ Nuovi farmaci possono uccidere le cellule tumorali
selettivamente colpendo mutazioni specifiche 1205 ■ I geni di polarità dell’uovo codificano macromolecole
che si depositano nell’uovo per organizzare gli assi
■ Gli inibitori di PARP uccidono le cellule tumorali che
dell’embrione precoce di Drosophila 1231
hanno difetti nei geni Brca1 e Brca2 1205
■ Tre gruppi di geni controllano la segmentazione di
■ Si possono progettare piccole molecole che
Drosophila lungo l’asse A-P 1232
inibiscono proteine oncogeniche specifiche 1207
■ Una gerarchia di interazioni di regolazione genica
■ Molti tipi di cancro possono essere trattabili
suddivide l’embrione di Drosophila 1234
amplificando la risposta immunitaria contro lo
specifico tumore 1210 ■ I geni di polarità dell’uovo, i gap e i pair-rule
generano uno schema transitorio che viene
■ Il cancro sviluppa resistenza alle terapie 1212
ricordato dai geni di polarità segmentale e dai
■ La combinazione di terapie può avere successo geni Hox 1235
quando falliscono i trattamenti con un farmaco alla
■ I geni Hox stabiliscono uno schema permanente
volta 1212
dell’asse A-P 1236
■ Oggi possediamo strumenti per individuare
■ Le proteine Hox conferiscono a ciascun segmento
combinazioni di terapie su misura per un singolo
la sua individualità 1237
paziente 1213
■ I geni Hox sono espressi secondo il loro ordine nel
SOMMARIO 1214 complesso Hox 1237
PROBLEMI 1214 ■ I gruppi di proteine Trithorax e Polycomb rendono
BIBLIOGRAFIA 1216 i complessi Hox capaci di mantenere una memoria
permanente dell’informazione posizionale 1238
■ I geni di segnalazione dorso-ventrale generano un
CAPITOLO 21 gradiente del regolatore trascrizionale Dorsal 1239
Lo sviluppo degli organismi pluricellulari 1218
■ Una gerarchia di interazioni induttive suddivide
Una panoramica sullo sviluppo 1220 l’embrione dei vertebrati 1241
■ Meccanismi conservati stabiliscono il piano ■ Una competizione fra proteine di segnalazione
corporeo di base di un animale 1220 secrete determina il patterning dell’embrione di
■ Le potenzialità di sviluppo di una cellula diventano vertebrato 1242
progressivamente più limitate 1221 ■ L’asse dorso-ventrale degli insetti corrisponde
■ La memoria cellulare è alla base delle decisioni della all’asse ventro-dorsale dei vertebrati 1243
cellula 1221 ■ I geni Hox controllano l’asse A-P dei vertebrati 1244
■ Molti organismi modello sono stati importantissimi ■ Alcuni regolatori trascrizionali possono attivare
per comprendere lo sviluppo 1221 un programma che definisce un tipo cellulare
■ I geni coinvolti nella comunicazione cellula-cellula o crea un intero organo 1245
e nel controllo trascrizionale sono particolarmente ■ L’inibizione laterale mediata da Notch rifinisce gli
importanti per lo sviluppo animale 1222 schemi spaziali delle cellule 1246
INDICE
XXXIV © 978-88-08-62126-9

■ La divisione cellulare asimmetrica rende differenti ■ La specificità neuronale guida la formazione di


cellule sorelle 1248 mappe neurali ordinate 1281
■ Le differenze nel DNA regolatore spiegano le ■ I rami dei dendriti e degli assoni dello stesso neurone
differenze morfologiche 1248 si evitano l’un l’altro 1284
SOMMARIO 1250 ■ I tessuti bersaglio rilasciano fattori neurotrofici che
controllano la crescita e la sopravvivenza delle cellule
La successione temporale dello sviluppo 1251
nervose 1285
■ La vita media delle molecole ha un ruolo cruciale
■ La formazione delle sinapsi dipende dalla
nella successione temporale dello sviluppo 1251
comunicazione bidirezionale tra i neuroni e le loro
■ Un oscillatore di espressione genica agisce come cellule bersaglio 1286
un orologio per controllare la segmentazione dei
■ Il rimodellamento delle sinapsi dipende dall’attività
vertebrati 1252
elettrica e dalla segnalazione sinaptica 1287
■ Programmi di sviluppo intracellulari possono
■ I neuroni che emettono scariche insieme si legano
contribuire a determinare la successione temporale
insieme 1289
dello sviluppo di una cellula 1254
SOMMARIO 1290
■ È raro che le cellule si basino sul conteggio delle
divisioni cellulari per scandire il tempo del loro PROBLEMI 1290
sviluppo 1255 BIBLIOGRAFIA 1292
■ Le transizioni durante lo sviluppo sono spesso
regolate da microRNA 1255
CAPITOLO 22
■ Segnali ormonali coordinano i tempi delle transizioni
nello sviluppo 1257
Cellule staminali e rinnovamento
tissutale 1295
■ Segnali ambientali determinano il tempo della
fioritura 1258 Le cellule staminali e il rinnovamento
SOMMARIO 1259 nei tessuti epiteliali 1295

La morfogenesi 1260
■ Il rivestimento dell’intestino tenue viene rinnovato
continuamente grazie alla proliferazione cellulare
■ La migrazione cellulare è guidata da segnali nelle cripte 1296
dell’ambiente in cui si trova la cellula 1260
■ Le cellule staminali dell’intestino tenue si trovano
■ La distribuzione delle cellule migranti dipende da vicino alla base delle cripte 1297
fattori di sopravvivenza 1262
■ Le due cellule figlie di una cellula staminale devono
■ Il cambiamento dei pattern delle molecole di prendere una decisione 1298
adesione cellulare costringe le cellule ad assumere
■ La segnalazione di Wnt mantiene i compartimenti
nuove disposizioni 1263
staminali dell’intestino 1298
■ Interazioni repulsive aiutano a mantenere i confini
■ Le cellule staminali alla base della cripta sono
fra tessuti 1264
multipotenti e generano la gamma completa dei tipi
■ Gruppi di cellule simili possono effettuare dei cellulari differenziati dell’intestino 1299
riarrangiamenti collettivi radicali 1264
■ Le due cellule figlie di una cellula staminale non
■ La polarità cellulare planare aiuta a orientare le sempre devono diventare diverse 1301
strutture cellulari e i movimenti negli epiteli in via di
■ Le cellule di Paneth creano la nicchia delle cellule
sviluppo 1265
staminali 1302
■ Le interazioni fra epitelio e mesenchima generano
■ Una singola cellula che esprime Lgr5 in coltura può
strutture tubolari ramificate 1266
generare un intero sistema organizzato cripta-villo 1302
■ Un epitelio può ripiegarsi durante lo sviluppo per
formare un tubo o una vescicola 1268
■ La segnalazione efrina-Eph controlla
la segregazione dei diversi tipi cellulari dell’intestino 1303
SOMMARIO 1269
■ La segnalazione di Notch controlla la diversificazione
La crescita 1269 delle cellule intestinali e aiuta a mantenere la
■ La proliferazione, la morte e la dimensione staminalità 1303
delle cellule determinano le dimensioni ■ Il sistema delle cellule staminali dell’epidermide
dell’organismo 1270 garantisce il mantenimento di una barriera
■ Gli animali e gli organi possono misurare impermeabile che si autorinnova 1303
e regolare la massa cellulare totale 1271 ■ Quando il rinnovamento del tessuto non dipende
■ Segnali extracellulari stimolano o inibiscono la dalle cellule staminali: le cellule che secernono
crescita 1272 insulina nel pancreas e gli epatociti nel fegato 1304
SOMMARIO 1274 ■ Alcuni tessuti non possiedono cellule staminali e non
si rinnovano 1306
Lo sviluppo neurale 1274
SOMMARIO 1306
■ Ai neuroni sono assegnate caratteristiche differenti
in base al tempo e al luogo in cui nascono 1275 I fibroblasti e le loro trasformazioni:
■ Il cono di crescita guida gli assoni lungo vie la famiglia delle cellule del tessuto connettivo 1307
specifiche verso i loro bersagli 1278 ■ I fibroblasti cambiano i propri caratteri in risposta a
■ Vari segnali extracellulari guidano gli assoni verso i segnali chimici e fisici 1307
loro bersagli 1279 ■ Gli osteoblasti producono la matrice dell’osso 1308
INDICE
© 978-88-08-62126-9 XXXV

■ L’osso viene continuamente rimodellato dalle cellule Riprogrammazione cellulare e cellule staminali
al suo interno 1310 pluripotenti 1331
■ Gli osteoclasti sono controllati da segnali provenienti ■ I nuclei possono essere riprogrammati trapiantandoli
dagli osteoblasti 1310 in un citoplasma estraneo 1332
SOMMARIO 1311 ■ La riprogrammazione di un nucleo trapiantato
Genesi e rigenerazione del muscolo scheletrico 1312 comporta drastiche modifiche epigenetiche 1332
■ I mioblasti si fondono per formare nuove fibre del ■ Le cellule staminali embrionali (ES) possono produrre
muscolo scheletrico 1313 qualsiasi parte del corpo 1333
■ Alcuni mioblasti permangono come cellule staminali ■ Una combinazione essenziale di regolatori della
quiescenti nell’adulto 1313 trascrizione definisce e mantiene lo stato di cellula ES 1334
SOMMARIO 1314
■ I fibroblasti possono essere riprogrammati per creare
cellule staminali pluripotenti indotte (cellule iPS) 1334
Vasi sanguigni, vasi linfatici ■ La riprogrammazione richiede un grande
e cellule endoteliali 1314 sconvolgimento del sistema di controllo genico 1335
■ Le cellule endoteliali rivestono tutti i vasi sanguigni e ■ Una manipolazione sperimentale dei fattori che
linfatici 1314 modificano la cromatina può aumentare l’efficienza
■ Le cellule endoteliali dell’apice aprono la strada per di riprogrammazione 1336
l’angiogenesi 1315 ■ Le cellule ES e iPS possono essere indotte a generare
■ I tessuti che richiedono un apporto sanguigno specifici tipi di cellule adulte e anche interi organi 1337
rilasciano VEGF 1316 ■ Cellule di un tipo specializzato possono essere
■ Segnali provenienti dalle cellule endoteliali indotte a transdifferenziare direttamente in un altro
controllano il reclutamento dei periciti e delle cellule tipo cellulare 1338
del muscolo liscio per formare la parete del vaso 1317 ■ Le cellule ES e iPS sono strumenti utili per la scoperta
SOMMARIO 1318 di nuovi farmaci e per l’analisi delle malattie 1339
Un sistema gerarchico di cellule staminali: SOMMARIO 1340
la formazione delle cellule del sangue 1318 PROBLEMI 1341
■ I globuli rossi sono tutti uguali; i globuli bianchi si BIBLIOGRAFIA 1342
dividono in tre categorie principali 1318
■ La produzione di ogni tipo di cellula del sangue nel
midollo osseo è controllata singolarmente 1320
CAPITOLO 23
■ Il midollo osseo contiene cellule staminali
Patogeni e infezione 1344
emopoietiche multipotenti capaci di generare tutte le Introduzione agli agenti patogeni
categorie di cellule del sangue 1321 e al microbiota umano 1344
■ La determinazione è un processo a più stadi 1322 ■ Il microbiota umano è un sistema ecologico
■ Le divisioni delle cellule progenitrici determinate complesso importante per il nostro sviluppo
amplificano il numero di cellule specializzate del e per la nostra salute 1345
sangue 1322 ■ Gli agenti patogeni interagiscono in diversi modi
■ Le cellule staminali dipendono da segnali di contatto con il loro ospite 1346
provenienti dalle cellule stromali 1323 ■ Gli agenti patogeni possono contribuire
■ I fattori che regolano l’emopoiesi possono essere all’insorgenza del cancro, delle malattie
analizzati in coltura 1324 cardiovascolari e di altre malattie croniche 1346
■ L’eritropoiesi dipende dall’ormone eritropoietina 1324 ■ Gli agenti patogeni possono essere virus, batteri o
■ Molteplici CSF influenzano la produzione dei eucarioti 1347
neutrofili e dei macrofagi 1325 ■ I batteri sono caratterizzati da un’ampia diversità
■ Il comportamento di una cellula emopoietica in parte e occupano una notevole varietà di nicchie
dipende dal caso 1325 ecologiche 1348
■ La regolazione della sopravvivenza cellulare è ■ Gli agenti patogeni batterici portano geni della
importante quanto la regolazione della proliferazione virulenza specializzati 1349
cellulare 1326 ■ I geni della virulenza batterici codificano proteine
SOMMARIO 1327 effettrici e sistemi di secrezione per introdurre le
proteine effettrici nelle cellule ospiti 1350
Rigenerazione e riparazione 1327
■ I parassiti fungini e protozoici hanno cicli vitali
■ Il verme planaria ha cellule staminali in grado di complessi con molteplici forme 1352
rigenerare un intero nuovo corpo 1328
■ Tutti gli aspetti della diffusione virale dipendono dal
■ Alcuni vertebrati possono rigenerare interi organi 1329 macchinario delle cellule ospiti 1354
■ Le cellule staminali possono essere utilizzate SOMMARIO 1357
artificialmente per sostituire le cellule malate o perse:
una terapia per il sangue e l’epidermide 1330 Biologia cellulare dell’infezione 1357
■ Le cellule staminali neurali possono essere manipolate ■ Gli agenti patogeni attraversano le barriere epiteliali
in coltura e usate per ripopolare il sistema nervoso per infettare l’ospite 1357
centrale 1330 ■ Gli agenti patogeni che colonizzano gli epiteli devono
SOMMARIO 1331 eludere i meccanismi difensivi dell’ospite 1358
INDICE
XXXVI © 978-88-08-62126-9

■ Gli agenti patogeni extracellulari interferiscono Una visione d’insieme del sistema immunitario
con le cellule dell’ospite senza penetrarvi 1359 adattativo 1393
■ Gli agenti patogeni intracellulari hanno meccanismi ■ I linfociti B si sviluppano nel midollo osseo,
sia per entrare che per uscire dalle cellule ospiti 1360 i linfociti T nel timo 1394
■ Le particelle virali si legano a recettori virali esposti ■ La memoria immunologica dipende sia dall’espansione
sulla superficie della cellula ospite 1360 clonale sia dal differenziamento dei linfociti 1396
■ I virus entrano nelle cellule ospiti tramite fusione ■ I linfociti ricircolano continuamente attraverso gli
di membrane, formazione di pori o rottura della organi linfoidi secondari 1398
membrana 1361 ■ La tolleranza immunologica al self assicura
■ I batteri entrano nelle cellule ospiti mediante che i linfociti B e T non attacchino le cellule
fagocitosi 1363 e le molecole normali dell’ospite 1399
■ I parassiti eucariotici intracellulari invadono SOMMARIO 1401
attivamente le cellule ospiti 1364
Le cellule B e le immunoglobuline 1402
■ Alcuni agenti patogeni intracellulari passano dal
fagosoma nel citosol 1365 ■ Le cellule B producono immunoglobuline (Ig)
sia come recettori di superficie per l’antigene sia
■ Molti agenti patogeni per sopravvivere e replicarsi come anticorpi secreti 1402
alterano il traffico delle membrane della cellula
ospite 1366 ■ I mammiferi producono cinque classi di
immunoglobuline 1402
■ I virus e i batteri sfruttano il citoscheletro
della cellula ospite per il movimento intracellulare 1369
■ Le catene pesanti e leggere delle immunoglobuline
sono costituite da regioni variabili e costanti 1405
■ I virus prendono il controllo del metabolismo della
■ I geni delle immunoglobuline sono assemblati da
cellula ospite 1371
segmenti genici separati durante lo sviluppo dei
■ I patogeni possono evolvere rapidamente mediante linfociti B 1406
variazione antigenica 1372
■ L’ipermutazione somatica stimolata dall’antigene
■ Nell’evoluzione virale domina la replicazione incline regola finemente le risposte anticorpali 1408
all’errore 1374
■ Le cellule B possono cambiare la classe
■ I patogeni resistenti ai farmaci rappresentano un degli anticorpi che producono 1409
problema crescente 1376
SOMMARIO 1410
SOMMARIO 1378
Le cellule T e le proteine MHC 1411
PROBLEMI 1378
■ I recettori delle cellule T (TCR) sono eterodimeri
BIBLIOGRAFIA 1380 simili alle Immunoglobuline 1412
■ Cellule dendritiche attivate possono attivare linfociti
T naïve 1413
CAPITOLO 24 ■ I linfociti T riconoscono peptidi estranei legati alle
Il sistema immunitario innato proteine MHC 1414
e adattativo 1382 ■ Le proteine MHC sono le proteine umane più
Il sistema immunitario innato 1383 polimorfiche conosciute 1418
■ I corecettori CD4 e CD8 dei linfociti T si legano a
■ Le superfici epiteliali svolgono la funzione di barriera
parti invarianti delle proteine MHC 1419
nei confronti delle infezioni 1383
■ I timociti in via di sviluppo vanno incontro a
■ I recettori di riconoscimento di schemi (PRR)
selezione negativa e positiva 1420
riconoscono caratteristiche conservate degli agenti
patogeni 1384 ■ Le cellule T citotossiche inducono le cellule bersaglio
infettate a suicidarsi 1421
■ Ci sono molteplici classi di PRR 1384
■ I linfociti T helper effettori aiutano ad attivare altre
■ I PRR attivati innescano una risposta infiammatoria cellule dei sistemi immunitari innato e adattativo 1423
nei siti di infezione 1385
■ I linfociti T helper naïve possono differenziarsi in tipi
■ Le cellule fagocitiche cercano, inglobano e diversi di cellule T effettrici 1423
distruggono i patogeni 1387
■ Sia i linfociti T che i linfociti B hanno bisogno di
■ L’attivazione del complemento indirizza i patogeni molteplici segnali extracellulari per essere attivati 1424
alla fagocitosi o alla lisi 1387
■ Molte proteine presenti sulla superficie cellulare
■ Le cellule infettate da virus prendono misure appartengono alla superfamiglia delle Ig 1426
drastiche per impedire la replicazione virale 1389
SOMMARIO 1427
■ Le cellule natural killer inducono le cellule infettate
da virus a suicidarsi 1390 PROBLEMI 1428
■ Le cellule dendritiche forniscono il collegamento tra BIBLIOGRAFIA 1431
il sistema immunitario adattativo e quello innato 1391
SOMMARIO 1391 INDICE ANALITICO 1432
PREFAZIONE

D a quando è apparsa l’ultima edizione di questo volume fino a oggi so-


no stati pubblicati più di cinque milioni di articoli scientifici. Al tem-
po stesso c’è stato anche un aumento della quantità di informazioni
digitali: nuovi elementi riguardanti sequenze genomiche, interazioni tra pro-
teine, strutture molecolari ed espressione genica sono stati raccolti in grandi
banche dati. La sfida, sia per gli scienziati che per coloro che scrivono libri di
testo, è convertire questa enorme quantità di dati in un’esposizione compren-
sibile e aggiornata del funzionamento della cellula.
Un valido aiuto viene dal grande aumento del numero di articoli che si
propongono di rendere più comprensibile il nuovo materiale, sebbene la mag-
gior parte di essi sia ancora piuttosto specifica. Al tempo stesso, la crescente
mole di risorse in rete può indurre a credere che per padroneggiare la mate-
ria siano sufficienti pochi “click” del mouse. In alcuni ambiti questo cambia-
mento del modo di accedere alle conoscenze ha avuto molto successo, per
esempio per essere informati sulle ultime novità riguardanti un nostro speci-
fico problema di salute. Ma per capire qualcosa della bellezza e della comples-
sità caratteristiche del modo di lavorare delle cellule viventi abbiamo bisogno
di molto più di questa o quella semplice definizione di wikipedia; è estrema-
mente difficile identificare ciò che è davvero importante in un simile grovi-
glio di informazioni. È molto più efficace un’esposizione che progressivamen-
te e con logica guidi i lettori attraverso le idee, i componenti e gli esperimen-
ti, facendo sì che possano costruire il loro personale quadro concettuale della
biologia della cellula. Questo consentirà loro di valutare criticamente tutti i
nuovi concetti scientifici e, cosa ancor più importante, di capirli. Ciò è quan-
to abbiamo cercato di fare in Biologia molecolare della cellula.
Preparando questa edizione abbiamo dovuto inevitabilmente prendere al-
cune decisioni difficili. Per poter inserire nuove e interessanti scoperte, mante-
nendo allo stesso tempo la facilità di consultazione del volume, abbiamo dovu-
to eliminare parti di testo dell’edizione precedente. Abbiamo aggiunto nuove
sezioni, come quelle sulle funzioni dell’RNA, sugli avanzamenti nella biolo-
gia delle cellule staminali, sui nuovi metodi per studiare le proteine e i geni
e per visualizzare le cellule, sulle nuove conoscenze nel campo della genetica
e del trattamento del cancro, sulle tempistiche e sul controllo della crescita e
sulla morfogenesi nello sviluppo.
La chimica delle cellule è estremamente complessa e qualsiasi elenco delle
parti della cellula e delle loro interazioni, indipendentemente da quanto com-
pleto, lascia enormi lacune nella comprensione. Abbiamo capito che spiegare
in modo esauriente il comportamento cellulare richiede informazioni quan-
titative sulle cellule che dovrebbero essere accompagnate da modelli matema-
tici e approcci bioinformatici sofisticati, alcuni dei quali non sono stati ancora
ideati. Di conseguenza un obiettivo prioritario per i biologi cellulari è quel-
lo di indirizzare gli studi verso descrizioni quantitative e deduzioni matema-
tiche. Abbiamo messo in evidenza questo approccio e alcuni dei suoi metodi
nella nuova sezione alla fine del Capitolo 8.
Messo di fronte alla vastità delle scoperte della biologia della cellula, uno
studente potrebbe essere erroneamente portato a immaginare che non ci sia
più nulla da scoprire. Di fatto, più scopriamo riguardo alle cellule più emer-
gono nuovi quesiti. Per sottolineare che la nostra conoscenza della biologia
della cellula è incompleta abbiamo messo in evidenza alcune delle maggiori
lacune attuali inserendo la rubrica Quello che non sappiamo al termine di ogni
capitolo, con l’intenzione di fornire solo un esempio dei quesiti cruciali an-
cora privi di risposta e delle sfide per la prossima generazione di scienziati.
Ci è di stimolo sapere che alcuni dei nostri lettori saranno coloro che for-
niranno le risposte future.
PREFAZIONE
IV © 978-88-08-62126-9

Più di 1500 illustrazioni sono state realizzate in modo da fornire un’espo-


sizione parallela, strettamente collegata al testo. Abbiamo migliorato la loro
coerenza, in particolare attraverso l’uso di colori e di icone comuni; le pompe
di membrana e i canali costituiscono un ottimo esempio. Per evitare interru-
zioni della lettura, una parte del materiale è stata inserita in nuovi quadri fa-
cilmente consultabili. La maggior parte delle strutture proteiche raffigurate è
stata ridisegnata e colorata coerentemente. In ogni caso, viene fornito il co-
dice della proteina relativo alla Banca dati di proteine (PDB) che può essere
utilizzato per accedere agli strumenti disponibili in rete, come per esempio
quelle del sito web RCSB PDB (www.rcsb.org). Queste connessioni permet-
teranno ai lettori di studiare in modo approfondito le proteine alla base del-
la biologia cellulare.
John Wilson e Tim Hunt hanno contribuito ancora una volta alla stesura,
creativa e mai banale, dei problemi in modo da consentire agli studenti una
comprensione più attiva del testo. I problemi, presenti alla fine di ogni capi-
tolo, sottolineano gli approcci quantitativi e incoraggiano il pensiero critico
esaminando gli esperimenti pubblicati.
Viviamo in un mondo che ci pone di fronte a molte questioni complesse
che interessano la biologia della cellula: la biodiversità, il cambiamento clima-
tico, la sicurezza alimentare, il degrado ambientale, l’esaurimento delle risor-
se e le malattie umane. Speriamo che il nostro volume aiuti il lettore a capire
meglio e, se possibile, ad affrontare queste sfide. Solo conoscenza e compren-
sione consentono di intervenire.
Siamo in debito con un gran numero di scienziati il cui generoso aiuto ver-
rà menzionato separatamente nei ringraziamenti. Qui vogliamo invece ricor-
dare alcuni collaboratori particolarmente importanti. Per il Capitolo 8 Hana
El-Samadche ha fornito il nucleo centrale della sezione Analisi matematica delle
funzioni cellulari; Karen Hopkin ha validamente contribuito alla sezione Studio
dell’espressione e della funzione dei geni.Werner Kuhlbrandt ci ha aiutato a rior-
ganizzare e riscrivere il Capitolo 14 (Conversione dell’energia: mitocondri e cloro-
plasti). Rebecca Heald ha fatto lo stesso per il Capitolo 16 (Il citoscheletro), così
come Alexander Schier per il Capitolo 21 (Lo sviluppo degli organismi pluricellu-
lari) e Matt Welch per il Capitolo 23 (Patogeni e infezione). Lewis Lanier ha col-
laborato alla stesura del Capitolo 24 (Il sistema immunitario innato e adattativo).
Prima di iniziare la revisione di questa edizione abbiamo chiesto ad alcu-
ni scienziati che avevano utilizzato la quinta edizione come manuale per gli
studenti di biologia cellulare di incontrarci per suggerirci miglioramenti. Ci
hanno fornito dei commenti utili che hanno contribuito alla stesura della se-
sta edizione. Abbiamo anche fatto buon uso dei validi suggerimenti di gruppi
di studenti che hanno letto la maggior parte dei capitoli in bozze.
Sono necessarie molte persone e molto lavoro per trasformare un lungo
manoscritto e una tale quantità di materiale illustrativo in un libro di testo fi-
nito. La squadra di Garland Science che ha gestito questo lavoro è stata ecce-
zionale. Denise Schanck, dirigendo le operazioni, ha mostrato pazienza, intuito
ed energia durante tutto il percorso; ha guidato tutti noi in maniera efficace,
assistita abilmente da Allie Bochicchio e Janette Scobie. Nigel Orme ha rivi-
sto e controllato le modifiche alle illustrazioni e ha dato la veste grafica finale.
Tiago Barros ci ha aiutato a rinnovare la presentazione delle strutture protei-
che. Michael Morales, assistito da Leah Christians, ha prodotto e assemblato
il complesso apparato di video, animazioni e altro materiale che costituisce il
nucleo centrale delle risorse internet che accompagnano il libro. Adam Sen-
droff ha raccolto i preziosi giudizi di chi ha utilizzato il libro in ogni parte del
mondo. Elizabeth Zayatz e Sherry Granum Lewis hanno messo a disposizio-
ne la loro esperienza di redattrici per organizzare le varie fasi di lavorazione
del volume, insieme a Jo Clayton come revisore di testi e a Sally Huish come
correttrice di bozze. Da Londra, Emily Preece e la squadra di professionisti di
Garland ci hanno fornito competenze, energia e amicizia, seguendo ogni fase
della revisione e rendendo l’intero processo molto piacevole. Gli autori sono
estremamente fortunati a essere stati sostenuti così generosamente.
Ringraziamo i nostri coniugi, le nostre famiglie, gli amici e i colleghi per
il loro continuo sostegno che ancora una volta ha reso possibile la stesura di
questo volume.
PREFAZIONE
© 978-88-08-62126-9 V

Mentre stavamo completando questa edizione, Julian Lewis, nostro coau-


tore, amico e collega è stato sconfitto da un cancro con il quale ha combattu-
to eroicamente per dieci anni. Fin dal 1979 Julian ha dato contributi fonda-
mentali a tutte le sei edizioni e, essendo una delle nostre penne più eleganti,
ha elevato e migliorato sia lo stile che il tono espositivo di tutti i capitoli a cui
ha lavorato. Apprezzato per il suo approccio accademico accurato, la chiarez-
za e la semplicità sono sempre state alla base del suo modo di scrivere. Julian
è insostituibile e tutti noi sentiremo la mancanza della sua amicizia e della sua
collaborazione. Dedichiamo questa sesta edizione alla sua memoria.
NOTE PER IL LETTORE

■ Struttura del libro scritti in corsivo. In alcune specie (come quella umana)
Sebbene i capitoli di questo libro possano essere letti in i nomi dei geni sono scritti in maiuscolo; in altre spe-
maniera indipendente l’uno dall’altro, essi sono ordina- cie (come il pesce zebra) sono scritti in minuscolo; in al-
ti in una sequenza logica divisa in cinque parti. I primi tre ancora (come la maggioranza dei geni del topo) con
tre capitoli della Parte I coprono i principi fondamen- la prima lettera maiuscola e le altre minuscole o (come
tali e la biochimica di base e possono servire da intro- in Drosophila) con combinazioni di lettere maiuscole e
duzione per coloro che non hanno studiato biochimi- minuscole diverse a seconda che il primo allele mutan-
ca o come corso di ripasso che coloro che invece già la te scoperto produca un fenotipo dominante o recessivo.
conoscono. La Parte II tratta l’immagazzinamento, l’e- Anche le convenzioni per denominare le proteine varia-
spressione e la trasmissione dell’informazione genetica. no in modo simile.
La Parte III presenta i fondamenti dei principali meto- Questo caos tipografico fa diventare tutti matti.
di sperimentali per studiare e analizzare le cellule e una Non è solo fastidioso e assurdo ma è anche insosteni-
nuova sezione intitolata Analisi matematica delle funzioni bile. Non possiamo stabilire in maniera indipendente
cellulari contenuta nel Capitolo 8, arricchisce ulterior- una nuova convenzione per ciascuna delle nuove spe-
mente la nostra comprensione della regolazione e della cie fra i milioni di cui desidereremo in futuro studiare
funzione della cellula. La Parte IV descrive l’organizza- i geni. Inoltre, ci sono molte occasioni, specialmente in
zione interna della cellula. La Parte V segue il comporta- un testo come questo, in cui abbiamo bisogno di rife-
mento delle cellule nei sistemi pluricellulari: comprende rirci genericamente a un gene, senza dover specificare
lo sviluppo di organismi pluricellulari e il capitolo sui la versione del topo, quella umana, del pollo o dell’ip-
patogeni e sulle infezioni e quello sul sistema immuni- popotamo, perché sono tutte equivalenti per gli sco-
tario innato e adattativo. pi della nostra discussione. Quindi, quale convenzione
dovremmo usare?
■ Problemi di fine capitolo In questo volume abbiamo deciso di mettere da par-
Una lista selezionata di problemi, scritti da John Wilson te le diverse convenzioni utilizzate per specie individua-
e Tim Hunt, compare alla fine di ogni capitolo. In que- li e di seguire una regola comune: abbiamo scritto tut-
sta edizione sono stati aggiunti nuovi problemi relativi ti i nomi dei geni, come i nomi di persona e dei luoghi,
agli ultimi quattro capitoli sugli organismi pluricellula- con la prima lettera maiuscola e le altre minuscole, ma
ri. Le soluzioni complete di tutti i problemi si possono tutte in corsivo, per esempio Apc, Bazooka, Cdc2, Dishe-
trovare in Molecular Biology of the Cell, Sixth Edition:The velled, Egl1. La proteina corrispondente a ognuno di es-
Problems Book. si, quando prende il nome dal gene, è scritta nello stesso
modo in caratteri normali anziché in corsivo, per esem-
■ Bibliografia pio, Apc, Bazooka, Cdc2, Dishevelled, Egl1. Quando è
Un conciso elenco di referenze bibliografiche selezio- necessario specificare l’organismo, ciò può essere fatto
nate si trova al termine di ogni capitolo. Tali referenze anteponendo un prefisso al nome del gene.
sono organizzate in ordine alfabetico sotto i titoli delle Per completezza, elenchiamo alcuni ulteriori detta-
sezioni principali del capitolo e comprendono talvolta gli delle regole di nomenclatura che abbiamo seguito. In
gli articoli originali nei quali importanti scoperte sono alcuni casi una lettera aggiunta al nome del gene viene
state riportate per la prima volta. tradizionalmente utilizzata per distinguere geni che so-
no tra loro in relazione funzionale o evolutiva: per tali
■ Termini del glossario geni abbiamo messo quella lettera in maiuscolo solo se
In tutto il volume è stato usato il grassetto per mette- è consuetudine fare così (Lacz, RecA, HoxA4). Non ab-
re in evidenza i termini chiave nel punto del capitolo in biamo usato trattini per separare dal resto del nome le
cui vengono principalmente discussi. Il corsivo è stato uti- lettere o i numeri aggiunti.
lizzato per evidenziare termini importanti con un grado Le proteine sono un problema più difficile. Molte di
minore di enfasi. Un ampio glossario disponibile all’in- esse hanno nomi che seguono regole proprie, assegna-
dirizzo online.universita.zanichelli.it/alberts6e ti prima che venisse denominato il gene. Questi nomi
include i termini tecnici che sono di uso comune nel di proteine hanno varie forme benché la maggioranza
linguaggio della biologia cellulare; questo dovrebbe es- di essi inizi tradizionalmente con una lettera minusco-
sere la prima risorsa per il lettore che incontra un ter- la (actina, emoglobina, catalasi), come i nomi di sostan-
mine non familiare. ze ordinarie (formaggio, nylon) a meno che non siano
acronimi (come GFP per Green Fluorescent Protein, pro-
■ Nomenclatura di geni e proteine teina fluorescente verde, o BMP4 per Bone Morphogene-
Ogni specie ha la sua convenzione per denominare i ge- tic Protein 4, proteina morfogenica dell’osso numero 4).
ni; l’unica caratteristica comune è che essi sono sempre Uniformare forzatamente tutti questi nomi sarebbe stata
NOTE PER IL LETTORE
© 978-88-08-62126-9 VII

una violenza eccessiva nei confronti degli usi consolida- vo al fine di metterlo in risalto, tale intenzione risulterà
ti e quindi li abbiamo semplicemente scritti nel modo generalmente chiara nel contesto.
tradizionale (actina, GFP, e così via).Tuttavia, per i nomi Per coloro che desiderano conoscere questi nomi la
dei geni corrispondenti a tutti questi casi abbiamo uti- tabella riportata sotto mostra alcune delle convenzio-
lizzato la nostra regola standard: Actina, Emoglobina, Ca- ni ufficiali per le singole specie, convenzioni che perlo-
talasi, Bmp4, Gfp. Quando è stato necessario mettere in più abbiamo violato in questo testo, nel modo che ab-
evidenza il nome di una proteina scrivendolo in corsi- biamo spiegato.

Convenzione specie-specifica Convenzione unificata usata in questo libro


Organismo Gene Proteina Gene Proteina
Topo Hoxa4 Hoxa4 HoxA4 HoxA4
Bmp4 BMP4 Bmp4 BMP4
integrina α-1, Itgα1 integrina α1 Integrina α1, Itgα1 integrina α1
Uomo HOXA4 HOXA4 HoxA4 HoxA4
Pesce zebra cyclops, cyc Cyclops, Cyc Cyclops, Cyc Cyclops, Cyc
Caenorhabditis unc-6 UNC-6 Unc6 Unc6
Drosophila sevenless, sev (così Sevenless, SEV Sevenless, Sev Sevenless, Sev
chiamato dal fenotipo
mutante recessivo)
Deformed, Dfd (così Deformed, DFD Deformed, Dfd Deformed, Dfd
chiamato dal fenotipo
mutante dominante)
Lievito
Saccharomyces cerevisiae CDC28 Cdc28, Cdc28p Cdc28 Cdc28
(lievito gemmante)
Schizosaccharomyces Cdc2 Cdc2, Cdc2p Cdc2 Cdc2
pombe (lievito a fissione)
Arabidopsis GAI GAI Gai GAI
E. coli uvrA UvrA UvrA UvrA

Le risorse multimediali
All’indirizzo online.universita.zanichelli.it/alberts6e sono disponibili: il glossario, le tecniche animate, i test
interattivi a scelta multipla e (in lingua inglese) le animazioni, i filmati, le micrografie interattive. I filmati sono espressa-
mente richiamati nel testo.
Chi acquista il libro può inoltre scaricare gratuitamente l’ebook, seguendo le istruzioni presenti nel sito sopra
indicato. L’ebook si legge con l’applicazione Booktab, che si scarica gratis da App Store (sistemi operativi Apple) o
da Google Play (sistemi operativi Android).
Per accedere alle risorse protette è necessario registrarsi su myzanichelli.it inserendo la chiave di attivazione
personale contenuta nel libro.
RINGRAZIAMENTI

Nella stesura di questo volume abbiamo tratto grande aiuto dai consigli di molti biologi e biochimici.Vogliamo
ringraziare i seguenti per i loro suggerimenti nella realizzazione di questa edizione (elencati per primi), come pu-
re coloro che hanno contribuito alle edizioni precedenti.

Generale: Capitolo 6: Briana Burton (Harvard University),


Steven Cook (Imperial College London), Jose A. Costoya Richard H. Ebright (Rutgers University), Daniel Finley
(Universidade de Santiago de Compostela), Arshad Desai (Harvard Medical School), Michael R. Green (University
(University of California, San Diego), Susan K. Dutcher of Massachusetts Medical School), Christine Guthrie
(Washington University, St. Louis), Michael Elowitz (University of California, San Francisco), Art Horwich
(California Institute of Technology), Benjamin S. Glick (Yale School of Medicine), Harry Noller (University of
(University of Chicago), Gregory Hannon (Cold Spring California, Santa Cruz), David Tollervey (University of
Harbor Laboratories), Rebecca Heald (University of Edinburgh), Alexander J.Varshavsky (California Institute
California, Berkeley), Stefan Kanzok (Loyola University of Technology)
Chicago), Doug Kellogg (University of California, Santa
Cruz), David Kimelman (University of Washington, Capitolo 7: Adrian Bird (The Wellcome Trust Centre,
Seattle), Maria Krasilnikova (Pennsylvania State UK), Neil Brockdorff (University of Oxford), Christine
University),Werner Kühlbrandt (Max Planck Institute Guthrie (University of California, San Francisco),
of Biophysics), Lewis Lanier (University of California, Jeannie Lee (Harvard Medical School), Michael Levine
San Francisco), Annette Müller-Taubenberger (Ludwig (University of California, Berkeley), Hiten Madhani
Maximilians University), Sandra Schmid (University (University of California, San Francisco), Duncan Odom
of Texas Southwestern), Ronald D.Vale (University (Cancer Research UK), Kevin Struhl (Harvard Medical
of California, San Francisco), D. Eric Walters (Chicago School), Jesper Svejstrup (Cancer Research UK)
Medical School), Karsten Weis (Swiss Federal Institute of
Technology) Capitolo 8: Hana El-Samad [contributo principale]
(University of California, San Francisco), Karen Hopkin
Capitolo 2: H. Lill (VU University) [contributo principale], Donita Brady (Duke University),
David Kashatus (University of Virginia), Melanie McGill
Capitolo 3: David S. Eisenberg (University of (University of Toronto), Alex Mogilner (University of
California, Los Angeles), F. Ulrich Hartl (Max Planck California, Davis), Richard Morris (John Innes Centre,
Institute of Biochemistry), Louise Johnson (University UK), Prasanth Potluri (The Children’s Hospital of
of Oxford), H. Lill (VU University), Jonathan Weissman Philadelphia Research Institute), Danielle Vidaurre
(University of California, San Francisco) (University of Toronto), Carmen Warren (University of
California, Los Angeles), Ian Woods (Ithaca College)
Capitolo 4: Bradley E. Bernstein (Harvard Medical
School),Wendy Bickmore (MRC Human Genetics Capitolo 9: Douglas J. Briant (University of Victoria),
Unit, Edinburgh), Jason Brickner (Northwestern Werner Kühlbrandt (Max Planck Institute of Biophysics),
University), Gary Felsenfeld (NIH), Susan M. Gasser Jeffrey Lichtman (Harvard University), Jennifer
(University of Basel), Shiv Grewal (National Cancer Lippincott-Schwartz (NIH), Albert Pan (Georgia
Institute), Gary Karpen (University of California, Regents University), Peter Shaw (John Innes Centre,
Berkeley), Eugene V. Koonin, (NCBI, NLM, NIH), UK), Robert H. Singer (Albert Einstein School of
Hiten Madhani (University of California, San Francisco), Medicine), Kurt Thorn (University of California, San
Tom Misteli (National Cancer Institute), Geeta Narlikar Francisco)
(University of California, San Francisco), Maynard
Olson (University of Washington, Seattle), Stephen Capitolo 10: Ari Helenius (Swiss Federal Institute of
Scherer (University of Toronto), Rolf Sternglanz (Stony Technology),Werner Kühlbrandt (Max Planck Institute
Brook University), Chris L.Woodcock (University of Biophysics), H. Lill (VU University), Satyajit Mayor
of Massachusetts, Amherst), Johanna Wysocka and lab (National Centre for Biological Sciences, India), Kai
members (Stanford School of Medicine) Simons (Max Planck Institute of Molecular Cell
Biology and Genetics), Gunnar von Heijne (Stockholm
Capitolo 5: Oscar Aparicio (University of Southern University),Tobias Walther (Harvard University)
California), Julie P. Cooper (National Cancer Institute),
Neil Hunter (Howard Hughes Medical Institute), Capitolo 11: Graeme Davis (University of California,
Karim Labib (University of Manchester), Joachim Li San Francisco), Robert Edwards (University of
(University of California, San Francisco), Stephen West California, San Francisco), Bertil Hille (University of
(Cancer Research UK), Richard D.Wood (University of Washington, Seattle), Lindsay Hinck (University of
Pittsburgh Cancer Institute) California, Santa Cruz),Werner Kühlbrandt (Max Planck
RINGRAZIAMENTI
© 978-88-08-62126-9 IX

Institute of Biophysics), H. Lill (VU University), Roger Research Institute, La Jolla),Vladimir Gelfand
Nicoll (University of California, San Francisco), Poul (Northwestern University), Robert Goldman
Nissen (Aarhus University), Robert Stroud (University (Northwestern University), Alan Rick Horwitz
of California, San Francisco), Karel Svoboda (Howard (University of Virginia),Wallace Marshall (University
Hughes Medical Institute), Robert Tampé (Goethe- of California, San Francisco), J. Richard McIntosh
University Frankfurt) (University of Colorado, Boulder), Maxence Nachury
(Stanford School of Medicine), Eva Nogales (University
Capitolo 12: John Aitchison (Institute for System of California, Berkeley), Samara Reck-Peterson
Biology, Seattle), Amber English (University of (Harvard Medical School), Ronald D.Vale (University of
Colorado at Boulder), Ralf Erdmann (Ruhr University California, San Francisco), Richard B.Vallee (Columbia
of Bochum), Larry Gerace (The Scripps Research University), Michael Way (Cancer Research UK),
Institute, La Jolla), Ramanujan Hegde (MRC Laboratory Orion Weiner (University of California, San Francisco),
of Molecular Biology, Cambridge, UK), Martin W. Matthew Welch (University of California, Berkeley)
Hetzer (The Salk Institute), Lindsay Hinck (University
of California, Santa Cruz), James A. McNew (Rice Capitolo 17: Douglas J. Briant (University of Victoria,
University), Nikolaus Pfanner (University of Freiberg), Canada), Lindsay Hinck (University of California, Santa
Peter Rehling (University of Göttingen), Michael Cruz), James A. McNew (Rice University)
Rout (The Rockefeller University), Danny J. Schnell
(University of Massachusetts, Amherst), Sebastian Capitolo 18: Emily D. Crawford (University of
Schuck (University of Heidelberg), Suresh Subramani California, San Francisco), James A. McNew (Rice
(University of California, San Diego), Gia Voeltz University), Shigekazu Nagata (Kyoto University), Jim
(University of Colorado, Boulder), Susan R.Wente Wells (University of California, San Francisco)
(Vanderbilt University School of Medicine)
Capitolo 19: Jeffrey Axelrod (Stanford University
Capitolo 13: Douglas J. Briant (University of Victoria, School of Medicine), John Couchman (University of
Canada), Scott D. Emr (Cornell University), Susan Copenhagen), Johan de Rooij (The Hubrecht Institute,
Ferro-Novick (University of California, San Diego), Utrecht), Benjamin Geiger (Weizmann Institute of
Benjamin S. Glick (University of Chicago), Ari Helenius Science, Israel), Andrew P. Gilmore (University of
(Swiss Federal Institute of Technology), Lindsay Hinck Manchester),Tony Harris (University of Toronto), Martin
(University of California, Santa Cruz), Reinhard Jahn Humphries (University of Manchester), Andreas Prokop
(Max Planck Institute for Biophysical Chemistry), Ira (University of Manchester), Charles Streuli (University
Mellman (Genentech), Peter Novick (University of of Manchester), Masatoshi Takeichi (RIKEN Center
California, San Diego), Hugh Pelham (MRC Laboratory for Developmental Biology, Japan), Barry Thompson
of Molecular Biology, Cambridge, UK), Graham Warren (Cancer Research UK), Kenneth M.Yamada (NIH),
(Max F. Perutz Laboratories,Vienna), Marino Zerial Alpha Yap (The University of Queensland, Australia)
(Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and
Genetics) Capitolo 20: Anton Berns (Netherlands Cancer
Institute), J. Michael Bishop (University of California,
Capitolo 14: Werner Kühlbrandt [contributo San Francisco),Trever Bivona (University of California,
principale] (Max Planck Institute of Biophysics),Thomas San Francisco), Fred Bunz (Johns Hopkins University),
D. Fox (Cornell University), Cynthia Kenyon (University Paul Edwards (University of Cambridge), Ira Mellman
of California, San Francisco), Nils-Göran Larsson (Max (Genentech), Caetano Reis e Sousa (Cancer Research
Planck Institute for Biology of Aging), Jodi Nunnari UK), Marc Shuman (University of California, San
(University of California, Davis), Patrick O’Farrell Francisco), Mike Stratton (Wellcome Trust Sanger
(University of California, San Francisco), Alastair Stewart Institute, UK), Ian Tomlinson (Cancer Research UK)
(The Victor Chang Cardiac Research Institute, Australia),
Daniela Stock (The Victor Chang Cardiac Research Capitolo 21: Alex Schier [contributo principale]
Institute, Australia), Michael P.Yaffe (California Institute (Harvard University), Markus Affolter (University of
for Regenerative Medicine) Basel),Victor Ambros (University of Massachusetts,
Worcester), James Briscoe (MRC National Institute
Capitolo 15: Henry R. Bourne (University of for Medical Research, UK), Donald Brown (Carnegie
California, San Francisco), Dennis Bray (University of Institution for Science, Baltimore), Steven Burden (New
Cambridge), Douglas J. Briant (University of Victoria, York University School of Medicine), Moses Chao
Canada), James Briscoe (MRC National Institute (New York University School of Medicine), Caroline
for Medical Research, UK), James Ferrell (Stanford Dean (John Innes Centre, UK), Chris Doe (University
University), Matthew Freeman (MRC Laboratory of Oregon, Eugene), Uwe Drescher (King’s College
of Molecular Biology, Cambridge, UK), Alan Hall London), Gordon Fishell (New York University School
(Memorial Sloan Kettering Cancer Center), Carl- of Medicine), Brigid Hogan (Duke University), Phil
Henrik Heldin (Uppsala University), James A. McNew Ingham (Institute of Molecular and Cell Biology,
(Rice University), Roel Nusse (Stanford University), Singapore), Laura Johnston (Columbia University),
Julie Pitcher (University College London) David Kingsley (Stanford University),Tom Kornberg
(University of California, San Francisco), Richard Mann
Capitolo 16: Rebecca Heald [contributo principale] (Columbia University), Andy McMahon (University
(University of California, Berkeley), Anna Akhmanova of Southern California), Marek Mlodzik (Mount Sinai
(Utrecht University), Arshad Desai (University of Hospital, New York), Patrick O’Farrell (University of
California, San Diego),Velia Fowler (The Scripps California, San Francisco), Duojia Pan (Johns Hopkins
RINGRAZIAMENTI
X © 978-88-08-62126-9

Medical School), Olivier Pourquie (Harvard Medical Zurich),Wolfgang Baumeister (Max Planck Institute of
School), Erez Raz (University of Muenster), Chris Biochemistry), Michael Bennett (Albert Einstein
Rushlow (New York University), Stephen Small (New College of Medicine), Darwin Berg (University of
York University), Marc Tessier-Lavigne (Rockefeller California, San Diego), Anton Berns (Netherlands
University) Cancer Institute), Merton Bernfield (Harvard Medical
School), Michael Berridge (The Babraham Institute,
Capitolo 22: Simon Hughes (King’s College London), Cambridge, UK),Walter Birchmeier (Max Delbrück
Rudolf Jaenisch (Massachusetts Institute of Technology), Center for Molecular Medicine, Germany), Adrian Bird
Arnold Kriegstein (University of California, San (Wellcome Trust Centre, UK), David Birk (UMDNJ—
Francisco), Doug Melton (Harvard University), Stuart Robert Wood Johnson Medical School), Michael Bishop
Orkin (Harvard University),Thomas A. Reh (University (University of California, San Francisco), Elizabeth
of Washington, Seattle), Amy Wagers (Harvard Blackburn (University of California, San Francisco),Tim
University), Fiona M.Watt (Wellcome Trust Centre for Bliss (National Institute for Medical Research, London),
Stem Cell Research, UK), Douglas J.Winton (Cancer Hans Bode (University of California, Irvine), Piet Borst
Research UK), Shinya Yamanaka (Kyoto University) (Jan Swammerdam Institute, University of Amsterdam),
Henry Bourne (University of California, San Francisco),
Capitolo 23: Matthew Welch [contributo principale] Alan Boyde (University College London), Martin Brand
(University of California, Berkeley), Ari Helenius (University of Cambridge), Carl Branden (deceduto),
(Swiss Federal Institute of Technology), Dan Portnoy Andre Brandli (Swiss Federal Institute of Technology,
(University of California, Berkeley), David Sibley Zurich), Dennis Bray (University of Cambridge), Mark
(Washington University, St. Louis), Michael Way (Cancer Bretscher (MRC Laboratory of Molecular Biology,
Research UK) Cambridge), James Briscoe (National Institute for
Medical Research, UK), Marianne Bronner-Fraser
Capitolo 24: Lewis Lanier (University of California, (California Institute of Technology), Robert Brooks
San Francisco). (King’s College London), Barry Brown (King’s College
London), Michael Brown (University of Oxford),
Lettori: Najla Arshad (Indian Institute of Science), Michael Bulger (University of Rochester Medical
Venice Chiueh (University of California, Berkeley), Center), Fred Bunz (Johns Hopkins University), Steve
Quyen Huynh (University of Toronto), Rachel Kooistra Burden (New York University of Medicine), Max
(Loyola University, Chicago),Wes Lewis (University of Burger (University of Basel), Stephen Burley (SGX
Alabama), Eric Nam (University of Toronto),Vladislav Pharmaceuticals), Keith Burridge (University of North
Ryvkin (Stony Brook University), Laasya Samhita Carolina, Chapel Hill), John Cairns (Radcliffe Infirmary,
(Indian Institute of Science), John Senderak (Jefferson Oxford), Patricia Calarco (University of California, San
Medical College), Phillipa Simons (Imperial College, Francisco), Zacheus Cande (University of California,
UK), Anna Constance Vind (University of Copenhagen), Berkeley), Lewis Cantley (Harvard Medical School),
Steve Wellard (Pennsylvania State University), Evan Charles Cantor (Columbia University), Roderick
Whitehead (University of California, Berkeley), Carrie Capaldi (University of Oregon), Mario Capecchi
Wilczewski (Loyola University, Chicago), Anna Wing (University of Utah), Michael Carey (University of
(Pennsylvania State University), John Wright (University California, Los Angeles), Adelaide Carpenter (University
of Alabama) of California, San Diego), John Carroll (University
College London),Tom Cavalier-Smith (King’s College
Prima, seconda, terza, quarta e quinta London), Pierre Chambon (University of Strasbourg),
edizione: Jerry Adams (The Walter and Eliza Hall Hans Clevers (Hubrecht Institute,The Netherlands),
Institute of Medical Research, Australia), Ralf Adams Enrico Coen (John Innes Institute, Norwich, UK),
(London Research Institute), David Agard (University of Philip Cohen (University of Dundee, Scotland), Robert
California, San Francisco), Julie Ahringer (The Gurdon Cohen (University of California, San Francisco),
Institute, UK), Michael Akam (University of Stephen Cohen (EMBL Heidelberg, Germany), Roger
Cambridge), David Allis (The Rockefeller University), Cooke (University of California, San Francisco), John
Wolfhard Almers (Oregon Health and Science Cooper (Washington University School of Medicine, St.
University), Fred Alt (CBR Institute for Biomedical Louis), Michael Cox (University of Wisconsin, Madison),
Research, Boston), Linda Amos (MRC Laboratory of Nancy Craig (Johns Hopkins University), James Crow
Molecular Biology, Cambridge), Raul Andino (University of Wisconsin, Madison), Stuart Cull-Candy
(University of California, San Francisco), Clay (University College London), Leslie Dale (University
Armstrong (University of Pennsylvania), Martha Arnaud College London), Caroline Damsky (University of
(University of California, San Francisco), Spyros California, San Francisco), Johann De Bono (The
Artavanis-Tsakonas (Harvard Medical School), Michael Institute of Cancer Research, UK), Anthony DeFranco
Ashburner (University of Cambridge), Jonathan (University of California, San Francisco), Abby
Ashmore (University College London), Laura Attardi Dernburg (University of California, Berkeley), Arshad
(Stanford University),Tayna Awabdy (University of Desai (University of California, San Diego), Michael
California, San Francisco), Jeffrey Axelrod (Stanford Dexter (The Wellcome Trust, UK), John Dick
University Medical Center), Peter Baker (deceduto), (University of Toronto, Canada), Christopher Dobson
David Baldwin (Stanford University), Michael Banda (University of Cambridge), Russell Doolittle (University
(University of California, San Francisco), Cornelia of California, San Diego),W. Ford Doolittle (Dalhousie
Bargmann (The Rockefeller University), Ben Barres University, Canada), Julian Downward (Cancer Research
(Stanford University), David Bartel (Massachusetts UK), Keith Dudley (King’s College London), Graham
Institute of Technology), Konrad Basler (University of Dunn (MRC Cell Biophysics Unit, London), Jim
RINGRAZIAMENTI
© 978-88-08-62126-9 XI

Dunwell (John Innes Institute, Norwich, UK), Bruce California, San Francisco), James Haber (Brandeis
Edgar (Fred Hutchinson Cancer Research Center, University), Ernst Hafen (Universitat Zurich), David
Seattle), Paul Edwards (University of Cambridge), Haig (Harvard University), Andrew Halestrap
Robert Edwards (University of California, San (University of Bristol, UK), Alan Hall (Memorial Sloan
Francisco), David Eisenberg (University of California, Kettering Cancer Center), Jeffrey Hall (Brandeis
Los Angeles), Sarah Elgin (Washington University, St. University), John Hall (University of Southampton, UK),
Louis), Ruth Ellman (Institute of Cancer Research, Zach Hall (University of California, San Francisco),
Sutton, UK), Beverly Emerson (The Salk Institute), Douglas Hanahan (University of California, San
Charles Emerson (University of Virginia), Scott D. Emr Francisco), David Hanke (University of Cambridge),
(Cornell University), Sharyn Endow (Duke University), Nicholas Harberd (University of Oxford), Graham
Lynn Enquist (Princeton University),Tariq Enver Hardie (University of Dundee, Scotland), Richard
(Institute of Cancer Research, London), David Epel Harland (University of California, Berkeley), Adrian
(Stanford University), Gerard Evan (University of Harris (Cancer Research UK), John Harris (University
California, Comprehensive Cancer Center), Ray Evert of Otago, New Zealand), Stephen Harrison (Harvard
(University of Wisconsin, Madison), Matthias Falk University), Leland Hartwell (University of Washington,
(Lehigh University), Stanley Falkow (Stanford Seattle), Adrian Harwood (MRC Laboratory for
University), Douglas Fearon (University of Cambridge), Molecular Cell Biology and Cell Biology Unit, London),
Gary Felsenfeld (NIH), Stuart Ferguson (University of Scott Hawley (Stowers Institute for Medical Research,
Oxford), James Ferrell (Stanford University), Christine Kansas City), Rebecca Heald (University of California,
Field (Harvard Medical School), Daniel Finley (Harvard Berkeley), John Heath (University of Birmingham, UK),
University), Gary Firestone (University of California, Ramanujan Hegde (NIH), Carl-Henrik Heldin
Berkeley), Gerald Fischbach (Columbia University), (Uppsala University), Ari Helenius (Swiss Federal
Robert Fletterick (University of California, San Institute of Technology), Richard Henderson (MRC
Francisco), Harvey Florman (Tufts University), Judah Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK),
Folkman (Harvard Medical School), Larry Fowke Glenn Herrick (University of Utah), Ira Herskowitz
(University of Saskatchewan, Canada), Jennifer Frazier (deceduto), Bertil Hille (University of Washington,
(Exploratorium¨, San Francisco), Matthew Freeman Seattle), Alan Hinnebusch (NIH, Bethesda), Brigid
(Laboratory of Molecular Biology, UK), Daniel Friend Hogan (Duke University), Nancy Hollingsworth (State
(University of California, San Francisco), Elaine Fuchs University of New York, Stony Brook), Frank Holstege
(University of Chicago), Joseph Gall (Carnegie (University Medical Center,The Netherlands), Leroy
Institution of Washington), Richard Gardner (University Hood (Institute for Systems Biology, Seattle), John
of Oxford), Anthony Gardner-Medwin (University Hopfield (Princeton University), Robert Horvitz
College London), Peter Garland (Institute of Cancer (Massachusetts Institute of Technology), Art Horwich
Research, London), David Garrod (University of (Yale University School of Medicine), David Housman
Manchester, UK), Susan M. Gasser (University of Basel), (Massachusetts Institute of Technology), Joe Howard
Walter Gehring (Biozentrum, University of Basel), (Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and
Benny Geiger (Weizmann Institute of Science, Rehovot, Genetics), Jonathan Howard (University of Washington,
Israel), Larry Gerace (The Scripps Research Institute), Seattle), James Hudspeth (The Rockefeller University),
Holger Gerhardt (London Research Institute), John Simon Hughes (King’s College London), Martin
Gerhart (University of California, Berkeley), Günther Humphries (University of Manchester, UK),Tim Hunt
Gerisch (Max Planck Institute of Biochemistry), Frank (Cancer Research UK), Neil Hunter (University of
Gertler (Massachusetts Institute of Technology), Sankar California, Davis), Laurence Hurst (University of Bath,
Ghosh (Yale University School of Medicine), Alfred UK), Jeremy Hyams (University College London),Tony
Gilman (The University of Texas Southwestern Medical Hyman (Max Planck Institute of Molecular Cell Biology
Center), Reid Gilmore (University of Massachusetts, and Genetics), Richard Hynes (Massachusetts Institute
Amherst), Bernie Gilula (deceduto), Charles Gilvarg of Technology), Philip Ingham (University of Sheffield,
(Princeton University), Benjamin S. Glick (University of UK), Kenneth Irvine (Rutgers University), Robin Irvine
Chicago), Michael Glotzer (University of Chicago), (University of Cambridge), Norman Iscove (Ontario
Larry Goldstein (University of California, San Diego), Cancer Institute,Toronto), David Ish-Horowicz (Cancer
Bastien Gomperts (University College Hospital Medical Research UK), Lily Jan (University of California, San
School, London), Daniel Goodenough (Harvard Medical Francisco), Charles Janeway (deceduto),Tom Jessell
School), Jim Goodrich (University of Colorado, (Columbia University), Arthur Johnson (Texas A&M
Boulder), Jeffrey Gordon (Washington University, St. University), Louise Johnson (deceduto), Andy Johnston
Louis), Peter Gould (Middlesex Hospital Medical (John Innes Institute, Norwich, UK), E.G. Jordan
School, London), Alan Grafen (University of Oxford), (Queen Elizabeth College, London), Ron Kaback
Walter Gratzer (King’s College London), Michael Gray (University of California, Los Angeles), Michael Karin
(Dalhousie University), Douglas Green (St. Jude (University of California, San Diego), Eric Karsenti
Children’s Hospital), Howard Green (Harvard (European Molecular Biology Laboratory, Germany),
University), Michael Green (University of Massachusetts, Ken Keegstra (Michigan State University), Ray Keller
Amherst), Leslie Grivell (University of Amsterdam), (University of California, Berkeley), Douglas Kellogg
Carol Gross (University of California, San Francisco), (University of California, Santa Cruz), Regis Kelly
Frank Grosveld (Erasmus Universiteit,The Netherlands), (University of California, San Francisco), John
Michael Grunstein (University of California, Los Kendrick-Jones (MRC Laboratory of Molecular
Angeles), Barry Gumbiner (Memorial Sloan Kettering Biology, Cambridge), Cynthia Kenyon (University of
Cancer Center), Brian Gunning (Australian National California, San Francisco), Roger Keynes (University of
University, Canberra), Christine Guthrie (University of Cambridge), Judith Kimble (University of Wisconsin,
RINGRAZIAMENTI
XII © 978-88-08-62126-9

Madison), Robert Kingston (Massachusetts General Institute of Technology), Chris Miller (Brandeis
Hospital), Marc Kirschner (Harvard University), Richard University), Robert Mishell (University of Birmingham,
Klausner (NIH), Nancy Kleckner (Harvard University), UK), Avrion Mitchison (University College London),
Mike Klymkowsky (University of Colorado, Boulder), N.A. Mitchison (University College London),Timothy
Kelly Komachi (University of California, San Francisco), Mitchison (Harvard Medical School), Quinn Mitrovich
Eugene Koonin (NIH), Juan Korenbrot (University of (University of California, San Francisco), Peter
California, San Francisco), Roger Kornberg (Stanford Mombaerts (The Rockefeller University), Mark
University),Tom Kornberg (University of California, Mooseker (Yale University), David Morgan (University
San Francisco), Stuart Kornfeld (Washington University, of California, San Francisco), Michelle Moritz
St. Louis), Daniel Koshland (University of California, (University of California, San Francisco), Montrose
Berkeley), Douglas Koshland (Carnegie Institution of Moses (Duke University), Keith Mostov (University of
Washington, Baltimore), Marilyn Kozak (University of California, San Francisco), Anne Mudge (University
Pittsburgh), Mark Krasnow (Stanford University), College London), Hans Müller-Eberhard (Scripps Clinic
Werner Kühlbrandt (Max Planck Institute for and Research Institute), Alan Munro (University of
Biophysics), John Kuriyan (University of California, Cambridge), J. Murdoch Mitchison (Harvard
Berkeley), Robert Kypta (MRC Laboratory for University), Richard Myers (Stanford University), Diana
Molecular Cell Biology, London), Peter Lachmann Myles (University of California, Davis), Andrew Murray
(MRC Centre, Cambridge), Ulrich Laemmli (University (Harvard University), Shigekazu Nagata (Kyoto
of Geneva, Switzerland),Trevor Lamb (University of University, Japan), Geeta Narlikar (University of
Cambridge), Hartmut Land (Cancer Research UK), California, San Francisco), Kim Nasmyth (University of
David Lane (University of Dundee, Scotland), Jane Oxford), Mark E. Nelson (University of Illinois, Urbana-
Langdale (University of Oxford), Lewis Lanier Champaign), Michael Neuberger (deceduto),Walter
(University of California, San Francisco), Jay Lash Neupert (University of Munich, Germany), David
(University of Pennsylvania), Peter Lawrence (MRC Nicholls (University of Dundee, Scotland), Roger Nicoll
Laboratory of Molecular Biology, Cambridge), Paul (University of California, San Francisco), Suzanne Noble
Lazarow (Mount Sinai School of Medicine), Robert J. (University of California, San Francisco), Harry Noller
Lefkowitz (Duke University), Michael Levine (University of California, Santa Cruz), Jodi Nunnari
(University of California, Berkeley),Warren Levinson (University of California, Davis), Paul Nurse (Francis
(University of California, San Francisco), Alex Levitzki Crick Institute), Roel Nusse (Stanford University),
(Hebrew University, Israel), Ottoline Leyser (University Michael Nussenzweig (Rockefeller University), Duncan
of York, UK), Joachim Li (University of California, San O’Dell (deceduto), Patrick O’Farrell (University of
Francisco),Tomas Lindahl (Cancer Research UK),Vishu California, San Francisco), Bjorn Olsen (Harvard
Lingappa (University of California, San Francisco), Medical School), Maynard Olson (University of
Jennifer Lippincott-Schwartz (NIH), Joseph Lipsick Washington, Seattle), Stuart Orkin (Harvard University),
(Stanford University School of Medicine), Dan Littman Terry Orr-Weaver (Massachusetts Institute of
(New York University School of Medicine), Clive Lloyd Technology), Erin O’Shea (Harvard University), Dieter
(John Innes Institute, Norwich, UK), Richard Locksley Osterhelt (Max Planck Institute of Biochemistry),
(University of California, San Francisco), Richard Losick William Otto (Cancer Research UK), John Owen
(Harvard University), Daniel Louvard (Institut Curie, (University of Birmingham, UK), Dale Oxender
France), Robin Lovell-Badge (National Institute for (University of Michigan), George Palade (deceduto),
Medical Research, London), Scott Lowe (Cold Spring Barbara Panning (University of California, San
Harbor Laboratory), Shirley Lowe (University of Francisco), Roy Parker (University of Arizona,Tucson),
California, San Francisco), Reinhard Lührman (Max William W. Parson (University of Washington, Seattle),
Planck Institute of Biophysical Chemistry), Michael Terence Partridge (MRC Clinical Sciences Centre,
Lynch (Indiana University), Laura Machesky (University London),William E. Paul (NIH),Tony Pawson
of Birmingham, UK), Hiten Madhani (University of (deceduto), Hugh Pelham (MRC, UK), Robert Perry
California, San Francisco), James Maller (University of (Institute of Cancer Research, Philadelphia), Gordon
Colorado Medical School),Tom Maniatis (Harvard Peters (Cancer Research UK), Greg Petsko (Brandeis
University), Colin Manoil (Harvard Medical School), University), Nikolaus Pfanner (University of Freiburg,
Elliott Margulies (NIH), Philippa Marrack (National Germany), David Phillips (The Rockefeller University),
Jewish Medical and Research Center, Denver), Mark Jeremy Pickett-Heaps (The University of Melbourne,
Marsh (Institute of Cancer Research, London),Wallace Australia), Jonathan Pines (Gurdon Institute,
Marshall (University of California, San Francisco), Gail Cambridge), Julie Pitcher (University College London),
Martin (University of California, San Francisco), Paul Jeffrey Pollard (Albert Einstein College of Medicine),
Martin (University College London), Joan Massagué Tom Pollard (Yale University), Bruce Ponder (University
(Memorial Sloan Kettering Cancer Center), Christopher of Cambridge), Daniel Portnoy (University of California,
Mathews (Oregon State University), Brian McCarthy Berkeley), James Priess (University of Washington,
(University of California, Irvine), Richard McCarty Seattle), Darwin Prockop (Tulane University), Mark
(Cornell University),William McGinnis (University of Ptashne (Memorial Sloan Kettering Cancer Center),
California, San Diego), Anne McLaren (Wellcome/ Dale Purves (Duke University), Efraim Racker (Cornell
Cancer Research Campaign Institute, Cambridge), University), Jordan Raff (University of Oxford), Klaus
Frank McNally (University of California, Davis), Rajewsky (Max Delbrück Center for Molecular
Freiderick Meins (Freiderich Miescher Institut, Basel), Medicine, Germany), George Ratcliffe (University of
Stephanie Mel (University of California, San Diego), Ira Oxford), Elio Raviola (Harvard Medical School), Martin
Mellman (Genentech), Barbara Meyer (University of Rechsteiner (University of Utah, Salt Lake City), David
California, Berkeley), Elliot Meyerowitz (California Rees (National Institute for Medical Research, London),
RINGRAZIAMENTI
© 978-88-08-62126-9 XIII

Thomas A. Reh (University of Washington, Seattle), Steinman (deceduto), Len Stephens (The Babraham
Louis Reichardt (University of California, San Institute, UK), Paul Sternberg (California Institute of
Francisco), Renee Reijo (University of California, San Technology), Chuck Stevens (The Salk Institute),
Francisco), Caetano Reis e Sousa (Cancer Research Murray Stewart (MRC Laboratory of Molecular
UK), Fred Richards (Yale University), Conly Rieder Biology, Cambridge), Bruce Stillman (Cold Spring
(Wadsworth Center, Albany), Phillips Robbins Harbor Laboratory), Charles Streuli (University of
(Massachusetts Institute of Technology), Elizabeth Manchester, UK), Monroe Strickberger (University of
Robertson (The Wellcome Trust Centre for Human Missouri, St. Louis), Robert Stroud (University of
Genetics, UK), Elaine Robson (University of Reading, California, San Francisco), Michael Stryker (University
UK), Robert Roeder (The Rockefeller University), Joel of California, San Francisco),William Sullivan
Rosenbaum (Yale University), Janet Rossant (Mount (University of California, Santa Cruz), Azim Surani (The
Sinai Hospital,Toronto), Jesse Roth (NIH), Jim Gurdon Institute, University of Cambridge), Daniel
Rothman (Memorial Sloan Kettering Cancer Center), Szollosi (Institut National de la Recherche
Rodney Rothstein (Columbia University), Erkki Agronomique, France), Jack Szostak (Harvard Medical
Ruoslahti (La Jolla Cancer Research Foundation), Gary School), Clifford Tabin (Harvard Medical School),
Ruvkun (Massachusetts General Hospital), David Masatoshi Takeichi (RIKEN Center for Developmental
Sabatini (New York University), Alan Sachs (University Biology, Japan), Nicolas Tapon (London Research
of California, Berkeley), Edward Salmon (University of Institute), Diethard Tautz (University of Cologne,
North Carolina, Chapel Hill), Aziz Sancar (University of Germany), Julie Theriot (Stanford University), Roger
North Carolina, Chapel Hill), Joshua Sanes (Harvard Thomas (University of Bristol, UK), Craig Thompson
University), Peter Sarnow (Stanford University), Lisa (Memorial Sloan Kettering Cancer Center), Janet
Satterwhite (Duke University Medical School), Robert Thornton (European Bioinformatics Institute, UK),
Sauer (Massachusetts Institute of Technology), Ken Vernon Thornton (King’s College London), Cheryll
Sawin (The Wellcome Trust Centre for Cell Biology, Tickle (University of Dundee, Scotland), Jim Till
UK), Howard Schachman (University of California, (Ontario Cancer Institute,Toronto), Lewis Tilney
Berkeley), Gerald Schatten (Pittsburgh Development (University of Pennsylvania), David Tollervey (University
Center), Gottfried Schatz (Biozentrum, University of of Edinburgh, UK), Ian Tomlinson (Cancer Research
Basel), Randy Schekman (University of California, UK), Nick Tonks (Cold Spring Harbor Laboratory),
Berkeley), Richard Scheller (Stanford University), Alain Townsend (Institute of Molecular Medicine, John
Giampietro Schiavo (Cancer Research UK), Ueli Radcliffe Hospital, Oxford), Paul Travers (Scottish
Schibler (University of Geneva, Switzerland), Joseph Institute for Regeneration Medicine), Robert Trelstad
Schlessinger (New York University Medical Center), (UMDNJ—Robert Wood Johnson Medical School),
Danny J. Schnell (University of Massachusetts, Amherst), Anthony Trewavas (Edinburgh University, Scotland),
Michael Schramm (Hebrew University, Israel), Robert Nigel Unwin (MRC Laboratory of Molecular Biology,
Schreiber (Washington University School of Medicine), Cambridge),Victor Vacquier (University of California,
James Schwartz (Columbia University), Ronald San Diego), Ronald D.Vale (University of California,
Schwartz (NIH), François Schweisguth (Institut Pasteur, San Francisco),Tom Vanaman (University of Kentucky),
France), John Scott (University of Manchester, UK), Harry van der Westen (Wageningen,The Netherlands),
John Sedat (University of California, San Francisco), Harold Varmus (National Cancer Institute, United
Peter Selby (Cancer Research UK), Zvi Sellinger States), Alexander J.Varshavsky (California Institute of
(Hebrew University, Israel), Gregg Semenza (Johns Technology), Donald Voet (University of Pennsylvania),
Hopkins University), Philippe Sengel (University of Harald von Boehmer (Harvard Medical School), Madhu
Grenoble, France), Peter Shaw (John Innes Institute, Wahi (University of California, San Francisco),Virginia
Norwich, UK), Michael Sheetz (Columbia University), Walbot (Stanford University), Frank Walsh
Morgan Sheng (Massachusetts Institute of Technology), (GlaxoSmithKline, UK),Trevor Wang (John Innes
Charles Sherr (St. Jude Children’s Hospital), David Institute, Norwich, UK), Xiaodong Wang (The
Shima (Cancer Research UK), Samuel Silverstein University of Texas Southwestern Medical School),Yu-
(Columbia University), Melvin I. Simon (California Lie Wang (Worcester Foundation for Biomedical
Institute of Technology), Kai Simons (Max Planck Research, MA), Gary Ward (University of Vermont),
Institute of Molecular Cell Biology and Genetics), Anne Warner (University College London), Graham
Jonathan Slack (Cancer Research UK), Alison Smith Warren (Yale University School of Medicine), Paul
(John Innes Institute, Norfolk, UK), Austin Smith Wassarman (Mount Sinai School of Medicine), Clare
(University of Edinburgh, UK), Jim Smith (The Gurdon Waterman-Storer (The Scripps Research Institute),
Institute, UK), John Maynard Smith (University of Fiona Watt (Cancer Research UK), John Watts (John
Sussex, UK), Mitchell Sogin (Woods Hole Institute), Innes Institute, Norwich, UK), Klaus Weber (Max
Frank Solomon (Massachusetts Institute of Technology), Planck Institute for Biophysical Chemistry), Martin
Michael Solursh (University of Iowa), Bruce Spiegelman Weigert (Institute of Cancer Research, Philadelphia),
(Harvard Medical School),Timothy Springer (Harvard Robert Weinberg (Massachusetts Institute of
Medical School), Mathias Sprinzl (University of Technology), Harold Weintraub (deceduto), Karsten Weis
Bayreuth, Germany), Scott Stachel (University of (Swiss Federal Institute of Technology), Irving Weissman
California, Berkeley), Andrew Staehelin (University of (Stanford University), Jonathan Weissman (University of
Colorado, Boulder), David Standring (University of California, San Francisco), Susan R.Wente (Vanderbilt
California, San Francisco), Margaret Stanley (University University School of Medicine), Norman Wessells
of Cambridge), Martha Stark (University of California, (University of Oregon, Eugene), Stephen West (Cancer
San Francisco),Wilfred Stein (Hebrew University, Israel), Research UK), Judy White (University of Virginia),
Malcolm Steinberg (Princeton University), Ralph William Wickner (Dartmouth College), Michael Wilcox
RINGRAZIAMENTI
XIV © 978-88-08-62126-9

(deceduto), Lewis T.Williams (Chiron Corporation), Wyke (Beatson Institute for Cancer Research, Glasgow),
Patrick Williamson (University of Massachusetts, Michael P.Yaffe (California Institute for Regenerative
Amherst), Keith Willison (Chester Beatty Laboratories, Medicine), Kenneth M.Yamada (NIH), Keith Yamamoto
London), John Wilson (Baylor University), Alan Wolffe (University of California, San Francisco), Charles Yocum
(deceduto), Richard Wolfenden (University of North (University of Michigan, Ann Arbor), Peter Yurchenco
Carolina, Chapel Hill), Sandra Wolin (Yale University (UMDNJ – Robert Wood Johnson Medical School),
School of Medicine), Lewis Wolpert (University College Rosalind Zalin (University College London), Patricia
London), Richard D.Wood (University of Pittsburgh Zambryski (University of California, Berkeley), Marino
Cancer Institute), Abraham Worcel (University of Zerial (Max Planck Institute of Molecular Cell Biology
Rochester), Nick Wright (Cancer Research UK), John and Genetics).
PARTE
1
INTRODUZIONE
ALLA
CELLULA
1 Cellule e genomi
2 Chimica
e bioenergetica
della cellula
3 Le proteine
CAPITOLO
Cellule e genomi
1
• Le caratteristiche universali
delle cellule sulla Terra
• La diversità dei genomi
e l’albero della vita
• L’informazione genetica
L a superficie del nostro pianeta è popolata da esseri viventi, fabbriche chi-
miche organizzate in modo complesso che assumono materia dall’am-
biente circostante e usano questo materiale grezzo per generare copie
di se stesse. Gli organismi viventi appaiono straordinariamente diversi. Che
cosa potrebbe esserci di più diverso di una tigre e un’alga, o di un batterio e
negli eucarioti un albero? Tuttavia, i nostri antenati, senza sapere nulla di cellule o di DNA,
notarono che tutti questi organismi avevano qualcosa in comune. Essi chia-
marono questo qualcosa “vita”, ne rimasero meravigliati, lottarono per defi-
nirla e disperarono di poter spiegare che cosa fosse o come funzionasse in re-
lazione alla materia inanimata.
Le scoperte del secolo scorso non hanno diminuito la meraviglia, piutto-
sto il contrario. Ma hanno svelato il mistero che circonda la natura della vi-
ta. Oggi possiamo vedere che tutti gli esseri viventi sono costituiti da cellule:
piccole unità circondate da una membrana e piene di una soluzione acquosa
concentrata di sostanze chimiche, e con la straordinaria capacità di produrre
copie di se stesse crescendo e poi dividendosi in due.
Poiché le cellule sono le unità fondamentali della vita, dobbiamo rivolgerci
alla biologia cellulare – lo studio della struttura, della funzione e del comporta-
mento delle cellule – per poter rispondere alle domande che cos’è la vita e come
funziona. Con una conoscenza più profonda delle cellule e della loro evoluzio-
ne, possiamo affrontare gli enormi problemi che tradizionalmente riguardano
la vita sulla Terra: le sue origini misteriose, la sua incredibile diversità e la sua
invasione di ogni habitat possibile. Come ha sottolineato tempo fa il pionie-
re della biologia cellulare E. B.Wilson, “la chiave di ogni problema biologico
deve essere ricercata nella cellula, dal momento che ogni essere vivente è, o in
qualche momento della sua storia è stato, una cellula”.
Gli esseri viventi, sebbene infinitamente diversi se osservati dall’esterno, so-
no fondamentalmente simili all’interno. L’intera biologia è un contrappunto
fra due temi: stupefacente varietà nei singoli particolari; stupefacente costan-
za nei meccanismi fondamentali. In questo primo capitolo iniziamo esami-
nando gli aspetti che sono universali in tutti gli esseri viventi del nostro pia-
neta. Quindi passiamo brevemente in rassegna la diversità delle cellule.Vedia-
mo come, grazie al codice comune in cui sono scritte le specifiche per tutti
gli organismi viventi, sia possibile leggere, misurare e decifrare queste speci-
fiche per ottenere una comprensione coerente di tutte le forme di vita, dalla
più piccola alla più grande.

Le caratteristiche universali
delle cellule sulla Terra
Si stima che vi siano più di 10 milioni – forse addirittura 100 milioni – di spe-
cie viventi oggi sulla Terra. Ciascuna specie è diversa e ciascuna si riproduce
fedelmente, generando una progenie che appartiene alla stessa specie: l’orga-
nismo genitore trasmette l’informazione che specifica le caratteristiche della
prole in modo straordinariamente dettagliato. Questo fenomeno dell’eredita-
rietà è parte centrale della definizione di vita: distingue la vita da altri proces-
si, come la crescita di un cristallo, o una candela che brucia, o la formazione
di onde sull’acqua, in cui si generano strutture ordinate ma senza lo stesso ti-
po di legame fra le peculiarità dei genitori e quelle della progenie. Come la
fiamma di una candela, l’organismo vivente consuma energia libera per crea-
re e mantenere la sua organizzazione; ma la vita utilizza l’energia libera per far
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 3

avanzare un sistema estremamente complesso di processi chimici che è speci-


ficato dall’informazione ereditaria.
La maggior parte degli organismi viventi è costituita da cellule singole; al-
tri, come noi, sono vaste “città” pluricellulari in cui gruppi di cellule svolgo-
no funzioni specializzate e sono collegati da sistemi complessi di comunica-
zione. Ma anche l’aggregato di più di 1013 cellule che forma un corpo umano
è stato generato da divisioni cellulari a partire da una singola cellula (Figura
1.1). Questa cellula comprende il macchinario necessario a raccogliere mate-
riali grezzi dall’ambiente e a costruire da essi una nuova cellula a sua imma-
gine, completa di una nuova copia dell’informazione ereditaria. Ogni singola
cellula è assolutamente sorprendente.

■ Tutte le cellule conservano la loro informazione ereditaria


nello stesso codice chimico lineare: il DNA

I computer ci hanno reso familiare il concetto di informazione come quan-


tità misurabile: un milione di byte che corrispondono a qualche centinaio di
pagine di testo o a un’immagine di una macchina fotografica digitale, 600
milioni per la musica su un CD, e così via. Essi ci hanno anche reso coscien-
ti del fatto che la stessa informazione può essere registrata in molte forme fi-
siche diverse: i dischi e i nastri che usavamo venti anni fa per i nostri archivi Figura 1.1 L’informazione
elettronici sono diventati illeggibili sulle macchine di oggi. Le cellule viven- ereditaria nella cellula uovo
ti, come i computer, hanno a che fare con l’informazione e si stima che ab- fecondata determina la
biano continuato a evolversi e a diversificarsi per più di 3,5 miliardi di anni. natura dell’intero organismo
pluricellulare. Sebbene le loro cellule
È difficile aspettarsi che debbano tutte conservare le loro informazioni nel- di partenza sembrino esteriormente
la stessa forma o che gli archivi di un tipo di cellula debbano essere leggibili simili, un uovo di riccio di mare dà
dal macchinario che gestisce le informazioni di un’altra. Eppure è così. Tutte origine a un riccio di mare (A e B). Un
le cellule viventi sulla Terra conservano la loro informazione ereditaria sotto uovo di topo dà origine a un topo (C e
forma di molecole a doppio filamento di DNA – lunghe catene polimeriche D). Un uovo dell’alga Fucus dà origine
a un’alga Fucus (E ed F). (A, per
accoppiate senza ramificazioni, formate sempre dagli stessi quattro tipi di mo- gentile concessione di David McClay;
nomeri. Questi monomeri hanno nomi derivati da un alfabeto a quattro let- B, per gentile concessione di M.
tere – A,T, C, G – e sono attaccati insieme in una lunga sequenza lineare che Gibbs, Oxford Scientific Films; C, per
codifica l’informazione genetica, proprio come la sequenza di 1 e 0 codifica gentile concessione di Patricia Calarco,
l’informazione in un file di computer. Possiamo prendere un tratto di DNA da G. Martin, Science 209: 768-
776, 1980. © AAAS; D, per gentile
da una cellula umana e inserirlo in un batterio, o un pezzo di DNA batteri- concessione di O. Newman, Oxford
co e inserirlo in una cellula umana, e l’informazione verrà letta, interpretata Scientific Films; E ed F, per gentile
e copiata con successo. Usando metodi chimici, i ricercatori possono leggere concessione di Colin Brownlee.)

(A) (C) (E)


100 µm 50 µm 50 µm

(B) (D) (F)


CAPITOLO 1 Cellule e genomi
4 © 978-88-08-62126-9

la sequenza completa di monomeri in qualunque molecola di DNA – che si


estende per milioni di nucleotidi – e così decifrare l’informazione ereditaria
contenuta in ciascun organismo.

■ Tutte le cellule replicano la loro informazione ereditaria


mediante polimerizzazione su stampo

I meccanismi che rendono possibile la vita dipendono dalla struttura della


molecola di DNA a doppio filamento. Ciascun monomero in un singolo fila-
mento di DNA – cioè, ciascun nucleotide – consiste di due parti: uno zuc-
chero (deossiribosio) con un gruppo fosfato attaccato, e una base, che può es-
sere adenina (A), guanina (G), citosina (C) o timina (T) (Figura 1.2). Ciascuno
zucchero è legato al successivo tramite il gruppo fosfato, creando una catena
polimerica composta da un’ossatura ripetitiva zucchero-fosfato con una serie
di basi che sporgono da un lato. Il polimero di DNA viene esteso aggiungen-
do monomeri a una estremità. I monomeri possono, in linea di principio, es-
sere aggiunti in qualunque ordine a un filamento singolo isolato, perché cia-
scuno si lega al successivo nello stesso modo, tramite la parte della molecola
che è uguale per tutti. Nella cellula vivente però il DNA non è sintetizzato
come un filamento libero isolato, ma su uno stampo formato da un filamento

(A) componenti del DNA (D) DNA a doppio filamento


fosfato
zucchero

+ G
C T T C C T
A G A G
zucchero base G
fosfato G A A G G A
nucleotide T C T C

(B) filamento di DNA

ossatura coppie di basi unite


G T A A C G G T C A di zucchero-fosfato da legami idrogeno

(E) doppia elica di DNA

(C) polimerizzazione su stampo del nuovo filamento


monomeri
di nucleotidi C
C A T A
C
A G
A T
G
G
G

G
C

T G
C A T T G
C
A C A
G T A A C G G T C A
C

Figura 1.2 Il DNA e le unità che lo compongono. un filamento esistente di DNA controlla la sequenza in cui
(A) Il DNA è composto da subunità semplici, chiamate i nucleotidi vengono uniti in un nuovo filamento di DNA;
nucleotidi, ciascuna consistente di una molecola di zucchero- T su un filamento si accoppia con A nell’altro, e G in un
fosfato con attaccato un gruppo laterale contenente azoto, filamento si accoppia con C nell’altro. Il nuovo filamento
o base. Le basi sono di quattro tipi (adenina, guanina, ha una sequenza nucleotidica complementare a quella del
citosina e timina), che corrispondono a quattro distinti vecchio filamento e un’ossatura con direzionalità opposta:
nucleotidi, indicati come A, G, C e T. (B) Un singolo filamento in corrispondenza con il GTAA... del filamento originale esso
di DNA è costituito da nucleotidi uniti da legami zucchero- ha ...TTAC. (D) Una normale molecola di DNA consiste di due
fosfato. Si noti che le singole unità di zucchero-fosfato filamenti complementari di questo tipo. I nucleotidi all’interno
sono asimmetriche e danno all’ossatura del filamento una di ciascun filamento sono uniti da legami chimici forti
direzionalità definita, o polarità. Questa direzionalità guida (covalenti); i nucleotidi complementari su filamenti opposti
i processi molecolari tramite i quali l’informazione nel DNA sono tenuti insieme più debolmente da legami idrogeno.
viene interpretata e copiata nelle cellule: l’informazione è (E) I due filamenti si avvolgono l’uno sull’altro formando
sempre “letta” in un ordine definito, proprio come il testo una doppia elica, una struttura robusta che può contenere
scritto in italiano viene letto da sinistra a destra. (C) Tramite qualunque sequenza di nucleotidi senza alterare la propria
polimerizzazione su stampo la sequenza di nucleotidi di struttura di base (Vedi Filmato 4.1).
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 5

filamento stampo Figura 1.3 La duplicazione


dell’informazione genetica
mediante replicazione del DNA.
In questo processo i due filamenti di
una doppia elica di DNA sono separati
nuovo filamento e ciascuno di essi serve da stampo
per la sintesi di un nuovo filamento
complementare.
nuovo filamento

doppia elica parentale di DNA

filamento stampo

preesistente di DNA. Le basi che sporgono dal filamento esistente si legano a


basi del filamento che viene sintetizzato, secondo una regola rigida definita da
strutture complementari delle basi: A si lega a T e C si lega a G. Questi appaia-
menti delle basi mantengono i nuovi monomeri in posizione e quindi con-
trollano la scelta di quale dei quattro monomeri verrà aggiunto al filamento in
crescita. In questo modo si crea una struttura a doppio filamento, che consiste
di due sequenze esattamente complementari di A, C,T e G. I due filamenti si
avvolgono l’uno intorno all’altro, formando una doppia elica (Figura 1.2E).
I legami fra le coppie di basi sono deboli in confronto ai legami zucche-
ro-fosfato e ciò permette ai due filamenti di DNA di separarsi senza che l’os-
satura si rompa. Ciascun filamento può quindi servire da stampo, nel modo ap-
pena descritto, per la sintesi di un nuovo filamento di DNA complementare a
se stesso, cioè una nuova copia dell’informazione ereditaria (Figura 1.3). In tipi
diversi di cellule questo processo di replicazione del DNA avviene a veloci-
tà differenti, con controlli diversi per iniziarlo o fermarlo, e con molecole au-
siliarie differenti. Ma le basi sono universali: il DNA è il depositario dell’infor-
mazione e la polimerizzazione su stampo è il modo in cui questa informazione è
copiata in tutto il mondo vivente.

■ Tutte le cellule trascrivono porzioni della loro informazione


ereditaria nella stessa forma intermedia: l’RNA

Per svolgere la sua funzione di deposito dell’informazione il DNA deve fare DNA
ben più che copiare se stesso. Deve anche esprimere la sua informazione, usan-
dola per guidare la sintesi di altre molecole nella cellula. Anche questo proces-
so avviene tramite un meccanismo che è lo stesso in tutti gli organismi viven-
sintesi del DNA
ti e che porta soprattutto alla produzione di due altre classi chiave di polime- REPLICAZIONE DNA
ri: RNA e proteine. Il processo (discusso in dettaglio nei Capitoli 6 e 7) inizia
con una polimerizzazione su stampo chiamata trascrizione, in cui segmen-
ti della sequenza del DNA sono usati come stampo per guidare la sintesi di
molecole più corte del polimero, strettamente correlato, acido ribonuclei- sintesi dell’RNA
nucleotidi TRASCRIZIONE
co, o RNA. In seguito, nel processo più complesso della traduzione, molte
RNA
di queste molecole di RNA dirigono la sintesi di polimeri di una classe chi-
mica radicalmente diversa, le proteine (Figura 1.4).
Nell’RNA l’ossatura è formata da uno zucchero leggermente diverso da sintesi proteica
TRADUZIONE
quello del DNA – ribosio invece di deossiribosio – e una delle quattro basi
è leggermente diversa: uracile (U) al posto di timina (T); ma le altre tre ba- PROTEINA

si – A, C e G – sono le stesse, e tutte e quattro le basi si accoppiano con le


loro controparti complementari nel DNA: A, U, C e G dell’RNA con T, A, amminoacidi

G e C del DNA. Durante la trascrizione, i monomeri dell’RNA sono alli-


Figura 1.4 Da DNA a proteina.
neati e scelti per la polimerizzazione su un filamento stampo di DNA nello L’informazione genetica viene letta
stesso modo in cui i monomeri del DNA sono selezionati durante la repli- e utilizzata mediante un processo in
cazione. Il risultato è perciò un polimero la cui sequenza di nucleotidi rap- due passaggi. Per prima cosa, nella
presenta fedelmente una parte dell’informazione genetica della cellula, an- trascrizione, segmenti della sequenza
del DNA sono usati per dirigere la
che se scritta in un alfabeto leggermente diverso, che consiste di monomeri sintesi di molecole di RNA. Quindi,
di RNA invece che di monomeri di DNA. nella traduzione, le molecole di RNA
Lo stesso segmento di DNA può essere usato ripetutamente per guidare la sono usate per dirigere la sintesi di
sintesi di molti trascritti identici di RNA. Quindi, mentre l’archivio dell’infor- molecole proteiche.
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
6 © 978-88-08-62126-9

MOLECOLE DI RNA COME TRASPORTATORI


DI INFORMAZIONI
DNA A DOPPIO FILAMENTO COME
ARCHIVIO DI INFORMAZIONI

TRASCRIZIONE

filamento usato come stampo


per dirigere la sintesi di RNA
molti trascritti
identici di RNA

Figura 1.5 Il modo in cui mazione genetica della cellula sotto forma di DNA è fisso e sacrosanto, i tra-
l’informazione genetica è scritti di RNA sono prodotti in massa e sono monouso (Figura 1.5). Come ve-
trasmessa per essere usata
all’interno della cellula. Ciascuna
dremo, questi trascritti agiscono da intermedi nel trasferimento dell’informa-
cellula contiene una serie fissa di zione genetica: servono soprattutto da RNA messaggero (mRNA) che gui-
molecole di DNA, il suo archivio di da la sintesi di proteine secondo le istruzioni genetiche conservate nel DNA.
informazione genetica. Un dato Le molecole di RNA hanno strutture caratteristiche che possono anche
segmento di questo DNA ha la conferire loro altre capacità chimiche specializzate. Essendo a singolo fila-
funzione di guidare la sintesi di molti
trascritti identici di RNA, che servono
mento, la loro ossatura è flessibile, così che la catena polimerica può ripiegar-
da copie di lavoro dell’informazione si all’indietro su se stessa per permettere a una parte della molecola di forma-
conservata nell’archivio. Si possono re deboli legami con un’altra parte della stessa molecola. Ciò avviene quan-
produrre molte serie diverse di do segmenti della sequenza sono localmente complementari: un segmento
molecole di RNA trascrivendo parti ...GGGG..., per esempio, tenderà ad associarsi a un segmento ...CCCC... Que-
selezionate di una lunga sequenza di
DNA, permettendo così a ciascuna
sti tipi di associazioni interne possono causare il ripiegamento di una catena
cellula di usare il suo deposito di di RNA in una forma specifica che è dettata dalla sua sequenza (Figura 1.6).
informazioni in modo diverso. La forma della molecola di RNA, a sua volta, può permetterle di riconoscere
altre molecole a cui si lega selettivamente (e anche, in certi casi, di catalizzare
modificazioni chimiche nelle molecole legate). Come vedremo nel Capito-
lo 6, alcune reazioni chimiche catalizzate da molecole di RNA sono cruciali
per parecchi dei più antichi e fondamentali processi delle cellule viventi, ed è
stato ipotizzato che una catalisi più estesa da parte dell’RNA abbia avuto un
ruolo centrale nelle prime fasi dell’evoluzione della vita.

■ Tutte le cellule usano proteine come catalizzatori

Le proteine, come le molecole di DNA e di RNA, sono lunghe catene po-


limeriche non ramificate, formate dall’unione in serie di unità monomeriche
derivate da un repertorio standard che è lo stesso in tutte le cellule viventi.
Come il DNA e l’RNA, portano l’informazione sotto forma di una sequenza
lineare di simboli, proprio come un messaggio umano scritto usando un alfa-

G
C
A C
U G
U
Figura 1.6 La conformazione G A
C
G

di una molecola di RNA. C


U

G
A
U

(A) L’appaiamento di nucleotidi fra


C
A

regioni diverse della stessa catena


U
A

polimerica di RNA fa adottare alla


molecola una forma caratteristica.
(B) La struttura tridimensionale di
A U U
una reale molecola di RNA, dal virus G C A A
dell’epatite delta, che catalizza la C G U C
U G G
rottura del filamento di RNA. Il nastro U A C U
A A A A
blu rappresenta l’ossatura di zucchero- A U U
fosfato; le barre rappresentano coppie A U
C U
di basi. (vedi Filmato 6.1)
CC U AAA
(B, basata su A.R. Ferré D’Amaré, K.
U
Zhou e J.A. Doudna, Nature 395:567- G GG
A UU
574, 1998. Per gentile concessione di
MacMillan Publishers Ltd.) (A) (B)
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 7

beto. In ogni cellula ci sono molte proteine diverse, che – se non consideria-
mo l’acqua – costituiscono la maggior parte della massa cellulare.
I monomeri delle proteine, gli amminoacidi, sono molto diversi da quel-
li del DNA e dell’RNA, e ce ne sono 20 tipi invece di 4. Ciascun amminoa-
cido è costruito intorno alla stessa struttura centrale attraverso la quale può
essere legato in un modo standard a qualunque altro amminoacido della se-
rie; attaccato a questo nucleo si trova un gruppo laterale che conferisce a cia-
scun amminoacido un carattere chimico specifico. Ciascuna molecola protei-
ca è un polipeptide, creato unendo amminoacidi in una sequenza partico-
lare. Attraverso miliardi di anni di evoluzione, questa sequenza è stata selezio-
nata in modo da dare alla proteina una funzione utile. Quindi, ripiegandosi in
una forma tridimensionale precisa con siti reattivi sulla sua superficie (Figura
1.7A), questi polimeri di amminoacidi possono legare con alta specificità altre
molecole e possono agire da enzimi che catalizzano reazioni in cui si forma-
no o si spezzano legami covalenti. In questo modo dirigono la grande mag-
gioranza dei processi chimici nella cellula (Figura 1.7B).
Le proteine hanno anche una quantità di altre funzioni – mantenere strut-
ture, generare movimenti, rilevare segnali, e così via – e ciascuna molecola
proteica svolge una funzione peculiare secondo la propria sequenza di ammi-
noacidi specificata geneticamente. Le proteine sono soprattutto le molecole
che mettono in opera l’informazione genetica della cellula.
Quindi i polinucleotidi specificano le sequenze amminoacidiche delle
proteine. Le proteine, a loro volta, catalizzano molte reazioni chimiche, com-
prese quelle che portano alla sintesi di nuove molecole di DNA. Da un pun-
to di vista di base, una cellula vivente è un insieme di catalizzatori in grado
di autoreplicarsi che catturano cibo, elaborano questo cibo per derivarne sia
le unità molecolari da costruzione che l’energia necessari per formare altri
catalizzatori e scartare il materiale non utilizzato come rifiuto (Figura 1.8A).
Un circuito a feedback che collega proteine e polinucleotidi costituisce la
base di questo comportamento autocatalitico e capace di autoriprodursi de-
gli organismi viventi (Figura 1.8B).

■ Tutte le cellule traducono RNA in proteine allo stesso modo

Negli anni ’50 era ancora un mistero il modo in cui l’informazione codificata
nel DNA specifichi la produzione di proteine, quando si scoprì che la struttura
a doppia elica del DNA era alla base dell’ereditarietà; ma negli anni successi-
vi gli scienziati hanno dipanato l’elegante meccanismo che ne è responsabile.
La traduzione dell’informazione genetica dall’alfabeto a 4 lettere dei polinu-
cleotidi nell’alfabeto a 20 lettere delle proteine è un processo complesso. Le
regole di questa traduzione sembrano per alcuni aspetti chiare e razionali, ma
per altri aspetti stranamente arbitrarie, dato che sono (con piccole eccezioni)

catena
di polisaccaride

+
+

sito catalitico

molecola
(B) di lisozima

Figura 1.7 Il modo in cui una molecola proteica agisce da catalizzatore per una
reazione chimica. (A) In una molecola proteica la catena polimerica si ripiega in una
forma specifica definita dalla sua sequenza di amminoacidi. Una fessura sulla superficie di
questa particolare molecola ripiegata, l’enzima lisozima, forma un sito catalitico. (B) Una
molecola di polisaccaride (rosso) – una catena polimerica di monomeri di zuccheri – si lega
al sito catalitico del lisozima e viene spezzata, come risultato di una reazione di rottura di
un legame covalente catalizzata dagli amminoacidi che rivestono la fessura (vedi Filmato
(A) lisozima 3.9) (Codice PDB: 1LYD).
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
8 © 978-88-08-62126-9

(A) CIBO IN ENTRATA RIFIUTI IN USCITA (B)

amminoacidi nucleotidi
unità
molecolari
fondamentali
energia

funzione informazione
insieme di catalizzatori catalitica di sequenza
della cellula

proteine polinucleotidi
I CATALIZZATORI DELLA CELLULA
COLLABORANO TRA DI LORO PER RIPRODURRE
L’INTERO INSIEME DI CATALIZZATORI
PRIMA DELLA DIVISIONE CELLULARE

Figura 1.8 La vita come processo identiche in tutti gli esseri viventi. Si ritiene che questi aspetti arbitrari riflet-
autocatalitico. (A) La cellula come tano incidenti “congelati” nella storia precoce della vita: proprietà casuali dei
una collezione di catalizzatori che si
autoreplicano. (B) Polinucleotidi (gli
primi organismi che sono state trasmesse come eredità e sono diventate così
acidi nucleici DNA e RNA, che sono profondamente inglobate nella costituzione di tutte le cellule viventi da non
polimeri di nucleotidi) forniscono potere essere cambiate senza effetti disastrosi.
l’informazione della sequenza mentre L’informazione nella sequenza di una molecola di RNA messaggero è letta
le proteine (polimeri di amminoacidi) in gruppi di tre nucleotidi alla volta: ciascuna tripletta di nucleotidi, o codone,
forniscono la maggior parte delle
funzioni catalitiche che servono –
specifica (codifica) un singolo amminoacido in una proteina corrispondente.
attraverso una serie complessa di Poiché il numero di triplette diverse che può formarsi a partire da 4 nucleo-
reazioni chimiche – a eseguire la tidi è 43, vi sono 64 codoni possibili, tutti esistenti in natura.Tuttavia, ci sono
sintesi di ulteriori polinucleotidi e soltanto 20 amminoacidi presenti in natura. Questo significa che devono per
proteine degli stessi tipi. forza esserci molti casi in cui diversi codoni corrispondono allo stesso ammi-
noacido. Questo codice genetico è letto da una classe speciale di piccole mole-
cole di RNA, gli RNA transfer (tRNA). Ciascun tipo di tRNA ha attaccato
a una estremità un amminoacido specifico e porta all’altra estremità una se-
quenza specifica di tre nucleotidi – un anticodone – che gli permette, tramite
appaiamento di basi, di riconoscere un codone particolare o un gruppo di co-
doni nell’mRNA. La chimica intricata che consente a questi tRNA di tradur-
re una specifica sequenza di nucleotidi A, C, G e U presenti in una molecola
di mRNA nella specifica sequenza di amminoacidi che forma una molecola
proteica è possibile grazie al ribosoma, una gigantesca macchina multimoleco-
lare formata sia da proteine sia da RNA ribosomiale. Tutti questi processi sono
descritti in dettaglio nel Capitolo 6.

■ Ogni proteina • codificata da un gene specifico

Le molecole di DNA di regola sono molto grandi e contengono le specifiche di


migliaia di proteine. Sequenze speciali nel DNA fungono da punteggiatura, de-
finendo dove inizia e dove finisce l’informazione per ciascuna proteina. Singo-
li segmenti dell’intera sequenza di DNA sono trascritti in molecole di mRNA
separate e ciascun segmento codifica una proteina diversa. Ciascuno di que-
sti segmenti di DNA rappresenta un gene. Una complicazione è rappresenta-
ta dal fatto che le molecole di RNA trascritte dallo stesso segmento di DNA
possono essere spesso modificate in più di un modo, dando origine a una serie
di versioni alternative di una proteina, specialmente nelle cellule più comples-
se come quelle dei vegetali e degli animali. Inoltre, alcuni segmenti di DNA
– un numero più piccolo – sono trascritti in molecole di RNA che non ven-
gono tradotte ma che hanno funzioni catalitiche, regolatorie o strutturali; ta-
li segmenti di DNA sono considerati geni. Un gene è perciò definito come il
segmento di sequenza di DNA che corrisponde a una singola proteina o a una
serie di varianti alternative di una proteina o a una singola molecola catalitica,
regolatrice o strutturale di RNA.
In tutte le cellule l’espressione dei singoli geni è regolata: invece di produrre
continuamente l’intero repertorio di proteine possibili a gran velocità, la cel-
lula regola il tasso di trascrizione e di traduzione di geni diversi in modo in-
dipendente, secondo le necessità.Tratti di DNA regolatore sono sparsi fra i seg-
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 9

menti che codificano proteine e queste regioni non codificanti legano speciali
molecole proteiche che controllano la velocità locale di trascrizione. La quan-
tità e l’organizzazione del DNA regolatore e dell’altro DNA non codificante
variano moltissimo da una classe di organismi a un’altra, ma la strategia di ba-
se è universale. In questo modo il genoma della cellula – cioè il totale della
sua informazione genetica contenuta nella sua sequenza completa di DNA –
detta non solo la natura delle proteine della cellula, ma anche quando e dove
queste devono essere prodotte.

■ La vita richiede energia libera

Una cellula vivente è un sistema chimico dinamico, che funziona ben lungi
dall’equilibrio chimico. Affinché la cellula cresca o produca una nuova cellula
a sua immagine, essa deve assumere energia libera dall’ambiente, oltre a mate-
riali grezzi, per spingere le necessarie reazioni di sintesi. Questo consumo di
energia libera è fondamentale per la vita. Quando si arresta, una cellula deca-
de verso l’equilibrio chimico e rapidamente muore.
Anche l’informazione genetica è fondamentale per la vita ed è necessaria
energia libera per propagare questa informazione. Per esempio, specificare un
bit di informazione – cioè una scelta sì/no fra due alternative egualmente pro-
babili – costa una quantità definita di energia libera che può essere calcolata.
La relazione quantitativa richiede dei ragionamenti complessi e dipende dalla
definizione precisa del termine “energia libera”, che sarà discussa nel Capitolo
2. L’idea fondamentale, tuttavia, non è difficile da comprendere intuitivamente.
Immaginate le molecole presenti in una cellula come uno sciame di og-
getti dotati di energia termica, che si muovono violentemente a caso, urtan-
dosi in continuazione. Per specificare l’informazione genetica – sotto forma
di una sequenza di DNA, per esempio – le molecole devono essere catturate
da questa “folla selvaggia”, disposte in un ordine specifico definito da qualche
stampo preesistente, e unite in una relazione fissa. I legami che trattengono le
molecole nei punti appropriati sullo stampo e le uniscono tra loro devono es-
sere abbastanza forti da resistere all’effetto che crea disordine del movimento
termico. Il processo è spinto in avanti dal consumo di energia libera, neces-
sario per assicurare che si formino i legami corretti e che questi siano robu-
sti. Nel caso più semplice le molecole possono essere paragonate a trappole
a molla, pronte a scattare in uno stato più stabile, legato con minore energia
quando incontrano i partner appropriati; nel momento in cui scattano insie-
me nella disposizione legata, l’energia immagazzinata disponibile – l’energia
libera – come l’energia della molla della trappola, viene rilasciata e dissipata
sotto forma di calore. In una cellula i processi chimici sottostanti al trasferi-
mento dell’informazione sono più complessi, ma si applica lo stesso principio
di base: si deve spendere energia libera per creare ordine.
Per replicare fedelmente la sua informazione genetica e di fatto per produr-
re tutte le sue molecole complesse secondo le specificazioni corrette la cellu-
la richiede perciò energia libera, che deve essere importata in qualche modo
dall’ambiente circostante. Come vedremo nel Capitolo 2 l’energia libera ne-
cessaria alle cellule animali deriva dai legami chimici presenti nelle molecole
costituenti il cibo che l’animale mangia, mentre le piante ottengono la loro
energia libera dalla luce solare.

■ Tutte le cellule funzionano come fabbriche biochimiche


che utilizzano le stesse unitˆ molecolari di base

Poiché tutte le cellule producono DNA, RNA e proteine e queste macromo-


lecole sono composte dalla stessa serie di subunità in tutti i casi, tutte le cellule
devono contenere e manipolare un insieme simile di piccole molecole, fra cui
zuccheri semplici, nucleotidi e amminoacidi, oltre ad altre sostanze che sono
richieste universalmente.Tutte le cellule, per esempio, necessitano del nucleo-
tide fosforilato ATP (adenosina trifosfato) come unità da costruzione per la sin-
tesi di DNA e RNA; e tutte le cellule producono e consumano questa mole-
cola anche come trasportatore di energia libera e gruppi fosfato per spingere
un enorme numero di reazioni chimiche nella cellula.
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
10 © 978-88-08-62126-9

Sebbene tutte le cellule funzionino come fabbriche biochimiche sotto


molti aspetti di tipo simile, molti dettagli delle loro transazioni di piccole mo-
lecole differiscono. Alcuni organismi, come i vegetali, richiedono soltanto i
nutrienti più semplici e imbrigliano l’energia della luce solare per produrre
quasi tutte le loro piccole molecole organiche; altri organismi, come gli ani-
mali, si nutrono di esseri viventi e ottengono molte delle loro molecole orga-
niche già pronte.Torneremo su questo punto più avanti.

■ Tutte le cellule sono racchiuse da una membrana


plasmatica attraverso la quale devono passare i nutrienti
e i materiali di rifiuto

Un’altra caratteristica universale è la seguente: ogni cellula è circondata da


una membrana, la membrana plasmatica. Questo contenitore agisce da
barriera selettiva che permette alla cellula di concentrare i nutrienti raccolti
dall’ambiente e di trattenere i prodotti che sintetizza per il proprio uso, men-
tre espelle i suoi prodotti di rifiuto. Senza una membrana plasmatica la cellu-
la non potrebbe mantenere la sua integrità come sistema chimico coordinato.
Le molecole che formano questa membrana hanno la semplice proprietà
fisico-chimica di essere anfipatiche, cioè consistono di una parte che è idrofo-
bica (insolubile in acqua) e di un’altra parte che è idrofilica (solubile in acqua).
Quando molecole di questo tipo sono poste in acqua si aggregano spontanea-
mente, disponendo le loro porzioni idrofobiche il più possibile in contatto fra
loro per allontanarle dall’acqua e tenendo esposte le loro porzioni idrofiliche.
Molecole anfipatiche di forma appropriata, come i fosfolipidi che compon-
gono la maggior parte della membrana plasmatica, si aggregano spontanea-
mente in acqua formando un doppio strato che crea piccole vescicole chiuse
(Figura 1.9). Il fenomeno può essere dimostrato in una provetta semplicemen-
te mescolando insieme fosfolipidi e acqua; in condizioni appropriate si for-
mano piccole vescicole il cui contenuto acquoso è isolato dal mezzo esterno.
Sebbene i dettagli chimici varino, le code idrofobiche delle molecole pre-
monostrato
fosfolipidico dominanti delle membrane di tutte le cellule sono polimeri idrocarburici
(–CH2–CH2–CH2–) e il loro assemblaggio spontaneo in una vescicola a dop-
pio strato non è che uno dei molti esempi di un importante principio gene-
OLIO rale: le cellule producono molecole le cui proprietà chimiche ne provocano
l’autoassemblaggio nelle strutture di cui la cellula ha bisogno.
Il confine della cellula non può essere totalmente impermeabile. Se una
cellula deve crescere e riprodursi, essa deve essere capace di importare mate-
riali grezzi ed esportare i rifiuti attraverso la sua membrana plasmatica.Tutte
le cellule perciò hanno proteine specializzate immerse nella loro membra-
na che servono a trasportare molecole specifiche da un lato all’altro. Alcu-
ne di queste proteine di trasporto di membrana, come alcune delle proteine che
doppio
strato catalizzano le reazioni fondamentali delle piccole molecole all’interno del-
fosfolipidico la cellula, si sono conservate così bene nel corso dell’evoluzione che è pos-
sibile riconoscere le somiglianze di famiglia fra di esse anche confrontando
i gruppi più distanti di organismi viventi.
Le proteine di trasporto di membrana determinano in gran parte quali
ACQUA
molecole entrano nella cellula e le proteine catalitiche all’interno della cellula
determinano le reazioni che queste molecole subiscono. Quindi, specificando
la serie di proteine che la cellula deve produrre, l’informazione genetica regi-
Figura 1.9 Formazione di una strata nella sequenza del DNA detta l’intera chimica della cellula; e non solo
membrana da parte di molecole la sua chimica, ma anche la sua forma e il suo comportamento, poiché anche
anfipatiche di fosfolipidi. questi sono costruiti e controllati principalmente dalle proteine della cellula.
I fosfolipidi hanno un gruppo di testa
idrofilico (che ama l’acqua, fosfato)
e una coda idrofobica (che evita ■ Ci pu˜ essere una cellula vivente con meno di 500 geni
l’acqua, idrocarburo). All’interfaccia
fra olio e acqua essi si dispongono I principi di base del trasferimento dell’informazione biologica sono abbastan-
come un singolo foglio con i gruppi di za semplici, ma quanto sono complesse le vere cellule viventi? In particolare,
testa verso l’acqua e i gruppi di coda quali sono i requisiti minimi? Possiamo ottenere un’indicazione approssima-
verso l’olio. Quando sono immersi in
acqua si aggregano formando doppi tiva considerando la specie che ha il genoma più piccolo conosciuto, il batte-
strati che racchiudono compartimenti rio Mycoplasma genitalium (Figura 1.10). Questo organismo vive come parassita
acquosi, come indicato nella figura. nei mammiferi e il suo ambiente gli fornisce molte delle sue piccole moleco-
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 11

le già pronte. Nonostante ciò, deve ancora produrre tutte le grosse molecole
– DNA, RNA e proteine – necessarie per i processi base dell’eredità. Esso ha
circa 530 geni di cui circa 400 sono essenziali. Il suo genoma di 580 070 cop-
pie di nucleotidi rappresenta 145 018 byte di informazione, circa quanto ci
vuole per registrare il testo di un capitolo di questo libro. La biologia cellula-
re può essere complicata, ma non in modo impossibile.
Il numero minimo di geni per una cellula vitale nell’ambiente attuale è
probabilmente non inferiore a 300, sebbene il nucleo di geni condiviso da tut-
te le specie viventi contenga soltanto circa 60 geni.
SOMMARIO La singola cellula è l’unità minima della materia vivente che si (A)
5 µm
autoriproduce e consiste di un insieme di catalizzatori che si possono autoriprodurre.
Di importanza centrale per la riproduzione è la trasmissione dell’informazione
genetica alle cellule figlie. Ogni cellula sul nostro pianeta conserva la sua informazione
genetica nella stessa forma chimica, un DNA a doppio filamento. La cellula replica
la sua informazione separando i filamenti appaiati di DNA e usando ciascuno di
essi come stampo per la polimerizzazione al fine di produrre un nuovo filamento
di DNA con una sequenza complementare di nucleotidi. La stessa strategia di
polimerizzazione su stampo è usata per trascrivere porzioni dell’informazione da DNA
in molecole del polimero strettamente correlato, RNA. Queste molecole di RNA a loro
volta guidano la sintesi di molecole proteiche grazie al meccanismo più complesso
della traduzione, che coinvolge una grande macchina multimolecolare, il ribosoma. Le
proteine sono i principali catalizzatori per quasi tutte le reazioni chimiche nella cellula;
altre loro funzioni comprendono l’importazione e l’esportazione selettiva di piccole
molecole attraverso la membrana plasmatica che forma il confine della cellula. La
funzione peculiare di ciascuna proteina dipende dalla sua sequenza di amminoacidi, (B) 0,2 µm
che è specificata dalla sequenza nucleotidica di un segmento corrispondente del
DNA, il gene che codifica quella proteina. In questo modo il genoma della cellula ne Figura 1.10 Mycoplasma
determina la chimica; e la chimica di ogni cellula vivente è fondamentalmente simile, genitalium. (A) Micrografia
poiché deve provvedere alla sintesi di DNA, RNA e proteine. Le cellule più semplici elettronica a scansione che mostra
la forma irregolare di questo piccolo
note possono sopravvivere con circa 400 geni. ● batterio, che riflette la mancanza
di una parete rigida. (B) Sezione
trasversale (micrografia elettronica
La diversità dei genomi e l’albero della vita a trasmissione) di una cellula di
Mycoplasma. Dei 530 geni del
Mycoplasma genitalium, 43 codificano
Il successo degli organismi viventi basati su DNA, RNA e proteine è stato RNA transfer, ribosomiale e altri RNA
spettacolare. La vita ha popolato gli oceani, coperto il suolo, infiltrato la crosta non messaggeri. Si conoscono, o
terrestre e modellato la superficie del nostro pianeta. La nostra atmosfera ricca si possono supporre, le funzioni di
di ossigeno, i depositi di carbone e di petrolio, gli strati di minerali ferrosi, le 339 geni che codificano proteine:
di questi, 154 sono coinvolti nella
rupi di gesso, di arenaria e di marmo – tutti questi sono prodotti, direttamen- replicazione, trascrizione e traduzione
te o indirettamente, della passata attività biologica sulla Terra. del DNA e in processi correlati che
Gli esseri viventi non sono confinati nel familiare reame temperato di terra, coinvolgono DNA, RNA e proteine; 98
acqua e luce solare abitato da vegetali e da animali che mangiano vegetali. Essi sono coinvolti nella membrana e nelle
strutture di superficie della cellula;
si possono trovare nelle più buie profondità dell’oceano, nei fanghi bollenti dei 46 nel trasporto di nutrienti e di altre
vulcani, in laghi sotto la superficie congelata dell’Antartide e sepolti a chilome- molecole attraverso la membrana;
tri di profondità nella crosta terrestre. Le creature che vivono in questi ambien- 71 nella conversione dell’energia e
ti estremi sono generalmente poco familiari, non solo perché sono inaccessibi- nella sintesi e degradazione di piccole
li ma anche perché sono perlopiù microscopiche. Anche negli habitat più fa- molecole e 12 nella regolazione della
divisione cellulare e in altri processi.
vorevoli la maggior parte degli organismi è troppo piccola per essere visibile (A, da S. Razin, M. Banai, H. Gamliel,
senza un equipaggiamento speciale: essi tendono a passare inosservati, a meno A. Pollack, W. Bredt e I. Kahane,
che non provochino una malattia o facciano marcire il legno delle nostre case. Infect. Immun. 30:538-546, 1980, per
Eppure i microrganismi compongono la maggior parte della massa totale della gentile concessione della American
materia vivente sul nostro pianeta. Solo di recente, con nuovi metodi di analisi Society for Microbiology; B, per
gentile concessione di Roger Cole, in
molecolare e in modo specifico tramite l’analisi delle sequenze del DNA, ab- Medical Microbiology, 4a ed., a cura
biamo cominciato a ottenere un quadro della vita sulla Terra che non sia gros- di S. Baron. Galveston: University of
solanamente distorto dalla nostra prospettiva falsata che ci porta a vederla dal Texas Medical Branch, 1996.)
punto di vista di grandi animali che vivono sulla terraferma.
In questa sezione consideriamo la diversità degli organismi e le relazioni
fra di essi. Poiché l’informazione genetica per ogni organismo è scritta nel
linguaggio universale di sequenze di DNA e la sequenza del DNA di ogni
dato organismo può essere ottenuta per mezzo di tecniche biochimiche stan-
dard, è ora possibile caratterizzare, catalogare e confrontare qualunque serie
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
12 © 978-88-08-62126-9

di organismi viventi riferendosi a queste sequenze. Da questi confronti pos-


siamo stimare la posizione di ciascun organismo nell’albero genealogico del-
le specie viventi, l’“albero della vita”. Ma prima di descrivere ciò che que-
sto approccio rivela, dobbiamo considerare le vie tramite le quali cellule in
ambienti diversi ottengono la materia e l’energia indispensabili per soprav-
vivere e proliferare e i modi in cui alcune classi di organismi dipendono da
altri per le loro necessità chimiche di base.

■ Le cellule possono essere alimentate da varie fonti


di energia libera

Gli organismi viventi ottengono la loro energia libera in modi diversi. Alcuni,
come animali, funghi e batteri che vivono nell’intestino umano, la ottengono
nutrendosi di altri esseri viventi o dei prodotti chimici organici che essi pro-
ducono; questi organismi sono detti organotrofici (dalla parola greca trophé, che
significa “nutrimento”). Altri derivano la loro energia direttamente dal mon-
do inanimato. Questi si dividono in due classi: quelli che ottengono l’ener-
gia dalla luce solare e quelli che catturano la loro energia da sistemi ricchi di
energia di sostanze chimiche inorganiche presenti nell’ambiente (sistemi chi-
mici lontani dall’equilibrio chimico). Gli organismi della prima classe si chia-
mano fototrofici (che si nutrono di luce); quelli della seconda si chiamano lito-
trofici (che si nutrono di roccia). Gli organismi organotrofici non potrebbero
esistere senza questi convertitori primari di energia, che costituiscono la mas-
sa maggiore della materia vivente sulla Terra.
Gli organismi fototrofici comprendono molti tipi di batteri, oltre ad alghe
e vegetali, dai quali noi – e praticamente tutti gli esseri viventi che vediamo
comunemente intorno a noi – dipendiamo. Gli organismi fototrofici hanno
modificato l’intera chimica del nostro ambiente: l’ossigeno nell’atmosfera ter-
restre è un sottoprodotto delle loro attività biosintetiche.
Gli organismi litotrofici non sono un aspetto così evidente del nostro mon-
do, perché sono microscopici e vivono per la maggior parte in habitat non po-
polati dagli esseri umani, per esempio nelle profondità dell’oceano, sepolti nel-
la crosta terrestre o in vari altri ambienti inospitali. Ma costituiscono una delle
componenti principali del mondo vivente e sono particolarmente importanti
in qualunque considerazione della storia della vita sulla Terra.
Alcuni litotrofi ottengono energia da reazioni aerobiche, che usano ossige-
no molecolare dell’ambiente; poiché l’O2 atmosferico è alla fine il prodotto
di organismi viventi, questi litotrofi aerobici si nutrono, in un certo senso, dei
prodotti della vita passata. Ci sono tuttavia altri litotrofi che vivono anaero-
bicamente, in luoghi in cui l’ossigeno molecolare è scarsamente presente o è
assente, in circostanze simili a quelle che devono essere esistite nei primi mo-
menti di vita sulla Terra, prima che si accumulasse ossigeno.
I più estremi di questi siti sono i camini idrotermali bollenti che si trovano sul
fondo dell’oceano Pacifico e dell’oceano Atlantico, in regioni in cui il fondo
dell’oceano si allarga man mano che nuove porzioni della crosta terrestre si forma-
no per un graduale sollevamento di materiale dall’interno della Terra (Figura 1.11).
Acqua di mare che percola verso il basso è riscaldata e spinta di nuovo in alto
come un geyser sottomarino, trasportando con sé una corrente di sostanze chi-
miche dalle rocce bollenti sottostanti. Un tipico cocktail potrebbe compren-
dere H2S, H2, CO, Mn2+, Fe2+, Ni2+, CH2, NH4+ e composti contenenti fosfo-
ro. Una densa popolazione di batteri vive nelle vicinanze del camino, crescen-
do con questa dieta austera e raccogliendo energia libera da reazioni fra i com-
posti chimici disponibili. Altri organismi – conchiglie, muscoli e vermi mari-
ni giganti – a loro volta vivono dei batteri presenti presso il camino, formando
un intero ecosistema analogo al sistema di vegetali e animali a cui appartenia-
mo, ma alimentato dall’energia geochimica invece che dalla luce (Figura 1.12).

■ Alcune cellule fissano azoto e anidride carbonica per le altre

Costruire una cellula vivente richiede materia, oltre a energia libera. DNA,
RNA e proteine sono composti da appena sei elementi: idrogeno, carbonio,
azoto, ossigeno, zolfo e fosforo. Questi sono abbondanti nell’ambiente inani-
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 13

Figura 1.11 La geologia di un


MARE
nube scura camino idrotermale bollente nel
di acqua calda fondo dell’oceano. L’acqua percola
ricca di minerali verso la roccia fusa calda che sale
dall’interno della Terra e viene scaldata
bocca del camino e spinta verso l’alto, trasportando
batteri litotrofici idrotermale
anaerobici minerali rilasciati dalla roccia calda. Si
stabilisce un gradiente di temperatura,
da più di 350 °C vicino al nucleo
comunità di animali camino costituito del camino a 2-3 °C nell’oceano
invertebrati da solfuri metallici circostante. I minerali precipitano
precipitati dall’acqua quando questa si raffredda,
2–3 °C formando un camino. Classi diverse
di organismi, che prosperano a
temperature diverse, vivono a distanze
diverse dal camino. Un tipico camino
fondo del mare può essere alto alcuni metri, con un
flusso di 1-2 m/sec.

contorno
percolazione dei 350 °C
di acqua
di mare

soluzione calda di minerali

basalto caldo

mato, nelle rocce, nell’acqua e nell’atmosfera, ma non in forme chimiche che


ne permettano una facile incorporazione in molecole biologiche. In partico-
lare, l’N2 e la CO2 atmosferici sono estremamente non reattivi e una gran-
de quantità di energia libera è necessaria per spingere le reazioni che usano
queste molecole inorganiche per dare origine ai prodotti organici necessa-
ri per ulteriori biosintesi, cioè per fissare azoto e anidride carbonica, in mo-
do da rendere N e C disponibili per gli organismi viventi. Molti tipi di cellule
viventi sono privi del macchinario biochimico per eseguire questa fissazione
e si basano su altre classi di cellule che eseguono questo lavoro per loro. Noi

energia geochimica
e materiali grezzi inorganici
Figura 1.12 Organismi viventi a
2500 metri di profondità vicino a
un camino idrotermale. Vicino al
batteri camino, a temperature fino a circa
120 °C, vivono varie specie litotrofiche
di batteri e di archei (archebatteri),
alimentati direttamente dall’energia
animali multicellulari, ad es. vermi tubolari geochimica. Poco più lontano, dove
la temperatura è minore, vivono vari
animali invertebrati che si nutrono di
questi microrganismi. I più notevoli
sono i vermi tubolari giganti (2 metri)
Riftia pachyptila che, invece di nutrirsi
delle cellule litotrofiche, vivono in
simbiosi con esse: organi specializzati
nei vermi ospitano enormi quantità di
batteri simbionti che ossidano lo zolfo.
Questi batteri imbrigliano l’energia
geochimica e forniscono nutrimento
ai loro ospiti, che non hanno bocca,
intestino o ano. Si pensa che i vermi
tubolari si siano evoluti da animali più
convenzionali e che si siano adattati
alla vita nei camini idrotermali in
un secondo momento. (Per gentile
concessione di Monika Bright,
1m Università di Vienna, Austria)
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
14 © 978-88-08-62126-9

animali dipendiamo dai vegetali per il rifornimento di composti organici del


carbonio e dell’azoto. I vegetali invece, anche se possono fissare anidride car-
bonica dall’atmosfera, sono privi della capacità di fissare l’azoto atmosferico e
dipendono in parte da batteri fissatori di azoto per soddisfare le loro necessità
di composti dell’azoto. I vegetali della famiglia del pisello, per esempio, ospi-
tano batteri simbionti fissatori di azoto in noduli delle loro radici.
Le cellule viventi differiscono perciò ampiamente in alcuni degli aspet-
ti più basilari della loro biochimica. Non sorprende che cellule con necessità
e capacità complementari abbiano sviluppato associazioni strette. Alcune di
queste associazioni, come vedremo più avanti, si sono evolute fino al punto
in cui i partner hanno perso del tutto le loro identità separate: hanno unito le
forze per formare una singola cellula composita.

■ La diversità biochimica maggiore si osserva fra le cellule


procariotiche

Dalla semplice osservazione al microscopio è chiaro da molto tempo che gli


organismi viventi possono essere classificati in base alla struttura cellulare in
due gruppi: gli eucarioti e i procarioti. Negli eucarioti il DNA si trova
in un compartimento intracellulare distinto circondato da una membrana,
chiamato nucleo. (Il termine eucariote deriva dal greco e significa “veramen-
te nucleato”, dalle parole eu, “bene” o “veramente”, e karyon, “nocciolo” o
“nucleo”.) I procarioti non hanno un compartimento nucleare distinto per
accogliere il loro DNA. Vegetali, funghi e animali sono eucarioti; i batteri
sono procarioti, come gli archei, una classe separata di cellule procariotiche,
di cui parleremo più avanti.
Per la maggior parte le cellule procariotiche sono piccole e semplici nell’a-
spetto esterno (Figura 1.13) e vivono soprattutto come individui indipenden-
ti o comunità poco organizzate anziché come organismi pluricellulari. Sono
di norma sferiche o a bastoncino e misurano pochi micrometri in dimensio-
ne lineare. Spesso hanno un rivestimento protettivo robusto, chiamato parete
cellulare, al di sotto del quale una membrana plasmatica racchiude un singolo
compartimento citoplasmatico che contiene DNA, RNA, proteine e le mol-
te piccole molecole necessarie per la vita. Al microscopio elettronico l’inter-
no della cellula appare come una matrice di consistenza variabile senza alcu-
na struttura organizzata interna discernibile (Figura 1.14).
Le cellule procariotiche vivono in un’enorme varietà di nicchie ecologi-
che e hanno capacità biochimiche diversificate in modo stupefacente, mol-
to più delle cellule eucariotiche. Le specie organotrofiche possono utilizzare
praticamente qualunque tipo di molecola organica come cibo, dagli zuccheri
Figura 1.13 Forme e dimensioni di
e gli amminoacidi agli idrocarburi e al gas metano. Le specie fototrofiche (Fi-
alcuni batteri. Sebbene la maggior gura 1.15) ricavano l’energia dalla luce in vari modi, alcuni dei quali generano
parte sia piccola, come mostrato, ossigeno come sottoprodotto, altri no. Le specie litotrofiche si possono nutri-
e siano lunghi pochi micrometri, re di una dieta composta soltanto da nutrienti inorganici, ottenendo il carbo-
esistono anche specie giganti. Un nio da CO2 e basandosi su H2S per alimentare le necessità energetiche (Figu-
esempio estremo (non mostrato)
ra 1.16), o su H2, o su Fe2+, o su zolfo elementare, o su uno qualunque di una
è il batterio a forma di sigaro
Epulopiscium fishelsoni, che vive nello vasta gamma di altri composti chimici che si trovano nell’ambiente.
stomaco del pesce chirurgo e può Molte parti di questo mondo di organismi microscopici sono di fatto ine-
essere lungo fino a 600 mm. splorate. I metodi tradizionali della batteriologia ci hanno fornito una buona

2 µm

cellule sferiche, cellule a bastoncino, le cellule più piccole,


ad es. Streptococcus ad es. Mycoplasma, cellule spirali,
ad es. Escherichia coli,
Spiroplasma ad es. Treponema pallidum
Vibrio cholerae
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 15

Figura 1.14 La struttura di un batterio. (A) Il batterio Vibrio cholerae, con la sua
semplice organizzazione interna. Come molte altre specie, il Vibrio ha un’appendice
elicoidale a una estremità – un flagello – che ruota come un’elica per spingere la cellula
in avanti. Può infettare l’intestino tenue umano causando il colera; la grave diarrea
provocata da questa malattia uccide più di 100 000 persone all’anno. (B) Una micrografia
elettronica di una sezione longitudinale del batterio, molto studiato, Escherichia coli
(E. coli). Il DNA della cellula è concentrato nella regione in grigio chiaro. Pur facendo
parte della nostra flora intestinale, E. coli è correlato al Vibrio ma ha molti flagelli
distribuiti sulla superficie che non sono visibili in questa sezione. (B, per gentile
concessione di E. Kellenberger.)

membrana DNA parete cellulare flagello


plasmatica

1 µm

ribosomi
1 µm
(A) (B)

Figura 1.15 Il batterio fototrofico


H S Anabaena cylindrica visto al
V microscopio ottico. Le cellule di
questa specie formano lunghi filamenti
pluricellulari. La maggior parte delle
cellule (marcate V) svolge la fotosintesi,
mentre altre sono specializzate per la
fissazione dell’azoto (marcate H) o si
sviluppano in spore resistenti (marcate
10 µm S). (Per gentile concessione di Dave G.
Adams.)

conoscenza di quelle specie che si possono isolare e coltivare in laboratorio. Ma


l’analisi della sequenza del DNA delle popolazioni di batteri in campioni deri-
vati da habitat naturali – come terreno o acqua di mare, o anche la bocca uma-
na – ci ha fatto capire che la maggior parte delle specie non può essere coltivata
con le tecniche standard di laboratorio. Secondo una stima, almeno il 99% del-
le specie procariotiche resta da caratterizzare. Identificate solo dal loro DNA,
non è stato ancora possibile far crescere la maggioranza di esse in laboratorio.

■ L’albero della vita ha tre ramificazioni principali: i batteri,


gli archei e gli eucarioti

La classificazione degli esseri viventi è dipesa tradizionalmente dal confron-


to del loro aspetto esteriore: possiamo vedere che un pesce ha occhi, mascel-
le, scheletro, cervello e così via, proprio come noi, mentre un verme non ha
nulla del genere; che un cespuglio di rose è cugino di un melo, ma è meno si-
mile a un’erba. Come ha dimostrato Darwin, possiamo facilmente interpre-
tare somiglianze strette di questo tipo in termini di evoluzione da progeni-
tori comuni e possiamo trovare ciò che rimane di molti di questi progenito-
ri conservato nei fossili. In questo modo è stato possibile iniziare a disegnare 6 µm
un albero genealogico degli organismi viventi, che mostra le varie linee di di-
scendenza, oltre a punti di ramificazione evolutiva, in cui i progenitori di un Figura 1.16 Un batterio litotrofico.
gruppo di specie sono diventati diversi da quelli di un altro. Beggiatoa, che vive in ambienti
sulfurei, ottiene la sua energia
Quando le diversità fra organismi diventano molto grandi, però, questi me- ossidando H2S e può fissare il carbonio
todi iniziano a fallire. In che modo possiamo decidere se un fungo è parente più anche al buio. Si notino i depositi gialli
stretto di un vegetale o di un animale? Quando si tratta dei procarioti, il compi- di zolfo all’interno delle cellule. (Per
to diventa ancora più difficile: bastoncini e sfere microscopiche sembrano tutti gentile concessione di Ralph W. Wolfe.)
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
16 © 978-88-08-62126-9

EI (ARCHEBATTERI)
ARCH

I) uomo EU
ER
Sulfolobus
T Haloferax
mais C AR
T Aeropyrum lievito
BA cianobatteri Methano-
Paramecium
I

OT
thermobacter
U
I (E

I
Bacillus
Methanococcus
TER

Dictyostelium
BAT

E. coli Euglena

primo eucariote Trypanosoma


cellula Giardia
Thermotoga
progenitrice Trichomonas
Aquifex comune
1 cambiamento/10 nucleotidi

Figura 1.17 Le tre divisioni uguali. I microbiologi hanno perciò tentato di classificare i procarioti in termi-
principali (domini) del mondo ni della loro biochimica e delle loro necessità nutrizionali. Ma questo approc-
vivente. Si noti che tradizionalmente
la parola batteri è stata usata per
cio ha anch’esso i suoi inconvenienti. Nella sconcertante varietà di compor-
riferirsi ai procarioti in generale, ma tamenti biochimici è difficile sapere quali diversità riflettono veramente diffe-
più recentemente è stata ridefinita renze nella storia evolutiva.
per riferirsi specificamente agli L’analisi del genoma ci ha dato un mezzo più semplice, più diretto e più
eubatteri. L’albero qui rappresentato potente per determinare relazioni evolutive. La sequenza completa del DNA
si basa su confronti della sequenza
nucleotidica di una subunità di RNA
di un organismo definisce la specie con precisione quasi perfetta e con un det-
ribosomiale nelle diverse specie. La taglio esauriente. Inoltre questa specificazione è in forma digitale – una strin-
lunghezza delle linee rappresenta una ga di lettere – che può essere immessa direttamente in un computer e con-
stima del numero di cambiamenti frontata con l’informazione corrispondente di qualunque altro essere vivente.
evolutivi che si sono verificati in Poiché il DNA è soggetto a cambiamenti casuali che si accumulano in lunghi
questa molecola in ciascuna linea
(vedi Figura 1.18). Le parti dell’albero
periodi di tempo (come vedremo fra breve), il numero di differenze fra le se-
coperte da un’ombreggiatura grigia quenze di DNA di due organismi può fornire un’indicazione diretta, ogget-
rappresentano incertezze riguardo tiva e quantitativa della distanza evolutiva fra di essi.
ai dettagli del vero schema di Questo approccio ha dimostrato che alcuni degli organismi che erano tra-
divergenza delle specie nel corso dizionalmente classificati insieme come “batteri” possono essere tanto larga-
dell’evoluzione: il confronto delle
sequenze nucleotidiche o degli
mente separati nella loro origine evolutiva quanto lo è un qualunque procario-
amminoacidi di molecole diverse te da un eucariote. Oggi sappiamo che i procarioti comprendono due grup-
dall’rRNA, oltre ad altri argomenti, pi distinti che si sono separati precocemente nella storia della vita sulla Terra,
porta ad alberi in parte diversi. Come prima che i progenitori degli eucarioti si separassero in un gruppo a parte. I
indicato, oggi si pensa che il nucleo due gruppi di procarioti sono chiamati batteri (o eubatteri) e archei (o ar-
delle cellule eucariotiche sia emerso
da un sottoramo all’interno degli chebatteri). Analisi dettagliate del genoma hanno recentemente mostrato che
archei, cosicché l’inizio dell’albero ha la prima cellula eucariotica si è formata dopo che un particolare tipo di cellu-
solamente due rami: batteri e archei. la appartenente agli archei ha inglobato un antico batterio (vedi Figura 12.3).
Quindi oggi si ritiene che il mondo vivente consista di tre divisioni principali
o domini: batteri, archei ed eucarioti (Figura 1.17).
Gli archei si trovano spesso in ambienti che gli esseri umani evitano, come
paludi, impianti di trattamento di fognature, profondità oceaniche, salamoie e
sorgenti bollenti acide, anche se oggi si sa che sono ben rappresentati anche in
ambienti meno estremi e più favorevoli, da terreni e laghi agli stomaci del be-
stiame. Come aspetto esterno non sono facilmente distinguibili dai batteri. A
livello molecolare gli archei sembrano assomigliare agli eucarioti in modo più
diretto nel macchinario che gestisce l’informazione genetica (replicazione, tra-
scrizione e traduzione), ma più strettamente ai batteri nell’apparato per il me-
tabolismo e la conversione dell’energia. Discuteremo più avanti in che modo
ciò può essere spiegato.

■ Alcuni geni evolvono rapidamente, altri sono altamente


conservati

Sia nella conservazione che nella copiatura dell’informazione genetica si ve-


rificano incidenti ed errori casuali che alterano la sequenza nucleotidica, cioè
creano mutazioni. Perciò, quando una cellula si divide, le due cellule figlie
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 17

uomo
Methanococcus
E. coli
uomo

spesso non sono identiche né fra loro né alla cellula progenitrice. In rare oc- Figura 1.18 Informazione
casioni l’errore può rappresentare un cambiamento per il meglio; più proba- genetica dell’ultimo antenato
comune di tutti gli esseri viventi
bilmente non provocherà una differenza significativa nella prospettiva della attualmente conservata.
cellula ma in molti casi l’errore causerà un danno serio, per esempio, distrug- È mostrata una parte del gene per
gendo la sequenza che codifica una proteina chiave. I cambiamenti dovuti a il più piccolo dei due RNA principali
errori del primo tipo tenderanno a essere perpetuati, poiché la cellula altera- che compongono il ribosoma. (La
ta ha una maggiore probabilità di riprodursi. Cambiamenti dovuti a errori del molecola completa è lunga circa
1500-1900 nucleotidi, secondo la
secondo tipo – cambiamenti selettivamente neutri – possono essere perpetua- specie.) Segmenti corrispondenti di
ti o no: nella competizione per risorse limitate, se sopravviverà la cellula alte- sequenza nucleotidica di un archeo
rata o l’altra è una questione lasciata al caso. Ma cambiamenti che provocano (Methanococcus jannaschii), di un
un danno serio non portano da nessuna parte: la cellula che li subisce muore, eubatterio (Escherichia coli) e di
senza lasciare progenie. Attraverso infinite ripetizioni di questo ciclo di erro- un eucariote (Homo sapiens) sono
allineati in parallelo. I siti in cui i
re e prova – di mutazione e selezione naturale – gli organismi evolvono: le loro nucleotidi sono identici fra specie
specifiche genetiche cambiano, dando loro nuovi modi di sfruttare più effi- sono indicati da un trattino rosso; la
cacemente l’ambiente, di sopravvivere in competizione con altri e di ripro- sequenza umana è ripetuta in basso
dursi con successo. in modo da poter osservare tutti gli
Alcune parti del genoma cambiano più facilmente di altre nel corso allineamenti fra due sequenze. Un
punto a metà della sequenza di E. coli
dell’evoluzione. Un segmento di DNA che non codifica proteine e non ha indica un sito in cui una base è stata
un ruolo regolatore significativo è libero di cambiare a una velocità limita- deleta dalla linea degli eubatteri nel
ta soltanto dalla frequenza degli errori casuali. Invece un gene che codifica corso dell’evoluzione o inserita nelle
una proteina o una molecola di RNA essenziale altamente ottimizzata non altre due linee. Si noti che le sequenze
può alterarsi così facilmente: quando avvengono degli errori le cellule di- di questi tre organismi, rappresentativi
dei tre domini del mondo vivente,
fettose vengono quasi sempre eliminate. I geni di questo secondo tipo sono differiscono l’una dall’altra in
perciò altamente conservati. Nel corso di 3,5 miliardi di anni o più di storia grado abbastanza simile, mentre
evolutiva molti aspetti del genoma sono cambiati in modo da diventare ir- mantengono ancora somiglianze
riconoscibili; ma i geni più conservati rimangono perfettamente riconosci- indiscutibili.
bili in tutte le specie viventi.
Questi ultimi geni sono quelli che devono essere esaminati se vogliamo
tracciare relazioni familiari fra gli organismi imparentati più alla lontana nell’al-
bero della vita. Gli studi che hanno portato alla classificazione del mondo vi-
vente nei tre domini dei batteri, degli archei e degli eucarioti si sono basati
principalmente sull’analisi di uno degli rRNA che compongono il ribosoma.
Poiché il processo di traduzione è essenziale per tutte le cellule viventi, que-
sto componente del ribosoma si è ben conservato fin dall’inizio della storia
della vita sulla Terra (Figura 1.18).

■ La maggior parte dei batteri e degli archei ha 1000-6000 geni

La selezione naturale ha generalmente favorito quelle cellule procariotiche


che si riproducono più velocemente assumendo materiali grezzi dall’ambien-
te e replicando se stesse in modo più efficiente, alla massima velocità permessa
dalla disponibilità di cibo. Piccole dimensioni implicano un grande rapporto
fra area di superficie e volume, aiutando così a massimizzare l’assunzione di
nutrienti attraverso la membrana plasmatica e aumentando la velocità ripro-
duttiva di una cellula.
Presumibilmente per queste ragioni la maggior parte delle cellule proca-
riotiche ha un bagaglio superfluo molto ridotto; i loro genomi sono picco-
li, con i geni compattati strettamente insieme e minime quantità di DNA re-
golatore fra di essi. Le piccole dimensioni del genoma hanno reso facile l’u-
tilizzo delle moderne tecniche di sequenziamento del DNA per determina-
re la sequenza completa dei genomi. Oggi abbiamo queste informazioni per
migliaia di specie di batteri e di archei e per centinaia di specie di eucarioti.
La maggior parte dei genomi dei batteri e degli archei contiene fra 106 e 107
coppie di nucleotidi, che codificano 1000-6000 geni.
Una sequenza completa del DNA rivela sia i geni che un organismo pos-
siede sia quelli di cui è privo. Quando confrontiamo i tre domini del mondo
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
18 © 978-88-08-62126-9

vivente, possiamo iniziare a vedere quali geni sono comuni a tutti – e devono
perciò essere stati presenti nella cellula progenitrice di tutti gli esseri viventi
odierni – e quali geni sono peculiari di un singolo ramo dell’albero della vi-
ta. Per spiegare le scoperte, però, dobbiamo considerare un po’ più da vicino
il modo in cui si formano nuovi geni ed evolvono i genomi.

■ Nuovi geni sono generati da geni preesistenti

Il materiale grezzo dell’evoluzione è la sequenza di DNA preesistente: non


c’è un meccanismo naturale per creare lunghi tratti di nuova sequenza casua-
le. In questo senso nessun gene è interamente nuovo. L’innovazione può, tut-
tavia, verificarsi in parecchi modi (Figura 1.19).
1. Mutazione intragenica: un gene esistente può essere modificato in seguito a
cambiamenti nella sequenza di DNA, tramite vari tipi di errori che si ve-
rificano soprattutto durante il processo di replicazione del DNA.
2. Duplicazione genica: un gene esistente può essere duplicato in modo da crea-
re inizialmente una coppia di geni identici all’interno di una singola cel-
lula; questi due geni possono quindi divergere nel corso dell’evoluzione.
3. Rimescolamento di segmenti di DNA: due o più geni esistenti possono essere
spezzati e riuniti per produrre un gene ibrido che consiste di segmenti di
DNA che originariamente appartenevano a geni separati.
4. Trasferimento orizzontale (intercellulare): un tratto di DNA può essere trasfe-
rito dal genoma di una cellula a quello di un’altra (anche a una cellula di
un’altra specie). Questo processo si differenzia dal solito trasferimento verti-
cale dell’informazione genetica da genitore a progenie.
Ciascuno di questi tipi di cambiamento lascia una traccia caratteristica
nella sequenza del DNA dell’organismo, fornendo una prova chiara che tut-
ti e quattro i processi si sono verificati. Nei capitoli successivi parleremo dei
meccanismi sottesi, ma per il momento ci concentreremo sulle conseguenze.

GENOMA ORIGINALE INNOVAZIONE GENETICA

MUTAZIONE mutazione
INTRAGENICA
1
gene

DUPLICAZIONE
GENICA
2 +

gene A RIMESCOLAMENTO
DI SEGMENTI DI DNA
3 + +

gene B

organismo A

Figura 1.19 Quattro modalità


di innovazione genetica e i loro TRASFERIMENTO
effetti sulla sequenza del DNA di ORIZZONTALE
un organismo. Una forma speciale 4 +
di trasferimento orizzontale si verifica
quando due tipi diversi di cellule
entrano in un’associazione simbiotica
permanente. I geni di una delle cellule
possono essere trasferiti nel genoma
dell’altra, come vedremo più avanti organismo B
quando parleremo di mitocondri e organismo B
cloroplasti. con un nuovo gene
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 19

■ Duplicazioni geniche danno origine a famiglie di geni


correlati all’interno di una singola cellula

Una cellula duplica il suo intero genoma ogni volta che si divide in due cel-
lule figlie.Tuttavia, degli incidenti portano occasionalmente alla duplicazio-
ne inappropriata soltanto di una parte del genoma, con mantenimento dei
segmenti originali duplicati in una singola cellula. Una volta che un gene è
stato duplicato in questo modo, una delle due copie del gene è libera di mu-
tare e di specializzarsi per svolgere una funzione diversa nella stessa cellula.
Cicli ripetuti di questo processo di duplicazione e di divergenza, nel corso di
molti milioni di anni, hanno permesso a un gene di dare origine a un’intera
famiglia di geni che si trovano tutti all’interno di un singolo genoma. L’ana-
lisi della sequenza del DNA dei genomi procariotici rivela molti esempi di
queste famiglie di geni: nel Bacillus subtilis, per esempio, il 47% dei geni ha
uno o più parenti evidenti (Figura 1.20).
Quando i geni si duplicano e divergono in questo modo, gli individui di
una specie si trovano dotati di varianti multiple di un gene primordiale. Questo
processo evolutivo deve essere distinto dalla divergenza genetica che si verifica
quando una specie di organismo si divide in due linee di discendenza separate a
un punto di ramificazione dell’albero genealogico, per esempio quando la linea
di discendenza umana si separò da quella degli scimpanzé. In questo caso i ge-
ni gradualmente si diversificano nel corso dell’evoluzione, ma è probabile che
continuino ad avere funzioni corrispondenti nelle due specie sorelle. Geni che
sono correlati per discendenza in questo modo – cioè geni in due specie sepa-
rate che derivano dallo stesso gene ancestrale nell’ultimo progenitore comune
di queste due specie – sono detti ortologhi. Geni correlati che sono deriva-
ti da un evento di duplicazione genica all’interno di un singolo genoma – ed è
probabile che abbiano funzioni diverse – sono detti paraloghi. Geni che sono
correlati per discendenza in uno di questi modi sono chiamati omologhi, un
termine generale usato per riferirsi a entrambi i tipi di relazione (Figura 1.21).

■ I geni possono essere trasferiti fra organismi, sia in


laboratorio che in natura

I procarioti forniscono validi esempi di trasferimento orizzontale di geni da una


specie di cellula a un’altra. I segni rivelatori più evidenti sono sequenze ricono-
scibili come derivate da virus batterici, chiamati anche batteriofagi (Figura 1.22). I
virus sono piccoli pacchetti di materiale genetico che si sono evoluti come pa-
rassiti del macchinario riproduttivo e biosintetico delle cellule ospiti. Sebbene
non siano cellule viventi agiscono spesso da vettori per il trasferimento di ge-
ni. I virus si replicano in una cellula, ne emergono con un involucro protettivo
e quindi entrano in un’altra cellula, che può essere della stessa specie o di una
specie diversa, e la infettano. Spesso la cellula infettata viene uccisa dalla massic-
cia proliferazione delle particelle virali al suo interno, ma talvolta il DNA virale,
invece di generare direttamente queste particelle, può persistere nell’ospite per
molte generazioni come passeggero relativamente innocuo, come frammento

283 geni in famiglie


con 38-77 geni membri

764 geni in famiglie


con 4-19 geni membri Figura 1.20 Famiglie di geni
evolutivamente correlati nel
genoma del Bacillus subtilis.
2126 geni senza relazioni La famiglia più grande consiste
di famiglia di 77 geni che codificano varietà
273 geni in famiglie di trasportatori ABC, una classe di
con 3 geni membri
proteine di trasporto di membrana
che si trovano in tutti e tre i domini
del mondo vivente. (Adattata da
F. Kunst et al., Nature 390:249-256,
568 geni in famiglie 1997. Con il permesso di MacMillan
con 2 geni membri Publishers Ltd.)
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
20 © 978-88-08-62126-9

Figura 1.21 Geni paraloghi e organismo ancestrale organismo ancestrale


ortologhi: due tipi di omologia
genica basati su diverse vie gene G
gene G
evolutive. (A) Geni ortologhi.
(B) Geni paraloghi.

LA SPECIAZIONE DÀ ORIGINE DUPLICAZIONE GENICA


A DUE SPECIE SEPARATE E DIVERGENZA

specie A specie B organismo ancestrale successivo


gene G1
gene GA gene GB

gene G2

(A) i geni GA e GB sono ortologhi (B) i geni G1 e G2 sono paraloghi

intracellulare separato di DNA, noto col nome di plasmide, o come sequenza


inserita nel genoma regolare della cellula. Nei loro spostamenti i virus posso-
no accidentalmente raccogliere frammenti di DNA dal genoma di una cellula
ospite e portarli in un’altra cellula. Questi trasferimenti di materiale genetico
sono molto frequenti nei procarioti.
I trasferimenti orizzontali di geni fra cellule eucariotiche di specie diverse
sono molto rari e non sembrano avere avuto un ruolo significativo nell’evo-
luzione degli eucarioti (anche se nel corso dell’evoluzione dei mitocondri e
dei cloroplasti si sono verificati massicci trasferimenti dai genomi batterici a
quelli eucariotici, come vedremo più avanti). I trasferimenti orizzontali av-
vengono invece molto più frequentemente fra specie diverse di procarioti.
Molti procarioti hanno una notevole capacità di assumere anche molecole
di DNA non virale dall’ambiente circostante e catturare così l’informazio-
ne genetica portata da queste molecole. In questo modo, o tramite trasferi-

Figura 1.22 Il trasferimento virale


di DNA da una cellula a un’altra.
(A) Una micrografia elettronica di
particelle di un virus batterico, il
batteriofago T4. La testa di questo
virus contiene il DNA virale; la coda
contiene l’apparato per iniettare il
DNA in un ospite batterico. (B) Una
sezione trasversale di un batterio
E. coli con un batteriofago T4
attaccato alla superficie. I grossi punti
scuri dentro al batterio sono le teste
di nuove particelle di T4 in corso
di assemblaggio. Quando saranno
mature, il batterio scoppierà per (A) (B)
rilasciarle. (C-E) Il processo di iniezione 100 nm 100 nm
del DNA all’interno del batterio,
visualizzato mediante microscopia
crio-elettronica di campioni congelati
non colorati. (C) Inizia l’adesione.
(D) Fase di adesione durante
l’iniezione di DNA. (E) La testa del
virus è stata svuotata di tutto il suo
DNA trasferito nel batterio. (A, per
gentile concessione di James Paulson;
B, per gentile concessione di Jonathan
King e Erika Hertwig, da G. Karp, Cell
and Molecular Biology, 2a ed., New
York: John Wiley & Sons, 1999. Con
il permesso di John Wiley & Sons.
C-E, per gentile concessione di Ian
Molineux, Texas University, Austin e
Jun Liu Health Science Center, Texas (C) (D) (E)
University, Houston). 100 nm
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 21

mento mediato da virus, i batteri e gli archei in natura possono acquisire geni
da cellule circostanti con relativa facilità. I geni che conferiscono resistenza
a un antibiotico o la capacità di produrre una tossina, per esempio, possono
essere trasferiti da specie a specie e fornire al batterio ricevente un vantag-
gio selettivo. In questo modo si è osservata l’evoluzione di ceppi batterici
nuovi e talvolta pericolosi negli ecosistemi batterici che popolano ospedali
o le varie nicchie del corpo umano. Per esempio, il trasferimento orizzon-
tale di geni è responsabile della diffusione negli ultimi 40 anni di ceppi resi-
stenti alla penicillina di Neisseria gonorrhoeae, il batterio che causa la gonor-
rea. Su una scala temporale più ampia le conseguenze possono essere ancora
più profonde; è stato stimato che almeno il 18% di tutti i geni del genoma
odierno di E. coli è stato acquisito per trasferimento orizzontale da un’altra
specie negli ultimi 100 milioni di anni.

■ Il sesso porta a scambi orizzontali di informazione genetica


all’interno di una specie

Il trasferimento genico orizzontale fra i batteri ha un parallelo in un fenomeno


a tutti familiare: il sesso. Oltre al consueto trasferimento verticale di materiale
genetico da genitore a progenie, la riproduzione sessuale provoca un trasferi-
mento orizzontale su vasta scala di informazioni genetiche fra due linee cellu-
lari inizialmente separate, quelle del padre e della madre. Un aspetto chiave del
sesso, naturalmente, è che lo scambio genetico normalmente avviene soltan-
to fra individui della stessa specie. Ma, indipendentemente dal fatto che avven-
ga all’interno di una specie o fra specie diverse, il trasferimento orizzontale di
geni lascia un’impronta caratteristica: porta a individui che sono correlati più
strettamente a una serie di parenti per quel che riguarda certi geni e più stret-
tamente a un’altra serie di parenti per altri. Confrontando le sequenze di DNA
di singoli genomi umani, un visitatore intelligente venuto dallo spazio potreb-
be dedurre che gli esseri umani si riproducono sessualmente anche se non sa-
pesse niente del comportamento umano.
La riproduzione sessuale è un fenomeno molto diffuso (anche se non uni-
versale), specialmente fra gli eucarioti. Anche tra i batteri ogni tanto avven-
gono scambi sessuali controllati di DNA con altri membri della stessa specie.
La selezione naturale ha chiaramente favorito organismi che si riproducono
sessualmente, anche se i teorici dell’evoluzione ancora discutono su quale sia
precisamente il vantaggio selettivo del sesso.

■ La funzione di un gene può spesso essere dedotta


dalla sua sequenza

Le relazioni familiari fra i geni sono importanti non soltanto per il loro inte-
resse storico, ma perché semplificano la decifrazione della funzione di un ge-
ne. Una volta che la sequenza di un gene appena scoperto è stata determinata,
un ricercatore può premere qualche tasto su un computer per cercare nell’in-
tero database di sequenze geniche note geni a esso correlati. In molti casi la
funzione di uno o più di questi omologhi sarà già stata determinata sperimen-
talmente e quindi, poiché la sequenza di un gene ne determina la funzione, si
può spesso formulare una valida congettura sulla funzione del nuovo gene: è
probabile che sia simile a quella degli omologhi già noti.
In questo modo diventa possibile decifrare gran parte della biologia di un
organismo semplicemente analizzando la sequenza del DNA del suo geno-
ma e usando le informazioni che già possediamo sulle funzioni di geni in al-
tri organismi che sono stati studiati più intensamente.

■ Più di 200 famiglie di geni sono comuni a tutti e tre i rami


principali dell’albero della vita

Essendo disponibili le sequenze genomiche di organismi che rappresentano


tutti e tre i domini – archei, eubatteri ed eucarioti – si possono cercare siste-
maticamente omologie che attraversano questa enorme distanza evolutiva. In
questo modo possiamo iniziare a considerare l’eredità comune di tutti gli es-
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
22 © 978-88-08-62126-9

seri viventi. In questa impresa ci sono delle considerevoli difficoltà. Per esem-
pio, singole specie hanno spesso perso qualche gene ancestrale; altri geni sono
stati acquisiti quasi certamente per trasferimento orizzontale da un’altra specie
e perciò possono non essere veramente ancestrali, anche se condivisi. In effet-
ti i confronti dei genomi indicano con forza che sia la perdita di geni specifi-
ca di una linea, sia il trasferimento orizzontale di geni, in alcuni casi fra specie
evolutivamente distanti, sono stati fattori importanti dell’evoluzione, almeno
nel mondo procariotico. Infine, nel corso di 2 o 3 miliardi di anni alcuni geni
che erano inizialmente condivisi saranno stati cambiati attraverso il processo
di mutazione al di là di ogni possibilità di riconoscimento.
A causa di tutti questi capricci del processo evolutivo sembra che soltanto
una piccola percentuale di famiglie di geni ancestrali si sia mantenuta univer-
salmente in forma riconoscibile. Così, delle 4873 famiglie di geni che codi-
ficano proteine definite confrontando i genomi di 50 specie di batteri, di 13
archei e di 3 eucarioti unicellulari, soltanto 63 sono veramente ubiquitarie
(cioè rappresentate in tutti i genomi analizzati). La grande maggioranza di
queste famiglie universali comprende componenti dei sistemi di traduzio-
ne e trascrizione. È difficile che in questo modo ci si avvicini a un’approssi-
mazione realistica di una serie di geni ancestrali. Un’idea migliore – anche
se ancora da perfezionare – di questa serie può essere ottenuta contando le
famiglie di geni che hanno rappresentanti in più specie, ma non necessaria-
mente in tutte, tratte da tutti e tre i domini principali. Questa analisi rivela
264 antiche famiglie conservate. A ciascuna di queste famiglie si può asse-
gnare una funzione (almeno in termini di attività biochimica generale, ma
di solito con più precisione) e il numero maggiore di famiglie di geni con-
divise è coinvolto nella traduzione e nel metabolismo e trasporto degli am-
minoacidi (Tabella 1.1). Tuttavia, questa serie di famiglie di geni altamente
conservate rappresenta soltanto un quadro molto approssimativo dell’eredi-
tà comune di tutta la vita attuale; una ricostruzione più precisa del corredo
di geni dell’ultimo progenitore universale comune potrebbe diventare pos-
sibile con l’ulteriore sequenziamento di genomi e con forme più sofistica-
te di analisi comparativa.

■ Le mutazioni rivelano le funzioni dei geni

Senza ulteriori informazioni, per quanto si osservino le sequenze del genoma,


non si riuscirà a scoprire la funzione dei geni. Possiamo riconoscere che il ge-
ne B è simile al gene A, ma in che modo scopriamo in primo luogo la funzio-

TABELLA 1.1 I numeri di famiglie di geni, classificate per funzione, che sono comuni a tutti e tre i domini
del mondo vivente
Elaborazione dell’informazione Metabolismo
Traduzione 63 Produzione e conversione di energia 19
Trascrizione 7 Trasporto e metabolismo dei carboidrati 16
Replicazione, riparazione, ricombinazione 13 Trasporto e metabolismo degli amminoacidi 43
Processi cellulari e segnalazione Trasporto e metabolismo dei nucleotidi 15
Controllo del ciclo cellulare, mitosi e meiosi 2 Trasporto e metabolismo dei coenzimi 22
Meccanismi di difesa 3 Trasporto e metabolismo dei lipidi 9
Meccanismi di trasduzione del segnale 1 Trasporto e metabolismo di ioni inorganici 8
Biogenesi della parete e della membrana 2 Biosintesi, trasporto e catabolismo di 5
cellulare metaboliti secondari
Traffico intracellulare e secrezione 4 Poco caratterizzata
Modificazioni post-traduzionali, turnover delle 8 Funzioni biochimiche generali previste; 24
proteine, chaperoni ruolo biologico specifico sconosciuto
Per gli scopi di questa analisi le famiglie di geni sono definite come “universali” se sono rappresentate nei genomi di almeno due archei diversi
(Archaeoglobus fulgidus e Aeropyrum pernix), due batteri evolutivamente distanti (Escherichia coli e Bacillus subtilis) e un eucariote (lievito,
Saccharomyces cerevisiae). (Dati da R.L. Tatusov, E.V. Koonin e D.J. Lipman, Science 278:631-637, 1997, con il permesso di AAAS; R.L. Tatusov et
al., BMC Bioinformatics 4:441, 2003, con il permesso di BioMed Central e il database COGs della US National Library of Medicine.)
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 23

ne del gene A? E anche se conosciamo la funzione del gene A, in che modo


controlliamo se la funzione del gene B è davvero la stessa, come la somiglianza
di sequenza suggerisce? In che modo tracciamo la connessione fra il mondo
dell’informazione genetica astratta e il mondo degli organismi viventi reali?
L’analisi delle funzioni dei geni dipende da due approcci complementa-
ri: genetica e biochimica. La genetica inizia con lo studio di mutanti: trovia-
mo o produciamo un organismo in cui un gene è alterato ed esaminiamo gli
effetti sulla struttura e sulle prestazioni dell’organismo (Figura 1.23). La bio- 5 µm
chimica esamina le funzioni delle molecole: estraiamo molecole da un or-
ganismo e quindi ne studiamo l’attività chimica. Unendo genetica e biochi- Figura 1.23 Un fenotipo mutante
mica è possibile trovare quelle molecole la cui produzione dipende da un che riflette la funzione di un
dato gene. Allo stesso tempo studi delle prestazioni dell’organismo mutan- gene. Un lievito normale (della
te ci mostrano quale ruolo quelle molecole hanno nelle attività dell’organi- specie Schizosaccharomyces pombe)
è confrontato con un mutante in cui
smo nel suo insieme. Quindi genetica e biochimica combinate forniscono un cambiamento in un singolo gene
un modo di scoprire la connessione di geni e molecole alla struttura e fun- ha convertito la cellula da una forma
zione dell’organismo. a sigaro (sinistra) a una forma a T
Negli ultimi anni le informazioni di sequenza del DNA e i potenti stru- (destra). Il gene mutante ha perciò
menti della biologia molecolare hanno permesso un rapido progresso. Me- una funzione nel controllo della forma
della cellula. Ma come, in termini
diante confronti delle sequenze si possono spesso identificare regioni partico- molecolari, questo gene svolge tale
lari all’interno di un gene che si sono conservate quasi senza cambiamenti nel funzione? Questa è una domanda
corso dell’evoluzione. Queste regioni conservate sono probabilmente le par- più difficile e necessita di un’analisi
ti più importanti del gene in termini di funzione. Possiamo controllare il loro biochimica per avere risposta. (Per
gentile concessione di Kenneth Sawin
contributo individuale all’attività del prodotto del gene creando in laborato- e Paul Nurse.)
rio mutazioni di siti specifici all’interno del gene, o costruendo geni ibridi ar-
tificiali che combinano parte di un gene con una parte di un altro. Gli orga-
nismi possono essere ingegnerizzati per produrre l’RNA o la proteina speci-
ficata dal gene in grandi quantità per facilitare l’analisi biochimica. Specialisti
in struttura molecolare possono determinare la conformazione tridimensio-
nale del prodotto del gene, rivelando la posizione esatta di tutti i suoi atomi.
I biochimici possono determinare in che modo le varie parti della molecola
specificata geneticamente contribuiscono al suo comportamento chimico. I
biologi cellulari possono analizzare il comportamento di cellule ingegneriz-
zate per esprimere una versione mutante del gene.
Non esiste tuttavia un’unica semplice ricetta per scoprire la funzione di
un gene, né un semplice formato universale standard che la descriva. Possia-
mo scoprire, per esempio, che il prodotto di un dato gene catalizza una data
reazione chimica eppure non avere idea di come e perché quella reazione sia
importante per l’organismo. La caratterizzazione funzionale di ciascuna nuova
famiglia di prodotti genici, a differenza della descrizione delle sequenze dei ge-
ni, presenta una nuova sfida per il biologo. Inoltre la funzione di un gene non
è mai compresa del tutto fino a che non conosciamo il suo ruolo nella vita
dell’organismo nel suo insieme. Per dare il senso finale alle funzioni di un gene
dobbiamo perciò studiare organismi interi e non soltanto molecole o cellule.

■ I biologi molecolari si sono concentrati su E. coli

Poiché gli organismi viventi sono così complessi, più impariamo su una spe-
cie particolare, più questa diventa interessante come oggetto di ulteriori stu-
di. Ciascuna scoperta solleva nuove domande e fornisce nuovi strumenti con
i quali affrontare questioni generali che riguardano l’organismo scelto. Per
questa ragione grandi comunità di biologi si sono dedicate a studiare diversi
aspetti dello stesso organismo modello.
Nel mondo enormemente vario dei batteri il riflettore della biologia mo-
lecolare si è per lungo tempo concentrato intensamente su una singola spe-
cie: Escherichia coli o E. coli (vedi Figure 1.13 e 1.14). Questa piccola cellula
batterica a forma di bastoncino vive normalmente nell’intestino dell’uomo e
di altri vertebrati, ma può essere fatta crescere facilmente in un semplice bro-
do nutriente in una fiasca da coltura. Il batterio si adatta a condizioni chimi-
che variabili, si riproduce rapidamente e può evolvere per mutazione e sele-
zione a notevole velocità. Come per altri batteri, ceppi diversi di E. coli, anche
se sono classificati come membri di una singola specie, differiscono geneti-
camente in grado maggiore di quanto differiscano fra loro varietà diverse di
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
24 © 978-88-08-62126-9

Figura 1.24 Il genoma di E. coli.


(A) Un gruppo di cellule di E. coli.
(B) Un disegno schematico del
genoma del ceppo K-12 di E. coli. Il origine
disegno è circolare perché il DNA di della
replicazione
E. coli, come quello di altri procarioti,
forma un unico anello chiuso. I geni
che codificano proteine sono mostrati
come barre gialle o arancione, a
seconda del filamento di DNA dal
quale vengono trascritti; geni che
codificano soltanto molecole di RNA
sono indicati da frecce verdi. Alcuni
geni sono trascritti da un filamento
della doppia elica del DNA (in senso
orario in questo disegno), altri
dall’altro filamento (antiorario).
(A, per gentile concessione del
dottor Tony Brain e David Parker/
Photo Researchers; B, adattato da
F.R. Blattner et al., Science 277:1453-
1462, 1997.)

(A) Escherichia coli K-12


4 639 221 coppie di nucleotidi

termine
della
replicazione

(B)

un organismo che si riproduce sessualmente come un vegetale o un anima-


le. Un ceppo di E. coli può possedere centinaia di geni che sono assenti in un
altro e i due ceppi possono avere in comune anche soltanto il 50% dei loro
geni. Il ceppo standard di laboratorio di E. coli K-12 ha un genoma costitui-
to approssimativamente da 4,6 milioni di coppie di nucleotidi, contenuti in
una singola molecola di DNA circolare che codifica circa 4300 specie diver-
se di proteine (Figura 1.24).
In termini molecolari abbiamo una conoscenza più approfondita del fun-
zionamento di E. coli che di qualunque altro organismo vivente. La maggior
parte della nostra comprensione dei meccanismi fondamentali della vita – per
esempio il modo in cui le cellule replicano il loro DNA, o come decodifica-
no le istruzioni rappresentate nel DNA per dirigere la sintesi di proteine spe-
cifiche – è derivata dallo studio di E. coli. I meccanismi genetici di base si so-
no rivelati altamente conservati durante l’evoluzione: questi meccanismi sono
perciò essenzialmente gli stessi nelle nostre cellule e in E. coli.

SOMMARIO I procarioti (cellule senza un nucleo distinto) sono biochimicamente


gli organismi più diversificati e comprendono specie che possono ottenere tutta la
loro energia e i loro nutrienti da fonti chimiche inorganiche, come le miscele reattive
di minerali rilasciate dai camini idrotermali sul fondo dell’oceano, il tipo di dieta
che può avere nutrito le prime cellule viventi 3,5 miliardi di anni fa. Il confronto
delle sequenze di DNA rivela le relazioni familiari fra gli organismi viventi e mostra
che i procarioti si dividono in due gruppi che si sono separati precocemente nel
corso dell’evoluzione: i batteri (o eubatteri) e gli archei. Insieme agli eucarioti
(cellule con un nucleo circondato da membrana) questi costituiscono i tre rami
principali dell’albero della vita. La maggior parte dei batteri e degli archei sono
piccoli organismi unicellulari con genomi compatti che comprendono 1000-6000
geni. Molti geni di un singolo organismo mostrano forti somiglianze familiari nella
sequenza del DNA, il che implica che si sono originati dallo stesso gene ancestrale
per duplicazione genica e divergenza. Somiglianze familiari (omologie) sono chiare
anche quando si confrontano sequenze di geni fra specie diverse e più di 200
famiglie geniche si sono conservate al punto tale che possono essere riconosciute
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 25

come comuni alla maggior parte delle specie di tutti e tre i domini del mondo
vivente. Così, data la sequenza di DNA di un gene appena scoperto, è spesso
possibile dedurre la funzione del gene dalla funzione nota di un gene omologo in
un organismo modello studiato intensivamente, come il batterio E. coli. ●

LÕinformazione genetica negli eucarioti


Le cellule eucariotiche, in generale, sono più grandi e più elaborate delle cel-
lule procariotiche e i loro genomi sono anch’essi più grandi e più elaborati.
Le maggiori dimensioni sono accompagnate da differenze radicali nella strut-
tura e nella funzione della cellula. Inoltre molte classi di cellule eucariotiche
formano organismi pluricellulari che arrivano a un livello di complessità mai
raggiunto da nessun procariote.
Poiché sono così complessi, gli eucarioti pongono ai biologi molecolari
una serie speciale di sfide, che ci riguarderanno per il resto di questo libro. I
biologi affrontano queste sfide sempre più attraverso l’analisi e la manipola-
zione dell’informazione genetica all’interno di cellule e organismi. È perciò
importante conoscere da subito alcuni degli aspetti peculiari del genoma eu-
cariotico. Inizieremo prendendo brevemente in esame la maniera in cui sono
organizzate le cellule eucariotiche, come ciò riflette il loro modo di vivere e
come i loro genomi differiscono da quelli dei procarioti. Ciò ci porterà a de-
lineare la strategia per mezzo della quale i biologi molecolari, sfruttando l’in-
formazione genetica, stanno tentando di scoprire il modo in cui funzionano
gli organismi eucariotici.

■ Le cellule eucariotiche possono avere avuto origine come


predatori

Per definizione le cellule eucariotiche custodiscono il loro DNA in un com-


partimento interno chiamato nucleo. Il DNA è separato dal citoplasma dall’in-
volucro nucleare, che consiste di un doppio strato di membrana che circonda il
nucleo. Gli eucarioti hanno anche altri aspetti che li distinguono dai procarioti
(Figura 1.25). Le loro cellule sono, di norma, 10 volte più grandi in dimensio-
ni lineari e 1000 volte in volume. Esse hanno un citoscheletro, ovvero un siste-
ma di filamenti proteici che si incrociano nel citoplasma e formano, insieme
alle molte proteine che si attaccano a essi, una combinazione di fasce, corde e
motori che conferiscono alla cellula forza meccanica, ne controllano la forma
e ne azionano e guidano i movimenti (Filmato 1.1 ). L’involucro nucleare è
soltanto una parte di una serie complessa di membrane interne, ciascuna struttu-
ralmente simile alla membrana plasmatica, che racchiudono tipi diversi di spa-
zi all’interno della cellula, molti dei quali sono coinvolti in processi correlati a
digestione e secrezione. Essendo prive della robusta parete cellulare tipica della
maggior parte dei batteri, le cellule animali e le cellule eucariotiche che vivo-
no libere chiamate protozoi possono modificare la propria forma rapidamente
e inglobare altre cellule e piccole particelle mediante la fagocitosi (Figura 1.26).
È ancora un mistero il modo in cui tutte queste proprietà si sono evolute
e in quale sequenza. Una visione plausibile, tuttavia, è che siano tutte riflessi
del modo di vivere di una cellula eucariotica primordiale che era un predato-
re e viveva catturando altre cellule e mangiandole (Figura 1.27). Questo modo
di vivere richiede una cellula grande con una membrana plasmatica flessibile,
oltre a un citoscheletro elaborato per sostenere e muovere questa membrana.
Può anche richiedere che le lunghe e fragili molecole di DNA siano seque-
strate in un compartimento nucleare separato, per proteggere il genoma dai
danni provocati dai movimenti del citoscheletro.

■ Le cellule eucariotiche attuali si sono evolute da una simbiosi

Un modo di vivere predatorio aiuta a spiegare un altro aspetto delle cellule


eucariotiche.Tutte queste cellule contengono, o hanno contenuto in qualche
momento della loro storia, mitocondri (Figura 1.28). Questi piccoli corpi cito-
plasmatici, racchiusi da un doppio strato di membrane, assumono ossigeno e
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
26 © 978-88-08-62126-9

microtubulo
centrosoma con
la coppia di centrioli matrice extracellulare
5 µm cromatina (DNA)
poro nucleare
involucro nucleare

vescicole

lisosoma

filamenti
di actina
nucleolo
perossisoma
ribosomi
nel citosol apparato del Golgi filamenti membrana plasmatica nucleo reticolo mitocondrio
intermedi endoplasmatico

Figura 1.25 Le caratteristiche imbrigliano energia dall’ossidazione di molecole di cibo – come gli zucche-
principali delle cellule eucariotiche. ri – per produrre la maggior parte dell’ATP che alimenta le attività della cel-
Il disegno rappresenta una tipica
cellula animale, ma quasi tutti gli stessi
lula. I mitocondri sono simili in dimensioni a piccoli batteri e, come i bat-
componenti si trovano nei vegetali, teri, hanno un loro genoma sotto forma di una molecola circolare di DNA,
nei funghi e in eucarioti monocellulari propri ribosomi, diversi da quelli presenti altrove nella cellula eucariotica, e
come lieviti e protozoi. Le cellule propri RNA transfer. È oggi generalmente accettato che i mitocondri si sia-
vegetali contengono cloroplasti oltre no originati da batteri liberi che metabolizzavano ossigeno (aerobici) inglo-
ai componenti mostrati qui e la loro
membrana plasmatica è circondata da
bati da una cellula eucariotica ancestrale che non poteva altrimenti fare uso
una robusta parete esterna formata da dell’ossigeno (era cioè anaerobica). Sfuggendo alla digestione, questi batteri si
cellulosa. sono evoluti in simbiosi con la cellula che li aveva inglobati e con la sua pro-
genie, ricevendo riparo e nutrimento in cambio della generazione di ener-
gia che producevano per i loro ospiti. Questa simbiosi fra un predatore eu-
cariotico anaerobico primitivo e una cellula batterica aerobica si pensa si sia
stabilita circa 1,5 miliardi di anni fa, quando l’atmosfera della Terra cominciò
a diventare ricca di ossigeno.
Come mostrato nella Figura 1.29, analisi recenti del genoma suggerisco-
no che le prime cellule eucariotiche si sono formate dopo che un archibat-
terio ha inglobato un eubatterio aerobico. Questo spiegherebbe perché tut-
te le cellule eucariotiche odierne, anche quelle che vivono in condizioni
strettamente anaerobiche, mostrano chiaramente di aver contenuto un tem-
po mitocondri.
Molte cellule eucariotiche – specificamente, quelle dei vegetali e delle
alghe – contengono anche un’altra classe di piccoli organelli circondati da

Figura 1.26 Fagocitosi. Questa


serie di fermo-immagini di un film
mostra un globulo bianco umano (un
neutrofilo) che ingloba un globulo
rosso (colorato artificialmente in rosso)
che è stato trattato con un anticorpo
che lo contrassegna affinché sia
distrutto (vedi Filmato 13.5).
(Per gentile concessione di Stephen
E. Malawista e Anne de Boisfleury
Chevance.) 10 µm
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 27

Figura 1.27 Un eucariote


unicellulare che mangia altre
cellule. (A) Il Didinium è un protozoo
carnivoro, che appartiene al gruppo
noto come ciliati. Ha un corpo
globulare, circa 150 mm di diametro,
circondato da due frange di ciglia,
appendici sinuose simili a fruste
che battono in continuazione; la
sua estremità anteriore è appiattita
eccetto per una singola protrusione,
piuttosto simile a un muso. (B) Il
Didinium che ingloba la sua preda.
Il Didinium normalmente nuota
nell’acqua ad alta velocità per mezzo
del battito sincrono delle sue ciglia.
Quando incontra una preda adatta,
(A) in genere un altro tipo di protozoo,
100 µm
rilascia numerosi piccoli dardi
paralizzanti dalla regione del muso.
(B) Quindi il Didinium si attacca all’altra
cellula e la divora per fagocitosi,
rivoltandosi come una palla cava per
membrana in parte simili ai mitocondri, i cloroplasti (Figura 1.30). I cloroplasti inglobare la sua vittima, che è quasi
svolgono la fotosintesi, usando l’energia della luce solare per sintetizzare car- delle stesse dimensioni. (Per gentile
boidrati da anidride carbonica atmosferica e acqua, e consegnano i prodotti concessione di D. Barlow.)
alla cellula ospite come cibo. Come i mitocondri, i cloroplasti hanno un pro-
prio genoma e quasi certamente si sono originati come batteri fotosintetici
simbionti, acquisiti da cellule che possedevano già mitocondri (Figura 1.31).

(B)

(A) (C)
100 nm

Figura 1.28 Un mitocondrio. (A) Una sezione trasversale, vista al mitocondriali. Si notino la membrana esterna liscia e la membrana
microscopio elettronico. (B) Un disegno di un mitocondrio con una interna convoluta, che ospita le proteine che generano ATP
parte tagliata per mostrare la struttura tridimensionale (Filmato dall’ossidazione di molecole di cibo. (A, per gentile concessione di
1.2 ). (C) Una cellula eucariotica schematica, con in colore lo Daniel S. Friend.)
spazio interno di un mitocondrio, che contiene il DNA e i ribosomi
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
28 © 978-88-08-62126-9

cellula anaerobica cellula eucariotica


derivata da un archibatterio aerobica primitiva

nucleo
primitivo nucleo

membrana
interna

membrana batterica esterna


perdita della membrana mitocondrio
membrana plasmatica derivata dall’archibatterio con due membrane
batterica

batterio aerobico

Figura 1.29 L’origine dei Una cellula eucariotica equipaggiata con i cloroplasti non ha bisogno
mitocondri. Si pensa che un’antica di cacciare altre cellule come preda; è nutrita dai cloroplasti prigionieri che
cellula predatrice anaerobica (un
archibatterio) abbia inglobato
ha ereditato dai suoi progenitori. Di conseguenza le cellule vegetali, anche
l’antenato batterico dei mitocondri, se possiedono l’equipaggiamento citoscheletrico per il movimento, hanno
iniziando una relazione simbiotica. perso la capacità di cambiare forma rapidamente e di inglobare altre cellule
Oggi si può riconoscere chiaramente per fagocitosi e hanno invece creato intorno a sé una robusta parete cellu-
nei genomi di tutti gli eucarioti una lare protettiva. Se l’eucariote ancestrale era davvero un predatore, possiamo
doppia eredità: sia dagli eubatteri che
dagli archibatteri.
considerare le cellule vegetali come eucarioti che hanno compiuto la tran-
sizione dalla caccia alla coltivazione.
I funghi rappresentano un ulteriore modo di vivere eucariotico. Le cellule
dei funghi, come quelle degli animali, possiedono mitocondri ma non cloro-
plasti; tuttavia, a differenza delle cellule animali e dei protozoi, hanno una ro-
busta parete esterna che limita la loro capacità di muoversi rapidamente o di
inghiottire altre cellule. Sembra che i funghi si siano trasformati da cacciato-
ri in spazzini: altre cellule secernono molecole nutrienti o le rilasciano quan-
do muoiono e i funghi si nutrono di questi resti, eseguendo qualunque dige-
stione sia necessaria al di fuori delle cellule, attraverso la secrezione di enzimi
digestivi all’esterno.

cloroplasti

membrane
contenenti
clorofilla

Figura 1.30 Cloroplasti. Questi


organelli catturano l’energia della luce
solare nelle cellule vegetali e in alcuni
eucarioti unicellulari. (A) Una cellula membrana
interna
isolata da una foglia di una pianta da
fiore, vista al microscopio ottico, che
membrana
mostra i cloroplasti verdi (Filmato esterna
1.3 e vedi anche Filmato 14.9).
(B) Disegno di uno dei cloroplasti, che
mostra il sistema altamente ripiegato
di membrane interne che contengono
le molecole di clorofilla tramite le quali
viene assorbita la luce. (A, per gentile (A) (B)
concessione di Preeti Dahiya.) 10 µm
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 29

cellula eucariotica cellula eucariotica Figura 1.31 L’origine dei


primitiva primitiva capace cloroplasti. Una cellula eucariotica
di fotosintesi
primitiva, che già possedeva
mitocondri, ha inglobato un batterio
fotosintetico (un cianobatterio) e lo
ha trattenuto in simbiosi. Si pensa che
tutti i cloroplasti odierni discendano
da una singola specie di cianobatterio
che è stato adottato come simbionte
interno (un endosimbionte) più di un
miliardo di anni fa.

cloroplasti
batterio
fotosintetico

■ Gli eucarioti hanno genomi ibridi

L’informazione genetica delle cellule eucariotiche ha un’origine ibrida


(dall’archibatterio ancestrale anaerobico e dai batteri adottati come sim-
bionti). La maggior parte di questa informazione è conservata nel nucleo,
ma una piccola quantità rimane nei mitocondri e, per le cellule delle alghe
e dei vegetali, nei cloroplasti. Il DNA dei mitocondri e dei cloroplasti può
essere separato dal DNA nucleare e analizzato e sequenziato individualmen-
te. I genomi dei mitocondri e dei cloroplasti si sono rivelati versioni dege-
nerate e ridotte dei corrispondenti genomi batterici. In una cellula uma-
na, per esempio, il genoma mitocondriale consiste soltanto di 16 569 cop-
pie di nucleotidi e codifica solamente 13 proteine, due RNA ribosomiali e
22 RNA transfer.
I geni assenti nei mitocondri e nei cloroplasti non sono andati tutti per-
duti; molti di essi si sono invece spostati nel DNA del nucleo della cellula
ospite. Il DNA nucleare umano contiene molti geni che codificano protei-
ne che svolgono funzioni essenziali all’interno del mitocondrio; nei vegeta-
li il DNA nucleare contiene anche molti geni che specificano proteine ne-
cessarie nei cloroplasti. In entrambi i casi le sequenze di DNA di questi ge-
ni nucleari mostrano chiaramente la loro origine dagli antenati batterici del
rispettivo organello.

■ I genomi eucariotici sono grandi

La selezione naturale ha evidentemente favorito mitocondri con genomi pic-


coli. Al contrario, sembra che i genomi nucleari della maggior parte degli eu-
carioti siano stati liberi di ingrandirsi. Forse il modo di vivere eucariotico ha
reso le grandi dimensioni un vantaggio: i predatori devono essere più grandi
della loro preda e le dimensioni cellulari in genere aumentano in proporzio-
ne alle dimensioni del genoma. Qualunque sia la spiegazione, aiutati dall’ac-
cumulo di elementi trasponibili parassiti (di cui parleremo nel Capitolo 5), i
genomi della maggior parte degli eucarioti sono di ordini di grandezza mag-
giori rispetto a quelli dei batteri e degli archei (Figura 1.32).
La libertà di essere prodighi con il DNA ha avuto profonde implicazioni.
Gli eucarioti non solo hanno più geni dei procarioti; essi hanno anche molto
più DNA che non codifica proteine. Il genoma umano contiene 1000 volte
più coppie di nucleotidi del genoma di un batterio tipico, forse 10 volte più
geni e molto più DNA non codificante (circa il 98,5% del genoma umano è
non codificante, rispetto all’11% del genoma del batterio E. coli).
Nella Tabella 1.2 sono elencati, per un facile confronto con E. coli, le di-
mensioni dei genomi e il numero dei geni stimati per alcuni eucarioti. Di-
scuteremo brevemente di come ognuno di questi eucarioti serva da orga-
nismo modello.
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
30 © 978-88-08-62126-9

Figura 1.32 Dimensioni dei


genomi a confronto. Le dimensioni uomo
MAMMIFERI, UCCELLI, RETTILI
dei genomi sono misurate in coppie pesce pesce
di nucleotidi di DNA per genoma palla zebra rana tritone
aploide, cioè per singola copia del ANFIBI, PESCI
genoma. (Le cellule di organismi che moscerino della frutta gamberetto
si riproducono sessualmente come CROSTACEI, INSETTI
noi sono generalmente diploidi: esse Caenorhabditis
contengono due copie del genoma, VERMI NEMATODI
una ereditata dalla madre e l’altra Arabidopsis grano giglio
dal padre.) Organismi strettamente VEGETALI, ALGHE
correlati possono variare molto nella lievito
quantità di DNA nel loro genoma, FUNGHI
anche se contengono numeri simili di parassita malarico ameba
geni funzionalmente distinti. (Dati da PROTOZOI
W.H. Li, Molecular Evolution, pp. 380- micoplasma E. coli
383. Sunderland, MA: Sinauer, 1997.) BATTERI

ARCHEI

105 106 107 108 109 1010 1011 1012


coppie di nucleotidi per genoma aploide

TABELLA 1.2 Alcuni organismi modello e i loro genomi


Dimensione Numero
del genoma* approssimato
Organismo (coppie di nucleotidi) di geni
Escherichia coli (batterio) 4,6 3 106 4300
Saccharomyces cerevisiae (lievito) 13 3 106 6600
Caenorhabditis elegans (verme) 130 3 106 21 000
Arabidopsis thaliana (pianta) 220 3 106 29 000
Drosophila melanogaster (moscerino) 200 3 106 15 000
Danio rerio (pesce zebra) 1400 3 106 32 000
Mus musculus (topo) 2800 3 106 30 000
Homo sapiens (uomo) 3200 3 106 30 000
*La dimensione del genoma include una stima della quantità di sequenze di DNA altamente ripetute
non presenti nei database dei genomi.

■ I genomi eucariotici sono ricchi di DNA regolatore

Buona parte del nostro DNA non codificante è quasi certamente una cian-
frusaglia di cui si potrebbe fare a meno, che conserviamo come pile di vec-
chie carte perché quando nessuno ci obbliga a mantenere piccolo un archivio
è più facile conservare tutto che selezionare le informazioni utili e scartare il
resto. Certe specie eucariotiche eccezionali, come una specie di pesce palla, so-
no una testimonianza della tendenza allo spreco dei loro parenti; esse sono in
qualche modo riuscite a liberarsi di grandi quantità di DNA non codificante.
Eppure appaiono simili per struttura, comportamento e adattamento a specie
correlate che hanno di gran lunga più DNA (vedi Figura 4.71).
Anche nei genomi eucariotici compatti come quello del pesce palla c’è
più DNA non codificante che DNA codificante e almeno una parte del DNA
non codificante ha certamente funzioni importanti. In particolare, serve a re-
golare l’espressione di geni adiacenti. Con questo DNA regolatore gli eucarioti
hanno evoluto modi caratteristici di controllare quando e dove un gene entra
in azione. Questa sofisticata regolazione genica è cruciale per la formazione
di complessi organismi pluricellulari.
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 31

■ Il genoma definisce il programma dello sviluppo


pluricellulare

Le cellule di un singolo animale o vegetale sono straordinariamente varie. Cel-


lule adipose, cellule della pelle, cellule dell’osso, cellule nervose sembrano tan-
to dissimili quanto due cellule possono esserlo (Figura 1.33). Eppure tutti que-
sti tipi cellulari sono i discendenti di una singola cellula uovo fecondata e tut-
te (con rare eccezioni) contengono copie identiche del genoma della specie.
Le differenze derivano dal modo in cui queste cellule fanno un uso seletti-
vo delle loro istruzioni genetiche secondo i segnali che ricevono dall’ambien-
te circostante durante lo sviluppo embrionale. Il DNA non è soltanto una li-
sta della spesa che specifica le molecole che ogni cellula deve avere e la cellula
non è un insieme di tutti gli articoli della lista. Piuttosto la cellula si compor-
ta come una macchina con più funzioni, con sensori per ricevere segnali am-
bientali e capacità altamente sviluppate di mettere in azione serie diverse di
geni secondo le sequenze di segnali ai quali la cellula è stata esposta. Il geno-
ma di ciascuna cellula è abbastanza grande da contenere l’informazione che
specifica un intero organismo pluricellulare, ma in ogni singola cellula viene
usata soltanto una parte di quella informazione.
Una grande frazione dei geni del genoma eucariotico codifica protei-
ne che servono a regolare le attività di altri geni. La maggior parte di questi neurone
regolatori di trascrizione agisce legando, direttamente o indirettamente, DNA re-
golatore adiacente ai geni che devono essere controllati o interferendo con la neutrofilo
capacità di altre proteine di farlo. Il genoma espanso degli eucarioti serve per-
ciò non soltanto a specificare l’hardware della cellula, ma anche a conservare 25 µm
il software che controlla il modo in cui viene usato l’hardware (Figura 1.34).
Le cellule non si limitano a ricevere passivamente dei segnali, ma scam- Figura 1.33 I diversi tipi cellulari
biano invece attivamente segnali con le cellule circostanti. Quindi, in un or- variano enormemente per forma
ganismo pluricellulare che si sviluppa, ciascuna cellula è governata dallo stes- e dimensioni. Una cellula nervosa
animale comparata a un neutrofilo, un
so sistema di controllo, ma con conseguenze diverse a seconda dei segnali che tipo di globulo bianco. Le cellule sono
vengono scambiati. Il risultato, sorprendentemente, è una disposizione precisa disegnate in scala.
di cellule in stati diversi, ciascuna con caratteristiche appropriate alla sua po-
sizione nella struttura pluricellulare.

■ Molti eucarioti vivono come cellule solitarie

Molte specie di cellule eucariotiche conducono una vita solitaria: alcune


come cacciatori (i protozoi), altre come fotosintetizzatori (le alghe unicellu-
lari), alcune come spazzini (i funghi unicellulari o lieviti). La Figura 1.35 rap-
presenta una parte dell’impressionante varietà di forme che possono assu-
mere questi eucarioti unicellulari. L’anatomia dei protozoi, in particolare, è
spesso elaborata e comprende strutture come setole sensoriali, fotorecetto-

Figura 1.34 Controllo genetico


del programma di sviluppo
pluricellulare. Il ruolo di un gene
regolatore è dimostrato nella bocca di
leone Antirrhinum. In questo esempio
una mutazione in un singolo gene
che codifica una proteina regolatrice
provoca lo sviluppo di germogli dotati
di foglie al posto dei fiori: poiché
una proteina regolatrice è cambiata
le cellule adottano caratteri che
sarebbero appropriati a una posizione
diversa nella pianta normale. Il
mutante è a sinistra, la pianta normale
a destra. (Per gentile concessione di
Enrico Coen e Rosemary Carpenter.)
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
32 © 978-88-08-62126-9

(D)

(A) (B) (C) (E) (F) (G)

Figura 1.35 Un assortimento ri, ciglia che battono sinuosamente, appendici simili a gambe, apparati boc-
di protozoi: un piccolo esempio cali, dardi pungenti e fasci contrattili simili a muscoli. Sebbene siano cellule
di una classe estremamente
diversificata di organismi. I disegni
singole, i protozoi possono essere tanto intricati, versatili e complessi nel lo-
sono eseguiti a scale diverse, ma in ro comportamento quanto molti organismi pluricellulari (vedi Figura 1.27,
ciascun caso la barra rappresenta Filmato 1.4 e Filmato 1.5 ).
10 mm. Gli organismi in (A), (C), In termini di antenati e di sequenze di DNA gli eucarioti unicellulari so-
e (G) sono ciliati; (B) è un eliozoo; no molto più diversificati degli animali, dei vegetali e dei funghi pluricellula-
(D) è un’ameba; (E) è un dinoflagellato;
(F) è un euglenoide. (Da M.A. Sleigh,
ri, che si sono originati come tre rami relativamente tardivi dell’albero genea-
Biology of Protozoa. Cambridge, logico eucariotico (vedi Figura 1.17). Come per i procarioti, gli esseri umani
Regno Unito: Cambridge University hanno avuto la tendenza a trascurarli perché sono microscopici. Soltanto og-
Press, 1973.) gi, con l’aiuto dell’analisi dei genomi, cominciamo a capire le loro posizioni
nell’albero della vita e a mettere nel giusto contesto gli indizi che queste stra-
ne creature ci offrono sul nostro distante passato evolutivo.

■ Un lievito serve da modello eucariotico minimo

La complessità molecolare e genetica degli eucarioti è impressionante. Anco-


ra più che per i procarioti, i biologi devono concentrare le loro risorse limi-
tate su pochi organismi modello selezionati per affrontare questa complessità.
Per analizzare il funzionamento interno della cellula eucariotica, senza i
problemi ulteriori dello sviluppo pluricellulare, ha senso usare una specie che
sia unicellulare e più semplice possibile. La scelta per questo ruolo di model-
lo eucariotico minimo è stata il lievito Saccharomyces cerevisiae (Figura 1.36), la
stessa specie che è usata per fare la birra e il pane.
S. cerevisiae è un piccolo membro unicellulare del regno dei funghi e
quindi, secondo le moderne vedute, correlato agli animali almeno tanto
quanto lo è ai vegetali. È resistente e facile da far crescere in un semplice
mezzo nutriente. Come altri funghi, ha una parete cellulare robusta, è rela-
tivamente immobile e possiede mitocondri ma non cloroplasti. Quando i
nutrienti sono abbondanti, cresce e si divide quasi alla stessa velocità di un
batterio. Si può riprodurre sia vegetativamente (cioè per semplice divisione
cellulare) che sessualmente: due cellule di lievito che sono aploidi (che pos-
siedono una singola copia del genoma) si possono fondere per creare una
cellula che è diploide (che contiene una doppia copia del genoma); la cellula
diploide può subire la meiosi (una divisione riduttiva) per produrre cellule
che sono di nuovo aploidi (Figura 1.37). A differenza degli animali e dei ve-
getali superiori, il lievito si può dividere indefinitamente sia allo stato aploi-
de che diploide e il processo che porta da uno stato all’altro può essere in-
dotto a piacere cambiando le condizioni di crescita.
Oltre a queste caratteristiche, il lievito possiede un’ulteriore proprietà
che lo rende un organismo adatto per gli studi genetici: il suo genoma, se-
condo gli standard eucariotici, è eccezionalmente piccolo. Nonostante ciò,
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 33

Figura 1.36 Il lievito parete


Saccharomyces cerevisiae. nucleo cellulare
(A) Micrografia elettronica a scansione
di un gruppo di cellule. Questa specie
è nota anche come lievito gemmante;
prolifera formando una protrusione
o gemma che si ingrossa e quindi si
separa dal resto della cellula originaria.
Nella micrografia sono visibili
molte cellule con gemme. (B) Una
micrografia elettronica a trasmissione
di una sezione trasversale di una
cellula di lievito, che mostra il nucleo,
un mitocondrio e la spessa parete
cellulare. (A, per gentile concessione mitocondrio
di Ira Herskowitz e Eric Schabatach.)
(A) (B)
10 µm 2 µm

è sufficiente per tutti i compiti fondamentali che ogni cellula eucariotica


deve svolgere. Sono disponibili mutanti praticamente per ogni gene e studi
sui lieviti (usando sia S. cerevisiae che altre specie) hanno fornito una chiave
alla comprensione di molti processi determinanti, fra cui il ciclo di divisio-
ne cellulare eucariotico (la catena cruciale di eventi per cui il nucleo e tutti
gli altri componenti di una cellula si duplicano e si dividono per creare due 2n
2n
cellule figlie). Il sistema di controllo che governa questo processo si è con- proliferazione
servato così bene nel corso dell’evoluzione che molti dei suoi componen- di cellule
ti possono agire in modo intercambiabile nel lievito e nelle cellule umane: diploidi
se a un lievito mutante privo di un gene essenziale per il ciclo cellulare del 2n
lievito viene fornita una copia del gene omologo umano, il lievito è curato
del suo difetto e diventa capace di dividersi normalmente. meiosi e sporulazione
(scatenate dalla mancanza
di nutrienti)
■ I livelli di espressione di tutti i geni di un organismo possono
2n
essere monitorati simultaneamente
n
n n
La sequenza completa del genoma di S. cerevisiae è stata determinata nel 1997. accoppiamento (in genere n
Essa consiste approssimativamente di 13 117 000 coppie di nucleotidi, com- immediatamente dopo
preso il piccolo contributo (78 520) del DNA mitocondriale. Il totale è sol- che si sono schiuse le spore
le spore
tanto circa 2,5 volte il DNA presente in E. coli e codifica proteine distinte pa- si schiudono
ri soltanto a 1,5 volte (circa 6600 in tutto). Lo stile di vita di S. cerevisiae è si- n
n
mile sotto molti aspetti a quello di un batterio e sembra che questo lievito sia proliferazione
stato soggetto nello stesso modo a pressioni selettive che hanno mantenuto di cellule
aploidi
compatto il suo genoma.
La conoscenza della sequenza completa del genoma di qualunque organi- n n

smo – che sia un lievito o l’uomo – apre nuove prospettive sul funzionamento
della cellula: questioni che una volta sembravano talmente complesse da ren- CICLO VITALE DEL LIEVITO GEMMANTE
derne impossibile la comprensione adesso sembrano alla nostra portata. Usan-
do tecniche che verranno descritte nel Capitolo 8 è oggi possibile, per esem- Figura 1.37 I cicli riproduttivi del
pio, monitorare simultaneamente la quantità di mRNA trascritto da ogni gene lievito S. cerevisiae. A seconda delle
del genoma del lievito in qualunque condizione scelta e osservare come que- condizioni ambientali e di dettagli
sto schema completo di attività genica cambi quando cambiano le condizio- del genotipo le cellule di questa
specie possono essere in uno stato
ni. L’analisi può essere ripetuta con mRNA preparato da mutanti privi di un diploide (2n), con una doppia serie di
gene scelto (qualunque gene che ci interessi controllare). In linea di principio, cromosomi, o in uno stato aploide (n),
questo approccio fornisce un modo di rivelare l’intero sistema di relazioni di con una singola serie di cromosomi. La
controllo che governano l’espressione genica, non soltanto in queste cellule forma diploide può proliferare per cicli
di lievito ma in qualunque organismo di cui sia nota la sequenza del genoma. di divisione cellulare ordinaria o subire
una meiosi producendo cellule aploidi.
La forma aploide può proliferare per
■ L’Arabidopsis è stata scelta fra 300 000 specie come modello cicli di divisione cellulare ordinaria
di vegetale o subire una fusione sessuale con
un’altra cellula aploide per diventare
I grandi organismi pluricellulari che vediamo intorno a noi – i fiori, gli albe- diploide. La meiosi è innescata da
mancanza di nutrienti e dà origine
ri e gli animali – sembrano incredibilmente vari, ma sono molto più simili fra a spore, cellule aploidi in uno stato
loro nella loro origine evolutiva e nella loro biologia cellulare di base, rispet- dormiente, resistenti a condizioni
to alla grande quantità di organismi microscopici unicellulari. Quindi, men- ambientali avverse.
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
34 © 978-88-08-62126-9

tre batteri ed eucarioti sono separati da forse 3,5 miliardi di anni di evoluzio-
ne divergente, vertebrati e insetti sono separati da circa 700 milioni di anni, i
pesci e i mammiferi da circa 450 milioni di anni e le diverse specie di piante
da fiore da soltanto 150 milioni di anni.
A causa della stretta relazione evolutiva fra tutte le piante da fiore possiamo,
ancora una volta, ottenere informazioni sulla cellula e sulla biologia molecola-
re di questa intera classe di organismi concentrandoci per un’analisi dettagliata
soltanto su una specie o su poche specie. Fra le parecchie centinaia di migliaia
di specie di piante da fiore presenti oggi sulla Terra i biologi molecolari han-
no scelto di concentrare i loro sforzi su una piccola erba infestante, la diffusa
arabetta comune Arabidopsis thaliana (Figura 1.38), che può essere fatta crescere
in serra in grande quantità e produce una progenie di migliaia di piante do-
po 8-10 settimane. L’Arabidopsis ha un genoma approssimativamente di 220
milioni di coppie di basi, circa 17 volte quello del lievito (vedi Tabella 1.2).

■ Il mondo delle cellule animali è rappresentato da un verme,


da un moscerino, da un topo e da un essere umano

Gli animali pluricellulari costituiscono la maggioranza di tutte le specie co-


nosciute di organismi viventi e sono oggetto della parte più consistente degli
sforzi della ricerca biologica. Cinque specie sono emerse come modelli prin-
cipali per gli studi di genetica molecolare e sono, in ordine di grandezza cre-
scente, il verme nematode Caenorhabditis elegans, il moscerino Drosophila me-
lanogaster, il pesce zebra Danio rerio, il topo Mus musculus e l’uomo, Homo sa-
piens. Di tutti questi organismi è stato sequenziato il genoma.
Caenorhabditis elegans (Figura 1.39) è un piccolo parente inoffensivo di un
verme che attacca i raccolti. Con un ciclo vitale di pochi giorni soltanto, una
capacità di sopravvivere in un congelatore indefinitamente in uno stato di vita
sospeso, un piano corporeo semplice e un ciclo vitale insolito che ben si adat-
ta agli studi genetici (descritti nel Capitolo 21), è un organismo modello ideale.
C. elegans si sviluppa con precisione cronometrica da una cellula uovo fecon-
data in un verme adulto con esattamente 959 cellule corporee (più un numero
variabile di cellule uovo e spermatiche): un grado insolito di regolarità per un
animale. Oggi abbiamo una descrizione minutamente dettagliata della sequen-
za di eventi tramite i quali ciò accade, man mano che le cellule si dividono, si
1 cm muovono e cambiano caratteristiche secondo regole rigide e prevedibili. Il ge-
noma di 130 milioni di coppie di nucleotidi codifica circa 21 000 proteine ed è
Figura 1.38 Arabidopsis thaliana, disponibile una gran quantità di mutanti e di altri strumenti per controllare la
la pianta scelta come modello funzione dei geni. Sebbene il verme abbia un piano corporeo molto diverso dal
principale per studiare la genetica
molecolare dei vegetali. (Per gentile
nostro, la conservazione dei meccanismi biologici è stata sufficiente a permet-
concessione di Toni Hayden e della tere al verme di essere utilizzato come modello per molti dei processi biologici
John Innes Foundation.) e di sviluppo che avvengono nel corpo umano. Lo studio del verme ci aiuta a
capire, per esempio, i programmi di divisione cellulare e di morte cellulare che
determinano il numero di cellule nel corpo, un argomento di grande impor-
tanza per la biologia dello sviluppo e per la ricerca sul cancro.

0,2 mm

Figura 1.39 Caenorhabditis elegans, il primo organismo pluricellulare di cui è


stata determinata la sequenza completa del genoma. Questo piccolo nematode,
lungo circa 1 mm, vive nel terreno. La maggior parte degli individui è ermafrodita e
produce sia uova che spermatozoi. (Per gentile concessione di Maria Gallegos, Wisconsin
University, Madison.)
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 35

Figura 1.40 Drosophila


melanogaster. Studi di genetica
molecolare di questo moscerino
hanno fornito la chiave principale
per la comprensione del modo in cui
gli animali si sviluppano da un uovo
fecondato in un adulto. (Da E.B.
Lewis, Science 221: copertina, 1983.
Con il permesso di AAAS.)

1 mm

■ Lo studio della Drosophila fornisce una chiave


per lo sviluppo dei vertebrati

Il moscerino della frutta Drosophila melanogaster (Figura 1.40) è stato usato co-
me organismo genetico modello più a lungo di qualunque altro; in effetti le
fondamenta della genetica classica sono state costruite in gran parte su studi
di questo insetto. Più di 80 anni fa questo moscerino ha fornito, per esempio,
la prova definitiva che i geni – le unità astratte dell’informazione ereditaria –
sono portati su cromosomi, oggetti fisici concreti il cui comportamento era
stato seguito attentamente nella cellula eucariotica con il microscopio ottico,
ma la cui funzione era rimasta all’inizio sconosciuta. La prova dipese da una
delle molte caratteristiche che rendono la Drosophila particolarmente adat-
ta per i genetisti: i cromosomi giganti, con un tipico aspetto bandeggiato, che
sono visibili in alcune delle sue cellule (Figura 1.41). Si trovò che cambiamen-
ti specifici nell’informazione ereditaria, manifesti in famiglie di mosche mu-
tanti, erano correlati esattamente con la perdita o l’alterazione di bande spe-
cifiche dei cromosomi giganti.
In tempi più recenti la Drosophila, più di qualunque altro organismo, ci ha
20 µm
mostrato come ripercorrere la catena di causa ed effetto dalle istruzioni gene-
tiche codificate nel DNA cromosomico alla struttura del corpo pluricellula- Figura 1.41 Cromosomi giganti
re adulto. Mutanti di Drosophila con parti del corpo stranamente fuori posto delle ghiandole salivari di
o con uno schema alterato hanno fornito la chiave per identificare e caratte- Drosophila. Poiché sono avvenuti
rizzare i geni necessari per costruire un corpo correttamente strutturato, con molti cicli di replicazione del DNA
senza che siano intervenute divisioni
intestino, arti, occhi e tutte le altre parti al posto giusto. Una volta che questi cellulari, ciascun cromosoma in queste
geni di Drosophila sono stati sequenziati, è stato possibile ricercare loro omo- cellule insolite contiene più di 1000
loghi nei genomi dei vertebrati. Questi sono stati trovati e le loro funzioni nei molecole identiche di DNA, tutte
vertebrati sono state quindi controllate analizzando topi in cui i geni erano allineate a registro. Ciò rende facile
stati mutati. I risultati, come vedremo più avanti in questo testo, rivelano un la loro visualizzazione al microscopio
ottico, dove mostrano uno schema
grado stupefacente di somiglianza nei meccanismi molecolari dello sviluppo di bandeggio caratteristico e
degli insetti e dei vertebrati (discussi nel Capitoli 21). riproducibile. Bande specifiche
La maggioranza delle specie conosciute di organismi viventi sono insetti. possono essere identificate così
Anche se la Drosophila non avesse niente in comune con i vertebrati, ma solo come la posizione di geni specifici:
con gli insetti, sarebbe ancora un importante organismo modello. Ma se l’o- una mosca mutante con una regione
dello schema di bandeggio assente
biettivo è la comprensione della genetica molecolare dei vertebrati, perché mostra un fenotipo che riflette la
non affrontare semplicemente il problema in modo diretto? Perché avvicinar- perdita dei geni in quella regione.
si a esso obliquamente, attraverso lo studio della Drosophila? I geni che sono trascritti ad alta
La Drosophila richiede soltanto 9 giorni per progredire da un uovo fe- frequenza corrispondono a bande
condato a un adulto; è enormemente più facile e più economica da allevare con un’apparenza “rigonfia”. Le
bande colorate in nero sono siti in cui
di qualunque vertebrato e il suo genoma è molto più piccolo, circa 200 mi- una particolare proteina regolatrice
lioni di coppie di nucleotidi, in confronto ai 3200 milioni di un essere uma- è attaccata al DNA. (Per gentile
no. Questo genoma codifica circa 15 000 proteine, e oggi si possono ottene- concessione di B. Zink e R. Paro, da R.
re mutanti praticamente per qualunque gene. Ma c’è anche un’altra ragione Paro, Trends Genet. 6:416-421, 1990.
più profonda del perché meccanismi genetici che sono difficili da scoprire in Con il permesso di Elsevier.)
un vertebrato sono spesso facilmente rivelati nella mosca. Ciò è correlato, co-
me spiegheremo adesso, alla frequenza di duplicazione genica, che è notevol-
mente maggiore nei genomi dei vertebrati rispetto al genoma della mosca, e
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
36 © 978-88-08-62126-9

che è stata probabilmente cruciale nel rendere i vertebrati creature comples-


se e ingegnose quali sono.

■ Il genoma dei vertebrati è un prodotto di duplicazioni


ripetute

Quasi ogni gene nel genoma dei vertebrati ha dei paraloghi (altri geni nello
stesso genoma che sono senza dubbio correlati e devono essersi originati per
duplicazione genica). In molti casi un intero gruppo di geni è strettamente
correlato con gruppi simili presenti altrove nel genoma, suggerendo che i ge-
ni si siano duplicati in gruppi collegati invece che come individui isolati. Se-
condo un’ipotesi, in uno stadio precoce dell’evoluzione dei vertebrati, l’inte-
ro genoma subì una duplicazione due volte di seguito, dando origine a quat-
tro copie di ogni gene.
Il corso preciso dell’evoluzione del genoma dei vertebrati resta incerto,
perché molti altri cambiamenti evolutivi si sono verificati dopo questi anti-
chi eventi. Geni che una volta erano identici si sono diversificati; molte copie
di un gene sono andate perdute in seguito a mutazioni; alcuni hanno subi-
to ulteriori cicli di duplicazione locale; e il genoma, in ciascun ramo dell’al-
bero genealogico dei vertebrati, ha subito ripetuti riarrangiamenti, alteran-
do la maggior parte dell’ordine originale dei geni. Il confronto dell’ordine
dei geni in due organismi correlati, come l’uomo e il topo, rivela che – nel-
la scala temporale dell’evoluzione dei vertebrati – i cromosomi si fondono e
si frammentano per spostare grandi blocchi di sequenza di DNA. In effetti è
Figura 1.42 Due specie della rana possibile, come vedremo nel Capitolo 4, che lo stato presente sia il risultato
genere Xenopus. X. tropicalis, in
alto, ha un genoma ordinario diploide;
di molte duplicazioni separate di frammenti del genoma, anziché di dupli-
X. laevis, in basso, ha il doppio del cazioni dell’intero genoma.
DNA per cellula. Dallo schema di Tuttavia non c’è dubbio che queste duplicazioni dell’intero genoma av-
bandeggio dei loro cromosomi e dalla vengano veramente di tanto in tanto nel corso dell’evoluzione, perché pos-
disposizione dei geni lungo di essi, siamo vedere esempi recenti in cui serie di cromosomi duplicati possono an-
oltre che da confronti di sequenze
geniche, è chiaro che la specie col
cora essere identificate come tali. Il genere delle rane Xenopus, per esempio,
genoma più grande si è evoluta per comprende una serie di specie molto simili correlate fra loro da ripetute du-
duplicazioni dell’intero genoma. plicazioni o triplicazioni dell’intero genoma. Fra queste rane si trova X. tro-
Si pensa che queste duplicazioni picalis, con un normale genoma diploide; la specie comune di laboratorio X.
siano avvenute come conseguenza laevis, con un genoma duplicato e il doppio di DNA per cellula; e X. ruwen-
di accoppiamenti fra rane di specie
leggermente divergenti di Xenopus. zoriensis, con un genoma duplicato sei volte e sei volte la quantità di DNA
(Per gentile concessione di E. Amaya, per cellula (108 cromosomi, rispetto ai 36 di X. laevis, per esempio). Si cal-
M. Offield e R. Grainger, Trends Gen. cola che queste specie si siano separate l’una dall’altra negli ultimi 120 mi-
14:253-255, 1998. Con il permesso di lioni di anni (Figura 1.42).
Elsevier.)
■ La rana e il pesce zebra forniscono modelli per lo sviluppo
dei vertebrati

Le rane sono usate da molto tempo per studiare le prime fasi dello sviluppo
embrionale dei vertebrati perché le loro uova sono grandi, facili da manipo-
lare, e fecondate al di fuori dell’animale, cosicché è facile seguire il successivo
sviluppo dell’embrione (Figura 1.43). Xenopus laevis, in particolare, continua
a essere un importante organismo modello, anche se è poco adatto all’analisi
genetica (Filmato 1.6 e vedi anche Filmato 21.1).
Il pesce zebra Danio rerio ha vantaggi simili ma senza questa limitazione; il
suo genoma è compatto – grande solo la metà di quello di topo o dell’uomo –
e ha un tempo di generazione di circa tre mesi solamente. Sono noti molti
mutanti e la sua ingegnerizzazione genetica è relativamente semplice. Il pe-
sce zebra ha un’ulteriore caratteristica favorevole: per le prime due settima-
ne di vita è trasparente, in questo modo si può vedere il comportamento del-
le singole cellule all’interno dell’organismo vivente (vedi Filmato 21.2).Tutto
ciò lo ha reso un modello di vertebrato sempre più importante (Figura 1.44).

■ Il topo è il principale organismo modello per i mammiferi

I mammiferi hanno di norma due volte più geni della Drosophila, un geno-
ma che è 16 volte più grande e milioni o miliardi di volte più cellule nel lo-
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 37

ore 0 6 16 34 67 96 284

1 mm
uovo fecondato 16 cellule blastula gastrula
neurula

larva

Figura 1.43 Fasi del normale sviluppo di una rana. Questo disegno mostra lo
sviluppo di un girino di Rana pipiens a partire da un uovo fecondato. L’intero processo
avviene al di fuori della madre, rendendo il meccanismo coinvolto facilmente accessibile
per studi sperimentali. (Da W. Shumway, Anat. Rec. 78:139-147, 1940.)

ro corpo adulto. In termini di dimensioni e funzione del genoma, di biologia


cellulare e di meccanismi molecolari, i mammiferi sono tuttavia un gruppo
altamente uniforme di organismi. Anche anatomicamente le differenze fra i
mammiferi sono principalmente una questione di dimensioni e proporzioni;
è difficile pensare a una parte del corpo umano che non abbia un corrispet-
tivo negli elefanti e nei topi e viceversa. L’evoluzione gioca liberamente con
caratteristiche quantitative, ma non cambia facilmente la logica della struttura. girino
Per ottenere una misura più esatta di quanto strettamente le specie dei mam-
miferi si assomiglino geneticamente possiamo confrontare le sequenze nucleoti-
diche di geni corrispondenti (ortologhi), o le sequenze degli amminoacidi delle
proteine che questi geni codificano. I risultati per singoli geni e proteine varia-
no di molto. Ma di norma, se allineiamo la sequenza degli amminoacidi di una
proteina umana con quella della proteina ortologa, diciamo, di un elefante, cir-
ca l’85% degli amminoacidi è identico. Un simile confronto fra uomo e uccel-
li mostra un’identità di amminoacidi di circa il 70%: il doppio delle differenze,
perché gli uccelli e i mammiferi hanno avuto un tempo doppio per diversifi-
carsi rispetto all’elefante e all’uomo (Figura 1.45).
Il topo, essendo piccolo, robusto e riproducendosi rapidamente, è diventato
l’organismo modello più importante per lo studio sperimentale della genetica
molecolare dei vertebrati. Sono note molte mutazioni che si verificano natu-
ralmente e spesso queste sono simili agli effetti di mutazioni corrispondenti
nell’uomo (Figura 1.46). Inoltre sono stati sviluppati metodi per controllare la
funzione di qualunque gene di topo, o di qualunque porzione non codifican-
te del genoma del topo, creando artificialmente mutazioni, come spieghere-
mo più avanti in questo testo.

Figura 1.44 Il pesce zebra come


modello per lo studio dello
sviluppo dei vertebrati. Questi pesci
tropicali piccoli e robusti sono molto
utili per studi genetici. Inoltre, hanno
embrioni trasparenti che si sviluppano
al di fuori della madre, cosicché si
possono osservare chiaramente le
cellule che si muovono e cambiano
le loro caratteristiche nell’organismo
vivente nel corso del suo sviluppo.
(a) Pesce adulto. (B) Un embrione 24
ore dopo la fecondazione. (A, con
autorizzazione da Steve Baskauf; B,
(A) (B) da M. Rhinn et al., Neural Dev. 4:12,
1 cm 150 µm 2009.)
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
38 © 978-88-08-62126-9

Figura 1.45 Tempi di divergenza 0 uomo/scimpanzé 100


di vari vertebrati. La scala sulla uomo /orangutan 98
sinistra mostra la data stimata e Terziario topo/ratto 84
l’era geologica dell’ultimo antenato 50 gatto/cane 86
comune di ogni coppia specificata di maiale/balena 77
animali. Ciascuna stima temporale maiale/pecora 87
si basa su confronti delle sequenze uomo/coniglio 82
100 Cretaceo
uomo/elefante 83
di amminoacidi di proteine

% di amminoacidi identici nella catena α dell’emoglobina


uomo/topo 89
ortologhe; più tempo ha avuto uomo/bradipo 81
una coppia di animali di evolvere 150
indipendentemente, più bassa è Giurassico uomo/canguro 81
la percentuale di amminoacidi che
rimangono identici. La scala temporale 200

tempo in milioni di anni


è stata calibrata per corrispondere alla Triassico uccelli/coccodrillo 76
prova fossile che l’ultimo antenato
comune di mammiferi e uccelli è 250
vissuto 310 milioni di anni fa. Permiano
uomo/lucertola 57
I numeri sulla destra forniscono
dati sulla divergenza di sequenza 300
uomo/pollo 70
per una proteina particolare, la Carbonifero
catena a dell’emoglobina. Si noti
che sebbene per questa proteina vi 350 uomo/rana 56
sia una chiara tendenza generale Devoniano
all’aumento della divergenza con
400
l’aumentare del tempo, ci sono
Siluriano
anche alcune irregolarità. Queste
riflettono la casualità del processo
450 uomo/tonno 55
evolutivo e, probabilmente, l’azione
Ordoviciano
della selezione naturale che induce
cambiamenti particolarmente rapidi 500
della sequenza di emoglobina in alcuni
Cambriano
organismi che sono stati soggetti a uomo/squalo 51
particolari richieste fisiologiche. In 550
media, all’interno di una determinata Proterozoico uomo/lampreda 35
linea evolutiva, le emoglobine
accumulano cambiamenti a un ritmo
di circa 6 amminoacidi alterati per 100
amminoacidi ogni 100 milioni di anni. Un topo mutante prodotto ad hoc può fornire una messe di informazioni al
Alcune proteine, soggette a limitazioni biologo cellulare: rivela gli effetti della mutazione scelta in una serie di diver-
funzionali più rigide, evolvono molto
più lentamente di questa, altre fino a
si contesti, controllando simultaneamente l’azione del gene in tutti i differen-
5 volte più velocemente. Tutto ciò dà ti tipi di cellule del corpo che potrebbero in linea di principio essere colpiti.
origine a sostanziali incertezze nelle
stime dei tempi di divergenza e alcuni ■ Gli esseri umani manifestano le proprie peculiarità
esperti pensano che i gruppi principali
di mammiferi si siano separati l’uno
dall’altro fino a 60 milioni di anni
Come esseri umani abbiamo un interesse speciale per il genoma umano.Vo-
dopo rispetto a quanto mostrato qui. gliamo conoscere la serie completa delle parti di cui siamo composti e sco-
(Adattata da S. Kumar e S.B. Hedges, prire il modo in cui funzionano. Ma anche se fossimo topi, preoccupati del-
Nature 392:917-920, 1998. Con il la biologia molecolare dei topi, gli esseri umani sarebbero attraenti per noi
permesso di Macmillan Publishers Ltd.) come organismo genetico modello per una proprietà speciale: tramite esami
medici e autodenuncia cataloghiamo i nostri disordini genetici (e non solo).
La popolazione umana è enorme, consistendo oggi di circa 7 miliardi di in-
dividui, e questa proprietà di autodocumentazione significa che è disponibi-
le un enorme banca dati di informazioni. La sequenza completa del geno-
ma umano di più di 3 miliardi di coppie di nucleotidi è stata determinata per

Figura 1.46 Uomo e topo: geni


simili e sviluppo simile. Il bambino
e il topo mostrati qui hanno chiazze
bianche simili sulla fronte perché
entrambi hanno mutazioni nello
stesso gene (chiamato Kit), necessario
per lo sviluppo e il mantenimento
di cellule pigmentate. (Per gentile
concessione di R.A. Fleischman.)
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 39

migliaia di persone diverse, rendendo più facile che mai identificare a livello
molecolare lo specifico cambiamento genetico responsabile di ciascun feno-
tipo umano mutante.
Mettendo insieme le informazioni derivate da uomo, topo, mosca, ver-
me, lievito, vegetali e batteri – usando le somiglianze di sequenze geniche per
mappare le corrispondenze fra un organismo modello e un altro – possiamo
arricchire la nostra conoscenza di tutti questi organismi.

■ Nei dettagli siamo tutti diversi

Che cosa intendiamo precisamente quando parliamo del genoma umano? Il


genoma di chi? In media, qualunque coppia di persone prese a caso differisce
in circa uno o due nucleotidi ogni 1000 nella sequenza del DNA. Il genoma
della specie umana è, parlando correttamente, qualcosa di molto complesso, e
contiene l’intera raccolta di varianti geniche che si trovano nella popolazione
umana. La conoscenza di questa variazione ci sta aiutando a capire, ad esem-
pio, perché alcune persone sono inclini a una malattia, altre a un’altra; perché
alcune rispondono bene a un farmaco, altre invece male. Inoltre sta fornendo
nuovi indizi sulla nostra storia: i movimenti di popolazioni e i mescolamenti
dei nostri antenati, le infezioni di cui hanno sofferto, la dieta di cui si nutriva-
no.Tutto ciò ha lasciato tracce nelle forme varianti dei geni che sopravvivono
oggi nelle comunità umane che popolano il pianeta

■ Per capire le cellule e gli organismi abbiamo bisogno della regione


DNA codificante
matematica, di computer e di informazioni quantitative regolatore del gene

Sfruttando la conoscenza di sequenze genomiche complete, possiamo elenca-


re i geni e le proteine di una cellula e iniziare a tracciare la rete di interazioni
mRNA
che li collegano. Ma come possiamo trasformare tutte queste informazioni in
una comprensione del modo in cui funzionano le cellule? Anche per un sin-
golo tipo cellulare che appartiene a una singola specie di organismo, l’attuale proteina
di regolazione
diluvio di dati sembra impossibile da analizzare. Il tipo di ragionamento in- della
formale su cui si basano di solito i biologi appare completamente inadeguato trascrizione
di fronte a tale complessità.
Figura 1.47 Un circuito molto
In realtà la difficoltà non è soltanto una questione di un semplice sovrac- semplice di regolazione dei geni:
carico di informazioni. I sistemi biologici sono, per esempio, pieni di circui- un singolo gene che regola la
ti a feedback e il comportamento anche dei sistemi a feedback più semplici è propria espressione mediante il
notevolmente difficile da prevedere soltanto intuitivamente (Figura 1.47); pic- legame del suo prodotto proteico
coli cambiamenti dei parametri possono causare cambiamenti radicali del ri- al proprio DNA regolatore.
Semplici disegni schematici come
sultato. Per passare dal diagramma di un circuito alla previsione del comporta- questo sono spesso usati in tutto
mento del sistema abbiamo bisogno di informazioni quantitative dettagliate e il libro per riassumere ciò che
per trarre deduzioni da quelle informazioni abbiamo bisogno della matemati- sappiamo anche se lasciano molte
ca e di computer. domande senza risposta. Quando la
Questi strumenti che permettono ragionamenti quantitativi sono essen- proteina si lega, inibisce o stimola la
trascrizione? La velocità di trascrizione
ziali, ma non hanno un potere infinito. Si potrebbe pensare che, conoscendo quanto strettamente dipende dalla
come ciascuna proteina influenza ogni altra proteina e come l’espressione di concentrazione della proteina?
ciascun gene è regolata dai prodotti degli altri, dovremmo rapidamente essere Quanto a lungo, in media, una
in grado di calcolare il modo in cui una cellula si comporterà nel suo insieme, molecola proteica resta legata al DNA?
proprio come un astronomo può calcolare le orbite dei pianeti, o un ingegnere Quanto ci vuole per produrre ciascuna
molecola di mRNA o di proteina e
chimico può calcolare i flussi attraverso un impianto chimico. Ma qualunque quanto rapidamente viene degradato
tentativo di svolgere questa impresa per un’intera cellula vivente rivela rapida- ciascun tipo di molecola? Come
mente i limiti dello stato attuale delle conoscenze. Le informazioni che pos- spiegato nel Capitolo 8, i modelli
sediamo, per quanto abbondanti, sono piene di lacune e di incertezze. Inoltre matematici mostrano che abbiamo
sono in gran parte qualitative e non quantitative. Nella maggior parte dei casi bisogno di risposte quantitative a tutte
queste e ad altre domande prima di
i biologi cellulari che studiano i sistemi di controllo della cellula riassumono poter prevedere il comportamento
le loro conoscenze attraverso semplici diagrammi schematici – questo libro persino di questo sistema a gene
ne è pieno – invece che mediante numeri, grafici ed equazioni differenziali. singolo. Per valori diversi dei
Progredire dalle descrizioni qualitative e dal ragionamento intuitivo al- parametri, il sistema si può stabilizzare
le descrizioni quantitative e alle deduzioni matematiche è una delle sfide più in uno stato all’equilibrio unico o può
comportarsi da interruttore, capace
grandi della biologia cellulare contemporanea. Finora la sfida è stata vinta sol- di trovarsi in uno di una serie di stati
tanto per pochi frammenti molto semplici del macchinario delle cellule viven- alternativi; o può oscillare; o può
ti, sottosistemi che coinvolgono una manciata di proteine diverse, o due o tre mostrare grandi fluttuazioni casuali.
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
40 © 978-88-08-62126-9

geni cross-regolatori, in cui la teoria e gli esperimenti si adattano facilmente


l’una agli altri. Ci occuperemo di alcuni di questi esempi più avanti nel testo
e dedicheremo l’intera sezione finale del Capitolo 8 al ruolo della quantifica-
zione in biologia cellulare.
La conoscenza e la comprensione forniscono il potere di intervenire: per
gli esseri umani, per evitare o prevenire malattie; per i vegetali, per ottene-
re raccolti migliori; per i batteri, affinché possano essere utilizzati per i nostri
scopi. Tutte queste imprese biologiche sono collegate perché l’informazione
genetica di tutti gli organismi viventi è scritta nello stesso linguaggio. La nuo-
va capacità dei biologi molecolari di leggere e decifrare questo linguaggio ha
già iniziato a trasformare le nostre relazioni con il mondo vivente. La biolo-
gia cellulare che verrà presentata nei capitoli successivi vi preparerà, noi spe-
QUELLO CHE riamo, a comprendere la grande avventura scientifica del XXI secolo e for-
NON SAPPIAMO se a contribuirvi.
• Quali nuovi approcci potrebbero
fornire una visione più chiara SOMMARIO Nelle cellule eucariotiche, per definizione, il DNA si trova in un
dell’archeo anaerobico che si pensa compartimento separato circondato da membrana, il nucleo. Esse hanno inoltre un
abbia formato il nucleo della prima citoscheletro che conferisce robustezza e permette loro di muoversi, compartimenti
cellula eucariotica? In che modo la intracellulari elaborati per digestione e secrezione, la capacità (in molte specie) di
simbiosi di questa cellula con un inglobare altre cellule e un metabolismo che dipende dall’ossidazione di molecole
batterio anaerobico ha portato al organiche da parte dei mitocondri. Queste proprietà inducono a pensare che gli
mitocondrio? Ci sono da qualche eucarioti si siano originati come predatori di altre cellule. I mitocondri – e, nei vegetali,
parte sulla Terra cellule non ancora i cloroplasti – contengono materiale genetico proprio ed evidentemente si sono evoluti
identificate che possano colmare da batteri assunti nel citoplasma della cellula eucariotica e sono sopravvissuti come
le lacune sull’origine delle cellule
simbionti. Le cellule eucariotiche hanno di norma da 3 a 30 volte più geni dei procarioti
eucariotiche?
e spesso migliaia di volte più DNA non codificante. Il DNA non codificante permette una
• Il sequenziamento del DNA ha regolazione complessa dell’espressione dei geni, il che è necessario per la costruzione
rivelato un mondo di cellule microbiche di complessi organismi pluricellulari. Molti eucarioti sono tuttavia unicellulari, fra di essi
ricco e precedentemente ignoto, la il lievito Saccharomyces cerevisiae, che serve da organismo modello semplice per la
maggioranza del quale non è coltivabile biologia cellulare eucariotica, rivelando le basi molecolari di molti processi fondamentali
in laboratorio. Come si potrebbero
che si sono incredibilmente conservati durante un miliardo di anni di evoluzione. Un
rendere queste cellule più accessibili per
studi dettagliati? piccolo numero di altri organismi è stato scelto per lo studio intensivo: un verme, una
mosca, un pesce e il topo servono da “organismi modello” per gli animali pluricellulari
• Quali nuovi organismi o cellule e una piccola pianta della famiglia delle euforbie serve da modello per le piante.
modello dovrebbero essere sviluppati Tecnologie nuove e potenti come il sequenziamento del genoma stanno permettendo
per essere studiati dagli scienziati? notevoli avanzamenti nella nostra conoscenza degli esseri umani e stanno aiutando ad
Perché concentrarsi in maniera
aumentare la nostra comprensione della salute e delle malattie umane. Gli organismi
concertata su questi modelli potrebbe
accelerare il progresso verso la viventi sono però estremamente complessi e i genomi dei mammiferi contengono
comprensione di aspetti cruciali della omologhi multipli, strettamente correlati, della maggior parte dei geni. Questa
funzione cellulare che sono ancora poco ridondanza genetica ha permesso la diversificazione e la specializzazione dei geni per
noti? nuovi scopi, ma ha reso anche più difficile decifrare la funzione dei geni. Per questa
ragione, organismi modello più semplici hanno svolto un ruolo chiave nella analisi dei
• Come sono sorte le prime membrane
meccanismi genetici universali dello sviluppo animale, e la ricerca che usa questi sistemi
cellulari?
rimane di importanza vitale per avanzare nella scienza e nella medicina. ●

PROBLEMI
Quali affermazioni sono vere? Spiegate perché sì Discutete i seguenti problemi.
o perché no.
1.4 Da quando è stato decifrato quarant’anni fa, alcu-
1.1 Ogni membro della famiglia genica dell’emoglo- ni hanno sostenuto che il codice genetico deve esse-
bina umana, che consiste di sette geni disposti in due re un incidente congelato, mentre altri hanno ritenuto
gruppi su due cromosomi, è un ortologo di tutti gli al- che si sia formato per selezione naturale. Una caratteri-
tri membri. stica sorprendente del codice genetico è la sua intrinse-
ca resistenza agli effetti delle mutazioni. Per esempio, un
1.2 Il trasferimento orizzontale dei geni è più diffuso
cambiamento nella terza posizione di un codone spes-
negli organismi unicellulari che in quelli pluricellulari.
so specifica lo stesso amminoacido o uno con proprietà
1.3 La maggior parte delle sequenze di DNA di un ge- chimiche simili. Il codice naturale resiste alle mutazio-
noma batterico codifica proteine, mentre la maggior ni più efficacemente (ed è meno suscettibile di errori)
parte delle sequenze del genoma umano non lo fa. della maggior parte delle altre versioni possibili, come
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 41

illustrato nella Figura P1.1. Soltanto uno del milione di tendono a coinvolgere grandi aggregati di prodotti ge-
codici “casuali” generati dal computer è più resistente nici diversi, mentre le reazioni metaboliche sono di so-
agli errori del codice genetico naturale. Questa straor- lito catalizzate da enzimi composti da una singola pro-
dinaria resistenza alle mutazioni del codice genetico de- teina. Perché la complessità del processo sottostante –
pone a favore della sua origine come incidente conge- informazionale o metabolico – dovrebbe avere un ef-
lato o come risultato della selezione naturale? Spiegate fetto sulla velocità del trasferimento genico orizzontale?
il vostro ragionamento.
1.10 Le cellule animali non hanno pareti cellulari né
20
cloroplasti, mentre le cellule vegetali li hanno entram-
nnumero di codici (migliaia)

bi. Le cellule dei funghi si trovano più o meno nel mez-


15
zo; hanno pareti cellulari ma non hanno cloroplasti. È
10
più probabile che le cellule dei funghi siano cellule ani-
codici
naturali
mali che hanno acquisito la capacità di formare una pa-
5
rete cellulare oppure cellule vegetali che hanno perso i
loro cloroplasti? Questa domanda ha rappresentato un
0 argomento di difficile soluzione per i primi ricercatori
0 5 10 15 20 che hanno provato ad assegnare relazioni evolutive ba-
suscettibilità alle mutazioni sandosi solamente sulle caratteristiche e sulla morfolo-
Figura P1.1 Suscettibilità del codice naturale in confronto gia delle cellule. Come pensate sia stato risolto alla fine
ai milioni di codici generati da computer (Problema 1.4). La questo quesito?
suscettibilità misura il cambiamento medio delle proprietà degli
amminoacidi causato da mutazioni casuali. Un valore basso 1.11 Quando sono stati scoperti per la prima volta i
indica che le mutazioni tendono a causare piccoli cambiamenti.
(Dati gentilmente forniti da Steve Freeland.) geni vegetali dell’emoglobina nei legumi, fu così sor-
prendente trovare un gene tipico del sangue degli ani-
mali che si ipotizzò che il gene vegetale si fosse origi-
1.5 Avete iniziato a caratterizzare un campione ottenu- nato per trasferimento orizzontale da un animale. Oggi
to dalle profondità oceaniche di Europa, una delle lune sono stati sequenziati molti più geni dell’emoglobina e
di Giove. Sorprendentemente, il campione contiene una un albero filogenetico basato su queste sequenze è mo-
forma di vita che cresce in un brodo ricco. L’analisi pre- strato nella Figura P1.2.
liminare mostra che è cellulare e contiene DNA, RNA A. Questo albero supporta o confuta l’ipotesi che le
e proteine. Quando mostrate i vostri risultati a una col- emoglobine delle piante si siano originate per tra-
lega, lei suggerisce che il vostro campione sia stato con- sferimento genico orizzontale?
taminato da un organismo terrestre. Quali approcci use- B. Supponendo che i geni vegetali dell’emoglobina sia-
reste per distinguere fra contaminazione e una nuova no derivati in origine da un nematode parassita, per
forma di vita cellulare basata su DNA, RNA e proteine?

1.6 Non è così difficile immaginare cosa significhi nu-


VERTEBRATI
trirsi delle molecole organiche prodotte dagli esseri vi-
Balena
venti. Dopo tutto, si tratta di quello che tutti noi faccia- Coniglio
Gatto
mo. Ma che cosa significa “nutrirsi” di luce, come fanno Cobra Pollo
Salamandra Uomo
i fototrofi? O, cosa ancora più strana, “nutrirsi” di roc- Mucca
ce, come fanno i litotrofi? Dove si trova il “cibo”, per Rana
esempio, in una miscela di composti chimici (H2S, H2,
CO, Mn+, Fe2+, Ni2+, CH4 e NH4+) emessi da un ca- Pesce
mino idrotermale? rosso

VEGETALI Orzo
1.7 Quanti alberi (schemi ramificati) possibili diversi
si possono disegnare per eubatteri, archei ed eucarioti,
Lombrico Loto
presumendo che derivino tutti da un antenato comune?
Alfalfa
Insetti
1.8 I geni dell’RNA ribosomiale sono altamente con- Fagiolo
servati (sono relativamente pochi i cambiamenti di se-
quenza) in tutti gli organismi terrestri; quindi si sono Molluschi bivalve
Chlamydomonas
evoluti molto lentamente. Forse i geni dell’RNA ribo- INVERTEBRATI
somiale sono “nati” perfetti? Nematode PROTOZOI

1.9 I geni che partecipano ai processi informazionali Paramecio


come replicazione, trascrizione e traduzione sono tra-
sferiti fra le specie molto meno spesso dei geni coinvol-
Figura P1.2 Albero filogenetico dei geni dell’emoglobina di
ti nel metabolismo. Le basi di questa diversità non sono varie specie (Problema 1.11). I legumi sono evidenziati in verde.
chiare al momento, ma un’ipotesi è che siano correla- Le lunghezze delle linee che connettono le specie presenti al
te alla sottostante complessità. I processi informazionali giorno d’oggi rappresentano la distanza evolutiva che le separa.
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
42 © 978-88-08-62126-9

esempio, quale aspetto prenderebbe l’albero filoge- tano evidenti quando si osservano i cambiamenti nelle
netico? sequenze proteiche che sono soggette a pressione selet-
tiva o ai cambiamenti nelle sequenze nucleotidiche non
1.12 La velocità dell’evoluzione sembra variare in li- codificanti, che non sono soggette a un’evidente pres-
nee diverse. Per esempio, la velocità di evoluzione della sione selettiva. Potete offrire una o più spiegazioni pos-
linea del ratto è significativamente maggiore di quella sibili della minore frequenza di cambiamenti evolutivi
della linea umana. Queste differenze di velocità diven- nella linea umana rispetto a quella del ratto?

BIBLIOGRAFIA
Generale Boucher Y, Douady CJ, Papke RT et al. (2003) Lateral gene transfer
Alberts B, Bray D, Hopkin K et al. (2014) Essential Cell Biology, and the origins of prokaryotic groups. Annu. Rev. Genet.
4a ed. New York: Garland Science. [Trad. it.: L’essenziale di 37, 283-328.
biologia della cellula, Zanichelli, Bologna 2015.] Cavicchioli R (2010) Archaea-timeline of the third domain. Nat.
Barton NH, Briggs DEG, Eisen JA et al. (2007) Evolution. Cold Rev. Microbiol. 9, 51-61.
Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Choudhuri S (2014) Bioinformatics for Beginners: Genes,
Darwin C (1859) On the Origin of Species. London: Murray. Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools,
[Trad. it.: L’origine della specie, Zanichelli, Bologna 2005. 1a ed. San Diego: Academic Press.
(Ristampa anastatica.)] Dixon B (1997) Power Unseen: How Microbes Rule the World.
Graur D e Li W-H (1999) Fundamentals of Molecular Evolution, Oxford:Oxford University Press.
2a ed. Sunderland, MA: Sinauer Associates. Handelsman J (2004) Metagenomics: applications of genomics
Madigan MT, Martinko JM, Stahl D et al. (2010) Brock Biology to uncultured microorganisms. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 68,
of Microorganisms, 13a ed. Menlo Park, CA: Benjamin- 669-685.
Cummings. [Trad. it.: Biologia dei microrganismi, Pearson, Kerr RA (1997) Life goes to extremes in the deep earth – and
Milano-Torino 2012.] elsewhere? Science 276, 703-704.
Margulis L e Chapman MJ (2009) Kingdoms and Domains: An Lee TI, Rinaldi NJ, Robert F et al. (2002) Transcriptional regulatory
Illustrated Guide to the Phyla of Life on Earth, 1a ed. San networks in Saccharomyces cerevisiae. Science 298, 799-804.
Diego: Academic Press. Olsen GJ e Woese CR (1997) Archaeal genomics: an overview.
Moore JA (1993) Science As a Way of Knowing. Cambridge, MA: Cell 89:991-994.
Harvard University Press. Williams TA, Foster PG, Cox CJ e Embley TM (2013) An archaeal
Moore JA (1972) Heredity and Development, 2a ed. New York: origin of eukaryotes supports only two primary domains of life.
Oxford University Press. (Free download at www.nap.edu) Nature 504, 231-235.
Yang Z (2014) Molecular Evolution: A Statistical Approach. Oxford: Woese C (1998) The universal ancestor. Proc. Natl Acad. Sci. USA
Oxford University Press. 95, 6854-6859.

Le caratteristiche universali delle cellule sulla L’informazione genetica negli eucarioti


Terra Adams MD, Celniker SE, Holt RA et al. (2000) The genome
Andersson SGE (2006) The bacterial world gets smaller. Science sequence of Drosophila melanogaster. Science 287,
314, 259-260. 2185-2195.
Brenner S, Jacob F e Meselson M (1961) An unstable intermediate Amborella Genome Project (2013) The Amborella genome and the
carrying information from genes to ribosomes for protein evolution of flowering plants. Science 342, 1241089.
synthesis. Nature 190, 576-581. Andersson SG, Zomorodipour A, Andersson JO et al. (1998) The
Deamer D e Szostak JW eds. (2010) The Origins of Life (Cold genome sequence of Rickettsia prowazekii and the origin of
Spring Harbor Perspectives in Biology). NY: Cold Spring Harbor mitochondria. Nature 396, 133-140.
Laboratory Press. The Arabidopsis Initiative (2000) Analysis of the genome sequence of
Gibson DG, Benders GA, Andrews-Pfannkoch C et al. (2008) the flowering plant Arabidopsis thaliana. Nature 408, 796-815.
Complete chemical synthesis, assembly, and cloning of a Carroll SB, Grenier JK e Weatherbee SD (2005) From DNA to
Mycoplasma genitalium genome. Science 319, 1215-1220. Diversity: Molecular Genetics and the Evolution of Animal
Glass JI, Assad-Garcia N, Alperovich N et al. (2006) Essential Design, 2a ed. Maldon, MA: Blackwell Science. [Trad. it.:
genes of a minimal bacterium. Proc. Natl Acad. Sci. USA 103, Dal DNA alla diversità: evoluzione molecolare del progetto
corporeo animale (edizione condotta sulla 1a ed. americana),
425-430.
Zanichelli, Bologna 2004.]
Harris JK, Kelley ST, Spiegelman GB et al. (2003) The genetic core
de Duve C (2007) The origin of eukaryotes: a reappraisal. Nat. Rev.
of the universal ancestor. Genome Res. 13, 407-413.
Genet. 8, 395-403.
Koonin EV (2005) Orthologs, paralogs, and evolutionary genomics.
Delsuc F, Brinkmann H e Philippe H (2005) Phylogenomics and the
Annu. Rev. Genet. 39, 309-338.
reconstruction of the tree of life. Nat. Rev. Genet. 6, 361-375.
Noller H (2005) RNA structure: reading the ribosome. Science
DeRisi JL, Iyer VR e Brown PO (1997) Exploring the metabolic and
309, 1508-1514.
genetic control of gene expression on a genomic scale. Science
Rinke C, Schwientek P, Sczyrba A et al. (2013) Insights into the 278, 680-686.
phylogeny and coding potential of microbial dark matter.
Gabriel SB, Schaffner SF, Nguyen H et al. (2002) The structure of
Nature 499, 431-437.
haplotype blocks in the human genome. Science 296, 2225-
Watson JD e Crick FHC (1953) Molecular structure of nucleic acids. 2229.
A structure for deoxyribose nucleic acid. Nature 171, 737-738.
Goffeau A, Barrell BG, Bussey H et al. (1996) Life with 6000 genes.
Science 274, 546-567.
La diversità dei genomi e l’albero della vita International Human Genome Sequencing Consortium (2001)
Blattner FR, Plunkett G, Bloch CA et al. (1997) The complete genome Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature
sequence of Escherichia coli K-12. Science 277, 1453-1474. 409, 860-921.
CAPITOLO 1 Cellule e genomi
© 978-88-08-62126-9 43

Keeling PJ e Koonin EV a cura di (2014) The Origin and Evolution Rine J (2014) A future of the model organism model. Mol. Biol. Cell
of Eukaryotes (Cold Spring Harbor Perspectives in Biology). 25, 549-553.
NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Rubin GM, Yandell MD, Wortman JR et al. (2000) Comparative
Lander ES (2011) Initial impact of the sequencing of the human genomics of the eukaryotes. Science 287, 2204-2215.
genome. Nature 470, 187-197. Shen Y, Yue F, McCleary D et al. (2012) A map of the cis-regulatory
Lynch M e Conery JS (2000) The evolutionary fate and sequences in the mouse genome. Nature 488, 116-120.
consequences of duplicate genes. Science 290, 1151-1155. The C. elegans Sequencing Consortium (1998) Genome sequence
National Center for Biotechnology Information. of the nematode C. elegans: a platform for investigating
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ biology. Science 282, 2012-2018.
Owens K e King MC (1999) Genomic views of human history. Tinsley RC e Kobel HR eds. (1996) The Biology of Xenopus. Oxford:
Science 286, 451-453. Clarendon Press.
Palmer JD e Delwiche CF (1996) Second-hand chloroplasts and the Tyson JJ, Chen KC e Novak B (2003) Sniffers, buzzers, toggles and
case of the disappearing nucleus. Proc. Natl Acad. Sci. USA blinkers: dynamics of regulatory and signaling pathways in the
93, 7432-7435. cell. Curr. Opin. Cell Biol. 15, 221-231.
Reed FA e Tishkoff SA (2006) African human diversity, origins and Venter JC, Adams MD, Myers EW et al (2001) The sequence of the
migrations. Curr. Opin. Genet. Dev. 16, 597-605. human genome. Science 291, 1304-1351.
CAPITOLO
Chimica
2 e bioenergetica
della cellula
• I componenti chimici di una
cellula
• La catalisi e l’uso di energia
da parte delle cellule
• Il modo in cui le cellule
A prima vista è difficile accettare l’idea che ciascuna creatura vivente sia
semplicemente un sistema chimico. L’incredibile diversità delle forme
viventi, il loro comportamento apparentemente determinato e la lo-
ro capacità di crescere e di riprodursi sembrano separarle dal mondo dei soli-
di, dei liquidi e dei gas che la chimica descrive normalmente. In effetti fino al
ottengono energia dal cibo XIX secolo si pensava che gli animali contenessero una Forza vitale – un’“a-
nima” – che era responsabile delle loro proprietà distintive.
Oggi sappiamo che non c’è niente negli organismi viventi che disobbedisce
alle leggi chimiche e fisiche.Tuttavia la chimica della vita è di un tipo speciale.
Per prima cosa, si basa in modo preponderante sui composti del carbonio, il
cui studio è noto come chimica organica. In secondo luogo, le cellule sono per
il 70% acqua e la vita dipende quasi esclusivamente da reazioni chimiche che
avvengono in soluzione acquosa.Terzo, e più importante, la chimica cellulare
è enormemente complessa: anche la chimica della cellula semplice è di gran
lunga più complicata di qualunque altro sistema chimico conosciuto. Sebbe-
ne le cellule abbiano al loro interno varie piccole molecole che contengono
carbonio, la maggior parte degli atomi di carbonio nelle cellule è incorpora-
ta in enormi molecole polimeriche, catene di subunità chimiche legate l’una
all’altra. Sono le proprietà uniche di queste macromolecole che permettono alle
cellule e agli organismi di crescere e di riprodursi, oltre a svolgere tutti gli al-
tri compiti che sono caratteristici della vita.
Figura 2.1 Gli elementi principali
nelle cellule, evidenziati nella
tavola periodica. Quando sono
ordinati in base al loro numero I componenti chimici di una cellula
atomico e disposti in questa maniera,
gli elementi sono disposti in colonne Gli organismi viventi sono costituiti solamente da una piccola frazione dei 92
verticali che mostrano caratteristiche elementi presenti in natura, quattro dei quali – carbonio (C), idrogeno (H),
simili. Gli atomi nella stessa colonna,
per poter riempire il guscio più esterno
azoto (N) e ossigeno (O) – rappresentano fino al 96,5% del peso di un orga-
devono guadagnare (o perdere) lo nismo (Figura 2.1). Gli atomi di questi elementi sono legati fra loro median-
stesso numero di elettroni e quindi si te legami covalenti per formare molecole (vedi Quadro 2.1 pp. 94-95). Poi-
comportano allo stesso modo nella ché i legami covalenti sono di norma 100 volte più forti dell’energia termica
formazione di legami covalenti o presente all’interno della cellula non vengono spezzati dai movimenti causati
ionici. Perciò, per esempio, Mg e Ca
tendono a cedere i due elettroni del
guscio più esterno. C, N, O
completano il loro secondo guscio numero atomico
condividendo elettroni. I quattro
elementi evidenziati in rosso 1

costituiscono il 99% del numero totale


H peso atomico He
1
di atomi presenti nel corpo umano. 5 6 7 8 9
Altri sette elementi, evidenziati in Li Be B C N O F Ne
11 12 14 16 19
azzurro, rappresentano insieme 11 12 14 15 16 17
circa lo 0,9% del totale. Gli elementi Na Mg Al Si P S Cl Ar
mostrati in verde sono necessari in 23 24 28 31 32 35
19 20 23 24 25 26 27 28 29 30 34
tracce per gli esseri umani. Resta da K Ca Sc V Cr Mn Fe Co Ni Cu Zn Ga Ge As Se Br
Ti Kr
chiarire se gli elementi mostrati in 39 40 51 52 55 56 59 59 64 65 79
giallo siano essenziali per gli esseri 42 53

umani. Sembra perciò che la chimica Rb Sr Y Zr Nb Mo Tc Ru Rh Pd Ag Cd In Sn Sb Te I Xe


96 127
della vita sia in modo predominante
la chimica degli elementi più leggeri. Cs Ba La Hf Ta W Re Os Ir Pt Au Hg Tl Pb Bi Po At Rn
I pesi atomici mostrati qui sono quelli
dell’isotopo più comune di ciascun Fr Ra Ac Rf Db
elemento.
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 45

idrolisi Figura 2.2 Alcune forme di


movimenti di ATP rottura del energia importanti per le cellule.
termici medi nella cellula legame C–C Una proprietà cruciale di ogni legame
– covalente o non covalente – è la sua
CONTENUTO
DI ENERGIA
forza. La forza di legame è misurata
(kJcal/mole) 1 10 100 1000 10 000 kJ dalla quantità di energia che deve
essere fornita per romperlo, espressa
legame non luce ossidazione completa sia in kilojoules per mole (kJ/mole) che
covalente nell’acqua verde del glucosio in chilocalorie per mole (kcal/mole).
Perciò se è necessaria un’energia di
100 kJ per rompere 6 3 1023 legami
di un tipo specifico (cioè, una mole
dall’energia termica stessa e normalmente vengono spezzati soltanto durante di questi legami), allora la forza del
reazioni chimiche specifiche con altri atomi e molecole. Due molecole diverse legame è di 100 kJ/mole. Si noti che
possono essere tenute insieme da legami non covalenti, che sono molto più de- queste energie sono confrontate su
scala logaritmica. Forze e lunghezze
boli (Figura 2.2).Vedremo più avanti che i legami non covalenti sono impor- tipiche delle principali classi di legami
tanti nelle numerose situazioni in cui molecole devono associarsi e dissociarsi chimici sono riportate nella Tabella 2.1.
rapidamente per svolgere le loro funzioni biologiche. Un joule (J) è la quantità di energia
necessaria per muovere un oggetto
■ L’acqua è tenuta insieme da legami idrogeno per una distanza di un metro contro
la forza di un Newton. Questa misura
dell’energia deriva dalle unità SI
Le reazioni intracellulari avvengono in un ambiente acquoso. La vita sulla Terra (Système Internationale d’Unitès)
è incominciata nell’oceano e le condizioni dell’ambiente primordiale hanno usato universalmente dagli scienziati.
lasciato un segno permanente sulla chimica degli esseri viventi. La vita perciò Una seconda unità di misura per
dipende dalle proprietà dell’acqua, che sono riassunte nel Quadro 2.2, pp. 96-97. l’energia, spesso usata dai biologi
cellulari, è la chilocaloria (kcal); una
In ciascuna molecola d’acqua (H2O) i due atomi di H sono uniti all’atomo caloria è la quantità necessaria di
di O da legami covalenti. I due legami sono altamente polari poiché l’O ha una energia per alzare la temperatura di
forte attrazione per gli elettroni, mentre l’H ha solo una debole attrazione. Di un grammo di acqua di 1 °C. Un kJ
conseguenza c’è una distribuzione ineguale di elettroni in una molecola d’ac- è equivalente a 0,239 kcal (1 kcal =
4,18 kJ).
qua, con una preponderanza di carica positiva sui due atomi di H e di carica
negativa sull’atomo di O. Quando una regione carica positivamente di una
molecola d’acqua (cioè uno dei suoi atomi di H) si trova vicina a una regione
carica negativamente (cioè l’atomo di O) di una seconda molecola d’acqua,
l’attrazione elettrica fra di esse può portare a un legame idrogeno. Questi lega-
mi sono molto più deboli dei legami covalenti e vengono facilmente spezzati
dai movimenti termici casuali dovuti all’energia di calore delle molecole, così
che ogni legame ha una durata breve. Ma l’effetto combinato di molti legami
deboli può essere profondo. Ciascuna molecola d’acqua può formare legami
idrogeno tramite i suoi due atomi di H con altre due molecole d’acqua, pro-
ducendo una rete in cui i legami idrogeno si formano e si spezzano in conti-
nuazione. È soltanto per i legami idrogeno che uniscono le sue molecole che
l’acqua è un liquido a temperatura ambiente, con un punto di ebollizione al-
to e un’alta tensione superficiale, invece di essere un gas.
Le molecole, come gli alcol, che contengono legami polari e che possono
formare legami idrogeno con l’acqua si sciolgono facilmente in acqua. Le mo-
lecole che trasportano cariche positive o negative (ioni) interagiscono anch’esse
in modo favorevole con l’acqua. Queste molecole sono dette idrofiliche, che
significa che amano l’acqua. Una grossa proporzione delle molecole nell’am-
biente acquoso di una cellula fa necessariamente parte di questa categoria,
compresi zuccheri, DNA, RNA e la maggioranza delle proteine. Le molecole
idrofobiche (che odiano l’acqua), invece, non sono cariche e formano pochi,
o nessuno, legami idrogeno e quindi non si sciolgono in acqua. Gli idrocarburi
ne sono un esempio importante. In queste molecole gli atomi di H sono legati
covalentemente ad atomi di C da un legame in larga misura non polare perciò
non possono formare legami idrogeno efficaci con altre molecole (vedi Quadro
2.2 pp. 96-97). Ciò rende gli idrocarburi idrofobici nel loro insieme, una pro-
prietà che viene sfruttata nelle cellule, le cui membrane sono costituite da mo-
lecole che hanno lunghe code idrocarburiche, come vedremo nel Capitolo 10.

■ Quattro tipi di interazioni non covalenti aiutano a unire


tra loro le molecole nelle cellule

In biologia molto dipende dal legame specifico di molecole diverse fra lo-
ro, legame causato da tre tipi di legami non covalenti: attrazioni elettro-
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
46 © 978-88-08-62126-9

Figura 2.3 Rappresentazione schematica del modo in cui due macromolecole


con superfici complementari possono legarsi strettamente l’una all’altra tramite
interazioni non covalenti. I legami chimici non covalenti hanno una forza di legame
che è meno di 1/20 di quella di un legame covalente. Essi sono in grado di dare origine
a un legame solido solo quando si formano in gran numero simultaneamente. Sebbene
qui siano illustrate solamente interazioni elettrostatiche, in realtà, tutte e quattro le forze
covalenti spesso contribuiscono a tenere insieme due macromolecole (Filmato 2.1 ).

statiche (legami ionici), legami idrogeno e attrazioni di van der Wa-


als e da un quarto fattore che può spingere insieme le molecole: la forza
idrofobica. Le proprietà dei quattro tipi di legami non covalenti sono pre-
sentate nel Quadro 2.3 (pp. 98-99). Sebbene ciascuna singola attrazione non
covalente sia decisamente troppo debole per essere efficace in confronto ai
movimenti termici, la loro energia si può sommare per creare una notevole
forza tra due molecole separate. Quindi insiemi di attrazioni non covalen-
ti spesso permettono alle superfici complemetari di due macromolecole di
restare unite (Figura 2.3).
La Tabella 2.1 mette a confronto la forza di un legame non covalente con
quella di un tipico legame covalente, sia in presenza che in assenza di acqua.
Si noti che, formando interazioni che competono con quelle delle molecole
coinvolte, l’acqua riduce grandemente la forza sia delle attrazioni elettrostati-
che che dei legami idrogeno.
La struttura di un tipico legame idrogeno è illustrata nella Figura 2.4. Que-
sto legame rappresenta una forma speciale di interazione polare in cui un ato-
mo di idrogeno elettropositivo è parzialmente condiviso da due atomi elettro-
negativi. Questo idrogeno può essere visto come un protone che si è dissocia-
to parzialmente da un atomo donatore, permettendone così la condivisione
da parte di un secondo atomo accettore. A differenza di una tipica interazio-
ne elettrostatica, questo legame è altamente direzionale, ed è più forte quan-
do tutti e tre gli atomi coinvolti si trovano sulla stessa retta.
Il quarto effetto che ha spesso un ruolo importante nell’unire fra loro mo-
lecole nell’acqua non è, in senso stretto, un legame. Tuttavia una forza idro-
fobica molto importante è causata dal fatto che le superfici non polari sono
spinte fuori dalla rete di acqua legata da legami idrogeno, nella quale interfe-
(A) legame idrogeno lungo circa 0,3 nm rirebbero fisicamente con le interazioni altamente favorevoli fra le molecole
atomo atomo d’acqua. Poiché unire due superfici qualunque non polari riduce il loro con-
donatore accettore tatto con l’acqua, la forza è in questo senso non specifica. Nonostante ciò, ve-
N H O
dremo nel Capitolo 3 che le forze idrofobiche hanno un ruolo centrale nel
ripiegamento appropriato delle molecole proteiche.
legame covalente
lungo circa 0,1 nm
■ Alcune molecole polari in acqua formano acidi e basi

(B) Una delle specie più semplici di reazioni chimiche, e che ha un significato
O H O profondo nelle cellule, avviene quando una molecola che possiede un lega-
me covalente altamente polare fra un atomo di idrogeno e un secondo ato-
O H O mo si scioglie in acqua. L’atomo di idrogeno in una molecola di questo tipo
O H N ha in gran parte ceduto il suo elettrone all’atomo compagno e quindi assomi-
glia a un nucleo di idrogeno carico positivamente quasi nudo: in altre parole,
N H O
+
N H O TABELLA 2.1 Legami chimici covalenti e non covalenti
Forza (kJ/mole)**
N H N
atomo atomo Tipo di legame Lunghezza (nm) nel vuoto in acqua
donatore accettore
Covalente 0,15 377 (90) 377 (90)
Figura 2.4 Legami idrogeno. Non covalente ionico* 0,25 335 (80) 12,6 (3)
(A) Modello a palle e bastoncini di un
tipico legame idrogeno. La distanza idrogeno 0,30 16,7 (4) 4,2 (1)
fra l’atomo di idrogeno e quello di attrazione 0,35 0,4 (0,1) 0,4 (0,1)
ossigeno qui è minore della somma di van der Waals
dei loro raggi di van der Waals, il che (per atomo)
indica una parziale condivisione di
elettroni. (B) I legami idrogeno più *Un legame ionico è un’attrazione elettrostatica fra due atomi completamente carichi. **I valori in
comuni nelle cellule. parentesi sono in kcal/mole. 1 kJ = 0,239 kcal e 1kcal = 4,18 kJ.
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 47

O H O H
CH3 C + O CH3 C + H O
+
O H H O H
δ– δ+

acido acetico acqua ione ione


acetato idronio
(A)

H H
O H O O H + O
H H il protone H + H
si muove + –
H2O H2O da una H3O OH
molecola
all’altra ione ione
(B) idronio ossidrilico

Figura 2.5 I protoni si muovono velocemente in soluzioni acquose. (A) La reazione


che avviene quando una molecola di acido acetico si scioglie in acqua. A pH 7, quasi
tutto l’acido acetico è presente come ione acetato. (B) Le molecole d’acqua scambiano
continuamente protoni fra di loro per formare ioni idronio e ossidrilici. Questi ioni a loro
volta si ricombinano rapidamente per formare molecole d’acqua.

un protone (H+). Quando la molecola polare viene circondata da molecole


d’acqua, il protone viene attratto dalla carica negativa parziale dell’atomo di
ossigeno di una molecola d’acqua adiacente e si può dissociare dal partner ori-
ginale per associarsi invece all’atomo di ossigeno della molecola d’acqua per
generare uno ione idronio (H3O1) (Figura 2.5A). Anche la reazione inversa
avviene molto prontamente, così che si deve immaginare uno stato di equili-
brio in cui miliardi di protoni costantemente passano in modo rapido da una
molecola in soluzione a un’altra.
Le sostanze che rilasciano protoni per formare H3O+ quando si sciolgo-
no in acqua sono dette acidi. Più alta è la concentrazione di H3O+, più acida
è la soluzione. H3O+ è presente anche nell’acqua pura a una concentrazione
di 10–7 M, come risultato del movimento di protoni da una molecola d’acqua
all’altra (Figura 2.5B). Per convenzione, la concentrazione di H3O+ viene in
genere riferita come concentrazione di H+, anche se quasi tutto l’H+ in una
soluzione acquosa è presente come H3O+. Per evitare l’uso di numeri poco
maneggevoli, la concentrazione di H+ è espressa utilizzando una scala logarit-
mica chiamata scala di pH. L’acqua pura ha un pH di 7,0 ed è neutra, cioè
non è né acida (pH < 7,0) né basica (pH > 7,0).
Gli acidi sono caratterizzati dall’essere forti o deboli e ciò dipende da quan-
to facilmente essi cedono i loro protoni all’acqua. Gli acidi forti, come l’acido
cloridrico (HCl), perdono velocemente i loro protoni. L’acido acetico invece
è un acido debole perché quando viene sciolto in acqua trattiene i suoi pro-
toni più saldamente. Molti degli acidi importanti nella cellula – come le mo-
lecole che contengono un gruppo carbossilico (COOH) – sono acidi deboli
(Si veda il Quadro 2.2, pp. 96-97).
Poiché il protone di uno ione idronio può essere passato facilmente a mol-
ti tipi di molecole nelle cellule, alterandone le caratteristiche, la concentrazio-
ne di H3O+ all’interno di una cellula (acidità) deve essere rigidamente rego-
lata. Gli acidi – specialmente gli acidi deboli - perderanno i loro protoni più
facilmente se la concentrazione di H3O+ in soluzione è bassa e tenderanno a
riacquistarli se la concentrazione in soluzione è alta.
L’opposto di un acido è una base. Qualunque molecola capace di accet-
tare un protone da una molecola d’acqua viene chiamata base. L’idrossido di
sodio (NaOH) è basico (o alcalino) perché in soluzione acquosa si dissocia ve-
locemente per formare ioni Na+ e OH–. A causa di questa proprietà l’idros-
sido di sodio è definito una base forte. Tuttavia, nelle cellule viventi sono più
importanti le basi deboli, quelle che hanno una tendenza debole ad accetta-
re protoni dall’acqua in maniera reversibile. Molte molecole biologicamen-
te importanti contengono un gruppo amminico (NH2). Questo gruppo è
una base debole che può generare OH– prendendo un protone dall’acqua:
–NH2 + H2O n –NH3+ + OH– (vedi Quadro 2.2, pp. 96-97).
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
48 © 978-88-08-62126-9

Poiché uno ione OH– si combina con uno ione H3O+ per formare due
molecole di acqua, un aumento nella concentrazione di OH– forza una dimi-
nuzione nella concentrazione di H3O+, e viceversa. Una soluzione pura di ac-
qua contiene una uguale concentrazione (10–7 M) di entrambi gli ioni, ren-
dendola neutra. Anche l’interno di una cellula è mantenuto vicino alla neu-
tralità grazie alla presenza di tamponi: acidi e basi deboli che possono rila-
sciare o acquisire protoni vicino a pH 7 mantenendo l’ambiente della cellula
relativamente costante in varie condizioni.

■ Una cellula è formata da composti del carbonio

Dopo aver osservato i modi in cui gli atomi si combinano in piccole molecole
e il modo in cui queste molecole si comportano in un ambiente acquoso, esa-
miniamo ora le classi principali di piccole molecole che si trovano nelle cel-
lule. Vedremo che poche categorie base di molecole, formate da una mancia-
ta di elementi diversi, danno origine a tutta la straordinaria ricchezza di for-
me e di comportamenti mostrati dagli esseri viventi.
Ad eccezione dell’acqua e degli ioni inorganici come il potassio, quasi tutte
le molecole di una cellula si basano sul carbonio. Il carbonio spicca fra gli altri
elementi per la sua capacità di formare grosse molecole; il silicio è secondo a
distanza. Poiché è piccolo e ha quattro elettroni e quattro spazi vuoti nel suo
guscio più esterno, un atomo di carbonio può formare quattro legami cova-
lenti con altri atomi. Cosa più importante, un atomo di carbonio può unirsi
ad altri atomi di carbonio tramite legami covalenti altamente stabili C–C per
formare catene e anelli e quindi generare molecole grandi e complesse senza
limiti evidenti alle loro dimensioni. I composti grandi e piccoli di carbonio
formati dalle cellule sono chiamati molecole organiche, invece, tutte le altre mo-
lecole, inclusa l’acqua, sono definite inorganiche.
Certe combinazioni di atomi, come il metile (–CH3), l’ossidrile (–OH),
il carbossile (–COOH), il carbonile (–C=O), il fosfato (–PO32–), il sulfidrile
(–SH) e i gruppi amminici (–NH2), si trovano con frequenza nelle molecole
prodotte dalle cellule. Ciascuno di questi gruppi chimici ha proprietà chi-
miche e fisiche distinte che influenzano il comportamento della molecola in
cui il gruppo si trova. I gruppi chimici più comuni e alcune delle loro pro-
prietà sono riassunti nel Quadro 2.1, pp. 94-95.

■ Le cellule contengono quattro famiglie principali di piccole


molecole organiche

Le piccole molecole organiche della cellula sono composti basati sul carbonio
che hanno pesi molecolari variabili fra 100 e 1000 e contengono fino a circa
30 atomi di carbonio. In genere si trovano libere in soluzione e hanno mol-
ti destini diversi. Alcune sono usate come subunità monomeriche per costruire
polimeri giganti, le macromolecole: le proteine, gli acidi nucleici e i grandi poli-
saccaridi. Altre agiscono da fonti di energia e vengono demolite e trasforma-
te in altre piccole molecole in un labirinto di vie metaboliche intracellulari.
Molte piccole molecole hanno più di un ruolo nella cellula: per esempio, agi-
scono sia da subunità potenziali per una macromolecola che da fonte di ener-
gia. Le piccole molecole organiche sono molto meno abbondanti delle ma-
cromolecole organiche, e assommano soltanto a un decimo della massa totale
di materia organica in una cellula. Approssimativamente, in una cellula tipica
ci sono circa mille specie diverse di queste piccole molecole.
Tutte le molecole organiche sono sintetizzate a partire dalla stessa serie
di piccoli composti nei quali vengono anche demolite. Come conseguenza
i composti presenti in una cellula sono correlati chimicamente e la maggior
parte può essere classificata in un piccolo numero di famiglie distinte. In ter-
mini generali le cellule contengono quattro famiglie principali di piccole mo-
lecole organiche: gli zuccheri, gli acidi grassi, i nucleotidi e gli amminoacidi (Figu-
ra 2.6). Sebbene molti composti presenti nelle cellule non rientrino in queste
categorie, queste quattro famiglie di piccole molecole organiche, insieme alle
macromolecole costruite legandole insieme in lunghe catene, formano gran
parte della massa cellulare.
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 49

CH2OH
C O unità da costruzione unità più grandi
H OH H della cellula della cellula
H +
C C H3N C COO ZUCCHERI POLISACCARIDI
OH H
HO H ACIDI GRASSI GRASSI, LIPIDI, MEMBRANE
C C CH3
H OH AMMINOACIDI PROTEINE

UNO ZUCCHERO UN AMMINOACIDO NUCLEOTIDI ACIDI NUCLEICI

H H H H H H H H H H H H H H O
H C C C C C C C C C C C C C C C
_
H H H H H H H H H H H H H H O
UN ACIDO GRASSO

NH2

N
N
O O O
–O N N
P O P O P O CH2
O
O– O– O–

OH OH
UN NUCLEOTIDE

Gli amminoacidi e le proteine da essi formate saranno il soggetto del Ca- Figura 2.6 Le quattro famiglie
pitolo 3. Un riassunto delle strutture e delle proprietà delle rimanenti tre fa- principali di piccole molecole
organiche nelle cellule. Queste
miglie – zuccheri, grassi e nucleotidi – è presentato nei Quadri 2.4, 2.5 e 2.6 ri- piccole molecole formano le unità
spettivamente (vedi pp. 100-105). da costruzione monomeriche, o
subunità, della maggior parte delle
■ La chimica delle cellule è dominata da macromolecole macromolecole e di altri complessi
con proprietà notevoli cellulari. Alcune, come gli zuccheri
e gli acidi grassi, sono anche fonte
di energia. Le loro strutture sono qui
In peso le macromolecole sono le più abbondanti fra le molecole che con- schematizzate e riportate in maggior
tengono carbonio in una cellula vivente (Figura 2.7). Esse sono le principa- dettaglio nei quadri alla fine di questo
li unità di cui è costituita una cellula e anche i componenti che conferiscono capitolo e nel Capitolo 3.
le proprietà più distintive degli esseri viventi. Le macromolecole delle cellule
sono polimeri costruiti unendo covalentemente piccole molecole organiche
(chiamate monomeri) in lunghe catene (Figura 2.8), e hanno molte proprietà
notevoli, che non potevano essere previste in base ai loro semplici costituenti.
Le proteine sono abbondanti e incredibilmente versatili e svolgono mi-
gliaia di funzioni diverse nelle cellule. Molte proteine servono da enzimi, i ca-
talizzatori che dirigono il grande numero di reazioni di formazione e rottu-

ioni inorganici (1%)


cellula piccole molecole (3%)
batterica
fosfolipidi (2%)
30% DNA (1%)
composti
chimici RNA (6%)
Figura 2.7 La distribuzione
VOLUME delle molecole nelle cellule.
MACROMOLECOLE La composizione approssimativa di
CELLULARE
DI una cellula batterica è mostrata in
2 × 10–12 cm3 70% peso. La composizione di una cellula
proteine (15%)
H2O animale è simile, sebbene il suo
volume sia approssimativamente
1000 maggiore. Si noti che le
macromolecole dominano. Fra i
polisaccaridi (2%) principali ioni inorganici ci sono Na+,
K+, Mg2+, Ca2+ e Cl–.
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
50 © 978-88-08-62126-9

SUBUNITÀ MACROMOLECOLE ra di legami covalenti di cui la cellula ha bisogno. Gli enzimi catalizzano tutte
le reazioni tramite le quali le cellule estraggono energia dalle molecole di ci-
bo; per esempio, un enzima chiamato ribulosio bifosfato carbossilasi conver-
zucchero polisaccaride
te CO2 in zuccheri negli organismi fotosintetici, producendo la maggior par-
te della materia organica necessaria per la vita sulla Terra. Altre proteine sono
amminoacido proteina usate per costruire componenti strutturali, come la tubulina, una proteina che
si autoassembla per produrre i lunghi microtubuli della cellula, o gli istoni,
proteine che compattano il DNA nei cromosomi. Altre proteine ancora agi-
nucleotide acido nucleico scono da motori molecolari per produrre forza e movimento, come nel ca-
so della miosina del muscolo. Le proteine svolgono anche varie altre funzioni
Figura 2.8 Tre famiglie di
macromolecole. Ciascuna è un ed esamineremo le basi molecolari di molte di esse più avanti in questo libro.
polimero formato da piccole molecole Sebbene siano diverse nei dettagli per proteine, acidi nucleici e polisacca-
(chiamate monomeri o subunità) unite ridi, le reazioni chimiche che aggiungono subunità a ciascun polimero hanno
insieme da legami covalenti. importanti caratteristiche in comune. Ciascun polimero cresce per l’aggiun-
ta di un monomero all’estremità di un polimero in crescita in una reazione di
condensazione, in cui una molecola d’acqua viene persa ogni volta che viene
aggiunta una subunità (Figura 2.9). La polimerizzazione in passaggi successi-
vi di monomeri in una lunga catena è un modo semplice per costruire una
grossa molecola complessa, poiché le subunità sono aggiunte nella stessa rea-
zione ripetuta in continuazione dalla stessa serie di enzimi. A parte alcuni po-
lisaccaridi, la maggior parte delle macromolecole è costituita da una serie di
monomeri che sono leggermente diversi l’uno dall’altro, per esempio, i 20 di-
versi amminoacidi da cui sono costituite le proteine. Per la vita è cruciale che
la catena polimerica non sia assemblata a caso a partire da queste subunità; le
subunità sono invece aggiunte in un ordine particolare, o sequenza. I mecca-
nismi elaborati che permettono agli enzimi di farlo sono descritti in detta-
glio nei Capitoli 5 e 6.

■ Legami non covalenti specificano sia la forma precisa


di una macromolecola che il suo legame con altre molecole

La maggior parte dei legami covalenti in una macromolecola permette la rota-


zione degli atomi che essi uniscono, così che la catena polimerica abbia grande
flessibilità. In linea di principio ciò permette a una macromolecola di adottare
un numero quasi illimitato di forme, o conformazioni, quando l’energia termi-
ca casuale fa contorcere e ruotare la catena polimerica.Tuttavia le forme del-
la maggior parte delle macromolecole biologiche sono molto limitate a causa
dei numerosi legami non covalenti deboli che si formano fra parti diverse della
stessa molecola. Se questi legami non covalenti si formano in numero suffi-
ciente, la catena polimerica può preferire fortemente una conformazione par-
ticolare, determinata dalla sequenza lineare dei monomeri della sua catena. La
maggior parte delle molecole proteiche e delle molecole di RNA molto pic-
cole che si trovano nelle cellule si ripiegano strettamente in una conforma-
zione nettamente preferita (Figura 2.10).
I quattro tipi di interazioni non covalenti importanti nelle molecole bio-
logiche sono stati descritti in precedenza in questo capitolo e sono discussi
ulteriormente nel Quadro 2.3 (pp. 98-99). Queste interazioni, oltre a ripiega-
re macromolecole biologiche in forme uniche, possono anche sommarsi per
creare una forte attrazione fra due molecole diverse (vedi Figura 2.3). Questa
forma di interazione molecolare fornisce una grande specificità, in quanto i
contatti in molteplici punti necessari per un legame forte rendono possibile a
una macromolecola di scegliere – tramite il legame – soltanto uno delle molte
Figura 2.9 La condensazione e migliaia di altri tipi di molecole presenti in una cellula. Inoltre, poiché la for-
l’idrolisi come reazioni opposte.
Le macromolecole delle cellule
sono polimeri formati da subunità
(o monomeri) per mezzo di una
reazione di condensazione e che H2O H2O
sono scissi in monomeri mediante
idrolisi. Le reazioni di condensazione
sono energeticamente sfavorevoli; A H + HO B A B A H + HO B
per questo motivo la formazione di CONDENSAZIONE IDROLISI
polimeri richiede energia, come verrà energeticamente energeticamente
descritto nel testo. sfavorevole favorevole
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 51

Figura 2.10 Le proteine e le


molecole di RNA si ripiegano in
una sola struttura tridimensionale
particolarmente stabile, o
conformazione. Se i legami non
covalenti che mantengono questa
conformazione stabile vengono
rotti, la molecola diventa una catena
flessibile che perde la sua attività
biologica.

molte conformazioni una conformazione


instabili ripiegata stabile

za del legame dipende dal numero dei legami non covalenti che si formano,
sono possibili interazioni quasi con qualunque grado di affinità, permettendo
quando è necessario una rapida dissociazione.
Come vedremo in seguito, legami di questo tipo sono alla base di tutte le
catalisi biologiche, rendendo possibile alle proteine di svolgere la funzione di
enzimi. Inoltre le interazioni non covalenti permettono anche alle macromo-
lecole di essere usate come unità da costruzione per la formazione di strut-
ture più grandi, formando così macchinari complicati con molteplici parti in
movimento che svolgono compiti complessi come la replicazione del DNA
e la sintesi proteica (Figura 2.11).

SOMMARIO Gli organismi viventi sono sistemi chimici autonomi capaci di


autopropagarsi. Essi sono costituiti da una serie caratteristica e limitata di piccole
molecole basate sul carbonio che sono essenzialmente le stesse per ogni specie
vivente. Ciascuna di queste molecole è composta da una piccola serie di atomi uniti
fra loro in una configurazione precisa da legami covalenti. Le categorie principali
sono zuccheri, acidi grassi, amminoacidi e nucleotidi. Gli zuccheri sono una fonte
primaria di energia chimica per le cellule e possono essere incorporati in polisaccaridi
per conservare energia. Anche gli acidi grassi sono importanti per la conservazione
dell’energia, ma la loro funzione più cruciale è la formazione delle membrane
cellulari. Polimeri consistenti di amminoacidi costituiscono le macromolecole
notevolmente diverse e versatili note come proteine. I nucleotidi hanno un ruolo
centrale nel trasferimento di energia e sono anche le subunità di cui sono fatte le
macromolecole informazionali, RNA e DNA.

SUBUNITÀ MACROMOLECOLE COMPLESSI


legami legami MACROMOLECOLARI
covalenti non covalenti

ad esempio, zuccheri,
amminoacidi e nucleotidi
30 nm
ad esempio, proteine
globulari e RNA ad esempio, ribosoma

Figura 2.11 Piccole molecole si legano covalentemente approssimativamente in scala. I ribosomi sono una parte
a formare macromolecole che a loro volta si assemblano centrale del macchinario che la cellula usa per produrre
mediante legami non covalenti a formare grandi proteine: ciascun ribosoma è formato da un complesso di circa
complessi. Piccole molecole, proteine e un ribosoma disegnati 90 macromolecole (molecole di proteine e di RNA).
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
52 © 978-88-08-62126-9

La maggior parte della massa secca di una cellula consiste di macromolecole che
sono state prodotte come polimeri lineari di amminoacidi (proteine) o di nucleotidi
(DNA e RNA), uniti covalentemente fra loro in un preciso ordine. La maggior parte
delle molecole proteiche e molti degli RNA si ripiegano in una conformazione unica
che dipende dalla loro sequenza di subunità. Questo processo di ripiegamento crea
superfici peculiari e dipende da una grande serie di interazioni deboli prodotte
da forze non covalenti fra gli atomi. Queste forze sono di quattro tipi: attrazioni
elettrostatiche, legami idrogeno, attrazioni di van der Waals e un’interazione fra
gruppi non polari causata dalla loro espulsione idrofobica dall’acqua. La stessa serie
di forze deboli governa l’attacco specifico di altre molecole alle macromolecole,
rendendo possibile la miriade di associazioni fra molecole biologiche che producono
la struttura e la chimica di una cellula. ●

La catalisi e l’uso di energia da parte


delle cellule
Una proprietà degli esseri viventi in particolare li fa sembrare quasi miraco-
losamente diversi dalla materia non vivente: essi creano e mantengono ordine
in un universo che tende sempre al maggior disordine (Figura 2.12). Per crea-
re questo ordine le cellule di un organismo vivente devono svolgere una serie
ininterrotta di reazioni chimiche. In alcune di queste reazioni piccole mole-
cole organiche – amminoacidi, zuccheri, nucleotidi e lipidi – vengono demo-
lite o modificate per produrre tutte le altre piccole molecole che la cellula ri-
chiede. In altre reazioni queste piccole molecole vengono usate per costruire
una gamma enormemente diversificata di proteine, acidi nucleici e altre ma-
cromolecole che conferiscono ai sistemi viventi tutte le loro caratteristiche
più distintive. Ciascuna cellula può essere vista come una minuscola fabbrica
chimica, che svolge milioni di reazioni al secondo.

■ Il metabolismo cellulare • organizzato da enzimi

Le reazioni chimiche svolte da una cellula avverrebbero normalmente sol-


tanto a temperature molto più alte di quelle esistenti all’interno delle cellule.
Per questa ragione ciascuna reazione richiede una spinta specifica in termini
di reattività chimica. Questa necessità è cruciale, perché permette alla cellu-
la di controllare ciascuna reazione. Il controllo è esercitato tramite catalizzato-
ri biologici specializzati. Questi sono quasi sempre proteine chiamate enzimi,
sebbene esistano anche RNA con funzione di catalizzatore chiamati ribozimi.
Ciascun enzima accelera, o catalizza, soltanto uno dei molti tipi possibili di
reazioni cui una particolare molecola potrebbe andare incontro. Le reazioni

(A) (B) (C) (D) (E)


20 nm 50 nm 10 µm 0,5 mm 20 mm

Figura 2.12 Le strutture biologiche sono altamente di uno spermatozoo; (C) contorni della superficie di un grano
ordinate. Negli organismi viventi si possono trovare a ogni di polline (una singola cellula); (D) sezione trasversale di fusto
livello di organizzazione schemi spaziali ben definiti, elaborati e di felce che mostra la disposizione regolare delle cellule;
belli. In ordine di dimensioni crescenti: (A) molecole proteiche (E) disposizione a spirale delle foglie di una pianta grassa.
nel rivestimento di un virus (un parassita che, sebbene (A, per gentile concessione di R.A. Grant e J.M. Hogle; B, per
tecnicamente non sia un organismo vivente, contiene lo stesso gentile concessione di Lewis Tilney; C, per gentile concessione
tipo di molecole trovate nelle cellule viventi; (B) la disposizione di Colin MacFarlane e Chris Jeffree; D, per gentile concessione
regolare di microtubuli visti in una sezione trasversale della coda di Jim Haseloff.)
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 53

molecola molecola molecola molecola molecola molecola ABBREVIATE COME


A B C D E F
catalisi catalisi catalisi catalisi catalisi
da parte da parte da parte da parte da parte
dell’enzima 1 dell’enzima 2 dell’enzima 3 dell’enzima 4 dell’enzima 5

catalizzate da enzimi sono di solito connesse in serie, così che il prodotto di Figura 2.13 Il modo in cui una
una reazione diventa il materiale di partenza, o substrato, di quella successiva serie di reazioni catalizzate da
enzimi genera una via metabolica.
(Figura 2.13). Queste lunghe vie lineari di reazioni sono a loro volta collegate Ciascun enzima catalizza una
fra loro, formando un labirinto di reazioni interconnesse che rendono la cel- particolare reazione chimica, che lascia
lula capace di sopravvivere, crescere e riprodursi. l’enzima immutato. In questo esempio
Due flussi opposti di reazioni chimiche si verificano nelle cellule: (1) le vie un gruppo di enzimi che agisce in serie
cataboliche demoliscono il cibo in molecole più piccole, generando così sia una converte la molecola A nella molecola
F, formando una via metabolica. (Per
forma utile di energia per la cellula che alcune delle piccole molecole di cui un diagramma di molte delle reazioni
la cellula ha bisogno come unità da costruzione; (2) le vie anaboliche, o biosin- che avvengono in una cellula umana,
tetiche, usano l’energia imbrigliata dal catabolismo per spingere la sintesi delle abbreviate come mostrato, vedi Figura
molte altre molecole che formano la cellula. Insieme queste due serie di rea- 2.63.)
zioni costituiscono il metabolismo della cellula (Figura 2.14).
Molti dettagli del metabolismo cellulare costituiscono il soggetto tradi-
zionale della biochimica e non ci riguardano. Ma i principi generali in base ai
quali le cellule ottengono energia dall’ambiente e la usano per creare ordine
sono fondamentali per la biologia cellulare. Iniziamo con una discussione sul
motivo per cui un apporto costante di energia è necessario per sostenere gli
organismi viventi.

■ L’ordine biologico è reso possibile dal rilascio di energia


sotto forma di calore dalle cellule

La tendenza universale delle cose a diventare disordinate è espressa in una leg-


ge fondamentale della fisica – la seconda legge della termodinamica – secondo la
quale nell’universo, o in qualunque sistema isolato (un insieme di materia che
è completamente isolato dal resto dell’universo), il grado di disordine può sol-
tanto aumentare. Questa legge ha implicazioni così profonde per tutti gli es-
seri viventi che vale la pena di enunciarla in diversi modi.
Per esempio, possiamo presentare la seconda legge in termini di probabili-
tà e dire che i sistemi cambieranno spontaneamente verso quelle disposizioni
che presentano il maggior grado di probabilità. Se consideriamo, per esempio,
una scatola contenente 100 monete tutte con la testa rivolta verso l’alto, una
serie di urti che scuota la scatola tenderà a mutare la disposizione verso una
miscela di 50 teste e 50 croci. La ragione è semplice: vi è un numero enor-
me di disposizioni possibili delle singole monete che può portare al risultato

molecole le molte molecole


di cibo che formano la cellula

Figura 2.14 Rappresentazione


forme schematica della relazione fra
utili di vie cataboliche e anaboliche nel
VIE energia VIE
CATABOLICHE ANABOLICHE metabolismo. Come suggerito qui,
+ una porzione importante dell’energia
calore conservata nei legami chimici delle
perso molecole di cibo è dissipata come
calore. Inoltre, la massa di cibo
richiesta da un organismo che deriva
tutta la sua energia dal catabolismo
è molto maggiore della massa delle
le molte unità da costruzione molecole che possono essere prodotte
per le biosintesi dall’anabolismo.
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
54 © 978-88-08-62126-9

Figura 2.15 Un esempio nella REAZIONE “SPONTANEA”


vita di tutti i giorni del processo come passa il tempo
spontaneo verso il disordine.
Invertire questa tendenza verso
il disordine richiede uno sforzo
intenzionale e un apporto di
energia: non è spontaneo. In effetti,
in base alla seconda legge della
termodinamica, possiamo essere
certi che l’intervento umano richiesto
rilascerà verso l’ambiente più calore
di quello necessario a compensare il
riordino degli oggetti in questa stanza.

SFORZO ORGANIZZATO CHE RICHIEDE APPORTO DI ENERGIA

50-50, ma soltanto una possibile disposizione che tiene tutte le monete orien-
tate con la testa verso l’alto. Poiché la disposizione 50-50 è perciò la più pro-
babile, noi diciamo che è la più “disordinata”. Per la stessa ragione, è un’espe-
rienza comune che lo spazio in cui viviamo diventerà sempre più disordinato
senza sforzo intenzionale: il movimento verso il disordine è un processo spon-
taneo, che richiede uno sforzo periodico per invertirlo (Figura 2.15).
La quantità di disordine in un sistema può essere calcolata ed espressa co-
me entropia del sistema: maggiore è il disordine e maggiore è l’entropia. Così
un altro modo di esprimere la seconda legge della termodinamica è quello di
dire che i sistemi cambieranno spontaneamente verso disposizioni con mag-
giore entropia.
Le cellule viventi – sopravvivendo, crescendo e formando organismi com-
plessi – generano ordine e così potrebbe sembrare che sfidino la seconda leg-
ge della termodinamica. Come è possibile? La risposta è che una cellula non
è un sistema isolato: prende energia dall’ambiente sotto forma di cibo, o co-
me fotoni dal sole (o anche, come in alcuni batteri chemosintetici, soltanto
da molecole inorganiche), e quindi usa questa energia per generare ordine
al suo interno. Nel corso delle reazioni chimiche che generano ordine parte
dell’energia che la cellula usa viene convertita in calore. Il calore è scaricato
nell’ambiente della cellula e lo rende disordinato, così che l’entropia totale –
quella della cellula più quella dell’ambiente circostante – aumenta, come pre-
visto dalle leggi della termodinamica.
Per comprendere i principi che governano queste conversioni di energia
pensate a una cellula come se si trovasse in un mare di materia che rappresen-
ta il resto dell’universo. Mentre la cellula vive e cresce crea ordine interno. Ma
rilascia costantemente energia sotto forma di calore mentre sintetizza mole-
cole e le assembla in strutture cellulari. Il calore è energia nella sua forma più
disordinata: scontri casuali fra molecole. Quando la cellula rilascia calore nel
mare, ciò aumenta l’intensità dei movimenti molecolari nel mare (movimenti
termici), aumentando così la casualità, o disordine, del mare. La seconda legge
della termodinamica è soddisfatta perché l’aumento nella quantità di ordine
all’interno della cellula è più che compensato da una maggiore diminuzione
nell’ordine (aumento di entropia) del mare circostante di materia (Figura 2.16).
Da dove viene il calore che la cellula rilascia? Qui incontriamo un’altra im-
portante legge della termodinamica. La prima legge della termodinamica afferma
che l’energia può essere convertita da una forma a un’altra, ma che non può
essere creata né distrutta. Alcune forme di interconversione di energia sono
illustrate nella Figura 2.17. La quantità di energia in forme diverse cambierà
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 55

mare di materia cellula Figura 2.16 Una semplice analisi


termodinamica di una cellula
vivente. Nel disegno schematico a
sinistra le molecole della cellula e del
resto dell’universo (il mare di materia)
sono rappresentate in uno stato
relativamente disordinato. Nel disegno
schematico a destra la cellula ha
CALORE assunto energia da molecole di cibo
e ha rilasciato calore da una reazione
che ordina le molecole che la cellula
contiene. Il calore rilasciato aumenta il
disordine nell’ambiente che circonda
la cellula (rappresentato dalle frecce
spezzate e dalle molecole distorte,
che indicano l’aumento dei movimenti
disordine aumentato ordine aumentato molecolari provocati dal calore).
Come risultato, la seconda legge
della termodinamica – che dice che
la quantità di disordine nell’universo
deve sempre crescere – è soddisfatta
come risultato delle reazioni chimiche all’interno della cellula, ma la prima mentre la cellula cresce e si divide.
legge ci dice che la quantità totale di energia deve sempre essere la stessa. Per Per una discussione dettagliata vedi
esempio, una cellula animale assume cibo e converte una parte dell’energia Quadro 2.7 (pp. 106-107).
presente nei legami chimici fra gli atomi di queste molecole di cibo (energia di
legami chimici) nei movimenti termici casuali di molecole (energia di calore).

il mattone che cade


il mattone ha energia cinetica
sollevato
ha un’energia viene rilasciato calore
potenziale quando il mattone
dovuta alla forza colpisce il pavimento
di gravità

1 energia potenziale dovuta alla posizione energia cinetica energia di calore

due molecole molecola vibrazioni e rotazioni rapide calore disperso


di idrogeno di ossigeno di due molecole d’acqua nell’ambiente
gassoso gassoso appena formate

energia di legame chimico rapidi movimenti


2 energia di calore
in H2 e O2 molecolari in H2O Figura 2.17 Alcune
interconversioni tra forme
batteria motore del diverse di energia. Tutte le forme
ventilatore
– – di energia sono, in linea di principio,
+ + interconvertibili. In tutti questi
processi la quantità totale di energia
cavi
è conservata; così, per esempio,
dall’altezza e dal peso del mattone in
(1) possiamo prevedere esattamente
ventilatore
quanto calore sarà rilasciato quando
energia di legame chimico energia elettrica energia cinetica
colpisce il pavimento. In (2) si noti che
3
la grande quantità di energia chimica
di legame rilasciata quando si forma
acqua viene inizialmente convertita
in movimenti termici molto rapidi
nelle due nuove molecole d’acqua;
ma collisioni con altre molecole
diffondono quasi istantaneamente
questa energia cinetica in modo
luce solare molecola molecola di clorofilla
di clorofilla in uno stato eccitato fotosintesi uniforme nell’ambiente circostante
(trasferimento di calore), rendendo
4 energia elettromagnetica (luce) elettroni ad alta energia energia di legame chimico le nuove molecole indistinguibili
da tutto il resto.
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
56 © 978-88-08-62126-9

La cellula non può derivare alcun beneficio dall’energia di calore che rila-
scia, a meno che le reazioni che generano calore all’interno della cellula non
siano direttamente collegate ai processi che generano ordine molecolare. È
lo stretto accoppiamento della produzione di calore a un aumento dell’ordine
che distingue il metabolismo di una cellula dallo spreco di combustibile in un
fuoco. Più avanti in questo capitolo illustreremo il modo in cui avviene que-
sto accoppiamento. Per il momento è sufficiente riconoscere che un collega-
mento diretto tra la “combustione” di molecole di cibo e la generazione di
ordine biologico è necessario alle cellule per creare e mantenere un’isola di
ordine in un universo che tende verso il caos.

■ Le cellule ottengono energia dall’ossidazione di molecole


organiche

Tutte le cellule animali e vegetali sono alimentate da energia conservata in le-


gami chimici di molecole organiche, sia che si tratti di zuccheri che un vege-
tale ha fotosintetizzato come cibo per se stesso o che siano la miscela di mole-
cole piccole e grandi che un animale ha mangiato. Per usare questa energia per
vivere, crescere e riprodursi gli organismi devono estrarla in una forma utiliz-
zabile. Sia nei vegetali che negli animali l’energia viene ricavata dalle molecole
di cibo tramite un processo di ossidazione graduale, o combustione controllata.
L’atmosfera terrestre contiene una grande quantità di ossigeno, e in pre-
senza di ossigeno la forma energeticamente più stabile del carbonio è CO2 e
quella dell’idrogeno è H2O. Una cellula è perciò capace di ottenere energia
da zuccheri e altre molecole organiche permettendo ai loro atomi di carbo-
nio e di idrogeno di combinarsi con ossigeno a produrre rispettivamente CO2
e H2O: un processo chiamato respirazione aerobica.
La fotosintesi (discussa in dettaglio nel Capitolo 14) e la respirazione sono
processi complementari (Figura 2.18). Ciò significa che le transazioni fra ve-
getali e animali non sono tutte unidirezionali.Vegetali, animali e microrgani-
smi hanno convissuto su questo pianeta per così tanto tempo che molti di essi
sono diventati una parte essenziale del comune ambiente. L’ossigeno rilascia-
Figura 2.18 Fotosintesi e to dalla fotosintesi è consumato nella combustione di molecole organiche da
respirazione come due processi
complementari nel mondo quasi tutti gli organismi. Una parte della CO2 che viene fissata oggi in mole-
vivente. La fotosintesi usa l’energia cole organiche dalla fotosintesi in una foglia verde è stata rilasciata ieri nell’at-
elettromagnetica della luce solare per mosfera dalla respirazione di un animale, o da quella di un fungo o di un bat-
produrre energia di legame chimico terio che decompone materia organica morta.Vediamo perciò che l’utilizzo
negli zuccheri e altre molecole del carbonio dà vita a un enorme ciclo che coinvolge la biosfera (tutti gli orga-
organiche. Le piante, le alghe e i
cianobatteri ottengono gli atomi di nismi viventi sulla Terra) nel suo insieme (Figura 2.19). In modo simile gli ato-
carbonio di cui hanno bisogno per mi di azoto, fosforo e zolfo si spostano fra il mondo vivente e quello non vi-
questo scopo dalla CO2 atmosferica vente in cicli che coinvolgono vegetali, animali, funghi e batteri.
e dall’idrogeno dell’acqua, liberando
O2 gassoso come scarto. Le molecole
■ Ossidazione e riduzione comportano trasferimenti
organiche prodotte dalla fotosintesi a
loro volta servono come cibo per altri di elettroni
organismi. Molti di questi organismi
effettuano la respirazione aerobica, un La cellula non ossida le molecole organiche in un solo passaggio, come av-
processo che usa O2 per formare CO2 viene quando si brucia materiale organico in un fuoco.Tramite l’uso di cata-
dagli stessi atomi di carbonio che sono
stati assunti come CO2 e convertiti
in zuccheri dalla fotosintesi. Nel
processo, gli organismi che respirano
FOTOSINTESI RESPIRAZIONE CELLULARE
ottengono l’energia di legame chimico
di cui hanno bisogno per sopravvivere. CO2 + H2O O2 + ZUCCHERI ZUCCHERI+ O2 H2O + CO2
Si pensa che le prime cellule sulla Terra
non fossero capaci né di fotosintesi O2 CO2 CO2 O2
né di respirazione (vedi Capitolo 14).
Tuttavia, la fotosintesi deve avere
preceduto la respirazione sulla Terra VEGETALI, ZUCCHERI E ALTRE MAGGIOR
poiché ci sono prove molto forti che H2O ALGHE, MOLECOLE PARTE DEGLI H2O
siano stati necessari molti miliardi di ALCUNI BATTERI ORGANICHE ORGANISMI VIVENTI
anni di fotosintesi prima che venisse
rilasciato O2 in quantità sufficiente a ENERGIA
ENERGIA
creare un’atmosfera ricca di questo DELLA LUCE DI LEGAME
gas. (L’atmosfera della Terra oggi SOLARE CHIMICO
UTILE
contiene il 20% di O2.)
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 57

CO2 IN ATMOSFERA E ACQUA Figura 2.19 Il ciclo del carbonio.


Singoli atomi di carbonio sono
incorporati in molecole organiche
RESPIRAZIONE FOTOSINTESI del mondo vivente dall’attività
fotosintetica di batteri, alghe e piante.
Essi passano ad animali, microrganismi
VEGETALI, BATTERI e nel materiale organico nel terreno
ALGHE e negli oceani in vie cicliche. La CO2
ANIMALI viene restituita nell’atmosfera quando
molecole organiche sono ossidate
dalle cellule o bruciate dagli esseri
CATENA umani come combustibili.
ALIMENTARE

HUMUS E MATERIA SEDIMENTI E COMBUSTIBILI


ORGANICA DISSOLTA FOSSILI

lizzatori enzimatici, nel processo metabolico le molecole subiscono numero-


se reazioni che soltanto raramente comportano l’aggiunta diretta di ossigeno.
Prima di considerare alcune di queste reazioni e il loro scopo, dobbiamo ve-
dere che cosa si intende per processo di ossidazione.
Ossidazione, nel senso usato sopra, non significa soltanto l’aggiunta di
atomi di ossigeno, ma si applica più generalmente a qualunque reazione in cui
elettroni sono trasferiti da un atomo a un altro. Ossidazione in questo senso si
riferisce alla rimozione di elettroni, e riduzione – l’opposto dell’ossidazio-
ne – significa aggiunta di elettroni. Così Fe2+ è ossidato se perde un elettro-
ne per diventare Fe3+ e un atomo di cloro è ridotto se guadagna un elettro-
ne per diventare Cl–. Poiché in una reazione chimica il numero di elettroni è
conservato (nessuna perdita o guadagno), ossidazione e riduzione avvengo-
no sempre simultaneamente: se una molecola guadagna un elettrone in una
reazione (riduzione), una seconda molecola perde un elettrone (ossidazione).
Quando una molecola di zucchero è ossidata a CO2 e H2O, per esempio, le
molecole di O2 coinvolte nella formazione di H2O guadagnano elettroni e si
dice che sono state ridotte.
I termini “ossidazione” e “riduzione” si applicano anche quando c’è sol-
tanto uno spostamento parziale di elettroni fra atomi uniti da un legame co-
valente (Figura 2.20). Quando un atomo di carbonio si lega covalentemente a
un atomo con una forte affinità per gli elettroni, come ossigeno, cloro o zol-
fo, per esempio, cede più della sua giusta quota di elettroni e forma un lega-

Figura 2.20 Ossidazione e riduzione. (A) Quando due atomi formano un legame H metano
covalente polare, l’atomo che alla fine ha una quota maggiore di elettroni si dice
ridotto, mentre l’altro atomo ha una quota minore di elettroni e si dice ossidato. H C H
L’atomo ridotto ha acquisito una carica negativa parziale (d–) perché la carica positiva O H R
sul nucleo atomico è adesso più che compensata dalla carica totale degli elettroni
che lo circondano e, viceversa, l’atomo ossidato ha acquisito una carica positiva S
I
parziale (d+). (B) Il singolo atomo di carbonio del metano può essere convertito in H metanolo
S
quello di anidride carbonica in seguito alla sostituzione successiva dei suoi atomi D
di idrogeno legati covalentemente con atomi di ossigeno. In ciascun passaggio I H C OH
elettroni sono rimossi dal carbonio (come indicato dall’ombreggiatura blu) e l’atomo U
di carbonio diventa progressivamente più ossidato. Ciascuno di questi passaggi è D H
Z
energeticamente favorevole nelle condizioni presenti all’interno di una cellula. H formaldeide
A
I
C O
Z
FORMAZIONE O
DI UN LEGAME H
_ _ _ I acido
COVALENTE _ N
e e e POLARE e H formico
+ + _
+
_
+ _ + O
C O E
e e e N
carica carica HO
positiva positiva
E
parziale parziale
ATOMO 1 ATOMO 2 MOLECOLA (indicata
(indicata O
C O
con δ+) con δ–)
(A) ossidata ridotta (B) anidride carbonica
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
58 © 978-88-08-62126-9

me covalente polare: la carica positiva del nucleo di carbonio è ora un po’ più
grande della carica negativa dei suoi elettroni e l’atomo acquisisce quindi una
parziale carica positiva e si dice che è ossidato.Viceversa, un atomo di carbo-
nio in un legame C–H ha leggermente più della sua quota di elettroni e si di-
ce quindi che è ridotto.
Quando una molecola in una cellula assume un elettrone (e–), spesso as-
sume contemporaneamente un protone (H+) (i protoni sono liberamente di-
sponibili nell’acqua). L’effetto netto in questo caso è l’aggiunta di un atomo
di idrogeno alla molecola
A + e– + H+ n AH
Anche se sono coinvolti un protone e un elettrone (invece di un elettrone
soltanto), queste reazioni di idrogenazione sono riduzioni, e l’inverso, la reazio-
ne di deidrogenazione, è un’ossidazione. È particolarmente facile capire se una
molecola organica viene ossidata o ridotta: si ha una riduzione se il numero
di legami C–H aumenta, mentre si ha un’ossidazione se il numero di legami
C–H diminuisce (vedi Figura 2.20B).
Le cellule usano enzimi per catalizzare l’ossidazione di molecole organi-
che in piccoli passaggi, in una sequenza di reazioni che permettono di racco-
gliere energia utile. Ora dobbiamo spiegare come funzionano gli enzimi e al-
cune delle restrizioni a cui sono soggetti.

■ Gli enzimi abbassano le barriere che bloccano le reazioni


chimiche

Consideriamo la reazione
carta + O2 n fumo + cenere + calore + CO2 + H2O
La carta brucia facilmente, rilasciando nell’atmosfera energia come calore e
acqua e anidride carbonica come gas. Questa reazione è irreversibile in quan-
to il fumo e la cenere non recuperano spontaneamente queste entità dall’at-
mosfera riscaldata e non si ricostituiscono in carta. Quando la carta brucia, la
sua energia chimica viene dissipata come calore, non persa dall’universo, poi-
ché l’energia non può mai essere creata né distrutta, ma viene dispersa in mo-
do irrecuperabile nei movimenti termici caotici casuali delle molecole. Allo
stesso tempo gli atomi e le molecole della carta vengono dispersi disordina-
tamente. Nel linguaggio della termodinamica, c’è stata una perdita di energia
libera, cioè di energia che può essere imbrigliata per eseguire un lavoro o per
spingere reazioni chimiche. Questa perdita riflette una perdita di ordine nel
modo in cui l’energia e le molecole erano conservate nella carta.
Discuteremo l’energia libera in maggiore dettaglio fra breve, ma il prin-
cipio generale è abbastanza chiaro intuitivamente: le reazioni chimiche pro-
cedono spontaneamente soltanto nella direzione che porta a una perdita di
energia libera; in altre parole, la direzione spontanea per qualunque reazione
è la direzione che va “in discesa”. Una reazione “in discesa” in questo senso si
dice spesso energeticamente favorevole.
Sebbene la forma energeticamente più favorevole del carbonio in condi-
zioni ordinarie sia CO2 e quella dell’idrogeno sia H2O, un organismo vivente
non scompare in uno sbuffo di fumo e il libro nelle vostre mani non prende
fuoco. Ciò perché le molecole dell’organismo vivente e del libro sono in uno
stato relativamente stabile e non possono passare a uno stato a minore energia
senza un apporto di energia: in altre parole, una molecola richiede energia di
attivazione – una spinta per passare una barriera di energia – prima di poter
subire una reazione chimica che la lascia in uno stato più stabile (Figura 2.21).
Nel caso di un libro che brucia, l’energia di attivazione è fornita dal calore di
un fiammifero acceso. Per le molecole nella soluzione acquosa di una cellula,
la spinta è data da una collisione casuale insolitamente energetica con mole-
cole circostanti, collisioni che diventano più violente se si alza la temperatura.
La chimica di una cellula vivente è strettamente controllata poiché la spin-
ta per superare la barriera di energia è molto facilitata da una classe specia-
lizzata di proteine, gli enzimi. Ciascun enzima si lega con forza a una o due
molecole, chiamate substrati, e le tiene unite in modo da ridurre molto l’e-
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 59

Figura 2.21 Il principio importante


energia l’enzima abbassa
di attivazione l’energia dell’energia di attivazione.
a per reazione di attivazione (A) Il composto Y (un reagente) è in
energia totale

energia totale
Y X per la reazione uno stato relativamente stabile ed
d catalizzata è necessaria energia per convertirlo
Y Y Y X nel composto X (un prodotto), anche
b b se X è a un livello globale di energia
reagente reagente più basso di Y. Questa conversione
non avverrà, perciò, a meno che il
composto Y non possa acquisire
X X
abbastanza energia di attivazione
c c (energia a meno energia b)
prodotto prodotto
dall’ambiente per sostenere la
(A) (B) reazione che lo converte nel composto
via di reazione via di reazione catalizzata
non catalizzata da un enzima X. Questa energia può essere fornita
da una collisione insolitamente
energetica con altre molecole. Per
la reazione inversa, X n Y, l’energia
nergia di attivazione di una particolare reazione chimica che i substrati lega- di attivazione sarà molto più grande
ti possono subire. Una sostanza che può abbassare l’energia di attivazione di (energia a meno energia c); questa
una reazione si chiama catalizzatore; i catalizzatori aumentano la velocità reazione avverrà quindi molto più
raramente. Le energie di attivazione
delle reazioni chimiche perché permettono una quota molto più alta di colli- sono sempre positive; notate però
sioni casuali con molecole circostanti per spingere i substrati oltre la barriera che il cambiamento totale di energia
di energia, come illustrato nella Figura 2.22. Gli enzimi sono fra i catalizzato- per la reazione energeticamente
ri noti più efficienti, alcuni sono capaci di accelerare le reazioni di un fattore favorevole Yn X è energia c meno
energia b, un numero negativo.
fino a 1014 e oltre. Gli enzimi perciò permettono reazioni che altrimenti non (B) Le barriere di energia di reazioni
sarebbero potute avvenire rapidamente a temperature normali. specifiche possono essere abbassate
da catalizzatori, come indicato dalla
■ Gli enzimi possono dirigere le molecole di substrato lungo linea marcata d. Gli enzimi sono
vie specifiche di reazione catalizzatori particolarmente efficaci
perché riducono di molto l’energia
di attivazione delle reazioni che
Un enzima non può cambiare il punto di equilibrio di una reazione. La ra- catalizzano.
gione è semplice: quando un enzima (o qualunque catalizzatore) abbassa l’e-
nergia di attivazione per la reazione X n Y, necessariamente abbassa anche
l’energia di attivazione della reazione Y n X della stessa quantità (vedi Figu-
ra 2.21). Le reazioni in avanti e indietro saranno quindi accelerate da un enzi-

energia necessaria energia necessaria


per far avvenire per far avvenire
numero di molecole

la reazione chimica una reazione chimica


catalizzata dall’enzima non catalizzata

energia per molecola


molecole con
energia media

Figura 2.22 L’abbassamento dell’energia di attivazione aumenta molto la


probabilità di una reazione. Una popolazione di molecole identiche di substrato avrà
in ciascun istante una quantità di energia che è distribuita come mostrato nel grafico.
Le energie variabili derivano da collisioni con molecole circostanti, che fanno oscillare,
vibrare e girare le molecole di substrato. Affinché una molecola subisca una reazione
chimica l’energia della molecola deve superare la barriera di energia di attivazione per
quella reazione (linee tratteggiate); per la maggior parte delle reazioni biologiche ciò non
avviene quasi mai senza catalisi enzimatica. Anche con la catalisi enzimatica le molecole
di substrato devono subire una collisione particolarmente energetica per reagire, come
indicato qui (area ombreggiata in rosso). Anche un aumento di temperatura può far
crescere il numero di molecole con energia sufficiente a superare l’energia di attivazione
necessaria per una reazione; tuttavia, a differenza della catalisi enzimatica, questo effetto
non è selettivo e accelera tutte le reazioni (Filmato 2.2 ).
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
60 © 978-88-08-62126-9

Figura 2.23 Gli enzimi non


possono cambiare il punto di
equilibrio delle reazioni. Gli enzimi,
come tutti i catalizzatori, aumentano
la velocità in avanti e indietro di una
reazione chimica dello stesso fattore.
Quindi, per entrambe le reazioni,
catalizzata e non catalizzata, mostrate
qui, il numero di molecole che va X Y X Y
incontro alla transizione Y n X
è uguale al numero di molecole (A) REAZIONE NON CATALIZZATA (B) REAZIONE CATALIZZATA
che va incontro alla reazione X n Y ALL’EQUILIBRIO DA ENZIMA ALL’EQUILIBRIO
quando il rapporto di molecole Y e di
molecole X è 3 a 1. In altre parole, le
due reazioni raggiungono l’equilibrio
esattamente allo stesso punto.
ma nella stessa misura e il punto di equilibrio della reazione rimarrà immu-
tato (Figura 2.23). Perciò non importa quanto un enzima accelera una reazio-
ne, non potrà comunque cambiare la sua direzione.
Nonostante le limitazioni appena descritte, gli enzimi guidano tutte le rea-
zioni che avvengono nelle cellule attraverso vie di reazione specifiche. Questo
perché gli enzimi sono sia altamente selettivi sia molto precisi, catalizzando
solitamente solo una particolare reazione. In altre parole, abbassano selettiva-
mente l’energia di attivazione soltanto di una delle parecchie reazioni chimi-
che che il substrato legato potrebbe subire. In questo modo gli enzimi diri-
gono ciascuna delle molte molecole diverse presenti in una cellula lungo vie
specifiche di reazione (Figura 2.24).
energia

Il successo degli organismi viventi è attribuibile alla capacità di una cellu-


la di produrre enzimi di molti tipi, ciascuno con proprietà precisamente spe-
cificate. Ogni enzima ha una forma unica che contiene un sito attivo, una ta-
sca o fessura nell’enzima in cui si adattano soltanto substrati particolari (Figu-
ra 2.25). Come tutti gli altri catalizzatori, le molecole enzimatiche rimangono
immutate dopo aver partecipato a una reazione e perciò possono svolgere la
loro funzione moltissime volte. Nel Capitolo 3 discuteremo ulteriormente il
modo in cui funzionano gli enzimi.
Figura 2.24 Indirizzamento di
molecole di substrato attraverso ■ Il modo in cui gli enzimi trovano i loro substrati: l’enorme
una via di reazione specifica per rapidità dei movimenti molecolari
mezzo della catalisi enzimatica.
Una molecola substrato in una
cellula (palla verde) è convertita in Un tipico enzima catalizza spesso la reazione di migliaia di molecole di sub-
una molecola diversa (palla blu) strato al secondo. Ciò significa che deve essere capace di legare una nuova mo-
per mezzo di una serie di reazioni lecola di substrato in una frazione di millisecondo. Ma sia enzimi che substrati
catalizzate da enzimi. Come indicato sono presenti in numeri relativamente piccoli in una cellula. In che modo si
(rettangoli gialli), diverse reazioni sono
energeticamente favorevoli a ogni
trovano così rapidamente? Un legame rapido è possibile perché i movimenti
passaggio, ma solo una è catalizzata provocati dall’energia di calore sono enormemente veloci a livello molecolare.
da ogni specifico enzima. Serie di Questi movimenti molecolari possono essere classificati in tre categorie: (1) il
enzimi determinano in tal modo movimento di una molecola da un posto a un altro (movimento traslazionale);
l’esatta via di reazione che è seguita (2) il rapido movimento avanti e indietro di atomi legati covalentemente l’u-
da ogni molecola all’interno della
cellula.
no rispetto all’altro (vibrazioni); (3) le rotazioni.Tutti questi movimenti sono
importanti per avvicinare le superfici di molecole interagenti.
La frequenza dei movimenti molecolari può essere misurata mediante varie
tecniche spettroscopiche. Una grossa proteina globulare rotola costantemen-
te, ruotando intorno al suo asse circa un milione di volte al secondo. Le mole-

Figura 2.25 Il modo in cui


funzionano gli enzimi. Ciascun
enzima ha un sito attivo a cui si
attaccano una o più molecole di enzima enzima
substrato, formando un complesso
enzima-substrato. Una reazione
avviene sul sito attivo, producendo sito attivo
un complesso enzima-prodotto. CATALISI
Il prodotto viene quindi rilasciato,
permettendo all’enzima di legare molecola A complesso complesso molecola B
ulteriori molecole di substrato. (substrato) enzima-substrato enzima-prodotto (prodotto)
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 61

cole sono anche in continuo movimento di traslazione, che fa loro esplorare,


vagando, lo spazio interno della cellula in modo molto efficiente, un proces-
so chiamato diffusione. In questo modo ogni molecola in una cellula collide
con un numero enorme di altre molecole ogni secondo. Mentre le moleco-
le in un liquido collidono e rimbalzano, una singola molecola si muove pri-
ma in una direzione e poi in un’altra, seguendo un percorso che costituisce
un cammino casuale (Figura 2.26). In questo cammino la distanza media che cia-
scuna molecola percorre in linea d’aria dal punto di partenza è proporzionale
alla radice quadrata del tempo: cioè, se ci vuole in media 1 secondo perché la
molecola percorra 1 mm, ci vogliono 4 secondi per percorrere 2 mm, 100 se- distanza finale
percorsa
condi per percorrere 10 mm e così via.
L’interno di una cellula è molto affollato (Figura 2.27). Nonostante ciò, Figura 2.26 Un cammino casuale.
esperimenti in cui coloranti fluorescenti e altre molecole marcate vengono Le molecole in soluzione si muovono
iniettati nelle cellule mostrano che piccole molecole organiche diffondono in modo casuale per i continui colpi
attraverso il gel acquoso del citosol quasi alla stessa velocità a cui si muovono che ricevono nelle collisioni con
altre molecole. Questo movimento
nell’acqua. Una piccola molecola organica, per esempio, richiede soltanto un permette alle piccole molecole di
quinto di secondo in media per diffondere a una distanza di 10 mm. La dif- diffondere rapidamente da una parte
fusione è perciò un modo efficiente per le piccole molecole di muoversi per all’altra della cellula, come descritto
le distanze limitate all’interno di una cellula (una tipica cellula animale ha un nel testo (Filmato 2.3 ).
diametro di 15 mm).
Poiché nelle cellule gli enzimi si muovono più lentamente dei substrati,
possiamo considerarli come se fossero fermi. La frequenza di incontro di cia-
scuna molecola enzimatica con il suo substrato dipenderà dalla concentrazio-
ne delle molecole di substrato. Per esempio, alcuni substrati abbondanti sono
presenti a una concentrazione di 0,5 mM. Poiché l’acqua pura è 55,5 M, nel-
la cellula c’è soltanto una molecola di questo substrato per ogni 105 molecole
d’acqua. Nonostante ciò, il sito attivo di un enzima che lega questo substrato
sarà bombardato da circa 500 000 collisioni casuali con una molecola di sub-
strato al secondo. (Per una concentrazione di substrato dieci volte più bassa il
numero di collisioni scende a 50 000 al secondo e così via.) Un incontro ca-
suale fra la superficie di un enzima e la superficie corrispondente del suo sub-
strato spesso porta immediatamente alla formazione di un complesso enzi-
ma-substrato. Una reazione in cui si rompe o si forma un legame covalente
può adesso avvenire con estrema rapidità. Una volta che ci si rende conto di
quanto rapidamente le molecole si muovono e reagiscono, le velocità osser-
vate di catalisi enzimatica non sembrano così stupefacenti.
Due molecole che sono tenute unite da legami non covalenti possono an-
che dissociarsi. I legami deboli multipli che formano fra loro persisteranno fi-
no a che i movimenti termici casuali non faranno dissociare di nuovo le mo-
lecole. In generale, più forte è il legame fra enzima e substrato, più lenta è la
loro velocità di dissociazione. Tuttavia, quando due molecole che collidono
hanno superfici che non si adattano bene, si formano pochi legami non co-
valenti e la loro energia totale è trascurabile in confronto a quella dei movi-
menti termici. In questo caso le due molecole si dissociano alla stessa veloci-
tà alla quale si uniscono, impedendo che si formino associazioni non corret- 100 nm
te e non volute fra molecole che non si adattano, come quella fra un enzima
e il substrato sbagliato. Figura 2.27 La struttura
del citoplasma. Il disegno è
■ Il cambiamento in energia libera di una reazione, DG, approssimativamente in scala
e sottolinea l’affollamento nel
determina se essa pu˜ avvenire spontaneamente citoplasma. Sono mostrate soltanto
le macromolecole: gli RNA sono
Sebbene gli enzimi aumentino la velocità delle reazioni non possono far sì raffigurati in azzurro, i ribosomi
che avvengano reazioni energeticamente sfavorevoli. Ricorrendo a un’analo- in verde e le proteine in rosso. Gli
gia con l’acqua, gli enzimi di per sé non possono spingere l’acqua in salita. Le enzimi e le altre macromolecole
diffondono in modo relativamente
cellule, però, devono fare proprio questo per crescere e dividersi: devono co- lento nel citoplasma, in parte perché
struire molecole altamente ordinate e ricche di energia da molecole piccole e interagiscono con molte altre
semplici.Vedremo che ciò avviene tramite enzimi che accoppiano direttamente macromolecole; le piccole molecole,
reazioni energeticamente favorevoli, che rilasciano energia e producono ca- invece, diffondono in modo quasi
lore, a reazioni energeticamente sfavorevoli, che producono ordine biologico. altrettanto rapido che nell’acqua
(Filmato 2.4 ). (Adattata da
Che cosa intende un biologo cellulare con il termine “energeticamente D.S. Goodsell, Trends Biochem. Sci.
favorevole” e come si può quantificare? In base alla seconda legge della ter- 16:203-206, 1991. Con il permesso di
modinamica l’universo tende verso il massimo disordine (maggiore entropia o Elsevier.)
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
62 © 978-88-08-62126-9

L’energia libera più grande probabilità). Perciò una reazione chimica può procedere sponta-
di Y è maggiore
dell’energia libera neamente soltanto se porta a un aumento netto di disordine nell’universo (ve-
REAZIONE
Y di X. Perciò ∆G < 0 di Figura 2.16). Questo disordine dell’universo può essere espresso nel modo
e il disordine
ENERGETICAMENTE dell’universo
più utile in termini di energia libera di un sistema, un concetto che abbiamo
FAVOREVOLE aumenta durante già affrontato in precedenza.
X la reazione Y X. L’energia libera, G, è un’espressione dell’energia disponibile a fare un la-
questa reazione può avvenire voro, per esempio il lavoro di spinta di una reazione chimica. Il valore di G
spontaneamente interessa soltanto quando un sistema subisce un cambiamento, indicato con
DG (delta G). Il cambiamento in G è critico perché, come spiegato nel Qua-
dro 2.7 (pp. 106-107), il DG è una misura diretta della quantità di disordine
Se la reazione creato nell’universo quando avviene una reazione. Le reazioni energeticamen-
REAZIONE
Y X Y avvenisse, te favorevoli, per definizione, sono quelle che fanno diminuire l’energia libe-
∆G sarebbe > 0
ENERGETICAMENTE e l’universo ra, o, in altre parole, hanno un DG negativo e creano disordine nell’univer-
SFAVOREVOLE sarebbe so (Figura 2.28).
X più ordinato.
Un esempio di una reazione energeticamente favorevole su scala ma-
questa reazione può avvenire soltanto croscopica è la “reazione” per cui una molla compressa si rilassa in uno sta-
se accoppiata a una seconda reazione to disteso, rilasciando come calore nell’ambiente circostante la sua energia
energeticamente favorevole
elastica immagazzinata; un esempio su scala microscopica è lo scioglimen-
to di un sale in acqua. Al contrario, le reazioni energeticamente sfavorevoli, con
Figura 2.28 La distinzione un DG positivo – come quelle in cui due amminoacidi sono uniti insieme a
fra reazioni energeticamente
favorevoli e reazioni
formare un legame peptidico – di per sé creano ordine nell’universo. Perciò,
energeticamente sfavorevoli. queste reazioni possono avvenire soltanto se sono accoppiate a una secon-
da reazione con un DG negativo così grande che il DG dell’intero processo
sia negativo (Figura 2.29).

■ La concentrazione dei reagenti influenza il cambiamento


di energia libera e la direzione di una reazione

Come abbiamo appena descritto, una reazione YnX andrà nella direzione
YnX quando il cambiamento associato di energia libera, DG, è negativo,
proprio come una molla in tensione lasciata a se stessa si rilasserà e perderà la
sua energia accumulata come calore disperso nell’ambiente. Per una reazio-
ne chimica, però, DG dipende non solo dall’energia conservata in ciascuna
singola molecola, ma anche dalle concentrazioni delle molecole nella miscela
di reazione. Ricordate che DG riflette il grado in cui una reazione crea uno
stato più disordinato – in altre parole più probabile – dell’universo. Ripren-
dendo l’analogia della moneta, è molto probabile che una moneta si sposti da
C testa a croce se una scatola che viene scossa contiene 90 teste e 10 croci, ma
questo è un evento meno probabile se la scatola contiene 10 teste e 90 croci.
La stessa cosa vale per una reazione chimica. Per una reazione reversibile
Y n X, un grande eccesso di Y su X tenderà a spingere la reazione nella di-
Y rezione Y n X; cioè, ci sarà una tendenza per più molecole a subire la transi-
zione Y n X di quante sono le molecole che subiscono la transizione X n Y.
∆G
negativo
Perciò il DG diventa più negativo per la transizione Y n X (e più positivo per
la transizione X n Y) man mano che aumenta il rapporto di Y su X.
∆G Quanta sia la differenza di concentrazione necessaria per compensare una
positivo
data diminuzione in energia chimica di legame (e il corrispondente rilascio
di calore) non è intuitivamente ovvio. Alla fine del XIX secolo, la relazione fu
determinata mediante un’analisi termodinamica, che rese possibile separare
X la componente dell’energia libera dipendente dalla concentrazione da quella
indipendente dalla concentrazione, come vedremo dopo.
D
■ Il cambiamento di energia libera standard, DG°,
la reazione energeticamente
sfavorevole X Y è spinta dalla rende possibile la comparazione delle proprietà
reazione energeticamente favorevole energetiche di reazioni differenti
C D, perché il cambiamento in
energia libera per la coppia di
reazioni è minore di zero Poiché il DG dipende dalla concentrazione delle molecole nella mistura di
reazione in qualunque tempo dato, non è un valore particolarmente utile
per comparare le energie relative di diversi tipi di reazioni. Per mettere le
Figura 2.29 Come
l’accoppiamento di reazioni reazioni in una situazione comparabile abbiamo bisogno del cambiamen-
è usato per spingere reazioni to di energia libera standard di una reazione, DG°. Il DG° è il cambia-
energeticamente sfavorevoli. mento di energia libera in una condizione standard, definita come quella
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 63

condizione in cui le concentrazioni di tutti i reagenti sono fissate allo stesso


valore di 1 mole/litro. Definito in questo modo, il DG° dipende solamente
dalle caratteristiche intrinseche delle molecole che partecipano alla reazione.
Per la semplice reazione Y n X a 37 °C, DG° è correlato a DG come segue:
DG = DG° + RTln [X]
[Y]
dove DG è in kilojoule per mole, [Y] e [X] indicano le concentrazioni di Y e
di X in moli/litro, ln è il logaritmo naturale e RT è il prodotto della costante dei
gas, R, e la temperatura assoluta, T. A 37 °C, RT = 2,58 J mole–1 (una mole
sono 6 3 1023 molecole di sostanza).
È stata raccolta una grande quantità di dati termodinamici che ha permes-
so di determinare il cambiamento di energia libera standard DG° per le rea-
zioni metaboliche importanti di una cellula. Dati questi valori di DG°, com-
binati con altre informazioni circa le concentrazioni di metaboliti e le vie di
reazione, è possibile prevedere quantitativamente il corso della maggior parte
delle reazioni biologiche.

■ La costante di equilibrio e il DG° si ottengono facilmente


lÕuno dallÕaltro

L’analisi dell’equazione riportata sopra rivela che il DG è uguale al valore di


DG° quando le concentrazioni molari di Y e di X sono uguali. Ma al pro-
cedere di ogni reazione favorevole la concentrazione del prodotto aumen-
ta e la concentrazione del substrato diminuisce. Questo cambiamento delle
concentrazioni relative farà diventare [X]/[Y] sempre più grande, renden-
do il DG inizialmente favorevole sempre meno negativo (il logaritmo di un
numero x è positivo per x > 1, negativo per x < 1 e zero per x = 1). Alla fi-
ne, quando DG = 0, si raggiungerà un equilibrio chimico, dove l’effetto di
concentrazione è esattamente pari alla spinta data alla reazione da DG°, e il
rapporto fra substrato e prodotto raggiunge, all’equilibrio chimico, un valo-
re costante (Figura 2.30).
Possiamo definire la costante di equilibrio K per la reazione Y n X
come
[X]
K=
[Y]
dove [X] è la concentrazione del prodotto e [Y] è la concentrazione del rea-
gente all’equilibrio. Ricordando che DG = DG° + RT ln [X]/[Y] e che DG = 0
all’equilibrio, noi vediamo che
[X]
DG° = –RT ln 5 –RTln K
[Y]
A 37 °C, dove RT = 2,58, l’equazione all’equilibrio è perciò:
DG° = –2,58 ln K
Convertendo questa equazione dal logaritmo naturale (ln) al più usato loga-
ritmo in base 10 (log), otteniamo
DG° = –5,94 log K
Questa equazione rivela come il rapporto all’equilibrio di X e Y (espresso
come costante di equilibrio, K) dipende dalle caratteristiche intrinseche del-
le molecole (come espresso nel valore di DG° in kilojoules per mole). Si noti
che per ogni 5,94 kj/mole di differenza in energia libera a 37 °C, la costante
di equilibrio cambia di un fattore 10 (Tabella 2.2). Perciò più energeticamen-
te favorevole è una reazione più prodotto si accumulerà se la reazione proce-
de all’equilibrio.
Più in generale, per una reazione con reagenti e prodotti multipli come
A + B n C + D,
[C][D]
K5
[A][B]
Le concentrazioni dei due reagenti e dei due prodotti vengono moltipli-
cate perché la velocità della reazione in avanti dipende dalle collisioni di A
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
64 © 978-88-08-62126-9

Figura 2.30 Equilibrio chimico. PER LA REAZIONE ENERGETICAMENTE FAVOREVOLE Y → X


Quando una reazione raggiunge
l’equilibrio, il flusso avanti e indietro
delle molecole che reagiscono è
uguale e opposto.

Y X
quando X e Y sono alla stessa concentrazione, [Y] = [X], la formazione
di X è energeticamente favorita. In altre parole, il ΔG di Y → X è negativo
e il ΔG di X → Y è positivo, ma a causa dei bombardamenti termici
ci sarà sempre un po’ di X che si trasformerà in Y.

PERCIÒ, PER OGNI SINGOLA MOLECOLA

la conversione
di Y in X avverrà
frequentemente.
Y X
La conversione di X in Y
avverrà meno frequentemente
rispetto alla transizione Y → X,
X Y perché richiede una collisione
a più alta energia
Perciò il rapporto tra le molecole X e Y
aumenterà con il tempo

ALLA FINE ci sarà un largo eccesso di X rispetto a Y, suféciente


a compensare la bassa velocità di X → Y, così che il numero di molecole di Y
TABELLA 2.2 Relazione fra che saranno convertite in X in ogni secondo sarà esattamente uguale
il cambiamento di energia al numero di molecole X che saranno convertite in Y in ogni secondo.
libera standard, ΔG°, e la A questo punto la reazione avrà raggiunto l’equilibrio.
costante di equilibrio
Costante
di Energia libera Y X
equilibrio di X meno energia
[X] libera di Y [kJ/mole
=K
[Y] (kcal/mole)]
ALL’EQUILIBRIO non c’è un netto cambiamento nel rapporto tra Y e X
105 –29,7 (–7,1) e il ΔG per entrambe le reazioni in avanti e indietro sarà zero.
104 –23,8 (–5,7)
103 –17,8 (–4,3)
102 –11,9 (–2,8)
e B e la velocità della reazione all’indietro dipende dalle collisioni di C e D.
101 –5,9 (–1,4) Perciò a 37 °C:
1 0 (0) [C][D]
DG° = –5,94 log
10–1 5,9 (1,4)
[A][B]
10–2 11,9 (2,8) dove DG° è espresso in kilojoules per mole e [A], [B], [C] e [D] indicano le
10–3 17,8 (4,3) concentrazioni dei reagenti e dei prodotti in moli/litro.
10–4 23,8 (5,7)
■ I cambiamenti di energia libera delle reazioni accoppiate
10–5 29,7 (7,1) sono additivi
I valori della costante di equilibrio sono
stati calcolati per la semplice reazione Abbiamo visto che le reazioni sfavorevoli possono essere accoppiate ad altre
chimica Y m n X usando l’equazione favorevoli per spingere quelle sfavorevoli in avanti (vedi Figura 2.29). In ter-
riportata nel testo.
Il ∆G° riportato qui è in kilojoule per
mini termodinamici questo è possibile perché il cambiamento di energia li-
mole a 37 °C con kilocalorie per mole fra bera totale per una serie di reazioni accoppiate è la somma dei cambiamenti
parentesi. Un kilojoule (kJ) corrisponde a di energia libera in ciascuno dei passaggi che la compongono. Consideriamo,
0,239 kilocalorie (kcal), (1 kcal = 4,184 kJ). per esempio, due reazioni sequenziali
Come spiegato nel testo, ∆G° rappresenta
la differenza di energia libera in condizioni Xn Y e YnZ
standard (dove tutti i componenti sono
presenti a una concentrazione di 1,0 moli/ in cui i valori di DG° sono rispettivamente +5 e –13 kcal/mole. Se queste
litro). due reazioni avvengono in sequenza, il DG° per la reazione accoppiata sarà –8
Da questa tabella vediamo che se c’è un kcal/mole. Quindi la reazione non favorevole X n Y, che non avverrà spon-
cambiamento favorevole di energia libera taneamente, può essere spinta dalla reazione favorevole Y n Z, purché la se-
standard ∆G° di –17,8 kJ/mole (–4,3 kcal/
mole) per la transizione Y n X, ci saranno
conda reazione segua la prima.
1000 volte più molecole nello stato X che Per esempio, diverse reazioni nella lunga via che converte gli zuccheri in
nello stato Y all’equilibrio (K = 1000). CO2 e H2O hanno valori di DG° positivi ma nonostante ciò la via proce-
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 65

de perché il DG° totale delle serie di reazioni sequenziali ha un ampio valo-


re negativo.
Tuttavia formare una via sequenziale non è adeguato per molti scopi. Spes-
so la via desiderata è semplicemente X n Y, senza ulteriore conversione di
Y in qualche altro prodotto. Fortunatamente, esistono altri modi generali di
usare enzimi per accoppiare insieme reazioni. Il modo in cui questi agiscono
è l’argomento che discuteremo adesso.

■ Le molecole trasportatrici attivate sono essenziali


per la biosintesi

L’energia rilasciata dall’ossidazione delle molecole di cibo deve essere conser-


vata temporaneamente prima di essere incanalata nella costruzione di molte
altre molecole necessarie alla cellula. Nella maggior parte dei casi, l’energia
è conservata come energia di legame chimico in una piccola serie di “mole-
cole trasportatrici” attivate, che contengono uno o più legami covalenti ric-
chi di energia. Queste molecole diffondono rapidamente nella cellula e por-
tano così la loro energia di legame dai siti di generazione di energia ai siti in
cui l’energia è usata per la biosintesi e per altre attività cellulari (Figura 2.31).
I trasportatori attivati conservano energia in una forma facilmente
intercambiabile, sia come gruppo chimico facilmente trasferibile che come
elettroni ad alta energia, e possono svolgere un doppio ruolo come fonte
di energia e di gruppi chimici nelle reazioni biosintetiche. Per ragioni sto-
riche queste molecole sono talvolta chiamate anche coenzimi. Le moleco-
le trasportatrici attivate più importanti sono ATP e due molecole che sono
strettamente correlate fra loro, NADH e NADPH. Le cellule usano mole-
cole trasportatrici attivate come moneta per pagare il prezzo di reazioni che
altrimenti non avverrebbero.

■ La formazione di un trasportatore attivato è accoppiata


a una reazione energeticamente favorevole

I meccanismi di accoppiamento richiedono enzimi e sono fondamentali per


tutti gli scambi di energia della cellula. La natura di una reazione accoppiata
è illustrata da un’analogia meccanica nella Figura 2.32, in cui una reazione chi-
mica energeticamente favorevole è rappresentata da rocce che cadono da una
scarpata. L’energia delle rocce che cadono normalmente andrebbe completa-
mente sprecata sotto forma di calore generato dalla frizione quando la roccia
colpisce il terreno (vedi il disegno del mattone che cade nella Figura 2.17).
Con una progettazione accurata, però, parte di questa energia potrebbe esse-

ENERGIA ENERGIA

molecola molecola necessaria


di cibo alla cellula

reazione reazione
energeticamente energeticamente
favorevole sfavorevole
ENERGIA

molecola di cibo molecola trasportatrice molecola disponibile


ossidata attivata nella cellula

CATABOLISMO ANABOLISMO

Figura 2.31 Trasferimento di energia e ruolo dei trasportatori attivati nel


metabolismo. Servendo da navette che portano energia, le molecole trasportatrici
attivate svolgono la loro funzione come intermediari che collegano la demolizione di
molecole di cibo e il rilascio di energia (catabolismo) alle biosintesi che richiedono energia
di piccole e grosse molecole organiche (anabolismo).
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
66 © 978-88-08-62126-9

(A) (B) (C)

macchine LAVORO
idrauliche UTILE

calore calore

L’energia cinetica delle rocce che cadono Parte dell’energia cinetica è usata per sollevare L’energia cinetica potenziale conservata
è trasformata soltanto in energia di calore. un secchio d’acqua e una quantità corrispondentemente nel secchio d’acqua sollevato può essere
minore è trasformata in calore. usata per spingere macchine idrauliche
che svolgono vari compiti utili.

Figura 2.32 Un modello meccanico re invece usata per far girare una ruota a pale che solleva un secchio d’acqua
che illustra il principio delle (Figura 2.32B). Poiché le rocce possono adesso raggiungere il suolo soltan-
reazioni chimiche accoppiate.
La reazione spontanea mostrata in
to dopo aver mosso la ruota a pale, diciamo che la reazione energeticamente
(A) è analoga all’ossidazione diretta favorevole della caduta delle rocce è stata direttamente accoppiata alla reazio-
di glucosio a CO2 e H2O, che produce ne energeticamente sfavorevole del sollevamento del secchio d’acqua. Si no-
soltanto calore. In (B) la stessa ti che poiché parte dell’energia è usata per fare un lavoro nella Figura 2.32B,
reazione è accoppiata a una seconda le rocce colpiscono il terreno con velocità minore che nella Figura 2.32A e
reazione; questa seconda reazione
è analoga alla sintesi di molecole
proporzionalmente meno energia è dissipata come calore.
trasportatrici attivate. L’energia Nelle cellule avvengono processi simili, in cui enzimi svolgono il ruolo
prodotta in (B) è in una forma più della ruota a pale della nostra analogia. Mediante meccanismi che saranno
utile che in (A) e può essere usata discussi più avanti in questo capitolo, essi accoppiano una reazione energeti-
per spingere varie reazioni altrimenti camente favorevole, come l’ossidazione del cibo, a una reazione energetica-
energeticamente sfavorevoli (C).
mente sfavorevole, come la generazione di una molecola trasportatrice atti-
vata. Come risultato, la quantità di calore rilasciato dalla reazione di ossida-
zione viene ridotta esattamente della quantità di energia che viene conser-
vata nei legami covalenti ricchi di energia della molecola trasportatrice at-
tivata. La molecola trasportatrice attivata a sua volta raccoglie un “pacchet-
to” di energia di dimensioni sufficienti ad alimentare una reazione chimica
altrove nella cellula.

■ L’ATP è la molecola trasportatrice attivata più usata

Il trasportatore attivato più importante e versatile nelle cellule è l’ATP (ade-


nosina trifosfato). Proprio come l’energia conservata nel secchio d’acqua
sollevato nella Figura 2.32B può spingere una grande varietà di macchine
idrauliche, l’ATP è un deposito utile e versatile, o moneta, di energia usa-
ta per spingere varie reazioni chimiche nelle cellule. L’ATP è sintetizzato in
una reazione di fosforilazione energeticamente sfavorevole in cui un grup-
po fosfato viene aggiunto ad ADP (adenosina difosfato). Quando necessa-
rio, l’ATP cede il suo pacchetto di energia tramite la sua idrolisi energetica-
mente favorevole ad ADP e fosfato inorganico (Figura 2.33). L’ADP rigene-
rato è quindi disponibile per essere usato in un altro ciclo della reazione di
fosforilazione che forma ATP.
La reazione energeticamente favorevole dell’idrolisi di ATP è accoppia-
ta a molte reazioni altrimenti non favorevoli tramite le quali sono sintetizzate
altre molecole. Molte di esse comportano il trasferimento del fosfato termi-
nale dell’ATP a un’altra molecola, come illustrato dalla reazione di fosforila-
zione nella Figura 2.34.
L’ATP è il trasportatore attivato più abbondante nelle cellule. Per esem-
pio, è usato per fornire energia a molte delle pompe che trasportano sostan-
ze dentro e fuori la cellula (vedi Capitolo 11). L’ATP alimenta anche i moto-
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 67

legami fosfoanidride Figura 2.33 L’idrolisi di ATP ad


ADP e fosfato inorganico. I due
O
_
O
_
O
_ fosfati più esterni dell’ATP sono legati
ADENINA
_ al resto della molecola da legami
O P O P O P O CH2 fosfoanidride ad alta energia e sono
O O O prontamente trasferiti. Come indicato,
ATP
si può aggiungere acqua ad ATP per
RIBOSIO formare ADP e fosfato inorganico (Pi).
Questa idrolisi del fosfato terminale
H2O dell’ATP produce da 46 a 54 kJ/mole
di energia utilizzabile, a seconda
delle condizioni intracellulari. Il
_ _ _ ∆G largamente negativo di questa
O O O ADENINA reazione deriva da numerosi fattori: il
_ _
H+ + O P OH + O P O P O CH2 rilascio del gruppo fosfato terminale
O
elimina una repulsione sfavorevole
O O
ADP fra cariche negative adiacenti, e lo
fosfato RIBOSIO ione fosfato inorganico (Pi) rilasciato
inorganico (Pi) è stabilizzato per risonanza e dalla
formazione favorevole di legami
idrogeno con l’acqua.
ri molecolari che permettono alle cellule muscolari di contrarsi e alle cellule
nervose di trasportare materiali da un’estremità all’altra dei loro lunghi asso-
ni (vedi Capitolo 16).

■ L’energia conservata nell’ATP è spesso imbrigliata per unire


due molecole

Abbiamo discusso in precedenza un modo in cui una reazione energeticamen-


te favorevole può essere accoppiata a una reazione energeticamente sfavorevo-
le, X n Y, in modo da permetterle di avvenire. In quello schema un secondo
enzima catalizza la reazione energeticamente favorevole Y n Z convertendo
tutte le molecole di X in molecole di Y nel processo. Ma quando il prodotto
richiesto è Y e non Z, questo meccanismo non è utile.
Una tipica reazione biosintetica è quella in cui due molecole, A e B, so-
no unite per produrre A–B nella reazione di condensazione energeticamente
sfavorevole
A–H + B–OH n A–B + H2O
C’è una via indiretta che permette ad A–H e B–OH di formare A–B, in
cui un accoppiamento all’idrolisi di ATP fa procedere la reazione. Qui l’ener-
gia dell’idrolisi dell’ATP viene prima usata per convertire B–OH in un com-
posto intermedio a energia maggiore, che quindi reagisce direttamente con

il gruppo
ossidrilico
di un’altra HO C C
molecola

_ _ _
O O O ADENINA
_
O P O P O P O CH2
O O O
ATP
RIBOSIO
legame
fosfoanidridico Figura 2.34 Un esempio di
una reazione di trasferimento
ΔG < 0 TRASFERIMENTO DI FOSFATO
di fosfato. Poiché un legame
fosfoanidridico ricco di energia
dell’ATP è convertito in un legame
O
_
O
_
O
_ fosfoesterico, la reazione è
ADENINA
_ _
energeticamente favorevole, avendo
O P O C C + O P O P O CH2 un ∆G nettamente negativo. Reazioni
O O O di questo tipo sono coinvolte nella
ADP sintesi dei fosfolipidi e nei passaggi
RIBOSIO iniziali delle reazioni che catabolizzano
legame
fosfoesterico zuccheri.
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
68 © 978-88-08-62126-9

(B)
P

O O
C

CH2

CH2

H3N+ CH COO–
(A) intermedio ad alta energia
P
ATP NH3
O ammoniaca
PASSAGGIO
DI ATTIVAZIONE
ADP Pi PASSAGGIO DI
B
O OH CONDENSAZIONE
prodotti
intermedio ad alta energia C di idrolisi dell’ATP
O NH2
H A
CH2 C

ATP PASSAGGIO DI CH2 CH2


ADP Pi CONDENSAZIONE + –
PASSAGGIO H3N CH COO CH2
DI ATTIVAZIONE prodotti acido glutammico
di idrolisi dell’ATP H3N+ CH COO–
B OH A B glutammina

Figura 2.35 Un esempio di A–H per dare A–B. Il meccanismo più semplice possibile comporta il trasfe-
una reazione biosintetica rimento di un fosfato da ATP a B–OH per produrre B–O–PO3, nel qual ca-
energeticamente sfavorevole
spinta dall’idrolisi dell’ATP.
so la via di reazione contiene soltanto due passaggi:
(A) Illustrazione schematica della 1. B–OH + ATP n B–O–PO3 + ADP
formazione di A–B nella reazione di
condensazione descritta nel testo.
2. A–H + B–O–PO3 n A–B + Pi
(B) La biosintesi dell’amminoacido Risultato netto: B–OH + ATP + A–H n A–B + ADP + Pi
comune glutammina da acido La reazione di condensazione, che di per sé è energeticamente sfavorevole,
glutammico e ammoniaca. L’acido
glutammico viene prima convertito viene forzata dal fatto di essere direttamente accoppiata all’idrolisi di ATP in
in un intermedio fosforilato ad alta una via di reazione catalizzata da enzimi (Figura 2.35A).
energia (corrispondente al composto Una reazione biosintetica esattamente di questo tipo è usata per sintetiz-
B–O–PO3 descritto nel testo), che zare l’amminoacido glutammina, come illustrato nella Figura 2.35B. Vedre-
quindi reagisce con ammoniaca
(corrispondente ad A–H) per formare
mo fra poco che meccanismi molto simili (ma più complessi) sono usati an-
glutammina. In questo esempio che per produrre quasi tutte le grosse molecole della cellula.
entrambi i passaggi avvengono
sulla superficie dello stesso enzima, ■ NADH e NADPH sono importanti trasportatori di elettroni
la glutammina sintetasi. I legami ad
alta energia sono ombreggiati in
rosso; qui, come altrove nel libro,
Altri importanti trasportatori attivati partecipano alle reazioni di ossidazio-
il simbolo Pi = HPO42– e una P in un ne-riduzione e fanno comunemente parte delle reazioni accoppiate nelle
cerchio giallo =PO32–. cellule. Questi trasportatori attivati sono specializzati nel portare elettroni te-
nuti a un alto livello di energia (talvolta chiamati elettroni “ad alta energia”)
e atomi di idrogeno. I più importanti di questi trasportatori di elettroni so-
no NAD+ (nicotinammide adenina dinucleotide) e la molecola strettamente
correlata NADP+ (nicotinammide adenina dinucleotide fosfato). NAD+ e
NADP+ raccolgono un “pacchetto di energia” che corrisponde a due elet-
troni ad alta energia più un protone (H+), convertendosi in NADH (nico-
tinammide adenina dinucleotide ridotto) e NADPH (nicotinammide ade-
nina dinucleotide fosfato ridotto) rispettivamente (Figura 2.36). Queste mo-
lecole possono perciò essere considerate anche trasportatori di ioni idruro
(H+ più due elettroni, o H–).
Come l’ATP, il NADPH è un trasportatore attivato che partecipa a molte
reazioni biosintetiche importanti che altrimenti sarebbero energeticamente
sfavorevoli. Il NADPH è prodotto secondo lo schema generale mostrato nella
Figura 2.36A. Durante una serie speciale di reazioni cataboliche che produ-
cono energia due elettroni vengono rimossi dalla molecola di substrato. En-
trambi gli elettroni ma solamente un protone (cioè uno ione idruro, H–) sono
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 69

(A)
H C

H C OH NADP+ H C

C
C O NADPH
+
+H C

ossidazione riduzione
della molecola 1 della molecola 2

(B) (C)
NADP+ forma ossidata NADPH forma ridotta

H
O H H O

anello C C
nicotinammidico + NH2 NH2
N N

P O P O
RIBOSIO RIBOSIO
H–

ADENINA ADENINA

P O P O
RIBOSIO RIBOSIO

O O
P P
questo gruppo fosfato
+
manca nel NAD e nel NADH

aggiunti all’anello di nicotinammide del NADP+ per formare NADPH; il se- Figura 2.36 Il NADPH, un
condo protone (H+) è rilasciato in soluzione. Questa è una tipica reazione di importante trasportatore di
elettroni. (A) Il NADPH è prodotto in
ossido-riduzione; il substrato è ossidato e il NADP+ è ridotto. reazioni del tipo generale mostrato
Il NADPH cede prontamente lo ione idruro in una successiva reazione sulla sinistra, in cui due atomi
di ossido-riduzione, perché senza di esso l’anello di nicotinammide può rag- di idrogeno sono rimossi da un
giungere una disposizione di elettroni più stabile. In questa reazione successi- substrato. La forma ossidata della
va, che rigenera NADP+, è il NADPH che diventa ossidato e il substrato che molecola trasportatrice, NADP+, riceve
un atomo di idrogeno più un elettrone
diventa ridotto. Il NADPH è un donatore efficace del suo ione idruro ad al- (uno ione idruro), e il protone (H+)
tre molecole per la stessa ragione per cui l’ATP trasferisce prontamente un dall’altro atomo di H è rilasciato in
fosfato: in entrambi i casi il trasferimento è accompagnato da un grande cam- soluzione. Poiché il NADPH trattiene
biamento negativo in energia libera. Un esempio dell’uso del NADPH nelle il suo ione idruro in un legame ad
biosintesi è mostrato nella Figura 2.37. alta energia, lo ione idruro aggiunto
può essere trasferito facilmente
Il gruppo fosfato aggiuntivo del NADPH non ha effetto sulle proprietà ad altre molecole, come mostrato
di trasferimento di elettroni del NADPH rispetto al NADH, in quanto si sulla destra. (B) e (C) La struttura del
trova lontano dalla regione coinvolta nel trasferimento di elettroni (vedi Fi- NADP+ e del NADPH. La parte della
gura 2.36C). Tuttavia conferisce alla molecola del NADPH una forma leg- molecola di NADP+ nota come anello
germente diversa da quella del NADH, rendendo possibile il legame di nicotinammidico accetta lo ione
idruro, H– formando NADPH. NAD+ e
NADPH e NADH come substrati a serie diverse di enzimi. Così i due tipi NADH hanno una struttura identica
di trasportatori sono usati per trasferire elettroni (o ioni idruro) fra due se- a NADP+ e NADPH rispettivamente,
rie diverse di molecole. eccetto che il gruppo fosfato indicato
Perché dovrebbe esserci questa divisione del lavoro? La risposta sta nella è assente in entrambi.
necessità di regolare due serie di reazioni di trasferimento di elettroni in mo-
do indipendente. Il NADPH opera principalmente con enzimi che cataliz-
zano reazioni anaboliche, fornendo gli elettroni ad alta energia necessari per
sintetizzare molecole biologiche ricche di energia. Il NADH, invece, ha un
ruolo speciale come intermedio nel sistema catabolico di reazioni che gene-
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
70 © 978-88-08-62126-9

Figura 2.37 NADPH come agente 7-deidrocolesterolo agente ossidante


riducente. (A) Il passaggio finale per il catabolismo
nella via biosintetica che porta al
colesterolo. Come in molte altre
NADP+
reazioni biosintetiche, la riduzione NAD+
del legame CPC viene ottenuta
per trasferimento di uno ione idruro NADH NADPH
dalla molecola trasportatrice NADPH, C
più un protone (H+) dalla soluzione. C
(B) Tenendo i livelli di NADPH alti e HO
agente riducente
i livelli di NADH bassi si alterano le H (B) per l’anabolismo
loro affinità per gli elettroni (vedi
Quadro 14.1 p. 816). Questo fa sì che NADPH + H+
il NADPH sia un donatore di elettroni
(agente riducente) molto più forte NADP+
del NADH e che il NAD+ sia quindi un
migliore accettore di elettroni (agente
ossidante) rispetto al NADP+, come
indicato.

C
H
C colesterolo
HO H
H
(A)

rano ATP tramite l’ossidazione di molecole di cibo, come vedremo fra breve.
La genesi di NADH da NAD+ e quella di NADPH da NADP+ avviene per
vie diverse ed è regolata in modo indipendente, così che la cellula può regolare
in modo indipendente la scorta di elettroni per questi due scopi contrastanti.
Dentro la cellula il rapporto fra NAD+ e NADH è mantenuto alto, mentre il
rapporto fra NADP+ e NADPH è mantenuto basso. Ciò fornisce sufficiente
NAD+ perché agisca da agente ossidante e sufficiente NADPH perché agisca
da agente riducente (Figura 2.37B), come richiesto dai loro specifici ruoli ri-
spettivamente nel catabolismo e nell’anabolismo.

■ Nelle cellule ci sono molte altre molecole trasportatrici


attivate

Anche altri trasportatori attivati raccolgono e portano un gruppo chimico in


un legame ad alta energia facilmente trasferibile. Per esempio, il coenzima A
porta un gruppo acetilico in un legame facilmente trasferibile e in questa for-
ma attivata è noto come acetil CoA (acetil coenzima A). L’acetil CoA (Figu-
ra 2.38) è usato per aggiungere unità a due atomi di carbonio nella biosintesi
di molecole più grandi.
Nell’acetil CoA e nelle altre molecole trasportatrici il gruppo trasferibile
costituisce soltanto una piccola parte della molecola. Il resto consiste di una
grossa porzione organica che funge da pratica “maniglia”, che facilita il rico-
noscimento della molecola trasportatrice da parte di enzimi specifici. Come
per l’acetil CoA, questa maniglia molto spesso contiene un nucleotide (gene-
ralmente adenosina difosfato), un fatto curioso che può essere una traccia di
uno stadio iniziale dell’evoluzione. Oggi si pensa che i catalizzatori principali
delle forme di vita primitive – prima di DNA o proteine – fossero molecole
di RNA (o loro parenti stretti), come descritto nel Capitolo 6. Si è tentati di
ipotizzare che molte delle molecole trasportatrici che troviamo oggi si siano
originate in questo mondo primitivo a RNA, dove le loro porzioni nucleoti-
diche potrebbero essere state utili per il legame con enzimi a RNA (ribozimi).
Quindi, l’ATP trasferisce il fosfato, il NADPH trasferisce elettroni e idro-
geno e l’acetil CoA trasferisce gruppi acetilici con due atomi di carbonio. Il
FADH2 (flavina adenina dinucleotide ridotto) è usato come il NADH nel tra-
sferimento di elettroni e protoni (Figura 2.39). Le reazioni di altre molecole
trasportatrici attivate coinvolgono i trasferimenti di gruppi metilici, carbossi-
lici o glucosio per le biosintesi (Tabella 2.3). Questi trasportatori attivati sono
generati in reazioni che sono accoppiate all’idrolisi di ATP, come nell’esempio
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 71

Figura 2.38 La struttura


dell’importante molecola
trasportatrice attivata acetil
CoA. Sopra la struttura è mostrato
un modello a palle e bastoncini.
L’atomo di zolfo (giallo) forma un
legame tioestere con l’acetato. Poiché
questo è un legame ad alta energia,
che rilascia una grande quantità di
energia libera quando è idrolizzato,
la molecola di acetato può essere
prontamente trasferita ad altre
molecole.

gruppo
nucleotide
acetilico

ADENINA
H H O H H O H CH3 H O O
H3C
C S C C N C C C N C C C C O P O P O CH2
O H H H H H H OH CH3 H O– O–
legame
RIBOSIO
ad alta energia

O
–O P O
O–
gruppo coenzima A
acetilico (CoA)

(A) FADH2 + –
(B) 2H 2e

H O
CH3 H FAD FADH2
C N C
C C C NH

C C C C
C N N O
CH3 H
CH2 H Figura 2.39 FADH2 è un
trasportatore di idrogeno
H C OH di elettroni ad alta energia,
come NADH e NADPH.
H C OH
(A) Struttura del FADH2 con i suoi
H C OH atomi trasportatori di idrogeno
evidenziati in giallo. (B) La
H2C O P P O CH2 ADENINA formazione del FADH2 a partire
dal FAD.

RIBOSIO

TABELLA 2.3 Alcune molecole trasportatrici attivate ampiamente usate


nel metabolismo
Trasportatore attivato Gruppo trasportato in un legame ad alta energia
ATP Fosfato
NADH, NADPH, FADH2 Elettroni e atomi di idrogeno
Acetil CoA Gruppo acetilico
Biotina carbossilata Gruppo carbossilico
S-Adenosilmetionina Gruppo metilico
Uridina difosfato glucosio Glucosio
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
72 © 978-88-08-62126-9

ATTIVAZIONE DEL GRUPPO CARBOSSILICO

O –
O
biotina
carbossilata
C
legame ad
ADP N alta energia
P P O CH2 ADENINA S O
N
H
RIBOSIO O CH3
ENZIMA C O
ATP C

ADENINA
O O
P P P O CH2 Pi
piruvato

RIBOSIO

biotina –
H O O

N
O O S C
O
C N CH2
OH H
C O
bicarbonato O
ENZIMA C
O O–
piruvato carbossilasi ossalacetato

TRASFERIMENTO DEL GRUPPO CARBOSSILICO

Figura 2.40 Una reazione di nella Figura 2.40. Perciò l’energia consente ai loro gruppi di essere usati per le
trasferimento di un gruppo biosintesi deriva, alla fine, dalle reazioni cataboliche che generano ATP. Proces-
carbossilico usando una molecola
trasportatrice attivata. La biotina
si simili avvengono nella sintesi delle grandi molecole della cellula – gli acidi
carbossilata è usata dall’enzima nucleici, le proteine e i polisaccaridi – che discuteremo adesso.
piruvato carbossilasi per trasferire un
gruppo carbossilico nella produzione ■ La sintesi dei polimeri biologici richiede idrolisi di ATP
di ossalacetato, una molecola
necessaria per il ciclo dell’acido citrico.
L’accettore di questo trasferimento Come discusso in precedenza, le macromolecole della cellula rappresentano
di gruppo è il piruvato. Altri enzimi la grande maggioranza della sua massa secca (vedi Figura 2.7). Queste mole-
usano biotina per trasferire gruppi cole sono composte da subunità (o monomeri) unite insieme in una reazio-
carbossilici ad altre molecole. Si noti ne di condensazione, in cui i costituenti di una molecola d’acqua (OH più H)
che la sintesi di biotina carbossilata sono rimossi dai due reagenti. Di conseguenza, la reazione inversa – la de-
richiede energia che è derivata da ATP,
una caratteristica generale di molti molizione di tutti e tre i tipi di polimeri – avviene per l’aggiunta di acqua
trasportatori attivati. catalizzata da enzimi (idrolisi). Questa reazione di idrolisi è energeticamente
favorevole, mentre le reazioni biosintetiche richiedono un apporto di ener-
gia (vedi Figura 2.9).
Gli acidi nucleici (DNA e RNA), le proteine e i polisaccaridi sono tut-
ti polimeri prodotti dall’aggiunta ripetuta di una subunità (chiamata anche
monomero) a una estremità di una catena in crescita. Le reazioni di sintesi per
questi tre tipi di macromolecole sono riportate nella Figura 2.41. Come indi-
cato, il passaggio di condensazione in ciascun caso dipende da energia deri-
vata dall’idrolisi di un nucleoside trifosfato. Eppure, eccetto che per gli acidi
nucleici, non ci sono gruppi residui di fosfato nei prodotti finali. In che mo-
do le reazioni che rilasciano l’energia di idrolisi dell’ATP sono accoppiate al-
la sintesi dei polimeri?
Per ciascun tipo di macromolecola esiste una via catalizzata da enzimi che
assomiglia a quella esaminata in precedenza per la sintesi dell’amminoacido
glutammina (vedi Figura 2.35). Il principio è esattamente lo stesso, in quanto
il gruppo -OH che sarà rimosso nella reazione di condensazione viene prima
attivato coinvolgendolo in un legame ad alta energia con una seconda mo-
lecola. Tuttavia i meccanismi effettivi usati per collegare l’idrolisi di ATP alla
sintesi di proteine e polisaccaridi sono più complessi di quello usato per la sin-
tesi della glutammina, poiché è necessaria una serie di intermedi ad alta ener-
gia per generare il legame finale ad alta energia che viene spezzato durante il
passaggio di condensazione (vedi Capitolo 6 a proposito della sintesi proteica).
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 73

(A) POLISACCARIDI (B) ACIDI NUCLEICI

glucosio glicogeno

CH2OH CH2OH CH2OH O O


O O O
CH2 A CH2 A
OH OH OH O O
HO OH HO O O
OH OH OH

energia originariamente derivata O OH O OH


H2 O da idrolisi di un nucleoside trifosfato _ _
O P O O P O

RNA O O
CH2OH CH2OH CH2OH
CH2 C CH2 C
O O O O O
OH OH OH
HO O O O
H2O
OH OH OH OH OH O OH
glicogeno energia da idrolisi _
O P O
di un nucleoside
OH trifosfato O
_
O P O CH2 G
(C) PROTEINE O
proteina amminoacido O
H O R H nucleotide
O H O CH2 G
O
C C N C C N C C OH OH
RNA
R H H OH H R OH

OH OH
energia da idrolisi
H2 O di un nucleoside trifosfato

H O R O H O
C C N C C N C C

R H H H R OH
proteina

Figura 2.41 La sintesi di polisaccaridi, proteine e acidi energia richiesto per attivare ciascun monomero prima della
nucleici. La sintesi di ciascun tipo di polimero biologico sua aggiunta. La reazione inversa – la demolizione di tutti i tre
comporta la perdita di acqua in una reazione di condensazione. tipi di polimeri – avviene invece per semplice aggiunta di acqua
Non è mostrato il consumo di nucleosidi trifosfato ad alta (idrolisi).

Ci sono dei limiti a quello che ciascun trasportatore attivato può fare per
spingere le biosintesi. Il DG per l’idrolisi di ATP a ADP e fosfato inorganico
(Pi) dipende dalle concentrazioni di tutti i reagenti, ma nelle condizioni tipi-
che di una cellula è fra –46 e –54 kJ/mole. In linea di principio questa rea-
zione di idrolisi può essere usata per spingere una reazione sfavorevole con un
DG di circa +40 kJ/mole, purché sia disponibile una via di reazione adatta.
Per alcune reazioni biosintetiche, però, anche –50 kJ/mole possono non esse-
re sufficienti. In questi casi la via dell’idrolisi dell’ATP può essere alterata così
che inizialmente produce AMP e pirofosfato (PPi), che viene poi idrolizzato
in un passaggio successivo (Figura 2.42). L’intero processo rende disponibile
un cambiamento totale in energia libera di circa –100 kJ/mole. Una reazio-
ne biosintetica importante che viene spinta in questo modo è la sintesi degli
acidi nucleici (polinucleotidi) dai nucleosidi trifosfato, come illustrato nella
parte destra della Figura 2.43.
È interessante notare che le reazioni ripetitive di condensazione che pro-
ducono macromolecole possono essere orientate in due modi diversi, dando
origine alla polimerizzazione di testa o alla polimerizzazione di coda dei mo-
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
74 © 978-88-08-62126-9

Figura 2.42 Una via alternativa (A) (B)


per l’idrolisi di ATP, in cui il O O O ADENINA
pirofosfato prima si forma e _
O P O P O P O CH2 ATP
poi viene idrolizzato. Questa via
_ _ _
rilascia quasi il doppio dell’energia O O O
libera (approssimativamente –100kJ/
RIBOSIO
mole) della reazione mostrata in
precedenza nella Figura 2.33 e forma
AMP invece di ADP. (A) Nelle due adenosina trifosfato (ATP) H2O
successive reazioni di idrolisi gli atomi H2O
di ossigeno delle molecole d’acqua
che partecipano sono trattenuti nei
prodotti, come indicato, mentre O O O ADENINA
gli atomi di idrogeno si dissociano _ _ _
O P O P O + O P O CH2
P Pi + AMP
formando ioni idrogeno liberi (H+, non _ _ _
mostrati). (B) Schema sintetico della O O O
reazione totale. pirofosfato RIBOSIO

H2O adenosina monofosfato (AMP)


H2O
O O
_ _
O P OH + O P OH
_ _
O O Pi + Pi

fosfato fosfato

nomeri. Nella cosiddetta polimerizzazione di testa il legame reattivo necessario


per la reazione di condensazione è portato sull’estremità del polimero in cre-
scita e deve perciò essere rigenerato ogni volta che viene aggiunto un mono-
mero. In questo caso ciascun monomero porta il legame reattivo che sarà usa-
to per aggiungere il monomero successivo della serie. Nella polimerizzazione di
coda il legame reattivo portato da ciascun monomero viene invece usato im-
mediatamente per la sua aggiunta (Figura 2.44).
Vedremo nei capitoli successivi che vengono usati entrambi i tipi di po-
limerizzazione. La sintesi dei polinucleotidi e di alcuni polisaccaridi sempli-
ci, per esempio, avviene per polimerizzazione di coda, mentre la sintesi delle
proteine avviene per un processo di polimerizzazione di testa.

base
3
P P P O
zucchero
base
1
OH
intermedio ad alta energia P O
zucchero
base
Figura 2.43 La sintesi di un 2 ATP
2
polinucleotide, RNA o DNA, è P O
un processo in molti passaggi P Pi zucchero
spinto dall’idrolisi di ATP. Nel
primo passaggio un nucleoside H2O OH
monofosfato è attivato mediante catena
base polinucleotidica
trasferimento sequenziale dei gruppi 3 2 ADP 2 Pi contenente
fosfato terminali a partire da due P O due nucleotidi
molecole di ATP. L’intermedio ad alta zucchero prodotti di idrolisi base
1
energia che si forma – un nucleoside dell’ATP
OH P O
trifosfato – si trova libero in soluzione zucchero
finché reagisce con l’estremità in nucleoside base
crescita di una catena di RNA o di monofosfato 2
DNA con rilascio di pirofosfato. P O
L’idrolisi di quest’ultimo a fosfato zucchero
base
inorganico è altamente favorevole catena polinucleotidica 3
e aiuta a spingere la reazione totale contenente tre nucleotidi
P O
nella direzione della sintesi del zucchero
polinucleotide. Per dettagli vedi il
Capitolo 5. OH
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 75

POLIMERIZZAZIONE DI TESTA (ad esempio, PROTEINE, ACIDI GRASSI) POLIMERIZZAZIONE DI CODA (ad esempio, DNA, RNA, POLISACCARIDI)

6 + 7 1 + 7

ciascun monomero porta un legame ciascun monomero porta


ad alta energia che sarà usato un legame ad alta energia
6 per l’aggiunta del monomero successivo 7 per la propria aggiunta

7 1

SOMMARIO Le cellule viventi, per sopravvivere e crescere, devono creare ordine Figura 2.44 L’orientamento degli
al loro interno e mantenerlo. Ciò è termodinamicamente possibile soltanto grazie intermedi attivi nelle reazioni
a un continuo apporto di energia, parte della quale deve essere rilasciata dalle di condensazione ripetitive che
formano i polimeri biologici.
cellule all’ambiente come calore che aumenta il disordine di ciò che le circonda. Le
La crescita di testa dei polimeri è
uniche reazioni chimiche possibili sono quelle che aumentano la quantità totale di confrontata con la crescita alternativa
disordine nell’universo. Il cambiamento di energia libera di una reazione, DG, misura di coda. Come indicato, questi due
questo disordine e deve essere minore di zero affinché una reazione possa procedere meccanismi sono usati per produrre
spontaneamente. Questo DG dipende sia dalle proprietà intrinseche dei reagenti sia tipi diversi di macromolecole
biologiche.
dalle loro concentrazioni e può essere calcolato a partire da queste concentrazioni
se si conoscono la costante all’equilibrio della reazione (K) o il suo cambiamento di
energia libera standard DG°.
L’energia necessaria alla vita deriva in ultima istanza dalle radiazioni elettromagnetiche
del sole, che alimentano la formazione di molecole organiche negli organismi
fotosintetici come le piante verdi. Gli animali ricavano la loro energia ingerendo
queste molecole organiche e ossidandole in una serie di reazioni catalizzate da enzimi
accoppiate alla formazione di ATP, una “moneta” comune di energia in tutte le cellule.
Per rendere possibile la continua generazione di ordine nelle cellule l’idrolisi
energeticamente favorevole di ATP è accoppiata a reazioni energeticamente
sfavorevoli. Nella biosintesi delle macromolecole l’ATP è usato per formare intermedi
reattivi fosforilati. Poiché la reazione energeticamente sfavorevole diventa adesso
energeticamente favorevole, si dice che l’idrolisi di ATP spinge la reazione. Le
molecole polimeriche come proteine, acidi nucleici e polisaccaridi sono assemblate
a partire da piccoli precursori attivati mediante reazioni ripetitive di condensazione
che sono spinte in questo modo. Altre molecole reattive, chiamate trasportatori attivi
o coenzimi, trasferiscono altri gruppi chimici nel corso della biosintesi: il NADPH
trasferisce idrogeno in forma di un protone più due elettroni (uno ione idruro), per
esempio, mentre l’acetil CoA trasferisce un gruppo acetilico. ●

Il modo in cui le cellule ottengono energia


dal cibo
L’apporto costante di energia necessario alle cellule per generare e mantene-
re l’ordine biologico che consente loro di vivere deriva dall’energia chimica
di legame nelle molecole di cibo.
Le proteine, i lipidi e i polisaccaridi che compongono la maggior parte del
cibo che mangiamo devono essere demoliti in molecole più piccole prima che
le nostre cellule possano usarli, sia come fonte di energia che come unità da
costruzione per altre molecole. La digestione enzimatica demolisce le grandi
molecole polimeriche del cibo nelle loro subunità monomeriche: le proteine
in amminoacidi, i polisaccaridi in zuccheri, i grassi in acidi grassi e glicerolo.
Dopo la digestione le piccole molecole organiche derivate dal cibo entrano
nel citosol delle cellule, dove inizia la loro graduale ossidazione.
Gli zuccheri sono molecole combustibili particolarmente importanti e so-
no ossidati in piccoli passaggi controllati ad anidride carbonica (CO2) e acqua
(Figura 2.45). In questa sezione delineeremo le fasi principali della demolizio-
ne, o catabolismo, degli zuccheri e mostreremo come questi producano ATP,
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
76 © 978-88-08-62126-9

(A) COMBUSTIONE DIRETTA DI UNO ZUCCHERO (B) OSSIDAZIONE IN PIÙ PASSAGGI


IN UN SISTEMA NON VIVENTE DI UNO ZUCCHERO IN UNA CELLULA

grande energia
di attivazione piccole energie di attivazione
superata dal calore superate da enzimi che agiscono
di un fuoco alla temperatura corporea

ZUCCHERO + O2 ZUCCHERO + O2
energia libera

tutta l’energia molecole


libera è rilasciata trasportatrici
come calore; attivate
nessuna conservano
è conservata energia

CO2 + H2O CO2 + H2O

Figura 2.45 Rappresentazione NADH e altre molecole trasportatrici attivate nelle cellule animali. Una via
schematica dell’ossidazione molto simile opera anche nei vegetali, nei funghi e in molti batteri. Come ve-
controllata in più passaggi di
uno zucchero in una cellula,
dremo, l’ossidazione degli acidi grassi è ugualmente importante per le cellule.
confrontata con la combustione Altre molecole, come le proteine, possono anch’esse servire da fonte di ener-
ordinaria. (A) Se lo zucchero fosse gia quando sono incanalate in vie enzimatiche appropriate.
invece ossidato a CO2 e H2O in un
singolo passaggio rilascerebbe una ■ La glicolisi è una via centrale che produce ATP
quantità di energia molto più grande
di quella che potrebbe essere catturata
per scopi utili. (B) Nella cellula, gli Il processo più importante della demolizione degli zuccheri è la sequenza
enzimi catalizzano l’ossidazione in di reazioni nota come glicolisi (dal greco glycos, “zucchero”, e lysis, “rottu-
una serie di piccoli passaggi in cui ra”). La glicolisi produce ATP senza il coinvolgimento di ossigeno molecolare
l’energia libera è trasferita in pacchetti (O2 gassoso). Avviene nel citosol della maggior parte delle cellule, compresi
di dimensioni utili a molecole
trasportatrici, più spesso ATP e NADH. molti microrganismi anaerobi. La glicolisi si è probabilmente evoluta preco-
In ciascun passaggio un enzima cemente nella storia della vita, prima che le attività degli organismi fotosinte-
controlla la reazione riducendo la tici introducessero ossigeno nell’atmosfera. Durante la glicolisi una molecola
barriera di energia di attivazione che di glucosio con sei atomi di carbonio è convertita in due molecole di piruva-
deve essere superata prima che la to, ciascuna delle quali contiene tre atomi di carbonio. Per ciascuna moleco-
reazione specifica possa avvenire.
L’energia libera totale rilasciata è la di glucosio due molecole di ATP vengono idrolizzate per fornire l’energia
esattamente la stessa in (A) e in (B). necessaria per spingere i passaggi iniziali, ma quattro molecole di ATP sono
prodotte nei passaggi successivi. Alla fine della glicolisi c’è di conseguenza un
guadagno netto di due molecole di ATP per ciascuna molecola di glucosio de-
molita. Sono prodotte anche due molecole del trasportatore attivato NADH.
La via glicolitica è presentata schematicamente nella Figura 2.46 e con mag-
giori dettagli nel Quadro 2.8 (pp. 108-109) e Filmato 2.5 . La glicolisi consta
di una sequenza di 10 reazioni separate, ciascuna delle quali produce uno zuc-
chero intermedio diverso ed è catalizzata da un enzima diverso. Come la mag-
gior parte degli enzimi, questi hanno tutti nomi che terminano in -asi – co-
me isomerasi e deidrogenasi – che indicano il tipo di reazione che catalizzano.
Sebbene nella glicolisi non sia coinvolto ossigeno molecolare, si ha ossida-
zione, in quanto vengono rimossi elettroni a opera del NAD+ (producendo
NADH) da alcuni dei carboni derivati dalla molecola di glucosio. Il fatto che
il processo avvenga in più passaggi permette all’energia di ossidazione di esse-
re rilasciata in piccoli “pacchetti”, così che molta di essa può essere conservata
in molecole trasportatrici attivate invece di essere tutta rilasciata come calore
(vedi Figura 2.45). Così una parte dell’energia rilasciata dall’ossidazione spin-
ge la sintesi diretta di molecole di ATP da ADP e Pi e una parte resta con gli
elettroni nel trasportatore di elettroni ad alta energia NADH.
Per ogni molecola di glucosio si formano due molecole di NADH nel cor-
so della glicolisi. Negli organismi aerobi queste molecole di NADH donano i
loro elettroni alla catena di trasporto degli elettroni descritta nel Capitolo 14
e il NAD+ formato dal NADH viene usato di nuovo per la glicolisi (vedi il
passaggio 6 nel Quadro 2.8 pp. 108-109).
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 77

CH2OH Figura 2.46 Uno schema della


O glicolisi. Ciascuno dei 10 passaggi
mostrati è catalizzato da un enzima
una molecola diverso. Si noti che il passaggio 4
di glucosio OH
HO OH investimento taglia uno zucchero a sei carboni
di energia in due zuccheri a tre carboni, così
OH che verrà che il numero di molecole a ogni
ATP PASSAGGIO 1 recuperato stadio successivo raddoppia. Come
più tardi indicato, il passaggio 6 dà inizio alla
PASSAGGIO 2 fase di generazione dell’energia della
glicolisi. Poiché due molecole di ATP
ATP sono idrolizzate nella fase iniziale che
PASSAGGIO 3
consuma energia, la glicolisi porta alla
sintesi netta di 2 molecole di ATP e 2
P OH2C O CH2O P
di NADH per ogni molecola di glucosio
fruttosio (vedi anche Quadro 2.8).
1,6 bifosfato HO
OH
OH
PASSAGGIO 4 taglio di uno
zucchero
a sei carboni
in due zuccheri
PASSAGGIO 5 a tre carboni

CHO CHO
due molecole
di gliceraldeide CHOH CHOH
3-fosfato
CH2O P CH2O P
NADH PASSAGGIO 6 NADH

ATP PASSAGGIO 7 ATP

PASSAGGIO 8

PASSAGGIO 9 generazione
di energia
ATP PASSAGGIO 10 ATP

COO– COO–
due molecole C O C O
di piruvato
CH3 CH3

■ Le fermentazioni producono ATP in assenza di ossigeno

Per la maggior parte delle cellule animali e vegetali la glicolisi è soltanto un


preludio allo stadio finale della demolizione delle molecole di cibo. In queste
cellule il piruvato formato nella glicolisi viene rapidamente trasportato nei
mitocondri, dove è convertito in CO2 più acetil CoA, che viene poi ossidato
completamente a CO2 e H2O.
Per molti organismi anaerobi – che non utilizzano ossigeno molecolare e
possono crescere e dividersi senza di esso – la glicolisi è invece la fonte prin-
cipale dell’ATP cellulare. Ciò vale anche per certi tessuti animali, come il mu-
scolo scheletrico, che continuano a funzionare quando l’ossigeno molecolare è
scarso. In queste condizioni anaerobiche il piruvato e gli elettroni del NADH
si trovano nel citosol. Il piruvato è convertito in prodotti escreti dalla cellula,
per esempio in etanolo e CO2 nei lieviti usati per fare birra e pane, o in lat-
tato nei muscoli. In questo processo il NADH cede i suoi elettroni ed è con-
vertito di nuovo in NAD+. Questa rigenerazione del NAD+ è necessaria per
mantenere le reazioni della glicolisi (Figura 2.47).
Vie che producono energia di questo tipo, in cui molecole organiche do-
nano e accettano elettroni (e che spesso, come in questi casi, sono anaerobi-
che) sono chiamate fermentazioni. Lo studio delle fermentazioni svolte da
lieviti importanti dal punto di vista economico ha ispirato buona parte della
biochimica iniziale. Ricerche svolte nel XIX secolo hanno portato nel 1896
al riconoscimento, a quel tempo sorprendente, che questi processi potevano
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
78 © 978-88-08-62126-9

Figura 2.47 Due vie per la (A) FERMENTAZIONE CHE PORTA ALL’ESCREZIONE DI LATTATO
demolizione anaerobica del
piruvato. (A) Quando non è presente glucosio
una quantità di ossigeno adeguata,
per esempio in una cellula muscolare
ADP NAD+

glicolisi
in forte contrazione, il piruvato
prodotto dalla glicolisi è convertito ATP NADH + H
+
NAD+
in lattato, come mostrato. Questa
reazione rigenera il NAD+ consumato
nel passaggio 6 della glicolisi, ma
l’intera via produce in totale molta
meno energia dell’ossidazione O O– O O–
rigenerazione
+
completa. (B) In alcuni organismi che C di NAD C
possono crescere anaerobicamente,
come i lieviti, il piruvato è convertito C O H C OH
tramite acetaldeide in anidride
carbonica ed etanolo. Di nuovo, CH3 CH3
questa via rigenera NAD+ da NADH, piruvato lattato
come è necessario per permettere alla
glicolisi di continuare. Sia (A) che (B)
sono esempi di fermentazioni. (B) FERMENTAZIONE CHE PORTA ALL’ESCREZIONE DI ALCOL E CO2

glucosio

ADP NAD+
glicolisi

+
ATP NADH + H NAD+

O O– H
+
rigenerazione
+
C di NAD
HC O H2C OH
C O
CH3 CH3
CH3
acetaldeide etanolo
piruvato
CO2

essere studiati fuori da organismi viventi, in estratti cellulari. Questa scoperta


rivoluzionaria rese alla fine possibile la scomposizione e lo studio di ciascu-
na singola reazione del processo di fermentazione. La ricostruzione della via
glicolitica completa negli anni ’30 del Novecento è stata uno dei più gran-
di trionfi della biochimica, rapidamente seguita dal riconoscimento del ruolo
centrale dell’ATP nei processi cellulari.

■ La glicolisi illustra il modo in cui gli enzimi accoppiano


l’ossidazione alla conservazione dell’energia

La formazione di ATP durante la glicolisi fornisce una chiara dimostrazione


di come gli enzimi accoppino reazioni energeticamente sfavorevoli a reazio-
ni energeticamente favorevoli, spingendo in questo modo le molte reazioni
che rendono possibile la vita. Due reazioni centrali della glicolisi (passaggi 6
e 7) convertono lo zucchero intermedio a tre carboni gliceraldeide 3-fosfa-
to (un’aldeide) in 3-fosfoglicerato (un acido carbossilico; vedi Quadro 2.8,
pp. 108-109), ossidando così un gruppo aldeidico in un gruppo carbossilico.
La reazione totale rilascia abbastanza energia libera per convertire una mole-
cola di ADP in ATP e per trasferire due elettroni (e un protone) dall’aldeide a
NAD+ per formare NADH, rilasciando comunque abbastanza calore nell’am-
biente per rendere la reazione totale energeticamente favorevole (il DG° per
la reazione totale è –12,5 kJ/mole).
La via utilizzata per compiere questa notevole impresa di raccolta di energia
è schematizzata nella Figura 2.48. Le reazioni chimiche indicate sono guidate
precisamente da due enzimi ai quali gli zuccheri intermedi sono strettamente
legati. Infatti, come descritto dettagliatamente nella Figura 2.48, il primo en-
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 79

(A) PASSAGGI 6 E 7 DELLA GLICOLISI Figura 2.48 Immagazzinamento


di energia nei passaggi 6 e 7 della
glicolisi. (A) Nel passaggio 6 l’enzima
H O gliceraldeide 3-fosfato deidrogenasi
accoppia l’ossidazione di un’aldeide,
C
gliceraldeide energeticamente favorevole, alla
H C OH 3-fosfato formazione, energeticamente
sfavorevole, di un legame fosfato
CH2O P ad alta energia. Allo stesso tempo,
permette all’energia di essere
Un legame covalente a vita breve
HS ENZIMA si forma fra gliceraldeide 3-fosfato
immagazzinata nella molecola di
(il substrato) e il gruppo –SH di una NADH. La formazione del legame
NAD+ catena laterale di cisteina fosfato ad alta energia è spinta dalla
dell’enzima gliceraldeide 3-fosfato reazione di ossidazione, e l’enzima
deidrogenasi, che si lega anche in perciò agisce come l’accoppiatore
modo non covalente a NAD+. “a turbina” della Figura 2.32B.
ENZIMA S
Nel passaggio 7, il legame fosfato
gliceraldeide 3-fosfato deidrogenasi

H C OH ad alta energia di nuova sintesi


presente nell’1,3-bifosfoglicerato
H C OH La gliceraldeide 3-fosfato viene è trasferito all’ADP, formando una
PASSAGGIO 6

ossidata in quanto l’enzima molecola di ATP e lasciando nello


CH2O P rimuove un atomo di idrogeno (in
zucchero ossidato un gruppo di
giallo) e lo trasferisce, assieme a un
elettrone al NAD+ formando così acido carbossilico libero. La parte
NADH (vedi Figura 2.37). Parte della molecola che subisce un
+
NADH + H dell’energia rilasciata cambiamento è ombreggiata in
dall’ossidazione dell’aldeide viene azzurro, il resto della molecola rimane
legame ad alta energia così immagazzinata in NADH e inalterato in tutte queste reazioni. (B)
ENZIMA S parte in legami tioesterici ad alta
(tioestere) Riassunto del cambiamento chimico
energia che uniscono la
C O gliceraldeide 3-fosfato all'enzima. totale prodotto dalle reazioni 6 e 7.

H C OH

CH2O P

legame Una molecola di fosfato inorganico


fosfato
fosfato Pi sposta il legame ad alta energia per
inorganico
ad alta energia creare 1,3-bifosfoglicerato che contiene
un legame fosfato ad alta energia.

P O

C O
1,3-bifosfoglicerato
H C OH

CH2O P

P P A ADP
fosfoglicerato chinasi

Il gruppo fosfato ad alta energia


è trasferito ad ADP per formare ATP.
PASSAGGIO 7

P P P A ATP

HO O
C

H C OH
3-fosfoglicerato
CH2O P

(B)
RIASSUNTO DEI PASSAGGI 6 E 7

H O HO O L'ossidazione di un'aldeide ad acido


C NADH C carbossilico rilascia energia, gran parte
della quale viene acquisita dai
trasportatori attivati ATP e NADH.
aldeide acido
carbossilico

ATP
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
80 © 978-88-08-62126-9

P O O P O O
1,3-bifosfoglicerato
C C
ATP

NADH

formazione idrolisi
di un legame del legame

energia libera
ad alta energia ad alta energia

ADP
NAD+

H O HO O
gliceraldeide
3-fosfoglicerato
C 3-fosfato C

ossidazione
del legame
C–H

PASSAGGIO 6 PASSAGGIO 7

IL CAMBIAMENTO TOTALE DI ENERGIA per il passaggio 6 seguito dal passaggio 7


è favorevole –12,5 kJ/mole

Figura 2.49 Disegno schematico delle reazioni accoppiate che formano NADH
e ATP nei passaggi 6 e 7 della glicolisi. L’energia dell’ossidazione del legame C–H
spinge la formazione sia di NADH che di un legame fosfato ad alta energia. La rottura del
legame ad alta energia spinge quindi la formazione di ATP.

zima (gliceraldeide 3-fosfato deidrogenasi) forma un legame covalente a vita


breve con l’aldeide tramite un gruppo reattivo –SH sull’enzima e catalizza la
sua ossidazione da parte del NAD+ mentre è ancora attaccato. Il legame reat-
tivo enzima-substrato viene quindi spostato da uno ione fosfato inorganico
producendo un intermedio fosfato ad alta energia, che viene quindi rilascia-
to dall’enzima. Questo intermedio si lega poi al secondo enzima (fosfoglice-
rato chinasi), che catalizza il trasferimento energeticamente favorevole del fo-
sfato ad alta energia appena creato ad ADP, formando ATP e completando il
processo di ossidazione di un’aldeide ad acido carbossilico. Si noti che l’ener-
gia di ossidazione del legame C-H nel passaggio 6 spinge la formazione sia di
NADH che di un legame fosfato ad alta energia. La rottura di questo legame
ad alta energia porta poi alla formazione di ATP.
Abbiamo mostrato questo particolare processo di ossidazione in detta-
glio perché fornisce un chiaro esempio di conservazione di energia media-
ta enzimaticamente tramite reazioni accoppiate (Figura 2.49). I passaggi 6 e
7 della glicolisi sono le sole reazioni che creano un legame fosfato ad al-
ta energia direttamente da fosfato inorganico. Come tali sono responsabili
della resa netta di due ATP e di due NADH per molecola di glucosio (vedi
Quadro 2.8, pp. 108-109).
Come abbiamo appena visto, l’ATP si può formare facilmente da ADP
quando si producono intermedi di reazione con legami fosfato ad energia su-
periore di quelli dell’ATP. I legami fosfato possono essere disposti in ordine di
energia confrontando il cambiamento in energia libera standard (DG¡) per la
rottura di ciascun legame per idrolisi. La Figura 2.50 mette a confronto i lega-
mi fosfoanidride ad alta energia dell’ATP con l’energia di altri legami fosfato,
alcuni dei quali sono generati durante la glicolisi.

■ Gli organismi conservano le molecole di cibo


in speciali depositi

Tutti gli organismi devono mantenere un alto rapporto ATP/ADP, se nelle


loro cellule deve essere mantenuto un ordine biologico. Eppure gli animali
hanno soltanto un accesso periodico al cibo e i vegetali devono sopravvivere
durante la notte in assenza di luce solare, senza la possibilità di produrre zuc-
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 81

O– O
C O
legame H2C C O P O– fosfoenolpiruvato
–61,9 kJ
–60
enol fosfato (vedi Quadro 2.8,
H 2O O– pp. 108-109)

O O
per esempio,
legame anidride C C O P O– 1,3-bifosfoglicerato –49,0 kJ
con il carbonio
(vedi Quadro 2.8)
H2O O–

–40
H +NH O

∆G PER L’IDROLISI
O 2
legame
O–
fosfato nella creatina fosfato
creatina
C C N C N P
(trasportatore attivato –43,0 kJ
fosfato –O
O–
che conserva energia
H CH3 H nel muscolo)

o
H2O

legame O O O per esempio,


anidride
ATP quando è idrolizzato –30,6 kJ
con fosfato C O P O P O P O– ad ADP
(legame
O– O– O–
fosfoanidridico)

–20
H2O

H O
per esempio,
legame
fosfoesterico C C O P O– glucosio 6-fosfato –17,5 kJ
(vedi Quadro 2.8)
H O–
H2O
esempi specifici che mostrano il cambiamento
tipo di legame fosfato in energia libera standard (∆G°)
per l’idrolisi del legame fosfato
0

Figura 2.50 I legami fosfato hanno energie diverse. Nelle del legame fosfato della prima molecola è più negativo di
molecole rappresentate a sinistra sono mostrati esempi di quello per l’idrolisi del legame fosfato della seconda molecola.
diversi tipi di legami fosfato con i loro siti di idrolisi. Quelli che Così, per esempio, in condizioni standard un gruppo fosfato
iniziano con un atomo di carbonio grigio mostrano soltanto è prontamente trasferito da 1,3-bifosfoglicerato ad ADP,
parte della molecola. Esempi di molecole contenenti questi formando ATP. (Spesso le condizioni standard non sono
legami sono riportati a destra, con il cambiamento di energia applicabili alle cellule viventi, dove le concentrazioni relative
libera della loro idrolisi in kilojoule. Il trasferimento di un di reagenti e prodotti influenzeranno il reale cambiamento di
gruppo fosfato da una molecola a un’altra è energeticamente energia libera.) La reazione di idrolisi può essere vista come
favorevole se il cambiamento di energia libera (∆G) per l’idrolisi trasferimento del gruppo fosfato all’acqua.

cheri dalla fotosintesi. Per questa ragione sia i vegetali che gli animali conver-
tono zuccheri e grassi in forme speciali di deposito (Figura 2.51).
Per compensare lunghi periodi di digiuno gli animali conservano gli aci-
di grassi come goccioline di grasso composte di triacilgliceroli insolubili in ac-
qua (chiamati anche trigliceridi). Negli animali i triacilgliceroli sono imma-
gazzinati in gran parte nel citoplasma di cellule adipose specializzate chiamate
adipociti. Per la conservazione a più breve termine gli zuccheri sono imma-
gazzinati come subunità di glucosio nel grande polisaccaride ramificato gli-
cogeno, che è presente in forma di piccoli granuli nel citoplasma di molte
cellule, fra le quali quelle di fegato e muscolo. La sintesi e la degradazione del
glicogeno sono regolate rapidamente secondo le necessità. Quando è neces-
sario più ATP di quanto possa essere generato dalle molecole di cibo assun-
te dal torrente circolatorio, le cellule demoliscono glicogeno in una reazio-
ne che produce glucosio 1-fosfato, che è rapidamente convertito in glucosio
6-fosfato per la glicolisi (Figura 2.52).
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
82 © 978-88-08-62126-9

granuli
di glicogeno
nel citoplasma
di una cellula
di fegato

punto di subunità
ramificazione di glucosio
(A) (B) 1 µm

involucro del cloroplasto vacuolo

grani

tilacoide

amido
gocciolina
di grasso

parete cellulare grani

(C) 1 µm (D) 50 µm

Figura 2.51 La conservazione di zuccheri e grassi nelle (C) Una sezione sottile di un singolo cloroplasto di una cellula
cellule animali e vegetali. (A) Le strutture di amido e glicogeno, vegetale, che mostra i granuli di amido e le goccioline di lipidi
la forma di deposito degli zuccheri rispettivamente nei vegetali e che si sono accumulati come risultato delle biosintesi avvenute
negli animali. Entrambi sono polimeri di deposito dello zucchero nell’organello. (D) Goccioline di grasso (colorate in rosso) che
glucosio e differiscono soltanto per la frequenza dei punti di cominciano ad accumularsi in cellule adipose in fase di sviluppo
ramificazione. Ci sono molte più ramificazioni nel glicogeno di un animale. (B, per gentile concessione di Robert Fletterick e
rispetto all’amido. (B) Una micrografia elettronica che mostra Daniel S. Friend; C, per gentile concessione di K. Plaskitt; D, per
granuli di glicogeno nel citoplasma di una cellula di fegato. gentile concessione di Ronald M. Evans e Peter Totonoz.)

Per gli animali il grasso è quantitativamente una forma di deposito molto


più importante del glicogeno, presumibilmente perché rappresenta un depo-
sito più efficiente. L’ossidazione di un grammo di grasso rilascia circa il dop-
pio dell’energia rilasciata da un grammo di glicogeno. Inoltre il glicogeno dif-
ferisce dal grasso in quanto lega una grande quantità di acqua, il che produce

HOCH2 HOCH2
O O

OH OH polimero
O O di glicogeno
HO

OH OH

HOCH2 P OCH2
Pi O O
glicogeno GLICOLISI
fosforilasi OH OH
HO O P HO OH

Figura 2.52 Come sono prodotti OH OH


glucosio-1-fosfato glucosio-6-fosfato
gli zuccheri a partire dal glicogeno. HOCH2
Le subunità di glucosio sono rilasciate O
a partire dal glicogeno mediante
l’enzima glicogeno fosforilasi OH polimero
che produce glucosio-1-fosfato, O di glicogeno
HO
rapidamente convertito in glucosio-6-
fosfato per la glicolisi. OH
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 83

Figura 2.53 Alcuni semi che


costituiscono un importante
alimento per gli esseri umani. Mais,
noci e piselli contengono riserve di
amido e di grassi che forniscono al
giovane embrione vegetale nel seme
energia e unità da costruzione per le
biosintesi. (Per gentile concessione
della John Innes Foundation.)

una differenza di sei volte nella massa effettiva di glicogeno richiesta per con-
servare la stessa quantità di energia del grasso. Un essere umano adulto medio
immagazzina glicogeno sufficiente per un giorno soltanto di attività normale
ma abbastanza grasso da sopravvivere quasi un mese. Se la nostra riserva prin-
cipale di combustibile dovesse essere il glicogeno invece che il grasso, il peso
corporeo dovrebbe aumentare in media di 30 kg.
Lo zucchero e l’ATP necessari alle cellule vegetali sono prodotti in larga
parte in organelli separati: gli zuccheri nei cloroplasti (gli organelli specializ-
zati nella fotosintesi) e l’ATP nei mitocondri. Sebbene i vegetali producano
NADPH e ATP nei loro cloroplasti, questo tipo di organelli è isolato dal re-
sto della cellula vegetale da una membrana impermeabile a entrambi i tipi di
molecole trasportatrici attivate. Inoltre i vegetali contengono molte altre cel-
lule – come quelle delle radici – che sono prive di cloroplasti e perciò non
producono i propri zuccheri. Perciò gli zuccheri sono esportati dai cloroplasti
ai mitocondri che si trovano in tutte le cellule dei vegetali. La maggior parte
dell’ATP necessario per il metabolismo generale della cellula vegetale viene
sintetizzata in questi mitocondri, impiegando esattamente le stesse vie di de-
molizione ossidativa degli zuccheri che sono usate dagli organismi non foto-
sintetici; questo ATP viene poi passato al resto della cellula (vedi Figura 14.42).
Nei periodi in cui la capacità fotosintetica è in eccesso, durante il giorno, i
cloroplasti convertono una parte degli zuccheri che producono in grassi e in
amido, un polimero di glucosio analogo al glicogeno degli animali. I grassi
dei vegetali sono triacilgliceroli (trigliceridi), proprio come i grassi degli ani-
mali, e differiscono soltanto nei tipi di acidi grassi che predominano. Il gras-
so e l’amido sono entrambi conservati nel cloroplasto come riserve da mobi-
lizzare come fonte di energia durante i periodi di buio (vedi Figura 2.51C).
Gli embrioni all’interno di semi vegetali devono contare su fonti di ener-
gia conservate per un periodo prolungato, fino a che germinano producen-
do foglie che possono raccogliere l’energia della luce solare. Per questa ragio-
ne i semi vegetali contengono spesso quantità particolarmente abbondanti di
grassi e amido, che li rendono una delle fonti principali di cibo per gli anima-
li, compreso l’uomo (Figura 2.53).

■ Durante il digiuno la maggior parte delle cellule animali


trae lÕenergia dagli acidi grassi

Dopo un pasto la maggior parte dell’energia necessaria a un animale deriva


dagli zuccheri presenti nel cibo. Se ci sono zuccheri in eccesso, questi sono
usati per rifornire le scorte esaurite di glicogeno, o per sintetizzare grassi co-
me deposito di cibo. Ma il grasso depositato nel tessuto adiposo viene mol-
to presto richiamato e già al mattino dopo il digiuno notturno l’ossidazione
degli acidi grassi genera la maggior parte dell’ATP di cui abbiamo bisogno.
Bassi livelli di glucosio nel sangue innescano la demolizione dei grassi per
la produzione di energia. Come illustrato nella Figura 2.54, i triacilgliceroli de-
positati nelle goccioline di grasso degli adipociti sono idrolizzati per produrre
acidi grassi e glicerolo, e gli acidi grassi rilasciati sono trasferiti alle cellule del
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
84 © 978-88-08-62126-9

Figura 2.54 Il modo in cui i grassi


depositati sono mobilizzati per idrolisi
produrre energia negli animali. grasso
Bassi livelli di glucosio nel sangue depositato
innescano l’idrolisi delle molecole acidi grassi torrente circolatorio
di triacilglicerolo delle goccioline di
grasso in acidi grassi liberi e glicerolo. glicerolo
Questi acidi grassi entrano nel torrente CELLULA ADIPOSA
circolatorio, dove si legano alla
proteina albumina serica, abbondante
nel sangue. Speciali trasportatori
degli acidi grassi presenti nella
membrana plasmatica delle cellule CELLULA MUSCOLARE
che ossidano gli acidi grassi, come le
cellule muscolari, trasferiscono quindi
questi acidi grassi nel citosol, e da qui acidi grassi
ossidazione
sono spostati nei mitocondri per la nei mitocondri
produzione di energia. CO2

ATP

corpo attraverso il torrente circolatorio. Mentre convertono facilmente zuc-


cheri in grassi, gli animali non possono convertire acidi grassi in zuccheri. Gli
acidi grassi vengono invece ossidati direttamente.

■ Zuccheri e grassi sono entrambi degradati ad acetil CoA


nei mitocondri

Nel metabolismo aerobico il piruvato prodotto dagli zuccheri nella glicoli-


si citoplasmatica è trasportato nei mitocondri delle cellule eucariotiche, dove è
rapidamente decarbossilato da un enorme complesso di tre enzimi, chiamato
complesso della piruvato decarbossilasi. I prodotti della decarbossilazione del pi-
ruvato sono una molecola di CO2 (un prodotto di rifiuto), una molecola di
NADH, e acetil CoA (vedi il Quadro 2.9).
Gli acidi grassi importati dal torrente circolatorio sono condotti nei mito-
condri, dove avviene tutta la loro ossidazione (Figura 2.55). Ciascuna moleco-
Figura 2.55 Le vie di produzione
di acetil CoA da zuccheri e la di acido grasso (come la molecola attivata acido grasso CoA) viene demolita
grassi. Nelle cellule eucariotiche il completamente da un ciclo di reazioni che taglia due carboni alla volta dalla
mitocondrio è il luogo in cui viene sua estremità carbossilica, generando una molecola di acetil CoA a ogni giro
prodotto acetil CoA a partire da del ciclo. In questo processo sono prodotte anche una molecola di NADH e
entrambi i tipi principali di molecole una di FADH2 (Figura 2.56).
di cibo ed è quindi dove avviene
la maggior parte delle reazioni di Gli zuccheri e i grassi rappresentano le fonti principali di energia per la
ossidazione e dove viene prodotta maggior parte degli organismi non fotosintetici, compresi gli esseri umani.
la maggior parte dell’ATP. Anche gli Tuttavia la maggioranza dell’energia utile che può essere ricavata dall’ossida-
amminoacidi (non mostrati) possono zione di entrambi i tipi di nutrienti rimane conservata nelle molecole di acetil
entrare nel mitocondrio dove sono CoA che sono prodotte dai due tipi di reazione appena descritti. Le reazioni
convertiti in acetil CoA o in un
altro intermedio del ciclo dell’acido del ciclo dell’acido citrico, in cui il gruppo acetilico dell’acetil CoA viene os-
citrico. La struttura e la funzione dei sidato a CO2 e H2O, sono perciò centrali per il metabolismo energetico degli
mitocondri sono trattate in dettaglio organismi aerobici. Negli eucarioti queste reazioni hanno tutte luogo nei mi-
nel Capitolo 14. tocondri. Non dovremmo perciò sorprenderci di scoprire che il mitocondrio

membrana plasmatica

Zuccheri
zuccheri glucosio piruvato piruvato
e polisaccaridi
acetil CoA

Grassi acidi grassi acidi grassi acidi grassi


MITOCONDRIO

CITOSOL
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 85

(A) (C)
acido grasso CoA O l’acido grasso attivato
entra nel ciclo
R CH2 CH2 CH2 C
S–CoA
resto della coda
idrocarburica

acido il ciclo si ripete


gocciolina di grasso
O finché l’acido grasso
grasso CoA
accorciato R CH2 C non è degradato
di due completamente
carboni S–CoA

O
FAD
CH3 C
1 µm S–CoA FADH2
acetil CoA
O
O
R CH2 CH CH C
CH2 O C coda idrocarburica S–CoA
HS–CoA
H2O
O O OH H O
O
R CH2 C C C
CH O C coda idrocarburica R CH2 C CH2 C
S–CoA S–CoA
H H

CH2 O C coda idrocarburica NADH NAD+


+ H+
legame estere
(B) triacilglicerolo

è il luogo in cui viene prodotta la maggior parte di ATP nelle cellule animali. Figura 2.56 L’ossidazione
I batteri aerobi svolgono invece tutte le loro reazioni, incluso il ciclo dell’aci- degli acidi grassi ad acetil CoA.
(A) Micrografia elettronica di una
do citrico, in un unico compartimento, il citosol. gocciolina di lipidi nel citoplasma.
(B) La struttura dei grassi. I grassi sono
■ Il ciclo dell’acido citrico genera NADH ossidando gruppi triacilgliceroli. Il glicerolo, a cui sono
acetilici a CO2 collegati tre acidi grassi tramite legami
estere, è mostrato qui in azzurro.
I grassi sono insolubili in acqua e
Nel XIX secolo i biologi notarono che in assenza di aria (condizioni anae- formano grosse gocce lipidiche nelle
robiche) le cellule producono acido lattico (per esempio, nel muscolo) o eta- cellule adipose (chiamate adipociti)
nolo (per esempio, nel lievito), mentre in presenza di aria (condizioni aero- in cui sono depositati. (C) Il ciclo di
biche) consumano O2 e producono CO2 e H2O. Gli sforzi per definire le vie ossidazione degli acidi grassi. Il ciclo
del metabolismo aerobico si concentrarono alla fine sull’ossidazione del pi- è catalizzato da una serie di quattro
enzimi nel mitocondrio. Ciascun giro
ruvato e portarono nel 1937 alla scoperta del ciclo dell’acido citrico, noto del ciclo accorcia la catena dell’acido
anche come ciclo dell’acido tricarbossilico o ciclo di Krebs. Il ciclo dell’acido citrico grasso di due carboni (mostrati in
è responsabile di circa i due terzi dell’ossidazione totale dei composti del car- rosso) e genera una molecola di acetil
bonio nella maggior parte delle cellule e i suoi prodotti finali principali sono CoA e una molecola di NADH e di
CO2 ed elettroni ad alta energia sotto forma di NADH. La CO2 viene rila- FADH2. (A, per gentile concessione di
Daniel S. Friend.)
sciata come prodotto di scarto, mentre gli elettroni ad alta energia del NADH
passano a una catena di trasporto degli elettroni attaccata alla membrana (di-
scussa nel Capitolo 14), e alla fine si combinano con O2 per produrre H2O.
Sebbene il ciclo dell’acido citrico non usi di per sé O2 (usa atomi di ossige-
no derivanti dall’H2O),richiede O2 per procedere perché non esiste un altro
modo efficiente per liberare il NADH dai suoi elettroni e quindi rigenerare
il NAD+ che è necessario perché il ciclo non si fermi.
Il ciclo dell’acido citrico, che ha luogo all’interno dei mitocondri nelle
cellule eucariotiche, porta alla completa ossidazione degli atomi di carbo-
nio dei gruppi acetilici dell’acetil CoA, convertendoli in CO2. Ma il grup-
po acetilico non viene ossidato direttamente. Questo gruppo viene invece
trasferito dall’acetil CoA a una molecola più grande a quattro carboni, l’os-
salacetato, per formare l’acido tricarbossilico a sei carboni, l’acido citrico, dal
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
86 © 978-88-08-62126-9

Figura 2.57 Uno schema O


semplificato del ciclo dell’acido
citrico. La reazione di acetil CoA con H 3C C S–CoA
ossalacetato inizia il ciclo producendo acetil CoA
citrato (acido citrico). In ciascun giro 2C
del ciclo due molecole di CO2 hanno
origine come prodotti di scarto, più
tre molecole di NADH, una molecola
ossalacetato 6C citrato
di GTP e una molecola di FADH2.
Il numero di atomi di carbonio in 4C PASSAGGIO 1
ciascun intermedio è riportato in un PASSAGGIO 2 6C
NADH
riquadro giallo. Per i dettagli vedi +
+H PASSAGGIO 8
Quadro 2.9 (pp. 110-111). NADH + H
+

PASSAGGIO 3
4C C O2

PASSAGGIO 7 5C
PASSAGGIO 4

4C PASSAGGIO 6
PASSAGGIO 5 +
NADH + H
4C
4C C O2

FADH2 GTP

RISULTATO NETTO: UN GIRO DEL CICLO PRODUCE TRE NADH, UN GTP


E UN FADH2 E RILASCIA DUE MOLECOLE DI CO2

quale ha preso il nome il successivo ciclo di reazioni. La molecola dell’aci-


do citrico viene quindi ossidata gradualmente, permettendo di imbrigliare
l’energia di questa ossidazione per produrre molecole trasportatrici attivate
ricche di energia. La catena di otto reazioni forma un ciclo perché alla fine
l’ossalacetato è rigenerato ed entra in un nuovo ciclo, come mostrato sche-
maticamente nella Figura 2.57.
Finora abbiamo preso in esame soltanto uno dei tre tipi di molecole tra-
sportatrici attivate che vengono prodotte nel ciclo dell’acido citrico, la coppia
NAD+-NADH (vedi Figura 2.36). Oltre a tre molecole di NADH, ciascun
giro del ciclo produce anche una molecola di FADH2 (flavina adenina dinu-
cleotide ridotto) da FAD (vedi Figura 2.39) e una molecola del ribonucleoti-
de GTP (guanosina trifosfato) da GDP. La struttura del GTP è illustrata nel-
la Figura 2.58. Il GTP è un parente stretto dell’ATP e il trasferimento del suo
gruppo fosfato terminale ad ADP produce una molecola di ATP in ciascun
ciclo. Al pari del NADH, FADH2 è un trasportatore di elettroni ad alta ener-
gia e di idrogeno. Come vedremo fra breve, l’energia che è conservata negli
elettroni ad alta energia prontamente trasferiti del NADH e del FADH2 sarà
utilizzata successivamente per la produzione di ATP nel processo della fosfori-
lazione ossidativa, l’unico passaggio del catabolismo ossidativo del cibo che ri-
chiede direttamente ossigeno gassoso (O2) dall’atmosfera.

O
guanina
C
N
C NH
HC
O O O C C
N N NH2

O P O P O P O CH2 O
– –
O O O–
ribosio
OH OH
Figura 2.58 La struttura del GDP
GTP. GTP e GDP sono parenti stretti
rispettivamente di ATP e ADP. GTP
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 87

Figura 2.59 La glicolisi e il ciclo


GLUCOSIO
dell’acido citrico forniscono
nucleotidi i precursori necessari per
glucosio 6-fosfato sintetizzare molte molecole
amminozuccheri biologiche importanti. Gli
glicolipidi amminoacidi, i nucleotidi, i lipidi, gli
fruttosio 6-fosfato
glicoproteine zuccheri e altre molecole – mostrate
qui come prodotti – servono a
GLICOLISI
loro volta da precursori per molte
diidrossiacetone lipidi
fosfato
macromolecole della cellula. Ciascuna
freccia nera in questo schema indica
amminoacidi una singola reazione catalizzata da un
serina 3-fosfoglicerato pirimidine enzima; le frecce rosse rappresentano
generalmente vie con molti passaggi
che sono necessarie per dar vita ai
fosfoenolpiruvato
prodotti indicati.
alanina
piruvato
colesterolo
acidi grassi
aspartato citrato
altri amminoacidi
purine ossalacetato
pirimidine

CICLO
DELL’ACIDO
CITRICO

α-chetoglutarato

succinil CoA glutammato


eme altri amminoacidi
clorofilla purine

Il ciclo completo dell’acido citrico è presentato nel Quadro 2.9 (pp. 110-
111) e nel Filmato 2.6 . Gli atomi di ossigeno extra necessari per produrre
CO2 dai gruppi acetilici che entrano nel ciclo dell’acido citrico sono forni-
ti non da ossigeno molecolare, ma dall’acqua. Come illustrato nel Quadro, tre
molecole di acqua vengono spezzate in ciascun ciclo e gli atomi di ossigeno
di alcune di esse sono alla fine usati per produrre CO2.
Oltre al piruvato e agli acidi grassi, alcuni amminoacidi passano dal cito-
sol nei mitocondri, dove sono anch’essi convertiti in acetil CoA o in uno de-
gli altri intermedi del ciclo dell’acido citrico. Così nella cellula eucariotica il
mitocondrio è il centro verso cui convergono tutti i processi che producono
energia, che inizino con zuccheri, grassi o proteine.
Sia il ciclo dell’acido citrico che la glicolisi costituiscono anche un punto
di partenza per reazioni biosintetiche importanti poiché producono intermedi
vitali contenenti carbonio, come ossalacetato e a-chetoglutarato. Alcune di queste
sostanze prodotte dal catabolismo sono trasferite di nuovo dal mitocondrio al
citosol, dove servono da precursori nelle reazioni anaboliche per la sintesi di
molte molecole essenziali, come gli amminoacidi (Figura 2.59).

■ Il trasporto degli elettroni spinge la sintesi della maggior


parte dell’ATP in quasi tutte le cellule

La maggior parte dell’energia chimica è rilasciata nell’ultimo passaggio della


degradazione di una molecola di cibo. In questo processo finale i trasportato-
ri di elettroni NADH e FADH2 trasferiscono gli elettroni, che hanno guada-
gnato quando hanno ossidato altre molecole, alla catena di trasporto de-
gli elettroni, che è posta nella membrana mitocondriale interna (vedi Figu-
ra 14.10). Quando gli elettroni percorrono questa lunga catena di accettori e
donatori specializzati di elettroni, scendono a stati di energia progressivamen-
te più bassi. L’energia che gli elettroni rilasciano in questo processo è usata per
pompare ioni H+ (protoni) attraverso la membrana, dal compartimento mi-
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
88 © 978-88-08-62126-9

elettrone H+ tocondriale interno (la matrice) allo spazio tra le due membrane (e poi al ci-
proteina
ad alta di membrana
tosol), generando un gradiente di ioni H+ (Figura 2.60). Questo gradiente ser-
energia ve come fonte di energia, essendo utilizzato come una batteria per spingere
varie reazioni che richiedono energia. La più rilevante di queste reazioni è la
e- generazione di ATP mediante fosforilazione di ADP.
A B C
Alla fine di questa serie di trasferimenti di elettroni, questi giungono a
membrana
molecole di ossigeno gassoso (O2) che si sono diffuse nel mitocondrio e che
si combinano simultaneamente con protoni (H+) dalla soluzione circostante
per produrre molecole di acqua. Gli elettroni hanno adesso raggiunto il loro
livello più basso di energia e perciò tutta l’energia disponibile è stata estratta
e-
A B H C
dalla molecola di cibo che è stata ossidata. Questo processo, chiamato fosfo-
rilazione ossidativa (Figura 2.61), avviene anche nella membrana plasmatica
dei batteri. Essendo una delle realizzazioni più notevoli dell’evoluzione cel-
lulare, sarà un argomento centrale del Capitolo 14.
In totale, l’ossidazione completa di una molecola di glucosio a H2O e CO2
è usata dalla cellula per produrre circa 30 molecole di ATP. Soltanto 2 mole-
e- cole di ATP per molecola di glucosio sono invece prodotte dalla sola glicolisi.
A B C

elettrone ■ Gli amminoacidi e i nucleotidi sono parte del ciclo dell’azoto


a bassa
energia
H+ Finora ci siamo concentrati soprattutto sul metabolismo dei carboidrati e non
abbiamo ancora considerato il metabolismo dell’azoto o dello zolfo. Questi
Figura 2.60 La generazione di due elementi sono costituenti importanti delle macromolecole biologiche. Gli
un gradiente di H+ attraverso atomi di azoto e di zolfo passano da composto a composto e dagli organismi
una membrana per mezzo all’ambiente in una serie di cicli reversibili.
delle reazioni di trasporto degli Sebbene l’azoto molecolare sia abbondante nell’atmosfera terrestre, l’azoto
elettroni. Un elettrone ad alta è chimicamente non reattivo sotto forma di gas. Soltanto poche specie viven-
energia (derivato, per esempio,
dall’ossidazione di un metabolita) ti sono capaci di incorporarlo in molecole organiche, un processo chiamato
viene passato sequenzialmente dai fissazione dell’azoto. La fissazione dell’azoto avviene in certi microrgani-
trasportatori A, B e C a uno stato a smi e attraverso alcuni processi geofisici, come le scariche dei fulmini. È es-
energia più bassa. In questo schema senziale per la biosfera nel suo insieme, perché senza di essa la vita non esiste-
il trasportatore B è disposto nella rebbe su questo pianeta. Soltanto una piccola parte dei composti azotati ne-
membrana in modo da assumere
H+ da un lato e rilasciarlo dall’altro gli organismi odierni, però, è dovuta a prodotti nuovi della fissazione dell’a-
mentre passa l’elettrone. Il risultato zoto dall’atmosfera. La maggior parte dell’azoto organico è in circolazione da
è un gradiente di H+. Come vedremo tempo, passando da un organismo vivente all’altro. Così si può dire che le rea-
nel Capitolo 14, questo gradiente zioni odierne di fissazione dell’azoto svolgano una funzione di “aggiunta” al-
rappresenta una forma di energia
conservata che è imbrigliata da altre
le scorte totali di azoto.
proteine di membrana per spingere I vertebrati ricevono praticamente tutto il loro azoto dall’assunzione con
la formazione di ATP (per un esempio la dieta di proteine e acidi nucleici. Nel corpo queste macromolecole sono
reale si veda la Figura 14.21). demolite in amminoacidi e nei componenti dei nucleotidi e l’azoto che con-
tengono è usato per produrre nuovi acidi nucleici e proteine o utilizzato per
produrre altre molecole. Circa metà dei 20 amminoacidi presenti nelle pro-
teine sono amminoacidi essenziali per i vertebrati (Figura 2.62), il che signifi-
ca che non possono essere sintetizzati a partire da altri ingredienti della die-
ta. Gli altri possono essere sintetizzati usando vari materiali grezzi, compresi

Figura 2.61 Gli stadi finali


dell’ossidazione delle molecole di piruvato NADH
cibo. Molecole di NADH e di FADH2 (il da glicolisi CO2 da glicolisi O2
FADH2 non è mostrato) sono prodotte
dal ciclo dell’acido citrico. Questi
trasportatori attivati donano elettroni
ad alta energia che sono alla fine piruvato
usati per ridurre ossigeno gassoso ad ADP + Pi
acqua. La maggior parte dell’energia
rilasciata durante il trasferimento di CICLO 2 eÐ
acetil CoA DELL’ACIDO NADH FOSFORILAZIONE
questi elettroni lungo una catena
di trasferimento di elettroni nella CITRICO
membrana mitocondriale interna CoA NAD+ OSSIDATIVA H2O
(o nella membrana plasmatica dei
batteri) è imbrigliata per spingere
la sintesi di ATP: di qui il nome ATP
fosforilazione ossidativa (trattata MITOCONDRIO
nel Capitolo 14).
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 89

intermedi del ciclo dell’acido citrico. Gli amminoacidi essenziali sono pro- GLI AMMINOACIDI ESSENZIALI
dotti da vegetali e da altri organismi non vertebrati, in genere tramite lunghe TREONINA
vie energeticamente costose che sono state perdute nel corso dell’evoluzio-
ne dei vertebrati. METIONINA
I nucleotidi necessari per produrre RNA e DNA possono essere sintetiz- LISINA
zati usando vie biosintetiche specializzate. Tutti gli atomi di azoto nelle basi
VALINA
puriniche e pirimidiniche (oltre ad alcuni dei carboni) derivano dagli ammi-
noacidi abbondanti glutammina, acido aspartico e glicina, mentre il ribosio e LEUCINA
il deossiribosio derivano dal glucosio. Non ci sono “nucleotidi essenziali” che ISOLEUCINA
devono essere forniti con la dieta.
Gli amminoacidi che non sono utilizzati nelle biosintesi possono essere os- ISTIDINA
sidati per generare energia metabolica. La maggior parte dei loro atomi di car- FENILALANINA
bonio e di idrogeno alla fine forma CO2 e H2O, mentre i loro atomi di azoto
sono trasportati sotto varie forme e alla fine compaiono come urea, che viene TRIPTOFANO

escreta. Ciascun amminoacido è processato in modo diverso ed esiste un’in-


tera costellazione di reazioni enzimatiche per il loro catabolismo. Figura 2.62 I nove amminoacidi
Lo zolfo è abbondante sulla Terra nella sua forma più ossidata, il solfato essenziali. Questi non possono essere
sintetizzati dalle cellule umane e
(SO42–). Per convertirlo in forme utili per la vita il solfato deve essere ridotto devono così essere forniti dalla dieta.
a solfuro (S2–), lo stato di ossidazione richiesto per la sintesi di molecole bio-
logiche essenziali. Queste molecole comprendono gli amminoacidi metioni-
na e cisteina, il coenzima A (vedi Figura 2.39) e i centri ferro-zolfo essenzia-
li per il trasporto degli elettroni (vedi Figura 14.16). Il processo di riduzione
dello zolfo inizia nei batteri, nei funghi e nei vegetali, dove un gruppo spe-
ciale di enzimi usa ATP e potere riducente per creare una via di assimilazio-
ne del solfato. Gli esseri umani e altri animali non possono ridurre il solfato
e devono perciò acquisire lo zolfo di cui hanno bisogno per il loro metabo-
lismo con il cibo.

■ Il metabolismo • altamente organizzato e regolato

Si può avere un’idea di quanto una cellula sia intricata come macchina chi-
mica dalle relazioni della glicolisi e del ciclo dell’acido citrico con le altre vie
metaboliche schematizzate nella Figura 2.63. Questo schema rappresenta sol-
tanto una parte delle vie enzimatiche di una cellula umana. Ovviamente la
nostra discussione del metabolismo cellulare ha riguardato soltanto una mini-
ma parte della chimica cellulare.
Tutte queste reazioni avvengono in una cellula che ha un diametro di me-
no di 0,1 mm e ciascuna richiede un enzima diverso. Come risulta chiara-
mente dalla Figura 2.63, la stessa molecola spesso può essere parte di molte
vie diverse. Il piruvato, per esempio, è un substrato per più di mezza dozzina
di enzimi differenti, ciascuno dei quali lo modifica chimicamente in un modo
diverso. Un enzima converte il piruvato in acetil CoA, un altro in ossalaceta-
to; un terzo enzima cambia il piruvato nell’amminoacido alanina, un quarto
in lattato e così via.Tutte queste vie diverse competono per la stessa molecola
di piruvato e competizioni simili per migliaia di altre piccole molecole si ve-
rificano contemporaneamente.
La situazione è ulteriormente complicata in un organismo multicellulare.
Tipi diversi di cellule richiederanno in generale serie un po’ diverse di enzi-
mi e ogni tessuto diverso dà contributi distinti alla chimica dell’organismo nel
suo insieme. Oltre a differenze in prodotti specializzati come ormoni o anti-
corpi, ci sono differenze significative nelle vie metaboliche “comuni” fra i va-
ri tipi di cellule dello stesso organismo.
Sebbene praticamente tutte le cellule contengano gli enzimi della glicoli-
si, del ciclo dell’acido citrico, della sintesi e della demolizione dei lipidi e del
metabolismo degli amminoacidi, i livelli di questi processi necessari in tessuti
diversi non sono gli stessi. Per esempio, le cellule nervose, che sono probabil-
mente le cellule più esigenti del corpo, non mantengono riserve di glicogeno
o di acidi grassi e si basano quasi interamente su un rifornimento costante di
glucosio dal sangue. Le cellule del fegato, invece, forniscono glucosio alle cel-
lule muscolari in attiva contrazione e riciclano l’acido lattico prodotto dalle
cellule muscolari di nuovo in glucosio.Tutti i tipi di cellule hanno i loro tratti
metabolici distintivi e cooperano estesamente nello stato normale, oltre che
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
90 © 978-88-08-62126-9

glucosio 6-fosfato

piruvato

acetil CoA

Figura 2.63 Nelle cellule umane la glicolisi e il ciclo a queste due vie centrali – portando piccole molecole da
dell’acido citrico sono al centro di un’elaborata serie catabolizzare con produzione di energia – o fuori di esse e
di vie metaboliche. Sono mostrate schematicamente circa quindi forniscono composti del carbonio per le biosintesi.
2000 reazioni metaboliche con le reazioni della glicolisi e del (Adattata con permesso da Kanehisa Laboratories.)
ciclo dell’acido citrico in rosso. Molte altre reazioni conducono

in risposta a stress e digiuno. Si potrebbe pensare che l’intero sistema debba


essere bilanciato così finemente che qualunque minima alterazione, come un
cambiamento temporaneo nella dieta, sarebbe disastrosa.
QUELLO CHE In realtà l’equilibrio metabolico di una cellula è stabile in modo stupefa-
NON SAPPIAMO
cente. Ogni volta che l’equilibrio è perturbato, la cellula reagisce in modo da
• La chemiosmosi ha preceduto la ripristinare lo stato iniziale. La cellula può adattarsi e continuare a funziona-
fermentazione come sorgente di re durante digiuno o malattie. Mutazioni di molti tipi possono danneggiare o
energia biologica oppure alcune forme anche eliminare particolari vie di reazione, eppure – purché siano soddisfat-
di fermentazione sono arrivate prima, ti dei requisiti minimi – la cellula sopravvive. Ci riesce grazie a una rete ela-
come si è pensato per molti anni?
borata di meccanismi di controllo che regola e coordina le velocità di tutte le sue
• Qual è il numero minimo di reazioni. Questi controlli si basano, alla fine, sulle notevoli capacità delle pro-
componenti richiesti per generare teine di cambiare forma e chimica in risposta a mutamenti del loro ambiente
una cellula vivente da zero? Come più prossimo. I principi che sono alla base del modo in cui molecole grandi
potremmo determinarlo? come le proteine vengono costruite e della chimica che sta dietro alla loro re-
• Sono possibili altre chimiche della golazione saranno il prossimo argomento che considereremo.
vita a fianco dell’unica conosciuta sulla
Terra (e descritta in questo capitolo)? SOMMARIO Il glucosio e le altre molecole di cibo sono demoliti da un’ossidazione
Tentando di scoprire la vita su altri controllata in più passaggi per fornire energia chimica sotto forma di ATP e NADH.
pianeti che tipo di caratteristiche L’ossidazione è composta da tre serie principali di reazioni che agiscono l’una dopo
chimiche dovremmo cercare? l’altra; i prodotti di ciascuna sono il materiale di partenza della successiva: la glicolisi
• La chimica interna comune a tutte (che avviene nel citosol), il ciclo dell’acido citrico (nella matrice mitocondriale) e la
le cellule viventi è un indizio per fosforilazione ossidativa (nella membrana mitocondriale interna). I prodotti intermedi
ricostruire l’ambiente sulla Terra dove della glicolisi e del ciclo dell’acido citrico sono usati sia come fonte di energia
si sono originate le prime cellule? Per metabolica che per produrre molte delle piccole molecole usate come materiali grezzi
esempio, che cosa potremo concludere per le biosintesi. Le cellule conservano le molecole di zucchero in forma di glicogeno
dal fatto che l’alto rapporto K+/Na+, il negli animali e di amido nei vegetali; sia vegetali che animali usano estesamente anche
pH neutro e il ruolo centrale dei fosfati
grassi come deposito di energia. Questi materiali di deposito servono a loro volta come
siano caratteristiche universalmente
fonte principale di cibo per gli esseri umani, insieme alle proteine che costituiscono la
condivise?
maggioranza della massa secca delle cellule dei cibi che mangiamo. ●
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 91

PROBLEMI
Quali affermazioni sono vere? Spiegate perché sì o gale (160 mg/100 mL), quanto tempo deve passare
perché no. perché il suo livello di alcol nel sangue scenda sotto
il limite legale?
2.1 Una soluzione 10–8 M di HCl ha un pH di 8.
2.10 Si sa che una catena laterale di istidina ha un ruo-
2.2 La maggior parte delle interazioni fra macromole- lo importante nel meccanismo catalitico di un enzima;
cole mediate da legami non covalenti potrebbe essere tuttavia, non è chiaro se l’istidina è necessaria nella for-
mediata altrettanto bene da legami covalenti. ma protonata (carica) o non protonata (scarica). Per ri-
spondere a questa domanda misurate l’attività enzima-
2.3 Gli animali e i vegetali usano l’ossidazione per tica in una gamma di pH, con il risultato mostrato nel-
estrarre energia dalle molecole di cibo. la Figura P2.1. Quale forma di istidina è necessaria per
l’attività enzimatica?
2.4 Se in una reazione avviene un’ossidazione, questa
deve essere accompagnata da una riduzione. Figura P2.1 Attività
100 enzimatica in funzione
2.5 Il collegamento di una reazione energeticamen- del pH (Problema 2.10).

attività (% del massimo)


te sfavorevole AnB a una seconda reazione favorevo-
le BnC sposterà la costante di equilibrio della prima
reazione.

2.6 Il criterio importante per decidere se una reazio-


ne procede spontaneamente è ∆G e non ∆G°, perché
∆G tiene in considerazione le concentrazioni dei sub-
0
strati e dei prodotti. 4 5 6
pH
7 8 9 10

2.7 L’ossigeno consumato durante l’ossidazione del glu-


cosio nelle cellule animali ritorna come CO2 nell’at- 2.11 Le tre molecole della Figura P2.2 contengono i set-
mosfera. te gruppi reattivi più comuni in biologia. Per la maggior
parte le molecole della cellula sono costruite a partire
Discutete i seguenti problemi. da questi gruppi funzionali. Indicate con il loro nome i
gruppi funzionali di queste molecole.
2.8 La chimica organica delle cellule viventi è consi-
O Figura P2.2 Tre molecole che
derata speciale per due ragioni: avviene in un ambiente illustrano i sette gruppi funzionali più
–O P O–
acquoso e svolge alcune reazioni molto complesse. Ma comuni in biologia (Problema 2.11).
pensate che sia veramente così tanto diversa dalla chimi- O 1,3-Bifosfoglicerato e piruvato sono
ca organica praticata nei migliori laboratori del mondo? intermedi della glicolisi e la cisteina è un
C O
Perché sì o perché no? amminoacido.
HO CH

2.9 Il peso molecolare dell’etanolo (CH3CH2OH) è 46 CH 2 O O– SH


3
e la sua densità è 0,789 g/cm . O C CH 2
O
A. Qual è la molarità dell’etanolo in una birra che è 5% –O P O C O CH C
etanolo in volume? [Il contenuto di alcol della birra O–
varia da circa 4% (birra leggera) all’8% (birra forte).] O– CH 3 NH 3 +

B. Il limite legale per il contenuto di alcol nel sangue 1,3-bifosfoglicerato piruvato cisteina
di un guidatore varia, ma 80 mg di etanolo per 100
mL di sangue (di solito riferito come un livello di 2.12 La “diffusione” pare una cosa lenta, e sulla scala
alcol nel sangue di 0,08) è un valore tipico. Qual è la delle distanze a cui siamo abituati lo è, ma sulla scala di
molarità dell’etanolo in una persona a questo limite una cellula è molto veloce. La velocità istantanea me-
legale? dia di una particella in soluzione, cioè l’intervallo fra le
C. Quante bottiglie da 335 mL di birra al 5% potrebbe collisioni, è
bere una persona di 70 kg e rimanere sotto il limite
legale? Una persona di 70 kg contiene circa 40 litri v = (kT/m)1/2
di acqua. Ignorate il metabolismo dell’etanolo e as- in cui k = 1,38 3 10–16 g cm2/K sec2, T = temperatu-
sumete che il contenuto d’acqua della persona resti ra in gradi K (37 °C corrispondono a 310 K), m = mas-
costante. sa in g/molecola.
D. L’etanolo è metabolizzato a una velocità costante di Calcolate la velocità istantanea di una molecola d’acqua
circa 120 mg per ora per kg di peso corporeo, in- (massa molecolare = 18 dalton), di una molecola di glu-
dipendentemente dalla sua concentrazione. Se una cosio (massa molecolare = 180 dalton) e di una moleco-
persona di 70 kg fosse due volte sopra il limite le- la di mioglobina (massa molecolare = 15 000 dalton) a
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
92 © 978-88-08-62126-9

37 °C.Tanto per divertirvi, convertite questi numeri in


chilometri/ora. Prima di fare il calcolo, provate a indo-
vinare se le molecole si muovono strisciando lentamen-
te (<1 km/ora), camminando normalmente (5 km/ora)
o a una velocità record (40 km/ora).

2.13 La polimerizzazione delle subunità di tubulina nei


microtubuli avviene con un aumento di ordine delle
subunità. Eppure la polimerizzazione della tubulina av-
viene con un aumento di entropia (diminuzione di or-
dine). Come può essere?

2.14 Un essere umano adulto di 70 kg potrebbe soddi-


sfare le sue necessità di energia di un giorno mangian- Figura P2.3 Il Cervino. (Problema 2.16) (Per gentile
do 3 moli di glucosio (540 g). (Non è raccomandabi- concessione dell’Ufficio Turistico di Zermatt.)
le.) Ciascuna molecola di glucosio genera 30 molecole
di ATP quando è ossidata a CO2. La concentrazione di
ATP nelle cellule è mantenuta a circa 2 mM e un adul- venga svolto contro la gravità (cioè state semplicemen-
to di 70 kg ha circa 25 litri di fluido intracellulare. Dato te salendo in linea retta). Ricordate dal corso introdut-
che la concentrazione di ATP resta costante nelle cel- tivo di fisica che
lule, calcolate quante volte al giorno, in media, ciascuna
molecola di ATP del corpo è idrolizzata e risintetizzata. lavoro (J) = massa (kg) 3 g (m/sec2) 3 altezza guada-
gnata (m)
2.15 Assumendo che ci siano 5 3 1013 cellule nel cor-
po umano e che l’ATP abbia un turnover pari a 109 mo- in cui g è l’accelerazione dovuta alla gravità (9,8 m/sec2).
lecole al minuto in ciascuna cellula, quanti watt consu- Un joule è 1 kg m2/sec2
ma il corpo umano? (Un watt è un joule per secondo.) Quali considerazioni fatte qui porteranno a sottostima-
Assumete che l’idrolisi dell’ATP produca 50 kJ/mole. re di molto la quantità di barrette di cui avrete bisogno?

2.16 Una barretta energetica (65 g, 1360 kJ) fornisce 2.17 In assenza di ossigeno le cellule consumano glu-
abbastanza energia per salire da Zermatt (altezza 1660 m) cosio a un ritmo alto e costante. Quando si aggiunge
alla cima del Cervino (4478 m, Figura P2.3) o bisogne- ossigeno, il consumo di glucosio precipita ed è quindi
rebbe fermarsi al rifugio Hörnli (3260 m) per mangiar- mantenuto al ritmo più basso. Perché il glucosio è con-
ne un’altra? Immaginate che voi e il vostro equipaggia- sumato ad alta velocità in assenza di ossigeno e a bassa
mento abbiate una massa di 75 kg e che tutto il lavoro velocità in sua presenza?

BIBLIOGRAFIA
Generale Baldwin RL (2014) Dynamic hydration shell restores Kauzmann’s
1959 explanation of how the hydrophobic factor drives protein
Berg JM, Tymoczko JL e Stryer L (2011) Biochemistry, 7a ed. New
folding. Proc. Natl Acad. Sci. USA 111, 13052-13056.
York: WH Freeman. [Trad. it.: Biochimica, Zanichelli, Bologna
2012.] Bloomfield VA, Crothers DM e Tinoco I (2000) Nucleic Acids:
Garrett RH e Grisham CM (2012) Biochemistry, 5a ed. Philadelphia: Structures, Properties, and Functions. Sausalito, CA: University
Thomson Brooks/Cole. [Trad. it.: Biochimica, Piccin, Padova Science Books.
2014.] Branden C e Tooze J (1999) Introduction to Protein Structure,
Moran LA, Horton HR, Scrimgeour G e Perry M (2011) Principles of 2a ed. New York: Garland Science. [Trad. it.: Introduzione alla
Biochemistry, 5a ed. Upper Saddle River, NJ: Prentice Hall. struttura delle proteine, Zanichelli, Bologna 2001.]
Nelson DL e Cox MM (2012) Lehninger Principles of Biochemistry, de Duve C (2005) Singularities: Landmarks on the Pathways of Life.
6a ed. New York: Worth. [Trad. it.: I principi di biochimica di Cambridge: Cambridge University Press. [Trad. it.: Alle origini
Lehninger, Zanichelli, Bologna 2015.] della vita, Longanesi, Milano 2008.]
van Holde KE, Johnson WC e Ho PS (2005) Principles of Physical Dowhan W (1997) Molecular basis for membrane phospholipid
Biochemistry, 2a ed. Upper Saddle River, NJ: Prentice Hall. diversity: why are there so many lipids? Annu. Rev. Biochem.
Van Vranken D e Weiss G (2013) Introduction to Bioorganic 66, 199-232.
Chemistry and Chemical Biology. New York: Garland Science. Eisenberg D e Kauzmann W (1969) The Structure and Properties of
Voet D, Voet JG e Pratt CM (2012) Fundamentals of Biochemistry, Water. Oxford: Oxford University Press.
4a ed. New York: Wiley. [Trad. it.: Fondamenti di biochimica, Franks F (1993) Water. Cambridge: Royal Society of Chemistry.
Zanichelli, Bologna 2013.] Henderson LJ (1927) The Fitness of the Environment, 1958 ed.
Boston, MA: Beacon.
I componenti chimici di una cellula Neidhardt FC, Ingraham JL e Schaechter M (1990) Physiology of the
Atkins PW (2003) Molecules, 2a ed. New York: WH Freeman. [Trad. Bacterial Cell: A Molecular Approach. Sunderland, MA: Sinauer.
it.: Molecole, Zanichelli, Bologna 1992 (condotta sulla 1a ed. Phillips R e Milo R (2009) A feeling for the numbers in biology.
americana).] Proc. Natl Acad. Sci. USA 106, 21465-21471.
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 93

Skinner JL (2010) Following the motions of water molecules in van Meer G, Voelker DR e Feigenson GW (2008) Membrane lipids:
aqueous solutions. Science 328, 985-986. where they are and how they behave. Nat. Rev. Mol. Cell Biol.
Taylor ME e Drickamer K (2011) Introduction to Glycobiology, 9, 112-124.
3a ed. New York: Oxford University Press. Walsh C (2001) Enabling the chemistry of life. Nature 409, 226-231.
Vance DE e Vance JE (2008) Biochemistry of Lipids, Lipoproteins Westheimer FH (1987) Why nature chose phosphates. Science 235,
and Membranes, 5a ed. Amsterdam: Elsevier. 1173-1178.

La catalisi e l’uso dell’energia da parte Il modo in cui le cellule ottengono energia


delle cellule dal cibo
Atkins PW (1994) The Second Law: Energy, Chaos and Form. New Caetano-Anollés D, Kim KM, Mittenthal JE e Caetano-Anollés
York: Scientific American Books. [Trad. it.: Il secondo principio G (2011) Proteome evolution and the metabolic origins of
(condotta sulla 1a ed. americana), Zanichelli, Bologna 1988.] translation and cellular life. J. Mol. Evol. 72, 14-33.
Atkins PW e De Paula JD (2011) Physical Chemistry for the Life Cramer WA e Knaff DB (1990) Energy Transduction in Biological
Sciences, 2a ed. Oxford: Oxford University Press. [Trad. Membranes. New York: Springer-Verlag.
it.: Chimica fisica biologica (condotta sulla 1a ed. inglese), Dismukes GC, Klimov VV, Baranov SV et al. (2001) The origin of
Zanichelli, Bologna 2008.] atmospheric oxygen on Earth: the innovation of oxygenic
Baldwin JE e Krebs H (1981) The evolution of metabolic cycles. photosyntheis. Proc. Natl Acad. Sci. USA 98, 2170-2175.
Nature 291, 381-382. Fell D (1997) Understanding the Control of Metabolism. London:
Berg HC (1983) Random Walks in Biology. Princeton, NJ: Princeton Portland Press.
University Press. Fothergill-Gilmore LA (1986) The evolution of the glycolytic
Dill KA e Bromberg S (2010) Molecular Driving Forces: Statistical pathway. Trends Biochem. Sci. 11, 47-51.
Thermodynamics in Biology, Chemistry, Physics, and Friedmann HC (2004) From Butyribacterium to E. coli: an essay on
Nanoscience, 2a ed. New York: Garland Science. unity in biochemistry. Perspect. Biol. Med. 47, 47-66.
Einstein A (1956) Investigations on the Theory of the Brownian Heinrich R, Meléndez-Hevia E, Montero F et al. (1999) The
Movement. New York: Dover. structural design of glycolysis: an evolutionary approach.
Fruton JS (1999) Proteins, Enzymes, Genes: The Interplay Biochem. Soc. Trans. 27, 294-298.
of Chemistry and Biology. New Haven, CT: Yale University Huynen MA, Dandekar T e Bork P (1999) Variation and evolution of
Press. the citric-acid cycle: a genomic perspective. Trends Microbiol.
Hohmann-Marriott MF e Blankenship RE (2011) Evolution of 7, 281-291.
photosynthesis. Annu. Rev. Plant Biol. 62, 515-548. Koonin EV (2014) The origins of cellular life. Antonie van
Karplus M e Petsko GA (1990) Molecular dynamics simulations in Leeuwenhoek 106, 27-41.
biology. Nature 347, 631-639. Kornberg HL (2000) Krebs and his trinity of cycles. Nat. Rev. Mol.
Kauzmann W (1967) Thermodynamics and Statistics: with Cell Biol. 1, 225-228.
Applications to Gases. In Thermal Properties of Matter, Vol 2. Krebs HA (1970) The history of the tricarboxylic acid cycle.
New York: WA Benjamin, Inc. Perspect. Biol. Med. 14, 154-170.
Kornberg A (1989) For the Love of Enzymes. Cambridge, MA: Krebs HA e Martin A (1981) Reminiscences and Reflections.
Harvard University Press. Oxford/New York: Clarendon Press/Oxford University Press.
Lipmann F (1941) Metabolic generation and utilization of Lane N e Martin WF (2012) The origin of membrane bioenergetics.
phosphate bond energy. Adv. Enzymol. 1, 99-162. Cell 151, 1406-1416.
Lipmann F (1971) Wanderings of a Biochemist. New York: Wiley. Morowitz HJ (1993) Beginnings of Cellular Life: Metabolism
Nisbet EG e Sleep NH (2001) The habitat and nature of early life. Recapitulates Biogenesis. New Haven, CT: Yale University Press.
Nature 409, 1083-1091. Martijn J e Ettma TJG (2013) From archaeon to eukaryote: the
Racker E (1980) From Pasteur to Mitchell: a hundred years of evolutionary dark ages of the eukaryotic cell. Biochem. Soc.
bioenergetics. Fed. Proc. 39, 210-215. Trans. 41, 451-457.
Schrödinger E (1944 e 1958) What is Life? The Physical Aspect Mulkidjanian AY, Bychkov AY, Dibrova DV et al. (2012) Open
of the Living Cell and Mind and Matter, 1992 combined ed. questions on the origin of life at anoxic geothermal fields.
Cambridge: Cambridge University Press. [Trad. it.: Che cos’è Orig. Life Evol. Biosph. 42, 507-516.
la vita? La cellula vivente dal punto di vista fisico, Adelphi, Zimmer C (2009) On the origin of eukaryotes. Science 325,
Milano 1995.] 665-668.
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
94 © 978-88-08-62126-9

QUADRO 2.1
Legami e gruppi chimici incontrati comunemente nelle molecole biologiche

SCHELETRI DI CARBONIO

Il carbonio ha un ruolo unico nella cellula per la sua capacità


di formare forti legami covalenti con altri atomi di carbonio. alberi ramificati anelli
Così gli atomi di carbonio si possono unire a formare catene.
catene
C C
C C C C C
C C C C C C
C C C
C C C C C C
C C

anche scritto come anche scritto come anche scritto come

LEGAMI COVALENTI
LEGAMI COVALENTI IDROCARBURI
Un legame covalente si forma quando due atomi si avvicinano Carbonio e idrogeno si
molto e condividono uno o più elettroni. In un legame singolo combinano formando
è condiviso un elettrone di ciascuno dei due atomi; in un legame composti stabili (o gruppi
doppio è condiviso un totale di quattro elettroni. chimici) chiamati idrocarburi.
Ciascun atomo forma un numero fisso di legami covalenti Questi sono non polari, non
in una disposizione spaziale definita. Per esempio, il carbonio formano legami idrogeno e
forma quattro legami singoli disposti a tetraedro, mentre l'azoto sono generalmente insolubili
forma tre legami singoli e l'ossigeno forma due legami singoli in acqua.
disposti come mostrato sotto.

Atomi uniti da due o H H


C N O più legami covalenti
non possono ruotare C H H C
H
liberamente intorno
I doppi legami esistono e hanno una disposizione spaziale diversa. all’asse del legame. H H
Questa limitazione metano gruppo metilico
esercita un’influenza
C N O importante sulla forma
tridimensionale di
molte macromolecole.
H2C
CH2
DOPPI LEGAMI ALTERNATI H2C
La catena di carboni può includere Doppi legami alternati in un anello CH2
doppi legami. Se questi sono su atomi possono generare una struttura molto stabile.
alternati di carbonio, gli elettroni di H2C
legame si muovono all’interno della CH2
molecola, stabilizzando la struttura per H H
un fenomeno chiamato risonanza. H2C
H H H H CH2
C C C C C
H2C
C C C C C
←→
CH2
H H H H
H2C
la struttura vera è intermedia fra queste H H
benzene CH2

H3C
C C C C C
spesso scritto come
C C C C C parte della “coda” idrocarburica
di una molecola di acido grasso
CAPITOLO 2 Chimica e bioenergetica della cellula
© 978-88-08-62126-9 95

GRUPPI CHIMICI C–O GRUPPI CHIMICI C–N


Molti composti biologici contengono un carbonio legato Le ammine e le ammidi sono due esempi importanti di composti
a un ossigeno. Per esempio, contenenti un carbonio legato a un azoto.
alcol H Le ammine in acqua si combinano con uno ione H+ per
L’–OH è chiamato diventare cariche positivamente.
C OH
gruppo ossidrilico.
H H
H
C N H+