Protein dynamics and molecular motions study in relation tomolecular interaction between DsrAB and DsrC proteins from sulfur oxidizer proteobacteria Allochromatium vinosum SEMANTI GHOSH"?, ANGSHUMAN BAGCHI'* ‘Department of Biochemistry and Biophysics, University of Kalyani, Kalyani Nadia P4235 india S *Crystallography and Molecular Biology Division, Saha Institute of men es “Corresponding author: Angshuman Bagchi, E-mail: angshu@ in, angshuman_-bagehi @ yahoo.com Mobile: 09051948843 Fax: +9433 2583 8282 Abstract oS Orin Sea ens g&nes. Dsr proteins are involved in ‘The gamma-proteobacteria Allochromatiur has a highly conserved C-te main that forms a flexible arm, where two strictly conserved cysteines — act as a substrate donating residue for DsrAB instead of being a subunit of th zyme. Therefore, to elucidate the molecular mechanism of the sulfur oxidation CF here an attempt was made to study the dynamics, stability and binding a ‘ol molecular d f DsrAB and DstC proteins through computational docking and s (MD) simulations. This structure function relationship investigation revealed that the C-terminal domain of DsrC interacts with DstA of DsrAB protein complex for catalytic functions. Some basic amino acid residues of DsrC are found to form the catalytic pockets along with DsrAB protein complex where the sulfur anions bind to get oxidized. Structural dynamics and fluctuations as well as the secondary structural alterations study revealed the possible regions responsible for protein-protein interactions. Prin pal Component Analysis (PCA) of protein motions displayed that the collective motions of orrelated than the unbound DsrAB form. DsrAB-DsrC complex was higher and more ant The present molecular insight study would therefore help researchers to predict the plausible biochemical mechanism of sulfur oxidation process in sulfur metabolic pathways in near future.2.13. Identificacién de las bacterias sulfato reductoras por técnicas moleculares La identificacion de las BSR sobre la base de sondas y cebadores de DNA o RNA han sido usada en diferentes trabajos, ya sea mediante la amplificacién del gen que codifica la enzima sulfito reductasa_desasimilatoria (dsr AB) 0 el gen DNAr 16S (Steuber et al., 1995; Wagner et al., 1998; Minz et al., 1999; Larsen et al., 2001). 2.13.1. La sulfito reductasa disimilatoria La sulfito reductasa disimilatoria (DSR) muestra una estructura terciaria compuesta de dos subunidades proteicas llamadas dsrA y dsrB, organizadas en dos grupos, formando un tetramero con un “siroheme” en el dominio dsrA y dos grupos prostéticos Fe-S en ambos dominios (Steuber et al.,1995) Larsen y colaboradores (2001) observaron que el grupo de genes en Thermodesulforhabdus norvegica se ordenan en seis marcos de lectura abierta (ORC's): ds/D-dsrA-ds/B-dsN-dsrC-fdx. La mayor parte de la proteina ensamblada corresponde a las subunidades dsrA y dsrB, con pesos de 49kD y 43kD respectivamente, mientras que las subunidades dsrD, dsrC y dsrN son mucho més livianas (aproximadamente entre 13kD) y intervienen en la reduccién de sulfito a sulfuro (Larsen et al., 2001). Se estima que el origen de la enzima DSR data de hace aproximadamente 2800 millones de afios y que la divergencia entre dominios ocurrié aproximadamente hace 3100 millones de ajios. La funcién metabdlica de la DSR en el ciclo global de azufre es muy importante y se conoce la secuencia completa de las subunidades A y B de al menos un género de cada divisién microbiana donde esta presente la reduccion del sulfato (Minz et al., 1999), por lo que fue posible realizar analisis comparativos del ordenamiento filogenético de las BSR, basados en secuencias de RNAr 16S y de la DSR (Joulian et al., 2001). Muchos trabajos muestran que existen suficientes evidencias en el andlisis filogenético comparativo de la DSR y el RNAr 16S para suponer que la habilidad de reducir sulfato fue transmitida mediante un proceso de transferencia horizontal antes o durante la divergencia de los dominios Arquea y Bacteria y posteriormente entre grupos bacterianos gram positivos y BSR termofilicas (Wagner et al., 1995; Cottrell y Cary, 1999; Pérez- Jiménez et al., 2001).ucleoide de tipo histona y un represor: al, Proc Nall. Acad Sci. USA, 95 (2 res de virulencia para E. coll togena. Los aa eee ae ficido sea extremadamente 1 IN de DstA desemperia un papARN 0 la concentracidn local de ARN a Ol, 7 (2): 140-44 (2004). ci i TN | Ml i = i