Strutture alternative a doppia elica

Magnifying glass icon mgx2.svg Lo stesso argomento in dettaglio: Conformazioni del DNA.

Le strutture del DNA A, B e Z

Il DNA esiste in diversi tipi di conformazioni. Esse sono denominate A-DNA, B-DNA, C-DNA, D-DNA,[50] E-
DNA,[51] H-DNA,[52] L-DNA,[50] P-DNA[53] e Z-DNA.[28][54] In ogni caso, solo le conformazioni A-DNA,
B-DNA e Z-DNA sono state osservate nei sistemi biologici naturali. La conformazione del DNA può
dipendere dalla sequenza, dal superavvolgimento, dalla presenza di modificazioni chimiche delle basi o
dalle condizioni del solvente, come la concentrazione di ioni metallici.[55] Di tali conformazioni, la
conformazione B è la più frequente nelle condizioni standard delle cellule.[56] Le due conformazioni
alternative sono differenti dal punto di vista della geometria e delle dimensioni.

La forma A è un'ampia spirale destrorsa (il solco minore è largo ma poco profondo, quello maggiore è più
stretto e profondo), con un passo di 2,9 nm (circa 11bp) ed un diametro di 2,5 nm. Tale conformazione è
presente in condizioni non fisiologiche, quando il DNA viene disidratato. In condizioni fisiologiche, questa
conformazione caratterizza gli eteroduplex di DNA e RNA e i complessi formati dalle associazioni DNA-
proteina.[57][58]

La conformazione Z è tipica invece delle sequenze che presentano modificazioni chimiche come la
metilazione, e dei tratti di DNA ricchi di basi C e G. Essa assume un andamento sinistrorso, opposto
rispetto alla conformazione B.[59] Ha un passo di 4,6 nm ed un diametro di 1,8 nm, il solco maggiore più
superficiale e quello minore più stretto; deve il suo nome all'andamento a zig-zag che la caratterizza.
Queste strutture inusuali possono essere riconosciute da specifiche Z-DNA-binding proteins, con
conseguenze notevoli nella regolazione della trascrizione, anche se non ne sono stati trovati esempi in
natura.[60]