Le proteine

Data Oct 22, 2020 → Nov 4, 2020

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Le proteine
Sono le macromolecole più abbondanti presenti in natura e sono polimeri, cioè costituite da più unità legate tra loro,
chiamati monomeri, che in questo caso sono gli amminoacidi.

In linea generale possono essere distinte in classi in base a:

il loro aspetto:

proteine fibrose: dalla forma molto allungata

proteine globulari: dalla forma globulare

la loro funzione:

proteine di struttura: hanno funzioni meccaniche proteggendo e dando forma alla cellula

proteine di riserva: immagazzinano amminoacidi

proteine enzimatiche: hanno la funzione di catalizzatori delle reazioni chimiche cellulari

proteine di trasporto: si occupano di spostare le molecole tra le cellule e all'interno delle stesse

proteine di regolazione: controllano e coordinano le funzioni cellulari

proteine di movimento: indispensabili per la mobilità cellulare

proteine di difesa: proteggono la cellula dagli agenti patogeni

Gli amminoacidi
Gli amminoacidi esistenti sono solo 20, ma possono dare vita ad un numero infinito di proteine grazie alla possibilità di
combinarsi tra loro in catene attraverso il legame peptidico.
Essi si distinguono in:

amminoacidi apolari

sono idrofobi e il gruppo R non è in grado di formare legami H

amminoacidi polari — non carichi

sono idrofili e il gruppo R è in grado di formare legami H

amminoacidi polari — carichi

sono idrofili e il gruppo R può essere carico positivamente o negativamente

La struttura base di un amminoacido è la seguente:

gruppo carbossilico, COOH

gruppo amminico, NH2

atomo di idrogeno, H

atomo centrale di carbonio, C alfa

gruppo R

Il gruppo R è l'unità che differenzia gli amminoacidi conferendo all'intera molecola caratteristiche diverse. Esso è il
responsabile della polarità degli amminoacidi e quindi la possibilità di sciogliersi in solventi polari o apolari.

Si presentano come ioni dipolari: in soluzione acquosa il gruppo amminico NH2 tende ad acquisire un elettrone(NH3+) e il
gruppo carbossilico COOH a cederlo COO.

Il legame peptidico

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 Il legame peptidico è ciò che permette ai singoli amminoacidi di formare delle catene. Esso si instaura tra il carbonio di un
gruppo carbossilico COOH)di un amminoacido e l'azoto di un gruppo amminico NH2 di un altro amminoacido con la
formazione di una molecola di H2O.
Seguendo questo schema additivo, viene a formarsi una catena in cui possiamo distinguere due estremità:

estremità N-terminale che segnala l'inizio della catena con il gruppo amminico NH2;

estremità C-terminale che segnala la fine della catena con i gruppo carbossilico COOH.

Ogni catena così formata presenta una struttura comune a tutte le altre definita ossatura polipeptidica composta da una
successione di carboni alfa e gruppi peptidici dalla quale si diramano i gruppi R. Ogni momomero, cioè ogni amminoacido
che ha perso un protone H del suo gruppo amminico e un ossidrile OH del suo gruppo carbossilico, viene chiamato
residuo amminico.

L'organizzazione strutturale delle proteine

Le proteine non sono semplici catene di amminoacidi, ma possiedono un'organizzazione ben più complessa costituita da
ripiegamenti successivi e stabilizzati da legami inter- e intramolecolari. Bisogna sempre tenere presente che nella proteina i
gruppi R idrofobici sono disposti internamene, mentre quelli idrofilici esternamente alla struttura proteica.

La struttura primaria
La struttura primaria è quella che va ad identificare i singoli monomeri che compongono la proteina ed è stabilizzata dal
legame peptidico. Per convenzione sono letti dall'estremità N-terminale a quella C-terminale.

La struttura secondaria
La struttura secondaria, creata da legami a idrogeno tra i gruppi NH e CO, va a definire delle regioni della catena che
prendono forme ben definite:

alfa-elica: lo scheletro prende la forma di una spirale ed è stabilizzata dalla formazione di legami a idrogeno tra gli O del
gruppo carbonilico CO e gli atomi H del gruppo amminico NH tra un residuo e il quarto successivo, tali legami
sono tuti paralleli all'asse principale dello scheletro;

beta-foglietto: coinvolgono due regioni con gli scheletri paralleli con la formazione di legami idrogeno tra i gruppi CO e
NH in prossimità delle regioni adiacenti delle catene polipeptidiche che possono essere sia intra- che inter molecolari.

La struttura terziaria
La struttura terziaria si identifica come un primo ripiegamento che va a costituire le subunità della proteina completa. Essa
è ottenuta dall'interazione tra i vari gruppi R, quindi non dipendono dai gruppi COOH e NH2, ma dalla caratteristica stessa
che rende diverso ogni amminoacido. Sono presenti legami deboli (legame H, legame di Van der Waals, interazioni
idrofobiche) e legami forti (legame ionico, legame disolfuro. Questa struttura rappresenta il primo ripiegamento
tridimensionale della catena.

🧬 Il legame—o ponte— disolfuro è un legame covalente che si forma tra due atomi di zolfo S e due residui di
cisteina.

La struttura quaternaria
La struttura quaternaria è quella che caratterizza la singola proteina ed è specifica per ognuna. Essa è caratterizzata da più
subunità unite tra loro dagli stessi legami responsabili della struttura terziaria (sia forti che deboli). In questa struttura
individuiamo i domini: regioni di un polipeptide ben distinte fra loro con diverse funzioni.

Le proteine coniugate
Sono proteine che contengono componenti non amminoacidiche e chiamate gruppi prostetici che possono svolgere
funzioni biologiche ben precise:

glicoproteine (carboidrati)

lipoproteine (lipidi)

fosfoproteine (gruppo fosfato)

emoproteine (gruppo eme)

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 metalloproteine (atomi metallici)

La denaturazione
Le proteine possono andare incontro a un processo di denaturazione causato da un aumento della temperatura o da una
variazione del pH che quindi intaccano la struttura della proteina e ne inibiscono il corretto funzionamento. Tuttavia si
tratta di un processo reversibile: è sufficiente allontanare la proteina denaturata dalla causa della sua condizione perchè si
rinaturi autonomamente. Questo suggerisce che le istruzioni circa la forma finale della proteina sono insite nelle strutture
preesistenti, ma non significa che possano essere aiutate nel processo.

Il folding
Nel vivo esistono due tipi di proteine dette "chaperon" che aiutano nel processo del folding:

proteine Hsp70: si legano alla catena polipeptidica impedendone l'interazione con altre catene

chaperonine: accolgono la proteina in una camera isolandola dall'ambiente in modo che si ripieghi correttamente

Il misfolding
Nonostante ciò la proteina può andare incontro ad un processo chiamato misfolding, ovvero un errato ripiegamento della
proteina che ne inibisce il corretto funzionamento. La proteina così ottenuta precipita nella cellula e genera
un'aggregazione che inibisce il corretto funzionamento cellulare e può portare a gravi patologie.

Queste proteine mal ripiegate sono riconosciute perchè espongono le regioni idrofobiche e sono marcate dall'ubiquitina,
una proteina. Le proteine così individuate vengono trasportate nel proteasoma, un vero e proprio macchinario di
degradazione. In alternativa, per liberarsi degli aggregati, la cellula ricorre rischiosamente all'autofagia.

La specificità delle proteine

Le proteine sono in grado di svolgere diversi compiti molto specifici grazie alla specificità della loro conformazione,
strettamente legata alla funzione che esse svolgono.
Esse creano interazioni deboli con il ligando grazie alla presenza di specifici gruppi amminici in regioni esterne alla proteina
perfettamente incastrate con quelle presenti sulla superficie del ligando. Questo meccanismo ad incastro è detto chiave-
serratura ed è così specifico da rendere necessaria lìesistenza di un enzima specifico per ogni reazione che avviene nella
cellula.
La porzione della proteina in cui avvengono tali legami è chiamata sito attivo.

Il complesso che si viene a formare è caratterizzato da grande sabilità in quanto ciò si verifica quando c'è totale
complementarietà tra i due, o più, componenti del complesso.

Il riconoscimento di antigeni
Esso è uno dei tanti esempi del riconoscimento proteico.
La struttura degli anticorpi è simile ad una Y ed è costituito da due coppie di catene polipeptidiche presentanti due
estremità (alfa e beta) dove avviene il vero e proprio riconoscimento delle molecole o organismi "non-self". Per ogni
antigene esistente vi è un anticorpo specifico per esso.

Le alterazioni conformazionali
Talvolta può capitare che delle proteine non riescano ad esprimersi nella loro struttura quaternaria specifica a causa di vari
fattori e questo può portare a gravi conseguenze.

I prioni
I prioni PRoteinaceus Infectiv OnNly particle) sono in alcuni casi i responsabili del misfolding delle proteine. Individuati
come la causa di malattie nell'uomo e negli animali perchè esse venivano curate attraverso l'uso di farmaci che inibissero la
formazione delle proteine piuttosto che quella degli acidi nucleici (quindi non causate da virus o batteri).

La caratteristica dei prioni è che, assumendo una struttura incorretta della proteina in qualche modo stabile, riescono ad
inibire le proteine uguali ad essi e modificarne la loro conformazione.

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 La struttura dei prioni prevede, nella maggior parte dei casi, che dei gruppi idrofobici si trovino all'esterno della proteina e
l'impossibilità di reagire con il solvente provoca ulteriori ripiegamenti nella proteina stessa che diventa inadatta alla sua
funzione, precipita e forma aggregati dannosi per l'organismo.

Il proteina prionica più abbondante è la PrP.

Le mutazioni genetiche
Le mutazioni non intaccano direttamente il funzionamento della proteina, ma facilitano il processo che porta la stessa a
raggiungere la sua forma prionica.

Le malattie
Oltre al morbo della mucca pazza, al morbo di Creutzfelat-Jacob, la Kuru e la scarpie, la più comune malattia provocata
dall'alterazione conformazionale di una proteina è l'anemia falciforme.

L'anemia falciforme

Essa è causata da un'alterazione nella proteina dell'emoglobina (emoglobina falciforme a causa della forma assunta): il
glutamico, amminoacido idrofilico, viene sostituito dala valina, un amminoacido idrofobico. Conseguentemente
l'emoglobina assume una forma che inibisce il corretto flusso all'interno dei vasi con la conseguente formazione di
aggregati che li ostruiscono.

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