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5.

RIBOSOMI, LISOSOMI, PEROSSISOMI

RIBOSOMA
I ribosomi sono organuli di 15-20nm e per il loro contenuto in acido ribonucleico, sono responsabili
delle proprietà basofile del citoplasma.
Sono costituenti essenziali di tutti gli organismi viventi. Possiamo trovarli liberi nel citoplasma (sx) o
adesi alla superficie esterna del RER (dx).

Funzione:
sono la sede della sintesi proteica (su quelli
liberi c’è la sintesi di proteine strutturali ed
enzimatiche destinate alla cellula); su quelli
adesi al RER c’è la sintesi di proteine di
secrezione, di membrana e lisosomali

L’analisi mediante ultracentrifugazione evidenzia differenze tra i ribosomi procariotici ed


eucariotici
Paragonati agli organuli ricoperti da membrana, i ribosomi sono strutture molto piccole ed è possibile
vederle solo al microscopio elettronico. Un modo di esprimere le dimensioni di strutture così piccole è
quello di riferirsi al loro coefficiente di sedimentazione. Esso espresso in unità S, misura quanto
rapidamente sedimenta una determinata particella mediante ultracentrifugazione in gradiente di
densità (S). La microscopia elettronica ha rilevato che un ribosoma è costituito da due subunità, che
differiscono in dimensioni, forma e composizione. Nelle cellule eucariotiche le subunità ribosomiali
maggiore e minore, hanno un coefficiente di sedimentazione rispettivamente di 60 e 40 S. Per i
ribosomi procarioti i valori sono 50 e 30 S.
Le subunità sono composte da una singola molecola di acido ribonucleico ribosomiale e da proteine in
proporzioni pressapoco uguali. Le molecole di RNA e le proteine sono diverse nelle due subunità
ribosomiali. Nei procarioti la subunità minore 30S contiene un’unica molecola di rna 16S alla quale
sono associate circa 25 proteine diverse; la subunità maggiore di 50S ha un’unica molecola di rna
23S, alla quale sono legate circa 35 proteine. I ribosomi degli eucarioti sono più complessi, la subunità
minore di 40S contiene una molecola di rna 18S con associate 33 proteine; la subunità 60S ha
molecole di rna di 28S, 5,8S, 5S con associate 45 proteine.

Gli esperimenti sui ribosomi


isolati dimostrano una
struttura composta da due
subunità diseguali
(maggiore e minore)
Polisomi
Sia i ribosomi liberi sia quelli associati alle membrane, appaiono spesso raccolti i gruppi chiamati
poliribosomi o polisomi, che possono assumere una caratteristica forma spirale. Tra le due subunità è
possibile osservare un filamento che ha un diametro di 2nm circa. Questo filamento potrebbe essere
una molecola di RNA messaggero che porta l’info genetica per la sintesi proteica dal DNA ai ribosomi.
La lunghezza del RNA messaggero varia a seconda della proteina da codificare. L’associazione tra le
due sub particelle dei ribosomi è mantenuta dalla presenza del magnesio, fino a una concentrazione di
1mM. Abbassando la concentrazione del Mg al di sotto di questo livello, il ribosoma si dissocia nelle due
subunità. Se la concentrazione di Mg aumenta notevolmente, due ribosomi possono combinarsi insieme
a dare un dimero.

Al ME è possibile osservare tra le subunità un filamento di 2nm: l’mRNA. La lunghezza di esso varia
a seconda della proteina da codificare.

I ribosomi si uniscono tra loro e con l’mRNA solo durante il processo di sintesi proteica.
I ribosomi sono costituiti da proteina e da RNA. L’RNA è a singola catena, ma in alcuni punti la catena
unica è ripiegata su se stessa a formare tratti a doppia elica con appaiamento complementare delle
basi, assumendo una struttura secondaria. La caratteristica dell’rna ribosomiale è di avere un contenuto
di guanina e citosina più elevato (60%) rispetto al contenuto di Adenina e uracile che è del 40%. È
relativamente stabile. I ribosomi si organizzano nel nucleolo per attività dell’organizzatore nucleolare
dei cromosomi nucleolari. Le regioni organizzatrici del nucleolo sono presenti solo negli eucarioti e
variano per numero e posizione tra le diverse specie. Negli esseri umani sono localizzate sul braccio
corto dei 5 cromosomi acrocentrici, dove per cromosoma acrocentrico mi riferisco a un cromosoma che
ha il centromero posizionato molto vicino a una delle estremità. I cromosomi sono il 13,14,15,21,22. I
geni del NOR (organizzatore nucleolare) sono trascritti negli rna ribosomiale 28S, 18S e 5,8S dall’ rna
pol I (1). Nella subunità maggiore è presente anche un RNA 5S, che è trascritti non nel nucleolo, ma
dall’RNA pol 3 in un’altra zona.
Nel ribosoma ci sono 4 siti importanti per la sintesi proteica,
essi sono: un sito di legame per l’mRNAe tre siti dove si lega
il tRNA.
I tre siti sono: un sito A (amminoacilico) lega ogni tRNA
nuovo con attaccato il suo aa; un sito P (peptidilico) dove
risiede il tRNA con la catena polipeptidica in allungamento;
un sito E (uscita) dal quale i tRNA lasciano il ribosoma dopo
aver scaricato gli aa.

LISOSOMI
Hanno una forma pressoché sferica con un diametro di circa 0,5 micron.
I lisosomi sono circondati da una singola membrana, essa è determinante per proteggere il resto della
cellula dagli enzimi idrolitici che sono presenti nel lume del lisosoma. La regione luminale delle proteine
della membrana del ribosoma è altamente glicosilata e forma un rivestimento quasi continuo di
carboidrati che fornisce protezione dalle proteasi lisosomiali. I lisosomi sono usati dalla cellula come
sede di immagazzinamento delle idrolasi. Le idrolasi sono enzimi in grado di digerire specifiche
molecole biologiche (proteine, carbo, grassi). È importante per le cellule possedere enzimi di questo
tipo, sia per digerire le molecole provenienti dai nutrienti, che per degradare i costituenti cellulari che
non sono più necessari. È essenziale che enzimi di questo tipo siano opportunamente sequestrati fino
a quando non sono realmente necessari, impedendo in questo modo la digestione dei componenti
cellulari che non sono programmati per la distruzione. Pompe protoniche atp dipendenti, mantengono
un pH basso (4,0-5,0) che favorisce la digestione enzimatiche delle macromolecole che sono destinate
alla degradazione mediante la loro denaturazione parziale. I prodotti della digestione vengono
trasportati passivamente o attivamente attraverso la membrana al citosol, dove entrano in vie sintetiche
o vengono espulsi dalla cellula.
Meccanismo attraverso il quale gli enzimi lisosomali sono indirizzati ai lisosomi
Gli enzimi lisosomiali vengono sintetizzati dai ribosomi adesi al RER, e trasferiti nel lume di questo,
prima di essere trasportati al complesso di Golgi. Nel RER questi enzimi solubili subiscono una N-
glicosilazione, seguita dalla rimozione di unità di glucosio e di mannosio. All’interno del complesso di
Golgi, i residui di mannosio vengono fosforilati da due enzimi. Gli enzimi lisosomiali così modificati, si
legano a recettori presenti sulla membrana delle cisterne trans del Golgi. Il mannosio 6fosfato è il
segnale di indirizzamento per gli enzimi lisosomiali. Questi enzimi vengono inclusi in vescicole di
trasporto, rivestite di clatrina, che trasportano gli enzimi a un endosoma tardivo. L’acidità del lume
dell’’endosoma tardivo, provoca la dissociazione degli enzimi dai loro recettori. I recettori vengono poi
riciclati in vescicole che ritornano alla rete trans del Golgi, mentre l’endosoma tardivo, o matura
formano un lisosoma o trasferisce il proprio contenuto in un lisosoma attivo.
Gli endosomi precoci si formano in seguito alla fusione di vescicole proveniente dalla rete trans del
Golgi e dalla membrana plasmatica. Nel tempo, l’endosoma precoce matura formando un’endosoma
tardivo, che è un organuli che presenta un corredo completo di idrolasi acide ma che non presenta
attività digestive. Durante questo processo di maturazione, le pompe protoniche atp dipendenti
abbassano il pH del lume dell’endosoma precoce, da 6 a 5 e l’organulo perde la capacità di fondersi
con le vescicole endocitiche. L’endosoma tardivo è costituito da un insieme di enzimi digestivi di nuova
sintesi e da materiale extracellulare e intracellulare destinato alla digestione. Il tutto impacchettato in
modo tale da proteggere la cellula dagli enzimi idrolitici quando l’endosoma tardivo matura per formare
un lisosoma. Oppure rilascia il suo contenuto all’interno di un lisosoma già esistente.
L’ultima fase dello sviluppo dei lisosomi è rappresentata dall’attivazione delle idrolasi acide. Questa
attivazione dipende dal trasferimento degli enzimi e dei loro substrati in un ambiente più acido. Le
pompe protoniche atp dipendenti possono abbassare il pH del lume dell’endosoma tardivo a un valore
di 4/5, trasformando l’endosoma tardivo in un lisosoma e dando origine a un nuovo organulo.

µ
Funzione dei lisosomi:
- protezione: Attraverso il mantenimento delle idrolasi acide, enzimi essenziali per i processi
digestivi, ma che possono distruggere i componenti utili della cellula.
- nutrizione: Fenomeno osservabile nei protozoi come nelle amebe.
- riciclaggio: Con la disgregazione di strutture e componenti cellulari danneggiati
- difesa: Consentendo l’ingestione di particelle (batteri)
Ci sono 2 tipi di lisosomi:
- lisosomi eterofagici: contengono sostanze di origine extracellulare
- lisosomi autofagici: contengono sostanze di origine intracellulare.

Autofagia
L’autofagia o auto fagocitosi, è un processo fisiologico di eliminazione di aggregati proteici intracellulari
e di molecole e organelli danneggiati o inefficienti. Svolge un ruolo fondamentale nel turn over di
proteine, RNA e altre molecole citoplasmatiche. È indotta in risposta a diversi tipi di stress come
trattamenti ormonali o deprivazione di nutrienti. L’autofagocitosi prevede tre passaggi, l’induzione, la
maturazione e l’esecuzione.
Durante questo processo, porzioni di citoplasma contenenti diversi organelli (imm bianco e nero) sono
sequestrate all’interno di vescicole che derivano dal reticolo endoplasmico, quindi sono vescicole a
doppia membrana. Queste si chiamano autofagosomi. Queste vescicole poi si fonderanno con i
lisosomi a formare gli autofagolisosomi, sede in cui il contenuto verrà degradato. Il materiale digerito
può poi seguire due vie. Se solubile, diffonde per diffusione facilitata o mediante trasporto attivo
attraverso la membrana lisosomiale e arriva nel citosol dove le molecole sono riutilizzate dalla cellula.
Se il materiale non digerito rimane nell’autofagolisosoma, che a processo digestivo completato diventa
corpo residuo. Nei protozoi i corpi residui si fondono con la membrana plasmatica ed espellono i loro
contenuti all’esterno per esocitosi. Nei vertebrati non sembra esistere un meccanismo simile, così i
corpi residui si accumulano nel citoplasma e si pensa che l’accumulo di questi detriti contribuisca
all’invecchiamento cellulare, particolarmente nelle cellule a vita lunga come quelle del sistema nervoso.
La maggior parte dei processo digestivi, che coinvolgono gli enzimi lisosomiali, avviene all’interno della
cellula. In casi eccezionali i lisosomi liberano i loro enzimi al di fuori della cellula per esocitosi,
provocando una digestione extracellulare. Un esempio di digestione extracellulare si verifica durante
la fecondazione delle uova degli animali. La testa dello spermatozoo libera gli enzimi lisosomiali capaci
di degradare le barriere chimiche che impedirebbero allo spermatozoo di perforare la superficie
dell’uovo. Alcune malattie infiammatorie come l’artrite reumatoide, sembra essere determinata da un
involontaria liberazione di enzimi lisosomiali da l’arte dei leucociti all’interno delle articolazioni.

Digestione
Extracellulare
Spermatozoo
PEROSSISOMI
I perossisomi o microcopri, sono vescicole circondate da una sola membrana, che però non derivano
dal re e non fanno parte del sistema di endomembrane. Essi contengono un nucleo denso cristallino,
formato da enzimi ossidativi. Sono considerati organelli multifunzionali, che contengono più di 50
enzimi, i quali partecipano ad attività molto diverse tra di loro,che vanno dall’ossidazione di acidi grassi
a catena molto lunga alla produzione di luciferasi, che è responsabile della luce emessa dalle lucciole.
Condividono diverse proprietà con i mitocondri: entrambi si duplicano per scissione da organelli
preesistenti, entrambi importano delle proteine già formate dal citosol, ed entrambi sono impegnati nel
metabolismo ossidativo.

Funzioni
La funzione più evidente dei perossisomi nelle cellule
eucariotiche, è la detossificazione del perossido di idrogeno
(H2O2), azione espletata grazie al,a contemporanea presenza
di ossidasi e catalasi.
Le ossidasi hanno la proprietà di trasferire e- dai loro rispettivi
substrati direttamente all’ossigeno molecolare, formando
perossido di idrogeno, una molecola altamente tossica. Il
perossido di idrogeno viene degradato dalle catalasi, che sono
in grado un decomporre questa molecola attraverso reazioni
REDOX in ossigeno e acqua.
Un’altra funzione è l’ossidazione degli acidi grassi. Le catene degli acidi grassi sono accorciate in
modo sequenziale a blocchi di due atomi di carbonio alla volta che sono convertiti in acetil CoA ed
esportati dai perossisomi al citosol per essere riutilizzati in reazioni biosintetiche.
Formazione di plasmalogeni: funzione biosintetica essenziale dei perossisomi è la formazione di
plasmalogeni, che sono la più abbondante classe di fosfolipidi della mielina.
Guaina che avvolge le ramificazioni delle cellule nervose,
molto importante nel processo di propagazione dell’impulso
nervoso.
Metabolismo dei composti contenenti azoto.
Sono presenti enzimi come l’urato ossidasi che ossida l’urato che deriva dal catabolismo di acidi nucleici.
Si formano all’allantoina, che viene ulteriormente metabolizzata e escreta dall’organismo, il perossido di
idrogeno viene degradato all’interno del perossisoma stesso.
urato + O2 —> allantoina + H2O2
Altri enzimi che riguardano questa funzione sono le amminotransferasi, importanti nella degradazione e
sintesi degli aa. questi agiscono spostando i gruppi amminici da una molecola a un’altra.
Biogenesi dei perossisomi
I perossisomi derivano dalla divisione di perossismo pre esistenti. I lipidi che compongono la
membrana di nuova formazione, sono sintetizzati dagli enzimi del perossisoma e in parte vengono
acquisiti dal reticolo. I nuovi enzimi e le altre proteine presenti nella membrana e nella matrice, sono
prodotti sui ribosomi liberi nel citosol e vengono incorporati dopo la traduzione nei perossisoma
preesistenti.
La proteina rappresentata nella figura è la catalasi, una proteina tetramerica con un gruppo eme
legato a ciascuna subunità. Le subunità vengono sintetizzate singolarmente sui ribosomi del citosol,
introdotte nel perossisoma con un processo atp dipendente, ripiegate e assemblate insieme all’eme
nell’enzima tetramerico attivo. L’eme è un cofattore che entra nel lume del perossisoma attraverso una
via distinta. Perché il meccanismo post traduzionale possa funzionare, ogni proteina destinata a uno
specifico organulo deve possedere un segnale di indirizzamento; il segnale che indirizza almeno
alcune proteine al perossisoma, è costituito da solo 3 aa e si trova all’estremità carbossilica della
molecola o vicino a questa. La sequenza più frequente è Ser-Lys-Leu (SKL).

mimma
I perossisomi hanno un aspetto simile ai lisosomi. Le proprietà distintive sono:
- assenza di enzimi idrolitici
- non partecipazione ai processi di digestione intracellulare dimostrabile con la mancata assunzione
di particelle estranee
- presenza di catalisi
- presenza di un nucleoide
- frequente associazione con elementi del REL

Mutazioni a carico delle proteine perossisomali possono provocare gravi malattie tra queste
l’adenoleucodistrofia legata al cromosoma X, devastante e progressiva malattia demielinizzante.

La malattia si manifesta nell’83, ha difficoltà di concentrazione, calo della vista e dell’udito, parla a fatica.
Si pensa a una malattia tropicale. È adrenoleucodistrofia, un errore del metabolismo che causa una
degenerazione del cervello, la mancanza di un enzima perossisomale provoca un accumulo di acidi
grassi che danneggiano la guaina protettiva dei nervi colpendo prima le funzioni motorie e poi quelle
psichiche. I genitori si interessano alla malattia diventando esperti. Dopo anni elaborano una miscela
composta da olio di oliva e olio di colza che è in grado di rallentare l’avanzamento della malattia, la
miscela si chiama olio di Lorenzo ed è una miscela che provata su di lui è efficace.