LA REPLICAZIONE DEL DNA

La catena di DNA si apre in corrispondenza delle sequenze ori (origine della

replicazione). Queste sequenze sono ricche di adenina e timina (ci sono meno
legami idrogeno e la catena si apre più facilmente).
Il complesso multi proteico ORC (Origin Recognition Complex) si lega alle
sequenze ori. All'ORC si legano due proteine: Cdc6 e Cdt1, che a loro volta
richiamano due complessi di DNA elicasi chiamati MCM. L'insieme di tutte
queste proteine è detto complesso di pre-replicazione.

L'elicasi (consumando ATP) riesce quindi ad aprire la molecola di DNA

separando i filamenti polinucleotidici e forma così una bolla di replicazione.
Per impedire che le basi azotate si riassocino, le proteine SSB (single-strand
binding) si legano ai singoli filamenti e, respingendosi, tengono il DNA aperto.
A questo punto la DNA polimerasi ε si inserisce nella bolla di replicazione
e, mentre l'elicasi apre la bolla, scorre sul filamento master in direzione 3'->5'.
Utilizzando le informazioni del filamento master crea un nuovo filamento
(filamento leading) in maniera continua.
Entra in gioco anche un’altra DNA polimerasi, la DNA polimerasi δ, che crea un
nuovo filamento (filamento lagging) in maniera discontinua, creando
frammenti detti frammenti di Okazaki.

Filamento lagging Filamento leading

Filamento leading Filamento lagging

La DNA polimerasi (sia ε che δ) chimicamente si lega al gruppo ossidrilico (OH)

libero 3’ di un nucleotide da cui far partire il nuovo filamento, legando i
nucleotidi tramite legami fosfodiesterici. Serve perciò un filamento primer
(innesco) a cui legarsi. Questo corto filamento (con alcuni nucleotidi di RNA
all’estremità 3’) viene sintetizzato dalla DNA polimerasi α (o primasi). La DNA
polimerasi ε avrà bisogno di un solo primer. La DNA polimerasi δ invece avrà
bisogno di diversi primer. La DNA polimerasi δ sostituirà la sequenza di RNA
con DNA per tutti i primer escluso il primo.
Dopo la conclusione del processo replicativo della DNA polimerasi, l’enzima
ligasi che unisce tutti frammenti di Okazaki del filamento lagging ed unisce
quest’ultimo con il filamento leading.

Si avranno quindi due nuovi filamenti, che hanno entrambi un’estremità a RNA.
Queste estremità sono formate da regioni altamente ripetitive che sono dette
telomeri. Essi alla fine di ogni processo replicativo vengono persi in quanto
l’RNA ha un’emivita minore di quella del DNA. Quindi man mano che la cellula
si divide perderà sempre più telomeri. Una volta persi tutti i telomeri
comincerà a perdere informazioni genetiche alle estremità, il che comporterà
un caos che porterà alla morte della cellula. La lunghezza dei telomeri svolge
quindi la funzione di orologio biologico della cellula.

Alcune cellule, come quelle germinali o staminali, possiedono però un enzima,

la telomerasi, che possiede un frammento RNA complementare ai telomeri e
può quindi catalizzare l’allungamento del frammento master. Quindi vi si può
legare la DNA polimerasi α e sintetizzare un primer a cui si potrà legare la DNA
polimerasi δ e quindi sintetizzare un pezzo di telomero. Si avrà comunque un
innesco RNA che andrà perso, ma il telomero è più lungo di come sarebbe
stato senza l’azione della DNA polimerasi.

Inoltre esiste un sistema detto sistema clamp - clamp loader, che tiene unite le
due DNA polimerasi. I clamp si legano alle polimerasi e vengono tenuti uniti dal
clamp loader. Questo sistema obbliga le DNA polimerasi a muoversi nella
stessa direzione. Ma la DNA polimerasi δ non potrà andare in quella direzione,
in quanto sarebbe direzione 5’->3’ rispetto al filamento master. Il filamento
master dovrà quindi assumere un aspetto a “forcella di replicazione”,
ripiegandosi in modo che la DNA polimerasi δ possa muoversi nella giusta
direzione.

Infine un’altra classe di enzimi importante è quella delle topoisomerasi, che

evitano che il DNA si avvolga. Esse formano delle intaccature nel DNA per
eliminare lo stress da superavvolgimento e ricucendo dopo il DNA. La
Topoisomerasi I va ad operare un solo intaccamento in un solo filamento del
DNA. La Topoisomerasi II invece opera due rotture, su entrambi i filamenti.