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BIOCHIMICA

(Chimica della vita)


Nelle molecole la struttura e la funzione sono strettamente legate tra loro, se muta la sua sequenza e
la sua struttura, di conseguenza cambia sia il suo ripiegamento sia la sua funzione.
Ogni molecola ha un metabolismo che si suddivide in due vie di:
• Sintesi o Anaboliche
• Degradazione o Cataboliche
Questi due processi non solo sono regolati, ma sono anche coordinati tra loro.

CARATTERISTICHE DELLE CELLULE


• MEMBRANA PLASMATICA: composta da molecole lipidiche e proteiche, in cui separa e
protegge l’interno della cellula con l’ambiente esterno.
• CITOPLASMA: al cui interno troviamo l’RNA, i mitocondri, i ribosomi, il reticolo
endoplasmatico (RE), ma anche dei granuli di riserva come gli amminoacidi ed il glucosio.
Nel citoplasma troviamo i metaboliti che servono alla cellula per rispondere alle variazioni
ambientali.
• NUCLEO: formato da una doppia membrana plasmatica. All’interno troviamo gli acidi
nucleici ovvero il DNA e l’RNA. Quest’ultimo è una molecola deputata all’informazione
genetica. Troviamo tre tipi di RNA: RNA tranfer (tRNA), RNA ribosomiale (rRNA) e RNA
messaggero (mRNA)

COMPOSIZIONE CHIMICA DEGLI ESSERE DEGLI ORGANISMI VIVENTI


• Il 98% degli atomi costituisce la materia vivente è rappresentata da alcuni elementi della
tavola periodica: C,N,O,H,Ca,P,K,S.
• La parte rimanente è costituita da elementi traccia
• Il 70% del peso è composto da molecole d’acqua, ma dipende sempre dall’organismo, (nella
medusa l’acqua costituisce il 90% del peso)
• Tranne l’O ed il Ca, gli elementi che costituiscono la materia vivente sono poco presenti
sulla Terra

Le cellule sono formate da Composti Semplici che si differenziano in


• Composti organici: Amminoacidi, monosaccaridi, basi azotate (sintesi dei nucleotidi)
• Composti inorganici: acqua e Sali minerali
Da questi composti semplici vengono sintetizzate le molecole complesse o biopolimeri
(biomolecole molto grandi) ovvero: proteine, polisaccaridi, acidi nucleici e lipidi.

COMPOSTI ORGANICI DELLE BIOMOLECOLE


• Le Proteine sono formate da 20 tipi di amminoacidi diversi
• I Polisaccaridi sono formati da glucosio, precursore di molti zuccheri e del nostro
organismo, il quale si basa su di esso.
• 5 diversi basi azotate formano gli acidi nucleici: adenina, citosina, guanina, timina (DNA)
ed uracile (RNA)
• I lipidi sono costituiti da acidi grassi e glicerolo
STRUTTURA DELL’ATOMO
ATOMO dal greco “indivisibile” è la parte più piccola della sostanza
nucleare, formato da Protoni (𝑝+ ), Neutroni, che insieme ai protoni formano
i Nucleoni, ed elettroni (𝑒 − ). L’atomo si può considerare neutro perché ha lo
stesso numero di protoni ed elettroni.

MODELLI ATOMICI
• Modello di Bohr: l’elettrone si muove su orbitale circolare
• Teoria di Schrodinger: ha dimostrato che l’elettrone è una particella in continuo
movimento ed è stata formulata un’equazione che descrive le proprietà ondulatorie
dell’elettrone. Questa equazione definisce alcune zone dello spazio dell’orbitale, dove si
trova più probabilità di trovare l’elettrone. L’equazione fornisce i numeri quantici che sono
dei numeri interi che corrispondono a livelli energetici per ogni orbitale atomico.
I numeri quantici vengono identificati tramite lettere (n,l,m) con l’aggiunta di un quarto numero
quantico (s) che rappresenta in numero di spin dell’elettrone, cioè se si muove in senso orario o
antiorario.
• n → contenuto energetico dell’atomo (1-7)
• l → descrive la formula dell’orbitale
• m → descrive l’orientamento dell’orbitale
• s → definisce il senso di rotazione

DISPOSIZIONE DEGLI ELETTRONI NEL NUCLEO


La regola principale segue il Principio di Pauli:
in ogni funzione orbitale non ci possono essere più di due elettroni, aventi spin opposto.

Atre regole per la disposizione degli orbitali sono:


• Principio di Aufbau: come gli elettroni si dispongono intorno ad un atomo in cui l’energia
via via sta aumentando
• Regola di Hund o della Massima Molteplicità: quando troviamo orbitali degeneri (stesso l
ma diverso m), vengono occupati prima gli orbitali con spin uguale e poi quelli con spin
opposto.

Configurazione
elettronica
dell’Ossigeno (8)

Configurazione
elettronica del Boro (5)
ELETTRONEGATIVITÀ
L’elettronegatività è la capacità di un atomo di attrarre su di sé elettroni quando prende parte ad un
legame chimico
O → 3,44
H → 2,20
L’Ossigeno avendo un’elettronegatività maggiore attrae l’idrogeno.

LEGAMI CHIMICI
Molecola: rappresenta il raggruppamento atomico costituita da almeno due atomi
NaCl → Sodio cloruro → Sodio e cloro insieme

Ossigeno molecolare
Ogni trattino rappresenta due elettroni

Legame chimico: insieme di forze che tengono uniti 2 o più atomi, possono essere uguali o diversi
I legami che andranno a formarsi possono essere di due tipi:
• ELETTROSTATICO → unione di ioni
• COVALENTE → unione di elettroni
I legami vengono a formarsi quando gli atomi si trovano ad una distanza interatomica in cui gli
elettroni possono reagire tra loro.
I legami vengono a formarsi perché gli atomi raggiungono maggiore stabilità all’interno della
molecola, questa stabilità corrisponde ad un minimo di energia
Durante la formazione di un legame chimico, l’atomo può cedere, acquistare o condividere
elettroni, in modo da avere nel livello più esterno 8 elettroni.
L’atomo assume la stessa configurazione elettronica esterna, identica a quella del GAS NOBILE
vicino. Il Gas Nobile ha un ottetto nel loro orbitale atomico più esterno facendolo risultare molto
stabile

N→ 2𝑠 2 2𝑝3 5 elettroni, ne mancano 3; vengono reclutati 3 elettroni per raggiungere la


configurazione del gas nobile più vicino (in questo caso il Ne)

Ne→ 2𝑠 2 2𝑝6

H→ 1𝑠1 → in questo caso il gas nobile più vicino è l’He, quindi deve aggiungere solo un elettrone
He → 1𝑠 2

L’ azoto (N) è trivalente e ha 3 elettroni spaiati, quando forma l’ammoniaca


(N𝐻3 ), l’H condivide il suo elettrone, così l’N raggiunge la configurazione
del Ne e l’H reclutando l’elettrone spaiato dell’N raggiunge l’He

LEGAMI ITRAMOLECOLARI
Lo scopo dei legami intramolecolari è quello di permettere a tutti gli atomi di raggiungere l’ottetto
completo, che possiedono solo i gas nobili. Essi si classificano in:
• Ionico
• Covalente
▪ Omeopolare: stesso atomo (𝑂2)
▪ Eteropolare: atomi diversi (𝐻2 O)
▪ Dativo: ione ammonico (𝑁4− H)
I legami omeopolari ed eteropolari sono costituiti da elettroni messi in condivisione da tutti gli
atomi, mentre nel legame dativo è un legame di due elettroni forniti dallo stesso atomo.

LEGAMI INTERMOLECOLARI

I legami intermolecolari sono interazioni di natura elettrostatica che si generano NON fra
singoli atomi, ma fra molecole neutre e ioni, i legami intermolecolari sono più deboli rispetto a
quelli intramolecolari. Essi si dividono in:
• Dipolo-Dipolo
• Ione-Dipolo
• Ponte ad idrogeno

LEGAME IONICO
Avviene quando c’è una grande differenza di elettronegatività tra gli atomi interessati, (elementi
tra I e II gruppo e tra VI e VII della tavola periodica). Si forma sempre tra ioni di carica opposta,
cationi ed anioni. Lo ione è un atomo o raggruppamenti di atomi che ha assunto una o più cariche
elettroniche mediante perdita o acquisto di uno o più elettroni.
I componenti ionici sono sostanze solide che hanno una struttura cristallina e hanno punti di
funzione. Allo stato solido i composti ionici non possono condurre la corrente, quindi occorre un
solvente che permette il passaggio elettrico. L’acqua si scinde dai legami forti (SOLVATAZIONE).
La sostanza ionica in soluzione condurrà corrente.

LEGAME COVALENTE
Avviene quando fra due atomi non c’è una grande differenza di
elettronegatività, ma possono comunque mettere in condivisione gli
elettroni dell’orbitale più esterno.
Il legame covalente che si forma tra due atomi uguali viene detto
omeopolare o puro. I composti covalenti possono essere: solidi, liquidi e
gassosi.

Quando il legame si forma tra atomi diversi, vanno a formare dei legami covalenti detti eteropolari,
essi sono SEMPRE polari.
La polarità è la proprietà di una molecola che
presenta una carica parziale positiva e una carica
parziale negativa, entrambe opposte l’una all’altra.
L’acqua ha una carica parziale negativa ed è presente
in prossimità dell’atomo di ossigeno ed una carica
parziale positiva è presente in prossimità dei due
atomi di idrogeno.
Il legame covalente si divide in base a quante coppie
di elettroni sono suddivisi tra gli atomi: singoli,
doppio o triplo.

INTERAZIONI DEBOLI
Le interazioni deboli sono quelle intermolecolari e tutte di piccola entità, ma tante interazioni
piccole possono stabilizzare molecole molto grandi. Tra le più deboli troviamo:
• Legame ad idrogeno (ponte a H)
• Interazioni tra gruppi carichi
• Forze di Van Der Waals

Queste interazioni possono essere di natura transitoria e conferiscono flessibilità e stabilità alle
biomolecole, come nel DNA, ciò che lo lega e lo rende stabile è l’H, infatti quando il DNA deve
essere trascritto, le due eliche devono dividersi, rompendo così il legame ad H

LEGAME AD IDROGENO
Un atomo di H legato ad un atomo molto elettronegativo, ovvero l’O, va
ad interagire con un altro atomo elettronegativo, ovvero un altro atomo
di O.
Questo legame è più forte se gli atomi sono orientati verso lo stesso
asse, mentre sono più deboli se non sono alienati. Questo legame non
dipende solo dagli atomi ma anche dalla loro GEOMETRIA. In questo
legame troviamo sempre un accettore ed un donatore

L’ACQUA
L’acqua è il solvente universale nei sistemi biologici. Allo stato solido l’acqua forma un reticolo
cristallino che è permesso grazie al ponte H. Nel momento in cui il ghiaccio inizia a sciogliersi è a
causa del calore che permetterà la rottura di gran parte dei legami H. Se s’aggiunge calore
avremmo la rottura di tutti i legami H e questo permetterà all’acqua di passare allo stato gassoso.

ES: Se si versa in un recipiente d’acqua il NaCl si solubilizza, ma se viene versato troppo NaCl
avremmo dei precipitanti e la soluzione diventa SATURA, dato che non ha più molecole di acqua
disponibili.

INTERAZIONI DIPOLO-DIPOLO
Le molecole dipolari quindi con due poli, negativo e positivo, creano attorno a sé campi elettrici
deboli che fanno sentire la propria attrazione su molecole vicine. In questo modo si verifica
un’attrazione elettrostatica tra i poli opposti di due molecole, e
viene detta INTERAZIONE DIPOLO-DIPOLO O
INTERAZIONE DI KEESOM
Le molecole dipolari si avvicinano e tendono a disporre i loro poli
di carico opposto l'uno di fronte all'altro. In tale modo si raggiunge
una configurazione di elevata stabilità che rende minima l'energia
potenziale del sistema.
Nelle interazioni dipolo-dipolo permanenti la polarizzazione del
legame porta alla formazione di dipoli opposti rappresentati da una
freccia. Nelle interazioni dipolo-dipolo indotto la polarizzazione è minima e nel momento in cui
la funzione metilica si trova vicino a quella carbonilica, viene attratta dato che quest’ultima ha una
polarità molto forte

INTERAZIONI IDROFOCHE
La molecola idrofoba risulta essere poco solubile in acqua. Queste interazioni descrivono le
relazioni tra l’acqua e le molecole idrofobe. (acqua ed olio)
Le molecole idrofobe sono APOLARI quindi venendo a contatto con l’acqua (polare) avviene la
rottura dei legami ad H, viene formata una “gabbia” intorno alla specie apolare

TEORIA DEGLI ORBITALI E L’ATOMO DI CARBONIO


Si definisce “atomo neutro” quell’atomo che ha stesso numero di protoni ed elettroni, mentre
l’atomo che ha ceduto o acquistato elettroni è detto ione e di conseguenza catione o anione.

La configurazione elettronica si riferisce agli elettroni, ovvero al loro comportamento attorno ai


nuclei di uno o più atomi (molecole)
La configurazione elettronica del Carbonio, relativa agli elettroni di valenza è 2𝑠 2 2𝑝2 . Si nota che il
C ha due orbitali 2p semipieni e per questo dovrebbe dare origine solo a 2 legami covalenti, ma è
tetravalente, ovvero in grado di formare 4 legami con altri atomi.
Gli elettroni di valenza sono gli elettroni
presenti nell’ultimo livello di energia e sono
quelli che partecipano alla formazione dei
legami chimici con altri atomi. Il C allo stato
eccitato presenta 4 elettroni spaiati e dunque
può formare 4 legami.
Durante gli studi sulla molecola di “metano” si
è visto che tutti e 4 i legami avevano le stesse caratteristiche, cioè la stessa lunghezza, e ci si rese
conto che avvenne un’ibridazione degli orbitali.

STATO IBRIDATO DEL CARBONIO

Quest’ibridazione si verifica solo se il C va a formare


legami con altri atomi, ma quasi per tutte le molecole nel
momento in cui più atomi condividono gli elettroni di
legame.

 Gli orbitali s e p si sono rimescolati e si sono ottenuti 4


orbitali nuovi tutti uguali.

IDROCARBURI ALINFATICI
Gli idrocarburi sono composti organici che contengono
atomi di carbonio e di idrogeno, si dividono in
• Idrocarburi saturi: presentano un solo legame
▪ Alcalini: il C in questi composti è completamente saturo e sono LINEARI
▪ Cicloalcani: ciclici
• Idrocarburi insaturi: presentano almeno un doppio legame e si dividono in alcheni ed
alchini. Gli alcheni contengono uno o più doppi legami C-C (ETENE), mentre gli alchini
contengono uno o più tripli legami C-C (ETINO). Il tipo di legame che si viene a creare va
ad influenzare la geometria spaziale della molecola.
Il metano è l’alcano più semplice: C𝐻4 → 1 atomo di C
Etano → 𝐶2 𝐻6 → 2 atomi di C
Propano → 𝐶3 𝐻8 → 3 atomi di C
ISOMERI STRUTTURALI
Man mano che aumenta la lunghezza della catena carboniosa possiamo trovare gli isomeri
strutturali, che hanno sempre la stessa formula molecolare dato che non c’è variazione tra il
numero degli orbitali coinvolti, ma sono legati in maniera differente. Essi differiscono per la loro
proprietà fisica, chimiche e spettroscopiche.

ALCHENI
Gli alcheni sono idrocarburi che contengono almeno un doppio
legame C-C, in essi gli atomi sono ibridati in s𝑝2 . Quando il C va
a formare un doppio legame, si uniscono 2 atomi di C avente
ibridazione s𝑝2 (l’elettrone 2p non ibridato è perpendicolare al
piano dei tre orbitali ibridati)

SOVRAPPOSIZIONE ORBITALI
La zona di sovrapposizione di questi due orbitali andrà a formare un
orbitale molecolare che si chiamerà sigma.

Dalla sovrapposizione laterale dei due orbitali 2p non ibridati di forma


nuovo orbitale molecolare definito orbitale
molecolare π

ISOMERI GEOMETRICI
• Trans → quando i sostituenti si trovano sui lati opposti
• Cis → quando i sostituenti si trovano sullo stesso lato rispetto al doppio legame

ALCHINI
Negli alchini troviamo un triplo legame e l’ibridazione è definita sp. Gli orbitali
sp si dispongono a 180° l’uno rispetto all’altro. Gli assi degli orbitali non ibridati
sono perpendicolari a sp.
IDROCARBURI AROMATICI
Vengono chiamati in questo modo grazie al loro odore caratteristico e presentono
un alto grado di saturazione, ovvero vi sono molti legami doppi. L’elemento
capostipite di questa classe è il BENZENE. Questi tipi di elementi hanno struttura
ciclica, con 6 atomi di C. Gli atomi si trovano sullo stesso piano e hanno doppio
legame. Le coppie di elettroni sono delocalizzate, si muovono
sia al di sopra che al di sotto dell’anello, determinando la
rigidità della molecola. Ogni doppio legame coinvolge 2
atomi di C che sono ibridati in s𝑝2 e gli elettroni non ibridati
sono disposti perpendicolare al piano dell’anello, formando un unico orbitale
π, il quale si trova, uno al di sotto ed un altro al di sopra dell’anello.

TIPI DI REAZIONE
Ci sono diversi tipi sia di scissione che di formazione dei legami chimici nei legami organici.
Le reazioni possono essere di:

ADDIZIONE: A+B → AB; due molecole che si vanno ad addizionare

SOSTITUZIONE: AB+C→ A+BC; molecola di partenza AB che reagisce con C. AB è stato prima
scisso per poi formare un nuovo legame tra B e C

ELIMINAZIONE: AB → A+B; il legame tra AB si scinde ottenendo 2 molecole INDIPENDENTI

RIARRANGIAMENTO: ABC → ACB; Queste reazioni si trovano molto spesso nel metabolismo,
avviene una rottura di legami che permette lo scambio di posizioni.

Quando un legame si rompe, si possono avere vari tipi di scissione:

ROTTURA OMOLITICA
Rottura simmetrica del legame; avviene la scissione, si ottengono 2 elettroni spaiati e queste due
specie sono molto reattive e prendono il nome di RADICALI

ROTTURA ETEROLITICA
Rottura di un legame non simmetrica, darà origine ad una specie CATIONICA ed una ANIONICA
A-B → 𝐴+ + 𝐵 − (A nella rottura ha perso il suo elettrone, cedendolo a B)

H-Cl → 𝐻 + + 𝐶𝑙 − l’elettrone dell’H se lo prende con elettronegatività più elevata tra i due (Cl)

SOLUZIONI
Il citoplasma della cellula in cui avvengono le reazioni del metabolismo si può considerare come
una soluzione acquosa, in cui vi sono numerosi soluti (ioni, Sali, zuccheri, amminoacidi).
La soluzione è una miscela omogenea costituita da 2 o più sostanze pure, si viene a contatto con
una soluzione quando uno dei due componenti è presente in una maggiore quantità.
Possiamo avere vari tipi di soluzione:
- GAS in GAS
- LIQUIDI in LIQUIDI
- SOLIDI in SOLIDI
- GAS in LIQUIDI
- SOLIDI in LIQUIDI
In una soluzione si definisce SOLVENTE il componente presente in maggiore quantità, nelle
soluzioni biochimiche quasi sempre il solvente è l’acqua. Viene definito SOLUTO il componente
presente in minore quantità. Si può avere a che fare con una soluzione in cui è presente un solo
soluto o più di un soluto, per capire la COMPOSIZIONE di una soluzione, dobbiamo sapere sia la
quantità del soluto sia del solvente

Le proprietà delle soluzioni sono diverse dalla proprietà di solvente e soluto analizzati
separatamente.

𝐻2 O + NaCl → acqua + cloruro di sodio, questa soluzione avrà delle proprietà diverse dell’acqua
pura e del NaCl analizzati separatamente.

Le soluzioni si formano perché avvengono delle interazioni tra soluto e solvente, esse avvengono
grazie a legami deboli
• Legame H
• Interazioni ioni-dipolo
• Interazioni tra gruppi carichi
• Forze di Van Der Waals
• Interazioni idrofobiche
Le interazioni più presenti nelle soluzioni acquose sono le interazioni ioni-dipolo ed i legami H
(L’acqua è il solvente universale di tutti i sistemi biologici.)
Per comprendere le proprietà sia fisiche che chimiche, bisogna conoscere la
CONCENTRAZIONE, ossia quanto soluto è presente in quella quantità d’acqua.
Essa in una soluzione si può esprimere in:

% → Percentuale: indica quante parti di soluto sono presenti in 100 parti di soluzione*
m → Molalità
X → frazione molare
N → Normalità
M → Molarità: nelle cellule le concentrazioni non saranno mai così alte, infatti vengono usate unità
più piccole come mM, uM, nM

*Bisogna specificare se queste 100 parti sono di peso o di volume:


• 30% (p/v) → 30g di soluto in 100ml di soluzione
• 15% (v/v) → 15ml di soluto in 100ml di soluzione
• 25% (p/p) → 25g di soluto in 100g di soluzione
Nel caso dell’acqua 500ml d’acqua corrispondono a 500g. Nel caso di altri solventi ed altri
composti, questa proporzione non vale, in quanto dipende dalla densità e quindi il peso non sarà
uguale al volume.
Le parti di soluto sono riferite alle pareti di solvente, cioè al soluto + solvente
ES: 50% di NaCl in acqua
Bisognerebbe pesare 50g di NaCl in 100ml d’acqua.

La molarità (M) indica quante moli di soluto sono presenti in un litro di soluzione
1M NaCl → 1 mole di NaCl/1l 𝐻2 O
Calcoliamo il numero di moli per il volume espresso in litri della soluzione.

ES. una soluzione con 0,5M di 𝐻2 S𝑂4 (acido solforico)


1) Calcolare il p.m.r. (peso molecolare relativo) della soluzione 𝐻2 S𝑂4
-trovare sulla tavola periodica il peso molecolare di ciascun atomo, il peso di H x 2, dato che
sono 2 atomi di H e l’O x 4, sommando tutti i pesi, il risultato è 98
2) 98g corrispondono ad 1M, ma dato che dobbiamo preparare una soluzione di 0,5M, il peso
di 98 dovrà essere diviso per 2 o moltiplicare per 0,5

0,5 x 98 = 49 g di 𝐻2 S𝑂4 che andranno in 1l di soluzione

PROPRIETÀ DELLE SOLUZIONI ACQUOSE


Le proprietà delle soluzioni non dipendono dalla natura chimica del soluto, ma dalla sua quantità,
ovvero dalla sua concentrazione. Queste proprietà sono dette PROPRIETÀ COLLIGATIVE:
• Abbassamento della tensione di vapore
• Abbassamento crioscopico → ES: una soluzione salina congela ad una temperatura più
bassa rispetto all’acqua da sola
• Innalzamento ebullioscopico → ES: una soluzione salina bollirà ad una temperatura più
elevata rispetto all’acqua da sola; questo spiega perché l’acqua dei mari non si ghiaccia o
almeno solo in superficie perché la salinità è minore.
• Pressione osmotica
L’osmosi è un processo che si verifica quando abbiamo 2 soluzioni acquose separate da una
membrana semipermeabile e quindi consente il passaggio solo delle molecole d’acqua verso la
soluzione più concentrata che determina così una PRESSIONE OSMOTICA

[A] → quando si trova una sostanza tra parentesi quadre, si fa riferimento alla concentrazione di M
[A] (mM)

La membrana lascerà passare solo le molecole d’acqua. Si verificherà un flusso d’acqua che avrà
una direzione che tenderà a diluire la soluzione più concentrata che si trova all’interno della
membrana. Questo flusso determina la pressione osmotica che si indica π. La pressione osmotica
rappresenta la forza necessaria per opporsi allo spostamento delle molecole d’acqua ed è descritta
dall’equazione di Van’t Hoff:

π = ic x R x T
i = coefficiente di Van’t Hoff
c = concentrazione molare della soluzione
R = costante dei gas (0,0821)
T = temperatura in Kelvin

Considerando un sistema biologico R e T non sono variabili, la π dipenderà dalla concentrazione


delle particelle in soluzione. Grazie al processo di osmosi, nei laboratori si può svolgere la
DIALISI, ovvero allontanare i soluti dai campioni, in base ai pori della membrana.
Con l’osmosi si osserva sempre la diluzione della soluzione più concentrata. Il tipo di membrana
utilizzata è fondamentale nel fenomeno dell’osmosi.
ES: se i pori della membrana sono molto piccoli, passeranno solo le molecole d’acqua, ma se i pori
sono più grandi si avrà il passaggio anche di altre molecole.

OSMOLARITÀ EXTRACELLULARE
La cellula si trova all’interno dei nostri tessuti in un ambiente ISOTONICO, ossia che ha la stessa
concentrazione salina, quindi tutto il flusso dei soluti dall’interno all’esterno della cellula viene
regolarizzato.
ES 1: se viene presa una cellula e la si mette in una soluzione ISOTONICA, stessa pressione
osmotica, quindi non si avrà alcun movimento d’acqua. la cellula non andrà incontro a nessuna
variazione

ES 2: presa una cellula e la si mette in acqua distillata,


soluzione IPOTONICA, pressione osmotica più bassa, l’acqua
si muoverà all’interno della cellula, generando una pressione
che gonfierà la cellula e la farà scoppiare.

ES 3: situazione opposta all’esempio 2, avviene quando una


cellula si trova in una soluzione IPERTONICA, pressione
osmotica più elevata, si avrà un flusso d’acqua dall’interno
all’esterno della cellula, facendola contrarre fino a morire.

ACIDI E BASI
Acidità e basicità di una soluzione
Il pH è uno dei parametri più importanti per le molecole biologiche. Qualsiasi variazione del pH
andrà ad alterare lo stato di ionizzazione di molte molecole di 𝐻2 O

DEFINIZIONE DI ARRHENIUS
- Un acido è una sostanza che cede protoni 𝐻 +
- Una base è una sostanza capace di cedere ioni 𝑂𝐻 −
Questa definizione molto semplice non spiega il comportamento di molte sostanze che non si
comportano in questo modo:
ES: l’𝑁𝐻3 in soluzione fa cambiare il pH rendendolo più basico, quindi si comporta da base ma non
può cedere ioni 𝑂𝐻 −

DEFINIZIONE DI BRONTED-LOWRY
- Un acido è una sostanza che cede protoni 𝐻 +
- Una base è una sostanza capace di acquistare ioni 𝐻 +

𝑁𝐻3 + 𝐻 + → N𝐻4+

Questa definizione prevedeva che il comportamento acido di una sostanza poteva verificarsi solo in
presenza di un’altra sostanza con comportamento opposto, il comportamento dell’𝑁𝐻3 , si può
spiegare solo se reagisce con un acido che rilascia protoni

TEORIA DI LEWIS
- Un acido è una specie capace di accettare una coppia di elettroni
formando un legame DATIVO
- Una base è una sostanza capace di donare una coppia di elettroni

L’azoto ha un doppietto elettronico libero. L’H offre la carica negativa al protone e così l’N prende
una carica positiva formando un legame DATIVO. Quindi l’ammoniaca ha ceduto gli elettroni,
comportandosi da BASE.
Tipici ACIDI di Lewis sono gli ioni metallici che hanno orbitali vuoti e bassa energia, tendono ad
accettare elettroni.

Tipiche BASI di Lewis sono sostanze che presentano atomi che hanno coppie di
elettroni disponibili

Abbiamo acidi forti (HCl) ed acidi deboli (C𝐻3 COOH)


- Gli acidi forti si dissociano quasi completamente
- Gli acidi deboli si dissociano completamente
Lo stesso vale per le basi, basi forti (NaOH) e basi deboli (N𝐻3 )
Gli acidi e le basi forti in soluzione acquosa si dissociano quasi del tutto, mentre quelli deboli si
dissociano parzialmente.

ES: HCl + 𝐻2 O 𝐶𝑙 − + 𝐻3 𝑂 −

Negli acidi forti l’equilibrio di dissociazione è sottoposto verso destra

COMPORTAMENTO DELL’ACIDO DIPROTICO

𝐻2 𝑆𝑂4 𝐻 + + HS𝑂4−

Lo ione può sia acquistare che cedere protoni, quando questo ione si trova in presenza di una base
HS𝑂4− (acido solforico) si comporta da acido e quindi cede un ulteriore elettrone

HS𝑂4− + 𝑂𝐻 − → S𝑂4−− + 𝐻2 O

HS𝑂4− se si trova in acqua tenderà a cedere un secondo protone, se invece si trova in una soluzione
basica, si comporterà da base, e può sia acquistare che cedere protoni. Le sostanze che presentano
questo duplice comportamento sono dette ANFOTERE.

IONIZZAZIONE DELL’ACQUA
Le molecole di acqua hanno una piccola tendenza a ionizzarsi REVERSIBILMENTE, per formare
uno ione idrogeno 𝐻 + ed uno ione ossidrile 𝑂𝐻 −

𝐻2 O 𝐻 + + 𝑂𝐻 − la presenza della doppia freccia significa che la reazione è reversibile,


quindi l’acqua può tornare allo stato iniziale.
Quando la differenza di energia tra i due processi è molto grande e soprattutto quando la velocità di
decomposizione è uguale alla velocità di riformazione la reazione è in EQUILIBRIO.
Dato che le frecce sono uguali, il rapporto tra le specie dissociate, ovvero tra la concentrazione di
protoni, moltiplicata alla concentrazione degli ossidrilioni, fratto la concentrazione totale della
molecola, sarà costante.
[𝐻 + ][𝑂𝐻 − ]
𝐾𝑒𝑞 =
[𝐻2 O]

Nell’equazione la concentrazione molare totale dell’acqua equivale a 55,5 M

[𝐻 + ][𝑂𝐻 − ]
𝐾𝑒𝑞 = → 1,8 x 10−16
[55,5]
Dato che ci so trova in una situazione di equilibrio, si può ricavare la concentrazione molecolare di
𝐻 + e 𝑂𝐻 −

Keq x 55,5 = [𝐻 + ][ 𝑂𝐻 − ] = 1,0 x 10−14 = Kw (prodotto ionico)

Il prodotto tra 𝐻 + e 𝑂𝐻 − in una soluzione acquosa è COSTANTE.

[𝐻 + ][ 𝑂𝐻 − ] = √ 1 x 10−14 = 1 x 10−7

Le due concentrazioni sono uguali sono uguali sempre perché ci si trova in una situazione di
equilibrio.

pH

Il pH è il logaritmo dei moli della concentrazione degli ioni 𝐻 +

pH = −𝑙𝑜𝑔10 [𝐻 + ]

Quando in una soluzione la concentrazione di [𝐻 + ] > [ 𝑂𝐻 − ] si definisce ACIDA. A 25°C una


soluzione acida presenta una concentrazione di ioni 𝐻 + maggiore di 1 x 10−7M

Valori pH < 7 → soluzione acida

Quando in una soluzione la concentrazione di [ 𝑂𝐻 − ] > [𝐻 + ] si definisce BASICA. A 25°C una


concentrazione di ioni [ 𝑂𝐻 − ] maggiore di 1 x 10−7 M

Valori pH > 7 → soluzione basica

Quando in una soluzione la concentrazione di [ 𝑂𝐻 − ] = [𝐻 + ] si definisce NEUTRA

Valore pH = 7 → soluzione neutra

Vengono utilizzati per questo dei SISTEMI TAMPONI ovvero delle soluzioni capaci di mantenere
invariato il valore di pH di una soluzione.
I sistemi tamponi sono costituiti da
• Un acido debole in presenza della sua base coniugata
• Una base debole in presenza dal suo acido coniugato

GRUPPI FUNZIONALI

Sono un raggruppamento di atomi che conferiscono delle particolari proprietà fisiche e biologiche
alla molecola su cui sono presenti. I composti organici che troviamo nelle biomolecole contengono
quasi sempre più di un gruppo funzionale.
Quando in una molecola sono presenti più gruppi funzionali vengono utilizzati
• SUFFISSO: per il gruppo con la massima priorità
• PREFISSO: secondo priorità decrescente

ES: ETANOLO
• Gruppo funzionale presente negli alcani, composto da 2 atomi di C
• Indica un alcol

ALCOLI E FENOLI
Essi presentano un gruppo (OH), divisi in 3 tipi di
funzioni
• PRIMARIA → C lega con un solo altro
atomo di C
• SECOMDARIA → C lega con due atomi
di C
• TERZIARIA → ossidrile legato all’anello
del benzene

PROPRIETÀ FISICHE DEGLI ALCOLI

Gli alcoli avendo un gruppo ossidrilico sono composti da un legame polarizzato (grazie all’O).
Possono formare legami H intermolecolari, proprio per la presenza di questi legami H sono
solitamente liquidi. Gli alcoli in ambiente acquoso sono solubili se la catena carboniosa è piccola,
mentre sono poco solubili se la catena carboniosa aumenta.

ETERI

L’atomo di O è legato a due radicali alchilici

GRUPPO CARBOSSILICO
In base alla X cambierà il gruppo funzionale
• H → ALDEIDE
• OH → ACIDO CARBOSSILICO

ALDEIDI
Il sostituente del gruppo carbossilico è un atomo di H
• Aldeide ACETICA → 2 atomi C
• Aldeide PROPIONICA → 3 atomi di C
Negli aldeidi il legame C = O è molto polarizzato. Essi sono più volatili rispetto agli alcoli dato che
non si formano legami H intermolecolari.
(i legami H influenzano la volatilità e la solubilità di questi composti)

CHETONI
Sono fortemente polarizzati e più volatili perché non si formano legami H. I chetoni a basso PM
sono solubili in acqua perché possono formare legami H con il solvente. I chetoni tendono a reagire
con gli alcoli in seguito all’addizione nucleofila sul gruppo carbonilico, formando gli acetali e
semiacetali.
I chetoni presentano due radicali alchilici

PROPANONE BUTANONE

TAUTOMETRIA CHETO-ENOLICA
Gli aldeidi ed i chetoni possono esistere in un’altra forma, quella enolica. L’enolo è dato da un
ossidrile (OH) legato ad un doppio legame C (C = C). Questa tautomeria cheto-enolica avviene solo
se un atomo di C lega un Hα
ACIDI CARBOSSILICI
Presentano un gruppo carbossilico in cui l’ossidrile è legato alla funzione carbonilica. Quando un
acido organico cede un protone, si formerà lo IONE CARBOSSILATO. L’ELETTRONE viene
disperso su tutti tre gli atomi; l’acidità viene spiegata se lo ione viene stabilizzato per
RISONANZA.

R-COOH R-CO𝑂− + 𝐻 +

Gli acidi carbossilici possono andare in contro a REAZIONI DI


ESTERIFICAZIONE

AMMINE
Presentano un gruppo amminico (-𝑁𝐻2 ) legato ad un radicale alchilico o arilico (R-𝑁𝐻2 ).
Per quanto riguarda un’ammina, bisogna sempre tenere presente la formula di struttura
dell’ammoniaca 𝑁𝐻3

Si possono avere vari gruppi di ammine:


• PRIMARIA → H viene sostituito da un
solo gruppo alchilico (R)
• SECONDARIA → H viene sostituito da
2R
• TERZIARIA → H viene sostituito da
tutti R
• QUATERNARIA → l’azoto avendo
ancora a disposizione un doppietto
elettronico da poter condividere con un
altro R formando un legame dativo.
(entrambi gli elettroni forniti da N)

PROPRIETÀ CHIMICHE DELLE AMMINE


Sostanze basiche perché sull’N è presente un doppietto elettrico che può utilizzare per legare altri
atomi.
C𝐻3 -𝑁𝐻2 + 𝐻 + → C𝐻3 -N𝑁3+

Il gruppo amminico si comporta da gruppo basico e la basicità delle ammine è superiore a quella
dell’ammoniaca perché i radicali alchilici tendono a rendere più disponibile il doppietto elettrico per
effetto induttivo.
AMMINIDI
Presentano un gruppo ammidico legato ad una funzione carbonilica. Sono composti polari e
possono formare legami H intermolecolari e sono anche molto solubili in acqua.
Le ammidi sono meno basiche delle ammine perché il doppietto elettronico presente nell’N non è
disponibile dato che è stabilizzato per risonanza, è presente in prossimità della funzione carbonilica.
Quest’ultima può influenzare la basicità e l’acidità di un gruppo funzionale vicino. I legami con C,
H, O ed N hanno parziale carattere di doppio legame perché gli elettroni sono delocalizzati su questi
atomi.

AMMINOACIDI
Gli amminoacidi sono le unità delle proteine, le quali sono le biomolecole più abbondanti nelle
nostre cellule. Le proteine sono componenti strutturali in molti distretti del nostro organismo
(ormoni, anticorpi, recettori…).
Gli amminoacidi oltre ad essere componenti delle proteine, sono anche i composti organici più
diffusi in natura

Tutti gli amminoacidi presentano due gruppi funzionali, uno amminico


ed uno carbossilico (acido), legati allo stesso C.
R essendo la catena laterale è la parte variabile dell’amminoacido, e si
possono avere 20 gruppi R.
Gli amminoacidi si classificano in base alla struttura del gruppo R,
dimensione e carica (basici ed acidi). In tutti gli amminoacidi, tranne la
GLICINA è presente un atomo C𝜶 detto C chirale (lega 4 costituenti
diversi). La glicina non presenta il fenomeno di STREREOISOMERIA,
perché invece del gruppo R presenta un altro atomo di H.

Uno stereoisomero presenta una disposizione spaziale diversa da almeno 2


sostituenti:
• Il C è sul piano del foglio
• I legami indicati con cunei tratteggiati si proiettano al di sotto del piano
• I legami con cunei pieni si proiettano al di sopra del piano

• Linee verticali dietro il piano


• Linee orizzontali al di sopra del piano

Si definisce una serie stereochimica un gruppo di composti che presentano uno o più
atomi di C strutturalmente correlati.
SERIE STEREOCHIMICA
Definisce l’appartenenza di un composto ad una serie o ad un’altra, comparando la configurazione
del C𝜶 con quella della GLICERALDEIDE. Quest’ultima è uno zucchero (zuccheri più piccolo),
che presenta una funzione aldeidica e 2 gruppi ossidrilici.
La stereoisomeria è importante perché gli enzimi durante
la sintesi proteica vanno a legare l’amminoacido, ma
riusciranno a legare SOLO gli amminoacidi con
stereochimica L.

CLASSIFICAZIONE AMMINOACIDI
Gli amminoacidi si possono classificare in base alla struttura del gruppo R, quindi in base alla
presenza di gruppi basici, acidi o aromatici. Si possono classificare anche in base al tipo di
nutrizionale, e vengono divisi:
• ESSENZIALI: devono essere introdotti con l’alimentazione
• NON ESSENZIALI: devono essere sintetizzati nelle nostre cellule, partendo da precursori
intermedi collegati a vie metaboliche.

GRUPPI R NON POLARI


All’aumentare della catena carboniosa l’idrofobicità del gruppo R

- H → GLICINA
- C𝐻3 → ALANINA
- CH(C𝐻3 )2 → VALINA
- C𝐻2 CH(C𝐻3 )2 → LEUCINA
GRUPPI R POLARI NON CARICHI

- C𝐻2 OH → SERINA
- CH(OH) C𝐻3 → TREONINA
- C𝐻2 SH →CISTEINA
- C𝐻2 CON𝐻2 → ASPARAGINA
- C𝐻2 C𝐻2 CON𝐻2 → GLUTAMMINA

GRUPPI R CARICHI

- C𝐻2 C𝑂𝑂− → ASPARTATO


- C𝐻2 C𝐻2 COO → GLUTAMMATO
- (C𝐻2 )4 𝑁𝐻3− → LISINA
- 𝐶6 𝐻9 𝑁3 𝑂2 → ISTIDINA
- 𝐶6 𝐻14 𝑁4 𝑂2 → ARGININA

GRUPPI R AROMARICI

Sono gruppi rigidi idrofobici e assorbono la luce ultravioletta a 280 nm


CISTEINA

Presenta un gruppo solfidrico molto attivo, e quando in una catena polipeptidica due gruppi SH, si
trovano vicini si ossidano, in presenza di O, viene eliminata una molecola di acqua generando un
ponte disolfuro. Questi ponti possono essere sia intra catena o inter catena e vanno ad avere un
ruolo di stabilizzazione nella catena polipeptidica. Quando in una catena proteica si trova un ponte
disolfuro, il residuo che si andrà a formare verrà detto CISTINA.
Il ponte disolfuro è un legame covalente ma non reversibile, perché in presenza di un agente
riducente questo legame si riduce e si ottengono due gruppi solfidrici

20 TIPI DI AMMINOACIDI
Gli amminoacidi allo stato puro sono delle sostanze ioniche cristalline, in soluzione acquosa i
gruppi carbossilici (COOH) e amminici (N𝐻2 ) si trovano in forma ionizzata. Quando un
amminoacido viene sciolto in acqua diventa uno ione dipolare o zwitterione.

Il gruppo 𝐻3 N si potrà comportare come da


acido perché può cedere un protone e C𝑂𝑂− si
comporterà da base perché può accettare un
protone. (ANFOLITI)
Il parametro più importante è il valore di pH
della soluzione in cui si trova l’amminoacido.
In acqua pura con pH NEUTRO la carica
dell’amminoacido sarà 0, a valori di pH
basici la carica netta sarà -1, a valori acidi la
carica sarà +1.
Il PUNTO ISOELETTRICO (pI) è il valore
di pH della soluzione al quale la forma
zwitterione è prevalente.
ES: il pI dell’alanina è 6,02
pH 6,02 = pI → l’amminoacido sarà in forma ione dipolare e la carica netta sarà 0

pH > pI → in basi forti pH > 11 con carica netta = -1

pH< pI → in acidi forti pH < 1, con carica netta = +1

AMMINOACIDI NON COMUNI


Il loro ruolo è quello di conferire proprietà particolari alla proteina in cui è presente. Essi sono
importanti perché stabiliscono dei legami incrociati inter catena, ovvero tra più catene. La 4-
idrossiprolina si trova nelle PROTEINE DELLA PARETE CELLULARE DELLE CELLULE
VEGETALI e nel COLLAGENO, una proteina fibrosa del tessuto connettivo dove è presente anche
la 5-idrossilina;
L’N-metillisina si trova nella MIOSINA, una proteina contrattile del muscolo;
Il carbossiglutammato si trova nella PROTOMBINA, una proteina che partecipa alla coagulazione
e che lega il calcio;
La desmosina deriva da 4 residui di lisina, ed è presente nella PROTEINA FRIBROSA ED
ELASTINA.
La selenocisteina contiene selenio, deriva dalla SERINA ed è introdotto durante la sintesi proteica.

PROTEINE
Le proteine sono (dopo l’acqua) le molecole biologiche più abbondanti nel corpo umano e in tutti
gli organismi viventi; si trovano in tutte le cellule e costituiscono almeno il 50% del loro peso
secco. In genere, si tratta di molecole molto grandi (macromolecole), costituite da carbonio, azoto,
ossigeno e idrogeno come struttura di base, ma possono contenere anche zolfo, fosforo e talvolta
metalli, ad esempio: ferro, zinco, rame. Le proteine sono formate da lunghe sequenze di
amminoacidi (l'unità costitutiva della proteina), che si uniscono l'uno all'altro attraverso particolari
legami, detti peptidici, a formare delle lunghe catene (catene polipeptidiche). La precisa sequenza
degli amminoacidi nelle catene determina la forma e la funzione della proteina. Gli amminoacidi
proteici sono 20; poiché l’organismo non è in grado di sintetizzarne alcuni (perciò detti essenziali),
è necessario assumerli ogni giorno attraverso l'alimentazione. Esse svolgono diverse funzioni:
• STRUTTURALE (cheratina, collageno)
• DI TRASPORTO (emoglobina)
• CATALITICA (enzimi)
• SPECIALIZZATE (immoglobuline)

In base alla struttura, ovvero alla disposizione spaziale della catena polipeptidica:
• PROTEINE FIBROSE → catena polipeptida molto distesa
• PROTEINE GLOBULARI → catena con ripiegamento globulare
Esistono 4 tipi di strutture, la quarta riguarda solo le proteine multimeriche, quelle costituite da più
subunità. Questi livelli strutturali sono gerarchici, dalla primaria dipende la secondaria, di cui
dipenderà la terziaria.
• STRUTTURA PRIMARIA → la sequenza amminoacidica di una proteina dipende dal gene
da cui è codificata. Ciò che tiene insieme questi monomeri è un legame PEPTIDICO.
• STRUTTURA SECONDARIA → L’alfa elica può mantenere questo ripiegamento perché si
stabilizzano dei ponti H tra tutti i gruppi peptidici.
• STRUTTURA TERZIARIA → fa riferimento al ripiegamento spaziale di tutta la catena
polipeptidica; viene stabilizzata da legami intermolecolari tra le catene laterali
• STRUTTURA QUATERNARIA → possiamo avere una proteina costituita da due catene
polipeptidiche uguali o catene diverse.
LEGAME PEPTIDICO
La funzione amminica si unisce con quella carbonilica, formando il legame peptidico. Esso ha
bisogno di molta energia per rompersi, inoltre si è visto che le proteine non potevano assumere tutti
i possibili ripiegamenti, ci sono delle limitazioni nei punti di flessibilità. Misurando la lunghezza
del legame N e C, si evince che non corrisponde a quello di un legame semplice dato che era più
lungo. Sull’atomo di N c’è un doppietto elettrico libero, scrivendo la formula di risonanza si nota
che gli elettroni di N si spostano su O dato che il C non può accettarne altri.

Le formule di risonanza sono strutture


teoriche, nella realtà il doppietto
dell’N, che prima è passato su O, è
distribuito su tutti e tre gli atomi di C,
N ed O.

Questi atomi sono ibridati 𝑠𝑝2 e quindi si trovano sullo stesso piano. Se il legame fosse
stato semplice, quindi ibridato 𝑠𝑝3 , non si sarebbe spiegata la rigidità del legame
peptidico. Il legame C-N avrà caratteristiche di doppio legame parziale in quanto gli
elettroni sono delocalizzati sui tre atomi.
La catena polipeptidica si può considerare come un insieme di piani su cui giacciono gli
atomi del legame peptidico che sono uniti da C𝛼. I gruppi R si dispongono ai lati opposti
rispetto al doppio legame, quindi si trovano in
trans tra loro. La catena peptidica si potrà ripiegare solo
intorno ai C𝛼. Ogni catena ha un’estremità
AMMINOTERMINALE ed una CARBOSSITERMINALE.
Bisogna considerare la catena polipeptidica come una serie
di piani rigidi su cui giace il legame peptidico che è
incentrato dai legami 𝜑(𝑓𝑖) 𝑒 𝜓 (𝑝𝑠𝑖) dei legami peptidici.

STRUTTURA SECONDARIA
Vari tipi di strutture secondarie sono:
• α-elica
• struttura 𝛽
• ripiegamenti inversi (asse o angoli 𝛽)
i legami che stabilizzano la struttura secondaria sono i legami H. Questi legami deboli si instaurano
tra i gruppi -NH C-C=O dei legami peptidici.
STRUTTURA SECONDARIA AD Α- ELICA

È la più comune struttura secondaria. Nell α-elica la catena peptidica si avvolge in maniera
elicoidale (nastroiforme). I gruppi R si trovano all’esterno dell’elica. Tutti i legami peptidi sono
impegnati nel legame H. Per consentire il ripiegamento della catena polipeptidica in maniera
regolare non devono esserci amminoacidi
come la PROLINA, GRUPPI R troppo
voluminosi oppure GRUPPI R CARICHI.

STRUTTURA Β
Tutti i gruppi peptidici sono impegnati nei
legami H e le catene sono distese e
perfettamente allineate tra loro.

LE PROTEINE FIBROSE
Sono quelle proteine che svolgono un ruolo
meccanico importante, di protezione o supporto fisico.
• CHERATINA → si dividono in α e 𝛽; sono i componenti principali degli strati epidermici
esterni come la pelle, unghie e capelli.
• COLLAGENO → è il principale componente dei tessuti connettivi come ossa, denti,
cartilagine e tendini. Esso è una proteina molto importante perché conferisce resistenza ed
elasticità.

A-CHERATINA
È costituita da due α-eliche che si avvolgono tra loro formando un super-avvolgimento. Questo
avvolgimento determina una notevole resistenza alla fibra. Queste due eliche sono tenute assieme
perché nelle zone di contatto delle due eliche, i residui idrofobici hanno instaurato delle interazioni
idrofobiche.
L’ α-cheratina contengono un’elevata presenza di CISTEINA, ovvero un amminoacido coinvolto
nella formazione di ponti a solfuro, quindi le α-cheratine sono stabilizzati anche dai ponti a solfuro.

B-CHERATINA
Non contengono cisteina, quindi non ci sono ponti a solfuro. Esse sono più rigide delle α proprio
per l’assenza di dei ponti di solfuro. La 𝛽-cheratina ha gruppi R molto piccoli come la GLICINA,
L’ALANINA e LA SERINA. Nella 𝛽-cheratina le catene peptidiche si dispongono in maniera
parallela e ordinata tra loro; i gruppi R degli amminoacidi di dispongono tra loro in maniera
alternata. Tra le catene laterali con i residui più importanti si stabiliscono delle reazioni idrofobiche.

COLLAGENO
È una delle proteine più abbondanti nei mammiferi, ed è costituito da fibre insolubili in acqua che
hanno un’elevata resistenza alla tensione. La composizione degli amminoacidi del collageno è
formata dal 30% di glicina, 15% prolina ed alcuni amminoacidi modificati chimicamente come la
4-idrossiprolina, 3-idrissipolina e 4-idrossilina. Anche nel collegeno abbiamo un
super-avvolgimento delle eliche, ma in questo caso le eliche sono 3 (TRIPLA ELICA DEL
COLLAGENO).
La tripla elica viene stabilizzata da legami H tra gruppi peptidici di
residui appartenenti ad eliche diverse, sono unite tramite legami
covalenti trasversali, anche in assenza di cisteina, dato la presenza di
amminoacidi modificati. Questi legami covalenti trasversali si
stabiliscono tra residui di LISINA, ISTIDINA E IDROSSILINA.
Maggiore è il numero di legami trasversali e maggiore sarà la resistenza
meccanica di questa molecola.

STRUTTURA TERZIARIA
La struttura terziaria caratterizza le proteine strutturali. Viene determinata sperimentalmente,
utilizzando 2 tecniche:
• DIFFRAZIONE PER RAGGI X che viene effettuata sulle proteine purificate o
cristallizzate
• RISONANZA MAGNETICA può essere utilizzata anche per le proteine in soluzione.
Queste due metodi ci permettono di conoscere le coordinate atomiche di tutti gli atomi che
costituiscono una proteina.
La struttura terziaria delle proteine viene stabilizzata da:
• PONTI DISOLFURO → gli unici che possono formare legami covalenti, quindi i più forti.
• INTERAZIONE IONICHE →che si stabiliscono tra i gruppi R
• LEGAMI H
• INTERAZIONI DIPOLO-DIPOLO
• INTERAZIONI IDROFOBICHE
• INTERAZIONI DI VAN DER WAALS
Sovrapponendo i modelli di diverse proteine della struttura terziaria si evince che nelle proteine
esistono delle regioni, definite DOMINI, che mostravano degli stessi elementi strutturali e vengono
chiamati MOTIVI:
• MOTIVO 𝛽α𝛽
• FORCINA 𝛽
• MOTIVO αα
MOTIVI più complessi come
• Barili 𝛽
• Barili α𝛽

STRUTTURA QUATERNARIA
Consiste nell’associazione di diverse catene, che hanno strutture terziarie indipendenti. La struttura
quaternaria viene stabilizzata da interazioni tra catene polipeptidiche:
• EMOGLOBINA
• PROTEINA G
• COMPLESSIMULTIPROTEICI
costituiti da 14 sub-unità diverse
TRASPORTO DELL’OSSIGENO
Le proteine che legano l’O sono Mb e l’Hb, proteine appartenenti alla classe delle GLOBINE
• MIOGLOBINA (Mb): deposita l’O2 nei tessuti
• EMOGLOBINA (Hb): trasporta l’O2 dai polmoni ai tessuti periferici
L’O è poco solubile nei solventi acquosi e presenta bassa velocità di diffusione nei tessuti.
Nei sistemi biologici, la reattività degli ioni ferrosi nei confronti dell’O viene ridotta dal suo legame
ad un composto organico, il gruppo EME. Esso è composto da un ANELLO TETRAPIRROLO
legato allo ione 𝐹𝑒 2+ tramite 4 dei 6 legami di coordinazione, mentre gli altri due sono uno sopra ed
uno sotto al gruppo EME, 4 gruppi metilici, 2 vinilici e 2 gruppi propinato. Il V sito si trovano
residui di ISTIDINA PROSSIMALE (His 93) sull’elica F8 (8amm), mentre al VI sito si trovano
residui di ISTIDINA DISTALE (His64) sull’elica E7.

MIOGLOBINA (Mb)
Composta da 153 amminoacidi, essa è una
proteina globulare costituita da 8 segmenti
𝛼𝑒𝑙𝑖𝑐ℎ𝑒 al cui interno si trova un gruppo EME
con il quale si lega all’O. il gruppo EME è
contenuto in una tasca idrofobica della struttura
globulare. La maggior parte dei residui polari si
trovano sulla superficie esterna della molecola,
tranne i due residui di ISTIDINA DISTALE E
PROSSIMALE, coinvolte nel legame con l’O.

EMOGLOBINA (Hb)
Composta da 574 amminoacidi, trasporta
l'ossigeno dai polmoni ai tessuti periferici; ha una
struttura quaternaria tetramerica con due diversi
monomeri. Ogni catena 𝛼 è in contatto con
ognuna delle catene 𝛽, mentre esistono poche
interazioni tra catene 𝛼 o tra quelle 𝛽. I gruppi
EME si trovano in cavità vicine alla superficie
esterna

CURVA DI SATURAZIONE DELLA MIOBLOBINA


La qualità di ossigeno legato alla mioglobina
aumenta in modo iperbolico all'aumentare della pO2
Quando la frazione molare ossomioglobina (Y) è
=1ovvero SATURO → tutte le molecole hanno
legato l’O. All’aumentare di pO2 , aumentano di
conseguenza le molecole che legano l’O, una volta
arrivati a 30 torr la molecola si SATURA
CURVA DI SATURAZIONE DELL’EMOGLOBINA
La quantità di ossigeno legato all'emoglobina
aumenta all'aumentare di pO2 , ma la saturazione
segue un andamento SIGMOIDALE appunto
l'ossigeno ha legato con affinità sempre più alta,
in maniera cooperativa

SANGUE ARTERIOSO → Mb ed Hb quasi


saturi
SANGUE VENOSO → Mb completamente
SATURA, mentre Hb satura a metà

Il diverso andamento delle curve di saturazione è


dovuto all’Hb dato che è formata da 4 sub-unità.
L’Hb esiste in due conformazioni
• FORMA T (TESA) con bassa affinità per
l’O2
• FORMA R (RILASSATA) con elevata affinità per O2

T→R
Il legame con O2 favorisce il passaggio da T a R

EFFETTI STERICI
Nella forma deossigenata dell’Hb, il 𝐹𝑒 2+ si trova al di fuori del piano EME, mentre nella forma
ossigenata, il 𝐹𝑒 2+ si avvicina al piano EME, modificando la posizione dell’His prossimale e
dell’elica F, provocando la rottura di ponti SATURI SALINI che stabilizzavano la forma
deossigenata

EFFETTO DI BOHR
Nei tessuti, l’aumento della 𝐶𝑂2 porta ad una diminuzione del pH
I protoni liberati si legano all’Hb favorendo la formazione di coppie
ioniche che stabilizzano la forma T. Anche la 𝐶𝑂2 si lega direttamente ha i
gruppi amminici N-terminali delle subunità della Hb, formando carbammati
che stabilizzano la forma T. nel tessuto polmonare si verifica nei processi
opposti per effetto dell'aumento del pH, anche in seguito all' espirazione
della 𝐶𝑂2
ENZIMI
Sono macromolecole deputate alla catalisi delle reazioni biologiche. Rimangono inalterati fino alla
fine delle reazioni, ovvero non si consuma e continua la sua attività fin quando è presente la
molecola del substrato. La caratteristica degli enzimi è quella di catalizzare la reazione in maniera
molto efficace, aumentando la velocità di una reazione di alcuni ordini di grandezza in più rispetto
alla catalisi chimica. Le reazioni catalitiche sono molto specifiche, ogni enzima riconosce il
proprio substrato.

NOMENCLATURA
Nella nomenclatura comune si aggiunge il suffisso “-asi” alla reazione catalitica o al composto su
cui agisce (lipasi,ATPasi)
Altri enzimi hanno il nome assegnato dai loro scopritori che ricorda la loro funzione, come la
pepsina, dal greco PEPSIS ovvero digestione, oppure può derivare dalla loro origine come la
tripsina dal greco TRYEIN ovvero consumare, perché ottenuta sfregando il tessuto pancreatico
con glicerina. Qualche volta lo stesso enzima può avere più di un nome oppure più enzimi hanno lo
stesso nome, per questo motivo vengono classificati in base alla reazione che catalizzano:

1) OSSIDORIDUTTASI → reazioni redox ovvero il trasferimento di elettroni sotto forma di


ioni idruro o atomi di H
2) TRAFERASI → in base al trasferimento di gruppi funzionali
3) IDROLASI → in base alle reazioni di idrolisi
4) LIASI → scindono o eliminano gruppi in particolare in presenza di doppi legami
5) ISOMERASI → catalizzazione isomerizzazioni
6) LIGASI → formazione di legami con idrolisi di ATP

Il composto in cui agisce l’enzima viene definito substrato per sottolineare la sua specificità, cioè
la capacità di interagire con un solo tipo di molecola o con una classe molto ristretta di esse. La
parte di molecola di enzima che interagisce con il substrato viene chiamato SITO CATALITICO O
SITO ATTIVO e può già presentare la forma adatta al suo accomodamento trasformando il
substrato in P ovvero in prodotto

IPOTESI DI FISCHER O CHIAVE-SERRATURA


Il sito attivo è complementare attaccato alla molecola di substrato. Esso era un modello molto rigido
e quindi non spiegava i cambiamenti dinamici alla base della catalisi enzimatica (non era in grado di
spiegare il cambiamento da S →P)

IPOTESI DI KOSHLAND
Dopo alla interazione, l’enzima può subire un cambio di
conformazione ovvero un ADATTAMENTO INDOTTO
che stabilizza il legame del substrato. L’iterazione viene
mediata dalla reversibilità dei legami deboli che si
instaurano tra i gruppi di atomi presenti nel sito attivo dell’enzima ed il substrato prevedendo una
“complementarità elettrostatica” tra il sito catalitico ed il substrato.

COFATTORI E GRUPPI PROSTETICI


Molto spesso gli enzimi vengono aiutati nella loro funzione da molecole piccole che partecipano al
meccanismo della reazione enzimatica. Possono essere di diverso tipo e vengono denominati in
maniera diversa:
COFATTORI → rappresentati da ioni metallici molecole inorganiche
COENZIMI → molecole organiche più complesse
GRUPPO PROTESTICI → cofattori o coenzima
Cofattori e coenzimi si legano all’enzima attraverso interazioni deboli, mentre i gruppi protetici
sono legati con legami covalenti.
La presenza del cofattore è essenziale per l’attività dell’enzima in quanto in sua assenza non
avviene la catalizzazione. Il complesso enzima-cofattore viene definito OLOENZIMA e
rappresenta la forma attiva dell’enzima, mentre l’enzima senza cofattore viene definito
APOENZIMA e presenta la forma inattiva

MECCANISMI DI CATALISI ENZIMATICA


I meccanismi di catalisi enzimatica sono gli stessi dei catalizzatori chimici, con l’aggiunta della
specificità
1) Catalisi acido-base
2) Catalisi covalente
3) Favorita da ioni metallici
4) Elettrostatica
5) Di prossimità e di orientamento
6) Favorita dal legame preferenziale del complesso di transizione

I parametri chimici e fisici che influenzano la velocità di una reazione vengono chiamati
parametri cinetici, ovvero i parametri che influenzano la velocità di una reazione

REAZIONE SEQUENZIALE: formazione del complesso enzima-substrato

E+S ES → E + P

Se [S] è tale da trasportare tutto l’enzima nel complesso ES, la seconda tappa reazione complessiva
è quella che ne regola la velocità. Questa tappa viene considerata IRREVERSIBILE

EQUAZIONE DI MICHAELIS-MENTEN

Vmax rappresenta l’asintoto dell’equazione di Michaelis-Menten

Vmax [S]
𝑉0 = Km + [S]
Km → constante di Michaelis-Menten, e corrisponde alla
concentrazione di substrato alla quale la velocità di reazione
è metà di quella massima

Se V0 = Vmax/2

Vmax Vmax [S]


=
2 Km + [S]

1 [S]
= Km + [S]
2

Km + [S] = 2 [S]

Km = [S]
GRAFICI DEI DOPPI RECIPROCI O DI LINEWEAVER-BURK
Crearono i grafici dei doppi reciproci, costruito facendo il reciproco di tutti i membri dell’equazione
di Michaelis-Menten
1 Km 1 1
= 𝑉𝑚𝑎𝑥 x [S] + Vmax
V0

Permette di ricavare il valore di Vmax dal reciproco dell’intercetta sull’asse delle ordinate, inoltre
può ricavare la Km del reciproco cambiato di segno di quello delle ascisse.

REAZIONI A DUE SUBSTRATI


Sono le più comuni reazioni catalizzate da enzimi e il modello Michaelis-Menten non è di semplice
applicazione
• REAZIONI A SPOSTAMENTO SINGOLO (SEQUENZIALI) → entrambi i substrati
devono legarsi all’enzima per poter generare il/i prodotto(i).
• REAZIONI A SPOSTAMENTO DOPPIO (PING-PONG) → uno dei prodotti viene
rilasciato prima che l’enzima leghi il secondo substrato

REGOLAZIONE DELL’ATTIVITÀ DELGI ENZIMI

I fattori che influenzano l’attività di un enzima sono diversi:


• Temperatura
• pH → variazione di pH
• forza ionica → variazioni forza ionica anche se minime
• modifica covalenti
• presenza di inibitori → inducono effetti alla molecola che modifica l’affinità con cui lega il
substrato
• presenza di attivatori → attivano l’efficienza lega il substrato
molto spesso l’azione combinata di più parametri è alla base della regolazione delle vie metaboliche

EFFETTO DELLA TEMPERATURA


Un aumento della temperatura determina un aumento dell’attività di un enzima, come in tutte le
reazioni. Tale effetto però si verifica solo
nell’intervallo di temperatura in cui l’enzima è
ancora stabile.
Nella parte ascendente, in genere c’è un
raddoppio della velocità ogni aumento di 10 °C,
mentre nella parte discendente, alle temperature
più alte, l’attività diminuisce perché si verifica
l’inattivazione termica degli enzimi. Esistono
degli organismi chiamati ESTREMOFIDI,
organismi che vivono in condizioni estreme
(temperatura, o ioniche o di pH), molti
importanti in campo biotecnologico.
EFFETTO DEL pH
La maggior parte degli enzimi ha un valore di
pH caratteristico a cui la loro attività è
massima, ogni enzima ha un valore di pH
ottimale che riflette il contesto cellulare dove
esso catalizza. In questi casi la variazione di pH
può influenzare lo stato di ionizzazione di
gruppi presenti nel sito attivo e che partecipano
al meccanismo di catalisi

INIBIZIONE ENZIMATICA
Molte sostanze (inibitori) riducono l’attività di un enzima legandosi reversibilmente ad esso.
Possono influenzare l’affinità per il substrato e/o il numero di turnover.
Si possono avere diversi tipi di inibizione differenti in base al meccanismo di inibizione
• COMPETITIVI → Competono con il substrato
• INCOMPETITIVI
• MISTI
• INATTIVATORI →molecole che interagiscono con le catene laterali (gruppi R). gli
inibitori competitivi, incompetitivi e misti sono reversibili, gli inattivatori sono irreversibili,
ovvero dopo inattivazione dell’enzima non funzionerà più. L’identificazione del tipo di
inibizione può essere effettuata mediante l’analisi dei grafici dei doppi reciproci, e si vede
che cambia Km o Vmax.

INIBIZIONE COMPETITIVA
In questo tipo di inibizione, l’inibitore può legarsi al sito
attivo dell’enzima libero in modo simile al substrato, senza
essere poi modificato. Presenta due equilibri con un
reagente in comune, ovvero l’enzima. Aumentando la
concentrazione del substrato l’effetto scompare. Per
questo motivo la Vmax non cambia mentre Km aumenta
all’aumentare della concentrazione di inibitore

INIBITORE INCOMPETITIVA
In questo tipo di inibizione, l’inibitore si lega al complesso
enzima-substrato e non interagisce con l’enzima libero
Il sito di legame dell’inibitore è diverso dal sito attivo. Il legame
dell’inibitore provoca una distorsione (cambi conformazionali)
del sito attivo che lo rende cataliticamente meno efficace, ciò
provoca ad una diminuzione sia l’affinità (aumenta Km) sia
Vmax della stessa entità.

INIBIZIONE MISTA
In questa tipo di inibizione, l’inibitore si lega sia al complesso
enzima-substrato sia all’enzima libero. In genere l’affinità
dell’inibitore per l’enzima libero o complessato al substrato è
diversa, diminuendo sia l’affinità (aumenta Km) che Vmax ma di
entità diverse.
INATTIVATORE IRREVERSIBILE
L’inibitore si lega ad un enzima covalentemente modificando gruppi funzionali essenziali per la
loro attività, in maniera irreversibile. L’inattivatore riduce la concentrazione totale dell’enzima
catalizzamente attivo. Le molecole di enzima non inattivate presentano la stessa affinità (Km) per il
substrato.

MECCANISMI DI REGOLAZIONE
Esistono altri meccanismi di regolazione dell’attività enzimatica che le cellule di un organismo
mettono in atto per poter coordinare tutti i numerosi processi metabolici.
1. Controllo dell’attività enzimatica
• Meccanismi di inibizione retroattiva (a feedback)
• Utilizzo di regolatori allosterici (cooperatività)
• Modificazioni covalenti reversibili (come le fosforilazioni)
• Modificazioni per maturazione proteolitica partendo da un precursore inattivo
2. Controllo della disponibilità di un enzima, controllando la trascrizione della cellula o post-
traduzionale
• Equilibrio tra velocità di sintesi e di degradazione

ENZIMI DI REGOLATORI
Nel metabolismo cellulare, spesso gli enzimi agiscono in sequenza in una via definita metabolica
(glicolisi). In questi enzimi sono quegli enzimi delle vie metaboliche dove si verificano i principali
meccanismi di controllo. Solitamente il primo enzima del via è un enzima regolatore, al cui attività
aumenta o diminuisce in risposta ad alcuni segnali.

INIBIZIONE RETROATTIVA
L’aumento della concentrazione del prodotto terminale (L-isoleucina) rallenta la
velocità dell’intero processo.
L’enzima E1 (treonina idratasi) è inibito allostericamente dall’L-isoleucina

REGOLAZIONE ALLOSTERICA
Il termine allosterico → altro sito dove si lega M (modulatore), il quale induce
cambi conformazionali localizzati e vengono trasmessi al sito catalitico.
Meccanismo di controllo dell’attività di un enzima eseguito da modulatore.
• ENZIMI OMOTROPICI → il modulatore è la stessa molecola
di substrato
• ENZIMI ETEROTROPICI → il modulatore è un metabolita
diverso dal substrato
Il legame con il modulatore induce una variazione nell’attività enzimatica: se
provoca un aumento verrà chiamato ATTIVATORE ALLOSTERICO, mentre
se provoca una diminuzione verrà detto INIBITORE ALLOSTERICO. Per gli
enzimi con struttura quaternaria, con più sub-unità, che occupano posizioni
chiave delle vie metaboliche. Si può osservare dunque che la regolazione
allosterica si basa sulla cooperatività di legame tra il substrato del sito attivo ed il modulatore.

MODIFICHE COVALENTI REVERSIBILI


L’attività di alcuni enzimi regolatori è modulata mediante modifiche reversibili a carico dei gruppi
R di uno o più residui amminoacidici. I gruppi utilizzati per le modifiche covalenti sono: gruppi
fosforici, acetilici, amminici etc. la modifica comporta una variazione dell’attività dell’enzima che
può sfavorire o favorire la reazione catalizzata.
La fosforilazione è il tipo di modifica più importante ad opera di enzimi detto CHINASI. Le
fosfatasi sono enzimi che rimuovo i gruppi fosforici, e vengono chiamati FOSFATASI

ATTIVAZIONE PROTEOLITICA DEGLI ZIMOGENI


Questo meccanismo di regolazione si verifica:
• NEGLI ENZIMI DIGESTIVI (pepsina, chimotripsina, tripsina)
• ENZIMI DELLA
COAGULAZIONE DEL
SANGUE, risposta rapida in
seguito ad un trauma o danno
tissutale (cascata di attivazioni
proteolitiche che con attivazione
della protombina in trombina
che è la principale fattore della
coagulazione). La fase finale del
processo di coagulazione della
cascata consiste nella
conversione del fibringeno in
fibrina catalizzata dalla
trombina.

ISOENZIMI
Gli ISOENZIMI o ISOZIMI sono forme multiple di un enzima nello stesso organismo. Sono
proteine omologhe con diversa struttura primaria che catalizzano la stessa reazione ma possiedono
valori diversi di Km e Vmax e proprietà regolatrici diverse. Spesso gli isozimi sono espressi in
maniera tessuto specifica o in uno specifico organello o in uno stadio ben preciso dello sviluppo
embrionale consentendo così la regolazione di una specifica reazione in distretti cellulari o tempi
diversi

BIOENERGETICA

Le cellule scambiano diversi tipi di energie con l’ambiente esterno, alle cellule occorre energie
• produrre lavoro meccanico (muscolo scheletrico)
• trasporto attivo di molecole e ioni
• la sintesi di macromolecole

per bioenergetica si intende lo studio quantitativo delle transizioni energetiche che avvengono nelle
cellule applicato alle reazioni biochimiche

PRIMA LEGGE DELLA TERMODINAMICA O PRINCIPIO DI CONSERVAZIONE


DELL’ENERGIA
L’energia non può essere né creata né distrutta ma può essere solo trasformata
Nel muscolo scheletrico, l’energia chimica presente nell’ATP viene convertita in energia
meccanica.

SECONDA LEGGE DELLA TERMODINAMICA


In tutti i processi naturali, l’entropia tende ad aumentare, aumentando il grado di disordine
dell’universo.
ENTROPIA (S)
È il grado di disordine di un sistema, ed è l’energia non disponibile per compiere lavoro

PROCESSI SPONTANEI E NON SPONTANEI


I processi spontanei avvengo senza necessità di aiuto esterno. Questi processi possono essere
sfruttati per compiere lavoro.
I processi non spontanei avvengono solo se viene fornita energia al sistema dall’esterno
Energia libera fornisce un criterio per misurare la spontaneatà di un sistema

L’ENERGIA LIBERA
L’energia libera (G) o di Gibbs, è l’energia che può essere utilizzata per compiere un lavoro a T e P
constanti vale la relazione:
∆G = ∆H – T∆S

• G → ENERGIA LIBERA
• H → ENTALPIA ovvero il contenuto termico di un sistema
• S → ENTROPIA
• T → Temperatura (constante)

La spontaneità di un fenomeno tiene conto di due fattori


1) la variazione totale del contenuto termico (entalpia)
2) La variazione dello stato totale di disordine (entropia)
Questi parametri concorrono alla definizione della variazione di energia libera.

REAZIONE ESORGONICA

S→P

Nel corso della trasformazione da S a P si è liberata


energia e viene raffigurata dalla freccia verso il
basso, questa energia rappresenta ∆G = GP – GS, il
risultato <0.
Questa reazione avviene spontaneamente e
produce energia

REAZIONE ESORGONICA ΔG <0, libera energia


e può avvenire spontaneamente

REAZIONE ENDOERGONICA
∆G = GP – GS → ∆G >0

S ha un contenuto di energia inferiore


rispetto a P, infatti la variazione di energia
sarà >0.
Questa reazione non avviene
spontaneamente e richiede energia.
EQULIBRIO CHIMICO

S→P
?
Se ∆G >0 → reazione endoergonica irreversibile
Se ∆G < 0 → reazione esoergonica reversibile
Se ∆G = 0 → la reazione tende a raggiungere l’equilibrio ed è reversibile

LE REAZIONI CHE PRODUCONO E REAZIONI CHE RICHIEDONO ENERGIA


Le reazioni cataboliche degradano substrati e producono energia
Le reazioni anaboliche sintetizzano molecole e richiedono energia
L’ATP è la molecola che media il trasferimento di energia tra reazioni esorgoniche ed
endorgoniche

ADENOSINA TRIFOSFATO
Essa è un ribonucleoside-trifosfato costituito da:
• Una base azotata → adenina
• Uno zucchero → ribosio
• Tre gruppi fosfato
Esso è presente:
• Nell’RNA
• Nel citosol complessato a ioni 𝑀𝑔2+ che
neutralizzano le cariche negative dei gruppi
fosforici
• La sua scissione libera energia
• La sua sintesi richiede energia

Il legame fosfoestereo è molto più stabile di quelli fosfoanidridici. Questi ultimi vengono definiti
ad alto contenuto energetico in quanto la reazione di idrolisi è altamente esoergonica.
Gli atomi di fosforo (P) in posizione alfa, beta e gamma sono bersagli elettrofili per attacchi
nucleofili (ES da parte di un atomo di O di un gruppo OH o COOH).
L’attacco sul:
• P in gamma trasferisce un gruppo fosforico e libera ADP
• P in beta trasferisce un gruppo pirofosfato e libera AMP
• P in alfa rimuove il pirofosfato e traferisce il gruppo adenilico (5’-AMP)

SCISSIONE IDROLITICA DELL’ATP


1) IDROLISI ORTOFOSFORICA (più comune)
ATP → ADP + Pi ∆G° = -3’,5 kj/mol
2) IDROLISI PIROFOSFORICA
ATP → AMP + PPi ∆G° = -32,8kj/mol
3) IDROLISI DEL PIROFOSFATO
Ppi → 2Pi ∆G° = -19,2 kj/mol

L’ATP FORNISCE ENERGIA MEDIANTE TRASFERIMENTI DI GRUPPI FOSFORICI


L’idrolisi dell’ATP libererebbe Energia dispersa sotto forma di calore ed entropia.
Nelle reazioni biochimiche, si verifica il trasferimento di un gruppo fosforico ad un intermedio di
una reazione accoppiata e l’energia è utilizzata per formare un legame chimico. Questa energia è
chiamata POTENZIALE DI FOSFORILAZIONE. La reazione è caratterizzata da enzimi che
possiedono attività ATPasica.

SINTESI DEI COMPOSTI AD ELEVATO CONTENUTO ENERGETICO


Negli organismi aerobici, la sintesi di composti ad elevato contenuto energetico si ottiene attraverso
l’ossidazione dei carburanti metabolici (carboidrati, grassi, amminoacidi, etc.) con consumo di O e
produzione di anidride carbonica. Principalmente sono le reazioni di ossido-riduzione che
forniscono la maggior parte dell’energia libera necessaria alle reazioni biochimiche. Gli equivalenti
riducenti (protoni, elettroni ed atomi di H) sono traferiti da una molecola all’altra attraverso vari
trasportatori di elettroni all’accettore finale ovvero l’O.

I traportatori degli equivalenti riducenti più comuni sono 4 coenzimi nucleotidici:


• COENZIMI FLAVINICI → flavina adenina dinucleotide FAD e flavina mononucleotide
FMN
• COENZIMI PIRIDINICI → Nicotinammide adenina dinucleotide 𝑁𝐴𝐷 + e
Nicotinammide adenina dinucleotide fosfato 𝑁𝐴𝐷𝑃+ (coenzimi che partecipano alle
redox)

FAD
Nel FAD manca l’adenosina-fosfato. I nucleotidi flavinici sono in genere
legati saldamente all’enzima e sono pertanto dei gruppi protestici. Le
flavoproteine sono enzimi che utilizzano come gruppi protetici i coenzimi
flavinici: è la porzione isoallossazinica che può accettare uno o due
elettroni, in maniera reversibile, grazie alla presenza degli anelli
coniugati.

NAD
Nei coenzimi piridinici è la porzione nicotinammidica che può accettare
due elettroni, legando in maniera reversibile uno ione idruro.

Gli equivalenti riducenti trasportati dai coenzimi ridotti vengono utilizzati dalle
cellule in diversi processi metabolici. I coenzimi flavinici ridotti e NADH
vengono riossidati a FAD, FMN e 𝑁𝐴𝐷 + a spese dell’O nel processo di
FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA in seguito a processi catabolici.
In questo processo vengono prodotte circa 2,5 molecole di ATP per ognuna di
NADH ossidata e 1,5 molecole di ATP per ogni 𝐹𝐴𝐷𝐻2
NADPH viene invece utilizzato nei processi anabolici come fornitore di
equivalenti riducenti nelle reazioni redox di sintesi di molecole e precursori di
macromolecole.
I due gruppi di coenzimi ridotti vengono prodotti attraverso processi metabolici diversi. Ovvero
• 𝐹𝐴𝐷𝐻2 e NADH → Catabolismo di carboidrati, lipidi ed amminoacidi
• NADPH → Via dei pentosi-fosfato

CARBOIDRATI
Sono composti organici più comuni in natura. Sono noti anche come zuccheri, saccaridi, glucidi, o
idrati di carbonio. Tale nome deriva dal fatto che hanno formula generale

𝐶𝑛 (𝐻2 𝑂)𝑚
Sono composti bifunzionali in quanto presentano nella stessa molecola sia un gruppo
CARBONILICO (aldeidico o chetonico → carboidrati → aldosi o chetosi) che almeno due
GRUPPI ALCOLICI, che coinvolgono atomi di carbonio diversi

CLASSSIFICAZIONE
• MONOSACCARIDI → un’unica funzione carbonilica
• DISACCARIDI → per idrolisi danno due molecole a dieci molecole di monosaccaridi
• OLIGOSACCARIDI → sono costituiti da due molecole a dieci molecole di monosaccaridi
• POLISACCARIDI → per idrolisi danno molte (diverse decine o centinaia) molecole di
monosaccaridi

MONOSACCARDI
Sono poliidrossialdeidi o poliidrossichetoni e
prendono il nome relativamente di aldosi e
chetosi. I termini più semplici delle due classi
sono la D-gliceraldeide e la diidrossiacetone

Tutti i monosaccaridi, ad eccezione del diidrossiacetone, contengono uno o più atomi di C


asimmetrici (chirali) e quindi sono presenti in più forme, detti ENANTIOMERI. Essi sono uno
l’immagine speculare dell’altro. La gliceraldeide ha 2 isomeri
ottici (D e L) o enantiomeri. Il numero dei possibili
stereoisomeri dipende dal numero dei C chirali

Nei monosaccaridi si aggiunge un prefisso prima della


desinenza -oso per indicare il numero degli atomi di C.

Stereoisomeri → 2𝑛 n = numero di C chirale


Aldo-tetroso 2 coppie di enantiomeri
Aldo-esoso 8 coppie

Per assegnare allo


zucchero la forma D
o L, bisogna guardare
la configurazione del
C più lontano dalla
funzione carbonilica.

Nel caso della presenza di più atomi di C asimmetrici, tale


configurazione si riferisce a quello più distante dalla funzione
carbonilica. Tutti gli zuccheri naturali appartengono alla serie
stereochimica D.
STRUTTURE CICLICHE DEI MONOSACCARIDI
In soluzione acquosa, i monosaccaridi a 5 o 6 atomi
di C esistono anche in forma ciclica. Essa si ottiene
attraverso una reazione tra il gruppo carbonilico ed
il gruppo alcolinico secondario più distante da esso.
Si ottengono le forme emiacetaliche per gli aldosi ed
emichetaliche per i chetosi
(Beta più stabile di alfa)

LEGAME GLICOSIDICO
Gli ossidrili semiacetalici o semichetalici dei
monosaccaridi reagiscono facilmente con altri
gruppi funzionali alcolici come il metanolo o
amminici, con eliminazione di una molecola di
acqua e formazione dei glicolidi. Questo legame è
importante nella formazione dei disaccaridi e dei
polisaccaridi.

POLISACCARIDI: CELLULOSA
Polimero lineare costituito da molecole di Beta-D-glucopiranosio legate da legami Beta-1-4
glicolisi. Il numero di molecole di Beta-D-glucosio legate può essere anche di diverse migliaia. Le
diverse catene lineari si dispongono in maniera affiancata e la formazione di numerosi legami ad H
intercatena conferisce l’eccezionale rigidità alla cellulosa, proprietà alla base della sua funzione
strutturale nei sistemi biologici del mondo vegetale. La cellulosa nelle piante svolge le stesse
funzioni delle proteine fibrose del mondo animale

AMIDO
Costituito da due
componenti: alfa-
amilosio ed
amiliopectina.
L’alfa-amilosio è un
polimero lineare in
cui molecole di alfa-
D-glucopiranosio sono legate da legami alfa-1-4 glicosidici. L’amido è il componente più
importante delle cellule vegetali ed è importante anche dal punto di vista nutrizionale, e rappresenta
la principale fonte di carboidrati nella dieta umana. Per idrolisi fornisce molecole di maltosio e/o
alfa-D-glucosio.
AMILOPECTINA E GLICOGENO
Nell’amilopectina, i polimeri lineari
di alfa-glicosidici che coinvolgono
l’O semiacetalico libero di una
catena di alfa-amilosio e quello in
posizione 6 di un’altra catena.
Nell’amilopectina, la ramificazione
si verifica ogni 20-30 residui di
glucosio in catena laterale
Nel glicogeno il grado di
ramificazione è più frequente
ovvero 8-10 residui. Esso
rappresenta la forma di deposito del
glucosio nei mammiferi.

GLICOSAMMINIGLICANI
Rappresentano uno dei costituenti della matrice
extracellulare dei tessuti connettivi. Hanno consistenza
gelatinosa e possono regolare la loro fluidità in base alla
quantità di acqua legata. Sono costituiti da unità disaccaridi
contenenti eteroatomi di azoto o zolfo

EPARINA → (anticoagulante) inibisce la coagulazione del


sangue, impedisce la formazione di trombi.

GLICOPROTEINE
Associazione tra macromolecole proteiche e carboidrati. Svolgono funzioni catalitiche (enzimi),
strutturali (proteoglicani) e specializzate (ormoni, recettori, anticorpi e trasporto). Il legame tra i due
componenti si può verificare sia covalentemente che attraverso interazioni deboli (legami H). Nel
caso di legame covalente, si forma un legame N-glicosidico tra gli zuccheri ed alcuni residui di
Asparagina della proteina. Si possono formare legami O-glicolidici con residui di Trionina o
Serina. La glicosilazione delle proteine avviene durante la loro sintesi. È un fenomeno molto
importante, non sempre reversibile e non regolato da uno stampo, per cui il livello di glicosilazione
è variabile.

LEGAME N-GLICOSIDICO
Gli ossidrili semiacetalici o
semiachetalici dei monosaccaridi
reagiscono facilmente con altri gruppi
funzionali alcolici o ammina
(metilammina), con eliminazione di una
molecola di acqua e formazione di
glicosidi. Il legame è molto importante
nella formazione dei nucleosidi
GLUCOSIO
Quando serve energia in una cellula
per compiere un lavoro, vengono
utilizzati dei substrati energetici che
vengono demoliti quasi
completamente e questo processo di
demolizione (ossidazione), porta alla
produzione di ATP e vari intermedi
del metabolismo, mentre se vengono
ossidati completamente (glucosio →
𝐶𝑂2 + 𝐻2 𝑂 + ATP). La via
principale di degradazione del
glucosio è rappresentata dalla
glicolisi. Essa attraverso 10 reazioni
porta alla sintesi di piruvato.
Esiste anche una seconda via di
ossidazione del glucosio, non
produce energia ma zuccheri fosfati a
5 atomi di C, che porta al Ribosio ed
al NADPH, questa via è chiamata via dei pentosi fosfato. Il glucosio si può anche sintetizzare,
dunque anabolismo, biosintesi del glucosio, attraverso vie chiamate GLUCOGENESI O
GLUCONIOGENESI. Esso viene sintetizzato quando nel nostro organismo è presente in poche
quantità. Oltre a sintetizzare il glucosio, il nostro organismo è in grado di sintetizzare le molecole di
deposito di glucosio, nei mammiferi sono rappresentate dal glicogeno, nelle vegetali si trova
l’amido. Si possono sintetizzare anche altri tipi di zuccheri che vengono utilizzati come polimeri
strutturali, come componenti delle membrane cellulari e della matrice extracellulare.

GLICOLISI
La glicolisi è una via catabolica, degrada il glucosio per ricavare energia. Questo processo si
verifica nel citoplasma delle cellule. Essa si divide in due fasi, una fase preparatoria in cui sono
consumate molecole di ATP e una fase di recupero energetico in cui sono sintetizzate le molecole
di ATP e si identificano in 10 diverse reazioni sequenziali, ognuna catalizzata da un enzima
diverso. La glicolisi è un processo che avviene indipendentemente dalla presenza di ossigeno e
porta alla formazione di ATP, NADH e di due molecole a tre atomi di carbonio ovvero il piruvato
(prodotto finale della glicolisi).

FASE PREPARATORIA
Vi è un consumo di due molecole di ATP ed il glucosio viene scisso in due molecole di zuccheri
(gliceraldeide-3-fosfato)

RECUPERO ENERGETICO
Le due molecole di gliceraldeide-3-fosfato sono convertite in piruvato con produzione di 4
molecole di ATP e due di NADH. L’ATP può essere utilizzato per ricavarne energia libera, mentre il
piruvato e NADH prenderanno diversi destini a seconda delle condizioni: anaerobiche o aerobiche.
In condizioni anaerobiche, è indispensabile rigenerare 𝑁𝐴𝐷 + (NAD ossidato) altrimenti la
glicolisi si blocca.
REAZIONE 1: ESOCHINASI
Il glucosio viene fosforilato in
posizione 6 da parte dell’enzima
esochinasi con consumo di ATP e
formazione di un legame
fosfoestereo. Nelle cellule epatiche
questa reazione viene catalizzata
anche dall’enzima glucochinasi, un
isoenzima dell’esochinasi. La
glucochinasi non è un enzima della
glicolisi, la sua funzione è quella di
mantenere constanti i livelli di
glucosio nel sangue (glicemia). Si attiva in presenza di elevate concentrazioni di zucchero ed
innesca il suo immagazzinamento (glicogenosintesi)

DIFFERENZA TRA ESOCHINASI E GLUCOCHINASI


L’esochinasi presenta una bassa specificità: riesce a fosforilare anche il mannosio ed il fruttosio,
mentre la glucichinasi presenta una assoluta specificità per il glucosio e non fosforila altri zuccheri.

CINETICA
Esochinasi: (enzima coinvolto nella glicolisi)
1) Alta affinità per il glucosio (Km = 0,1 mM)
2) Curva di saturazione di tipo iperbolico
3) Iniblizione allosterica da parte del glucosio-6-P

Glucichinasi: (enzima coinvolto nella biosintesi del glicogeno)


1) Bassa affinità per il glucosio (Km =5mM)
2) Curva di saturazione di tipo sigmoidale
3) Non viene inibita da glucosio-6-P
4) Proteine monomerica

RAZIONE 2: FOSFOGLUCOSIO
ISOMERASI
Il glucosio-6-fosfato (aldoso) viene
isomerizzato a fruttosio-6-fosfato (chetoso) da
parte dell’enzima fosfoglucosio-isomerasi
(PGI). Questa reazione è all’equilibrio e
l’enzima può catalizzare anche la reazione
inversa.

REAZIONE 3: FOSFOFRUTTOCHINASI
Il fruttosio-6-fosfato
viene fosforilato a
fruttosio-1,6-bisfosfato
da parte dell’enzima
fosfofruttochinasi-1
(PFK-1) e consuma una
molecola di ATP. Esiste
un altro enzima che
catalizza la fosforilazione del fruttosio-6-P ovvero la fosfofruttochinasi-2 (PFK-2) che catalizza
l’attacco del secondo gruppo fosfato della posizione 2. I due enzimi (PFK-1 e PGK-2) sono enzimi
regolatori ossia sono molto importanti nella regolazione della velocità nella via glicolitica.

REAZIONE 4: ALDOLASI
Il fruttosio-1,6-bisfosfato viene scisso in gliceraldeide-3-fosfato e diidrossiacetone fosfato da
parte dell’enzima aldolasi.
È una reazione di scissione
ALDOLICA con
produzione di due
monosaccaridi (un aldoso
ed un chetoso) fosforilati
tre atomi di C.

REAZIONE 5: TRIOSO FOSFATO ISOMERASI


Il diidrossiacetone fosfato
viene isomerizzato a
gliceraldeide-3-fosfato
dall’enzima trioso-fosfato
isomerasi (TPI).
Rappresenta l’ultima
reazione della fase
preparatoria, e la TPI
mantiene le concentrazioni
all’equilibrio, solo la GAP
procede alla glicolisi

Quindi nella fase preparatoria avviene un consumo netto di due molecole di ATP, è avvenuta la
produzione di due molecole di gliceraldeide-3-fosato, ed è avvenuta la regolazione a livello della
seconda reazione di fosforilazione (PFK-1)

REAZIONE 6: GLICERALDEIDE-3-P DEIFROGENASI


Si verifica sia
l’ossidazione che la
fosforilazione della
GAP ad opera di
𝑵𝑨𝑫+ e Pi
catalizzate
dall’enzima GAP-
deidrogenasi
(GAPDH).
L’ossidazione del
gruppo aldeidico è una reazione esoergonica: viene sintetizzato un composto ad alto contenuto
energetico (acitil-fosfato) ed una molecola di coenzima ridotto (NADH). È NECESSARIO il
𝑁𝐴𝐷 + .
REAZIONE 7: FOSFOGLICERATO CHINASI
L’ 1,3-bisfoglicerato si trasforma in 3-fosfoglicerato e si produce ATP ad opera dell’enzima
fosfoglicerato-chinasi
(PGK). Le reazioni 6
e 7 della glicolisi sono
reazioni accoppiate,
dato che la reazione 7
produce abbastanza
energia da cederla
anche alla reazione 6.

REAZIONE 8: FOSFOGLICERATO MUTASI


Il 3-fosfoglicerato viene
isomerizzato a 2-fosfoglicerato
ad opera dell’enzima
fosfoglicerato-mutasi. Si viene
a formare un intermedio di
questa reazione legato
all’enzima, il 2,3-
bisfosfogliacerato, può
dissociarsi dall’enzima. Questo
composto negli eritrociti si lega
alla deossiemoglobina, provocando una diminuzione di affinità per l’ossigeno di questa proteina.

REAZIONE 9: ENOLASI
(deidratazione)
Il 2-fosfoglicerato viene deidrato
dall’enzima enolasi, formando il
Fosfoenolopiruvato (PEP). Esso è
un composto ad alto contenuto
energetico. (∆G° = -61,9kj/mole)

REAZIONE 10: PRUVATO CHINASI


Il fosfoenolpiruvato viene idrolizzato
dalla piruvato-chinasi. L’energia liberata
viene liberata per sintetizzare ATP. Essa è
una reazione a due tappe in cui sono
richiesti ioni magnesio e potassio.
Sono state prodotte 2 molecole di
PIRUVATO e 4 molecole di ATP (ma
bisogna sottrarre le due molecole di ATP
utilizzate nella fase preparatoria). Nella
reazione 7 e 10 sono state prodotte 2 molecole di ATP che sono state sintetizzate tramite il
meccanismo di FOSFORILAZIONE A LIVELLO DEL SUBSTRATO.
FERMENTAZIONE
OMOLATTICA
Quando la quantità di ossigeno
è limitata (ES: nel muscolo
durante un’intensa attività
oppure in molti
microorganismi), il piruvato è
convertito a lattato. In queste
condizioni la richiesta di ATP è
elevata ed il rifornimento di O è
scarso. Il piruvato proveniente dalla glicolisi viene ridotto a lattato dell’enzima lattato-
deidrogenasi.
La reazione complessiva della conversione del glucosio in lattato è:

Non c’è un’ossidoriduzione netta, si ottiene però la rigenerazione del 𝑁𝐴𝐷 + , utilizzato nella
reazione 6, che mantiene costante il flusso della glicolisi in condizione anaerobiche. Se il NADH
non fosse rigenerato, la glicolisi non procederebbe oltre la via della gliceraldeide 3-fosfato.

FERMENTAZIONE ALCOLICA
È un processo che si verifica
in assenza di O nel lievito. È
indispensabile per la
rigenerazione del 𝑁𝐴𝐷 + a
partire dal NADH formatosi
nella glicolisi.
Si produce etanolo ed anidride
carbonica attraverso due
reazioni consecutive:
1) Decarbossilazione del piruvato ad acetaldeide ad opera della piruvato-decarbossilasi, non
presente negli animali.
2) Riduzione dell’acetaldeide ed etanolo ad opera dell’alcol deidrogenasi, e rigenerazione del
𝑁𝐴𝐷 + . In questo modo la via glicolitica non si blocca.

REGOLAZIONE DELLA GLICOLISI


L’enzima più importante della glicolisi è la fosfofruttochinasi-1 (PKF-1), che presenta una
regolazione allosterica (altro sito)
• ARRIVATORI: AMP (sensore della cellula), fruttosio 2,6-bisosfato
• INIBITORI: ATP, citrato, diminuzione del pH (formazione acido lattico)
Regolazione della piruvato-chinasi
• ATTIVATORI: fruttosio-1,6-bisfosfato
• INIBITORI: ATP, acetil-CoA (coenzima A)
Regolazione della esochinasi
• INIBITORI: glucosio 6-P
La glicolisi non solo produce energia ma anche intermedi di altri processi metabolici (piruvato,
glucosio 6-P, 2,3-bisfosfoglicerato)
METABOLISMO DEL GLICOGENO
Il glicogeno è un OMOPOLISACCARIDE formato unicamente da glucosio delle cellule animali. È
localizzato nel fegato (circa il 10% del peso), e nel muscolo (2%), e nel rene. Il glicogeno si
accumula nelle cellule formando dei granuli. In questi granuli sono anche contenuti gli enzimi che
sono preposti alla sintesi e alla degradazione del glicogeno e molte proteine regolatrici.

STRUTTURA DEL
GLICOGENO
Il glucosio è costituito da
ALFA D-
GLUCOPIRANOSIO, essi
sono legati tramite legami
alfa-1-4-glicosidici tra i
residui delle catene laterali,
mentre nei punti di
ramificazione troviamo un
altro tipo di legame: alfa-1-6-glucosidici. In questa molecola le estremità libere (rosse) vengono
chiamate estremità non riducenti perché presentano un OH libero in posizione 4. L’altra estremità,
estremità riducente, dovrebbe trovarsi un atomo di carbonio anomerico 𝐶1 è libero. Troviamo
ramificazioni circa ogni 8-10 ramificazioni.

FUNZIONE DEL GLICOGENO


Il metabolismo epatico del glicogeno assicura la costanza dalla concentrazione sanguigno del
glucosio (circa 5mM).
Il metabolismo muscolare del glicogeno assicura la constate fornitura di glucosio nei meccanismi
anaerobici lattari ed aerobici per la produzione di ATP. Tale funzione viene garantita da un
bilancio tra l’idrolisi,
catabolismo, glicogenolisi, e la
sintesi, anabolismo,
glicogenosintesi del glicogeno.
La Glicogemia sintetizza il primo
frammento del glicogeno, le
ramificazioni fanno si che le
estremità, siano elevate con
estremità non riducenti,
importanti perché porta ai legami
di enzimi della demolizione e di
biosintesi. Le due vie del
metabolismo (glicogenolisi e
glicogenosintesi) sono regolate e
coordinate tra loro.
DEMOLIZIONE DEL GLICOGENO
Nella glicogenolisi intervengono tre enzimi:
1) L’enzima 1 → glicogeno fosforilasi
2) L’enzima 2 → enzima deramificante
3) L’enzima 3 → fosfoglucomutasi
La glicogeno-fosforilasi catalizza la scissione dei legami alfa-1-4-glicosidici con produzione di
glucosio-1-fosfato (G-1-P)

Glicogeno(n) + Pi → glucosio-1-P + Glicogeno(n−1)

LA GLICOGENO FOSFORILASI
Essa catalizza l’attacco da parte del fosfato inorganico
(rosa) sul residuo di glucosio terminale (blu) all’estremità
non riducente di una molecola di glicogeno (reazioni di
fosforilisi), viene rilasciata una molecola di glucosio-1-
fosfato. La glicogeno-fosforilasi agisce in ripetizione sulle
estremità non riducenti fino a 4 residui dal punto di
ramificazione (celeste).

ENZIMA 2
Arrivata qui si ferma
ed interviene
l’enzima 2, il quale
agisce a 4 residui dal punto di vista di ramificazione,
trasferisce un’unità trisaccaridica (gialla), successivamente,
l’enzima catalizza l’idrolisi del legame alfa1-6-glicosidico.
Si ottiene così una molecola di glucosio non fosforilata
(rosso). Le due attività (transferasica e glicosidasica) sono
attività contenute sullo stesso enzima. L’enzima 2 in
conclusione ha allungato la catena in modo da arrivare al
glicogeno-fosforilasi, che continuerà a scindere questi
legami fino a che non arriva a 4 residui dal punto di
ramificazioni

ENZIMA 3
La fosfogluco-mutasi catalizza l’isomerizzazione del glucosio-1-P a glucosio-6-P. Essa agisce in
condizioni di equilibrio. Le concentrazioni relative stabiliscono il decorso della reazione. Nel
muscolo scheletrico, il glucosio-6-P può entrare direttamente nella glicolisi o nella via dei pentosi
fosfato secondo le necessità. Nella prima reazione della glicolisi viene consumata una molecola di
ATP perché il glucosio deve essere fosforilato
e diventa G6P, qui invece il glucosio arriva
già in G6P, quindi si si risparmia ATP. Nel
fegato invece G6P deve essere convertito in
glucosio libero per poter essere rilasciato.
LA GLUCOSIO-6-FOSFATASI (G6F)
Questo enzima è presente solo nelle cellule epatiche che catalizza la reazione di idrolisi:

G6P + 𝐻2 𝑂 → glucosio + Pi

Questa reazione è di notevole importanza per il mantenimento costante della concentrazione del
glucosio ematico, Infatti solo il glucosio e non la sua forma fosforilata, può attraversare la
membrana degli epatociti e quindi entrare nel circolo sanguigno (fegato). Gli altri tessuti
principalmente quello muscolare e nervoso, sono privi di questo enzima, il glucosio sotto forma
fosforilata rimane al loro interno e potrà essere catabolizzato (tessuto nervoso e muscolare) o
conservato sotto forma di glicogeno (tessuto muscolare).

ANABOLISMO DEL GLICOGENO: GLICOGENOSINTESI


La glicogenosintesi avviene con reazioni diverse da quelle della glicogenolisi. Questa proprietà è
stata evidenza dalla scoperta di una malattia (malattia di McArdle o glicogenopatia) associata alla
mancanza di glicogeno fosforilasi muscolare. Il tessuto muscolare degli individui affetti da questa
sindrome, pur non essendo capace di idrolizzare il glicogeno accumulavano questo polisaccaride
nelle loro cellule, ciò significa che la biosintesi del glicogeno avviene con enzimi diversi dalla sua
demolizione.
Anche nella glicogenosintesi sono coinvolti tre enzimi:
La conversione diretta del G1P in glicogeno è un
processo endoergonico (∆G > 0) e quindi la sintesi
necessita di una tappa esoergonica accoppiata (necessita
di un rilascio di energia).
L’energia necessaria viene fornita dall’idrolisi di una
molecola ad alto contenuto energetico: UTP.
L’enzima 1 (E1) della glicogenosintesi è la glicogeno-
sintasi.

GLICOGENOSINTASI
L’energia necessaria viene fornita dall’idrolisi
di una molecola di udridina-trifosfato (UTP)
che porta alla formazione di UDP-glucosio.

BIOSINTESI DEL GLICOGENO: SINTESI


DELL’UDP-GLUCOSIO

Nelle cellule c’è una continua conversione tra


il G6P ed il G1P.
BIOSINTESI DEL GLICOGENO: FORMAZIONE DEL LEGAME ALFA-1-4 GLICOSIDICO
CATALIZZATA DALLA GLICOGENO SINTESI
L’unità glicosidica dell’UDP-glucosio (rosa), viene
trasferita sull’OH in posizione 4 di una delle
estremità non riducenti del glicogeno.

BIOSINTESI DEL GLICOGENO: PUNTI DI


RAMIFICAZIONE, FORMAZIONE DEL
LEGAME ALFA-1-6 GLICOSIDICO
CATALIZZATA DALL’ENZIMA
RAMIFICANTE
Le catene lineari sintetizzate grazie alla glicogeno-
sintasi vengono ramificate dall’enzima ramificante (amilo-1,4-1,6-transglicosidasi). Questo
enzima catalizza il
trasferimento di un
frammento di sette
residui glicidici
dall’estremità non
riducente sull’OH in
posizione 6 della stessa
catena o di una catena diversa.
Il punto di ramificazione si troverà almeno 4 residui dal precedente e la catena da cui deriva il
segmento di 7 residui deve contenere almeno 11 unità di glucosio.

INIZIO DELLA GLICOGENOSINTESI


La glicogeno-sintasi riesce solo ad allungare catene polisaccaridiche con
almeno 7 residui, occorre un innesco o primer, il quale viene sintetizzato a
partire sempre da UDP-G ma per l’azione di un altro enzima: la glicogenina
(G) una glicosiltrasferasi, quest’ultima è una glicosiltrasfrasi composta da 2
subunità identiche. La glicogenina catalizza l’aggiunta di 8 unità di glucosio
all’altra subunità, costituendo due corti polimeri inziali (viola)

REGOLAZIONE DEL METABOLISMO DEL GLICOGENO


La regolazione della velocità di sintesi e di demolizione del glicogeno viene
effettuata mediante due meccanismi di regolazione:
1) Controllo allosterico dove sono presenti dei modulatori che si legano
ai siti allosterici e saranno attivatori o inibitori.
2) Modifiche covalenti reversibili, eventi di fosforilazione e
desforilazione, questi eventi adoperano grazie agli enzimi interessati, la glicogeno-
fosforilasi e la glicogeno-sintasi.

CONTROLLO ALLOSTERICO DEL METABOLISMO DEL GLICOGENO


La glicogeno-fosforilasi e la glicogeno-sintasi presentano comuni modulatori allosterici che
regolano l’attività in maniera opposta. Gli attivatori di un enzima sono generalmente inibitori. Gli
effettori allosterici sono il G6P, l’ATP e l’AMP. Queste ultime due segnalano lo stato energetico
della cellula:
• Un aumento dei livelli di G6P e ATP (inibitori) attiva la glicogeno-sintasi ed inibisce la
glicogeno-fosforilasi.
• un aumento di AMP induce un’inibizione della glicogeno-sintasi ed un’attivazione della
glicogeno-fosforilasi (AMP compie molto lavoro attivando e inibendo gli enzimi)

REGOLAZIONE DELLA GLICOGENO FOSFORILASI PER FOSFORILAZIONE


REVERSIBILE
La glicogeno-fosforilasi (dimeri) è costituita da 2 subunità uguali, ed è presente in 2 forme:
• fosforilasi a (più attiva), ciascuna subunità con un residuo di Ser14 fosforilato
• fosforilasi b (meno attiva), identica alla a, ma con i residui di Ser14 NON fosforilati
questa fosforilazione è stata introdotta da un enzima ovvero la CHINASI la quale ha fosforilato gli
enzimi di serina della glicogeno-fosforilasi, trasformandola in fosforilasi a.
Quando questo enzima deve essere rallentato viene attivata una fosfatasi
che rimuove la fosforilazione. Gli eventi di fosforilazione e
defosforilazione sono sotto il controllo di ormoni (insulina, adrenalina e
glucagone) il cui effetto è mediato da chinasi e fosfatasi.

CONTROLLO ORMONALE E BIOSEGNALAZIONE


Gli ormoni si legano ai recettori delle proprie cellule bersaglio generando
una risposta all’interno della stessa, attraverso il rilascio di molecole
definite secondi messaggeri (i primi sono gli ormoni) come cAMP, e gli
ioni 𝐂𝐚++ Gli ormoni coinvolti nel metabolismo del glicogeno sono gli
ormoni adrenergici (adrenalina e noradrenalina), il glucagone nel fegato
(livello epatico) e l’insulina (anabolizzante) nei muscoli e negli altri
tessuti.
Adrenalina e
glucagone inibiscono la glicogenosintesi e
attivano la glicogenolisi, essi sono due ormoni
IPERGLICEMIZZANTI perché aumentano il
glucosio nella cellula o nel torrente ematico.
L’insulina agisce sul muscolo, cuore, ghiandola
mammaria, ha un effetto
IPOGLICEMIZZANTE perché inibisce la
glicogenolisi e favorisce la glicogenosintesi.

IL DESTINO AEROBICO DEL PIRUVATO


Il piruvato in presenza di O
(rosa) viene convertito in Acetil-
CoA tramite una reazione di
decabossilazione ossidativa, la
quale catalizzata dall’enzima
sequenziale di 3 enzimi diversi e
5 diversi gruppi protestici o
coenzimi.
Il complesso multienzimatico è
costituito da tre diversi enzimi e
cinque cofattori, ed è localizzato nel mitocondrio.
I tre enzimi sono: il piruvato deidrogenasi (E1), il diidrolipoil-transacatasi (E2) ed il diidrolipoil
deidrogenasi (E3). Ad ogni enzima corrisponde un cofattore: tiamina pirofosfato (TPP), lipoammide
e coenzima A, FAD e 𝑁𝐴𝐷 +
PIRUVATO + CoA + 𝑁𝐴𝐷 + → acetil-S-CoA + anidride carbonica + NADH

CICLO DI KREBS O DEGLI ACIDI TRICARBOSSILICI (TCA) O DELL’ACIDO CITRICO


Questo ciclo ha luogo nella matrice mitocondriale. Esso consiste nella degradazione ossidativa di
un’unità acetiliche o altri intermedi metabolici derivanti dai carboidrati, acidi grassi ed
amminoacidi (Il ciclo mette in comunicazione varie vie metaboliche). Queste unità acetiche sono
ossidate dall’anidride carbonica. Questo ciclo collega vie di degradazione a vie biosintetiche: alcuni
intermedi del ciclo sono composti da intermedi sia del catabolismo che dell’anabolismo e quindi
questo ciclo è definito ANFIBOLICO, ed è la via di convergenza del metabolismo ossidativo che
si verifica in una cellula.
La reazione globale del ciclo è:

Avvengono 8 reazioni che portano all’ossidazione dell’acetil-CoA a due molecole di anidride


carbonica e l’energia liberata viene conservata nei coenzimi ridotti:
• 3 NADH
• 1 FADH2
Si produce una molecola di GTP mediante una reazione di fosforilazione a livello del substrato.

I PRODOTTI DI UN GIRO DEL CICLO


L’acetil CoA entra nel ciclo
tramite piruvato o acidi grassi o
amminoacidi, la prima reazione
del ciclo consiste nella
condensazione dell’acetil CoA
con ossalacetato e porta alla
sintesi di citrato, quest’ultimo
viene convertito in isocitrato,
subisce due reazioni di
decarbossilazione ossidativa
(vengono liberate due molecole
di anidride carbonica), e
reazione redox 𝑁𝐴𝐷 + →
NADH, trasformando l’isocitrato
in alfa-chetoglutarato, il quale
diventa succunil-S-CoA, viene
sintetizzata una molecola di
GTP, diventando così succinato,
il quale liberando FADH2 diventa fumarato per poi diventare L-malato, il quale libera NADH
trasformandosi in ossalacetato.
REAZIONE 1 DEL CICLO
È una reazione di condensazione
altamente esoergonica. ∆G° = -
31,5kj/mol
L’Acetil-CoA si condensa con
ossalacetato formando citrato
tramite l’enzima citrato sintasi.

REAZZIONE 2
Il citrato viene deidrato trasformandolo prima in cis-aconitato per poi essere trasformato in
isocitrato, entrambe le volte
dall’enzima aconitasi. Essa catalizza
la reazione di isomerizzazione
reversibile del citrato ad isocitrato,
con la formazione dell’intermedio cis-
aconitato.

REAZIONE 3
L’isocitrato viene convertito in alfa-
chetoglutarato, avviene una
reazione di decarbossilazione
ossidativa dell’isocitrato ad alfa-
chetoglutarato con eliminazione
della prima molecola di anidride
carbonica e formazione di NADH,
tramite l’enzima di isocitrato deidrogenasi.

REAZIONE 4
Avviene una seconda decarbossilazione ossidativa dell’alfa-chetoglutarato a Succinil-S-CoA,
viene eliminata la seconda
molecola di anidride carbonica
e si forma la seconda molecola
di NADH, tramite l’enzima di
alfa-chetoglutarato
deidrogenasi.

REAZIONE 5
Il Succenil-S-CoA subisce
una scissione del legame
tioestere ad alta energia del
succenil-CoA
trasformandolo in
succinato, con la sintesi di
un altro composto ad alta
energia, il GTP. L’enzima
che partecipa a questa
reazione è il Succinil-CoA
sintetasi (o tiochinasi). Con questa reazione si è prodotto 2 molecole di NADH e 1 di GTP. Le
reazioni successive serviranno per ottenere l’ossalacetato.
REAZIONE 6
Il succinato viene trasformato dal
succinato deidrogenasi in
fumarato, gli equivalenti
riducenti vengono utilizzati per
sintetizzare una molecola di
FADH2

REAZIONE 7
Il fumarato viene trasformato in L-malato
tramite la fumarasi (fumarato idratasi).
Entra una molecola di acqua che viene
aggiunta al doppio legame dando L-malato.

REAZIONE 8
L’L-malato viene trasformato in ossalacetato
(non si consuma ma viene rigenerato) tramite la reazione redox (ossidato) di malato deidrogenasi.
L’ultima reazione del ciclo
dell’acido citrico: l’ossidazione del
𝑁𝐴𝐷 + dipendente dall’ossidrile
secondario del malato con
produzione di ossalacetato e
NADH. È una reazione
endoergonica (∆G° =
+29,7kj/mol), ma essa è accoppiata
alla prima reazione del ciclo che è
altamente esoergonica.

BILANCIO
COMPLESSIVO DEL
CICLO DI KREBS
Se l’Acetil-CoA proviene
dal piruvato, prodotto nel
citoplasma e deve essere
trasportato attraverso la
membrana mitocondriale,
il guadagno netto è di 9
(non 10) molecole di ATP
per ogni molecola di
Acetil-CoA

REGOLAZIONE DEL CICLO DI KREBS


La regolazione del complesso multienzimatico piruvato deidrogenasi
• ALLOSTERICA
- Inibitori → Acetil-CoA, NADH, ATP (prodotti della reazione)
- Attivatori → CoASH, AMP e 𝑁𝐴𝐷 +
• COVALENTE REVERSIBILE: inibizione mediante fosforilazione di alcuni residui di Ser
Altri tre siti di regolazione sono le reazioni fortemente esoergoniche (irreversibili) catalizzate dalla:
• CITRATO SINTASI
- Inibitori → NADH, succunil-CoA, citrato, ATP
- Attivatori → ADP
• ISOCITRATO DEIDROGENASI
- Inibitore → ATP
- Attivatori → Ca e ADP
• ALFA-CHETOGLUTARATO DEIDROGENASI
- Inibitori → NADH e Succinil-CoA
- Attivatore → Ca

LIPIDI
Sono un gruppo eterogeneo di composti chimici la cui proprietà più importante è la loro
insolubilità in acqua e solubilità nei solventi apolari, (nelle cellule solventi apolari non esistono
dato che il citoplasma è costituito da acqua). Proprio questa idrofobicità consentirà di svolgere una
serie di ruoli biologici, dato che le membrane sono costituiti da lipidi e separano compartimenti
acquosi nella cellula (RE, mitocondrio, nucleo, membrana plasmatica)
La loro funzione principale è quella di riserva dell’energia in molti organismi grassi e oli derivati;
sono sostituenti strutturali di molecole biologiche dove si trovano fosfolipidi e steroli; cofattori
enzimatici trasportatoti di elettroni; agenti emulsionanti del tratto intestinale (bile); ormoni
(steroidei) e messaggeri intracellulari (fosfatidil-inositoli)

STRUTTURA DEI LIPIDI


Sono una classe molto eterogenei punto di vista strutturale, possono essere costituiti da esteri,
ammidi, catene idrocarburiche che possono essere sature o insature, e possono essere lineari, ciclici
o policiclici. Proprio perché dal punto di vista della struttura chimica sono molto eterogenei la loro
classificazione è abbastanza complicata anche se sono stati divisi in base ai loro componenti.

LIPIDI DI RESERVA ENERGETICA


• Grassi ed oli (grassi animali, oli cellule vegetali, derivati da acidi grassi)
• Triacilgliceroli
• Cere (api)

LIPIDI STRUTTURALI DI MEMBRANA


• Fosfolipidi
• Glicolipidi (contengono una parte saccaridica)
• Steroli
• Glicerofosfolipidi
• Sfingolipidi (importanti per il SNC)

GLI ACIDI GRASSI


Sono costituiti da acidi carbossilici con una catena
idrocarburica (R). R può contenere da 4 a 36 atomi di C. In
natura gli acidi grassi sono più rappresentati quelli a numero
pari di atomi C, possono presentare più ramificazioni e
possono essere delle catene laterali, possono essere presenti
uno o più doppi legami, solitamente in CIS. A pH 7,0
(fisiologico) tutti gli acidi grassi liberi presentano il gruppo
carbossilico ionizzato COO− che costituisce la parte polare
della molecola. La numerazione della catena carboniosa
avviene assegnando l’1 sempre all’atomo di C del gruppo
carbossilico. La nomenclatura IUPAC in base alla catena alchilica indicando gli atomi di C oppure,
solitamente vengono indicati con il nome comune che riflettono la fonte dove sono più abbondanti.
La lunghezza della catena
carboniosa ed il numero
dei doppi legami
influenzano la T di fusione
(solido → liquido)
Nella catena idrocarburica
l’unica parte polare è la
testa, composta dal
gruppo carbossilato, la
disposizione di questa molecola è molto semplice e lineare, ma se è presente un doppio legame
(quasi sempre CIS), questo legame indurrà un ripiegamento della catena carboniosa.
L’impacchettamento degli acidi grassi dipende dal grado di saturazione, se gli acidi grassi sono
saturi, le catene carboniose si impacchettano in maniera molto compatta dato che le catene sono
lineari, mentre se sono presenti acidi grassi saturi ed insaturi, a causa del ripiegamento (zona rossa),
l’impacchettamento sarà meno
compatto ma più fluida per
quanto riguarda la struttura della
membrana
Acido palmitico → acido grasso
su cui è basato il nostro
metabolismo

ACIDI GRASSI INSATURI 18 C


• L’acido oleico acido più abbondante nell’olio
d’oliva ed ha un doppio legame
• L’acido linoleico con due doppi legami
• L’acido linolenico con tre doppi legami
All’aumentare dei legami il punto di fusione
diminuisce, perché hanno un impacchettamento più
disordinato (si trovano in forma CIS)

RAPPRESENTAZIONE E NOMENCLATURA
Si specifica il numero di atomi di C ed il numero dei
doppi legami dai due punti. Il simbolo ∆n indica la
presenta del doppio legame e n apice la sua
posizione. Per numerare la catena si parte dal C del
gruppo carbossilico a seguire fino ad arrivare a C
18.
All’aumentare dei legami aumenta il ripiegamento
GLI ACIDI GRASSI POLINSATURI (PUFA)
Testa ionizzata formata dal
gruppo carbossilico
ionizzato, ed al C del
gruppo viene assegnato il
numero 1. Gli atomi C
adiacenti al gruppo
carbossilico sono indicati
come alfa e beta. Gli acidi
grassi polinsaturi
appartengono a famiglie indicate come omega-3-6-9
Il C metilico più distante dal carbossile è anche indicato come C omega, quindi la numerazione può
partire anche dall’atomo di C omega → doppio legame omega - 3
Omega 3 ed omega 6 sono acidi grassi essenziali devono essere introdotto dall’alimentazione.

LIPIDI DI RISERVA E DI MEMBRANA


I principali lipidi di riserva sono costituiti dai trigliceridi, detti anche grassi neutri. Essi si
presentano nel citoplasma degli adipociti nel tessuto adiposo. Essi sono costituiti da glicerolo
(trialcol) e tre catene di acidi grassi esterificate con le funzioni alcoliche del glicerolo. Questi lipidi
non presentano zone di polarità, sono molto idrofobici.
I lipidi di membrana sono polari, dato che presentano una testa polare ed una o più code
idrofobiche, quindi sono molecole anfipatiche. Essi si dividono in:
• FOSFOLIPIDI
- Glicerofosfolipidi →
presenta uno scheletro di
glicerolo (rosso) a cui
sono esterificate due
molecole di acidi grassi
(giallo), con una testa
polare (blu) rappresentata
da un gruppo fosfato
esterificato ad una
funzione alcolica.
- Sfingolipidi →
presentano uno scheletro
formato da sfingosina a
cui tiene legata una
molecola di acido grasso
ed una testa polare con
un gruppo fosfato e la
colina.
• GLICOLIPIDI
- Sfingolipidi → hanno una componente saccaridica, mono o oligosaccaridica,
presentano uno scheletro troviamo la sfingosina, a cui esterificato un gruppo di
acido grasso.
- Galattolipidi o solfolipidi → hanno una componente saccaridica, mono o
oligosaccaridica, ed un gruppo solfato mentre hanno uno scheletro formato da
glicerolo a cui esterificate due molecole di acidi grassi
TRIACIGLICEROLI O TRIGLICERIDI
I lipidi di riserva o neuri sono
costituiti da Tre acidi grassi legati
mediante un legame ai OH del
glicerolo.
Nella funzione alcolica
interagisce con quella
carbossilica, viene eliminata
acqua e si forma estere. I
trigliceridi possono essere
semplici quando l’acido grasso è
lo stesso (palmitato), e misto
quando gli acidi grassi sono
diversi, possono essere diversi in
base ai gruppi R saturi ed
insaturi. I trigliceridi che contengono in prevalenza acidi grassi saturi sono solidi (grassi) mentre
quelli contenenti acidi grassi insaturi sono liquidi (oli). Sono insolubili in acqua per l’essenza di
gruppi polari.

FOSFOLIPIDI
Molecole anfipatiche, doppia natura, presentano nella
stessa molecola è presente una testa polare costituita dal
gruppo fosfodiestere ed una coda apolare costituita
dalle lunghe catene idrocarburiche. Queste molecole se
si trovano in ambiente acquoso si disporranno, con le
teste polari verso il solvente acquoso, mentre le code
interagiranno tra loro.

FOSFOGLICERIDI
Se l’acido fosforico dell’acido alfa-fosfatidico viene esterificato
con l’etanolammina o la serina si ottengono le cefaline.

STEROLI
Sono lipidi strutturali delle membrane, composti policiclici.
Presentano un sistema ciclico costituito da 4 anelli condensati non
aromatici, rappresentano il
nucleo della molecola dove
verranno introdotte verifiche
chimiche, il nucleo è
rappresentato dal ciclopentano-
peridrofenantrene. Nel
colesterolo troviamo una testa
polare costituita da un gruppo
ossidrilico ed una catena laterale
alchilica. Precursore vitamina
D3, Sali biliari e ormoni steroidei
(ormoni sessuali, ormoni
surrenali)
METABOLISMO DEI LIPIDI
I lipidi possono essere divisi in lipidi alimentari (esogeni) e lipidi non alimentari (endogeni) La
digestione dei lipidi esogeni circa il 90% sono rappresentati dai trigliceridi ed il loro assorbimento
avviene a livello intestinale. La loro digestione coinvolge sia enzimi, ovvero lipasi pancreatica, sia
sostanza emulsionanti ovvero sali biliari. I lipidi esogeni, provenienti dalla dieta sono trasportati
dai chilomicroni, particelle lipoproteiche (ammassi di lipidi e proteine). I lipidi endogeni sono
trasportati dalle lipoproteine, sintetizzate a livello epatico.

TRASPORTO DEI LIPIDI: LE LIPOPROTEINE


Le lipoproteine sono costituite da un nucleo di lipidi non polari, circondato da unico strato di lipidi
anfipatici, costituiti colesterolo e fosfolipidi, esporranno la loro testa apolare a contatto con la
porzione proteica (apoliproteine). Le lipoproteine si classificano in base alla loro densità,
misurabile determinando la loro velocità di sedimentazione:
VLDL Very Low Density Lipoproteins → lipoproteine con densità molto bassa
LDL Low Density Lipoproteins → lipoproteine con densità bassa
HDL Hight Density lipoproteins → lipoproteine con alta densità
Maggiore è il contenuto di grassi, minore è la densità. Le LDL derivano dalle VLDL in seguito al
rilascio degli acidi grassi o dei mono-acilgliceroli ai tessuti, mentre le HDL hanno una funzione
opposta, trasportano il colesterolo dai tessuti al fegato.

L’UTILIZZO DEGLI ACIDI GRASSI


La combustione degli acidi grassi avviene in tre fasi:
1) Mobilizzazione dei lipidi dal tessuto adiposo ai tessuti periferici, idrolisi dei trigliceridi in
glicerolo ed acidi grassi ad opera delle lipasi che scindendo il legame estere liberano i
trigliceridi dagli acidi grassi.
2) Gli acidi grassi devo essere attivati e trasportati nei mitocondri, ovvero l’organello in cui si
verifica il catabolismo degli acidi grassi
3) Degradazione dell’acido grasso attraverso un processo chiamato beta-ossidazione.

MOBILIZZAZIONE DEI TRIGLICERIDI


Nel Glicerolo (blu) la presenza del legame
etere, Trgliceride misto, interviene la lipasi,
scissione dell’estere, con la liberazione del
glicerolo e tre molecole di acidi grassi liberi.
Il glicerolo attraverso il torrente ematico
viene captato a livello epatico (fegato), dove
viene convogliato nella glicolisi, se la cellula
ha bisogno di ATP, oppure se in fase di
riposo, può essere utilizzato per la biosintesi
del glucosio ed a seguire gluconeogenesi.
Gli acidi grassi attraverso il torrente
ematico, legandosi ad una proteina di
trasporto (albumina) arriva nella
fibrocellula muscolare o miocita, viene
ossidato attraverso le 4 fasi della beta-
ossidazione.
ATTIVAZIONE DELL’ACIDO GRASSO: FORMAZIONE DELL’ ACITL-CoA
Nel citosol, l’enzima Acil-CoA
sintetasi, associata al reticolo
endoplasmatico rugoso (RER) o alla
membrana mitocondriale esterna,
potando alla sintesi del Acil-CoA, per
formare questo acido grasso si consuma
ATP. Questa reazione è altamente
esoergonica. Se non si forma l’Acil-
CoA non può avvenire la beta-
ossidazione.

TRASPORTO DELL’ACIDO GRASSO NEL MITOCONDRIO


Gli acidi provenienti dagli acidi grassi attivati si
legano alla carnitina mediante un legame estereo
al gruppo -
OH, ed è
proprio con
questo gruppo
ossidrile che
l’Acil-CoA reagisce. La reazione è caratterizzata dall’enzima
citoplasmatico carnitina-acil-traferasi di tipo I. L’acil-
carnitina appena formata viene trasportata attraverso la
membrana da una proteina trasportatrice specifica della
carnitina. L’Acil-carnitina viene ritrasformata in Acil-CoA e
carnitina nel mitocondrio dalla carnitina Acil-traferasi II. La
carnitina viene ritrasportata nel citoplasma dalla stessa proteina
trasportatrice specifica della carnitina. Questo processo serve per
far entrare nel mitocondrio solo gli acidi grassi attivati, la
carnitina non si lega agli acidi grassi liberi, quindi un acido
grasso non attivato non può attraversare la membrana
mitocondriale.

LA BETA-OSSIDAZIONE
La beta-ossidazione è una via catabolica, una via che avviene nella matrice mitocondriale, ed è un
processo di 4 reazioni, in cui la molecola di acido grasso (catena carboniosa) viene ridotta di due
atomi di C per ogni ciclo con formazione di:
- 1 Acetil-CoA
- 1 Acil-CoA ridotto a due atomi di C
- 1 FADH2
- 1 NADH + H +
Queste 4 reazioni vengono ripetute in successione finche non viene scissa la catena carboniosa.

REAZIONE 1
Formazione di un doppio legame mediante una
deidrogenazione tra il carbonio alfa e beta
dell’Acil-CoA. Gli atomi di H e gli equivalenti
riducenti sono trasferiti al FAD.
REAZIONE 2
Il doppio legame dell’enoil-CoA deidrogenasi viene idratato,
si libera acqua formando beta-idrossiacil-CoA

REAZIONE 3
Si ha un ulteriore
deidrogenazione NAD+ dipendente dall’idrossiacil-CoA
deidrogenasi con produzione di una molecola di NADH e
formazione della beta-chetoacil-CoA

REAZIONE 4
Avviene la scissione del legame C-alfa-C-beta
dipendente dalla beta-chetoacil-CoA tiolasi, con
produzione di Acetil-CoA ed un Acil-CoA ridotto di due
atomi di C

OSSIDAZIONE ACIDI GRASSI A CATENA DISPARI


Il prodotto dell’ultimo ciclo della beta-ossidazione è il propionil-CoA. Esso viene trasformato in
succinil-CoA, un intermedio del ciclo di Krebs, mediante tre reazioni.

BILANCIO ENERGETICO DELLA BETA-OSSIDAZIONE


Il numero massimo di molecole di ATP prodotte dipende dal numero di atomi di C dell’acido
grasso e della eventuale presenza di doppi legami. L’Acetil-CoA e coenzimi ridotti, portano alla
formazione di ATP se proseguono il loro catabolismo nel ciclo di Krebs in cui entrano le molecole
di acetil-CoA e nella formazione ossidativa in cui NADH e 𝐅𝐀𝐃𝐇𝟐 vengono ossidati.

ES: bilancio energetico del palmitato (C16, saturo) in seguito a 7 cicli di beta-ossidazione si può
ottenere:

• 8 Acetil-CoA → 16 C/2 = 8
• 7 NADH
• 7 FADH2

In assenza di carboidrati (digiuno prolungato o stato diabetico), predomina la degradazione degli


acidi grassi. In queste condizioni, la concentrazione di ossalacetato diminuisce e quindi l’Acetil-
CoA non può entrare nel ciclo di Krebs e non si può produrre ATP. In carenza di glucosio nel
fegato viene attivata la gluconeogenesi, ovvero la sintesi del glucosio. Quest’ultimo viene
sintetizzato anche
dall’ossalacetato, primo
reagente del ciclo di Krebs.
Quindi in condizioni di digiuno
prolungato o stato diabetico, il
ciclo di Krebs non può avvenire
se manca l’ossalacetato, di
conseguenza l’Acetil-CoA non
può essere ossidato nel ciclo di
Krebs, da qui il detto “I GRASSI BRUCIANO AL FUOCO DEI CARBOIDRATI”.

CHETOGENESI
In condizioni di digiuno prolungato, condizioni patologiche ecc... l’AcetilCoA prodotto dalla
ossidazione degli acidi grassi si accumula ed è utilizzato per la produzione dei corpi chetonici:
• Acetato, acetone e beta-idrobutirrato
Questo processo, definito chetogenesi avviene nel fegato. I corpi chetoni attraverso il torrente
ematico raggiungono altri organi come cervello, cuore e muscoli scheletrici quando l’apporto di
glucosio si riduce.

REAZIONI CHETOGENESI
Grazie alla 3-chetotiolasi [1] (reazione inversa della tiolisi della beta-ossidazione) viene
sintetizzato l’acetoacetil-CoA, poi interviene un secondo enzima, idrossimetilglutaril-CoA sintasi
[2], porta alla sintesi dell’3-idrossi-3-metil-glutaril-CoA, il quale incorpora un’altra molecola di
Acetil-CoA (verde). Con un terzo enzima l’enzima di scissione dell’idrossimetilglutaril-CoA [3],
sintetizza acetoacetato. Mediante una deidrogenasi si ottiene una sintesi formando il b-3-idrossi-
butirrato, mentre l’acetone si forma per reazione spontanea. L’acetoacetato decarbossila
spontaneamente o mediante l’enzima acetoacetato-decarbossilasi formando acetone volatile, che
è eliminato attraverso la respirazione e saturazione (odore di acetone nell’alito di persone che
sono andate in contro a chetogenesi, digiuno prolungato, stato diabetico ed elevate concentrazioni di
corpi chetonici sono pericolose)

I CORPI CHETONICI SONO UN


IMPORTANTE COMBUSTIIBILE
PER ALCUNI TESSUTI
I corpi chetonici si diffondono dal
fegato al sangue dove raggiungono i
tessuti periferici. Il cuore, il muscolo
scheletrico e la corteccia renale
preferiscono l’acetato rispetto al glucosio. Al contrario, il cervello ed i globuli
rossi preferiscono il glucosio se è disponibile, ma in condizione di digiuno o di
diabete, il cervello si adatta utilizzare l’acetoacetato. Nel digiuno prolungato, il
75% della richiesta energetica è soddisfatta dai corpi chetonici.

UTILIZZO DELL’ACETOACETATO
L’acetoacetato e il beta-idrossibutirato nei tessuti periferici sono convertiti in due
molecole di Acetil-CoA che poi entrano nel ciclo di Krebs. Per far avvenire ciò
occorrono due reazioni:
1) Sintesi di AcetoacetilCoA mediante traferimento del CoA traferasi dal
SuccinilCoA.
2) Scissione dell’AcetoacetilCoA in due molecole di AcetilCoA mediante
una tiolasi.
RUOLO DEI CORPI CHETONICI
I corpi chetonici possono essere considerati come una forma idrosolubile e trasportabile di unità
acetiliche. L’acetoacetato svolge anche un ruolo di regolazione quando raggiunge una
concentrazione ematica elevata, innesca un processo che porta alla diminuzione della velocità di
lipolisi nel tessuto adiposo. Elevate concentrazioni di corpi chetonici possono portare a patologie
come stato di acidosi oppure chetosi diabetica la quale può condurre alla morte perché i corpi
chetonici sono acidi moderatamente forti, per cui un loro accumulo provoca acidosi.

BIOSINTESI DEGLI ACIDI GRASSI O LIPOGENESI


La biosintesi o lipogenesi viene attivata quando vi è un apporto considerevole di carboidrati, i quali
non sono ossidati e che non possono essere convertiti tutti in glicogeno, perché come più del 8-10%
di glicogeno nel fegato non può esserci, non può trovarsi più del 2% di glicogeno nel tessuto
muscolare scheletrico dato che nel citoplasma non ha più spazio. I carboidrati in eccesso non
vengono eliminati ma vengono utilizzati per sintetizzare gli acidi grassi, i quali vengono conservati
come trigliceridi nel tessuto adiposo.
La lipogenesi ha luogo a livello epatico (fegato), nel tessuto adiposo e nella ghiandola mammaria
durante la fase di allattamento, il latte materno è costituito da zuccheri, acqua, acidi grassi ed altre
sostanze. Essa non è l’inverso della beta-ossidazione, la quale si verifica nel mitocondrio, essa si
verifica nel citosol. Come tutte le vie anaboliche è dispendiosa dal punto di vista energetico e
richiede ATP per la formazione di legami chimici, ma occorre potere riducente, perché si
verificano reazioni di biosintesi riduttiva, e si utilizza NADPH che rappresenta la forma riduttiva
del NADP. I precursori sono l’Acetil-CoA, prodotto dalla beta-ossidazione e dal piruvato in
condizioni aerobiche e dal malonil-CoA. La biosintesi consiste in una serie di 7 reazioni che si
ripetono ciclicamente e gli enzimi coinvolti sono associati formando il complesso multi-
enzimatico dell’acido grasso sintasi (FAS) il quale richiede come cofattore la vitamina acido
pantoteico, che trasporta i substrati sui vari componenti enzimatici che catalizzeranno la reazione.
La caratteristica principale della biosintesi è che gli intermedi sono legati covalentemente, mediante
un legame tioestere, ad una proteina trasportatrice dei gruppi acili (ACP) ed alla beta-chetoacil-
ACP-sintasi.
La biosintesi inizia da una molecola di Acetil-CoA che viene carbossialta sintetizzando Malonil-
CoA, la quale richiede la presenza della vitamina biotina. Verranno condensate altre unità
acetiliche che provengono sempre da Malinil-CoA (precursore che viene utilizzato per la sintesi
della catena carboniosa). Due sub-unità dell’enzima legano il malonil-CoA, e la catena di acido
grasso aumenta, quindi si ripetono in sequenza le reazioni:
1) Condensazione
2) Riduzione del gruppo carbonilico
3) Deidratazione
4) Riduzione del doppio legame
L’acido grasso sintasi possiede un’attività tioesterasica che consente di rilasciare il prodotto finale
a termine della reazione. La biosintesi si arresta alla formazione del palmitato (C16). Una volta
sintetizzato il palmitato, un ulteriore allungamento della catena idrocarburica, per ottenere un acido
grasso più lungo, o l’introduzione di doppi legami, interverranno a livello del reticolo
endoplasmatico rugoso (RER), dove saranno presenti degli enzimi, i quali sono capaci di indurre
queste modifiche chimiche.
Stechiometria complessiva
del pampinato:
METABOLISMO DEGLI AMMINOACIDI
il metabolismo degli amminoacidi comprende una serie di reazioni sia di sintesi e di degradazione
mediante le quali gli AA vengono assemblati come precursori delle proteine, vengono degradati
per ottenere energia metabolica, o sono trasformati in prodotti intermedi del metabolismo. A
differenza di glucosio che viene conservato sotto forma di glicogeno, e degli acidi grassi che
vengono conservati sotto forma di trigliceridi, nel tessuto adiposo, gli AA non sono accumulati
nelle cellule ma sono costituenti delle proteine, da cui possono essere liberati attraverso la
proteolisi.
Nel nostro sangue e nelle cellule esiste un pool plasmatico di AA. Gli AA possono progredire
attraverso la dieta, proteine esogene, oppure possono derivare da turnover delle proteine
tessutali, o ancora alcuni amminoacidi possono essere bio-sintetizzati a partire da precursori
intermedi del metabolismo. Questo pool viene captato da tessuti e cellule e viene utilizzato per
produrre energia, oppure per sintetizzare composti azotati (metabolismo azotato), oppure
possono essere per sintetizzare le proteine.

FONTE DEGLI AMMINOACIDI


La fonte principale degli AA sono le proteine ingerite con la dieta o dalla degradazione di alcune
proteine che non servono più alla loro funzione o che sono state danneggiate, come un enzima o le
proteine strutturali.
La degradazione delle proteine avviene mediante tre processi:
• Digestione gastrointestinale per le proteine esogene
• Degradazione lisosomiale per alcune proteine cellulari
• Degradazione ubiquitina dipendente per le proteine cellulare

DIGESTIONE GASTROINTESTINALE
Devono intervenire gli enzimi proteolitici, i quali scindono i legami peptidico, esso richiede molta
energia dato che è un legame molto stabile. Gli enzimi coinvolti nella digestione sono la pepsina, la
quale che agisce a livello gastrico, gli enzimi pancreatici come la tripsina, chimotripsina ed
estastasi o altre come l’endo- ed esopeptidasi. Gli AA liberi vengono assorbiti a livello della
mucosa intestinale, trasferite al circolo sanguigno che li trasporta ai tessuti di utilizzo,
essenzialmente fegato e muscolo scheletrico (tessuto più ricco di proteine del nostro organismo).

DEGRADAZIONE LISOSOMIALE
Questa degradazione avviene a livello dei lisosomi, piccole vescicole che si trovano nelle cellule, in
queste vescicole sono presenti degli enzimi chiamati idrolasi, che scindono il legame peptidico.
Esse agiscono ad un pH5 e sono inattivi pH7. Questa proprietà rappresenta un meccanismo di difesa
da parte delle cellule in quanto se accidentalmente gli enzimi lisosomiali dovessero trovarsi nel
citoplasma, non potranno idrolizzare le proteine citoplasmatiche necessarie alla vita della cellula.

DEGRADAZIONE UBIQUITINA-DIPENDENTE
È un meccanismo di degradazione indipendente dai lisosomi e che prevede consumo di ATP. In
questo processo sono coinvolti una proteina denominata ubiquitina ed un complesso
multienzimatico definito proteasoma (contiene molti enzimi proteolitici) che possiede l’attività
proteolitica.
L’ubiquitina è una proteina ubiquitaria di piccole dimensioni (76 AA) che ha la funzione di
etichettare le proteine citoplasmatiche che devono essere idrolizzate. In alcuni casi può anche avere
una poli-ubiquitinazione.
CATABOLSIMO DEGLI AMMINOACIDI
Mentre gli zuccheri ed acidi grassi sono costituiti da C, H ed O
con prodotto finale di acqua + anidride carbonica, gli AA
presentano un gruppo alfa-amminico. L’eliminazione del
gruppo alfa-amminico porterà alla produzione di ammoniaca,
la quale è molto tossica per le nostre cellule; la rimozione del
gruppo Alfa-amminico avviene mediante reazioni di
transamminazione (essa non stacca il gruppo amminico ma
lo trasferisce ad un’altra molecola) e deamminazione (essa
invece libera dal gruppo la molecola). L’eliminazione dell’N
alfa-amminico sotto forma di ione ammonio o acido urico o di
urea (molecola molto solubile), a seconda degli organismi. Lo
scheletro carbonioso viene utilizzato per scopi metabolici, se
deve essere prodotta energia (ATP), finisce nel ciclo di Krebs
oppure per sintetizzare nuove molecole (ciclo dell’urea).

DESTINO DELL’AZOTO ALFA-AMMINICO


A differenza dello scheletro carbonioso, l’azoto alfa-amminico non viene utilizzato
per scopi energetici, ma prende parte, in misura ridotta alla biosintesi delle basi
azotate dei nucleotidi. La maggior parte di esso viene eliminato sotto forma di
ammoniaca, la cui sintesi non è dispendiosa (animali ammonioteilici, pesci),
oppure viene eliminata sotto forma di acido urico (rettili ed uccelli), oppure
dall’urea (mammiferi ed animali ureotelici). L’urea dal punto di vista chimico è
una diamide perché presenta una funzione carbonilico e due funzioni
amminidiche.

DEGRADAZIONE DEGLI ALFA-AMMINOACIDI


La degradazione avviene:
• in prevalenza nel fegato
• nel muscolo scheletrico dove durante il suo metabolismo e nel corso di
attività fisica utilizza glucosio ed acidi grassi ma in particolari condizioni come digiuno ed
esercizio fisico prolungato, può utilizzare anche gli AA a catena ramificata (BCAA →
leucina, isoleucina e valina)
• negli altri tessuti si può verificare la degradazione degli AA per scopi energetici, anche se
in maniera minore di carboidrati ed acidi grassi.
La prima tappa prevede la rimozione del gruppo alfa-amminico. Esso avviene in due passaggi e
si possono individuare alcuni tipi di reazioni metaboliche comuni più o meno a tutti i 20 AA:
1) reazione di transaminazione catalizzata da transamminasi, il gruppo alfa-amminico viene
spostato comportando la sintesi del glutammato o alanina e glutammina.
2) Reazione di deamminazione ossidativa del glutammato, dal glutammato viene eliminato il
gruppo amminico (utilizzato nel ciclo dell’urea), trasformato in alfa-chetoglutarato,
l’enzima che svolge questa reazione è il glutammato deidrogenasi.
la seconda tappa avviene nel fegato, dove lo ione ammonio è utilizzato per la sintesi dell’urea.
Quest’ultima è poi immersa nel torrente ematico ed escreta a livello renale nelle urine.

RIMOZIONE DEL GRUPPO ALFA-AMMINICO: LE TRANSAMMINASI


Le transamminasi o amminotransferasi sono enzimi che catalizzano il trasferimento reversibile
di un gruppo alfa-amminico da un AA ad un alfa-chetoacido, qui non vi è una deamminazione netta,
ovvero il gruppo amminico non viene eliminato ma viene semplicemente traferito. In seguito alle
reazioni di transamminasi, l’AA si trasforma nel chetoacido corrispondente e l’alfa-hetoacido
nell’AA corrispondente.
LA REAZIONI CATALIZZATA DALLE TRANSAMMINASI
La reazione essendo citosolica, in molte reazioni l’accettore del gruppo
amminico è l’alfa-chetoglutarato, il gruppo alfa-amminico (rosa) viene
trasferito dall’L-amminoacido nell’alfa-chetoglutarato attraverso
ammino-traferasi, le quali utilizzano come cofattore il
piridossalfosfato (PLP), traformandolo il L-glutammato. Questo
meccanismo è detto meccanismo a ping-pong perché è un meccanismo
a due substrati e due prodotti, il primo substrato che si va a legare è l’AA
(S1), il gruppo alfa-amminico viene traferito al PLP, si forma P1, viene
rilasciato alfa-chetoacido. S2 si lega al gruppo alfa-amminico presente il
PLP, il quale diventa P2. Le trasnsamminasi si differenziano nella prima
fase (legame con l’AA) per la specificità dei diversi AA con formazione
di diversi chetoacidi. Nella seconda fase invece, le amminotrasferasi
riconoscono essenzialmente solo tre chetoacidi: piruvato, ossalacetato
ed alfa-chetoglutarato. Le concentrazioni relative di tutte queste
molecole regolano la direzione di catalisi di questi enzimi che portano alla formazione, in maggior
misura, di glutammato (acido), aspartato (acido) ed alanina (molto solubile in acqua).

DEAMMINAZIONE OSSIDATIVA DEL GLUTAMMATO


La reazione avviene nel citoplasma
ed è caratterizzata dall’enzima
glutammico deidrogenasi che
provoca la rimozione di uno ione
ammonio e contemporaneamente
ossidazione dell’atomo di C a cui
esso era legato, da L-glutammato
viene prodotto alfa-

chetoglutarato. Viene utilizzato sia NAD+ sia NADP + come accettore


degli equivalenti riducenti. L’enzima funziona in equilibrio, pertanto le
concentrazioni relative dirigono la reazione. Lo ione ammonio viene
poi convertito in urea per essere escreto. La reazione inversa
(detossicazione) è importante per la rimozione dell’ammoniaca molto
tossica soprattutto a livello nervoso.

TRASPORTO DEI GRUPPI ALFA-AMMINICI AL FEGATO


Nel muscolo scheletrico vengono degradati gli AA, non è possibile
liberare lo ione ammonio perché viene usato per il ciclo dell’urea nel
fegato. Tutto avviene perché nel muscolo scheletrico viene prodotta
alanina, per azione delle transaminasi. Essa viene prodotta quando
viene utilizzato il piruvato come alfa-chetoacido. L’alanina dal muscolo entra nel fegato dove trova
un isoenzima di questa transaminasi che sposta il gruppo amminico dall’alanina all’alfa-
chetoglutarato producendo glutammato, e lo scheletro carbonioso del piruvato può essere utilizzato
per scopi anabolici. Dagli altri tessuti al fegato, i gruppi amminici sono trasportati sotto forma
glutammina, per eliminazione del gruppo amminico, il quale viene utilizzato nel fegato per la
sintesi dell’urea.

TRASPORTO DELLO IONE AMMONIO NEL CIRCOLO EMATICO


Lo ione ammonio è una specie molto tossica, pertanto non può essere trasportato liberamente nel
circolo ematico ma viene trasformato in altre molecole meno tossiche e più solubili. Dal muscolo
scheletrico al fegato è trasportata sotto forma di alanina che si ottiene mediante transaminazione del
piruvato, e questo ciclo è definito ciclo glucosio-alanina. Dagli altri tessuti al fegato è trasportata
sotto forma di glutammina. Nel fegato lo ione ammonio è incorporato nell’urea per essere
utilizzato nel ciclo dell’urea che poi è escreta con le urine a livello renale.

CICLO GLUCOSIO-ALANINA
Viene utilizzato come alfa-chetoacido il piruvato, esso viene transaminato ottenendo l’alanina, la
quale attraverso il torrente ematico raggiunge il fegato, l’alanina trova un ulteriore transaminasi
ovvero l’alanina amminotraferasi che è un isoenzima dell’alanina amminotraferasi che si trova
nel muscolo scheletrico.
l’alanina amminotraferasi
che si trova nel fegato
catalizza la reazione
opposta, traferisce il
gruppo alfa-amminico
dall’alanina all’alfa-
chetoglutarato formando
glutammato e piruvato.
Quest’ultimo può essere
utilizzato per la sintesi del
glucosio, e poi sintesi del glicogeno. Il glutammato rilascerà lo ione ammonio mediante il
glutammico-deidrogenasi per poi sintetizzare l’urea.

TRASPORTO DELL’AMMONIACA FORMATA IN ALTRI TESSUTI


Negli altri tessuti, il gruppo alfa-amminico viene incorporata nell’N ammidico del gruppo R della
L-glutammina attraverso
la glutammina sintasi la
quale avviene in due tappe
e richiede ATP. La
glutammina una volta
arrivata al fegato, al cui
interno è presente la
glutamminasi, la quale
libera ione ammonio e
produce glutammato.

IL CICLO DELL’UREA
È un processo che porta alla fissazione degli ioni ammonio tossici con la formazione di urea che
viene poi eliminata con le urine.
L’urea è una diamide perché
presenta una funzione
carbonilica la quale deriva
dallo ione carbonato, poi
presenta due funzioni
ammidiche che derivano
dall’ammoniaca (rossa), mentre l’altra deriva dall’aspartato (verde)
Le reazioni del ciclo dell’urea sono cinque di cui due sono mitocondriali e tre citoesoliche, al
ciclo dell’urea partecipano 2 AA non proteinogenici ovvero la citrullina ed ornitina,
Sintetizza la reazione del carbamil-fosfato dallo
ione ammonio e bicarbonato, e richiede energia.
Il carbamil-fosfato reagisce con l’ornitina
producendo citrulina, essa esce dal mitocondrio
tramite un trasportatore specifico reagisce con
l’aspartato e si forma argininsuccinato. Da esso
mediante la fuoriuscita di fumarato, l’arginina,
essa viene scissa tramite idrolisi da un’arginasi e si
libera l’urea da cui si rigenera l’ornitina. Il ciclo
dell’urea è strettamente connesso al ciclo di Krebs,
viene prodotto fumarato (intermedi del ciclo di
Krebs).

DEGRADAZIONE DELLO SCHELETRO


CARBONIOSO DEGLI AA
Lo scheletro carbonioso degli AA viene trasformato
in intermedi di vie metaboliche. Sulla base del tipo
di intermedio prodotto si possono distinguere due classi di amminoacidi, glucogenici i quali hanno
ruolo anabolico perché sintetizzano glicosio, e chetogenici perché producono acetil-CoA che può
essere utilizzato per la sintesi dei corpi chetonici. Gli amminoacidi glucogenici vengono degradati
a piruvato, alfa-chetoglutarato, succinil-CoA oppure ossalacetato, tutte queste molecole sono
intermedi che si trovano nel ciclo di Krebs (metabolismo glucidico) che ha natura anfibolica.
Gli amminoacidi chetogenici vengono degradati ad acetil-CoA, oppure acetoacetato, queste
molecole sono invece coinvolti nel metabolismo di grassi. Lo scheletro carbonioso degli
amminoacidi può portare alla produzione di intermedi del metabolismo che possono contribuire sia
alla sintesi di ATP sia essere utilizzata per la sintesi di altre biomolecole.

BIOSINTESI DEGLI AMMINOACIDI


Gli amminoacidi vengono
classificati in essenziali e non
essenziali (devono essere assunti
con l’alimentazione) e dipendono
dalla capacità degli organismi di
sintetizzarli. Gli amminoacidi non
essenziali vengono sintetizzati
attraverso vie semplici che partono
da quattro intermedi metabolici
comuni: piruvato, ossalacetato,
alfa-chetoglutarato e 3-
fosfoglicerato.
Le vie metaboliche degli amminoacidi essenziali, l’uomo non possiede gli enzimi per sintetizzare
questi amminoacidi, però questi amminoacidi essenziali sono abbondati nelle piante, vegetali.

CATENA DI TRASPORTO DEGLI ELETTRONI E FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA


Questa via di trasporto richiede il trasferimento degli equivalenti riducenti (elettroni e protoni), dal
NADH e dal FADH2 , che partecipano alle reazioni redox delle vie cataboliche, i quali sono traferiti
fino all’ossigeno molecolare mediante una serie di trasportatori di elettroni localizzati sulla
membrana mitocondriale interna, mentre nel caso di cellule procariotiche dove manca il
mitocondrio, questi trasportatori degli elettroni sono localizzati nella membrana plasmatica

IL MITOCONDRIO
Il mitocondrio è la sede di tutti i processi ossidativi della cellula perché la beta-ossidazione si
verifica nella matrice mitocondriale, il ciclo di Krebs si verifica nel mitocondrio, due reazioni del
ciclo dell’urea avvengono nel mitocondrio. Il numero di mitocondri presenti nella cellula varia in
base al tipo di cellula, per esempio nelle fibre rosse del
muscolo scheletrico, il numero dei mitocondri è molto
elevato.
Il mitocondrio è formato da:
• Una membrana mitocondriale esterna →
permeabile dalla maggior parte delle molecole di circa
10 kDa (kilo Dalton)
• Una membrana mitocondriale interna→
presenta molte creste o invaginazioni, essa è
permeabile solo all’ossigeno molecolare, anidride
carbonica ed acqua perché essa è costituita per circa il
75% del suo peso da proteine, impiegate sia nel trasporto attivo dei metaboliti attraverso la
matrice, sia nel trasporto di elettroni. Essa inoltre separa il contenuto della matrice da quello
del citoplasma, compartimentalizzando le funzioni metaboliche associate
• Creste → hanno il compito di aumentare la superficie di questa membrana, in modo da
delimitare due compartimenti:
- La matrice (rosso)
- Spazio inter-membrana (verde) → la sua composizione è simile a quella del citosol.

LA CATENA DI TRASPORTO DEGLI ELETTRONI


I trasportatori degli elettroni sono rappresentati da complessi multiproteici più centri-ferro-zolfo,
e costituiti da più di 30/40 catene polipeptidiche.
Troviamo il complesso I, III ed il complesso IV, ed il complesso II, il quale ha una localizzazione
diversa dagli altri tre, un
complesso associato al versante
della matrice della membrana
mitocondriale interna. Troviamo
dei trasportati piccoli,
rappresentati da l’ubichinone o
coenzima-Q (CoQ), che è un
trasportatore mobile, perché
presenta una natura lipidica e
mediante la sua coda isoprenica
si sposta a livello del doppio
strato di fosfolipidi. Tra il
complesso III e IV si trova un
citocromo-C (CytC), ovvero una
proteina che contiene un gruppo prostetico, simile al gruppo EME, che trasferisce gli elettroni dal
complesso III al IV. Questo complesso è coinvolto nella riduzione dell’ossigeno molecolare ad
acqua.
Il NADH trasferisce gli elettroni al complesso I e viene subito riossidato a NAD+ , questi elettroni
attraverso il complesso I vengono traferiti al CoQ, il quale raccogli anche gli elettroni del
complesso II, il quale contiene come gruppo prostetico il FADH2 riossidato a FAD. Gli equivalenti
riducenti vengono traferiti al complesso III, i quali attraverso il CytC, raggiungono il complesso IV,
dal quale vengono traferiti all’ossigeno molecolare, contemporaneamente si verifica un
trasferimento di protoni (frecce rosse) dalla matrice allo spazio inter-membrana, alcuni di questi
complessi vengono chiamati pompe protoniche perché traferiscono protoni. La prima pompa è
rappresentata dal complesso I che trasferisce 4 protoni, anche il complesso III trasferisce 4 protoni,
mentre il complesso IV traferisce solo 2 protoni. Il complesso I è chiamato complesso NADH
perché ossida il NADH deidrogenasi, il complesso II è il complesso del succinato-deidrogenasi
(complesso del ciclo di Krebs), il complesso III è detto complesso Q-citocromo-c, ossido-reduttasi,
mentre il complesso IV detto complesso citocromo-c ossidasi.

POMPE PROTONICHE
Esse sono associate al passaggio
degli elettroni, le pompe
protoniche traferiscono protoni
dalla matrice mitocondriale allo
spazio inter-membrana. Si verifica
una doppia modifica
conformazionale a carico del sito
del complesso che accetta gli
elettroni.

COMPLESSO II
Trasferisce gli elettroni dal FADH2 al CoQ. Questo complesso multiproteico è costituito dalla
succinato-deigrogenasi, un enzima del ciclo di Krebs, con tre centri ferro-zolfo e un citocromo
come il citocromo𝑏560 . I citocromi sono ferro-proteine che contengono gruppi EME, che derivano
dalla protoporfirina IX (anello simile a quello dell’Mb ed Hb). A differenza della Mb ed Hb, i
gruppi EME dei citocromi sono legati covalentemente mediante legami tioetere tra i loro residui
vinilici e due residui di cisteina.

L’UBICHINONE
Il CoQ o ubichinone, di natura lipidica, costituisce il punto di raccolta primario degli elettroni
proveniente sia coenzimi ridotti NADH e FADH2 . La forma ridotta del CoQ è detta ubichinolo
(QH2 ). Il CoQ è associato anche alla navetta del glicerofosfato, per cui gli equivalenti riducenti del
NADH citoplasmatico, della glicolisi, producono una molecola in meno di ATP

COMPLESSO III
Questo complesso multiproteico contiene un centro ferro-zolfo e tre citocromi, due citocromi-b ed
un ciocromo-c1. esso trasferisce gli elettroni dell’ubichinolo al citocromo-c. gli elettroni passano
dal complesso III al IV sulla superficie della membrana mitocondriale interna.

COMPLESSO IV
Esso traferisce gli elettroni dal citocromo-c all’ossigeno molecolare, che viene ridotto ad acqua.
Anche qui è un complesso multiproteico e contiene quattro centri redox: due citocromi, un
citocromo-a ed un citocromo-a3, e due ioni rame. Trasferisce quattro elettroni provenienti da
quattro molecole di citocromo-c diverse secondo la reazione:

La riduzione dell’ossigeno con quattro elettroni avviene mediante centri redox che trasportano un
solo elettrone per volta e deve avvenire senza la formazione di intermedi ridotti incompleti il
perossido di H (H2 O2 ) e radicali ossidrilici (-OH) specie molto reattive (ROS) che andranno ad
attaccare le altre biomolecole delle cellule

LA TEORIA CHEMIO-OSMOTICA
I complessi I, III, e IV generano
un gradiente elettrochimico tra
l’interno e l’esterno della
membrana mitocondriale
interna con un pH maggiore
all’interno del mitocondrio. Il
gradiente elettrochimico (forza
motrice protonica) alimenta la
sintesi di ATP mediante il
secondo ingresso dei protoni
nella matrice attraverso l’ATP
sintasi, (complesso V) questo
ingresso è chiamato teoriche chemio-osmotica. Il gradiente generato costituisce una forza motrice
protonica che contribuisce a fornire energia per la sintesi di ATP.

FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA
Si produce un eccesso di ioni H + che sono rilasciati attraverso la membrana dalle pompe
protoniche. Si genera un gradiente di pH e quindi elettrochimico (∆E) associabile ad una variazione
di energia libera.
∆G = - n*F*∆E
n → numero agenti riducenti
F → costante
L’energia libera ottenuta viene accoppiata alla sintesi di ATP, e questa relazione spiega perché
dall’ossidazione del NADH si ottengono un numero superiore di ATP rispetto all’ossidazione del
FADH2 .

ATP SINTASI
Si ha a che fare con un complesso multiproteico molto grande che
presenta una testa o pomello che sporge all’interno della matrice
mitocondriale, vengono distinte due
componenti principali, identificate con F1 e
Fo, separando F1 con Fo, F1 che è la porzione
estrinseca, rappresenta la parte solubile e non
è più in grado di sintetizzare ATP ma
acquistava la capacità di idrolizzarla ad ADP e
Pi. Fo (insolubile in acqua) è un canale
protonico trans-membrana collegato da uno
stelo ed un braccetto alla componente F1.
F1, la porzione catalitica ovvero la porzione dotata di capacità
enzimatica, è costituita da tre protomeri identici contenenti due sub-unità
ciascuno (alfa e beta). Ogni sub-unità beta ha un sito catalitico per la sintesi di ATP. La sub-unità
gamma, in contatto con sub-unità beta vuota, ed è un asse centrale che attraversa tutto il complesso
Fo. Le due sub-unità b di Fo si associano alle sub-unità alfa e beta di F1 mantenedole fisse rispetto
alla membrana.

CATALISI ROTAZIONALE
La sintesi dell’ATP è accoppiata al flusso di H + attraverso Fo. Il flusso di
H + attraverso Fo provoca la rotazione di Fo, la rotazione non continua a F1
ma si blocca grazie ai componenti b. l’energia generata da Fo, viene
utilizzata per modificare gli stati conformazionali dei siti catalitici delle
sub-unità beta. i tre protomeri identici esistono in tre stati
conformazionali:
• Stato O (aperta) → con affinità molto bassa per i ligandi e
cataliticamente inattiva (rilascia ATP)
• Stato L (rilassata) → più chiusa, lega debolmente i ligandi e
cataliticamente inattiva (rilascia ATP)
• Stato T (compatta) → chiusa con alta affinità per i ligandi
cataliticamente attiva (non rilascia ATP)
La sintesi dell’ATP avviene in tre
tappe, tutte richiedono energia,
energia che viene sfruttata per cambi conformazionali in
quanto si assiste alla conversione di diversi tre dimeri dalla
forma L alla forma T, dalla forma T alla O e dalla O alla L.
ADP e Pi si legano alla conformazione L cataliticamente
inattiva. L’ATP è sintetizzato a livello della forma T e
rilasciato nella forma O.

MECCANISMO DELLA MODIFICAZIONE DEL LEGAME DELL’ATP


L’energia fornita dal passaggio di protoni attraverso la componente Fo provoca la rotazione dello
stelo centrale (gamma) che è in contatto con ciascun dimero alfa-beta, generando cambi nella
conformazione dei siti catalitici. La rotazione di Fo non è continua ma avviene in tre tappe distinte,
ognuna di 120°. Ad ogni rotazione corrisponde il rilascio di una molecola di ATP, il legame di
ADP e fosfato e la sintesi di ATP.

BILANCIO ENERGETICO DELL’OSSIDAZIONE DEL GLUCOSIO


Nella catena respiratoria,
la riossidazione di
NADH* produce 2,5
ATP e la riossidaazione
del FADH2 produce 1,5
ATP.
*viene utilizzata la
navetta e di consegue da
2,5 → 1,5

GLI AGENTI
DISACCOPPIANTI
L’accoppiamento tra
trasporto degli elettroni
all’ossigeno molecolare e
la fosforilazione ossidativa dipende dalla impermeabilità della membrana mitocondriale interna al
passaggio di protoni. Il 2,4-dinitrofenolo (DNP) è un acido debole lipofilo (può cedere e rilasciare
protoni), che nel suo stato neutro attraversa facilmente le membrane. In un gradiente di pH, il DNP
lega i protoni sulla parte più acida della membrana, diffonde attraverso di essa rilasciando i protoni
sul lato alcalino, comportandosi come uno ionoforo trasportatore di elettroni, dissipando il
gradiente protonico.
Nel 1920 il DNP fu usato come pillola dietetica perché aveva le capacità di indurre la perdita di
peso ma causava effetti collaterali mortali. Uno ionoforo che si comporta come il DNP è detto
agente disaccoppiante perché disaccoppia la fosforilazione ossidativa dal trasporto di elettroni
dalla sintesi di ATP, ossia dissipa il gradiente elettrochimico protonico. In condizioni fisiologiche,
questo meccanismo è utilizzato per produrre calore termogenesi.

GENERAZIONE DI CALORE MEDIANTE


DISACCOPPIAMENTO
La produzione di calore è una funzione fisiologica del tessuto
adiposo bruno (tessuto ricco di mitocondri), presente nel collo
e nella parte superiore del dorso dei mammiferi privi di
pelliccia (neonati) e quelli che vanno in ibernazione, dato che
hanno scorte di acidi grassi per sostenere il metabolismo basale
sia per mantenere constante la temperatura corporea. Esso viene
prodotto dalle proteine disaccoppiante (UCP1) o
termogenina perché porta calore. Essa forma un canale
protonico nella membrana mitocondriale interna, attraverso di
esso i protoni rientrano nella matrice così da produrre meno
ATP, una parte di energia viene dispersa, mentre un’altra parte
viene rilasciata sotto forma di calore.

TESSUTO MUSCOLARE
Il tessuto muscolare ha la funzione di garantire i movimenti volontari ed involontari (organi)
dell’organismo. Sulla di base delle caratteristiche strutturali funzionali e di localizzazione, si può
classificare in tre tipi:
• Scheletrico o striato sotto il controllo del sistema nervoso centrale (SNC), volontario,
controlliamo i movimenti
• Cardiaco il quale è involontario
• Liscio anch’esso involontario, ed innervati dal sistema nervoso autonomo o vegetativo.

TESSUTO MUSCOLARE SCHELETRICO


Esso presenta cellule, chiamate anche miociti sono molto allungate e fusiformi, contengono molti
nuclei, i quali si trovano alla periferia della cellula, e presenta striature molto evidenti

A) Sezione traversale dove si trova tessuto connettivo, si distinguono i nuclei, presenta di


tessuto adiposo sparso tra i diversi fascicoli muscolari
B) Sezione longitudinale, anche qui si nota la presenza delle fibre delle cellule, che sono
allungate e parallele tra loro e mostrano un’organizzazione molto ordinata, c’è una
membrana plasmatica chiamata
sarcolemma, un reticolo
chiamato tubuli T. questo
tessuto muscolare è innevato, ci
sono dei motoneuroni che
finiscono nella placca neo-
muscolare o giunzione neo-
muscolare a livello della quale
viene trasmesso sia impulso elettrico sia il mediatore chimico, nel caso del tessuto
muscolare scheletrico è rappresentato dall’acetil-coelina.
La caratteristica peculiare del tessuto muscolare scheletrico è quella di contenere delle cellule che
sono dei sincizi, mentre tutte le cellule del nostro organismo contengono un solo nucleo, i miociti
contengono più nuclei dato che sono originati dall’unione di più cellule. Questo tipo di
organizzazione fa si che l’impulso nervoso venga propagato in maniera molto efficiente, con la
massima velocità e elevata precisione.

LIVELLI DI ORGANIZZAZIONE
L’organizzazione strutturale delle biomolecole è di tipo gerarchico, che i livelli di organizzazione
sono correlati tra loro. Se si considera un singolo muscolo è delimitato da una membrana connettiva
chiamata epimisio, all’interno del muscolo si trovano fascicoli muscolari o fascio di fibre, ognuno
di esso è delimitato da una membrana definita perimisio, all’interno di questo fascicolo troviamo le
fibrocellule muscolari, delimitati anch’esso da una membrana definita endomisio. Le fibrocellule
al proprio interno contengono numerose miofibrille disposte in maniera parallela tra loro e
longitudinali, esse sono un aggregato proteico,
e lungo la miofibrilla si distinguono porzioni
diverse tra loro definite sarcomeri, delimitati
da un bandeggio chiamata linea Z. Le
miofibrille sono costituite da proteine alcune
dette contrattili perché sono le proteine
responsabili della contrazione muscolare ed
altre dette regolatotrici perché hanno un ruolo
di innesco nella contrazione del muscolo, altre
proteine strutturali che ancorano i sarcomeri
alle membrane tenendo unita tutta questa
struttura.

STRUTTURA MIOFIBRILLA
L’organizzazione regolare ed intervallata delle miofibrille nei saromeri e data dalla disposizione di
due miofilamenti, i quali sono molto lunghi e
sono disposti in maniera parallela tra loro. Essi
sono costituiti da diverse proteine tra cui le due
più abbondanti sono:
• Miosina che costituisce il filamento
spesso
• Actina che costituisce il filamento
sottile
Il sarcomero è delimitato dalle linee Z, da esse
partono i filamenti sottili che vanno nella parte
centrale definita linea M, i filamenti spessi
sono disposti al centro del sarcomero, rendendolo simmetrico. Al microscopio si sono individuate
delle bande: la banda A (amisotropa) e banda I (isotropa). Nella banda I si trovano solo i
filamenti sottili, mentre nella banda A si trovano sia le zone di sovrapposizione tra actina e
miosina, sia le porzioni di filamenti di actina.

CARATTERISTICHE STRUTTURALI DELLE PROTEINE CONTRATTILI: MIOSINA


La miosina ha una struttura quaternaria
ed è una proteina oligomerica a sei sub-
unità: due catene pesanti identiche
(MHC: 200kDa) e due coppie di due
catene leggere differenti (MLC: 15 e 27
kDa). Le catene pesanti sono costituite da
una porzione fibrosa contenente lunghe
catene ad alfa-eliche (code) che si intrecciano a due
porzioni globulari (teste) a cui si legano le due coppie
di catene leggere. Questo tipo di disposizione è molto
importante a livello della contrazione muscolare,
perché a livello della testa della miosina è presente
un’attività enzimatica, ATPasica.

CARATTERISTICHE STRUTTURALI
DELL’ACTINA
Essa è una proteina globulare che in presenza di ioni magnesio tende a polimerizzare formando la
sua forma fibrosa definita actina F, con struttura elicoidale. L’actina non è una proteina che si trova
solo nel sistema muscolare scheletrico, ma è una proteina detta “del citoscheletro”, situata in tutte
le cellule. Ogni monomero di actina G può legare una molecola di ATP o di ADP. All’actina F si
legano altre due proteine, la
tropomiosina e la troponina,
la prima ha un ruolo strutturale
mentre la seconda regolatrice.

ALTRE PROTEINE
La tropomiosina (filamento grigio) è una proteina filamentosa costituta da due sub-unità differenti
(alfa e beta) disposte nel solco tra le due eliche di actina F. la troponina (sfere gialle) è formata da
tre sub-unità, ognuna di esse prende il nome dalla propria funzione:
• Troponina T TnT, lega la
tropomiosina
• Troponina I TnI (inibitoria)
impedisce il legame tra actina
e miosina inibendo l’attività
ATPasica
• Troponina C TnC (calcio) presenta elevata affinità per gli ioni Ca, i quali sono rilasciati
dalle vescicole nella cellula. Esso è un modulatore allosterico perché interferisce con la
struttura terziaria della proteina, e andrà a spostare la TnI, facendo interagire tra loro la
miosina ed actina
Ogni molecola di tropomisina interagisce con sette monomeri di actina G. L’interazione actina-
tropomiosina, in condizioni di riposo, nasconde i siti di legame dell’actina per la miosina. La
contrazione muscolare prevede la dissociazione del complesso, ovvero lo smascheramento del sito
di legame di ioni tra actina e miosina, che si basa sul legame di ioni calcio alla troponina C, che
vengono liberati in seguito alla propagazione dell’impulso nervoso.
TITINA
Essa è la proteina più grande conosciuta (3,7MDa) che si dispone parallelamente ai filamenti di
actina e miosina. La sua estremità N-terminale è ancorata alla linea Z mentre l’estremità C-
terminale arriva sino alla linea M. Essa è coinvolta nell’assemblaggio e nel mantenimento della
struttura delle fibrocellule.

NEBULINA
Essa è una proteina regolatrice e regola la lunghezza dell’actina F

DISTROFINA
La quale ancora queste strutture al sarcolemma, l’alterazione di questa proteina porta a patologie
del tessuto muscolare

ALFA-ACTININA
Sono proteine situate in fibre muscolari che vengono subito attivate, subito si contraggono,
nell’attività fisica. Esistono 4 forme e la isoforma-3 viene espressa nelle fibre veloci.
Sperimentazioni riportano la correlazione tra l’iper-espessione di tale isoforma e le performances
dei velocisti ovvero doping genico.

TEORIA DELLO SCORRIMENTO DEI FILAMENTI


La contrazione muscolare
è basata sul meccanismo
reciproco dei filamenti
spessi e sottili presenti nei
sarcomeri. A riposo la
dimensione media di un
sarcomero è di 2,5 micro.
In seguito alla contrazione
si verifica l’accorciamento della lunghezza dei sarcomeri fino a circa 1 micro. Scompaiono le
bande I, filamenti sottili, e le zone H e le linee Z si avvicinano. Il meccanismo molecolare
prevede che le teste della miosina si spostano (colpo di forza) si attacca con le teste (presenza
enzimatica) all’actina e provoca lo spostamento dei filamenti di actina provocando l’accorciamento.
Le sequenze di eventi che si verificano sono:
• Il rilascio di ioni calcio dalle cisterne nel sarcoplasma legandosi alla TnC
• Si verifica il legame tra actina e miosina, con induzione dell’attività ATPasica, producendo
ADP e Pi i quali restano legati
• Una parte dell’energia viene utilizzata a carico delle teste della miosina per il colpo di
forza, in seguito alla dissociazione del Pi,
• Si scambia ADP-ATP per riottenere la forma attiva della miosina, il quale provoca il
distacco della miosina dall’actina.
• Questo processo termina quando gli ioni calcio tornano nelle cisterne e il sarcomero torna
nella sua condizione di riposo
L’energia liberata dell’idrolisi dell’ATP (reazione esoergonica) viene utilizzata per innescare delle
modifiche conformazionali a carico della testa della miosina.

CLASSIFICAZIONE DELLE FIBRE MUSCOLARI


Sulla base delle loro caratteristiche, le fibre vengono classificate in:
• Fibre lente di tipo I, a bassa velocità ossidativa, o fibre rosse (per la presenza di
mioglobina e mitocondri): provvedono alla sintesi dell’ATP per via aerobica mediante
fosforilazione ossidativa mitocondriale ovvero elevato numero di mitocondri.
• Fibre rapide di tipo II, fibre bianche (poco vascolarizzate), o fibre ad alta velocità
glicolitica: producono ATP in modo anaerobico attraverso la via glicolitica che può essere
di tipo lattacida o alattacida.
I diversi muscoli striati presentano diversa composizione di tali fibre muscolari. Essa può variare
anche in base ad età, sesso, condizioni fisiche, allenamento (iperplasia ovvero l’aumento di
miociti, nel muscolo esistono cellule chiamate cellule satelliti, esse possono fondersi ai fasci
muscolari e si ottiene o iperplasia ovvero l’aumento del numero di fibre, sia ipertrofia, ovvero
l’aumento del volume della fibrocellula).

FONTI ENERGETICHE DELLA CONTRAZIONE MUSCOLARE


La sintesi dell’ATP per la contrazione muscolare viene classificata in base a tre meccanismi diversi
• MECCANISMI ANAEROBICI che si verificano indipendentemente dall’apporto di
ossigeno
- Alattacidi sono i
primi meccanismi che
intervengono, nei
primi secondi
- Lattacidi durano per
circa 15/20 minuti,
dopo si arrestano
perché il glucosio si è
quasi esaurito, e
liberati gli acidi grassi
• MECCANISMI AEROBICI utilizzano gli acidi grassi liberati precedentemente
La prevalenza di tali meccanismi dipende dal tipo di muscolo scheletrico e dal lavoro da esso
svolto.

MECCANISMI ANAEROBICI ALATTACIDI


Consistono nella sintesi di ATP da fostocreatina o mediante attività miochinasica
In condizioni di riposo, l’ATP viene utilizzato per sintetizzare delle scorte di fosfocreatina (PCr),
che è una molecola che contiene un legame ad alto contenuto energetico, dunque viene scisso ATP.
L’enzima che scinde si chiama creatin-chinasi (CK). Questo enzima è in grado di catalizzare la
reazione inversa e reversibile. Quando si compie un lavoro, l’enzima scinde il fosfato, e lo
trasferisce all’ADP, la quale diventando ATP, si ottiene creatina. I livelli di PCr nel muscolo sono
3-5 volte superiori a quelli di ATP.

MIOCHINASI
L’enzima miochinasi non è altro che un adenilato-chinasi muscolare.
La reazione prende un gruppo fosfato e la traferisce all’altra, anch’essa è reversibile e all’equilibrio.
Questa reazione contribuisce a mantenere constate la concentrazione di ATP. Quindi durante uno
sforzo muscolare di breve durata, il consumo di ATP porterà ad una produzione più significativa
di AMP, essa si comporta da modulatore allosterico, perché si va a legare ad altri siti di legame
presenti sugli enzimi e va ad attivare o inibire quell’enzima. Quindi le concentrazioni di AMP
aumentano, occorre energia, rappresenta un ottimo segnale energetico per la cellula. Essa attiva:
• Fosfofruttochinasi-1 (PFK-1 → glicolisi)
• Glicogeno-fosforilasi → metabolismo del glicogeno
La PFK-1 catalizza la fosforilazione ATP-dipendente del Fruttosio -6-P in fruttosio-1,6-bis-fosfato
nella fase di investimento energetico della glicolisi. L’attivazione allosterica dell’enzima provoca
un aumento della velocità di tutta la via glicolitica utile in condizioni di elevata richiesta energetica.
Aumentate le concentrazioni di AMP sono in grado di incrementare l’ingresso di acil-CoA
all’interno del mitocondrio, provocando un aumento del flusso dei substrati della beta-
ossidazione nella lipolisi.

MECCANISMI ANAEROBICI LATTACIDI


Si attivano dopo pochi secondi dall’inizio di un esercizio intenso, dopo che la concentrazione di PCr
si è molto ridotta. In tali condizioni, il muscolo utilizza le riserve di glicogeno per produrre ATP,
attraverso la glicolisi anaerobica, infatti durante un esercizio intenso, la velocità di trasporto
dell’ossigeno e la bassa velocità di ossidazione dl ciclo di Krebs e della fosforilazione
ossidativa, non sono compatibili con la velocità di utilizzo dell’ATP a livello muscolare.

UTILIZZO DEL LATTATO


In seguito all’immissione nel torrente circolatorio, la sua rimozione potrà avvenire mediante i
recettori, entra nel circolo ematico dove raggiunge gli altri organi, come il fegato dove il lattato
viene convertito in piruvato, in condizioni di riposo viene utilizzato per la gluconeogenesi. Questo
ciclo è chiamato Ciclo di Cori il quale rappresenta un destino anabolico del lattato. Quando il
lattato esce da una fibra
bianca, può essere captato
dalle rosse, le quali hanno
un metabolismo
prevalentemente
ossidativo, oppure può
essere captato dal cuore, il
quale lo usa durante
l’attività fisica.

MECCANISMI AEROBICI
Per innescarli occorre dell’apporto di ossigeno, che viene trasportato dall’Hb, la quale cede
ossigeno alla Mb, che è la forma di deposito dell’ossigeno. Essi sono basati sull’utilizzo di
carboidrati, acidi grassi e amminoacidi per produrre energia, deve essere presente l’ossigeno, perché
nella fase finale del meccanismo aerobico, l’ATP, viene ridotto ad acqua. Questi meccanismi si
verificano quando si compie un’attività di media e lunga durata che deve essere superiore ai 20
minuti per poter consumare acidi grassi. Questi meccanismi aerobici si attivano in prevalenza per
masse muscolari ben vascolarizzate, dove deve arrivare l’ossigeno, ricche di mitocondri e si
verificano nelle fibre rosse o lente. La prevalenza del tipo di meccanismo dipende dal tipo di
muscolo scheletrico e dal lavoro da esso svolto.

MECCANISMI AEROBICI DI SINTESI DELL’ATP


Nelle prove di lunga durata ma di intensità non massimale come la maratona, l’energia viene fornita
dalla ossidazione aerobica di carboidrati, acidi grassi ed amminoacidi.
Il glucosio è presente sotto forma di glicogeno sia nel muscolo scheletrico che nel fegato. Il
glicogeno presente nel muscolo scheletrico è ad uso del muscolo scheletrico (G6P), mentre il
glicogeno nel fegato ha un ruolo di regolazione glicemico, ed il fegato rilascia nel sangue glicogeno
libero grazie all’enzima G6P-fosfatasi. Le vie cataboliche del glucosio sono la glicolisi, essa
produce piruvato che si ossida e si trasforma in Acetil-CoA, il quale finisce nel ciclo di Krebs.
Il rilascio degli acidi grassi dai trigliceridi nel tessuto adiposo, si ottengono gli acidi grassi liberi,
trasportati nel torrente ematico attraverso l’albumina, e raggiungono il muscolo scheletrico. Essi
vengono demoliti mediante la beta-ossidazione che produce acetil-CoA, il quale entra nel ciclo di
Krebs.
In condizioni particolari possono essere utilizzati anche gli amminoacidi, la loro ossidazione
avviene nel fegato e nel muscolo scheletrico. La loro ossidazione porta prima l’eliminazione del
gruppo alfa-amminico mediante la transamminazione e la deamminazione ossidativa, il gruppo
alfa-amminico una volta liberato viene utilizzato per la sintesi dell’urea, mentre la catena
carboniosa dell’AA, quando deve essere prodotta energia entra nel ciclo di Krebs.
Il catabolismo produce NADH e FADH2 che attraversano la catena respiratoria portando alla sintesi
di ATP mediante fosforilazione ossidativa
Laurea in Scienze delle Attività Motorie,
Sportive e dell’Educazione Psicomotoria (L-22)

Corso di Biochimica del Movimento


6 CFU - 36 ore
Anno Accademico 2020-2021
Gruppo Matricole Dispari

Prof.ssa Rosaria ARCONE


Ricevimento studenti:
- da prenotare via e-mail a: rarcone@unisa.it

Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento


Programma d’Esame (1)
INTRODUZIONE ALLA BIOCHIMICA. Legami chimici, interazioni molecolari e
reazioni chimiche. La molecola d’acqua, soluzioni e pH. Sistemi tampone fisiologici.
Composti del carbonio: gruppi funzionali e reattività.
PROTEINE. Amminoacidi, legame peptidico e proteine: livelli d’organizzazione
strutturale, struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria. Le proteine che
legano l’ossigeno: struttura e funzione della mioglobina ed emoglobina; effetto Bohr.
Proteine fibrose: collagene e cheratine. Le proteine contrattili: miosina, actina,
troponina e tropomiosina. ENZIMI: catalisi enzimatica, cinetica (Km e Vmax);
regolazione dell’attività (inibizione ed inattivazione). Enzimi allosterici ed isoenzimi.
Meccanismi di regolazione allosterica e covalente.
BIOENERGETICA E METABOLISMO. Reazioni esoergoniche, endoergoniche ed
accoppiate. Ruolo dell'ATP, di altri composti fosforici e flusso di energia. Vie anaboliche,
cataboliche ed anfiboliche.
METABOLISMO GLUCIDICO. Struttura, classificazione e funzione dei carboidrati.
Monosaccaridi, disaccaridi e polisaccaridi di riserva (amido e glicogeno). Glicolisi:
reazioni, bilancio energetico e regolazione. Destino anaerobico del piruvato:
fermentazione alcolica e lattica. Metabolismo del lattato e ciclo di Cori. Destino aerobico:
decarbossilazione ossidativa e sintesi di Acetil-CoA. Metabolismo del glicogeno e
regolazione ormonale: adrenalina, glucagone ed insulina. Cenni sulla gluconeogenesi e
via del pentosio-fosfato.
Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento
Programma d’Esame (2)
CATABOLISMO OSSIDATIVO. Ciclo di Krebs: reazioni, bilancio energetico e
regolazione; e reazioni anaplerotiche. La catena di trasporto degli elettroni e
fosforilazione ossidativa, termogenesi.

METABOLISMO LIPIDICO. Struttura, classificazione e funzione dei lipidi. Acidi grassi


e lipidi di riserva: trigliceridi. Lipidi di membrana: fosfolipidi. Il colesterolo. Digestione
ed assorbimento dei lipidi. Lipolisi e catabolismo degli acidi grassi: ruolo della carnitina
nel trasporto intra-mitocondriale degli acidi grassi e beta-ossidazione. Bilancio
energetico. Sintesi ed utilizzo dei corpi chetonici. Cenni sulla biosintesi degli acidi grassi e
sul metabolismo del colesterolo ed acidi biliari.

METABOLISMO PROTEICO. Degradazione delle proteine e degli amminoacidi:


destino del gruppo alfa amminico (reazioni di transaminazione e deamminazione
ossidativa) e dello scheletro carbonioso (amminoacidi glucogenici e chetogenici).
Trasporto del gruppo alfa-amminico dai tessuti al fegato: glutammina e ciclo glucosio-
alanina. Ciclo dell’urea e regolazione.

BIOCHIMICA DELLA CONTRAZIONE MUSCOLARE. Classificazione delle fibre


muscolari. Sistemi energetici: meccanismo anaerobico-alattacido e lattacido; meccanismi
aerobici.

Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento


Libri di testo
• Nelson D.L., Cox M.M. “Introduzione alla Biochimica di Lehninger” – Ed.
Zanichelli.

• Baynes J.W., Dominiczak M.H. “Biochimica per le discipline biomediche” – Ed.


Ambrosiana.

• Di Giulio A., Fiorilli A., Stefanelli C. “Biochimica per le Scienze Motorie” – Ed.
Ambrosiana.

Testi utili per l’approfondimento degli argomenti trattati nel programma

• Nelson D.L., Cox M.M. “I Princìpi di Biochimica di Lehninger” – Ed.


Zanichelli.

• Baynes J.W., Dominiczak M.H. “Biochimica per le discipline biomediche” – Ed.


Ambrosiana

Qualsiasi altro testo recente di Biochimica umana conforme al programma.

Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento


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Materiale didattico supplementare


fornito dal docente e
E-learning

• Possibilità di scaricare il materiale didattico


supplementare

Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento


Modalità di verifica dell’apprendimento
e prova d’esame
• Prova scritta seguita da una prova orale.
• La prova scritta è costituita da domande a risposta multipla
sugli argomenti del programma.

• Durante il corso saranno svolte due prove scritte di


verifica, una prova intermedia ed una prova scritta finale.
Accede alla prova successiva solo chi supera la prima prova
con la sufficienza.
• Il superamento delle due prove di verifica delle conoscenze
acquisita consente l’ammissione alla prova orale SOLO per
il primo appello a fine corso.
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7
Biochimica: chimica della vita
Proprietà molecolari e funzionali dei componenti cellulari
• Struttura e funzione delle molecole di interesse biologico
• Metabolismo delle biomolecole
• Sintesi
• Degradazione
• Regolazione
• Evoluzione molecolare

Nonostante le diversità tra gli organismi viventi, dal punto di


vista biochimico esistono diverse similitudini:
• molte importanti vie metaboliche sono conservate
• informazione genetica e sua trasmissione
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Le caratteristiche universali 8

delle cellule

La membrana plasmatica: composta da molecole


lipidiche e proteiche, separa il contenuto della
cellula dal mezzo esterno.

Il citoplasma è il contenuto cellulare delimitato


dalla membrana plasmatica. E’ costituito da una
soluzione acquosa, il citosol, e numerose particelle
in sospensione (RNA, enzimi, amminoacidi,
metaboliti vari, etc) ed organelli (mitocondri,
lisosomi, ribosomi, reticolo endoplasmatico,
granuli di riserva, etc).

Il nucleo o nucleoide: sede di duplicazione del


materiale genetico (DNA). Il nucleo degli eucarioti
è delimitato da una doppia membrana
(membrana nucleare)

Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento Nelson-Cox “Principi di Biochimica di Lenhinger” Ed. Zanichelli
9
La chimica della materia vivente
Composti semplici
• composti inorganici, composti organici,
(amminoacidi, monosaccaridi, basi azotate)
acqua, sali minerali, ecc.

Molecole complesse
• proteine
• polisaccaridi biopolimeri
• acidi nucleici
• lipidi Nelson-Cox “Introduzione alla Biochimica di Lenhinger” Ed. Zanichelli

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10
I composti organici delle biomolecole
20 diversi amminoacidi
costituiscono le proteine

Il glucosio, precursore di
molti zuccheri

Gli acidi
grassi ed il
glicerolo
sono i
principali
costiutenti
dei lipidi

5 diverse basi azotate costituiscono gli acidi nucleici


Nelson-Cox “Principi di Biochimica di Lenhinger” Ed. Zanichelli
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11
Subunità monomeriche
Subunità monomeriche 10

Lettere
dell’alfabeto Amminoacidi
Nucleotidi (20)

268 Polimero di 8 monomeri


(2.1•1011) N. di possibilità 208
4 8 (2.6•10 10)

(65536)
Nelson-Cox “Principi di Biochimica di Lenhinger” Ed. Zanichelli

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12
Argomenti da affrontare
• Struttura chimica e tridimensionale, nomenclatura, proprietà e
funzione delle molecole di interesse biologico

• Processi di sintesi delle biomolecole


Metabolismo (Vie Anaboliche)

• Processi di degradazione
(Vie Cataboliche)

Integrazione del • Meccanismi molecolari di regolazione


metabolismo • Correlazione tra anabolismo e catabolismo

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13
Composizione chimica degli organismi viventi

® La materia vivente è costituita da un numero relativamente


ridotto di elementi chimici

! Il 98% del peso secco della materia vivente è


costituito da: C, N, O, H, Ca, P, K, S

! La rimanente parte è costituita da elementi traccia

! Il composto più abbondante è l’acqua (70 %)

® Tranne ossigeno e calcio, gli elementi costituenti


la materia vivente sono poco presenti nella crosta terrestre

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14
Tavola periodica degli elementi
! L’evoluzione biologica ha compreso prima un’evoluzione chimica
! Comparsa dei primi composti organici nell’era prebiotica (3-4 miliardi di anni fa)

Meno di 30 di più dei 90 elementi chimici che si trovano in natura sono essenziali per gli esseri
viventi.
La maggior parte degli elementi che compongono la materia vivente hanno numeri atomici
bassi.
I 4 elementi più abbondanti in percentuale del numero totale di atomi sono il: H, C, O e N.
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15
Struttura dell’atomo
Atomo (dal greco a-tomo, indivisibile) è la più piccola parte della
sostanza elementare che ne conserva le proprietà.
Struttura dell’atomo: sono presenti particelle sub-atomiche.
- Protoni, con carica positiva unitaria
- Neutroni, privi di carica nucleoni

- Elettroni, con carica negativa


Atomo di litio, con 3 protoni, 3 neutroni e 3
elettroni.

Gli elettroni occupano la maggior parte del


volume dell’atomo e ruotano intorno al nucleo.

Allo stato fondamentale, l’atomo è elettricamente


neutro (n. di protoni = n. elettroni)
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16
Numero atomico e numero di massa
Ogni atomo è caratterizzato da:
• il simbolo atomico (X) che identifica il nome dell’elemento, ad
es. H per idrogeno, O per ossigeno, N per azoto;

• il numero atomico (Z), posto in basso a sinistra del simbolo


atomico, che rappresenta il numero di protoni;

• Il numero di massa (A), posto in alto a sinistra, che rapprenta la


somma dei protoni e neutroni presenti nel nucleo.

A X = simbolo dell’elemento chimico

Z
X Z = numero atomico (numero di protoni)
A = numero di massa (numero di protoni e neutroni)

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17
Modelli atomici
Modello atomico di Bohr (1913): il singolo elettrone dell’atomo di
idrogeno si muove intorno al nucleo su orbite circolari a ciascuna
delle quali è associabile un valore costante di energia (stati
stazionari o livelli energetici).
Postulato di De Broglie (1924), che estendeva anche alle particelle
di una certa massa il dualismo onda-particella, aprendo la strada
alla meccanica quantistica.
Principio di indeterminazione di Heisenberg (1926) che asseriva
l’impossibilità di determinare contemporaneamente la posizione e
la velocità di una particella (elettrone) in movimento.
Teoria di Schrödinger (1926): formula l’equazione d’onda, un
modello matematico alla base della meccanica quantistica o
meccanica ondulatoria che descrive mediante un’equazione
differenziale le proprietà ondulatorie dell'elettrone.
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18
L’equazione d’onda di Schrödinger
Basata sulla teoria ondulatoria e corpuscolare
dell’elettrone, la funzione d’onda, [Ψ(x,y,z)] definisce alcune
zone dello spazio di coordinate (x,y,z), intorno al nucleo
dove è massima la probabilità di trovare l’elettrone.
Le soluzioni dell’equazione di Schrödinger sono dipendenti
da tre numeri interi, denominati numeri quantici.

Un orbitale atomico è definito da tre numeri quantici (n, l,


m) che rappresentano la conseguenza matematica
dell’equazione di Schrödinger.
L’elettrone è poi caratterizzato da un quarto numero
quantico (s) associato al moto di spin dell’elettrone.
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19

Numeri quantici
N. Quantico Definizione Valori

n Contenuto energetico Interi


(principale) dell’orbitale (1 ® 7)

l Forma Dipendente da n
(secondario) dell’orbitale (0 ® n – 1)

m Orientamento Dipendente da l
(magnetico) dell’orbitale (– l ® + l)

s Senso di rotazione + 1/2 (orario)


(spin) dell’elettrone – 1/2 (antiorario)
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20

Come si dispongono gli elettroni intorno al nucleo ?

Principio di esclusione di Pauli

Non più di due elettroni sono descritti dalla stessa


funzione orbitale.
In un orbitale possono essere contenuti al massimo due
elettroni che presentano numero di spin opposto.
Non esistono per un atomo due elettroni che presentano
gli stessi quattro numeri quantici.

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Configurazione elettronica
Rappresenta la distribuzione degli elettroni negli orbitali
atomici.
Segue delle regole.
• Principio di aufbau (dal tedesco costruzione)
elettronico: gli elettroni di un atomo vengono inseriti
uno ad uno in orbitali ad energia via via crescente;

• principio di esclusione di Pauli: un orbitale ospita al


massimo 2 elettroni di spin opposto;

• regola di Hund o della massima molteplicità: gli orbitali


degeneri (stesso l e diverso ml) vengono prima occupati
con elettroni aventi lo stesso spin (stesso ms) e
successivamente da quelli con spin opposto.
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22

Livelli energetici ed orbitali atomici e


Ogni livello energetico presenta un certo numero
di sottolivelli energetici, denominati s, p, d ed f.

Livelli energetici N. di Tipo di sottolivelli


principali (n) sottolivelli
1 1 s
2 2 s, p
3 3 s, p, d
4 4 s, p, d, f

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Gli orbitali di tipo s di livelli successivi 23

Gli orbitali di tipo s (sharp), (l = 0) sono di tipo sferico, cioè


la probabilità di trovare l’elettrone è uguale in tutte le
direzioni dello spazio intorno al nucleo.

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24
I tre orbitali degeneri di tipo p
Gli orbitali di tipo p (principal) (l = 1) hanno forma
bilobata con la minima probabilità di trovare l’elettrone
nei pressi del nucleo.
z z z

x x x

y y y
px pz py

l = 1; m = +1 l = 1; m = 0 l = 1; m = –1
Il 2 livello energetico può contenere 2 tipi di orbitali: 2s e 2p (2px, 2py
e 2pz) per un totale di 4 orbitali (8 elettroni).
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25
Gli orbitali degeneri di tipo d e di tipo f

Orbitali complessi e multilobati

I 5 orbitali degeneri di tipo d

I 7 orbitali degeneri di tipo f

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Rappresentazione della configurazione elettronica (1)
La configurazione elettronica degli orbitali atomici può
essere rappresentata:
- da una successione dei simboli dei sottolivelli con un
apice a destra che indica il numero di elettroni
Es.: atomo di litio, Li Z=3 1s2 2s1
- una rappresentazione grafica in cui un quadrato (o un
cerchio o una linea) rappresenta un orbitale; gli orbitali
degeneri sono fusi iniseme e gli elettroni indicati con con
spin opposto da frecce con direzione opposta.

3Li:
1s 2s 1s 2s 1s 2s
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27
Rappresentazione della configurazione elettronica (2)

I livello: orbitale s (sferico)


può contenere 2 e-

II livello: 1 orbitale s e 3 orbitali p


(forma bilobata); ogni orbitale
può contenere 2 e- , per un totale
di 8 e-

III livello: 1 orbitale s, 3 orbitali


p, 5 orbitali d, per un totale di 18
e-
IV livello: 1 orbitale s, 3 orbitali
Successione degli orbitali in ordine di p, 5 orbitali d, 7 orbitali f, per un
energia crescente
totale di 32 e-
Metodo della diagonale
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28

Configurazione elettronica dello stato fondamentale


per l’atomo di azoto, N

N: 1s 2 2s2 2p3
7
1s 2s 2p

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29
Elettronegatività
E' una misura relativa della capacità di un atomo di attrarre
elettroni quando prende parte ad un legame chimico

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1
I Legami chimici
Gli atomi tendono a combinarsi tra loro formando legami
chimici.

Legame chimico: insieme della forze che tengono uniti


due o più atomi

Le forze coinvolte nella formazione dei legami chimici


sono essenzialmente di due tipi: elettrostatico e covalente

Il legame chimico si forma perché in tal modo gli atomi


raggiungono uno stato più stabile che corrisponde ad un
minimo di energia.

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2
Regola dell’ottetto
Durante la formazione di un legame chimico, l'atomo tende
a cedere, acquistare o condividere elettroni in modo da avere
nel livello più esterno 8 elettroni.
Pertanto, l'atomo in considerazione tende ad assumere una
configurazione elettronica esterna identica a quella del gas
nobile con numero atomico più vicino.
Esempi:

N 2s2 2p3 deve reclutare 3 elettroni (Ne 2s2 2p6)


H 1s1 deve reclutare 1 elettrone (He 1s2)
Na 3s1 deve cedere 1 elettrone (Ne 2s2 2p6)
Ca 4s2 deve cedere 2 elettroni (Ar 3s2 3p6)
S 3s2 3p4 deve reclutare 2 elettroni (Ar 3s2 3p6)
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3

I Legami chimici e classificazione


Nelle molecole, gli atomi dei vari elementi sono uniti
mediante legami chimici

Intramolecolari Intermolecolari
ü L. ionico ü Dipolo-dipolo
ü L. covalente ü Ione-dipolo
• Omeopolare ü Ponte ad idrogeno
• Eteropolare ü van der Waals
• Dativo
ü L. metallico
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4

Legame ionico

Si forma quando c'é una grande differenza di


elettronegatività tra gli atomi interessati (in genere tra
elementi dei gruppi I e II e quelli dei gruppi VI e VII
della tavola periodica).

Si instaura tra due ioni che hanno carica opposta (tra


cationi ed anioni).

E' una forza di natura elettrostatica.

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5
LiCl Li+ Cl–
Elettronegatività Li : 1,0
Cl : 3,0
∆ = 2,0

MgCl2 Mg++ Cl– Cl–


Elettronegatività Mg : 1,2
Cl : 3,0
∆ = 1,8
I composti ionici sono sostanze solide a struttura cristallina e
presentano alti punti di fusione.
Essi non conducono la corrente allo stato solido mentre sono ottimi
conduttori allo stato liquid perché gli ioni che li compongono sono
liberi di muoversi.
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6
Legame covalente
Si verifica quando la differenza di elettronegatività tra i due
atomi non è tanto grande da permettere il trasferimento di
elettroni da un atomo all'altro.
Si forma per esempio tra atomi uguali (Cl, O, N, H)
:F . + : F. :F :F:

: :
: :
: . : : :

: . : : :

F F leg. semplice
. .

: :: :
:: : : :
:

H : F + + : FH : F : F : H—H
F F leg. semplice
:

O . ++. : O . Cl
:Cl
:
:O O: O Cl—Cl
O leg. doppio
.
:

O : O + + : OO : O O : O O leg. doppio
::
: .

: .

.NN . ++ . N . N: N N : N N leg. triplo


:

. . . +.. . :
::

N N N N : N N leg. triplo
:::

. .
Il legame covalente che si verifica tra atomi uguali viene
detto omeopolare o puro.
Le molecole che si formano in genere non sono polari.
I composti covalenti possono essere sia solidi che liquidi che
gassosi.
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7
LegameCOVALENTE
LEGAME covalente eteropolare
ETEROPOLARE
Se invece gli atomi interessati sono diversi, il legame
covalente viene detto eteropolare (polarizzato).

H! +! Cl! ! H—Cl
Acido Cloridrico

Cl! +! O! ! Cl—O—Cl
Anidride ipoclorosa

I legami che si formano saranno polarizzati e quindi


possono rendere polari le molecole, a meno di geometrie
molecolari simmetriche.
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8

Il legame covalente può essere:


semplice, doppio o triplo, in dipendenza del numero di
coppie di elettroni condivise tra gli atomi.

Comunque entrambi gli atomi coinvolti nel legame


raggiungono una configurazione elettronica esterna stabile
(ottetto).

:F. + :F. :F :F: :


:
:

: F F leg. semplice
:
:

:O. + :O . :O O:
:

:
:

O O leg. doppio
::
: .

: .

.N . + .N. :N N: N N leg. triplo


:::

. .
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9
Le interazioni deboli
® Interazioni non covalenti di piccola intensità

! Legami ad idrogeno (ponte ad H)


! Interazioni tra gruppi carichi
! Forze di van der Waals
! Interazioni idrofobiche

Singolarmente poco rilevanti ma collettivamente


importanti anche dal punto di vista biologico

Interazioni di natura transitoria che conferiscono


flessibilità e stabilità alle biomolecole

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10
Molecola di acqua
L’ossigeno è legato ai due atomi di idrogeno mediante legami
covalenti polarizzati. L’angolo di legame è di circa 105°.

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11

Il legame ad idrogeno

Il legame ad idrogeno si può


formare ogni volta che un
atomo di idrogeno legato
covalentemente ad un atomo
fortemente elettronegativo e
di piccole dimensioni (F, O, N)
si trova ad una certa distanza
da un altro atomo di questo
tipo di elementi.

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12

L’intensità del legame ad idrogeno dipende anche dalla


disposizione dei tre atomi considerati.

Il legame è più forte se i tre atomi sono orientati


lungo lo stesso asse.
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13

Alcuni esempi di legami ad idrogeno

Questi tipi di legami si instaurano ogni volta che un


atomo di idrogeno fa da ponte, ossia è condiviso, tra
due atomi fortemente elettronegativi (N, O, F)

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14
Alcuni esempi di legami ad idrogeno
di importanza biologica

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L’acqua (H2O) 15

L’acqua è il solvente universale nei


sistemi biologici.

Composto covalente con elevata costante


dielettrica.

Solubilizzazione delle sostanze ioniche in


ambiente acquoso mediante solvatazione
degli ioni.

Dissociazione elettrolitica.

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I legami ad idrogeno sono i responsabili dello 16

stato fisico dell’acqua.


Allo stato solido (ghiaccio)
ogni molecola di acqua
forma 4 legami ad idrogeno
così ordinati da conferire al
ghiaccio una struttura
cristallina.

Allo stato liquido il numero


di legami ad idrogeno è
inferiore.

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Legami idrogeno tra 17

gruppi funzionali

La solubilità di una sostanza polare


o ionica aumenta quando essa
possiede alcuni gruppi funzionali.

L’acqua forma legami idrogeno con


(a) gruppi ossidrilici, (b) gruppi
chetonici, (c) gruppi carbossilici e
(d) gruppi amminici.

Le biomolecole sono ricche di questi


gruppi funzionali.

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Interazioni dipolo-dipolo 18

Interazioni deboli che


coinvolgono molecole neutre.
La forza di ogni dipolo è
indicata dallo spessore della
freccia.
(a) Interazione tra dipoli
permanenti.

(b) Interazione dipolo-dipolo


indotto dal gruppo polare su una
molecola non polare.

(c) Forze di van der Waals:


interazione tra dipoli istantanei
indotti.
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19
Interazioni idrofobiche
Orientamento delle molecule d’acqua intorno ad un soluto non
Interazioni idrofobiche : orientamento delle
polare
molecole d’acqua intorno ad un soluto non polare
Comportamento dell’olio in acqua

Le molecole d’acqua le linee nere


si “strutturano” rappresentano
intorno ai soluti i legami ad
idrofobici formando idrogeno
una gabbia

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1

Teoria degli orbitali e l’atomo di carbonio


Il carbonio ha numero atomico Z = 6, corrispondente al
numero di protoni presenti nel nucleo.

In un atomo neutro, Z è pari anche al numero di elettroni.

In caso contrario l'atomo è detto ione.


Si usa scrivere questo numero come pedice sinistro del
simbolo dell'elemento chimico in questione:
per esempio 6C, poiché il carbonio ha sei protoni.

La configurazione elettronica si riferisce alla disposizione


degli elettroni legati, ossia al loro comportamento attorno ai
nuclei di uno o più atomi
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2

La configurazione elettronica (1)

La configurazione elettronica degli orbitali atomici


viene descritta dai livelli energetici rappresentati da
una cella, dentro la quale vengono indicati gli elettroni
con delle frecce;

nel caso di doppietti elettronici tali frecce hanno verso


opposto, in modo da sottolineare che gli elettroni di
uno stesso livello energetico presentano spin opposti

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Teoria degli orbitali e l’atomo di carbonio 3

Il carbonio ha numero atomico Z = 6


La configurazione elettronica dell’atomo di carbonio allo
stato fondamentale presenta due elettroni spaiati...

2p H
••
•• C ••
2s H
••
H

1s H
carbonio Metano CH4

…ma l’atomo di carbonio forma 4 legami covalenti e non 2 !!


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Stato eccitato della configurazione elettronica 4

dell’atomo di carbonio
La tetravalenza del carbonio si può spiegare se un
elettrone dell’orbitale 2s passa a quello 2p

Stato fondamentale Stato eccitato

2p 2p
2s 2s
1s 1s
carbonio carbonio

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Configurazione elettronica dell’atomo di 5

carbonio ibridato
L’assenza di differenze nei quattro legami che si formano si
può spiegare con l’ibridazione.
Stato eccitato Stato ibridato

2p 2sp 3

2s
1s 1s
carbonio carbonio
N.B.: l’ibridazione degli orbitali atomici si verifica solo se
l’atomo interessato si impegna nella formazione di legami.
Questo fenomeno interessa la quasi totalità delle molecole.
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Ibridazione degli orbitali atomici 6

2s + 2p + 2p + 2p 2sp3 + 2sp3 + 2sp3 + 2sp3

La struttura del metano può essere spiegata ammettendo


che gli orbitali atomici dello stato eccitato del carbonio (2s e
2p) si mescolano generando quindi quattro orbitali ibridi
sp3 di identica energia e forma.
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7

Idrocarburi ALIFATICI
SATURI INSATURI
• Alcani • Alcheni
• Cicloalcani • Alchini

Negli alcani gli atomi di carbonio sono tutti ibridati sp3


con gli idrogeni diretti verso i vertici di un tetraedro

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8

Alcani: i primi termini della serie

metano CH4 etano C2H6 propano C3H8

butano C4H10 pentano C5H12

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9

Isomeri strutturali
Gli alcani con un numero di atomi di carbonio
uguale o superiore a quattro possono dare luogo ad
isomeria strutturale.

Gli isomeri strutturali hanno la stessa formula


molecolare ma gli atomi sono legati in maniera
diversa, cioè hanno diversa formula di struttura.

Gli isomeri strutturali differiscono per le proprietà


fisiche, chimiche e spettroscopiche

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10

Isomeri strutturali del butano (C4H10)

CH3CH2CH2CH3 CH3CHCH3
CH3

n-butano iso-butano

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Alcheni 11

Gli alcheni sono idrocarburi che contengono almeno un


doppio legame carbonio-carbonio.
Negli alcheni gli atomi di carbonio impegnati nel doppio
legame sono ibridati sp2.
Nell’ibridazione sp2 il carbonio impegna l’orbitale 2s e due
degli orbitali 2p, lasciando un elettrone in un orbitale 2p
che non partecipa all’ibridazione.
Stato eccitato Stato ibridato

2p 2p
2
2sp
2s
1s carbonio 1s carbonio
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12

Geometria degli orbitali ibridi sp2


p

sp2
sp2
sp2

Gli orbitali ibridi sp2 giacciono in un unico piano e si


dispongono a 120 l uno rispetto all altro.
L asse dell orbitale 2p non ibridato è perpendicolare al
piano identificato dagli orbitali ibridi sp2.

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13

2p 2p
σ
sp sp2
2

Dalla sovrapposizione lungo lo stesso asse di due


orbitali sp2 si forma un orbitale molecolare σ.

π
σ
π
Dalla sovrapposizione laterale dei due orbitali 2p non
ibridati si forma un orbitale molecolare π.
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14
Rotazione intorno al legame σ

H H
H
H
H H 90°

I conformeri rotazionali non alterano il grado


di sovrapposizione tra gli orbitali e quindi la
forza di legame resta invariata.

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15
Impossibilità di rotazione intorno
al legame doppio (σ + π)
La rotazione NON è permessa a causa della asimmetria
dell orbitale molecolare geometricamente bloccato.

H H

H H
90°

Se tale rotazione si dovesse verificare, la sovrapposizione


laterale verrebbe distrutta.

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16
Isomeri geometrici
Gli alcheni possono dar luogo a isomeri geometrici
che sono dovuti alla mancanza della libera
rotazione intorno al doppio legame C-C.

H CH 3 CH 3 CH 3

CH 3 H H H

trans-2-butene cis-2-butene

Si verifica quando due sostituenti identici (diversi dagli


altri due) sono legati ai due atomi di carbonio.
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Alchini 17

Gli alchini sono idrocarburi che contengono almeno un


triplo legame carbonio-carbonio.
Negli alchini gli atomi di carbonio impegnati nel triplo
legame sono ibridati sp.
Nell ibridazione sp il carbonio impegna l orbitale 2s e uno
degli orbitali 2p, lasciando un elettrone ciascuno negli
orbitali 2p che non partecipano all ibridazione
Stato eccitato Stato ibridato

2p 2p
2sp
2s
1s carbonio 1s carbonio
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18
Geometria degli orbitali ibridi sp
p
p

sp sp

o
Gli orbitali ibridi sp si dispongono a 180 l’uno rispetto
all’altro.
Gli assi degli orbitali 2p non ibridati sono perpendicolari
all asse identificato dagli orbitali ibridi sp.

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19

Idrocarburi aromatici

Originariamente definiti tali per il loro


caratteristico odore, gli idrocarburi aromatici sono
una classe di composti che presentano un elevato
livello di insaturazione.

Il composto di riferimento è il benzene (C6H6).

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20
Risonanza
I tre doppi legami del benzene sono coniugati per cui le
due formule possibili per il benzene sono identiche e si
definiscono risonanti.

Gli atomi di carbonio sono tutti ibridati 2sp2. I tre orbitali


ibridi sono impegnati nei legami C-C e C-H.
Gli elettroni degli orbitali 2p non ibridati formano un unico
orbitale π.
La risonanza coinvolge solo il movimento di elettroni per
descrivere formule di struttura diverse
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21

Reazioni chimiche
Tipi di reazioni
22

Rottura e formazione di legami chimici nei


composti organici.
Si possono avere reazioni di:
Addizione A+B AB

Sostituzione AB + C A + BC

Eliminazione AB A+B

Riarrangiamento ABC ACB

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Rottura omolitica
Rottura di un legame con divisione dei due elettroni ognuno
sui due atomi impegnati nel legame.
In questo modo si ottengono due specie chiamate “radicali”

A—B A• + B•

Cl—Cl Cl• + Cl•

CH3—CH3 CH3 • + CH3 •

23
24

Rottura eterolitica
Rottura di un legame con uno degli atomi che
riceve entrambi gli elettroni di legame.
In questo modo si ottiene un catione ed un anione.

A—B A + B

H—Cl H + Cl

CH3—Cl CH3 + Cl

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25

Reagenti nucleofili ed elettrofili

Un nucleofilo è una specie chimica che possiede


un eccesso di elettroni disponibile alla cessione
ad un altro atomo carente di elettroni, definito
elettrofilo.

Nu: E+
(nucleofilo) (elettrofilo)

Tutti le sostanze con carica negativa (anioni) sono


nucleofile mentre, quelle con carica positiva
(cationi) sono elettrofile.
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1
Soluzioni
Sono miscele omogenee costituite da due o più sostanze pure,
una delle quali in genere presente in maggiore quantità.
Si possono avere soluzioni di:
- Gas in Gas - Gas in Liquidi
- Liquidi in Liquidi - Solidi in Liquidi
- Solidi in Solidi
Si definisce solvente il componente presente in maggiore
quantità. Viene invece chiamato soluto il componente
presente in quantità minore.
In genere in una soluzione vi è un solo solvente, ma vi si
possono trovare più di un soluto.
Le proprietà delle soluzioni sono in genere diverse dalle
proprietà del solvente e del soluto analizzate separatamente.
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2

Le soluzioni si formano in seguito alle interazioni che


avvengono tra le molecole di soluto e di solvente.
! Legami ad idrogeno
! Interazioni ioni-dipolo
! Interazioni tra gruppi carichi
! Forze di van der Waals
! Interazioni idrofobiche
Nelle soluzioni acquose in cui il solvente è l’acqua, le
interazioni più frequenti sono le interazioni ioni-dipolo
ed i legami ad idrogeno.
L’acqua è il solvente universale dei sistemi biologici.
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3

Concentrazione delle soluzioni


La concentrazione di una soluzione esprime in maniera
quantitativa la sua composizione.

La concentrazione di una soluzione si può esprimere come:

Percento %
Molarità M
Frazione molare X
Molalità m
Normalità N
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4

Il percento (%) indica quante parti di soluto


sono contenute in 100 parti di soluzione.

Occorre quindi specificare se ci si riferisce al


peso o al volume. Esempi:
30% (p/v) 30 gr. soluto in 100 ml soluzione
15% (v/v) 15 ml soluto in 100 ml soluzione

25% (p/p) 25 gr. soluto in 100 gr. soluzione

Le parti di soluto sono riferite alle parti di


soluzione, cioè al soluto più il solvente.
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5
La molarità di una soluzione (M) indica quante moli di
soluto sono contenute in un litro di soluzione.

Si calcola dividendo il numero di moli per il volume


espresso in litri della soluzione.
n. moli soluto
M = –––––––––––– = moli/litro
litri soluzione
Es. una soluzione 0,5 M di acido solforico (H2SO4)
(p.m.r. 98) conterrà:
0,5 moli di H2SO4 in un litro di soluzione
0,5 • 98 = 49 gr di H2SO4 in un litro di soluzione

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6
Proprietà delle soluzioni acquose
Proprietà indipendenti dalla natura del/i soluto/i (ioni,
molecule neutre).
Queste proprietà dipendono esclusivamente dalla
concentrazione del/i soluto/i presenti in soluzione e sono
dette proprietà colligative:
1. abbassamento della tensione di vapore;
2. abbassamento crioscopico;
3. innalzamento ebulloscopico;
4. pressione osmotica.

Pressione osmotica
Proprietà acido-base delle soluzioni
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Osmosi
L’Osmosi è un processo che si verifica quando 2 soluzioni acquose
sono separate da una membrana semipermeabile che consente il
passaggio solo delle molecole d’acqua. Si verifica un trasferimento
netto di H2O verso la soluzione più concentrata che determina una
pressione osmotica (p).
Pressione osmotica è espressa coma la forza necessaria per opporsi
allo spostamento delle molecole di H2O ed è descritta
dall’equazione di van’t Hoff:
i = fattore di van’t Hoff:

p = ic • R • T c = concentrazione molare della soluzione


R = costante universale dei gas (0,0821 L•atm•mol–1•K–1)
T = temperatura assoluta (T; K)
Con l’osmosi si osserva sempre la diluizione della soluzione più
concentrata)
Il tipo di membrana utilizzata diventa fondamentale nel fenonemo
dell’osmosi
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7
8
Effetto dell’osmolarità extracellulare sul flusso
dell’acqua attraverso la membrana plasmatica

Una soluzione si definisce


(rispetto ad un’altra):

- isotonica se ha la stessa
pressione osmotica;

- ipotonica se ha una pressione


osmotica più bassa;

- ipertonica se ha una
pressione osmotica più elevata

Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento Nelson – Cox Introduzione alla biochimica di Lehninger
9

Acidi e basi (1)


Definizione di Arrhenius (1800)
Un acido è una sostanza capace di cedere ioni H+

HCl, H2SO4
Una base è una sostanza capace di cedere ioni OH –
NaOH, Ca(OH)2 Al(OH)3
Non spiega però il comportamento acido o basico
di alcune sostanze come l’ammoniaca (NH3) che
non ha gruppi OH- ma da soluzioni basiche.
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10

Acidi e basi (2)


Definizione di Brönsted-Lowry
Un acido è una sostanza capace di cedere ioni H+
HCl, HNO3, H2SO4, H3PO4 NH4+
Una base è una sostanza capace di acquistare ioni H+
NH3 + H+ NH4+

Questa definizione è più generica e prevede che il


comportamento acido di una sostanza può verificarsi
solo in presenza di un’altra sostanza con
comportamento opposto (base).

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11

Acidi e basi: Teoria di Lewis (3)


Alcune reazioni hanno proprietà acido-base pur
non avendo idrogeni.
Nella teoria di Lewis, le reazioni acido-base hanno
come protagonista la messa in condivisione di una
coppia di elettroni solitari.
Un acido di Lewis è una specie capace di accettare
una coppia di elettroni e formare un legame (dativo).
Un base di Lewis è una sostanza capace di donare
una coppia di elettroni per formare un legame
(dativo).
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12

Acidi e basi di Lewis

Tipici acidi di Lewis sono ioni metallici con almeno un


orbitale vuoto a bassa energia (Ag+, Al3+, ecc) o specie
molecolari con carenze elettroniche.

Tipici basi di Lewis sono sostanze che presentano atomi


che hanno coppie di elettroni disponibili (NH3, H2O, ecc).

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13
Quanto è forte un acido o una base ?
Ci sono acidi forti (HCl) ed acidi deboli (CH3COOH)
Basi forti (NaOH) e basi deboli (NH3)

Gli acidi e le basi forti sono quasi completamente


dissociati; gli acidi e le basi deboli hanno dissociazione
parziale)
Negli acidi e basi forti l’equilibrio di dissociazione è
spostato verso destra

HCl + H2O Cl- + H3O+


Ione idronio H3O+
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14

Comportamento dello ione idrogenosolfato


(HSO4–)
HSO4– può comportarsi da acido e cedere un protone, in
presenza di una base che lo accetta, formando l’anione
solfato
HSO4– + OH – SO4– – + H2O

HSO4– può comportarsi però anche da base ed


acquistare un protone, in presenza di un acido che lo
fornisce
HSO4– + HCl H2SO4 + Cl –
Queste sostanze vengono definite anfotere.
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15

Ma, l’H20 si può dissociare ???

Si può comportare da acido o


da base ???

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16

Ionizzazione dell acqua (1)


Le molecole di acqua hanno una piccola
tendenza a ionizzarsi reversibilmente, per
formare uno ione idrogeno (protone, H+) ed uno
ione ossidrile (OH-), secondo l equilibrio:

H2 O H + + OH –
E’ possibile esprimere quantitativamente la
ionizzazione dell’acqua ?
La ionizzazione dell’H2O si misura in base alla
conducibilità elettrica
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17
La ionizzazione dell acqua è espressa dalla
costante d’equilibrio
H2O H + + OH –
[H+] • [OH–]
Keq = ––––––––––––––––
[H2O]
Si può calcolare che, nell’acqua pura sono dissociate solo 2
molecole su 109 molecole di H2O.
La concentrazione di acqua all’equilibrio può essere considerata
quella totale, per cui l’equazione può essere scritta come segue:

[H+] • [OH–] A 25 °C, [H2O] = 55,5 M


Keq = –––––––––––– = 1,8 • 10–16 Concentrazione dell’acqua nell’acqua
[55,5 M] pura

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18

Keq • 55,5 = [H+] • [OH–] = 1,0 • 10 –14 = Kw


Kw = Prodotto ionico dell’acqua
In una qualsiasi soluzione acquosa il prodotto tra la
concentrazione degli ioni H+ per la concentrazione degli ioni
OH– è costante. A 25 °C tale prodotto vale 1,0 •10 –14.

[H+] = [OH–] = √1 • 10 –14 = 1 • 10 –7


In queste condizioni ([H+] = [OH–]) la soluzione viene
definita neutra indipendentemente dalla temperatura. A
25 °C queste concentrazioni sono pari a 1 • 10 –7 M.

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19

pH (1)
La concentrazione totale di ioni H+ generati da
qualsiasi fonte è misurabile sperimentalemente ed è
espressa dal valore del pH (potenziale idrogeno)

Si definisce pH il logaritmo decimale negativo


della concentrazione degli ioni H+.

pH = – log10 [H+]

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20
pH (2)
Quando la [H+] > [OH–], la soluzione viene definita
acida. A 25°C una soluzione acida presenta una
concentrazione di ioni H+ maggiore di 1 • 10 –7 M.
Valori di pH < 7 la soluzione è acida
Viceversa, se [OH–] > [H+] la soluzione viene
definita basica. A 25°C una soluzione basica
presenta una concentrazione di ioni [OH–]
maggiore di 1 • 10 –7 M.
Valori di pH > 7 la soluzione è basica

Valore di pH = 7 la soluzione è neutra


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21
Meccanismi di tamponamento delle variazioni di
pH nei sistemi biologici

Metabolismo cellulare Trasformazioni chimiche

• Alcune molecole che agiscono da acidi ed altre


molecole da basi

Si verificheranno variazioni nel valore del


pH nella cellula ?
Il pH influenza la struttura e l attività delle
macromolecole biologiche, ad es. gli enzimi

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Sistemi tampone 22

Soluzioni capaci di mantenere invariato il valore di pH in


seguito all’aggiunta di moderate quantità di acidi o basi forti.
Sono costituite da:
• Un acido debole in presenza della sua base coniugata.
• Una base debole in presenza del suo acido coniugato.
Acido carbonico/idrogenocarbonato :
H2CO3 / HCO3– NH4OH / NH4+
• L’elettrolita debole può anche essere uno ione.
Diidrogenofosfato/idrogenofosfato idrogenofosfato/fosfato
H2PO4– / HPO4– – HPO4– – / PO4– – –
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23

Sistemi tampone fisiologici


• Acido carbonico/idrogenocarbonato
H2CO3/HCO3– (pka1 H2CO3 = 6,4)
• diidrogenofosfato/idrogenofosfato
H2PO4–/HPO4– – (pka2 H3PO4 = 6,9)
• Proteina/proteinato
Emoglobina/emoglobinato (pka = 5,4 – 9,4)
Il sistema H2CO3/HCO3– è un sistema aperto in quanto la
concentrazione di H2CO3 viene regolata a livello polmonare con la
respirazione tessuti
H2O + CO2 polmoni H2CO3
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1
Gruppi funzionali
Sono atomi o raggruppamenti di atomi che
conferiscono particolari proprietà (funzioni) ai
composti che li contengono.
In genere i composti organici di importanza biologica
contengono più gruppi funzionali.
Quando in una molecola sono presenti più gruppi
funzionali, si utilizza una scala di priorità per la loro
identificazione.
Un Suffisso (desinenza): per il gruppo con la
massima priorità
Un Prefisso: per gli altri gruppi funzionali secondo
una scala di priorità decrescente
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Principali gruppi funzionali 2

Gruppo Funzionale Composto


R-OH (ossidrile) Alcoli e fenoli
R1-O-R2 (etere) Eteri
O
=

-C-H (carbonile) Aldeidi


C=O (carbonile) Chetoni
O
=

-C-OH (carbossile) Acidi carbossilici


O
=

-C-O-R (estere) Esteri


-NH2 (ammino) Ammine
O
=

-C-NH2(amido) Ammidi
-SH (sulfidrile) Tioalcoli
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Alcoli e fenoli 3

Presentano un gruppo – OH (ossidrilico) legato ad un


carbonio saturo. Il carbonio può essere un gruppo
alchilico (alcoli) o un anello aromatico (radicale arilico)
(fenolo).

H H H
H O H OH
H C C OH
H H H C C C H
H H H
CH3CH2OH
CH3CHOHCH3
C2H5OH
C2H4OHCH3
C 2H 6O C 6H 6O
C 3H 8O
Alcool etilico
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Alcool isopropilico Fenolo
4

Alcoli: classificazione
Si classificano in primari, secondari e terziari in
base al numero di gruppi alchilici legati al
carbonio a cui è legato il gruppo -OH.

H H
H H H O H H O H
H C C OH H C C C H H C C C H
H CH3 H
H H H H H
CH3CH2OH CH3CHOHCH3 CH3C(CH3)OHCH3

etanolo 2-propanolo 2-metil-2-propanolo


al. primario al. secondario al. terziario
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5
Alcoli: proprietà fisiche
Sono composti polari in quanto δ− δ−
presentano un legame
covalente polarizzato tra δ+ O δ+
carbonio e ossigeno. C H δ+

Possono inoltre formare legami ad idrogeno


intermolecolari e per questo motivo sono generalmente
liquidi.
Gli alcoli con un più basso peso molecolare (ridotto
numero di atomi di carbonio) sono solubili in acqua a
causa della formazione di legami ad idrogeno con il
solvente.
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6
Eteri
Presentano un atomo di ossigeno legato a due
radicali, che possono essere alchilici o arilici.

H H H H H
H C O C H H C O C C H
H H H H H
CH3OCH3 CH3OCH2CH3
C 2H 6O CH3OC2H5
C 3H 8O
Dimetiletere
Etil metiletere
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7

Il gruppo carbonilico

_
C=O
X
_
- E uno dei gruppi funzionali più importanti
- Presente nelle aldeidi, nei chetoni, acidi
carbossilici, ammidi etc.

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8

Aldeidi
Presentano il gruppo gruppo carbonilico (C=O) legato
un atomo di carbonio ed un atomo di idrogeno.

H O H H O
H C C H C C C
H H H H H
CH3CHO CH3CH2CHO
C 2H 4O C 3H 6O

Acetaldeide o Aldeide
aldeide acetica propionica

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9
Aldeidi: proprietà fisiche
Sono composti polari in quanto
H δ+ δ−

presentano un legame covalente C O


polarizzato carbonio-ossigeno. R
Sono più volatili dei corrispondenti alcoli in quanto non si
possono formare legami ad idrogeno intermolecolari.
Le aldeidi a basso peso molecolare sono solubili in acqua
per la formazione di legami ad idrogeno con il solvente.

Sono meno solubili dei corrispondenti alcoli in quanto


l’aldeide non ha idrogeni legati all’ossigeno.

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10

Chetoni
Presentano due radicali alchilici e/o arilici
legati ad un gruppo carbonilico.

O O
CH3 C CH3 CH2 C
CH3 CH3
CH3COCH3 CH3CH2COCH3
C 3H 6O
C 4H 8O
Propanone (acetone)
Butanone (metiletilchetone)

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11

Chetoni: proprietà fisiche


Sono composti polari in quanto
presentano un legame covalente R δ+ δ−
polarizzato carbonio-ossigeno. C O
R
Sono più volatili dei corrispondenti alcoli in quanto non
si possono formare legami ad idrogeno intermolecolari.

I chetoni a basso peso molecolare sono solubili in acqua


per la formazione di legami ad idrogeno con il solvente,
ma meno solubili dei corrispondenti alcoli in quanto il
chetone non presenta idrogeni legati all’ossigeno
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12

Addizioni di alcoli: formazione di acetali e


H chetali
+|
R—O OR
..
OR
| — H+ | R’OH
|
H — C — O —H ——> H — C — OH ——>
H — C — OR’
| | |
R R R
Semiacetale Acetale

Le aldeidi ed i chetoni reagiscono con gli alcol, in ambiente acido,


in seguito all’addizione nucleofila dell’alcol sul gruppo
carbonilico, portando alla formazione di semiacetali o
semichetali. L acetale possiede due funzioni eteree sullo stesso
atomo di carbonio.
Molti zuccheri semplici esistono in forma emiacetalica ciclica.
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13

Aldeidi e chetoni: tautomeria cheto-enolica


Aldeidi e chetoni possono esistere in equilibrio con
un’altra loro forma detta enolica in cui vi è la presenza
di un gruppo alcolico legato ad un atomo di carbonio
impegnato in un doppio legame.
Idrogeno in α
H O O H
C C C C
Forma Forma
Carbonio α
chetonica enolica

Questo tipo di isomeria è possibile solo se nella


molecola è disponibile un idrogeno in posizione α
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14

Acidi carbossilici
Presentano un atomo di carbonio legato al gruppo
- COOH, definito gruppo carbossilico.

H O H H O
H C C H C C C
H OH H H OH
CH3COOH CH3CH2COOH
C 2H 4O 2 C 3H 6O 2
Acido acetico
Acido propionico

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15

Acidi carbossilici: proprietà chimiche (1)


Gli acidi carbossilici sono acidi deboli ed in acqua si
dissociano formando ioni H+ (ione idronio H3O+) e lo
ione carbossilato
R-COOH R-COO — + H+
Acido Ione carbossilato

O L’acidità è spiegabile perché lo


R C ( ) ione carbossilato viene
O stabilizzato per risonanza

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16

Acidi carbossilici: reazione di esterificazione


Gli acidi carbossilici reagiscono con gli alcol per
dare gli esteri

RCOOH + R’OH ——> RCOOR’ + H2O

Legame estereo

HO H+ R — O
C = O + R — OH ——> C=O + H2O
——>
R R

Estere
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17

Derivati acilici

_ O
R C =

/
Gruppo acilico
Tutti i derivati degli acidi carbossilici contengono il
gruppo acilico (acile) Es.: Acetil-CoA, Acil-CoA

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18

Ammine
Presentano un gruppo amminico (—NH2) legato ad un
radicale alchilico o arilico (R—NH2). Si possono
considerare come derivate dall’ammoniaca (NH3) per
sostituzione di uno o più atomi di idrogeno.
Classificazione

H H R R
R N H R N R R N R R N R X
Ammina Ammina Ammina R Sale ammonico
primaria secondaria terziaria quaternario

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19

Ammine: proprietà chimiche


Sono sostanze basiche per la presenza di un doppietto
elettronico disponibile sull’atomo di azoto.

..
CH3-NH2 + H+ ——> CH3-NH3+

La basicità delle ammine è superiore a quella


dell’ammoniaca in quanto i radicali alchilici rendono
più disponibile il doppietto per effetto induttivo.

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20
Ammidi (1)
Presentano un gruppo amminico (— NH2)
legato ad un gruppo carbonilico (C=O)

NH2 Sono composti polari e


possono formare forti
R C legami ad idrogeno
O intermolecolari. Inoltre, per
lo stesso motivo sono molto
solubili in acqua.
NH2
H2 N C UREA: è una di-ammide
O
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Ammidi (2) 21

Sono composti meno basici delle corrispondenti


ammine in quanto il doppietto elettronico presente
sull’atomo di azoto non è disponibile.

NH NH2 +
.. 2
R C R C
O O

NH2 I legami del carbonio con


l’ossigeno e con l’azoto hanno
R C parziale carattere di doppio
O legame.
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Gli amminoacidi: le unità monomeriche
delle proteine
Le proteine sono le macromolecole biologiche più
abbondanti, presenti in tutti i tipi di cellule ed in tutte
le frazioni subcellulari.

Sono il prodotto finale dell’informazione genica ed


assolvono funzioni specifiche (come ormoni, enzimi,
recettori, anticorpi etc.).

Gli amminoacidi sono composti organici molto diffusi


in natura, assolvono molteplici funzioni ad es. sono
intermedi del metabolismo azotato e dei
neurotrasmettitori.
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2
Struttura generale di un amminoacido
Tutti i 20 amminoacidi presenti
COO nelle proteine sono α-
|α + amminoacidi, ossia hanno un
H C NH3 gruppo carbossilico acido (COO-)
| ed un gruppo amminico basico
R (NH3+) legati allo stesso atomo di
α-amminoacido generico
C (il carbonio α).
Gli amminoacidi si distinguono per la catena laterale
o il gruppo R.

Il gruppo R si differenzia per struttura, dimensioni e


carica influenzando le proprietà dell’amminoacido, ad
es. la sua solubilità in acqua.
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α-amminoacidi: centro chirale
Tutti gli α-amminoacidi presentano almeno un centro
chirale costituito dal carbonio in alfa, ad eccezione
della glicina.

COO COO
| |
+ +
H C NH3
* H C NH3
| |
R H
α-amminoacido generico
(chirale) Glicina

Si definisce centro chirale (*) un atomo a cui sono legati


quattro atomi o raggruppamenti atomici diversi.
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La stereoisomeria degli alfa-amminoacidi:
le proiezioni di Fischer
W • L’atomo di carbonio in alfa
giace sul piano del foglio
X C Y
• I legami che si proiettano sotto
Z al piano sono indicati con cunei
Disposizione tratteggiati o linee verticali
tridimensionale
• I legami che si proiettano al di
W sopra del piano sono indicati con
|
cunei neri o linee orizzontali
X C Y
| SERIE STEROCHIMICA:
Z gruppo di composti chirali
Proiezione di Fischer strutturalmente correlati.
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Serie stereochimiche
L’appartenenza di un composto chirale ad una serie
stereochimica viene verificata per omologia tra la struttura
dell’atomo di carbonio in esame e quello presente nello
zucchero a 3 atomi di C, la gliceraldeide (2-idrossi propanale).

CHO CHO
| |
HO C H H C OH
| |
CH2OH CH2OH
L-Gliceraldeide D-Gliceraldeide

Nella L-Gliceraldeide, il gruppo OH del C chiralico si trova a


sinistra; nella D- gliceraldeide a destra.
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Configurazione assoluta D e L
degli alfa-amminoacidi
• Identificare l’atomo di carbonio chirale ed i suoi sostituenti
(- COO -, - R, - H, - NH3+);
• legare il gruppo a priorità maggiore in alto (COO-);
• legare il gruppo discriminante per la serie in basso (R).
Un D-amminoacido
COO COO presenta il gruppo
| | alfa-amminico sulla
+ +
H C NH3 H3N C H destra.
| | Un L-ammino-acido
R R presenta il gruppo
Configurazione D Configurazione L alfa-amminico sulla
sinistra.
Nelle proteine, tutti i residui amminoacidici sono stereoisomeri L.
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Classificazione degli α-amminoacidi
• Gli α-amminoacidi che si trovano nelle proteine si
differenziano per le diverse catene laterali (-R)
legate all’atomo di carbonio asimmetrico.
Questa distinzione rappresenta un criterio per la
loro classificazione in non polari, polari non
carichi e carichi.
• Un’altra classificazione distingue gli amminoacidi
in essenziali e non essenziali.
Gli amminoacidi essenziali non sono sintetizzabili
attraverso il metabolismo e quindi devono essere
introdotti con la dieta.
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7
Gruppi R alifatici, non polari

-H Glicina
COO
-CH3 Alanina |
+
-CH(CH3)2 Valina H3N C H
-CH2CH(CH 3)2 Leucina |
-CH(CH 3)CH 2CH 3 Isoleucina R
-(CH3)2SCH3 Metionina

COOH
| H
C
H—N CH2 Prolina
| |
CH2——CH2
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8
Gruppi R polari non carichi

COO
+
|
H3N C H
-CH2OH serina |
-CH(OH)CH3 treonina R
-CH2SH cisteina
-CH2CONH2 asparagina
-CH2CH2CONH2 glutammina

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10

Un amminoacido con catena laterale molto


reattiva: la cisteina
Formazione reversibile
di un ponte disolfuro
per ossidazione di 2
molecole di cisteina.

I ponti disolfuro stabilizzano


la struttura di molte
proteine; possono essere
intracatena o intercatena.
Cistina
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Gruppi R carichi

Acidi, carichi negativamente COO


+
|
-CH2COO aspartato
H3N C H
-CH2CH2COO glutammato
|
R
-(CH2)4NH3+ lisina
Basici, carichi positivamente
— CH2
|
C
H—N CH istidina -(CH2)3NHC = NH2+ arginina
| | |
CH === NH+ NH2
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Gruppi R aromatici

— CH2 — fenilalanina

— CH2 — — OH tirosina

CH2
triptofano

N
|
H
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I venti amminoacidi presenti nelle proteine
vengono identificati con simboli
Acido aspartico Asp D Istidina His H
Acido glutammico Glu E Leucina Leu L
Alanina Ala A Lisina Lys K
Asparagina Asn N Metionina Met M
Arginina Arg R Prolina Pro P
Cisteina Cys C Serina Ser S
Fenilalanina Phe F Tirosina Tyr Y
Isoleucina Ile I Treonina Thr T
Glutammina Gln Q Triptofano Trp W
Glicina Gly G Valina Val V

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Gli amminoacidi possono comportarsi
da acidi e da basi
Allo stato puro, gli
COO amminoacidi sono sostanze
+
| ioniche cristalline; in
H3N C H soluzione acquosa i gruppi
| -COOH e -NH2 negli α-
R
amminoacidi si trovano in
forma ionizzata.

I gruppi carbossilici, i gruppi amminici ed i gruppi R


ionizzabili agiscono da acidi e basi deboli.

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Quando un amminoacido viene sciolto in acqua
diventa uno ione dipolare o zwitterione

COOH COO
| +
|
H2N C H H3N C H
| |
R R
Forma non ionica Forma zwitterionica

Nelle soluzioni acquose la forma non ionica è assente;


- lo zwitterione può comportarsi come acido (donatore di H+) e
come base (accettore di H+); i composti con questa doppia
natura sono chiamati anfoliti;
- per ogni amminoacido esiste un valore di pH a cui predomina
la forma zwitterionica.
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Equilibrio acido-base negli α-amminoacidi
Partendo dalla forma completamente protonata
(forma cationica), un amminoacido monoammino-
monocarbossilico si comporta come un acido
diprotico.

COOH COO COO


H+ H+
+ | + | |
H3N C H H3N C H H2N C H
| H+ | H+ |
CH3 CH3 CH3
Forma cationica Ione dipolare o anfoione Forma anionica

+1 0 -1
Carica netta
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Il punto isoelettrico (pI): è il valore di pH al quale
la forma zwitterionica è quella predominante
Per la L-α-alanina il pI, a cui la carica netta = 0, si
verifica ad un valore di pH = 6,02

COOH COO COO


+ | H+
+ | H+ |
H3N C H H3N C H H2N C H
| H+ | H+ |
CH3 CH3 CH3
Forma cationica zwitterione Forma anionica

pH < pI pH 6,02 = pI pH > pI


In acidi forti (pH < 1) carica netta = 0 In basi forti (pH >11)
carica netta = + 1 carica netta = - 1
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Nelle proteine sono presenti anche
amminoacidi modificati

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Amminoacidi non comuni
La 4-idrossiprolina si trova nelle proteine della parete cellulare
delle cellule vegetali e nel collageno, una proteina fibrosa del
tessuto connettivo in cui è presente anche la 5-idrossilisina.

L’N-metillisina si trova nella miosina, una proteina contrattile


del muscolo.

Il carbossiglutammato si trova nella protrombina, una proteina


che partecipa alla coagulazione e che lega il calcio.

La desmosina deriva deriva da 4 residui di lisina, ed è presente


nella proteina fibrosa elastina.

La selenocisteina contiene selenio al posto dell’atomo di zolfo


della cisteina. Deriva dalla serina ed è introdotto come tale
durante la sintesi proteica.
Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento 19
Amminoacidi non comuni

Sono intermedi fondamentali nella biosintesi


dell’arginina e nel ciclo dell’urea

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20
1

Proteine (1)
Le proteine svolgono numerose funzioni fondamentali
all interno della cellula. Le più ricorrenti sono:
• Funzione strutturale (cheratine, collageno, ecc.)
• Funzione di trasporto (emoglobina, albumina, ecc.)
• Funzione catalitica (enzimi)
• Funzione specializzate (immunoglobuline)
Sono biopolimeri costituiti da α-L-amminoacidi
legati tra loro mediante legame peptidico
In base alla struttura, si posso classificare in
proteine fibrose e proteine globulari
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2
Proteine (2)
Nella struttura tridimensionale si possono riconoscere
quattro livelli di organizzazione strutturale, caratterizzati
da tipi di legami diversi, alla base della loro
stabilizzazione.
• Struttura primaria:
legame peptidico (legame covalente)
• Struttura secondaria:
legami ad idrogeno tra gruppi peptidici
• Struttura terziaria:
legami intermolecolari tra le catene laterali
• Struttura quaternaria:
legami intermolecolari tra le catene laterali
di catene polipeptidiche diverse
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3
Struttura primaria: il legame peptidico (1)
I gruppi -COOH e -NH2 di due diversi α-amminoacidi
possono reagire e attraverso l’eliminazione di una
molecola di acqua formano il legame peptidico
O OH
legame peptidico
C COOH
H |
|
H2N C H N C H
| | HOOC H
H R
R O C
H2N C N R
H2O +
C
H
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R H
Legame peptidico (2) 4

E’ un legame molto forte perché stabilizzato per


risonanza
O —
O
.. C + C
C N C N
C H C H
Gli atomi di C, N e O
O C impegnati nel legame
C N peptidico sono ibridati sp2
e quindi giacciono, insieme
C H agli atomi ad essi legati,
sullo stesso piano.
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5

Legame peptidico (3): geometria

Non è possibile la
rotazione intorno al
legame C–N a causa del
parziale carattere di
doppio legame.

Nelson DL., Cox MM. “Introduzione alla Biochimica di Lehninger” Ed - Zanichelli

Tranne alcuni casi particolari, gli atomi coinvolti nel


legame peptidico sono in configurazione trans: i due
carboni alfa si trovano da parti opposte.
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Legame peptidico (4) 6

C è libera rotazione
intorno ai legami:
C-Cα (angolo ψ-psi)
Cα-N (angolo φ-phi)

Gli angoli φ e ψ
sono angoli diedri

Nelson DL., Cox MM. “Introduzione alla


Biochimica di Lehninger” Ed - Zanichelli Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento
Struttura primaria delle proteine
7

In una catena polipeptidica, la sequenza degli amminoacidi


rappresenta la struttura primaria e costituisce il primo
livello di organizzazione strutturale.

Nelson DL., Cox MM. “Introduzione alla Biochimica di Lehninger” Ed - Zanichelli

I diversi gruppi peptidici sono incernierati dai legami


N-Cα (φ) e Cα-C (ψ).
Si distingue un’estremità N- terminale ed una C-terminale.
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Struttura secondaria delle proteine
8

Il livello di organizzazione strutturale successivo nelle


proteine è rappresentato dalla struttura secondaria.

I legami che stabilizzano la struttura secondaria sono


i legami ad idrogeno. Questi legami deboli si
instaurano tra i gruppi –NH e – C = O di gruppi
peptidici diversi.
• α-elica
• Struttura β
• Ripiegamenti inversi (anse ο angoli β)
Provocano un ripiegamento nello spazio della catena
polipeptidica
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Struttura secondaria ad α-elica 9

E la più comune struttura secondaria.

E dovuta alla formazione di legami a


idrogeno tra il – C = O di un gruppo
peptidico e l idrogeno di un – NH di un
altro gruppo peptidico distante 3 residui.
Le catene laterali si trovano all’esterno
dell’elica.
La prolina, a causa della sua struttura,
non può essere contenuta in una α-elica.
La glicina, per l’assenza di catena laterale
raramente si ritrova in una α-elica.
Nelson DL., Cox MM. “Introduzione alla Biochimica di Lehninger” Ed - Zanichelli
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Struttura secondaria ad α-elica 10

α-elica vista dall’alto

Nelson DL., Cox MM. “Introduzione alla Biochimica di Lehninger” Ed - Zanichelli

La distanza che intercorre tra due punti omologhi dell’elica


(giro di elica) è di 5.4 Å e contiene mediamente 3.6 residui
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Struttura secondaria a foglietto β (1) 11

E’ dovuta alla formazione di legami a idrogeno tra il – C = O di


un gruppo peptidico e l idrogeno di un – NH di un altro gruppo
peptidico molto distante nella sequenza (struttura primaria).

C-ter. Le catene
N-ter. polipeptidiche
sono allineate.
N-ter. C-ter.

C-ter. N-ter.

Nella forma antiparallela


le catene polipeptidiche
sono orientate in direzioni
opposte.
Nelson DL., Cox MM. “Introduzione alla Biochimica di Lehninger” Ed - Zanichelli

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Le proteine fibrose 12

Le proteine fibrose sono ricche di elementi con


struttura secondaria. Questa classe di proteine svolge
un ruolo di supporto fisico o di protezione.

Cheratine (α e β)
• principali componenti degli strati epidermici
esterni e delle appendici da essi derivati
(pelle, capelli, corna, unghie, ecc.)

Collageno
• principale componente dei tessuti connettivi
(ossa, denti, cartilagine, tendini, ecc.)
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α-cheratina (1) 13

L α-cheratina è una proteina molto resistente allo stress fisico.


E costituita da una coppia di α-eliche avvolte una intorno
all altra generando un superavvolgimento ( coiled coil )

d a

a d

Sequenza ripetitiva di sette residui


di cui a e d sono idrofobici.

Le due eliche sono tenute insieme da interazioni idrofobiche che


si instaurano tra i residui a e d di un elica con quelli a e d
dell altra. Il passo dell elica è ridotto a 5.1 Å (invece di 5.4 Å)
proprio a causa del superavvolgimento.
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α-cheratina (2) 14

Oltre ad interazioni idrofobiche, la presenza di molte


cisteine favorisce la formazione di numerosi ponti
disolfuro.
Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento
β-cheratina 15

La β-cheratina è molto ricca di residui di piccole dimensioni


(Gly, Ala, Ser) ed è priva di cisteina. Sono più rigide delle α-
cheratine per l assenza della reversibilità dei ponti disolfuro.
E prevalentemente costituita da struttura β.

Le catene laterali di glicina


e di alanina (o serina) sono
disposti in maniera
alternata. I gruppi laterali
di una catena si adattano
perfettamente a quelli della
catena adiacente. Inoltre,
tra le catene laterali dei
residui più ingombranti, si
instaurano interazioni
idrofobiche.
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Collageno
16

Il collageno è una delle proteine più abbondanti nei


mammiferi.
E costituito da fibre insolubili che hanno una elevata
resitenza alla tensione.
La sua composizione in amminoacidi è particolare:
un residuo su tre è glicina, molto ricco in prolina
(circa 15%), presenza di amminoacidi modificati
(4-idrossiprolina, 3-idrossiprolina, 4-idrossilisina)
Tre catene polipeptidiche
diverse si avvolgono una
sull’altra generando così
una tripla elica.

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Collageno (2) 17

La tripla elica viene stabilizzata da legami ad idrogeno tra i


gruppi peptidici di residui appartenenti ad eliche diverse.
Le diverse triple eliche si
uniscono tra loro mediante
legami covalenti
trasversali ma senza ponti
disolfuro in quanto in
questa proteina mancano
residui di cisteina.
Questi legami coinvolgono i
residui di lisina,
idrossilisina e istidina.
Il numero di legami trasversali è correlato
alla consistenza posseduta dal collageno.
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Struttura terziaria delle proteine (1) 18
La struttura terziaria delle proteine descrive la posizione nello
spazio di tutti i suoi atomi.
E’ caratteristica delle proteine globulari
La determinazione della struttura terziaria viene generalmente
determinata mediante tecniche spettroscopiche sofisticate.

• Diffrazione dei raggi X (strutture cristalline)


• Risonanza magnetica nucleare (in soluzione)
Conoscenza delle coordinate atomiche di tutti gli atomi
• Banche dati di raccolta (pubbliche)
Protein Data Bank (www.rcsb.org/pdb)
• Programmi di visualizzazione e manipolazione (freeware)
RasMol (http://www.rcsb.org/software)
SwissPdbViewer (http://www.rcsb.org/software)
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Struttura terziaria delle proteine (2) 19

Viene stabilizzata dalle interazioni che si instaurano


tra le catene laterali dei residui amminoacidici, anche
quelli già organizzati in struttura secondaria.
• Ponti disolfuro (residui di cisteina)
• Interazioni ioniche (Asp, Glu, Arg, Lys, His)
• Legami ad idrogeno (Ser, Thr, Asn, Gln, Tyr, His, Pro)
• Interazioni dipolo-dipolo

• Interazioni idrofobiche (Ala, Val, Leu, Ile, Met)


• Interazioni di van der Waals (Phe, Tyr, Trp, His)
Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento
Struttura terziaria delle proteine (3) 20

La struttura terziaria delle proteine porta al ripiegamento


delle strutture secondarie (se presenti) nello spazio.
I ripiegamenti vengono spesso utilizzati per collegare
diversi segmenti di struttura secondaria. Tali
organizzazioni sono definiti motivi strutturali e sono
abbastanza comuni nelle proteine.
forcina β
motivo βαβ motivo αα

barile αβ
barili β

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Struttura quaternaria delle proteine (1)
21

Consiste nell’associazione di diverse catene


polipeptidiche con strutture terziarie indipendenti.
Viene stabilizzata dagli stessi legami responsabili
della struttura terziaria, tranne i ponti disolfuri. Le
diverse catene vengono definite subunità. Queste
possono essere identiche o diverse.
• Emoglobina: Tetramero con due tipi di subunità
• Proteine G: Trimero con tre tipi diversi di subunità
• Chaperoni molecolari: 14 subunità di due tipi diversi
In genere, le subunità si dispongono in maniera
simmetrica.
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Forze che stabilizzano la struttura 22

proteica
• Effetto idrofobico
• Tendenza delle sostanze non polari a minimizzare
i loro contatti con il solvente acquoso.
• Interazioni elettrostatiche
• Ponti salini
• Forze di van der Waals

• Legami chimici trasversali


• Ponti disolfuro (non essenziali)
• Ioni di metalli pesanti (Es. Zn2+)(legami di
coordinazione)
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1

Proteine che legano l’ossigeno

Mioglobina (Mb) Emoglobina (Hb)


Deposito di O2 nei tessuti Trasporta O2 dai polmoni ai
tessuti periferici

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2

Trasporto dell’ossigeno

Hb: nei globuli rossi


Mb: nei tessuti

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Proteine che legano l’ossigeno 3

Proteine specializzate all’interazione con questo gas:


essenziali per la vita degli organismi aerobi.

• L’ossigeno è poco solubile nei solventi acquosi


• Presenta bassa velocità di diffusione nei tessuti
L’ossigeno si lega reversibilmente a queste proteine, ma
nessuna delle catene laterali degli amminoacidi che le
compongono è capace di interagire con questo gas.

Tale funzione viene svolta da alcuni ioni di metalli di


transizione, essenzialmente ferro (rame).

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4
Mioglobina (Mb) ed Emoglobina (Hb)
Le proteine che legano l’ossigeno più studiate sono la
Mb e l’Hb, proteine strutturalmente correlate
appartenenti alla classe delle globine.

Legano l’O2 in maniera reversibile.


Mb e Hb sono proteine coniugate contenenti oltre
alla porzione polipeptidica, un gruppo prostetico,
EME, localizzato in una tasca idrofobica.

Quali sono gli atomi coinvolti nel


legame con l’O2 ?
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L’O2 si lega allo ione ferro del gruppo
5

prostetico EME
Gli ioni del ferro (Fe2+, stato ferroso) in soluzione però
reagirebbero velocemente con l’ossigeno portando alla
formazione di Fe3+ (stato ferrico) ed alcune specie molto
tossiche come l’anione superossido (O2• –) e i radicali
ossidrilici (OH•) che sono molto reattivi e quindi
dannosi.
Nei sistemi biologici, la reattività degli ioni ferrosi nei
confronti dell’ossigeno viene ridotta dal suo legame ad
un composto organico non proteico, il gruppo
prostetico EME.

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Struttura del gruppo EME 6

• tetrapirrolo ciclico legato allo ione Fe2+


(4 dei 6 legami di coordinazione)

• 4 gruppi metilici

• 2 gruppi vinilici

• 2 gruppi propionato

• l’atomo di ferro nello stato


d’ossidazione ferroso (Fe2+) con 6
legami di coordinazione, di cui 4 sono
impegnati con i 4 atomi di N
dell’anello porfirinico, gli altri 2 sono
perpendicolari al piano della
porfirina

L’elevato numero di doppi legami


coniugati e la presenza dello ione ferroso
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conferiscono il colore rosso alla Mb
7

Geometria di coordinazione del Fe2+ nel


gruppo Eme
Il V sito di
coordinazione del His His
Fe2+ è occupato prossimale distale
dal residuo di
His93 (elica F8),
denominata His
prossimale

Al VI sito di
coordinazione del Fe2+
si lega l’ossigeno
Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento
8
Residui che circondano il Gruppo EME)

HisE7 (istidina distale) si trova


vicino all’O2 e forma un legame
H con l’O2 legato all’EME.

HisE7 funziona come una porta


che si apre e si chiude quando
l’O2 entra nella tasca idrofobica
per legarsi all’EME.

Nelson – Cox - Introduzione alla biochimica di Lehninger


Mioglobina (Mb) 9

• 153 amminoacidi
(M.W. ~ 16700)
• Struttura monomerica
• 8 segmenti ad α-elica
(~ 80% dei residui)

• Gruppo EME
(protoporfirina IX + Fe2+)
Nelson – Cox - Introduzione alla biochimica di Lehninger

Il gruppo EME è contenuto in una tasca idrofobica della


struttura globulare.
La maggior parte dei residui polari si trova sulla superficie
esterna della molecola, tranne due residui di istidina
(distale e prossimale) coinvolte nel legame con l’ossigeno.
Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento
Emoglobina (Hb) 10

• 574 amminoacidi
(M.W. ~ 62000)
• Struttura quaternaria:
tetramerica (due tipi di
subunità α e β)

• Due dimeri αβ
• 4 gruppi EME
(uno per subunità)

I gruppi EME si trovano in cavità vicine alla superficie esterna.


Ogni catena α è in contatto con ognuna delle catene β, mentre
esistono poche interazioni tra le catene α o tra quelle β.
Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento
La struttura terziaria delle subunità dell’Hb è
11

molto simile a quella della Mb

Mioglobina Subunità β della emoglobina


Nelson – Cox - Introduzione alla biochimica di Lehninger

La struttura primaria è però molto differente: solo


alcune posizioni amminoacidiche sono conservate
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Curva di saturazione della mioglobina 12

La quantità di ossigeno legato


alla mioglobina aumenta in
modo iperbolico
all’aumentare della pO2.
Pertanto in condizioni Mb + O2 MbO2

Y O2
fisiologiche (pO2 30-100 Torr)
oltre il 90% delle molecole di p50 = 2,8 torr
mioglobina sono ossigenate.

Legame reversibile dell’ossigeno.

Funzioni della mioglobina


• Molecola deputata alla conservazione dell’ossigeno; lo
rilascia in condizioni di scarso apporto di ossigeno ai tessuti.
• Nel tessuto muscolare facilita inoltre il trasporto di tale gas.
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13
Curva di saturazione dell’emoglobina
100 La quantità di ossigeno legato
all’emoglobina aumenta
Alta all’aumentare della pO2,
75
affinità ma la saturazione segue un
andamento sigmoide.
50 p50 = 26 torr L’ossigeno viene legato con
YO2

affinità sempre più alta.


25
Bassa L’ossigeno viene legato alle
affinità diverse subunità in maniera
0 cooperativa.
0 25 50 75 100
pO2 (Torr)

Il legame dell’ossigeno all’EME di una delle subunità facilita


il legame di altre molecole di ossigeno ai gruppi EME delle
altre subunità.
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Confronto tra le curve di saturazione di Mb e Hb 14
Alla pressione di O2 del
sangue arterioso (polmoni)
Mb e Hb sono quasi
completamente saturate di
questo gas.
Alla pressione di O2 del
sangue venoso, la Mb è
completamente satura
mentre l’Hb è satura solo
per metà.

Pertanto mentre la saturazione dell’Hb è molto sensibile


alla variazione di pressione parziale di O2, la Mb è quasi
sempre satura al massimo.
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15

Come si spiega il diverso andamento delle


curve di saturazione della Mb e dell’Hb ?

L’Hb è formata da 4 subunità simili alla Mb

La Mb lega l’ossigeno con una curva di tipo


iperbolico
L’Hb lega l’ossigeno con una curva di tipo
sigmoide che rapprenta un legame di tipo
cooperativo

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L’Hb è una proteina con proprietà 16

allosteriche
L’Hb ha una struttura quaternaria, che consente
alle 4 subunità d’influenzarsi tra loro

Hb esiste in 2 diverse conformazioni


- forma T (tesa) con bassa affinità per l’O2-
- forma R (rilassata) con elevata affinità per O2

Il legame con O2 favorisce la transizione da T a R


T R
L’O2 di comporta da modulatore allosterico omotropico,
aumentando l’affinità di legame dell’Hb per l’O2,
inducendo una cooperatività positiva.
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Effetti sterici causati dal legame dell’O2 nell’Hb 17

Nelson – Cox - Introduzione alla biochimica di Lehninger

Nella forma deossigenata dell’Hb, il Fe2+ si trova al di


fuori del piano dell’eme.
Il legame dell’O2 al Fe2+ induce un avvicinamento dello
ione al piano dell’EME, modificando la posizione
dell’His prossimale e dell’elica F.
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Effetti sterici causati dal legame dell’O2 nell’Hb 18

Lo spostamento della His


prossimale, indotto dal
legame con O2, si
ripercuote su tutta l’elica F.

Questa transizione provoca la


rottura di alcuni ponti salini che
stabilizzavano la forma
deossigenata.
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La struttura quaternaria dell’emoglobina 19

La modifica conformazionale di una subunità nel passaggio dalla


forma deossigenata (deossiemoglobina) a quella ossigenata
(ossiemoglobina) è così importante che si trasferisce anche alle altre
tre subunità generando una forma più compatta.

deossiemoglobina ossiemoglobina
Nelson – Cox - Introduzione alla biochimica di Lehninger
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Modello di cooperatività di legame (2) 20

2) Modello sequenziale (Koshland)


• Il legame del ligando induce una modifica conformazionale
della subunità a cui si è legato
• La subunità modificata induce una modifica conformazionale
sulle altre subunità più vicine
• Le modifiche conformazionali avvengono una dopo l’altra, man
mano che vengono legate più molecole di ligando

Quindi le proteine che seguono il modello sequenziale possono


presentare sia cooperatività positiva (emoglobina) che negativa.

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21

Il pH e la CO2 influenzano il legame dell’O2


all’Hb: effetto Bohr
In condizioni fisiologiche, il legame di O2
all’emoglobina viene regolato da diversi fattori:
- la diminuzione di pH (aumento delle
concentrazione di H+)
- l’aumento della concentrazione di CO2
promuovono il rilascio dell’O2
Modulatori allosterici: ioni H+, CO2 e 2,3-BPG sono
modulatori negativi del legame dell’O2 all’Hb in
quanto determinano il rilascio dell’O2, favorendo e
stabilizzando la conformazione T
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Effetto Bohr 22

Nei tessuti, l’aumento della CO2 porta


ad una diminuzione del pH
anidrasi carbonica
CO2 + H2O HCO3– + H +
ione bicarbonato

• I protoni liberati si legano all’Hb e inoltre favoriscono la


formazione di coppie ioniche (Es. His 146 — Asp 94) che
stabilizzano la forma T
• Anche la CO2 si lega direttamente ai gruppi amminici N-
terminali delle subunità della Hb, formando carbammati che
stabilizzano la forma T

• Nel tessuto polmonare si verificano processi opposti per effetto


dell’aumento del pH, anche in seguito alla espirazione della CO2
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Effetto Bohr
23

Nei muscoli in attiva


contrazione, si
genera acido lattico
che abbassa il pH
promuovendo il
rilascio di circa il
10% in più di O2 da
parte dell’Hb

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1

Proteine specializzate: gli ENZIMI

Sono macromolecole deputate alla catalisi delle reazioni


biologiche. Rimangono inalterati alla fine della reazione.

Molto efficaci: aumentano la velocità di una reazione di


alcuni ordini di grandezza in più rispetto alla catalisi
chimica

Specificità della reazione

Possibilità di regolazione della loro attività

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2
Gli ENZIMI: nomenclatura t
- Nella nomenclatura comune si aggiunge il suffisso “-asi” alla
reazione catalizzata o al composto su cui agisce (proteasi, lipasi,
ATPasi, DNA polimerasi, ecc.)

- Altri hanno il nome assegnato dai loro scopritori che ricorda la


loro funzione, ad es. la pepsina, dal greco pepsis, “digestione”.

- Oppure il nome deriva dalla loro origine, ad es. tripsina dal greco
tryein, “consumare” perché ottenuta sfregando il tessuto
pancreatico con glicerina.

- Qualche volta lo stesso enzima ha due o più nomi, oppure due


enzimi diversi hanno lo stesso nome

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3

ENZIMI: Classificazione

Sono classificati in base alla reazione che catalizzano:

1. Ossidoriduttasi: reazioni redox (trasferimento


di elettroni sotto forma di ioni idruro o atomi di H)

2. Transferasi: trasferimento di gruppi funzionali

3. Idrolasi: reazioni di idrolisi


4. Liasi: eliminazione di gruppi (doppi legami)
5. Isomerasi: isomerizzazioni
6. Ligasi: formazione di legami con idrolisi di ATP
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4

ENZIMI: specificità (1)


Il composto su cui agisce l’enzima viene definito substrato
per sottolineare la sua specificità, cioè la capacità di
interagire con un solo tipo di molecola o con una classe
molto ristretta di esse.
La parte di molecola di enzima che interagisce con il
substrato (sito catalitico o sito attivo) può già presentare la
forma adatta al suo accomodamento (complementarità
geometrica).
Ipotesi di Fischer o
Enzima
“chiave-serratura”
Però la rigidità intrinseca di un sito attivo
così fatto non giustifica i cambiamenti
dinamici alla base della catalisi enzimatica
Substrato
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5
ENZIMI: specificità (2)
Nell’ipotesi di Koshland, in seguito alla interazione, l’enzima
può subire un cambio conformazionale (adattamento indotto)
che stabilizza il legame del substrato.

Enzima + Substrato Complesso ES

L’interazione viene mediata dalla reversibilità dei legami


deboli che si instaurano tra i gruppi di atomi presenti nel
sito attivo dell’enzima ed il substrato
(complementarità elettrostatica).
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6
Cofattori e gruppi prostetici
Molto spesso gli enzimi vengono aiutati nella loro funzione
da molecole relativamente piccole che partecipano al
meccanismo della reazione enzimatica. Possono essere di
diverso tipo e vengono denominati in maniera diversa
anche in dipendenza di come sono legati all’enzima
Cofattori: ioni metallici, molecole inorganiche.
Coenzimi: molecole organiche più complesse.
Gruppi prostetici: cofattore o coenzima
Cofattori e coenzimi si legano all’enzima attraverso interazioni
deboli, i gruppi prostetici sono legati invece covalentemente.
La presenza del cofattore è essenziale per l’attività dell’enzima.
Il complesso enzima-cofattore viene definito oloenzima (attivo)
L’enzima senza il cofattore viene definito apoenzima (inattivo)
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ENZIMI: energetica 7
Gli enzimi accelerano la velocità di una reazione
abbassando l’energia libera dello stato di transizione,
stabilizzandone la sua struttura. Una riduzione di circa 6
Stato di transizione kJ/mole dell’energia libera
dello stato di transizione
(quella relativa ad un
legame a idrogeno) provoca
un aumento di più di 10
volte della velocità di
reazione.
Non hanno nessun effetto
sull’andamento globale della
reazione e non influenzano
la costante di equilibrio.
Fanno raggiungere
l’equilibrio chimico più
rapidamente.
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8

Meccanismi di catalisi enzimatica


I meccanismi di catalisi enzimatica sono gli stessi dei
catalizzatori chimici, con l’aggiunta della specificità.

1. Catalisi acido-base
2. Catalisi covalente
3. Catalisi favorita da ioni metallici
4. Catalisi elettrostatica
5. Catalisi di prossimità e di orientamento
6. Catalisi favorita dal legame preferenziale del
complesso di transizione
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9
Cinetica enzimatica
Studio della velocità delle reazioni catalizzate dagli enzimi e
dei parametri che la influenzano (parametri cinetici).
Reazione sequenziale: formazione del complesso enzima-substrato
Successiva trasformazione nell’enzima libero e nel prodotto

k1 k2
E + S ES E + P
k-1

Se [S] è tale da trasformare tutto l’enzima nel complesso


ES, la seconda tappa della reazione complessiva è quella
che ne regola la velocità.
Questa tappa la consideriamo irreversibile.
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10
Vmax [S]
Equazione di Michealis-Menten v0 =
Km + [S]
Vmax rappresenta l’asintoto dell’equazione di Michaelis-Menten
v0 (velocità iniziale)

Vmax
Significato di Vmax

[Substrato]
Essendo un asintoto non è ricavabile dai dati sperimentali
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11
Significato di Km Vmax [S]
a) v0 =
Km + [S]
v0 (velocità iniziale)

b) Se v0 = Vmax / 2
1/2 Vmax
c) Vmax Vmax [S]
=
Km 2 Km + [S]

1 [S]
d) =
[Substrato] 2 Km + [S]
Km corrisponde alla concentrazione e) Km + [S] = 2 [S]
di substrato alla quale la velocità di
Km = [S]
reazione è metà di quella massima
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12
Grafico dei doppi reciproci o di Lineweaver-Burk
1 Km 1 1 Equazione di
= • +
v0 Vmax [S] Vmax Lineweaver-Burk

1 Permette di
v0
1

ricavare il valore
Vmax di Vmax dal reciproco
dell’intercetta
1 sull’asse
Coefficiente
Km angolare
delle ordinate.
Km Inoltre, si può ricavare
la Km dal reciproco
Vmax
cambiato di segno
di quello delle ascisse.
1 / [S]
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13
Reazioni a due substrati

Sono le più comuni reazioni catalizzate da enzimi e il


modello di Michaelis-Menten non è di semplice applicazione.

Reazioni a spostamento singolo (sequenziali)


Entrambi i substrati devono legarsi all’enzima
per poter generare il prodotto(i).

Reazioni a spostamento doppio (o ping-pong)


Uno dei prodotti viene rilasciato prima che
l’enzima leghi il secondo substrato

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1
Regolazione dell’attività degli ENZIMI
I fattori che influenzano l’attività
di un enzima sono diversi.
• Temperatura • pH
• Forza ionica • Modifiche covalenti

• Presenza di inibitori • Presenza di attivatori

Molto spesso l’azione combinata di più parametri


è alla base della regolazione delle vie metaboliche

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2
Effetto della temperatura
Un aumento della temperatura determina un aumento
della attività di un enzima, come in tutte le reazioni.
Tale effetto però si verifica solo nell’intervallo di
temperatura in cui l’enzima è ancora stabile.
Attività enzimatica (%)

100
Nella parte ascendente, in
genere c’è un raddoppio della
75
velocità ogni aumento di 10 C.
50
Nella parte discendente, alle
25 temperature più alte, l’attività
diminuisce perché si verifica
0
l’inattivazione termica
0 10 20 30 40 50 60 70 dell’enzima.
Temperatura (°C)
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3
Effetto del pH
La maggior parte degli enzimi ha un valore di pH
caratteristico a cui la loro attività è massima.
Attività enzimatica (%)

Glucosio-6-fosfatasi

Attività enzimatica (%)


pepsina

pH pH
In questi casi, la variazione del pH può influenzare lo
stato di ionizzazione di gruppi presenti nel sito attivo e
che partecipano al meccanismo di catalisi.
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4
Inibizione enzimatica
Molte sostanze (inibitori) riducono l’attività di un enzima
legandosi reversibilmente ad esso. Possono influenzare
l’affinità per il substrato e/o il numero di turnover.
Si possono avere diversi tipi di inibizione differenziati in
base al meccanismo di inibizione.

• Competitiva • Incompetitiva
• Mista • Inattivazione
L’inibizione competitiva, incompetitiva e mista sono
reversibili, mentre l’inattivazione è un processo irreversibile.
L’identificazione del tipo di inibizione può essere effettuata
mediante l’analisi dei grafici dei doppi reciproci.
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Inibizione competitiva (1) 5
In questo tipo di inibizione, l’inibitore può legarsi al sito
attivo dell’enzima libero in modo simile al substrato,
senza essere poi modificato.

Presenza di due equilibri con un reagente in comune, l’enzima.


Aumentando la concentrazione del substrato l’effetto scompare.
Per questo motivo la Vmax non cambia mentre Km aumenta
all’aumentare della concentrazione di inibitore.
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Inibizione incompetitiva (1) 6
In questo tipo di inibizione, l’inibitore si lega al complesso
enzima-substrato e non interagisce con l’enzima libero.

Il sito di legame dell’inibitore è diverso dal sito attivo.


Il legame dell’inibitore provoca una distorsione del sito
attivo che lo rende cataliticamente meno efficace.
Diminuiscono sia l’affinità (aumenta Km) sia Vmaxdella stessa entità.
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Inibizione mista (1) 7

In questo tipo di inibizione, l’inibitore si lega sia al


complesso enzima-substrato sia all’enzima libero.

In genere l’affinità dell’inibitore per l’enzima libero o


complessato al substrato è diversa.
Diminuiscono sia l’affinità (aumenta Km) che Vmax
ma di entità diverse.
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8
Inattivazione irreversibile (2)
L’inibitore si lega ad un enzima covalentemente,
modificando gruppi funzionali essenziali per la loro
attività, in maniera irreversibile (inattivatore).

L’inattivatore riduce la concentrazione totale


dell’enzima cataliticamente attivo.

Le molecole di enzima non inattivate presentano la


stessa affinità (Km) per il substrato.

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9

Meccanismi di regolazione
Esistono altri meccanismi di regolazione dell’attività
enzimatica che le cellule di un organismo mettono in atto
per poter coordinare tutti i numerosi processi metabolici.
1. Controllo dell’attività enzimatica
• Meccanismi di inibizione retroattiva (a feedback)
• Utilizzo di regolatori allosterici (cooperatività)
• Modificazioni covalenti reversibili (ad es. fosforilazioni)
• Modificazioni per maturazione proteolitica da un
precursore inattivo
2. Controllo della disponibilità di un enzima (controllo
trascrizionale e/o post-traduzionale)
• Equilibrio tra velocità di sintesi e di degradazione
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10

Enzimi regolatori
Nel metabolismo cellulare, spesso gli enzimi agiscono
in sequenza in una via definita metabolica.

Solitamente il primo enzima della via è un enzima


regolatore, la cui attività aumenta o diminuisce in
risposta ad alcuni segnali.

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11

Inibizione retroattiva

L aumento della concentrazione


del prodotto terminale ( L-
isoleucina) rallenta la velocità
dell intero processo.

L enzima E1 (treonina idratasi) è


inibito allostericamente dall L-
isoleucina

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12
Regolazione allosterica (1)
Meccanismo di controllo dell’attività di un enzima eseguito da
un modulatore.
Enzimi omotropici (il modulatore è la stessa molecola di
substrato)
Enzimi eterotropici (il modulatore è un metabolita diverso dal
substrato)
Il legame con il modulatore induce una variazione nell’attività
enzimatica: aumento (attivatore allosterico) o diminuzione
(inibitore allosterico)

Si osserva per enzimi con struttura quaternaria (più subunità)


che occupano posizioni chiave delle vie metaboliche.

Si basa sulla cooperatività di legame.


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13
Modifiche covalenti reversibili (1)
L’attività di alcuni enzimi regolatori è modulata mediante
modifche covalenti reversibili a carico dei gruppi R di uno
o più residui amminoacidici.

I gruppi utilizzati per le modifiche covalenti sono:


gruppi fosforici, acetilici, adenilici, uridilici, metilici,
ammidici, palmitoilici, etc.

La modifica comporta una variazione dell attività


dell enzima che può sfavorire o favorire la reazione
catalizzata.

La fosforilazione è il tipo di modifica più importante ad


opera di enzimi detti chinasi. Le fosfatasi sono enzimi che
rimuovono i gruppi fosforici. Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento
14
Modifiche covalenti reversibili (2)

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15

Attivazione proteolitica degli zimogeni (2)


Questo meccanismo di regolazione si verifica:
- negli enzimi digestivi (chimotripsina, tripsina, pepsina)

- enzimi della coagulazione del sangue, risposta rapida


in seguito ad un trauma o danno tissutale (cascata di
attivazioni proteolitiche con attivazione della
protrombina in trombina)

- enzimi coinvolti nelle morte cellulare programmata o


apoptosi (attivazione delle caspasi dalle procaspasi)

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16
Attivazione proteolitica degli zimogeni (1)

Conversione irreversibile di un enzima dallo stato inattivo


(zimogeno o proenzima) alla forma attiva mediante idrolisi di
pochi o anche un solo legame peptidico
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17

Cascata della
coagulazione del
sangue

La fase finale del


processo di
coagulazione della
cascata consiste nella
conversione del
fibringeno in fibrina
catalizzzata dalla
trombina

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18
Isoenzimi
- Gli isoenzimi o isozimi sono forme multiple di un
enzima, presenti nello stesso organismo.

- Sono proteine omologhe con diversa struttura


primaria che catalizzano la stessa reazione ma
possiedono valori diversi di Km e Vmax e proprietà
regolatorie diverse.

- Spesso gli isoenzimi sono espressi in maniera tessuto


specifica o in uno specifico organello o in uno stadio ben
preciso dello sviluppo embrionale consentendo così la
regolazione di un specifica reazione in distretti cellulari
e/o tempi diversi.
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LE CELLULE CONVERTONO DIVERSE
FORME DI ENERGIA

Gli organismi richiedono un continuo apporto


di energia per:

- la produzione di lavoro meccanico


- il trasporto attivo di molecole e ioni

- la sintesi di macromolecole

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BIOENERGETICA
Studio quantitativo delle trasduzioni
energetiche che avvengono nelle cellule,
applicato alle reazioni biochimiche

PRIMA LEGGE DELLA TERMODINAMICA


(principio di conservazione dell’energia)
L’energia non può essere né creata né
distrutta (ma solo trasformata)

• Nel muscolo scheletrico, l’energia chimica


presente nell’ATP viene convertita in
energia meccanica
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SECONDA LEGGE DELLA TERMODINAMICA

In tutti i processi naturali, l’entropia tende ad


aumentare (aumento del disordine dell’universo)

ENTROPIA (S)

• E’ l’indicatore del grado di disordine di un sistema

• E’ l’energia (ad una specifica temperatura) non


disponibile per compiere lavoro

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PROCESSI SPONTANEI E NON
• I processi spontanei avvengono senza necessità di
aiuto esterno.
§ Questi processi possono essere sfruttati per
compiere lavoro.

• I processi non spontanei avvengono solo se viene


fornita energia al sistema.

• Energia libera: fornisce un criterio per misurare


la spontaneità di un sistema.

E’ possibile prevedere la
spontaneità di un fenomeno ?
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L’energia libera (G)
L’energia libera (G) o di Gibbs, è l’energia
che può essere utilizzata per compiere un
lavoro a T e P costanti vale la relazione:

DG = DH - TDS
Ø G (ENERGIA LIBERA)
Ø H (ENTALPIA) - IL CONTENUTO TERMICO DI
UN SISTEMA

Ø S (ENTROPIA)
Ø T (TEMPERATURA)
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Energia libera (G)
La spontaneità di un fenomeno tiene
conto di due parametri:

1) la variazione totale del contenuto


termico (entalpia, ∆H);

2) la variazione dello stato totale di


disordine (entropia, ∆S).

Questi parametri concorrono alla


definizione della variazione di energia
libera (∆G)
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Reazione esoergonica
S P

DG = GP-GS
DG < 0

Questa reazione avviene spontaneamente


e produce Energia
Reazione esoergonica, DG < 0
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Reazione endoergonica

S P
DG = GP-GS
DG > 0

Questa reazione non avviene spontaneamente


e richiede Energia
Reazione endoergonica, DG > 0
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L’equilibrio chimico
S P
?
DG > 0 Reazione endoergonica irreversibile

S P
DG = 0 La reazione tende a raggiungere
l’equilibrio ed é reversibile

S P
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REAZIONI CHE PRODUCONO
ENERGIA E REAZIONI
CHE RICHIEDONO ENERGIA
Le reazioni cataboliche:
degradano substrati e
producono energia

Le reazioni anaboliche:
sintetizzano molecole e
richiedono energia
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L’ATP MEDIA IL TRASFERIMENTO DI
ENERGIA TRA REAZIONI
ESOERGONICHE ED ENDOERGONICHE

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L’adenosina trifosfato (ATP)
Ribonucleoside trifosfato costituito da:

- una base azotata, l’adenina


- uno zucchero, il ribosio
- tre gruppi fosfato

- Presente nell’RNA
- nel citosol complessato a ioni Mg2+
- la sua scissione libera Energia
- la sua sintesi richiede Energia

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Formula di struttura dell’ATP
Legame
fosfoestereo Adenina
g b a

Legami Legame
fosfoanidridici N-glicosidico
Ribosio
Il legame fosfoestereo è molto più stabile di
quelli fosfoanidridici.
Questi ultimi vengono definiti ad alto
contenuto energetico in quanto la reazione di
idrolisi è altamente esoergonica
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Scissione idrolitica dell’ATP
g b a

5’-AMP

Gli atomi di fosforo (P) in posizione a, b e g sono


bersagli elettrofili per attacchi nucleofili (ad es. da
parte di un atomo di O di un gruppo OH o COOH).
L’attacco sul:
- P in g trasferisce un gruppo fosforico e libera ADP;
- P in b trasferisce un gruppo pirofosfato e libera AMP;
- P in a rimuove il pirofosfato e trasferisce il gruppo
adenilico (5’-AMP). Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento
Scissione idrolitica dell’ATP

1) IDROLISI ORTOFOSFORICA
ATP ADP + Pi ∆G°’= – 30,5 kJ/mol

2) IDROLISI PIROFOSFORICA
ATP AMP + PPi ∆G°’= – 32,8 kJ/mol

3) IDROLISI DEL PIROFOSFATO


PPi 2 Pi ∆G°= – 19,2 kJ/mol

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L’ATP fornisce energia mediante
trasferimenti di gruppi fosforici
L’idrolisi dell’ATP libererebbe Energia
dispersa sotto forma di calore ed entropia.

Nelle reazioni biochimiche, si verifica il


trasferimento di un gruppo fosforico ad un
intermedio di una reazione accoppiata, e
l’energia è utilizzata per formare un legame
chimico. Questa energia è chiamata
Potenziale di fosforilazione.

La reazione è catalizzata da enzimi che


possiedeno attività ATPasica.
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Altri composti 17

fosforilati O CH2

–O – C – C ~ OPO3– 2

Fosfoenolpiruvato

OH O

–2 O – CH2 – CH – C ~ OPO3– 2
3PO

1,3-Bisfosfoglicerato

CH3 O–
! !
– OOC – CH – N – C – NH ~ P = O
2
!! !
NH2 + O–

Fosfocreatina
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Sintesi dei composti ad alto
contenuto energetico
Negli organismi aerobi, la sintesi di composti ad
elevato contenuto energetico si ottiene
attraverso l’ossidazione dei carburanti
metabolici (carboidrati, grassi, amminoacidi,
ecc.) con consumo di O2 e produzione di CO2.

Principalmente, sono le reazioni di ossido-


riduzione che forniscono la maggior parte
dell’energia libera necessaria alle reazioni
biochimiche.
Gli equivalenti riducenti (elettroni e protoni o
atomi di idrogeno) sono trasferiti da una
molecola all’altra attraverso vari trasportatori di
elettroni fino all’accettore finale (O2)

18 Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento


I trasportatori degli equivalenti
riducenti più comuni sono 4
coenzimi nucleotidici:

- coenzimi flavinici (FAD e FMN)

- coenzimi piridinici (NAD+ e


NADP+)

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FAD: flavin-adenin-dinucleotide

Adenosina

Ribitolo
Vitamina B2
(Riboflavina)

Residuo
isoallossazinico

Nel FMN (flavin-mononucleotide) manca l’adenosina-fosfato


I nucleotidici flavinici sono in genere legati saldamente
all’enzima e sono pertanto dei gruppi prostetici
20
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Le flavoproteine sono enzimi che utilizzano come gruppi
prostetici i coenzimi flavinici (FAD e FMN): è la porzione
isoallossazinica che può accettare uno o due elettroni, in maniera
reversibile, grazie alle presenza degli anelli coniugati

Forma ossidata (chinonica)


(FAD o FMN)

Atomo di idrogeno (1 elettrone


+H• + 1 protone per ogni atomo)

+H•


Forma radicalica (semichinonica) Forma ridotta (idrochinonica)
(FADH o FMNH) (FADH2 o FMNH2)
21
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NAD: nicotinammide adenin-dinucleotide

Nicotinammide
(deriva da un’altra vitamina,
la Niacina)
Legami N-glicosidici
Ribosio

Nel NADP+
Adenosina (nicotinammide
adenin-dinucleotide
fosfato) questo gruppo
OH è esterificato con un
gruppo fosforico
22
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Nei coenzimi piridinici (NAD+ e NADP+) è
la porzione nicotinammidica che può
accettare due elettroni, legando in
maniera reversibile uno ione idruro.

Forma ossidata Forma ridotta

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Gli equivalenti riducenti trasportati dai coenzimi ridotti
vengono utilizzati dalle cellule in diversi processi metabolici.

I coenzimi flavinici ridotti e NADH vengono riossidati a FAD,


FMN e NAD+ a spese dell’ossigeno nel processo di
fosforilazione ossidativa in seguito a processi catabolici.
In questo processo vengono prodotte circa 2,5
molecole di ATP per ognuna di NADH ossidata e 1,5
molecole di ATP per ogni FADH2.

NADPH viene invece utilizzato nei processi anabolici come


fornitore di equivalenti riducenti nelle reazioni redox di sintesi
di molecole e/o precursori di macromolecole.

I due gruppi di coenzimi ridotti vengono prodotti attraverso


processi metabolici diversi. Essenzialmente:

FADH2 e NADH Catabolismo di carboidrati, lipidi


e amminoacidi

NADPH Via dei pentosi-fosfato

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Schema generale del metabolismo
Composti ricchi Composti finali
di energia privi di energia
(nutrienti)
Carboidrati Catabolismo CO2
Grassi H2O
Proteine NH3

ADP ATP
NAD+ NADH Energia
NADP + NADPH chimica
FAD FADH2

Macromolecole Molecole
cellulari precursori
Proteine Amminoacidi
polisaccaridi Anabolismo Zuccheri
Lipidi Acidi grassi
Acidi nucleici Basi azotate

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DIFFERENTE UTILIZZO DEI NUCLEOSIDI
TRIFOSFATO COME FONTE DI ENERGIA

L’ATP E ’ UTILIZZATO PER I PROCESSI DI


PRODUZIONE E CONSERVAZIONE DI ENERGIA

La GTP NELLA GLUCONEOGENESI E SINTESI


PROTEICA

La CTP NELLE SINTESI LIPIDICHE

L’UTP NELLA GLICOGENOSINTESI

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Carboidrati
1

Sono i composti organici più comuni in natura. Sono


noti anche come zuccheri, saccaridi, glucidi, o idrati
di carbonio.
Tale nome deriva dal fatto che hanno formula
generale:
Cn(H2O)m
Sono composti bifunzionali in quanto presentano
nella stessa molecola sia un gruppo carbonilico
(aldeidico o chetonico) che almeno due gruppi
alcolici, che coinvolgono atomi di carbonio diversi.
Per cui, uno zucchero deve essere costituito da
almeno tre atomi di carbonio e ne contiene, in
genere, al massimo sette.
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2

Carboidrati: classificazione
Si classificano in:
Monosaccaridi: un’unica funzione carbonilica

Disaccaridi: per idrolisi danno due molecole di


monosaccaridi

Oligosaccaridi: sono costituiti da due molecole a


dieci molecole di monosaccaridi

Polisaccaridi: per idrolisi danno molte (diverse


decine o centinaia) molecole di monosaccaridi
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Monosaccaridi (1)
3

Sono poliidrossialdeidi o poliidrossichetoni e


prendono il nome rispettivamente di aldosi e
chetosi. I termini più semplice delle due classi sono:
CHO CH2OH
| |
H C* OH C O
| |
CH2OH CH2OH

D-gliceraldeide Diidrossiacetone
(2,3 diidrossi-propanale) (1,3-diidrossi-propanone)
(chirale) (non chirale)
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4
Rappresentazione degli
enantiomeri della gliceraldeide
Tutti i monosaccaridi, ad eccezione
del diidrossiacetone, contengono
uno o più atomi di C asimmetrici
(chirali) e quindi sono presenti in
più forme.

Gli enantiomeri sono uno


l’immagine speculare dell’altro

La gliceraldeide ha 2 isomeri ottici


(D e L) o enantiomeri.

Il numero dei possibili


stereoisomeri dipende dal numero
Nelson DL., Cox MM. “Introduzione alla Biochimica dei C chirali.
di Lehninger” Ed - Zanichelli
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Monosaccaridi (2) 5

Si aggiunge un prefisso prima della desinenza -oso


per indicare il numero degli atomi di carbonio.
Aldo-tetroso Aldo-esoso
Cheto-pentoso
CHO
CHO CH2OH |
| |
* CHOH * CHOH
|
C O |
* CHOH | * CHOH
* CHOH |
|
CH2OH | * CHOH
* CHOH |
2n stereoisomeri * CHOH
2 coppie di enantiomeri | |
CH2OH CH2OH
2n stereoisomeri
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8 coppie di enantiomeri
Monosaccaridi (3): serie stereochimiche 6

Nel caso della presenza di più atomi di carbonio


asimmetrici, tale configurazione si riferisce a quello
più distante dalla funzione carbonilica.
Tutti gli zuccheri naturali appartengono alla serie stereochimica D.

CHO CHO CHO


| | |
H C* OH HO C* H H C* OH
| | |
C* OH HO C* H C* H
H HO
| | |
CH2OH CH2OH CH2OH
D-eritrosio L-eritrosio L-treosio
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Aldosi appartenenti alla serie D 7

CHO
|
TRIOSO
H—C—OH
|
CHO CH2OH CHO
| |
TETROSI
D- gliceraldeide
H—C—OH HO—C—H
| |
H—C—OH H—C—OH
| |
CH2OH CH2OH
D- eritrosio D- treosio

CHO CHO CHO CHO P


| | | |
H—C—OH HO—C—H H—C—OH HO—C—H
E
| | | | N
H—C—OH H—C—OH HO—C—H HO—C—H
| | | | T
H—C—OH
|
H—C—OH
|
H—C—OH
|
H—C—OH
|
O
CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH S
D- ribosio D- arabinosio D- xilosio D- lixosio I
CHO CHO CHO CHO CHO CHO CHO CHO
| | | | | | | |
H—C—OH HO—C—H H—C—OH HO—C—H H—C—OH HO—C—H H—C—OH HO—C—H
| | | | | | | |
H—C—OH H—C—OH HO—C—H HO—C—H H—C—OH H—C—OH HO—C—H HO—C—H E
| | | | | | | |
H—C—OH H—C—OH H—C—OH H—C—OH HO—C—H HO—C—H HO—C—H HO—C—H
S
| | | | | | | | O
H—C—OH H—C—OH H—C—OH H—C—OH H—C—OH H—C—OH H—C—OH H—C—OH
| | | | | | | | S
CH2OH CHOH CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH I
D- allosio D- altrosio D- glucosio D- mannosio D- gulosio D- idosio D- galattosio D- talosio

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Chetosi appartenenti alla serie D 8

CH2OH
CH2OH TETROSO
|
TRIOSO |
CO
CO (non chirale) |
| H—C—OH
CH2OH |
Diidrossi-acetone CH2OH
D- eritrulosio

CH2OH CH2OH P
| |
CO CO E
Gli stereoisomeri degli aldosi sono |
H—C—OH
|
HO—C—H
N
| | T
in numero doppio rispetto a quelli H—C—OH
|
H—C—OH
| O
dei chetosi CH2OH
D- ribulosio
CH2OH
D- xilulosio
S
I

CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH


| | | |
CO CO CO CO
| | | | E
H—C—OH HO—C—H H—C—OH HO—C—H
| | | |
S
H—C—OH H—C—OH HO—C—H HO—C—H O
| | | |
H—C—OH H—C—OH H—C—OH H—C—OH S
|
CH2OH
|
CH2OH
|
CH2OH
|
CH2OH
I
D- allulosio D- fruttosio D- sorbosio D- tagatosio

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Strutture cicliche dei monosaccaridi
In soluzione acquosa, i monosaccaridi a 5 o 6 atomi di carbonio esistono
anche in forma ciclica. La forma ciclica si ottine attraverso una reazione tra
il gruppo carbonilico ed il gruppo alcolico secondario più distante da esso. Si
ottengono le forme emiacetaliche per gli aldosi ed emichetaliche per i chetosi.
Si forma un nuovo centro chirale: il C1
H
| |
| *
H—C—OH
*
HO—C—H C=O
| |
| H—C—OH
H—C—OH H—C—OH
| |
|
HO—C—H O HO—C—H O
HO—C—H
| |
|
H—C—OH H—C—OH
H—C—OH |
| |
H—C H—C
H—C—OH
| |
|
CH2OH CH2OH
CH2OH

D-glucosio D-glucosio
D-glucosio
Epimero β Epimero α
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Strutture cicliche (2): rappresentazione di Haworth 10

H |
| H—C—OH
|
HO—C—H |
C=O
| H—C—OH
|
H—C—OH |
H—C—OH
| HO—C—H O
|
HO—C—H O |
HO—C—H
| H—C—OH
|
H—C—OH |
H—C—OH
| H—C
|
H—C |
H—C—OH
| CH2OH
|
CH2OH
CH2OH

CH2OH CH2OH
CH2OH

O O
OH O—H

~ 64% O H ~ 35%
C
OH OH
OH ~ 1%
HO HO OH
HO

OH OH
OH
β-D-glucopiranosio forma aperta α-D-glucopiranosio
Strutture cicliche dei monosaccaridi (4): fruttosio
11

CH2OH CH2OH CH2OH


| | |
C=O OH
HO—C C
| | |
HO—C—H O HO—C—H HO—C—H O
| | |
H—C—OH H—C—OH H—C—OH
| | |
H—C H—C—OH H—C
| | |
CH2OH CH2OH CH2OH

HOCH2 O
OH O—H
HOCH2 HOCH2 O CH2OH
O CH2OH
C
CH2OH
HO OH
HO HO

OH
OH OH
β-D-fruttofuranosio α-D-fruttofuranosio
Legame glicosidico (1) 12

Gli ossidrili semiacetalici o semichetalici dei monosaccaridi


reagiscono facilmente con altri gruppi funzionali alcolici (es.
metanolo) o amminici, con eliminazione di una molecola di acqua
e formazione dei glicosidi.

legame O-glicosidico

CH2 OH CH2 OH

O O
O—CH3
OH
+ CH3 OH + H2O
OH OH
HO

OH OH

β-D-glucopiranosio O-Metil-β-D-glucopiranoside

Legame importante nella formazione dei disaccaridi e dei polisaccaridi


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13

Disaccaridi

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14
Polisaccaridi: cellulosa
Polimero lineare costituito da molecole di
β-D-glucopiranosio legate da legami β-1-4 glicosidici

6 6 6
CH2 OH CH2 OH CH2 OH 6 6
CH2 OH CH2 OH
O O O O O
5 5 5
5 5 OH
4 1 O 4 1 O 4 1 O
OH OH OH 4 1 O 4 1
OH OH
HO 3 2 3 2 3 2 3 2 3 2

OH OH OH OH OH

n
Il numero di molecole di β-D-glucosio legate può essere anche di diverse
migliaia. Le diverse catene lineari si dispongono in maniera affiancata e la
formazione di numerosi legami ad idrogeno intercatena conferisce l’eccezionale
rigidità alla cellulosa, proprietà alla base della sua funzione strutturale nei
sistemi biologici del mondo vegetale. La cellulosa nelle piante svolge le stesse
funzioni delle proteine fibrose del mondo animale.
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Polisaccaridi: amido 15

Costituito da due componenti: α-amilosio ed


amilopectina. L’α-amilosio è un polimero lineare in cui
molecole di α-D-glucopiranosio sono legate da legami
α-1-4 glicosidici.
6 6 6
CH2 OH CH2 OH CH2 OH 6 6
CH2 OH CH2 OH
O O O O O
5 5 5
5 5
4 1 4 1 4 1
OH OH OH 4 1 4 1
O O OH OH
HO 3 2 3 2 3 2 O 3 2 O 3 2
OH
OH OH OH OH OH

n
Per idrolisi fornisce molecole di maltosio e/o α-D-glucosio.
Rappresenta la principale fonte di carboidrati nella dieta
umana.
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16
Polisaccaridi: amilopectina e glicogeno
Nell’amilopectina, i polimeri lineari di α-amilosio sono unite nei punti di
ramificazione da legami α-1-6 glicosidici che coinvolgono l’OH semiacetalico
libero di una catena di α-amilosio e quello in posizione 6 di un’altra catena.
6 6 6
CH2 OH CH2 OH CH2 OH
O O O
5 5 5 Nell’amilopectina, la
4
OH
1 4
OH
1 4
OH
1 ramificazione si verifica
O 3 2 O 3 2 O 3 2 ogni 20-30 residui di
glucosio in catena lineare.
OH OH HO O

6 6
CH2 OH CH2 6
CH2 OH
O O O
5 5
5
4 1 4 1
OH OH 4 1
O OH
O 3 2 3 2 O O
3 2

OH OH OH
Nel glicogeno il grado di ramificazione è più frequente (8-10 residui).
Il glicogeno rappresenta la forma di deposito del glucosio nei mammiferi.
Altri polisaccaridi: glicosamminoglicani 17

Rappresentano uno dei costituenti della matrice extracellulare dei tessuti


connettivi. Hanno consistenza gelatinosa e possono regolare la loro fluidità
in base alla quantità di acqua legata. Sono costituiti da unità
disaccaridiche contenenti eteroatomi di azoto o zolfo.

D-glucuronato N-acetil-D-glucosammina D-glucuronato N-acetil-D-galattosammina-4-solfato


Acido ialuronico Condroitin-4-solfato

D-iduronato-2-solfato N-solfo-D-glucosammina-6-solfato D-glucuronato N-acetil-D-galattosammina-6-solfato

Eparina Condroitin-6-solfato
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18
Glicoproteine
Associazione tra macromolecole proteiche e carboidrati. Svolgono
funzioni catalitiche (enzimi), strutturali (proteoglicani) e specializzate
(ormoni, recettori, anticorpi, trasporto).

Il legame tra i due componenti si può verificare sia covalentemente che


attraverso interazioni deboli (legame ad idrogeno).

Nel caso di legame covalente, si forma un legame N- glicosidico tra gli zuccheri
ed alcuni residui di Asn della proteina.
Si possono inoltre formare legami O-glicosidici con residui di Thr o Ser.

La glicosilazione delle proteine avviene durante la loro sintesi.

E’ un fenomeno qualche volta reversibile e non regolato da uno stampo, per


cui il livello di glicosilazione è variabile (microeterogeneità).

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19
Legame N-glicosidico (2)
Gli ossidrili semiacetalici o semichetalici dei monosaccaridi
reagiscono facilmente con altri gruppi funzionali alcolici o
amminici (es. metilammina), con eliminazione di una molecola
di acqua e formazione dei glicosidi.
legame N-glicosidico

CH2 OH CH2 OH

O O
NH—CH3
OH
+ CH3NH2 + H2O
OH OH
metilammina
HO

OH OH

β-D-glucopiranosio N-Metil-β-D-glucopiranoside

Legame importante nella formazione dei nucleosidi


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20

Utilizzo del glucosio nelle cellule animali


Via dei
Ribosio 5-P pentosi Glicolisi Piruvato
NADPH fosfato

Ossidazione

Glucosio

Biosintesi

Matrice Polimeri Glicogeno,


Depositi Amido,
extracellulare strutturali
Saccarosio
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21

Catabolismo del glucosio: la glicolisi


• E’ un processo che si verifica nel citoplasma delle cellule.

• Consiste di due fasi e si identificano 10 diverse reazioni


sequenziali, ognuna catalizzata da un enzima diverso.

• Avviene indipendentemente dalla presenza di ossigeno e


porta alla formazione di ATP, NADH e di due molecole a
tre atomi di carbonio: il piruvato.

Glucosio + 2 ADP + 2 Pi + 2 NAD+


2 Piruvato + 2 ATP + 2 NADH + 2 H+ + 2 H2O

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22

Le due fasi della glicolisi


Nella fase I o preparatoria:
• vi è un consumo di due molecole di ATP ed il glucosio viene
scisso in due molecole di gliceraldeide-3-fosfato.

Nella fase II o di recupero energetico:


• le due molecole di gliceraldeide-3-fosfato sono convertite in
piruvato con produzione di quattro molecole di ATP e due
molecole di NADH.
• L’ATP può essere utilizzato per ricavarne energia libera,
mentre piruvato e NADH prenderanno diversi destini a
seconda delle condizioni: anaerobiche o aerobiche.

• In condizioni anaerobiche, è indispensabile rigenerare NAD+


altrimenti la glicolisi, e quindi la produzione di ATP, si blocca.

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23
La reazione 1 della glicolisi: esochinasi
• Il glucosio viene fosforilato in posizione 6 da parte dell’enzima esochinasi
con consumo di ATP e formazione di un legame fosfoestereo.

Esochinasi

Glucosio Glucosio-6-P
(G-6P)
Nelle cellule epatiche questa reazione viene catalizzata anche dall’enzima
glucochinasi, un isoenzima dell’esochinasi.
La glucochinasi non è un enzima della glicolisi, la sua funzione è quella di
mantenere costanti i livelli di glucosio nel sangue. Si attiva in presenza di
elevate concentrazioni di zucchero ed innesca il suo immagazzinamento
(glicogenosintesi).
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24
Differenze tra esochinasi e glucochinasi
1) SPECIFICITA’
• L’esochinasi presenta una più bassa specificità:
riesce a fosforilare anche il fruttosio e il mannosio
• La glucochinasi presenta una assoluta specificità
per il glucosio e non fosforila altri zuccheri

2) CINETICA
• Esochinasi : 1. alta affinità per il glucosio (Km = 0.1 mM)
2. curva di saturazione di Michaelis-Menten

3. inibizione allosterica da parte del glucosio-6-P

• Glucochinasi : 1. più bassa affinità per il glucosio (Km = 5 mM)


2. curva di saturazione sigmoide

3. non viene inibita da glucosio-6-P

4. proteina monomerica

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25

La reazione 2 della glicolisi: fosfoglucosio isomerasi


Il glucosio-6-fosfato (aldoso) viene isomerizzato a fruttosio-6-fosfato
(chetoso) da parte dell’enzima fosfoglucosio isomerasi (PGI)

Fosfoglucosio
isomerasi

Glucosio-6-P Fruttosio-6-P (F-6P)

• E’ una reazione all’equilibrio: l’enzima può catalizzare anche la reazione


inversa. Le concentrazioni relative fanno la differenza.

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26

La reazione 3 della glicolisi: fosfofruttochinasi 1


Il fruttosio-6-fosfato viene fosforilato a fruttosio-1,6-
bisfosfato da parte dell’enzima fosfofruttochinasi 1 (PFK-1) e
concomitante consumo di un’altra molecola di ATP.

Fosfofruttochinasi 1

Fruttosio-6-P Fruttosio-1,6-P (F-1,6-BP)


• Esiste un altro enzima che catalizza la fosforilazione del
fruttosio-6-P: la fosfofruttochinasi 2 (PFK-2) che catalizza però
l’attacco del secondo gruppo fosfato sulla posizione 2.
• I due enzimi (PFK-1 e PFK-2) giocano un ruolo importante nel
controllo della glicolisi in quanto la velocità di questa reazione
influenza quella di tutta la glicolisi.
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27

La reazione 4 della glicolisi: aldolasi

Il fruttosio-1,6-bisfosfato viene scisso in gliceraldeide-3-fosfato


e diidrossiacetone fosfato da parte dell’enzima aldolasi.

Aldolasi
Diidrossiacetone-P
Fruttosio-1,6-P Gliceraldeide-3-P
(DHAP)
(GAP)

E’ una reazione di scissione aldolica con produzione di due


monosaccaridi fosforilati a tre atomi di carbonio.

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28

La reazione 5 della glicolisi: trioso fosfato isomerasi


Il diidrossiacetone fosfato viene isomerizzato a gliceraldeide-3-
fosfato dall’enzima trioso fosfato isomerasi (TPI).

Trioso fosfato isomerasi

Diidrossiacetone fosfato Gliceraldeide-3-fosfato

• Rappresenta l’ultima reazione della fase preparatoria.


• La TPI mantiene le concentrazioni all’equilibrio di GAP e
DHAP (DHAP >>GAP). Solo la GAP procede nella glicolisi.
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29

Fase preparatoria della glicolisi

• consumo netto di due molecole di ATP.


• produzione di due molecole di
gliceraldeide-3- fosfato.
• regolazione a livello della seconda reazione
di fosforilazione (PFK-1).

La seconda fase della glicolisi:


il recupero energetico
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30

La reazione 6: gliceraldeide-3-P deidrogenasi


Si verifica l’ossidazione e la fosforilazione della GAP ad
opera di NAD+ e Pi catalizzate dell’enzima GAP-
deidrogenasi (GAPDH).

Gliceraldeide-3-P
deidrogenasi
Gliceraldeide-3-P Pi 1,3-bisfosfoglicerato
(fosfato inorganico)
L’ossidazione del gruppo aldeidico è una reazione esoergonica:
viene sintetizzato un composto ad alto contenuto energetico (acil fosfato) ed
una molecola di coenzima ridotto (NADH). E’ NECESSARIO NAD +
La reazione globale è leggermente endoergonica (∆G°’ = + 6.7 kJ/mole)
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31
La reazione 7: fosfoglicerato chinasi
L’1,3-bisfosfoglicerato si trasforma in 3-fosfoglicerato con
produzione di ATP ad opera dell’enzima fosfoglicerato chinasi
(PGK).

ATP
Fosfoglicerato
chinasi
1,3-bisfosfoglicerato ADP 3-fosfoglicerato

• Le reazioni 6 e 7 della glicolisi sono reazioni accoppiate.


• GAP + Pi + NAD+ ! 1,3-BPG + NADH ∆G ’ = + 6.7 kJ/mole

• 1,3-BPG + ADP ! 3-PG + ATP ∆G ’ = – 18.8 kJ/mole


• GAP + Pi + ADP + NAD+ ! 3-PG + NADH + ATP ∆G ’ = – 12.1 kJ/mole
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32
La reazione 8: fosfoglicerato mutasi
Il 3-fosfoglicerato viene isomerizzato a 2-fosfoglicerato ad
opera dell’enzima fosfoglicerato mutasi.

Fosfoglicerato
mutasi

3-fosfoglicerato 2-fosfoglicerato

• Un intermedio di questa reazione legato all’enzima, il 2,3-


bisfosfoglicerato, può dissociarsi dall’enzima. Questo composto
negli eritrociti si lega alla deossiemoglobina, provocando una
diminuzione di affinità per l’ossigeno di questa proteina.
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33

La reazione 9: enolasi
Il 2-fosfoglicerato viene deidratato dall’enzima enolasi.

Enolasi

2-fosfoglicerato Fosfoenolpiruvato (PEP)

• Il fosfoenolopiruvato è un composto ad alto contenuto


energetico (∆G ’ di idrolisi – 61.9 kJ/mole).

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34

La reazione 10: piruvato chinasi


Il fosfoenolpiruvato viene idrolizzato dalla piruvato
chinasi. L’energia liberata viene utilizzata per
sintetizzare ATP.

• E’ una reazione a due tappe in cui sono richiesti ioni magnesio e


potassio.
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35

La reazione 7: fosfoglicerato chinasi


La reazione 10: piruvato chinasi

La formazione di ATP per trasferimento di un gruppo


fosforico da un substrato all’ADP è detta di:

“FOSFORILAZIONE A LIVELLO DEL


SUBSTRATO”

per distinguerla dalla sintesi di ATP mediante la


fosforilazione ossidativa, dipendente dalla catena di
trasporto degli elettroni.
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36

Fase di recupero energetico della glicolisi.

• Dal glucosio libero, sono prodotte due molecole


di ATP mediante le reazioni di fosforilazione a
livello del substrato.

• Produzione di una molecola di NADH.

• Produzione di una molecola di piruvato.

• Per ogni molecola di glucosio iniziale, questa fase


si verifica due volte.

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37
Destini metabolici del piruvato
Glucosio
Glicolisi
NAD+
NADH
Acetil-CoA Piruvato
Ciclo di Krebs
Fermentazione
NADH
Fosforilazione lattica NAD+
ossidativa Fermentazione
alcolica
CO2 H2O Lattato
CO2 Etanolo
Aerobiosi Anaerobiosi
Anaerobiosi
(Muscolo scheletrico)
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(Lieviti)
La fermentazione omolattica (1) 38

Quando la quantità di ossigeno è limitata, ad es. nel muscolo


durante un’intensa attività oppure in molti microorganismi, il
piruvato è convertito a lattato.
• In queste condizioni la richiesta di ATP è elevata e il
rifornimento di ossigeno è scarso.
• Il piruvato proveniente dalla glicolisi viene ridotto a lattato
dall’enzima lattato deidrogenasi.

NADH + H+ NAD+

Lattato
deidrogenasi

Piruvato Lattato

Gli equivalenti riducenti provengono dal NADH.


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39

La fermentazione omolattica (2)


La reazione complessiva della conversione del glucosio in
lattato è:

Glucosio + 2 Pi + 2 ADP 2 lattato + 2 ATP + 2 H2O

Non c’è una ossidoriduzione netta, si ottiene però la


rigenerazione del NAD+, utilizzato nella reazione 6, che
mantiene costante il flusso della glicolisi in condizione
anaerobie.

Se il NADH non fosse rigenerato, la glicolisi non procederebbe


oltre la via della gliceraldeide 3-fosfato.

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La fermentazione alcolica 40

• E’ un fenomeno che si verifica in assenza di ossigeno nel lievito.


• E’ indispensabile per la rigenerazione del NAD+ a partire dal
NADH formatosi nella glicolisi.
Si produce etanolo e CO2 attraverso due reazioni consecutive:
• 1) Decarbossilazione del piruvato ad acetaldeide ad opera
– della piruvato decarbossilasi, non presente negli animali.
• 2) Riduzione dell’acetaldeide ad etanolo ad opera dell’
– alcol deidrogenasi, e rigenerazione del NAD+. In questo
modo la via glicolitica non si blocca.
NADH
+ H+ NAD+

Acetaldeide Etanolo
Piruvato
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41

Regolazione della glicolisi


• Regolazione allosterica della fosfofruttochinasi-1 (PKF-1)
Attivatori: AMP, fruttosio 2,6-bisfosfato.
Inibitori: ATP, citrato
- diminuizione del pH (acido lattico nel muscolo)
• Regolazione della piruvato chinasi
Attivatori: fruttosio 1-6 bisfosfato
Inibitori: ATP, Acetil-CoA
• Regolazione della esochinasi
Inibitori: glucosio 6-P
La glicolisi non produce solo energia ma anche
intermedi di altri processi metabolici (piruvato, glucosio
6-P, 2,3 bisfosfoglicerato)
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1

Il metabolismo del glicogeno


Il glicogeno è il
polisaccaride di riserva di
glucosio delle cellule
animali.

E’ localizzato nel fegato


(circa il 10% in peso), nel
muscolo (circa 2%), ed in
minor misura nel rene.
Il glicogeno si accumula nelle cellule formando dei
granuli.

In questi granuli sono anche contenuti gli enzimi


che sono preposti alla sintesi e alla degradazione
del glicogeno e molte proteine regolatrici.
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2

Struttura del glicogeno

Legami α-1-4 glicosidici tra i residui delle catene lineari


Legami α-1-6 glicosidici nei punti di ramificaazione
Ramificazioni circa ogni 8-10 residui.
Estremità non riducente: un OH libero in posizione 4
Estremità riducente: l’atomo di C anomerico C1 è libero

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3

Funzione del glicogeno


Il metabolismo epatico del glicogeno assicura la
costanza della concentrazione sanguigna del
glucosio (~ 5 mM).

Il metabolismo muscolare del glicogeno assicura la


costante fornitura di glucosio nei meccanismi
anaerobici lattacidi ed aerobici per la produzione di
ATP.

Tale funzione viene garantita da un bilancio tra


l’idrolisi (glicogenolisi) e la sintesi (glicogenosintesi)
del glicogeno.

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4

Metabolismo del glicogeno


Glicogenolisi: rimozione
di unità di glucosio

Glicogenosintesi:
aggiunta di unità di
glucosio
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5

Quale è il significato delle


ramificazioni ?

Le ramificazioni sono importanti


perché:
- aumentano la solubilità del glicogeno

- sono i siti di attacco degli enzimi


della degradazione e biosintesi
6

Demolizione del glicogeno


Nella glicogenolisi intervengono tre enzimi:

L’enzima 1: glicogeno fosforilasi


L’enzima 2: enzima deramificante
L’enzima 3: fosfoglucomutasi

La glicogeno fosforilasi catalizza la scissione


dei legami a(1-4) glicosidici con produzione di
glucosio-1-fosfato (G-1P).

Glicogeno(n) + Pi à Glucosio-1-P + glicogeno(n-1)

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7

La glicogeno fosforilasi
La glicogeno
fosforilasi
catalizza l’attacco
da parte del fosfato
inorganico (rosa) sul
residuo di glucosio
terminale (blu)
all’estremità non
riducente di una
molecola di
glicogeno (reazione
di fosforilisi).

Viene rilasciata una


molecola di glucosio
1-fosfato.
7

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8

La glicogeno fosforilasi agisce in


ripetizione sulle estremità non
riducenti fino a 4 residui dal punto
di ramificazione.

L’enzima 2 della glicogenolisi:


enzima deramificante
9

L’enzima 2 della glicogenolisi: enzima deramificante

L’enzima deramificante del glicogeno agisce a 4 residui


dal punto di ramificazione.
L’enzima deramificante
catalizza prima il
trasferimento di una
Attività unità trisaccaridica.
trasferasica

Successivamente.
l’enzima catalizza
l’idrolisi del legame
Attività a (1-6) glicosidico.
glicosidasica Si ottiene così una
molecola di glucosio
non fosforilata.
I siti attivi per le due attività enzimatiche sono diversi.
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10
L’enzima 3 della glicogenolisi: fosfoglucomutasi
La fosfoglucomutasi catalizza l’isomerizzazione del
glucosio-1-P a glucosio-6-P.

Glucosio-1-P Glucosio-6-P
La fosfoglucomutasi agisce in condizioni di equilibrio.
Le concentrazioni relative stabiliscono il decorso della
reazione.
Nel muscolo scheletrico, il glucosio-6-P può entrare
direttamente nella glicolisi o nella via dei pentosi fosfato
secondo le necessità. L’azione della esochinasi non è
richiesta.
Nel fegato, il glucosio-6-P è convertito in glucosio
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11
La glucosio-6-fosfatasi
Solo nelle cellule epatiche è presente anche un altro
enzima, la glucosio-6-fosfatasi che catalizza la reazione:

glucosio-6-P + H 2O –––––> glucosio + Pi

Questa reazione è di notevole importanza per il


mantenimento costante della concentrazione di glucosio
ematico. Infatti, solo il glucosio e non la sua forma
fosforilata, può attraversare la membrana degli epatociti e
quindi entrare nel circolo sanguigno.

Gli altri tessuti, principalmente quello muscolare e


nervoso, sono privi di questo enzima e pertanto il glucosio
sotto forma fosforilata rimane al loro interno e potrà
essere catabolizzato (tessuto nervoso e muscolare) o
conservato sotto forma di glicogeno (tessuto muscolare).

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12

Anabolismo del glicogeno: glicogenosintesi


La glicogenosintesi avviene con reazioni diverse da quelle
opposte della glicogenolisi.
Questa proprietà è stata messa in evidenza dalla scoperta di
una malattia (Malattia di McArdle) associata alla mancanza
della glicogeno fosforilasi muscolare. Il tessuto muscolare
degli individui affetti da questa sindrome, pur non essendo
capace di idrolizzare il glicogeno accumulavano questo
polisaccaride nelle loro cellule.
Anche nella glicogenosintesi sono coinvolti tre enzimi.
La conversione diretta del glucosio-1-P in glicogeno è un
processo endoergonico (∆G > 0) e quindi la sintesi necessita
di una tappa esoergonica accoppiata.
L’energia necessaria viene fornita dall’idrolisi di una
molecola ad alto contenuto energetico: UTP.

L’enzima principale è la glicogeno sintasi.


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13

Glicogenosintesi
L’energia necessaria viene fornita dall’idrolisi di
una molecola ad alto contenuto energetico:
l’uridina trifosfato (UTP) che porta alla formazione
di UDP-glucosio

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14

Biosintesi del glicogeno:


sintesi di UDP-glucosio

Glucosio 6-fosfato

fosfoglucomutasi

Glucosio 1-fosfato

UTP
UDP-glucosio
pirofosforilasi PPi

UDP-glucosio

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15
Biosintesi del glicogeno: formazione del
legame a 1-4 glicosidico catalizzata dalla
glicogeno sintasi

UDP-
glucosio

UDP
Catena di glicogeno allungata di
un residuo

L’unità glicosidica dell’UDP-


glucosio viene trasferita
sull’OH in posizione 4 di una
delle estremità non riducenti
Estremità non riducente di una del glicogeno.
catena di glicogeno con n residui
16

Biosintesi del glicogeno: punti di ramificazione,


formazione del legame a 1-6 glicosidico catalizzata
dall’enzima ramificante
Le catene lineari sintetizzate grazie alla glicogeno sintasi
vengono ramificate dall’enzima ramificante (amilo-1,4-1,6
transglicosidasi). Questo enzima catalizza il trasferimento di
un frammento di sette residui glucidici dall’estremità non
riducente sull’OH in posizione 6 della stessa catena o di una
catena diversa.

Enzima
ramificante

Il punto di ramificazione si troverà ad almeno 4 residui dal


precedente e la catena da cui deriva il segmento di 7 residui
deve contenere almeno 11 unità di glucosio.
17
Inizio della glicogenosintesi
La glicogeno sintasi riesce solo
ad allungare catene polisacca-
ridiche con almeno 7 residui.

Questo “ primer ” (innesco)


viene sintetizzato a partire
sempre da UDP-G ma per
l’azione di un altro enzima: la
glicogenina (G) una
glicosiltrasferasi composta da
2 subunità identiche.

La glicogenina catalizza
l’aggiunta di 8 unità di
glucosio all’altra subunità,
costituendo due corti polimeri
iniziali. Prof. ARCONE – Corso di Biochimica del Movimento
18

Regolazione del metabolismo


del glicogeno
La regolazione della velocità di sintesi e di
demolizione del glicogeno viene effettuata
mediante:

1) controllo allosterico

2) modifiche covalenti reversibili (fosforilazione e


defosforilazione) degli enzimi interessati, la
glicogeno fosforilasi e la glicogeno sintasi.

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19
Controllo allosterico del metabolismo
del glicogeno
La glicogeno fosforilasi e la glicogeno sintasi
presentano comuni modulatori allosterici che
regolano l’attività in maniera opposta. Gli
attivatori di un enzima sono generalmente
inibitori dell’altro.

Effettori allosterici sono il glucosio 6-fosfato,


l’ATP e l’AMP. L’ATP e l’AMP segnalano lo stato
energetico della cellula:
- un aumento dei livelli di G 6-P e ATP attiva
la glicogeno sintasi ed inibisce la glicogeno
fosforilasi.
- un aumento di AMP induce un’inibizione
della glicogeno sintasi ed un’attivazione della
glicogeno fosforilasi.

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20

Regolazione della glicogeno fosforilasi


per fosforilazione reversibile
La glicogeno fosforilasi è costituita da 2 subunità
uguali, ed è presente in 2 forme:
- fosforilasi a (più attiva), ciascuna subunità con
un residuo di Ser14 fosforilato
- fosforilasi b (meno attiva), identica alla
fosforilasi a ma con i residui di Ser14 non
fosforilati

Gli eventi di fosforilazione e defosforilazione


sono sotto il controllo di ormoni (insulina,
adrenalina e glucagone) il cui effetto è mediato
da chinasi e fosfatasi.

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21

Controllo ormonale e biosegnalazione


Ormone

Recettore

Biosegnalazione
(secondi messaggeri: cAMP, ioni Ca++).

Chinasi/fosfatasi

Sintesi o demolizione del glicogeno


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22

Gli ormoni si legano ai Insulina Adrenalina


recettori delle proprie
cellule bersaglio generando Recettore Recettore
per l’insulina
una risposta all’interno beta-adrenergico

della stessa, attraverso il


rilascio di molecole definiti
secondi messaggeri (cAMP, cAMP
Sintesi del
ioni Ca++). glicogeno
Degradazione
del glicogeno
Gli ormoni coinvolti nel
metabolismo del glicogeno
Glicolisi Glucosio
sono gli ormoni adrenegici
(adrenalina e nor- trasportatore
adrenalina), il glucagone nel del glucosio
in entrata
fegato e l’insulina nei
muscoli e negli altri tessuti. Cellula muscolare

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Controllo ormonale del metabolismo del
23

glicogeno
Adrenalina Glucagone Insulina
Muscolo, cuore,
muscolo ghiandola
scheletrico fegato
mammaria

Iperglicemizzanti Ipoglicemizzante
Glicogenolisi Glicogenolisi

Glicogenosintesi Glicogenosintesi

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Il destino aerobico del piruvato (1) 1

Produzione di acetil-CoA da piruvato: il complesso


della piruvato deidrogenasi

• Reazione di decarbossilazione ossidativa catalizzata dall azione


sequenziale di 3 enzimi diversi e 5 diversi gruppi prostetici o
coenzimi.
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2

Il destino aerobico del piruvato (2): la


piruvato deidrogenasi
Complesso multienzimatico costituito da tre diversi
enzimi e cinque diversi cofattori, localizzato nel
mitocondrio.
•ENZIMA • COFATTORE
• Piruvato deidrogenasi (E1) • Tiamina pirofosfato (TPP)
• Diidrolipoil transacetilasi (E2) • Lipoammide
• Coenzima A
• Diidrolipoil deidrogenasi (E3) • FAD
• NAD+
Piruvato + CoASH + NAD+ ! acetil-S-CoA + CO2 + NADH

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Ciclo di Krebs o degli acidi tricarbossilici 3

(TCA) o dell acido citrico


• Ha luogo nella matrice mitocondriale
• Consiste nella degradazione ossidativa di unità
acetiliche o altri intermedi metabolici derivanti dai
carboidrati, dagli acidi grassi e dagli amminoacidi
• Le unità acetiliche sono ossidate a CO2
• Collega via di degradazione a vie biosintetiche:
alcuni intermedi del ciclo sono composti intermedi
sia del catabolismo che dell’anabolismo e quindi
questo ciclo è definito anfibolico.

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Ciclo di Krebs 4

La reazione globale è:
Acetil-CoA + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi
ê
CoA + 2 CO2 + 3 NADH + FADH2 + GTP
Serie di otto reazioni che portano all’ossidazione
dell’Acetil-CoA a due molecole di CO2 e l’energia
liberata viene conservata nei coenzimi ridotti:
• 3 NADH
• 1 FADH2
Si produce inoltre una molecola di GTP mediante
una reazione di fosforilazione a livello del substrato.
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5
I prodotti di un giro del Ciclo di Krebs
Acetil-S-CoA

Citrato

Ossalacetato
Isocitrato

L-malato
α-chetoglutarato

Fumarato

Succinil-S-CoA

Succinato

L’ossalacetato si condensa con Acetil-S-CoA per generare citrato;


Il citrato è poi convertito in ossalacetato nelle reazioni successive.
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6
La reazione 1 del ciclo dell’acido citrico: citrato sintasi

Citrato
sintasi
Acetil-S-CoA Ossalacetato Citrato
E’ una reazione di condensazione altamente esoergonica (∆G ’ = – 31,5 kJ/mol)

La reazione 2: aconitasi

Aconitasi
Aconitasi

Citrato cis-aconitato Isocitrato


L’aconitasi catalizza la reazione di isomerizzazione reversibile del citrato ad
isocitrato, con la formazione dell’intermedio cis-aconitato
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7
La reazione 3: isocitrato deidrogenasi

Isocitrato
deidrogenasi

isocitrato α-chetoglutarato
Decarbossilazione ossidativa dell’isocitrato ad α-chetoglutarato con eliminazione
della prima molecola di CO2 e formazione di NADH.

La reazione 4: α-chetoglutarato deidrogenasi

α-chetoglutarato
deidrogenasi
α-chetoglutarato Succinil-S-CoA
Seconda decarbossilazione ossidativa: quella dell’ α-chetoglutarato; si elimina la
seconda molecola di CO2 e si forma la seconda molecola di NADH.
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8
La reazione 5: succinil-CoA sintetasi

Succinil-CoA sintetasi
(o tiochinasi)

Succinil-S-CoA Succinato

La tiochinasi accoppia la scissione del legame tioestere ad alta energia del


succinil-CoA con la sintesi di un altro composto ad alta energia, il GTP.
Un altro esempio di fosforilazione a livello del substrato.

Con questa reazione l’acetile proveniente dal piruvato è stato ossidato a CO2
con produzione di 2 molecole di NADH e 1 di GTP.

Le ultime tre reazioni del ciclo dell’acido citrico convertono il succinato in


ossalacetato.
9
La reazione 6: succinato deidrogenasi

Succinato deidrogenasi

Succinato Fumarato
La succinato deidrogenasi catalizza la deidrogenazione stereospecifica del
succinato con formazione di fumarato. Gli equivalenti riducenti vengono utilizzati
per sintetizzare una molecola di FADH2.
La reazione 7: fumarasi

Fumarasi
(fumarato idratasi)
Fumarato L-malato
La fumarato idratasi catalizza l’idratazione del fumarato con produzione di L-malato.
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La reazione 8: malato deidrogenasi

Malato deidrogenasi

L-malato ossalacetato

L’ultima reazione del ciclo dell’acido citrico: l’ossidazione NAD+ dipendente


dell’ossidrile secondario del malato con produzione di ossalacetato e NADH.

E’ una reazione altamente endoergonica (∆G ’ = + 29,7 kJ/mol) ma essa è


accoppiata alla successiva condensazione dell’ossalacetato con l’acetil-CoA, una
reazione altamente esoergonica (∆G ’ = -31,5 kJ/mol)

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11
Bilancio complessivo del ciclo di Krebs
Acetil-S-CoA Catena di trasporto
degli e- e
fosforilazione
ossidativa

3 NADH 7.5 ATP +


Ciclo di krebs FADH2 1.5 ATP +
GTP 1 ATP =
Tot. 10 ATP

Se l’Acetil-CoA proviene dal piruvato, prodotto nel citoplasma e deve essere


trasportato attraverso la membrana mitocondriale, il guadagno netto è di 9
molecole di ATP per ogni molecola di Acetil-CoA.

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12
Regolazione del ciclo di Krebs

Regolazione del complesso multienzimatico piruvato deidrogenasi

- allosterica: Inibitori: Acetil-CoA, NADH, ATP (prodotti della reazione)


: Attivatori: CoASH, NAD+, AMP.

- covalente reversibile: inibizione mediante fosforilazione di alcuni residui di


Ser. Una fosfatasi Mg2+-dipendente lo può riattivare.

Altri tre siti di regolazione sono le reazioni fortemente esoergoniche (irreversibili)


catalizzate dalla:

- citrato sintasi (NADH, succinil-coA, citrato, ATP sono inibitori; ADP è un


attivatore)

- isocitrato deidrogenasi (ATP è un inibitore; calcio ed ADP sono attivatori)

- α-chetoglutarato deidrogenasi (succinil-CoA e NADH sono inibitori; il calcio è


un attivatore)
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I Lipidi
Gruppo eterogeneo di composti chimici la cui proprietà più
importante è la loro insolubilità in acqua e solubilità nei
solventi apolari.

Funzioni:
- principali forme di riserva dell’energia (grassi e oli derivati)
in molti organismi;
- costituenti strutturali delle membrane biologiche (fosfolipidi
e steroli);
- cofattori enzimatici, trasportatori di elettroni;
- agenti emulsionanti del tratto intestinale;
- ormoni e messaggeri intracellulari

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I Lipidi: struttura
Sono una classe di composti molto eterogenea dal
punto di vista strutturale.

Possono essere costituiti da esteri, da ammidi, da


catene idrocarburiche e possono essere lineari,
ciclici, o policiclici.

Per questo motivo la loro classificazione risulta


difficile.

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I Lipidi di riserva:
• Grassi e oli (derivati degli acidi grassi)
• Triacilgliceroli
• Cere

I Lipidi strutturali di membrana:


• Fosfolipidi
• Glicolipidi
• Glicerofosfolipidi
• Sfingolipidi
• Steroli

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Gli acidi grassi
Gli acidi grassi sono acidi carbossilici con una catena
idrocarburica (R).
• R può contenere da 4 a 36 atomi
di C. In natura sono più
COOH rappresentati gli acidi grassi a
| numero pari di atomi di
COO -
(CH2)n carbonio (compreso quello del
| gruppo carbossilico).
|
CH3 R
• Possono presentare
ramificazioni.
A pH 7,0 tutti gli acidi grassi
liberi presentano il gruppo
carbossilico ionizzato (COO-) • Possono essere presenti uno o
che costituisce la parte più doppi legami
polare della molecola (insaturazioni), solitamente in
forma cis.
Gli acidi grassi sono conosciuti con i loro nomi comuni.
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Acidi grassi saturi
NOME (At. carbonio) Formula razionale P. di fusione (°C)
• Acido laurico (12) CH3(CH2)10COOH 44
• Acido miristico (14) CH3(CH2)12COOH 58
• Acido palmitico (16) CH3(CH2)14COOH 63
• Acido stearico (18) CH3(CH2)16COOH 70
• Acido arachidico (20) CH3(CH2)18COOH 77

La lunghezza della catena carboniosa ed il numero di doppi legami influenza


la T di fusione

L’impacchettamento degli acidi grassi


dipende dal grado di saturazione
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Acidi grassi insaturi a 18 atomi di carbonio

Acido oleico (p.f. = 13°C)


CH3(CH2)7CH = CH(CH2)7COOH

Acido linoleico (p.f. = - 5°C)


CH3(CH2)4CH = CHCH2CH = CH(CH2)7COOH

Acido linolenico (p.f. = -11°C)


CH3CH2CH = CHCH2CH = CHCH2CH = CH(CH2)7COOH

Prevalentemente in forma CIS

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Rappresentazione e nomenclatura
Si specifica il numero di atomi di C ed il numero dei doppi
legami separati dai due punti. Il simbolo Delta indica la
presenza del doppio legame e n in apice la sua posizione.
• Acido stearico (18) C 18:0

• Acido oleico (18) C 18:1, D9 (omega 9)

• Acido linoleico (18) C 18:3, D9,12,15 (omega 3)

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Gli acidi grassi poliinsaturi (PUFA)

H H
a



H3C C—
—C (CH2)n CH2 O
— ||



— —
CH2 (CH2)n CH2 C — O-
b 1

Il C metilico più distante dal carbossile è anche indicato


come carbonio omega

Doppio legame -3

Gli omega 3 ed omega 6 sono acidi grassi essenziali

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I Lipidi di riserva e di membrana

CH2OH Glicerofosfato Sfingosinafosfato


| OH
CHOH OH |
| | CH3(CH2 )12CH = CH—CH — CH–CH2 –O—P—>O
CH2 — O—P—>O | | |
| OH NH2 OH
OH
Triacilgliceroli o Trigliceridi
Lipidi di riserva o neutri. Tre acidi grassi legati mediante
un legame estere ai 3 OH del glicerolo
O
||
CH2OH HO — C — R CH2OCOR
O
| || |
CHOH HO — C —R CHOCOR’
| O |
|| CH2OCOR’’
CH2OH HO — C — R
Glicerolo Acidi grassi Trigliceride

R = R’ = R’’ Trigliceride semplice


R ≠ R’ ≠ R’’ Trigliceride misto

I trigliceridi che contengono in prevalenza acidi grassi saturi sono solidi


(grassi) mentre quelli contenenti acidi grassi insaturi sono liquidi (oli). Sono
insolubili in acqua per l’assenza di gruppi polari.
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Fosfolipidi
Sono molecole anfipatiche, che presentano
Testa polare
cioè nella stessa molecola è presente una
testa polare costituita dal gruppo
Coda idrofobica fosfodiestere e una coda apolare costituita
dalle lunghe catene idrocarburiche.

CH3(CH2)nOCOCH2
| Testa polare
CH3(CH2)nOCOCH OH
| |
Coda apolare
CH2 – O–P–>O COO –
| |
O–CH2–C–NH3+
|
H
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Fosfogliceridi
Se l’acido fosforico dell’acido fosfatidico viene esterificato con
l’etanolammina o la serina si ottengono le cefaline.

CH2OCOR COO –
| |
R’OCOCH OH HO–CH2–C–NH3+
| | |
CH2O–P–>O H
|
O–H
Serina
CH2OCOR
Un acido a-fosfatidico |
R’OCOCH OH
| |
CH2O–P–>O COO –
| |
O–CH2–C–NH3+
|
Una cefalina H
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Steroli ciclopentano-
In prevalenza sono lipidi strutturali delle membrane. peridrofenantrene
Presentano un sistema ciclico costituito da quattro anelli condensati: il
ciclopentano-peridrofenantrene
Colesterolo

Precursore ormoni steroidei


Vitamina D3
Sali biliari

Ormoni sessuali Corteccia ghiandole


surrenali
Vitamina D3

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14
Metabolismo dei Lipidi
La digestione dei lipidi alimentari (circa il 90% sono
trigliceridi) ed il loro assorbimento avviene a livello
intestinale.
La loro digestione coinvolge sia enzimi (lipasi
pancreatica) sia sostanze emulsionanti (sali biliari).

I lipidi esogeni provenienti dalla dieta sono


trasportati dai chilomicroni, particelle lipoproteiche

I lipidi endogeni sono trasportati dalle lipoproteine,


sintetizzate a livello epatico.

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Trasporto dei lipidi: le lipoproteine 15

Le lipoproteine sono costituite da un nucleo di lipidi non polari,


circondato da un unico strato di lipidi anfipatici (fosfolipidi e
colesterolo) a contatto con la porzione proteica
(apolipoproteine).
Le lipoproteine si classificano in base alla loro densità,
misurabile determinando la loro velocità di sedimentazione:
VLDL: Very Low Density Lipoproteins
LDL: Low Density Lipoproteins
HDL: High Density Lipoproteins

Maggiore è il contenuto di grassi, minore la densità.


Le LDL derivano dalle VLDL in seguito al rilascio degli acidi
grassi o dei mono-acilgliceroli ai tessuti.
Le HDL hanno una funzione opposta, trasportano il colesterolo
dai tessuti al fegato.
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16
L’utilizzo degli acidi grassi come
combustibili avviene in tre fasi:

1) Mobilizzazione dei lipidi dal tessuto


adiposo ai tessuti periferici: idrolisi dei
trigliceridi in glicerolo ed acidi grassi ad
opera delle lipasi;

2) attivazione e trasporto nei mitocondri;

3) degradazione mediante la b-ossidazione.

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Mobilizzazione dei trigliceridi 17

Adipocita O
O
|| ||
H2C O C R1 CH2OH HO C R1

|
|
|
|

|
O 3 H2O |
| || O
||
CHOH
HC O C R2 + HO C R2
|
|
|

|
|
| O |
|| Lipasi O
H2C O C R3 ormone CH2OH ||
|
|
|
sensibile HO C R3

|
|
Trigliceride Glicerolo Acidi grassi
Torrente ematico

Fegato Miocita
Glicolisi-gluconeogenesi Beta-ossidazione
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18
Attivazione dell’acido grasso:
formazione di Acil-CoA
Nel citosol, l’enzima Acil-CoA sintetasi, associata al reticolo
endoplasmatico rugoso o alla membrana mitocondriale
esterna, catalizza la sintesi di Acil-CoA. E’ consumato ATP.

Adenosina
Adenosina Acil-CoA
sintetasi Amminoacil-adenilato
(legato all’enzima)

Acil-CoA
Pirofosfatasi
sintetasi
inorganica

La reazione è
altamente
esorgonica ∆G°’ = – 19 kJ/mole ∆G°’ = – 15 kJ/mole
(per entrambi i processi)

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19
Trasporto dell’acido grasso nel mitocondrio (1)
Gli acili provenienti dagli acidi grassi attivati si legano
alla carnitina mediante un legame estereo al gruppo –
OH.

La reazione è catalizzata dall’enzima citoplasmatico


carnitina-acil-trasferasi di tipo I.
L’acil-carnitina così formata viene trasportata
attraverso la membrana da una proteina
trasportatrice specifica della carnitina.

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20

Trasporto dell’acido grasso nel mitocondrio (2)

L’Acil-carnitina viene ritrasformata in


Acil-CoA e carnitina nel mitocondrio dalla
carnitina Acil-trasferasi II.

La carnitina viene ritrasportata nel


citoplasma dalla stessa proteina
trasportatrice specifica della carnitina.

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22
La b-ossidazione
La b-ossidazione avviene nella matrice
mitocondriale. E ’ un processo di quattro
reazioni, in cui la molecola di acido grasso
viene ridotta di due atomi di carbonio per
ogni ciclo con formazione di:
- 1 Acetil-CoA
- 1 Acil-CoA ridotto di 2 atomi di C
- 1 FADH2
- 1 NADH + H+

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23
Reazione 1 della b-ossidazione:
acil-CoA deidrogenasi
Formazione di un doppio legame mediante una
deidrogenazione tra il carbonio a e b dell’acil-CoA.
Gli atomi di idrogeno e gli equivalenti riducenti sono
trasferiti al FAD.

Acil-CoA

acil-CoA
deidrogenasi

trans-∆2-enoil-CoA
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24

Reazione 2 della b-ossidazione:


enoil-CoA idratasi
Idratazione del doppio legame dell’enoil-CoA.

trans-∆2-enoil-CoA

enoil-CoA
idratasi
b-idrossiacil-CoA

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25
Reazione 3 della b-ossidazione:
idrossiacil-CoA deidrogenasi
Deidrogenazione NAD+ dipendente dell ’ idrossiacil-
CoA con produzione di una molecola di NADH.

b-idrossiacil-CoA

idrossiacil-CoA
deidrogenasi
b-chetoacil-CoA

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Reazione 4 della b-ossidazione: 26

b - chetoacil-CoA tiolasi
Scissione del legame Ca – Cb con produzione di Acetil-
CoA e un acil-CoA ridotto di due atomi di carbonio.

b-chetoacil-CoA

b-chetoacil-CoA
tiolasi

acil(n-–2)-CoA Acetil-CoA
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27
Ossidazione degli acidi grassi a catena dispari

Il prodotto dell’ultimo ciclo della b-ossidazione è


il propionil-CoA.

Il propionil-CoA viene trasformato in succinil-


CoA, un intermedio del ciclo di Krebs, mediante
tre reazioni.

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Bilancio energetico della b-ossidazione 28

Il numero massimo di molecole di ATP prodotte dipende dal


numero di atomi di carbonio dell’acido grasso e dalla eventuale
presenza di doppi legami.
L’AcetilCoA e coenzimi ridotti, portano alla formazione di ATP se
proseguono il loro catabolismo nel ciclo di Krebs (acetilCoA) e
nella fosforilazione ossidativa (NADH e FADH2).
Per esempio, dal palmitato (saturo, C16) in seguito a 7 cicli di b-
ossidazione si può ottenere:
c. Krebs
8 AcetilCoA 24 NADH + 8 FADH2 + 8 GTP
60 ATP + 12 ATP + 8 ATP 80 ATP
Fosforilazione ossidativa
7 NADH 17,5 ATP
Fosforilazione ossidativa
7 FADH2 10,5 ATP
Attivazione iniziale – 2 ATP
Totale 106 ATP
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29

“I grassi bruciano al fuoco dei carboidrati”


Quando i carboidrati non sono disponibili (condizione di
digiuno prolungato o stato diabetico), predomina la
degradazione degli acidi grassi.

In queste condizioni, la concentrazione di ossalacetato


diminuisce e quindi l’Acetil CoA non può entrare nel ciclo
di Krebs

Piruvato Gluconeo
Ossalacetato genesi
Ciclo di Krebs
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30

Chetogenesi
In condizioni di digiuno prolungato, condizioni
patologiche, ecc.), l’Acetil-CoA prodotto dalla
ossidazione degli acidi grassi si accumula ed è
utilizzato per la produzione dei corpi chetonici:
acetoacetato, b-idrossibutirrato e acetone.
Questo processo, definito chetogenesi, avviene nel
fegato.
I corpi chetonici costituiscono importanti carburanti
metabolici per cervello, cuore e muscoli, quando
l’apporto di glucosio si riduce.

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Le reazioni della chetogenesi 31

Enzimi: 1) 3-chetotiolasi (reazione inversa della tiolisi della b-ossidazione)


2) idrossimetilglutaril CoA sintasi
3) enzima di scissione dell’idrossimetilglutaril CoA
4) D-3-idrossibutirrato deidrogenasi

L’acetoacetato decarbossila spontaneamente o mediante l’enzima


acetoacetato decarbossilasi formando acetone, volatile, che è
eliminato attraverso la respirazione.
32
I corpi chetonici sono un importante
combustibile per alcuni tessuti
I corpi chetonici diffondono dal fegato al sangue
dove raggiungono i tessuti periferici.

Il cuore, il muscolo e la corteccia renale


preferiscono l’acetoacetato al glucosio.
Al contrario, il cervello ed i globuli rossi preferiscono il
glucosio se è disponibile, ma in condizione di digiuno o di
diabete, il cervello si adatta ad utilizzare l’acetoacetato.

Nel digiuno prolungato, il 75 % della richiesta


energetica è soddisfatta dai corpi chetonici

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33
Utilizzo dell’acetoacetato
L’acetoacetato e il b-
idrossibutirrato nei tessuti
periferici sono riconvertiti in
due molecole di AcetilCoA che
poi entrano nel ciclo di Krebs.

Prima reazione: sintesi di


AcetoacetilCoA mediante
trasferimento del CoA dal
Succinil CoA.

Seconda reazione: scissione


dell’AcetoacetilCoA in 2
molecole di AcetilCoA
mediante una tiolasi.
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34
Ruolo dei corpi chetonici
I corpi chetonici possono essere considerati come
una forma idrosolubile e trasportabile di unità
acetiliche.
L’acetoacetato svolge anche un ruolo di
regolazione, infatti, quando raggiunge una
concentrazione ematica elevata, determina una
diminuizione della velocità di lipolisi nel tessuto
adiposo.
Elevate concentrazioni di corpi chetonici che si
riscontrano in alcune patologie possono condurre
a morte, es. chetosi diabetica.
(I corpi chetonici sono acidi moderatamente forti, per
cui un loro accumulo provoca acidosi)
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35
Biosintesi degli acidi grassi o lipogenesi
Ha luogo prevalentemente nel: fegato, tessuto adiposo,
ghiandola mammaria (allattamento)
Non è l’inverso della beta-ossidazione e si verifica nel citosol;
-E’ una via anabolica dispendiosa dal punto di vista energetico
e richiede: ATP, NADPH (potere riducente) Acetil-CoA e
Malonil-CoA;
-consiste in una serie di 7 reazioni che si ripetono ciclicamente
e gli enzimi coinvolti sono strettamente associati formando il
complesso multienzimatico dell’acido grasso sintasi (FAS) che
richiede la vitamina acido pantotenico come cofattore.
- gli intermedi sono legati covalentemente (legame tioestere)
ad una proteina trasportatrice dei gruppi acili (ACP) ed alla
b-chetoacil-ACP sintasi.

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36

Biosintesi degli acidi grassi

La biosintesi inizia a partire da una molecola di


Acetil-CoA che viene carbossilata formando
Malonil-CoA, reazione che richiede la vitamina
biotina.

L’allungamento della catena dell’acido grasso


avviene con la condensazione di unità bicarboniose
provenienti dal Malonil-CoA.

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37
Le reazioni catalizzate dall’acido grasso sintasi
Le due subunità identiche dell’enzima legano il
malonil-ACP e la catena di acido grasso in
accrescimento (acil-ACP), rispettivamente.
Sequenza ripetuta delle reazioni:
1) condensazione
2) riduzione del gruppo carbonilico
3) deidratazione
4) riduzione del doppio legame

L’acido grasso sintasi possiede oltre alle attività


enzimatiche coinvolte nell’allungamento della
catena, una per l’idrolisi finale dell’acido grasso
sintetizzato (tioesterasi).
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38
Stechiometria della sintesi degli acidi grassi
Per la sintesi del palmitato (C16) occorrono sette cicli
di reazioni catalizzate dall’acido grasso sintasi.
La stechiometria complessiva è la seguente:
8 acetil-CoA + 14 NADPH + 7 ATP !
palmitato + 14 NADP+ + 8 CoA + 7 ADP + 7 Pi

La biosintesi si arresta alla formazione del


palmitato (C16).
Per l’ulteriore allungamento della catena
idrocarburica e per l’introduzione di doppi legami
intervengono altri sistemi enzimatici (RER).
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Metabolismo degli amminoacidi

Complesso di reazioni di sintesi e di degradazione mediante le


quali gli AA vengono assemblati come precursori delle proteine,
vengono degradati per ottenere energia metabolica o sono
trasformati in prodotti intermedi del metabolismo.

Gli AA non sono accumulati nelle cellule ma sono costituenti


delle proteine da cui possono essere liberati per proteolisi.

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Turnover delle
Assorbimento intestinale proteine tissutali
proteine esogena (dieta) Biosintesi

Pool plasmatico amminoacidi

Produzione di
Sintesi di composti Sintesi proteica
Energia
azotati

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Fonti di amminoacidi

La fonte principale degli AA sono le proteine ingerite con la


dieta o quelle che non “servono” più alla loro funzione (enzimi,
immunoglobuline, proteine strutturali, ecc.).

La degradazione delle proteine può avvenire mediante tre processi:


- digestione gastrointestinale (proteine esogene della dieta)
- degradazione lisosomiale (proteine cellulari)
- degradazione ubiquitina dipendente (proteine cellulari)

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Digestione gastrointestinale
Gli AA derivano anche dall’idrolisi delle proteine provenienti
dalla dieta grazie all’azione di enzimi proteolitici quali la
pepsina (gastrica), gli enzimi pancreatici tripsina,
chimotripsina ed elastasi o da altre endo- ed esopeptidasi.

Gli amminoacidi liberi vengono assorbiti a livello della


mucosa intestinale, trasferite al circolo sanguigno che li
trasporta ai tessuti di utilizzo, essenzialmente fegato e
muscolo.

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Degradazione lisosomiale
Con questo processo vengono idrolizzate tutte le
proteine che le cellule assumono per endocitosi.
Nei lisosomi le proteasi, gli enzimi che idrolizzano il
legame peptidico, agiscono ad un pH ottimale intorno
a 5 e sono praticamente inattivi a pH neutro.

Questa proprietà rappresenta un meccanismo di


difesa da parte delle cellule in quanto se
accidentalmente gli enzimi lisosomiali dovessero
trovarsi nel citoplasma, non potranno idrolizzare le
proteine citoplasmatiche necessarie alla vita della
cellula.

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Degradazione ubiquitina-dipendente (1)

E’ un meccanismo di degradazione indipendente dai


lisosomi e che prevede consumo di ATP. Inoltre, in
questo processo sono convolti una proteina denominata
ubiquitina ed un complesso multienzimatico definito
proteasoma che possiede l’attività proteolitica.
L’ubiquitina è una proteina ubiquitaria di piccole
dimensioni (76 aa) che ha la funzione di “etichettare”
le proteine citoplasmatiche che devono essere
idrolizzate. In alcuni casi si può anche avere una poli-
ubiquitinazione.

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Catabolismo degli amminoacidi

Rimozione del gruppo alfa-


amminico mediante reazioni di
COO- transamminazione e
| deamminazione.
H C NH2
| Eliminazione dell’N alfa-
R amminico sotto forma di ione
ammonio o acido urico o urea, a
seconda degli organismi.
Utilizzo dello scheletro carbonioso per
scopi metabolici

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Destino dell’azoto alfa-amminico
Non viene utilizzato per scopi energetici

Prende parte solo in misura ridotta alla


biosintesi delle basi azotate dei nucleotidi

Per la maggior parte viene eliminato sotto


forma di:
- ammoniaca, tossica, la cui sintesi non è
dispendiosa (animali ammoniotelici, pesci).
- acido urico (animali uricotelici, rettili,
uccelli)
- urea (animali ureotelici, mammiferi)

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Degradazione degli alfa-amminoacidi
La degradazione degli AA avviene:
- prevalentemente nel fegato;
- nel muscolo, in condizioni di digiuno ed esercizio fisico prolungato che utilizza
preferenzialmente gli AA a catena ramificata, (BCAA, leucina, isoleucina e valina);
- negli altri tessuti
La I tappa prevede la rimozione del gruppo α-amminico, un processo che consta di
due passaggi e si possono individuare alcuni tipi di reazioni metaboliche comuni più o
meno a tutti i 20 AA:
1) reazione di transamminazione (transamminasi) formazione in prevalenza di
glutammato
2) reazione di deamminazione ossidativa del glutammato con produzione dello ione
ammonio e α-chetoglutarato (glutammato deidrogenasi).
La II tappa avviene nel fegato, dove lo ione ammonio è utilizzato per la sintesi
dell’urea. L’urea è poi immessa nel torrente ematico ed escreta a livello renale nelle
urine

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Rimozione del gruppo alfa-amminico: le
transamminasi
Le transamminasi o amminotransferasi sono
enzimi che catalizzano il trasferimento
reversibile di un gruppo alfa amminico da un
AA ad un alfa-chetoacido (non vi è una
deamminazione netta).

L’AA si trasforma nel chetoacido


corrispondente e l’alfa-chetoacido nell’AA
corrispondente.

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La reazione catalizzata
dalle transamminasi
• Reazione citosolica.

• In molte reazioni, l’accettore


del gruppo amminico è l’α-
chetoglutarato.

• La reazione è reversibile.

• Tutte le ammino-trasferasi
utilizzano come cofattore il
piridossalfosfato (PLP).

• Meccanismo di reazione a
ping-pong.
Le transamminasi si differenziano nella prima fase per la specificità
dei diversi amminoacidi con formazione di diversi chetoacidi.
Nella seconda fase invece, le amminotransferasi riconoscono
essenzialmente solo tre chetoacidi: α-chetoglutarato, ossalacetato o
piruvato.

α-chetoacido Amminoacido
α-chetoglutarato glutammato
ossalacetato aspartato
piruvato alanina

Le concentrazioni relative di tutte queste molecole regolano la


direzione di catalisi di questi enzimi che portano alla formazione
di glutammato (in misura maggiore), aspartato o alanina.
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Deamminazione ossidativa del glutammato
La reazione avviene nel citoplasma ed è catalizzata dall’enzima
glutammico deidrogenasi che provoca la rimozione di uno ione ammonio
e contemporanea ossidazione dell’atomo di carbonio a cui esso era legato.
Utilizza sia NAD+ sia NADP+ come accettore degli equivalenti riducenti.

glutammico deidrogenasi

Glutammato α-chetoglutarato
L’enzima funziona in vivo in condizioni vicine all’equilibrio (∆G = 0)
pertanto le concentrazioni relative dirigono la reazione.
Lo ione ammonio viene poi convertito in urea per essere escreto.
La reazione inversa è importante per la rimozione dell’ammoniaca
molto tossica soprattutto a livello nervoso.
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Trasporto dei gruppi alfa-amminici al fegato
14
Muscolo scheletrico

?
NH4+

FEGATO
Ciclo dell’urea

Altri organi ?
NH4+

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15
Catabolismo dei
gruppi amminici

Nelson-Cox “Introduzione alla Biochimica di Lehninger” - Ed. Zanichelli


Trasporto dello ione ammonio nel circolo ematico
Lo ione ammonio è una specie molto tossica, pertanto non può
essere trasportato liberamente nel circolo ematico ma viene
trasformato in altre molecole meno tossiche e più solubili.

Dal muscolo al fegato è trasportata sotto forma di alanina che


si ottiene mediante transamminazione del piruvato (Ciclo
glucosio-alanina)

Dagli altri tessuti al fegato è trasportata sotto forma di


glutammina.

Nel fegato, lo ione ammonio è incorporato nell’urea (Ciclo


dell urea) che poi è escreta con le urine a livello renale.

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Muscolo – Fegato: ciclo glucosio-alanina

Berg, Tymoczko, Stryer “Biochimica” - Ed. Zanichelli

Nel muscolo, lo ione ammonio prodotto dalla degradazione degli amminoacidi


viene trasportato sotto forma di alanina che è formata a partire dal piruvato
(alanina amminotrasferasi, isoenzima muscolare).
Negli epatociti, il gruppo alfa-amminico dell’alanina è trasferito all’α-
chetoglutarato formando glutammato e piruvato (alanina amminotrasferasi,
isoenzima epatico).
Il glutammato rilascerà poi lo ione ammonio mediante l’azione della glutammico
deidrogenasi. Il piruvato potrà formare glucosio attraverso la gluconeogenesi.
Trasporto dell’ammoniaca formata in altri tessuti
Negli altri tessuti, il gruppo alfa-amminico viene incorporato nell’N
ammidico del gruppo R della L-glutammina attraverso la glutammina
sintasi, reazione a 2 tappe, che richiede ATP.
ATP ADP

glutammato Glutammina γ-glutammil-fosfato


sintetasi
Glutammina
sintetasi

Fegato NH4+ H2O

glutammato Glutamminasi Glutammina


(mitocondri epatici) (trasportata al fegato)

La L-glutammina, trasportata al fegato, viene trasformata dalla


glutamminasi in glutammato e ione ammonio che entra nel ciclo dell’urea.
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Il ciclo dell’urea
E’ un processo ciclico che porta alla fissazione degli ioni ammonio
tossici con formazione di urea che viene poi eliminata con le urine.
La reazione complessiva è la seguente:
NH3 + HCO3– + –OOC–CH
2–CH–COO
– + 3 ATP
|
Aspartato NH3+

O
||
H2N – C – NH2 + –OOC – CH = CH – COO– + 2 ADP + AMP + 4 Pi
Urea Fumarato

Pertanto i due atomi di azoto dell’urea provengono dall’ammoniaca e


dall’aspartato;
- l’atomo di carbonio proviene invece dallo ione bicarbonato

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Ciclo dell’urea
Avviene nel fegato;
sono coinvolte 5
reazioni:
due mitocondriali e
tre citosoliche.

Presenza di 2 AA non
proteinogenici:
citrullina ed ornitina

Reazione 1: sintesi del


carbammil-fosfato
dallo ione ammonio e
bicarbonato

Berg, Tymoczko, Stryer “Biochimica” - Ed. Zanichelli


Degradazione dello scheletro carbonioso degli amminoacidi
Lo scheletro carbonioso degli amminoacidi viene trasformato
in intermedi di altre vie metaboliche.

Sulla base del tipo di intermedio prodotto si possono distinguere due


classi di amminoacidi: glucogenici e chetogenici.

Gli amminoacidi glucogenici vengono degradati a piruvato, α-


chetoglutarato, succinil-CoA oppure ossalacetato; tutte queste molecole
sono intermedi del metabolismo glucidico.

Gli amminoacidi chetogenici vengono degradati ad acetil-CoA,


oppure acetoacetato; queste molecole sono invece coinvolti nel
metabolismo dei grassi.

Pertanto la parte carboniosa degli amminoacidi può portare alla


produzione di energia sotto forma di ATP o può essere utilizzata per la
sintesi di altre biomolecole.
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Biosintesi degli amminoacidi
Gli amminoacidi vengono classificati in essenziali e non essenziali
in dipendenza della capacità degli organismi di sintetizzarli.
NON ESSENZIALI ESSENZIALI
•Alanina •Arginina
•Asparagina •Istidina
•Aspartato •Isoleucina
•Cisteina •Leucina
•Glutammato •Lisina
•Glutammina •Metionina
•Glicina Text •Fenilalanina
•Prolina •Treonina
•Serina •Triptofano
•Tirosina •Valina
Gli amminoacidi non essenziali vengono sintetizzati attraverso vie
semplici che partono da quattro intermedi metabolici comuni:
piruvato, ossalacetato, α-chetoglutarato e 3-fosfoglicerato.
Le vie metaboliche per la sintesi degli amminoacidi essenziali, presenti
solo nelle piante, sono state perse durante l’evoluzione forse a causa
della semplice reperibilità di tali molecole.
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1

Catena di trasporto degli elettroni e


Fosforilazione ossidativa
Trasferimento degli equivalenti
riducenti dal NADH e dal FADH2
all’ossigeno molecolare mediante una
serie di trasportatori di elettroni,
topologicamente associati sulla
membrana mitocondriale interna
(cellule eucariotiche) o plasmatica
(cellule procariotiche).

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Il mitocondrio 2

Membrana Membrana La membrana interna:


esterna interna
- permeabile solo a O2, CO2
e H2O;
Cresta - costituita per circa il 75%
del suo peso da proteine,
impegnate sia nel trasporto
Matrice attivo dei metaboliti
attraverso la matrice che nel
La membrana esterna: trasporto degli elettroni
permeabile a molecole
fino a ≈10 kDa, per cui - separa separa fisicamente
la composizione dello il contenuto della matrice da
spazio intermembrana è quello del citoplasma,
simile a quella del compartimentalizzando le
citosol. funzioni metaboliche
associate.
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3
La catena di trasporto degli elettroni
Spazio intermembrana
4H+ 4H+ 2H+
CytC
e-
e- e-
e-
I Q III IV
e-

e-
Matrice
e- II
NADH FADH2 O2+ 4H+

Complesso I: NADH deidrogenasi 2H2O


Complesso II: succinato deidrogenasi
Complesso III: coenzima Q -citocromo c ossido-reduttasi
Complesso IV: citocromo c ossidasi
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4
Le pompe protoniche
Associate al passaggio degli elettroni, le pompe protoniche
(complessi I, III e IV) trasferiscono protoni dalla matrice
mitocondriale allo spazio intermembrana.
Si verifica una doppia modifica conformazionale a carico del
sito del complesso che accetta gli elettroni.
Spazio intermembrana
nH+
e-
e-

riduzione
nH+ riossidazione
Matrice
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5
Il complesso II: la succinato - coenzima Q
ossido-reduttasi
Il complesso II trasferisce gli elettroni dal FADH2 al
coenzima Q.
Questo complesso multiproteico è costituito dalla
succinato deidrogenasi, un enzima del ciclo di Krebs,
con tre centri ferro-zolfo (un [4Fe-4S] e due [2Fe-2S]) e
un citocromo (citocromob560).
I citocromi sono ferro-proteine contenenti gruppi eme,
derivati della protoporfirina IX. A differenza della
mioglobina e della emoglobina, i gruppi eme dei
citocromi sono legati covalentemente mediante legami
tioetere tra i loro residui vinilici e due residui di
cisteina.
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6

I trasportatori mobili: l’Ubichinone

Il CoenzimaQ o Ubichinone, di natura lipidica,


costituisce il punto di raccolta primario degli elettroni
provenienti dai coenzimi ridotti NADH e FADH2.
La forma ridotta del coenzima Q è detta Ubichinolo
(QH2).

Il CoenzimaQ è inoltre associato anche alla navetta del


glicerofosfato, per cui gli equivalenti riducenti del
NADH citoplasmatico (della glicolisi) producono una
molecola in meno di ATP.

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7

Il complesso III: il Coenzima Q-


citocromo c ossido-reduttasi

Questo complesso multiproteico contiene un


centro ferro-zolfo ([2Fe - 2S]) e tre citocromi (due
citocromib e un citocromoc1).
Trasferisce gli elettroni dall’ubichinolo al
citocromo c. Gli elettroni passano dal complesso
III al complesso IV sulla superficie della
membrana mitocondriale interna.

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8
Il complesso IV: la citocromo c ossidasi
Trasferimento di e- dal citocromo c all’O2 molecolare,
che viene ridotto a H2O.
E ’ un complesso multiproteico contenente quattro
centri redox: due citocromi (citocromoa e citocromoa3)
e due ioni rame.
Catalizza il trasferimento di quattro e- provenienti da
quattro molecole di citocromo c diverse secondo la
reazione:
4 citocromo c (Fe2+) + 4 H+ + O2 ! 4 citocromo c (Fe3+) + 2 H2O
La riduzione dell’O2 con 4 e- avviene mediante centri
redox che trasportano un solo e- per volta e deve
avvenire senza la formazione di intermedi ridotti
incompleti come il perossido d’H (H2O2) e radicali
liberi ossidrilici (.OH) specie molto reattive (ROS).
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9
La teoria chemio-osmotica
I complessi I, III e IV generano un gradiente elettrochimico tra
l’interno e l’esterno della membrana mitocondriale interna con
un pH maggiore all’interno del mitocondrio.
Spazio intermembrana
Alta [4H+] 4H+ H+
4H+ 2H+

I III
e- IV
V
e-
Bassa [4H+]

Matrice O2+ 4H+!2H2O ADP + Pi!ATP

Il gradiente elettrochimico (forza motrice protonica) alimenta la sintesi di ATP


mediante il reingresso dei protoni nella matrice attraverso l’ATP sintasi
(complesso V).
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10

Fosforilazione ossidativa
Si produce un eccesso di ioni H+ che
sono rilasciati attraverso la membrana
dalle pompe protoniche.
Si genera un gradiente di pH e quindi
elettrochimico (∆E) associabile ad una
variazione di energia libera.
∆G = – n•F•∆E
L’energia libera ottenuta viene
accoppiata alla sintesi di ATP
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11
ATP sintasi o F1-FO ATPasi
L’ATP sintasi catalizza la sintesi dell’ATP. E’ costituita da
due componenti: F1 e FO. Questo enzima viene anche definito
F1-FOATPasi. F1 e FO sono due unità funzionali separabili.

Matrice F1 è una proteina estrinseca di


membrana rivolta verso la
matrice mitocondriale
F1 dissociabile da FO, ; F1 è solubile
in acqua. F1 isolata perde la
capacità di sintetizzare ATP ed
acquista la capacità di
idrolizzarlo ad ADP e Pi.
F
FO
O FO è un canale protonico
transmembrana collegato da
Spazio uno stelo alla componente F1.
intermembrana H+ La componente FO è insolubile
in acqua.
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12
L’ATP sintasi
F1, la parte catalitica, è
Matrice b costituita da tre protomeri
a a
identici contenenti due
subunità ciascuno (a e b).
ADP + Pi b a b Ciascuna subunità b ha un
ATP F1 sito catalitico per la sintesi di
ATP.
g La subunità g, in contatto con
una subunità b vuota, è un
asse centrale che attraversa
b
tutto il complesso FO.
F
FOO Le 2 subunità b di FO si
associano alle subunità a e b
Spazio
di F1 mantenendole fisse
intermembrana rispetto alla membrana.

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13
ATP sintasi: la catalisi rotazionale
La sintesi dell’ATP è accoppiata al flusso
Matrice b di H+ attraverso FO.
a a
Il flusso di H+ attraverso FO provoca la
ADP + Pi b a b rotazione di FO, inducendo un cambio
conformazionale a livello dei siti
ATP catalitici delle subunità b.

g I tre protomeri identici (subunità a e b)


esistono tre stati conformazionali:

b - stato O (aperta), con affinità molto


bassa per i ligandi e cataliticamente
F
FOO inattiva.
- stato L (rilassata), più chiusa, lega
debolmente i ligandi e cataliticamente
inattiva.
Spazio
intermembrana - stato T (compatta), chiusa con alta
affinità per i ligandi cataliticamente
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attiva.
14
La sintesi dell’ATP avviene in tre tappe.
Tre cambi conformazionali, che richiedono energia, trasformano
un dimero dalla forma L alla forma T, un altro dimero dalla
forma T alla forma O e l’ultimo dimero dalla forma O a quella L.
ATP

O O
L ADP L
b + Pi b
AT T a AT T a
P P
ADP
ATP
+ Pi

ATP

ADP e Pi si O
legano alla b
L L’ATP è sintetizzato
conformazione L AT
P
T a
a livello della forma
cataliticamente ADP T e rilasciato nella
inattiva. + Pi forma O.

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15
Meccanismo della modificazione del
legame dell’ATP
L’energia fornita dal passaggio di protoni attraverso
la componente FO, provoca la rotazione dello stelo
centrale (subunità g) che è in contatto con ciascun
dimero ab, generando cambi nella conformazione dei
siti catalitici.

La rotazione non è continua ma avviene in 3 tappe


distinte, ognuna di 120 .

Ad ogni rotazione di 120 corrisponde il rilascio di


una molecola di ATP; il legame di ADP e Pi; la sintesi
di ATP.
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16
Bilancio energetico dell’ossidazione del glucosio
Nella catena respiratoria, la riossidazione del NADH* produce
2,5 ATP e la riossidazione del FADH2 produce 1,5 ATP.
Glicolisi * 2 NADH 1,5 * 2 = 3 ATP
Piruvato deidrogenasi 2 NADH 2,5 * 2 = 5 ATP
(2 Piruvato)
Ciclo di Krebs 6 NADH 2,5 * 6 = 15 ATP
(2 AcetilCoA) 2 FADH2 1,5 * 2 = 3 ATP
26 ATP
Sintesi di ATP mediante fosforilazione a livello del substrato
(2 ATP nella glicolisi, 2 GTP da 2 cicli di Krebs) 4 ATP

Il bilancio energetico totale: 30 ATP


*La riossidazione del NADH della glicolisi produce 1,5 ATP (navetta del glicerofosfato)

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17
Il disaccoppiamento della fosforilazione
ossidativa: gli agenti disaccoppianti
L’accoppiamento tra il trasporto degli elettroni all’O2
e la fosforilazione ossidativa dipende dalla
impermeabilità della membrana mitocondriale
interna al libero passaggio di H+.
Il 2,4-dinitrofenolo (DNP) è un acido debole lipofilo,
che nel suo stato neutro attraversa facilmente le
membrane.
In un gradiente di pH, il DNP lega i protoni sulla parte
più acida della membrana, diffonde attraverso di essa
rilasciando i protoni sul lato alcalino, comportandosi
come uno ionoforo trasportatore di elettroni, dissipando
il gradiente protonico.
Il DNP disaccoppia il trasporto degli e- e la sintesi di ATP.
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18
Il disaccoppiamento della fosforilazione
ossidativa: gli agenti disaccoppianti
Nel 1920 il DNP fu usato come pillola dietetica che
aveva la capacità di indurre la perdita di peso ma
causava effetti collaterali mortali.

Uno ionoforo che si comporta come il DNP è detto


agente disaccoppiante: disaccoppia la fosforilazione
ossidativa dal trasporto di elettroni, ossia dissipa il
gradiente elettrochimico protonico.

In condizioni fisiologiche, la dissipazione di un


gradiente elettrochimico di protoni genera calore.

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Generazione di calore
mediante disaccoppiamento
La produzione di calore è la
funzione fisiologica del tessuto
adiposo bruno, presente nel collo e
parte superiore del dorso nei
mammiferi privi di pelliccia
(neonati) e in quelli che vanno in
ibernazione.

La proteina diasaccoppiante
(UCP1) o termogenina
costituisce un canale protonico
nei mitocondri del grasso
bruno.
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1

Tessuto muscolare
È un tessuto altamente specializzato
che ha la funzione di garantire i
movimenti volontari ed involontari
dell’organismo.
Sulla base di caratteristiche strutturali,
funzionali e di localizzazione, si può
classificare in tre tipi:
• Scheletrico o striato (volontario)
• Cardiaco (involontario)
• Liscio (involontario)
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Tessuto muscolare scheletrico:
2

caratteristiche morfologiche
• Cellule allungate e fusiformi
• Molti nuclei periferici
• Striature evidenti

Sincizio: più
cellule si
uniscono
In tal modo viene assicurata una
propagazione dell’impulso nervoso alla
massima velocità e con elevata precisione
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Livelli di organizzazione del 3

tessuto muscolare striato


Organizzazione strutturale gerarchica
Epimisio Perimisio Endomisio

Muscolo Fascio di fibre Fibrocellula


(fascicoli) muscolare

Miofilamenti Miofibrilla
sarcomero
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4

Struttura di una miofibrilla


L’organizzazione regolare ed intervallata
delle miofibrille nei sarcomeri è data dalla
disposizione di due miofilamenti.

Essi sono costituiti da diverse proteine tra


cui le due più abbondanti sono:

-la miosina che costituisce il filamento


spesso

-l’actina che costituisce il filamento sottile.

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5

I filamenti sottili partono dalle linee Z e non


arrivano al centro del sarcomero.
I filamenti spessi sono disposti al centro del
sarcomero.
Le zone scure più intense della banda A sono dovute
alla sovrapposizione dei due filamenti. La zona meno
intensa è dovuta invece solo ai filamenti spessi.
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Caratteristiche strutturali delle 6

proteine contrattili: la miosina


La miosina è una proteina oligomerica a sei
subunità: due catene pesanti identiche (MHC;
200 kDa) e due coppie di due catene leggere
differenti (MLC; 15 e 27 kDa)

Le catene pesanti sono costituite da una


porzione fibrosa contenente lunghe catene ad
alfa-elica che si intrecciano e da due porzioni
globulari a cui si legano le due coppie di catene
leggere
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7
Le porzioni fibrose di molecole diverse di miosina
tendono ad aggregarsi lasciando verso l’esterno le
porzioni globulari formando così i filamenti spessi
Un filamento spesso
mediamente contiene 400
molecole di miosina

Le porzioni globulari nel filamento spesso


sporgono in modo regolare e sono responsabili di
legami crociati con i filamenti sottili. Infatti, esse
hanno elevata affinità per l’actina.
Inoltre, le porzioni globulari della miosina
legano l’ATP e possiedono attività ATPasica.
L’idrolisi dell'ATP induce la dissociazione
dell’actina dalla miosina.
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8
Caratteristiche strutturali delle
proteine contrattili: actina
L’actina contenuta nei filamenti sottili è una
proteina globulare di circa 42 kDa (actina G) che
in presenza di ioni Mg++ tende a polimerizzare
formando la sua forma fibrosa (actina F) con
struttura elicoidale.

Ogni monomero di actina G può legare una molecola


di ATP o di ADP.
All’actina F si legano inoltre altre due proteine la
tropomiosina e la troponina.
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9
Altre proteine

La tropomiosina è una proteina filamentosa


costituita da due subunità differenti (α e β) disposte
nel solco tra le due eliche di actina F.
La troponina è invece un eterotrimero di 76 kDa:
ogni subunità prende il nome dalla propria funzione.
• Troponina T (TnT): lega la tropomiosina;
• Troponina I (TnI): impedisce il legame tra
actina e miosina inibendo l’attività ATPasica;
• Troponina C (TnC): presenta elevata affinità
per gli ioni Ca++.
10
Interazione tra actina, tropomiosina e troponina.

Ogni molecola di tropomiosina interagisce con


sette monomeri di actina G.
L’interazione actina-tropomiosina, in condizione
di riposo, “nasconde” i siti di legame dell’actina
per la miosina.
La contrazione muscolare prevede la dissociazione
del complesso (“smascheramento” del sito di legame
tra actina e miosina) che si basa sul legame di ioni
Ca++ alla troponina C, che vengono liberati in
seguito alla propagazione dell’impulso nervoso.
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Ulteriori proteine strutturali 11

Titina
E ’ una proteina molto grande (3,7 MDa) che si
dispone parallelamente ai filamenti di actina e
miosina. La sua estremità N-terminale è ancorata
alla linea Z mentre l’estremità C-terminale arriva
sino alla linea M. E’ coinvolta nell’assemblaggio e
nel mantenimento della struttura delle fibrocellule.
Nebulina
Regolazione della lunghezza dell’actina F.

alfa-actinina
Esistono 4 isoforme e la isoforma 3 viene espressa
nelle fibre veloci. Evidenze sperimentali riportano la
correlazione tra l’iper-espressione di tale isoforma
e le “performances” dei velocisti (doping genico).
12

Cosa avviene
durante la
contrazione a
livello molecolare ?

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Teoria dello scorrimento dei 13

filamenti
La contrazione muscolare si basa su un meccanismo
di scorrimento reciproco dei filamenti spessi e
sottili presenti nei sarcomeri. A riposo la dimensione
media di un sarcomero è di 2,5 µm.

contrazione

In seguito alla contrazione, la lunghezza dei sarcomeri


si accorcia fino a circa 1 µm.
Scompaiono le bande I (filamenti sottili) e le zone H
e le linee Z si avvicinano.
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Il meccanismo molecolare prevede che le teste della 14
miosina si spostano (camminano) lungo i filamenti di
actina provocando così l’accorciamento. La sequenza
di eventi che si verificano sono:
• rilascio degli ioni calcio dalle cisterne nel sarco-
plasma e legame alla TnC;
• legame dell’actina alla miosina e induzione
dell’attività ATPasica. ADP e Pi restono legati;
• “power stroke” a carico delle teste della miosina in
seguito alla dissociazione del Pi;
• scambio ADP-ATP per riottenere la forma attiva della
miosina. Provoca anche il distacco della miosina
dall’actina;
• trasporto degli ioni calcio nelle cisterne.
L’energia liberata dall’idrolisi dell’ATP viene
utilizzata per modifiche conformazionali a carico
della miosina.
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Classificazione delle fibre muscolari 15
Esistono in prevalenza due tipi diversi di fibre muscolari
nei muscoli striati:
- fibre lente di tipo I a bassa velocità ossidativa:
provvedono alla sintesi dell’ATP per via aerobica
mediante fosforilazione ossidativa mitocondriale
(elevato numero di mitocondri).

- fibre rapide di tipo II ad alta velocità glicolitica:


producono ATP in modo anaerobico attraverso la via
glicolitica che può essere alattacida e lattacida.
I diversi muscoli striati presentano diversa
composizione di tali fibre muscolari. Essa può variare
anche in base a età, sesso, condizioni fisiche,
allenamento (doping).

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Fonti energetiche della 16

contrazione muscolare
La sintesi dell’ATP per la contrazione
muscolare avviene essenzialmente
mediante tre meccanismi diversi:
ü meccanismi anaerobici
• alattacidi
• lattacidi
ü meccanismi aerobici
La prevalenza/utilizzo di tali
meccanismi dipende dal tipo di muscolo
scheletrico e/o dal lavoro da esso svolto.
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17

Meccanismi anaerobici
alattacidi
• Sintesi di ATP da fosfocreatina

• Sintesi di ATP da attività


miochinasica

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Sintesi di Fosfocreatina (PCr) 18

ATP ADP

Creatin-chinasi
Creatina (Cr)
Fosfocreatina (PCr)

L’enzima creatin-chinasi (CK) è in grado di


catalizzare anche la reazione inversa.

I livelli di PCr nel muscolo sono 3–5 volte


superiori a quelli di ATP.
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19
Sintesi di ATP dall’attività miochinasica
L’enzima miochinasi (adenilato chinasi muscolare)
catalizza la sintesi di ATP in base alla reazione:
miochinasi
ADP + ADP ATP + AMP
Questa reazione contribuisce a mantenere
relativamente costante la [ATP]. Quindi durante
uno sforzo muscolare di breve durata, il consumo
di ATP porterà ad una produzione più significativa
di AMP.
Pertanto [AMP] rappresenta un ottimo segnale
energetico per la cellula. Aumentate concentrazioni
di AMP significano che la cellula è in “ debito ”
energetico.
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20
L’AMP è un attivatore allosterico di due enzimi
coinvolti nel metabolismo dei carboidrati:
•fosfofruttochinasi (glicolisi, PFK–1)
•glicogeno fosforilasi (glicogenolisi)
La PFK–1 catalizza la fosforilazione ATP-dipendente
del fruttosio–6–P in fruttosio–1,6–bis fosfato (tappa
limitante) nella fase di “ investimento ” energetico
della glicolisi. L’attivazione allosterica dell’enzima
provoca un aumento della velocità di tutta la via
glicolitica (utile in condizioni di elevata richiesta
energetica).
Inoltre, attraverso meccanismi più complessi,
aumentate [AMP] sono in grado di incrementare
l’ingresso di acil-CoA all’interno del mitocondrio,
provocando quindi un aumento del “ flusso dei
substrati della β–ossidazione” nella lipolisi.
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21
Meccanismi anaerobici lattacidi
Si attivano dopo pochi secondi dall’inizio
di un esercizio intenso, dopo che la
concentrazione di PCr si è molto ridotta.
In tali condizioni, il muscolo utilizza le
riserve di glicogeno per produrre,
attraverso la glicolisi anaerobica, l’ATP.
Infatti, durante un esercizio intenso, la
velocità di trasporto dell’ossigeno e la
bassa velocità di ossidazione del ciclo di
Krebs e della fosforilazione ossidativa,
non sono compatibili con la velocità di
utilizzo dell’ATP a livello muscolare.
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Utilizzo del lattato 22

In seguito all’immissione nel torrente circolatorio,


la sua rimozione potrà avvenire mediante:
• Ciclo di Cori (glucogenesi da lattato)
• Ossidazione nel tessuto muscolare scheletrico
• Shuttle fibre bianche ----> fibre rosse
• Ossidazione nel tessuto muscolare cardiaco

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Meccanismi aerobici
Basati sull’utilizzo di:
• carboidrati,
• acidi grassi,
• amminoacidi
Questi substrati sono ossidati in
presenza di O2.
I meccanismi aerobici si verificano nel tessuto
muscolare prevalentemente formato da fibre rosse,
ricche di mitocondri e ben vascolarizzate.

La prevalenza/utilizzo di tali meccanismi dipende


dal tipo di muscolo scheletrico e/o dal lavoro da
esso svolto.
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Meccanismi aerobici di sintesi dell ATP
Nelle prove di lunga durata ma di intensità non massimale
(es. maratona) l’energia viene fornita dalla ossidazione
aerobica di carboidrati, acidi grassi ed amminoacidi.
SUBSTRATO VIA CATABOLICA
• Glicolisi
Glicogeno ––> Glucosio • Decarbossilazione ossidativa
(Muscolo e fegato) del piruvato ad Acetil-CoA
• Ciclo di Krebs
Trigliceridi ––> Acidi grassi • β-ossidazione
(adipociti) • Ciclo di Krebs
• Transamminazione
Proteine ––> Amminoacidi • Deamminazione ossidativa
(muscolo e fegato) • Ciclo dell’urea
• Scheletro C nel ciclo di Krebs
Il catabolismo produce NADH e FADH2 che attraverso la
catena respiratoria portano alla sintesi di ATP mediante
fosforilazione ossidativa
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