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La biologia molecolare

Sylvia S. Mader, Immagini e concetti della biologia © Zanichelli editore, 2018


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Il ruolo del DNA
Il DNA, acido desossiribonucleico, è la molecola di
maggiori dimensioni in ogni organismo vivente.

Negli organismi eucarioti si trova nel nucleo e in quantità


minori anche nei mitocondri e nei cloroplasti.

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Struttura e funzione del DNA
Il DNA è un polinucleotide, cioè
un polimero di nucleotidi, ognuno
formato da tre parti:

•uno zucchero C5 detto


desossiribosio

•un gruppo fosfato (leg


fosfodiesterico)

•una base azotata

Il DNA mostra una specifica


polarità 5’ 3’ 6
Il DNA ha la forma
di una doppia elica
Le due eliche sono
antiparallele: gli
zuccheri di una catena
sono ribaltati rispetto
all’altra catena.
Se osserviamo i gruppi
terminali liberi, ogni
catena presenta:
- un’estremità 5’ con un
gruppo fosfato e
- un’estremità 3’ con un
gruppo ossidrile.
In ogni molecola di DNA
all’estremità 5’ di un’elica
corrisponde l’estremità 3’
nell’altra elica. 7
Il DNA e l’RNA sono polimeri di
nucleotidi
Esistono quattro diversi
tipi di basi azotate:
•l’adenina (A) e la
guanina (G) sono
caratterizzate da un
doppio anello e sono
chiamate purine
•la timina (T) e la
citosina (C) sono
caratterizzate da un
anello singolo e sono
chiamate pirimidine
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La struttura del DNA
Nella doppia elica esiste uno
specifico appaiamento delle
basi azotate
- la base A è sempre in coppia
con la base T
- la base C con la base G.

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Struttura e funzione del DNA

Grazie al legame con gli istoni, il DNA si compatta e


la molecola riesce a entrare in uno spazio milioni di
volte più piccolo rispetto alla lunghezza della
molecola distesa.
DNA + istoni cromatina cromosomi (MO) 11
Struttura e funzione del DNA

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Il ruolo dell’RNA
L’RNA (acido ribonucleico) è
costituito da un singolo filamento
e differisce dal DNA:
•per il tipo di zucchero C5 che
contiene, il ribosio
•perché al posto della base
azotata timina contiene un’altra
pirimidina, l’uracile (U)

Se 2 regioni vicine sono


complementari possono
appaiarsi: doppia elica
intramolecolare
stem-loop o ansa a stelo 13

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Il ruolo dell’RNA
L’RNA può ulteriormente ripiegarsi formando una struttura
terziaria:
- RNA codificante
- RNA non codificante

RNA codificante:
- RNA messaggero (mRNA)
- genoma dei virus a RNA

RNA non codificante:


- RNA di trasporto (tRNA)
- RNA ribosomiale (rRNA)
- microRNA (miRNA): funzione regolatrice
dell’espressione genica
- ribozimi: funzione di catalizzatori 14

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La replicazione del DNA

La duplicazione del DNA


è semi-conservativa, dato
che ogni filamento funge
da stampo per la
formazione del filamento
complementare: ogni
nuova molecola di DNA
ha un filamento
conservato dall’originale e
uno neoformato.

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La replicazione del DNA
La duplicazione di una molecola di DNA si può
suddividere in tre stadi:

1. srotolamento e apertura dei filamenti

2. appaiamento delle basi complementari

3. unione dei due nuovi filamenti

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Le fasi della replicazione
1. Apertura della bolla di
replicazione e sintesi del
primer:

I 2 filamenti si srotolano e si aprono


formando una zona chiamata
forcella di duplicazione.
L’apertura avviene per rottura dei
legami ad idrogeno che uniscono le
basi azotate.
L’enzima DNA elicasi è il
responsabile dello srotolamento del
DNA e utilizza una molecola di ATP.
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Sintesi del primer primasi
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Le fasi della replicazione
2. Sintesi del DNA

DNA polimerasi

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Dopo l’innesco, la DNA
polimerasi aggiunge nucleotidi
all’estremità 3’ del DNA
Un filamento di nuova sintesi può
nascere esclusivamente nella direzione
5’ → 3

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Le fasi della replicazione

3. La fine della replicazione

DNA ligasi

L’enzima utilizza una molecola di ATP per ogni legame


fosfodiesterico

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Le fasi della replicazione

Correzione degli
errori

DNA polimerasi

Attività
esonucleasica in
direzione 3’ → 5’

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Nella trascrizione ogni gene
trasferisce l’informazione
all’RNA messaggero (mRNA)

Un segmento di doppia elica


di DNA si srotola e si apre al
centro, cosicché i nucleotidi
di RNA si possano appaiare,
mano a mano che il filamento
di DNA viene trascritto.
I nucleotidi si uniscono uno
alla volta grazie al lavoro
dell’RNA polimerasi.
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Nella trascrizione ogni gene trasferisce
l’informazione all’RNA messaggero (mRNA)
- La trascrizione inizia quando
l’RNA polimerasi si attacca a
una regione del DNA detta
promotore che definisce:
1) l’inizio del gene
2) la direzione della
trascrizione
3) il filamento che va
trascritto
Negli eucarioti: 1 promotore – 1 gene
Nei procarioti: 1 promotore – più geni

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Negli eucarioti prima di lasciare il
nucleo l’mRNA viene elaborato

I geni degli eucarioti sono costituiti


da sequenze nucleotidiche codificanti
chiamate esoni, intercalate a regioni
non codificanti dette introni.

Poiché gli introni non vengono


espressi, in passato si era pensato
erroneamente che gli introni erano
una sorta di «DNA spazzatura» (junk
DNA)

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Negli eucarioti prima di lasciare il
nucleo l’mRNA viene elaborato

- Step 3
cappucio = 1 guanina modificata che
comunica al ribosoma dove inizia la
traduzione
coda: catena di 150-200 nucleotidi
contenenti adenina che favorisce il
passaggio dal nucleo al citoplasma e
protegge l’mRNA dall’azione degli enzimi
idrolitici
- Step 4
Gli introni vengono rimossi attraverso il
processo di splicing grazie all’azione degli
spliceosomi che sono complessi enzimatici
formati da proteine e molecole di RNA
nuleari (snRNA o small nuclear RNA)
- Step 5
RNA maturo pronto per essere tradotto 26

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La traduzione

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Il codice genetico
È il complesso di regole di
corrispondenza tra triplette e
amminoacidi. Ha 2 caratteristiche

• è degenerato, più codoni


codificano per lo stesso
amminoacido
• il codice genetico è universale.
è comune a tutti gli organismi

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Nella traduzione, ogni RNA di trasporto (tRNA)
veicola un amminoacido

La traduzione è il processo che


permette la sintesi di un
polipeptide a partire dalle
informazioni contenute dal DNA.

Durante tale processo il


linguaggio degli acidi nucleici
viene tradotta nella lingua delle
proteine: la sequenza dei codoni
viene tradotta in amminoacidi a
livello del ribosoma.

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Nella traduzione, ogni RNA di trasporto (tRNA)
veicola un amminoacido
I RNA di trasporto (tRNA)
trasferiscono gli amminoacidi
che si trovano nel citoplasma
ai ribosomi, dove l’mRNA
viene trasformato nella
sequenza di amminoacidi che
corrisponde a una proteina.
Esistono almeno 20 tRNA per
i 20 amminoacidi

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Nella traduzione, ogni RNA di trasporto (tRNA)
veicola un amminoacido

I tRNA (RNA di trasporto)


trasferiscono gli amminoacidi
che si trovano nel citoplasma
ai ribosomi, dove l’mRNA
viene trasformato nella
sequenza di amminoacidi che
corrisponde a una proteina.
Gli anticodoni del tRNA si
accoppiano con i codoni
complementari dell’mRNA.

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Nella traduzione, ogni RNA di trasporto (tRNA)
veicola un amminoacido

Grazie a specifici enzimi, le


amminoacil-tRNA-sintetasi, un certo
amminoacido si lega al suo tRNA
corrispondente.

Ogni enzima possiede un sito di


riconoscimento per l’amminoacido
(chiave-serratura) che deve essere
associato al proprio tRNA.

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Nella traduzione, ogni RNA di
trasporto (tRNA) veicola un
amminoacido
Dei 64 codoni, 61 codificano per
amminoacidi e 3 sono di arresto della
sintesi.

Nella maggior parte delle cellule,


esistono 40 diversi tRNA e ciò perché
alcuni tRNA si legano a più di un
codone.

Ciò è permesso perché le prime 2


basi dell’anticodone sono le stesse
mentre varia la terza base.

In tal modo, si riducono le eventuali


variazioni dovute a cambiamenti nella
sequenza del DNA 33

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La traduzione avviene presso i ribosomi nel citoplasma
I ribosomi sono costituiti da 2 subunità, una maggiore e una minore.
Ciascuna subunità è formata da RNA ribosomiale, sintetizzato nel
nucleolo, impacchettato ad una serie di proteine; tali subunità
attraversano i pori nucleari e si uniscono al momento della traduzione.

I ribosomi possono trovarsi liberi nel citoplasma o legarsi al RE

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La traduzione avviene presso i ribosomi nel citoplasma
I ribosomi hanno:
- 1 sito di legame per l’mRNA e
- 3 siti per il tRNA.
Quando un ribosoma si sposta lungo una molecola di mRNA, il
polipeptide in formazione si allunga di un amminoacido alla volta.
Spesso molti ribosomi sono associati per tradurre lo stesso mRNA;
l’intero complesso di traduzione è detto poliribosoma.

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La prima fase della traduzione
dell’mRNA in polipeptidi è detta «inizio»
L’inizio è la fase che
mette insieme tutti i
componenti necessari
alla traduzione.

Il codone di inizio è
AUG. Ogni ribosoma
ha 3 siti di attacco per i
tRNA:
•sito E (da exit)
•sito P (da peptide)
•sito A (da
amminoacido) 36

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La seconda fase della traduzione è
l’allungamento
Durante l’allungamento, un tRNA
che porta un peptide si trova sul sito
P e un tRNA associato al proprio
amminoacido sta arrivando al sito A.
Una volta che il tRNA successivo si
aggancia al sito A, il peptide in via di
formazione sarà trasferito a questo
tRNA.

Poi, avviene la traslocazione:


l’mRNA si sposta in avanti, in modo
che il tRNA che porta agganciato il
peptide si trovi ora al sito P del
ribosoma.
Infine, il tRNA usato fuoriesce dal
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sito E.
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La terza fase della traduzione è la
terminazione
Il processo di allungamento e traslocazione si ripete più
volte, con il tRNA usato che fuoriesce dal sito E, mentre
sul sito A si aggancia un nuovo codone, pronto a ricevere
un altro tRNA.

Quando il ribosoma raggiunge un codone di terminazione,


la traduzione si conclude con la fase di terminazione, in
cui il polipeptide viene rilasciato.

La trascrizione e la traduzione rendono possibile


l’espressione genica.

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La regolazione dell’espressione genica
La sintesi proteica avviene solo quando la proteina è necessaria
per l’organismo regolazione dell’espressione genica

Nei procarioti: tipo on/off

Nei procarioti il DNA, privo di istoni, si trova nel citoplasma


insieme all’mRNA e ai ribosomi, la trascrizione e la traduzione
sono contemporanee.
I ribosomi scorrono sull’mRNA intanto che esso è trascritto.

Per questo motivo, nei procarioti la regolazione dell’espressione


genica avviene a livello della trascrizione ed è di tipo on/off.

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La regolazione dell’espressione genica

Negli eucarioti

Negli eucarioti, la regolazione è molto più complessa e può


avvenire a più livelli:

• innanzitutto nel nucleo: il DNA è legato agli istoni, se la


cromatina è molto compatta (eterocromatina) la
trascrizione non avviene in quanto non permette ai fattori di
trascrizione e all’RNA polimerasi di legarsi; se è più lassa
(eucromatina) i fattori di trascrizione possono legarsi ed
avviare la sintesi del trascritto primario;
• prima e durante la trascrizione;
• a livello post-trascrizionale e post-traduzionale
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I batteri possono trasferire geni tra loro

• Trasformazione – un batterio ricevente preleva


dall’ambiente extracellulare tratti di DNA libero.

• Coniugazione – si verifica quando il batterio donatore


trasferisce geni al ricevente attraverso un pilo sessuale.

• Trasduzione – un batteriofago porta porzioni di DNA


batterico da una cellula donatrice a una ricevente.

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I batteri possono trasferire geni tra loro

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Meccanismi
genetici
di virus e batteri
I batteriofagi si
riproducono
all’interno dei
batteri con due
modalità:
•il ciclo litico
(virulenti)
•il ciclo lisogeno
(temperati)

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La riproduzione sessuata negli eucarioti
aumenta la variabilità genetica
La riproduzione sessuata aumenta la variabilità all’interno della
specie incrementando le probabilità che almeno parte della
popolazione sopravviva a eventuali condizioni avverse.

• crossing-over

• assortimento indipendente

• fecondazione

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La riproduzione sessuata negli eucarioti
aumenta la variabilità genetica
Durante la sinapsi i cromatidi non
fratelli della tetrade si scambiano
materiale genetico, un evento
chiamato crossing-over.

Grazie a questo scambio, i cromatidi


fratelli portano delle informazioni
genetiche non più uguali.

In questo modo, i gameti che si


formano hanno una certa probabilità di
essere geneticamente diversi.

Il crossing-over aumenta la variabilità


genetica dei gameti e quindi dei figli
che ne derivano. 50

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La riproduzione sessuata negli eucarioti
aumenta la variabilità genetica

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La riproduzione sessuata negli eucarioti
aumenta la variabilità genetica

Nella fecondazione si produce lo zigote che è la prima cellula


di un individuo.

I gameti di una stessa specie presentano lo stesso numero di


cromosomi ma portano informazioni genetiche molto diverse
dovute sia all’assortimento indipendente che al crossing-over.

Questo permette di avere un numero elevatissimo di zigoti


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geneticamente diversi.
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Modalità di variabilità genetica comune a tutti
gli organismi
• Trasposizione e mutazione

Essi, quindi, possono modificare


la sequenza di un gene o la sua
espressione inattivando, per es.,
la funzione di un gene, o
modificandola o cambiandola del
tutto.

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Modalità di variabilità genetica comune a tutti
gli organismi

Le mutazione sono, invece, dei cambiamenti permanenti nella


sequenza di basi del DNA, sono eventi rari e casuali.
Esse possono essere:
• spontanee se si verificano durante la duplicazione del DNA senza
intervento di fattori esterni;
• indotte se sono dovute ad agenti fisici (radiazioni) o chimici
(inquinanti ambientali).

Naturalmente, se una mutazione avviene nelle cellule della linea


germinale verrà trasmessa alla progenie; se, invece, interessa
cellule somatiche possono causare tumori ma non verranno
trasmesse alla progenie.

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Modalità di variabilità genetica comune a tutti
gli organismi

Le mutazioni possono essere:


• geniche (cambiamento nella sequenza di basi nel DNA)
• cromosomiche (segmento di DNA che cambia posizione o
orientamento)
• genomiche (variazione del numero dei cromosomi).

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Modalità di variabilità genetica comune a tutti
gli organismi

In base al tipo di variazione provocata all’interno della sequenza


amminoacidica, le mutazioni genetiche possono anche essere
classificate in:
• mutazione di sfasamento (frameshift) ottenuta per inserzione o
delezione di un numero di nucleotidi diverso da tre. La frase AMO
LEI PIU’ CHE MAI se la lettera L viene eliminata, tutto l’ordine
risulta sfalsato e diventerà AMO EIP IUC HEM AI e quindi la frase
non ha più senso.
La fibrosi cistica è dovuta ad una mutazione di sfasamento che
interessa una proteina canale per il cloro nella membrana plasmatica.
Modalità di variabilità genetica comune a tutti
gli organismi

• mutazione silente si ha quando la mutazione non ha


conseguenze sulla sequenza amminoacidica:
1. se capita in un introne
2. Il codone mutato e quello originale codificano per lo stesso
amminoacido;
• mutazione non senso si ha il codone diventa un codone di stop
• mutazione missenso si ha quando il codone codifica per un
altro amminoacido. Maggiore sono le differenze nelle proprietà
dei due amminoacidi, più grave è la mutazione.