BIOCHIMICA GENERALE: PROGRAMMA

STRUTTURE DELLE PROTEINE

Livelli strutturali: primario, secondario, terziario e quaternario. Struttura secondaria in α-elica. Struttura secondaria a foglietto β.
Struttura terziaria e forze che la stabilizzano. Struttura quaternaria.
EMOGLOBINA E TRASPORTO DELL'OSSIGENO
Strutture della mioglobina e emoglobina. Gruppo eme. Hb nella conformazione tesa e rilassata. Curve di dissociazione ossigeno-
Hb e ossigeno-Mb. Concetto di cooperatività e allosterismo. Modulazione dell’affinità per l’ossigeno: effetto Bohr, pCO2, e 2,3-
DPG.

ENZIMI E CINETICA ENZIMATICA

Nomenclatura e classificazione degli enzimi. Velocità di reazione. Concetto di energia di attivazione e funzione di un catalizzatore.
Interazione enzima-substrato. Inibitori competitivi e non competitivi. Regolazione allosterica e covalente dell'attività enzimatica.
COENZIMI UTILIZZATI NELLE REAZIONI METABOLICHE
Struttura chimica e funzione coenzimatica dei seguenti coenzimi: acido lipoico; NAD+ e NADP+, coenzima A, FAD. Vitamine.

BIOENERGETICA E OSSIDAZIONI BIOLOGICHE

La termodinamica delle reazioni biologiche: energia libera e spontaneità delle reazioni. ATP come trasportatore di energia:
reazioni chimiche accoppiate. Il metabolismo cellulare: reazioni di ossidazione e degradazione, reazioni di biosintesi.
FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA
Struttura del mitocondrio. I trasportatori di elettroni della catena respiratoria. Caduta dei potenziali di ossidazione lungo la catena
di trasporto degli elettroni. Fosforilazione ossidativa. Il sistema enzimatico per la produzione di ATP. Il meccanismo della
fosforilazione ossidativa: l'accoppiamento chemiosmotico. Sistemi navetta malato-aspartato e G-3P. Regolazione della
fosforilazione ossidativa.
 BIOCHIMICA GENERALE: PROGRAMMA

STRUTTURE DELLE PROTEINE

Livelli strutturali: primario, secondario, terziario e quaternario. Struttura secondaria in α-elica. Struttura secondaria a foglietto β.
Struttura terziaria e forze che la stabilizzano. Struttura quaternaria.
EMOGLOBINA E TRASPORTO DELL'OSSIGENO
Strutture della mioglobina e emoglobina. Gruppo eme. Hb nella conformazione tesa e rilassata. Curve di dissociazione ossigeno-
Hb e ossigeno-Mb. Concetto di cooperatività e allosterismo. Modulazione dell’affinità per l’ossigeno: effetto Bohr, pCO2, e 2,3-
DPG.

ENZIMI E CINETICA ENZIMATICA

Nomenclatura e classificazione degli enzimi. Velocità di reazione. Concetto di energia di attivazione e funzione di un catalizzatore.
Interazione enzima-substrato. Inibitori competitivi e non competitivi. Regolazione allosterica e covalente dell'attività enzimatica.
COENZIMI UTILIZZATI NELLE REAZIONI METABOLICHE
Struttura chimica e basi strutturali della funzione coenzimatica dei seguenti coenzimi: acido lipoico; NAD+ e NADP+, coenzima A,
FAD. Vitamine.

BIOENERGETICA E OSSIDAZIONI BIOLOGICHE

La termodinamica delle reazioni biologiche: energia libera e spontaneità delle reazioni. ATP come trasportatore di energia:
reazioni chimiche accoppiate. Il metabolismo cellulare: reazioni di ossidazione e degradazione, reazioni di biosintesi.
FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA
Struttura del mitocondrio. I trasportatori di elettroni della catena respiratoria. Caduta dei potenziali di ossidazione lungo la catena
di trasporto degli elettroni. Fosforilazione ossidativa. Il sistema enzimatico per la produzione di ATP. Il meccanismo della
fosforilazione ossidativa: l'accoppiamento chemiosmotico. Sistemi navetta malato-aspartato e G-3P. Regolazione della
fosforilazione ossidativa.
Amminoacidi/peptidi: il legame peptidico
Peptide: il legame peptidico
Proteine: legame peptidico (ammidico)

Angoli di torsione dello

scheletro polipeptidico

Lo “scheletro peptidico” o catena principale consiste nella

sequenza ripetuta:
- C - CO - NH - C - CO - NH - C -
Amminoacidi/peptidi

• Legame peptidico è planare, non vi è rotazione

intorno al legame C-N e limita la flessibilità
conformazionale della catena polipeptidica
• il legame è in configurazione trans, con libera
rotazione solo intorno ai legami C-N e C-CO
(phi  e psi )
• a causa degli ingombri sterici di R non tutte le
rotazioni sono possibili….
Proteine:
struttura
secondaria
-elica

Legame a idrogeno
i→i+4

Struttura
secondaria:
formazione di
legami H con
una particolare
periodicità
Proteine:
struttura
secondaria
-elica

mioglobina
Proteine:
struttura
secondaria
-elica
Proteine: struttura secondaria a “foglietto-b” o
foglietto pieghettato
Proteine: struttura secondaria a “foglietto-b”

I singoli segmenti che formano un foglietto b

generalmente sono vicini l’uno all’altro nella
sequenza polipeptidica, ma possono anche trovarsi
lontani
Proteine: struttura secondaria a “foglietto-b”

Struttura estesa, lo scheletro della catena polipeptidica si

estende in una conformazione a zig-zag, creando
un’alternanza “sopra-sotto” che è possibile osservare nella
prospettiva laterale
Proteine: struttura secondaria a “foglietto-b”
Proteine:
struttura secondaria e motivi strutturali
Proteine e
struttura terziaria
«La struttura
terziaria di una
proteina è
l'organizzazione
tridimensionale
che una proteina
assume in
dipendenza della
sua specifica
struttura primaria»
Proteine e
struttura terziaria
Proteine e struttura terziaria
Proteine e
struttura terziaria
Proteine: interazioni che stabilizzano la struttura
terziaria
La struttura di Emoglobina
La struttura quaternaria di Emoglobina
Emoglobina

NB: Il gruppo eme è

in emoglobina,
mioglobina
e citocromi!
Emoglobina: scambio O2/CO2
Diffusione dei gas a livello dei tessuti
Diffusione dei gas a livello dei tessuti

A LIVELLO DEI TESSUTI LO SCAMBIO DEI GAS

AVVIENE PER DIFFUSIONE
(da zona con maggior concentrazione a zona con minor concentrazione,
espressa in mmHg)
Emoglobina
Emoglobina:
il legame
dell’ossigeno è
cooperativo

Il legarsi dell'ossigeno ad una

subunità induce un cambio
conformazionale in quella
subunità, che forza i restanti siti
attivi delle altre tre catene
(modificandone la
conformazione) accrescendo la
loro affinità per ossigeno.

Questo é un esempio di “effetto

allosterico”, dove l’occupazione
di uno dei siti da parte del
ligando (O2) influisce sull’affinità
di quelli rimasti liberi
Emoglobina e Mioglobina
Emoglobina:
Curve di saturazione
(dissociazione O2) di
Hb e Mb

- Mb alle pO2 fisiologiche è

sempre saturata

- Mb ha una alta affinità per

l’O2 deve essere in grado di
catturare l’O2 proveniente
dal torrente circolatorio per
rilasciarlo ai mitocondri

Perciò è molto efficace per

favorire il passaggio di O2
dai capillari alle cellule
muscolari
Emoglobina: modulazione della affinità per l’ossigeno

L’affinità dell’emoglobina per l’O2

è influenzata da:

1. pH o [H+] e pCO2

2. 2,3-DPG

….ovvero, dai suoi EFFETTORI ALLOSTERICI

Emoglobina: effetto del H+ e CO2 - Effetto Bohr

Effetto Bohr: dei H+ o della pCO2 riducono

l’affinità per l’O2 di emoglobina e l’ossigeno è
facilmente rilasciato
Il metabolismo tissutale (ad es. muscolo in
contrazione) produce CO2 in notevole quantità
→↑ioni idrogeno H+ (il pH cala→ ambiente più acido)

L’emoglobina è in grado di rispondere prontamente

ai livelli elevati di questi due composti, in modo da
rilasciare più ossigeno proprio qui dove ve ne è più
bisogno. In ambiente più acido l'emoglobina rilascia
più facilmente l'ossigeno, mentre in ambiente più
basico il legame con l'ossigeno è più forte
Emoglobina: effetto del pH e CO2 - Effetto Bohr

Infatti, un enzima presente nei globuli rossi

del sangue, l'anidrasi carbonica, catalizza
la conversione dell'anidride carbonica
proveniente dai tessuti in ioni bicarbonato
e H+

CO2 + H2O ↔ H2CO3 ↔ H+ + HCO3-

CO2 viene trasformata in bicarbonato e si

determina un aumento degli H+
e di conseguenza un abbassamento del pH
Emoglobina: effetto del pH e CO2 - Effetto Bohr
Man mano che l’emoglobina raggiunge distretti in cui H+
aumentano, la sua tendenza a rilasciare ossigeno
aumenta
H+ è un antagonista del legame di O2 ad Hb:
infatti, all’aumento della concentrazione di H+
è favorita la dissociazione dell’O2 dalla Hb,
stabilizzando la struttura T
L’affinità dell’emoglobina per l’ossigeno diminuisce al
diminuire del pH (aumento H+), a partire dal valore
fisiologico di 7,4

Per esempio, il trasporto dell’ossigeno dai polmoni [dove il pH

è 7,4 e la pressione parziale dell’ossigeno è massima] al
muscolo in contrazione [dove il pH è 7,2 e la pressione
parziale dell’ossigeno è molto minore], risulta in un rilascio di
ossigeno pari al 77% della capacità di trasporto totale
(saturazione con O2 pari a 23%)
HCO3-
Emoglobina: un altro effetto di CO2

Comporta una interazione diretta tra il biossido di carbonio

e l’emoglobina, che stimola il rilascio dell’ossigeno

Il biossido di carbonio stabilizza la deossi-emoglobina

reagendo con i gruppi amminici terminali e formando
così residui di carbammato carichi negativamente e
stabilizzando lo stato T, favorendo il rilascio dell’ossigeno
A livello tissutale, la cessione di O2 è favorita
dalla contemporanea assunzione di CO2
A livello polmonare, l’assunzione di O2 è favorita
dalla contemporanea eliminazione di CO2
Emoglobina: effetto del 2,3-bisfosfoglicerato

2,3 - Bisfosfoglicerato
Emoglobina

In blu i diversi gruppi carichi positivamente che circondano la tasca tra le due
subunità β nello stato T (deossi)
Emoglobina e 2,3-bisfosfoglicerato

Nello stato R la cavità centrale è troppo stretta per contenere il 2,3-BPG

Emoglobina e 2,3-bisfosfoglicerato:
il controllo del rilascio di ossigeno
Questo composto fortemente anionico è presente nei globuli
rossi a una concentrazione approssimativamente pari a
quella dell’emoglobina (circa 2 mM). In assenza di 2,3-BPG
l’emoglobina sarebbe un trasportatore di ossigeno
estremamente inefficiente (diapo successiva).

2,3-BPG si lega al centro del tetramero, in una tasca che è

presente solo nella forma T. A seguito della transizione dallo
stato T allo stato R la tasca si contrae e il 2,3-BPG è
rilasciato. Perché la transizione dallo stato T allo stato R
possa aver luogo, è necessario che i legami tra il 2,3-
BPG e l’emoglobina siano rotti.
In presenza di 2,3-BPG, per promuovere la transizione dallo
stato T allo stato R (polmoni), un maggior numero di siti di
legame per l’ossigeno deve essere occupato; pertanto
l’emoglobina rimane allo stato T di bassa affinità finché non
viene raggiunta una più elevata concentrazione di ossigeno
2,3-Bisfosfoglicerato
2,3-BPG È IL PRINCIPALE
MODULATORE FISIOLOGICO
DELL’Hb

Adattamento all’altitudine:
La pressione dell’ossigeno a 3000 m
è circa il 70% in meno che a livello
del mare

L’adattamento all’altitudine è un
fenomeno complesso che
comprende:

- (1) aumento numero di eritrociti e

quantità di Hb per eritrocita
(settimane)

- (2) aumento di 2,3-BPG

sintetizzato dagli eritrociti (giorni,
da circa 4mM a 8mM)
Il pulsiossimetro (pulsossimetro o ossimetro o saturimetro) è
un'apparecchiatura medica che, in maniera non invasiva,
permette di misurare la quantità di emoglobina legata
nel sangue. Questo strumento permette di visualizzare la
saturazione (emoglobina-O2), la frequenza cardiaca e
l'intensità della pulsazione
Emoglobina: riassunto
Emoglobina