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Il controllo dell espressione genica è un processo essenziale in ogni organismo.

Tal
e affermazione è ovvia negli organismi pluricellulari, dove i vari tipi cellulari
svolgono funzioni altamente specializzate e sono programmati per esprimere solo
alcuni dei propri geni e non altri.
Tuttavia, anche i microrganismi hanno bisogno di regolare i propri geni; i batte
ri, per esempio, hanno una grande versatilità dal punto di vista metabolico e in p
articolare nell utilizzazione degli zuccheri come fonte di carbonio. Se la cellula
batterica dovesse sintetizzare simultaneamente tutti gli enzimi coinvolti in ta
li processi, probabilmente consumerebbe più energia di quanto riuscirebbe a ricava
rne.
La cellula batterica ha quindi sviluppato dei meccanismi per reprimere tutti i g
eni che non sono necessari, attivandoli solo nel momento in cui servono.
I modelli di controllo dell espressione genica più conosciuti sono quelli legati all
a funzione dell operone lattosio e dell operone triptofano.
L operone è un complesso di geni che codifica le proteine necessarie allo svolgiment
o di una funzione coordinata: ad esempio, la sintesi degli enzimi necessari per
l utilizzazione di un substrato, o la sintesi di enzimi che intervengono nelle vie
biosintetiche di piccole molecole come gli aminoacidi.
OPERONE LATTOSIO (Operone lac)
Il metabolismo del lattosio necessita di due enzimi: la ß-galattossidasi che scind
e il disaccaride lattosio in glucosio e galattosio, e la permeasi che interviene
nel trasporto del lattosio all interno della cellula batterica. La ß-galattossidasi
e la permeasi sono codificati da due geni strutturali contigui, Z e Y, rispetti
vamente. Un terzo gene strutturale, denominato A, codifica per l enzima transaceti
lasi che però non è richiesto per il metabolismo del lattosio.
I tre geni strutturali (Z,Y,A) sono trascritti in un unica molecola di mRNA polici
stronico; quindi attraverso la regolazione della produzione di questo mRNA può ess
ere coordinata la sintesi di tutte e tre gli enzimi dell operone.
A monte dei geni strutturali sono presenti il gene regolatore I, e le sequenze r
egolatrici P ed O. Analizziamo il significato e la funzione di tali regioni dell o
perone. Il gene I codifica una proteina chiamata repressore che blocca l espressio
ne dei geni strutturali. La proteina repressore presenta due differenti siti di
legame: un sito è in grado di riconoscere in maniera specifica le sequenze dello o
peratore O (che si trovano situate 17-25 nucleotidi a monte del gene strutturale
Z), mentre l altro sito serve al riconoscimento del lattosio o di altre molecole
analoghe.
La proteina repressore, quando si lega al lattosio o ai derivati, va incontro a
cambiamenti conformazionali (transizione allosterica) che abbassano l affinità del r
epressore per le sequenze dell Operatore, di fatto staccandosi dalle sequenze del
l operatore.
Procediamo per ordine. In assenza di lattosio nel substrato, o in presenza di gl
ucosio, i geni dell operone lac sono inattivati dalla proteina repressore che lega
ndosi all Operatore impedisce la trascrizione dei geni strutturali. Infatti tra il
gene I e le sequenze O sono situate le sequenze del P(Promotore), che è punto di
attacco per la trascrizione da parte della RNA polimerasi. La struttura della se
quenza P è quella tipica dei procarioti: si tratta di sequenze poste a monte del s
ito di inizio della trascrizione, nelle posizioni 35 e 10 (Pribinow box), che inte
ragendo con la RNA polimerasi ne permettono l attivazione, dando il via al process
o di trascrizione.
Regolazione dell operone lac in E. coli.
Quando nel mezzo di coltura sono presenti la molecola del lattosio o molecole an
aloghe, la proteina repressore interagendo con esse cambia conformazione, come a
bbiamo detto, risultando non più in grado di legarsi all operatore; la Rna polimeras
i non incontra ostacoli e i geni lac possono essere espressi.
Il lattosio o i suoi derivati fungono da induttori: in presenza di essi la produ
zione di ß-galattossidasi è di migliaia di volte superiore rispetto a quando la cell
ula cresce in assenza di tali zuccheri. L analisi dei mutanti per il gene I fa meg
lio comprendere la funzione di tale gene. Alcuni mutanti I-, sintetizzano livell
i massimi di enzimi sia in presenza che in assenza di induttori. Ciò significa che
i mutanti I- producono una proteina repressore difettiva per il riconoscimento
delle sequenze dell operatore O: l Rna polimerasi non incontra alcuno ostacolo e può t
rascrivere i geni lac anche in assenza di substrato. Un altro mutante Is , non p
roduce mai enzimi per il lattosio, né in presenza, né in assenza di induttori. Quest
o fa pensare a una proteina repressore difettiva per il sito di legame con le mo
lecole del lattosio e dei suoi derivati: il repressore resta sempre legato alla
sequenza O e la trascrizione dei geni strutturali non può avvenire.
L operone lac ha un ulteriore livello di controllo che agisce in modo che l operone
rimanga inattivo anche in presenza di lattosio, se è contemporaneamente presente i
l glucosio. Questo sistema di controllo ha come protagonisti l AMPc e una proteina
denominata CAP (attivatrice del catabolita). Infatti quando il glucosio è present
e ad elevata concentrazione il livello di AMPc è basso; mano mano che la concentra
zione del glucosio diminuisce si innalza quella di AMPc. L AMPc forma un complesso
con la proteina CAP (attivatrice del catabolita) che va a legarsi alla sequenza
P (promotore) attivando i geni lac strutturali.
L unione tra il complesso AMPc CAP e il promotore fa in modo che quest ultimo assuma
una conformazione più favorevole all interazione con la RNA polimerasi con una cons
eguente trascrizione più efficiente. E comunque necessaria la presenza del lattosio
, o dei suoi derivati, per rimuovere la proteina repressore dalle sequenze dell op
eratore.
OPERONE TRIPTOFANO
Nel caso dell operone triptofano (trp) la presenza del triptofano all interno della
cellula determina il blocco della sintesi degli enzimi che lavorano in modo coor
dinato per la biosintesi del triptofano stesso.
Il repressore del triptofano si lega all operatore solamente nel caso in cui sia l
egato al triptofano, abbiamo visto invece che nell operone lattosio il repressore
era sempre legato all operatore a meno che non fosse presente l induttore. Il tripto
fano presente agisce da corepressore (repressione da prodotto finale), quindi il
grado di espressione dei geni per la sintesi del triptofano è inversamente correl
ato alla presenza di questo aminoacido nel mezzo di coltura. L espressione dell oper
one trp è anche regolata con il meccanismo dell attenuazione, che è un meccanismo di c
ontrollo comune per la biosintesi di altri importanti aminoacidi (istidina, leuc
ina ecc.).
Prendiamo in esame la struttura e la funzione dell operone trp
Le sequenze P ed O sono quelle del promotore e dell operatore, la sequenza L prend
e il nome di sequenza leader. La sequenza leader è subito a monte dei geni struttu
rali (trp E-A) ed è costituita da circa 160 basi e si protende al di là della prima
tripletta strutturale del gene trp E. La sequenza leader codifica per un corto p
eptide (peptide leader) che contiene due residui di triptofano in immediata succ
essione, quindi corrispondenti a codoni tandem per il triptofano. La sequenza A
(attenuatore) si trova all interno della sequenza leader e lo mRNA corrispondente
a questa regione contiene una corta sequenza ricca di nucleotidi G-C (palindrome
) seguita da otto successivi nucleotidi U. La trascrizione della regione leader
porta alla sintesi di un mRNA che va incontro a cambiamenti di conformazione con
la formazione di strutture secondarie a stelo ed ansa. Queste regioni sono stat
e identificate come segmenti 1, 2, 3, 4 (vedi figura).
Il modello di regolazione è fondato sull alternarsi di due strutture principali: una
è legata ad un alto livello di triptofano nel mezzo di coltura, l altra ad un basso
livello. Nel primo caso il segmento 1 viene completamente tradotto, ma si ha la
formazione di una struttura a stelo e ansa in corrispondenza dei segmenti 3 e 4
che impedisce la continuazione della trascrizione dei geni strutturali; questa
struttura agisce da terminatore della trascrizione. Quando nel mezzo di coltura la
concentrazione di triptofano è bassa, si forma una struttura a stelo ed ansa tra i
segmenti 2 e 3: il ribosoma stalla in seguito alla carenza di triptofano-tRNA att
ivati e non riesce a tradurre il segmento 1 in cui sono presenti codoni trp ripe
tuti, questa struttura secondaria non arresta il processo di trascrizione che può
quindi continuare
Questo tipo di controllo dell espressione genica che agisce anche a livello della
traduzione, non è fattibile nei microrganismi eucarioti: infatti solo nei procario
ti i due stadi di trascrizione e traduzione avvengono simultaneamente. Negli euc
arioti, dove la presenza di una membrana nucleare separa fisicamente i due stadi
, i meccanismi di controllo dell espressione genica sono più complessi e possono avv
enire a più livelli.La regolazione dell espressione genica negli eucarioti, come nei
procarioti, è esercitata prevalentemente a livello della fase di inizio della tra
scrizione, e utilizza come nei procarioti attivatori e repressori. Tuttavia è più co
mplicata dato che l integrazione dei segnali richiede una maggiore flessibilità per
far fronte alla maggiore complessità degli eucarioti, particolarmente quelli multi
cellulari.Le maggiori differenze sono dovute a: 1) la struttura interrotta dei g
eni consente un ulteriore livello di regolazione a livello dello splicing; 2) i
nucleosomi e le loro modificazioni influenzano l accesso ai geni dei fattori di re
golazione; 3) vi sono molti più siti di regolazione (cuicorrispondono più proteine r
egolatorie) anche molto distanti dal sito di inizio della trascrizione sia a mon
te che a valle.Le proteine regolatorie degli eucarioti usano domini differenti p
er il legame al DNA anche se per il legame al DNA applicano gli stessi principi
dei batteri. Le proteine omeotiche appartengono alla classe di fattori caratteri
zzati da una struttura HTH,con una delle eliche che si inserisce nel solco maggi
ore del DNA. L omeodominio contiene 3 eliche. Le proteine zinc-finger contencono u
n dominio in cui è presente un atomo di zinco coordinato da due residui His e due
Cys, che mantiene in posizione una !-elica che riconosce il solco maggiore del D
NA. Le proteine leucine-zipper e le proteine Helix-Loop-Helix (HLH) formano una
struttura dimerica che lega il DNA mediante domini ad a-elica che legano il DNA
a livello di due solchi maggiori opposti. La dimerizzazione è facilitata, rispetti
vamente, da regioni ricche di residui idrofobici (come le Leu) di un dominio coi
led-coil o da !-eliche di dimerizzazione.Al contrario degli attivatori procariot
ici che interagiscono direttamente con la polmerasi posizionandola sul promotore
, gli attivatori eucariotici reclutano indirettamente la polimerasi interagendo
con componenti del complesso trascrizionale come TFIID o il complesso mediatoreL
e proteine attivatrici possono facilitare il legame del complesso trascrizionale
al promotore sia reclutando fattori che aggiungono gruppi chimici alle code N-t
erminali degli istoni (es. istone acetil transferasi (HAT) che aggiunge gruppi a
cetile) o fattori che rimodellano i nucleosomi.I repressori trascrizionali eucar
iotici possono agire secondo diverse modalità: a) possono competere con il legame
di un attivatore, b) possono schermare il dominio di attivazione del attivatore; c
) possono inibire direttamente la trascrizione legandosi al complesso trascrizon
ale; d) possono reclutare un modificatore degli istoni che altera il nucleosoma
(ad esempio inducendo una deacetilazione) in modo da reprimere la trascrizione.
Quest ultimo meccanismo è il più comune negli eucarioti.L imprinting è il processo per cui
solo una delle due copie del gene viene espressa, mentre l altra è silenziata. La m
etilazione della copia materna o paterna di una regione genomica è alla base del m
eccanismo di imprinting.