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La struttura del DNA

Il modello della struttura a doppia elica del DNA fu proposto da Watson e Crick nel 1953. Grazie a
Rosalind Franklin, biochimica britannica fu possibile ottenere fibre di DNA che, sottoposte a
diffrazione a raggi X, permisero di identificare le caratteristiche del DNA.
La caratteristica più importante del DNA è quella di essere normalmente formato da due catene
polinucleotidiche, avvolte una sull’altra nella forma a doppia elica. L’impalcatura di ciascun
filamento dell’elica è composta di zuccheri alternati a residui fosforici; le basi si proiettano
all’interno ma possono essere accessibili attraverso i solchi maggiore e minore. L’unita
fondamentale degli acidi nucleici è il nucleotide, costituito da 3 componenti:
1) Zucchero pentoso, chiamato deossiribosio, in cui il C1 e il C4 sono uniti attraverso l’atomo
di ossigeno dell’ossidrile legato al C4.
2) Basi azotate: anelli eterociclici planari che appartengono a due differenti categorie, le
purine (due anelli) e le pirimidine. Alle purine appartengono l’adenina e la guanina, mentre
le pirimidine sono la citosina e la timina. Le basi sono attaccate al deossiribosio mediante
un legame glicosidico all’N1 delle pirimidine o all’N9 delle purine. Ciascuna base può
assumere due conformazioni tautomeriche alternative che sono in equilibrio tra loro.
Timina e Guanina: tautomeria cheto-enolica; citosina e adenina: tautomeria ammino-
imminica
3) Gruppo Fosfato.
Ogni nucleotide è legato al nucleotide adiacente da un legame covalente fosfodiesterico che si
viene a formare tra il fosfato legato al C5’ e il gruppo OH legato al C3’.
La distanza tra due nucleotidi adiacenti è di 3,4 Å, quindi la doppia elica compie un giro completo
su se stessa ogni 34 Å (10 residui per ogni giro).
La doppia elica è composta da due catene che sono allineate secondo un orientamento opposto: la
direzione di una catena dal 5’ al 3’ è antiparallela rispetto alla direzione dal 5’ al 3’ dell’altra.
Queste due catene interagiscono fra loro grazie agli appaiamenti tra le basi: l’adenina di una
catena è sempre appaiata con la timina che si trova sull’altra catena e allo stesso modo la guanina
è sempre appaiata con la citosina.
L’appaiamento proposto da Watson-Crick prevede che ci sia la formazione di due legami H tra A e
T mentre una coppia G-C possiede 3 legami H. Questo pero richiede che le basi siano nella corretta
forma tautomerica.
La struttura della doppia elica è stabilizzata da una serie di fattori:
1) Legami H fra basi complementari;
2) Impilamento delle basi (grazie alla loro natura aromatica) che deriva da:
- Interazioni idrofobiche
- Interazioni di Van der Waals
- Interazioni elettrostatiche
La doppia elica del DNA è dotata di una flessibilità strutturale grazie alla presenza di interazioni
covalenti che sono principalmente 2:
- Rotazione attorno al legame tra gli atomi di carbonio due e tre dello zucchero, definita
sugar pucker;
- Rotazione attorno al legame beta-N-glicosidico: con formazione syn o anti
Sugar pucker
L’anello a 5 atomi per motivi sterici non può essere planare: 2 atomi di C hanno la possibilità di
spostarsi fuori dal piano, il C3’ o il C2’. Si parla di endo-pucker quando il C2’ o il C3’ si spostano
fuori dal piano nella stessa direzione del C5’ oppure di eso-pucker se lo spostamento avviene in
direzione opposta rispetto al C5’; la conformazione endo è quella più frequente. Questo
cambiamento di conformazione dello zucchero porta alla variazione della distanza tra i fosfati: se il
C3’ esce fuori dal piano la distanza tra i due fosfati adiacenti sarà di 5,9 A; mentre se il nucleotide
si trova in una conformazione C2’ endo, la distanza sarà di 7 A.
Rotazione attorno al legame beta-N-glicosidico
Il legame beta-N-glicosidico lega la base allo zucchero. I nucleotidi possono esistere nella
conformazione syn o anti: in quella syn il gruppo NH2 si trova nella stessa direzione del C5’, in
quella anti il gruppo NH2 si trova in direzione opposta. La guanina, la timina e l’adenina possono
esistere sia in syn che in anti, mentre la citosina può esistere soltanto in una conformazione syn.
Per descrivere le varie conformazioni che le basi possono assumere bisogna considerare una
coppia di basi come un unico oggetto e partire dal lavoro svolto dal matematico Eulero: secondo
questo studio, si può descrivere la posizione di un oggetto rispetto ad un altro utilizzando 6
variabili o “gradi di libertà”, cioè 3 traslazioni e 3 rotazioni. Nel caso del DNA essendo le basi legate
allo zucchero fosfato, soltanto 3 di questi spostamenti sono possibili e vengono definiti:
1) Base pair twist: Rotazione di una coppia di basi rispetto a quella adiacente lungo l’asse
dell’elica. L’angolo di twist può variare tra 20° e 50° a seconda della sequenza:
2) Base pair roll: rotazione lungo l’asse della coppia di basi rispetto all’asse dell’elica. L’angolo
di roll può variare da +30° a -10°;
3) Base pair slide: traslazione a scivolamento di una coppa di basi rispetto a quella adiacente.
Lo slide può variare da +3A a -2A.
Propeller twist
In questo caso considero le due basi di una coppia come oggetti distinti. Queste due basi ruotano
contemporaneamente nella stessa direzione rispetto alle loro basi appaiate. Questo spostamento
causa un aumento della superficie di sovrapposizione tra le due basi, in quanto aumenta
l’impilamento tra esse. Con un DNA ricco di A e T l’angolo di rotazione può variare da 15° a 25°,
mentre DNA ricco di G e C avrà una variazione inferiore (5°-15°). Questo perché può crearsi un
legame H tra l’N dell’adenina e l’O della timina in alto, che va a favorire questo spostamento.
Le diverse variazioni strutturali portano a doppie eliche con conformazioni diverse. La
conformazione più nota presente nelle nostre cellule è quella di tipo B ma possono esserci altre
conformazioni come quella di tipo A e quella di tipo Z.
La forma B, che si osserva quando il DNA si trova in una soluzione ad alto grado di umidità, è
quella che più si avvicina alla struttura fisiologia: contiene 10 coppie di basi per giro d’elica, ha un
ampio solco maggiore e un solco minore più ristretto.
La forma A, che si osserva in una soluzione a più basso contenuto d’acqua, ha 11 coppie di basi per
giro d’elica, il suo solco maggiore è più stretto rispetto alla forma B, mentre il solco minore è più
largo e profondo.

Confronto tra B-DNA e A-DNA


Il DNA-A venne osservato per la prima volta quando furono ottenute delle molecole di cristallo di
DNA in cui l’umidità era al 75%. A questi valori, utilizzando sempre la diffrazione a raggi X, si
osservò che la doppia elica assumeva questo tipo di conformazione. La conformazione A presenta
un numero maggiore di basi per ogni giro dell’elica e un passo dell’elica più corto. Le basi si
allontanano dal centro creando un foro centrale e aumentando così il diametro dell’elica.
Una conseguenza di questo è il fatto che l’angolo di twist passa da 36° a 33°, per cui in ogni giro di
elica sono contenute 11 paia di basi.
Per comprendere meglio come avviene
il passaggio da B ad A bisogna
considerare un paio di basi come un
parallelepipedo molto piatto. Nel DNA
B tutte le basi sono tra loro parallele
lungo l’asse dell’elica. Due diverse
variazioni portano alla conformazione
A:
- Slide: -2°
- Roll: circa 12°.

Inoltre le basi sono leggermente


sovrapposte con un angolo di twist
minore rispetto a quello della
conformazione B.
Confronto tra B-DNA e Z-DNA
Il DNA Z fu osservato per la prima volta quando furono analizzate le molecole di DNA sintetizzate
chimicamente con una sequenza particolare in cui si alternavano G e C. La formazione de DNA Z si
osserva quando questo viene posto in una concentrazione salina molto elevata.
In questo caso il numero di paia di basi per giro e il passo dell’elica aumentano, il diametro
diminuisce, come l’angolo di twist visto che le basi si avvicinano. La caratteristica più evidente è
che questa molecola si avvolge in maniera sinistrorsa.
Durante la trasformazione da B a Z i residui di citosina e guanina ruotano di 180° assumendo una
configurazione Syn relativamente al legame tra la base e lo zucchero.
Tuttavia la citosina non è il grado di assumere questo tipo di configurazione quindi dopo questa
rotazione, lo zucchero legato alla citosina ruota per mantenere la configurazione anti.
Le due molecole di zucchero assumono conformazioni diverse:
- Nella guanina: C3’ Endo
- Nella citosina: C2’ Endo
Per compensare questo stress torsionale e ottenere la conformazione Z, il DNA subisce un
ulteriore variazione. Le due basi che si trovano al confine tra B e Z (adenina e timina) vengono
estruse, cioè esposte verso l’esterno e da quel punto in poi il DNA inizia ad avvolgersi in direzione
sinistrorsa fino a quando sono presenti G e C alternate.
Viene definita conformazione Z perché ha un andamento a zig-zag, dato dal fatto che le molecole
di zucchero si trovano in maniera alternata in C2’ e C3’ Endo, creando delle distanze tra i fosfati
adiacenti.
Non è ancora chiaro se queste strutture esistano in vivo. Sembra che il DNA A potrebbe esistere n
quei microrganismi che attraversano degli stadi della loro vita in cui si trovano in condizioni di
disidratazione (es. spore). Per il DNA Z ci sono diverse indicazioni a favore del fatto che la
formazione di queste strutture possa avere un ruolo regolativo.