Guía para la práctica de Simulación de actividad enzimática y

factores que afectan la actividad de las enzimas.

Anotaciones y comentarios sobre esta práctica virtual:

Antes que nada, es importante tener en cuenta que una simulación computacional no es más que
el uso de unos modelos matemáticos para evaluar un fenómeno cambiando una o varias de las
variables que condicionan los resultados que se derivan de la ocurrencia del fenómeno. También
es importante puntualizar que esta práctica virtual no pretende desarrollar competencias
relacionadas directamente con las habilidades del trabajo de laboratorio, como el uso de equipos
de laboratorio, habilidades de pipeteado o mediciones, el uso de medidas de seguridad, el
conocimiento de las sustancias químicas y otras competencias resultantes de la práctica
presencial.

Esta práctica virtual en particular, hace uso de la simulación computacional, lo que permite algo
que usualmente no se realiza durante un laboratorio presencial: que el estudiante tenga la
posibilidad de evaluar diferentes condiciones y “jugar” variando alguna de las variables, para
conocer el resultado probable. Con esto, el estudiante tiene la posibilidad de hacer inferencia por
sí mismo, para discutir posteriormente con el docente y sus compañeros.

Conocimiento reforzado en esta práctica y conocimiento teórico previo de la bioquímica que se

requiere para esta práctica:

Esta práctica virtual, se ha centrado en la comprensión e interiorización por parte del estudiante,
del funcionamiento de las enzimas bajo diferentes condiciones de Temperatura, pH,
Concentración del sustrato y Concentración de un inhibidor. Se espera que en esta práctica se
discuta también sobre las causas, en el nivel molecular, de las diferencias de la actividad
enzimática bajo diferentes valores de Km y Velocidad máxima.

Comprender esto es tal vez una de esas premisas fundamentales en la bioquímica, y que resulta de
utilidad en campos como la Ingeniería Ambiental, en cuanto a la evaluación de sustancias tóxicas
en el ambiente, por ejemplo, y en la Ingeniería Agroindustrial, en que se puede hacer uso de las
enzimas en procesos fermentativos o para la síntesis de algunos compuestos orgánicos de interés
comercial.

Para el aprovechamiento del ejercicio virtual es importante que el estudiante haga un repaso de la
teoría vista en el curso acerca de las enzimas, de la forma como las enzimas catalizan las
reacciones químicas, del mecanismo molecular por el cual actúan sobre el sustrato, de los
parámetros más relevantes para evaluar una enzima (Km, Velocidad máxima, Kcat), de la cinética
enzimática, de los inhibidores enzimáticos, y de otros temas más básicos como el movimiento
browniano (para estos temas, además de la lectura de capítulos de libro y consulta del material de
las clases, se sugiere revisar las animaciones y simulaciones de las páginas:
http://www.kscience.co.uk/animations/brownian.htm (simulación sobre el movimiento
browniano), y http://www.kscience.co.uk/animations/anim_2.htm (conjunto de simulaciones
acerca de las enzimas).

Esta práctica se dividirá en dos partes:

1. Evaluar la actividad de una enzima en diferentes condiciones de Temperatura, presión,

concentración de sustrato y concentración de un inhibidor.

2. Evaluar en un archivo de matriz electrónica (Excel), el comportamiento de la gráfica de cinética

enzimática y el comportamiento de la gráfica de la linearización del “Doble recíproco” o de
Lineweaver-Burk.

Para realizar la práctica de simulación, el estudiante debe ingresar al siguiente enlace web:
http://www.kscience.co.uk/animations/enzyme_model.htm. Como aparece en la figura siguiente
es posible que su navegador le solicite activar el Flash para que se pueda ser la animación. En ese
caso, pulse sobre la zona gris, donde aparece el aviso “Haz click para habilitar Adobe Flash Player”

Una vez hecho obtenga el siguiente pantallazo, está listo para empezar la simulación.
 1. Condiciones basales

Las condiciones iniciales por defecto, son: # de moléculas de enzima: 1; # de moléculas de

sustrato: 20; # de moléculas de inhibidor: 0; Temperatura 25°C (temperatura ambiente); container
(es el tamaño del espacio de la simulación visual): 400. (este es el valor máximo. Si elige otros
valores menores, el tamaño del área de la simulación, ser hará más pequeño); pH: 7 (condiciones
estándar). Asegúrese de identificar las moléculas según el código de colores que aparece en
pantalla, y pulse en el botón [Setup] para que le aparezca en pantalla la representación visual de la
actividad enzimática bajo las condiciones descritas.

Actividad a realizar y preguntas:

Tome un cronómetro, y mida el tiempo transcurrido entre el inicio de la simulación y el momento

en que la enzima ha convertido 10 moléculas de sustrato en producto. Una vez tenga su
cronómetro en cero, pulse el botón [Start] y mida el tiempo. Asuma que este es el
comportamiento basal de la enzima. Se encontrará con un pantallazo como este:

Influencia de la temperatura en la actividad enzimática.

Realice el mismo experimento, pero a diferentes temperaturas: a 0, 20, 40, 60, 80 y 100°C. Anote
sus observaciones y procure inferir lo que ha ocurrido en cada caso. Registre sus datos.
Escriba cuál fue la temperatura a la cual una sola enzima transformó en menos tiempo las 20
moléculas de sustrato. Asuma que esta fue su temperatura óptima. Escriba todas las
observaciones que notó al evaluar diferentes temperaturas. Procure explicar cada una de las
observaciones, a la luz de su conocimiento teórico.

Influencia del pH en la actividad enzimática.

Ahora, en las mismas condiciones del comportamiento basal de la enzima, varíe el pH entre 2 y 10,
variando en una unidad de pH cada “experimento”. Mida las velocidades y diga cuál fue el pH en
que la enzima tomó el menor tiempo. Escriba todas las observaciones que notó al evaluar
diferentes pHs. Procure explicar cada una de las observaciones, a la luz de su conocimiento
teórico. Registre los datos.

Influencia de la concentración de sustrato en la actividad enzimática.

En las mismas condiciones del comportamiento basal de la enzima, varíe el número de moléculas
de sustrato desde 1, 10, 20, 30, 50, 70 hasta 100 moléculas. Mida las velocidades en que la enzima
convierte todo el sustrato en producto. Escriba todas las observaciones que notó al evaluar
diferentes concentraciones de sustrato. Procure explicar cada una de las observaciones, a la luz de
su conocimiento teórico.

Influencia de la concentración de inhibidores en la actividad enzimática.

En las mismas condiciones del comportamiento basal de la enzima, excepto en número de

moléculas de sustrato. Use 50 moléculas de sustrato. Varíe el número de moléculas de inhibidor
desde 1, 10, 20, 30, 50, 70 hasta 100 moléculas. Mida las velocidades a las que la enzima convierte
todo el sustrato en producto. Escriba todas las observaciones que notó al evaluar diferentes
concentraciones de sustrato. Procure explicar cada una de las observaciones, a la luz de su
conocimiento teórico.

Evalúe diferentes condiciones, variando una o más de las variables, jugando con sus experimentos,
procure hacer inferencia sobre lo que observa. Anote sus observaciones e inclúyalas en el informe.

Preguntas a responder:

De las condiciones que evaluó, cuáles fueron las condiciones que alcanzaron la mayor velocidad en
la actividad enzimática?