IL MICROBIOTA

A. Marchese
Università degli Studi di
Genova

http://www.microbiologia.unige.it/dpb/debbia.htm
Laboratorio di Microbiologia Sperimentale ed Epidemiologia Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 in Natura
si distingue:
Vita saprofita: nell’ambiente a spese di
(Maggioranza microbi)
materiale inanimato

Vita parassitaria: a carico di organismi

(Minoranza) superiori

Parassiti

Obbligati Facoltativi 2
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 Parassiti

Commensali (indifferenti)
Simbionti (utili)
Opportunisti (talvolta possono dare malattia)
Patogeni (nocivi) (moltiplicazione in vivo e
tossigenicità)

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 Il corpo dei vertebrati è colonizzato da un
grande numero di germi (batteri, virus,
funghi e protozoi) commensali e simbionti
che nel loro complesso sono riferiti come
MICROBIOTA

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 MICROBIOTA

Già alla fine del ‘600…

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 Microbiota o
Popolazione Microbica Normale

la popolazione dei
microrganismi presente
sulla cute e sulle mucose
delle persone sane normali

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 POPOLAZIONE MICROBICA
NORMALE o MICROBIOTA
Microrganismi acquisiti dalla nascita
subiscono modifiche in numero e specie lungo
tutto il decorso della vita
La colonizzazione dipende da
•fattori genetici
•abitudini alimentari e igieniche
•situazioni di stress/fenomeni psicosomatici
•Età

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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 Nell’uomo il MICROBIOTA è costituito
prevalentemente da batteri (>100 bilioni) che
colonizzano superfici cutanee e mucose
tappezzando esternamente e internamente il
nostro corpo
Il MICROBIOTA umano risiede principalmente
nell’intestino: Si stima che circa il 60% del
materiale fecale sia costituito da batteri.
È dominato dai batteri anaerobi o anaerobi facoltativi
L‘unico sito anatomico privo di anaerobi è la faringe
Mettere immagine

Sommer and Backhed, Nat Rev., 2013 http://www.microbiologia.unige.it/dpb/debbia.htm

Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 PMN o microbiota
Oltre al tratto intestinale si trova:
•Cute
•Cavità orale e prime vie aeree
•Uretra
•Vagina
•Occhio

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Laboratorio di Microbiologia Sperimentale ed Epidemiologia Dinamica delle Popolazioni Batteriche
Cellule del MICROBIOTA 1014
cellule umane 1013

Il nostro rapporto
con i batteri deve
essere
riconsiderato

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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 Pubblicazioni
MICROBIOTA
35000

30000
N° pubblicazioni

25000

20000
Singole
15000 specie e
globalità
10000

5000

1998-2003 2004-2008 http://www.microbiologia.unige.it/dpb/debbia.htm

2009-2017
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 Pubblicazioni
microbioma/microbiota
40000

35000
N° pubblicazioni

30000

25000

20000

15000

10000

5000

1998-2003 2004-2008 http://www.microbiologia.unige.it/dpb/debbia.htm

2009-2017
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOMA
Il MICROBIOMA può essere definito come
la somma dei geni di tutti i
microrganismi presenti in un
determinato organismo superiore.

MICROBIOMA
>100 volte
Genoma umano

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Joshua Lederberg ( 1925 – 2008)
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA

Il MICROBIOTA può essere studiato

grazie al MICROBIOMA

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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 Teoria del Superorganismo

l’uomo è
un super-organismo
il cui assetto genico
comprende sia il Definizione di Self
proprio genoma sia i
genomi dei microbi in
esso residenti e le cui strutture proprie +
caratteristiche fisiologiche
sono la sintesi dell’attività microbiota
dell’uomo e del
Sommer and Backhed, Nat Rev., 2013
metabolismo microbico. http://www.microbiologia.unige.it/dpb/debbia.htm
Lederberg,
Dinamica delleScience 2000
Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA
intestinale
Il più diversificato
Il più abbondante (sino a 1012CFU/gr)
Si forma alla nascita e cambia con l’età

Alterazioni nei primi mesi di vita possono avere

effetti di lunga durata http://www.microbiologia.unige.it/dpb/debbia.htm
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA
intestinale
Composizione: 500-1000 specie diverse di
cui molte non coltivabili
(sequenza gene rRNA 16S )

Prevalenza di anaerobi obbligati

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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 microbiota intestinale adulto

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Laboratorio di Microbiologia Sperimentale ed Epidemiologia Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 PMN intestinale
pH
acido
Duodeno: 103-106/gr
Digiuno-ileo: 105-108/gr
Cieco-colon trasverso: 108-1010/gr
Sigma-retto: 1011-12/gr

antibiotici basico

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Laboratorio di Microbiologia Sperimentale ed Epidemiologia Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 Il MICROBIOTA vive in equilibrio con noi

Se il rapporto tra MICROBIOTA e OSPITE si altera

il MICROBIOTA
può contribuire a/o causare malattia

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Sommer and Backhed, Nat Rev., 2013
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA
intestinale e omeostasi

Le interazioni microbiota-ospite devono essere

strettamente controllate per l’omeostasi:
l’accrescimento del microbiota deve essere
contenuto e il S.I. deve essere tollerante e non
attivarsi X infiammazione cronica

La mucosa deve essere resistente alle infezioni e

impedire la traslocazione dei germi

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Kamada et al., Nature Rev Immunol, 2013
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA
intestinale
Essenziale per sviluppo, omeostasi e
protezione dell’intestino

Ha una serie di funzioni tra cui eseguire

reazioni enzimatiche che le cellule umane
non possono catalizzare
Un organo dentro un altro organo
con sue specifiche funzioni
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Sommer and Backhed, Nat Rev., 2013
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA

Ruolo di
regolazione
attività
extra-
intestinali
Ruolo
metabolico Ruolo protettivo Ruolo
vs patogeni immunologico

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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
MICROBIOTA Ruolo metabolico

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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA Ruolo metabolico
Estrae il 40-50% dell’energia dei nutrienti
(fermentazione di fibre non digeribili)
- 2 OMP per legame e
importazione amidi
Bacteroides
tetaiotaomicron - 226 glicosilasi
-15 liasi polisaccaridiche

•98 glicosilasi
•1 liasi
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Montalto et al., Dig. And Liver Dis., 2009
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
POPOLAZIONE MICROBICA NORMALE o
microbiota

Una gran varietà di composti che possono essere

metabolizzati (è un organo aggiunto, bioreattore)
Quando varia, si modifica anche l'assorbimento
dei nutrienti
Obesi e magri hanno profili batterici
radicalmente diversi nei loro intestini

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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA Ruolo metabolico
Sintesi e utilizzo vitamine (B2, B12 e K)
Trasformazione acidi biliari
Catabolismo proteine e aa
Produzione isoflavoni

Produzione butirrato

70% energia delle espressione citochine

cellule epiteliali proinfiammatorie
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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
MICROBIOTA Ruolo metabolico
Degradazione ossalati
Oxalobacter formigenes

Se assente formazione
calcoli renali

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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA
Ruolo protettivo vs patogeni
Resistenza alla colonizzazione
Via diretta
Competizione per i nutrienti
Inibizione fattori di virulenza
Via indiretta
Azione sulla barriera mucosa
Azione su cellule immunitarie
Sommer and Backhed, Nat Rev., 2013
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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 http://www.microbiologia.unige.it/dpb/debbia.htm
Kamada et al., Nat. Rev. Immunol., 2013
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA
Ruolo protettivo vs patogeni
Resistenza alla colonizzazione
Via diretta
Competizione per i recettori sulle cellule
epiteliali
Parametro spesso utilizzato per valutare
l’adesività e la possibile efficacia di un
probiotico (Lattobacilli, Bifidobatteri)

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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA
Ruolo protettivo vs patogeni
Via indiretta
promuove funzione barriera della mucosa
agendo su:
cellule epiteliali
muco
villi
giunzioni cellulari
molecole antimicrobiche
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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA
Ruolo protettivo vs patogeni
Germ-free mice Regime standard di allevamento

defensine
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Kamada et al., Nat. Rev. Immunol., 2013
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA
Ruolo protettivo vs patogeni
Giunzioni
desmosoma
occludenti

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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
MICROBIOTA Ruolo immunologico
Sviluppo e maturazione GALT
Germ-free mice Regime standard di
allevamento

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Kamada et al., Nat. Rev. Immunol., 2013
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
MICROBIOTA Ruolo immunologico

Controlla produzione di :

IgA indotta da flagellina derivata dal

microbiota
IL-22 in ILCs (innate limphoid cells)
pro-IL-1beta nei fagociti

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Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA Ruolo immunologico
Controlla sviluppo di:
TReg
Th17 (specie specifico)

M
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Kamada et al., Nat. Rev. Immunol., 2013 Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA
Omeostasi del tessuto osseo
Regola la densità minerale dell’osso

Nei topi germ-free l’osso ha una densità minerale

più elevata :

ridotto riassorbimento di tessuto osseo per

mancanza di citochine proinfiammatorie indotte
dal microbiota

Sjogren et http://www.microbiologia.unige.it/dpb/debbia.htm
al., J. Bone Min. Res., 2012
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA
gut-brain axis
Influisce sul comportamento e
sulla maturazione del SN modulando i livelli di
molecole segnale

Neurologic disorders

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Diaz Heijtz et al., PNAS 2011
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 MICROBIOTA-MICROBIOMA
il microbiota/ma può cambiare rapidamente:

come risultato di un cambiamento nella

popolazione o per modificazioni (mutazioni) nel
genoma del singolo microrganismo.

Profilo proteomico
e metabolico
modificato http://www.microbiologia.unige.it/dpb/debbia.htm
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 Modificazioni del
Microbiota/Microbioma
possono essere monitorate grazie alle nuove
tecniche di biologia molecolare.
METAGENOMICA :
analisi
contemporanea
dei genomi di tutti i
microroganismi
presenti
in un ambiente
http://www.microbiologia.unige.it/dpb/debbia.htm
Dinamica delle Popolazioni Batteriche
 Il futuro

riuscire a monitorare in dettaglio il

microbiota nell’uomo in varie
condizioni per traslare i risultati
ottenuti in:

sistemi diagnostici, trattamenti

profilattici e terapeutici per l’uomo http://www.microbiologia.unige.it/dpb/debbia.htm
Laboratorio di Microbiologia Sperimentale ed Epidemiologia Dinamica delle Popolazioni Batteriche