Bioquímica, Licenciatura en Ciencias Naturales: Física, Química y Biología www. Universidad. edu.

co
Informe de práctica de laboratorio

DOCKING MOLECULAR
Natalia Trujillo , Cristian Pisso , Leidy Sanchez , Felipe Soto , Daniela Martínez
1 2 3 4

Mendoza 5

Estudiante del curso de Bioquímica. Programa de Licenciatura en

Ciencias Naturales. Universidad Surcolombiana. Neiva, Huila, Colombia.
1
Correo electrónico: u20161146875@usco.edu.co
2
Correo electrónico u20171160096@usco.edu.co
3
Correo electrónico: u20162152487@usco.edu.co
4
Correo electrónico: u20151137375@usco.edu.co
5
Correo electrónico: u20162150738@usco.edu.co

Actividad entregada: 01 de junio del 2020

Resumen

La práctica de laboratorio titulada como Docking molecular tiene como fin identificar la mejor
posición de acoplamiento tanto del inhibidor Benzamidina con la β-Tripsina como también la
posición del inhibidor XK263 con la VIH Proteasa. Para ello se hace uso del programa Arguslab
el cual es un programa para diseñar estructuras moleculares y analizarlas. Para ambos casos de
los inhibidores la mejor posición obtenida fue la primera.

Palabras claves: Beta Tripsina, Docking molecular, Energía de Gibbs, Inhibidor, Posición, VIH
Proteasa.

Introducción
El modelado molecular es un término general que engloba métodos teóricos y técnicas
computacionales para modelar, imitar y predecir el comportamiento de las moléculas. Esta
herramienta es en la actualidad un procedimiento imprescindible en los procesos de
descubrimiento y desarrollo de los fármacos.[CITATION Jos17 \l 9226 ]

El acoplamiento molecular o también conocido como docking es una técnica de mecánica

molecular ampliamente utilizada para predecir energías y modos de enlace entre ligando y
proteínas”[CITATION Mét13 \l 9226 ]
Los inhibidores son proteínas que restringen la actividad funcional de otras proteínas
aprovechando esta acción se han empleado para el diseño o creación de medicamentos que
combaten ciertas bacterias, virus, hongos, entre otros que pueden afectar al ser vivo [CITATION
Uni11 \l 9226 ]

Una enzima fundamental en la formación de los viriones es la proteasa viral, enzima que provoca
la ruptura de la poliproteina Gag en proteínas de la capside y nucleocapside y d la poliproteina
Pol precursora de todas las enzimas virales del VIH-1 [CITATION Esc13 \l 9226 ]. Las proteasas

Página 1 de 7
virales generalmente hidrolizan enlaces específicos entre aminoácidos específicos, y todas ellas
poseen una serie de regiones de especificidad por el sustrato sobre el que actúan, en su centro
activo. Sin embargo, estas regiones son diferentes para cada proteasa, y son determinantes en
relación al desarrollo de inhibidores que actúen sobre el centro activo, ya que presentan
interacciones específicas debido a los distintos aminoácidos que presentan en estas zonas,
denominadas pliegues[ CITATION Fer15 \l 9226 ]
Diferentes inhibidores han sido diseñados siendo un ejemplo de ellos el XK263 “el cual es un
inhibidor cíclico de urea pequeño que puede llegar al sitio de unión cuando las aletas no están
completamente abiertas. Sin embargo, si las aletas están casi cerradas, el inhibidor debe
reorganizarse o la unión puede fallar” [CITATION Cha07 \l 9226 ]

La β-tripsina es una hidrolasa que cataliza, por tanto, la hidrólisis de enlaces peptídicos cuyos
grupos carbonilo provienen de residuos de arginina o lisina. La benzamidina es un inhibidor
competitivo de la tripsina dado que es un análogo de la cadena lateral guanidilo de la arginina La
benzamidina, al ocupar las cavidades que son los sitios de unión de las moléculas de tripsina,
resulta ser un inhibidor competitivo para los residuos de arginina de los péptidos. Este análogo se
fija a la enzima pero no reacciona[CITATION MODsf \l 9226 ]
Materiales y método
Se empleó el programa Arguslab, el cual brinda medios de construcción de moléculas en pantalla
bastante eficaces y adicional una biblioteca moderada de moléculas ventajosas. Este puede hacer
optimizaciones de la geometría usando el campo de fuerza UFF. Cubre todos los elementos de la
Tabla Periódica porque no está restringido a los tipos del átomo conocidos en su parametrización,
las energías resultantes son diferentes de aquéllas obtenidas usando algunos de los campos de
fuerza más convencionales, y donde quiera que sea posible se necesita re-optimizarse a un nivel
más alto. Para esto, el programa Arguslab nos ofrece optimización de la geometría usando los
niveles semiempíricos como el MNDO, el AM1 o el PM3[ CITATION arg17 \l 9226 ].
Primeramente, se procedió a la instalación del programa Arguslab en el computador.
Consecutivamente se realiza el procedimiento de acoplamiento del inhibidor de Benzamidina
acoplado en la Beta Tripsina, se abre el archivo llamado 3ptb.ent, localizado en la carpeta
Tutorials/Docking/Beta Trypsin de ArgusLab. Certificando que la herramienta Molecule Tree
View esté visible, se abre la carpeta de Residues/Misc que muestra el residuo de Benzamidina.
Pulsando el botón izquierdosobre "1 BEN " en la Vista del Árbol y seleccionando la opción de
menú Edit/Hide Unselected, allí se logran esconder todos los átomos que no se seleccionan del
residuo y muestra solo los que pertenecen a la molécula de la benzamidina, la cual se centra
seleccionando la opción de menú View/Center Molecule in Window, y se le añaden los
hidrógenos mientras está seleccionada. Continuamente, se presiona el botón derecho del mouse
sobre "1 BEN" en la Vista del Árbol, seleccionando la opción “Make a Ligand Group from this
Residue”, en donde Arguslab monta un grupo debajo de la carpeta Groups con el mismo nombre
"1 BEN" de tipo ligando. Este residuo de copia y pega para formar otro de nombre “810 BEN”, y
con ayuda de estos se forman los grupos de 1 BEN Y 2 BEN que se renombran como ligand.
Luego se usa la opción View/Color By Molecule para poder diferenciar un ligando de otro.
Subsiguientemente se construye el grupo de unión para el ligand con la elección "Make a
BindingSite Group for this Group, y así realizar el cálculo de acoplamiento del grupo ligand, y la
diferencia de energía entre sus poses. Para el caso de acoplamiento del inhibidor XK263 de la
Proteasa del HIV, se abre el archivo del PDB 1 hvr.agl, que se encuentra en la carpeta
Tutorials/Docking/HIV, presiona el botón derecho del mouse sobre el ligando "XK2-xray", en la

Página 2 de 7
carpeta de los grupos, muestra los puentes de hidrógeno entre la proteína y el ligando con la
opción "Show Hydrogen Bonds" así como información de cada uno de ellos. Realizado esto, se
abre el archivo xk263.agl de la carpeta Tutorials/Docking/HIV Protease, para hacer surgir la
ventana de dialogo de Dock Settings, seguidamente se acopla el ligando xk263.agl en el sitio de
unión de 1hv3.agl, estableciendo las dimensiones de la caja en x, y y z (18,18 y 22
correspondientemente) en el sitio de unión, y de esta manera lograr un 1hvr que contiene el
ligando adicional. Finalmente, se da clic en la opción de menú "View/render Protein as Cartoon
Ribbon" y la opción "View/Color Ribbon By Molecule” que se aprecian las proteínas a manera
de listones.[ CITATION Arg17 \l 3082 ]

Resultados y discusión
Los datos obtenidos del acoplamiento del inhibidor Benzamidina  en la  β-Tripsina, apreciados
en la tabla N°1 cuando la posición es 0 la energía es altamente negativa y a su vez va
decreciendo notoriamente a medida que cambia su posición.

Tabla 1. Poses de acoplamiento del inhibidor Benzamidina acoplado a la β- Tripsina

Energía de Gibbs
Posición
(kcal/mol)
0 -5,194
7 -4,970
14 -4,899
21 -4,867
28 -4,846
35 -4,817
42 -4,774
49 -4,764
56 -4,700
63 -4,682
70 -4,659
77 -4,637
84 -4,620
91 -4,601
98 -4,590
105 -4,569
112 -4,526
119 -4,498
126 -4,449
133 -4,390
140 -4,273
147 16,191

Página 3 de 7
 20.000 En el gráfico N°1 se
Inhibidor de la Benzamidina muestran los datos de
15.000 las 147 posiciones
generadas por el
acoplamiento entre el
10.000 ligando y la diana,
EnERGIA DE GIBBS

donde se representa la
5.000 energía de Gibbs en
función de la posición
del inhibidor. Se puede
0.000
0 20 40 60 80 100 120 140 160 apreciar una
proporcionalidad
-5.000 directa en estas
variables, lo cual
representa estabilidad
-10.000
energética entre cada
POSICION posición, donde se
Inhibidor de la benzamidina observa un desgaste de
la proteína al aumentar
sus posiciones. En las primeras 140 posiciones tienden a ser constantes  y comprenden los
valores entre -5,194 y -4,273 (Kcal/mol), sin embargo a partir de la posición 140 tiende a
aumentar su energía a 16,191 (Kcal/mol) como se observa a continuación.

Gráfico N° 1. Energía de Gibbs Vs posición del inhibidor Benzamidina

En la siguiente figura N°1 se puede observar a la enzima y su sitio activo ubicándose allí el
inhibidor, apreciándose la mejor posición de acoplamiento para la β-Tripsina.

Figura N°1. Mejor pose de acoplamiento de β-Tripsina

Página 4 de 7
En la tabla N°2 denominada acoplamiento del inhibidor XK263 en la VIH Proteasa, se observa la
representación de la energía altamente negativa que va en aumento con respecto a cada posición,
donde se logra apreciar que va descendiendo paulatinamente. 

Energía de
Pose Gibbs
(kcal/mol)
0 -14,347
7 -13,0781
14 -12,6168
21 -12,3834
28 -12,16
35 -11,8697
42 -11,6988
49 -11,4158
56 -11,0354
63 -10,9291
70 -10,6924
77 -10,477
84 -10,3867
91 -10,2142
98 -9,80622
105 -8,79224
112 -6,50371
119 -4,04132
126 -3,77883
Tabla N°2. Poses de acoplamiento del inhibidor XK263 acoplado en VIH Proteasa

La gráfica N° 2 representa la energía de Gibbs con respecto a la posición del inhibidor XK263,
se observa que la energía de Gibbs va aumentando respecto a la posición, las cuales van de 0 a
126 cada una variando su energía por lo cual podemos decir que hay un agotamiento de energía
libre al saturar los sitios de unión de esta. En las 126 posiciones comprenden los valores desde
-14,347 hasta -3,77883 kcal/mol.

Página 5 de 7
 Inhibidor XK263
0
0 20 40 60 80 100 120 140
-2
Energia de Gibbs -4
-6
-8
-10
-12
-14
-16
Poses

Inhibidor XK263
Grafica N° 2. Energía de Gibbs Vs Poses del inhibidor XK263 acoplado en VIH Proteasa

Acorde al gráfico N°1 denominado Energía de Gibbs Vs posición del inhibidor Benzamidina, se
puede estimar respecto a las 140 primeras posiciones, el inhibidor Benzamidina imposibilita a la
enzima β-Tripsina degradar péptidos. Por lo tanto podemos decir que en este caso la energía de
Gibbs nos dio como resultado negativa, esto nos quiere decir que la reacción fue espontanea
porque libera calor y por ende su entropía en el sistema tienden a aumentar, y como la finalidad
de la reacción es inhibir ocasionaría que la enzima no degradara su polisacárido. Cabe señalar
que a partir de la posición 141 el inhibidor desiste de su función ocasionando que la enzima
degrade la lactosa puesto que su energía de Gibbs es altamente positiva lo cual absorbe energía
disminuyendo su entropía en todo el sistema. Por otro lado el inhibidor xk263 que actúa en el
VIH-1 Proteasa (encargado de la maduración del VIH) conserva la acción que permite que haya
un aplazamiento del crecimiento del virus porque su energía de Gibbs se mantiene negativa
como se puede observar en el grafico N°2 en el cual se puede apreciar como su energía beneficia
la función del inhibidor, permitiendo de esta manera asegurar al huésped una mejora en su
sistema para poder seguir creando un antídoto eficaz contra este virus.

Conclusiones y recomendaciones

 Los inhibidores son proteínas que restringen la actividad funcional de determinadas

proteínas, lo que ha permitido aprovechar esta acción para la fabricación de
medicamentos que combaten ciertas bacterias, virus, hongos, entre otros que pueden
afectar al ser vivo.
 Se puede concluir que la energía de Gibbs cuando es negativa, la reacción libera calor y
aumenta la entropía por ende se puede decir que es espontanea por lo tanto favorece la
reacción al ser inhibida y de este modo pueda degradarse con mayor facilidad.
 Las proteasas virales cuentan con la capacidad de hidrolizar enlaces específicos entre
aminoácidos específicos, teniendo una serie de regiones de especificidad por el sustrato en

Página 6 de 7
 el cual actúan en su centro activo; Sin embargo, estas regiones son diferentes para cada
proteasa, y de igual forma son importantes a la hora del desarrollo de inhibidores que
actúen en el centro activo, presentando interacciones específicas a los distintos
aminoácidos que presentan en sus pliegues.
 La β-tripsina es una hidrolasa que cataliza, por lo que la hidrólisis de enlaces peptídicos
cuyos grupos carbonilo provienen de residuos de arginina o lisina, en donde la
Benzamidina actúa como inhibidor competitivo de la tripsina siendo un análogo de la
cadena lateral guanidilo de la arginina; ya que la Benzamidina al ocupar las cavidades de
unión de las moléculas de tripsina, resulta inhibiendo y por lo tanto evitando que la
enzima reaccione para los residuos de arginina de los péptidos.

Referencias
arguslab. (29 de mayo de 2017). Que es Argus Lab? Recuperado el 08 de 06 de 2019, de
http://arguslab.blogspot.com/2017/05/que-es-argus-lab.html

Chang , C., Trylska , J., Tozzini , V., & McCammon , J. (Enero de 2007). Vías de unión de los ligandos a la
proteasa del VIH-1: simulaciones atomizadas y de grano grueso. Obtenido de
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17313452

Fernandez G., M. (2015). Farmacos inhibidores de proteasas virales. Obtenido de

http://147.96.70.122/Web/TFG/TFG/Memoria/MIGUEL%20FERNANDEZ%20GARCIA.pdf

lab, A. (2017). Obtenido de ¿qué es argus lab?: http://arguslab.blogspot.com/2017/05/que-es-argus-

lab.html

Lopez J., L. (2017). El modelado molecular: una herramienta para la mejora y obtenciónde nuevos
fármacos (Vol. 2). (U. d. Salamanca, Ed.) FarmaJournal. Obtenido de
https://gredos.usal.es/bitstream/handle/10366/133702/El_modelado_molecular_una_herramie
nta_pa.pdf;jsessionid=CDADB22A7C49A63A9BCF986C8090D5F3?sequence=1

Modelización molecular y diseños de fármacos. (sf). Obtenido de

https://www.upo.es/depa/webdex/quimfis/docencia/biotec_FQbiomol/Practica2FQB.pdf

Universidad Nacional de la Plata. (2011). Inhibidores enzimaticos. Obtenido de

aulavirtual.agro.unlp.edu.ar%2Fpluginfile.php%2F27175%2Fmod_folder%2Fcontent
%2F0%2FInhibidores.pdf%3Fforcedownload%3D1&usg=AOvVaw15kCGdwHKXebaZ6C_kQE_Y

Velasquez, M., Drosos, J., Gueto, C., Márquez, J., & Vivas, R. (Enero de 2013). Método acoplado
Autodock–PM6 para seleccionar la mejor pose en estudios de acoplamiento molecular. Obtenido

Página 7 de 7