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doi.org/10.26434/chemrxiv.11938173.

v4

COVID-19: ataca la cadena 1-Beta de la hemoglobina y captura la porfirina para inhibir el


metabolismo del hemo humano

liu wenzhong , Li hualan Fecha de envío: 22/03/2020 • Fecha de publicacion: 23/03/2020

Licencia: CC BY-NC-ND 4.0

Información de la cita: wenzhong, liu; hualan, Li (2020): COVID-19: ataca la cadena 1-beta de la hemoglobina y captura la porfirina para

inhibir el metabolismo del hemo humano. ChemRxiv. Preimpresión https://doi.org/10.26434/chemrxiv.11938173.v4

La nueva neumonía por coronavirus (COVID-19) es una infección respiratoria aguda infecciosa causada por el nuevo coronavirus. El virus es un virus de

ARN de cadena positiva con alta homología con el coronavirus murciélago. En este estudio, se utilizaron análisis de dominio conservado, modelado de

homología y acoplamiento molecular para comparar las funciones biológicas de ciertas proteínas del nuevo coronavirus. Los resultados mostraron que el

ORF8 y la glicoproteína de superficie podrían unirse a la porfirina, respectivamente. Al mismo tiempo, las proteínas orf1ab, ORF10 y ORF3a podrían

coordinar el ataque del hem en la cadena 1-beta de la hemoglobina para disociar el hierro para formar la porfirina. El ataque causará cada vez menos

hemoglobina que puede transportar oxígeno y dióxido de carbono. Las células pulmonares tienen una intoxicación e inflamación extremadamente intensas

debido a la incapacidad de intercambiar dióxido de carbono y oxígeno con frecuencia, lo que finalmente da como resultado imágenes pulmonares de vidrio

esmerilado. Se espera que el mecanismo también interfiera con la vía anabólica del hemo normal del cuerpo humano, que produzca una enfermedad

humana. Según el análisis de validación de estos hallazgos, la cloroquina podría evitar que orf1ab, ORF3a y ORF10 ataquen el hem para formar la porfirina

e inhiban la unión de ORF8 y las glucoproteínas de la superficie a las porfirinas hasta cierto punto, aliviando efectivamente los síntomas de dificultad

respiratoria . El favipiravir podría inhibir que la proteína de la envoltura y la proteína ORF7a se unan a la porfirina, evitar que el virus ingrese a las células

huésped y atrapar las porfirinas libres. Debido a que el nuevo coronavirus depende de las porfirinas, puede originarse de un virus antiguo. Por lo tanto, esta

investigación es de gran valor para los experimentos biológicos contemporáneos, la prevención de enfermedades,

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COVID-19 : Ataca la cadena 1-beta de la hemoglobina y captura la porfirina

para inhibir el metabolismo del hemo humano

Wenzhong Liu 1,2, *, Hualan Li 2

1 Escuela de Informática e Ingeniería, Universidad de Ciencia e Ingeniería de Sichuan,

Zigong, 643002, China;


2 Escuela de Ciencias de la Vida e Ingeniería de Alimentos, Universidad de Yibin, Yibin, 644000, China;

**
Correspondencia: liuwz@suse.edu.cn ;

Resumen

La nueva neumonía por coronavirus (COVID-19) es una infección respiratoria aguda infecciosa causada por el nuevo coronavirus. El

virus es un virus de ARN de cadena positiva con alta homología con el coronavirus murciélago. En este estudio, se utilizaron análisis de

dominio conservado, modelado de homología y acoplamiento molecular para comparar las funciones biológicas de ciertas proteínas del

nuevo coronavirus. Los resultados mostraron que el ORF8 y la glicoproteína de superficie podrían unirse a la porfirina, respectivamente. Al

mismo tiempo, las proteínas orf1ab, ORF10 y ORF3a podrían coordinar el ataque del hem en la cadena 1-beta de la hemoglobina para

disociar el hierro para formar la porfirina. El ataque causará cada vez menos hemoglobina que puede transportar oxígeno y dióxido de

carbono. Las células pulmonares tienen una intoxicación e inflamación extremadamente intensas debido a la incapacidad de intercambiar

dióxido de carbono y oxígeno con frecuencia, lo que finalmente da como resultado imágenes pulmonares de vidrio esmerilado. Se espera

que el mecanismo también interfiera con la vía anabólica del hemo normal del cuerpo humano, que produzca una enfermedad humana.

Según el análisis de validación de estos hallazgos, la cloroquina podría evitar que orf1ab, ORF3a y ORF10 ataquen el hem para formar la

porfirina e inhiban la unión de ORF8 y las glucoproteínas de la superficie a las porfirinas hasta cierto punto, aliviando efectivamente los

síntomas de dificultad respiratoria . El favipiravir podría inhibir que la proteína de la envoltura y la proteína ORF7a se unan a la porfirina,

evitar que el virus ingrese a las células huésped y atrapar las porfirinas libres. Debido a que el nuevo coronavirus depende de las porfirinas,

puede originarse de un virus antiguo. Por lo tanto, esta investigación es de gran valor para los experimentos biológicos contemporáneos, la

prevención de enfermedades,

Palabras clave: Nuevo coronavirus; Dificultad respiratoria; Pulmón de vidrio esmerilado; Glicoproteína E2; ORF8; orf1ab; cloroquina; Sangre;
Diabético; Transferencia de energía de resonancia de fluorescencia; Virus antiguo; Tormenta de citoquinas

1. Introducción

La nueva neumonía por coronavirus (COVID-19) es una enfermedad infecciosa respiratoria aguda contagiosa. Los pacientes con

neumonía por coronavirus tienen fiebre y una temperatura superior a 38 grados con síntomas como tos seca, fatiga, disnea, dificultad para

respirar y síntomas similares a los cristales de escarcha en los pulmones. 1-3. Se puede descubrir una gran cantidad de moco en el tejido

disecado sin inclusiones de virus obvias. Esta neumonía se descubrió por primera vez en diciembre de 2019 en el mercado de mariscos del

sur de China, provincia de Hubei, China. 4) La enfermedad es altamente transmitida. 5,6 Ahora, el número de personas infectadas ha llegado a

decenas de miles en todo el mundo, y las personas infectadas no están restringidas por raza y fronteras.
Los investigadores realizaron pruebas de aislamiento de virus y secuenciación de ácido nucleico para confirmar que la enfermedad fue

causada por un nuevo coronavirus 7,8 Se observa que el ácido nucleico del nuevo coronavirus es un ARN de cadena positiva 8) Sus proteínas

estructurales incluyen: proteína de pico (S), proteína de envoltura (E), proteína de membrana (M) y fosfoproteína de nucleocápside. Las proteínas

no estructurales transcritas incluyen: orf1ab, ORF3a, ORF6, ORF7a, ORF10 y ORF8. El nuevo coronavirus es altamente homólogo al coronavirus

en los murciélagos. 9,10, y tiene una homología significativa con el virus del SARS 11,12. Los investigadores han estudiado la función de las nuevas

proteínas estructurales de coronavirus y algunas proteínas no estructurales. 13,14. Pero, el nuevo coronavirus tiene características genómicas

potenciales, algunas de las cuales son principalmente la causa de brotes humanos. 15,16. Por ejemplo, CoV EIC (canal de iones de proteína de

envoltura de Coronavirus) se ha implicado en la modulación de la liberación de viriones y la interacción CoV - huésped 17) Las proteínas de pico, las

proteínas ORF8 y ORF3a son significativamente diferentes de otros coronavirus similares al SARS conocidos, y pueden causar patogenicidad y

diferencias de transmisión más graves que el SARS-CoV 18) Estudios anteriores encontraron que el nuevo coronavirus ingresa a las células

epiteliales a través de la proteína espiga que interactúa con la proteína del receptor ACE2 humano en la superficie, causando infección humana.

Sin embargo, el análisis estructural de la proteína de la proteína espiga (S) del nuevo coronavirus revela que la proteína S solo se une débilmente

al receptor ACE2 en comparación con el coronavirus del SARS 19) Debido a las limitaciones de los métodos experimentales existentes, las funciones

específicas de las proteínas viruales como ORF8 y la glucoproteína de superficie aún no están claras. El mecanismo de patogenicidad del nuevo

coronavirus sigue siendo misterioso. 20)

Literatura 21 reveló índices de examen bioquímico de 99 pacientes con neumonía por coronavirus novedosa, y el informe

también reflejó el fenómeno anormal de los índices bioquímicos de pacientes relacionados con la hemoglobina. Este informe

demuestra que los recuentos de hemoglobina y neutrófilos de la mayoría de los pacientes han disminuido, y los valores de índice de

ferritina sérica, velocidad de sedimentación globular, proteína C reactiva, albúmina y lactato deshidrogenasa de muchos pacientes

aumentan significativamente. Este rastro implica que la hemoglobina del paciente está disminuyendo, y el hemo está aumentando, y

el cuerpo acumulará demasiados iones de hierro dañinos, lo que causará inflamación en el cuerpo y aumentará la proteína

C-reactiva y la albúmina. Las células reaccionan al estrés debido a la inflamación, produciendo grandes cantidades de ferritina sérica

para unir iones de hierro libres para reducir el daño. 22,23. El hemo es un componente importante de la hemoglobina. Es una porfirina

que contiene hierro. La estructura sin hierro se llama porfirina. Cuando el hierro es divalente, la hemoglobina puede liberar dióxido de

carbono y capturar átomos de oxígeno en las células alveolares, y el hierro se oxida a trivalente. Cuando la hemoglobina se pone a

disposición de otras células del cuerpo a través de la sangre, puede liberar átomos de oxígeno y capturar dióxido de carbono, y el

hierro se reduce a divalente.

No existen medicamentos y vacunas particularmente efectivos para controlar la enfermedad contra nuevos coronavirus. 24) Sin embargo, se

han encontrado varios medicamentos antiguos en los últimos tratamientos clínicos, que pueden inhibir algunas funciones del virus, por ejemplo, el

fosfato de cloroquina tiene un efecto definitivo sobre la nueva neumonía por coronavirus. 25) El fosfato de cloroquina es un medicamento antipalúdico

que se ha utilizado clínicamente durante más de 70 años. Los experimentos muestran que los eritrocitos infectados por la malaria pueden hacer

que se acumule una gran cantidad de cloroquina. El medicamento conduce a la pérdida de la enzima hemoglobina y a la muerte del parásito

debido a la insuficiencia de aminoácidos en el crecimiento y desarrollo del parásito. El efecto terapéutico del fosfato de cloroquina en la nueva

neumonía por coronavirus sugiere que la nueva neumonía por coronavirus podría estar estrechamente relacionada con el metabolismo anormal de

la hemoglobina en humanos. Mientras tanto, un detalle que podemos notar es que la cloroquina también es un medicamento comúnmente utilizado

para tratar la porfiria. 26,27.

Por lo tanto, se cree que la combinación de proteínas virales y porfirinas causará una serie de
reacciones patológicas, como una disminución de la hemoglobina. Debido a la grave epidemia y las condiciones existentes con métodos

de prueba experimentales limitados para las funciones de las proteínas, es de gran importancia científica analizar la función de las

proteínas del nuevo coronavirus mediante métodos bioinformáticos.

En este estudio, se utilizaron técnicas de predicción de dominios conservados, modelos de homología y acoplamiento molecular para analizar

las funciones de las proteínas relacionadas con el virus. Este estudio encontró que ORF8 y la glicoproteína de superficie tenían una función para

combinarse con la porfirina para formar un complejo, mientras que orf1ab, ORF10, ORF3a atacan de forma coordinada el hemo en la cadena 1-beta

de hemoglobina para disociar el hierro para formar la porfirina. Este mecanismo del virus inhibió la vía metabólica normal del hemo e hizo que las

personas mostraran síntomas de la enfermedad. Sobre la base de los resultados de investigación anteriores, también verificamos el papel del fosfato

de cloroquina y el favipiravir mediante la tecnología de acoplamiento molecular para ayudar al tratamiento clínico.

2. Materiales y métodos

2.1 Conjunto de datos

Las secuencias de proteínas se descargaron de NCBI: Todas las proteínas del nuevo coronavirus de Wuhan; Proteína de unión a hemo; Hemo

oxidasa; Se utilizaron secuencias de proteínas para analizar el dominio conservado. Todas las proteínas del nuevo coronavirus de Wuhan también se

usaron para construir t estructuras tridimensionales por modelado de homología.

Al mismo tiempo, los archivos PDB se descargaron de la base de datos PDB: estructura cristalina del complejo MERS-CoV

nsp10_nsp16 - 5yn5; DOBLADILLO; Oxihemoglobina humana 6bb5; HEMOGLOBINA HUMANA DESOXIDA 1a3n; 0TX; RP. Complejo

MERS-CoV nsp10_nsp16: se utilizó 5yn5 para modelado de homología. HEM, 0TX y 1RP se utilizaron para acoplamiento molecular Se

usaron dos oxihemoglobina para

acoplamiento de proteínas

2.2 Vista de flujo del análisis bioinformático

Se realizó una serie de análisis bioinformáticos basados ​en secuencias de proteínas biológicas publicadas en este estudio. Los

pasos se ilustran en la Figura 1: 1. MEME analiza los dominios conservados de proteínas virales 28-30 Servidor en línea Los dominios

conservados se usaron para predecir las diferencias de función de las proteínas virales y las proteínas humanas. 2. La estructura

tridimensional de las proteínas virales se construyó mediante modelos de homología del modelo suizo. 31,32. Cuando la longitud de la

secuencia excedió 5000nt, se adoptó la herramienta de modelado de homología de Discovery-Studio 2016. 3. Utilizando la tecnología de

acoplamiento molecular (herramienta LibDock) de Discovery-Studio 2016 33, Se simuló el acoplamiento receptor-ligando de proteínas virales

con hemo humano (o porfirinas). Dependiendo de los resultados del análisis bioinformático, se construyó un modelo de ciclo de vida del

virus y se propuso el molecular relacionado de la enfermedad.


Figura 1. Vista de flujo del análisis bioinformático

El flujo de trabajo se basa en principios evolutivos. Aunque la secuencia biológica característica de las formas de vida avanzadas y

virales es diferente, las moléculas con estructuras similares siempre pueden lograr roles biológicos similares. El método de modelado de

homología utiliza el principio de que la estructura primaria similar de las secuencias de proteínas tiene una estructura espacial similar. La

tecnología de acoplamiento molecular se basa en modelos de homología o en moléculas tridimensionales.

2.3 Análisis del dominio conservado

MEME Suite es un sitio web en línea que integra muchas herramientas de predicción y anotación. El algoritmo de máxima expectativa

(EM) es la base para la identificación del motivo por parte del MEM. El motivo es un dominio conservado de una pequeña secuencia en una

proteína. Los modelos basados ​en motivos podrían evaluar la fiabilidad del análisis filogenético. Después de abrir la herramienta en línea

MEME, las secuencias de proteínas de interés se fusionan en un archivo de texto, y el formato del archivo sigue siendo fasta. Luego seleccione

la cantidad de motivos que desea buscar y haga clic en el botón "Ir". Al final del análisis, los dominios conservados se muestran después de

hacer clic en el enlace.

2.4 Modelado de homología

SWISS-MODEL es un servidor de modelado de homología completamente automático para la estructura de proteínas, al que se puede

acceder a través de un servidor web. El primer paso es ingresar el modelo suizo, ingresar la secuencia y hacer clic en "Buscar plantilla" para

realizar una búsqueda de plantilla simple. Una vez completada la búsqueda, puede elegir una plantilla para modelar. Se realizará una búsqueda

de plantilla haciendo clic en "Crear modelo" y se elegirá automáticamente un modelo de plantilla. Como se puede ver, se buscaron varias plantillas

y luego se construyeron numerosos modelos. Solo se elige un modelo aquí. El modelo en formato PDB se descarga y se visualiza en VMD.

SWISS-MODEL solo modela modelos de proteínas con longitudes de secuencia inferiores a 5000nt. Puede usar la herramienta de modelado de

homología de Discovery-Studio para modelar dónde la secuencia de proteínas excede 5000nt.

Antes de usar Discovery-Studio para modelar la homología de una proteína desconocida (como orf1ab), el archivo de estructura pdb de

la proteína plantilla, como el complejo 5ERS5 MERS-CoVnsp10_nsp16, debe descargarse de la base de datos PDB. A continuación, la

herramienta de alineación de secuencias de Discovery-Studio se utiliza para alinear secuencias homólogas entre 5yn5 y orf1ab. Luego, se

construyó el archivo de estructura espacial de orf1ab basado en la proteína de plantilla 5yn5.

2.5 Tecnología de acoplamiento molecular


El acoplamiento molecular es el proceso de encontrar el mejor patrón de coincidencia entre dos o más moléculas a través de la

coincidencia geométrica y la coincidencia de energía. Los pasos para usar el acoplamiento molecular LibDock con Discovery-Studio son los

siguientes:

1. Preparación de un modelo de ligando. Abra un archivo de ligando como HEM y haga clic en "Preparar ligandos" en

el submenú "Dock Ligands" del menú "Receptor-Ligand Interactions" para generar un modelo de ligando hem para el acoplamiento. Primero elimine

FE (átomo de hierro) en HEM, y luego haga clic en el botón "Preparar ligandos", luego se generará el modelo de ligando de porfirina. Con 0 XT

abierto, haga clic en "Preparar ligandos" nuevamente para obtener el modelo de ligando de cloroquina.

2. Prepare un modelo de receptor de proteína. Abra el archivo pdb de la proteína (generado por homología

modelado), y haga clic en "Preparar proteína" en el submenú "Ligandos de acoplamiento" del menú "Interacciones receptor-ligando" para generar un

modelo de receptor de proteína para el acoplamiento.

3. Establezca los parámetros de acoplamiento para lograr el acoplamiento. Seleccione el modelo de receptor de proteína generado. Desde

en los submenús "Definir y editar sitio de enlace" en el menú "Interacciones receptor-ligando", haga clic en "Desde cavidades del receptor". Aparece una

esfera roja en el diagrama del modelo del receptor de proteínas. Después de hacer clic derecho en la bola roja, puede modificar el radio de la bola roja.

Luego, en el menú "Interacciones receptor-ligando", seleccione "Ligandos de acoplamiento (LibDock)" en el submenú "Ligandos de acoplamiento". En el

cuadro emergente, seleccione el ligando como el modelo de ligando recién establecido-ALL, y seleccione el receptor como el modelo de receptor recién

establecido-ALL, y la esfera de los sitios como las coordenadas de la esfera recién establecidas. Finalmente haga clic en EJECUTAR para iniciar el

acoplamiento.

4. Calcule la energía de enlace y elija la pose con la mayor energía de enlace. Después de atracar

está completo, se mostrarán muchas ubicaciones de ligando. Abra la vista acoplada y haga clic en el botón "Caculate Binding Energies" en el

submenú "Dock Ligands" del menú "Receptor-Ligand Interactions". En el cuadro emergente, seleccione el receptor como valor

predeterminado, seleccione el ligando como el modelo acoplado -ALL y luego comience a calcular la energía de enlace. Finalmente, compare

la energía de enlace y elija la pose con la energía de enlace más grande. Cuanto mejor sea la estabilidad del complejo, mayor será la energía

de unión.

5. Exporte la vista de sección conjunta. Para la vista acoplada, después de configurar el estilo de visualización del enlace

haga clic en el botón "Mostrar mapa 2D" en el submenú "Ver interacción" del menú "Interacción receptor-ligando" para abrir la vista de

la sección de enlace. Esta vista se puede guardar como un archivo de imagen.

2.6 Tecnología de acoplamiento de proteínas

Discovery-Studio's ZDOCK es otra herramienta de acoplamiento molecular para estudiar las interacciones proteicas. Lo usamos para

estudiar el ataque de la hemoglobina por proteínas virales no estructurales. El siguiente es el acoplamiento de orf1ab y hemoglobina, y otros

métodos de acoplamiento con proteínas no estructurales de virus son los mismos. Después de abrir los archivos PBD de la proteína

Oxy-Hemoglobin humana 6bb5 y la proteína orf1ab, haga clic en el botón "Proteínas de acoplamiento (ZDOCK)" en "Complejos de proteínas de

acoplamiento y análisis" en el menú "macromoléculas". En la interfaz emergente, seleccione Human Oxy-Hemoglobin 6bb5 como receptor,

orf1a como ligando, y luego haga clic en el botón "Ejecutar". Una vez que la computadora termine de computar, haga clic en la interfaz

"proteinpose" y seleccione la pose y el clúster con la puntuación ZDOCK más alta. Podría obtener la posición de orf1ab en la oxihemoglobina

humana 6bb5. La HEMOGLOBINA HUMANA Deloxy 1a3n tiene un patrón de acoplamiento similar con la proteína orf1ab.

3 RESULTADOS

3.1 Proteínas estructurales de virus que unen porfirina


En los humanos, la hemoglobina puede degradarse en globina y hemo. El hemo está compuesto por una porfirina y un ion de

hierro, y el ion de hierro está en el medio de la porfirina. El hemo es insoluble en agua y se puede combinar con proteínas de unión al

hemo para formar un complejo y ser transportado al hígado. La porfirina se degrada en bilirrubina y se excreta del conducto biliar, y el

cuerpo puede reutilizar el hierro en la molécula. Si las proteínas virales pueden unirse a la porfirina del hemo, deberían tener una

capacidad de unión similar a la proteína de unión al hemo humano, es decir, las proteínas del virus y las proteínas de unión al hemo

deberían tener dominios conservados similares. Para examinar la unión de las proteínas de la estructura del virus y la porfirina, se

aplicaron los siguientes métodos bioinformáticos en este documento.

Primero, el servidor en línea de MEME se empleó para buscar dominios conservados en cada proteína de estructura viral y proteína de

unión a hemo humana (ID: NP_057071.2 proteína de unión a hemo 1, ID: EAW47917.1 proteína de unión a hemo 2). La Figura 2 presenta que

tres proteínas virales (glicoproteína de superficie, proteína de envoltura y fosfoproteína de nucleocápside) y proteínas de unión a hemo tienen

dominios conservados, pero la glicoproteína de membrana no tiene ningún dominio conservado. pag- los valores de los valores son pequeños,

fueron estadísticamente significativos. Los dominios en tres proteínas virales son diferentes, lo que sugiere que la capacidad de la proteína

estructural para unirse a la porfirina puede ser ligeramente diferente. La glicoproteína de membrana no pudo unirse a la porfirina.
Figura 2. Dominios conservados entre proteínas de estructura y proteínas de unión a hemo humano. A.

Dominios conservados de glucoproteína de superficie. SI. Dominios conservados de proteína de envoltura. C. Dominios conservados de la glucoproteína de

membrana. RE. Dominios conservados de la fosfoproteína nucleocápside.

Próximo, el servidor en línea modelo suizo modeló las glucoproteínas de superficie para producir un

estructura tridimensional, y se seleccionaron dos tipos de archivos basados ​en las plantillas Spike y E2. El archivo estructural 3D

de heme se descargó de la base de datos PDB.

Al final, Discovery-Studio realizó el acoplamiento molecular de las glicoproteínas de superficie y la porfirina. El acoplamiento de

la proteína Spike con hemo (y porfirina) falló primero. La glicoproteína E2 (Figura 3.A) se deriva de las plantillas 1zva.1.A. El

acoplamiento de la glicoproteína E2 y el hemo también fue infructuoso. Cuando se eliminó el ion de hierro, el hemo se convirtió en una

porfirina, se finalizaron muchos tipos de acoplamiento entre la glicoproteína E2 y la porfirina. Calculando la energía de unión, se

aceptó la pose de acoplamiento con la energía de unión más alta (7,530,186,265.80kcal / mol). El resultado de acoplamiento se

muestra en la Figura 4.A-1, que es el modelo molecular de la glicoproteína E2 que se une a la porfirina.
La Figura 4.A-2 proporciona una vista bidimensional de la sección de unión, donde 18 aminoácidos de la glicoproteína E2 interactúan

con la porfirina.

El análisis de la proteína de envoltura adoptó los mismos métodos. La plantilla 5x29.1.A se seleccionó como la plantilla de

estructura 3D de la proteína de envoltura (Figura 3.B). Discovery-Studio encontró varios tipos de acoplamiento de la proteína de la

envoltura y la porfirina, donde se eligió la posición de acoplamiento con la energía de unión más alta (219,317.76kcal / mol). La figura 4.B-1

muestra el resultado de acoplamiento, que es el modelo molecular de la unión de la proteína de envoltura a la porfirina. La figura 4.B-2 es

la vista bidimensional de la sección de unión, donde 18 aminoácidos de la proteína de la envoltura interactúan con la porfirina.

Se utilizaron los mismos métodos para analizar la fosfoproteína nucleocápside. La plantilla de la fosfoproteína nucleocápsida

fue 1ssk.1.A (Figura 3.C). Discovery-Studio proporciona el acoplamiento entre la fosfoproteína nucleocápsida y la porfirina con la

energía de unión más alta (15,532,506.53kcal / mol). La figura 4.C-1 muestra el resultado de acoplamiento, que es el modelo

molecular de la unión de la fosfoproteína nucleocápsida a la porfirina. La figura 4.C-2 es la vista bidimensional de la sección de unión,

donde 22 aminoácidos de la fosfoproteína nucleocápside se unen a la porfirina. La proteína de membrana se deriva de las plantillas

1zva.1.A. El acoplamiento de la proteína de membrana con hemo (y porfirina) falló. Estos resultados indican que la glucoproteína de

la superficie, la proteína de la envoltura y la fosfoproteína de la nucleocápside podrían unirse a la porfirina para formar un complejo.

Se descubrió que la energía de unión de la proteína de la envoltura era la más baja, la energía de unión de la glicoproteína E2

era la más alta y la energía de unión de la fosfoproteína nucleocápsida era media. Significa que la unión de la glicoproteína E2 a la

porfirina es la más estable, la unión de la fosfoproteína nucleocápsida a la porfirina es inestable y la unión de la proteína de la

envoltura a la porfirina es la más inestable.

Después de eso, se llevó a cabo el siguiente análisis para descubrir si las proteínas estructurales atacaban el hemo y

disociaban el átomo de hierro para formar porfirinas. El hemo tiene una oxidasa llamada hemo oxidasa, que oxida el hemo y

disocia el ion de hierro. Si las proteínas estructurales pudieran atacar al hemo y disociar los iones de hierro, debería tener un

dominio conservado similar al de la hemo oxidasa. El servidor en línea de MEME se manipuló para buscar dominios conservados

de proteínas estructurales y proteínas hemo oxidasa (NP_002124.1: heme oxigenasa 1; BAA04789.1: heme oxigenasa-2;

AAB22110.2: heme oxigenasa-2). Como resultado, no se encontraron dominios conservados de proteínas estructurales (Figura 5).

Combinando los resultados del análisis anterior, es decir, las proteínas estructurales solo podrían combinarse con la porfirina.
Figura 3. Esquemas de estructura 3D de las nuevas proteínas de coronavirus por el modelo de homología. A. E2 glucoproteína de la

glucoproteína de superficie. SI. Proteína de sobre C. fosfoproteína de nucleocápside. RE.

proteína orf1ab. MI. Proteína ORF8. F. Proteína ORF7a


Figura 4. Resultados de acoplamiento molecular de las proteínas de estructura viral y la porfirina (estructura roja).

A. Resultados de atraque molecular de la glicoproteína E2 y la porfirina. SI. Resultados de atraque molecular de la proteína de la envoltura y la

porfirina. C. Resultados de atraque molecular de la nucleopápside fosfoproteína y la porfirina. 1) Proteínas de estructura viral. 2) Vista de las

secciones de encuadernación
Figura 5. Dominios conservados entre las proteínas de estructura y las proteínas hemooxigenasa humanas.

A. Dominios conservados de glucoproteína de superficie. SI. Dominios conservados de proteína de envoltura. C.

Dominios conservados de membrana. RE. Dominios conservados de la fosfoproteína nucleocápside.

3.2 Las proteínas no estructurales del virus se unen a la porfirina

Si las proteínas no estructuradas (ID: YP_009724396.1) pueden unirse a la porfirina del hemo, debería tener una capacidad de

unión similar a la proteína de unión al hemo humano. Luego, el servidor en línea de HEME se utilizó para buscar dominios conservados

entre las proteínas no estructuradas y las proteínas de unión al hemo humano. La Figura 6 muestra que cinco proteínas virales (orf1ab,

ORF3a, ORF7a, ORF8 y ORF10) y proteínas de unión a hemo tienen dominios funcionales conservados, pero ORF6 y proteínas de unión

a hemo sí.
no tiene dominios funcionales conservados. pag- los valores de los valores son pequeños, también fueron estadísticamente significativos. Los dominios en las

cinco proteínas virales son diferentes, lo que sugiere que la capacidad de la proteína no estructural para unirse a la porfirina puede ser ligeramente diferente.

La dosis de proteína ORF6 no se une a la porfirina.

Figura 6 Dominios conservados entre proteínas no estructurales y proteínas de unión a hemo humano.

A. Dominios conservados de orf1ab. SI. Dominios conservados de ORF3a. C. Dominios conservados de ORF6. RE.
Dominios conservados de ORF7a. MI. Dominios conservados de ORF8. F. Dominios conservados de ORF10.

Se aplicaron modelos de homología y tecnología de acoplamiento molecular para estudiar las características de la capacidad de la proteína orf1ab de unirse al hemo.

Debido a que el modelo suizo no puede modelar la estructura 3D de la secuencia de la proteína orf1ab con una longitud de secuencia superior a 5000nt, Discovery-Studio se

usó para modelar homología. La estructura cristalina de MERS-CoV nsp10_nsp16 complex 5yn5 y heme se descargaron de la base de datos PDB. En este estudio, la

estructura cristalina del complejo 5S5 nsp10_nsp16 de MERS-CoV se estableció como plantilla para crear una estructura homóloga de la proteína orf1ab. La estructura

homóloga predeterminada se seleccionó como la estructura 3D de la proteína orf1ab (Figura 3.D). Luego, el acoplamiento molecular de la proteína orf1ab y la porfirina fue

terminado por Discovery-Studio. La proteína orf1ab y el hemo no pudieron completar el experimento de acoplamiento, pero al eliminar iones de hierro para convertir el hemo

en una porfirina, y el radio de acción aumentó, se completaron varios tipos de acoplamiento. Al calcular la energía de enlace, se seleccionó un modelo de acoplamiento con la

energía de enlace más alta (561,571.10kcal / mol). El resultado de acoplamiento se muestra en la Figura 7.A-1, donde es el modelo molecular de la unión de la proteína

orf1ab a la porfirina. La parte de unión de la proteína orf1ab actúa como un clip. Fue este clip el que capta la porfirina sin el ion de hierro. La figura 7.A-2 muestra una vista

bidimensional de la sección de encuadernación. Se puede ver que 18 aminoácidos de la proteína orf1ab están unidos a la porfirina. El resultado de acoplamiento se muestra

en la Figura 7.A-1, donde es el modelo molecular de la unión de la proteína orf1ab a la porfirina. La parte de unión de la proteína orf1ab actúa como un clip. Fue este clip el

que capta la porfirina sin el ion de hierro. La figura 7.A-2 muestra una vista bidimensional de la sección de encuadernación. Se puede ver que 18 aminoácidos de la proteína

orf1ab están unidos a la porfirina. El resultado de acoplamiento se muestra en la Figura 7.A-1, donde es el modelo molecular de la unión de la proteína orf1ab a la porfirina. La

parte de unión de la proteína orf1ab actúa como un clip. Fue este clip el que capta la porfirina sin el ion de hierro. La figura 7.A-2 muestra una vista bidimensional de la

sección de encuadernación. Se puede ver que 18 aminoácidos de la proteína orf1ab están unidos a la porfirina.

Para estudiar las propiedades de unión de la proteína ORF8 al hemo, se utilizaron los mismos pasos de análisis que el

método de la proteína estructural. El archivo de estructura se creó en base a la plantilla ORF7 (Figura 3.E). Varios tipos de

acoplamiento de la proteína ORF8 y la porfirina, donde se seleccionó el acoplamiento con la energía de unión más alta

(12,804,859.25kcal / mol). El resultado de acoplamiento (Figura 7.B-1) representa el modelo molecular de la unión de la proteína

ORF8 a la porfirina. La figura 7.B-2 es la vista bidimensional de la sección de unión, donde 18 aminoácidos del ORF8 están unidos

a la porfirina.

Se usaron los mismos métodos de proteína ORF8 para analizar la proteína ORF7a. La plantilla de ORF7a es 1yo4.1.A

(Figura 3.F). La proteína ORF7a y la porfirina tenían la energía de unión más alta (37,123.79 kcal / mol). La figura 7.C-1 muestra el

modelo molecular del ORF7a que se une a la porfirina. Quince aminoácidos del ORF7a están unidos a la porfirina (Figura 7.C-2).

La parte de unión de la proteína ORF7a también actúa como un clip.

El modelo suizo no pudo proporcionar la plantilla para ORF10. ORF6a y ORF3a se derivan de las plantillas 3h08.1.A y

2m6n.1.A, respectivamente, pero el acoplamiento de ORF6a (ORF3a) con hemo (y porfirina) falló.
Figura 7 Resultados de acoplamiento molecular de proteínas no estructurales virales y la porfirina (rojo).

A. Resultados de acoplamiento molecular de la proteína orf1ab y la porfirina. SI. Resultados de atraque molecular de
la proteína ORF8 y la porfirina. C. Resultados de acoplamiento molecular de la proteína ORF7a y la porfirina. 1) Proteínas virales no

estructurales. 2) Vista de las secciones de encuadernación

Finalmente, se realizó el siguiente análisis para averiguar si las proteínas no estructurales atacaron el hemo y disociaron el

átomo de hierro para formar porfirinas. Aquí, se utilizaron los mismos métodos que las proteínas estructurales anteriores, el servidor

en línea de MEME, para analizar los dominios conservados de proteínas no estructurales y proteínas de hemo oxidasa

(NP_002124.1: heme oxigenasa 1; BAA04789.1: heme oxigenasa-2; AAB22110. 2: hemo oxigenasa-2). Como se muestra en la

Figura 8, ORF10, orf1ab y ORF3a tienen dominios conservados. Combinando los resultados del análisis anterior, se muestran

proteínas no estructurales: ORF10, orf1ab y ORF3a podrían atacar el hemo y disociar el átomo de hierro para formar la porfirina. sin

embargo, el Valor p de orf1ab y ORF3a es mayor que 0.1%. Por lo tanto, ORF10 puede ser la proteína primaria para atacar al hemo,

orf1ab y ORF3a capturan el hemo o la porfirina.

Los resultados indicaron que orf1ab, ORF7a y ORF8 podrían unirse a la porfirina, mientras que ORF10, ORF3a y ORF6 no

podrían unirse al hem (y la porfirina). ORF10, ORF1ab y ORF3a también tienen la capacidad de atacar al hemo para formar una

porfirina. Las energías de unión de orf1ab, ORF7a, ORF8 y la porfirina se compararon respectivamente. Se encontró que la energía

de unión de ORF7a era la más baja, la energía de unión de ORF8 era la más alta y la energía de unión de orf1ab era media. Esto

significa que la unión de ORF8 a la porfirina es la más estable, la unión de orf1ab a la porfirina es inestable y la unión de ORF7a a la

porfirina es la más inestable. Las secuencias de ORF10 y ORF6 son cortas, por lo que deberían ser péptidos de señal cortos. Por lo

tanto, el mecanismo por el cual las proteínas no estructurales atacan al hemo podría ser: ORF10, ORF1ab y ORF3a atacaron el

hemo y generaron la porfirina; ORF6 y ORF7a enviaron la porfirina a ORF8; y ORF8 y la porfirina formaron un complejo estable.
Figura 8. Dominios conservados entre proteínas no estructuradas y proteínas hemooxigenasa humanas. A. Dominios conservados de

orf1ab. SI. Dominios conservados de ORF3a. C. Dominios conservados de ORF6. RE. Dominios conservados de ORF7a. MI. Dominios

conservados de ORF8. F. Dominios conservados de ORF10.

3.3 La proteína viral no estructural ataca el hemo en la cadena beta de la hemoglobina

Las porfirinas en el cuerpo humano son principalmente porfirinas de hierro, es decir, hemo. Y mucho hemo no es gratis, sino que se

une a la hemoglobina. Hubo una demanda masiva de porfirinas para que los virus sobrevivan. Por lo tanto, el nuevo coronavirus se dirigió a la

hemoglobina, atacó al hemo y buscó porfirinas. Los resultados del análisis anterior mostraron que ORF1ab, ORF3a y ORF10 tienen dominios

similares a la hemo oxigenasa, pero solo ORF1ab podría unirse a la porfirina. Para estudiar el comportamiento de ataque de las proteínas

orf1ab, ORF3a y ORF10, utilizamos la tecnología de acoplamiento molecular ZDOCK para examinar estas tres proteínas. La tecnología de

acoplamiento molecular ZDOCK puede analizar las interacciones proteicas y encontrar las posiciones aproximadas de estas tres proteínas en

la hemoglobina.

Primero, descargamos hemo oxigenasa 2 (5UC8) del PDB y lo usamos como plantilla, y luego utilizamos la herramienta de

modelado de homología de Discovery-Studio para generar la estructura 3D de ORF10 (Figura 9). Dado que la hemoglobina tiene dos

formas de oxidación y desoxigenación, el siguiente análisis también realiza el acoplamiento molecular de proteínas en estos dos casos,

adoptando la postura con el puntaje ZDOCK más alto.

Figura 9 modelado de homología de ORF10

Para la desoxihemoglobina, orf1ab estacionado en la parte inferior central de la cadena 1-alfa y 2-alfa cerca de la cadena 2-alfa

(Figura 10.A). ORF3a estacionado en la parte inferior central de la cadena 1-alfa y 2-alfa cerca de la cadena 2-alfa (Figura 10.B). ORF10

amarrado en la parte inferior central de la cadena 1-beta y 2-beta cerca de la cadena 1-beta (Figura 10.C). El posible mecanismo fue que

orf1ab golpeó la cadena 2-alfa, causando cambios en las conformaciones de la proteína globina. ORF3A forzó a la cadena 2-alfa a

atacar a la cadena 1-beta y expuso su hemo. ORF10 se unió rápidamente a la cadena 1-beta e impactó directamente el hemo de la

cadena 1-beta. Cuando el átomo de hierro se disociaba, el hemo se transformaba en porfirina y finalmente orf1ab capturaba la porfirina.

orf1ab jugó un papel vital durante todo el ataque.


Figura 10 La proteína viral no estructural ataca la hemoglobina. A. orf1ab ataca la desoxihemoglobina.

SI. ORF3a ataca la desoxihemoglobina. C. ORF10 ataca la desoxihemoglobina. RE. orf1ab ataca la hemoglobina oxidada. MI. ORF10

ataca la hemoglobina oxidada. F. ORF3a ataca la hemoglobina oxidada.


Para la hemoglobina oxidada, orf1ab estacionado en la parte inferior central de la cadena alfa y beta y cerrado a la cadena

alfa (Figura 10.A). ORF10 estacionado debajo de la cadena beta y cerca del exterior (Figura 10.B). ORF3a estacionado en la parte

inferior central de la cadena alfa y beta y cerca de la cadena beta (Figura 10.C). El posible mecanismo era que orf1ab se unía a la

cadena alfa y atacaba la cadena beta, provocando cambios de configuración en las cadenas alfa y beta; ORF3 atacó la cadena

beta y el hemo expuesto. ORF10 unió rápidamente la cadena beta e impactó directamente los átomos de hierro en el hemo de la

cadena beta. El hemo se disoció en porfirina, y orf1ab finalmente capturó porfirina. orf1ab jugó un papel vital durante todo el

ataque.

El ataque de la hemoglobina oxidada por proteínas virales conducirá a una cantidad cada vez menor de hemoglobina que puede transportar oxígeno.

La invasión de proteínas virales en la hemoglobina desoxidada causará cada vez menos hemoglobina que puede transportar dióxido de carbono y azúcar en

la sangre. Las personas con diabetes pueden tener azúcar en la sangre inestable. El paciente se ve agravado por la intoxicación por dióxido de carbono. Las

células pulmonares tienen una inflamación extremadamente intensa debido a la incapacidad de intercambiar dióxido de carbono y oxígeno con frecuencia, lo

que finalmente da como resultado imágenes pulmonares de vidrio esmerilado. Los pacientes con dificultad respiratoria empeorarán.

3.4 Validación del efecto del fosfato de cloroquina

Los componentes químicos en el fosfato de cloroquina compiten con la porfirina y se unen a la proteína viral, inhibiendo así el

ataque de la proteína viral al hem o la unión a la porfirina. Para verificar el efecto del fosfato de cloroquina sobre el mecanismo de

acción molecular viral, se aceptó la tecnología de acoplamiento molecular. El archivo de estructura de 0TX (cloroquina) se descargó

de la base de datos PDB. Luego, se utilizó la tecnología de acoplamiento molecular de Discovery-Studio 2016 para probar los efectos

de las proteínas virales y la cloroquina.

La figura 11.A-1 es un diagrama esquemático de la unión de cloroquina a una glucoproteína de la superficie del virus. La figura 11.A-2

es la región de unión de la glucoproteína de la superficie del virus. 13 aminoácidos comprometidos en la unión. La energía de unión de la

cloroquina a la glicoproteína E2 del virus es 3,325,322,829.64 kcal / mol, que es aproximadamente la mitad de la energía de unión de la

glicoproteína E2 y la porfirina. De acuerdo con los resultados de la Figura 4.A-2, un análisis posterior mostró que algunos aminoácidos (por

ejemplo, VALA: 952, ALA A: 956, ALA B: 956, ASN A: 955, etc.) de la glucoproteína E2 podrían unirse a no solo el fosfato de cloroquina, sino

también las porfirinas. En otras palabras, la cloroquina tiene un tercio de posibilidades de inhibir la glucoproteína E2 viral y reducir los

síntomas del paciente.

La vista de unión de la cloroquina y la proteína de envoltura se muestra en la Figura 11.B-1. La energía de unión de la

cloroquina y la proteína de envoltura es de 7,852.58 kcal / mol, que es solo equivalente al 4% de la energía de unión de la proteína de

envoltura y la porfirina. La región de unión se muestra en la Figura 11.B-2. La Figura 4.B-2 y la Figura 11.B-2 representan aminoácidos

representativos (como LEV E: 28, PHE: D: 20, VAL E: 25) de la proteína de la envoltura no solo se une al fosfato de cloroquina, sino

también a la porfirina

La figura 11.C-1 es un diagrama esquemático de la unión de la cloroquina a la fosfoproteína nucleocápsida. La energía de

unión de la cloroquina a la fosfoproteína de la nucleocápside es de 198,815.22 kcal / mol, que solo es equivalente al 1.4% de la

energía de unión de la fosfoproteína de la nucleocápside y la porfirina. ALA A: 50 etc. de nucleopápside fosfoproteína están

involucrados en la unión (Figura 12.C-2). Las Figuras 4.C-2 y las Figuras 11.C-2 declararon que los aminoácidos de la

fosfoproteína nucleocápsida podrían unirse a la porfirina, pero no pudieron unirse a la cloroquina.


El acoplamiento de la proteína de membrana con cloroquina falló.

Figura 11 Resultados de acoplamiento molecular de las proteínas de estructura viral y la cloroquina (rojo).

A. Resultados de atraque molecular de la glicoproteína E2 y la porfirina. SI. Resultados de atraque molecular de la proteína de la envoltura

y la porfirina. C. Resultados de atraque molecular de la nucleopápside fosfoproteína y la porfirina. 1) Proteínas de estructura viral. 2) Vista

de las secciones de encuadernación


En la Figura 12.A-1 se muestra un diagrama esquemático de la unión de cloroquina a la proteína orf1ab. La sección de unión de

la proteína orf1ab se representa en la figura 12.A-2. La energía de unión de la cloroquina y la proteína orf1ab es de 4,584,302.64 kcal /

mol, lo que equivale a 8 veces la energía de unión entre el orf1ab y la porfirina. De acuerdo con los resultados de la Figura 7.A-2, se

demostró que algunos aminoácidos como MET 7045, PHE 7043, LYS 6836 de la proteína orf1ab no solo podían unirse al fosfato de

cloroquina, sino también a la porfirina.

En la Figura 12.B-1 se muestra un diagrama esquemático de la unión de cloroquina a la proteína ORF8. La figura 12.B-2

muestra la sección de unión del ORF8. La energía de unión de la cloroquina a la proteína ORF8 es de 4.707.657,39 kcal / mol, lo

que solo equivale al 37% de la energía de unión de la proteína ORF8 a la porfirina. Según el resultado de la Figura 7.B-2, mostró

que los aminoácidos como ILE A: 74, ASP A: 75, LYS A: 53 de ORF8 no solo podían unirse al fosfato de cloroquina, sino también

a la porfirina.

En la Figura 12.C-1 se muestra un diagrama esquemático de la unión de la cloroquina a la proteína ORF7a. La figura 12.C-2 es la

vista de la sección de encuadernación. La energía de unión de la cloroquina a la proteína ORF7a es de 497,154.45 kcal / mol, lo que

equivale a 13 veces la energía de unión de la proteína ORF7a a la porfirina. De acuerdo con los resultados de la Figura 7.C-2, se

mostró que los aminoácidos tales como GLN A: 94, ARG A: 78 y LEU A: 96 de la proteína ORF7 no solo podían unirse al fosfato de

cloroquina, sino también a la porfirina. .

El acoplamiento de las proteínas ORF3a, ORF6 y ORF10 con cloroquina falló. Estos resultados marcaron que la cloroquina podría

inhibir la unión de E2 y ORF8 a la porfirina para formar un complejo, respectivamente, hasta cierto punto. Mientras tanto, la cloroquina

podría evitar que orf1ab, ORF3a y ORF10 ataquen el hemo para formar la porfirina.
Figura 12 Resultados de atraque molecular de proteínas no estructurales virales y la cloroquina (estructura roja). A. Resultados de atraque

molecular de la proteína orf1ab y la cloroquina. SI. Resultados de acoplamiento molecular de la proteína ORF8 y la cloroquina. C. Resultados de

atraque molecular de la proteína ORF7a y la cloroquina. 1) Proteínas virales no estructurales. 2) Vista de las secciones de encuadernación.
3.5 Validación del efecto de Favipiravir

Favipiravir es el último fármaco anti-coronavirus novedoso con efectos terapéuticos específicos. En Favipiravir, el ligando

más crítico es 1RP, que es 6 - fluoro - 3 - oxo - 4 - (5 - O - fosfono - beta D - ribofuranosilo) - 3, 4 - dihidropirazina - 2 -

carboxamida. Siguiendo el mismo método utilizado para examinar la cloroquina, investigamos la eficacia de Favipiravir. Como se

puede ver en la Tabla 1, Favipiravir no se puede unir a la glucoproteína E2 y la Nucleocapsida, y su energía de unión a la proteína

Envelope, ORF7a, orf1ab es mayor que eso a la porfirina. Es útil tener en cuenta que la energía de unión de la proteína Envelope

y Favipiravir es más de 2700 veces la energía de unión de la porfirina. La función principal de la proteína Envelope es ayudar al

virus a ingresar a las células huésped, lo que demuestra que Favipiravir puede prevenir eficazmente que el virus infecte las células

humanas. La energía de unión de ORF7a a Favisiravir es 450 veces mayor que la de la porfirina, lo que indica que puede evitar

efectivamente que la proteína no estructural del virus capture la porfirina. La energía de unión de orf1ab y Favisiravir es

1.8 veces mayor que la de la porfirina, lo que demuestra que Faifiravir puede prevenir que la proteína no estructurada del virus ataque el

hemo en la hemoglobina. Según estudios anteriores, la energía de unión de orf1ab y Favisiravir es mucho menor que la de la cloroquina,

por lo que la capacidad de Favisiravir para mejorar la dificultad respiratoria es menor. En resumen, la función principal de Favipiravir es

evitar que el virus ingrese a las células huésped y atrape las porfirinas libres.

Tabla 1. Efecto de favipiravir

Tiene Tasa objetivo


Porfirina Favipiravir
Virus de la poteína residuos Objetivo (favipiravir /
(kcal / mol) (kcal / mol)
idénticos porfirina)

Glucoproteína E2 7.530.186.265,80 - - - -

Proteína de sobre 219,317.76 597,814,480.55 si si 2.725,79

Nucleocapsida 15.532.506,53 - - - -

orf1ab 561,571.10 1.052.489,88 si si 1,87

ORF8 12,804,859.25 348,589.80 si - -

ORF7a 37,123.79 17.034.560,60 si si 458,86

4. Discusión

4.1 El nuevo coronavirus se originó a partir de un virus antiguo

Para los virus de vida más primitiva, no es muy fácil ver su papel en la unión de la porfirina. Los compuestos de porfirina están

ampliamente presentes en organismos fotosintéticos o no fotosintéticos, y están asociados con procesos fisiológicos críticos como

catálisis, transferencia de oxígeno y transferencia de energía. La porfirina es también un antiguo compuesto ampliamente presente en la

tierra. La porfirina se encuentra por primera vez en petróleo crudo y roca asfáltica en 1934. La porfirina tiene propiedades fotoelectrónicas

únicas y excelente estabilidad térmica y tiene amplias posibilidades de aplicación en química de materiales, medicina, bioquímica y

química analítica. Es un excelente rendimiento en absorción de dos fotones, efecto de fluorescencia, transferencia de energía y otros

aspectos. Transferencia de energía de resonancia de fluorescencia (FRET)


Es un proceso no radiativo en el que un donante en un estado excitado transfiere energía a un receptor en el estado fundamental a través de un

efecto dipolo de largo alcance. Las características de FRET de la porfirina pueden ser el modo primario de supervivencia en el que se basaba el

virus original.

Existen numerosas teorías sobre el origen de los virus, una de las cuales se llama teoría de la coevolución, cuyos virus pueden

evolucionar a partir de complejos de la proteína y el ácido nucleico. Varios métodos no explican que un virus sobrevivió independientemente de

las células que no aparecen al comienzo de la vida, por lo que el origen de un virus sigue siendo un misterio. Este artículo propone que un virus

podría unirse a la porfirina, lo que podría explicar el problema de supervivencia de un virus original. Debido a que la porfirina tiene la característica

de transferencia de energía de la resonancia de fluorescencia, los virus que se unen a las porfirinas podrían obtener energía a través de este

método inducido por la luz. Un virus que ganó poder podría lograr movimientos de desplazamiento mínimos, despertarse de la hibernación o

entrar en hibernación desde un estado activo. Dependiendo de los resultados de la investigación en este estudio, El nuevo coronavirus era una

forma de vida dependiente de la porfirina. Por lo tanto, podríamos creer que el nuevo coronavirus se originó a partir de un virus antiguo que puede

haber evolucionado durante innumerables generaciones en murciélagos.

4.2 Una mayor permeabilidad de las porfirinas en las membranas celulares conduce a altas infecciones

La alta evolución del nuevo coronavirus también muestra algunas características paradójicas. La teoría actual sugiere que el

nuevo coronavirus se une al receptor ACE2 humano a través de una proteína espiga. Entra en las células humanas en forma de

fagocitosis. Los modelos de enfermedades infecciosas indicaron que la nueva neumonía por coronavirus es altamente contagiosa.

Por lo tanto, la proteína de pico y la proteína ACE2 humana deberían tener una fuerte capacidad de unión, pero hay informes en la

literatura de que esta capacidad de unión es débil. ¿Qué causa la alta infectividad del nuevo coronavirus? Creemos que, además del

método invasivo de spike-ACE2, debe mantener el patrón invasivo original.

Los trabajadores médicos han detectado el nuevo coronavirus en la orina, la saliva, las heces y la sangre. El virus también puede vivir

en fluidos corporales. En tales medios, la porfirina es una sustancia prevalente. Los compuestos de porfirina son una clase de polímeros que

contienen nitrógeno, y los estudios existentes han encontrado que tienen una gran capacidad para localizar y penetrar las membranas

celulares. Al comienzo de la vida, las moléculas de virus con porfirinas se trasladaron directamente a la estructura de membrana original por

permeabilidad a la porfirina. Este estudio mostró que la glicoproteína E2 y la proteína de envoltura del nuevo coronavirus podrían unirse bien a

las porfirinas. Por lo tanto, el coronavirus también puede penetrar directamente en la membrana celular humana a través de la porfirina, por lo

que la infección es robusta. Nuestro análisis de validación mostró que El favipiravir solo pudo prevenir la unión de la proteína Envelope y porfirina

. Mientras tanto, la cloroquina podría prevenir efectivamente la unión de la glicoproteína E2 a la porfirina hasta cierto punto. Por lo tanto, la

infectividad de la nueva neumonía por coronavirus no fue completamente prevenida por las drogas, debido a la la unión de

Glucoproteína E2 y la porfirina no fue inhibida.

4.3 Mayor hemoglobina causó mayor morbilidad

El efecto terapéutico del fosfato de cloroquina en la nueva neumonía por coronavirus muestra que la nueva neumonía por coronavirus podría estar

estrechamente relacionada con el metabolismo anormal de la hemoglobina en humanos. El número de hemoglobina es un indicador bioquímico sanguíneo

importante, y el contenido es diferente en diferentes géneros. El número de hombres normales es significativamente mayor que el de las mujeres

normales, lo que también podría ser una razón por la cual los hombres tienen más probabilidades de infectarse con la nueva neumonía por coronavirus

que las mujeres. Además, los pacientes con nueva neumonía por coronavirus son la mayoría de los adultos de mediana edad y mayores. Muchos de estos

pacientes tienen enfermedades subyacentes como la diabetes. Los pacientes diabéticos tienen mayor
hemoglobina glicosilada. La hemoglobina glucosilada es la desoxihemoglobina. La hemoglobina glucosilada es una combinación de

hemoglobina y glucosa en sangre, que es otra razón de la alta tasa de infección para las personas mayores.

Este estudio ha confirmado que orf1ab, ORF3a y ORF10 podrían atacar de forma coordinada al hemo en la cadena beta de la

hemoglobina. Se atacan tanto la hemoglobina oxigenada como la desoxigenada. Durante el ataque, las posiciones de orf1ab, ORF3 y ORF10

son ligeramente diferentes. Mostró que cuanto mayor es el contenido de hemoglobina, mayor es el riesgo de enfermedad. Sin embargo, no es

seguro que la tasa de enfermedad causada por hemoglobina anormal (estructural) sea relativamente baja. La hemoglobina de pacientes y

recuperadores debe detectarse para futuras investigaciones y tratamientos.

4.4 Inhibiendo la vía anabólica del hem y causando la enfermedad

Este artículo consideraba que el virus interfería directamente con el ensamblaje de la hemoglobina humana. La razón principal fue que

el hemo normal era demasiado bajo. Heme se une a actividades biológicas críticas como la regulación de la expresión génica y la traducción de

proteínas. La proteasa ALAS1 es una enzima limitante de la velocidad en el metabolismo anabólico del hemo, que es inhibida por el hemo.

Cuando el hemo es demasiado bajo, la síntesis de la proteasa ALAS1 se inhibe y la síntesis del hemo se bloquea nuevamente. Debido a que

los rastros existentes muestran que hay demasiado hierro libre en el cuerpo, debería ser que la molécula productora de virus compite con el

hierro por la porfirina. Inhibe la vía anabólica del hem y causa síntomas en humanos.

No está claro si la estructura molecular espacial del hemo y la porfirina en pacientes con porfiria es la misma que en las

personas sanas. Si hay una estructura anormal, no está claro si esta porfirina puede unirse a una proteína viral para formar un

complejo, o si una proteína viral puede atacar a este hem. Debe ser probado por la investigación clínica y experimental.

4.5 La complejidad de la inmunidad individual

Algunas teorías sugieren que se produce una respuesta inmune en el cuerpo después de que un paciente se enferma. Algunos pacientes

desarrollan anticuerpos inmunes después de la recuperación. Según este estudio, la glicoproteína E2, la proteína de la envoltura, la fosfoproteína

de la nucleocápside, orf1ab, ORF7a y ORF8 del virus podrían unirse a la porfirina. Pero según la investigación actual, no está claro qué

anticuerpos inmunes se han producido contra las proteínas virales.

Además, algunos pacientes pueden ser asesinados por su tormenta de citoquinas. En comparación con los pacientes con SAR, las

características anatómicas de los muertos son diferentes. El complejo de proteínas virales y la porfirina pueden ser poco solubles. Demasiada mucosidad

en los tejidos de los pacientes fallecidos fue la causa de demasiada proteína mucina. La mucina podría convertir las células sueltas en células

fuertemente adheridas y aumenta la lubricación entre las células. Sugiere que el compuesto conduce a una conectividad celular reducida, y las células

necesitan mucina para consolidar la conectividad y la lubricidad de las células tisulares. Además, cuando un paciente entra en un período de infección

grave, las proteínas estructurales virales se utilizaron principalmente para el ensamblaje del virus. Por lo tanto, no podemos encontrar inclusiones de

virus notables en las células del tejido del paciente disecado.

5. Conclusiones

Desde la epidemia de emergencia, es de gran importancia científica utilizar la bioinformática para analizar el papel de las nuevas proteínas

de coronavirus (como ORF8 y glucoproteínas de superficie). En este estudio, se aplicaron métodos de predicción de dominio para buscar

dominios conservados. La estructura de las moléculas de proteínas como ORF8 y las glucoproteínas de superficie se obtuvieron utilizando

métodos de modelado de homología. La tecnología de acoplamiento molecular se utilizó para analizar la parte de unión de las proteínas virales

al hemo y al
porfirina Los resultados del estudio muestran que ORF8 y las glicoproteínas de superficie podrían combinarse con la porfirina para

formar un complejo, respectivamente. Al mismo tiempo, las proteínas orf1ab, ORF10 y ORF3a podrían coordinar el ataque del hem

en la cadena 1-beta de la hemoglobina para disociar el hierro para formar la porfirina. El ataque conducirá a menos hemoglobina

para transportar oxígeno y dióxido de carbono. Las células pulmonares tienen una inflamación extremadamente intensa debido a

la incapacidad de intercambiar dióxido de carbono y oxígeno con frecuencia, lo que finalmente da como resultado imágenes

pulmonares de vidrio esmerilado. Los pacientes con dificultad respiratoria empeorarán. Los pacientes diabéticos y las personas

mayores tienen una hemoglobina glucosilada más alta. El ataque redujo la hemoglobina glucosilada, lo que hizo que el azúcar en

la sangre de los pacientes fuera inestable.

Con estos hallazgos en mente, un análisis posterior reveló que la cloroquina podría evitar que orf1ab, ORF3a y ORF10 ataquen el

hem para formar la porfirina, e inhibir la unión del ORF8 y las glucoproteínas de la superficie a las porfirinas hasta cierto punto, aliviar

eficazmente los síntomas de las vías respiratorias. angustia. El favipiravir podría inhibir que la proteína de la envoltura y la proteína

ORF7a se unan a la porfirina, evitar que el virus ingrese a las células huésped y atrapar las porfirinas libres. Debido a que el nuevo

coronavirus depende de las porfirinas, puede originarse de un virus antiguo. Dada la epidemia actual, se cree que los resultados de

este estudio son de gran valor para prevenir la propagación de la nueva neumonía por coronavirus, el desarrollo de fármacos y vacunas

y el tratamiento clínico.

Declaraciones

Aprobación ética y consentimiento para participar

No aplica.

Consentimiento para publicación

No aplica.

Disponibilidad de datos y materiales.

Los conjuntos de datos y resultados que respaldan las conclusiones de este artículo están disponibles en

https://pan.baidu.com/s/1YQNGoN6L9rPU8K5Bnh3EuQ , código: ry25.

Conflicto de intereses

Los autores declaran que no tienen intereses en competencia.

Contribuciones de autor:

Diseño, análisis, escritura: Wenzhong Liu. Curaduría de datos, consultar manuscrito: Hualan Li. Todos los autores han

leído y aceptado la versión publicada del manuscrito.

Fondos

Este trabajo fue parcialmente apoyado por la Fundación de Ciencias Naturales para el Proyecto de Introducción al Talento de la

Universidad de Ciencia e Ingeniería de Sichuan (No. 2018RCL20).

Agradecimientos

No aplica.
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