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Información de la cita: wenzhong, liu; hualan, Li (2020): COVID-19: ataca la cadena 1-beta de la hemoglobina y captura la porfirina para
La nueva neumonía por coronavirus (COVID-19) es una infección respiratoria aguda infecciosa causada por el nuevo coronavirus. El virus es un virus de
ARN de cadena positiva con alta homología con el coronavirus murciélago. En este estudio, se utilizaron análisis de dominio conservado, modelado de
homología y acoplamiento molecular para comparar las funciones biológicas de ciertas proteínas del nuevo coronavirus. Los resultados mostraron que el
ORF8 y la glicoproteína de superficie podrían unirse a la porfirina, respectivamente. Al mismo tiempo, las proteínas orf1ab, ORF10 y ORF3a podrían
coordinar el ataque del hem en la cadena 1-beta de la hemoglobina para disociar el hierro para formar la porfirina. El ataque causará cada vez menos
hemoglobina que puede transportar oxígeno y dióxido de carbono. Las células pulmonares tienen una intoxicación e inflamación extremadamente intensas
debido a la incapacidad de intercambiar dióxido de carbono y oxígeno con frecuencia, lo que finalmente da como resultado imágenes pulmonares de vidrio
esmerilado. Se espera que el mecanismo también interfiera con la vía anabólica del hemo normal del cuerpo humano, que produzca una enfermedad
humana. Según el análisis de validación de estos hallazgos, la cloroquina podría evitar que orf1ab, ORF3a y ORF10 ataquen el hem para formar la porfirina
e inhiban la unión de ORF8 y las glucoproteínas de la superficie a las porfirinas hasta cierto punto, aliviando efectivamente los síntomas de dificultad
respiratoria . El favipiravir podría inhibir que la proteína de la envoltura y la proteína ORF7a se unan a la porfirina, evitar que el virus ingrese a las células
huésped y atrapar las porfirinas libres. Debido a que el nuevo coronavirus depende de las porfirinas, puede originarse de un virus antiguo. Por lo tanto, esta
investigación es de gran valor para los experimentos biológicos contemporáneos, la prevención de enfermedades,
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Correspondencia: liuwz@suse.edu.cn ;
Resumen
La nueva neumonía por coronavirus (COVID-19) es una infección respiratoria aguda infecciosa causada por el nuevo coronavirus. El
virus es un virus de ARN de cadena positiva con alta homología con el coronavirus murciélago. En este estudio, se utilizaron análisis de
dominio conservado, modelado de homología y acoplamiento molecular para comparar las funciones biológicas de ciertas proteínas del
nuevo coronavirus. Los resultados mostraron que el ORF8 y la glicoproteína de superficie podrían unirse a la porfirina, respectivamente. Al
mismo tiempo, las proteínas orf1ab, ORF10 y ORF3a podrían coordinar el ataque del hem en la cadena 1-beta de la hemoglobina para
disociar el hierro para formar la porfirina. El ataque causará cada vez menos hemoglobina que puede transportar oxígeno y dióxido de
carbono. Las células pulmonares tienen una intoxicación e inflamación extremadamente intensas debido a la incapacidad de intercambiar
dióxido de carbono y oxígeno con frecuencia, lo que finalmente da como resultado imágenes pulmonares de vidrio esmerilado. Se espera
que el mecanismo también interfiera con la vía anabólica del hemo normal del cuerpo humano, que produzca una enfermedad humana.
Según el análisis de validación de estos hallazgos, la cloroquina podría evitar que orf1ab, ORF3a y ORF10 ataquen el hem para formar la
porfirina e inhiban la unión de ORF8 y las glucoproteínas de la superficie a las porfirinas hasta cierto punto, aliviando efectivamente los
síntomas de dificultad respiratoria . El favipiravir podría inhibir que la proteína de la envoltura y la proteína ORF7a se unan a la porfirina,
evitar que el virus ingrese a las células huésped y atrapar las porfirinas libres. Debido a que el nuevo coronavirus depende de las porfirinas,
puede originarse de un virus antiguo. Por lo tanto, esta investigación es de gran valor para los experimentos biológicos contemporáneos, la
prevención de enfermedades,
Palabras clave: Nuevo coronavirus; Dificultad respiratoria; Pulmón de vidrio esmerilado; Glicoproteína E2; ORF8; orf1ab; cloroquina; Sangre;
Diabético; Transferencia de energía de resonancia de fluorescencia; Virus antiguo; Tormenta de citoquinas
1. Introducción
La nueva neumonía por coronavirus (COVID-19) es una enfermedad infecciosa respiratoria aguda contagiosa. Los pacientes con
neumonía por coronavirus tienen fiebre y una temperatura superior a 38 grados con síntomas como tos seca, fatiga, disnea, dificultad para
respirar y síntomas similares a los cristales de escarcha en los pulmones. 1-3. Se puede descubrir una gran cantidad de moco en el tejido
disecado sin inclusiones de virus obvias. Esta neumonía se descubrió por primera vez en diciembre de 2019 en el mercado de mariscos del
sur de China, provincia de Hubei, China. 4) La enfermedad es altamente transmitida. 5,6 Ahora, el número de personas infectadas ha llegado a
decenas de miles en todo el mundo, y las personas infectadas no están restringidas por raza y fronteras.
Los investigadores realizaron pruebas de aislamiento de virus y secuenciación de ácido nucleico para confirmar que la enfermedad fue
causada por un nuevo coronavirus 7,8 Se observa que el ácido nucleico del nuevo coronavirus es un ARN de cadena positiva 8) Sus proteínas
estructurales incluyen: proteína de pico (S), proteína de envoltura (E), proteína de membrana (M) y fosfoproteína de nucleocápside. Las proteínas
no estructurales transcritas incluyen: orf1ab, ORF3a, ORF6, ORF7a, ORF10 y ORF8. El nuevo coronavirus es altamente homólogo al coronavirus
en los murciélagos. 9,10, y tiene una homología significativa con el virus del SARS 11,12. Los investigadores han estudiado la función de las nuevas
proteínas estructurales de coronavirus y algunas proteínas no estructurales. 13,14. Pero, el nuevo coronavirus tiene características genómicas
potenciales, algunas de las cuales son principalmente la causa de brotes humanos. 15,16. Por ejemplo, CoV EIC (canal de iones de proteína de
envoltura de Coronavirus) se ha implicado en la modulación de la liberación de viriones y la interacción CoV - huésped 17) Las proteínas de pico, las
proteínas ORF8 y ORF3a son significativamente diferentes de otros coronavirus similares al SARS conocidos, y pueden causar patogenicidad y
diferencias de transmisión más graves que el SARS-CoV 18) Estudios anteriores encontraron que el nuevo coronavirus ingresa a las células
epiteliales a través de la proteína espiga que interactúa con la proteína del receptor ACE2 humano en la superficie, causando infección humana.
Sin embargo, el análisis estructural de la proteína de la proteína espiga (S) del nuevo coronavirus revela que la proteína S solo se une débilmente
al receptor ACE2 en comparación con el coronavirus del SARS 19) Debido a las limitaciones de los métodos experimentales existentes, las funciones
específicas de las proteínas viruales como ORF8 y la glucoproteína de superficie aún no están claras. El mecanismo de patogenicidad del nuevo
Literatura 21 reveló índices de examen bioquímico de 99 pacientes con neumonía por coronavirus novedosa, y el informe
también reflejó el fenómeno anormal de los índices bioquímicos de pacientes relacionados con la hemoglobina. Este informe
demuestra que los recuentos de hemoglobina y neutrófilos de la mayoría de los pacientes han disminuido, y los valores de índice de
ferritina sérica, velocidad de sedimentación globular, proteína C reactiva, albúmina y lactato deshidrogenasa de muchos pacientes
aumentan significativamente. Este rastro implica que la hemoglobina del paciente está disminuyendo, y el hemo está aumentando, y
el cuerpo acumulará demasiados iones de hierro dañinos, lo que causará inflamación en el cuerpo y aumentará la proteína
C-reactiva y la albúmina. Las células reaccionan al estrés debido a la inflamación, produciendo grandes cantidades de ferritina sérica
para unir iones de hierro libres para reducir el daño. 22,23. El hemo es un componente importante de la hemoglobina. Es una porfirina
que contiene hierro. La estructura sin hierro se llama porfirina. Cuando el hierro es divalente, la hemoglobina puede liberar dióxido de
carbono y capturar átomos de oxígeno en las células alveolares, y el hierro se oxida a trivalente. Cuando la hemoglobina se pone a
disposición de otras células del cuerpo a través de la sangre, puede liberar átomos de oxígeno y capturar dióxido de carbono, y el
No existen medicamentos y vacunas particularmente efectivos para controlar la enfermedad contra nuevos coronavirus. 24) Sin embargo, se
han encontrado varios medicamentos antiguos en los últimos tratamientos clínicos, que pueden inhibir algunas funciones del virus, por ejemplo, el
fosfato de cloroquina tiene un efecto definitivo sobre la nueva neumonía por coronavirus. 25) El fosfato de cloroquina es un medicamento antipalúdico
que se ha utilizado clínicamente durante más de 70 años. Los experimentos muestran que los eritrocitos infectados por la malaria pueden hacer
que se acumule una gran cantidad de cloroquina. El medicamento conduce a la pérdida de la enzima hemoglobina y a la muerte del parásito
debido a la insuficiencia de aminoácidos en el crecimiento y desarrollo del parásito. El efecto terapéutico del fosfato de cloroquina en la nueva
neumonía por coronavirus sugiere que la nueva neumonía por coronavirus podría estar estrechamente relacionada con el metabolismo anormal de
la hemoglobina en humanos. Mientras tanto, un detalle que podemos notar es que la cloroquina también es un medicamento comúnmente utilizado
Por lo tanto, se cree que la combinación de proteínas virales y porfirinas causará una serie de
reacciones patológicas, como una disminución de la hemoglobina. Debido a la grave epidemia y las condiciones existentes con métodos
de prueba experimentales limitados para las funciones de las proteínas, es de gran importancia científica analizar la función de las
En este estudio, se utilizaron técnicas de predicción de dominios conservados, modelos de homología y acoplamiento molecular para analizar
las funciones de las proteínas relacionadas con el virus. Este estudio encontró que ORF8 y la glicoproteína de superficie tenían una función para
combinarse con la porfirina para formar un complejo, mientras que orf1ab, ORF10, ORF3a atacan de forma coordinada el hemo en la cadena 1-beta
de hemoglobina para disociar el hierro para formar la porfirina. Este mecanismo del virus inhibió la vía metabólica normal del hemo e hizo que las
personas mostraran síntomas de la enfermedad. Sobre la base de los resultados de investigación anteriores, también verificamos el papel del fosfato
de cloroquina y el favipiravir mediante la tecnología de acoplamiento molecular para ayudar al tratamiento clínico.
2. Materiales y métodos
Las secuencias de proteínas se descargaron de NCBI: Todas las proteínas del nuevo coronavirus de Wuhan; Proteína de unión a hemo; Hemo
oxidasa; Se utilizaron secuencias de proteínas para analizar el dominio conservado. Todas las proteínas del nuevo coronavirus de Wuhan también se
Al mismo tiempo, los archivos PDB se descargaron de la base de datos PDB: estructura cristalina del complejo MERS-CoV
nsp10_nsp16 - 5yn5; DOBLADILLO; Oxihemoglobina humana 6bb5; HEMOGLOBINA HUMANA DESOXIDA 1a3n; 0TX; RP. Complejo
MERS-CoV nsp10_nsp16: se utilizó 5yn5 para modelado de homología. HEM, 0TX y 1RP se utilizaron para acoplamiento molecular Se
acoplamiento de proteínas
Se realizó una serie de análisis bioinformáticos basados en secuencias de proteínas biológicas publicadas en este estudio. Los
pasos se ilustran en la Figura 1: 1. MEME analiza los dominios conservados de proteínas virales 28-30 Servidor en línea Los dominios
conservados se usaron para predecir las diferencias de función de las proteínas virales y las proteínas humanas. 2. La estructura
tridimensional de las proteínas virales se construyó mediante modelos de homología del modelo suizo. 31,32. Cuando la longitud de la
secuencia excedió 5000nt, se adoptó la herramienta de modelado de homología de Discovery-Studio 2016. 3. Utilizando la tecnología de
acoplamiento molecular (herramienta LibDock) de Discovery-Studio 2016 33, Se simuló el acoplamiento receptor-ligando de proteínas virales
con hemo humano (o porfirinas). Dependiendo de los resultados del análisis bioinformático, se construyó un modelo de ciclo de vida del
El flujo de trabajo se basa en principios evolutivos. Aunque la secuencia biológica característica de las formas de vida avanzadas y
virales es diferente, las moléculas con estructuras similares siempre pueden lograr roles biológicos similares. El método de modelado de
homología utiliza el principio de que la estructura primaria similar de las secuencias de proteínas tiene una estructura espacial similar. La
MEME Suite es un sitio web en línea que integra muchas herramientas de predicción y anotación. El algoritmo de máxima expectativa
(EM) es la base para la identificación del motivo por parte del MEM. El motivo es un dominio conservado de una pequeña secuencia en una
proteína. Los modelos basados en motivos podrían evaluar la fiabilidad del análisis filogenético. Después de abrir la herramienta en línea
MEME, las secuencias de proteínas de interés se fusionan en un archivo de texto, y el formato del archivo sigue siendo fasta. Luego seleccione
la cantidad de motivos que desea buscar y haga clic en el botón "Ir". Al final del análisis, los dominios conservados se muestran después de
SWISS-MODEL es un servidor de modelado de homología completamente automático para la estructura de proteínas, al que se puede
acceder a través de un servidor web. El primer paso es ingresar el modelo suizo, ingresar la secuencia y hacer clic en "Buscar plantilla" para
realizar una búsqueda de plantilla simple. Una vez completada la búsqueda, puede elegir una plantilla para modelar. Se realizará una búsqueda
de plantilla haciendo clic en "Crear modelo" y se elegirá automáticamente un modelo de plantilla. Como se puede ver, se buscaron varias plantillas
y luego se construyeron numerosos modelos. Solo se elige un modelo aquí. El modelo en formato PDB se descarga y se visualiza en VMD.
SWISS-MODEL solo modela modelos de proteínas con longitudes de secuencia inferiores a 5000nt. Puede usar la herramienta de modelado de
Antes de usar Discovery-Studio para modelar la homología de una proteína desconocida (como orf1ab), el archivo de estructura pdb de
la proteína plantilla, como el complejo 5ERS5 MERS-CoVnsp10_nsp16, debe descargarse de la base de datos PDB. A continuación, la
herramienta de alineación de secuencias de Discovery-Studio se utiliza para alinear secuencias homólogas entre 5yn5 y orf1ab. Luego, se
coincidencia geométrica y la coincidencia de energía. Los pasos para usar el acoplamiento molecular LibDock con Discovery-Studio son los
siguientes:
1. Preparación de un modelo de ligando. Abra un archivo de ligando como HEM y haga clic en "Preparar ligandos" en
el submenú "Dock Ligands" del menú "Receptor-Ligand Interactions" para generar un modelo de ligando hem para el acoplamiento. Primero elimine
FE (átomo de hierro) en HEM, y luego haga clic en el botón "Preparar ligandos", luego se generará el modelo de ligando de porfirina. Con 0 XT
abierto, haga clic en "Preparar ligandos" nuevamente para obtener el modelo de ligando de cloroquina.
2. Prepare un modelo de receptor de proteína. Abra el archivo pdb de la proteína (generado por homología
modelado), y haga clic en "Preparar proteína" en el submenú "Ligandos de acoplamiento" del menú "Interacciones receptor-ligando" para generar un
3. Establezca los parámetros de acoplamiento para lograr el acoplamiento. Seleccione el modelo de receptor de proteína generado. Desde
en los submenús "Definir y editar sitio de enlace" en el menú "Interacciones receptor-ligando", haga clic en "Desde cavidades del receptor". Aparece una
esfera roja en el diagrama del modelo del receptor de proteínas. Después de hacer clic derecho en la bola roja, puede modificar el radio de la bola roja.
Luego, en el menú "Interacciones receptor-ligando", seleccione "Ligandos de acoplamiento (LibDock)" en el submenú "Ligandos de acoplamiento". En el
cuadro emergente, seleccione el ligando como el modelo de ligando recién establecido-ALL, y seleccione el receptor como el modelo de receptor recién
establecido-ALL, y la esfera de los sitios como las coordenadas de la esfera recién establecidas. Finalmente haga clic en EJECUTAR para iniciar el
acoplamiento.
4. Calcule la energía de enlace y elija la pose con la mayor energía de enlace. Después de atracar
está completo, se mostrarán muchas ubicaciones de ligando. Abra la vista acoplada y haga clic en el botón "Caculate Binding Energies" en el
submenú "Dock Ligands" del menú "Receptor-Ligand Interactions". En el cuadro emergente, seleccione el receptor como valor
predeterminado, seleccione el ligando como el modelo acoplado -ALL y luego comience a calcular la energía de enlace. Finalmente, compare
la energía de enlace y elija la pose con la energía de enlace más grande. Cuanto mejor sea la estabilidad del complejo, mayor será la energía
de unión.
5. Exporte la vista de sección conjunta. Para la vista acoplada, después de configurar el estilo de visualización del enlace
haga clic en el botón "Mostrar mapa 2D" en el submenú "Ver interacción" del menú "Interacción receptor-ligando" para abrir la vista de
Discovery-Studio's ZDOCK es otra herramienta de acoplamiento molecular para estudiar las interacciones proteicas. Lo usamos para
estudiar el ataque de la hemoglobina por proteínas virales no estructurales. El siguiente es el acoplamiento de orf1ab y hemoglobina, y otros
métodos de acoplamiento con proteínas no estructurales de virus son los mismos. Después de abrir los archivos PBD de la proteína
Oxy-Hemoglobin humana 6bb5 y la proteína orf1ab, haga clic en el botón "Proteínas de acoplamiento (ZDOCK)" en "Complejos de proteínas de
acoplamiento y análisis" en el menú "macromoléculas". En la interfaz emergente, seleccione Human Oxy-Hemoglobin 6bb5 como receptor,
orf1a como ligando, y luego haga clic en el botón "Ejecutar". Una vez que la computadora termine de computar, haga clic en la interfaz
"proteinpose" y seleccione la pose y el clúster con la puntuación ZDOCK más alta. Podría obtener la posición de orf1ab en la oxihemoglobina
humana 6bb5. La HEMOGLOBINA HUMANA Deloxy 1a3n tiene un patrón de acoplamiento similar con la proteína orf1ab.
3 RESULTADOS
hierro, y el ion de hierro está en el medio de la porfirina. El hemo es insoluble en agua y se puede combinar con proteínas de unión al
hemo para formar un complejo y ser transportado al hígado. La porfirina se degrada en bilirrubina y se excreta del conducto biliar, y el
cuerpo puede reutilizar el hierro en la molécula. Si las proteínas virales pueden unirse a la porfirina del hemo, deberían tener una
capacidad de unión similar a la proteína de unión al hemo humano, es decir, las proteínas del virus y las proteínas de unión al hemo
deberían tener dominios conservados similares. Para examinar la unión de las proteínas de la estructura del virus y la porfirina, se
Primero, el servidor en línea de MEME se empleó para buscar dominios conservados en cada proteína de estructura viral y proteína de
unión a hemo humana (ID: NP_057071.2 proteína de unión a hemo 1, ID: EAW47917.1 proteína de unión a hemo 2). La Figura 2 presenta que
tres proteínas virales (glicoproteína de superficie, proteína de envoltura y fosfoproteína de nucleocápside) y proteínas de unión a hemo tienen
dominios conservados, pero la glicoproteína de membrana no tiene ningún dominio conservado. pag- los valores de los valores son pequeños,
fueron estadísticamente significativos. Los dominios en tres proteínas virales son diferentes, lo que sugiere que la capacidad de la proteína
estructural para unirse a la porfirina puede ser ligeramente diferente. La glicoproteína de membrana no pudo unirse a la porfirina.
Figura 2. Dominios conservados entre proteínas de estructura y proteínas de unión a hemo humano. A.
Dominios conservados de glucoproteína de superficie. SI. Dominios conservados de proteína de envoltura. C. Dominios conservados de la glucoproteína de
Próximo, el servidor en línea modelo suizo modeló las glucoproteínas de superficie para producir un
estructura tridimensional, y se seleccionaron dos tipos de archivos basados en las plantillas Spike y E2. El archivo estructural 3D
Al final, Discovery-Studio realizó el acoplamiento molecular de las glicoproteínas de superficie y la porfirina. El acoplamiento de
la proteína Spike con hemo (y porfirina) falló primero. La glicoproteína E2 (Figura 3.A) se deriva de las plantillas 1zva.1.A. El
acoplamiento de la glicoproteína E2 y el hemo también fue infructuoso. Cuando se eliminó el ion de hierro, el hemo se convirtió en una
porfirina, se finalizaron muchos tipos de acoplamiento entre la glicoproteína E2 y la porfirina. Calculando la energía de unión, se
aceptó la pose de acoplamiento con la energía de unión más alta (7,530,186,265.80kcal / mol). El resultado de acoplamiento se
muestra en la Figura 4.A-1, que es el modelo molecular de la glicoproteína E2 que se une a la porfirina.
La Figura 4.A-2 proporciona una vista bidimensional de la sección de unión, donde 18 aminoácidos de la glicoproteína E2 interactúan
con la porfirina.
El análisis de la proteína de envoltura adoptó los mismos métodos. La plantilla 5x29.1.A se seleccionó como la plantilla de
estructura 3D de la proteína de envoltura (Figura 3.B). Discovery-Studio encontró varios tipos de acoplamiento de la proteína de la
envoltura y la porfirina, donde se eligió la posición de acoplamiento con la energía de unión más alta (219,317.76kcal / mol). La figura 4.B-1
muestra el resultado de acoplamiento, que es el modelo molecular de la unión de la proteína de envoltura a la porfirina. La figura 4.B-2 es
la vista bidimensional de la sección de unión, donde 18 aminoácidos de la proteína de la envoltura interactúan con la porfirina.
Se utilizaron los mismos métodos para analizar la fosfoproteína nucleocápside. La plantilla de la fosfoproteína nucleocápsida
fue 1ssk.1.A (Figura 3.C). Discovery-Studio proporciona el acoplamiento entre la fosfoproteína nucleocápsida y la porfirina con la
energía de unión más alta (15,532,506.53kcal / mol). La figura 4.C-1 muestra el resultado de acoplamiento, que es el modelo
molecular de la unión de la fosfoproteína nucleocápsida a la porfirina. La figura 4.C-2 es la vista bidimensional de la sección de unión,
donde 22 aminoácidos de la fosfoproteína nucleocápside se unen a la porfirina. La proteína de membrana se deriva de las plantillas
1zva.1.A. El acoplamiento de la proteína de membrana con hemo (y porfirina) falló. Estos resultados indican que la glucoproteína de
la superficie, la proteína de la envoltura y la fosfoproteína de la nucleocápside podrían unirse a la porfirina para formar un complejo.
Se descubrió que la energía de unión de la proteína de la envoltura era la más baja, la energía de unión de la glicoproteína E2
era la más alta y la energía de unión de la fosfoproteína nucleocápsida era media. Significa que la unión de la glicoproteína E2 a la
porfirina es la más estable, la unión de la fosfoproteína nucleocápsida a la porfirina es inestable y la unión de la proteína de la
Después de eso, se llevó a cabo el siguiente análisis para descubrir si las proteínas estructurales atacaban el hemo y
disociaban el átomo de hierro para formar porfirinas. El hemo tiene una oxidasa llamada hemo oxidasa, que oxida el hemo y
disocia el ion de hierro. Si las proteínas estructurales pudieran atacar al hemo y disociar los iones de hierro, debería tener un
dominio conservado similar al de la hemo oxidasa. El servidor en línea de MEME se manipuló para buscar dominios conservados
de proteínas estructurales y proteínas hemo oxidasa (NP_002124.1: heme oxigenasa 1; BAA04789.1: heme oxigenasa-2;
AAB22110.2: heme oxigenasa-2). Como resultado, no se encontraron dominios conservados de proteínas estructurales (Figura 5).
Combinando los resultados del análisis anterior, es decir, las proteínas estructurales solo podrían combinarse con la porfirina.
Figura 3. Esquemas de estructura 3D de las nuevas proteínas de coronavirus por el modelo de homología. A. E2 glucoproteína de la
A. Resultados de atraque molecular de la glicoproteína E2 y la porfirina. SI. Resultados de atraque molecular de la proteína de la envoltura y la
porfirina. C. Resultados de atraque molecular de la nucleopápside fosfoproteína y la porfirina. 1) Proteínas de estructura viral. 2) Vista de las
secciones de encuadernación
Figura 5. Dominios conservados entre las proteínas de estructura y las proteínas hemooxigenasa humanas.
Si las proteínas no estructuradas (ID: YP_009724396.1) pueden unirse a la porfirina del hemo, debería tener una capacidad de
unión similar a la proteína de unión al hemo humano. Luego, el servidor en línea de HEME se utilizó para buscar dominios conservados
entre las proteínas no estructuradas y las proteínas de unión al hemo humano. La Figura 6 muestra que cinco proteínas virales (orf1ab,
ORF3a, ORF7a, ORF8 y ORF10) y proteínas de unión a hemo tienen dominios funcionales conservados, pero ORF6 y proteínas de unión
a hemo sí.
no tiene dominios funcionales conservados. pag- los valores de los valores son pequeños, también fueron estadísticamente significativos. Los dominios en las
cinco proteínas virales son diferentes, lo que sugiere que la capacidad de la proteína no estructural para unirse a la porfirina puede ser ligeramente diferente.
Figura 6 Dominios conservados entre proteínas no estructurales y proteínas de unión a hemo humano.
A. Dominios conservados de orf1ab. SI. Dominios conservados de ORF3a. C. Dominios conservados de ORF6. RE.
Dominios conservados de ORF7a. MI. Dominios conservados de ORF8. F. Dominios conservados de ORF10.
Se aplicaron modelos de homología y tecnología de acoplamiento molecular para estudiar las características de la capacidad de la proteína orf1ab de unirse al hemo.
Debido a que el modelo suizo no puede modelar la estructura 3D de la secuencia de la proteína orf1ab con una longitud de secuencia superior a 5000nt, Discovery-Studio se
usó para modelar homología. La estructura cristalina de MERS-CoV nsp10_nsp16 complex 5yn5 y heme se descargaron de la base de datos PDB. En este estudio, la
estructura cristalina del complejo 5S5 nsp10_nsp16 de MERS-CoV se estableció como plantilla para crear una estructura homóloga de la proteína orf1ab. La estructura
homóloga predeterminada se seleccionó como la estructura 3D de la proteína orf1ab (Figura 3.D). Luego, el acoplamiento molecular de la proteína orf1ab y la porfirina fue
terminado por Discovery-Studio. La proteína orf1ab y el hemo no pudieron completar el experimento de acoplamiento, pero al eliminar iones de hierro para convertir el hemo
en una porfirina, y el radio de acción aumentó, se completaron varios tipos de acoplamiento. Al calcular la energía de enlace, se seleccionó un modelo de acoplamiento con la
energía de enlace más alta (561,571.10kcal / mol). El resultado de acoplamiento se muestra en la Figura 7.A-1, donde es el modelo molecular de la unión de la proteína
orf1ab a la porfirina. La parte de unión de la proteína orf1ab actúa como un clip. Fue este clip el que capta la porfirina sin el ion de hierro. La figura 7.A-2 muestra una vista
bidimensional de la sección de encuadernación. Se puede ver que 18 aminoácidos de la proteína orf1ab están unidos a la porfirina. El resultado de acoplamiento se muestra
en la Figura 7.A-1, donde es el modelo molecular de la unión de la proteína orf1ab a la porfirina. La parte de unión de la proteína orf1ab actúa como un clip. Fue este clip el
que capta la porfirina sin el ion de hierro. La figura 7.A-2 muestra una vista bidimensional de la sección de encuadernación. Se puede ver que 18 aminoácidos de la proteína
orf1ab están unidos a la porfirina. El resultado de acoplamiento se muestra en la Figura 7.A-1, donde es el modelo molecular de la unión de la proteína orf1ab a la porfirina. La
parte de unión de la proteína orf1ab actúa como un clip. Fue este clip el que capta la porfirina sin el ion de hierro. La figura 7.A-2 muestra una vista bidimensional de la
sección de encuadernación. Se puede ver que 18 aminoácidos de la proteína orf1ab están unidos a la porfirina.
Para estudiar las propiedades de unión de la proteína ORF8 al hemo, se utilizaron los mismos pasos de análisis que el
método de la proteína estructural. El archivo de estructura se creó en base a la plantilla ORF7 (Figura 3.E). Varios tipos de
acoplamiento de la proteína ORF8 y la porfirina, donde se seleccionó el acoplamiento con la energía de unión más alta
(12,804,859.25kcal / mol). El resultado de acoplamiento (Figura 7.B-1) representa el modelo molecular de la unión de la proteína
ORF8 a la porfirina. La figura 7.B-2 es la vista bidimensional de la sección de unión, donde 18 aminoácidos del ORF8 están unidos
a la porfirina.
Se usaron los mismos métodos de proteína ORF8 para analizar la proteína ORF7a. La plantilla de ORF7a es 1yo4.1.A
(Figura 3.F). La proteína ORF7a y la porfirina tenían la energía de unión más alta (37,123.79 kcal / mol). La figura 7.C-1 muestra el
modelo molecular del ORF7a que se une a la porfirina. Quince aminoácidos del ORF7a están unidos a la porfirina (Figura 7.C-2).
El modelo suizo no pudo proporcionar la plantilla para ORF10. ORF6a y ORF3a se derivan de las plantillas 3h08.1.A y
2m6n.1.A, respectivamente, pero el acoplamiento de ORF6a (ORF3a) con hemo (y porfirina) falló.
Figura 7 Resultados de acoplamiento molecular de proteínas no estructurales virales y la porfirina (rojo).
A. Resultados de acoplamiento molecular de la proteína orf1ab y la porfirina. SI. Resultados de atraque molecular de
la proteína ORF8 y la porfirina. C. Resultados de acoplamiento molecular de la proteína ORF7a y la porfirina. 1) Proteínas virales no
Finalmente, se realizó el siguiente análisis para averiguar si las proteínas no estructurales atacaron el hemo y disociaron el
átomo de hierro para formar porfirinas. Aquí, se utilizaron los mismos métodos que las proteínas estructurales anteriores, el servidor
en línea de MEME, para analizar los dominios conservados de proteínas no estructurales y proteínas de hemo oxidasa
(NP_002124.1: heme oxigenasa 1; BAA04789.1: heme oxigenasa-2; AAB22110. 2: hemo oxigenasa-2). Como se muestra en la
Figura 8, ORF10, orf1ab y ORF3a tienen dominios conservados. Combinando los resultados del análisis anterior, se muestran
proteínas no estructurales: ORF10, orf1ab y ORF3a podrían atacar el hemo y disociar el átomo de hierro para formar la porfirina. sin
embargo, el Valor p de orf1ab y ORF3a es mayor que 0.1%. Por lo tanto, ORF10 puede ser la proteína primaria para atacar al hemo,
Los resultados indicaron que orf1ab, ORF7a y ORF8 podrían unirse a la porfirina, mientras que ORF10, ORF3a y ORF6 no
podrían unirse al hem (y la porfirina). ORF10, ORF1ab y ORF3a también tienen la capacidad de atacar al hemo para formar una
porfirina. Las energías de unión de orf1ab, ORF7a, ORF8 y la porfirina se compararon respectivamente. Se encontró que la energía
de unión de ORF7a era la más baja, la energía de unión de ORF8 era la más alta y la energía de unión de orf1ab era media. Esto
significa que la unión de ORF8 a la porfirina es la más estable, la unión de orf1ab a la porfirina es inestable y la unión de ORF7a a la
porfirina es la más inestable. Las secuencias de ORF10 y ORF6 son cortas, por lo que deberían ser péptidos de señal cortos. Por lo
tanto, el mecanismo por el cual las proteínas no estructurales atacan al hemo podría ser: ORF10, ORF1ab y ORF3a atacaron el
hemo y generaron la porfirina; ORF6 y ORF7a enviaron la porfirina a ORF8; y ORF8 y la porfirina formaron un complejo estable.
Figura 8. Dominios conservados entre proteínas no estructuradas y proteínas hemooxigenasa humanas. A. Dominios conservados de
orf1ab. SI. Dominios conservados de ORF3a. C. Dominios conservados de ORF6. RE. Dominios conservados de ORF7a. MI. Dominios
Las porfirinas en el cuerpo humano son principalmente porfirinas de hierro, es decir, hemo. Y mucho hemo no es gratis, sino que se
une a la hemoglobina. Hubo una demanda masiva de porfirinas para que los virus sobrevivan. Por lo tanto, el nuevo coronavirus se dirigió a la
hemoglobina, atacó al hemo y buscó porfirinas. Los resultados del análisis anterior mostraron que ORF1ab, ORF3a y ORF10 tienen dominios
similares a la hemo oxigenasa, pero solo ORF1ab podría unirse a la porfirina. Para estudiar el comportamiento de ataque de las proteínas
orf1ab, ORF3a y ORF10, utilizamos la tecnología de acoplamiento molecular ZDOCK para examinar estas tres proteínas. La tecnología de
acoplamiento molecular ZDOCK puede analizar las interacciones proteicas y encontrar las posiciones aproximadas de estas tres proteínas en
la hemoglobina.
Primero, descargamos hemo oxigenasa 2 (5UC8) del PDB y lo usamos como plantilla, y luego utilizamos la herramienta de
modelado de homología de Discovery-Studio para generar la estructura 3D de ORF10 (Figura 9). Dado que la hemoglobina tiene dos
formas de oxidación y desoxigenación, el siguiente análisis también realiza el acoplamiento molecular de proteínas en estos dos casos,
Para la desoxihemoglobina, orf1ab estacionado en la parte inferior central de la cadena 1-alfa y 2-alfa cerca de la cadena 2-alfa
(Figura 10.A). ORF3a estacionado en la parte inferior central de la cadena 1-alfa y 2-alfa cerca de la cadena 2-alfa (Figura 10.B). ORF10
amarrado en la parte inferior central de la cadena 1-beta y 2-beta cerca de la cadena 1-beta (Figura 10.C). El posible mecanismo fue que
orf1ab golpeó la cadena 2-alfa, causando cambios en las conformaciones de la proteína globina. ORF3A forzó a la cadena 2-alfa a
atacar a la cadena 1-beta y expuso su hemo. ORF10 se unió rápidamente a la cadena 1-beta e impactó directamente el hemo de la
cadena 1-beta. Cuando el átomo de hierro se disociaba, el hemo se transformaba en porfirina y finalmente orf1ab capturaba la porfirina.
SI. ORF3a ataca la desoxihemoglobina. C. ORF10 ataca la desoxihemoglobina. RE. orf1ab ataca la hemoglobina oxidada. MI. ORF10
alfa (Figura 10.A). ORF10 estacionado debajo de la cadena beta y cerca del exterior (Figura 10.B). ORF3a estacionado en la parte
inferior central de la cadena alfa y beta y cerca de la cadena beta (Figura 10.C). El posible mecanismo era que orf1ab se unía a la
cadena alfa y atacaba la cadena beta, provocando cambios de configuración en las cadenas alfa y beta; ORF3 atacó la cadena
beta y el hemo expuesto. ORF10 unió rápidamente la cadena beta e impactó directamente los átomos de hierro en el hemo de la
cadena beta. El hemo se disoció en porfirina, y orf1ab finalmente capturó porfirina. orf1ab jugó un papel vital durante todo el
ataque.
El ataque de la hemoglobina oxidada por proteínas virales conducirá a una cantidad cada vez menor de hemoglobina que puede transportar oxígeno.
La invasión de proteínas virales en la hemoglobina desoxidada causará cada vez menos hemoglobina que puede transportar dióxido de carbono y azúcar en
la sangre. Las personas con diabetes pueden tener azúcar en la sangre inestable. El paciente se ve agravado por la intoxicación por dióxido de carbono. Las
células pulmonares tienen una inflamación extremadamente intensa debido a la incapacidad de intercambiar dióxido de carbono y oxígeno con frecuencia, lo
que finalmente da como resultado imágenes pulmonares de vidrio esmerilado. Los pacientes con dificultad respiratoria empeorarán.
Los componentes químicos en el fosfato de cloroquina compiten con la porfirina y se unen a la proteína viral, inhibiendo así el
ataque de la proteína viral al hem o la unión a la porfirina. Para verificar el efecto del fosfato de cloroquina sobre el mecanismo de
acción molecular viral, se aceptó la tecnología de acoplamiento molecular. El archivo de estructura de 0TX (cloroquina) se descargó
de la base de datos PDB. Luego, se utilizó la tecnología de acoplamiento molecular de Discovery-Studio 2016 para probar los efectos
La figura 11.A-1 es un diagrama esquemático de la unión de cloroquina a una glucoproteína de la superficie del virus. La figura 11.A-2
es la región de unión de la glucoproteína de la superficie del virus. 13 aminoácidos comprometidos en la unión. La energía de unión de la
cloroquina a la glicoproteína E2 del virus es 3,325,322,829.64 kcal / mol, que es aproximadamente la mitad de la energía de unión de la
glicoproteína E2 y la porfirina. De acuerdo con los resultados de la Figura 4.A-2, un análisis posterior mostró que algunos aminoácidos (por
ejemplo, VALA: 952, ALA A: 956, ALA B: 956, ASN A: 955, etc.) de la glucoproteína E2 podrían unirse a no solo el fosfato de cloroquina, sino
también las porfirinas. En otras palabras, la cloroquina tiene un tercio de posibilidades de inhibir la glucoproteína E2 viral y reducir los
La vista de unión de la cloroquina y la proteína de envoltura se muestra en la Figura 11.B-1. La energía de unión de la
cloroquina y la proteína de envoltura es de 7,852.58 kcal / mol, que es solo equivalente al 4% de la energía de unión de la proteína de
envoltura y la porfirina. La región de unión se muestra en la Figura 11.B-2. La Figura 4.B-2 y la Figura 11.B-2 representan aminoácidos
representativos (como LEV E: 28, PHE: D: 20, VAL E: 25) de la proteína de la envoltura no solo se une al fosfato de cloroquina, sino
también a la porfirina
unión de la cloroquina a la fosfoproteína de la nucleocápside es de 198,815.22 kcal / mol, que solo es equivalente al 1.4% de la
energía de unión de la fosfoproteína de la nucleocápside y la porfirina. ALA A: 50 etc. de nucleopápside fosfoproteína están
involucrados en la unión (Figura 12.C-2). Las Figuras 4.C-2 y las Figuras 11.C-2 declararon que los aminoácidos de la
Figura 11 Resultados de acoplamiento molecular de las proteínas de estructura viral y la cloroquina (rojo).
A. Resultados de atraque molecular de la glicoproteína E2 y la porfirina. SI. Resultados de atraque molecular de la proteína de la envoltura
y la porfirina. C. Resultados de atraque molecular de la nucleopápside fosfoproteína y la porfirina. 1) Proteínas de estructura viral. 2) Vista
la proteína orf1ab se representa en la figura 12.A-2. La energía de unión de la cloroquina y la proteína orf1ab es de 4,584,302.64 kcal /
mol, lo que equivale a 8 veces la energía de unión entre el orf1ab y la porfirina. De acuerdo con los resultados de la Figura 7.A-2, se
demostró que algunos aminoácidos como MET 7045, PHE 7043, LYS 6836 de la proteína orf1ab no solo podían unirse al fosfato de
En la Figura 12.B-1 se muestra un diagrama esquemático de la unión de cloroquina a la proteína ORF8. La figura 12.B-2
muestra la sección de unión del ORF8. La energía de unión de la cloroquina a la proteína ORF8 es de 4.707.657,39 kcal / mol, lo
que solo equivale al 37% de la energía de unión de la proteína ORF8 a la porfirina. Según el resultado de la Figura 7.B-2, mostró
que los aminoácidos como ILE A: 74, ASP A: 75, LYS A: 53 de ORF8 no solo podían unirse al fosfato de cloroquina, sino también
a la porfirina.
En la Figura 12.C-1 se muestra un diagrama esquemático de la unión de la cloroquina a la proteína ORF7a. La figura 12.C-2 es la
vista de la sección de encuadernación. La energía de unión de la cloroquina a la proteína ORF7a es de 497,154.45 kcal / mol, lo que
equivale a 13 veces la energía de unión de la proteína ORF7a a la porfirina. De acuerdo con los resultados de la Figura 7.C-2, se
mostró que los aminoácidos tales como GLN A: 94, ARG A: 78 y LEU A: 96 de la proteína ORF7 no solo podían unirse al fosfato de
El acoplamiento de las proteínas ORF3a, ORF6 y ORF10 con cloroquina falló. Estos resultados marcaron que la cloroquina podría
inhibir la unión de E2 y ORF8 a la porfirina para formar un complejo, respectivamente, hasta cierto punto. Mientras tanto, la cloroquina
podría evitar que orf1ab, ORF3a y ORF10 ataquen el hemo para formar la porfirina.
Figura 12 Resultados de atraque molecular de proteínas no estructurales virales y la cloroquina (estructura roja). A. Resultados de atraque
molecular de la proteína orf1ab y la cloroquina. SI. Resultados de acoplamiento molecular de la proteína ORF8 y la cloroquina. C. Resultados de
atraque molecular de la proteína ORF7a y la cloroquina. 1) Proteínas virales no estructurales. 2) Vista de las secciones de encuadernación.
3.5 Validación del efecto de Favipiravir
Favipiravir es el último fármaco anti-coronavirus novedoso con efectos terapéuticos específicos. En Favipiravir, el ligando
más crítico es 1RP, que es 6 - fluoro - 3 - oxo - 4 - (5 - O - fosfono - beta D - ribofuranosilo) - 3, 4 - dihidropirazina - 2 -
carboxamida. Siguiendo el mismo método utilizado para examinar la cloroquina, investigamos la eficacia de Favipiravir. Como se
puede ver en la Tabla 1, Favipiravir no se puede unir a la glucoproteína E2 y la Nucleocapsida, y su energía de unión a la proteína
Envelope, ORF7a, orf1ab es mayor que eso a la porfirina. Es útil tener en cuenta que la energía de unión de la proteína Envelope
y Favipiravir es más de 2700 veces la energía de unión de la porfirina. La función principal de la proteína Envelope es ayudar al
virus a ingresar a las células huésped, lo que demuestra que Favipiravir puede prevenir eficazmente que el virus infecte las células
humanas. La energía de unión de ORF7a a Favisiravir es 450 veces mayor que la de la porfirina, lo que indica que puede evitar
efectivamente que la proteína no estructural del virus capture la porfirina. La energía de unión de orf1ab y Favisiravir es
1.8 veces mayor que la de la porfirina, lo que demuestra que Faifiravir puede prevenir que la proteína no estructurada del virus ataque el
hemo en la hemoglobina. Según estudios anteriores, la energía de unión de orf1ab y Favisiravir es mucho menor que la de la cloroquina,
por lo que la capacidad de Favisiravir para mejorar la dificultad respiratoria es menor. En resumen, la función principal de Favipiravir es
evitar que el virus ingrese a las células huésped y atrape las porfirinas libres.
Glucoproteína E2 7.530.186.265,80 - - - -
Nucleocapsida 15.532.506,53 - - - -
4. Discusión
Para los virus de vida más primitiva, no es muy fácil ver su papel en la unión de la porfirina. Los compuestos de porfirina están
ampliamente presentes en organismos fotosintéticos o no fotosintéticos, y están asociados con procesos fisiológicos críticos como
catálisis, transferencia de oxígeno y transferencia de energía. La porfirina es también un antiguo compuesto ampliamente presente en la
tierra. La porfirina se encuentra por primera vez en petróleo crudo y roca asfáltica en 1934. La porfirina tiene propiedades fotoelectrónicas
únicas y excelente estabilidad térmica y tiene amplias posibilidades de aplicación en química de materiales, medicina, bioquímica y
química analítica. Es un excelente rendimiento en absorción de dos fotones, efecto de fluorescencia, transferencia de energía y otros
efecto dipolo de largo alcance. Las características de FRET de la porfirina pueden ser el modo primario de supervivencia en el que se basaba el
virus original.
Existen numerosas teorías sobre el origen de los virus, una de las cuales se llama teoría de la coevolución, cuyos virus pueden
evolucionar a partir de complejos de la proteína y el ácido nucleico. Varios métodos no explican que un virus sobrevivió independientemente de
las células que no aparecen al comienzo de la vida, por lo que el origen de un virus sigue siendo un misterio. Este artículo propone que un virus
podría unirse a la porfirina, lo que podría explicar el problema de supervivencia de un virus original. Debido a que la porfirina tiene la característica
de transferencia de energía de la resonancia de fluorescencia, los virus que se unen a las porfirinas podrían obtener energía a través de este
método inducido por la luz. Un virus que ganó poder podría lograr movimientos de desplazamiento mínimos, despertarse de la hibernación o
entrar en hibernación desde un estado activo. Dependiendo de los resultados de la investigación en este estudio, El nuevo coronavirus era una
forma de vida dependiente de la porfirina. Por lo tanto, podríamos creer que el nuevo coronavirus se originó a partir de un virus antiguo que puede
4.2 Una mayor permeabilidad de las porfirinas en las membranas celulares conduce a altas infecciones
La alta evolución del nuevo coronavirus también muestra algunas características paradójicas. La teoría actual sugiere que el
nuevo coronavirus se une al receptor ACE2 humano a través de una proteína espiga. Entra en las células humanas en forma de
fagocitosis. Los modelos de enfermedades infecciosas indicaron que la nueva neumonía por coronavirus es altamente contagiosa.
Por lo tanto, la proteína de pico y la proteína ACE2 humana deberían tener una fuerte capacidad de unión, pero hay informes en la
literatura de que esta capacidad de unión es débil. ¿Qué causa la alta infectividad del nuevo coronavirus? Creemos que, además del
Los trabajadores médicos han detectado el nuevo coronavirus en la orina, la saliva, las heces y la sangre. El virus también puede vivir
en fluidos corporales. En tales medios, la porfirina es una sustancia prevalente. Los compuestos de porfirina son una clase de polímeros que
contienen nitrógeno, y los estudios existentes han encontrado que tienen una gran capacidad para localizar y penetrar las membranas
celulares. Al comienzo de la vida, las moléculas de virus con porfirinas se trasladaron directamente a la estructura de membrana original por
permeabilidad a la porfirina. Este estudio mostró que la glicoproteína E2 y la proteína de envoltura del nuevo coronavirus podrían unirse bien a
las porfirinas. Por lo tanto, el coronavirus también puede penetrar directamente en la membrana celular humana a través de la porfirina, por lo
que la infección es robusta. Nuestro análisis de validación mostró que El favipiravir solo pudo prevenir la unión de la proteína Envelope y porfirina
. Mientras tanto, la cloroquina podría prevenir efectivamente la unión de la glicoproteína E2 a la porfirina hasta cierto punto. Por lo tanto, la
infectividad de la nueva neumonía por coronavirus no fue completamente prevenida por las drogas, debido a la la unión de
El efecto terapéutico del fosfato de cloroquina en la nueva neumonía por coronavirus muestra que la nueva neumonía por coronavirus podría estar
estrechamente relacionada con el metabolismo anormal de la hemoglobina en humanos. El número de hemoglobina es un indicador bioquímico sanguíneo
importante, y el contenido es diferente en diferentes géneros. El número de hombres normales es significativamente mayor que el de las mujeres
normales, lo que también podría ser una razón por la cual los hombres tienen más probabilidades de infectarse con la nueva neumonía por coronavirus
que las mujeres. Además, los pacientes con nueva neumonía por coronavirus son la mayoría de los adultos de mediana edad y mayores. Muchos de estos
pacientes tienen enfermedades subyacentes como la diabetes. Los pacientes diabéticos tienen mayor
hemoglobina glicosilada. La hemoglobina glucosilada es la desoxihemoglobina. La hemoglobina glucosilada es una combinación de
hemoglobina y glucosa en sangre, que es otra razón de la alta tasa de infección para las personas mayores.
Este estudio ha confirmado que orf1ab, ORF3a y ORF10 podrían atacar de forma coordinada al hemo en la cadena beta de la
hemoglobina. Se atacan tanto la hemoglobina oxigenada como la desoxigenada. Durante el ataque, las posiciones de orf1ab, ORF3 y ORF10
son ligeramente diferentes. Mostró que cuanto mayor es el contenido de hemoglobina, mayor es el riesgo de enfermedad. Sin embargo, no es
seguro que la tasa de enfermedad causada por hemoglobina anormal (estructural) sea relativamente baja. La hemoglobina de pacientes y
Este artículo consideraba que el virus interfería directamente con el ensamblaje de la hemoglobina humana. La razón principal fue que
el hemo normal era demasiado bajo. Heme se une a actividades biológicas críticas como la regulación de la expresión génica y la traducción de
proteínas. La proteasa ALAS1 es una enzima limitante de la velocidad en el metabolismo anabólico del hemo, que es inhibida por el hemo.
Cuando el hemo es demasiado bajo, la síntesis de la proteasa ALAS1 se inhibe y la síntesis del hemo se bloquea nuevamente. Debido a que
los rastros existentes muestran que hay demasiado hierro libre en el cuerpo, debería ser que la molécula productora de virus compite con el
hierro por la porfirina. Inhibe la vía anabólica del hem y causa síntomas en humanos.
No está claro si la estructura molecular espacial del hemo y la porfirina en pacientes con porfiria es la misma que en las
personas sanas. Si hay una estructura anormal, no está claro si esta porfirina puede unirse a una proteína viral para formar un
complejo, o si una proteína viral puede atacar a este hem. Debe ser probado por la investigación clínica y experimental.
Algunas teorías sugieren que se produce una respuesta inmune en el cuerpo después de que un paciente se enferma. Algunos pacientes
desarrollan anticuerpos inmunes después de la recuperación. Según este estudio, la glicoproteína E2, la proteína de la envoltura, la fosfoproteína
de la nucleocápside, orf1ab, ORF7a y ORF8 del virus podrían unirse a la porfirina. Pero según la investigación actual, no está claro qué
Además, algunos pacientes pueden ser asesinados por su tormenta de citoquinas. En comparación con los pacientes con SAR, las
características anatómicas de los muertos son diferentes. El complejo de proteínas virales y la porfirina pueden ser poco solubles. Demasiada mucosidad
en los tejidos de los pacientes fallecidos fue la causa de demasiada proteína mucina. La mucina podría convertir las células sueltas en células
fuertemente adheridas y aumenta la lubricación entre las células. Sugiere que el compuesto conduce a una conectividad celular reducida, y las células
necesitan mucina para consolidar la conectividad y la lubricidad de las células tisulares. Además, cuando un paciente entra en un período de infección
grave, las proteínas estructurales virales se utilizaron principalmente para el ensamblaje del virus. Por lo tanto, no podemos encontrar inclusiones de
5. Conclusiones
Desde la epidemia de emergencia, es de gran importancia científica utilizar la bioinformática para analizar el papel de las nuevas proteínas
de coronavirus (como ORF8 y glucoproteínas de superficie). En este estudio, se aplicaron métodos de predicción de dominio para buscar
dominios conservados. La estructura de las moléculas de proteínas como ORF8 y las glucoproteínas de superficie se obtuvieron utilizando
métodos de modelado de homología. La tecnología de acoplamiento molecular se utilizó para analizar la parte de unión de las proteínas virales
al hemo y al
porfirina Los resultados del estudio muestran que ORF8 y las glicoproteínas de superficie podrían combinarse con la porfirina para
formar un complejo, respectivamente. Al mismo tiempo, las proteínas orf1ab, ORF10 y ORF3a podrían coordinar el ataque del hem
en la cadena 1-beta de la hemoglobina para disociar el hierro para formar la porfirina. El ataque conducirá a menos hemoglobina
para transportar oxígeno y dióxido de carbono. Las células pulmonares tienen una inflamación extremadamente intensa debido a
la incapacidad de intercambiar dióxido de carbono y oxígeno con frecuencia, lo que finalmente da como resultado imágenes
pulmonares de vidrio esmerilado. Los pacientes con dificultad respiratoria empeorarán. Los pacientes diabéticos y las personas
mayores tienen una hemoglobina glucosilada más alta. El ataque redujo la hemoglobina glucosilada, lo que hizo que el azúcar en
Con estos hallazgos en mente, un análisis posterior reveló que la cloroquina podría evitar que orf1ab, ORF3a y ORF10 ataquen el
hem para formar la porfirina, e inhibir la unión del ORF8 y las glucoproteínas de la superficie a las porfirinas hasta cierto punto, aliviar
eficazmente los síntomas de las vías respiratorias. angustia. El favipiravir podría inhibir que la proteína de la envoltura y la proteína
ORF7a se unan a la porfirina, evitar que el virus ingrese a las células huésped y atrapar las porfirinas libres. Debido a que el nuevo
coronavirus depende de las porfirinas, puede originarse de un virus antiguo. Dada la epidemia actual, se cree que los resultados de
este estudio son de gran valor para prevenir la propagación de la nueva neumonía por coronavirus, el desarrollo de fármacos y vacunas
y el tratamiento clínico.
Declaraciones
No aplica.
No aplica.
Los conjuntos de datos y resultados que respaldan las conclusiones de este artículo están disponibles en
Conflicto de intereses
Contribuciones de autor:
Diseño, análisis, escritura: Wenzhong Liu. Curaduría de datos, consultar manuscrito: Hualan Li. Todos los autores han
Fondos
Este trabajo fue parcialmente apoyado por la Fundación de Ciencias Naturales para el Proyecto de Introducción al Talento de la
Agradecimientos
No aplica.
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