Aminoacidos y Proteinas PDF

Estructura, Propiedades y
Funciones de los Aminoácidos y

las Proteínas
Tema 2
J. Salgado (UVEG – 2007-08)
Aminoácidos
• Un -aminoácido es
un ácido carboxílico
con un grupo amino
en el carbono
• R --> cadena lateral
• Dos
estereoisómeros
posibles
– Enantiómeros L y D
– Sólo la forma L se
encuentra en
proteínas L-Alanina D-Alanina
2
Aminoácidos neutros no polares
Aminoácidos
Estándar Glicina Alanina Valina Leucina Isoleucina
• Se representa
Fenilalanina Triptófano Metionina Cisteina Prolina
normalmente su
Aminoácidos neutros polares
estado de
protonación a pH 7,0
• Los aminoácidos se
clasifican según las
propiedades de sus Serina Treonina Tirosina Asparagina Glutamina
cadenas laterales (a Aminoácidos ácidos Aminoácidos básicos
pH 7,0)
–¡Atención a los
casos de His, Tyr y
Cys!
Aspartato Glutamato Lisina Arginina 3
Histidina
Aminoácidos Alifáticos No Polares
Cadena lateral
ciclada
(iminoácido).
Implica
Glicina Alanina restricciones
Valina
Gly, G Ala, A conformacionales
Val, V
Leucina Isoleucina Prolina

Metionina
Leu, L Met, M
Ile, I Pro, P
4
Aminoácidos Aromáticos
No polar No polar
(Hidrofóbico) Polar (Hidrofóbico)
Fenilalanina Tirosina Triptófano

Phe, F Tyr, Y Trp, W
5
Aminoácidos Neutros Polares
•Puede
encontrarse
cargado a
pH>8,5
Serina Treonina Cisteina •Grupo -SH (tiol)
Ser, S Thr, T Cys, C es muy reactivo.
Dos moléculas de
Cys se oxidan
Puede formado cistina
encontrarse mediante un
cargado a puente
pH>9 disulfuro -S-S-
Tirosina Asparagina Glutamina

Tyr, Y Asn, N Gln, Q
6
Aminoácidos Básicos con Carga Positiva
Se encuentra
cargado a
pH<6
H+
Lisina Arginina Histidina

Lys, K Arg, R His, H
7
Aminoácidos Ácidos con Carga Negativa
Aspartato Glutamato
Asp, D Glu, E
8
Aminoácidos no Estándar
• Distintos de los 20 estándar o derivados de

éstos
• Realizan funciones biológicas importantes
como mensajeros o precursores
metabólicos
– Neurotransmisores
• -aminobutírico (GABA), derivado de la Gln
• serotonina, derivado del Trp
– Hormonas
• tiroxina, derivado de la tirosina
• ácido indol acético, derivado del triptófano
– Precursores e intermediarios metabólicos

• citrulina
• ornitina
9
Aminoácidos Proteicos Modificados
• Se forman después de la síntesis proteica

• Proporcionan propiedades funcionales
específicas
Importante para la Posibilitan la La fosforilación en

unión de calcio en formación de la residuos con grupos
proteínas de tejidos estructura reticular hidroxilo (Ser, Tyr, Thr)
calcificados y en del colágeno regula la actividad de
algunas proteasas muchas proteínas
-carboxiglutamato 4-hidroxiprolina 5-hidroxilisina o-fosfoserina
10
Propiedades Ácido-Base de los Aminoácidos
• Los aminoácidos son anfóteros
– se comportan a la vez como ácidos y como bases
• A pH 7 Los aminoácidos sin cadena lateral cargada son
zwitteriones
– presentan simultáneamente una carga positiva y una negativa
Carga neta +1 Carga neta 0 Carga neta -1

K1; pK1 K2; pK2
Forma catiónica Forma zwitteriónica Forma aniónica

(neutra)
11
Valores de pKa de Aminoácidos
Cys, pKR< pK2

Tyr, pKR> pK2
-carboxilo -amino carga - en estado
pK1=2-3 pK2=9-11 desprotonado
His
pKR< pK2
Asp y Glu
pKR 4> pK1
Lys y Arg
pKR> pK2
12
Punto Isoeléctrico (pI)
• pI es el valor de pH para
el cual la carga neta del Carga -2 pK2=9.9
aminoácido es 0
– Valor medio de los pKa que
flanquean la estructura Ácido
isoeléctrica glutámico
Carga -1
• Para aminoácidos neutros
es el valor medio de los pKR=4.3
pK1 y pK2
• Para aminoácidos ácidos o
pK1=2.2
básicos depende de cada Carga 0
caso
pI= (2.2+4.3)/2 = 3.22
– Cuando pH= pI disminuye
la solubilidad en agua
Carga +1
Equivalentes de OH-
13
Polimerización de Aminoácidos: El enlace Peptídico
Formación de un Dipéptido
• Los aminoácidos
polimerizan formando
Dos aminoácidos
polipéptidos mediante
enlaces peptídicos
– El enlace peptídico es un
enlace amida formado
por unión del grupo -
carboxilo y el grupo -
amino de dos
aminoácidos
– Los aminoácidos unidos
se llaman residuos de
aminoácido
– Los residuos se nombran Enlace peptídico
con la terminación “il”

comenzando por el
extremo N-terminal
N-terminal C-terminal
14
Propiedades del Enlace Peptídico
• El enlace peptídico es Estructuras de resonancia

rígido y planar del enlace peptídico
– Tiene carácter parcial de —C H —C H
doble enlace (~40%) +
C—N C=N
• Equilibrio de estructuras
resonantes O C — O- C —
• No tiene libertad de giro
– Es más corto que otros
enlace C—N
Equilibrio cis-trans. Sólo en
– Se presenta los enlaces X–Pro aparece la
normalmente en conformación cis en una
conformación “trans” proporción significativa
• Los grupos C=O y N-H
peptídicos son polares —C H —C C —
– Participan en la C—N C—N

formación de puentes de
O C — O H
hidrógeno
15
Péptidos
• Son polímeros de unos pocos aminoácidos

• Ejemplos de algunos péptidos importantes
– Glutatión ( -glutamil-L-cisteinilglicina)
• Agente reductor. Protege a las células de productos
oxidantes derivados del metabolismo del O2
– Vasopresina (hormona antidiurética)
• Interviene en la regulación del equilibrio hídrico
– Oxitocina
• Hormona sexual. Estimula la secreción de la leche y la
contracción muscular uterina durante el parto
– Péptidos opiáceos (leu- y met-encefalinas)

• pentapéptidos que intervienen en el alivio del dolor
16
Proteínas
• Largas cadenas de aminoácidos que se

pliegan con una estructura definida
• Son responsables de la mayoría de las
funciones bioquímicas:
– Catálisis – Transporte
– Estructura – Almacenamiento
– Movimiento – Detoxificación
– Defensa
– Regulación
17
Tipos de Proteínas
• Según su forma
– Fibrilares
– Globulares
• Según su composición
– Simples
– Conjugadas
• Constan de una cadena polipeptídica y un grupo prostético
– apoproteína --> sólo la cadena polipeptídica
– holoproteína --> polipéptido + grupo prostético
• Según sea el grupo prostético:
– glucoproteínas
– lipoproteínas
– metaloproteínas
– hemoproteínas
– fosfoproteínas
18
Estructura de las Proteínas
• Surge del plegamiento de Conformación de la cadena

la cadena polipeptídica polipeptídica
• Depende de su secuencia y
de las características del
disolvente
• Se distinguen cuatro
niveles estructurales: Carbono
– Estructura primaria
• Secuencia de aminoácidos Cadena
– Estructura secundaria lateral
• Plegamiento local Plano
amida-
– Estructura terciaria
peptídico
• Plegamiento global
Carbono
– Estructura cuaternaria
• Organización multimérica de
varias cadenas
19
Estructura Primaria
• Se define por la secuencia de
aminoácidos
– Específica de cada proteína Estructura primaria
de la insulina
• Las proteínas homólogas tienen
secuencias y funciones semejantes
• La comparación de secuencias
permite establecer relaciones
evolutivas
– Mutaciones -->variaciones en la
secuencia
• Los aminoácidos invariables son
importantes para la función
• Las mutaciones conservadoras son
cambios entre aminoácidos
químicamente semejantes
• Algunas mutaciones se relacionan con
enfermedades --> enfermedades
moleculares (patología molecular)
20
Estructura Secundaria
• Patrones repetitivos de Fragmento de cadena

polipeptídica en conformación
conformación local de la extendida: =180o, =180o
cadena polipeptídica
Plano
– Dependen de los valores de los amida
rotámeros y
• Hay un número limitado de
conformaciones posibles debido
a impedimentos estéricos entre
Carbono
los grupos -NH, -CO y R
• La conformación más favorable
depende de la secuencia de Cadena
aminoácidos lateral
– Las conformaciones posibles se

estabilizan por un número

elevado de enlaces de
Plano amida
hidrógeno
21
Conformaciones Prohibidas
El choque estérico (solapamiento de los radios de van der Waals) al
girar los rotámeros y impide gran número de conformaciones. Las
conformaciones posibles se representan en el diagrama de
Ramachandran
Conformación Posible
Choque
de los
grupos
-CO
Choque Choque
de los -NH con
-CO
grupos
-NH =-60o, =180o
Grupos -CO lejos
=0o, =180o =180o, =0o entre ellos y lejos de =0o, =0o
la cadena lateral R
22
Diagrama de Ramachandran
Cadenas
• Distribución de
ángulos y en un
polipéptido de
polialanina
– En blanco, valores
(grados)
prohibidos
Hélice
– En azul, valores
(a izquierdas) posibles.
Hélice • Tipos principales de
(a derechas) estructura secundaria
– hélice
– láminas
(grados)
23
Hélice (3,613)
Vista desde arriba • Conformación helicoidal “a

derechas”
– =-60o, =-40o - -50o
– 3,6 residuos por vuelta
• avance de 5,4 Å por vuelta
– 13 átomos por bucle (hélice
4 3,613)
3 – Casi todos los grupos
peptídicos participan en
2 Residuo “i+4” enlaces de H
1 Residuo “i” Cadenas • Entre residuos i e (i+4)
laterales
hacia afuera • Excepto en los extremos
•3,6 residuos – Las cadenas laterales se
•5,4 Å dirigen hacia fuera
•(1,5 Å por residuo)
• Mínima repulsión
• Posibles interacciones entre
13 átomos por cada bucle
cerrado por un enlace de H ellas
24
Estabilidad de la Hélice
• Contribución principal: enlaces de hidrógeno entre

grupos -CO y -NH peptídicos (cada residuo i con i+4)
– No es posible en los tres primeros residuos de los extremos
•Se estabilizan por enlaces de H con grupos de cadenas laterales
• Interacciones entre cadenas laterales
– Residuo i con i+3 e i+4 (por encima) y con i-3 e i-4 (por
debajo)
•Electrostáticas
–Atractivas (residuos de distinta carga)
–Repulsivas --> desestabilizadoras (muchos residuos de la misma carga)
•Hidrofóbicas
• Algunos residuos desestabilizan la hélice
– Glicina (no tiene R --> otorga demasiada flexibilidad)
– Prolina (restringe el giro de ; no tiene -NH para formar enlace
de H)
– Residuos voluminosos (Trp)
25
Hoja
• Alineamiento de segmentos
polipeptídicos en confor- Peor orientación de
mación extendida (cadenas ) Hoja
enlaces de H (más
débiles)
– -CO y -NH peptídicos forman Paralela
enlaces de H entre cadenas
adyacentes
– Apariencia de lámina plegada
– Cadenas laterales dispuestas
perpendicularmente a ambos
lados de la hoja Hoja
– Frecuentes aminoácidos con Antiparalela
cadena lateral voluminosa
• Según la dirección de las
cadenas
– Paralela
– Antiparalela Enlaces de H mejor
orientados (más fuertes)
26
Esquemas de Hojas
Antiparalela
Paralela
Cadenas
laterales
27
Giros
• Cambian la dirección de
la cadena 180o
– Conectan entre sí cadenas
Glicina
antiparalelas
• Son giros cortos y
cerrados 3
4
3
4
– Implican cuatro residuos
• Cadena lateral pequeña
• Con frecuencia Gly y Pro
– Enlace de H entre i e i+3 2 2
1 1
• Varios tipos Tipo I Tipo II
– Más comunes, Tipos I y II

• Se diferencian en residuos
2 y 3.
28
Estructuras Supersecundarias
• Son combinaciones de elementos de estructura

secundaria que forman patrones definidos.
• También se denominan motivos estructurales y son
la base para la clasificación estructural de las
proteínas
Unidades Meandro Unidad Barril Llave griega
29
Estructura Terciaria
• Estructura tridimensional
global que asume una
proteína al plegarse
– Residuos lejanos en la secuencia
quedan cerca en el espacio
– Estructura compacta que excluye
las moléculas de agua de su
interior
• En el interior se agrupan
residuos hidrofóbicos (efecto
hidrofóbico). Los polares se
exponen al exterior
• La ausencia de agua facilita las
interacciones iónicas y los

enlaces de hidrógeno
– Las proteínas grandes suelen
presentar dominios estructurales
30
Dominios Estructurales
Son unidades estructuralmente independientes que

presentan características y funciones definidas.
Ejemplos:
Hélice E
Ca2+
Hélice F
Mano EF
Configuración
hélice-vuelta- Dedo de Zn
hélice que se une Habitual en
específicamente a proteínas que Cremallera
iones Ca2+ unen DNA de leucinas
31
Mantenimiento de la Estructura Terciaria
Interacciones débiles (no

covalentes)
•Iónicas (puentes salinos)
•Hidrofóbicas
•Enlaces de hidrógeno
•Fuerzas de
van der Waals Puente
salino
Interacciones
hidrofóbicas
Puentes
disulfuro
Interacciones
covalentes
Presentes sólo
en algunos
Enlaces de casos
hidrógeno
32
Proteínas Hidrosolubles y Proteínas de Membrana
Arg Polar
Entorno Asp
Lys
acuoso Glu
Asn
Gln
His
Tyr
Pro Escala de
Ser
Gly hidrofobicidad
membrana Thr
Ala
Trp
Entorno Cys
lipídico Val
Leu
Ile
Met
Phe
Hidrofóbico
33
Estructura Cuaternaria
• Asociación no covalente
de varias cadenas Estructura cuaternaria
de la hemoglobina
polipeptídicas Homo-oligómero de
– Subunidades=monó- cuatro subunidades
meros=protómeros (tetrámero 2x )
– Las subunidades se
organizan de manera
simétrica
– Ventajas de la asociación
• Mayor estabilidad
• Regulación alostérica
– Estabilidad
• Mismo tipo de enlaces que

estructura terciaria
34

Aminoacidos y Proteinas PDF

Caricato da

Informazioni sul documento

Titolo originale

Copyright

Formati disponibili

Condividi questo documento

Condividi o incorpora il documento

Opzioni di condivisione

Hai trovato utile questo documento?

Questo contenuto è inappropriato?

Copyright:

Formati disponibili

Aminoacidos y Proteinas PDF

Caricato da

Copyright:

Formati disponibili

Estructura, Propiedades y

Funciones de los Aminoácidos y

cadenas laterales (a Aminoácidos ácidos Aminoácidos básicos

Leucina Isoleucina Prolina

Fenilalanina Tirosina Triptófano

Tirosina Asparagina Glutamina

Lisina Arginina Histidina

• Distintos de los 20 estándar o derivados de

– Precursores e intermediarios metabólicos

• Se forman después de la síntesis proteica

Importante para la Posibilitan la La fosforilación en

-carboxiglutamato 4-hidroxiprolina 5-hidroxilisina o-fosfoserina

Carga neta +1 Carga neta 0 Carga neta -1

K1; pK1 K2; pK2

Forma catiónica Forma zwitteriónica Forma aniónica

Cys, pKR< pK2

con la terminación “il”

• El enlace peptídico es Estructuras de resonancia

– Participan en la C—N C—N

• Son polímeros de unos pocos aminoácidos

– Péptidos opiáceos (leu- y met-encefalinas)

• Largas cadenas de aminoácidos que se

• Surge del plegamiento de Conformación de la cadena

• Patrones repetitivos de Fragmento de cadena

– Las conformaciones posibles se

estabilizan por un número

Vista desde arriba • Conformación helicoidal “a

• Contribución principal: enlaces de hidrógeno entre

– Más comunes, Tipos I y II

• Son combinaciones de elementos de estructura

Unidades Meandro Unidad Barril Llave griega

interacciones iónicas y los

Son unidades estructuralmente independientes que

Interacciones débiles (no

• Mismo tipo de enlaces que

Potrebbero piacerti anche