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DNA e Sintesi Proteica

19 Marzo
Struttura del DNA

Processo di duplicazione del DNA


La struttura del DNA è tale da garantire la possibilità al DNA di
duplicarsi in maniera scrupolosa e perfetta e far si che si mantenga
integro anche nelle cellule figlie.
Noi siamo originati da un’unica cellula uovo fecondata che in
seguito a varie mitosi ha generato le cellule figlie con lo stesso
DNA.
Esistono cellule prive di nucleo dette anucleate , ad es. i globuli
rossi.
La conservazione del DNA è garantita dalla duplicazione dello
stesso che avviene durante l’interfase nella fase di sintesi (S)
ossia prima della mitosi.

Il modello di duplicazione è detto semiconservativo, vediamo


come avviene tale processo:
i due filamenti sono antiparalleli , uno procede in direzione 3’ 5’
e l’altro in direzione 5’ 3’, questi numeri fanno riferimento al
carbonio del deossiribosio. ( ricorda che il nucleotide del DNA è
formato da deossiribosio che è uno zucchero pentoso; il C 5si
lega al gruppo fosfato ; il C3 si lega un OH … la catena è detta
polinucleotidica).
L’enzima impiegato durante la duplicazione del DNA è detto
DNA polimerasi. (asi è la desinenza di tutti gli enzimi).
Infatti il dna è un polimero ossia formato da più monomeri.

Il Dna si apre in più punti che sono i punti di replicazione , in


modo tale da impiegare meno tempo ( il filamento è molto
lungo mentre il dna umano di duplica in poche ore). (immagine
pag 11).
Nei punti di replicazioni, ossia dove si avvia il processo si forma
una bolla detta bolla di replicazione .
Questa bolla presenta due forcelle di replicazione (una forcella è una Y
che forma i due estremi della bolla).
Dal punto centrale della bolla abbiamo a sinistra una forcella e a destra
un’altra.
La DNA polimerasi presenta 2 problemi: non riesce ad agganciare un
nucleotide all’inizio (allungare un filamento già esistente), scorre solo
in direzione 5’ 3’.
15 Aprile
Il legame tra un nucleotide e l’altra avviene a livello del gruppo fosfato che si aggancia al C 3precedente.
La DNA polimerasi man man che la forcella si apre aggiunge un nucleotide, quindi lungo questo filamento la
DNA polimerasi può lavorare in maniera continua. (sul filamento stampo si forma un filamento continuo).
Dall’altra parte la DNA polimerasi può scorre in direzione contraria all’apertura della forcella, quindi man
mano che si apre se ne deve agganciare un’altra e così via: servono quindi più DNA polimerasi. (si creano
tanti frammenti, detti frammenti di Okazaki).
La DNA polimerasi si aggancia inizialmente su un primer preesistente: un primer è una sequenza di
nucleotidi di RNA. (alla DNA polimerasi non importa basta che ci siano nucleotidi)
A un certo punto la DNA polimerasi sostituisce il primer e aggancia una sequenza di DNA. (innesco per la
replicazione. 
Il primer è posizionato da un enzima detto Primasi .
Vi è inoltre l’elicasi che srotola.

Ad ogni duplicazione i terminali dei cromosomi si perdono, ogni duplicazione comporta l’impossibilità di
duplicare il tratto iniziale e il tratto finale del cromosoma perché quel primer non può essere tolto.
Ad ogni duplicazione il cromosoma si accorcia in quella parte che è detta telomero.
Quindi ad ogni duplicazione il cromosoma perde delle informazione, questo non è grave perché di fatto le
porzioni terminali (Telomeri) sono formati da sequenze altamente ripetitive.
Ecco che subentra l’invecchiamento cellulare e la morte della cellula, quando dopo un certo numero di
duplicazioni programmato alcune informazioni vengono perse.
Le cellule tumorali non invecchiano perché sfuggono a questi meccanismi di controllo, e di riproducono
all’impazzata formando la massa tumorale utilizzando le energie dell’organismo.
Non solo poi partono da questo tessuto delle cellule dette metastasi attraverso il sangue di diffonde in tutto
il corpo.
Infatti possiedono un enzima la telomerasi che ripristina i telomeri. (diventano potenzialmente immortali)
La radioterapia e la chemioterapia distruggono le cellule a rapida crescita senza distinzione (ecco perché si
perdono i capelli e problemi alla mucosa gastrica).

Gli errori della DNA polimerasi vengono risolti da degli enzimi riparatori , la fase di riparazione successiva
alla duplicazione è detta restauro del DNA.
Ci deve essere un equilibrio tra errore e riparazione per garantire la variabilità.
SINTESI PROTEICA
Il genotipo è l’informazione contenuta nei geni mentre il fenotipo è ciò che si manifesta.
Dobbiamo capire come l’informazione genotipica possa trasformarsi nell’espressione del carattere.
I geni inoltre sono contenuti all’interno del nucleo della cellula mentre i caratteri che si manifestano
fenotipicamente è legato alle proteine di un individuo.
Fenilchetonuria è una patologia genetica che rende gli individui incapaci di metabolizzare la fenilalanina, un
amminoacido, non possono assumere tale amminoacido altrimenti si accumulerebbe determinando
gravissimi ritardi mentali. (soprattutto bevande ne contengono) .
Questo medico capì che era un proteina che correlava genotipo al fenotipo.
Il gene riesce a mostrarsi in quanto è il responsabile della sintesi di una particolare proteina. (le proteine
hanno più funzioni enzimatica, regolatrice, di trasporto…).
Tuttavia ci sono proteine come l’emoglobina che è formata da ben 4 catene polipeptidiche (proteina
coniugata a struttura quaternaria).
DOGMA:
Si è capito che ogni gene sintetizza una singola catena polipeptidica. Quindi l’emoglobina è sintetizzata da 2
geni (perché le catene sono a due e due uguali).
RICORDARE NOMI E ANNI SCIENZIATI!!!
La sintesi proteica avviene nei ribosomi che si trovano nel citoplasma.
Ma come si fa se il DNA si trova nel nucleo?
A trasportare le informazioni dal nucleo al citoplasma è l’RNA messaggero perché è simile strutturalmente
al dna e può trasferire il messaggio più meno uguale.
Quindi la sintesi proteica avviene in due momenti: il primo è detto di trascrizione e consiste nel trascrivere,
copiare il messaggio dal DNA al RNA dopo di che l’RNA arriva nel ribosoma dove in realtà avviene la vera e
propria traduzione.
Si cambia lingua perché il linguaggio nucleotidico degli acidi nucleici deve essere trasformato nel linguaggio
delle proteine ossia in amminoacidi.
I nucleotidi sono 4, quindi le lettere del linguaggio nucleotidico sono 4 invece nel linguaggio delle proteine
esistono 20 amminoacidi. Che corrispondenza ci sarà?
Se prendiamo a due a due i nucleotidi diventano 16 possibilità, a 3 a3 abbiamo ben 64 combinazioni che
coprono i 20 amminoacidi, anzi sono in esubero.
I tre nucleotidi son detti triplette o codoni.

Le 64 combinazioni sono dette codice genetico che è stato completamente decodificato: si è capito ad ogni
tripletta quale amminoacido corrisponde attraverso un metodo sperimentale. (phe è la fenilalanina)
Spesso più triplette codificano lo stesso gene.
22 Aprile
La tripletta la vediamo come tripletta di RNA ecco perché troviamo U invece di T.
Ci sono 3 triplette dette stop che sono UAA, UAG, UGA .
Separano un amminoacido dal successivo.
Il codice genetico ha due caratteristiche: è ridondante ossia più triplette codificano la stessa cosa, sembra
dispregiativo in realtà ciò è essenziale.
Nelle triplette ripetitive hanno di diverso una sola lettera questo significa che nel caso in cui ci fosse un
errore (base azotata sostituita) non ci sarebbero problemi.
L’altra caratteristica è che il Codice è universale ossia è valido per tutti gli esseri viventi.
(tutti leggono lo stesso DNA). Da ciò è partita tutta l’ingegneria genetica.
Inoltre ci sono i virus che non hanno cellule perciò non considerati esseri viventi. (sono oggetti biologici)
Tuttavia possiedono un filamento di DNA e uno di RNA dentro un involucro proteico.
Fanno grossi danni perché sfruttano l’universalità del codice: inseriscono nelle nostre cellule il loro DNA e
noi lo leggiamo e lavoriamo per il virus riproducendolo. (sfrutta il metabolismo degli esseri viventi).
La tripletta AUG rappresenta l’inizio.

La prima fase ossia quella di trascrizione è quel momento in cui il DNA all’interno del nucleo trascrive il suo
messaggio su un filamento di RNA.
Questa fase è garantita da un enzima detta RNS Polimerasi. ( il processo è analogo a quello della
duplicazione del DNA).
Il filamento di RNA è un filamento singolo quindi uno solo dei due filamenti diventerà filamento stampo,
l’altro invece è un filamento che non verrà utilizzato.
Il procedimento stampo procederà in direzione 3’ 5’ perché anche l’RNA polimerasi scorre solo in
qdirezione 5’3’.
L’ RNA polimerasi si posiziona su una sequenza chiamata promotore che indica l’inizio della trascrizione fino
ad una sequenza stop. (PAG 17)
La trascrizione di divide quindi in tre fasi: inizio, allungamento e terminazione. Si ottiene un trascritto
primario.
1. Questa fase è uguale sia nei procarioti che negli eucarioti.
2. Sebbene negli eucarioti l’RNA prima di uscire viene rimaneggiato, viene aggiunto il cappuccio e la coda.
Il cappuccio e la coda hanno funzione di salvaguardare il filamento integro.
Non avviene nei procarioti perché in questo caso la trascrizione e la traduzione avvengono più o meno
simultaneamente in quanto perché non c’è un nucleo: il DNA è nel citoplasma
3. Inoltre il trascritto primario negli eucarioti va incontro ad un altro processo detto maturazione o
splicing.
Che cos’è lo splicing?
Il filamento di m-RNA che è stato trascritto è costituito da più segmenti che vengono chiamati introni ed
esoni .
Gli introni sono quei segmenti che verranno eliminati dal trascritto primario e rimarranno nel nucleo.
Gli esoni invece verranno assemblati e questo rappresenterà l’m-RNA maturo, esce dal nucleo entra nel
ribosoma ed è pronto alla traduzione.
Gli introni vengono riciclati successivamente.
Che funzione ha tutto questo?
Lo splicing non avviene sempre nella stessa modalità (cioè il DOGMA non è sempre vero), un introne può
diventare in una successiva trascrizione un esone.
Quindi dallo stesso gene io posso ottenere trascritti diversi che determinano catene polipeptidiche diverse.
Significa che questa possibilità di modulare la lettura del DNA che con una piccola quantità di materiale
genetico abbiamo la possibilità di produrre proteine diverse .
in realtà quindi un gene può determinare più catene polipeptidiche.
29 Aprile
TRADUZIONE
I ribosomi sono organuli cellulari addetti alla sintesi proteica. (è l’unico organulo presente dei procarioti)
Tuttavia i ribosomi dei procarioti sono diversi da quegli degli eucarioti perché sono più piccoli.
Infatti ci sono degli antibiotici che agiscono proprio sulla misura dei ribosomi dei procarioti.
I ribosomi sono costituiti da RNA e proteine o presentano due subunità una maggiore e una minore che si
assemblano al momento al momento della sintesi proteica.
Per spiegare la traduzione dobbiamo parlare anche del T RNA o l’RNA di trasporto che è il vero e proprio
traduttore, dizionario.
Come è fatto? Per ogni nucleotide esiste un solo
È un filamento di RNA che tende a ripiegarsi su se stesso e in alcuni punti nucleotide complementare, ovvero
che può formare un legame idrogeno
le basi azotate complementari si uniscono.
con il
Presenta inoltre un anticodone che è costituito da una tripletta:
primo: adenina e timina (DNA) / uracil
l’anticodone è il complementare di un codone. (alla tripletta AAG e (RNA) sono complementari tra loro,
corrisponde UUC). così comeguanina e citosina.
Ad es. L’UUC corrisponde alla fenilalanina , questo trna con il suo
anticodone sarà in grado di legare dalla parte opposta rispetto all’anticodone l’amminoacido fenilalanina.
Gli T RNA sono liberi nel citoplasma e saranno tanti quanti sono i codoni. (abbiamo 64 codoni, 61
corrispondono agli amminoacidi, quindi sono 61 t rna).In questo passaggio è implicito un enzima detto trna
amminoacil sintetasi ( sono 20 per organismo , una per amminoacido).
Questo enzima lega in maniera specifica l’amminoacido al suo T RNA.

Nel frattempo la traduzione avviene per tre fasi, le stesse della duplicazione del DNA: inizio, allungamento
e terminazione.
 Nella fase di inizio M RNA si posiziona sulla Subunità minore del ribosoma, inoltre si posizionerà sul
ribosoma in posizione più o meno centrale la tripletta AUG (metionina : inizio).
Ora arriva il TRNA con l’anticodone UAC (corrispondente di AUG) che porta su l’amminoacido metionina, si
aggancia al filamento di MRNA
 Dopo di ciò si posiziona sopra la subunità maggiore del ribosoma che assembla il tutto e mantiene
stabile il sistema. Nella subunità maggiore è costituita da 3 camere detti siti, sito A, P ed E.
P da peptidico perché è li che si forma la catena peptidica, A da amminico perché è li che entreranno ad
uno ad uno gli amminoacidi ed E da Exit, uscita.
Questa è una catena di montaggio!
La metionina esce, l’amminoacido successivo passa nel sito P e il sito A accoglie un altro amminoacido, si
lega.
 Terminerà la catena quando arriverà un codone che rappresenta lo stop.
In realtà si parla di poliribosoma perché affinché aumenti la velocità di proteine prodotte l’unico filamente
si posizione in più ribosomi. Si parla di processo poliribosomiale.
30 Aprile
Esistono mutazioni genomiche, cromosomiche e geniche.
Quelle genomiche interessano l’intero genoma, ossia vanno a variare la ploidia (3n, ecc).
La poliploidia è molto sfruttata in agricoltura (ad es. il grano è esaploide)
Gli ibridi nelle piante è fertile al contrario degli animali.
Le mutazioni cromosomiche come la trisomia 21, il Morbo di Down ossia quando una coppia di cromosomi
è alterata e non tutto il corredo.
Le mutazioni geniche riguardano un singolo gene nel momento in cui il gene ( una sequenza di DNA nel
cromosoma) responsabile di una catena polipeptidica ( o anche più negli eucarioti): si ha quando una base
azotata, viene alterata o slitta in avanti.
Un es. è l’anemia falciforme (pleiotropia) a carico di un singolo gene, addirittura di una sola base azotata
Adenina rimpiazza una Timina (valina al posto dell’acido glutammico ) che diventa A al posto della U.

Tuttavia il più delle volte grazie alla ridondanza del codice la sostituzione non provoca nulla e in questo caso
la mutazione viene definita silente.
Quindi vi è una mutazione geniche a causa di una sostituzione, le mutazioni si definiscono:
 Silente
 Missenso – cambia il senso come nel caso dell’anemia falciforme
 Nonsenso - si trasforma in una tripletta stop
Quando la mutazione è per inserzione tutto slitta in avanti, si ha un framehsift.