Alineadores de secuencias:

MUSCLE & ClustalW

Luis Guillermo González Correa.
Bioinformática. Ingeniería Bioquímica, Facultad de Ingeniería, Departamento de Química,
Universidad de Antioquia, Sede de estudios ecológicos y agroambientales.
Microorganismos
• Halomonas boliviensis.
• Moniliophthora roreri.
• Pseudomona aeruginosa.
• Fusarium oxysporum.
• Aspergillus tubingensis.
• Xylella fastidiosa.

2
Proteínas
• Citrato sintasa.
• Fosfofructoquinasa.
• Succinato deshidrogenasa.
• ATP sintasa (subunidad alfa).
• Quinona.
• Citocromo bd.

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MUSCLE (MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation)
Implementación:
1. Borrador progresivo
2. Mejora progresiva
3. Refinamiento

Imagen extraída de: “MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time
and space complexity”

4
MUSCLE
Construcción de arboles: UPGMA (unweighted pair group method with
arithmetic mean)

Donde d_avg es la distancia promedio entre dos ramas de un

árbol.

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6
MUSCLE
Penalizaciones por gaps:

w = 5, H = 1.2, H: Parámetro ajustable.

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MUSCLE

Donde D es la identidad fraccional y F es la frecuencia de kmer.

8
MUSCLE

e-strings.
M: match, D: delete
,I: insert.

9
MUSCLE

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ClustalW

Ecuaciones extraídas de “CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting,
position-specific gap penalties and weight matrix choice”
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MUSCLE

Tabla 1: Complejidad de operación de MUSCLE. Fuente: “MUSCLE: a multiple sequence alignment method
with reduced time and space complexity”

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ClustalW

Tabla 2: Complejidad de operación de ClustalW. Fuente: “MUSCLE: a multiple sequence alignment method
with reduced time and space complexity”

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Citrato sintasa.
MUSCLE/ClustalW

15
MUSCLE/ClustalW

16
 Succinato
deshidrogenasa.
MUSCLE/ClustalW

18
MUSCLE/ClustalW

19
ATP sintasa.
MUSCLE/ClustalW

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MUSCLE/ClustalW

22
Fosfofructoquinasa.
MUSCLE/ClustalW

24
MUSCLE/ClustalW

25
Quinona.
MUSCLE/ClustalW

27
MUSCLE/ClustalW

28
Citocromo.
MUSCLE/ClustalW

30
MUSCLE/ClustalW

31
 ¡GRACIAS!

Puto el que lo lea

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