Tema . La transcripción.

- Transcripción c Durante la transcripción, un sistema enzimático convierte la

información genética de un segmento de ADN de doble cadena en una cadena de
ARN con una secuencia de bases complementaria a la de una de las cadenas del
ADN.
- Proceso que se puede regular. Esta regulación gobierna las capacidades
metabólicas de una célula.
- Diferencia importante en el proceso:
o Replicación Þ copia del cromosoma completo.
o Transcripción Þ selectiva. Se transcribe un solo gen o un grupo de genes.
- Semejanzas con la replicación:
o Dirección de síntesis. Crecimiento dirigido por un molde de las cadenas
de ácido nucleico en la dirección 5’ ® 3’.
o Mecanismo químico.
o Utilización de un molde.
o Uso de nucleósidos trifosfato (ribonucleósidos trifosfato).
- Diferencias:
o No necesita cebador.
o Sólo una de las dos cadenas de ADN actúa de molde, la que está en
dirección 3’5’ (con pocas excepciones sólo se transcribe una cadena de
ADN molde).
o Sólo una pequeña fracción del material genético global de un organismo
se ejecuta en una célula.
o La regulación de la transcripción gobierna las capacidades metabólicas
de una célula.
- El ARN es sintetizado por ARN polimerasas:
o En 1959 se aisló una enzima a partir de extractos bacterianos ARN
polimerasa dirigida por ADN.
o La ARN polimerasa requiere, además de un molde de ADN, los 4
ribonucleósidos 5’-trifosfato (CTP, GTP, ATP, UTP), que son los
sustratos, como precursores de las unidades nucleotídicas del ARN y
también Mg2+ (necesita catión Mg2+ como cofactor).
o La ARN polimerasa alarga una cadena de ARN añadiendo
ribonucleótidos al extremo 3’-OH de la cadena que sintetiza (ARN),
sintetizando en dirección 5’ " 3’ y copia en la dirección 3’ " 5’.
o Sigue las reglas de apareamiento de bases de Watson y Crick.
o Reacción similar a la de la DNA polimerasa. También se libera
pirofosfato. La reacción global es:
(NMP)n + NTP g (NMP)n+1 + PPi
ARN ARN alargado
 o La ARN polimerasa requiere un molde de ADN (más activa con un
molde de ADN bicatenario).
o La ARN polimerasa no requiere un cebador para iniciar la síntesis.
o La ARN polimerasa carece de actividad exonucleasa 3’ ® 5’.

- El inicio de la transcripción se inicia cuando la ARN polimerasa se une a unas

secuencias específicas  los promotores, las cuales dirigen la trascripción de

segmentos adyacentes de ADN (genes).

- Para sintetizar una hebra de ARN complementaria de una de las dos hebras del
ADN en una doble hélice, el ADN se desenrolla temporalmente:
o En todo momento están desenrollados unos 17 pares de bases.
o La ARN polimerasa y la burbuja de transcripción unida se desplazan, tal
como se muestra, de izquierda a derecha, a lo largo del ADN, lo que
facilita la síntesis del ARN.
o El ADN se desenrolla por delante y se vuelve a enrollar por detrás a
medida que se transcribe el ARN.
o A medida que el ADN se vuelve a enrollar, se desplaza el híbrido ARN-
ADN y se expulsa la hebra de ARN.
o La ARN polimerasa está en íntimo contacto con el ADN por delante de
la burbuja de transcripción, así como con las cadenas de ADN separadas
y el ARN dentro e inmediatamente por detrás de la burbuja.
o Un canal de la proteína encauza nuevos nucleósidos trifosfato (NTP)
hacia el sitio activo de la polimerasa.
o La huella de la polimerasa abarca unos 35 pares de bases de ADN
durante la elongación.
- La secuencia codificante de un gen particular puede estar situada en cualquiera
de las dos hebras de un determinado cromosoma.

- En procariotas hay una sola RNA polimerasa que sintetiza todos los tipos de
ARN c Holoenzima de la ARN polimerasa.

- Morfología de la ARN polimerasa:

o Contiene 5 subunidades núcleo (a2bb’w) y una sexta subunidad, s o
factor s.
o El factor s dirige a la enzima hacia sitios específicos de inicio. Al
comenzar la síntesis, esta subunidad se separa y el núcleo se encarga de
la polimerización.
o Carece de actividad exonucleasa 3’"5’ c se producen muchas copias de
RNA.
- Transcripción en procariotas:
o La transcripción se inicia en los centros
promotores del ADN.
o La ARN polimerasa se une a estas secuencias
promotoras mediante la formación de
puentes de hidrógeno transitorios. Las
secuencias no son idénticas en todos los
promotores bacterianos, pero ciertos
nucleótidos se encuentran con mucha más
frecuencia que otros en cada posición, y
forman las secuencias consenso.
o La enzima detecta las secuencias promotoras
sin desenrollar la doble hélice. Se desliza por
el DNA buscando el promotor.
o En procariotas c Dos secuencias cortas
características: ~ a 10 pb y ~ a 35 pb del
punto de inicio de la síntesis. Estas
secuencias tienen una gran proporción de
bases A=T.

o Cuando la ARN polimerasa se une a la secuencia promotora, todavía no

se desenrolla la doble hélice, porqué esta secuencia es anterior a la que se
va a sintetizar. En punto inicial de la transcripción es +1. La subunidad σ
es la que reconoce la secuencia consenso. En E. coli hay varios factores
s:
- El estándar es s70.
- Cuando la temperatura sube bruscamente c proteínas de choque
térmico C s32.

 Etapas de la transcripción:

1. Inicio.
a. La ARN polimerasa sintetiza “de novo” (desde cero).
b. La ARN polimerasa se une al ADN de doble cadena y empieza a
deslizarse hasta encontrar la región -35, formándose un complejo
cerrado.
c. Se desenrolla el ADN unas 17 pb, empezando en la región -10, y
deja la hebra molde al descubierto con el sitio de inicio.
d. La ARN polimerasa se une fuertemente a esta zona c “complejo
abierto”.
e. Comienza la síntesis de RNA.
f. Empieza por un nucleósido trifosfato de una purina (pppA o pppG).
El grupo 5’-trifosfato del primer residuo de una cadena de nueva
síntesis no es cortado para liberar PPi, sino que se mantiene intacto
durante toda la transcripción.
g. La subunidad s se disocia y el núcleo continúa la síntesis.
 h. Hay proteínas que se unen alrededor del
promotor y activan o inhiben la
transcripción.
i. La regulación de los niveles de
proteínas se dirige al inicio de la
transcripción (procariotas y eucariotas).
j. La fase de inicio comprende el inicio de la transcripción y el
desalojo del promotor. Una vez sintetizados los primeros 8 o 9
nucleótidos de una nuevo ARN, la subunidad σ es liberada y la
polimerasa abandona el promotor para elongar el ARN.

2. Elongación:
a. Comienza después de la formación del primer enlace fosfodiéster.
b. Lee el molde de 3’ a 5’ y sintetiza del 5’ a 3’.

3. Terminación:
a. La ARN polimerasa encuentra una secuencia que provoca su
disociación.
b. En E. coli hay, al menos, dos señales de terminación:
 Terminación independiente de r (rho).
- Hay una región, cuyo trascrito de ARN tiene secuencias
anticomplementarias, que permiten la formación de una
estructura en horquilla (intracatenarios).
- La horquilla se encuentra a unas 15-20 residuos antes de que
termine el ARN.
- Hay una serie muy conservada de tres residuos de A en la hebra
molde que se transcriben a residuos de U cerca del extremo 3’
de la horquilla.
- La horquilla disocia varios pares de bases A=U en el híbrido
ARN-ADN y provoca que la ARN polimerasa interrumpa su
avance en el sitio de terminación.
- La región A=U (el dúplex híbrido) se llama oligorribo-U-
oligodesoxi-A y este, es inestable c se disocia fácilmente.
- El nuevo ARN se disocia de la enzima y la burbuja desaparece
porque se forma de nuevo la doble hélice.
- El núcleo de la holoenzima (sin s) tiene menos afinidad por el
ADN doble que por el monohebra c se libera del ADN.
- Se vuelve a unir el factor s a la holoenzima.
 Terminación dependiente de r.
- No aparece la secuencia de adenilatos en el DNA molde.
- La ARN polimerasa se libera si está presente la proteína r.
- La proteína r cataliza la hidrólisis de ATP en presencia de
ARN monohebra, pero no como dúplex.
- r es una proteína con 6 subunidades. Se une al ARN en lugares
específicos (fragmento de 72 nucleótidos) y migra en dirección
5’3’ hasta encontrar el complejo de transcripción,
deteniéndose en el lugar de terminación. Una vez allí,
contribuye a facilitar la liberación del transcrito de ARN. La
proteína ρ posee actividad ARN-ADN helicasa dependiente de
ATP.
- La actividad ATPasa de r le permite moverse a lo largo del
RNA naciente hacia la burbuja de transcripción, hasta que se
encuentra con la RNA polimerasa.
- El ATP es hidrolizado por la proteína ρ tras el proceso de
terminación.
û Las señales activas de terminación se consideran en el RNA
sintetizado y no en el DNA molde.
- Inhibición de la transcripción  La ARN polimerasa dependiente de ADN es
inhibida selectivamente:
o Rifamicina B y rifampicina. Procariotas. Se unen a la ARN polimerasa
e impiden su desalojo del promotor.
o Cordicepina. Procariotas. Inhibe la elongación.
o Actinomicina D. Procariotas y eucariotas. Inhibe la elongación.
o a-Amanitina es una toxina que bloquea la ARN polimerasa II
eucariótica. A [ ] alta, también la ARN polimerasa III. No afecta a la
ARN polimerasa I ni a la bacteriana.

- En eucariotas la transcripción y la traducción están separadas en el espacio y en

el tiempo. Los eucariotas procesan de forma exhaustiva el ARN naciente
destinado a convertirse en ARNm.
- En procariotas, la síntesis de proteínas comienza incluso antes de sintetizarse
completamente el ARNm porqué no necesita maduración.
T
- Transcripción en eucariotas:
- ARN polimerasas en eucariotas  Hay tres tipos:
o ARN polimerasa I. Nucleolo. Transcribe RNA prerribosómico 45S
(contiene los rRNA 18S, 5.8S y 28S). Sus promotores varían mucho de
una especie a otra.
o ARN pol II. Nucleoplasma. Sintetiza los mRNAs. Reconocen multitud
de promotores.
o ARN pol III. Nucleoplasma. Sintetiza los tRNAs y el RNA ribosómico
5S.

- Promotores de la RNA pol II:

o Compartimento TATA (caja TATA) c hacia el residuo -25.
o Caja GC c hacia el residuo -40.
o Caja CCAAT c en la posición -110.

- Inicio de la transcripción en eucariotas:

o Antes de que la ARN polimerasa pueda comenzar a transcribir un gen,
los factores de transcripción deben ensamblarse en un complejo.
o El proceso comienza cuando el TFIID de une a una secuencia TATA.
o El TFIID, se une al ADN dúplex en la secuencia TATA y lo desenrolla.
o A continuación se une el TFIIB y, posteriormente, el TFIIE, el TFIIH y
el TFIIJ. El TFIIF se une directamente a la ARN polimerasa II. Debido a
las reacciones de fosforilación que cataliza el TFIIH, la ARN polimerasa
II se activa y comienza la transcripción.

- Maduración del ADN.

 o Transcrito primario: Un transcrito primario de ARNm eucariótico
contiene secuencias que abarcan un gen, pero las secuencias que
codifican el polipéptido no son contiguas.
o Proceso de corte y empalme (splicing).
o También hay otros cambios que indican modificaciones post-
transcripcionales.
o ARNm eucarióticos y ARNt procariotas y eucariotas F maduración.
o Las moléculas que catalizan gran parte de estas reacciones no son
enzimas sino riboenzimas.

o
- Proceso de corte y empalme (splicing)  eliminación de intrones.
o Los intrones los encontramos es eucariotas, arqueas y algunos virus
bacterianos. Los genes que codifican nuestras histonas no tienen
intrones.
o En ARNm eucarióticos:
- Los exones tienen menos de 1000 nucleótidos de longitud, la
mayoría entre 100 – 200.
- Los intrones son de tamaño mayor (entre 50 – 20000 nucleótidos).
o Los intrones tienen motivos estructurales comunes:
 - - Empieza por
el nucleótido GU.
- Termina por AG.
- El centro de ramificación.
o Mecanismo del proceso splicing:
- Ruptura del enlace fosfodiéster entre el exón 1 y el extremo 5’ del
intrón. Se forma un enlace 2’, 5’-fosfodiéster.
- Se genera una rama y un lazo intermediario.
- El extremo 3’-OH del exón 1 ataca el enlace fosfodiéster situado
entre el intrón y el exón 2.
- Los exones 1 y 2 se unen y el intrón se elimina en forma de lazo.

Intrones del grupo I Intrones del grupo II

 Núcleo y citoplasma contienen pequeñas moléculas de ARN (< 300

nucleótidos) c ARNs nucleares pequeños, snARNs F U1, U2, U4, U5 y U6
son indispensables en la maduración de los precursores de ARNm. Se asocian
con proteínas formando complejos c partículas de ribonucleoproteína
nuclear pequeñas, snRNPs.

- ESPLICEOSOMAS c complejos proteicos grandes y dinámicos grandes que

constan de snRNPs, factores de empalme (“splicing factors”) y los precursores
de mRNAs. Ayudan a eliminar intrones. Mecanismo:
o Reconocimiento del centro de empalme 5’ por la snRNP U1.
o La ARN U1 contiene una secuencia muy conservada y complementaria a
la secuencia del centro de empalme 5’ del pre-ARNm.
 o o snRNP U2 se une
al centro de ramificación del intrón
mediante apareamiento de bases
conservadas. Se necesita la hidrólisis
del ATP.
o Se forma el complejo U4-U5-U6 y
luego se une al complejo U1-U2 y al
pre-mRNA, formando el espliceosoma
completo. También se necesita la hidrólisis de ATP.
o snARN U2 y U6 forman el centro catalítico del espliceosoma.

- Autosplicing.
o Maduración catalizada por moléculas de ARN, las proteínas tienen papel
secundario.
o Las funciones del ARN se estudiaron inicialmente con Tetrahymena
(protozoo ciliado).
o Se elimina un intrón de 414 nucleótidos de un precursor de 6.4 Kb que
da lugar al ARNr 26S.
o El propio ARN se cortaba y empalmaba a sí mismo, en ausencia de
proteína y con elevada actividad catalítica. Un cofactor/nucleótido de
guanosina era el punto de corte y enlace para la eliminación de los
intrones.
o Las reacciones de corte y empalme se clasifican según la naturaleza de la
unidad atacante al centro de empalme 5’:
û Grupo I c cofactor de guanosina.
- Algunos genes nucleares (la mayoría no).
- Genes mitocondriales y genes del cloroplastos que codifican
ARNm, ARNt y ARNr.
- Algunos ejemplos raros de intrones bacterianos.
û Grupo II c 2’-OH de un adenilato específico del intrón (con un
adenilato que se encuentra dentro de la secuencia del intrón).
- ARNm de mitocondrias y cloroplastos.
- Algunos ejemplos raros de intrones bacterianos.
- Modificaciones adicionales del ARNm eucariótico.
o En el extremo 5’, se añade una “caperuza” o “casquete” 5’ que es un
residuo de 7-metilguanosina unido al extremo 5’ terminal del mRNA
mediante un enlace 5’-5’-trifosfato.
o El casquete 5’ protege al ARNm de las ribonucleasas.
o Se une al transcrito en crecimiento antes de que la longitud supere los 20
nucleótidos c Define el inicio de la traducción eucariótica.
o En el extremo 3’, tienen una “cola” de 20 a 250 adenilatos c cola de poli
(A).
o Endonucleasa reconoce AAUAAA y corta transcritos primarios a ~ 20-
30 nucleótidos hacia 3’ después de la secuencia.
o El corte no se produce si se suprime la secuencia.
o El corte genera un extremo 3’-OH libre, con lo que el ARNm actúa de
cebador, donde se unen los residuos de adenilato (cedidos por ATPs).
- Maduración de los ARNt Y los ARNr.
o Los ARNr procarióticos y eucarióticos se forman a partir de precursores
más largos c ARN prerribosómicos (pre-ARN).
o Bacterias: Precursor 30S (~6500 nucleótidos) F ARNr 16S, 23S y 5S.
o Eucariotas: RNA prerribosómico 45S en el nucleolo F ARNr 18S, 28S y
5,8S.

Replicación
Transcripción Traducción
DNA RNA Proteínas
o Los ARNt maduros c eliminación enzimática de residuos extra en los
extremosTranscripción
5’ y 3’, con la actuación de la RNasa P y la RNasa D.
inversa
o El trinucleótido 3’-terminal CCA(3’) c añadido por la tRNA
Replicación RNA
nucleotidiltransferasa.
o La etapa final de la maduración consiste en la modificación de algunas
bases por metilación, desaminación y reducción.
ARN polimerasa dependiente de ARN: ARN replicasa:

Enzima con cuatro subunidades: gen de la replicasa codificado en el ARN vírico y tres
proteínas del huésped: factores de elongación Tu y Ts y la proteína S1.
 Síntesis en dirección 5’® 3’.
 Mismo mecanismo químico que otras síntesis de ácidos nucleicos con molde.
 No funciona con ADN como molde.
 No posee actividad endonucleasa correctora de pruebas.
 Frecuencia de error similar a ARN polimerasa.
 Específica del ARN del propio virus. No replica el ARN de la célula huésped.

Tema . El código genético.

- El código genético es la relación entre la secuencia de bases del DNA (o de su

RNA transcrito) y la secuencia de aminoácidos en las proteínas.
- El código de cuatro letras del ADN (A,T,G y C) es grupos de dos sólo puede dar
42 = 16 combinaciones diferentes, que no son suficientes para codificar los 20
aminoácidos. No obstante, cuatro bases en grupos de tres pueden producir 43 =
64 combinaciones diferentes. De los 64, 61 tripletes especifican un aminoácido y
3 tripletes una secuencia de stop (UAA, UAG, UGA). Por esto decimos que el
código genético está degenerado, porqué varios aminoácidos son especificados
por más de un codón (para metionina y para triptófano, el código genético no
está degenerado, porqué para estos aminoácidos solo hay un triplete). El termino
degenerado no significa imperfecto, puesto que cada con especifica un único
 aminoácido. Los codones que especifican para el mismo aminoácido se
denominan
sinónimos (se
diferencian en la
última base del
codón).
- Si el código no
estuviese
degenerado,
cualquier
mutación pararía
la síntesis.
- El codón de
inicio AUG, es la
señal más común
del principio de
las cadenas
polipeptídicas en
todas las células además de codificar residuos de Met en posiciones internas de
los polipeptídios.
- El código genético no es ambiguo, ningún codón expresa más de un aminoácido.
- Un codón es un triplete de nucleótidos que codifica un aminoácido específico.
La traducción tiene lugar de manera que los tripletes son leídos sucesivamente y
sin solapamiento. Un primer codón específico dentro de la secuencia determina
el marco de lectura, en el cual un nuevo codón empieza cada tres nucleótidos. La
secuencia de aminoácidos de una proteína está definida por una secuencia lineal
de tripletes contiguos.
- El código no tiene puntuación.
- El código genético es “casi” universal c hay pequeñas variaciones en
mitocondrias humanas y de levaduras; y en protozoos ciliados.

- Severo Ochoa y Grunberg-Mango (1955) c la polinucleótido fosforilasa.

o No necesita molde.
o Usa ribonucleósidos 5’-difosfatos como sustratos (no trifosfatos o
dNDPs).
o Sintetiza un polinucleótido de secuencia aleatoria.
o n NDP D (NMP)n + n Pi
o El polímero contiene enlaces 3’,5’-fosfodiéster normales.
 o Participa en degradación de ARNm bacterianos para formar nucleósidos
difosfato.
o Aparente ausencia de la enzima en células eucarióticas.
o Los polímeros de ARN sintéticos sirvieron para deducir el código
genético de los aminoácidos.

- ARNt (ARN de transferencia):

o Molécula adaptadora que reconoce tanto al codón del ARNm como a la
enzima que añade el aminoácido correcto en la traducción.
o Características estructurales comunes:
û Un modelo de hoja de trebol, con ~ el 50% de bases apareadas.
û

Cadenas sencillas con <100 ribonucleótidos.

û Muchas bases poco comunes c derivados metilados de A, G, U, C
(modificación enzimática de un ARNt precursor).
û Las metilaciones impiden apareamientos de Watson y Crick, pero se
forman interacciones hidrofóbicas.
û Extremo 5’ fosforilado, suele ser pG.
û Extremo 3’ de los ARNt maduros es CCA. El aminoácido activado se
une al hidroxilo 3’ de la adenosina terminal.
û 5 grupos de bases no están apareadas:
- Región terminal 3’-CCA (brazo del aminoácido).
- Brazo TYC (ribotimidina, pseudouridina, citidina).
- “Brazo extra”, variable en residuos y en tamaño. No está presente
en todos los organismos.
- Brazo DHU (brazo D), residuos de dihidrouracilo.
- Brazo del anticodón.
û El brazo del anticodón consta de 7 bases.
- La estructura terciaria del tRNA tiene forma de L
o de boomerang:
û Dos segmentos de doble hélice perpendiculares entre sí.
û Las regiones no helicoidales forman puentes de hidrógeno poco
comunes (G-G, A-C…).
û El extremo 3’-CCA en uno de los extremos de la L. En el otro, el brazo
del anticodón. Los brazos DHU y TYC, el ángulo de la L.

- Aminoacil ARNt-sintetasas.

o 1ª fase de la síntesis de proteínas: Las aminoacil-ARNt sintetasas unen

los aminoácidos correctos a sus ARNt.
- Esterificación de los 20 aminoácidos con sus ARNt por medio de
las aminoacil-tRNA sintetasas.
- Cada una de ellas es específica para un aminoácido y uno o más
ARNt correspondientes.
- Ocurre en el citosol.
- Hay una aminoacil-tRNA sintetasa para cada aminoácido. En el
caso de aminoácidos a los que correspondan dos o más ARNt, la
misma enzima aminoacila todos ellos.
- Se les conoce también como enzimas de activación.
- Las aminoacil-ARNt sintetasas son muy selectivas en el
reconocimiento del aminoácido que debe ser activado, y del ARNt
aceptor que le corresponde.
- La unión del aminoácido correcto a cada ARNt es esencial para la
fidelidad de la síntesis proteica. La interacción entre las aminoacil-
ARNt sintetasas y los ARNt ha sido calificada como “segundo
código genético”, para poder de manifiesto su papel fundamental en
el mantenimiento de la precisión de la síntesis proteica.
- La reacción catalizada por la aminoacil-ARNt sintetasa es:

Aminoácido + ATP + ARNt + H2O " Aminoacil-ARNt + AMP + 2Pi

- DG’0 @ 0 para la reacción global c la hidrólisis del PPi impulsa a la

formación del aminoacil-tRNA. El proceso es ligeramente
exergónico y prácticamente irreversible.
- La formación del aminoacil-
ARNt tiene dos objetivos:
- Activación de
un aminoácido
para formar un
enlace
peptídico.
- Unión de un aminoácido a un ARNt adaptador.
- La sintetasa corrige sus propios errores y discrimina entre
aminoácidos semejantes.
- La mayoría de las sintetasas poseen centros hidrolíticos (de
revisión) además de los centros de acilación (de activación).
- La hidrólisis del producto incorrecto puede ser a nivel de la 1ª etapa
del proceso (aminoacil-AMP), o a nivel de la 2ª etapa (aminoacil-
ARNt).
- Estos centros actúan de doble tamiz para asegurar la fidelidad del
proceso:
- Los centros de acilación rechazan aminoácidos mayores
que el correcto (el tamaño del centro es insuficiente).
- Los centros hidrolíticos rompen especies activadas
menores que la correcta.

- Hay

mucha variedad en el reconocimiento de un ARNt por su aminoacil-

ARNt sintetasa:
 Elementos estructurales del ARNtAla
reconocidos por la Ala-ARNt sintetasa.

 Resumen:
o Los aminoácidos, en presencia de la enzima
aminoacil ARNt sintetasa y de ATP, son
capaces de asociarse a un ARNt específico y
dar lugar a un aminoacil ARNt, liberándose AMP, PPi y quedando libre
la enzima, que volverá a actuar.
o La unión (enlace éster de alta energía) del aminoácido a su ARNt
específico se realiza mediante su grupo carboxílico y el radical –OH del
extremo 3’ del ARNt (donde siempre hay adenina). Hay un aminoacil
ARNt sintetasa diferente para cada aminoácido.

Aminoácido + ATP + ARNt + H2O " Aminoacil-ARNt + AMP + 2Pi

o La reacción ocurre en dos fases:

1. Aminoácido + ATP  aminoacil-AMP + PPi

2. Aminoacil-AMP + ARNt  aminoacil ARNt + AMP

- Interacciones codón – anticodón.

o Apareamiento de bases entre el codón del mRNA y la secuencia de bases

del tRNA llamada anticodón.
o Apareamiento antiparalelo c 1ª base del codón con la 3ª base del
anticodón. Los ARN de transferencia se aparean con los codones de
ARNm mediante una secuencia de tres bases del ARNt denominada
anticodón. La primera base del codón del ARNm (leída en dirección
5’3’) se aparea con la tercera base del anticodón.
o El nº de ARNt para cada aminoácido no es el mismo que el nº de sus
codones.
o Algunos ARNt contienen inosinato (=I). El inosinato puede formar
puentes de hidrógeno (más débiles que los normales) con U, C y A.
o Crick concluyó c La 3ª base de la mayoría de los codones se aparea
débilmente con la 1ª base de los anticodones F la 3ª base se “balancea”.
o Degeneración del código genético c en parte surge del balanceo en el
apareamiento de la 3ª base del codón con la 1ª del anticodón.

 Hipótesis del balanceo.

 Las dos primeras bases del codón se aparean en la forma estándar y son
responsables de la mayor parte de la especificidad del código genético.
Reconocimiento preciso. Los codones que difieren en alguna de sus dos
primeras bases deben ser reconocidos por ARNt diferentes.
‚ La 1ª base de un anticodón determina que una molécula concreta de ARNt
pueda leer uno, dos o tres tipos de codones: C ó A (1 codón), U ó G (2
codones), I (3 codones).
 ƒ Para
traducir
61
codones
se
requiere un mínimo de 32 tRNA.
Tema . Síntesis de proteínas: Traducción.

- TRADUCCIÓN º Mecanismo de síntesis de proteínas.

- Pasamos del alfabeto de 4 letras de los ácidos nucleicos al alfabeto de las
proteínas.
- Consumo del 90% de la energía química utilizada por la célula.
- Intervienen: ribosomas, ARNs de transferencia, ARNs mensajeros y muchas
proteínas diferentes.
- RIBOSOMAS:
o Coordinan las interacciones entre ARNt, ARNm y proteínas.
o Catalizan la formación de enlaces peptídicos.
o En procariotas (E. coli):
ü Asociación ribonucleoproteica (65% rRNA y 35% proteína) con
coeficiente de sedimentación 70S.
ü Dos subunidades, 50S y 30S.
ü La 50S c contiene ARNr 5S, 23S y 34 proteínas (L1, L2, … L34).
ü La 30S c contiene ARN 16S y 21 proteínas (S1, S2, … S21).

30S
50S Modelos detallados del ribosoma 70S y de las
subunidades 50S y 30S, basados en los
resultados de estudios cristalográficos con
rayos X.
mR - Las dos subunidades tienen estructura
NA irregular y se encajan formando una
hendidura:
o Pasa el ARNm en la traducción.
o Sale la cadena polipeptídica formada.

rRNA 23 S
rRNA 5 S
rRNA 16 S
Proteínas de
o En eucariotas

(exceptuando mitocondrias y cloroplastos):

- Son mayores y más complejos.
- Coeficiente de sedimentación 80S.
- Dos subunidades, 60S y 40S.
- La 40S c contiene ARNr 18S.
- La 60S c contiene ARNr 5S, 5.8S y 28S.
- Contienen más de 80 proteínas diferentes.
-

Modelo de plegamiento de ARNr. Estructura secundaria

y terciaria del ARNr 16S.
Los ARNr están plegados con muchas regiones
dúplex cortas.

- SÍNTESIS DE PROTEÍNAS.
o Tres etapas: Inicio, elongación y terminación.
o La fase de activación de aminoácidos es un paso importante y requisito
anterior a la etapa de iniciación. Ocurre en el citosol, NO en el ribosoma.
o Un solo codón para metionina (AUG), pero todos los organismos tienen dos
ARNt para la Met c un ARNt exclusivo para AUG como codón de inicio.
Otro tRNA para Met internas.
o Sólo hay una enzima Met-ARNt sintetasa que aminoacila ambos ARNt.
o Todos los polipéptidos (en todas las células) empiezan a sintetizarse por el
extremo N-terminal, y se alargan hacia el extremo C-terminal.
o POLIRRIBOSOMA o POLISOMA c Grupo de ribosomas unidos a una
molécula de ARNm, que la pueden traducir simultáneamente c aumenta la
eficiencia de utilización del ARNm. Hay en procariotas y en eucariotas.
 Estos

ribosomas actúan
independientemente,
sintetizando cada
uno un polipéptido
completo.

o En procariotas:
- Los dos ARNt son: ARNtfMet y ARNtMet.
- El extremo amino-terminal es N-formilmetionina.
- Entra como N-formilmetionil-ARNtfMet (fMet-ARNtfMet).
- El grupo N-formilo bloquea el grupo amino de la Met para:
1) impedir que esa Met entre en posiciones internas
2) permitir que fMet-ARNtfMet se una a un sitio de inicio
específico del ribosoma que no acepta Met-ARNtMet.
- Met internas entran en el ribosoma como Met-ARNtMet.

o En eucariotas:
- Las síntesis empiezan por Met, NO fMet.
- Hay (como en procariotas) dos ARNt diferentes, uno iniciador y otro
para posiciones internas.
- Los ribosomas mitocondriales y de cloroplastos utilizan N-
formilmetionina para comenzar la síntesis.

- Fases de la síntesis de polipéptidos: Inicio, elongación y terminación.

 Inicio:
o Se necesita:
- Subunidad ribosómica 30S, con el ARNr 16S.
- El ARNm que codifica el polipéptido que se va a sintetizar.
- El fMet-ARNtfMet iniciador.
- Factores de inicio (IF-1, IF-2, IF-3).
- GTP.
- Subunidad ribosómica 50S.
- Mg2+.
o Secuencia Shine-Dalgarno del ARNm c Señal iniciadora que conduce
AUG a su posición correcta en la subunidad 30S.
o Secuencia rica en bases púricas. Su centro está a unos 10 residuos más allá
del extremo 5’ del codón iniciador.
o El AUG de inicio se une con fMet-ARNtfMet.
 mRNA fMet -Arg-
procarióti o La Ala- Phe- Ser
co secuencia
idealizado Shine-
Dalgarno es reconocida por una secuencia
complementaria rica en pirimidinas, con
la que se aparea, cerca del extremo 3’ del ARNr 16S de la subunidad
30S.

o Los ribosomas bacterianos tienen tres sitios de unión del aminoacil-ARNt:

- Sitio aminoacilo c sitio A.
- Sitio peptidilo c sitio P.
- Sitio de salida c sitio E.
o Ambas subunidades 30S y 50S abarcan los sitios A y P, pero el sitio E
está en la subunidad 50S.
  El complejo de inicio se forma en tres pasos:

o 1º paso:
- La subunidad 30S se fija a IF-1 e IF-3.
- Se fija el ARNm a la subunidad 30S, con el codón
de inicio en una posición precisa.
o 2º paso:
- El complejo formado (IF-1, IF-3, subunidad 30S y
ARNm) se une a IF-2 (que está unido a Mg2+, GTP
y fMet-ARNtfMet) y forma un complejo mayor.
o 3º paso:
- Este complejo grande se combina con la subunidad
ribosómica 50S.
- Al mismo tiempo, GTP se hidroliza a GDP + Pi,
que se liberan; así como IF-3, IF-1 e IF-2.
- Los 3 pasos anteriores dan lugar al ribosoma 70S c COMPLEJO DE INICIO.
- fMet-ARNtfMet ocupa el sitio P, y el sitio A está desocupado.
- El anticodón del fMet-ARNtfMet se aparea con el codón de iniciación AUG del
ARNm.
- Diferencia c En eucariotas hay, al menos, 9 factores de inicio.
- Uno de ellos, proteína fijadora del casquete, se fija al cap 5’ del ARNm
facilitando la formación de un complejo entre el ARNm y la subunidad 40S.
Luego se hace un barrido del ARNm para localizar el 1º codón AUG.
‚ Elongación:
o Adición de los aminoácidos a la cadena polipeptídica.
o Se necesita:
- El complejo de inicio anterior.
- El aminoacil-ARNt siguiente.
- Factores de elongación (EF-Tu, EF-Ts y EF-G).
- GTP.
o Para la inserción de cada residuo hay tres pasos:
o 1º paso c UNIÓN DEL 2º AMINOACIL-ARNt:
- El siguiente aminoacil-ARNt se une a EF-Tu unido a GTP.
- El complejo entero se une al sitio A del complejo de inicio.
- Se hidroliza el GTP, se libera EF-Tu GDP y se regenera un
complejo EF-Tu GTP.
 Peptidil
o 2º paso c FORMACIÓN DEL ENLACE PEPTÍDICO: transfera
- Se transfiere el N-formilmetionil iniciador sa desde su ARNt hasta el
(ribozima
grupo amino del 2º aminoácido que está en el sitio A, mientras que
rRNA
el ARNtfMet desacilado sigue en el sitio P.23S)
- Se forma un enlace peptídico entre los aminoácidos unidos por sus
ARNt a los sitios A y P del ribosoma.
- Se pensaba que la enzima peptidil transferasa catalizaba la
formación del enlace peptídico.
- Luego se vio que la catálisis era debida a una ribozima c el ARNr
23S de la subunidad 50S.
o 3º paso c TRANSLOCACIÓN:
- El ribosoma se desplaza la distancia de un codón hacia el 3’ del
ARNm.
- Se produce el traslado del dipeptidil-ARNt desde el sitio A al sitio P.
 - El ARNt desacilado se coloca en el sitio E, se desprende y vuelve al citosol.
- El 3º codón del ARNm está ahora en el sitio A y el 2º codón en el P.
- Se necesita EF-G (translocasa) para este desplazamiento, y la energía de la
hidrólisis de otro GTP.
- Después de la translocación, el sitio A está vacío, preparado para unir otro
aminoacil-ARNt, y se inicia un nuevo ciclo de elongación. Todo el proceso se
repite.
- Por cada residuo que se une a la cadena c dos GTP se hidrolizan a GDP + Pi.
- El polipéptido siempre queda unido al ARNt del último aminoácido
incorporado.
- El ciclo GTP-GDP de EF-Tu tiene misión importante c mantener la fidelidad en
la síntesis de proteínas.
- Las células no pueden eliminar un aminoácido incorrecto después de formarse el
enlace peptídico c El aminoacil-ARNt que entra debe ser el correcto.
- Los complejos EF-Tu GTP y EF-Tu GDP comprueban la interacción codón-
anticodón c corrección de pruebas.
- En el ribosoma no hay corrección de pruebas.

© Coste de energía:
o Cada aminoacil-ARNt c dos grupos fosfato de alta energía.
o Si se activa un aminoácido incorrecto en la fase previa c ATPs
adicionales para hidrolizarlo.
o En el 1º paso de elongación c hidrólisis de un GTP.
o En la translocación c otro GTP.

 Por cada enlace peptídico formado en el nuevo polipéptido c al menos 4

enlaces de alta energía.

ƒ Terminación:

- Uno de los tres codones de terminación (UAA, UAG, UGA) aparece después del
último aminoácido colocado.
- Procariotas  El codón de terminación se coloca en el sitio A, y aparecen
factores de terminación, las proteínas RF1, RF2 y RF3 que contribuyen a la:
o Hidrólisis del enlace peptidil-tRNA terminal.
o Liberación del polipéptido libre.
o Disociación del ribosoma 70S en sus unidades 30S y 50S.
- Reconocimiento:
 o RF1 Þ Codones UAG y UAA.
o RF2 Þ Codones UGA y UAA.
o RF3 Þ Media las interacciones entre RF1 o
RF2 y el ribosoma.
- RF1 ó RF2 induce a la peptidil transferasa a
transferir el polipéptido naciente a una molécula de
agua en vez de a otro aminoácido.
- RRF (factor de liberación del ribosoma) y EF-G
median en la disociación del complejo ARNt,
ARNm y ribosoma 70S.

- Eucariotas  Además de lo mencionado

anteriormente, hay otras diferencias:
o El codón de inicio es siempre AUG, pero no
utilizan una secuencia rica en purinas c El
punto de partida es el codón AUG más
próximo al extremo 5’ del ARNm.
o Los ribosomas 40S se unen al casquete 5’ de
los ARNm y buscan el codón AUG
moviéndose hacia el extremo 3’.
o Está dirigido por helicasas que hidrolizan ATP.

- Un ARNm eucariótico sólo tiene un lugar de iniciación c es el molde para una

única proteína.
- Un ARNm procariótico tiene múltiples secuencias Shine-Dalgarno (varios
lugares de iniciación) c es el molde para varias proteínas.
- Hay un solo factor de liberación, eRF1 c reconoce todos los codones de
terminación. Dirigido por GTP.

 INHIBICIÓN DE LA SÍNTESIS DE PROTEÍNAS.

- Puromicina c Similar al extremo 3’ de un aminoacil-ARNt. Se fija en el sitio A.

En la elongación, produciendo un peptidil-puromicina. No se fija al sitio P ni
participa en la translocación. En procariotas y eucariotas.
- Cloranfenicol c Bloquea la transferencia del peptidilo. En procariotas,
mitocondrias y cloroplastos.
- Tetraciclina c Bloquea el sitio A inhibiendo la fijación de los aminoacil-ARNt.
En procariotas.
- Estreptomicina c Lectura incorrecta del código genético en procariotas (a [ ]
bajas).
Inhibe el inicio (a [ ] altas).
- Cicloheximida c Bloquea la peptidil transferasa en eucariotas.
- Toxina diftérica c Proteína causante de mortalidad infantil años atrás, hasta que
se desarrolló un sistema inmune. (Toxina producida por una bacteria que crece
en el aparato respiratorio. El gen que codifica la toxina proviene de un fago que
 se hospeda en algunas cepas de la bacteria.) La toxina bloquea la translocación
en eucariotas.

 PLEGAMIENTO Y MODIFICACIONES POSTRADUCCIONALES DE

LAS PROTEÍNAS:

- El plegado de las proteínas comienza durante la traducción, y se completa

cuando se libera la cadena.
- Las modificaciones postraduccionales incluyen:
o Modificaciones amino- y carboxilo-terminales.
o Pérdidas de secuencias señal.
o Modificación de aminoácidos concretos: Fosforilación – Carboxilación
– Metilación – Hidroxilación.
o Unión de cadenas laterales de glúcidos.
o Adición de grupos isoprenilo.
o Adición de grupos prostéticos.
o Modificación proteolítica.
o Formación de puentes disulfuro.

 DESTINO DE PROTEÍNAS.

- Proteínas que se destinan a secreción, integración en la membrana plasmática

o inclusión en lisosomas c Inician una ruta de transporte que comienza en el
retículo endoplasmático (RE).
- Proteínas que se destinan a mitocondrias, cloroplastos o núcleo c Distintos
mecanismos en cada caso.
- Proteínas destinadas al citosol c Permanecen donde se han sintetizado.
- El elemento más importante de los sistemas de destino c Secuencia corta de
aminoácidos del polipéptido recien sintetizado llamada SECUENCIA SEÑAL.
- Dirige a la proteína a su localización específica y se elimina durante el
transporte o cuando llega la proteína a su destino.
- En las proteínas destinadas a las mitocondrias, cloroplastos o RE, la secuencia
señal se encuentra en el extremo amino del polipéptido.
- Las secuencias señal para el transporte nuclear no son cortadas. Pueden
encontrarse casi en cualquier posición de la secuencia primaria de una proteína
nuclear.
- Las secuencias señal tienen longitudes variables entre 13 y 36 aminoácidos, con
características comunes:
o De 10 a 15 residuos hidrofóbicos.
o Uno o varios residuos cargados positivamente, cerca del extremo amino
y antes de los hidrofóbicos.
o Secuencia corta en el extremo carboxilo con residuos polares y con
cadenas laterales cortas (como Ala).