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La Iglesia de San Pedro Claver (Cartagena) lleva el nombre de quien fue conocido como el esclavo de
los esclavos por su dedicación y compasión para con los africanos traídos a Colombia.41

Artículo principal: Historia del Nuevo Reino de Granada

El explorador Gonzalo Jiménez de Quesada conquistó una vasta área en la región derrotando
a la cultura Chibcha, fundando la ciudad de Santa Fe de Bogotá y nombrando la región Nuevo
Reino de Granada.42 En 1548 se crea la Real Audiencia de Santafé de Bogotá, que pertenecía
administrativamente al Virreinato del Perú.43 La Real Audiencia era un cuerpo que combinaba
la autoridad ejecutiva y judicial hasta que se estableció una presidencia o gobernación en
1564 asumiendo poderes ejecutivos.44 Hasta 1550 el territorio de Colombia estaba formado
por las gobernaciones de Santa Marta y Cartagena, las cuales estaban sujetas a la Real
Audiencia de Santo Domingo, y la de Popayán que estaba sujeta al virreinato del Perú.
La jurisdicción de la Real Audiencia de Santafé de Bogotá incluyó estas gobernaciones desde
1550 y se fue extendiendo con el tiempo sobre las provincias circundantes que se iban
constituyendo alrededor del territorio correspondiente a la Nueva Granada.45
La corona vendió propiedades a los gobernantes, conquistadores y sus descendientes
creándose las grandes haciendas y la posesión de minas. Se introdujeron esclavos
negros como mano de obra. Igualmente para proteger a la diezmada población indígena se
creó el Resguardo.46 El repoblamiento se consiguió al permitir la colonización por campesinos
y sus familias que procedían de España. Con esto, se iniciaron las bases del período
colonial.47
Una Real cédula de 1713 aprobó la legalidad del Palenque de San Basilio fundado por negros
cimarrones desde el siglo XVI que habían huido de los esclavistas y se habían refugiado en
las selvas del litoral Caribe. Las fuerzas españolas no pudieron someterlas y terminaron por
tolerarlas, para dar así lugar a la primera población libre en las Américas.48 Su principal
líder Benkos Biohó, fue ejecutado por el gobierno en 1621.49

El Virreinato de Nueva Granada[editar]

Artículo principal: Historia del Virreinato de Nueva Granada
En 1717 el rey Felipe V creó el Virreinato de Nueva Granada.50 El virreinato estaría
conformado por las Audiencias de Santafé, Panamá y Quito y las provincias de la Capitanía
General de Venezuela.51 La entidad fue disuelta temporalmente por razones económicas entre
1724 y 1740, cuando se reinstauró nuevamente.43 El Virreinato estuvo gobernado por la Real
Audiencia de Santafé de Bogotá y su capital se situó en la ciudad de Santa Fe,52 pero las
decisiones importantes para la Colonia se tomaban desde España por El Consejo de Indias.
Durante el siglo XVIII destacó la figura del sacerdote, botánico y matemático José Celestino
Mutis, delegado por el virrey Antonio Caballero y Góngora para realizar un inventario de la
naturaleza de la Nueva Granada, que fue conocido como la Expedición Botánica, la cual
clasificó plantas, fauna y fundó el primer observatorio astronómico en la ciudad de Santa Fe.53
En abril de 1767 la Compañía de Jesús es expulsada del Imperio español por orden real
de Carlos III quien los acusa de ser los promotores del Motín de Esquilache y por lo tanto
deben abandonar también el Virreino de la Nueva Granada.5455
Rebelión de los comuneros