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Proteine

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In chimica, le proteine (o protidi) sono macromolecole biologiche


costituite da catene di amminoacidi legati uno all'altro da un legame
peptidico (ovvero un legame tra il gruppo amminico di un
amminoacido e il gruppo carbossilico dell'altro amminoacido, creato
attraverso una reazione di condensazione con perdita di una
molecola d'acqua). Le proteine svolgono una vasta gamma di
funzioni all'interno degli organismi viventi, tra cui la catalisi delle
reazioni metaboliche, funzione di sintesi come replicazione del
DNA, la risposta agli stimoli e il trasporto di molecole da un luogo
ad un altro. Le proteine differiscono l'una dall'altra soprattutto nella
loro sequenza di amminoacidi, la quale è dettata dalla sequenza
nucleotidica conservata nei geni e che di solito si traduce in un
ripiegamento proteico e in una struttura tridimensionale specifica
Rappresentazione schematica della
che determina la sua attività.
mioglobina. Quest'omologo proteico
dell'emoglobina lega l'ossigeno nei
In analogia con altre macromolecole biologiche come i polisaccaridi
muscoli. È la prima proteina la cui
e gli acidi nucleici, le proteine costituiscono una parte essenziale
struttura è stata risolta con la
degli organismi viventi e partecipano praticamente in ogni processo cristallografia a diffrazione di raggi X
che avviene all'interno delle cellule. Molte fanno parte della da Max Perutz e John Kendrew.
categoria degli enzimi, la cui funzione è catalizzare le reazioni
biochimiche vitali per il metabolismo degli organismi. Le proteine
hanno anche funzioni strutturali o meccaniche, come l'actina e la miosina nei muscoli e le proteine che
costituiscono il citoscheletro, che formano una struttura che permette di mantenere la forma della cellula.
Altre sono fondamentali per la trasmissione di segnali inter ed intracellulari, nella risposta immunitaria, per
l'adesione cellulare e per il ciclo cellulare. Le proteine sono elementi necessari anche nell'alimentazione
degli animali, dal momento che essi non possono sintetizzare tutti gli amminoacidi di cui hanno bisogno e
devono ottenere quelli essenziali attraverso il cibo. Grazie al processo della digestione, gli animali scindono
le proteine ingerite nei singoli amminoacidi, che poi vengono utilizzati nel metabolismo.

Una volta sintetizzate nell'organismo, le proteine esistono solo per un certo periodo di tempo per poi venire
degradate e riciclate attraverso i meccanismi cellulari per il processo di turnover proteico. La durata di una
proteina è misurata in termini di emivita e può essere molto varia. Alcune possono esistere per solo alcuni
minuti, altre fino ad alcuni anni, tuttavia la durata media nelle cellule di un mammifero è tra 1 e 2 giorni.
Proteine anomale e mal ripiegate possono causare instabilità se non vengono degradate più rapidamente.

Le proteine possono essere purificate da altri componenti cellulari utilizzando una varietà di tecniche come
l'ultracentrifugazione, la precipitazione, l'elettroforesi e la cromatografia; l'avvento dell'ingegneria genetica
ha reso possibile una serie di metodi per facilitare tale purificazione. I metodi comunemente usati per
studiare la struttura e la funzione delle proteine includono immunoistochimica, la mutagenesi sito specifica,
la cristallografia a raggi X, la risonanza magnetica nucleare. Le proteine si differenziano principalmente per
la sequenza degli amminoacidi che le compongono, la quale a sua volta dipende dalla sequenza nucleotidica
dei geni che all'interno della cellula ne esprimono la sintesi.
Una catena lineare di residui amminoacidici è chiamata "polipeptide" (ovvero una catena di più
amminoacidi legati da legami peptidici). Una proteina è generalmente costituita da uno o più polipeptidi
lunghi eventualmente coordinati a gruppi non peptidici, chiamati gruppi prostetici o cofattori. Polipeptidi
brevi, contenenti meno di circa 20-30 amminoacidi, vengono raramente considerati proteine e sono
comunemente chiamati peptidi o talvolta oligopeptidi. La sequenza degli aminoacidi in una proteina è
definita dalla sequenza presente in un gene, la quale è codificata nel codice genetico. In generale, il codice
genetico specifica 20 amminoacidi standard; tuttavia, in alcuni organismi il codice può includere la
selenocisteina (SEC), e in alcuni archaea, la pirrolisina ed infine un 23° amminoacido, la N-
formilmetionina, un derivato della metionina, che inizia la sintesi proteica di alcuni batteri.

Poco dopo o anche durante la sintesi proteica, i residui di una proteina vengono spesso modificati
chimicamente mediante la modificazione post traduzionale, che se presente altera le proprietà fisiche e
chimiche, la piegatura, la stabilità, l'attività e, in ultima analisi, la funzione della proteina. Le proteine
possono anche operare insieme per raggiungere una particolare funzione e spesso associarsi in complessi
multiproteici stabili.

Proteine che contengono lo stesso tipo e numero di amminoacidi possono differire dall'ordine in cui questi
sono situati nella struttura della molecola. Tale aspetto è molto importante perché una minima variazione
nella sequenza degli amminoacidi di una proteina (cioè nell'ordine con cui i vari tipi di amminoacidi si
susseguono) può portare a variazioni nella struttura tridimensionale della macromolecola che possono
rendere la proteina non funzionale. Un esempio ben noto è il caso della catena beta dell'emoglobina umana,
che nella sua normale sequenza porta un tratto formato da: valina-istidina-leucina-treonina-prolina-acido
glutammico-lisina.

Indice
Classificazione
Biochimica
Composizione
Proprietà chimico-fisiche
Struttura
Ripiegamento
L'α-elica e il β-foglio pieghettato
Livelli di organizzazione
Proteine complesse
Chiralità delle proteine
Sintesi
Sintesi biologica
Sintesi artificiale
Funzioni cellulari
Funzione enzimatica
Segnalazione cellulare e ligando
Proteine strutturali
Metodi di studio
Purificazione della proteina
Localizzazione cellulare
Proteomica
Bioinformatica
Previsione della struttura e simulazione
Proteine disordinate
Utilizzo
Il ruolo nell'alimentazione
Valori nutrizionali
Storia ed etimologia
Note
Bibliografia
Voci correlate
Altri progetti
Collegamenti esterni

Classificazione
La formazione di copie duplicate di geni e l'alterazione della funzione di una proteina nel corso
dell'evoluzione hanno portato alla formazione delle circa 500 famiglie proteiche identificate. All'interno di
una famiglia, sebbene ciascuna proteina svolga una funzione leggermente diversa dall'altra, la sequenza di
amminoacidi, in particolare presso i siti catalitici e in regioni conservate, è quasi identica. Non è tuttavia una
legge che vale per tutte le proteine di una famiglia; esistono infatti alcune proteine dalla sequenza
amminoacidica molto diversa e, tuttavia, dalla conformazione tridimensionale molto simile.

Si può quindi affermare che nel corso dell'evoluzione all'interno di una famiglia proteica si è conservata più
la conformazione tridimensionale che non la sequenza degli amminoacidi. Generalmente, quando almeno un
quarto della sequenza amminoacidica di due proteine corrisponde, esse hanno la stessa struttura generale.
Due proteine diverse appartenenti a una stessa famiglia e dalla funzione simile sono dette "paraloghe",
mentre la stessa proteina in due organismi diversi (per esempio uomo e topo) è detta "ortologa". La parentela
tra due proteine è generalmente accettata quando almeno il 30% degli amminoacidi corrisponde, ma per
verificarla è possibile ricorrere ai cosiddetti fingerprint, cioè brevi sequenze di amminoacidi comuni in quasi
tutte le proteine di una data famiglia.

Alcune proteine si sono formate per rimescolamento dei domini


proteici o per la loro duplicazione all'interno della stessa proteina a
causa di unioni accidentali di DNA codificante; certi domini sono
particolarmente diffusi e sono perciò chiamati moduli proteici.
Questi domini hanno la caratteristica di avere gli N-terminali e C-
terminali ai poli opposti della proteina, così che l'aggregazione ad
altri domini e ad altre proteine per formare strutture più grandi è
favorita rispetto a quanto accadrebbe se fossero entrambi verso lo
stesso polo della proteina; un esempio è il modulo 1 della
Frammento di fibronectina. fibronectina. In tal caso i domini sono inseriti nelle anse proteiche di
alcune proteine, per esempio il modulo kringle nell'urochinasi o il
dominio SH2. Alcuni di questi domini non si ritrovano solo tra
proteine paraloghe ma anche ortologhe, per esempio il dominio SH2 mostra una diffusione molto simile sia
nel verme che nella mosca, eppure è ben poco frequente nei vegetali. Vi sono invece dei domini comuni a
solo certe categorie di organismi come l'MHC, il complesso maggiore di istocompatibilità (major
histocompatibility complex), presente nell'uomo ma assente negli insetti e nei vegetali, tuttavia questi
costituiscono soltanto il 7% del totale. Si è osservato inoltre che, malgrado alcuni organismi viventi
apparentemente semplici come la pianta Arabidopsis thaliana posseggano più geni di un essere umano,
tendenzialmente le proteine umane sono formate da un numero maggiore di domini e quindi sono più
complesse rispetto alle ortologhe in altri organismi.

La classificazione può essere dunque fatta in base alla composizione chimica, alla configurazione
molecolare o alla solubilità. Si distinguono così proteine semplici (costituite da soli amminoacidi) e proteine
coniugate (costituite da una proteina semplice e da un gruppo prostetico di natura non proteica).

Tra le proteine semplici vi sono le proteine fibrose, generalmente insolubili nei solventi acquosi ed a volte
inattaccabili dagli enzimi proteolitici, come ad esempio: il collagene (costituente essenziale del tessuto
connettivo), l'elastina (componente principale delle fibre elastiche e delle pareti vasali), la cheratina
(componente essenziale dell'epidermide). Inoltre, sempre tra quelle semplici vi sono le proteine globulari, le
albumine (assai diffuse nel mondo animale), le globuline (insolubili in acqua, si trovano nel sangue, nel
muscolo, nei tessuti in genere e nei semi) e le prolamine (caratteristiche del mondo vegetale).

Tra le proteine coniugate (costituite almeno da apoproteina+gruppo prostetico): l'emoglobina, le clorofille e


le opsine.

Un'ulteriore classificazione delle proteine è quella che le distingue in base alla loro funzione in cui possiamo
distinguere le proteine strutturali che sono componenti delle strutture permanenti dell'organismo ed hanno
principalmente una funzione meccanica, le proteine di trasporto che si legano a sostanze poco idrosolubili e
ne consentono il trasporto nei liquidi corporei e gli enzimi che sono proteine catalitiche. Tra le altre funzioni
delle proteine rientrano la regolazione dell'espressione dei geni, la duplicazione, trascrizione e traduzione
del DNA, la regolazione delle reazioni metaboliche, la generazione e la ricezione degli impulsi nervosi.
Molte tossine e molti allergeni sono anch'essi proteine.

Biochimica
La maggior parte delle proteine sono costituite da
polimeri lineari costruiti dalla serie di 20 diversi L-α-
aminoacidi. Tutti gli aminoacidi proteinogenici
possiedono caratteristiche strutturali comuni, tra cui un
carbonio α con un gruppo amminico, un gruppo
carbossilico e una catena laterale variabile. Solo la
prolina differisce da questa struttura di base in quanto
contiene un anello insolito al gruppo amminico.[1] Le
catene laterali degli amminoacidi standard, dettagliate
nella lista degli amminoacidi standard, hanno una
grande varietà di strutture e proprietà chimiche; è
l'effetto combinato di tutte le catene laterali di
aminoacidi in una proteina che determina infine la sua
struttura tridimensionale e la sua reattività chimica.[2] Struttura chimica del legame peptidico (in basso) e la
Gli amminoacidi di una catena polipeptidica sono struttura tridimensionale di un legame peptidico tra
un'alanina e un aminoacido adiacente (riquadro in
legati da legami peptidici. Una volta collegata nella
alto)
catena proteica, un aminoacido individuo è chiamato
un residuo e la serie collegata di carbonio, azoto e
atomi di ossigeno sono noti come "catena principale" o
"proteine backbone".[3]

Il legame peptidico ha due forme di risonanza che contribuiscono al doppio legame e inibiscono la rotazione
attorno al suo asse, in modo che i carbonio α siano approssimativamente complanari. Gli altri due angoli
diedri nel legame peptidico determinano la forma locale assunta dalla "proteina backbone. [4] La fine della
proteina con un gruppo carbossilico libero è nota come
dominio C-terminale, mentre l'estremità con un gruppo
libero amminico è noto come la dominio N-terminale.
I termini proteina, polipeptide e peptide sono un po'
ambigui e possono sovrapporsi in alcuni significati. Il Strutture di risonanza del legame peptidico che lega
termine "proteina" è generalmente usato per riferirsi singoli aminoacidi per formare un polimero proteico.
alla molecola biologica completa in una
conformazione stabile, mentre il "peptide" è
generalmente riconosciuto per essere un breve oligomero di aminoacidi spesso mancante una struttura
tridimensionale stabile. Tuttavia, il confine tra i due composti non è ben definito e di solito il numero di
residui che li differenzia è vicino ai 20-30.[5] Con "polipeptide" ci si può riferire a qualsiasi singola catena
lineare di amminoacidi, di solito indipendentemente dalla lunghezza, ma spesso il termine implica l'assenza
di una conformazione definita.

Composizione
Le proteine hanno una struttura tridimensionale molto complessa a cui è associata sempre una funzione
biologica. Da questa considerazione deriva uno dei dogmi fondamentali della biologia: "Struttura <-->
Funzione", nel senso che ad ogni diversa organizzazione strutturale posseduta da una proteina (detta
proteina nativa) è associata una specifica funzione biochimica. Da questo punto di vista le proteine possono
essere classificate in due grandi famiglie: le proteine globulari e le proteine a struttura estesa o fibrosa.
Queste due organizzazioni riflettono le due grosse separazioni funzionali che le contraddistinguono:

Le proteine estese o fibrose svolgono funzioni generalmente biomeccaniche, esse rientrano


nella costituzione delle ossa, unghie, peli, dello strato corneo dell'epidermide, dei muscoli
(actina e miosina), fornendo sostegno strutturale e opponendo una valida difesa contro il
mondo esterno.
Al contrario, le proteine globulari sono coinvolte in specifiche e molteplici funzioni biologiche,
spesso di fondamentale importanza per l'economia cellulare, sono proteine gli enzimi, i
pigmenti respiratori, molti ormoni, le tossine, e gli anticorpi, responsabili della difesa
immunitaria.

La loro composizione in amminoacidi è variabile e sotto il controllo genetico per cui il loro peso molecolare
può essere molto variabile e dipende dal numero e dal tipo di amminoacidi (monomeri) di cui è costituita la
molecola. Se la molecola è costituita da poche unità di amminoacidi (in genere non più di 10) viene definita
un "oligopeptide". Molecole con più di 10 unità sono dette "polipeptidi"[6]. Una proteina è formata da uno o
più polipeptidi eventualmente accompagnati da uno o più gruppi prostetici ed il suo peso molecolare è
generalmente non inferiore a 10.000[7].

Una proteina nella sua organizzazione nativa, e quindi funzionalmente attiva, può esistere solo in soluzioni
saline diluite (molto simili, per composizione, a quelle esistenti nei sistemi acquosi cellulari). La sua
struttura dipende esclusivamente dalle caratteristiche chimico-fisiche della soluzione acquosa in cui si trova
(pH, presenza di ioni salini, temperatura, pressione, presenza di composti organici come urea, alcoli, ecc.). Il
variare di questi parametri può determinare delle modifiche strutturali che possono alterare le proprietà
funzionali, fino ad annullarle (proteina denaturata).

La molecola proteica risulta costituita da atomi di carbonio, ossigeno, idrogeno e azoto; spesso contiene
anche zolfo (presente negli amminoacidi metionina, cisteina e cistina) e, talvolta, fosforo e/o metalli come
ferro, rame, zinco ed altri.

Proprietà chimico-fisiche
Le proprietà delle proteine si ricollegano a quelle dei loro costituenti, gli amminoacidi: sono elettroliti
anfoteri, possono essere sottoposte ad elettroforesi, sono otticamente attive (levogire) e presentano il
fenomeno di Tyndall.

Il punto isoelettrico (o PI) di una proteina è rappresentato da quella concentrazione di idrogenioni del
mezzo, che si comporta in modo da far assumere al protide una forma di anfoione.

Per ottenere il peso molecolare (o PM) delle proteine si deve far ricorso a tecniche e metodologie di non
sempre facile attuazione. Tra le tante, quella che fornisce i risultati più precisi è senza dubbio la
spettrometria di massa.

Dal punto di vista meccanico, la catena amminoacidica si comporta come un polimero semi-flessibile la cui
estensione è descritta dal modello Worm-like chain, con una lunghezza di persistenza di 0.4 nm.

Struttura

Ripiegamento

Una proteina, essendo una macromolecola formata da decine di migliaia di atomi, potrebbe potenzialmente
assumere un numero incredibilmente grande di possibili ripiegamenti. Tuttavia considerazioni fisiche
limitano di molto i possibili ripiegamenti e dunque la conformazione finale di una proteina. Intanto gli atomi
non si possono mai sovrapporre e si comportano a grandi linee come sfere con un raggio definito detto
raggio di van der Waals, ciò limita non poco il numero di angoli ammessi in una catena polipeptidica.
Ciascun amminoacido contribuisce alla formazione della catena polipeptidica con tre legami:

Il legame peptidico (C-N) tra il carbonio di un gruppo chetonico di uno degli amminoacidi e
l'azoto del gruppo amminico dell'adiacente.
Il legame convenzionalmente chiamato Cα-C che è presente tra il carbonio centrale cui è
attaccato il gruppo laterale R e il carbonio del gruppo carbossilico.
Il legame Cα-N tra il carbonio centrale e l'azoto del gruppo amminico dello stesso
amminoacido.

Il legame peptidico è planare ed impedisce una vera e propria rotazione, mentre gli altri due legami la
consentono.

L'angolo di rotazione del legame Cα-C è detto ψ, quello del legame Cα-N è detto φ. La conformazione degli
atomi della catena principale di una proteina è determinata dalla coppia di questi angoli di rotazione per
ciascun amminoacido. Dal momento che non sono possibili collisione steriche tra gli amminoacidi gli angoli
possibili sono limitati. Ramachandran in funzione delle possibili coppie di angoli di rotazioni compilò un
grafico che oggi prende il suo nome dove è ben visibile come la maggior parte delle proteine assumano solo
due grandi tipologie di conformazione: l'α-elica e il β-foglietto.

Tra gli atomi di una proteina si stabiliscono interazioni dette legami, che possono essere covalenti o non
covalenti. I legami non covalenti, presi singolarmente, sono sempre più deboli dei covalenti nell'ordine di
decine o centinaia di volte, tuttavia il loro numero all'interno di una proteina li rende fondamentali per
comprenderne il ripiegamento. I legami non covalenti che si riscontrano nelle proteine sono i legami a
idrogeno, le attrazioni elettrostatiche e le attrazioni di van der Waals.

Il legame a idrogeno si effettua, per esempio, tra un atomo di ossigeno e uno vicino di
idrogeno.
Le attrazioni elettrostatiche avvengono tra gruppi laterali con carica periferica opposta.
Le attrazioni di van der Waals si verificano tra
dipoli molecolari istantanei indotti (forza di
London), tra dipoli permanenti (forza di
Keesom) o tra un dipolo permanente ed uno
corrispondente indotto (forza di Debye).

A queste interazioni si deve aggiungere la tendenza


dei gruppi di amminoacidi idrofobici (fenilalanina,
leucina, isoleucina, triptofano, valina, cisteina,
metionina, prolina, alanina e glicina) ad avvicinarsi e
unirsi tra loro, formando delle tasche idrofobiche
lontane dalla rete di legami idrogeno che deve essere
immaginata sempre presente all'interno di un ambiente
acquoso tra le molecole d'acqua. Generalmente i
gruppi di amminoacidi idrofobici sono quasi sempre
posti all'interno della proteina, dal momento che
questa si trova tipicamente in un ambiente acquoso,
mentre i suoi amminoacidi idrofilici, polari e con
Rappresentazione dei legami a idrogeno (linee
carica, saranno tendenzialmente all'esterno. La
tratteggiate) attraverso cui interagiscono i diversi
struttura tridimensionale di una proteina è determinata
segmenti della stessa catena proteica.
dalla sola disposizione sequenziale dei suoi
amminoacidi e la conformazione che assume è
tendenzialmente quella con energia libera più bassa.

È stato possibile scoprire questa peculiarità delle proteine effettuando esperimenti di denaturazione (tramite
solventi come l'urea) e rinaturazione di proteine in vitro. Si è notato che alcune proteine, una volta
denaturate e rimosso il solvente si ripiegavano autonomamente. Tuttavia, non tutte le proteine una volta
denaturate possono ripiegarsi spontaneamente nella loro conformazione originaria. La conformazione di una
proteina, benché sia normalmente la più stabile possibile per la sequenza dei suoi amminoacidi, non è
immutabile, e subisce piccole modificazioni dovute all'interazione con ligandi o altre proteine. Questa
caratteristica è alla base della funzionalità della maggior parte delle proteine. La conformazione di una
proteina può essere notevolmente aiutata ed affinata dagli chaperoni, delle proteine che si legano alle catene
parzialmente ripiegate e le assistono sino a raggiungere la conformazione corretta. Spesso agiscono isolando
tra loro le tasche idrofobiche di una proteina, che in caso contrario tenderebbero ad associarsi
prematuramente.

Una porzione di proteina che si ripiega indipendentemente dal resto della catena polipeptidica è detta
dominio proteico ed una proteina può averne anche più di uno. Si suppone che esistano in natura circa 2.000
domini proteici dalla struttura differente, circa 800 sono stati identificati, tuttavia la stragrande maggioranza
dei domini proteici assume poche decine di conformazioni diverse.

L'α-elica e il β-foglio pieghettato

L'α-elica e il β-foglietto sono le conformazioni più comuni riscontrabili nelle catene polipeptidiche di una
proteina. Una singola proteina può prevedere sia α-eliche che β-foglietti in numero variabile.

L'α-elica è la conformazione più comune riscontrabile nelle proteine, particolarmente presente


nei recettori cellulari, dov'è immersa nella membrana plasmatica della cellula, spesso con più
α-eliche per singola proteina (unite da catene polipeptidiche ad U). In questo caso i gruppi
idrofobici sono a contatto con la membrana plasmatica e i gruppi idrofilici sono all'interno,
oppure si affacciano al citoplasma e allo spazio extracellulare. L'elica è una delle
conformazioni più favorevoli perché naturalmente riduce al minimo l'energia libera, può essere
sinistrorsa o destrorsa. Fu scoperta per la prima volta nell'α-cheratina negli anni Sessanta. L'α-
elica si forma quando una catena polipeptidica si ripiega su se stessa con formazione di
legami idrogeno tra un legame peptidico e il quarto successivo, in particolare tra il gruppo
chetonico C=O dell'uno e il gruppo N-H dell'altro, e il legame è tra O e H. Tutti i gruppi
amminici di un'elica sono rivolti verso l'N-terminale della proteina, tutti quelli chetonici verso il
C-terminale, così l'elica assume parziale carica positiva all'N-terminale e parziale carica
negativa al C-terminale. L'elica che si forma ha un giro completo ogni 3,6 amminoacidi e la
distanza media tra questi è 0,54 nm. In alcune proteine due o tre α-eliche si avvolgono l'una
intorno all'altra formando il coiled coil. Generalmente questa conformazione è assunta quando
ciascuna elica ha la maggior parte delle catene laterali di amminoacidi idrofobici da un lato, in
questo modo, sfruttando le attrazioni idrofobiche, le eliche possono avvolgersi una intorno
all'altra. L'α-cheratina è un esempio di proteina che assume questa particolare conformazione,
preferita dalle proteine con funzione strutturale.
Il β-foglio pieghettato è la seconda conformazione più comune nelle proteine, molto presente
in alcuni enzimi e nelle proteine coinvolte nella difesa immunitaria. Fu scoperto negli anni
Sessanta studiando la fibroina, la proteina principale costituente della seta. Il foglietto β
pieghettato consiste in numerose catene polipeptidiche che si dispongono l'una adiacente
all'altra, collegate in una struttura continua da brevi sequenze a U. Tali catene possono
puntare nella stessa direzione (catene parallele) o in direzioni alternate (catene antiparallele).
Ancora una volta le catene polipeptidiche adiacenti sono unite in una struttura rigida da legami
idrogeno che connettono i legami peptidici di una catena con quella adiacente.

Livelli di organizzazione

Una proteina nel suo complesso è una molecola in cui


vengono convenzionalmente distinti vari livelli di
organizzazione, che possono essere tre o quattro a
seconda della proteina.[8]

La struttura primaria è formata dalla


sequenza specifica degli amminoacidi, dalla
catena peptidica e dal numero stesso delle
catene, determina da sola il ripiegamento
della proteina.
La struttura secondaria consiste nella
conformazione spaziale delle catene; ad
esempio la conformazione a spirale (o ad alfa
elica), mantenuta e consentita dai legami a
idrogeno, quella planare (o a foglietto β), il
coiled coil (collagene) o quelle globulari
appartenenti al gruppo KEMF (cheratina,
epidermina, miosina, fibrinogeno). All'interno
di una singola proteina vi può essere una
combinazione di sequenze di α eliche,
foglietto β e sequenze non ripetitive, e sono
ad un livello di complessità compreso tra la
struttura secondaria e quella terziaria.
Dall'alto verso il basso: rappresentazione della
struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria
di una proteina.
Il dominio è un'unità globulare o fibrosa formata da catene polipeptidiche ripiegate in più
regioni compatte, costituiscono divisioni della struttura terziaria, ha la caratteristica di ripiegarsi
più o meno indipendentemente rispetto al resto della proteina. Un dominio è generalmente
compreso tra i 30 e i 350 amminoacidi. Molte delle proteine più complesse sono aggregazioni
modulari di numerosi domini proteici. Tra i più comuni si citino SH2 o SH3; la proteina Src
possiede un dominio SH2, un dominio SH3 e un dominio catalitico chinasico C-terminale.
La struttura terziaria (dal punto di vista della termodinamica è la forma con la più bassa
energia libera) è rappresentata dalla configurazione tridimensionale completa che la catena
polipeptidica assume nell'ambiente in cui si trova.
Viene consentita e mantenuta da diversi fattori, come i ponti disolfuro, e le forze di Van der
Waals. Fondamentali ai fini della sua formazione sono le chaperonine, proteine chiamate
anche "dello stress" o "dello shock termico" (Hsp, “heat shock proteins”), per il loro ruolo nella
rinaturazione delle proteine denaturate.
Gran parte delle strutture terziarie può essere classificato come globulare o fibrosa.
La struttura quaternaria è quella che deriva dall'associazione di due o più unità polipeptidiche,
unite tra loro da legami deboli (e a volte ponti disolfuro) in un modo molto specifico, come ad
esempio avviene nella costituzione dell'emoglobina, costituita da quattro subunità, due
globuline α e due globuline β.

Le proteine che contengono anche una parte non polipeptidica, gruppo prostetico, sono dette proteine
coniugate. Due proteine si dicono isoforme se, a parità di struttura primaria, differiscono in uno degli altri
livelli di struttura. Denaturare una proteina significa distruggerne la conformazione spaziale, rompendo i
legami idrogeno e ponti disolfuro per mezzo di acidi, basi, calore, radiazioni o agitazione (un esempio
comune di denaturazione è la cottura di un uovo nel quale l'albumina, che costituisce la maggior parte
dell'albume, viene denaturata). Una proteina denaturata, pur mantenendo intatta la sua struttura primaria,
non è più in grado di esplicare la sua funzione, a meno che non si riesca a ristabilirne la struttura terziaria.

Proteine complesse

Le proteine, per quanto siano complesse anche prese singolarmente, negli organismi viventi possono
aggregarsi ad altre proteine identiche oppure a proteine apparentemente molto differenti creando dei
complessi proteici. Ciò che permette questo legame sono gli stessi legami non covalenti che permettono ad
una proteina di assumere una determinata conformazione. In una proteina sono spesso presenti una o più
zone caratteristiche capaci di interazioni non covalenti con altre proteine dette siti di legame. Quando una
proteina, tramite un sito di legame, si lega ad un'altra proteina formando un complesso proteico ogni singola
proteina del complesso prende il nome di subunità proteica.

Se le subunità che formano il complesso proteico sono due si dirà che è un dimero, se sono tre un trimero, se
quattro un tetramero e così via. Esistono complessi proteici che contengono decine di subunità. Il legame fra
le subunità può essere per esempio "testa-testa" (in tal caso sono favoriti i dimeri) o "testa-coda" (dove
spesso le proteine sono globulari o ad anello).

Un esempio di proteina provvista di più subunità è l'emoglobina, una proteina globulare formata da quattro
subunità, due α-globuline ad uno dei due poli e due β-globuline all'altro (le subunità non sono perciò
alternate), con un gruppo prostetico (l'eme) legato a ciascuna subunità.

Altri complessi proteici sono formati da molte più subunità che permettono di realizzare dei filamenti dal
momento che ad un polo possiedono un sito di legame e all'altro polo una struttura proteica complementare
a quello stesso sito. Si creano così catene di filamenti proteici come l'actina-F, formata da centinaia di
subunità globulari di actina-G che le conferiscono al microscopio elettronico un aspetto simile a quello di
una collana elicoidale di perle. La ridondanza della struttura elicoidale e non retta è sempre dovuta
all'affinità di una conformazione con la minore energia libera.
Una variante all'elica è il coiled coil, che coinvolge due o tre catene
polipeptidiche, come nella cheratina o nel collagene. Si può dire, a
grandi linee, che le proteine globulari tendono ad avere funzione
enzimatica, mentre quelle che formano filamenti hanno funzione
strutturale (formano ad esempio le miofibrille nelle fibre muscolari o
le fibre della matrice extracellulare, o ancora il citoscheletro di una
cellula).

Vi sono proteine la cui funzione è resa possibile proprio dalla loro


struttura poco caratterizzabile e casuale, ne è un esempio l'elastina,
che forma le fibre elastiche della parete delle arterie e di molti altri
tessuti del corpo umano. Nell'elastina numerose catene
Struttura dell'emoglobina. Sono
polipeptidiche sono legate covalentemente tra loro senza una
visibili le diverse subunità di cui è
disposizione regolare e tale struttura disordinata ne determina la sua
composta.
deformabilità. Proteine poco strutturate hanno svariate funzioni nella
cellula, alcune ad esempio hanno funzione strutturale come
l'elastina, altre però sono dei canali come le nucleoporine poste sulla
membrana nucleare di ciascuna cellule, altre ancora fungono da proteine impalcatura, cioè proteine che
raggruppano in stretta vicinanza altre proteine dalla funzione correlata, fondamentali nella segnalazione e
nella comunicazione cellulare. Una caratteristica comune a tutte le proteine poco strutturate è una grande
ridondanza di aminoacidi e la bassa presenza di amminoacidi idrofobici.

Certe proteine molto esposte alla degradazione nell'ambiente extracellulare sono stabilizzate da legami
disolfuro (S-S) che si formano tra due proteine; questo legame agisce come una vera e propria graffetta sulla
proteina, permettendole anche in ambienti ostili di mantenere la sua conformazione. All'interno del
citoplasma è difficile riscontrare legami disolfuro a causa dell'ambiente riducente, per cui le cisteine
mostrano gruppi (-SH).

L'evoluzione ha fatto inoltre in modo che vi fosse la possibilità di creare complessi proteici ancora più
grandi di filamenti, coiled coil, o proteine globulari. Il vantaggio di tali strutture è che siccome sono spesso
costituite dalla ripetizione di subunità identiche o simili, occorre poco materiale genetico per sintetizzare
grandi complessi proteici, come, ad esempio, i capsidi dei virus. Inoltre l'associazione tra le subunità
necessita generalmente di un'energia molto bassa, oppure, in certi casi, le subunità sono autoassemblanti
(per esempio il ribosoma batterico). Il capside di molti virus è formato o da un tubo cavo (come nel virus del
mosaico del tabacco) oppure assomiglia ad un icosaedro o ad una sfera cava, come per il poliovirus.

Generalmente tali strutture si rivelano sia molto stabili, date le numerose interazioni tra le subunità, sia
adattabili, dal momento che per infettare una cellula devono permettere la fuoriuscita dell'acido nucleico, sia
RNA o DNA.

Chiralità delle proteine

Tutti gli amminoacidi, ad eccezione della glicina presentano un carbonio legato a quattro sostituenti diversi
che è un centro chirale. Tutti gli amminoacidi possono dunque esistere in due conformazioni: L o D,
sintetizzandoli artificialmente si ottiene una miscela racema.

Tuttavia tutti gli amminoacidi dei composti biologici si trovano in natura soltanto conformazione L.
Amminoacidi in conformazione D si rinvengono in alcune specie batteriche e vengono pure adoperati per la
sintesi di farmaci. La gramicidina S, un peptide naturale con funzione antibatterica, nella sua struttura
primaria contiene anche alcuni amminoacidi appartenenti alla conformazione D.

Sintesi
Sintesi biologica

Le proteine sono formate a partire dagli amminoacidi


utilizzando le informazioni codificate nei geni. Ogni
proteina possiede una propria sequenza
amminoacidica che deriva dalla sequenza nucleotidica
del gene che la codifica. Il codice genetico è costituito
da triplette di nucleotidi dette codoni e ogni
combinazione di tre nucleotidi designa un
amminoacido, ad esempio AUG (adenina-uracile-
guanina) è il codice per la metionina. Poiché il DNA
contiene 4 diversi nucleotidi, il numero totale di
possibili codoni è di 64; essendo gli amminoacidi
standard solo 20 nel codice genetico vi è un certo
Un ribosoma produce una proteina utilizzando un
grado di ridondanza e ad alcuni amminoacidi mRNA come templato.
corrispondono più codoni.[9] I geni presenti nel DNA
sono prima trascritti in pre-mRNA (pre-RNA
messaggero) da proteine quali l'RNA polimerasi.

La gran parte degli organismi processano il pre-


mRNA (anche noto come trascritto primario)
mediante diverse forme di modifiche post-
trascrizionali per formare l'mRNA maturo. L'RNA
messaggero maturato è quindi usato come templato
per la biosintesi proteica nel ribosoma. Nei procarioti La sequenza di DNA di un gene codifica per la
l'mRNA può essere usato subito dopo essere stato sequenza amminoacidica della proteina.
prodotto o dopo essersi allontananto dal nucleoide. Al
contrario gli eucarioti formano l'mRNA nel nucleo
cellulare e successivamente lo traslocano attraverso la membrana nucleare nel citoplasma, dove avviene la
biosintesi proteica. La velocità di sintesi delle proteine è maggiore nei procarioti rispetto agli eucarioti e può
raggiungere i 20 residui amminoacidici per secondo.[10]

Il processo di sintesi di una proteina a partire da uno stampo di mRNA è noto come traduzione. L'mRNA è
caricato nel ribosoma e letto tre nucleotidi per volta accoppiando ciascun codone con il corrispondente
anticodone localizzato sull'RNA di trasporto che porta l'amminoacido corrispondente al codone
riconosciuto. L'enzima amminoacil-tRNA sintetasi "carica" la molecola di tRNA con il corretto
amminoacido. Le proteine sono sempre biosintetizzate a partire dall'estremità N-terminale in direzione di
quella C-terminale.[9] Gli aminoacidi vengono poi legati tra loro tramite la rimozione di una molecola di
acqua tramite la peptidil-trasferasi.

Le dimensioni di una proteina sintetizzata possono essere misurate dal numero di amminoacidi che contiene
e dalla sua massa molecolare totale, la quale normalmente è misurata in dalton (sinonimo di unità di massa
atomica) o nell'unità derivata kilodalton (kDa). Ad esempio le proteine del lievito sono lunghe in media 466
residui amminoacidici e pesano mediamente 53kDa.[5]

Sintesi artificiale

Le proteine più corte possono essere sintetizzate anche per via chimica mediante una serie di metodi di
sintesi peptidica che si basano su tecniche di sintesi organica come la chemical legation per produrre peptidi
in alte rese.[11]
La sintesi chimica permette l'introduzione nella sequenza di amminoacidi non naturali, come l'inserimento
di sonde fluorescenti.[12] Questi metodi sono utili nei laboratori di biochimica e biologia cellulare, sebbene
generalmente non abbiano applicazione commerciale.

La sintesi chimica è inefficiente (in termini di rese) per polipeptidi più lunghi di 300 residui amminoacidici,
e le proteine sintetizzate possono avere problemi ad assumere rapidamente la struttura terziaria della
conformazione nativa. La gran parte dei metodi di sintesi chimica procedono dall'estremità C-terminale a
quella N-terminale, in direzione opposta alla biosintesi naturale.[13]

Funzioni cellulari
Le proteine hanno un ruolo fondamentale internamente alla cellula, svolgendo i compiti specifici codificate
nelle informazioni contenute nei geni.[5] Esse possono svolgere funzione strutturale, immunitaria, trasporto
(di ossigeno, minerali, lipidi, di membrana), di identificazione dell'identità genetica, ormonale, enzimatica,
contrattile, energetica. Con l'eccezione di alcuni tipi di RNA, la maggior parte delle altre molecole
biologiche sono elementi relativamente inerti su cui agiscono le proteine. Le proteine rappresentano la metà
del peso a secco di una cellula di Escherichia coli, mentre altre macromolecole, come il DNA e l'RNA,
costituiscono rispettivamente solo il 3% e 20%.[14] L'insieme delle proteine espresse in un particolare tipo di
cellula è noto come la sua proteoma.

La principale caratteristica delle proteine che permette a loro un insieme diversificato di funzioni è la
capacità di legarsi altre molecole in modo specifico. La regione della proteina che permette il legame con
l'altra molecola è conosciuta come il sito di legame ed è spesso una depressione o "tasca" sulla superficie
molecolare. Questa capacità di legame è mediata dalla struttura terziaria della proteina, che definisce la tasca
del sito di legame, e dalle proprietà chimiche delle catene laterali degli amminoacidi circostanti. I legami tra
le proteine possono essere straordinariamente stretti e specifici; ad esempio, la proteina inibitrice della
ribonucleasi si lega all'angiogenina umana con una costante di dissociazione sub-femtomolare (<10−15 M),
ma non si lega affatto al suo omologo degli anfibio (> 1 M). Cambiamenti chimici estremamente minori,
come l'aggiunta di un singolo gruppo metilico ad una proteina legante, a volte può essere sufficiente per
eliminare questo vincolo: per esempio, l'amminoacil-tRNA sintetasi è specificata dall'amminoacido valina
discriminandola dalla catena laterale molto simile della isoleucina.[15]

Le proteine possono legarsi ad altre proteine nonché a substrati piccole molecole. Le interazioni proteina-
proteina regolano anche l'attività enzimatica, controllano la progressione del ciclo cellulare e permettono
l'assemblaggio di grandi complessi di proteine che svolgono molte reazioni strettamente correlate con una
funzione biologica comune. Le proteine possono anche legarsi, o anche essere integrate, nelle membrane
cellulari. La capacità dei partner di legame di indurre cambiamenti conformazionali nelle proteine permette
la costruzione di reti di segnalazione estremamente complesse.[16][17]

È importante sottolineare che le interazioni tra le proteine sono reversibili e dipendono fortemente dalla
disponibilità di diversi gruppi di proteine partner per formare aggregati che sono in grado di effettuare
insiemi discreti. Lo studio delle interazioni tra proteine specifiche è una chiave per comprendere gli aspetti
importanti della funzione cellulare e, in ultima analisi, le proprietà che distinguono particolari tipi di cellule.
[18]

Funzione enzimatica

Il ruolo più noto delle proteine all'interno della cellula è quello di operare come enzimi in grado di
catalizzare reazioni chimiche. Quasi tutti i nomi degli enzimi terminano in "-asi" per convenzione. Gli
enzimi sono generalmente altamente specifici e riescono ad accelerare solo una, o poche altre, reazioni. Essi
sono fondamentali per la maggior parte delle reazioni coinvolte nel metabolismo, così come nei processi di
manipolazione del DNA, quali la replicazione del DNA, la riparazione del DNA e la trascrizione. Alcuni
enzimi agiscono su altre proteine aggiungendo o rimuovendo gruppi chimici in un processo noto come
modificazione post-traslazionale. Sono note circa 4.000 reazioni catalizzate da enzimi. [19] L'accelerazione
conferita dalla catalisi enzimatica è spesso enorme, fino a 1017 volte maggiore rispetto alla reazione non
catalizzata nel caso di decarbossilasi orotato, che richiederebbe un tempo di 78 milioni di anni senza
l'intervento dell'enzima, ma grazie al suo intervento questo tempo si riduce a soli 18 millisecondi.[20]

Il ligando di un enzima prende il nome di substrato ed è generalmente molto più piccolo dell'enzima stesso.
Sebbene gli enzimi possono essere costituiti da centinaia di amminoacidi, solitamente solo una piccola
frazione dei residui vengono a contatto con il substrato, e in media uno su quattro viene coinvolto
direttamente nella catalisi ancora più piccolo di tre frazioni.[21] La regione dell'enzima che lega il substrato e
contiene i residui catalitici è conosciuta come il sito attivo.

idrolasi, gli enzimi che tagliano un substrato mediante idrolisi, ne fanno parte le proteasi (che
tagliano altre proteine) e le nucleasi (che tagliano acidi nucleici, cioè DNA e RNA);
sintasi, enzimi che sintetizzano una nuova molecola a partire da due substrati, generalmente
per condensazione;
isomerasi, enzimi che trasformano un ligando in un suo isomero modificandolo chimicamente
a livello dei legami;
polimerasi, enzimi che associano varie molecole costituendo un polimero, per esempio un
acido nucleico;
chinasi, enzimi che aggiungono gruppi fosfato ad alcune molecole;
fosfatasi, enzimi che rimuovono gruppi fosfato da alcune molecole;
ossidoreduttasi, enzimi che ossidano e riducono alcune molecole, ne fanno parte le ossidasi,
le reduttasi e le deidrogenasi;
ATPasi, enzimi che idrolizzano ATP liberandone l'energia.

Segnalazione cellulare e ligando

Molte proteine sono coinvolte nel processo di segnalazione cellulare


e nella trasduzione del segnale. Alcune proteine, come l'insulina,
operano in ambiente extracellulare trasmettendo un segnale
proveniente dalla cellula in cui sono state sintetizzate ad altre cellule
facenti parte di tessuti distanti. Altre, come le proteine di membrana,
agiscono come recettori la cui funzione principale è quella di legare
una molecola di segnalazione e indurre una risposta biochimica nella
cellula. Molti recettori possiedono un sito di legame esposto sulla
superficie cellulare e un dominio effettore che si trova invece
internamente, il quale può avere un'attività enzimatica o può subire
un cambiamento conformazionale che viene rilevato da altre
proteine all'interno della cellula.[22]

La proteina di biopigmento crittocromo è nota per le sue proprietà di


formare radicali liberi durante la sua interazione con la luce , per la
sincronizzazione dei ritmi circadiani.
Schema di un anticorpo di topo
contro il colera che lega un antigene
Gli anticorpi sono componenti proteiche del sistema immunitario
carboidrato.
adattativo la cui funzione principale è quella di legarsi gli antigeni o
alle sostanze estranee nel corpo e quindi segnarle per essere
distrutte. Gli anticorpi possono essere secreti nell'ambiente
extracellulare o ancorati nelle membrane dei linfociti B, conosciuti come cellule del plasma. Se gli enzimi
sono limitati nella loro affinità di legame per i loro substrati dalla necessità di condurre la reazione, gli
anticorpi non hanno tali vincoli. L'affinità di legame di un anticorpo con il suo obiettivo è
straordinariamente elevato.[23]

Quasi tutte le proteine conosciute interagiscono con altre proteine o con altri tipi di molecole, comunque
detti ligandi, tramite i loro siti di legame, ciò sta alla base di gran parte delle interazioni presenti in una
cellula. Una proteina di norma possiede un sito di legame che le permette di legarsi con uno o pochi ligandi,
per cui la maggior parte delle proteine ha alta specificità. L'entità del legame può essere differente, vi sono
proteine che si legano ai propri ligandi in modo molto tenace, altre invece che si legano debolmente e la
tipologia di legame influenza la funzione della stessa proteina. Ad esempio, gli anticorpi legano strettamente
i propri ligandi (detti antigeni), mentre certi enzimi per questioni di cinetica e per velocizzare le reazioni non
legano così strettamente il proprio substrato.

La capacità di legame dipende sempre dalla capacità della proteine di stabilire legami non covalenti (legame
idrogeno, attrazioni elettrostatiche, attrazioni idrofobiche e forze di van der Waals) con il ligando. Più
legami si formano, più il legame con il ligando sarà complessivamente intenso. Il sito di legame di una
proteina possiede una forma che è generalmente quasi complementare a quella del ligando che vi deve
aderire, ciò ne determina la specificità. Le caratteristiche di ciascun sito di legame sono date dalle catene
laterali degli amminoacidi che si affacciano in esso; gli amminoacidi che vi prendono parte sono spesso
distanti lungo la catena polipeptidica della proteina. Mutazioni nel sito di legame generalmente determinano
malfunzionamento o cessazione dell'attività catalitica o di legame originaria. Non è sorprendente pensare
che i siti di legame siano alcuni degli amminoacidi più conservati all'interno di una proteina. I siti di legame
sono isolati dall'ambiente acquoso in cui sono immersi dal momento che alcune catene laterali poste in
prossimità del sito di legame tendono a respingere le molecole d'acqua; è inoltre sfavorevole per una
molecola d'acqua dissociarsi dalla rete di legami idrogeno con cui è interconnessa alle altre molecole
d'acqua per reagire con una catena laterale di un amminoacido del sito di legame. Il ligando può essere
attratto mediante alcuni espedienti, come il raggruppamento in siti specifici di amminoacidi provvisti di
carica, che sono quindi in grado di attrarre più facilmente ligandi di carica opposta e nel contempo di
respingere quelli con la stessa carica. Le possibili interfacce tra una proteina e il suo ligando sono molti, tra
le più comuni le interazioni superficie (sito di legame)-stringa (ligando), oppure elica-elica (comune nelle
proteine regolatrici di geni), o ancora, più comunemente delle altre due, superficie-superficie (quanto
avviene in moltissimi enzimi). La forza di legame di una proteina verso il suo ligando all'equilibrio, cioè
nello stato in cui le associazioni e le dissociazioni tra la proteina e il ligando sono in egual numero, è
misurata tramite la costante di equilibrio.

La velocità di dissociazione è calcolata tramite la formula: velocità associazione = koff[AB] dove [AB] è la
concentrazione del complesso proteico in moli e koff è la costante di dissociazione.

La velocità di associazione è calcolata tramite la formula: velocità dissociazione = kon[A] [B], dove [A] e
[B] sono le due molecole e kon è la costante di associazione.

Eguagliando le due velocità si ricava la costante di equilibrio (detta anche di affinità) Ka = [AB] / [A][B].

Maggiore è la costante di equilibrio, maggiore sarà la forza di legame, inoltre essa è una misura diretta della
differenza di energia libera tra lo stato legato e dissociato della proteina. Un modello usato per determinare
l'entità dell'affinità di un ligando per una proteina si basa sull'equazione di Scatchard.

Molte proteine legano particolari piccole molecole e le trasportano in altre zone di un organismo
multicellulare. Queste proteine possiedono un'elevata affinità di legame quando il loro ligando è presente in
alte concentrazioni, ma devono anche essere in grado di rilasciarlo quando è presente a basse concentrazioni
nei tessuti bersaglio. L'esempio classico di una proteina-ligando è l'emoglobina, che trasporta in tutti i
vertebrati l'ossigeno dai polmoni ad altri organi e ha stretti omologhi in ogni regno biologico.[24] Le lectine
sono proteine altamente specifiche per determinati zuccheri. Svolgono un importante ruolo biologico nel
processo di riconoscimento dei polisaccaridi presenti sulle membrane cellulari.[25] I recettori e gli ormoni
sono proteine di legame altamente specifiche.

Le proteine transmembrana possono anche servire come proteine di trasporto del ligando alterando la
permeabilità della membrana cellulare per le piccole molecole e gli ioni. La sola membrana ha un centro
idrofobico attraverso il quale le molecole polari o cariche non possono diffondersi. Le proteine di membrana
contengono canali interni che consentono tali molecole di entrare e uscire dalla cellula. Molte canali ionici
proteici sono specializzati per selezionare solo un particolare di ioni; per esempio, i canali potassio e i canali
del sodio spesso selezionano uno solo dei due ioni.[26]

Proteine strutturali

Le proteine strutturali conferiscono rigidità alle componenti biologiche che altrimenti sarebbero fluide. La
maggior parte delle proteine strutturali sono proteine fibrose; per esempio, collagene ed elastina sono
componenti fondamentali dei tessuti connettivi come la cartilagine mentre la cheratina si trova in strutture
rigide o filamentose, come capelli, unghie, piume, zoccoli e alcune conchiglie.[27] Alcune proteine globulari
possono anche svolgere una funzione strutturale, per esempio, l'actina e la tubulina sono globulari e solubili
come monomeri, ma sono in grado di polimerizzare per formare fibre lunghe e rigide che compongono il
citoscheletro, la struttura che permette alla cellula di mantenere la sua forma e dimensione.

Altre proteine che svolgono funzioni strutturali, sono le proteine motore come la miosina, la chinesina e la
dineina, che sono in grado di generare forze meccaniche. Queste proteine sono fondamentali per la motilità
cellulare degli organismi unicellulari e per gli spermatozoi di molti organismi multicellulari che si
riproducono sessualmente. Esse permettono anche la contrazione dei muscoli[28] e svolgono un ruolo
essenziale nel trasporto intracellulare.

Metodi di studio
Le attività e le strutture delle proteine possono essere esaminate in vitro, in vivo e in silico. Studi in vitro su
proteine purificate in ambienti controllati sono utili per comprendere come una proteina svolga la sua
funzione: per esempio, gli studi di cinetica enzimatica esplorano il meccanismo chimico di azione catalitica
di un enzima e le relative affinità con le possibili molecole substrato. Per contro, gli esperimenti in vivo
possono fornire informazioni sul ruolo fisiologico di una proteina nel contesto di una cellula o un intero
organismo. Studi in silico utilizzano metodi computazionali per studiarle.

Purificazione della proteina

Per eseguire l'analisi in vitro, una proteina deve essere purificata, cioè isolata dalle altri componenti
cellulari. Questo processo di solito inizia con la lisi cellulare, in cui la membrana di una cellula viene
interrotta ed il suo contenuto interno rilasciato in una soluzione nota come lisato grezzo. La miscela
risultante può essere purificata mediante ultracentrifugazione, che fraziona i vari componenti cellulari in
parti contenenti proteine solubili; lipidi e proteine di membrana; organelli cellulari e acidi nucleici. Il
fenomeno della precipitazione, con un metodo noto come salting out, può concentrare le proteine da questo
lisato. Vari tipi di tecniche cromatografiche vengono poi utilizzate per isolare la proteina, o le proteine, di
interesse sulla base di proprietà come il peso molecolare, carica netta e l'affinità di legame.[29] Il livello di
depurazione può essere monitorato utilizzando vari tipi di gel di poliacrilammide se il peso molecolare e il
punto isoelettrico della proteina desiderata sono noti, tramite spettroscopia se la proteina ha caratteristiche
spettroscopiche distinguibili o mediante saggi enzimatici se la proteina possiede un'attività enzimatica.
Inoltre, le proteine possono essere isolate secondo la loro carica grazie alla isoelettrofocalizzazione.[30]
Per quanto riguarda le proteine naturali, una serie di fasi di purificazione possono rendersi necessarie per
ottenere proteine sufficientemente pure per le applicazioni di laboratorio. Per semplificare questo processo,
l'ingegneria genetica viene spesso utilizzata al fine di aggiungere caratteristiche chimiche alle proteine che le
rendano facili da isolare senza compromettere la loro struttura o attività. Si agisce inserendo un "tag" che
consiste di una specifica sequenza di amminoacidi, spesso una serie di residui di istidina (un "His-tag"),
vengono inserite in un terminale della proteina. Come risultato, quando il lisato viene passato su una
colonna cromatografica contenente nichel, i residui di istidina legano il nichel e si aggregano alla colonna,
mentre le componenti senza tag passano senza impedimenti. Un certo numero di tag diversi sono stati
sviluppati per aiutare i ricercatori a isolare proteine specifiche da miscele complesse.[31]

Localizzazione cellulare

Lo studio delle proteine in vivo spesso riguarda la loro


sintesi e localizzazione all'interno della cellula. Anche
se molte proteine intracellulari sono sintetizzate nel
citoplasma mentre quelle di membrana sono secrete
nel reticolo endoplasmatico, il modo di come le
proteine vengano mirate a organelli specifici o a
strutture cellulari è spesso poco chiaro. Una tecnica
utile per valutare la localizzazione cellulare utilizza
l'ingegneria genetica per esprimere in una cellula una
proteina di fusione o una chimera, costituita dalla
proteina naturale di interesse legata a una "gene
reporter", come la proteina fluorescente verde
(GFP).[32] La posizione della proteina fusa all'interno
della cellula può essere isolata ed efficacemente
osservata con un microscopio[33], come mostrato nella
figura a fianco.

Altri metodi per chiarire la localizzazione cellulare


delle proteine richiede l'uso di marcatori per comparti
noti come il reticolo endoplasmatico, il Golgi, i
lisosomi o vacuoli, i mitocondri, i cloroplasti, la
membrana plasmatica, ecc. Con l'uso di versioni
Proteine in diversi comparti e strutture cellulari
fluorescenti di questi marcatori o tramite anticorpi
taggati con la proteina fluorescente verde (qui in
markers noti, diventa molto più semplice identificare
bianco).
la localizzazione di una proteina di interesse. Ad
esempio, l'immunofluorescenza indiretta consentirà di
dimostrare la posizione. I coloranti fluorescenti sono usati per etichettare compartimenti cellulari per uno
scopo simile.[34]

Esistono ulteriori possibilità. Ad esempio, l'immunoistochimica di solito utilizza un anticorpo di una o più
proteine di interesse che sono coniugate ad enzimi che producono segnali sia luminescenti che cromogenici
e che poi possono essere confrontati tra i campioni, consentendo di ottenere le informazioni di
localizzazione. Un'altra tecnica applicabile è il confronto nel gradiente di saccarosio (o altro materiale)
mediante centrifugazione isopicnica.[35] Questa tecnica è maggiormente utilizzata per studi di larga scala.

Infine, il metodo considerato il gold standard per la localizzazione cellulare è l'utilizzo del microscopio
elettronico. Questa tecnica utilizza anche un anticorpo per la proteina di interesse, con tecniche di
microscopia elettronica classiche. Il campione viene preparato per il normale esame al microscopio
elettronico, e poi trattato con un anticorpo per la proteina di interesse che è coniugata ad un materiale
estremamente elettro-denso, di solito oro. Ciò consente sia la localizzazione dei dettagli ultrastrutturali, sia
della proteina di interesse.[36]

Attraverso un'altra applicazione dell'ingegneria genetica, nota come mutagenesi sito specifica, i ricercatori
possono alterare la sequenza proteica e quindi la sua struttura, la sua localizzazione cellulare e la
suscettibilità alla regolazione. Questa tecnica permette anche l'incorporazione di amminoacidi non naturali
nelle proteine, utilizzando tRNA modificati[37] e può consentire la progettazione di nuove proteine con
nuove proprietà.[38]

Proteomica

L'insieme di tutte le proteine in una cellula o in un tipo di cellule è chiamato proteoma, e lo studio di tali
insiemi di dati su larga scala viene identificato come il campo della proteomica, in analogia con il nome del
campo della genomica. Le tecniche chiave sperimentali della proteomica includono l'elettroforesi
bidimensionale,[39] che consente la separazione di un gran numero di proteine, la spettrometria di massa,[40]
che consente una rapida identificazione ad alto rendimento di proteine e il sequenziamento dei peptidi, la
tecnica del microarray per le proteine,[41] che permette la determinazione dei livelli relativi a un gran numero
di proteine presenti in una cellula e lo screening del doppio ibrido che consente l'analisi sistematica delle
interazioni proteina-proteina.[42] Il complemento totale di tali interazioni biologicamente possibili è
conosciuta come interattoma.[43] Un tentativo sistematico di determinare le strutture delle proteine che
rappresentano tutte le possibili ripiegature è conosciuta come genomica strutturale.[44]

Bioinformatica

Una vasta gamma di metodi di calcolo sono stati sviluppati per analizzare la struttura, la funzione e
l'evoluzione delle proteine.

Lo sviluppo di tali strumenti è stata guidata dalla grande quantità di dati genomici e proteomici disponibili
per una varietà di organismi, compreso il genoma umano. È semplicemente impossibile studiare tutte le
proteine sperimentalmente, quindi solo poche vengono sottoposte a esperimenti di laboratorio, mentre gli
strumenti computazionali vengono utilizzati per estrapolare i dati delle proteine simili. Tali proteine
omologhe possono essere efficacemente identificate in organismi imparentati alla lontana dall'allineamento
di sequenze. Il genoma e la sequenza genetica possono essere determinati grazie ad una grande varietà di
strumenti e sfruttando alcune proprietà. Strumenti di profiling di sequenza possono trovare i siti di enzimi di
restrizione, gli open reading frame nelle sequenze nucleotidiche e prevedere le strutture secondarie. Alberi
filogenetici possono essere costruiti e ipotesi evolutive sviluppate utilizzando il software speciali, come
ClustalW, per quanto riguarda l'ascendenza degli organismi moderni e dei geni che esprimono. Il campo
della bioinformatica è ormai indispensabile per l'analisi dei geni e delle proteine.

Previsione della struttura e simulazione

Complementare al campo della genomica strutturale, la previsione della struttura delle proteine mira a
sviluppare modi efficaci per fornire modelli plausibili per le proteine la cui struttura non è ancora stata
determinata sperimentalmente.[45] Il modo più efficace per prevedere una struttura, conosciuto come
modellazione omologa, si basa sulla esistenza di una struttura "modello" con similarità di sequenza con la
proteina che deve essere individuata; obiettivo della genomica strutturale è quello di fornire una
rappresentazione sufficiente delle strutture risolte per modellare la maggior parte di quelle che non lo sono
state. [46] Anche se la produzione di modelli accurati rimane una sfida in cui solo le strutture dei modelli
correlati sono disponibili, è stato suggerito che l'allineamento della sequenza sia il "collo di bottiglia" di
questo processo, infatti modelli molto accurati
potrebbero essere realizzati se fosse noto un
"perfetto" allineamento della sequenza.[47] Molti
metodi di previsione della struttura sono serviti
per informare il settore emergente
dell'ingegneria delle proteine, in cui ripiegature
della nuova proteina sono già state esaminate.[48]
Un problema computazionale più complesso è la
previsione delle interazioni intermolecolari,
come in un docking molecolare e nelle
previsioni delle interazioni proteina-proteina.[49]

I processi di ripiegamento di proteine e le


interazioni possono essere simulati utilizzando
tecniche di meccanica molecolare, in
particolare, la dinamica molecolare e il metodo
Monte Carlo, che si avvalgono sempre di più del
Gli amminoacidi costitutivi possono essere analizzati per
calcolo parallelo e distribuito (progetto
predire la struttura secondaria, terziaria e quaternaria delle
Folding@home;[50] modellazione molecolare su proteine, in questo caso dell'emoglobina contenente unità
GPU). La piegatura di piccoli domini proteici eme.
alfa-elica, come la testata di villina[51] e la
proteina accessorio dell'HIV[52] sono state
simulate con successo al calcolatore, e metodi ibridi che combinano la dinamica molecolare standard con i
calcoli della meccanica quantistica hanno permesso lo studio degli stati elettronici della rodopsina.[53]

Proteine disordinate

Molte proteine (tra il 20 e il 40% di molti proteomi) contengono grandi segmenti strutturati biologicamente
funzionali e possono essere classificati come proteine intrinsecamente disordinate. Predire il disordine di
una proteina è, quindi, una parte sempre più importante della caratterizzazione della loro struttura.

Utilizzo
Le proteine sono necessarie nella dieta degli animali, in quanto gli animali non possono sintetizzare tutti gli
amminoacidi di cui necessitano e devono ottenere alcuni di essi (i cosiddetti amminoacidi essenziali) dal
cibo. Attraverso il processo di digestione, gli animali spezzano le proteine ingerite in amminoacidi liberi,
che sono successivamente impiegati nella creazione di nuove proteine strutturali, enzimi, ormoni, o come
fonti di energia mediante la gluconeogenesi.

Le proteine possono essere purificate separandole dagli altri componenti cellulari utilizzando tecniche
diverse, tra cui ultracentrifugazione, precipitazione, elettroforesi e cromatografia; l'avvento dell'ingegneria
genetica ha reso possibili molti metodi che facilitano la purificazione proteica. I metodi comunemente usati
per studiare la struttura e la funzione delle proteine includono l'immunoistochimica, la mutagenesi sito
specifica, la risonanza magnetica nucleare e la spettrometria di massa.

Il ruolo nell'alimentazione

La maggior parte dei microorganismi e delle piante possono sintetizzare tutti e 20 gli amminoacidi standard,
mentre gli animali (incluso l'uomo) devono ottenere alcuni di essi con la dieta.[54] Gli amminoacidi che
l'organismo non può sintetizzare sono detti "amminoacidi essenziali".[55] Alcuni enzimi chiave che
sintetizzano alcuni amminaocidi non sono presenti negli animali, tra cui l'aspartato chinasi, che catalizza il
primo step nella sintesi di lisina, metionina e treonina
a partire da aspartato. Se gli amminoacidi sono
presenti nell'ambiente, i microorganismi possono
risparmiare energia prelevandoli dall'ambiente
circostante e limitando le proprie vie biosintetiche.

Negli animali gli amminoacidi sono ottenuti con il


consumo di cibi contenenti proteine. Le proteine
ingerite sono suddivise in amminoacidi tramite la
digestione,[55] che generalmente prevede la
denaturazione delle proteine nell'ambiente acido dello
stomaco e l'idrolisi da parte di enzimi detti proteasi.
Alcuni amminoacidi ingeriti sono usati nella biosintesi Alcuni esempi di cibi molto ricchi di proteine
delle proteine, mentre altri sono convertiti in glucosio
tramite la gluconeogenesi, o entrano a far parte del
ciclo dell'acido citrico. Questo impiego di proteine
come fonte energetica è particolarmente importante in
condizioni di inedia in quanto permette di impiegare
anche le proteine dell'organismo, in particolare quelle
presenti a livello muscolare, come substrato per
mantenere la vita.[56]

Consumo di proteine a livello mondiale nel periodo


Valori nutrizionali 2001-2003.

I due principali indici nutrizionali per gli alimenti che


contengono proteine sono:

Coefficiente di utilizzazione digestiva (C.U.D.) = (azoto assorbito / azoto introdotto con la dieta)
Utilizzazione proteica netta (N.P.U.) = N trattenuto dall'organismo / N introdotto con la dieta.
L'indice tiene conto sia dell'efficienza digestiva che del pattern di amminoacidi.
Valore biologico (VB): indica la quantità di azoto effettivamente assorbito e utilizzato al netto
delle perdite (urinarie, fecali, cutanee ecc.). Per uova e siero di latte è pari al 100%, un perfetto
equilibrio tra aminoacidi assorbiti e tra amminoacidi ritenuti.

Storia ed etimologia
Le proteine sono state riconosciute come una classe distinta di molecole biologiche a partire dal XVIII
secolo grazie agli studi condotti da Antoine Fourcroy ed altri, sulla base della capacità di tali sostanze di
coagulare o flocculare sotto un trattamento con il calore o con l'acido.[57] In tale epoca, alcuni celebri esempi
comprendevano l'albume, l'albumina del sangue, la fibrina e il glutine del frumento.

Le proteine sono stati descritte dal chimico olandese Gerardus Johannes Mulder e gli fu attribuito il nome
dal chimico svedese Jöns Jacob Berzelius nel 1838.[58][59] Mulder effettuò analisi elementari sulle proteine
comuni e scoprì che quasi tutte avevano la stessa formula empirica, C400H620N100O120P1S1.[60] Egli giunse
alla conclusione erronea che esse fossero composte da un solo tipo, ma molto grande, di molecola. Il termine
"proteina" per descrivere queste molecole è stata proposta da Berzelius, collega di Mulder; il termine deriva
dalla parola greca (proteios, πρώτειος), che significa "primario",[61] "in testa" o "in piedi davanti",[62] Mulder
continuò a identificare i prodotti dellai degradazione delle proteine, come l'aminoacido leucina di cui calcolò
un peso molecolare, quasi corretto, di 131 Da.[60]
I primi scienziati nutrizionali, come il tedesco Carl von Voit, ritenevano che la proteina fosse il nutriente più
importante per il mantenimento della struttura del corpo, poiché si pensava che "carne fa carne".[63] Karl
Heinrich Ritthausen estese le forme proteiche note con la scoperta dell'acido glutammico. Al Connecticut
Agricultural Experiment Station fu eseguito un dettagliato esame delle proteine vegetali da parte dello
scienziato Thomas Osborne Burr. Lavorando con Lafayette Mendel e applicando la legge del minimo
all'alimentazione dei ratti di laboratorio, fu possibile stabilire quali fossero gli amminoacidi essenziali. Lo
studio fu continuato da William Cumming Rose. Fu grazie all'opera di Franz Hofmeister e Hermann Emil
Fischer che si riuscì a identificare le proteine come polipeptidi. Il ruolo centrale delle proteine come enzimi
negli organismi viventi non è stato pienamente accettato fino al 1926, quando James Batcheller Sumner
dimostrò che l'ureasi era in realtà una proteina.[64]

La difficoltà di isolare proteine in grandi quantità rendeva molto difficile ai primi biochimici lo studio delle
proteine. Quindi, i primi esperimenti erano focalizzate su quelle che potevano essere purificate più
facilmente, come quelle del sangue, l'albume d'uovo, le varie tossine e enzimi metabolici/digestivi ottenuti
nei macelli. Nel 1950, la Armour and Company purificò 1 kg di ribonucleasi A dal pancreas di un bovino e
lo rese disponibile gratuitamente agli scienziati; ciò fece diventare la ribonucleasi A uno strumento
importante per lo studio della biochimica per i decenni successivi.[60]

Linus Pauling è riconosciuto per aver previsto le


regolari strutture secondarie proteiche a base di legami
idrogeno, un'idea che era già stata proposta da William
Astbury nel 1933.[65] Il successivo lavoro di Walter
Kauzmann sulla denaturazione,[66][67] basato in parte
sul precedente studi di Kaj Linderstrøm-Lang,[68] ha
contribuito una comprensione del ripiegamento delle
proteine e della struttura mediata da interazioni
idrofobiche.

La prima proteina sequenziata fu l'insulina nel 1949,


grazie al lavoro di Frederick Sanger. Sanger determinò
correttamente la sequenza di amminoacidi dell'insulina John Kendrew con un modello di mioglobina
e quindi dimostrò definitivamente che le proteine sono
costituite da polimeri lineari di amminoacidi anziché
catene ramificate o colloidi.[69] Questa scoperta gli valse il Premio Nobel nel 1958.

Le prime strutture proteiche risolte furono quelle dell'emoglobina e della mioglobina, rispettivamente per
merito di Max Perutz e Sir John Cowdery Kendrew, nel 1958.[70][71] A partire dal 2014 la Protein Data Bank
possiede oltre 90.000 strutture proteiche a livello atomico.[72] In tempi più recenti, la criomicroscopia
elettronica di grandi assiemi macromolecolari[73] e la predizione computazionale delle strutture proteiche dei
piccoli domini proteici[74] sono due metodi di approccio alla risoluzione atomica.

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Voci correlate
Acidi nucleici
Amminoacidi
Fabbisogno sostanziale umano
Glucidi
Legame peptidico
Lipidi
Peptide
Predizione di struttura proteica
Progettazione di proteine
Protein Data Bank
Proteoma
Proteopedia
Reticolo endoplasmatico
Ribosoma
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Collegamenti esterni

Proteine, su Treccani.it – Enciclopedie on line, Istituto dell'Enciclopedia Italiana.


(EN) Proteine, su Enciclopedia Britannica, Encyclopædia Britannica, Inc.
Esperienze in laboratorio - Le proteine, su itchiavari.org.
Purificazione di proteine e dosaggio quantitativo (https://web.archive.org/web/2009020115071
0/http://www.chemdav.altervista.org/page3/files/12ea655b2fcca17f1f229255f98c145f-15.php):
descrizione delle tecniche di purificazione delle proteine, principio ed esempi di dosaggio
quantitativo.
Il cibo e le proteine, su my-personaltrainer.it.
Thesaurus BNCF 51 (https://thes.bncf.firenze.sbn.it/termine.php?id=51) · LCCN
(EN) sh85107666 (http://id.loc.gov/authorities/subjects/sh85107666) · GND
Controllo di autorità (DE) 4076388-2 (https://d-nb.info/gnd/4076388-2) · BNF (FR) cb11936447p (https://catal
ogue.bnf.fr/ark:/12148/cb11936447p) (data) (https://data.bnf.fr/ark:/12148/cb11936447
p) · NDL (EN, JA) 00572676 (https://id.ndl.go.jp/auth/ndlna/00572676)

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