Transcripción y traducción.

Genómica
estructural y funcional. Regulación en la
expresión génica
Semestre Académico 2016 - II

CUESTIONARIO DEL SEMINARIO 11

ALUMNOS

Wilson A. Cabrejos Correa

Dania Caicedo Leyva
Christian Castro Oliva
Karin Chavez Barturen
Marisella Chumán Sánchez

DOCENTE

Becerra Llempén, Wilson

Chiclayo – Perú
 1. Defina genómica estructural y funcional.

LA GENÓMICA ESTRUCTURAL: Se ocupa de la organización y de la

secuencia de la información genética contenida en un genoma. A menudo, uno
de los primeros pasos para caracterizar un genoma es preparar mapas
genéticos y físicos de sus cromosomas. Estos mapas aportan información
sobre la ubicación relativa de los genes, los marcadores moleculares y los
segmentos cromosómicos, que suelen ser esenciales para ubicar segmentos
de los cromosomas y alinear partes del DNA secuenciado para formar el
genoma completo.

TIPOS DE MAPEO

Mapas genéticos:
Dan una información a grandes rasgos sobre la ubicación de los genes en
relación con otros genes conocidos. Esto mapas se basan en la función
genética de la recombinación. Los mapas genéticos tienen varias limitaciones,
la primera es la resolución o el detalle. Un segundo problema es que no
siempre se corresponden con precisión con las distancias físicas entre los
genes. A pesar de estas limitaciones, los mapas genéticos han sido
fundamentales para el desarrollo de los mapas físicos y de la secuenciación de
los genomas completos. Los Mapas físicos se basan en el análisis directo del
DNA y ubican a los genes respecto a las distancias medidas en número de
bases.

Mapas físicos:
Se basan en el análisis directo del DNA y se ubican a los genes respecto de
distancias medidas en número de bases. Por lo general los mapas físicos
tienen más resolución y son más exactos que los mapas genéticos. Una de las
técnicas para crear mapas físicos es el mapeo de restricción en el DNA.

SECUENCIACIÓN
Es el proceso mediante el cual se determina el orden de nucleótidos de un
fragmento dado de ADN. El objetivo final de la genómica estructural es
determinar la secuencia de nucleótidos ordenada de los genomas completos de
los organismos. El principal obstáculo para secuenciar un genoma completo es
el tamaño inmenso de la mayoría de ellos. Por lo tanto para determinar la
secuencia de un genoma completo debe cortarse el DNA en miles de millones
de fragmentos más pequeños que puedan secuenciarse. La dificultad radica en
ordenar luego estos fragmentos en la forma correcta.

Estrategias para la secuenciación de genomas

Se han utilizado dos enfoques diferentes para ensamblar los fragmentos cortos
secuenciados en un genoma completo: secuenciación basada en el mapa y la
secuenciación por fragmentos escogidos al azar.

Secuenciación basada en el mapa:

Los fragmentos cortos secuenciados se ensamblan para formar la secuencia
completa del genoma, con lo que se crean primero mapas genéticos y físicos
detallados, que proporcionan ubicaciones conocidas de marcadores genéticos
(sitios de restricción, otros genes, o secuencias de DNA conocidas) en
intervalos regulares a lo largo de cada cromosoma. Una vez obtenidos los
mapas genéticos físicos, los cromosomas o las piezas grandes de cromosomas
se separan por electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE) o por citometría
de flujo. Luego cada cromosoma (o a veces el genoma completo) se corta por
digestión parcial de enzimas de restricción

La digestión parcial implica que las enzimas de restricción se dejen actuar solo
durante un tiempo limitado, de modo que no se cortan todos los sitios de
restricción de cada molécula de DNA, Así la digestión parcial produce un
conjunto de fragmentos de DNA grandes superpuestos, que luego son
clonados mediante el empleo de cósmidos , YACs o BACs. A continuación
estos clones de inserciones grandes se reúnen en el cromosoma en su orden
correcto.

Secuenciación por fragmentos escogidos al azar (Shotgun):

Se preparan y secuencian clones de inserciones pequeñas directamente del
DNA genómico. Luego, programas informáticos poderosos ensamblan el
genoma completo mediante el examen de superposiciones entre los clones de
inserciones pequeñas. Una ventaja de la secuenciación por fragmentos
escogidos al azar es que pueden colocarse pequeños clones dentro de los
plásmidos, los cuales son simples y fáciles de manipular. El requerimiento de la
superposición significa que la mayoría del genoma será secuenciado múltiple
de veces (de 10 a 15). Este tipo de secuenciación puede llevarse a cabo de
una manera altamente automatizada, donde el investigar toma pocas
decisiones debido a que el ordenador ensambla la versión final de la
secuencia.

GENÓMICA FUNCIONAL: Se ocupa de describir la función biológica de los

genes mediante el conocimiento de su actividad en:

 Los rasgos que determinan.

 La regulación a la que se ven sometidos.
 La interacción con otros genes.
 La identificación de un patrón de comportamiento en un gen,
dependiendo de las condiciones que le circundan.
 La actividad que desarrolla el gen cuando está alterado en
relación a su actividad normal.
La genómica funcional permite conocer con mayor detalle las funciones
biológicas de la totalidad del genoma mediante el procesamiento de alto
rendimiento del análisis de la expresión de manera automatizada
 2. El gen que codifica la calcitonina en la tiroides y a la proteína
relacionada con la calcitonina en el cerebro (CGRP) es el mismo.
¿Cómo es posible que un mismo gen pueda codificar estas 2
proteínas diferentes? (emplee el siguiente dibujo para su análisis)

El péptido relacionado con el gen de la calcitonina es un miembro de la familia

de péptidos denominados calcitoninas. En lo seres humanos se halla en dos
formas, la α-CGRP y la β-CGRP.
La α-CGRP es un péptido de 37 aminoácidos que se forma por el splicing
alternativo del gen calcitonina/CGRP localizado en el cromosoma 11.
La forma menos estudiada, β-CGRP, difiere de la anterior en tres aminoácidos
y está codificada por un gen separado pero vecino al previamente descrito.

¿Cómo es posible que un mismo gen pueda codificar estas 2 proteínas

diferentes? (emplee el siguiente dibujo para su análisis)

Sabíamos de antemano que un gen estaba formado por dos clases de partes:
exones que cargan instrucciones para codificar por proteinas e intrones que no
cargan instrucciones para crear proteina.

Los exones son las regiones de un gen que no son separadas durante el
proceso de splicing y, por tanto, se mantienen en el ARN mensajero. En los
genes que codifican una proteína, son los exones los que contienen la
información para producir la proteína codificada en el gen. En estos casos,
cada exón codifica una porción específica de la proteína completa, de manera
que el conjunto de exones forma la región codificante del gen.
Un intrón es una región de ADN comprendida en la región codificante de un
gen pero que no se llega a expresar, es decir, su secuencia no se utiliza
cuando se sintetiza la correspondiente proteína.

También sabíamos que estos intrones son removidos del ARN mensajero y los
exones juntados antes que la proteina fuera sintetizada. El descubrimiento es
que estos exones pueden ser “spliced”  en diferentes modos y combinaciones,
y este “alternative splicing” significa que un gen pueda codificar por varias
proteinas. La conclusión es que no más podemos decir que un gen codifica
solo por una proteina, un gen puede codificar por muchas proteinas y debido a
los diferentes modos en que se pueden reordenar los exones .

3. Una enzima presente en el hígado de rata tiene una cadena

polipeptídica de 452 aminoácidos y está codificada por un gen de
1896 pares de bases (pb). Interpretar la relación existente entre el
número de residuos de aminoácidos de la proteína y el número de
pares de bases del gen.

El código genético está formado por tripletes de bases nitrogenadas(A;U;C;G)

que a partir de estas se forman los 20 aminoácidos esenciales para la vida.
Como sabemos cada codón codifica a un aminoácido en específico
dependiendo de su conformación. En este caso como tenemos solo 1896 pares
de base, obviando a los codones de parada y comienzo, tenemos que estos
van a formar un total de 632 codones, es decir que habrá un total de 632
aminoácidos siendo codificados. Sin embargo, tenemos que la cadena
polipeptída solo está formada por 452 aminoácidos, dejando 180 aa sin
codificar, lo que sucedería con el resto de a.a. residuales es un agrupamiento
en forma de mutación silenciosa que no afectará a la proteína porque su
hidrofilidad o fobidad se mantiene por una sustitución equivalente de
aminoácidos.

4. La Hb de las células falciformes tiene un residuo Val en la posición

6 de la cadena de globina, en vez de un residuo de Glu encontrado
en la Hb A normal ¿Qué cambio se produce en el codón que
codifica para el aminoácido en cuestión?

El componente proteico de la hemoglobina está formado por:

 4 subunidades
 2 cadenas alfa
 2 cadenas beta del tipo de las globinas

El gen para la beta globina: está localizado sobre el cromosoma 11, y

tiene 475 variantes alélicos. Es un miembro de la familia de los genes de
la globina, que es un grupo involucrado en el transporte del oxígeno.
Son regulares y se presentan en un tiempo específico durante el
desarrollo de la vida del ser humano. Entre los variantes alélicos, se
 tiene la hemoglobina falciforme (HbS), que es responsable de la
formación de los glóbulos rojos falciformes.

La hemoglobina S: Se debe a un cambio en el codón GAC normal, que

pasa a GTG, que da como resultado la sustitución del aminoácido ácido
glutámico por valina, en la posición 6 de la cadena beta, resultando una
hemoglobina anormal (hemoglobina S) en lugar de la hemoglobina A
normal. Este gen es autosómico y su herencia sigue un patrón
mendeliano común y corriente, pero el hecho que el paciente
heterocigoto tenga niveles importantes de hemoglobina S demuestra el
comportamiento co-dominante del gen.

5. Mediante que mecanismo se explica que la apolipoproteína B (Apo-

B) en el hígado no tenga el mismo tamaño que la apolipoproteína B
en el intestino. Emplee el siguiente dibujo para evaluar su
respuesta

Las pre-betalipoproteínas se estructuran predominantemente en el hígado,

siendo la contribución del intestino muy discreta. El mayor componente de las
VLDL son los triglicéridos, que se sintetizan a partir de metabolitos
proporcionados por el metabolismo de la glucosa, tal como el ATP, NADPH y
acetil-CoA, que sirven no solamente para sintetizar ácidos grasos, sino para la
síntesis del colesterol. La estructuración de las VLDL depende
fundamentalmente de la presencia de triglicéridos, cuya disponibilidad
constituye el factor que regula la secreción de la apolipoproteína B-100
componente imprescindible para las VLDL.Los triglicéridos sintetizados a partir
de los ácidos grasos liberados por el tejido adiposo durante la inanición, no
inducen una apropiada secreción de apolipoproteína B-100, lo que trae consigo
una acumulación anormal de triglicéridos en el hígado produciéndose el
llamado hígado graso. Los fosfolípidos, el colesterol libre y el colesterol
esterificado, principalmente estos dos últimos, parecen influir en la secreción de
apo B-100 . Es necesario precisar que los genes que codifican a las apo B-48 y
apo B- 100 en el intestino e hígado respectivamente tienen la misma
composición, pero resulta que una modificación post-transcripcional en el
enterocito convierte un triplete en el RNAm que codifica el aminoácído
glutamina en una señal de parada, lo que ocasiona que la síntesis de esta
apolipoproteína se interrumpa cuando se ha traducido aproximadamente la
mitad del mensaje