Clonación molecular in sillico: clonación de fragmentos amplificados por PCR en el

vector PCR®2.1

Alejandra Morales López

Objetivo
Aprender por computadora el uso del software pDRAW, para manipular y analizar secuencias de
genes en la forma gráfica y didáctica. Clonar un vector comercial, un fragmento de gen amplificado,
considerando las características particulares en el desarrollo del proceso

Introducción
Por definición, la clonación es el procedimiento bioinformáticas, que permite predecir la
de obtener una población de varios individuos inserción de un fragmento de ADN en un vector
genéticamente homogéneos a partir de uno solo de clonación. Esta técnica ayuda a minimizar la
mediante reproducción asexuada. El concepto probabilidad de error al momento de realizar la
de clonación puede aplicarse, en la ciencia clonación in vitro y permite conservar del
moderna, tanto a nivel molecular como celular. marco abierto de lectura (ORF) correcto del gen
En la actualidad, la clonación molecular es un a clonar (González, et al, 2015). pDRAW32 es
procedimiento de laboratorio consolidado que un programa desarrollado por Kjel Olesen para
se utiliza amplia y rutinariamente dentro de la la visualización, edición y análisis de
biología molecular y la genética. Constituye secuencias de DNA. Incluye algunas funciones
una poderosa herramienta que ha producido ya muy interesantes y que se utilizan
relevantes aplicaciones de diagnóstico y habitualmente en los laboratorios de ingeniería
terapéuticas en la moderna biomedicina, así genética, como es la búsqueda de dianas de
como importantes usos industriales por lo que a enzimas de restricción, predicción de los
animales y plantas se refiere( Roclón, 2019). tamaños de los fragmentos resultantes de una
digestión, traducción de los marcos abiertos de
Los vectores de clonaje poseen un lugar en el
lectura (open reading frames) que pudieran
cual el DNA foráneo se puede insertar son
estar codificando proteínas, clonación in silico,
interrumpir ninguna función esencial del
etc. Además, tiene otras funciones más
vector; es el denominado sitio de clonaje
avanzadas que escapan a los objetivos de estas
múltiple. El genoma de un plásmido es circular
prácticas, como es el analisis de primers,
pies el corte con una enzima de restricción dará
comparación de secuencias de DNA( Dorado,
lugar a una molécula lineal. Los dos extremos
2006).
se pueden unir con el DNA lineal foráneo,
Obteniéndose así un plásmido quimérico
circular. La limitación de DNA foráneo es su
longitud, ya que las moléculas de DNA largas
son muy susceptibles de romperse con una
manipulación. El plásmido quimérico puede
perpetuarse indefinitivamente en una
bacteria.(Herrera, et al, 2014). La clonación por
simulación computacional o clonación in
silico es una técnica basada en herramientas
 Metodología

Clonación
Molecular
in silico Descargar el software pDRAW Dar clik a file- New- Enter new
y abrir la secuencia de PCR 2.1

Cambiar el nombre de la secuencia en el

Aparición de la secuencia
apartado Edit- DNA Name-DNA circular, y
lineal, con la vista general de Pegar la secuencia Fasta de
guardar la secuencia.
las enzimas de restricción interés

Cambiar el nombre de la secuencia en el

Dar clic a file- New- Enter new y abrir la apartado Edit- DNA Name-DNA circular, y
secuencia Fasta de interleucina alfa guardar la secuencia.

Abrir la secuencia *txt en primer fragmento y Copiar el archivo en un block de notas y

la de PCR 2.1 en el segundo fragmento guardar la secuencia en formato *txt
 Seleccionar las enzimas de restricción que
cortarían el sitio de interés de ambas
secuencias.

RESULTADOS

Figura 1. Diseño del complejo vector PCR®2.1 y el gen interleucina alpha 1 de Homo sapiens.

Discusión
Para la elaboración del plásmido elaboración de este vector se utilizó como
recombinante, a una secuencia de Homo enzima de restricción EcoR1
sapiens interleukin 1 alpha (IL1A),
.La clonación de un gen o un fragmento de
RefSeqGene on chromosome 2, se le inserto
ADN implica la separación del resto del
un fragmento de plásmido PCR 2.1 para la
genoma, la unión a una molécula portadora y de error al momento de realizar una clonación
la inserción en un organismo para poder real.
amplificarlo muchas veces. Con este
procedimiento se pueden obtener miles e Referencias
incluso millones de copias del gen o fragmento González C., et al. (2015). Clonación por
de ADN inicial (Jiménez, et al, 2010). La simulación computacional como
clonación requiere de cortar el ADN genómico herramienta de trabajo en biología
por sitios específicos y obtención de los molecular. Revista del instituto nacional
fragmentos de ADN, en el caso de practica los de higiene Rafael Rangel. 46 (1-2).
cortes se realizaron con EcoR1 que corta en los Caracas
aminoácidos GAATTC produciendo extremos
cohesivos, en seguida se eligen moléculas de Dorado, G. (2006). Clonación del DNA
ADN (vectores) capaces de autorreplicarse de amplificado mediante PCR.
corte específico de las mismas, en el caso de la Departamento de Bioquímica y Biología
práctica se utilizó un vector PCR 2.1 el cual Molecular, Campus Universitario de
es un vector comercial del que su secuencia no Rabanales, Edificio Severo Ochoa,
aparece completa ya que es una patente, se 14071-Córdoba.
manipuló simulando el proceso de clonación Herrera E., Ramos M., Roca P. y Viana M
en el software PDraw, colocando el vector de (2014). Bioquímica Básica: Base
manera lineal con dos residuos de timina en los molecular de los procesos fisiológicos.
extremos 3´aumenando la posibilidad de Barcelona: Elsevier;
ligación entre el producto y el vector, posterior
a esto la unión de los fragmentos de ADN a las Jimenez, K. L., Zavaleta, A. I., Izaguirre, V.,
Yarleque, A., & Inga, R. R. (2010). Clonaje y
moléculas autorreplicativas (recombinación),
caracterización molecular in silico de un
que en el caso de la práctica se utilizó
transcrito de fosfolipasa A2 aislado del veneno
interleucina como inserto; con el uso de de la serpiente peruana Lachesis
ligasas el trabajo de la ADN ligasa es unir muta. Revista Peruana de Medicina
fragmentos de ADN recién sintetizados para Experimental y Salud Pública, 27, 532-539.
formar una cadena continua. Al realizar esto el
plásmido cortado podría recircularizarse sin Pillacela Zhunio, B. J. (2019). Patrones de
restricción in silico para el estudio del gen pds
incorporar el gen. Asimismo, el gen podría
en una microalga chlorophyta (Bachelor's
entrar al plásmido, pero en dirección contraria thesis, La Libertad: Universidad Estatal
(puesto que sus dos extremos cohesivos de Península de Santa Elena, 2019.).
EcoR1 son idénticos), lo siguiente seria la
introducción de ambas en una célula huésped Roclón, G. (2019). Tecnología del ADN
(Transformación) y por último la selección e recombinante. [Material de clase].
identificación de células huésped que Biotecnología.
contienen el ADN recombinante. (Pillacela,
2019)
Conclusión
La clonación es un proceso en que se duplican
segmentos y genes específicos, pDRAW es ..
una herramienta bioinformática que permite
predecir cómo será inserción de un gen en un ,,
vector de clonación, para minimizar el margen