Una guía completa para analizar e interpretar los

resultados de la electroforesis en gel.

Factor que afecta los resultados de la electroforesis en gel:

 La composición y concentración del tampón.
 La concentración del gel de agarosa.
 La pureza y concentración del ADN.
 El voltaje de la electroforesis.
 Uso del tampón y gel de agarosa
 Preparación del gel.
 El pH del tampón y el ADN.

Temas clave:
 Contaminación de proteínas y ARN en resultados de electroforesis en gel
 Análisis e interpretación de los resultados de electroforesis en gel de ADNg:
o Imagen 1
o Imagen 2
o Imagen 3
o Imagen 4
o Imagen 5

Contaminación de proteínas y ARN en resultados de electroforesis en gel

Las moléculas de ARN son más ligeras que el ADN. Entonces, el ARN migra más rápido
que el ADN y el ADN migra más rápido que la proteína porque las proteínas son más
pesadas que el ADN. Ver la imagen,
Vea el pozo 9: el ADN está tratando de salir del gel pero no migró
correctamente. Además, el frotis sobre el ADN indica la contaminación
del ARN . Todos los demás ADN están degradados.

Del 64 al 79, en cada pozo, el ADN está tratando de salir del pozo, pero algo de ADN
permaneció dentro del pozo. Un par de razones son responsables de eso. En primer
lugar, los pocillos se rompen durante la carga de la muestra (ver 72, 74, 75, 76, 77, 78)
y, en segundo lugar, las burbujas de aire se formaron durante la fundición del gel.
Otra posibilidad en este gel es que el peine no se coloque correctamente o que el gel se
altere durante la extracción del peine. Debido a estas razones, el ADNg no puede salir
del pozo.

Además, untar por encima del ADN indica la alta contaminación de

ARN en la muestra y untar por detrás de la banda de ADN (en los
pocillos 75, 76, 77, 78, 79) indica la contaminación de la proteína.

En conclusión, el ADN no se extrae adecuadamente y la preparación

del gel es deficiente.
El ADN en los pocillos 50, 51, 52, 53, 54 y 55 se degrada. La concentración del ADN
es muy alta en el pozo 59, por lo tanto, no puede salir del pozo. El peine no se retira
adecuadamente de los pocillos 56, 59,60, 61 y 62. Las muestras de ADN están
altamente contaminadas con proteínas y ARN (59 a 62).

El ADN en los pozos 31, 32, 33, 34 y 35 está altamente contaminado con ARN. Ahora
vea los pozos 37, 38, 39 y 40, el gel no se vierte correctamente, por lo que las burbujas
de aire han permanecido dentro de los pozos, lo que impidió que el ADN migrara hacia
el polo positivo.

Las muestras 45 y 47 no se extraen bien, están altamente contaminadas con proteínas y

ARN.
Ahora, este caso es un poco diferente de otros geles. Aquí el tampón de carga de gel se
reutiliza tantas veces, por lo tanto, la concentración real del tampón se cambia durante
la electroforesis de este gel. Debido a esta razón, apareció el tampón obstaculizado en la
migración de ADN y la mancha de la banda de ADN.

Además, el gel es ligeramente más brillante que otros geles debido a los fragmentos de
otro ADN (en cada ciclo queda una cierta cantidad de ADN en el tampón que aparece en
el siguiente ciclo cuando lo reutilizamos).

Análisis e interpretación de los resultados de gel de los

productos de PCR:
veamos algunas de las imágenes de gel de fragmentos de PCR. Se
requiere un 2% de gel para separar los productos de PCR porque los
productos de PCR son los fragmentos más pequeños de ADN de casi ~
100 pb a ~ 1500 pb.

Leer más sobre PCR,

La imagen se captura con el transiluminador UV en lugar del sistema de documentación
del gel para mostrarle el efecto de EtBr en los resultados de la electroforesis en gel.

Aquí, debido a la reutilización de un gel y del tampón, el EtBr no se esparce

adecuadamente en el gel. Además, las trazas del EtBr anterior también están presentes
en el gel. Vea el color naranja cerca de los pozos, el ADN y la escalera, todas estas son
moléculas de EtBr que no se propagan bien.

En este gel, el gel, así como el tampón, se reutilizan tantas veces. Ver el estado de las
bandas. El peine no está colocado / retirado correctamente.
Ahora esta imagen es bastante buena, pero ¿cuál es el problema?

Aquí la temperatura de recocido de la imprimación no se selecciona correctamente. Por

lo tanto, el cebador está comprometido con otras secuencias complementarias presentes
en el genoma . La temperatura de recocido es demasiado baja en comparación con su
temperatura de recocido real. Debido a esta razón, se observan más de 4 bandas de
amplicones de PCR en el gel. Además, vea la flecha verde, una burbuja obstaculizó la
separación de la escalera de ADN.
En conclusión, la PCR no se realiza con las condiciones óptimas de
PCR.
Ahora este gel es bastante bueno, ¿no? la escalera de ADN se separa muy bien y el ADN
también se amplifica adecuadamente. Pero la concentración de la plantilla de ADN es
un problema aquí.
La concentración de la plantilla de ADN utilizada en esta reacción de PCR es muy
alta. En una reacción de PCR normal, una concentración de 25 a 30 ng es suficiente. Sin
embargo, en esta reacción de PCR, la concentración de ADN será más de 100 ng.

Debido a esta razón, se observa el frotis del ADN junto con el producto amplificado.

Los puntos brillantes en el gel son burbujas de aire. Debido a las burbujas de aire, la
escalera no se migra correctamente. Vea la primera flecha roja. Además, la escalera y el
ADN son demasiado viejos o no se mantienen adecuadamente, están degradados.
Ahora analice esta imagen de gel, la escalera de ADN corrió más rápido que las
muestras. Las muestras también están manchadas, lo que significa que el tampón es
demasiado viejo, su concentración está alterada o el pH del tampón puede cambiar.

Recuerde, cuando tenemos los frotis como este en cualquiera de los productos de PCR,
nuestro búfer es el problema.

Ahora vea las dos flechas rojas, las burbujas que dificultan la migración del ADN.
 Hemos visto todos los tipos de resultados de electroforesis en gel de ADN e interpretado
cada tipo de resultados de electroforesis. Pero ¿qué cualidades tiene un gel de
electroforesis de buena calidad?

 Bandas buenas y afiladas

 Mínima imprimación-dímeros
 Una escalera de ADN bellamente separada.
 Sin antecedentes ni rastros de otro ADN en el gel
Vea la siguiente imagen de gel y analice cada parámetro. Aunque los cebadores están
presentes, ese es otro problema. El resultado del gel es hermoso y las bandas son muy
claras y se explican por sí mismas.

Temas clave:
 Análisis e interpretación de electroforesis en gel (agarosa) Resultados de la digestión
por restricción:
o Figura 1:
o Figura 2:
o Figura 3:
o Figura 4:
o Figura 5:
o Figura 6:
 Análisis e interpretación de los resultados de electroforesis en gel (agarosa) de PCR
multiplex:
o Imagen 7:
o Imagen 8:
o Imagen 9:
 Análisis e interpretación de los resultados de electroforesis en gel (agarosa) de
diferentes formas de ADN:
o Imagen 10:
o Imagen 11:
 Las risueñas bandas de ADN ...
o Imagen: 12
Análisis e interpretación de electroforesis en gel (agarosa)
Resultados de la digestión por restricción:
La digestión de restricción es un proceso en el cual la enzima de restricción escinde un
ADN en un lugar específico (llamado sitio de reconocimiento).
La digestión de restricción es un proceso en el cual la enzima de restricción escinde un ADN
en un lugar específico (llamado sitio de reconocimiento).
Diferentes fragmentos de ADN generados debido a la digestión de restricción utilizados para
distinguir homocigotos de heterocigotos.

Vea la figura a continuación,

Una enzima de endonucleasa de restricción corta el ADN en una ubicación específica (en su
sitio de reconocimiento en el ADN) y crea dos fragmentos, el proceso se llama digestión de
restricción.
La imagen de gel anterior es el resultado de la digestión de restricción. Los carriles 3, 5,
7 y 8 son un alelo normal homocigoto con una banda de 184 pb aquí también está
presente una banda de 68 pb, pero no es visible.

El carril 2 es un alelo mutante sin cortar de 252 pb.

Los carriles 1 y 6 son heterocigotos y contienen tres alelos: 252 pb, 184 pb y 68 pb. Sin
embargo, es difícil distinguir la banda de 64 pb, porque la concentración de gel es
inferior al 3%. Si la concentración de gel fue del 3%, se verán más bandas de nitidez y
tal vez aparezca la banda de 64 pb.

El carril 4 es un marcador molecular.

La figura anterior es otro ejemplo de la digestión de restricción de ADN
con endonucleasa Nia III. Aquí el escenario de la digestión es diferente.
En lugar de un alelo normal, un alelo mutante contiene un sitio de restricción para
el Nia III que corta el alelo mutante y produce dos fragmentos de ADN de 225 pb y
175 pb.
El alelo normal permanece sin cortar de 400 pb. Examina la figura cuidadosamente.
En esta imagen de gel, el alelo mutante digerido con Hinf I genera dos alelos de 175 pb
y 23 pb. Sin embargo, la banda de 23 pb no aparece en el gel debido a la menor
concentración de gel.
La especificación del alelo normal y los alelos mutantes se dan en la figura 4.
Esta imagen de gel es otro ejemplo de que, en lugar del alelo normal, el alelo mutante se
digiere usando la enzima Hae III. La especificación de alelos normales y mutantes se da
en la figura.

Esta imagen de gel es un poco diferente, aquí la

endonucleasa Msp que digiero tanto el alelo normal como el alelo
mutante. En el alelo normal, corta el ADN en dos ubicaciones
diferentes y genera tres fragmentos de ADN, a saber, 196 pb, 70 pb y
56 pb (carriles 2 y 7).
Mientras está en el alelo mutante, corta el ADN en una ubicación y
genera dos fragmentos de ADN de 266 pb y 56 pb (carril 3).
Los carriles 4, 5, 6 y 8 son heterocigotos y contienen 4 fragmentos de
ADN de 266 pb, 196 pb, 70 pb y 56 pb.

Consejos: para identificar el gel de digestión de restricción, primero

examine si hay más de dos bandas presentes o no.
En el siguiente paso, identifique el heterocigoto que tiene una banda
adicional que el alelo normal y vea si coincide con ambos alelos o no.

Finalmente, vea el gel general, las bandas de ADN de la

electroforesis en gel de agarosa de digestión de restricción deben
estar afiladas y ser más delgadas que los resultados de la PCR.

Ahora, tomemos algunos ejemplos de resultados de PCR multiplex.

Análisis e interpretación de los resultados de electroforesis

en gel (agarosa) de diferentes formas de ADN:
Cuando ejecute un ADN plasmídico en el gel, probablemente
obtendrá las bandas de ADN que se muestran arriba.

El ADN circular monocatenario migra más rápido que la otra forma de

ADN. Naturalmente, el ADN permanece en forma superenrollada.

El proceso de superenrollamiento es muy necesario para ajustar el

ADN dentro de la célula. Sin embargo, el ADN superenrollado no es
accesible para que se realice la replicación .
Para la replicación in vivo , la topoisomerasa escinde una cadena de
ADN y afloja la tensión sobre ella y también sirve un extremo libre
para que funcione la polimerasa.
En el plásmido, esta forma de ADN (escindida con la topoisomerasa)
es un ADN circular mellado que migra muy lentamente durante la
electroforesis en gel de agarosa y aparece muy cerca del pozo. Ver el
carril 1.
La forma lineal de ADN se genera cortándola con la endonucleasa de
restricción. Corta ambas hebras de ADN plasmídico en una ubicación
y lo hace lineal.

El ADN lineal migra más rápido que el ADN circular cortado y más
lento que el ADN superenrollado. La banda de ADN plasmídico lineal
aparece entre el ADN superenrollado y el ADN cortado. Vea el carril 2
de la figura 10.
Otra forma de ADN es la forma superenrollada requerida para ajustar
el ADN dentro de la célula. La estructura del ADN superenrollado está
tan intacta que migra más rápido a través de los poros del gel de
agarosa. Aparece después de la banda de ADN lineal.

El ADN circular monocatenario corre más rápido entre todas las

formas de ADN debido a su estructura topológicamente limitada.

Durante la preparación del plásmido, cuando tratamos el ADN del

plásmido con los agentes alcalinos, se vuelve temporal de cadena
sencilla.

Sin embargo, cuando alcanza el pH neutro, se sobreenrolla.

El ADN circular monocatenario, a menudo conocido como ADN

circular cerrado covalentemente, migra más rápido en un gel. Vea
el carril 4 de la figura 10.
Nota: cuando aísle un ADN plasmídico, póngalo en un gel de agarosa
y la banda aparecerá detrás de la banda de ADN superenrollado, o
no migrará hasta la distancia deseada, indica que su ADN plasmídico
está contaminado con nucleasa o DNasa.

Las risueñas bandas de ADN ...

¿Puedes observar algo inusual en esta imagen de gel?

Las bandas son claras y nítidas, por lo tanto, la imagen debe ser de producto de
PCR. Pero las bandas son curvas. Este tipo de bandas se denominan "bandas de ADN
sonriente".

Puede observar bandas de ADN de smiley en cualquier ADN, ya sea ADN bacteriano,
ADNg humano, producto de PCR u otros productos de ADN.

Varias razones podrían ser responsables de esto,

1. La difusión térmica (aumento de la temperatura del gel de agarosa)

2. Mayor voltaje
3. Concentración inadecuada de agarosa
4. Reutilización del búfer en ejecución
Aunque las bandas de risa no obstaculizan la interpretación de los resultados. Pero es
una indicación de preparación inadecuada del gel.