Vilma Morales, Giannella Murillo, Xavier Tello, Katty Vernaza – 4to Semestre G1

CATH (Protein Structure Classification)

Los cuatro niveles principales de CATH son, Clases, Arquitecturas, Topologías

y Superfamilias Homólogas (en inglés Homologous superfamilies). De estos
cuatro niveles proviene el nombre de la clasificación (C-A-T-H). El proceso de
creación de CATH contiene más pasos automáticos y menos intervención
humana en comparación con SCOP. De forma análoga a SCOP, CATH
comienza en el nivel de clase definiendo tres clases mayores según su estructura
secundaria, estas son all α, all β, α/β. Luego de obtener las estructuras de las
proteínas de la PDB, se realizan comparaciones automáticas para agruparlas de
acuerdo al grado de similitud de sus secuencias. Primero se define la clase de
cada dominio para evitar la realización de comparaciones innecesarias entre las
estructuras de distintas clases. En general este proceso es automático, aunque
en los casos muy difíciles podría haber intervención humana. Las comparaciones
automáticas entre las proteínas de cada clase permiten producir los niveles de
topología y superfamilias homólogas. El último paso es la asignación manual de
las arquitecturas usando la inspección visual y las referencias a la literatura. Los
dominios que se encuentran dentro del mismo nivel de superfamilia homologa
comparten el origen evolutivo. (Colautti & Moro, 2015)

El objeto de la clasificación CATH (Protein Structure Classification) (así como en

SCOP) es el dominio, es decir, la unidad básica de estructura terciaria en las
proteínas. La jerarquía "taxonómica" en esta clasificación es la siguiente (y
forman la palabra CATH):

• Clase (nivel C): Es la jerarquía mayor en la clasificación, y corresponde a una

descripción de la estructura secundaria globalmente considerada; así, hay tres
clases básicas: Pricipalmente α; Principalmente β; α−β, más otro apartado que
engloba a proteínas con poca o ninguna estructura secundaria. Básicamente
coincide con SCOP

• Arquitectura (nivel A): Describe la forma global de empaquetamiento de las

estructuras secundarias dentro del dominio, pero sin ofrecer distinciones en
cuanto a conectividad de los distintos elementos. Así, por ejemplo, el barril de la
Triosa fosfato isomerasa correspondería a una arquitectura específica dentro de
la clase α−β.
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• Topología (nivel T): En este nivel se describe la conexión de los distintos

elementos dentro de las diversas arquitecturas.

• Superfamilia de homología (nivel H): Aquí se tiene en consideración la

homología de estructura primaria; las distintas categorías en este nivel se
refieren a grupos de proteínas (superfamilias) con una homología de secuencias
tal que remiten a un antepasado filogenético común. (Tamarit, 2016)

Clase: Proteínas principalmente α

En estas proteínas la estructura secundaria en a-hélice es predominante (Más

de un 50 % α y menos de un 5 % β). Se distinguen tres arquitecturas distintas en
esta clase:

Arquitectura: No fasciculada. Las α-hélices no están dispuestas en haces, sino

que se agrupan libremente dentro de una estructura globular. El ejemplo es
la Eritrocruorina, una proteína que pertenece a la misma familia que las
hemoglobinas y la mioglobina.

Arquitectura: Fasciculada. Las α-hélices están dispuestas en haces, de

manera que las a-hélices forman entre sí ángulos de 0º o 180º. Tenemos un
ejemplo en el Citocromo C', proteína implicada en el transporte electrónico.

Arquitectura: Proteínas pequeñas helicoidales. Estas proteínas constan

solamente de una o dos hélices. Un ejemplo es la Proteína de cubierta de
Inovirus. El inovirus es un virus bacteriano (bacteriófago) filamentoso.

Clase: Proteínas principalmente β

En esta clase la estructura secundaria fundamental es la beta, agrupada en

láminas. Se define con los siguientes valores límite: más del 50 % en β y menos
del 5 % en α. Comprende 17 arquitecturas distintas, que pasamos a presentar:

Arquitectura: Cinta. Es una clase amplia, que comprende una serie de

láminas β, con una forma global elongada. Un ejemplo es el Activador del
plasminógeno, proteína implicada en el proceso de fibrinólisis.
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Arquitectura: Lámina simple. Se trata de proteínas cuya estructura es una

simple lámina β, con una pequeña curvatura. Un ejemplo es la Heregulina,
factor de crecimiento relacionado con el EGF (factor de crecimiento epidérmico)

Arquitectura: Rollo. Se trata de una sola lámina muy curvada, pero que no llega
a formar un barril. Tenemos un ejemplo en la Fosfatidil inositol-3-kinasa,
enzima implicada en el sistema de transducción de señales de los inositol
fosfatos.

Arquitectura: Barril. Consta de una lámina β antiparalela formando una

estructura cerrada; contiene de 6 a 16 tramos en β. Un ejemplo es la Porina,
proteína integral de membrana que forma poros en la misa con un límite de
exclusión de 600 Da.

Arquitectura: Concha. Es una gran lámina β doblada en forma de concha, con

unas pocas α-hélices alrededor. Esta curiosa estructura aparece en la Proteína
A portadora de bacterioclorofila, presente en bacterias fotoautótrofas.

Arquitectura: Multicapa ββ (Bocadillo ββ). Dos láminas empaquetadas

formando un "bocadillo" de dos capas. Es el motivo típico de los dominios de las
inmunoglobulinas. Tenemos un ejemplo en la beta-2-microglobulina, antígeno
humano de histocompatibilidad Clase I Aw 68.1 (Hla-Aw 68.1, Antígeno
Leucocitario Humano)

Arquitectura: Multicapa distorsionada. Dos láminas empaquetadas formando

un "bocadillo" de dos capas, como en el caso anterior, pero con mayor desorden
y una curvatura significativa. Un ejemplo sería la Proteína Reguladora del
Complemento, que participa en la activación de este sistema de defensa.

Arquitectura: Trifolio. Tres horquillas β dobladas en torno a su punto medio,

que se combinan en parte para formar una estructura de barril β central. Por
ejemplo, FGF, Factor de Crecimiento del Fibroblasto, importante factor de
crecimiento tisular.

Arquitectura: Prisma Ortogonal. 3 láminas paralelas dispuestas como las

caras de un prisma trigonal. Los tramos β de cada lámina discurren
perpendicularmente al eje del prisma. Un ejemplo es una Aglutinina
de Galanthus Nivalis, lectina vegetal capaz de fijar manósidos.
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Arquitectura: Prisma Alineado. 3 láminas paralelas dispuestas como las caras

de un prisma trigonal. Los tramos β de cada lámina discurren paralelamente al
eje del prisma. Tenemos un ejemplo en Proteína de membrana vitelina.

Arquitectura: Hélice de cuatro aspas. Se trata de cuatro láminas β dispuestas

radialmente como las aspas de una hélice. Cada una de las aspas aparece
retorcida incluso hasta 90º. Es el caso de la Hemopexina, Proteína plasmática
encargada del transporte de porfirinas en la sangre.

Arquitectura: Hélice de seis aspas. Se trata de seis láminas β dispuestas

radialmente como las aspas de una hélice. Cada una de las aspas aparece
retorcida incluso hasta 90º. Es el caso de la Neuraminidasa, Enzima que elimina
residuos de ácido siálico a partir de oligosacáridos.

Arquitectura: Hélice de siete aspas. Se trata de siete láminas β dispuestas

radialmente como las aspas de una hélice. Cada una de las aspas aparece
retorcida incluso hasta 90º. Es el caso de la enzima Metilamina
deshidrogenasa.

Arquitectura: Hélice de ocho aspas. Se trata de ocho láminas β dispuestas

radialmente como las aspas de una hélice. Cada una de las aspas aparece
retorcida incluso hasta 90º. Es el caso de la enzima Metanol deshidrogenasa.

Arquitectura: Solenoide (2). Se trata de dos láminas β planas empaquetadas

de manera muy próxima. Se distingue de las estructuras multicapa por su
conectividad, dado que la cadena alterna continuamente entre las dos láminas,
y de ahí el término solenoide. Recibe a veces también el nombre de hélice β. Un
ejemplo es la enzima Proteasa alcalina.

Arquitectura: Solenoide (3). Se trata de tres láminas β planas en las que la

cadena alterna continuamente entre las tres láminas, dando vueltas en torno al
eje principal. Tenemos un ejemplo en la enzima Pectato liasa.

Arquitectura: Compleja. En este caso es una estructura predominantemente β,

pero de complejidad tal que no puede ser clasificada en ninguna de las
categorías anteriores. Es el caso de la Proteinasa ácida.
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Clase: Proteínas a y β

Se trata de proteínas que contienen zonas en a-hélice (entre un 15 % y un 55 %)

y zonas en estructura β (entre un 10 % y un 45 %). Dentro de esta clase, otras
clasificaciones, como SCOP, hacen distinción entre proteínas α/β, en las que
ambas estructuras presentan una conectividad grande, y proteínas α y β, en las
que aparecen separadas dentro del mismo dominio las zonas en α y las zonas
en β. A continuación, las principales arquitecturas de esta clase:

Arquitectura: Rollo. Suele haber una lámina β con cierta curvatura, que a veces
rodea a la estructura en α-hélice. Por ejemplo, la enzima Escitalona
dehidratasa.

Arquitectura: Barril. Una lámina β paralela formando un cilindro central y cuyos

tramos están unidos por a-hélices. Es el conocido "barril β" de la triosa fosfato
isomerasa. Otro ejemplo es la enzima Endo-1,4-beta-D-glucanasa.

Arquitectura: Multicapa (2 capas, βα). Si la lámina β es suficientemente plana,

podemos describir la estructura como dos capas: una es la lámina β y la otra
las α-hélices. Por ejemplo, el inhibidor natural Barstar de la
ribonucleasa barnasa.

Arquitectura: Multicapa (3 capas, αβα). Se trata de tres capas α-β-α. Podemos

poner como ejemplo la Gen Regulatory Protein.

Arquitectura: Multicapa (3 capas, ββα). Estructura multicapa en la que

sucesivamente hay una lámina β, otra lámina β y una tercera capa con α-hélices,
por este orden. Por ejemplo, la subunidad B de la enzima Carboxi liasa.

Arquitectura: Multicapa (4 capas, aββα). Como en los casos anteriores, pero

con cuatro capas: dos de α -hélices en los extremos y dos láminas β en el centro.
Con esta arquitectura tenemos la Desoxirribonucleasa I.

Arquitectura: Caja. Se trata de una lámina β extensa, algo curvada, y en cuyos

extremos hay dos láminas más pequeñas, dando al conjunto una forma de caja.
En el centro de la misma hay varias α-hélices. Es el caso del Antígeno Nuclear
de Células Proliferantes.
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Arquitectura: Herradura. Es una estructura con una lámina β muy ordenada, y

curvada como una herradura, con α-hélices flanqueantes dispuestas asimismo
de una forma muy ordenada. Por ejemplo, el Inhibidor de ribonucleasa.

Arquitectura: Compleja. En este tipo agrupamos aquellas proteínas α-β cuya

estructura es demasiado compleja como para entrar en cualquiera de las
categorías anteriores. Así, el Citocromo P450CAM.

Arquitectura: Péptidos pequeños β. Agrupamos aquí a péptidos pequeños

cuya estructura secundaria es principalmente β. Por ejemplo, la subunidad A de
la enzima Carboxi liasa.

Clase: Proteínas con estructura secundaria escasa

Se trata de proteínas con poca o ninguna estructura secundaria. Todas las

proteínas de esta clase se agrupan en una sola arquitectura:

Arquitectura: Irregular. Tenemos un ejemplo en la subunidad B de la Lectina

de guisante. (Battaner, 2016)

SCOP ("Structural Casification Of Proteins")

Actualmente se clasifican las proteínas desde el punto estructural en cuatro

grupos principales (todo a, todo b, a/b y a+b) junto con otros tres grupos
adicionales. Esta clasificación se recoge en el banco de datos de SCOP
("Structural Casification Of Proteins").

Práticamente todas las proteínas presentan similaridades estruturales con otras

proteínas y en algunos de los casos esta similiaridad va acompañada de un
origen evolutivo común. la base de datos SCOP proporciona una descrpción
detallada y comprensiva de las relaciones estructurales y evolutivas entre las
estructuras proteicas conocidas.

Esta clasificación de la base de datos de SCOP es jerárquica. Las proteínas se

clasifican en familias cuando presentan similitudes de secuencia primaria y/o
estructura y función demostrable. Cuando dos o más familias con poca similitud
en estructura primaria presentan similitud en estructura y función se agrupan en
una superfamilia. Los dos grupos más altos, plegamiento y clase, se basan
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exclusivamente en aspectos estructurales. En la tabla se muestran los diferentes

grupos de la calificación SCOP y se puede visualizar un ejemplo de cada clase.

SCOP es una base de datos de proteínas clasificadas jerárquicamente por su

estructura y sus relaciones de homología. Las proteínas se clasifican en familias
cuando presentan similitudes de secuencia primaria y/o estructura y función
demostrable. Cuando dos o más familias con poca similitud en estructura
primaria presentan parecidos en estructura y función se agrupan en una
superfamilia. Los dos grupos más altos, plegamiento y clase, se basan
exclusivamente en aspectos estructurales.

Veamos una definición un poco más detallada de cada uno de los niveles SCOP:

1. class (clase) – Es la jerarquía superior con 7 clases (principales), que se

corresponden con los tipos de estructura secundaria. Las clases básicas están
basadas en los elementos de estructura secundaria que los componen:

• todo α
• todo β
• α/β: Estructuras en las que se suceden laminas beta y hélices alfa.
• α+β: Estructuras en las en las que aparecen separadas dentro del mismo
dominio las zonas en alfa y las zonas en beta.
• multidominios: Proteínas con dos o más dominios pertenecientes a
diferentes clases
• proteínas pequeñas
• de membrana
• otras

2.- fold - Elementos de estructura secundaria principales iguales con las mismas
conexiones topológicas. Diferencias en los elementos de estructura secundaria
periféricos o en los lazos por causas físico-químicas pero sin evidencia de
relación de evolutiva.

3.- Superfamily -Proteínas que podrían tener un origen evolutivo común:

• Identidad de secuencia baja

• Estructura similar
• A menudo, características funcionales parecidas
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4.-family – Proteínas en las que se puede detectar homología en la secuencia:

• Identidad de secuencia ≥ 30%

• Menor identidad, pero función y estructura muy similar
• Proteínas que tienen un origen evolutivo común: Las familias subdividen
en
 proteínas, especies y ficheros PDB.

(Tamarit, 2016)
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SCOP: Clasificación Estructural de Proteínas

(Excluye ácidos nucleicos y modelos teóticos)

Clase Plegamientos Superfamilias Familias Ejemplo con Jmol

Proteínas todo alfa 202 342 550 mioglobina

inihibidor de la alfa
Proteínas todo beta 141 280 529
amilasa

Proteínas alfa y beta (a/b)

Principalmente hojas betas triosa fosfato
130 213 593
paralelas (unidades beta- isomerasa
alfa-beta)

Proteínas alfa y beta (a+b)

transclicosilasa D
Principalmente hojas betas
260 386 650 unida a membrana,
antiparalelas (regiones alfa
MltD
y betas separadas)

Proteínas multidominio
Proteínas con dos o más utiril-CoA
40 40 55
dominios pertenecientes a deshidrogenasa
diferentes clases

Proteinas de membrana y
superficie celular
42 82 91 alfa-hemolisina
No incluye las proteínas
del sistema inmune

Proteínas pequeñas
inhibidor de tripsina
Proteínas con ligandos
72 104 162 pancreático bovino,
metálicos, grupo hemo y/o
BPTI
puentes disulfuro

Total 887 1447 2630

(Urdiales, 2005)
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Bibliografía
Battaner, E. (2016). Clasificación estructural de proteínas. Obtenido de Departamento
de Bioquímica y Biología Molecular. Universidad de Salamanca:
https://campus.usal.es/~dbbm/modmol/modmol05/mm05t01.htm#ind

Colautti, E., & Moro, M. (5 de Noviembre de 2015). Human Computation en

bioinformática. Desarrollo de un videojuego para la clasificación de proteínas.
Obtenido de Semantic Scholar:
https://pdfs.semanticscholar.org/e8a9/adeb677a0cf77a894b065f496a0395dd2c
bb.pdf

Tamarit, R. (2016). Clasificación estructural de proteínas. Visualización molecular.

Obtenido de Mural Universidad de Valencia:
http://mural.uv.es/rata3/PECS/BiologiaEstructural_PEC1.pdf

Urdiales, J. L. (16 de 5 de 2005). BioROM. Obtenido de BioROM:

http://www.biorom.uma.es/contenido/av_biomo/Mat3d.html