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Tras la toma de Tenochtitlan en 1521, Cortés lo comisionó para otras expediciones más al
sur, lo que le permitió pasar a la historia también como conquistador de Guatemala y El
Salvador junto a su hermano Gonzalo de Alvarado y, aunque siguiendo a Cortés, también
concluyó la conquista en Honduras.
En 1524, Pedro de Alvarado ordena la fundación de la primera capital colonial de
Guatemala: Santiago de los Caballeros inicialmente en Iximché (Tecpán), luego refundada
en 1527 en el valle de Almolonga (hoy el barrio de San Miguel Escobar en Ciudad
Vieja, Sacatepéquez) tras una revuelta indígena.
En 1525 ordenó a Gonzalo de Alvarado la fundación de una villa con el nombre de San
Salvador en el Señorío de Cuzcatlán, para dominar los naturales de esas tierras. Ambas
localidades llegaron a tener tanta preponderancia en sus respectivas provincias
jurisdiccionales que terminaron por convertirse en capitales de las repúblicas
de Guatemala y El Salvador, respectivamente; aunque ninguna está en su emplazamiento
original hoy en día.
En 1527 viajó a España y se entrevistó con Carlos V. Es este su momento de mayor gloria,
al recibir del emperador los nombramientos de gobernador, capitán general y adelantado
de Guatemala, más de lo que conseguiría nunca Cortés de Nueva España. Sin embargo, a
su vuelta a América, en 1529, el gobernador de la Nueva España lo encarceló y lo
procesó; solo pudo librarse del cautiverio por la intervención de Cortés.
Las noticias sobre las riquezas de los incas y la conquista que emprendió Francisco
Pizarro llegaron a oídos de Alvarado en Guatemala. Solicitó y consiguió permiso del Rey
de España para hacer descubrimientos y conquistas en las tierras de la provincias de
Quito del Imperio Inca que estuvieran fuera de los límites asignados a Francisco Pizarro.
Construyó su flota en el Pacífico Sur, donde fundó el Puerto de Iztapa (en Guatemala). A
principios de 1534 se hizo a la vela con una flota compuesta por ocho navíos, en los
cuales se embarcaron 500 infantes bien armados, 227 caballos y un número de indígenas
de Guatemala. Bartolomé de las Casas, en su Brevísima Relación, recuerda la mortandad
de indios que generaban estas expediciones, tanto por obligarlos a transportar hasta el
Mar del Sur los materiales con los que se construían los barcos, como por las condiciones
de viajes y trabajos.
El 25 de febrero de 1534 Alvarado desembarcó en la bahía de Caráquez; pasó luego a
Charapotó, donde fundó la Villa Hermosa de San Mateo de Charapotó; de ahí a Jipijapa, a
Paján y al río Daule. Volvió a retroceder hacia los bosques de Paján, donde se detuvo
algún tiempo. Sus fuerzas avanzaron por el sur hasta mucho más arriba de Chonana, y por
el norte bajaron tanto que llegaron hasta el territorio de Nono, en la actual provincia de
Pichincha, a pocos kilómetros de Quito.
Desde Nono, desandando muchas leguas, tornaron a los bosques pantanosos
de Chimbo en la región occidental, por donde, ya juntándose de nuevo toda la expedición,
empezaron a ascender la cordillera de los Andes hasta salir a las alturas de Ambato.
Como Alvarado anduvo perdido en las provincias del litoral durante los meses de febrero,
marzo y abril, sufrió las molestias de las lluvias de invierno, cuando en la costa los llanos y
todo el suelo en general se convierten en anegadizos y pantanos intransitables; y saliendo
a la planicie interandina, en agosto, pasó la cordillera precisamente en la época de los
mayores vientos y de las más fuertes nevadas.
Llegó Pedro de Alvarado a las llanuras de Ambato, actualmente en Ecuador, con un
ejército completamente débil, ya que llevaba muchos meses padeciendo las inclemencias
de la selva costanera, en la que se perdieron, porque los guías indígenas que habían
retenido a la fuerza lograron huir. Por esta razón, no estaban en condiciones de
enfrentarse con Diego de Almagro y Sebastián de Belalcazár y prefirieron llegar a un
arreglo amistoso el 26 de agosto de 1534, que consistió en que Pedro de Alvarado
recibiría una indemnización por los gastos que había hecho en tan malhadada expedición
y, a cambio, Diego de Almagro y Gonzalo Pizarro consiguieron que Pedro de Alvarado les
cediera los barcos, caballos y hombres que quisieran quedarse. Pedro de Alvarado,
finalmente, regresó a Guatemala. Francisco López de Gómara, en su Historia General de
las Indias, cifra la indemnización en cien mil pesos de oro, que fueron pagados,
cumpliendo la palabra de Almagro.
En esa última acción militar, que a veces se conoce como Guerra del Mixtón, Alvarado fue
arrollado por el caballo de un compañero inexperto que huía del contraataque de los indios
chichimecas, que estaban parapetados en el Cerro del Mixtón (gato) y eran comandados
por Francisco Tenamaxtle, un caxcán bautizado que se había levantado en armas.
Sucedió en Nochistlán, en el sur de lo que hoy es el estado de Zacatecas.7
Tras unos días de agonía, murió el 4 de julio de 1541. Su cuerpo fue enterrado primero en
la iglesia de Tiripetío, Michoacán, y trasladado en 1568 por su hija, Leonor Alvarado
Xicoténcatl, a una cripta de la catedral de San José de Santiago de
Guatemala (hoy Antigua Guatemala), junto al de su mujer, Beatriz de la Cueva, llamada la
sinventura, no sin motivo: enviudó menos de un año después de suceder a su hermana
como mujer de Alvarado, y luego sobrevivió a su marido solo otro año.8
El cuerpo del conquistador y fundador de la ciudad sigue en dicha iglesia después de que
fracasara el intento de enterrarlos en un monumento levantado en su memoria debido a la
presión popular9
Luego de la muerte de Pedro de Alvarado en la Guerra del Mixtón, al quedar vacante la
gobernatura de Hibueras, la Real Audiencia de los Confines solicita a Francisco de
Montejo ejercer nuevamente el cargo en Hibueras, entre 1542 y 1544. No obstante, deja el
nombramiento y las gobernaturas de Tabasco y Chiapas, presentando sus
respectivos juicios de residencia.