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INDICE
Introducción……………………………………………………………………………………………………………………2
Resumen…………………………………………………………………………………………………………………………3
Objetivos………………………………………………………………………………………………………………………..3
1. ¿En qué consiste? ……………………………………………………………………………………………………4
2. Conceptos Previos…………………………………………………………………………………………………….4
2.1 Endonucleasas de restricción………………………………………………………………………………4
2.2 Polimerasas………………………………………………………………………………………………………..5
2.3 Otras enzimas…………………………………………………………………………………………………….5
3. Un poco de historia………………………………………………………………………………………………….5
4. Antecedentes…………………………………………………………………………………………………………..6
5. Fundamento e Importancia……………………………………………………………………………………..7
6. ¿Cuál es el método para la reacción de cadena de la Polimerasa?............................8
7. Etapas de la Reacción en Cadena de la Polimerasa…………………………………………………..9
8. ¿Qué se requiere para su realización?.......................................................................12
8.1 Amortiguadores………………………………………………………………………………………………..13
8.2 Sales………………………………………………………………………………………………………………….13
9. ¿Cómo se prepara? ………………………………………………………………………………………………..14
9.1 ¿Qué materiales necesitamos a nivel práctico para preparar la reacción?.........14
9.2 ¿Cómo se suele trabajar en este caso?................................................................14
9.3 Ejemplo de la PCR……………………………………………………………………………………………..14
10. Tipos de Reacción en Cadena de la Polimerasa……………………………………………………….15
10.1 Anidada…………………………………………………………………………………………………………..15
10.2 Extensión solapada………………………………………………………………………………………….16
10.3 In Situ………………………………………………………………………………………………………………16
10.4 Múltiple……………………………………………………………………………………………………………16
10.5 Transcriptasa Inversa……………………………………………………………………………………….16
10.6 En tiempo real o Cualitativa……………………………………………………………………………..17
11. Aplicaciones……………………………………………………………………………………………………………..18
12. Conclusiones…………………………………………………………………………………………………………….21
13. Bibliografía……………………………………………………………………………………………………………….22
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INTRODUCCIÓN
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RESUMEN
OBJETIVOS
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2. Conceptos Previos:
2.1 Endonucleasas de restricción: Son enzimas que hidrolizan los ácidos nucleicos
rompiendo enlaces internucleótidos del interior de la cadena. Son producidas
principalmente por bacterias que hidrolizan enlaces fosfodiester del esqueleto del DNA de
doble hebra en secuencias específicas. Las endonucleasas
de restricción de tipo II son las más útiles en
los métodos de DNA debido a su especificidad de
secuencia absoluta, tanto para la reacción de unión como
para la de ruptura. Estas enzimas se denominan con tres
o cuatro letras que corresponden a la primera letra
del género y a las dos o tres primeras letras e la especie
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2.3 Otras enzimas: Ligasas (une extremos de DNA protuberantes o romos), fosfatasas
(eliminan el fosfato de la región 5 de los ácidos nucleicos), quinasas (incorporan fosfatos
en el extremo 5 que han dejado las fosfatasas).
3. Un poco de historia:
En 1971, un artículo publicado por Kleppe et al. en Journal of Molecular Biology describió
por primera vez un método que usaba enzimas para replicar una secuencia pequeña de
ADN con cebadores in vitro. Sin embargo, este temprano ejemplo del principio básico de
la PCR no recibió mucha atención, y la invención de la reacción en cadena de la polimerasa
en 1983 es generalmente atribuida a Kary Mullis. Mullis ganó el Premio Nobel por su
trabajo en PCR.
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de pruebas, unos pocos reactivos simples y una fuente de calor." Fue premiado con
el Premio Nobel de Química en 1993 por su invención, y siete años después, él y sus
colegas del Cetus llevaron a la práctica su propuesta. Sin embargo, han aparecido
controversias y diferentes versiones sobre las contribuciones intelectuales y prácticas de
otros científicos al trabajo de Mullis, y sobre si él fue el inventor único del principio de la
PCR.
4. Antecedentes:
Los genes son porciones de ácido desoxirribonucleico (ADN) que tienen la información
necesaria para la fabricación de los ácidos ribonucleicos (ARN) y, en última instancia, a
través de éstos, de las proteínas: el ARN "copia" el mensaje contenido en el ADN y a partir
de él da lugar a la correcta formación de la cadena o secuencia de aminoácidos que
constituyen las proteínas.
Todos los genes están compuestos por la misma
materia prima: una sucesión de nucleótidos.
Cada nucleótido está formado por un grupo
fosfato, un azúcar con cinco carbonos (la
desoxirribosa) y una de las siguientes bases
nitrogenadas: adenina, timina, guanina o
citosina. Los genes no se distinguen unos de
otros por tener una composición fisicoquímica
muy diferente, sino por el orden o secuencia en
la que estas cuatro bases se disponen a lo largo
de la molécula de ADN. El hecho de que los genes
no se distingan por su composición fisicoquímica
hace prácticamente imposible aislarlos mediante
el empleo de métodos bioquímicos de
fraccionamiento del tipo de los usados para purificar proteínas como son, por ejemplo, la
cromatografía, la electroforesis o la ultracentrifugación.
Por otra parte, cada gen es una unidad de información sin solución de continuidad
respecto del resto del ADN en el que está inmerso. Esto significa que a todo gen lo
preceden y suceden otras secuencias de ADN que, en general, no tienen relación con él. El
gen que codifica para la insulina, por ejemplo, tiene una "longitud" de 1.700 bases y su
masa representa sólo la dos millonésima parte del ADN contenido en el núcleo de una
célula humana.
Hasta mediados de la década del ochenta, la única estrategia posible para aislar un gen y
obtener grandes cantidades del mismo en estado puro era el "clonado molecular". Este
método se basa en la introducción de fragmentos de ADN, uno de los cuales contendrá el
gen de interés, en vectores. Éstos son moléculas de ADN (plásmidos o ADN de
bacteriófagos) capaces tanto de transportar fragmentos ajenos a su estructura original
como de multiplicarlos dentro de bacterias. Si se conoce un pequeño tramo de la
secuencia de aminoácidos de una proteína cuyo gen se desea "clonar" (multiplicar), se
pueden diseñar métodos para identificar qué bacterias llevan el vector que transporta
dicho gen. Este reconocimiento también se puede realizar si se dispone de un anticuerpo
contra la proteína resultante del gen que se desea clonar. En este caso se reconoce la
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Una vez aislado el gen no sólo resulta posible determinar con exactitud su secuencia de
bases o analizar en detalle la información de la que es portador, sino que también se
puede estudiar su expresión (la manera en que dirige la síntesis de la proteína
correspondiente) en distintos organismos y tipos celulares, introducido en células en
cultivo o en animales de experimentación, etcétera. Estas técnicas, ya clásicas, han
permitido el aislamiento y caracterización de decenas de miles de genes de
microrganismos, animales y plantas, lo que provocó un cambio cualitativo en la
comprensión del funcionamiento de la célula.
5. Fundamento e Importancia:
Inicialmente la técnica era lenta, ya que las polimerasas se desnaturalizaban al realizar los
cambios de temperatura y era necesario agregar nuevas polimerasas en cada ciclo. Puesto
que las temperaturas del ciclo (95 °C en las fases de desnaturalización del ADN) suponen la
inmediata desnaturalización de toda proteína, se emplean ADN polimerasas
termoestables, extraídas de microorganismos adaptados a vivir a esas temperaturas,
restrictivas para la mayoría de los seres vivos. Dichos microorganismos,
generalmente arqueas, son: Thermus aquaticus (polimerasa Taq), Pyrococcus
furiosus (Pfu), Thermococcus litoralis (Vent) y Thermus thermophilus (Tth). Generalmente
se emplean mezclas de polimerasas muy procesivas (Taq) con otras capaces de hacer
corrección de errores (Pfu, Vent).
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simplemente invirtiendo la corriente eléctrica. Los tubos usados para PCR tienen una
pared muy fina, lo que favorece una buena conductividad térmica, permitiendo que se
alcance rápidamente el equilibrio térmico. Casi todos los termocicladores tienen un
sistema que calienta la tapa de cierre con el fin de evitar la condensación sobre los tubos
de reacción. Los termocicladores más antiguos carecían de este sistema y solucionaban el
problema de la condensación con una capa de aceite en la parte superior de la mezcla de
reacción o con un poco de cera dentro de los tubos.
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a) INICIO, este paso consiste en llevar la reacción hasta una temperatura de 94-96 °C (ó
98 °C si se está usando una polimerasa termoestable extrema), que se mantiene durante
1-9 minutos. En la primera etapa el ADN molde es
incubado a alta temperatura (92-98°C, de 30-90 s), para
separar cadenas complementarias, desnaturalización del
ADN y así hacerlas accesibles al apareamiento con el
iniciador específico. Esto sólo es necesario para ADN
polimerasas que requieran activación por calor.
b) SE DESNATURALIZA EL ADN (se separan las dos
cadenas de las cuales está constituido). Este paso puede
realizarse de diferentes modos, siendo el calentamiento
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(94-95 °C) de la muestra la forma más habitual. La temperatura a la cual se decide realizar
la desnaturalización depende, por ejemplo, de la proporción de G+C que tenga la cadena,
como también del largo de la misma. Otros métodos, raramente empleados en la técnica
de la PCR, serían la adición de sales o agentes químicos capaces de realizar la
desnaturalización.
b) LA ETAPA DE ALINEAMIENTO O UNIÓN DEL CEBADOR, en la cual la mezcla de reacción
es enfriada para
permitir que los
oligonucleótidos
iniciadores se alineen o
hibriden las secuencias
complementarias del
ADN blanco.
O sea producirá
la hibridación del
cebador, es decir, el cebador se unirá a su secuencia complementaria en el ADN molde.
Para ello es necesario bajar la temperatura a 40-68 °C durante 20-40 segundos (según el
caso), permitiendo así el alineamiento. Los puentes de hidrógeno estables entre las
cadenas de ADN (unión ADN-ADN) sólo se forman cuando la secuencia del cebador es muy
similar a la secuencia del ADN molde. La polimerasa une el híbrido de la cadena molde y el
cebador, y empieza a sintetizar ADN. Los cebadores actuarán como límites de la región de
la molécula que va a ser amplificada.
c) LA REACCIÓN DE EXTENSIÓN, generalmente llevada a cabo a una temperatura
intermedia, en la cual la DNA
polimerasa copia el ADN entre
las secuencias correspondientes
a los oligonucleótidos
iniciadores.
En otras palabras, actúa la ADN
polimerasa, tomando el ADN
molde para sintetizar la cadena complementaria y partiendo del cebador como soporte
inicial necesario para la síntesis de nuevo ADN. La polimerasa sintetiza una nueva hebra de
ADN complementaria a la hebra molde añadiendo los dNTP complementarios en dirección
5'→ 3', uniendo el grupo 5'-fosfato de los dNTP con el grupo 3'-hidroxilo del final de la
hebra de ADN creciente (la cual se extiende). La temperatura para este paso depende del
ADN polimerasa que usemos. Para la polimerasa Taq, la temperatura de máxima actividad
está en 75-80 °C (comúnmente 72 °C). El tiempo de extensión depende tanto del ADN
polimerasa usada como de la longitud del fragmento de ADN que se va a amplificar. Hay
una regla comúnmente usada: en su temperatura óptima, la polimerasa de ADN
polimerizará mil bases en un minuto.
d) ELONGACIÓN FINAL a una temperatura de 70-74 °C durante 5-15 minutos tras el último
ciclo de PCR. Con ella se asegura que cualquier ADN de cadena simple restante sea
totalmente ampliado.
e) CONSERVACION, por último se lleva a cabo a 4-15 °C durante un tiempo indefinido para
conservar la reacción a corto plazo.
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Para verificar que la PCR ha generado el fragmento de ADN previsto, se emplean técnicas
de electroforesis, que separan los fragmentos de ADN generados de acuerdo a su carga,
esto es, longitud, y, en menor medida y dependiendo de la matriz empleada, a su tamaño:
típicamente se emplean la electroforesis en gel de agarosa, para fragmentos grandes;
en acrilamida, para los más pequeños; y, de forma más rápida y aplicable a la PCR asociada
a marcaje fluorescente, la electroforesis capilar.3 El/los tamaño/s de los productos de la
PCR vienen determinados por un marcador de peso molecular de ADN, el cual contiene
fragmentos de ADN de tamaño conocido, y que se corre en el gel junto con los productos
de PCR
Estas tres etapas de la reacción constituyen un ciclo térmico. Cuando cada ciclo térmico se
completa, los fragmentos recientemente sintetizados sirven como ADN blanco, y en unos
pocos ciclos más, el producto predominante será una única clase de fragmente de ADN
cuya longitud corresponde a la distancia entre los oligonucleótidos iniciadores. Así, la
repetición del ciclo origina una acumulación geométrica de las secuencias amplificadas.
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8.2 Sales:
Es de gran importancia la concentración de dos cationes que son añadidos en forma
de sales.
Cloruro potásico (KCl). Influye en la desnaturalización del ADN.
Elevadas concentraciones del ión K+ favorece la desnaturalización de secuencias
cortas de ADN. Bajas concentraciones de K+ ayudan a la desnaturalización de
secuencias largas de ADN.
Cloruro de magnesio (MgCl2). Aumenta la temperatura de hibridación del DNA. La
concentración de este ion resulta fundamental para la optimización de la reacción.
Altas concentraciones de Mg++ disminuyen la especificidad de la reacción.
Bajas concentraciones de Mg++ aumentan la especificidad de la reacción.
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9. ¿Cómo se prepara?
Supongamos que los reactivos de la PCR se conservan a las concentraciones que se indican
en la tabla 1. Supongamos también que la mezcla de reacción debe contener cada uno de
los componentes a las concentraciones que se recogen en la misma tabla. ¿Cómo
determinamos el volumen a añadir a la reacción de cada uno de los componentes? Se
trata simplemente de saber que se debe cumplir la siguiente igualdad:
Vinicial X Cinicial= Vfinal X Cfinal
V representa el volumen y C la concentración.
Como ejemplo, si los cebadores se conservan a una concentración (concentración inicial)
de 10 µM y los queremos a una concentración 0,4µM (concentración final), sabiendo que
el volumen total de la reacción de 25 µl (volumen final), podremos aplicar la ecuación 1
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para determinar el volumen que es necesario tomar del tubo original (volumen inicial).
Trabajando de esta forma se calculan los volúmenes a añadir de cada uno de los
componentes.
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En las técnicas basadas en fluorocromos el ADN, que ve multiplicada su cantidad con cada
ciclo, se une al fluorocromo (generalmente SYBR Green) produciendo fluorescencia que es
medida por el termociclador apto para PCR en tiempo real. Permite cuantificar sólo una
secuencia por reacción pero tiene la ventaja de utilizar cebadores normales para su
realización. Es mucho más económica que la que usa sondas específicas.
Las técnicas basadas en sondas específicas utilizan una sonda unida a dos fluorocromos
que hibrida en la zona intermedia entre el cebador directo (forward) y el inverso (reverse);
cuando la sonda está intacta, presenta una transferencia energética de fluorescencia por
resonancia (FRET). Dicha FRET no se produce cuando la sonda está dañada y los dos
fluorocromos están distantes, producto de la actividad 5'-3' exonucleasa de la ADN
polimerasa. Esto permite monitorizar el cambio del patrón de fluorescencia y deducir el
nivel de amplificación del gen.
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Entre las enfermedades genéticas en la que la técnica del PRC se ha empleado con éxito, y
como apoyo al diagnóstico debemos mencionar: fenilcetonuria, debida a mutaciones
autosomaticas recesivas del gen de la fenilalanina hidrolasa, la fibrosis quitica que se
presenta como resultado de las mutaciones que afectan la función de un canal de cloro; y
la distrofia muscular que resulta de mutaciones en el gen de la distrofina que se hereda
como un rasgo ligado al cromosoma X.
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Una de las características de la evolución es la capacidad del cambio de especies, las que
aún están cercanas filogenéticamente pueden tener una variabilidad genética enorme. La
PCR contribuye al conocimiento de la variabilidad de los grupos de organismos, ya que al
diseñar oligonucleótidos adecuados, esta será evidente en el análisis del resultado de
amplificación. Es posible detectar diferencias tan solo en una posición y en la secuencia de
ADN donde haya ocurrido una sustitución de bases.
Uno de los campos más ampliamente estudiados en los últimos años es el que concierne
en el proyecto genoma humano, en el cual se ha recurrido al método PCR para identificar
nuevos genes, secuencias y mutaciones.
Una de las áreas que más se ha visto enriquecida con la implementación de la PCR, es la
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12. Conclusiones
La reacción en cadena de la polimerasa o PCR es una técnica fundamental para la
mayor parte de las aplicaciones de la biología molecular. Se ha presentado la base
teórica y práctica de la PCR.
Existen muchas variantes de la PCR convencional, como son la PCR en tiempo real
o PCR cuantitativa (que permite cuantificar la cantidad de producto amplificado) o
la PCR por transcripción inversa (mediante la cual se obtiene una copia de DNA
complementario, DNAc, utilizando como molde ácido ribonucleico, ARN). Existe
gran cantidad de información referida tanto a la PCR convencional como a sus
variantes
La PCR no es sólo lo una técnica exquisitamente específica, sino también muy
sensible, pues en principio para practicarla bastaría una sola molécula, por
ejemplo, del genoma humano, aunque habitualmente se emplean cantidades
excesivas de este (en el orden de hasta microgramos).
la técnica es tan robusta que puede usar como substrato para la reacción al ADN,
sin tener que purificarlo de su fuente natural, y es común emplear productos
biológicos diversos como tejidos embebidos en parafina, semen recuperado de
escenas de violación, lavados bronquiales, exudados de mucosas, raíces de
cabellos o cejas, sangre, extendidos citológicos, etc.
Muchas veces basta una simple ebullición de la muestra para lisar, liberar y de
paso desnaturalizar el ADN, dejándolo listo para la reacción.
Teóricamente entre más ciclos de reacción integren el programa de amplificación,
más productos idénticos se generaron. Pero al aumentar los ciclos también se
aumenta proporcionalmente la posibilidad de agregar errores en las nuevas
secuencias.
La PCR ha podido sustituir a muchas técnicas dando mayor especificidad y
sensibilidad. Pero precisamente esto ˙último es su principal problema. Su gran
sensibilidad se ha vuelto en su contra, pues, por pequeña que sea la menor
contaminación de la muestra inicial, puede tener serias consecuencias. Si el ADN
de partida se contamina, se amplificaran también estas contaminaciones.
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13. Bibliografía:
Barrera Saldaña HA, Ortiz López R, Rojas Martínez A Reséndez Pérez D. Reacción
en cadena de la polimerasa: Una nueva Época dorada en la biología molecular.
Ciencia y Desarrollo, (Conacyt) 1993; 18 (108): 50-60.
Simpson, C.G.; Sinibaldi, R.; Brown, J.W.S. 1992. Anáisis rápido de la expresión
genética por medio de la PCR. Plant Journal 2: 835-836.
http://riunet.upv.es/bitstream/handle/10251/10700/Reacci%C3%B3n%20en%20c
adena%20de%20la%20polimerasa.pdf
http://www.elementos.buap.mx/num23/pdf/16.pdf
http://www.slideshare.net/rild27/reaccin-en-cadena-de-la-polimerasa
http://www.monografias.com/trabajos11/tamau/tamau.shtml
http://es.wikipedia.org/wiki/Reacci%C3%B3n_en_cadena_de_la_polimerasa
Mullis, K.B. 1993. Conferencia con motivo de la recepción del Premio Nobel.
http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1993/mullislecture.html
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