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Cofattori

Molti enzimi agiscono con l’ausilio di cofattori, in modo particolare in


quelle reazioni nelle quali avvengono ossidazioni e riduzioni

molecola proteica + molecola non proteica enzima biologicamente attivo


(APOENZIMA) (GR. PROSTETICO) (OLOENZIMA)

cofattore coenzima
alcuni enzimi sono accompagnati da composti chimici addizionali:
cofattori

Mn2+, Fe2+, Mg2+ coenzimi: molecole organiche


metallorganiche
o entrambi

gruppo prostetico: parte proteica di un coenzima o ione metallico


legato covalentemente a enzima. Ad esempio il gruppo eme
dell’emoglobina e della mioglobina che è sempre fortemente legato
all’enzima.

classificazione di enzimi in base a reazioni catalizzate


classe tipo di reazione

ossidoriduttasi trasferimento di elettroni

transferasi trasferimanto di gruppi

idrolasi reazioni di idrolisi

liasi addizione a legami doppi o formazione di legami doppi

isomerasi formazione di isomeri

ligasi formazione di legami C-C, C-S, C-O, C-N


accoppiata a scissione di ATP
I coenzimi di derivazione vitaminica
La maggior parte degli enzimi richiede per l’attività l’intervento di cofattori non
proteici, come ioni metallici (Fe, Mn, Zn) e/o molecole organiche complesse, i
coenzimi di derivazione vitaminica. Tali sostanze possono essere legate
all’enzima debolmente o covalentemente (gruppi prostetici). Si denomina
oloenzima un enzima costituito da una parte proteica (apoenzima) e da un
gruppo prostetico o un cofattore: l’enzima è in questo caso una proteina
coniugata. L’unica classe enzimatica che non necessita di coenzimi è la classe
delle idrolasi.

Le vitamine idrosolubili, essenziali dal punto di vista nutrizionale, sono


trasformate nell’organismo in coenzimi con modificazioni metaboliche
relativamente semplici (metabolismo specifico secondario). La quantità richiesta
di vitamine per costruire i coenzimi è veramente minima tale da non giustificare
di costruirle tramite vie metaboliche complesse e dispendio. La mancata
introduzione con la dieta di quantità adeguate delle varie vitamine, porta a
sindromi carenziali gravissime che nascono dal mal funzionamento di reazioni
catalizzate da enzimi che si avvalgono dei rispettivi coenzimi.

Le vitamine liposolubili A, D, E, K hanno ruoli specifici non coenzimatici.


LE VITAMINE IDROSOLUBILI E I COENZIMI

VITAMINA FORMA COENZIMATICA REAZIONE

TIAMINA (B1) TPP DECARBOSSILAZIONE

RIBOFLAVINA (B2) FMN, FAD OSSIDO--RIDUZIONE


OSSIDO

ACIDO NICOTINICO (PP) NAD+ , NADP+ OSSIDO--RIDUZIONE


OSSIDO

ACIDO PANTOTENICO CoA TRASFERIMENTO ACILI

PIRIDOSSINA (B6) PLP TRASFERIMENTO –NH2

BIOTINA (H) BIOCITINA TRASFERIMENTO CO2

ACIDO FOLICO THF TRASFERIMENTO 1C

VITAMINA B12 DEOSSIADENOSILCOBALAMINA SPOSTAMENTO DI H

AC. ASCORBICO (C) IGNOTA OSSIDRILAZIONE


Trasportatori di idrogeno/elettroni

Nicotinamide--adenin
Nicotinamide adenin--dinucleotide NAD+)
(NAD e nicotinamide--
nicotinamide
adenin--dinucleotide
adenin NADP+) sono coenzimi piridinici,
dinucleotide--fosfato (NADP
derivati dalla nicotinamide o vitamina PP
PP, che funzionano da
accettori o donatori di idrogeno per moltissime deidrogenasi molte
delle quali utilizzano invece coenzimi flavinici (flavin
flavin--adenin
adenin--
dinucleotide, FAD
dinucleotide FAD) derivati della riboflavina (vitamina
vitamina B2 ).
Coenzimi NAD+
(nicotinammide
nicotinammide--adenin-
adenin-dinucleotide)
dinucleotide)

molecole organiche acido nicotinico (Vit.


Vit. PP) come precursore

In pratica viene addizionato


uno ione idruro H- (un H e
due elettroni) e si forma un
protone H+, per questo si
forma NADH + H+.
R = ribosio-pirofosforil-adenosina
H:- = ione idruro, donatore di due elettroni
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Energia ed Enzimi

REGOLAZIONE DELLA ATTIVITA’


ENZIMATICA

- Modificazioni covalenti
- Molecole Effettrici
Modificazioni covalenti
degli enzimi
• La fosforilazione AUMENTA
l’attività di alcuni enzimi
– Glicogeno fosforilasi, citrato
liasi, fosforilasi b chinasi,
HMG-CoA reduttasi chinasi e
altri...
• La fosforilazione DIMINUISCE
l’attività di altri enzimi
– Acetil-CoA carbossilasi,
glicogeno sintasi, piruvato
deidrogenasi, HMG-CoA
reduttasi e altri...
Fosforilazione / Defosforilazione
La Fosforilazione (o la Defosforilazione)
induce una variazione conformazionale a livello della
struttura terziaria della proteina enzimatica

A.FOSFORILAZIONE ATTIVANTE
(Defosforilazione inattivante)

OH P
fosforilazione
defosforilazione
SITO ATTIVO
FUNZIONANTE

Esempio:
Adrenalina e fosforilazione della glicogeno fosforilasi e della lipasi ormone-sensibile
Fosforilazione / Defosforilazione
La Fosforilazione (o la Defosforilazione)
induce una variazione conformazionale a livello della
struttura terziaria della proteina enzimatica

B. FOSFORILAZIONE INATTIVANTE
(Defosforilazione attivante)

OH P
fosforilazione
defosforilazione

SITO ATTIVO
FUNZIONANTE
Allosterismo
allo = l’altro
Attività enzimatica sotto il controllo di un
modulatore
Classe K o V: altera KM o Vmax
Inibitore o stimolatore
Interazione eterotropica: il modulatore è
diverso dal substrato
Interazione omotropica: il modulatore
funge anche da substrato
Regolazione dell’attività enzimatica

• tali enzimi non seguono la cinetica di Michaelis – Menten ENZIMI


e sono responsabili della modulazione della velocità con cui ALLOSTERICI
decorre l’intero processo metabolico

• struttura quaternaria (due o più subunità proteiche)

• in essi esistono più siti chimicamente attivi

• effettore: molecola che interagendo in siti lontani


dal sito attivo di un enzima, esercita un qualche
effetto sulla sua attività (positivo o negativo)
Energia ed Enzimi
ATTIVAZIONE ALLOSTERICA

Se il regolatore allosterico rende


possibile interazione enzima/substrato

INIBIZIONE ALLOSTERICA

Se il regolatore allosterico impedisce


l’interazione enzima/substrato
l’enzima allosterico, costituito
da due subunità proteiche, esiste
in due forme oscillanti fra uno
stato attivo ed uno inattivo

effettore positivo effettore negativo


induce modificazioni che induce una modificazione
trasformano lo stato inattivo del sito attivo tale da
dell’enzima nella sua forma impedire all’enzima di
attiva: essa può legarsi al funzionare
substrato
andamento della velocità di
sigmoide
trasformazione del substrato

(enzima allosterico di classe K:


gli effettori modificano la Km
ma non la Vmax)

essa si presenta, a livello enzimatico, quando il legame


cooperatività di un effettore su una subunità migliora la possibilità,
per altri effettori, di formare legami successivi su subunità
adiacenti alla prima
Un enzima regolato:

• è quasi sempre polimerico


• mostra cooperatività (cinetica
sigmoide)
• Esiste in due forme, T ed R, a diversa
affinità
T ⇔ R
bassa alta

Analogia con Hb
TEORIA DEL RECETTORE A DUE STATI
Forma T Forma R

T = tense = inattiva R = relaxed = attiva

In analogia a quanto dimostrato per alcuni sistemi enzimatici il recettore


può assumere di preferenza due conformazioni interconvertibili tra di
loro:: l’
loro l’agonista
agonista sarebbe in grado di spostare l’equilibrio verso la forma
R, dando inizio alla serie di eventi che portano alla risposta biologica
biologica..
L’antagonista
L’ antagonista sposta l’equilibrio verso la forma T e, quindi, non si
biologica;; mentre gli agonisti parziali favorirebbero in
verifica la risposta biologica
grado variabile entrambe le forme
forme..
Questa teoria rende conto delle differenze strutturali anche notevoli che
a volte si riscontrano tra agonisti e antagonisti
antagonisti..
Via biosintetica delle pirimidine
1) REGOLAZIONE DELL’ATTIVITÀ ENZIMATICA

Inibizione da feedback

Il prodotto finale della via biosintetica inibisce il primo enzima della via biosintetica stessa.
 l’inibizione della prima tappa della
via blocca tutta la via perché non
vengono più sintetizzati i prodotti
intermedi

 tipico delle vie metaboliche


coinvolte nella sintesi di aminoacidi
e nucleotidi

 è un processo reversibile: quando


il prodotto finale si esaurisce, la
sintesi riprende

 il primo enzima di una via


biosinteitca regolata a feedback è un
ENZIMA ALLOSTERICO

 Esempio: Esochinasi
I processi mediante i quali le
molecole biologiche vengono
scisse e risintetizzate
formano una rete di reazioni
enzimatiche, complessa e
finemente regolata, detta
metabolismo dell’organismo.
Questa rete consente di
produrre ed utilizzare
energia libera.
Catabolismo o degradazione
(ossidazioni esoergoniche)
Anabolismo o sintesi
(processi endoergonici)

Processi esoergonici
ed endoergonici sono
accoppiati mediante
la sintesi intermedia
di composti “ad alta
energia” come l’ATP o
di coenzimi come
l’NADPH
Le vie del metabolismo
degradativo di carboidrati,
proteine e lipidi
convergono verso la
formazione di un numero
limitato di intermedi
comuni che vengono poi
utilizzati in una via
ossidativa centrale.

Nelle vie del metabolismo


biosintetico un numero
limitato di metaboliti viene
utilizzato per la
produzione di una grande
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varietà di prodotti.
Molte reazioni metaboliche sono reazioni vicine
all’equilibrio, in cui ∆G ~0 e la velocità è regolata
dalle concentrazioni relative di substrati e prodotti.

Alcune reazioni metaboliche sono reazioni lontane


dall’equilibrio per eccesso dei substrati; la velocità è
regolata dagli enzimi che regolano il flusso attraverso
quella via metabolica.
Questo determina che:

1. Le vie metaboliche sono irreversibili

1. Ogni via metabolica ha una (prima) “tappa di


comando” (∆ ∆G << 0)

1. Il flusso attraverso una via allo stato stazionario è


~ costante e viene determinato dalla “tappa di
comando”, la cui velocità è regolata in risposta
alle richieste dell’organismo.

1. Le vie anaboliche e cataboliche sono differenti.


La velocità della “tappa di
comando” è regolata in diverse
maniere:

VELOCEMENTE (secondi o minuti)

1. Controllo allosterico (da substrati, coenzimi, prodotti


– anche di reazioni successive)
2. Modificazione covalente (ad es. fosforilazione)
3. Cicli del substrato (variazione della velocità di due
reazioni opposte catalizzate da due enzimi diversi)

LENTAMENTE (ore o giorni)

1. Controllo genetico della concentrazione dell’enzima.


Una via catabolica nel suo insieme può
essere fortemente esoergonica

Ad es. ossidazione completa del glucosio ∆G°


°’ = -2850 kJ . mole-1

 Necessità di intermedi che conservano “pacchetti di


energia” e la rendono poi
disponibile per altre reazioni endoergoniche.
ATP adenosina trifosfato

ATP + H2O ADP + Pi


∆G°’ = - 30.5 kJ . mole-1

ATP + H2O AMP + PPi


∆G°’ = - 32.2 kJ . mole-1