I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA

CLASE 1 : Introduccion: Quimica de la vida

 Los tipos de atomos que forman las celulas  C,H,O,N 96% masa celular
 Vida organica  Basada en carbono
 Los elementos de la corteza difieren en concentraciones a los de tejido celular
 El atomo = nucleo (protones +neutrones)+ orbitales (electrones
 La reactividad de un elemento depende de si su orbital mas externo se
encuentra incompleto, de lo contrario este permanecera sin interaccion alguna.
 Los electrones mas externos determinan las interacciones de su atomo
 Enlaces quimicos: se establecen cuando dos atomos interactuan y completan
sus orbitales
o Ionicos  transferencia de electrones
o Covalente  comparten pares de electrones. MUY ESTABLE
 Polar : la distribucion de cargas es no equivalente. Ej: H2O
 No polar: la distribucion de cargas es equivalente. Ej: CH4

Las moleculas de la materia vida  Biomoleculas

70% de una celula es agua
El agua
 Posee dipolo electrico
 Molecula unida por enlaces covalentes C-O
 Varias moleculas unidas por puentes de hidrogeno
 El agua se orienta frente a un ion dependiendo de sus cargas
 Es polar por lo que DILUYE sales
 Segun la solubilidad en el agu las moleculas se agrupan en
o Hidrofilicas solubles
o Hidrofobicas no solubles

Jerarquia de la organización molecular en las celulas

nivel 1 nivel 2 nivel 3 nivel 4

•unidades •macromolecula •complejos •la celula y sus
monomericas s supramolecula organelos
res

La formacion de macromoleculas es a traves de la POLIMERIZACION, reaccion de

condensacion, que se genera en una sola direccion y que agrega uno a uno al
monomero

CLASE 2 : Aminoacidos, proteinas y su estructura

Funciones de las proteinas :

I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA

 Transporte : hemoglobina
 Movimiento : actina
 Defensa: inmunoglobulinas
 Estructura: colageno
 Reserva: ovoalbumina
 Hormonas : insulina
 Enzimas : varias

Carbono alfa
Monomero : Aminoacido

Grupo carboxilo

Grupo amino
Grupo R (cadena lateral)

El grupo R le entrega propiedades al aminoacidos

 Polares sin carga
 Polares con carga
o Polares con carga negativa
o Polares con carga positiva
 No polares
 Aromaticos
Existen 20 aminoacidos, de los cuales 9 son aminoacidos escenciales
1. Triptofano
2. Metionina
3. Valina
4. Histidina
5. Treonina
6. Fenilalanina
7. Leucina
8. Isoleucina
9. Lisina
I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA

Los aminoacidos forman proteinas a traves de su polimerizacion, esto se genera por

medio de los enlaces peptidicos

Una cadena
polipetidica resulta
de la repeticion de un
esqueleto central y
cadenas laterales
particulaes

Los enlaces peptidicos son inmoviles , mientras que los adyacentes al carbono alfa si
poseen movimiento

Estructuras de una proteina

1. Estructura primaria:
 Corresponde al polimero lineal
de aminoacidos
 Contiene tod ala informacion
requerida para la estructura
tridimensional
 ENLACES PEPTIDICOS
2. Estructura secundaria
 Alfa helice
o Por cada vuelta hay 3.6
aminoacidos
o Los grupos R se diponen
hacia afuera
 Beta plegada
o Los grupos R de
aminoacidos vecinos
apuntan en direcciones opuestas
o Según la disposicion de C terminal y N terminal se tienen hojas
 Paralelas
 Antiparalelas
 Mixta
 PUENTES DE HIDROGENO
I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA

3. Estructura terciaria
 Formada por el empaquetamiento de elementos de estructura secundaria en
una o mas unidades compactas
 Origina dos estructuras
o Fibrosas (queratina)
o Globulares ( hemoglobina)
 PUENTES DE HIDROGENO, INTERACCIONES HIDROFOBICAS, PUENTES
DISULFURO Y ENLACES IONICOS
4. Estructura cuaternaria
 La proteina final puede estar constituida por varias cadenas polipeptidicas
 PUENTES DE HIDROGENO, INTERACCIONES HIDROFOBICAS, PUENTES
DISULFURO Y ENLACES IONICOS

Motivos o dominios: combinacoin de estructuras secundarias en regiones particulares

y que tienen una funcion especifica

Metodos para el estudio de proteinas : purificacion de proteinas

I. Separacion por tamaño  cromatografia de filtracion en gel
II. Separacion por carga  cromatografia de intercambio ionico
III. Separacion por union especifica a otra molecula  cromatografia de afinidad
IV. Separacion por electroforesis(separa por tamaño)

CLASE 3: Enzimas

Definicion : catalizadores especificos: cada enzima cataliza un solo tipo de reaccion .

Solo llevan a cabo reacciones energeticamente favorables, solamente aceleran
reacciones espontaneas. En su mayoria son proteinas.
Poseen un sitio activo que es una caviad donde se ubica el sustrato y donde se produce
la catalisis

Tipos:
 Enzimas sin cofactor
 Enzimas con cofactor ( requieren de un metal para su funcionamiento)
 Holoenzima
o Apoenzima
o Coenzima( grupo prostetico)
Modelos de union a sustrato
 Llave cerradura: la estructura del sustrato y la del centro activo son
complementarias
 Encaje inducido
I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA

Catalisis enzimatica
Las enzimas disminuyen la eneriga de activacion haciendo mas rapido el proceso
Los aminoacidos del sitio activo poseen estructuras que interactuan con el sutrato
disponiendolo de la manera necesaria para la reaccion ( torcion , corte , etc)

Variables en una reaccion enzimatica ( manteniendo las otras variables constantes)

 Concentracion de la enzima: a mayor concentracion enzimatica mayor sera la

velocidad de la reaccion
 Concentracion de sustrato: aumenta la velocidad hasta el punto en donde no
hay mas enzimas, ahí la cantidad de sutrato no tendra influencia en la reaccion
 pH: las enzimas poseen grupos quimicos ionizables por lo que requieren de un
pH ideal para su buen funcionamiento
temperatura: generalmente
VELOCIDAD el aumento de la temperatura aumenta la
de una REACCION
velocidad. Esto hasta que la enzima comience a desnaturalizarse.
ENZIMATICA
Cinematica enzimatica

k1
k2
[S] + E [ES] [P] + E
k-1

FÓRMULA de MICHAELIS-MENTEN
Michaelis- Menten:
Curva de saturacion del sustrato
Donde :
 Km : [S] cuando V=1/2 V max
 Tiene unidades de concentracion
 Forma una hiperbola
FÓRMULA de LINEWEAVER- BURK

Determinacion de los parametro cineticos

Grafico de Lineweaver- Burk Vo Velocidad inicial
Formula de Lineweaver- Burk
V máx
- mas facil para el calculo ya que Velocidad Máxima
plantea una linea recta
Km Constante de Michaelis
Como se calcula Km y velociad[S]
maxima Concentración de sustrato
1. dividir los datos  1/ Km y 1/ velocidad
2.
3.
Vo Velocidad inicial
con esos datos calculas m y la ecuacion de la recta
y=mx+n
4.
5.
m= Km/ Vmax
n= 1/ V max
V máx Velocidad Máxima
Km Constante de Michaelis
S Concentración de sustrat
I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA

Efectos de inhibidores reversibles

Inhibidor competitivo : cambia Km pero no Vmax

Inhibicion no competitica : cambia Vmax pero no Km

Enzimas regulatorias o alostericas:

Hay enzimas que pueden adoptar 2 conformaciones
T y R ,R es la forma mas activa porque se une al sustrato con mas afinidad
Las sustancias que estabilizan la forma R  moduladores positivos , aquellos
moduladores que favorcen la forma R, pero que actuan en otra region ( no sitio activo)
se denominan ACTIVADORES ALOSTERICOS
Las sustancias que favorecen la forma T y que disminuyen la actividad enzimatica
moduladores T, aquellos que actuan en un sitio distinto al sitio activo se denominan
INHIBIDORES ALOSTERICOS

Regulacion de la actividad de la glicogeno fosforilasa  modificacion covalente

Inhibicion feedback retroalimentacion el producto es el encargado de terminar la
funcion de la enzima que lo produce

CLASE 4: Estructura del ADN

La molecula DNA : almacenamiento informacion genetica

I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA

Modelo de Watson y Crick

 doble helice
 10.4 nucleotidos por vuelta
 las cadenas son antiparalelas y complementarias
 la informacion genetica se alamcena como secuencia lineal de nucleotidos
determina secuencia lineal de aminoacidos de la proteina
 la informacion se copia utilizando cada hebra como templado para la sintesis
de una nueva hebra
Monomero : Nucleotido

OH: ARN
H: ADN

*Nucleosido: Base nitrogenada + pentosa

Bases nitrogenadas
1. Pirimidicas : un
anillo
a. Citocina
b. Timina
c. Uracilo

2. Puricas : doble anillo

a. Adenina
b. Guanina
I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA

La union de nucleotidos es a traves de enlaces fosfodiester:

CLASE 5: Estructura y replicacion DNA. Transcripcion

Estructura DNA
Cromatina y cromosomas
Nucleosomas: 8 histonas envueltas en
una hebra de DNA
 H2A
 H2B
 H3
 H4

Modificaciones de las histonas

 Acetilacion
 Metilacion
 Fosforilacion
 Ubiquitinacion
 Sumoilacion
I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA

Replicacion DNA
Origen de la replicacion :
En cromosoma bacteriano:
 1 origen de replicacion
 cada horquilla avanza 500-1000 un
En cromosoma eucarionte
 multiples origenes de replicacion
 cada horquilla avanza 50 un
Expresion genica

 La replicacion se realizaen direccion 5` a 3`

 Utiliza un templado como molede
 Se obtiene una hebra continua y discontinua( fragmentos de okasaki)

Etapas
1. denaturalizacion del DNA
a. helicasas
b. proteinas union DNA hebra simple
c. topoisomerasas

2. sintesis de fragmentos de okasaki

a. sintesis del partidor DNA primasa ( 10 nucleotidos)
b. extension del partidor DNA polimerasa
I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA

c. eliminacion del partidor RNA y reemplazo por DNA  DNA

polimerasa
d. ligacion de fragmentos  DNA ligasa

La DNA polimera corrige su propio trabajo ya que reconoce al nucleotido que no esta
en posiscion correcta, la cadena se cambia a otro dominio de esta enzima  actividad
hexonucleasa

Daños que sufre el DNA

Daño Enzima que reparan
Alquilacion Alquitrasferasa
Corte en una hebra o ambas Ligasa
Dimeros de pirimidina Complejo excision nucleotido- reparacion
Entrecruzamentiento Endonucleasas
-DNA proteina Topoisomerasa
-DNA DNA Polimerasa
Ligasa
helicasa
Intercalacion en el DNA
Depurinacion Complejo excision base –reparacion
Daño a la base Glicosidasa
Endonucleasas AP
Polimerasa- Ligasa

Expresion genica

Transcripcion
 uso de templado  ambas cadenas del DNA pueden ser templados
 direccion 5`a 3`
 se necesita:
o ADN
o ARN polimerasa
 Subunidades
I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA

 Sigma : promotor- sitio transcripcion

 Beta y Beta `: subunidades cataliticas  donde se forma
el ARN
 Alfa : regula la frecuencia de iniciacion
 Tipos
 RNA polimerasa I: produce RNA ribosomico
 RNA polimerasa II: produce RNA mensajero
 RNA polimerasa III: produce RNA transferencia
 RNA polimerasa mitocondrial: produce RNA mitocondrial

o Factores de transcripcion
 TFIID (TBP)
 TFIIB
 TFIIA
 TFIIE
 TFIIF- RNA poIII
 TFIIH
Estructura de un gen
Estructura de un gen:

Secuencia de Shine Dalgarno: secuencia dentro de RNAm requerida para la fijacion a

ribosomas procarioticos. Se encuentra antes del codon de inicio.

CLASE 6: Procesamiento y traduccion de mRNAs

El mRNA en procariontes es policistronicos  produce mas de una proteina

El mRNA en eucariontes es monocistronico procude solo una proteina
Procesamiento mRNAs
1. Capping : modificacion extremo 5`, se agrega una molecula  7 metil
guanina. Le entrega estabilidad a la molecula
2. Splicing: Eliminacion de los sitios no codificantes (INTRONES)
3. Poliadenilacion : modificacio del extremo 3

Traduccion
I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA

Codigo genetico :
3 nucleotidos codon  1 aminoacido
Es redundante : en mismo aminoacido esta codificado por mas de un codon
Es degenerado : un RNAt reconoce mas de un codon
Se necesita
 RNA m maduro
 RNA t
o Hipotesis de balanceo: la lectura del RNAm puede verse alterada debido
a que en la tercera posicion no se “ lee bien “ variabilidad
 Ribosomas : formados por proteinas y ARN ribosomal. Las subunidades se
ensamblan en el nucleolo mientas que los ribosomas en el citoplasma.
El ribosoma presenta 3 sitios
 Sitio E
 Sitio P
 Sitio A

 Aminoacil RNAt sintetasa: es la encargada de acoplar un aminoacido al RNAt.

Existe un aminoacil RNAt sintetasa por cada aminoacido, pero estas pueden
reconocer multiples RNAt para el mismo aminoacido. Se utiliza ATP en este
proceso
I1 BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA
Criterio Celula eucarionte
Cromosomas Mayor tamaño
En forma lineal y mayor
cantidad
Asociados a histonas
Se encuentran en el nucleo
Inicio de la transcripcion Se requieren factores de
transcripcion para que la
RNA polimerasa se una al
promotor
RNA m -Sufre de maduracion
-Es monocistronico
Como se termina la RF1: reconoce el codon de
traduccion termono, se une a él y
provoca hidrólisis de
peptidil-RNAt
RFE-GTP: reconoce lo
anterior, se une a RF1,
hidroliza GTP y se libera el
complejo
Polisomas ( complejo de Se encuentran anclados al
dos o mas ribosomas RER
unidos a una molecula de
RNAm)
Traduccion El aminoacidos de inicio es
metionina
Ribosomas 80S
Celula procarionte
Mas pequeño
Forma circular y solo 1
cromosoma
No estan asociados a
histonas
Se encuentran en el
citoplasma
Factor sigman posee sitio
de union para la RNA pol y
un sitio de reconocimiento
del promotor por lo que
permite la union de la RNA
polimerasa al ADN
-No pasa por el proceso de
maduracion ( no tiene ni
CAP ni poli A)
-Es policistronico
ERF1: reconoce el codon
de stop, se asocia a ERF3 y
este a PABP finalizacion
Se encuentran libres en el
citosol
El aminoacido de inicio es
formil metionina
Ribosomas 70S