Biología

 
 
  Computacional  y  Estructural  
Salud    
 

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Diplomado  presencial    
 
 
 
 
 
 
 
 
 

   
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Salud    
 

Objetivos  
 
General  
Contribuir  a  la  formación  integral  del  recurso  humano  altamente  calificado  en  el  análisis,  y  
generación  de  información  biológica  por  medios  computacionales  y  que  a  su  vez  provea  
elementos   clave   para   el   desarrollo   y   entendimiento   de   las   técnicas   algorítmicas   y  
computacionales  que  residen  detrás  de  dichos  análisis,  apuntando  a  la  potenciación  de  la  
investigación   genómica   y     postgenómica   en   nuestro   país,   así   como   a   promover   la  
aplicación   de   los   métodos   y   herramientas   típicos   en   biología   computacional   en   diversas  
áreas   del   conocimiento,   tales   como   la   identificación   de   causas   moleculares   de  
enfermedades   y   métodos   para   su   diagnóstico,   la   identificación   de   factores   que  
determinen   la   relación   genotipo-­‐fenotipo   en   cualquier   sistema   biológico,   relación  
estructura-­‐función   de   proteínas   o   la   determinación   de   factores   claves   en   procesos   de  
patogenicidad.  
 
Específicos  
• Actualizar  a  los  profesionales  de  las  ciencias  básicas,  de  la  información  y  de  la  
salud,     mediante  la  transferencia  del  conocimiento  científico  y  tecnológico,    en    
métodos  computacionales  para  el  análisis  y  tratamiento  de  información  biológica.  
• Elevar  el  nivel  de  competitividad  de  nuestros  investigadores  con  una  formación  
multidisciplinaria  que  responda  a  la  tendencia  mundial  en  investigación  biológica.  
• Proveer  a  la  comunidad  científica  nacional  de  herramientas  que  permitan  impulsar  
el  análisis  efectivo  de  la  información  en  sus  respectivas  áreas  de  formación,  
contribuyendo  de  esta  manera  con  un  efecto  multiplicador  que  redunde  en  el  
avance  de  la  ciencia  en  nuestro  país.  
• Generar  un  espacio  para  que  docentes,  estudiantes  y  empresarios  socialicen  sus  
investigaciones  y  resultados  en  el  área  biología  computacional,  fomentando  así  la  
comunicación  e  intercambio  de  experiencias  que  permitan  conectar  las  relaciones  
inherentes  a  la  investigación  científica,  la  academia  y  su  aplicación    en  la  industria.  
• Generar  un  manual  de  protocolos  en  Biología  Computacional  y  Estructural  que  
sirva  de  referencia  para  la  formación  de  estudiantes  y  la  investigación  científica,  
tanto  en  nuestra  universidad  como  fuera  de  ella.    
 
Dirigido  a  
Profesionales  y  estudiantes  de  todas  las  áreas  relacionadas  con    ciencias  biológicas  y  
biomédicas.  
 
 
 

   
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Salud    
 

Requisitos  mínimos  
Profesionales  y  estudiantes  de  áreas  relacionadas  con    ciencias  biológicas  y  biomédicas,  
interesados  en  la  temática  del  diplomado.  
 
Metodología  
La  metodología  propuesta  es  40%  virtual  y  60  %  presencial  con  prácticas  computacionales.  
Ofrece  amplias  posibilidades  de  utilizar  diversos  medios  de  aprendizaje  y  modos  de  
interactividad  para  el  desarrollo  de  los  contenidos.  
 
Presentación  del  programa  
El   desarrollo   de   tecnologías   de   secuenciación   y   los   avances   propios   de   la   biología  
molecular,   han   generado   un   crecimiento   exponencial   de   datos   en   los   últimos   años.   el  
volumen  de  datos,  representado  mayoritariamente  en  secuencias  de  DNA  y  de  proteínas,  
ha   creado   la   necesidad   de   desarrollar   sistemas   complejos   que   permitan   no   solo   el  
almacenamiento   sino   también   la   manipulación   y   análisis   de   los   mismos,   a   través   de  
algoritmos   y   herramientas   de   software   especializados.   Se   estima   que   en   la   actualidad  
existen   aproximadamente   1500   bases   de   datos   biológicos   alrededor   del   mundo,   la  
mayoría  de  ellas  de  uso  libre  y  gratuito,  sin  tomar  en  cuenta  aquellas  bases  de  datos  que  
no   son   formalmente   publicadas   en   revistas   científicas,   pero   que   aun   así   se   encuentran  
disponibles   para   su   uso   en   internet.   Con   el   desarrollo   de   estas   bases   de   datos   la  
comunidad   científica   ha   logrado   resolver   un   problema   de   almacenamiento   de  
información,  estableciendo  al  mismo  tiempo  un  mecanismo  eficaz  para  el  acceso  a  dicha  
información.  
Sin   embargo,   a   partir   de   este   hecho   nuevos   retos   empiezan   a   surgir   dentro   de   la  
comunidad   científica.   Si   bien   el   almacenamiento   y   organización   de   la   información   es   un  
factor  determinante  en  toda  investigación,  la  real  importancia  de  dicha  información  reside  
en   su   capacidad   informativa,   es   decir   en   el   tipo   de   preguntas   que   podamos   responder  
mediante  su  análisis.  De  este  modo,  desde  mediados  de  los  años  80,  hemos  presenciado  
un   crecimiento   vertiginoso   de   herramientas   computacionales   para   el   análisis   de   la  
información   almacenada   en   dichas   bases   de   datos,   crecimiento   que   ha   ido   acompañado  
del   desarrollo   de   complejas   e   innovadoras   técnicas   matemáticas   y   estadísticas.   Con   el  
paso  de  los  años  la  Biología  computacional  logra  posicionarse  como  una  de  las  áreas  más  
prometedoras  en  el  mundo  de  las  ciencias  Biológicas,  dada  su  eficacia  para  el  análisis  de  
grandes   volúmenes   de   datos   y   estructuras   macromoleculares   y   su   versatilidad,   ya   que  
puede   ser   aplicada   a   diferentes   niveles   de   resolución   biológica   (ej.,   nivel   genómico,  
transcripcional   o   funcional),   con   estudios   a   nivel   de   secuencias   como   a   nivel   de  
estructuras  macromoléculares  (biología  estructural).    
 

   
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Por   otra   parte,   la   Biología   computacional   se   ha   constituido   en   una   herramienta  

fundamental   para   cualquier   área   de   investigación   en   biología   molecular,   ya   que   nos  
permite  generar  hipótesis,  que  pueden  ser  después  validadas  en  el  laboratorio  y  de  esta  
manera   acotar   el   espacio   de   búsqueda   en   cualquier   investigación,   con   sus   claros  
beneficios  en  ahorro  de  tiempo  e  inversión  económica.  De  esta  manera,  a  nivel  mundial  
existe  una  clara  tendencia  en  la  investigación  en  biología  computacional,  dirigida  tanto  al  
establecimiento   de   plataformas   de   análisis   de   datos   biológicos   que   apoyen   los   procesos  
de  investigación  en  los  laboratorios,  como  al  uso  de  las  herramientas  disponibles  para  tal  
fin.    
Dada   su   naturaleza   multidisciplinaria,   el   establecimiento   y   uso   de   dichas   plataformas,  
requiere  de  un  nivel  de  conocimientos  distinto  a  la  formación  clásica  en  ciencias  biológicas  
que   se   ofrece   en   nuestro   país.   Además   de   los   conocimientos   propios   acerca   de   los  
fenómenos   biológicos,   la   apropiación   de   elementos   provenientes   de   las   ciencias   de   la  
información,   la   estadística   y   las   matemáticas,   es   fundamental   para   el   mejor  
aprovechamiento,  uso  y  análisis  de  la  información  biológica.  
Con   el   fin   de   desarrollar   y   fortalecer   las   habilidades   en   Biología   Computacional   y  
Estructural  el  grupo  de  investigación  de  la  Pontificia  Universidad  Javeriana  ha  establecido  
la  línea  de  investigación  en  Bioquímica  computacional  y  estructural  dirigida  por  profesores  
con   amplia   experiencia   y   reconocimiento   nacional   en   dichas   áreas.   Esta   línea   de  
investigación   cuenta   con   la   infraestructura   tanto   computacional   y   física,   así   como   con  
personal  calificado  para  presentar  un  diplomado  en  dicha  área.    
 
Contenidos    
 
Módulo  1.    Biología  celular  y  molecular    
 
• Principios  en  Biología  Celular  y  Molecular  

• Ácidos  nucleícos,  replicación  y  trascripción  

• Genes  y  estructura  del  genoma  
• Métodos  de  secuenciación  de  alto  rendimiento  
• Bases  Moleculares  da  las  enfermedades  humanas  
• Análisis  de  microarreglos  
• Diseño  Experimental  
• Técnicas  de  Secuenciación  

   
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Módulo  2:  Bioinformática    

• Sistemas  de  almacenamiento  de  información  biológica.  

• Métodos  y  herramientas  en  bioinformática.  
• Alineamiento  pareado  de  secuencias.  
• Alineamiento  múltiple  de  secuencias.  
• Ensamblaje  y  anotación  de  genomas  1  
• Ensamblaje  y  anotación  de  genomas2  
• Ensamblaje  y  anotación  manual.  
• Anotación  automática.  
• Análisis  de  datos  de  RNA-­‐Seq.  
 
Módulo  3:  Simulaciones  de  macromóleculas    

• Análisis  de  estructuras  primarias  

• Análisis  de  estructuras  primarias  
• Predicción  y  alineamiento  de  estructuras  2D  y  3D  
• Predicción  y  alineamiento  de  estructuras  2D  y  3D  
• Interacciones    receptor-­‐ligando  
• Sitios  funcionales  (Predicción)  
• Docking  Molecular  
 
Módulo  4:  Filogenia  
 
• Evolución  molecular  y  análisis  filogenético.    
• Inferencia  filogenética:  métodos  de  distancia  y  parsimonia    
• Cálculo  y  representación  de  árboles  filogenéticos.    

 
Módulo  5:  Biología  de  sistemas  computacional      
 
• Análisis  de  redes  biológicas.  
• Análisis  topológico  de  redes  de  interacción  proteína-­‐proteína.  
 
 
 
 
 
 

   
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Conferencistas    
 
Janneth  Gonzalez  Santos,  M.Sc.,  Ph.D.  
Profesora-­‐Investigadora   de   la   Pontificia   Universidad   Javeriana.   Maestría   y   Doctorado   en  
ciencias   biológicas   con   énfasis   en   bioquímica   computacional.   Directora   de   la   línea   en  
bioquímica  computacional  y  estructural  de  la  Pontificia  Universidad  Javeriana.  Experta  en  
análisis   de   estructuras   macromoleculares   e   interacciones   proteína-­‐proteína,   proteína  
ligando.  
 
George  Barreto,  M.Sc.,  Ph.D.    
Profesor-­‐Investigador   del   Departamento   de   Nutrición   y   Bioquímica.   Pontificia   Universidad  
Javeriana.   Maestría   en   Ciencias   de   la   Salud   (Bioquímica),   Universidad   Federal   de   Rio  
Grande   do   Norte   (2005).   Ph.D.   en   Neurociencia,   Universidad   Complutense   de   Madrid  
(2009).   Postdoctorado   de   la   Stanford   University   School   of   Medicine   (2009-­‐2011).    
Neurocientista,   experticia   en   Mecanismos   Bioquímicos   y   Fisiopatológicos   de   las  
Enfermedades  Neurodegenerativas  y  lesiones  traumáticas  cerebrales.  
 
 
Diego  Gómez  MSc.,  PhD.  
Investigador   del   Departamento   de   Nutrición   y   Bioquímica.   Pontificia   Universidad  
Javeriana.   Magister   y   Doctorado   de   la   Universidad   Politécnica   de   Valencia.   Experto   en  
análisis   de   genomas   y   transcriptomas,   desarrollo   de   pipelines,   scripting   en   Bash,   PERL,  
Python,  entre  otros.    
 
Coordinadora  académica.    Janneth  Gonzalez  Santos,  M.Sc.,  Ph.D.  
janneth.gonzalez@javeriana.edu.co        -­‐            janneth.gonzalez@gmail.com  
 

**La  Pontificia  Universidad  Javeriana  se  reserva  el  derecho  de  hacer  cambios  en  el  equipo  
docente  de  acuerdo  a  su  disponibilidad  horaria.  
 
Certificado  
Se  entregará  certificado  de  asistencia  a  quienes  hayan  cumplido  con  el  80%  de  las  horas  
programadas.