 Aminoacidos.

 Arquitectura Péptidica.
 Estructura de las proteínas.
 Plegamiento de proteínas.

Plegamiento de proteínas

El plegamiento se define como el proceso en el cual una proteína se trasforma desde su estado
desnaturado hasta su conformación biológicamente activa. El comportamiento de este proceso se puede
clasificar en dos tipos: como cinética en 2 etapas o cinética de múltiples etapas. El proceso de
plegamiento que requiere múltiples etapas requiere un número mayor de intermediarios que aquel que
sólo se compone de dos etapas.
Según cálculos estimados, el simple hecho de que el plegamiento en forma azarosa de un péptido de 100
residuos aminoácidos requeriría aproximadamente de 1077 años para que alcance su conformación final,
suponiendo que cada residuo puede adoptar un promedio de 10 conformaciones y que cada
conformación se ensaya aproximadamente en 10-13 segundos idealmente (el tiempo de una sola
vibración molecular). Este número extremadamente grande sugiere que deben existir atajos para el
plegamiento, lo cual fue postulado por Cyrus Levinthal en 1968. Este problema se denominó como “la
paradoja de Levinthal”.

Modelos y Mecanimos

Varios modelos han intentado predecir el como se pliega una proteína. Algunos sostienen que se realiza
de forma jerarquizada, formándose las secundarias locales primero, luego los dominios y a continuación
el plegamiento del polipéptido completo. Otro modelo sostiene que se produce un “colapso
hidrofóbico”, siendo causado por las interacciones hidrófobas entre residuos no polares, comúnmente
conocido comoglobo fundido.
El plegamiento, según una visión termodinámica, es el descenso de grados de entropía conformacional y
energía libre. A medida que va ocurriendo el plegamiento la entropía y la energía libre van
disminuyendo paulatinamente, puesto que aquellas secciones que hayan alcanzados sus mínimos
energéticos ya habrán finalizado sus plegamientos.
La estructura de una proteína no presenta una distribución constante de estabilidad termodinámica. Es
posible que una proteína posea una sección altamente establece y otra con una menor. Estas regiones
de baja estabilidad permiten que la proteína posea varios estados conformacionales. Para muchas
proteínas el plegamiento se ve facilitado por las chaperonas moleculares. Éstas se dividen en dos clases:
la primera es una familia de proteínas denominadas Hsp70 (proteínas de choque térmico, heat shock
protein por sus siglas en ingles), estas se unen a regiones hidrófobas de las proteínas evitando los
plegamientos inadecuados. La segunda clase se denomina chaperoninas, las cuales constituyen
elaborados complejos proteicos para las cuales su mecanismo aun no ha sido completamente dilucidado.
La ruta que sigue el plegamiento de muchas proteínas requiere de la acción de dos enzimas que
catalizan reacciones de isomerización. La proteína disulfuro isomerasa (PDI), cataliza el intercambio o
mezcla de enlaces disulfuro hasta que se forman los enlaces en la conformación nativa, eliminando a su
vez los intermediarios de plegamiento. La péptido prolil cis-trans isómerasa (PPI), cataliza la
interconversión de los isómeros cis-trans de los enlaces peptídicos en prolina, la cual se considera que
es una etapa lenta del plegamiento.

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Prediccíon de la estructura
proteica
La secuencia de aminoácidos de una proteína, también llamada estructura primaria,
puede ser determinada fácilmente desde la secuencia de nucleótidos sobre el gen
que la codifica. En la inmensa mayoría de los casos, esta estructura primaria
determina únicamente una estructura de la proteína en su ambiente nativo. El
conocimiento de esta estructura es vital para entender la función de la proteína. En
ausencia de mejores términos, la información estructural se clasifica usualmente
como estructura secundaria, terciaria y cuaternaria. Una solución general viable
para tales predicciones permanece todavía como problema abierto. La mayoría de
los esfuerzos han sido dirigidos hacia heurísticas que funcionan la mayoría de las
veces.

Nociones básicas
Una de las ideas clave en bioinformática es la noción de homología. En la rama
genómica de la bioinformática, se usa la homología para predecir la función de un
gen: si la secuencia de gen A, cuya función es conocida, es homóloga a la
secuencia de gen B, cuya función es desconocida, puede inferirse que B podría
compartir la función de A. En la rama estructural de la bioinformática, la homología
se usa para determinar qué partes de una proteína son importantes en la formación
de la estructura y en la interacción con otras proteínas. En la técnica denominada
modelado de homología, esta información se usa para predecir la estructura de una
proteína una vez conocida la estructura de una proteína homóloga. Esta es,
actualmente, la única vía para predecir estructuras de proteínas de una manera
fiable.
Otras técnicas para predecir la estructura de las proteínas incluyen el enhebrado de
proteínas (protein threading) y el modelado de novo (desde cero), basado en las
características físicas y químicas.

Características
Para una gran parte de la fracción de secuencias cuya estructura no se puede
determinar experimentalmente, los métodos computacionales de predicción de
estructura nos ofrecen información valiosa, útil para explicar gran parte de los
aspectos funcionales que se pueden derivar del conocimiento estructural.
Por otro lado, es obvio que la implementación de estas técnicas pasa por el
desarrollo de software apropiado y que para resolver problemas biológicos
mediante esta aproximación necesitamos usar ordenadores y programas
específicos.

Métodos de predicción de estructura

El primer grupo de métodos de predicción de estructura se denomina
genéricamente métodos de novo o ab initio.
Estos métodos parten de la asunción de que la información necesaria para conocer
la estructura tridimensional de una proteína está en su secuencia de aminoácidos.
Buscan la estructura nativa como la conformación que corresponde al mínimo
global de una función potencial determinada, que representa a la proteína y que se
construye desde su secuencia. Para optimizar la función potencial emplean distintos
métodos de búsqueda en el espacio de las conformaciones, los cuales suelen
implementar algoritmos de mecánica molecular combinados con dinámica
molecular.
Los métodos ab initio son computacionalmente costosos y su fiabilidad disminuye
con el tamaño de la proteína, generalmente funcionan bien con péptidos menores a
150 aminoácidos. La principal ventaja que tienen es que sólo se necesita la
secuencia como información de partida, de modo que en principio es posible
modelar proteínas que corresponden a plegamientos no conocidos.
En la práctica no se emplean para deducir la estructura de una proteína completa,
sino como apoyo a otras técnicas más potentes y que consiguen más éxitos. Este
conjunto de técnicas constituyen el segundo grupo de métodos de predicción, el
modelado por homología (Homology, Comparative Modelling).
La idea básica de la que surge esta aproximación descansa en el hecho de que
todas las parejas de proteínas que presentan una identidad de secuencia mayor al
30% tienen estructura tridimensional similar. De este modo se puede construir el
modelo tridimensional de una proteína de estructura desconocida, partiendo de la
semejanza de secuencia con proteínas de estructura conocida.
Las etapas necesarias para el modelado por homología son básicamente cuatro:

 Identificación de estructuras conocidas (moldes) relacionadas con la

secuencia objetivo. Se emplean métodos de comparación de secuencias
como FASTA, BLAST o PSI-BLAST.
 Alineamiento de la secuencia objetivo con los moldes. Es la etapa más
importante y la más delicada ya que la construcción del modelo se realizará
conforme a este alineamiento. En este paso se emplean programas típicos
de alineamiento de secuencias como CLUSTALW.
 Construcción del modelo. Existen varias aproximaciones para construir las
coordenadas espaciales de la secuencia objetivo desde el alineamiento
realizado. Como ejemplo tenemos ProModII en el servidor SWISS-MODEL.
 Evaluación del modelo. La información que se puede obtener del modelo
depende de su calidad, de modo que es importante poder evaluarla. Existen
muchas pruebas que se pueden realizar sobre un modelo que incluyen
comprobaciones estéricas, químicas, representaciones de Ramachandran,
etc.

Datos
Se estima que el modelado por homología es aplicable a un tercio de todas las
secuencias proteicas conocidas [Rost B. y Schneider R. Pedestrian Guide to
Analysing Sequence Databases.] y esta cifra aumenta un 4% cada año, a medida
que se determinan más estructuras correspondientes a nuevos plegamientos por
vías experimentales. Aún así ¿qué pasa con el resto?.
Cuando la similitud entre la secuencia objetivo y el molde es demasiado baja no es
posible realizar un buen alineamiento y no se puede aplicar con éxito el modelado
por homología. En estos casos aún podemos obtener información estructural de la
proteína empleando técnicas de threading. En resumen consiste en colocar la
secuencia problema en diferentes plegamientos conocidos y evaluar cómo se
encuentra de bien o cómo encaja en cada uno de ellos. Por encajar se entienden
cosas diferentes según el programa de threading: coincidencia de estructura
secundaria, residuos en ambientes parecidos a como se encuentran en la base de
datos, etc.

Estructura de las proteínas

Las funciones estructurales y químicas permiten afirmar que cada proteína posee una estructura
tridimensional única. Se denomina como conformación a la disposición espacial de los átomos de una
proteína. La mayor parte de los modelos estructurales se basan en 2 reglas simples:

1. Los residuos hidrofóbicos se encuentran mayoritariamente ocultos en el interior de la proteína,

lejos del contacto con el agua.

2. El mayor número de enlaces de hidrógeno se forman dentro de la proteína.

Estructura primaria

La estructura primaria está definida desde 1959 y depende del orden y secuencia de los aminoácidos en
cadena lineal. Pauling y Corey se basaron en el análisis puntual del denominado “enlace peptídico”.
Determinaron que los carbonos α de los aminoácidos adyacentes se encuentran separados por tres
enlaces covalentes, ordenados de la siguiente forma:

Cα - C – N - Cα Esto indicaba que aún cuando el carbono poseía cuatro posibilidades de enlaces
covalentes, al encontrarse unido con N (nitrógeno), lo volvía mas rígido en el enlace peptídico que una
amina simple. Debido a estos descubrimientos fue posible afirmar que el esqueleto polipeptídico de una
proteína puede visualizarse como una serie de planos rígidos en la que los planos consecutivos
comparten un punto común de giro alrededor del Cα.

Estructura secundaria

La estructura secundaria corresponde a diversas organizaciones arquetípicas, siendo las más frecuentes
la α-Hélice y la Hoja-β. Este nivel estructural es esencial para la funcionalidad y rol biológico de muchas
de ellas. Un ejemplo de esto es la proteína de membrana del virus de la inmunodeficiencia humana GP-
41, la cual se encuentra en forma de glicoproteina unida al péptido GP-120 (GP-161). Esta proteína
forma una hoja-β paralela lo cual le permite unirse al receptor CD4 de la célula a infectarla, siendo uno
de los mecanismos principales de fusión del VIH.

α-Hélice

Pauling y Corey denominaron a la disposición más sencilla α-Hélice. En esta estructura el esqueleto
polipeptídico se encuentra compactamente enrollado alrededor del eje longitudinal imaginario de la
molécula y los grupos R de los residuos aminoácidos sobresalen del esqueleto helicoidal. Se organizan en
forma de giro de hélice, siendo en casi todas las proteínas dextrógiro (gira hacia la derecha), cada giro
ocupa aproximadamente 5,4 Å a lo largo del eje longitudinal. Estos se orientan en los ángulos
correspondientes a Ψ = -45° a –50° y a Φ = -60, y cada giro incluye 3,6 residuos aminoácidos. Para esto
es necesario establecer que existen 5 tipos de restricciones las cuales afectan la estabilidad y formación
de una α-hélice:

1. La repulsión (o atracción) electroestática entre residuos aminoácidos sucesivos con grupos R

cargados.

2. El volumen de los grupos R adyacentes

3. Las interacciones entre cadenas laterales de aminoácidos separadas por 3 (o 4) residuos

4. La presencia de residuos prolina y glicina

5. La interacción entre residuos aminoácidos en los extremos de la α- hélice y el dipolo eléctrico.

Conformación Hoja-β

Pauling y Corey predijeron también un segundo tipo de estructura repetitiva, la conformación β. En ella
el esqueleto polipeptídico esta extendido en zigzag, pudiendo disponerse de forma adyacente y
conformando una estructura que simula una serie de formas similares a pliegue. En ésta disposición se
produce la formación de enlaces de hidrógeno entre los segmentos adyacentes de la cadena
polipeptídica, pero que no están linealmente cerca, perteneciendo incluso a segmentos de diferentes
cadenas. Los grupos R de aminoácidos adyacentes sobresalen de la estructura en zigzag en direcciones
opuestas, dando lugar a un patrón alternante. Las cadenas adyacentes de una hoja β puede ser paralelas
(con la misma orientación amino-carboxilo) o antiparalelas (con orientaciones opuestas),
diferenciándose además por la forma de los puentes de hidrogeno creados. Cuando dos o más hojas β
están densamente empaquetadas en una proteína, los grupos R de los aminoácidos de las superficies de
contacto deben ser relativamente pequeños, como es el caso de la glicina.

Giros β

En las proteínas globulares es posible encontrar que un tercio de los aminoácidos están en giros o bucles
donde la cadena polipeptídica cambia de dirección. Estos se consideran elementos de conexión, uniendo
tramos sucesivos de α-Hélice o Hoja β. Estos giros que conectan los extremos adyacentes de dos
segmentos de hojas antiparalelas son muy frecuentes. Esta estructura forma un giro cerrado de 180º en
el que están implicados cuatro residuos aminoácidos con el oxígeno del carbonilo del primer residuo
aminoácido formando un enlace de hidrógeno con el hidrogeno del grupo amino del cuarto.
Frecuentemente se encuentran residuos de glicina y prolina en los giros β. En la glicina porque es un
residuo pequeño y flexible y en la prolina por la facilidad con que los enlaces peptídicos en los que
participa el nitrógeno imino de la prolina adoptan una configuración cis.

Otros tipos de estructuras secundarias

Además de las estructura clásicas determinadas por Pauling, se reconocen otras que aún cuando no son
tan frecuentes, es necesario describirlas por su relevancia estructural.

Hélice 3-10

Los aminoácidos en una hélice 3-10 están arreglados de manera dextrógira. Cada aminoácido
corresponde a un giro de 120º en la hélice y una traslación de 2.0 Å a lo largo del eje de la hélice. Es
importante destacar que el grupo N – H de un aminoácido forma un enlace de hidrógeno con el grupo C =
O del aminoácido que se encuentra tres residuos antes; este tipo de enlace de hidrogeno se repite
múltiple veces caracterizando a la hélice 3-10.

Hélice π

Los residuos en una hélice π están ordenados de manera dextrógira. Cada aminoácido corresponde a un
giro de 87º en la hélice y una traslación de 1.15 Å a través del eje de la hélice. El grupo N-H de un
residuos forma un enlace de hidrógeno con el grupo C=O de el aminoácido que se encontraba cinco
residuos antes. Este patrón de enlaces de hidrógeno caracteriza a la hélice π.

Hoja α

El patrón de enlaces de hidrógenos que tiene la hoja α es similar al de la hoja β, en una hebra de tipo
alfa todos los grupos carbonilo se encuentran orientados en la misma dirección, y todos los residuos
aminoácidos están orientados en la misma dirección sólo que en el lado opuesto de la hoja. Aunque la
hoja alfa es muy escasa, ha sido observada en estructuras obtenidas por cristalografía de rayos X, siendo
también considerada como una forma accesible para las proteínas amiloidogénicas en simulaciones
moleculares.

Estructura terciaria

Se reconoce como estructura terciara a la disposición tridimensional global de todos los átomos de una
proteína. A diferencia de la estructura secundaria que se refiere al ordenamiento espacial, la estructura
terciaria incluye aspectos de largo alcance en la secuencia de aminoácidos como la disposición de los
dominios en el espacio. A grandes rasgos es posible decir que la estructura terciaria se produce de
forma que frente a un solvente inorgánico como el agua, los aminoácidos polares se sitúen hacia el
exterior y los aminoácidos apolares hacia el interior. Esta estructura es esencial para las proteínas que
forman estructuras de soporte en el organismo, como lo es el colágeno en el caso de las proteínas
fibrosas, y las inmunoglobulinas, las cuales dependen directamente de su conformación terciaria en
forma globular para establecer sus dominios y ejercer su acción inmunogénica. Su estabilidad se debe en
gran mayoría a los enlaces covalentes entre cisteinas, los puentes de hidrógeno entre cadenas laterales,
las interacciones iónicas entre cadenas, interacciones hidrofóbicas y las interacciones de Van der Waals.
Los dominios pueden ser definidos como una estructura discreta que depende del orden y secuencia
lineal de un conjunto definido de residuos aminoácidos. Estos residuos se pliegan de una manera
espontánea (de acuerdo a interacciones termodinámicas) de forma globular, formando estructuras
persistentes y a la vez reconocibles que contribuyen al plegamiento general de la proteína en el
espacio. Los dominios pueden aparecer una o varias veces en una misma proteína o en algunos casos en
diferentes proteínas con algunas modificaciones que les permiten ser reconocidos. Al considerar este
nivel de estructura es posible clasificar a las proteínas en dos grupos principales:

1. Proteínas fibrosas, que presentan cadenas polipeptídicas dispuestas en largas hebras u hojas

2. Proteínas globulares, con las cadenas polipeptídicas plegadas en formas globulares o esféricas.

Aún cuando corresponden al nivel terciario de estructura, estas conformaciones son ostensiblemente
diferentes entre sí, siendo común que las proteínas fibrosas se compongan en su mayoría de estructura
secundarias de un sólo tipo, mientras que las globulares posean variados tipos de estructuras
secundaria.
Proteínas fibrosas

La unidad estructural fundamental es la repetición de un elemento simple de estructura secundaria,

como puede ser la α-hélice. Algunos ejemplos de estas proteínas son la α-queratina, el colágeno y la
fibroina presente en la seda. Todas las proteínas fibrosas son insolubles en agua, una propiedad derivada
a la presencia de una elevada concentración de residuos aminoácidos hidrofobitos en su conformación
lineal. Estas superficies hidrofóbicas se encuentran sepultadas en gran parte en el interior debido al
empaquetamiento de muchas cadenas polipeptídicas similares para formar elaborados complejos
supramoleculares.

Proteínas globulares

En las proteínas globulares los diferentes segmentos de una cadena polipeptídica (o de múltiples
cadenas polipeptídicas) se pliegan unos sobre otros. Esto crea una forma más compacta en relación con
los pépticos en la conformación totalmente extendida. El plegamiento proporciona también la
diversidad estructural necesaria para que las proteínas puedan llevar a cabo su gran variedad de
funciones biológicas. Las estructuras súpersecundarias, o mas conocidas como motivos o plegamientos,
son disposiciones muy estables de varios elementos de estructura secundaria y las conexiones entre
ellos. Los motivos reconocidos pueden ser simples o complejos y a menudo aparecen como unidades
repetitivas o combinaciones. Un sólo motivo de gran tamaño puede englobar a la proteína entera.

Estructura cuaternaria

Muchas proteínas presentan conformaciones con múltiples subunidades o protomeros, estas

características permiten denominarlas multímeros. Las proteínas multiméricas pueden tener de dos a
cientos de subunidades. Un multímero con pocas subunidades se denomina oligómero. Las subunidades
idénticas de las proteínas multiméricas se ordenan generalmente en uno o en un número limitado de
patrones de simetría. Los oligómeros pueden tener simetría rotacional o helicoidal; esto quiere decir
que se pueden superponer (haciéndolas coincidir) unas subunidades individuales sobre las otras
mediante la rotación a lo largo de uno o mas ejes de rotación o mediante una rotación helicoidal. En las
proteínas con simetría rotacional, las subunidades se empaquetan a lo largo de los ejes de rotación para
formar estructuras cerradas. Las proteínas con simetría helicoidal tienden a formar estructuras abiertas
en sus extremos, con las subunidades añadidas según una ordenación en espiral. Existen diferentes tipos
de simetrías rotacionales, como lo son la simetría cíclica (rotación sobre un eje único, múltiples veces)
o la simetría diédrica (el eje binario rotacional intersecciona un ángulo recto). El desarrollo de los
diversos niveles de estructuras en las proteicas les permite ejercer sus funciones biológicas, siendo
esenciales para el desarrollo de los procesos en los cuales se ven involucradas. Por este motivo es
necesario comprender los mecanismos que conllevan al desarrollo de estos niveles estructurales.

Arquitectura peptídica

El enlace peptídico

El enlace peptídico se construye mediante la pérdida de una molécula de agua entre el grupo amino de
un residuo aminoácido y el carboxilo de otro residuo. La reacción corresponde a la formación de un
enlace covalente CO-NH. Este corresponde a un enlace amida que ha sido sustituido. Debido a esta
situación siempre, es posible encontrar un extremo NH2 (amino) terminal y un COOH (carboxilo)
terminal.

Péptidos

La unión de un bajo número de aminoácidos da lugar a un péptido; si el número de residuos que forma
la molécula no es mayor de 10, se denomina oligopéptido, si es superior a 10 se llama polipéptido y si
el número es superior a 50 residuos ya es posible hablar de proteína. Los polipéptidos, aun cuando no
poseen las mismas propiedades que las proteínas por su pequeño tamaño, poseen características
funcionales propias, determinadas por su estructura secundaria y primaria. Algunos ejemplos de
péptidos, son los neurotransmisores, los cuales son esenciales para el desarrollo del impulso y la señal
nerviosa, siendo producidos y secretados por diversas células como las neuronas. Aún cuando sus
características básicas se encuentran normadas por su estructura, se desconoce aun el funcionamiento
de muchos de estos.

Aminoacidos

Todos tienen un grupo carboxilo y un grupo amino unido al mismo átomo de carbono (el carbono-α). Por
esta razón los veinte aminoácidos estándar encontrados en las proteínas son denominados como α-
aminocaroxilicos. Estos difieren unos de otros en sus cadenas laterales, o grupos R, que varían en
estructura, tamaño y carga eléctrica y que influyen en la solubilidad en agua de los aminoácidos.La
Tabla 1 muestra los 20 aminoácidos y sus designaciones abreviadas en código de una y tres letras.

En todos los aminoácidos estándar, excepto en la glicina, el carbono  está unido a cuatro grupos
diferentes: un grupo carboxilo, un grupo amino, un grupo R y un átomo de hidrógeno.

Las configuraciones absolutas de los azúcares sencillos y los aminoácidos se especifican mediante el
sistema D, L, basado en la configuración del azúcar de tres carbonos gliceraldehído. Para todos los
compuestos que tienen una configuración relacionada a la del L-gliceraldehido se designan L, y los
estereoisómeros relacionados con el D-gliceraldehido se designan D. Los residuos aminoácidos de las
proteínas son exclusivamente L-estereoisómeros.
Clasificación de los Aminoacidos

Es posible agrupar los aminoácidos en cinco clases principales basadas en las propiedades de sus grupos
R, en especial de su polaridad, o tendencia a interaccionar como el agua a pH biológico (cerca del pH
7.0). La polaridad de los grupos R varía enormemente desde totalmente apolar o hidrofóbico (insoluble
en agua) hasta altamente polar o hidrofílico (soluble en agua).

Grupos R apolares alifáticos

Los grupos R de esta clase de aminoácidos son apolares e hidrofóbicos. Las cadenas laterales de la
alanina, valina, leucina e isoleucina tienden a agruparse entre sí en las proteínas, estabilizando las
estructuras proteicas a través de interacciones hidrofóbicas. Los aminoácidos que conforman este grupo
además de los antes mencionados son la glicina, la metionina, y la prolina. Los grupos R se muestran de
coloración rosa.

Grupos R aromaticos

La fenilalanina, la tirosina y el triptofano, con sus cadenas laterales aromáticas, son relativamente
apolares (hidrofóbicos). Todos ellos pueden participar de interacciones hidrofóbicas. Los grupos R se
muestran de coloración

rosa.
Grupos R polares sin carga

Los grupos R de estos aminoácidos son más solubles en agua, que los de los aminoácidos apolares,
debido a que contienen grupos funcionales que forman puentes de hidrógeno con el agua. En esta clase
de aminoácidos se incluyen la serina, treonina, cisteína, asparagina y glutamina. Los grupos R se
muestran de coloración
rosa.

Grupos R cargados

Estos aminoácidos pueden tener el grupo R cargado positivamente (básicos) o negativamente (ácidos),
siendo más hidrofílicos que los demás aminoácidos. Los aminoácidos en los que los grupos R tienen una
carga neta positiva significativa a pH 7.0 son la lisina, la arginina, y la histidina, mientras que aquellos
con una carga neta negativa a pH 7.0 son el aspartato y el glutamato. Los grupos R se muestran de
coloración rosa.

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Frente a esto, es posible dividir los objetivos de la bioinformática en 3 áreas :

1. La organización de bases de datos. Un ejemplo de esto es el Banco de Datos

de Proteínas, Protein Data Bank (PDB por sus siglas en inglés) el cual
almacena datos y estructuras tridimensionales de diversas proteínas y
secuencias de ácidos nucleicos.
2. El desarrollo de herramientas que ayuden el análisis de información
disponible. Un ejemplo de esto es la creación de distintos programas
visualizadores y sus herramientas como lo es Pymol.
3. La correlación de la información biológica disponible con los datos obtenidos
a través del uso de las herramientas desarrolladas. Un ejemplo de esto son
las herramientas utilizadas para el “docking” de productos farmacéuticos
afines, como lo es argusLab.

La bioinformática ha sido descrita por algunos investigadores como una ciencia

naciente, aún cuando la utilización de computadores en la Biología Molecular se
remonta a 1960. Para algunos, los hitos que permitieron el desarrollo de la
bioinformática pueden llevarse hasta las décadas del 50 y el 60 del siglo pasado. En
la biología algunos de los más relevantes fueron: el descubrimiento de la evolución
de las vías bioquímicas (Horowitz, 1945), los factores que gobiernan la estructura
de las proteínas (Pauling et al, 1951), el desciframiento de la estructura del DNA
(Watson y Crick, 1953) y la codificación de la información genética de las proteínas
(Gamow et al, 1956); mientras que para las ciencias de la computación el
desarrollo de la teoría de los juegos (Neumann and Morgestern, 1953) la definición
de las gramáticas (Chomsky, 1959); la teoría de la información (Shannon and
Weaver, 1962), la teoría de la computación (Chaitin, 1966), y el autómata celular
(Neumann, 1966), marcaron el comienzo.
Simulaciones de dinámica
molecular (Molecular Dynamics
Simulations)
Consideradas como unas de las herramientas principales en el estudio teórico de las
moléculas biológicas, el método de simulación de Dinámicas Moleculares (MD)
calcula el comportamiento de una o varias moléculas las cuales son analizadas en
razón del tiempo transcurrido.
El método de simulación de dinámicas moleculares fue introducido por Alder y
Wainwright en 1957, quienes a través de la resolución numérica de las ecuaciones
de Newton investigaron un medio líquido, compuesto por esferas duras en el cual
las moléculas sólo interactúan a través de colisiones elásticas, moviéndose
libremente entre ellas. En 1964, Rahman realizó la primera simulación utilizando un
sistema más realista, analizando el movimiento de los átomos en Argón líquido. La
primera simulación que buscó analizar un sistema real fue realizada por Rahman y
Stillinger en 1974, la cual consistía en la determinación del movimiento fluido del
agua. Estos avances permitieron el desarrollo de métodos que llevaron a la primera
simulación de una proteína, en 1977, el inhibidor de la tripsina pancreática bovina
(BPTI), realizada por McCammon , et al.
Las simulaciones han provisto de información detallada acerca de las fluctuaciones
y cambios conformacionales de proteínas y ácidos nucleicos. En la actualidad estos
métodos son utilizados para la investigación de la estructura, dinámica y
termodinámica de moléculas biológicas y sus complejos. También son utilizadas
para el analisis de estructuras obtenidas a través de cristalografía de rayos X o
desde experimentos de NMR (nuclear magnetic resonance, resonancia magnética
nuclear), siendo posible encontrar en la literatura múltiples simulaciones con
proteínas solvatadas en diversos medios fluidos, complejos proteína-DNA, así como
sistemas que simulan membranas lipídicas.