Fig. 3. Análisis de escalamiento multidimensional no métrico (MDS).

(a) El MDS no
métrico recuperó la disimilitud relativa de las plantas experimentales con respecto a las
cepas de géneros ectofíticos y (b) la disimilitud relativa de los géneros ectofíticos con
respecto a las especies de plantas huésped.
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la composición del microbioma asociada a la raíz [17], pero esta conclusión no pudo
abordarse a través de este estudio, ya que no se disponía de especies de plantas
cultivadas regularmente en el sitio B, donde prospera un grupo de especies de plantas
no gestionadas.
En el presente estudio, se aislaron numerosas cepas de rizobacterias de extractos de
suelo rizosférico y tejidos de raíz esterilizados en la superficie, lo que es consistente
con informes previos de bacterias enumeración [47,84]. Las muestras de raíz
soportaron un total de 446 rhi-zobacterias, lo que indica la riqueza del nicho para las
interacciones planta-microbio. La densidad de población de bacterias rizosféricas
aisladas de tres especies de plantas, P. arundinacea, M. giganteus y B. napus, fue
mayor que las comunidades bacterianas endosféricas, lo que fue consistente con los
resultados de Edwards et al. [dieciséis]. Esta disminución secuencial de la diversidad
bacteriana de la rizosfera a

8 D. Fan y col. / Microbiología sistemática y aplicada xxx (2018) xxx – xxx

Fig. 4. Distribución microbiana en la colección de aislados bacterianos endofíticos
cultivables, sobre la base de la similitud de la secuencia del gen 16S rRNA, asociada
con cultivos y plantas no cultivadas. (a) Composición porcentual de diferentes filos de
bacterias. Los números indican la abundancia relativa, expresada como un porcentaje
del número total de aislamientos, (b) clasificación del nivel de filo de las bacterias
endofíticas. Los aislados individuales (n = 302) se agruparon en la clasificación de nivel
de filo y se compararon entre especies de plantas.
Fig. 5. Análisis de escalamiento multidimensional (MDS). (a) El escalado no métrico de
MDS recuperó la relativa disimilitud de las plantas muestreadas con respecto a las cepas
de géneros endofíticos. Se utilizó la función isoMDS en R para el NMDS de Kruskal,
con la matriz de distancia de Canberra, y (b) NMDS recuperó la relativa disimilitud de
los géneros ectofíticos con respecto a la presencia en las plantas muestreadas.

Cite este artículo en prensa como: D. Fan, et al., Aislamiento y diversidad de

rizobacterias cultivables asociadas con cultivos económicamente importantes y plantas
no cultivadas en Québec, Canadá, Syst. Appl. Microbiol (2018),
https://doi.org/10.1016/j.syapm.2018.06.004
D. Fan y col. / Microbiología sistemática y aplicada xxx (2018) xxx – xxx
Tabla 2

Diversidad de especies en términos de índice de Shannon y uniformidad de taxones del

ensamblaje endofítico de rhi-zobacterias de diferentes especies de plantas (letras
diferentes indican significativamente diferente a un nivel de probabilidad del 5%; n = 3)
Especies de plantas (índice común de Shannon (H) a Especie de uniformidad (E)
nombre)

Cultivos agronomicos
Brassica napus 1.55 e 0.96
(canola)
Miscanthus × giganteus 2.02 d 0.97

(miscanthus gigante)
Plantas de la pradera
Medicago sativa 2.70 b 0.95
(alfalfa)
Phalaris arundinacea 1.16 g 0.72
(Reed canary grass)
Plantas no cultivadas
Daucus carota (salvaje 3.00 a 0.97
Zanahoria)
Aster pilosus (escarcha 1.89 d 0.97
aster)
Taraxacum officinale 1.92 d 0.88
(diente de león común)
Scorzoneroides 2.15 c 0.98
otoño (otoño
diente de león)
Ginkgo biloba 1.84 de 0.88
(gingko)
Erigeron strigosus 2.39 c 0.96
(Daisy Fleabane)
Sonchus arvensis 0.50 i 0.72
(cardo de campo)
Plantago major 1.91 d 0.98
(plátano de hoja ancha)
Vicia cracca (azul 1.26 f 0.91
arveja)
Verbascum Thapsus 1.95 d 1.00
(gran mullein)
Tussilago farfara 1.72 de 0.83
(uña de caballo)
Solanum dulcamara 0.90 h 0.82
(agridulce)
Prunella vulgaris 2.30 c 1.00
(autocuración común)
Euphrasia officinalis 2.15 c 0.98
(brillante)
Glechoma hederacea 2.04 cd 0.98
(hiedra terrestre)
Campanula 1.36 ef 0.84
Rotundifolia (campanilla)
Lactuca canadensis 1.95 d 1.00
(Lechuga de Canadá)
Myosotis arvensis 1.98 d 0.95
(campo no me olvides)
Crisantemo 1.82 d 0.83
leucanthemum (ojo de buey
margarita)
Rumex crispus (rizado 2.30 c 0.96
muelle)
Suelos forestales alemanes [51] y tierras forestales chinas [80], todo lo cual sugiere que
la limitación de dispersión era menos importante en la determinación de la comunidad
bacteriana, al menos en este nivel taxonómico [22]. La mayoría de estas bacterias
rizosféricas pertenecían a Proteobacterias, lo que era consistente con la mayoría de las
observaciones anteriores de varias especies de plantas de cultivo. Los miembros
aislados del filo Proteobacteria tenían una alta diversidad taxonómica, que incluía 16
géneros. El género Pseudomonas predominó en todas las muestras de suelo rizosférico y
generalmente se ha informado que es la rizobacteria más abundante en el suelo, y
también como endófitos. El segundo y tercer géneros más dominantes fueron Bacillus y
Flavobacterium, respectivamente. Treinta y cinco géneros fueron compartidos por todas
las muestras de suelo; el maíz albergaba 23, mientras que la alfafa se asoció con solo 6.
La aparición de géneros únicos en muestras de suelo rizosférico específicas podría ser el
resultado de efectos ejercidos por factores como el pH del suelo, el contenido de
nutrientes y la excreta de la raíz.
También identificamos 302 cepas bacterianas endofíticas de cuatro cultivos y 20
especies de plantas no cultivadas que también podrían dividirse en los cuatro filos
mencionados anteriormente, con miembros de Bacillus, Pseudomonas y
Microbacterium dominando. Esto es similar a los resultados de Santoyo et al. [66]
Pseudomonas, nuevamente, mostró los mayores niveles de colonización; en el nicho
endofítico, esto puede deberse al amplio espectro de utilización de carbono y ácidos
grasos por este género [64]. Los genes en el filo Proteobacteria, incluyendo
Pseudomonas, en el filo Firmicutes incluyendo Bacillus y en el filo Actinobacteria
incluyendo Microbacterium, se conservaron en casi todas las especies de plantas
hospederas. Con base en estos datos, proponemos que estas bacterias son las rio-
zobacterias cultivables dominantes tanto en la rizosfera como en la endosfera, al menos
para las plantas incluidas en este estudio; Esto está en general de acuerdo con Sood et
al. [70,71]. Los miembros de Pseudomonas, Microbacterium y Bacil-lus son ubicuos y
se obtienen con frecuencia como endófitos a través de enfoques dependientes del cultivo
[66]. Aunque estos tres géneros estuvieron ausentes para ciertas especies de plantas, la
proporción de rizobacterias que les pertenece en el presente estudio sugirió que son
altamente competentes en la rizosfera y la endosfera, en comparación con los de otros
géneros, y que están bien adaptados a las especies cercanas. entorno del suelo radicular
y otros nichos afectados por plantas, lo que indica que podría haber una microbiota
central conservada en todas las especies de plantas. Para todos los géneros aislados de
las plantas de cultivo, hubo superposiciones entre las bacterias ectofíticas y endofíticas,
mientras que algunas (por ejemplo, Raoultella) se encontraron exclusivamente en el
suelo de la rizosfera y otras (por ejemplo, Xanthomonas) solo estaban presentes como
bacterias endosféricas, lo que indica que ese compartimento enriquecimiento específico
podría existir. Además, la abundancia relativa de Alphaproteobacteria y Actinobacteria
aumentó, mientras que la de Firmicutes y Bacteriodetes disminuyó de la rizosfera a la
endosfera. Estos resultados indican que puede haber factores, incluidas las propiedades
fisicoquímicas de las paredes celulares de las plantas y los exudados de las raíces, que
dan forma a la composición comunitaria de las bacterias endofíticas en cada especie de
planta huésped y en diversos entornos [5]. La comparación entre las bacterias de la
rizosfera y la endosfera de la mayoría de las especies de plantas no cultivadas no se
pudo lograr debido a la falta de datos de la comunidad de bacterias rizosféricas.