BIOLOGI MOLEKULER

Kuliah ke Dua

MATERIAL GENETIKA

 TIM PENGAJAR BIOLOGI MOLEKULER

 FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS PANCASILA
2019
MATERIAL GENETIKA

DNA is transforming agent:

In 1928, Frederick Griffith experiment
Oswald Avery, Colin MacLeod, and
Mackyn McCarty experiment
AD Hershey and Martha Chase
experiment, which demonstrated that the
genetic material of phage is DNA, not
protein.
 avirulen
virulen
 Avery experiment
 In 1944, Oswald Avery, C. M. MacLeod, and M. McCarty
separated the classes of molecules found in the debris of
the dead S cells and tested them for transforming ability,
one at a time.
 These tests showed that the polysaccharides themselves do
not transform the rough cells. Therefore, the
polysaccharide coat, although undoubtedly concerned with
the pathogenic reaction, is only the phenotypic expression
of virulence. In screening the different groups, Avery and his
colleagues found that only one class of molecules, DNA,
induced the transformation of R cells (Figure 8-2). They
deduced that DNA is the agent that determines the
polysaccharide character and hence the pathogenic
character (see pages 219–220 for a description of the
mechanism of transformation). Furthermore, it seemed that
providing R cells with S DNA was tantamount to providing
these cells with S genes.
 Demonstration that DNA is the transforming agent.
DNA is the only agent that produces smooth (S)
colonies when added to live rough (R) cells.
 From: DNA: The genetic material
 An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition.
 Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al.
 New York: W. H. Freeman; 2000.
 Hershey-
Chase
experiment
 From: DNA: The genetic
material
 An Introduction to
Genetic Analysis. 7th
edition.
 Griffiths AJF, Miller JH,
Suzuki DT, et al.
 New York: W. H.
Freeman; 2000.

The experiment uses two sets of T2 bacteriophages. In one set, the

protein coat is labeled with radioactive sulfur (35S), not found in DNA. In
the other set, the DNA is labeled with radioactive phosphorus (32P), not
found in protein.
Only the 32P is injected into the E. coli, indicating that DNA is the agent
necessary for the production of new phages.
MATERIAL GENETIKA

DNA adalah Bahan Gen Mahluk Hidup

Menentukan Jalan kehidupan
organisme dengan mengendalikan
proses metabolisme.
Terdapat dalam semua organisme
( Virus, eukariot, prokariot).
Diwariskan dari satu generasi kepada
generasi berikutnya
 Material genetika
 Informasi genetika dari organisme dibawa
dalam bentuk molekul DNA yang pada
beberapa makhluk / organisme dalam
bentuk RNA yang kemudian akan
dipindahkan dalam bentuk protein.

 Untuk mendapatkan informasi genetik maka

utas DNA tersebut harus dipotong terlebih
dahulu menggunakan enzim restriksi
tertentu sesuai dengan utas DNA yang
dikenalinya.
Material Genetika

Kromosom (Protein + Asam Nukleat)

Ekstra Kromosom: -. Plasmid( Pada Prokaryot)

Ekstra Kromosom: -. Mitokondria
-. Kloroplas (organ yang
(Pada Eukaryot ) berklorofil)
-.Sitoplasma
Prokariot
Eukariot
 Nucleotides & Genetic Organization

Levels of genetic organization :

Nucleotide Gene DNA Chromosomes Genome

smallest code for made tightly coiled the entire
building our traits of many strands of DNA genetic
block of genes make-up of
a gene an organism
Molecular definition of a gene

Gene: the entire nucleic acid sequence

that is necessary for the synthesis of a
functional polypeptide or RNA molecule
A gene includes:
the coding region (nucleotides encoding
the amino acid sequence of a protein)
all the DNA sequences required to get a
particular RNA transcript made
RANTAI INFORMASI GENETIK
 BAGAN PROSES TRANSFER INFORMASI (CENTRAL DOGMA)
REPLIKASI

DNA

Transkripsi

RNA Protein
TRANSLASI
 Struktur Asam nukleat
 Asam nukleat adalah suatu senyawa yang merupakan asam inti yang terdiri
dari DNA dan RNA

 Merupakan rantai POLINUKLEOTIDA

yaitu : Makromolekul yang tersusun oleh molekul yang lebih sederhana
yang disebut Nukleotida

 Nukleotida merupakan molekul yang tersusun atas

 satu gula,
 satu basa, dan
 satu fosfat.

 Nukleosida adalah kombinasi suatu gula pentosa yang dihubungkan

dengan basa purin atau pirimidin melalui ikatan C - N
Nukleotida
 Nukleotida dalam sitoplasma dan dalam inti adalah sama tetapi
jenis asam nukleatnya berbeda.

 Nukleotida tersusun atas :

1 Basa DNA
1 Gula Komponen yang essential
1 Fosfat RNA

 Gula → Ribosa & Deoksiribosa

 Basa → Adenin, Guanin, Timin, Sitosin

 Polinukleotida
adalah→ Ikatan antara 2 nukleotida dari 2 gugus fosfat yang terikat
pada 2 pentosa → ikatan Fosfodiester
 Tiap struktur DNA / RNA merupakan suatu polinukleotida yang
ujung-ujungnya C3 & C5
 Nukleotida & Nukleosida

No Nukleotida Nukleosida
1 Adenosin monofosfat Adenosin

2 Guanosin monofosfat Guanosin

3 Timidin monofosfat Timidin

4 Sitidin monofosfat Sitosin

5 Uridin monofosfat Uridin

 Structure of DNA
-The outside/sides of the
ladder are made of
deoxyribose sugar and
phosphates.

-The rungs of the ladder

are the nitrogenous bases
(connect to deoxyribose
sugar in the outside/side
of the ladder).
Asam nukleat
 DNA adalah Bahan Gen Mahluk Hidup

 Menentukan Jalan kehidupan organisme dengan

mengendalikan proses metabolisme.
 Terdapat dalam semua organisme (Virus, eukariot, prokariot).
 Diwariskan dari satu generasi kepada generasi berikutnya

 Friedrich Miescher (1869), menemukan nuklein yang berada

didalam kompleks inti sel. Pada akhir abad ke 19 para ahli kimia
mempelajari hubungan antara struktur DNA dengan Asam
Ribonuklead ( RNA) .

 Informasi genetika dari organisme dibawa dalam bentuk molekul

DNA yang pada beberapa makhluk / organisme dalam bentuk RNA
yang kemudian akan dipindahkan dalam bentuk protein.

 Untuk mendapatkan informasi genetik maka utas DNA tersebut

harus dipotong terlebih dahulu menggunakan enzim restriksi
tertentu sesuai dengan utas DNA yang dikenalinya.
DNA (Double Heliks)
 2 rantai DNA yang membentuk helix saling berikatan
antara hydrogen dengan basa nitrogen dari utas DNA
yang berhadapan
 Backbone sugar phosphate terletak dibagian luar helix
 Basa nitrogen menghadap ke dalam
 Ke-2 utas DNA berlawanan arah
 5’→3’ \ A-T
 3’→5’ / G-C
 Ke-2 rantai double helix DNA →komplementer
 Informasi yang disandikan DNA menentukan sifat dan
organisme
Sugar-phosphate backbone
STRUKTUR MOLEKUL DNA DAN RNA
 Bahan dasar penyusun molekul asam nukleat
JENIS DNA RNA

GULA DEOKSIRIBOSE RIBOSE

PIRIMIDIN -. SITOSIN -. SITOSIN

-. TIMIN -. URASIL
PURIN -. ADENIN -. ADENIN
-. GUANIN -. GUANIN
Basa Penyusun DNA yaitu :
1. Purin

27
2. Pyrimidines

28
Basa basa Penyusun DNA

29
Basa-basa nukleotida RNA

30
STRUKTUR DNA
Model Molekul DNA

1. Berdasarkan gagasan W.T Atsbury (1940)

 DNA memiliki struktur 3 dimensi berdasarkan hasil kristalografi
sinar X. DNA sangat padat maka nukleotida yang menyusun poli
nukleotida berbentuk pipih yang masing-masing tegak lurus
terhadap sumbu memanjang dan tiap-tiap nukleoti da mempunyai
jarak 3.4 Å

2. Wilkins
 Melanjutkan penelitian W.T Atsbury dan diperoleh serabut-
serabut DNA yang kemudian oleh Rosalind franklin berhasil
dibuat foto melalui fraksinasi sinar X dari molekul DNA yang
mempunyai struktur spiral.
. Model Watson dan Crick
Kesimpulan Watson dan Crick

1. Deretan Polinukleotida DNA mempunyai bentuk sebagai spiral

teratur
2. Spiral mempunyai diameter kira-kira 20 Å dan lebar spiral
tetap
3. Spiral mempunyai satu putaran lengkap (10 X putaran ) jarak
antara nukleotida 3.4 Å. Jadi 1 putaran lengkap 34 Å.
4. Molekul DNA sangat padat , maka spiralnya Duplex.
5. Molekul DNA berbentuk 2 pita spiral yang saling berpilin
(Double Helix) bagian luar deretan gula fosfat (tulang
punggung double helix/ backbone fosfat berada dibagian luar)
6. Pada bagian dalam terdapat basa purin dan pirimidin
7. 2 Polinukleotida yang berhadapan dihubungkan oleh H+
 The Structure of DNA

 Discovered by
Watson & Crick in
1953
 received Nobel Prize
in 1962 along with
Maurice Wilkins
Rosalin Franklin
 Model Double Heliks ( Watson & Crick)
 2 jenis struktur DNA : Struktur a dan b
 Setiap molekul tersusun oleh 2 rantai polinukleotida
 Ke 2 rantai nukleotida bersifat komplementer & antipararel
 Komplementer : Basa purin - Basa pirimidin
A T
G C

 Antipararel : 5! P 3! OH

3! OH 5! P

 Ke 2 rantai polinukleotida berputar membentuk pilinan mengelilingi satu

sumbu perputaran kearah kanan
 Ikatan Hidrogen : antara pasangan basa
 Ikatan fosfodiester : antara 2 nukleotida
 Gugus fosfat : Hidrofilik
Gugus basa-basa : Hidrofobik
Struktur DNA
 Struktur DNA
N Struktur A Struktur B Struktur Z
o (Rich dkk )
1 Lebih pendek & besar Panjang & kecil Lebih ramping & lebih
dari pada B panjang dari A& B
2 Jarak antara basa 2,7 A0 Jarak antara basa 3,4 A0

3 Panjang satu lilitan Panjang satu lilitan

+ 29,7 A0 + 34 A0
4 Jumlah basa satu Jumlah basa satu Jumlah basa satu
lilitan 11 lilitan 10 lilitan 12
5 Arah putaran kekanan Arah putaran kekanan Arah putaran kekiri

Punggung fosfat zig

zag karena ada selang
seling G – C ( purin –
pirimidin )
Struktur fisik DNA
• Tipe B form
- The most common
conformation for DNA
- Right-handed helix
- Watson and Crick
• A form - common for RNA
• Z form – left-handed helix
Susunan DNA double helix

40
 Relative Proportions (%) of Bases in DNA

Organism A T G C
Human 30.9 29.4 19.9 19.8
Chicken 28.8 29.2 20.5 21.5
Grasshoper 29.3 29.3 20.5 20.7
Sea Urchin 32.8 32.1 17.7 17.3
Wheat 27.3 27.1 22.7 22.8
Yeast 31.3 32.9 18.7 17.1
E. coli 24.7 23.6 26.0 25.7

41
Protein
 Penyusun gen
 Merupakan rangkaian dari beberapa peptida
 Bagian yang penting di dalam plasma
 Cadangan makanan
 Sebagai bahan enzim (dasar penyusun enzim )
 Macam-macam protein
 Fungsional → Berbagai macam enzim
(katalis)
 Cadangan → Disimpan sebagai protein
cadangan
 Lanjutan protein

 Pada dasarnya protein adalah polipeptida, setiap sel

mampu mensintesis protein tertentu sesuai dengan
keperluan.

 Protein merupakan gabungan asam amino dengan

gugus karboksil dari asam amino lain secara berurutan,
Misal :
Bila 2 asam amino yang bergabung maka terbentuk
DIPEPTIDA
Bila 3 asam amino yang bergabung maka terbentuk
TRIPEPTIDA
Bila terjadi penggabungan yang lebih besar maka
akan dibentuk POLIPEPTIDA
ASAM AMINO

 Adalah suatu Molekul yang terdiri dari :

 Satu Gugus Karboksil
 Satu gugus amin (NH2)

 Asam amino yang paling sederhana adalah glisin

 Asam amino yang terdapat di dalam tumbuhan ada ± 20 macam

 Jenis asam amino dapat dilihat dari gugus R nya :

 Glisin, Alanin, Serin, Treonin, Valin, Leusin, Isoleusin, Norleusin,

Asam Aspartam, Asam Glutamat, Lisin, Arginin, Sistin, Sistein,
Metionin,Fenilalanin, Tirosin, Histidin, Triptofan, Prolin
 Didalam Penggabungan 2 molekul asam amino akan melepaskan 1
molekul air
 STRUKTUR ASAM AMINO
H O

NH2 C C

R OH
 NH2 = gugus α amin
 R = Gugus samping yang menentukan
jenis asam amino

Ada + 20 macam asam amino yang terdapat

sebagai penyusun RNA yang dibedakan pada
gugus sampingnya ( R )
 20 JENIS ASAM AMINO
NO NAMA R NO NAMA R

1 GLISIN H 11 LISIN H2N- (CH2)4

2 ALANIN CH3 12 ARGININ NH2(C=NH)–

NH(CH2)3
3 SERIN H - O - CH2 13 SISTIN S.CH2

4 TREONIN Etanol 14 SISTEIN HS.CH2

5 VALIN (CH)3 – CH` 15 METIONIN CH3.S-(CH2)2

6 LEUSIN (CH3)2CH-CH2` 16 FENIL ALANIN (C6H6)- CH2

7 ISOLEUSIN (CH3- 17 TIROSIN HO-(C6H6)-CH2

CH2(CH3)CH
8 NORLEUSIN CH3 (CH2)3 18 HISTIDIN CH2-(CH-N-CH-NH2-
CH)
9 ASAM HO2C- CH2 19 TRIPTOPAN C6H6-NH2CHCH-CH2
ASPARTAT
10 ASAM H2OC (CH2)2 20 PROLIN CO2H(CH2)5 –NH2
 Sintesa/ Sumber Asam Amino
 Makanan
Dari makanan yang dimetabolisme dalam sel

 Hidrolisis Protein
Protein didalam sel dicerna menjadi asam amino

 Peristiwa Aminasi
Berasal dari karbohidrat melalui proses transaminasi,
sebaliknya asam amino dapat mensintesis karbohidrat
melalui proses deaminasi
 Sandi genetik
 Sandi ( kode ) genetik

 Adalah merupakan triplet kodon ( triplet code )

 Merupakan gabungan dari 3 nukleotida yang menyandikan asam amino

 Basa nukleotida terdiri dari A,G,C,T tetapi dalam proses alaminya triplet
kodon dalam bentuk RNA ( sekuen basa mRNA → A,G,C,U)

 Basa tunggal mRNA tidak mengkode satu asam aminopun.

 Basa duplet (2 basa) : 42 → 16 asam amino < 20 asam amino

 Basa triplet (3 basa) : 43 → 64 asam amino >> 20 asam amino

sehingga satu asam amino dapat disandikan lebih dari satu triplet kodon
 Triplet kodon diawali / ditentukan menggunakan pendekatan
sama dengan percobaan Nirenberg

 Dari 64 kodon → 61 menyandikan 20 asam amino

 3 kodon yang tidak menyandikan asam amino adalah UAA stop codon

UAG (nonsense codon )

UGA

Asam amino pertama adalah : AUG = Metionin → startcodon

Kode genetik selain degenerated ( universal ) juga merupakan :

Seperangkat kodon yang sama dipakai oleh semua organisme

dan tipe sel.
Tabel mRNA (triplet kodon)
Second Position
 Hubungan gen dengan Protein
1. Gen mengendalikan sifat morfologi / sifat fisiologi melalui
pembentukan enzim atau protein
2. Penyakit yang diwariskan menunjukkan adanya perubahan
struktur protein, misalnya : Alkaptonuria,Anemia
3. Mutasi pada suatu gen menyebabkan terjadinya perubahan
pada struktur enzim atau protein
4. RNA merupakan perantara gen dengan protein
 Keparalelan Protein dengan Gen
 Gen merupakan rangkaian nukleotida
 Protein merupakan rangkaian asam amino
 Rangkaian nukleotida gen menentukan rangkaian asam amino
protein
Bukti : Perubahan Nukleotida gen menyebabkan perubahan asam
amino protein.