Estructura y función de las proteínas

estructura, funcionamiento,
plegamiento proteico, degradación
proteica.
 Proteínas
• Catalizan reacciones químicas
• Proteínas estructurales
• Transportadores
• Proteínas reguladoras (controlan
actividad/función de DNA y proteínas)
• Señalización (transmiten señales hacia la parte
interna de la célula)
• Proteínas motoras
 Proteínas
• Macromoléculas
• Rol estructural y fisiológico
– Soporte mecánico
– Enzimas Cada proteína tiene una
estructura determinada
– Hormonas
Alta plasticidad como grupo
– Receptores de membrana
– Motores moleculares Interacciones altamente
específicas con otras
– Anticuerpos moléculas

– Etc.
https://cristieeddie.files.wordpress.com/2009/12/picture2.png
 Estructura de las proteínas
• Proteínas: polímeros de aminoácidos
• Aminoácidos:
Carbono α
Síntesis de proteínas

En el ribosoma:
 “Residuos”

Variedad en cadenas laterales define estructura y actividad de proteínas

-Además de aminoácidos, una proteína madura puede incluir otros

componentes (carbohidratos, metales, etc.)
Estructura
✓ La estructura primaria- se describe por la secuencia de los
aminoácidos; esta, a su vez, depende de la información genética
✓ Estructura primaria puede deducirse de la secuencia genética
✓ Nos indica qué aminoácidos componen la cadena polipeptídica
y el orden en que dichos aminoácidos se encuentran.
✓ La función de una proteína depende de su secuencia y de la
forma que ésta adopte
✓ Con 20 aminoácidos, las posibles combinaciones son 20n (donde
n es el número de aminoácidos de la cadena; generalmente más
de 100)
• Mutaciones en el material genético afectan la
estructura primaria
– Ejemplo: Anemia drepaniforme
 Estructura Primaria
• Enlaces peptídicos
N-terminal vs C-terminal
 Peso molecular

(polipéptido)

1 a.a. = 113 Daltons 55 kDa = ? aa

 Peso molecular

(polipéptido)

1 a.a. = 113 Daltons 55 kDa = ~ 460 aa

 Estructura secundaria:
Hélice alfa (α) y Hoja Plegada beta (β)
✓ La estructura secundaria- se
describe por la forma
tridimensional
(conformación en el
espacio).
✓ Puentes de hidrógeno
 Estructura Secundaria
• Hélice alfa (α) y Hoja Plegada beta (β) (60%)

• Giros y Bucles (40%)

 Hélice alfa (α)
✓Se forma al enrollarse
helicoidalmente sobre
sí misma la estructura
primaria.
✓Puentes de hidrógeno
 La Hoja Plegada β
• En esta
disposición los
aa no forman
una hélice sino
una cadena en
forma de zigzag,
denominada
disposición en
lámina plegada.
Característica: Extrema resistencia
 Giros y Bucles
• Giros: bucles de <5 aa
• Bucles: mas largos
• Plegamiento de la
proteína → estructura
altamente compacta
 La estructura terciaria
• Estructura secundaria de un
polipéptido al plegarse sobre sí
misma originando una conformación
globular. (3D)
– Facilita la solubilidad en agua y así
realizar funciones de transporte,
enzimáticas, hormonales.

• Se mantiene estable gracias a la

existencia de enlaces no covalentes
entre los radicales R de los
aminoácidos.
– Enlaces por puente de H entre R polares
– Interacciones hidrofóbicas entre R
apolares
http://cbm.msoe.edu/teachingResources/proteinStructure/tertiary.html
 Proteínas fibrosas vs. globulares

Matriz extra-celular
(estructurales) Espacio intra-celular
Como representamos la estructura
terciaria?
 Motivos estructurales
Mano EF (helix-loop- Dedo de cinc (zinc finger):
helix): unión a Ca2+ unión a RNA/DNA
Hélice superenrollada/
helicoide enrollado (Coiled
coil): carácter anfipático, 4
helices enrolladas

Proteínas con los mismos motivos pueden tener funciones similares

Podemos clasificar las proteínas según los motivos que contienen
 La estructura cuaternaria
• Ensamblaje de varias sub-unidades
protéicas (>2 polipéptidos)
• Numero y posiciones relativas de las
sub-unidades
• Homodímeros vs. heterodímeros
 Hemaglutinina
• Trímero
• Tres sub-unidades
idénticas; conectadas
por enlaces no
covalentes
Complejos macromoleculares
• Decenas a cientos
de polipéptidos
• Complejo de
transcripción o
síntesis de mRNA
(>50)
 Proteínas Homologas
• Familia de proteínas con estructuras y funciones similares
• Ancestro común
Modificaciones pos-translacionales
• Cambian la estructura de los aa (>100 aa)
• Acetilación
• Fosforilación
• Glicosilación
• Metilación
• Ubiquitinación
• Cambian la función/estabilidad etc
https://cristieeddie.files.wordpress.com/2009/12/picture2.png
Función
 Estructura y función
• Muchas proteínas se unen con ligandos para
cumplir con su función
• Dependen en su alta especificidad para esas
moléculas
• La unión cambia la conformación de la
proteína
• Esta unión generalmente es parte del
mecanismo de acción de la proteína → regula
la actividad proteica
 Proteínas fibrosas vs. globulares

Matriz extra-celular
(estructurales) Espacio intra-celular
 TRANSPORTE DE
OXIGENO Y SISTEMA
RESPIRACIÓN INMUNOLÓGICO →
CELULAR EN LA ANTICUERPOS
SANGRE → INMUNOGLOBULINAS
HEMOGLOBINA
REGULADORES
CONTRACCIÓN
DE
MUSCULAR →
ACTIVIDADES
ACTINA Y
CELULARES →
MIOSINA
HORMONAS

FIBRAS
CATALIZADORES
RESISTENTES EN
DE REACCIONES
FUNCIONES TEJIDOS DE
QUIMICAS →
SOSTÉN →
ENZIMAS
COLÁGENO
 Definiciones
• Especificidad: habilidad de unirse a solo una
molécula en manera altamente selectiva
• Afinidad: fuerza de la unión (interacción fuerte
= baja Kd)
• Kd: constante de disociación, mide la
estabilidad de un complejo formado por
enlaces no-covalentes
En varias proteínas su especificidad y
su afinidad por su ligando es de
importancia particular

Anticuerpos y Enzimas
 Anticuerpos

• Respuestas del organismo a

antígenos (virus, bacterias,
proteínas etc)
• Varias a cada antígeno
• Estructura con forma de Y (2
cadenas livianas, 2 cadenas
pesadas)
• CDRs-regiones que determinan
complementariedad: sitio de
unión con el antígeno respetivo
 Anticuerpo-Antígeno
• Enlaces no-covalentes
• Especificidad
extremadamente alta
– Diferentes miembros de
una especie
– Proteínas con 1 aa
diferente
 Anticuerpos vs Enzimas
• Extremadamente específicos
• Unión simple de anticuerpos con sus ligandos
• Enzimas: cambian la estructura de sus
ligandos (sustratos)
 Las Enzimas
• Moléculas proteícas

• Catalizadores biológicos: aumentan la velocidad de

reacción reduciendo la energía de activación

• No se consumen durante la reacción que catalizan

• Son re-utilizables

• Intracelulares (generalmente) pero se pueden secretar

e funcionar en especios extracelulares
 Importancia de las enzimas
• Catalizan virtualmente todas las reacciones bioquímicas en
un organismo vivo, 106-1012 más rápido
• Extremadamente específicas (1 enzima=1 sustrato) →
funcional a 37°C, pH 7
• Roles en el metabolismo, diagnóstico y tratamiento:
– Niveles de enzimas en la sangre pueden dar pistas sobre tipos de
disfunciones
• Ejemplo: Niveles de enzimas cardíacas (mioglobina) en infarto de
miocardio
– Pueden ser de uso terapéutico
• Ejemplo: Enzimas digestivas
 Acción catalítica de las enzimas

Estado de transición

Estado de transición

Catalizador: Reduce energía de activación

Enzimas y sustratos
http://www.bionova.org.es/animbio/animplus/ligando/ligando.html
 Sitio activo
- Formado por R de aa importantes para
especificidad y fuerza catalítica
- Dos regiones
A. Reconoce y se une con el sustrato
B. Cataliza la reacción después de la unión
Mecanismos de acción de una enzima

• Orientación de sustratos: Sustratos rotan y se posicionan

correctamente para formar los enlaces.
• Adición de cargas: Cadenas laterales de aminoácidos de las
enzimas pueden transferir cargas a los sustratos, haciéndolos
más reactivos.
• Deformación en el sustrato: Al ligarse a su sustrato, la enzima
puede causar que los enlaces se estiren, poniéndolos en estado
de transición (inestable).
• Deformación de la enzima al unirse al sustrato: Las enzimas son
flexibles y sus sitios activos pueden cambiar de forma para
acomodar sustratos. Este cambio de forma causado por la unión
al sustrato se denomina ajuste inducido.

– Modelo de llave- cerradura de Fisher, actualizado

Modelo Clásico de Fisher (llave-
cerradura)

Consecuencia: ALTA ESPECIFICIDAD

Factores ambientales que afectan la
función de las enzimas

• Temperatura:
– Afecta taza de reacción (energía disponible)
– Temperaturas extremas pueden desnaturalizar
enzimas

• pH:
– Afecta la taza de reacción
– La mayoría de enzimas funcionan de manera
óptima a pH neutral
– Existen excepciones
Efecto de temperatura
Influencia del ambiente
• Conejo Himalaya
• La enzima no es
activa a mas de
34°C
• http://www.cengage.com/bio
logy/discipline_content/anim
ations/himalayan_rabbit_m.h
tml
Efecto del pH Razones ?

Pepsina: Estómago (pH 1-2)

Tripsina: Intestino delgado (pH 7-8)

 Inhibición Reversible
• Inhibición Competitiva:
– Inhibidor se une a la enzima y bloquea la unión del sustrato (por
ejemplo, bloqueando acceso al sitio activo)
– Existe competencia entre sustrato e inhibidor por acceso a la
enzima
– Velocidad máxima de reacción puede alcanzarse aumentando
concentración del sustrato

• Inhibición no-competitiva:
– Inhibidor regula la acción de la enzima sin bloquear la unión del
sustrato al sitio activo
– Inhibidor y sustrato pueden unirse a la enzima simultáneamente
– Velocidad máxima de reacción nunca se alcanza
Efectos de la concentración de sustrato
• Si la cantidad de enzima es constante la taza de
reacción aumenta con la concentración de sustrato,
hasta saturar los sitios activos disponibles
 Km y Vmax
• Vmax: Velocidad máxima de una
reacción (concentración
saturada de sustrato)
• Km: Constante de Michaelis
(concentración del sustrato
para alcanzar 1/2 Vmax); mide la
afinidad de una enzima para su
sustrato
• ↓Km el sustrato se une la
enzima con más facilidad → se
necesita menos enzima para
alcanzar Vmax
 Enzimas usadas en la misma vía
• Difusión: alarga el
proceso
• Enzimas asociadas:
proceso más rápido
• Eficiencia máxima
cuando las enzimas
están fusionadas
genéticamente
 Motores moleculares-Trabajo
mecánico celular
• Movilidad celular
• Transporte de materiales dentro de la célula
• Proteínas motoras: energía a movimiento
 Proteínas Motoras
• Enzimas especializadas: mecano-químicas
• Convierten la energía de hidrolizar ATP a
fuerza mecánica y por lo tanto movimiento
(ATP→ ADP + P)
• Movimiento linear o giratorio
ATP→ ADP + P
 Movimiento linear
• Miosinas, Kinesinas, Dineinas
– Transfieren carga sobre citoesqueleto
– Microtubulos o microfilamentos
• Otras: Polimerasas
 Movimiento giratorio
• Flagelos
 Proteínas Motoras
• Transforman energía (ATP o Gradiente de
Iones) a movimiento
• Se unen y se mueven sobre
citoesqueleto/complejos proteicos/Acidos
nucleicos
 Estructura de proteínas motoras
• Diferentes regiones
• Cabeza: se une con el
citoesqueleto
• Cola: se une con su
carga
• Usa ATP hidrolisis
(cabeza) para
“caminar” sobre el
citoesqueleto
 Miosina II
• Se mueve sobre
filamentos de actina
(microfilamentos) en
células musculares
durante la contracción
 La cabeza de miosinas cambia su conformación
e hidrolisis de ATP provoca movimiento

Un movimiento pequeño en la cabeza se amplifica

a un movimiento grande en la región del “cuello”
• https://www.youtube.com/watch?v=7O_ZHyP
eIIA
Plegamiento y degradación proteica
 Plegamiento
• Generación de proteínas→ traducción
• Funcionamiento de la proteína depende de su
estructura 3-D
• Plegamiento apropiado para producir la
proteína final
• Plegamiento depende de la secuencia
primaria (contiene suficiente información para
auto-ensamblarse in vivo e in vitro)
 Proteína nativa
• Conformación funcional plegada; la más
estable
• Estabilizadores: puentes disulfuro;
interacciones no-covalentes
 Desnaturalización
• Perdida de la conformación nativa de la
proteína y su función
• Causada por extremos en temperatura o pH,
químicos (urea, clorhidrato de guanina, β-
mercaptoetanól)
Plegamiento de proteínas:
Auto-ensablaje
 Que ocurre en las células?
• Necesidad de plegar proteínas rápido
– Evitar la síntesis de proteínas no funcionales
– Evitar la degradación de proteínas COSTO
energético
mal-plegadas
• 95 % de proteínas se encuentran en su conformación nativa
• In vitro: plegamiento toma por lo menos minutos
• Chaperonas
Plegamiento de proteínas:
El rol de las chaperonas
 Chaperonas
• Chaperonas moleculares
– Interactúan con proteínas no- o mal-plegadas y las
estabilizan para evitar su agregación y
degradación
• Chaperoninas
– Facilitan el plegamiento proteico
 Chaperonas moleculares
• Hsp70 (Hsc70): citosol, matriz mitocondrial
• BiP: Retículo endoplasmatico
• DnaK: Bacteriana
 Función de chaperonas moleculares
• Hsp70+ATP: se unen con regiones hidrofobicas
expuestas encontradas en la proteína no plegada.
• Hidrólisis de ATP→ molécula de chaperona cambia a
una conformación cerrada→ proteína se pliega
• Cambio de ATP a ADP libera la proteína
 Chaperoninas
• Grandes complejos macromoleculares
• Oligomeros formados por dos anillos
• TriC (eucariotas): 8 sub-unidades por anillo
• GroEL (bacteria/cloroplastos/mitocondia): 7
sub-unidades por anillo
 GroEL (Bacteria)
• Polipeptido (no-/mal-plegado) se inserta en la
cavidad de GroEL (ATP ausente, estado estrecho)→
se pliega correctamente
• GroEL cambia de conformación (presencia de ATP,
estado relajado) y libera la proteína
• Co-chaperonina: GroES
 Plegamiento incorrecto
• Mutaciones
• Factores externos
• Problemas en degradación de proteínas mal-
plegadas
Enfermedades de proteínas mal plegadas
1. Estables
2. Insolubles
3. Resistentes
a proteólisis
Degradación
 Proteínas en la célula
• Minutos hasta toda la vida del organismo
Proteinas del cristalino
• Mantener la concentración?
• Síntesis vs degradación
 Que necesita degradar?
• Proteínas no- o mal-plegadas
• Proteínas extracelulares internalizadas a
travez de endocitosis (lisosomas)
• Proteínas normales con concentración
intracelular alta (bajar concentración)
 Ubiquitinación
• Degrada proteínas en el citosol
• Adición de una ubiquitina (76 aa)
• Degradación de la proteína marcada
Ubiquitinación involucra 3 enzimas
• E1: enzima activadora de ubiquitina
• E2: cataliza la conjugación de ubiquitina
• E3: ligasa, cataliza la unión ubiquitina proteína
 1er Paso: Activación de ubiquitina
• El grupo carboxilo terminal de la ubiquitina se
une con un grupo sulfidrhilo (-SH) de una
cisteína de E1
• Este proceso es endergonico (ATP→AMP)
2o Paso: Conjugación de ubiquitina
• La ubiquitina activada se enlaza a una cisteína
de E2
 3er Paso: Unión con la proteína diana
• La enzima E3 cataliza la
transferencia de la
ubiquitina enlazada
con E2, a un grupo
amino de una lisina de
la proteína diana
• Repetición del proceso
por varias veces
(adición de n
Ubiquitinas)
• Proteína marcada entra
al proteosoma y se
degrada
 Que necesita degradar la célula?
• Proteínas no- o mal-plegadas (proteosoma)
• Proteínas extracelulares internalizadas a
travez de endocitosis (lisosomas)
• Proteínas normales con vida corta
(proteosoma)