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MICROBIOTA
MÓDULO 1
introducción
La evidencia acumulada desde finales del evidencia de cómo la microbiota puede
siglo XX y de lo que va del siglo XXI en re- ser modificada para promover la salud, así
lación con el estudio de los microbios que cómo para prevenir y contribuir en el tra-
habitan en los seres humanos ha llevado a tamiento de procesos patológico, a través
demostrar que el hombre es un holobion- de la dieta y la utilización de probióticos.
te, esto quiere decir que nosotros somos
una mezcla de especies: en cada persona
existe más de una especie y especialmente establecimiento de la microbiota intes-
nos referimos a la microbiota.
tinal y su función como nuevo órgano
En términos prácticos, desde el punto de
La microbiota es el conjunto de microbios,
virus, bacterias, arqueas, hongos, proto- vista clínico y de medicina translacional, el
zoarios que viven en tejidos sanos del or- estudio del establecimiento de la microbio-
ganismo como la piel y las mucosas. ta intestinal y su función permitirá determi-
nar lo que se considera normal en términos
Esta microbiota tiene importantes funcio- de su composición y funcionamiento. Esta
nes como parte de la fisiología normal, y información será la base para compren-
sus alteraciones han sido documentadas en der cómo la modificación de la normalidad
muchas enfermedades. Sobre todo se ha puede terminar en procesos patológicos
encontrado en enfermedades que constitu- intestinales y sistémicos.
yen problemas de salud pública a nivel mun-
dial como las enfermedades infecciosas, Por otro lado, la microbiota intestinal puede
las enfermedades crónicas no trasmisibles, convertirse en un blanco terapéutico para el
alergias, enfermedades autoinmunes, y del tratamiento de enfermedades en las cuales
comportamiento. la microbiota juega un rol fundamental, inclu-
yendo enfermedades infecciosas (por Clos-
Este Curso de Educación Médica - MICRO- tridium difficile) y metabólicas (enfermeda-
BIOTA consta de los siguientes módulos: des crónicas no transmisibles – obesidad y
1. Establecimiento de la microbiota intes- sus complicaciones). También la microbiota,
tinal y su función como nuevo órgano. puede ser un blanco terapéutico-nutricional
2. Relación de la microbiota intestinal y el para mantener su composición y su funcio-
hospedador. namiento adecuado utilizando una alimen-
3. El papel de la microbiota intestinal en tación balanceada que incluya prebióticos,
enfermedades comunes. probióticos y combióticos.
4. Microbiota intestinal y los probióticos.
Finalmente, un hecho importante para el
En términos generales, el objetivo del estudio de la microbiota es que esta puede
curso es proveer información actualizada ser un “órgano droga”. Lo que queremos
sobre la microbiota intestinal, los méto- indicar con esto es que la modulación em-
dos para estudiarla y su importancia en el pírica de la microbiota puede constituirse
funcionamiento normal de los individuos; de una forma de tratamiento. Por ejemplo,
los dos primeros módulos cubren estos la modificación de la microbiota a través de
temas. Además, con los módulos 3 y 4 los trasplantes fecales en el tratamiento de
se pretende estudiar las alteraciones de la infección por Clostridium difficile forma
parte de las guías para el tratamiento de Otra dificultad importante que se debe
esa infección. Para iniciar este primer mó- considerar para estudiar la microbiota es
dulo, es menester dar una idea general de el estricto ambiente anaeróbico para el
cómo se estudia la composición de la mi- crecimiento microbiano que se encuentra
crobiota y de las técnicas moleculares que especialmente en las distintas regiones
actualmente se disponen en la clínica y en del colon. Este hecho dificulta la toma de
la investigación científica. muestras y el cultivo de los componentes
de la microbiota intestinal.
Con estos métodos de cultivo es posible De manera similar, el estudio del ARN va
identificar un porcentaje bajo de los micro- a permitir la generación de perfiles de
bios intestinales, porque la mayoría de ellos filotranscriptómicos a través del análisis
no se pueden cultivar en el laboratorio por del ADNc. El estudio de las proteínas que
el desconocimiento de las condiciones ne- se generan en la microbiota permitirá ge-
cesarias para que pudieran crecer. nerar perfiles de metaprotiómica y; para
esto se utiliza espectrometría de masas.
Debido a las limitaciones que tenemos y a
la falta de conocimiento sobre las deman- Finalmente, el estudio de los productos
das nutricionales de las distintas especies metabólicos de los metabolitos que se ge-
de microbios que encontramos en el intes- neran en la microbiota es posible estudiar-
tino, el análisis por cultivo de todos los mi- los a través de la espectrometría de masas
crobios es, al momento, impracticable. y la resonancia magnética nuclear.
Fig.1 Métodos de caracterización y estudio de la microbiota intestinal. Modificado de Doré J., Tap J., Ehrlich, Microbial identification and exploration
techniques. In: Gut Microbiota, John Libber, Ed. 2017 ISBN 978-2-7420-1523-8
Con las técnicas moleculares antes descri- Nuestra naturaleza de holobiontes nos obli-
tas, podemos indicar que el número de cé- ga a conocer y cuidar las especies que for-
lulas que hacen un ser humano (aproxima- man parte del ser humano.
damente 30 trillones de células) es menor
que el número de microbios que están pre-
sentes en un individuo (aproximadamente
composición de la microbiota intestinal
38 trillones de células).
Los principales “phyla” filos (división micro-
biana en este caso) que forman parte de la
Además, si tomamos en cuenta no sola-
microbiota intestinal en orden de abundan-
mente el número de células sino el número
de genes en la constitución de un ser huma- cia son los Firmicutes 64%, bacteroidetes
no, los datos son más dramáticos. Se estima 23%, proteobacteria 8% y la actinobacteria
que aproximadamente existen 23 mil genes 3%. Existe evidencia de que la abundan-
humanos funcionales en un individuo; sin cia de cada una de estas divisiones o filos
embargo, si se toma en cuenta el número cambia durante el ciclo de la vida: recién
de genes que forman parte de la microbiota nacido, preescolar y escolar, adolescente,
en una persona, estos son aproximadamen- adulto, madre embarazada, adulto mayor.
te 2 millones de genes.
Existe, por tanto, una dinámica de creci-
Esta masiva cantidad de información re- miento y senescencia de este nuevo ór-
presentada por cada uno de estos genes gano, la microbiota. Por otro lado, también
está parcialmente conocida y en el futuro existen cambios en los principales filos
se espera dilucidar la composición de la mi- indicados que resultan en disbiosis. Esta
crobiota la funcionalidad de sus genes, y la ha sido asociada con patologías definidas
interrelación de los productos de estos ge- 5
como problemas cardio-metabólicos, in-
nes entre los componentes de la microbiota fecciones, etc, que son principales causas
y con el hospedador. de enfermedad y muerte.
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Fermicutes 64%
Lactobacillus
Streptococcus
Staphylococcus
Enterococcus (E. faecalis)
Faecalibacterium prausnitzii
Clostridia (C. difficile)
Bacteroidetes 23%
Bacteroides
Prevotella
Alistipes
Proteobacteria 8%
Enterobacteriaceae
(Salmonella, E. coli, Klebsiella, Shogella)
Campylobacter (C. jejuni)
Actinobacteria 3%
Bifidobacteria
Fig. 2 Principales “phyla” filos de la microbiota intestinal.
PRIMER TERCER
TRIMESTRE TRIMESTRE
Transplante Transplante
Microbiota Microbiota
Tercer trimestre Tercer trimestre
Un aspecto importante que se deriva de rante el embarazo y cuáles serían las con-
los resultados de estos estudios científicos secuencias que esos cambios tendrían en
y que debemos considerar sería responder el feto y la mujer. En resumen, podemos in-
a las siguientes interrogantes: ¿cuál sería la dicar que existe evidencia que demuestra
consecuencia de alterar la composición de que durante el embarazo existe una pro-
la microbiota intestinal normal del embara- funda alteración de la microbiota intestinal.
zo? ¿Cuáles serían las consecuencias en la Por otros lado, la microbiota del primer tri-
madre y en el feto del uso de antibióticos mestre del embarazo es similar en muchos
en el tercer trimestre de gestación, cuan- aspectos aquella que tienen las mujeres no
do se dan cambios importantes de la mi- embarazadas, mientras que la microbiota
crobiota de la embarazada? ¿Qué efectos del tercer trimestre del embarazo tiene ca- 9
tiene en la microbiota de la madre el uso racterísticas similares a la disbiosis asocia-
de probióticos o prebióticos en la dieta du- da con enfermedades metabólicas.
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Esta disbiosis va a variar para cada mujer. metabolitos que inhiben la replicación de los
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Los mecanismos por los cuales se producen microbios patógenos bacterianos o virales.
estos cambios de la microbiota durante el La abundancia de lactobacilos en la mucosa
embarazo no están claros, sin embargo, se vaginal es importante para el recién nacido,
ha indicado que cambios en la respuesta pues la colonización del tracto gastrointes-
inmune, cambios en las superficies de las tinal del lactacte por estos microbios permi-
mucosas y cambios hormonales pueden tirá que los niños adquieran la capacidad de
desencadenar estas modificaciones de la digerir la leche materna y utilizarla para su
microbiota intestinal. desarrollo.
MICROBIOTA ORAL
Viable counts
Porphyromonas gimgivalis
Aggregatibacter actinomycetemcomitans
Candida
MICROBIOTA PLACENTAL
Presence of aerobic and anaerobic bacteria
MICROBIOTA INTESTINAL
Actinobacteria
Proteobacteria
Faecalibacterium
�-diversity
ß-divirsity
MICROBIOTA VAGINAL
Lactobacillus
�-diversity
ß-divirsity
Stability
Fig. 4 Cambios en el microbioma durante el embarazo. El texto y las flechas se refieren a: cambios generales (rosa), cambios en
taxonomía específica. (verde) y diversidad comunitaria (naranja). Modificado de: Nuriel-Ohayon M et al., (2016) Microbial changes
during pregnancy, birth, and infancy. Frontieres in microbiology 7:103
Otros factores que eventualmente influirán Más estudios son necesarios para de-
en la composición de la microbiota del re- terminar si estos ambientes en los que
cién nacido, además de los cambios descri- se desarrolla el feto, que anteriormente
tos de las microbiotas del intestino y la va- se consideraban estériles, tienen o no
gina de la madre, incluyen el contacto del una microbiota.
feto con la microbiota de la placenta y del
líquido amniótico. Sin embargo, al momen- Por otro lado, se debe investigar el papel
to existen estudios controversiales sobre la que tendría esta exposición temprana del 11
existencia de microbios normalmente pre- feto a los microbios en el establecimiento
sentes en el desarrollo fetal. de su microbiota luego el nacimiento.
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Como hemos indicado, existen datos re- Es posible que alteraciones en la coloniza-
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9 Enterococcus
8 Enterobacteriaceae
7 Staphylococcus
Log10 CFU/g
6 Bacteroides
5 Clostridium
4 Bifidobacterium
0
0 2 3 5 10
DÍAS DE VIDA
Fig.5 Cinética del establecimiento bacteriano intestinal durante los primeros días de vida en un bebé nacido a plazo por entrega
vaginal y lactancia. Modificado de Butel MJ., Lepage P., Collingnon A, Microbiota development: from the in utero period to the first
years of life. In: Gut Microbiota, John Libber, Ed. 2017 ISBN 978-2-7420-1523-8
enterococo y la enterobacteria. Una vez que tras que un niño que nace por vía vaginal
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estas bacterias comienzan a colonizar el in- los principales microbios que van estar ex-
testino van a consumir cantidades importan- puestos son los microbios de la vagina y
tes de oxígeno lo que disminuye el potencial de las heces fecales de la madre. En los
redox del intestino lo que da lugar a la forma- niños nacidos por cesárea la exposición a
ción de un ambiente pobre en oxígeno lo que los microbios de la madre va a ser poste-
va a permitir la implantación subsecuente de rior en el tiempo comparando con los ni-
géneros de bacterias estrictamente anaero- ños nacidos por vía vaginal. Es posible que
bias como las cífidobacterias, bacteroides y este retrazo en el contacto del infante y la
clostridium. carga microbiana de la madre tenga con-
secuencias que afecten negativamente el
Las bacterias anaerobias presentes al ini- posterior dedarrollo del recién nacido. Una
cio de la colonización intestinal no son tan activa línea de trabajo de investigación in-
abundantes como en la vida adulta. Los tenta ahora conocer los efectos que tiene
infantes durante su desarrollo estarán ex- la colonización microbiana en el desarrollo
puestos a nuevas bacterias anaerobias del normal y patológico de los individuos.
medio ambiente como de la dieta, de la
microbiota de los adultos cercanos y del Otro factor prominente en la colonización
lugar en donde vivan. Se considera que la del tracto gastrointestinal del recién naci-
estabilidad de la microbiota intestinal de do es su tipo y forma de alimentanción. Es
las personas se logra durante los tres pri- bien conocido que la lactancia de la leche
meros años de vida. materna está asociada a una menor mor-
tilidad y morbilidad en los infantes. Estos
efectos beneficiosos de la leche materna
factores que influyen en el
se deben a su ideal composición nutricio-
nal de grasa, proteína, carbohidratos, vita-
establecimiento de la microbiota minas, minerales y agua.
intestinal en el recién nacido
Existen varios factores que son determi- Además la leche humana es un medio im-
nantes en la colonización y composición portante de inmunidad pasiva; por ejemplo
de la microbiota del recién nacido. Entre en los primeros días de lactancia, el calos-
los más importantes se pueden indicar la tro contiene células inmunes y productos
forma del parto, el nacimiento a término o como citoquinas, quimicinas, factores de
pretérmino, el tipo de alimentación inicial crecimiento, enzimas, péptidos microbia-
(leche materna exclusiva, leche materna nos, anticuerpos como inmunoglobulina A2.
y fórmula, o solamente fórmula), el medio Más tarde en la leche de transición y madu-
ambiente donde crece el infante, el poten- ra la mayoría de los componentes inmunes
cial uso de antibióticos y el uso de prebió- se mantienen durante todo el tiempo de
ticos. lactancia. Otros componentes significati-
vos y menos estudiados son los aminoáci-
Si consideramos la forma del nacimiento dos libres presentes en la leche materna y
de los niños, se puede indicar que los niños que posiblemente tenga una función muy
nacidos por cesárea van estar expuestos importante en el desarrollo del tracto gas-
al medio ambiente microbiano de la sala trointestinal del sistema inmune como: el
de operaciones, personal de salud; mien- glutamato, glutamina y la glicina.
Los aminoácidos indicados son más Otro factor bifidogénico importante sería
abundantes en la leche de lactantes con la presencia de oligosacáridos en la leche
mayor velocidad de crecimiento y en la materna, las concentraciones de estos en
leche para niños. En este sentido, es im- la leche pueden medirse en concentracio-
portante indicar que glutamato y glutami- nes de g/L, y las concentraciones de estos
na son la principal fuente de energía para oligosacáridos son muy variables de madre
las células epiteliales intestinales. a madre lactante. Los oligosacáridos son
mucho más abundantes en el calostro que
Además estos aminoácidos son indispen- en la leche de transición o la leche madura.
sables para el crecimiento de las células Se estima que existen aproximadamente
inmunes, particularmente las del sistema 200 diferentes moléculas de oligosacári-
inmune adaptativo, los linfocitos. La fer- dos, las estructuras de estos se caracte-
mentación del glutamato y la glutamina rizan por uniones glucosídicas β y no pue-
por la microbiota intestinal da lugar a la den ser digeridos por la enzimas del tracto
síntesis de los ácidos grasos de cadena gastrointestinal humano, lo que hace que
corta que tienen una influencia positiva en estos oligosacáridos lleguen hasta el colon.
el metabolismo del hospedador.
Una vez en el colon, estos oligosacáridos
Para realizar sus funciones, estos aminoá- son utilizados como factores bifidogénicos
cidos estimulan receptores específicos en en la parte final del trato gastrointestinal
sus células y tejidos blancos. Se conoce, facilitando la colonización de bífidobacte-
además, que la alimentación por leche rias. Otras propiedades de estos oligosa-
materna rica en los aminoácidos libres cáridos incluyen la actividad antimicrobiana
descritos promueve el desarrollo de la mi- contra agentes patógenos y su capacidad
crobiota dominante en los recién nacidos, de estimular la actividad inmunogénica del
que es beneficiosa para el infante. hospedador. Los oligosacáridos más im-
portantes de la leche materna son los fruc-
La microbiota de un recién nacido alimen- to y los galacto-oligosacáridos.
tado con leche materna exclusiva es dife-
rente y menos diversa que la microbiota Otro factor que afectaría la composición de
de un niño alimentado con fórmula. En la la microbiota del recién nacido es la micro-
microbiota de los niños alimentados con biota de la misma leche materna. Las espe-
leche materna hay un predominio de bac- cies más frecuentemente encontradas en
terias del género Bífidobacteria; mientras la leche materna pertenecen al género de
que establecimiento de las Enterobacte- Stafilococos, Streptococos, Propionibacte-
rias y especialmente Clostridium y Bacte- rium y Enterococos; también y en menor
roides es retardada y a bajos niveles. Los cantidad se encuentran lactobacilos y bífi-
factores de la leche materna que serían dobacterias. El origen de los microbios de
responsables de aumentar la coloniza- la leche materna no ha sido concretamente
ción por las Bífidosbacterias sería la baja establecido. Algunos investigadores indi-
concentración de proteínas, diminución can que es una colonización que se dirigiría
en la capacidad de controlar los cambios desde la piel a través de los conductos ga-
ácidos- básicos y la presecia de algunos lactoforos a las células epiteliales produc- 15
componentes protéicos. toras de leche; es decir, la colonización se
realizaría desde la piel hacia las células de
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la glándula mamaria. Por otro lado, otros Los datos demuestran que el uso de cefa-
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efecto preponderante, debido a que la mu- y a largo plazo, por la disbiosis que se ge-
cosa intestinal y el sistema inmune a nivel neraría en los recién nacidos debido a una
de mucosas son inmaduros y este puede defectuosa colonización microbiana ahora
ser uno de los factores que más influya en se sabe que esta puede favorecer el de-
la colonización microbiana. sarrollo de enfermedades crónicas como
alergias, enfermedades autoinmunes, pa-
Otros factores inherentes al tracto intesti- tologías que se han incrementado marca-
nal de los niños prematuros y que estarían damente en las últimas décadas. Algunos
influenciando en el establecimiento de la mi- estudios de cohorte han demostrado que
crobiota intestinal incluyen: baja capacidad los niños que nacen por cesárea y que son
de digestión para la absorción de nutrien- alimentados con fórmula en lugar de leche
tes; incremento en la permeabilidad intes- materna tienen un mayor riesgo de desa-
tinal; un pH elevado, y la inmadurez del sis- rrollar las patologías indicadas. Tanto la
tema inmune a nivel de la mucosa intestinal. composición de la microbiota como el es-
tado de maduración intestinal y del sistema
Para concluir, deberíamos indicar que las inmune contribuyen al desarrollo más fre-
alteraciones que pudieran producirse en cuente de estas enfermedades crónicas. El
el establecimiento de la microbiota intesti- tema de la relación entre la microbiota y
nal en el recién nacido podrían tener con- el sistema inmune será tratados con mayor
secuencias inmediatas alrededor de los detalle en el módulo.
primeros meses o años de vida del niño
y consecuencias a más largo plazo en la Además, existe evidencia de que alteracio-
edad adulta. Esta es una área de intensa in- nes en la microbiota de los recién nacidos es-
vestigación por la importancia que tiene la tán relacionadas con el desarrollo de enfer-
microbiota en las funciones del organismo. medades crónicas en la edad adulta, como
en el caso de la obesidad y sus complicacio-
Un ejemplo de problemas en el corto pla- nes. Así, se ha demostrado que niños con
zo por una defectuosa colonización micro- obesidad a la edad de 7 años tuvieron una
biana se evidencia en niños muy prematu- baja colonización por bacterias de género
ros, en los cuales existe un predominio de bífidobacterias, igual que en el caso de aler-
colonización por Clostridium difficile. Esta gias, los niños que desarrollan obesidad han
infección por C. difficile es causa frecuen- nacido frecuentemente mediante cesárea.
te de severa morbilidad y muerte en los
niños infectados. El consumo de antibióticos en los primeros
6 meses de vida también se ha relacionado
Es importante notar que las guías actua- con un incremento significativo del índice
les para el tratamiento de esta infección de masa corporal y algunos estudios han
incluyen el transplante de heces fecales demostrado que si la exposición de los an-
de niños sanos. La racionalidad detrás tibióticos fue después de los 6 meses no
de esta guía se fundamenta en el papel hubo esta relación. Estos resultados de-
crítico que tiene la microbiota intestinal muestran que la alteración más temprana
normal en el desarrollo de los niños, in- en el establecimiento de la microbiota de-
cluyendo su función en la resistencia a in- terminaría su relación con las enfermeda-
fecciones microbianas. des crónicas como la obesidad.
Otras condiciones crónicas que podrían es- Al momento existen mucho interés en el
tar asociadas con defectos en el estableci- estudio del establecimiento y la composi-
miento de la microbiota intestinal incluyen ción de la microbiota intestinal de los re-
alteraciones del comportamiento. Estudios cién nacidos y su papel en el desarrollo
de nuestro grupo de investigación han de- normal de los niños: Igualmente se llevan
mostrado que niños con espectro autista a cabo muchos esfuerzos para determi-
nacen más frecuentemente por cesárea, nar la relación de la disbiosis intestinal
presentan una microbiota intestinal dife- temprano en la vida y el desarrollo de en-
rente que los niños sin autismo; los niños fermedades crónicas inmunes, metabóli-
con autismo tienen mayor número de alte- cas, y de comportamiento.
raciones intestinales que se reflejan en al-
teraciones nutricionales como incremento Es de esperar que en un futuro no muy
de peso; estos niños además presentan un distante podamos disponer de mayor co-
incremento en los niveles séricos de cito- nocimiento sobre la fisiología normal de
quinas inflamatorias. Es posible que la tem- la microbiota intestinal y sobre las conse-
prana alteración en la composición de la cuencias de la disbiosis en enfermedades
microbiota intestinal contribuya a las alte- comunes. Estos estudios serán importantes
raciones nutricionales, inmunológicas y de para establecer mecanismos que permitan
comportamiento asociadas con el espec- el mantenimiento de una microbiota intesti-
tro autista. Se requieren más estudios que nal sana sin disbiosis. Estas estrategias van
evalúen los cambios indicados en los niños a contribuir a la prevención de enfermeda-
con autismo y de nuevas estrategias que des infecciosas y enfermedades crónicas
pudieran modificar dichos cambios. no trasmitibles.
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