C h a p t e r O u t lin e

19 -1 T h e C e n t r a l R o le o f t h e C it r ic A c id C y c le
1 92
19 -2
in M e t a b o lis m 5 7 8
T h e O v e r a ll P a t h w a y o f t h e C it r ic A c id T h e C it r ic A c id C y c le
C y c le 5 7 8
M it o c h o n d r ia l S t r u c t u r e 5 7 9
O v e r v ie w o f R e a c t io n s in t h e C it r ic A c id C y c le 5 8 0
19 -3 H o w P y r u v a t e is C o n v e r t e d t o
A c e t y l-C o A 5 8 0 1 9 -1 T h e C e n t r a l R o le o f t h e C it r ic
19 -4 T h e In d iv id u a l R e a c t io n s o f t h e C it r ic A c id C y c le in M e t a b o lis m
A c id C y c le 5 8 4
19 A B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S
T h e e v o lu tio n o f a e r o b ic m e ta b o lism , b y w h ic h n u tr ie n ts a r e o x id iz e d
T O X IC O L O G Y F lu o r in e C o m p o u n d s a n d to c a r b o n d io x id e a n d w a te r, w a s a n im p o r ta n t s te p in th e h is to r y o f life
C a rb o h y d r a te M e t a b o lis m 5 8 6 o n E a r th . O r g a n is m s c a n o b ta in fa r m o r e e n e r g y fr o m n u tr ie n ts b y a e r o -
19 B B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S L A B E L IN G b ic o x id a tio n th a n b y a n a e r o b ic o x id a tio n . ( E v e n y e a s t— w h ic h is u s u a lly
M E T H O D S W h a t Is t h e O r ig in o f th e C O 2 th o u g h t o f in te r m s o f th e a n a e r o b ic r e a c tio n s o f a lc o h o lic fe r m e n ta tio n
R e le a s e d b y th e C it r ic A c id C y c le ? 5 8 8 a n d is r e sp o n sib le fo r p r o d u c in g b r e a d , b e e r, a n d w in e — u se s th e c itr ic
a c id c y c le a n d a e r o b ic a lly d e g r a d e s g lu c o se to c a r b o n d io x id e a n d w a -
19 -5 E n e r g e t ic s a n d C o n t r o l o f t h e C it r ic A c id
C y c le 5 9 3 te r.) W e s a w in C h a p te r 1 7 th a t g ly c o ly s is p r o d u c e s o n ly tw o m o le c u le s
E n e r g e t ic s o f t h e C it r ic A c id C y c le 5 9 3 o f A T P fo r e a c h m o le c u le o f g lu c o se m e ta b o liz e d . In th is c h a p te r a n d
P re -c y c le R e g u la t io n 5 9 4 th e n e x t, w e sh a ll se e h o w 3 0 to 3 2 m o le c u le s o f A T P c a n b e p r o d u c e d
R e g u la t o r y E n z y m e s t h a t C o n t r o l t h e C it r ic A c id fr o m e a c h m o le c u le o f g lu c o s e in c o m p le te a e r o b ic o x id a tio n to c a r b o n
C y c le 5 9 5 d io x id e a n d w a te r. T h r e e p r o c e s s e s p la y r o le s in a e r o b ic m e ta b o lis m : th e
19 -6 T h e G ly o x y la t e C y c le : A R e la t e d c itr ic a c id c y c le , w h ic h w e d is c u s s in th is c h a p te r, a n d e le c tr o n tr a n s p o r t
P a th w a y 5 9 6 a n d o x id a tiv e p h o s p h o r y la tio n , b o th o f w h ic h w e s h a ll d is c u s s in C h a p -
19 -7 T h e C it r ic A c id C y c le in C a t a b o lis m 5 9 7 te r 2 0 ( F ig u r e 1 9 .1 ) . T h e s e th r e e p r o c e s s e s o p e r a te to g e th e r in a e r o b ic
m e ta b o lis m ; s e p a r a te d is c u s s io n is a m a tte r o f c o n v e n ie n c e o n ly.
19 -8 T h e C it r ic A c id C y c le in A n a b o lis m 5 9 8 M e ta b o lism c o n sists o f c a ta b o lism , w h ic h is th e o x id a tiv e b r e a k d o w n
19 C B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S o f n u tr ie n ts, a n d a n a b o lism , w h ic h is r e d u c tiv e sy n th e sis o f b io m o le -
E V O L U T I O N W h y C a n ’t A n im a ls U s e A ll c u le s. T h e c itr ic a c id c y c le is a m p h ib o lic , m e a n in g th a t it p la y s a r o le
th e S a m e E n e r g y S o u r c e s a s P la n t s a n d
in b o th c a ta b o lism a n d a n a b o lism . A lth o u g h th e c itr ic a c id c y c le is a
B a c t e r ia ? 5 9 9
T h e R o le o f P y r u v a t e a n d A c e t y l-C o A t o A n im a ls p a r t o f th e p a th w a y o f a e r o b ic o x id a tio n o f n u tr ie n ts ( a c a ta b o lic p a th -
a n d P la n t s 6 0 0 w a y ; s e e S e c t io n 1 9 -7 ) , s o m e o f t h e m o le c u le s t h a t a r e in c lu d e d in t h is
T h e C it r ic A c id C y c le in L ip id A n a b o lis m 6 0 1 c y c le a r e th e sta r tin g p o in ts o f b io sy n th e tic ( a n a b o lic ) p a th w a y s ( se e
19 D B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S S e c t io n 1 9 -8 ) . M e t a b o lic p a t h w a y s o p e r a t e s im u lt a n e o u s ly , e v e n t h o u g h
N U T R IT IO N W h y Is It S o H a rd to L o s e w e ta lk a b o u t th e m s e p a r a te ly. W e s h o u ld a lw a y s k e e p th is p o in t in m in d .
W e ig h t ? 6 0 2 T h e c itr ic a c id c y c le h a s tw o o th e r c o m m o n n a m e s. O n e is th e
A m in o A c id s a n d t h e C it r ic A c id C y c le 6 0 4 K reb s c y c le, a fte r S ir H a n s K r e b s , w h o fir s t in v e s tig a te d th e p a th w a y
19 -9 T h e L in k t o O x y g e n 6 0 4 ( w o r k fo r w h ic h h e r e c e iv e d a N o b e l P r iz e in P h y sio lo g y o r M e d ic in e
in 1 9 5 3 ) . T h e o th e r n a m e is th e tric a rb o x y lic a c id c y c le (o r T C A c y c le),
fr o m th e fa c t th a t so m e o f th e m o le c u le s in v o lv e d a r e a c id s w ith th r e e
c a r b o x y l g r o u p s. W e sh a ll sta r t o u r d isc u ssio n w ith a g e n e r a l o v e r v ie w
o f th e p a th w a y a n d th e n g o o n to d isc u ss sp e c ific r e a c tio n s.

19 -2 T h e O v e r a ll P a t h w a y o f t h e C it r ic
A c id  C y c le
A n im p o r ta n t d iffe r e n c e b e tw e e n g ly c o ly sis a n d th e c itr ic a c id c y c le
is th e p a r t o f th e c e ll in w h ic h th e se p a th w a y s o c c u r. In e u k a r y o te s,
g ly c o ly sis o c c u r s in th e c y to so l, w h ile th e c itr ic a c id c y c le ta k e s p la c e

5 7 8
 19 -2 T h e O v e r a ll P a t h w a y o f t h e C it r ic A c id  C y c le 5 7 9

S ta g e 1 S ta g e 2 S ta g e 3
A c e t y l-C o A A c e t y l-C o A E le c tro n tra n sp o r t
p r o d u c tio n P y r u v a te o x id a tio n a n d o x id a tiv e
d e h y d ro g e n a se p h o s p h o r y la tio n
c o m p le x C O 2 C O 2
G ly c o ly sis –
C itr a te e
G lu c o se P y r u v a te
A T P
e – e – N A D H , R e s p ir a to r y
A c e ty l- C itr ic C O F A D H 2 – ( e le c tro n
F a tty 2 – e
C o A a c id c y c le ( re d u c e d e tra n sp o rt)
a c id s e –
c a r r ie r s) c h a in A D P + P
A m in o O x a lo a c e ta te –
a c id s e –
e – 2 H + + 1/ O H O
e – e 2 2 2
–
e –
e

F ig u r e 1 9 .1 T h e c e n t r a l r e la t io n s h ip o f t h e c it r ic a c id c y c le t o c a t a b o lis m . A m in o a c id s , fa t t y
a c id s , a n d g lu c o s e c a n a ll p r o d u c e a c e t y l-C o A in s t a g e 1 o f c a t a b o lis m . In s t a g e 2 , a c e t y l-C o A
c itr ic a c id c y c le a c e n tr a l m e ta b o lic p a th w a y ; p a r t
e n t e r s t h e c it r ic a c id c y c le . S t a g e s 1 a n d 2 p r o d u c e r e d u c e d e le c t r o n c a r r ie r s (s h o w n h e r e a s e 2
).
o f a e r o b ic m e ta b o lism
In s t a g e 3 , t h e e le c t r o n s e n t e r t h e e le c t r o n t r a n s p o r t c h a in , w h ic h t h e n p r o d u c e s A T P .
e le c tr o n tr a n s p o r t ( to o x y g e n ) a se r ie s o f
o x id a tio n – r e d u c tio n r e a c tio n s b y w h ic h th e
in m ito c h o n d r ia . M o st o f th e e n z y m e s o f th e c itr ic a c id c y c le a r e p r e se n t in th e
e le c tr o n s d e r iv e d fr o m o x id a tio n o f n u tr ie n ts a r e
m ito c h o n d r ia l m a tr ix . p a sse d to o x y g e n

M it o c h o n d r ia l S t r u c t u r e o x id a tiv e p h o s p h o r y la tio n a p r o c e ss fo r
g e n e r a tin g A T P ; it d e p e n d s o n th e c r e a tio n o f a p H
A q u ic k r e v ie w o f so m e a sp e c t s o f m ito c h o n d r ia l str u c tu r e is in o r d e r h e r e b e - g r a d ie n t w ith in th e m ito c h o n d r io n a s a r e su lt o f
c a u se w e sh a ll w a n t to d e sc r ib e th e e x a c t lo c a tio n o f e a c h o f t h e c o m p o n e n ts e le c tr o n tr a n sp o r t
o f t h e c itr ic a c id c y c le a n d th e e le c t r o n tr a n sp o r t c h a in . R e c a ll fr o m C h a p te r 1 a m p h ib o lic a b le to b e a p a r t o f b o th a n a b o lism
th a t a m ito c h o n d r i o n h a s a n in n e r a n d a n o u t e r m e m b r a n e ( F ig u r e 1 9 .2 ) . a n d c a ta b o lism

O u ter In n er
M ito ch o n d ria E n d o p la s m ic re tic u lu m m em b ra n e m em b ra n e

Professors P. M. Motta, S. Makabe, and T. Naguro/Science Photo Library/Science Source

A M a trix O u ter m em b ra n e C rista e B
M a trix C rista e

A C o lo re d s c a n n in g e le c tro n m ic ro s c o p e im a g e
sh o w in g th e in tern a l str u ctu re o f a m ito ch o n d rio n
(g reen m a g n ified 1 9 ,2 0 0 3 ).

B In terp retiv e d ra w in g o f th e sca n n ed im a g e.

C P ersp ectiv e d ra w in g o f a m ito ch o n d rio n .

In n er O u ter
C m em b ra n e m em b ra n e

F ig u r e 1 9 .2 T h e s t r u c t u r e o f a m it o c h o n d r io n . (F o r a n e le c t r o n m ic r o g r a p h o f m it o c h o n d r ia l
s t r u c t u r e , s e e F ig u r e 1 .2 0 .)
5 8 0 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le
m ito c h o n d r ia l m a tr ix th e p a rt o f th e
m ito c h o n d r io n e n c lo se d b y th e in n e r
m ito c h o n d r ia l m e m b r a n e
in te r m e m b r a n e s p a c e th e r e g io n b e tw e e n th e in n e r
a n d o u te r m ito c h o n d r ia l m e m b r a n e s
o x id a tiv e d e c a r b o x y la tio n lo ss o f c a r b o n d io x id e
a c c o m p a n ie d b y o x id a tio n
p y r u v a te d e h y d r o g e n a s e c o m p le x
c o m p le x th a t c a ta ly z e s th e c o n v e r sio n o f p y r u v a te
t o a c e t y l-C o A a n d c a r b o n d io x id e
T h e r e g io n e n c lo se d b y th e in n e r m e m b r a n e is c a lle d th e m ito c h o n d r ia l
m a tr ix , a n d a n in te r m e m b r a n e s p a c e e x ists b e tw e e n th e in n e r a n d o u te r m e m -
b r a n e s. T h e in n e r m e m b r a n e is a tig h t b a r r ie r b e tw e e n th e m a tr ix a n d th e
c y to so l, a n d v e r y fe w c o m p o u n d s c a n c r o ss th is b a r r ie r w ith o u t a sp e c ific tr a n s-
p o r t p r o t e in ( S e c t io n 8 -5 ) . T h e r e a c t io n s o f t h e c it r ic a c id c y c le t a k e p la c e in
th e m a tr ix , e x c e p t fo r th e o n e in w h ic h th e in te r m e d ia te e le c tr o n a c c e p to r is
F A D . T h e e n z y m e t h a t c a t a ly z e s t h e F A D -lin k e d r e a c t io n is a n in t e g r a l p a r t o f
th e in n e r m ito c h o n d r ia l m e m b r a n e a n d is lin k e d d ir e c tly to th e e le c tr o n tr a n s-
p o r t c h a in ( C h a p te r 2 0 ) .
O v e r v ie w o f R e a c t io n s in t h e C it r ic A c id C y c le
T h e c itr ic a c id c y c le is s h o w n in s c h e m a tic fo r m in F ig u r e 1 9 .3 . U n d e r a e r o -
b ic c o n d itio n s, p y r u v a te p r o d u c e d b y g ly c o ly sis is o x id iz e d fu r th e r, w ith c a r -
b o n d io x id e a n d w a te r a s th e fin a l p r o d u c ts. F ir st, th e p y r u v a te is o x id iz e d to
o n e c a r b o n d io x id e m o le c u le a n d to o n e a c e ty l g r o u p , w h ic h b e c o m e s lin k e d
t o a n in t e r m e d ia t e , c o e n z y m e A ( C o A ) ( S e c t io n 1 5 -7 ) . T h e a c e t y l-C o A e n t e r s
th e c itr ic a c id c y c le . In th e c itr ic a c id c y c le , tw o m o r e m o le c u le s o f c a r b o n
d io x id e a r e p r o d u c e d f o r e a c h m o le c u le o f a c e t y l-C o A t h a t e n t e r s t h e c y c le ,
a n d e le c tr o n s a r e tr a n sfe r r e d in th e p r o c e ss. T h e im m e d ia te e le c tr o n a c c e p -
to r in a ll c a se s b u t o n e is N A D 1 , w h ic h is r e d u c e d to N A D H . In th e o n e c a se
in w h ic h th e r e is a n o th e r in te r m e d ia te e le c tr o n a c c e p to r, F A D ( fla v in a d e -
n in e d in u c le o tid e ) , w h ic h is d e r iv e d fr o m r ib o fla v in ( v ita m in B 2) , ta k e s u p
tw o e le c tr o n s a n d tw o h y d r o g e n io n s to p r o d u c e F A D H 2. T h e e le c tr o n s a r e
p a sse d fr o m N A D H a n d F A D H 2 th r o u g h se v e r a l sta g e s o f a n e le c tr o n tr a n s -
p o r t c h a in w ith a d iffe r e n t r e d o x r e a c tio n a t e a c h ste p . T h e fin a l e le c tr o n a c -
c e p to r is o x y g e n , w ith w a te r a s th e p r o d u c t. N o te th a t, sta r tin g fr o m p y r u v a te ,
a t h r e e -c a r b o n c o m p o u n d , t h r e e c a r b o n s a r e lo s t a s C O 2 v ia t h e p r o d u c t io n
o f a c e ty l-C o A a n d o n e tu r n o f th e c y c le . T h e c y c le p r o d u c e s e n e r g y in th e
fo r m o f r e d u c e d e le c tr o n e q u iv a le n ts ( th e N A D H a n d F A D H 2 th a t w ill e n te r
th e e le c tr o n tr a n sp o r t c h a in ) , b u t th e c a r b o n sk e le to n s a r e e ffe c tiv e ly lo st.
T h e c y c le a ls o p r o d u c e s o n e h ig h -e n e r g y c o m p o u n d d ir e c t ly , G T P ( g u a n o -
sin e tr ip h o sp h a te ) .
I n t h e f ir s t r e a c t io n o f t h e c y c le , t h e t w o -c a r b o n a c e t y l g r o u p c o n d e n s e s w it h
t h e f o u r -c a r b o n o x a lo a c e t a t e io n t o p r o d u c e t h e s ix -c a r b o n c it r a t e io n . I n t h e
n e x t fe w ste p s, th e c itr a te iso m e r iz e s, a n d th e n it b o th lo se s c a r b o n d io x id e a n d
is o x id iz e d . T h is p r o c e ss, c a lle d o x id a tiv e d e c a r b o x y la tio n , p r o d u c e s th e fiv e -
c a r b o n c o m p o u n d -k e t o g lu t a r a t e , w h ic h a g a in is o x id a t iv e ly d e c a r b o x y la t e d
t o p r o d u c e t h e f o u r -c a r b o n c o m p o u n d s u c c in a t e . T h e c y c le is c o m p le t e d b y
r e g e n e r a tio n o f o x a lo a c e ta te fr o m su c c in a te in se v e r a l ste p s. W e sh a ll se e m a n y
o f t h e s e in t e r m e d ia t e s a g a in in o t h e r p a t h w a y s , e s p e c ia lly -k e t o g lu t a r a t e ,
w h ic h is v e r y im p o r ta n t in a m in o a c id a n d p r o te in m e ta b o lism .
T h e c itr ic a c id c y c le h a s e ig h t ste p s, e a c h c a ta ly z e d b y a d iffe r e n t e n z y m e .
F o u r o f th e e ig h t ste p s— S te p s 3 , 4 , 6 , a n d 8 — a r e o x id a tio n r e a c tio n s ( se e
F ig u r e 1 9 .3 ) . T h e o x id iz in g a g e n t is N A D 1 in a ll e x c e p t S te p 6 , in w h ic h F A D
p la y s th e sa m e r o le . In S te p 5 , a m o le c u le o f G D P ( g u a n o sin e d ip h o sp h a te ) is
p h o sp h o r y la te d to p r o d u c e G T P . T h is r e a c tio n is e q u iv a le n t to th e p r o d u c tio n
o f A T P b e c a u se th e p h o sp h a te g r o u p is th e n e a sily tr a n sfe r r e d to A D P , p r o d u c -
in g G D P a n d A T P .
1 9 -3 H o w P y r u v a t e Is C o n v e r t e d t o A c e t y l-C o A
P y r u v a te c a n c o m e fr o m se v e r a l so u r c e s, in c lu d in g g ly c o ly s is, a s w e h a v e se e n .
a m u ltie n z y m e It m o v e s fr o m th e c y to so l in to th e m ito c h o n d r io n v ia a sp e c ific tr a n sp o r te r.
T h e r e , a n e n z y m e s y ste m c a lle d th e p y r u v a te d e h y d r o g e n a s e c o m p le x is r e sp o n -
sib le fo r th e c o n v e r sio n o f p y r u v a te to c a r b o n d io x id e a n d th e a c e ty l p o r t io n
 19 -3 H o w P y r u v a t e Is C o n v e r t e d t o A c e t y l-C o A 5 8 1

O F ig u r e 1 9 .3 A n o v e r v ie w o f t h e c it r ic a c id c y c le .
O
N o te th e n a m e s o f t h e e n z y m e s . T h e lo s s o f C O 2
F ro m g ly c o ly sis H 3 C C C is in d ic a t e d , a s is t h e p h o s p h o r y la t io n o f G D P t o
O – G T P . T h e p r o d u c t io n o f N A D H a n d F A D H 2 is a ls o
P y ru v a te in d ic a te d .

+ C o A -S H
N A D
P y ru v a te d e h y d ro g e n a se

N A D H + H + C O 2

H C C S C o A F ro m b -o x id a t io n o f f a t t y a c id s
3

A c e t y l-C o A

O C itr a te
C o A -S H
C C O O – sy n th a se
M a la te
d e h y d ro g e n a se H 2 C C O O –
1
8 O x a lo a c e ta te H O
C O O –
2
H O H 2 C
+
N A D
H C C O O – N A D H + H + H O C C O O –

H C C O O –
2 H 2 C C O O –
M a la te
C itr a te
F u m a r a se 7 A c o n ita s e
H O 2
2

H C O O –
C H 2 C C O O –
T R IC A R B O X Y L IC A C ID
C C Y C L E H C C O O –
– O O C H ( c itr ic a c id c y c le ,
H C C O O –
F u m a ra te K r e b s c y c le ,
F A D H T C A c y c le ) O H
2
S u c c in a te
d e h y d r o g e n a s e 6 I s o c itr a te
+
F A D N A D

3 I s o c itr a te
H C C O O –
2
N A D H + H + d e h y d ro g e n a se

H 2 C C O O –

S u c c in a te N A D H + H +
S u c c in y l-C o A
sy n th e ta se H 2 C C O O – C O
C o A -S H + 2
N A D
5 P H C
2
4
H 2 C C O O – C C O O –
G D P
G T P O
H 2 C
a -K e t o g lu t a r a t e
C S C o A a -K e t o g lu t a r a t e
N u c le o s id e -
A D P d ip h o s p h a te d e h y d ro g e n a se
O
k in a s e A T P
S u c c in y l-C o A C O 2
5 8 2 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

P y r u v a te
O C o A -S H d e h y d ro g e n a se C O 2 O
c o m p le x
C H 3 C C O O 2
C H 3 C S C O A
T P P , F A D
+
F ig u r e 1 9 .4 C o n v e r s io n o f p y r u v a t e t o
P y r u v a te
N A D +
2 +
M g , lip o ic N A D H + H A c e t y l-C o A
a c e t y l-C o A . a c id

o f a c e t y l-C o A . T h e r e is a n — S H g r o u p a t o n e e n d o f t h e C o A m o le c u le , w h ic h
is th e p o in t a t w h ic h th e a c e ty l g r o u p is a tta c h e d . A s a r e su lt, C o A is fr e q u e n tly
s h o w n in e q u a t io n s a s C o A -S H . B e c a u s e C o A is a t h io l ( t h e s u lf u r [ t h io ] a n a lo g
t h io e s t e r a s u lf u r -c o n t a in in g a n a lo g u e o f a n e s t e r o f a n a lc o h o l) , a c e t y l-C o A is a t h io e s t e r , w it h a s u lf u r a t o m r e p la c in g a n o x y -
g e n o f th e u su a l c a r b o x y lic e ste r. T h is d iffe r e n c e is im p o r ta n t, sin c e th io e ste r s
a r e h ig h -e n e r g y c o m p o u n d s ( C h a p t e r 1 5 ) . I n o t h e r w o r d s , t h e h y d r o ly s is o f
th io e ste r s r e le a se s e n o u g h e n e r g y to d r iv e o th e r r e a c tio n s. A n o x id a tio n r e a c -
tio n p r e c e d e s th e tr a n sfe r o f th e a c e ty l g r o u p to th e C o A . T h e w h o le p r o c e ss
in v o lv e s se v e r a l e n z y m e s, a ll o f w h ic h a r e p a r t o f th e p y r u v a te d e h y d r o g e n a se
c o m p le x . T h e o v e r a ll r e a c tio n
P y r u v a te 1 C o A -S H 1 N A D 1
S A c e t y l-C o A 1 C O 2 1 H 1
1 N A D H
is e x e r g o n ic ( D G ° ' 5 2 3 3 .4 k J m o l2 1 5 2 8 .0 k c a l m o l2 1 ) , a n d N A D H c a n th e n b e
u s e d to g e n e r a te A T P v ia th e e le c tr o n tr a n s p o r t c h a in ( C h a p te r 2 0 ) ( F ig u r e 1 9 .4 ) .

c H o w m a n y e n z y m e s a r e n e e d e d t o c o n v e r t p y r u v a t e t o a c e t y l-C o A ?
F iv e e n z y m e s m a k e u p th e p y r u v a te d e h y d r o g e n a se c o m p le x in m a m m a ls.
T h e y a r e p y r u v a te d eh y d ro g en a se (P D H ), d ih y d ro lip o y l tra n sa c ety la se, d ih y d ro lip o y l
d eh y d ro g en a se, p y ru v a te d eh y d ro g en a se k in a se, a n d p y ru v a te d eh y d ro g en a se p h o sp h a -
ta s e . T h e f ir s t t h r e e a r e in v o lv e d in t h e c o n v e r s io n o f p y r u v a t e t o a c e t y l-C o A .
T h e k in a se a n d th e p h o sp h a ta se a r e e n z y m e s u se d in th e c o n tr o l o f P D H
( S e c t io n 1 9 -5 ) a n d a r e p r e s e n t o n a s in g le p o ly p e p t id e . T h e r e a c t io n t a k e s
p la c e in fiv e s te p s . T w o e n z y m e s c a ta ly z e r e a c tio n s o f lip o ic a c id , a c o m p o u n d
th a t h a s a d isu lfid e g r o u p in its o x id iz e d fo r m a n d tw o su lfh y d r y l g r o u p s in its
r e d u c e d fo r m .
L ip o ic a c id c a n a c t a s a n o x id iz in g a g e n t; th e r e a c tio n in v o lv e s h y d r o g e n
tr a n sfe r, w h ic h fr e q u e n tly a c c o m p a n ie s b io lo g ic a l o x id a tio n – r e d u c tio n r e a c tio n s
( S e c t io n 1 5 -5 ) . A n o t h e r r e a c t io n o f lip o ic a c id is t h e f o r m a t io n o f a t h io e s t e r lin k -
a g e w it h t h e a c e t y l g r o u p b e f o r e it is t r a n s f e r r e d t o t h e a c e t y l-C o A . L ip o ic a c id
c a n a c t sim p ly a s a n o x id iz in g a g e n t, o r it c a n sim u lta n e o u sly ta k e p a r t in tw o r e -
a c tio n s— a r e d o x r e a c tio n a n d th e sh ift o f a n a c e ty l g r o u p b y tr a n se ste r ific a tio n .
T h e fir st ste p in th e r e a c tio n se q u e n c e th a t c o n v e r ts p y r u v a te to c a r b o n
d io x id e a n d a c e t y l-C o A is c a t a ly z e d b y p y r u v a t e d e h y d r o g e n a s e , a s s h o w n in
F ig u r e  1 9 .5 . T h is e n z y m e r e q u ir e s th ia m in e p y r o p h o s p h a te ( T P P ; a m e ta b o -
lite o f v ita m in B 1, o r th ia m in e ) a s a c o e n z y m e . T h e c o e n z y m e is n o t c o v a le n tly
b o n d e d to th e e n z y m e ; th e y a r e h e ld to g e th e r b y n o n c o v a le n t in te r a c tio n s.
M g 21 is a lso r e q u ir e d . W e sa w th e a c tio n o f T P P a s a c o e n z y m e in th e c o n v e r -
sio n o f p y r u v a te to a c e ta ld e h y d e , c a ta ly z e d b y p y r u v a te d e c a r b o x y la se ( S e c -
t io n 1 7 -4 ) . I n t h e p y r u v a t e d e h y d r o g e n a s e r e a c t io n , a n -k e t o a c id , p y r u v a t e ,
lo s e s c a r b o n d io x id e ; th e r e m a in in g tw o -c a r b o n u n it b e c o m e s c o v a le n tly
b o n d e d to T P P .
T h e se c o n d ste p o f th e r e a c tio n is c a ta ly z e d b y d ih y d r o lip o y l tr a n sa c e ty -
la se . T h is e n z y m e r e q u ir e s lip o ic a c id a s a c o e n z y m e . T h e lip o ic a c id is c o -
v a le n tly b o n d e d to th e e n z y m e b y a n a m id e b o n d to th e ´ -a m in o g r o u p o f
a ly s in e s id e c h a in . T h e t w o -c a r b o n u n it t h a t o r ig in a lly c a m e f r o m p y r u v a t e
is tr a n sfe r r e d fr o m th e th ia m in e p y r o p h o sp h a te to th e lip o ic a c id , a n d , in
th e p r o c e ss, a h y d r o x y l g r o u p is o x id iz e d to p r o d u c e a n a c e ty l g r o u p . T h e
 19 -3 H o w P y r u v a t e Is C o n v e r t e d t o A c e t y l-C o A 5 8 3

1 P y r u v a te lo s e s C O 2 a n d 2 H y d ro x y e th y l g r o u p is 3 A c e ty l g r o u p is tr a n s f e r r e d 4 D ih y d r o lip o a m id e
H E T P P is f o r m e d tr a n s f e r r e d to lip o ic a c id to C o A is r e o x id iz e d
a n d o x id iz e d to fo r m
a c e t y l d ih y d r o lip o a m id e

O
C o A -S H
C H 3 C S — C o A
O
O
C H C 3
C H 3 C C O O – 3 H
S
T h ia m in e S N A D +
P y r u v a te p y r o p h o sp h a te S H
S H

4 [ F A D ]
1 2

P r o te in
N A D H + H +
C O 2 C H 3

C H O H

T P P S S
H y d ro x y e th y l T P P L ip o ic a c id
( H E T P P )

P y r u v a te D ih y d r o lip o y l D ih y d r o lip o y l
d e h y d ro g e n a se tr a n s a c e ty la s e d e h y d ro g e n a se

F ig u r e 1 9 . 5 T h e m e c h a n is m o f t h e p y r u v a t e d e h y d r o g e n a s e r e a c t io n . D e c a r b o x y la t io n o f
p y r u v a t e o c c u r s w it h fo r m a t io n o f h y d r o x y e t h y l-T P P (S t e p 1 ). T r a n s fe r o f t h e t w o -c a r b o n u n it t o
lip o ic a c id in S t e p 2 is fo llo w e d b y fo r m a t io n o f a c e t y l-C o A in S t e p 3 . L ip o ic a c id is r e o x id iz e d in
S t e p 4 o f t h e r e a c t io n .

d isu lfid e g r o u p o f th e lip o ic a c id is th e o x id iz in g a g e n t, w h ic h is itse lf r e -

d u c e d , a n d th e p r o d u c t o f th e r e a c tio n is a th io e ste r. In o th e r w o r d s, th e
a c e ty l g r o u p is n o w c o v a le n tly b o n d e d to th e lip o ic a c id b y a th io e ste r lin k -
a g e ( s e e F ig u r e 1 9 .5 ) .
T h e th ir d ste p o f th e r e a c tio n is a lso c a ta ly z e d b y d ih y d r o lip o y l tr a n sa c e ty -
la s e . A m o le c u le o f C o A -S H a t t a c k s t h e t h io e s t e r lin k a g e , a n d t h e a c e t y l g r o u p
is tr a n sfe r r e d to it. T h e a c e ty l g r o u p r e m a in s b o u n d in a th io e ste r lin k a g e ; th is
t im e it a p p e a r s a s a c e t y l-C o A r a t h e r t h a n e s t e r if ie d t o lip o ic a c id . T h e r e d u c e d
fo r m o f lip o ic a c id r e m a in s c o v a le n tly b o u n d to d ih y d r o lip o y l tr a n sa c e ty la se
( s e e F ig u r e 1 9 .5 ) . T h e r e a c t io n o f p y r u v a t e a n d C o A -S H h a s n o w r e a c h e d t h e
s t a g e o f t h e p r o d u c t s , c a r b o n d io x id e a n d a c e t y l-C o A , b u t t h e lip o ic a c id c o e n -
z y m e is in a r e d u c e d fo r m . T h e r e st o f th e ste p s r e g e n e r a te th e lip o ic a c id , so
fu r th e r r e a c tio n s c a n b e c a ta ly z e d b y th e tr a n sa c e ty la se .
In th e fo u r th ste p o f th e o v e r a ll r e a c tio n , th e e n z y m e d ih y d r o lip o y l d e -
h y d r o g e n a s e r e o x id iz e s th e r e d u c e d lip o ic a c id fr o m th e s u lfh y d r y l to
th e d isu lfid e fo r m . T h e lip o ic a c id still r e m a in s c o v a le n tly b o n d e d to th e
tr a n s a c e ty la s e e n z y m e . T h e d e h y d r o g e n a s e a ls o h a s a c o e n z y m e , F A D
( S e c t io n 1 5 -5 ) , t h a t is b o u n d t o t h e e n z y m e b y n o n c o v a le n t in t e r a c t io n s . A s
a r e su lt, F A D is r e d u c e d to F A D H 2. F A D H 2 is r e o x id iz e d in tu r n . T h e o x id iz -
in g a g e n t is N A D 1 , a n d N A D H is th e p r o d u c t a lo n g w ith r e o x id iz e d F A D .
E n z y m e s su c h a s p y r u v a te d e h y d r o g e n a se a r e c a lle d fla v o p r o te in s b e c a u se o f
th e ir a tta c h e d F A D s.
T h e r e d u c tio n o f N A D 1 to N A D H a c c o m p a n ie s th e o x id a tio n o f p y r u v a te
to th e a c e ty l g r o u p , a n d th e o v e r a ll e q u a tio n sh o w s th a t th e r e h a s b e e n a
5 8 4 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

tr a n sfe r o f tw o e le c tr o n s fr o m p y r u v a te to N A D 1 . T h e e le c tr o n s g a in e d b y
N A D 1 in g e n e r a tin g N A D H in th is ste p a r e p a sse d to th e e le c tr o n tr a n sp o r t
c h a in ( th e n e x t ste p in a e r o b ic m e ta b o lism ) . In C h a p te r 2 0 , w e sh a ll se e
th a t th e tr a n sfe r o f e le c tr o n s fr o m N A D H u ltim a te ly to o x y g e n w ill g iv e r ise
to 2 .5 A T P . T w o m o le c u le s o f p y r u v a te a r e p r o d u c e d fo r e a c h m o le c u le o f
g lu c o se , so th a t th e r e w ill e v e n tu a lly b e fiv e A T P fr o m e a c h g lu c o se fr o m
th is ste p a lo n e .
T h e r e a c t io n le a d in g f r o m p y r u v a t e t o a c e t y l-C o A is a c o m p le x o n e t h a t
r e q u ir e s th r e e e n z y m e s, e a c h o f w h ic h h a s its o w n c o e n z y m e in a d d itio n to
N A D 1 . T h e sp a tia l o r ie n ta tio n o f th e in d iv id u a l e n z y m e m o le c u le s w ith r e sp e c t
to o n e a n o th e r is itse lf c o m p le x . T h is c o m p le x str u c tu r e m a k e s p o ssib le a c o m -
p a c t a r r a n g e m e n t in w h ic h th e v a r io u s sta g e s o f th e r e a c tio n c a n p r o c e e d v e r y
e ffic ie n tly.
A c o m p a c t a r r a n g e m e n t, su c h a s th e o n e in th e p y r u v a te d e h y d r o g e n a se
m u ltie n z y m e c o m p le x , h a s tw o g r e a t a d v a n ta g e s o v e r a n a r r a n g e m e n t in w h ic h
th e v a r io u s c o m p o n e n ts a r e m o r e w id e ly d isp e r se d . F ir st, th e v a r io u s sta g e s
o f th e r e a c tio n c a n ta k e p la c e m o r e e ffic ie n tly b e c a u se th e r e a c ta n ts a n d th e
e n z y m e s a r e so c lo se to e a c h o th e r. T h e r o le o f lip o ic a c id is p a r tic u la r ly im -
p o r ta n t h e r e . R e c a ll th a t th e lip o ic a c id is c o v a le n tly a tta c h e d to th e tr a n s-
a c e ty la se e n z y m e th a t o c c u p ie s a c e n tr a l p o sitio n in th e c o m p le x . T h e lip o ic
a c id a n d th e ly sin e sid e c h a in to w h ic h it is b o n d e d a r e lo n g e n o u g h to a c t
a s a “ s w in g in g a r m ,” w h ic h c a n m o v e to th e s ite o f e a c h o f th e s te p s o f th e
r e a c t io n ( F ig u r e  1 9 .5 ) . A s a r e s u lt o f t h e s w in g in g -a r m a c t io n , t h e lip o ic a c id
c a n m o v e t o t h e p y r u v a t e d e h y d r o g e n a s e s it e t o a c c e p t t h e t w o -c a r b o n u n it
a n d th e n tr a n sfe r it to th e a c tiv e site o f th e tr a n sa c e ty la se . T h e a c e ty l g r o u p c a n
t h e n b e  t r a n s e s t e r if ie d t o C o A -S H f r o m t h e lip o ic a c id . F in a lly , t h e lip o ic a c id
c a n  s w in g to th e a c tiv e s ite o f th e d e h y d r o g e n a s e s o th a t th e s u lfh y d r y l g r o u p s
c a n b e r e o x id iz e d to a d isu lfid e .
T h e se c o n d a d v a n ta g e o f a m u ltie n z y m e c o m p le x is th a t r e g u la to r y c o n -
tr o ls c a n b e a p p lie d m o r e e ffic ie n tly in su c h a sy ste m th a n in a sin g le e n z y m e
m o le c u le . In th e c a se o f th e p y r u v a te d e h y d r o g e n a se c o m p le x , c o n tr o llin g fa c -
to r s a r e in tim a te ly a sso c ia te d w ith th e m u ltie n z y m e c o m p le x itse lf, w h ic h w e
s h a ll s t u d y in S e c t io n 1 9 -5 .

19 -4 T h e In d iv id u a l R e a c t io n s o f t h e C it r ic
A c id  C y c le
T h e r e a c tio n s o f th e c itr ic a c id c y c le p r o p e r a n d th e e n z y m e s th a t c a ta ly z e
th e m a r e lis te d in T a b le 1 9 .1 . W e s h a ll n o w d is c u s s e a c h o f th e s e r e a c tio n s
in tu r n .

T a b le 1 9 .1 T h e R e a c t io n s o f t h e C it r ic A c id C y c le
S te p R e a c t io n E n z y m e
1 A c e t y l-C o A 1 O x a lo a c e ta te 1 H 2 O S C itr a te 1 C o A -S H C itr a te sy n th a se
2 C itr a te S Iso c itr a te A c o n ita se
3 Iso c itr a te 1 N A D 1 S -K e t o g lu t a r a te 1 N A D H 1 C O 2 1 H 1 Iso c itr a te d e h y d r o g e n a se
4 -K e t o g lu ta ra te 1 N A D 1
1 C o A -S H S S u c c in y l-C o A 1 N A D H 1 C O 2 1 H 1
-K e t o g lu ta r a te d e h y d r o g e n a se
5 S u c c in y l-C o A 1 G D P 1 P i S S u c c in a t e 1 G T P 1 C o A -S H S u c c in y l-C o A sy n th e ta se
6 S u c c in a te 1 F A D S F u m a ra te 1 F A D H 2 S u c c in a te d e h y d ro g e n a se
7 F u m a r a te 1 H 2 O S l -M a la te F u m a r a se
8 l -M a la t e 1 N A D 1 S O x a lo a c e ta te 1 N A D H 1 H 1
M a la te d e h y d r o g e n a se
5 8 6 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

19 A B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S ● T o x ic o lo g y
F lu o r in e C o m p o u n d s a n d C a r b o h y d r a t e M e t a b o lis m

C o m p o u n d s o f flu o r in e a r e b e st k n o w n to th e g e n e r a l p u b lic in
th e c o n te x t o f th e h e a te d c o n tr o v e r sy o v e r th e a d d itio n o f flu o -
r id e io n ( u su a lly a s so d iu m flu o r id e ) to w a te r su p p lie s w ith th e g o a l
o f p r e v e n tin g to o th d e c a y. It is le ss w e ll k n o w n th a t b o th io n ic a n d
c o v a le n t c o m p o u n d s o f flu o r in e p la y r o le s in th e m e ta b o lism o f c a r-
b o h y d r a te s . I n io n ic fo r m , flu o r id e io n is k n o w n to b e a n in h ib ito r o f
th e g ly c o ly tic e n z y m e s p h o s p h o g ly c e r o m u ta s e , e n o la s e , a n d p y r u v a te
k in a s e . T w o c o m p o u n d s w ith c o v a le n t b o n d s , flu o r o a c e ta te a n d flu o -
r o c itr a te , p la y a r o le in th e in h ib itio n o f th e c itr ic a c id c y c le . O f th e s e
tw o , flu o r o a c e ta te is n o te w o r th y fo r its r o le in p la n t d e v e lo p m e n t; it is

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a p r e c u r s o r o f flu o r o a c e ty l-C o A , w h ic h is a n in h ib it o r o f c it r a t e s y n t h a s e .
T h e s o u r c e o f t h e f lu o r o a c e t y l-C o A is f lu o r o a c e t a t e , w h ic h is
fo u n d in th e le a v e s o f v a r io u s ty p e s o f p o iso n o u s p la n ts, in c lu d in g
lo c o w e e d s ( F ig u r e 1 9 .8 ) . A n im a ls th a t in g e s t th e s e p la n ts fo r m flu -
o r o a c e t y l-C o A , w h ic h , in t u r n , is c o n v e r t e d t o f lu o r o c it r a t e b y t h e ir
c itr a te s y n th a s e ( F ig u r e 1 9 .9 ) . F lu o r o c itr a te , in tu r n , is a p o te n t
in h ib ito r o f a co n ita se, th e e n z y m e th a t c a ta ly z e s th e n e x t r e a c tio n
o f th e c itr ic a c id c y c le . T h e se p la n ts a r e p o iso n o u s b e c a u se th e y
p r o d u c e a p o te n t in h ib ito r o f life p r o c e sse s. F ig u r e 1 9 .8 F ie ld o f lo c o w e e d p o is o n p la n t s .
T h e p o is o n c a lle d C o m p o u n d 1 0 8 0 ( p r o n o u n c e d “ t e n -e ig h t y ” )
is so d iu m flu o r o a c e ta te . R a n c h e r s w h o w a n t to p r o te c t th e ir sh e e p lik e th e k o k a k o , m o h u a , a n d k iw i. In a d d itio n , n o n p r e d a to r y r a b -
fr o m a tta c k s b y c o y o te s p u t th e p o is o n ju s t o u ts id e th e r a n c h fe n c e . b its h a v e r a ise d c o n c e r n d u e to o v e r p o p u la tio n a n d a b ility to c a r r y
W h e n th e c o y o te s e a t th is p o iso n , th e y d ie . A r g u a b ly th e m o st b e a u - d ise a se th a t c a n d e c im a te n a tiv e p o p u la tio n s. N e w Z e a la n d is th e
tifu l c o u n tr y in th e w o r ld , N e w Z e a la n d , is a r e m o te a n d iso la te d w o r ld ’s la r g e s t u s e r o f s o d iu m flu o r o a c e ta te , a k a 1 0 8 0 , a s a c o n tr o -
e c o sy ste m th a t e n d u r e d te n s o f m illio n s o f y e a r s in th e a b se n c e v e r sia l m e a n s o f p e st c o n tr o l. T h e r e a so n fo r th e w id e sp r e a d u se o f
o f p r e d a to r y m a m m a ls. H u m a n e x p lo r a tio n s to th e isla n d s d a tin g 1 0 8 0 in N e w Z e a la n d is d u e to th e a b se n c e o f n a tiv e m a m m a ls; o th e r
b a c k to th e te n th c e n tu r y h a v e le d to th e c u r r e n t th r iv in g p r e d a - p a r ts o f th e w o r ld th a t a llo w 1 0 8 0 u se a r e r e str ic te d d u e to c o n c e r n
to r y m a m m a l p o p u la tio n o f b u sh ta il p o ssu m , sto a t, a n d r a ts th a t fo r th e im p a c t o n n a tiv e m a m m a l p o p u la tio n s. T h e m e c h a n ism o f
h a v e n e a r ly d e c im a te d n a tiv e w ild life , in c lu d in g r e p tile s a n d b ir d s p o iso n in g b y C o m p o u n d 1 0 8 0 is th e sa m e a s th a t b y p la n t p o iso n s. ◗

O C O A -S H C H 2 C O O 2

C O O 2

C S C O A H O C C O O 2

C H 2 F
C O A -S H C H F O x a lo a c e ta te C H F C O O 2
2

F lu o r o a c e ta te F lu o r o a c e t y l-C o A F lu o r o c itr a te

F ig u r e 1 9 .9 T h e fo r m a t io n o f f lu o r o c it r a t e fr o m f lu o r o a c e t a t e .

T h is ty p e o f b e h a v io r m e a n s th a t th e e n z y m e c a n b in d a sy m m e tr ic a l su b -
str a t e in a n u n s y m m e t r ic a l b in d in g s it e . I n S e c t io n 7 -6 , w e m e n t io n e d t h a t t h is
p o ssib ility e x ists, a n d h e r e w e h a v e a n e x a m p le o f it. T h e e n z y m e fo r m s a n
u n s y m m e t r ic a l t h r e e -p o in t a t t a c h m e n t t o t h e c it r a t e m o le c u le ( F ig u r e 1 9 .1 0 ) .
T h e r e a c tio n p r o c e e d s b y r e m o v a l o f a w a te r m o le c u le fr o m th e c itr a te to p r o -
d u c e c is -a c o n it a t e , a n d t h e n w a t e r is a d d e d b a c k t o t h e c is -a c o n it a t e t o g iv e
iso c itr a te ( F ig u r e 1 9 .1 1 ) .
T h e in t e r m e d ia t e , c is -a c o n it a t e , r e m a in s b o u n d t o t h e e n z y m e d u r in g t h e
c o u r se o f th e r e a c tio n . T h e r e is so m e e v id e n c e th a t th e c itr a te is c o m p le x e d
to th e F e ( II) in th e a c tiv e site o f th e e n z y m e in su c h a w a y th a t th e c itr a te c u r ls
b a c k o n itse lf in a n e a r ly c ir c u la r c o n fo r m a tio n . S e v e r a l a u th o r s h a v e b e e n u n -
a b le to r e s is t th e te m p ta tio n to c a ll th is s itu a tio n th e “ fe r r o u s w h e e l.”
 19 -4 T h e In d iv id u a l R e a c t io n s o f t h e C it r ic A c id  C y c le 5 8 7

Step 3. F o r m a t i o n o f - K e t o g l u t a r a t e a n d C O 2 — F i r s t O x i d a t i o n T h e t h i r d s t e p is o c itr a te d e h y d r o g e n a s e th e e n z y m e
in th e c itr ic a c id c y c le is th e o x id a tiv e d e c a r b o x y la tio n o f iso c itr a te to - th a t c a ta ly z e s th e fir st o f th e tw o o x id a tiv e
d e c a r b o x y la tio n s o f th e c itr ic a c id c y c le
k e t o g l u t a r a t e a n d c a r b o n d i o x i d e . T h i s r e a c t i o n i s t h e fi r s t o f t w o o x i d a t i v e d e -
c a r b o x y la tio n s o f th e c itr ic a c id c y c le ; th e e n z y m e th a t c a ta ly z e s it is is o c itr a te
d e h y d r o g e n a s e . T h e r e a c tio n ta k e s p la c e in tw o s te p s ( F ig u r e 1 9 .1 2 ) . F ir s t, C itr a te
iso c itr a te is o x id iz e d to o x a lo su c c in a te , w h ic h r e m a in s b o u n d to th e e n z y m e . O C O O –

T h e n o x a lo s u c c in a t e is d e c a r b o x y la t e d , a n d t h e c a r b o n d io x id e a n d -k e t o g lu - –
O C C H 2
ta r a te a r e r e le a se d .
H O
T h is is th e fir st o f th e r e a c tio n s in w h ic h N A D H is p r o d u c e d . O n e m o le c u le C
–
o f N A D H is p r o d u c e d fr o m N A D 1 a t th is sta g e b y th e lo ss o f tw o e le c tr o n s in O O C H
H
th e o x id a tio n . A s w e sa w in o u r d isc u ssio n o f th e p y r u v a te d e h y d r o g e n a se c o m -
p le x , e a c h N A D H p r o d u c e d le a d s to th e p r o d u c tio n o f 2 .5 A T P in la te r s ta g e s
o f a e r o b ic m e ta b o lism . R e c a ll a lso th a t th e r e w ill b e tw o N A D H , e q u iv a le n t to E n zE y n m z y e m e
fiv e A T P , fo r e a c h o r ig in a l m o le c u le o f g lu c o se .
Step 4. F o r m a t i o n o f S u c c i n y l - C o A a n d C O 2 — S e c o n d O x i d a t i o n T h e s e c o n d o x i -
d a tiv e d e c a r b o x y la tio n ta k e s p la c e in S te p 4 o f th e c itr ic a c id c y c le , in w h ic h F ig u r e 1 9 .1 0 T h r e e -p o in t a t t a c h m e n t t o t h e
e n z y m e a c o n it a s e m a k e s t h e t w o ! C H 2! C O O 2
e n d s o f c it r a t e s t e r e o c h e m ic a lly n o n e q u iv a le n t .

– O O C
C H C O O 2
C H C H C O O 2
2
C O O 2 2
– H 2 O 2
+ H 2 O
H O C C O O 2
C H C C O O 2

H C C O O 2
C H O C H
H C O O 2
C O O 2
H

C itr a te c is -A c o n it a t e I s o c itr a te
( e n z y m e -b o u n d )

F ig u r e 1 9 .1 1 C o n v e r s io n o f c it r a t e t o is o c it r a t e .

H 2 C C O O –

H C C O O –

H C C O O –

O H

N A D +

I s o c itr a te
d e h y d ro g e n a s e

N A D H
+ H +

H 2 C C O O –
C O 2
O H C C O O –
2
H C C
O – H C
+ 2
H
C C
O C O O – O C O O –
O x a lo s u c c in a te a -K e t o g lu t a r a t e F ig u r e 1 9 .1 2 T h e is o c it r a t e d e h y d r o g e n a s e
r e a c t io n .
5 8 8 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

C O O 2
C O O 2

2 +
C H 2 M g C H 2
T P P
C H 2 + N A D 1
+ C o A S H C H 2 + N A D H + H 1
+ C O 2
L ip o ic a c id
C O F A D C O

C O O 2
S C o A

a -K e t o g lu t a r a t e S u c c in y l-C o A

F ig u r e 1 9 .1 3 O x id a t iv e d e c a r b o x y la t io n o f a -k e t o g lu t a r a t e t o s u c c in y l-C o A .

c a r b o n d io x id e a n d s u c c in y l-C o A a r e f o r m e d f r o m -k e t o g lu t a r a t e a n d C o A
( F ig u r e 1 9 .1 3 ) .
T h is r e a c t io n is s im ila r t o t h e o n e in w h ic h a c e t y l-C o A is f o r m e d f r o m p y r u -
v a te , w ith N A D H p r o d u c e d fr o m N A D 1 . O n c e a g a in , e a c h N A D H e v e n tu a lly
g iv e s r is e to 2 .5 A T P , w ith fiv e A T P fr o m e a c h o r ig in a l m o le c u le o f g lu c o s e .
T h e r e a c tio n o c c u r s in se v e r a l sta g e s a n d is c a ta ly z e d b y a n e n z y m e sy ste m
A -k e t o g lu t a r a t e d e h y d r o g e n a s e c o m p le x o n e o f c a lle d t h e A -k e t o g lu t a r a t e d e h y d r o g e n a s e c o m p le x , w h ic h is v e r y s im ila r t o t h e
th e e n z y m e s o f th e c itr ic a c id c y c le ; it c a ta ly z e s th e
p y r u v a te d e h y d r o g e n a se c o m p le x . E a c h o f th e se m u ltie n z y m e sy ste m s c o n sists
c o n v e r s io n o f -k e t o g lu t a r a t e t o s u c c in y l-C o A
o f th r e e e n z y m e s th a t c a ta ly z e th e o v e r a ll r e a c tio n . T h e r e a c tio n ta k e s p la c e
in se v e r a l ste p s, a n d th e r e is a g a in a r e q u ir e m e n t fo r th ia m in e p y r o p h o sp h a te
( T P P ) , F A D , lip o ic a c id , a n d M g 21 . T h is r e a c tio n is h ig h ly e x e r g o n ic ( D G ° ' 5
2 3 3 .4 k J m o l2 1 5 2 8 .0 k c a l m o l2 1) , a s is th e o n e c a ta ly z e d b y p y r u v a te
d e h y d r o g e n a se .
A t th is p o in t, tw o m o le c u le s o f C O 2 h a v e b e e n p r o d u c e d b y th e o x id a tiv e d e -
c a r b o x y la tio n s o f th e c itr ic a c id c y c le . R e m o v a l o f th e C O 2 m a k e s th e c itr ic a c id
c y c le ir r e v e r sib le in v iv o , a lth o u g h in v itr o e a c h se p a r a te r e a c tio n is r e v e r sib le .
O n e m ig h t su sp e c t th a t th e tw o m o le c u le s o f C O 2 a r ise fr o m th e tw o c a r b o n
a t o m s o f a c e t y l-C o A . L a b e lin g s t u d ie s h a v e s h o w n t h a t t h is is n o t t h e c a s e , a n d
B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S 19 B g o e s in to d e ta il o n th is p o in t.

19 B B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S ● L a b e lin g M e t h o d s
W h a t Is t h e O r ig in o f t h e C O 2 R e le a s e d b y t h e C it r ic A c id C y c le ?

I t
t is e a sy to a ssu m e th a t th e tw o c a r b o n s th a t a r e r e le a se d a s
C O 2 in t h e c it r ic a c id c y c le c o m e f r o m t h e a c e t y l-C o A t h a t e n -
e r e d th e c y c le . T h e u se o f r a d io a c tiv e la b e ls to sh o w th a t th is
i s n o t th e c a se is n o t sim p ly a m a tte r o f sa tisfy in g c u r io sity. T h e
r e su lts g iv e d e ta ile d in fo r m a tio n a b o u t h o w th e r e a c tio n s o f th e
c y c le ta k e p la c e .
N o t o n ly d o tw o C O 2 r e le a se d in th e c itr ic a c id c y c le n o t c o m e
f r o m t h e a c e t y l-C o A t h a t c o n d e n s e d w it h o x a lo a c e t a t e a t t h e s t a r t
o f th e c y c le , b u t it a lso ta k e s a n u m b e r o f tu r n s to r e le a se b o th
c a r b o n s. T o c o m p lic a te m a tte r s, th e fa te o f th e c a r b o n y l c a r b o n o f
a c e t y l-C o A d if f e r s f r o m t h a t o f t h e m e t h y l c a r b o n , a s s h o w n in t h e
f ig u r e . P a r t ( a ) s h o w s t h e f a t e o f t h e c a r b o n y l c a r b o n o f a c e t y l-C o A .
T h a t c a r b o n is r e ta in e d w h ile tw o c a r b o n s o f th e o x a lo a c e ta te to
w h ic h it c o n d e n s e d a r e lo s t in s u c c e s s io n , f o r m in g s u c c in y l-C o A .
W h e n s u c c in y l-C o A is h y d r o ly z e d t o s u c c in a t e t o r e g e n e r a t e o x a -
lo a c e ta te , th e la b e l c a n a p p e a r in e ith e r o f th e c a r b o x y l c a r b o n s.
T h e y a r e b o th lo st in th e se c o n d tu r n o f th e c y c le .
P a r t ( b ) o f th e fig u r e sh o w s th e fa te o f th e m e th y l c a r b o n o f
t h e o r ig in a l a c e t y l-C o A . I n t h e f ir s t t u r n o f t h e c y c le , t h e in c o m in g
m e th y l c a r b o n b e c o m e s e v e n ly d istr ib u te d b e tw e e n th e m e th y le n e
a n d c a r b o n y l c a r b o n s o f o x a lo a c e ta te . T h e se m e th y le n e a n d c a r -
b o n y l c a r b o n s a r e r e ta in e d in th e se c o n d tu r n o f th e c y c le . In th e
th ir d tu r n , h a lf th e c a r b o n fr o m th e o r ig in a l m e th y l g r o u p h a s b e -
c o m e o n e o f th e c a r b o x y l c a r b o n s o f o x a lo a c e ta te , a n d it w ill su b -
se q u e n tly b e lo st a s C O 2. In th e fo u r th tu r n o f th e c y c le , h a lf o f th e
r e m a in in g c a r b o n is lo st. T h e o r ig in a l m e th y l c a r b o n is r e ta in e d in
th e fir st tw o tu r n s o f th e c y c le , a n d th e n 5 0 % is lo st in e a c h r e m a in -
in g tu r n ( F ig u r e 1 9 .1 4 ) . ◗

C o n t in u e d o n n e x t p a g e
 19 -4 T h e In d iv id u a l R e a c t io n s o f t h e C it r ic A c id  C y c le 5 8 9

A
F a t e o f t h e c a r b o x y l c a r b o n o f a c e t a t e u n it : T h e c a r b o n y l c a r b o n o f a c e t y l-C o A is f u lly
r e ta in e d th r o u g h o n e tu r n o f th e c y c le b u t is lo s t c o m p le te ly in a s e c o n d tu r n o f th e c y c le .

O O

S C o A S C o A

O O
H O H O

O x a lo a c e ta te O x a lo a c e ta te
C itr a te C itr a te
H O H O

M a la te 1 s t tu r n M a la te 2 n d tu r n
H O H O
Iso c itr a te Iso c itr a te
1
/ 2
( C O 2 ) ( C O 2 )
F u m a ra te F u m a r a te A ll la b e le d
c a r b o x y l c a rb o n
re m o v e d b y th e se
-K e t o g lu t a r a t e -K e t o g lu t a r a t e
1 tw o ste p s
S u c c in a te S u c c in a te / 2
( C O 2 ) ( C O 2 )
S u c c in y l-C o A S u c c in y l-C o A

O O

S C o A S C o A

O O
H O H O

O x a lo a c e ta te O x a lo a c e ta te
C itr a te C itr a te
H O H O

M a la te 1 s t tu r n M a la te 2 n d tu r n
H O H O
Iso c itr a te Iso c itr a te
( C O 2 ) ( C O 2 )
F u m a ra te F u m a r a te

-K e t o g lu t a r a t e -K e t o g lu t a r a t e
S u c c in a te S u c c in a te
( C O 2 ) ( C O 2 )
S u c c in y l-C o A S u c c in y l-C o A

O O

S C o A S C o A

O O
H O H O

O x a lo a c e ta te O x a lo a c e ta te
C itr a te C itr a te
H O H O

M a la te 3 r d tu r n M a la te 4 th tu r n
H O H O
Iso c itr a te Iso c itr a te
1 1
/ 4 / 8
( C O 2 ) ( C O 2 )
F u m a ra te 1/
2 T o t a l F u m a r a te 1/
4 T o t a l
m e th y l C m e th y l C
-K e t o g lu t a r a t e la b e l -K e t o g lu t a r a t e la b e l
1 1
S u c c in a te / 4 S u c c in a te / 8
( C O 2 ) ( C O 2 )
S u c c in y l-C o A S u c c in y l-C o A

F a te o f m e th y l c a r b o n o f a c e ta te u n it: T h e m e th y l c a r b o n o f a la b e le d a c e t y l-C o A
s u r v iv e s tw o f u ll tu r n s o f th e c y c le b u t b e c o m e s e q u a lly d is tr ib u te d a m o n g th e fo u r
c a r b o n s o f o x a lo a c e ta te b y th e e n d o f th e s e c o n d tu r n . In e a c h s u b s e q u e n t tu r n o f th e
c y c le o n e -h a lf o f th is c a r b o n (th e o r ig in a l la b e le d m e th y l g ro u p ) is lo s t.
B

F ig u r e 1 9 .1 4 T h e fa t e o f t h e c a r b o n a t o m s o f a c e t a t e in s u c c e s s iv e T C A c y c le s . A s s u m e a t
t h e s t a r t , la b e le d a c e t a t e is a d d e d t o c e lls c o n t a in in g u n la b e le d m e t a b o lit e s . (F r o m G A R R E T T /
G R IS H A M , B io c h e m is t r y , 4 E . © 2 0 0 9 C e n g a g e L e a r n in g .)
5 9 0 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

T h e tw o C O 2 a r i s e fr o m c a r b o n a to m s th a t w e r e p a r t o f th e o x a lo a c e ta te
w ith w h ic h th e a c e ty l g r o u p c o n d e n se d . T h e c a r b o n s o f th is a c e ty l g r o u p a r e
in c o r p o r a te d in to th e o x a lo a c e ta te th a t w ill b e r e g e n e r a te d fo r th e n e x t r o u n d
o f th e c y c le . T h e r e le a se o f th e C O 2 m o le c u le s h a s a p r o fo u n d in flu e n c e o n
m a m m a lia n p h y sio lo g y, a s w ill b e d isc u sse d la te r in th is c h a p te r. W e sh o u ld a lso
m e n tio n th a t t h e -k e to g lu ta r a te d e h y d r o g e n a se c o m p le x r e a c tio n is th e th ir d
o n e in w h ic h w e h a v e e n c o u n te r e d a n e n z y m e th a t r e q u ir e s T P P .

Step 5. F o r m a t i o n o f S u c c i n a t e I n t h e n e x t s t e p o f t h e c y c l e , t h e t h i o e s t e r b o n d o f
s u c c in y l-C o A is h y d r o ly z e d t o p r o d u c e s u c c in a t e a n d C o A -S H ; a n a c c o m p a n y in g
r e a c tio n is th e p h o s p h o r y la tio n o f G D P to G T P ( F ig u r e 1 9 .1 5 ) . T h e w h o le r e a c -
s u c c in y l-C o A s y n t h e t a s e th e e n z y m e th a t c a ta ly z e s t io n is c a t a ly z e d b y t h e e n z y m e s u c c in y l-C o A s y n t h e t a s e . A s y n t h e t a s e is a n e n z y m e
t h e c o n v e r s io n o f s u c c in y l-C o A a n d G D P t o th a t c r e a te s a n e w c o v a le n t b o n d a n d r e q u ir e s th e d ir e c t in p u t o f e n e r g y fr o m a
s u c c in a t e a n d G T P , r e le a s in g C o A -S H
h ig h -e n e r g y p h o s p h a t e . R e c a ll t h a t w e m e t a s y n t h a s e ( c it r a t e s y n t h a s e ) e a r lie r .
T h e d iffe r e n c e b e tw e e n a sy n th a se a n d a sy n th e ta se is th a t a sy n th a se d o e s n o t
r e q u ir e e n e r g y f r o m p h o s p h a t e -b o n d h y d r o ly s is , w h e r e a s a s y n t h e t a s e d o e s . I n
th e r e a c tio n m e c h a n ism , a p h o sp h a te g r o u p c o v a le n tly b o n d e d to th e e n z y m e
is d ir e c tly tr a n sfe r r e d to th e G D P . T h e p h o sp h o r y la tio n o f G D P to G T P is e n d -
e r g o n ic , a s is t h e c o r r e s p o n d in g A D P -t o -A T P r e a c t io n ( D G ° ' 5 3 0 .5 k J m o l2 1 5
7 .3 k c a l m o l2 1) .
T h e e n e r g y r e q u ir e d fo r th e p h o sp h o r y la tio n o f G D P to G T P is p r o v id e d b y
t h e h y d r o ly s is o f s u c c in y l-C o A t o p r o d u c e s u c c in a t e a n d C o A . T h e f r e e e n e r g y
o f h y d r o ly s is ( D G ° ') o f s u c c in y l-C o A is 2 3 3 .4 k J m o l2 1 ( 2 8 .0 k c a l m o l2 1 ) . T h e
o v e r a ll r e a c tio n is s lig h tly e x e r g o n ic ( 2 2 .9 k J m o l2 1 5 2 0 .7 k c a l m o l2 1) a n d ,
a s a r e su lt, d o e s n o t c o n tr ib u te g r e a tly to th e o v e r a ll p r o d u c tio n o f e n e r g y b y
th e m ito c h o n d r io n . N o te th a t th e n a m e o f th e e n z y m e d e sc r ib e s th e r e v e r se
r e a c t io n . S u c c in y l-C o A s y n t h e t a s e w o u ld p r o d u c e s u c c in y l-C o A w h ile s p e n d -
in g a n A T P o r a n o t h e r h ig h -e n e r g y p h o s p h a t e . T h is r e a c t io n is t h e o p p o s it e
o f th a t.
T h e e n z y m e n u c le o s id e d ip h o s p h a te k in a s e c a ta ly z e s th e tr a n s fe r o f a p h o s p h a te
g r o u p fr o m G T P to A D P to g iv e G D P a n d A T P .
G T P 1 A D P S G D P 1 A T P
T h is r e a c t io n s t e p is c a lle d s u b s tr a te -le v e l p h o s p h o r y la tio n t o d is t in g u is h it f r o m t h e
ty p e o f r e a c tio n fo r p r o d u c tio n o f A T P th a t is c o u p le d to th e e le c tr o n tr a n sp o r t
c h a in . W e h a v e a lr e a d y s e e n a n o t h e r e x a m p le o f s u b s t r a t e -le v e l p h o s p h o r y la -
tio n in th e p r o d u c tio n o f A T P in g ly c o ly sis. T h e d istin c tio n b e tw e e n su b str a te -
le v e l p h o sp h o r y la tio n a n d o x id a tiv e p h o sp h o r y la tio n is a n im p o r ta n t o n e . In
s u b s t r a t e -le v e l p h o s p h o r y la t io n , t h e f r e e e n e r g y o f h y d r o ly s is o f t h e o t h e r c o m -
p o u n d ( s u c c in y l-C o A h e r e ) p r o v id e s t h e e n e r g y f o r t h e p h o s p h o r y la t io n r e a c -
tio n . T h e p r o d u c tio n o f A T P in th is r e a c tio n is th e o n ly p la c e in th e c itr ic a c id
c y c le in w h ic h c h e m ic a l e n e r g y in th e fo r m o f A T P is m a d e a v a ila b le to th e c e ll.
In C h a p te r 2 0 , w e w ill se e o x id a tiv e p h o sp h o r y la tio n , w h ic h is c o u p le d to th e
e le c tr o n tr a n sp o r t c h a in .

C O O 2

C H 2 S u c c in y l- C O O 2

C o A s y n th e ta s e
C H 2 + G D P + P i C H 2 + G T P + C o A -S H

C O C H 2

S C o A C O O 2

F ig u r e 1 9 .1 5 T h e s u c c in y l-C o A s y n t h e t a s e
r e a c t io n . S u c c in y l-C o A S u c c in a te
 19 -4 T h e In d iv id u a l R e a c t io n s o f t h e C it r ic A c id  C y c le 5 9 1

C O O 2 F A D F A D H 2
H 2 O
2
O O C H
C H 2 C
S u c c in a te F u m a r a s e
d e h y d ro g e n a se
C H 2 C
H C O O 2

C O O 2

S u c c in a te F u m a r a te
N A D H
+
H 1

C O O 2
N A D 1 C O O 2

H O C H C O
M a la te
d e h y d ro g e n a se
C H 2 C H 2

C O O 2
C O O 2

L -M a la t e O x a lo a c e ta te

F ig u r e 1 9 .1 6 F o r m a t io n o f o x a lo a c e t a t e fr o m s u c c in a t e .

In th e n e x t th r e e ste p s in th e c itr ic a c id c y c le ( S te p s 6 th r o u g h 8 ) , th e fo u r -
c a r b o n su c c in a te io n is c o n v e r te d to o x a lo a c e ta te io n to c o m p le te th e c y c le
( F ig u r e 1 9 .1 6 ) .

Step 6. F o r m a t i o n o f F u m a r a t e — F A D - L i n k e d O x i d a t i o n S u c c i n a t e i s o x i d i z e d t o
fu m a r a te , a r e a c tio n th a t is c a ta ly z e d b y th e e n z y m e s u c c in a te d e h y d r o g e n a s e s u c c in a te d e h y d r o g e n a s e th e e n z y m e th a t
( F ig u r e 1 9 .1 7 ) . T h is e n z y m e is a n in te g r a l p r o te in o f th e in n e r m ito c h o n d r ia l c a ta ly z e s th e c o n v e r sio n o f su c c in a te to fu m a r a te
m e m b r a n e . W e sh a ll h a v e m u c h m o r e to sa y a b o u t th e e n z y m e s b o u n d to th e
in n e r m ito c h o n d r ia l m e m b r a n e in C h a p te r 2 0 . T h e o th e r in d iv id u a l e n z y m e s
o f th e c itr ic a c id c y c le a r e in th e m ito c h o n d r ia l m a tr ix . T h e e le c tr o n a c c e p to r,
w h ic h is F A D r a th e r th a n N A D 1 , is c o v a le n tly b o n d e d to th e e n z y m e ; su c c in a te
d e h y d r o g e n a s e i s a l s o c a l l e d a fl a v o p r o t e i n b e c a u s e o f t h e p r e s e n c e o f F A D
w i t h i t s fl a v i n m o i e t y . I n t h e s u c c i n a t e d e h y d r o g e n a s e r e a c t i o n , F A D i s r e d u c e d
to F A D H 2 a n d su c c in a te is o x id iz e d to fu m a r a te .
T h e o v e r a ll r e a c tio n is
S u c c in a te 1 E -F A D S F u m a r a te 1 E -F A D H 2

T h e E -F A D a n d E -F A D H 2 in t h e e q u a t io n in d ic a te th a t th e e le c tr o n a c c e p -
to r is c o v a le n tly b o n d e d to th e e n z y m e . T h e F A D H 2 g r o u p p a sse s e le c tr o n s o n
to th e e le c tr o n tr a n sp o r t c h a in , a n d e v e n tu a lly to o x y g e n , a n d g iv e s r is e to 1 .5
A T P , r a th e r th a n 2 .5 , a s is th e c a s e w ith N A D H .
S u c c in a te d e h y d r o g e n a se c o n ta in s ir o n a to m s b u t d o e s n o t c o n ta in a h e m e
g r o u p ; it is r e fe r r e d to a s a n o n h e m e ir o n p r o te in o r a n ir o n -s u lfu r p r o te in . T h e n o n h e m e ir o n p r o te in a p r o te in th a t c o n ta in s
la tte r n a m e r e fe r s to th e fa c t th a t th e p r o te in c o n ta in s se v e r a l c lu ste r s th a t c o n - ir o n a n d su lfu r b u t n o h e m e g r o u p ; a lso k n o w n a s
a n ir o n -s u lfu r p r o te in
sist o f fo u r a to m s e a c h o f ir o n a n d o f su lfu r.

C O O 2 F A D F A D H 2
2
O O C H
C H 2 C
S u c c in a te
C H d e h y d ro g e n a se C
2
H C O O 2

C O O 2
F ig u r e 1 9 .1 7 C o n v e r s io n o f s u c c in a t e t o
S u c c in a te F u m a r a te
fu m a ra te .
5 9 2 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

H 2 O C O O 2
2
O O C H
C H O C H
F u m a r a s e
C C H 2
H C O O 2

C O O 2

F u m a r a te L -M a la t e
F ig u r e 1 9 .1 8 C o n v e r s io n o f fu m a r a t e t o L -m a la t e .

Step 7. F o r m a t i o n o f L -M a la te In S te p 7 , w h ic h is c a ta ly z e d b y th e e n z y m e
f u m a r a s e th e e n z y m e th a t c a ta ly z e s th e c o n v e r sio n fu m a r a s e , w a te r is a d d e d a c ro ss th e d o u b le b o n d o f fu m a ra te in a h y d r a tio n r e -
o f fu m a r a te to m a la te a c tio n to g iv e m a la t e ( F ig u r e 1 9 .1 8 ) . A g a in , th e re is ste re o sp e c i fi c i t y i n th e re a c -
tio n . M a la te h a s tw o e n a n tio m e r s, l - a n d d -m a la te , b u t o n ly l -m a la t e is p ro d u c e d .

Step 8. R e g e n e r a t i o n o f O x a l o a c e t a t e — F i n a l O x i d a t i o n S t e p M a l a t e i s o x i -
d iz e d to o x a lo a c e ta te , a n d a n o th e r m o le c u le o f N A D 1 is r e d u c e d to N A D H
m a la te d e h y d r o g e n a s e th e e n z y m e th a t c a ta ly z e s ( F ig u r e 1 9 .1 9 ) . T h is r e a c tio n is c a ta ly z e d b y th e e n z y m e m a la te d e h y d r o g e -
th e c o n v e r sio n o f m a la te to o x a lo a c e ta te n a s e . T h e o x a lo a c e t a t e c a n t h e n r e a c t w it h a n o t h e r m o le c u le o f a c e t y l-C o A t o
sta r t a n o th e r r o u n d o f th e c y c le .
T h e o x id a tio n o f p y r u v a te b y th e p y r u v a te d e h y d r o g e n a se c o m p le x a n d th e
c itr ic a c id c y c le r e su lts in th e p r o d u c tio n o f th r e e m o le c u le s o f C O 2. A s a r e su lt
o f th e se o x id a tio n r e a c tio n s, o n e m o le c u le o f G D P is p h o sp h o r y la te d to G T P ,
o n e m o le c u le o f F A D is r e d u c e d to F A D H 2, a n d fo u r m o le c u le s o f N A D 1 a r e r e -
d u c e d to N A D H . O f th e fo u r m o le c u le s o f N A D H p r o d u c e d , th r e e c o m e fr o m
th e c itr ic a c id c y c le , a n d o n e c o m e s fr o m th e r e a c tio n o f th e p y r u v a te d e h y d r o -
g e n a se c o m p le x . T h e o v e r a ll sto ic h io m e tr y o f th e o x id a tio n r e a c tio n s is th e
su m o f th e p y r u v a te d e h y d r o g e n a se r e a c tio n a n d th e c itr ic a c id c y c le . N o te th a t
o n ly o n e h ig h -e n e r g y p h o s p h a t e , G T P , is p r o d u c e d d ir e c tly f r o m t h e c it r ic a c id
c y c le , b u t m a n y m o r e A T P w ill a r ise fr o m r e o x id a tio n o f N A D H a n d F A D H 2.

P y r u v a te d e h y d ro g e n a s e c o m p le x :
P y r u v a te 1 C o A -S H 1 N A D 1
S A c e t y l-C o A 1 N A D H 1 C O 2 1 H 1

C itr ic a c id c y c le :
A c e t y l-C o A 1 3 N A D 1
1 F A D 1 G D P 1 P i 1 2 H 2 O S
1
2 C O 2 1 C o A -S H 1 3 N A D H 1 3 H 1 F A D H 2 1 G T P
O v e r a ll re a c tio n :
P y r u v a te 1 4 N A D 1
1 F A D 1 G D P 1 P i 1 2 H 2 O S
1
3 C O 2 1 4 N A D H 1 F A D H 2 1 G T P 1 4 H

N A D H
+
H 1

C O O 2
N A D 1 C O O 2

H O C H C O
M a la te
d e h y d ro g e n a se
C H 2 C H 2

C O O 2
C O O 2
F ig u r e 1 9 .1 9 C o n v e r s io n o f L -m a la t e t o
o x a lo a c e t a t e . L -M a la t e O x a lo a c e ta te
 19 -5 E n e r g e t ic s a n d C o n t r o l o f t h e C it r ic A c id  C y c le 5 9 3

E v en tu a l A T P p ro d u ctio n p er p y ru v a te:
4 N A D H S 1 0 A T P ( 2 .5 A T P fo r e a c h N A D H )
1 F A D H S 1 .5 A T P ( 1 .5 A T P fo r e a c h F A D H 2 )
1 G T P S 1 A T P
T o ta l 1 2 .5 A T P p e r p y r u v a te o r 2 5 A T P p e r g lu c o s e
T h e r e w e r e a lso tw o A T P p r o d u c e d p e r g lu c o se in g ly c o ly sis a n d tw o N A D H ,
w h ic h w ill g iv e r ise to a n o th e r fiv e A T P ( se v e n m o r e A T P to ta l) . In th e n e x t
c h a p te r, w e s h a ll s a y m o r e a b o u t th e s u b je c t o f A T P p r o d u c tio n fr o m th e c o m -
p le te o x id a tio n o f g lu c o se .
A t th is p o in t, w e w o u ld d o w e ll to r e c a p itu la te w h a t w e h a v e sa id a b o u t th e
c itr ic a c id c y c le ( s e e F ig u r e 1 9 .3 ) . W h e n s tu d y in g a p a th w a y s u c h a s th is , w e
m ig h t le a r n m a n y d e ta ils b u t a lso b e a b le to se e th e b ig p ic tu r e . T h e e n tir e
p a th w a y is sh o w n w ith th e e n z y m e n a m e s o u tsid e th e c ir c le . T h e m o st im p o r-
ta n t r e a c tio n s c a n b e id e n tifie d b y th o se th a t h a v e im p o r ta n t c o fa c to r s ( N A D H ,
F A D H 2, G T P ) . A lso im p o r ta n t a r e th e ste p s w h e r e C O 2 is g iv e n o ff.
T h e s e im p o r ta n t r e a c tio n s a ls o p la y a la r g e r o le in th e c y c le ’s c o n tr ib u tio n
to o u r m e ta b o lism . O n e p u r p o se o f th e c y c le is to p r o d u c e e n e r g y. It d o e s
th a t b y p r o d u c in g G T P d ir e c tly a n d b y p r o d u c in g r e d u c e d e le c tr o n c a r r ie r s
( N A D H a n d F A D H 2) . T h e th r e e d e c a r b o x y la tio n s m e a n th a t fo r e v e r y th r e e
c a r b o n s e n te r in g a s p y r u v a te , th r e e c a r b o n s a r e e ffe c tiv e ly lo st d u r in g th e c y -
c le , a fa c t th a t h a s m a n y im p lic a tio n s to o u r m e ta b o lism , a s w e sh a ll se e la te r
in th e c h a p te r.

1 9 -5 E n e r g e t ic s a n d C o n t r o l o f t h e C it r ic
A c id  C y c le
E n e r g e t ic s o f t h e C it r ic A c id C y c le
T h e r e a c t io n o f p y r u v a t e t o a c e t y l-C o A is e x e r g o n ic , a s w e h a v e s e e n ( D G ° ' 5
2 3 3 .4 k J m o l2 1 5 2 8 .0 k c a l m o l2 1) . T h e c itr ic a c id c y c le its e lf is a ls o e x e r -
g o n ic ( D G ° ' 5 2 4 4 .3 k J m o l2 1 5 2 1 0 .6 k c a l m o l2 1) , a n d y o u w ill b e a s k e d in
Q u e s t io n 4 0 t o c o n f ir m t h is p o in t . T h e s t a n d a r d f r e e -e n e r g y c h a n g e s f o r t h e
in d iv id u a l r e a c tio n s a r e lis te d in T a b le 1 9 .2 . O f th e in d iv id u a l r e a c tio n s o f th e  
c y c le , o n ly o n e is str o n g ly e n d e r g o n ic : th e o x id a tio n o f m a la te to o x a lo a c e ta te
( D G ° '  5   1 2 9 .2 k J m o l2 1 5 1 7 .0 k c a l m o l2 1 ) . T h is e n d e r g o n ic r e a c t io n is ,

T a b le 1 9 .2 T h e E n e r g e t ic s o f C o n v e r s io n o f P y r u v a t e t o C O 2

D G °'
1 1
S te p R e a c t io n k J m o l2 k c a l m o l2
P y r u v a t e 1 C o A -S H 1 N A D 1 S A c e t y l-C o A 1 N A D H 1 C O 2 2 3 3 .4 2 8 .0
1 A c e t y l-C o A 1 O x a lo a c e t a t e 1 H 2 O S C it r a t e 1 C o A -S H 1 H 1
2 3 2 .2 2 7 .7
2 C itr a te S Iso c itr a te 1 6 .3 1 1 .5
3 Iso c itr a te 1 N A D 1 S -K e t o g lu t a r a t e 1 N A D H 1 C O 2 1 H 1 2 7 .1 2 1 .7
4 a -K e t o g lu t a r a t e 1 N A D 1 1 C o A -S H S S u c c in y l-C o A 1 N A D H 1 C O 2 1 H 1
2 3 3 .4 2 8 .0
5 S u c c in y l-C o A 1 G D P 1 P i S S u c c in a t e 1 G T P 1 C o A -S H 2 3 .3 2 0 .8
6 S u c c in a te 1 F A D S F u m a r a te 1 F A D H 2 ∼ 0 ∼ 0
7 F u m a r a t e 1 H 2 O S l -M a la t e 2 3 .8 2 0 .9
8 l -M a la t e 1 N A D 1 S O x a lo a c e t a t e 1 N A D H 1 H 1 1 2 9 .2 1 7 .0
O v e r a ll: P y ru v a te 1 4 N A D 1 1 F A D 1 G D P 1 P i 1 2 H 2O S C O 2 1 4 N A D H 1 F A D H 2 1 G T P 1 4 H 1
2 7 7 .7 2 1 8 .6
5 9 4 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

h o w e v e r, c o u p le d to o n e o f th e str o n g ly e x e r g o n ic r e a c tio n s o f th e c y c le , th e
c o n d e n s a t io n o f a c e t y l-C o A a n d o x a lo a c e t a t e t o p r o d u c e c it r a t e a n d c o e n z y m e A
( D G ° ' 5 2 3 2 .2 k J m o l2 1 5 2 7 .7 k c a l m o l2 1) . ( R e c a ll th a t th e s e v a lu e s fo r th e
f r e e -e n e r g y c h a n g e s r e f e r t o s t a n d a r d c o n d it io n s . T h e e f f e c t o f c o n c e n t r a t io n s
o f m e ta b o lite s in v iv o c a n c h a n g e m a tte r s d r a s tic a lly .) I n a d d itio n to th e e n -
e r g y r e le a se d b y th e o x id a tio n r e a c tio n s, th e r e is m o r e r e le a se o f e n e r g y to
c o m e in th e e le c tr o n tr a n sp o r t c h a in . W h e n th e fo u r N A D H a n d sin g le F A D H 2
p r o d u c e d b y th e p y r u v a te d e h y d r o g e n a se c o m p le x a n d c itr ic a c id c y c le a r e r e -
o x id iz e d b y th e e le c tr o n tr a n sp o r t c h a in , c o n sid e r a b le q u a n titie s o f A T P a r e
p r o d u c e d . C o n tro l o f th e c itr ic a c id c y c le is e x e rc is e d a t th re e p o in ts ; th a t is , th r e e e n -
z y m e s w ith in th e c itr ic a c id c y c le p la y a r e g u la to r y r o le ( F ig u r e 1 9 .2 0 ) . T h e r e is
a lso c o n tr o l o f a c c e ss to th e c y c le v ia p y r u v a te d e h y d r o g e n a se .

P r e -C y c le R e g u la t io n
c H o w d o e s t h e p y r u v a t e d e h y d r o g e n a s e r e a c t io n c o n t r o l
t h e c it r ic a c id c y c le ?
T h e o v e r a ll r e a c tio n is p a r t o f a p a th w a y th a t r e le a se s e n e r g y. It is n o t su r p r is-
in g th a t th e e n z y m e th a t in itia te s it is in h ib ite d b y A T P a n d N A D H b e c a u se
b o th c o m p o u n d s a r e a b u n d a n t w h e n a c e ll h a s a g o o d d e a l o f e n e r g y r e a d ily
a v a ila b le . T h e e n d p r o d u c ts o f a se r ie s o f r e a c tio n s in h ib it th e fir st r e a c tio n o f
th e se r ie s, a n d th e in te r m e d ia te r e a c tio n s d o n o t ta k e p la c e w h e n th e ir p r o d -
u c ts a r e n o t n e e d e d . C o n siste n t w ith th is p ic tu r e , th e p y r u v a te d e h y d r o g e n a se
( P D H ) c o m p le x is a c tiv a te d b y A D P , w h ic h is a b u n d a n t w h e n a c e ll n e e d s e n -
e r g y. In m a m m a ls, th e a c tu a l m e c h a n ism b y w h ic h th e in h ib itio n ta k e s p la c e
is th e p h o sp h o r y la tio n o f p y r u v a te d e h y d r o g e n a se . A p h o sp h a te g r o u p is c o -
v a le n tly b o u n d to th e e n z y m e in a r e a c tio n c a ta ly z e d b y th e e n z y m e p y ru v a te
d eh y d ro g en a se k in a se. W h e n th e n e e d a r ise s fo r p y r u v a te d e h y d r o g e n a se to b e
a c tiv a te d , th e h y d r o ly sis o f th e p h o sp h a te e ste r lin k a g e ( d e p h o sp h o r y la tio n )
is c a ta ly z e d b y a n o th e r e n z y m e , p h o sp h o p ro tein p h o sp h a ta se. T h is la tte r e n z y m e
is itse lf a c tiv a te d b y C a 21 . B o th e n z y m e s a r e a sso c ia te d w ith th e m a m m a lia n
p y r u v a te d e h y d r o g e n a se c o m p le x , p e r m ittin g e ffe c tiv e c o n tr o l o f th e o v e r a ll

P y ru v a te

In h ib ite d b y A T P ,
a c e t y l-C o A a n d N A D H
A c e t y l-C o A
In h ib ite d b y A T P , N A D H ,
s u c c in y l-C o A , c it r a t e
C o n tr o l p o in ts
O x a lo a c e ta te C itr a te In h ib itio n o f r e a c tio n
S te p r e q u ir in g e le c tr o n
a c c e p to r, e ith e r N A D +
o r F A D
M a la te Iso c itr a te
In h ib ite d
b y A T P , N A D H
S tim u la te d
b y A D P , N A D +
F u m a ra te
-K e t o g lu t a r a t e

S u c c in a te
In h ib ite d b y
F ig u r e 1 9 .2 0 C o n t r o l p o in t s in t h e c o n v e r s io n o f A T P , N A D H , a n d
S u c c in y l-C o A s u c c in y l-C o A
p y r u v a t e t o a c e t y l-C o A a n d in t h e c it r ic a c id c y c le .
 19 -5 E n e r g e t ic s a n d C o n t r o l o f t h e C it r ic A c id  C y c le 5 9 5

r e a c t io n f r o m p y r u v a t e t o a c e t y l-C o A . T h e P D H k in a se a n d P D H p h o sp h a ta se
a r e fo u n d o n th e sa m e p o ly p e p tid e c h a in . H ig h le v e ls o f A T P a c tiv a te th e k i-
n a se . P y r u v a te d e h y d r o g e n a se is a lso in h ib ite d b y h ig h le v e ls o f a c e t y l-C o A .
T h is m a k e s a g r e a t d e a l o f m e ta b o lic se n se . W h e n fa t s a r e p le n tifu l a n d a r e
b e in g d e g r a d e d fo r e n e r g y, th e ir p r o d u c t is a c e t y l-C o A ( C h a p te r 2 1 ) . T h u s, if
a c e t y l-C o A is p le n t if u l, t h e r e is n o r e a s o n t o s e n d c a r b o h y d r a te s to th e c itr ic
a c id c y c le . P y r u v a te d e h y d r o g e n a se is in h ib ite d , a n d t h e a c e t y l-C o A f o r t h e
T C A c y c le c o m e s fr o m o th e r so u r c e s.

R e g u la t o r y E n z y m e s t h a t C o n t r o l t h e C it r ic A c id C y c le
c H o w is c o n t r o l e x e r t e d w it h in t h e c it r ic a c id c y c le ?
W ith in th e c itr ic a c id c y c le itse lf, th e th r e e c o n tr o l p o in ts a r e th e r e a c tio n s
c a t a ly z e d b y c it r a t e s y n t h a s e , is o c it r a t e d e h y d r o g e n a s e , a n d t h e -k e t o g lu t a r a t e
d e h y d r o g e n a se c o m p le x . W e h a v e a lr e a d y m e n tio n e d th a t th e fir st r e a c tio n o f
th e c y c le is o n e in w h ic h r e g u la to r y c o n tr o l a p p e a r s, a s is to b e e x p e c te d in th e
fir st r e a c tio n o f a n y p a th w a y. C itr a te sy n th a se is a n a llo ste r ic e n z y m e in h ib ite d
b y A T P , N A D H , s u c c in y l-C o A , a n d it s o w n p r o d u c t , c it r a t e .
T h e se c o n d r e g u la to r y site is th e iso c itr a te d e h y d r o g e n a se r e a c tio n . In th is
c a se , A D P a n d N A D 1 a r e a llo ste r ic a c tiv a to r s o f th e e n z y m e . W e h a v e c a lle d a t-
te n tio n to th e r e c u r r in g p a tte r n in w h ic h A T P a n d N A D H in h ib it e n z y m e s o f
th e p a th w a y, a n d A D P a n d N A D 1 a c tiv a te th e se e n z y m e s.
T h e -k e t o g lu t a r a t e d e h y d r o g e n a s e c o m p le x is t h e t h ir d r e g u la t o r y s it e . A s
b e f o r e , A T P a n d N A D H a r e in h ib it o r s . S u c c in y l-C o A is a ls o a n in h ib it o r o f t h is
r e a c tio n . T h is r e c u r r in g th e m e in m e ta b o lism r e fle c ts th e w a y in w h ic h a c e ll
c a n a d ju s t to a n a c tiv e s ta te o r to a r e s tin g s ta te .
W h e n a c e ll is m e ta b o lic a lly a c tiv e it u se s A T P a n d N A D H a t a g r e a t r a te , p r o -
d u c in g la r g e a m o u n ts o f A D P a n d N A D 1 ( T a b le 1 9 .3 ) . I n o th e r w o r d s , w h e n
th e A T P / A D P r a tio is lo w , th e c e ll is u sin g e n e r g y a n d n e e d s to r e le a se m o r e
e n e r g y fr o m sto r e d n u tr ie n ts. A lo w N A D H / N A D 1 r a tio is a lso c h a r a c te r istic o f
a n a c tiv e m e ta b o lic sta te . O n th e o th e r h a n d , a r e stin g c e ll h a s fa ir ly h ig h le v e ls
o f A T P a n d N A D H . T h e A T P / A D P r a tio a n d th e N A D H / N A D 1 r a tio a r e a lso
h ig h in r e stin g c e lls, w h ic h d o n o t n e e d to m a in ta in a h ig h le v e l o f o x id a tio n to
p r o d u c e e n e r g y.
W h e n c e lls h a v e lo w e n e r g y r e q u ir e m e n ts ( th a t is, w h e n th e y h a v e a h ig h
“ e n e r g y c h a r g e ” ) w ith h ig h A T P / A D P a n d N A D H / N A D 1 r a tio s, th e p r e se n c e
o f so m u c h A T P a n d N A D H se r v e s a s a sig n a l to “ sh u t d o w n ” th e e n z y m e s r e -
sp o n sib le fo r o x id a tiv e r e a c tio n s. W h e n c e lls h a v e a lo w e n e r g y c h a r g e , c h a r a c -
te r iz e d b y lo w A T P / A D P a n d N A D H / N A D 1 r a tio s, th e n e e d to r e le a se m o r e
e n e r g y a n d to g e n e r a te m o r e A T P se r v e s a s a sig n a l to “ tu r n o n ” th e o x id a tiv e
e n z y m e s. T h is r e la tio n sh ip o f e n e r g y r e q u ir e m e n ts to e n z y m e a c tiv ity is th e b a -
sis fo r th e o v e r a ll r e g u la to r y m e c h a n ism e x e r te d a t a fe w k e y c o n tr o l p o in ts in
m e ta b o lic p a th w a y s.

T a b le 1 9 .3 R e la t io n s h ip b e t w e e n t h e M e t a b o lic S t a t e o f a C e ll
a n d t h e A T P / A D P a n d N A D H / N A D 1 R a t io s
C e lls in a r e s tin g m e ta b o lic s ta te
N e e d a n d u se c o m p a r a tiv e ly little e n e rg y
H ig h A T P , lo w A D P le v e ls im p ly h ig h ( A T P / A D P )
H ig h N A D H , lo w N A D 1 le v e ls im p ly h ig h ( N A D H / N A D 1
)
C e lls in a h ig h ly a c tiv e m e ta b o lic s ta te
N e e d a n d u se m o re e n e rg y th a n re st in g c e lls
L o w A T P , h ig h A D P le v e ls im p ly lo w ( A T P / A D P )
L o w N A D H , h ig h N A D 1 le v e ls im p ly lo w ( N A D H / N A D 1
)
5 9 6 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

19 -6 T h e G ly o x y la t e C y c le : A R e la t e d P a t h w a y
c H o w c a n p la n t s p r o d u c e c a r b o h y d r a t e s f r o m a c e t y l-C o A w h e r e a s
a n im a ls c a n n o t ?
I n p la n t s a n d in s o m e b a c t e r ia , b u t n o t in a n im a ls , a c e t y l-C o A c a n s e r v e a s t h e
sta r tin g m a te r ia l fo r th e b io sy n th e sis o f c a r b o h y d r a te s. A n im a ls c a n c o n v e r t c a r -
b o h y d r a t e s t o f a t s , b u t n o t f a t s t o c a r b o h y d r a t e s . ( A c e t y l-C o A is p r o d u c e d in t h e
c a ta b o lis m o f fa tty a c id s .) T w o e n z y m e s a r e r e s p o n s ib le fo r th e a b ility o f p la n ts
is o c itr a te ly a s e th e e n z y m e th a t c a ta ly z e s th e a n d b a c te r ia to p r o d u c e g lu c o s e fr o m fa tty a c id s . I s o c itr a te ly a s e c le a v e s is o c itr a te ,
c le a v a g e o f iso c itr a te to g ly o x y la te a n d su c c in a te p r o d u c in g g ly o x y la te a n d s u c c in a te ( F ig u r e 1 9 .2 1 A ) . M a la te s y n th a s e c a ta ly z e s th e
m a la te s y n th a s e th e e n z y m e th a t c a ta ly z e s th e r e a c t io n o f g ly o x y la t e w it h a c e t y l-C o A t o p r o d u c e m a la t e ( F ig u r e 1 9 .2 1 B ) .
r e a c t io n o f g ly o x y la t e w it h a c e t y l-C o A t o p r o d u c e T h e se tw o r e a c tio n s in su c c e ssio n b y p a ss th e tw o o x id a tiv e d e c a r b o x y la tio n
m a la te ste p s o f th e c itr ic a c id c y c le . T h e n e t r e su lt is a n a lte r n a tiv e p a th w a y, th e g ly -
g ly o x y la te c y c le a p a th w a y in p la n ts th a t is a n o x y la t e c y c le ( F ig u r e 1 9 .2 2 ) . T w o m o le c u le s o f a c e t y l-C o A e n t e r t h e g ly o x y la t e
a lte r n a tiv e to th e c itr ic a c id c y c le a n d th a t b y p a sse s c y c le ; th e y g iv e r ise to o n e m o le c u le o f m a la te a n d e v e n tu a lly to o n e m o le c u le
se v e r a l c itr ic a c id c y c le r e a c tio n s o f o x a lo a c e t a t e . T w o t w o -c a r b o n u n it s ( t h e a c e t y l g r o u p s o f a c e t y l-C o A ) g iv e
r is e t o a f o u r -c a r b o n u n it ( m a la t e ) , w h ic h is t h e n c o n v e r t e d t o o x a lo a c e t a t e
( a ls o a f o u r -c a r b o n c o m p o u n d ) . G lu c o s e c a n t h e n b e p r o d u c e d f r o m o x a lo -
a c e ta te b y g lu c o n e o g e n e sis. T h is is a su b tle , y e t v e r y im p o r ta n t, d istin c tio n
b e tw e e n th e g ly o x y la te c y c le a n d th e c itr ic a c id c y c le . T h e c a r b o n sk e le to n s
t h a t e n t e r t h e c it r ic a c id c y c le a s a c e t y l-C o A a r e e f f e c t iv e ly lo s t b y t h e d e c a r -
b o x y la tio n ste p s. T h is m e a n s th a t if o x a lo a c e ta te ( O A A ) is d r a w n o ff to m a k e
g lu c o se , th e r e w ill b e n o O A A to c o n tin u e th e c y c le . F o r th is r e a so n , fa ts c a n -
n o t le a d to a n et p r o d u c tio n o f g lu c o se . W ith th e g ly o x y la te c y c le , th e b y p a ss
r e a c t io n s g o a r o u n d t h e d e c a r b o x y la t io n s , c r e a t in g a n e x tr a f o u r -c a r b o n c o m -
p o u n d th a t c a n b e d r a w n o ff to m a k e g lu c o se w ith o u t d e p le tin g th e c itr ic a c id
c y c le o f its sta r tin g c o m p o u n d .
g ly o x y s o m e s m e m b r a n e -e n c lo s e d o r g a n e lle s t h a t S p e c ia liz e d o r g a n e lle s in p la n ts, c a lle d g ly o x y s o m e s , a r e th e site s o f th e g ly -
c o n ta in th e e n z y m e s o f th e g ly o x y la te c y c le o x y la te c y c le . T h is p a th w a y is p a r tic u la r ly im p o r ta n t in g e r m in a tin g se e d s. T h e
fa tty a c id s sto r e d in th e se e d s a r e b r o k e n d o w n fo r e n e r g y d u r in g g e r m in a tio n .
F ir s t , t h e f a t t y a c id s g iv e r is e t o a c e t y l-C o A , w h ic h c a n e n t e r t h e c it r ic a c id c y -
c le a n d g o o n to r e le a se e n e r g y in th e w a y s w e h a v e a lr e a d y se e n . T h e c itr ic

C O O 2

C O O 2

C H 2 O
C H 2
H C C O O 2
+ C H
I s o c itr a te ly a s e C H 2
H O C H C O O 2

C O O 2

C O O 2

I s o c itr a te S u c c in a te G ly o x y la te

B
C O O 2
O C O A -S H C O O 2

O C H + C H 3 C S C O A H O C H

C H 2

F ig u r e 1 9 .2 1 R e a c t io n s in p la n t s a n d b a c t e r ia C O O 2

th a t p ro d u c e c a rb o h y d ra te s fro m fa ts . G ly o x y la te A c e t y l-C o A M a la te
 19 -7 T h e C it r ic A c id C y c le in C a t a b o lis m 5 9 7

G lu c o se

G lu c o n e o g e n e sis
C itr a te

C itr a te
s y n th a s e

O x a lo a c e ta te Iso c itr a te
A c e t y l-C o A
I s o c itr a te
ly a s e

M a la te G ly o x y la te + S u c c in a te
M a la te F ig u r e 1 9 .2 2 T h e g ly o x y la te c y c le . T h is p a th w a y
sy n th a se
r e s u lt s in t h e n e t c o n v e r s io n o f tw o a c e t y l-C o A to
o x a lo a c e t a t e . A ll t h e r e a c t io n s a re s h o w n in p u r p le .
T h e u n iq u e r e a c t io n s o f th e g ly o x y la t e c y c le a r e
s h o w n w it h a lig h t g r e e n h ig h lig h t in t h e c e n te r o f
F u m a ra te t h e c ir c le .

a c id c y c le a n d th e g ly o x y la te c y c le c a n o
se r v e s a s th e sta r tin g p o in t fo r th e sy n
p o u n d s n e e d e d b y th e g r o w in g se e d lin
im p o r t a n t s t r u c t u r a l, a s w e ll a s e n e r g y -p
T h e g ly o x y la te c y c le a lso o c c u r s in b a
b e c a u se m a n y ty p e s o f b a c te r ia c a n liv e
h a v e m e ta b o lic p a th w a y s th a t c a n p r o d u
q u ite sim p le m o le c u le s. T h e g ly o x y la te
m a n a g e th is fe a t.
p e r a t e s im u lt a n e o u s ly . A c e t y l-C o A a ls o
th e sis o f g lu c o se a n d a n y o th e r c o m -
g . ( R e c a ll th a t c a r b o h y d r a te s p la y a n
r o d u c in g , r o le in p la n ts .)
c te r ia . T h is p o in t is fa r fr o m su r p r isin g
o n v e r y lim ite d c a r b o n so u r c e s. T h e y
c e a ll th e b io m o le c u le s th e y n e e d fr o m
c y c le is o n e e x a m p le o f h o w b a c te r ia

1 9 -7 T h e C it r ic A c id C y c le in C a t a b o lis m
T h e n u tr ie n ts ta k e n in b y a n o r g a n ism c a n in c lu d e la r g e m o le c u le s. T h is o b -
se r v a tio n is e sp e c ia lly tr u e in th e c a se o f a n im a ls, w h ic h in g e st p o ly sa c c h a r id e s
a n d p r o te in s, w h ic h a r e p o ly m e r s, a s w e ll a s lip id s. N u c le ic a c id s c o n stitu te a
v e r y sm a ll p e r c e n ta g e o f th e n u tr ie n ts p r e se n t in fo o d stu ffs, a n d w e sh a ll n o t
c o n sid e r th e ir c a ta b o lism .
T h e fir st ste p in th e b r e a k d o w n o f n u tr ie n ts is th e d e g r a d a tio n o f la r g e m o l-
e c u le s to sm a lle r o n e s. P o ly sa c c h a r id e s a r e h y d r o ly z e d b y sp e c ific e n z y m e s to
p r o d u c e su g a r m o n o m e r s; a n e x a m p le is th e b r e a k d o w n o f sta r c h b y a m y la se s.
L ip a se s h y d r o ly z e tr ia c y lg ly c e r o ls to g iv e fa tty a c id s a n d g ly c e r o l. P r o te in s a r e
d ig e ste d b y p r o te a se s, w ith a m in o a c id s a s th e e n d p r o d u c ts. S u g a r s, fa tty a c id s,
a n d a m in o a c id s th e n e n te r th e ir sp e c ific c a ta b o lic p a th w a y s.
In C h a p te r 1 7 , w e d isc u sse d th e g ly c o ly tic p a th w a y b y w h ic h su g a r s a r e c o n -
v e r te d to p y r u v a te , w h ic h th e n e n te r s th e c itr ic a c id c y c le . In C h a p te r 2 1 , w e
w ill s e e h o w f a t t y a c id s a r e c o n v e r t e d t o a c e t y l-C o A ; w e le a r n e d a b o u t t h e f a t e
o f a c e t y l-C o A in t h e c it r ic a c id c y c le e a r lie r in t h is c h a p t e r . A m in o a c id s e n t e r
th e c y c le b y v a r io u s p a th s. W e w ill d isc u ss c a ta b o lic r e a c tio n s o f a m in o a c id s
in C h a p te r 2 3 .
F ig u r e 1 9 .2 3 s h o w s s c h e m a tic a lly th e v a r io u s c a ta b o lic p a th w a y s th a t fe e d
in to th e c itr ic a c id c y c le . T h e c a ta b o lic r e a c tio n s o c c u r in th e c y to so l; th e
c itr ic a c id c y c le ta k e s p la c e in m ito c h o n d r ia . M a n y o f th e e n d p r o d u c ts o f
c a ta b o lism c r o ss th e m ito c h o n d r ia l m e m b r a n e a n d th e n p a r tic ip a te in th e
c itr ic a c id c y c le . T h is fig u r e a lso sh o w s th e o u tlin e o f p a th w a y s b y w h ic h
a m in o a c id s a r e c o n v e r te d to c o m p o n e n ts o f th e c itr ic a c id c y c le . B e su r e
5 9 8 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

L ip id s
S e r in e , c y ste in e ,
C a r b o h y d ra te s T h r e o n in e a n d g ly c in e
T y r o sin e , ly sin e ,
A la n in e F a tty a c id s Iso le u c in e
p h e n y la la n in e ,
G ly c o ly sis a n d le u c in e
T A a n d tr y p to p h a n
-o x id a t io n
P E P P y r u v a te P y ru v a te

A c e t y l-C o A A c e t y l-C o A
A sp
A sp a r a g in e
T A In n e r m ito c h o n d r ia l
m e m b ra n e
A sp a rta te O x a lo a c e ta te C itr a te M ito c h o n d r io n
T A N A D H a n d F A D H 2
( re d u c in g p o w e r C y to so l
O x a lo a c e ta te fo r a e r o b ic Iso c itr a te
M a la te
p ro d u c tio n
o f A T P )
F u m a ra te -K e t o g lu t a r a t e -K e t o g lu t a r a t e
M a la te
S u c c in y l-C o A T A T A
S u c c in a te
F u m a ra te G lu G lu ta m a te

S u c c in y l-C o A

T y r o sin e a n d p h e n y la la n in e P r o lin e , a r g in in e ,
g lu ta m in e , a n d h istid in e

T h r e o n in e , v a lin e ,
iso le u c in e , a n d m e th io n in e

F ig u r e 1 9 .2 3 A s u m m a r y o f c a t a b o lis m , s h o w in g t h e c e n t r a l r o le o f t h e c it r ic a c id c y c le .
N o t e t h a t t h e e n d p r o d u c t s o f t h e c a t a b o lis m o f c a r b o h y d r a t e s , lip id s , a n d a m in o a c id s a ll
a p p e a r. ( P E P is p h o s p h o e n o lp y r u v a t e ; T A is t r a n s a m in a t io n ; S S S is a m u lt is t e p p a t h w a y .)

to n o tic e th a t su g a r s, fa tty a c id s, a n d a m in o a c id s a r e a ll in c lu d e d in th is
o v e r a ll c a ta b o lic s c h e m e . Ju s t a s “ a ll r o a d s le a d to R o m e ,” a ll p a th w a y s le a d
to th e c itr ic a c id c y c le .

19 -8 T h e C it r ic A c id C y c le in A n a b o lis m
T h e c itr ic a c id c y c le is a so u r c e o f sta r tin g m a te r ia ls fo r th e b io sy n th e sis o f m a n y
im p o r ta n t b io m o le c u le s, b u t th e su p p ly o f th e sta r tin g m a te r ia ls th a t a r e c o m -
p o n e n ts o f th e c y c le m u st b e r e p le n ish e d if th e c y c le is to c o n tin u e o p e r a tin g .
S e e B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S 19 C fo r m o r e d e ta ils o n th is p o in t. In p a r-
tic u la r, th e o x a lo a c e ta te in a n o r g a n ism m u st b e m a in ta in e d a t a le v e l su ffic ie n t
t o a llo w a c e t y l-C o A t o e n t e r t h e c y c le . A r e a c t io n t h a t r e p le n is h e s a c it r ic a c id
a n a p le r o tic r e a c tio n a r e a c tio n th a t e n s u r e s a n c y c le in te r m e d ia te is c a lle d a n a n a p le r o tic r e a c tio n . In so m e o r g a n ism s, a c e ty l-
a d e q u a te s u p p ly o f a n im p o r ta n t m e ta b o lite C o A c a n b e c o n v e r te d to o x a lo a c e ta te a n d o th e r c itr ic a c id c y c le in te r m e d ia te s
b y t h e g ly o x y la t e c y c le ( S e c t io n 1 9 -6 ) , b u t m a m m a ls c a n n o t d o t h is . I n m a m -
m a ls , o x a lo a c e ta te is p r o d u c e d fr o m p y r u v a te b y th e e n z y m e p y r u v a te c a r b o x y la s e
( F ig u r e 1 9 .2 4 ) . W e a lr e a d y e n c o u n te r e d th is e n z y m e a n d th is r e a c tio n in th e
c o n te x t o f g lu c o n e o g e n e s is ( s e e S e c tio n 1 8 -2 ) , a n d h e r e w e h a v e a n o th e r
h ig h ly im p o r ta n t r o le fo r th is e n z y m e a n d th e r e a c tio n it c a ta ly z e s. T h e su p p ly
o f o x a lo a c e ta te w o u ld so o n b e d e p le te d if th e r e w e r e n o m e a n s o f p r o d u c in g it
fr o m a r e a d ily a v a ila b le p r e c u r so r.
 19 -4 T h e In d iv id u a l R e a c t io n s o f t h e C it r ic A c id  C y c le 5 8 5

O v e r a ll r e a c tio n

O C O O 2

C C O O 2
O C H 2

C itr a te s y n th a s e
C H 2 + C O A S C C H 3 + H 2 O H O C C O O 2
+ C O A -S H
A c e t y l-C o A
C O O 2
C H 2

O x a lo a c e ta te
C O O 2

C itr a te

F ig u r e 1 9 .6 C o n v e r s io n o f o x a lo a c e t a t e t o c it r a t e .

C H 2 C O O 2

C H 2 C O O 2

A c o n ita s e
H C C O O 2

H O C C O O 2

F e 2 1 H O C H
C H 2 C O O 2

C O O 2
F ig u r e 1 9 .7 Is o m e r iz a t io n o f c it r a t e t o
C itr a te I s o c itr a te is o c it r a t e .

Step 1. F o r m a t i o n o f C i t r a t e T h e f i r s t s t e p o f t h e c i t r i c a c i d c y c l e i s t h e
r e a c tio n o f a c e ty l-C o A a n d o x a lo a c e ta te to fo r m c itr a te a n d C o A -S H
( F ig u r e 1 9 .6 ) . T h is r e a c tio n is c a lle d a c o n d e n s a tio n b e c a u s e a n e w c a r b o n –
c a r b o n b o n d is fo r m e d . T h e c o n d e n s a t io n r e a c t io n o f a c e t y l-C o A a n d o x a -
lo a c e ta te to fo r m c itr y l-C o A ta k e s p la c e in th e fir s t s ta g e o f th e r e a c tio n .
T h e c o n d e n s a t io n is f o llo w e d b y t h e h y d r o ly s is o f c it r y l-C o A t o g iv e c it r a t e
a n d C o A -S H .
T h e r e a c tio n is c a ta ly z e d b y th e e n z y m e c itr a te s y n th a s e , o r ig in a lly c a lle d c itr a te s y n th a s e th e e n z y m e th a t c a ta ly z e s th e fir st
“ c o n d e n s in g e n z y m e .” A s y n th a s e is a n e n z y m e th a t m a k e s a n e w c o v a le n t b o n d ste p o f th e c itr ic a c id c y c le
d u r in g th e r e a c tio n , b u t it d o e s n o t r e q u ir e th e d ir e c t in p u t o f A T P . It is a n
e x e r g o n ic r e a c tio n ( D G ° ' 5 2 3 2 .8 k J m o l2 1 5 2 7 .8 k c a l m o l2 1) b e c a u s e th e
h y d r o ly s is o f a t h io e s t e r r e le a s e s e n e r g y . T h io e s t e r s a r e c o n s id e r e d h ig h -e n e r g y
c o m p o u n d s.
Step 2. I s o m e r i z a t i o n o f C i t r a t e t o I s o c i t r a t e T h e s e c o n d r e a c t i o n o f t h e c i t r i c
a c id c y c le , th e o n e c a ta ly z e d b y a c o n ita se , is th e iso m e r iz a tio n o f c itr a te to iso -
c itr a te ( F ig u r e 1 9 .7 ) . T h e e n z y m e r e q u ir e s F e 21 . O n e o f th e m o s t in te r e s tin g
fe a tu r e s o f th e r e a c tio n is th a t c itr a te , a sy m m e tr ic a l ( a c h ir a l) c o m p o u n d , is
c o n v e r te d to iso c itr a te , a c h ir a l c o m p o u n d , a m o le c u le th a t c a n n o t b e su p e r im -
p o se d o n its m ir r o r im a g e .
It is o fte n p o ssib le fo r a c h ir a l c o m p o u n d to h a v e se v e r a l d iffe r e n t iso m e r s.
Iso c itr a te h a s fo u r p o ssib le iso m e r s, b u t o n ly o n e o f th e fo u r is p r o d u c e d b y
th is r e a c tio n . ( W e sh a ll n o t d isc u ss n o m e n c la tu r e o f th e iso m e r s o f iso c itr a te
h e r e . S e e Q u e stio n 3 0 a t th e e n d o f th is c h a p te r fo r a q u e stio n a b o u t th e o th e r
is o m e r s .) A c o n ita s e , th e e n z y m e th a t c a ta ly z e s th e c o n v e r s io n o f c itr a te to
iso c itr a te , c a n se le c t o n e e n d o f th e c itr a te m o le c u le in p r e fe r e n c e to th e
o th e r. B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S 19 A d isc u sse s so m e r e a c tio n s o f a c o n ita se
in h ib ito r s.
 19 -8 T h e C it r ic A c id C y c le in A n a b o lis m 5 9 9

P y r u v a te
+ C O 2 M a m m a ls c a n n o t d o th is A c e t y l-C o A
ic
ste r
A llo

h is
o n

o t
a n
v a ti

M a
a c ti

a c
t d
m m
P y r u v a te

e ri
n o
a ls
c a r b o x y la se

a c t
c a n
ca n

e b
a ls
A T P
d o

o m
m m
d s
A D P th i

M a
* * *

a n
+ P s A c e t y l-C o A

n ts
p la
e e n
G r
O x a lo a c e ta te C itr a te
F ig u r e 1 9 .2 4 H o w m a m m a ls k e e p a n a d e q u a te
C itr ic a c id Iso c itr a te s u p p ly o f m e t a b o lic in t e r m e d ia t e s . A n a n a b o lic
M a la te c y c le r e a c t io n u s e s a c it r ic a c id c y c le in t e r m e d ia t e
F u m a ra te -K e t o g lu t a r a t e ( -k e t o g lu t a r a t e is t r a n s a m in a t e d t o g lu t a m a t e in
o u r e x a m p le ), c o m p e t in g w it h t h e r e s t o f t h e c y c le .
S u c c in a te S u c c in y l-C o A T r a n sa m in a tio n T h e c o n c e n t r a t io n o f a c e t y l-C o A r is e s a n d s ig n a ls
t h e a llo s t e r ic a c t iv a t io n o f p y r u v a t e c a r b o x y la s e t o
p ro d u c e m o re o x a lo a c e t a t e .
* A n a p le r o t ic r e a c t io n .
G lu ta m a te * * P a r t o f g ly o c y la t e p a t h w a y .

19 C B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S ● E v o lu t io n
W h y C a n ’t A n im a ls U s e A ll t h e S a m e E n e r g y S o u r c e s a s P la n t s a n d B a c t e r ia ?

T i
h e c itr ic a c id c y c le ( C A C ) is im p o r ta n t n o t o n ly a s a so u r c e o f
e n e r g y d u r in g a e r o b ic m e ta b o lism b u t a lso a s a k e y p a th w a y
n th e sy n th e sis o f im p o r ta n t m e ta b o lic in te r m e d ia te s. W e sh a ll
s e e in su b se q u e n t c h a p te r s th a t it is a so u r c e o f sta r tin g m a te r ia ls
f o r th e p r o d u c tio n o f a m in o a c id s, c a r b o h y d r a te s, v ita m in s, n u -
c le o tid e s, a n d h e m e . H o w e v e r, if th e se in te r m e d ia te s a r e u se d fo r
t h e sy n th e sis o f o th e r m o le c u le s, th e n th e y m u st b e r e p le n ish e d
t o m a in ta in th e c a ta ly tic n a tu r e o f th is c y c le . T h e te r m a n a p lero tic
m e a n s “ fillin g u p ,” a n d th e r e a c tio n s th a t r e p le n is h th e c itr ic a c id
c y c le a r e c a lle d a n a p le r o tic r e a c tio n s. O n e so u r c e o f n e e d e d c o m -
p o u n d s, a v a ila b le to a ll o r g a n ism s, is th e g r o u p o f a m in o a c id s
© HamsterMan/Shutterstock.com

t h a t c a n b e c o n v e r te d to c itr ic a c id c y c le in te r m e d ia te s in a sin g le
r e a c tio n . A sim p le r e a c tio n a v a ila b le to a ll o r g a n ism s is to a d d c a r -
b o n d io x id e to th e p y r u v a te a n d p h o sp h o e n o lp y r u v a te g e n e r a te d
f r o m m e ta b o lism o f su g a r s. A n o th e r so u r c e , im p o r ta n t in b a c te r ia
a n d p la n t s , is t h e g ly o x y la t e c y c le d is c u s s e d in S e c t io n 1 9 -6 . T h is
s o u r c e is v ita l to th e a b ility o f p la n ts to fix c a r b o n d io x id e to c a r-
b o h y d r a te s ( F ig u r e 1 9 .2 5 ) .
S o m e a n a e r o b ic o r g a n ism s h a v e d e v e lo p e d o n ly p a r ts o f th e F ig u r e 1 9 .2 5 P la n t s c a n p r o d u c e c a r b o h y d r a t e s fr o m
c itr ic a c id c y c le , w h ic h th e y u se e x c lu siv e ly to m a k e th e im p o r ta n t c a r b o n d io x id e .
p r e c u r so r s. T h e se sim p le y e t im p o r ta n t r e a c tio n s e m p h a siz e th e

C o n t in u e d o n n e x t p a g e
6 0 0 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

tr u ly c o n n e c te d n a tu r e o f w h a t w e o fte n a r tific ia lly se p a r a te

in to “ p a th w a y s .” T h e y a ls o illu s tr a te th e c o n v e r g e n c e o f e v o -
lu tio n to a fe w k e y m o le c u le s a n d m e ta b o lic ste p s.
W h ic h m o le c u le is a r g u a b ly th e m o st im p o r ta n t m e ta b o lic
in t e r m e d ia t e ? A c e t y l-C o A is p e r h a p s th e c e n t r a l m o le c u le o f
m e ta b o lism . W h e n o n e p lo ts a c h a r t o f a ll k n o w n m e ta b o lic
p a t h w a y s , a c e t y l-C o A e n d s u p c lo s e t o t h e c e n t e r o f t h a t c h a r t .
T h e r e a so n s a r e q u ite sim p le . T h is im p o r ta n t c o m p o u n d
r e a lly lin k s th e m e ta b o lis m o f th e th r e e m a jo r c la s s e s o f n u -
tr ie n ts to e a c h o th e r. A ll su g a r s, a ll fa tty a c id s, a n d m a n y
a m in o a c id s p a s s t h r o u g h a c e t y l-C o A o n t h e ir w a y t o b e c o m -
in g w a te r a n d c a r b o n d io x id e . E q u a lly im p o r ta n t is th e k e y
u s e o f th is in te r m e d ia te in th e s y n th e s is o f th e m a jo r b io -
m o le c u le s. S o m e , b u t n o t a ll, o r g a n ism s c a n c a r r y o u t a ll
th e se c o n v e r sio n s. H u m a n s a n d d o g s p r o v id e e x a m p le s o f

Andrew Cutterwall/Alamy Stock Photo

m a m m a ls th a t c a n n o t d o s o ( F ig u r e 1 9 .2 6 ) , w h e r e a s b a c te -

© Fedorov Oleksiy/Shutterstock.com
r ia a r e e x a m p le s o f o r g a n is m s th a t c a n ( F ig u r e 1 9 .2 7 ) . M a n y
b a c te r ia c a n liv e o ff a c e tic a c id a s th e ir so le c a r b o n so u r c e ;
h o w e v e r, it is fir s t c o n v e r te d to a c e ty l-C o A . A c e ty l-C o A is
c o n v e r te d to fa tty a c id s, te r p e n e s, a n d ste r o id s. M o r e im p o r -
t a n t is t h e c o n v e r s io n o f t w o m o le c u le s o f a c e t y l-C o A t o m a -
la te in p la n ts a n d b a c te r ia v ia th e g ly o x y la te p a th w a y. T h is
k e y c o m p o u n d is th e sta r tin g p o in t fo r th e sy n th e sis o f b o th
a m in o a c id s a n d c a r b o h y d r a te s. It is in te r e stin g to n o te , a s F ig u r e 1 9 .2 6 D o g s c a n n o t F ig u r e 1 9 .2 7 B a c t e r ia c a n c a r r y
m e n t io n e d in S e c t io n 1 9 -6 , t h a t t h is k e y g ly o x y la t e r e a c t io n c a r r y o u t a ll c o n v e r s io n s fo r o u t a ll t h e c o n v e r s io n s fo r C A C
is m issin g in m a m m a ls. ◗ C A C in t e r m e d ia t e s . in t e r m e d ia t e s .

T h e R o le o f P y r u v a t e a n d A c e t y l-C o A t o A n im a ls a n d P la n t s
T h is r e a c tio n , w h ic h p r o d u c e s o x a lo a c e ta te fr o m p y r u v a te , p r o v id e s a c o n n e c -
tio n b e tw e e n th e a m p h ib o lic c itr ic a c id c y c le a n d th e a n a b o lism o f su g a r s b y
g lu c o n e o g e n e sis. O n th is sa m e to p ic o f c a r b o h y d r a te a n a b o lism , w e sh o u ld
n o t e a g a in t h a t p y r u v a t e c a n n o t b e p r o d u c e d f r o m a c e t y l-C o A in m a m m a ls . B e -
c a u s e a c e t y l-C o A is t h e e n d p r o d u c t o f c a t a b o lis m o f f a t t y a c id s , w e c a n s e e t h a t
m a m m a ls c o u ld n o t e x ist w ith fa ts o r a c e ta te a s th e so le c a r b o n so u r c e . T h e
in te r m e d ia te s o f c a r b o h y d r a te m e ta b o lism w o u ld so o n b e d e p le te d . C a r b o h y -
d r a te s a r e th e p r in c ip a l e n e r g y a n d c a r b o n s o u r c e in a n im a ls ( F ig u r e 1 9 .2 8 ) ,
a n d g lu c o se is e sp e c ia lly c r itic a l in h u m a n s b e c a u se it is th e p r e fe r r e d fu e l fo r
o u r b r a in c e lls . P la n t s c a n c a r r y o u t t h e c o n v e r s io n o f a c e t y l-C o A t o p y r u v a t e
a n d o x a lo a c e ta te , so th e y c a n e x ist w ith o u t c a r b o h y d r a te s a s a c a r b o n so u r c e .
T h e c o n v e r s io n o f p y r u v a t e t o a c e t y l-C o A d o e s t a k e p la c e in b o t h p la n t s a n d
a n im a ls ( s e e S e c t io n 1 9 -3 ) .
T h e a n a b o lic r e a c tio n s o f g lu c o n e o g e n e s is ta k e p la c e in th e c y to s o l.
O x a lo a c e ta te is n o t tr a n sp o r te d a c r o ss th e m ito c h o n d r ia l m e m b r a n e . T w o
m e c h a n ism s e x ist fo r th e tr a n sfe r o f m o le c u le s n e e d e d fo r g lu c o n e o g e n e -
sis fr o m m ito c h o n d r ia to th e c y to so l. O n e m e c h a n ism ta k e s a d v a n ta g e o f
th e fa c t th a t p h o sp h o e n o lp y r u v a te c a n b e fo r m e d fr o m o x a lo a c e ta te in th e
m ito c h o n d r ia l m a tr ix ( th is r e a c tio n is th e n e x t ste p in g lu c o n e o g e n e sis) ;
p h o sp h o e n o lp y r u v a te is th e n tr a n sfe r r e d to th e c y to so l, w h e r e th e r e m a in -
in g r e a c tio n s ta k e p la c e ( F ig u r e 1 9 .2 9 ) . T h e o th e r m e c h a n is m r e lie s o n th e
fa c t th a t m a la te , w h ic h is a n o th e r in te r m e d ia te o f th e c itr ic a c id c y c le , c a n
b e tr a n s fe r r e d to th e c y to s o l. T h e r e is a m a la te d eh y d ro g en a se e n z y m e in th e
c y to so l a s w e ll a s in m ito c h o n d r ia , a n d m a la te c a n b e c o n v e r te d to o x a lo a c -
e ta te in th e c y to so l.
M a la te 1 N A D 1
S O x a lo a c e ta te 1 N A D H 1 H 1
 19 -8 T h e C it r ic A c id C y c le in A n a b o lis m 6 0 1

C a rb o h y d ra te s In n e r m ito c h o n d r ia l
M ito c h o n d r io n m e m b ra n e

C y to so l

G lu c o -
n e o g e n e sis P y ru v a te
+ C O 2
C O 2 P E P
c a r b o x y k in a se
P E P P E P

a se
x yl
G D P G T P A T P

b o
P E P c a r b o x y k in a se

c a r
O x a lo a c e ta te

a te
A D P

ru v
+ P

P y
M a la te
O x a lo a c e ta te C itr a te

M a la te Iso c itr a te

F u m a ra te -K e t o g lu t a r a t e

S u c c in a te S u c c in y l - C o A F ig u r e 1 9 .2 8 T ra n s fe r o f t h e s t a r t in g m a t e r ia ls
o f g lu c o n e o g e n e s is fr o m t h e m it o c h o n d r io n
to th e c y t o s o l. N o t e t h a t p h o s p h o e n o lp y ru v a te
(P E P ) c a n b e tra n s fe rre d fr o m t h e m it o c h o n d r io n
to th e c y t o s o l, a s c a n m a la t e . O x a lo a c e t a t e is n o t
tra n s p o rte d a c ro s s th e m it o c h o n d r ia l m e m b ra n e .

O x a lo a c e ta te is th e n c o n v e r te d to p h o sp h o e n o lp y r u v a te , le a d in g to th e r e st o f
th e ste p s o f g lu c o n e o g e n e s is ( F ig u r e 1 9 .2 8 ) .
G lu c o n e o g e n e sis h a s m a n y ste p s in c o m m o n w ith th e p r o d u c tio n o f g lu c o se
in p h o to sy n th e sis , b u t p h o to sy n th e sis a lso h a s m a n y r e a c tio n s in c o m m o n w ith
th e p e n to se p h o s p h a te p a th w a y. T h u s, n a tu r e h a s e v o lv e d c o m m o n str a te g ie s
to d e a l w ith c a r b o h y d r a te m e ta b o lism in a ll its a sp e c ts.

T h e C it r ic A c id C y c le in L ip id A n a b o lis m
c H o w is lip id a n a b o lis m r e la t e d t o t h e c it r ic a c id c y c le ?
T h e s t a r t in g p o in t o f lip id a n a b o lis m is a c e t y l-C o A . T h e a n a b o lic r e a c t io n s o f
lip id m e ta b o lism , lik e th o se o f c a r b o h y d r a te m e ta b o lism , ta k e p la c e in th e c y -
to so l; th e se r e a c tio n s a r e c a ta ly z e d b y so lu b le e n z y m e s th a t a r e n o t b o u n d to
m e m b r a n e s . A c e t y l-C o A is m a in ly p r o d u c e d in m it o c h o n d r ia , w h e t h e r f r o m
p y r u v a te o r fr o m th e b r e a k d o w n o f fa tty a c id s. A n in d ir e c t tr a n sfe r m e c h a -
n is m e x is t s f o r t r a n s f e r o f a c e t y l-C o A in w h ic h c it r a t e is t r a n s f e r r e d t o t h e c y -
t o s o l ( F ig u r e 1 9 .2 9 ) . C it r a t e r e a c t s w it h C o A -S H t o p r o d u c e c it r y l-C o A , w h ic h
is t h e n c le a v e d t o y ie ld o x a lo a c e t a t e a n d a c e t y l-C o A . T h e e n z y m e t h a t c a t a -
ly z e s t h is r e a c t io n r e q u ir e s A T P a n d is c a lle d A T P -c it r a t e ly a s e . T h e o v e r a ll
r e a c tio n is

C itr a te 1 C o A -S H 1 A T P S A c e t y l-C o A 1 O x a lo a c e ta te 1 A D P 1 P i

A c e t y l-C o A is t h e s t a r t in g p o in t f o r lip id a n a b o lis m in b o t h p la n t s a n d a n im a ls . A n

im p o r t a n t s o u r c e o f a c e t y l-C o A is t h e c a t a b o lis m o f c a r b o h y d r a t e s . W e h a v e ju s t
se e n th a t a n im a ls c a n n o t c o n v e r t lip id s to c a r b o h y d r a te s, b u t th e y c a n c o n v e r t
6 0 2 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

C y to so l

In n e r m ito c h o n d r ia l
m e m b ra n e P y ru v a te

N A D P H
M ito c h o n d r io n

+
N A D P

F u m a ra te M a la te M a la te

+
S u c c in a te F a tty a c id s N A D
O x a lo a c e ta te
A c e ty l-
C o A A c e t y l-C o A N A D H
S u c c in y l-C o A C itr a te
A c e t y l-C o A
C o A -S H O x a lo a c e ta te
-K e t o g lu t a r a t e Iso c itr a te
C itr a te A T P -c it r a t e
A D P
F ig u r e 1 9 .2 9 T r a n s fe r o f t h e s t a r t in g m a te r ia ls ly a se
A T P + P
o f lip id a n a b o lis m fro m t h e m it o c h o n d r io n t o th e
c y t o s o l. It is n o t d e fin it e ly e s t a b lis h e d w h e th e r
a c e t y l-C o A is t r a n s p o rte d fr o m t h e m it o c h o n d r io n
to t h e c y t o s o l.

c a r b o h y d r a te s to lip id s. T h e e ffic ie n c y o f th e c o n v e r sio n o f c a r b o h y d r a te s to

lip id s in a n im a ls is a so u r c e o f c o n sid e r a b le c h a g r in to m a n y h u m a n s. S e e
B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S 19 D .

19 D B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S ● N u t r it io n
W h y Is It S o H a r d t o L o s e W e ig h t ?

O n e o f th e g r e a t tr a g e d ie s a b o u t b e in g h u m a n is th a t it is fa r
to o e a sy to g a in w e ig h t a n d fa r to o d iffic u lt to lo se it. If w e h a d
to a n a ly z e th e sp e c ific c h e m ic a l r e a c tio n s th a t m a k e th is a r e a lity,
th e y w e r e .) T h is le a d s to a n im b a la n c e in th e c a ta b o lic p a th w a y s
v e r su s th e a n a b o lic p a th w a y s.
w e w o u ld lo o k v e r y c a r e fu lly a t th e c itr ic a c id c y c le , e sp e c ia lly th e
d e c a r b o x y la tio n r e a c tio n s.
A s e v e r y b o d y k n o w s, a ll fo o d in e x c e ss c a n b e sto r e d a s fa t. T h is
is tr u e fo r c a r b o h y d r a te s, p r o te in s, a n d , o f c o u r se , fa ts. In a d d itio n ,
th e se m o le c u le s c a n b e in te r c o n v e r te d , w ith th e e x c e p tio n th a t fa ts
c a n n o t g iv e a n e t y ie ld o f c a r b o h y d r a t e s , a s w e s a w in S e c t io n 1 9 -6 .
W h y c a n fa ts n o t y ie ld c a r b o h y d r a te s? T h e r e a l a n sw e r lie s in th e
fa c t th a t th e o n ly w a y a fa t m o le c u le w o u ld h a v e to m a k e g lu c o se
w o u ld b e t o e n t e r t h e c it r ic a c id c y c le a s a c e t y l-C o A a n d t h e n t o b e
d r a w n o ff a s o x a lo a c e ta te fo r g lu c o n e o g e n e sis. U n fo r tu n a te ly, th e
tw o c a r b o n s th a t e n te r a r e e ffe c tiv e ly lo st b y th e d e c a r b o x y la tio n s.
( W e h a v e a lr e a d y se e n th a t, in o n e r o u n d o f th e c itr ic a c id c y c le , it
is n ’t r e a lly th e s e s a m e tw o c a r b o n s th a t a r e lo s t; n e v e r th e le s s , a tw o -
c a r b o n lo s s is a t w o -c a r b o n lo s s , r e g a r d le s s o f w h ic h t w o c a r b o n s
A ll r o a d s le a d to fa t, b u t fa t c a n n o t le a d b a c k to c a r b o h y -
d r a te . H u m a n s a r e v e r y se n sitiv e to g lu c o se le v e ls in th e b lo o d
b e c a u se so m u c h o f o u r m e ta b o lism is g e a r e d to w a r d p r o te c tin g
o u r b r a in c e lls, w h ic h p r e fe r g lu c o se a s a fu e l. If w e e a t m o r e
c a r b o h y d r a te s th a n w e n e e d , th e e x c e ss c a r b o h y d r a te s tu r n to
fa t. A s w e k n o w , it is v e r y e a sy to p u t o n fa t, e sp e c ia lly a s w e a g e .
W h a t a b o u t th e r e v e r s e ? W h y d o n ’t w e ju s t s to p e a tin g ? W o n ’t
th a t r e v e r se th e p r o c e ss? T h e a n sw e r is y e s a n d n o . W h e n w e sta r t
e a tin g le ss, fa t sto r e s a r e m o b iliz e d fo r e n e r g y. F a t is a n e x c e lle n t
s o u r c e o f e n e r g y b e c a u s e it f o r m s a c e t y l-C o A a n d g iv e s a s t e a d y
in flu x fo r th e c itr ic a c id c y c le . T h u s, w e c a n lo se so m e w e ig h t
b y r e d u c in g o u r c a lo r ic in ta k e . U n fo r tu n a te ly, o u r b lo o d su g a r
a ls o d r o p s a s s o o n a s o u r g ly c o g e n s to r e s r u n o u t. W e d o n ’t h a v e
v e r y m u c h sto r e d g ly c o g e n th a t c o u ld m a in ta in o u r b lo o d g lu -
c o se le v e ls.

C o n t in u e d o n n e x t p a g e
 19 -8 T h e C it r ic A c id C y c le in A n a b o lis m 6 0 3

A fte r th e b lo o d g lu c o se d r o p s, w e b e c o m e d e p r e sse d , slu g g ish ,

a n d ir r ita b le . W e sta r t h a v in g n e g a tiv e th o u g h ts lik e , “ T h is d ie t-
in g th in g is r e a lly s tu p id . I s h o u ld e a t a p in t o f ic e c r e a m .” I f w e
c o n tin u e th e d ie t, a n d g iv e n th a t w e c a n n o t tu r n fa ts in to c a r b o h y -
d r a te s, w h e r e d o e s th e b lo o d g lu c o se c o m e fr o m ? O n ly o n e so u r c e
r e m a in s: p r o te in s. P r o te in s a r e d e g r a d e d to a m in o a c id s, a n d th e y
a r e e v e n tu a lly c o n v e r te d to p y r u v a te fo r g lu c o n e o g e n e sis. T h u s, w e
b e g in to lo se m u sc le a s w e ll a s fa t.
T h e r e is a b r ig h t sid e to a ll o f th is, h o w e v e r. U sin g o u r k n o w l-
e d g e o f b io c h e m istr y, w e c a n se e th a t th e r e is a b e tte r w a y to lo se
w e ig h t th a n d ie tin g — e x e r c ise ! If y o u e x e r c ise c o r r e c tly, y o u c a n
t r a in y o u r b o d y t o u s e f a t s t o s u p p ly a c e t y l-C o A f o r t h e c it r ic a c id
c y c le ( F ig u r e 1 9 .3 0 ) . I f y o u m a in ta in a n o r m a l d ie t, y o u m a in -
ta in y o u r b lo o d g lu c o se a n d d o n o t d e g r a d e p r o te in s fo r th a t
p u r p o se ; y o u r in g e ste d c a r b o h y d r a te s a r e su ffic ie n t to m a in ta in
b lo o d g lu c o se a n d c a r b o h y d r a te sto r e s. W ith th e p r o p e r b a la n c e

BlueMoon Stock/Alamy Stock Photo

o f e x e r c ise to fo o d in ta k e , a n d th e p r o p e r b a la n c e o f th e r ig h t
ty p e s o f n u tr ie n ts, w e c a n in c r e a se th e b r e a k d o w n o f fa t w ith o u t
sa c r ific in g o u r c a r b o h y d r a te sto r e s o r o u r p r o te in s. In e sse n c e , it
is e a sie r a n d h e a lth ie r to tr a in o ff th e w e ig h t th a n to d ie t o ff th e
w e ig h t. T h is h a s b e e n k n o w n fo r a lo n g tim e . N o w w e a r e in a p o -
sitio n to se e w h y it is b io c h e m ic a lly so . ◗

F ig u r e 1 9 .3 0 R e g u la r e x e r c is e a n d a p r o p e r
d ie t k e e p fa t fr o m a c c u m u la t in g .

O x a lo a c e ta te c a n b e r e d u c e d to m a la te b y th e r e v e r se o f a r e a c tio n w e sa w in
th e la st se c tio n in th e c o n te x t o f c a r b o h y d r a te a n a b o lism .
O x a lo a c e ta te 1 N A D H 1 H 1
S M a la te 1 N A D 1

M a la t e c a n m o v e in to a n d o u t o f m ito c h o n d r ia b y a c tiv e tr a n s p o r t p r o -
c e sse s , a n d th e m a la te p r o d u c e d in th is r e a c ti o n c a n b e u s e d a g a in in th e
c itr ic a c id c y c le . H o w e v e r, m a la te n e e d n o t b e tr a n sp o r te d b a c k in t o m ito -
c h o n d r ia b u t c a n b e o x id a ti v e ly d e c a r b o x y la te d to p y r u v a te b y m a lic en zy m e,
w h ic h r e q u ir e s N A D P 1 .
M a la te 1 N A D P 1
S P y r u v a te 1 C O 2 1 N A D P H 1 H 1

T h e se la st tw o r e a c tio n s a r e a r e d u c tio n r e a c tio n fo llo w e d b y a n o x id a tio n ;

th e r e is n o n et o x id a tio n . T h e r e is, h o w e v e r , a su b stitu tio n o f N A D P H fo r N A D H .
T h is la st p o in t is im p o r ta n t b e c a u se m a n y o f th e e n z y m e s o f fa tty a c id sy n -
th e s is r e q u ir e N A D P H . T h e p e n to se p h o sp h a te p a th w a y ( S e c tio n 1 8 -4 ) is t h e
p r in c ip a l so u r c e o f N A D P H in m o s t o r g a n i sm s, b u t h e r e w e h a v e a n o th e r
so u r c e ( F ig u r e 1 9 .3 1 ) .

O M a la te O H
– d e h y d ro g e n a se – – +
–
O O C C H 2 C C O O + N A D H + H +
O O C C H 2 C H C O O + N A D
O x a lo a c e ta te M a la te
O H M a lic O
– – + e n z y m e –
O O C C H 2 C H C O O + N A D P C H 3 C C O O + C O 2 + N A D P H + H +

M a la te P y r u v a te

F ig u r e 1 9 .3 1 R e a c t io n s in v o lv in g c it r ic a c id c y c le in t e r m e d ia t e s t h a t p r o d u c e N A D P H fo r
f a t t y a c id a n a b o lis m . N o t e t h a t t h e s e r e a c t io n s t a k e p la c e in t h e c y t o s o l.
6 0 4 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

T h e tw o w a y s o f p r o d u c in g N A D P H c le a r ly in d ic a te th a t a ll m e ta b o lic
p a th w a y s a r e r e l a te d . T h e e x c h a n g e r e a c tio n s in v o lv in g m a la t e a n d c itr y l-
C o A c o n stit u te a c o n tr o l m e c h a n ism in lip id a n a b o lism , w h ile th e p e n to se
p h o sp h a te p a th w a y is p a r t o f c a r b o h y d r a te m e ta b o lism . B o th c a r b o h y d r a te s
a n d lip id s a r e im p o r ta n t e n e r g y so u r c e s in m a n y o r g a n ism s, p a r tic u la r ly
a n im a l s.

A m in o A c id s a n d t h e C it r ic A c id C y c le
c H o w is a m in o a c id m e t a b o lis m r e la t e d t o t h e c it r ic a c id c y c le ?
T h e a n a b o lic r e a c tio n s th a t p r o d u c e a m in o a c id s h a v e , a s a sta r tin g p o in t, th e
in te r m e d ia te s o f th e c itr ic a c id c y c le th a t c a n c r o ss th e m ito c h o n d r ia l m e m -
b r a n e in to th e c y to so l. W e h a v e a lr e a d y se e n th a t m a la te c a n c r o ss th e m ito -
c h o n d r ia l m e m b r a n e a n d g iv e r ise to o x a lo a c e ta te in th e c y to so l. O x a lo a c e ta te
c a n u n d e r g o a tr a n sa m in a tio n r e a c tio n to p r o d u c e a sp a r ta te , a n d a sp a r ta te , in
tu r n , c a n u n d e r g o fu r th e r r e a c tio n s to fo r m n o t o n ly a m in o a c id s b u t a lso o th e r
n it r o g e n -c o n t a in in g m e t a b o lit e s , s u c h a s p y r im id in e s . S im ila r ly , is o c it r a t e c a n
c r o s s t h e m it o c h o n d r ia l m e m b r a n e a n d p r o d u c e -k e t o g lu t a r a t e in t h e c y t o s o l.
G lu ta m a te a r ise s fr o m -k e t o g lu t a r a t e a s a r e s u lt o f a n o t h e r t r a n s a m in a t io n r e -
a c tio n , a n d g lu ta m a te u n d e r g o e s fu r th e r r e a c tio n s to fo r m still m o r e a m in o a c -
id s . S u c c in y l-C o A g iv e s r is e n o t t o a m in o a c id s b u t t o t h e p o r p h y r in r in g o f t h e
h e m e g r o u p . A n o th e r d iffe r e n c e is th a t th e fir st r e a c tio n o f h e m e b io sy n th e sis,
t h e c o n d e n s a t io n o f s u c c in y l-C o A a n d g ly c in e t o f o r m -a m in o le v u lin ic a c id ,
ta k e s p la c e in th e m ito c h o n d r ia l m a tr ix , w h ile th e r e m a in d e r o f th e p a th w a y
o c c u r s in th e c y to so l.
T h e o v e r a ll o u tlin e o f a n a b o lic r e a c tio n s is s h o w n in F ig u r e 1 9 .3 2 . W e u s e d
th e s a m e ty p e o f d ia g r a m in F ig u r e 1 9 .2 3 to s h o w th e o v e r a ll o u tlin e o f c a ta b o -
lism . T h e sim ila r ity o f th e tw o sc h e m a tic d ia g r a m s p o in ts o u t th a t c a ta b o lism
a n d a n a b o lism , w h ile n o t e x a c tly th e sa m e , a r e c lo se ly r e la te d . T h e o p e r a tio n o f
a n y m e ta b o lic p a th w a y, a n a b o lic o r c a ta b o lic , c a n b e “ sp e e d e d u p ” o r “ slo w e d
d o w n ” in r e sp o n se to th e n e e d s o f a n o r g a n ism b y c o n tr o l m e c h a n ism s, su c h a s
fe e d b a c k c o n tr o l. R e g u la tio n o f m e ta b o lism ta k e s p la c e in sim ila r w a y s in m a n y
d iffe r e n t p a th w a y s.

19 -9 T h e L in k t o O x y g e n
T h e c itr ic a c id c y c le is c o n sid e r e d p a r t o f a e r o b ic m e ta b o lism , b u t w e h a v e n o t
e n c o u n te r e d a n y r e a c tio n s in th is c h a p te r in w h ic h o x y g e n ta k e s p a r t. T h e r e -
a c tio n s o f th e c itr ic a c id c y c le a r e in tim a te ly r e la te d to th o se o f e le c tr o n tr a n s-
p o r t a n d o x id a tiv e p h o sp h o r y la tio n , w h ic h d o e v e n tu a lly le a d to o x y g e n . T h e
c itr ic a c id c y c le p r o v id e s a v ita l lin k b e tw e e n th e c h e m ic a l e n e r g y o f n u tr ie n ts
a n d th e c h e m ic a l e n e r g y o f A T P . M a n y m o le c u le s o f A T P c a n b e g e n e r a te d a s a
r e su lt o f c o u p lin g to o x y g e n , a n d w e sh a ll se e th a t th e n u m b e r d e p e n d s o n th e
N A D H a n d F A D H 2 g e n e r a te d in th e c itr ic a c id c y c le .
R e c a ll th e c la ssic e q u a tio n fo r th e a e r o b ic o x id a tio n o f g lu c o se :

G lu c o se 1 6 O 2 S 6 H 2 O 1 6 C O 2

W e h a v e se e n th e m e ta b o lism o f g lu c o se th r o u g h g ly c o ly sis. N o w w e se e w h e r e
th e C O 2 c o m e s fr o m — n a m e ly, th e th r e e d e c a r b o x y la tio n r e a c tio n s a sso c ia te d
w ith th e c itr ic a c id c y c le . In th e n e x t c h a p te r, w e w ill se e w h e r e th e w a te r a n d
o x y g e n c o m e fr o m .
 S u m m a ry 6 0 5

L y sin e , v a lin e , G ly c in e , se r in e ,
a n d iso le u c in e a n d c y ste in e
A la n in e
C a rb o h y d ra te s

T A
G lu c o n e o g e n e sis
P y ru v a te
F a tty a c id s
a n d ste r o id s L e u c in e
P E P a n d ly sin e

P y ru v a te

P E P A c e t y l-C o A
P h e n y la la n in e ,
tr y p to p h a n ,
C O O A A
a n d ty r o sin e 2
A c e t y l-C o A
O x a lo a c e ta te A sp
A sp a rta te
T A C itr a te
T A
O x a lo a c e ta te C itr a te
N A D H a n d F A D H 2
( re d u c in g p o w e r
fo r a e r o b ic Iso c itr a te Iso c itr a te
M a la te M a la te
A sp a r ta te p ro d u c tio n
o f A T P ) -K e t o g lu t a r a t e -K e t o g lu t a r a t e
F u m a ra te
T A
S u c c in a te S u c c in y l-C o A T A
G lu
P y r im id in e s, ly sin e , A L A
G lu ta m a te
th r e o n in e , m e th io n in e ,
iso le u c in e , a n d a sp a r a g in e

A L A
C y to so l
P r o lin e , a r g in in e ,
a n d g lu ta m in e
M ito c h o n d r io n In n e r m ito c h o n d r ia l
m e m b ra n e
P o r p h y r in s

F ig u r e 1 9 .3 2 A s u m m a r y o f a n a b o lis m , s h o w in g t h e c e n t r a l r o le o f t h e c it r ic a c id c y c le . N o t e
t h a t t h e r e a r e p a t h w a y s fo r t h e b io s y n t h e s is o f c a r b o h y d r a t e s , lip id s , a n d a m in o a c id s . O A A is
o x a lo a c e t a t e , a n d A L A is - a m in o le v u lin ic a c id . S y m b o ls a r e a s s h o w n in F ig u r e 1 9 .2 3 .)

S U M M A R Y
T h e C e n t r a l R o le o f t h e C it r ic A c id C y c le in M e t a b o lis m ● S u c c in a te d e h y d r o g e n a se , th e so le e x c e p tio n , is lo c a liz e d
● T h e c itr ic a c id c y c le is a lso k n o w n a s th e K r e b s c y c le o r in th e in n e r m ito c h o n d r ia l m e m b r a n e .
tr ic a r b o x y lic a c id c y c le . O v e r v ie w o f R e a c t io n s in t h e C it r ic A c id C y c le
● T h e c itr ic a c id c y c le p la y s a c e n tr a l r o le in m e ta b o lism . ● P y r u v a te p r o d u c e d b y g ly c o ly sis is tr a n sfo r m e d b y o x id a -
● It is th e fir st p a r t o f a e r o b ic m e ta b o lism ; it is a lso a m p h i- t iv e d e c a r b o x y la t io n in t o a c e t y l-C o A in t h e p r e s e n c e o f
b o lic ( b o th c a ta b o lic a n d a n a b o lic ) . c o e n z y m e A .
M it o c h o n d r ia l S t r u c t u re ● A c e t y l-C o A t h e n e n t e r s t h e c it r ic a c id c y c le b y r e a c t in g
● U n lik e g ly c o ly sis, w h ic h ta k e s p la c e in th e c y to so l, th e c it- w ith o x a lo a c e ta te to p r o d u c e c itr a te .
r ic a c id c y cle o c c u r s in m ito c h o n d r ia . ● T h e r e a c tio n s o f th e c itr ic a c id c y c le in c lu d e tw o o th e r o x id a -
● M o st o f th e e n z y m e s o f th e c itr ic a c id c y c le a r e in th e m i- t iv e d e c a r b o x y la t io n s , w h ic h t r a n s f o r m t h e s ix -c a r b o n c o m -
to c h o n d r ia l m a tr ix . p o u n d c it r a t e in t o t h e f o u r -c a r b o n c o m p o u n d s u c c in a t e .
 6 0 6 C H A P T E R 19 T h e C it r ic A c id C y c le

● T h e c y c le is c o m p le te d b y r e g e n e r a tio n o f o x a lo a c e ta te ● T h e tw o o x id a tiv e d e c a r b o x y la tio n s o f th e c itr ic a c id c y c le

fr o m su c c in a te in a m u ltiste p p r o c e ss th a t in c lu d e s tw o a r e b y p a sse d .
o th e r o x id a tio n r e a c tio n s. ● T h is p a th w a y p la y s a r o le in th e a b ility o f p la n ts to c o n v e r t
● T h e o v e r a ll r e a c tio n , sta r tin g w ith p y r u v a te , is a c e t y l-C o A t o c a r b o h y d r a t e s , a p r o c e s s t h a t d o e s n o t o c -
P y r u v a te 1 4 N A D 1 1 F A D 1 G D P 1 P i 1 2 H 2O S c u r in a n im a ls.
3 C O 2 1 4 N A D H 1 F A D H 2 1 G T P 1 4 H 1 ● L ik e a g ia n t tr a ffic c ir c le o f life , th e c itr ic a c id c y c le h a s
m a n y r o u te s e n te r in g it.
● N A D 1 a n d F A D a r e th e e le c tr o n a c c e p to r s in th e o x id a - ● M a n y m e m b e r s o f th e th r e e b a s ic n u tr ie n t ty p e s —
tio n r e a c tio n s. p r o te in s, fa ts, a n d c a r b o h y d r a te s— a r e m e ta b o liz e d to
● T h e c y c le is str o n g ly e x e r g o n ic . sm a lle r m o le c u le s th a t c a n c r o ss th e m ito c h o n d r ia l m e m -
H o w P y r u v a t e is C o n v e r t e d t o A c e t y l-C o A b r a n e a n d e n te r th e c itr ic a c id c y c le a s o n e o f th e in te r -
● P y r u v a te is p r o d u c e d b y g ly c o ly sis in th e c y to so l o f th e c e ll. m e d ia te m o le c u le s.
● T h e c itr ic a c id c y c le ta k e s p la c e in th e m a tr ix o f th e m ito - ● In th is w a y, th e c y c le a llo w s u s to g e t e n e r g y fr o m th e fo o d
c h o n d r ia , so th e p y r u v a te m u st fir st p a ss th r o u g h a tr a n s- w e e a t.
p o r te r in to th is o r g a n e lle . ● C a r b o h y d r a te s a n d m a n y a m in o a c id s c a n e n te r th e c y c le
● T h e r e , p y r u v a te w ill fin d p y r u v a te d e h y d r o g e n a se , a la r g e , e it h e r a s p y r u v a t e o r a s a c e t y l-C o A .
m u ltisu b u n it p r o te in m a d e u p o f th r e e e n z y m e s in v o lv e d ● L ip id s e n t e r a s a c e t y l-C o A .
in t h e p r o d u c t io n o f a c e t y l-C o A p lu s t w o e n z y m e a c tiv itie s ● B e c a u se o f th e tr a n sa m in a tio n r e a c tio n p o ssib le w ith g lu -
in v o lv e d in c o n tr o l o f th e e n z y m e s. t a m a t e a n d -k e t o g lu t a r a t e , a lm o s t a n y a m in o a c id c a n b e
● T h e r e a c tio n r e q u ir e s se v e r a l c o fa c to r s, in c lu d in g F A D , t r a n s a m in a t e d t o g lu t a m a t e , p r o d u c in g -k e t o g lu t a r a t e
lip o ic a c id , a n d T P P . th a t c a n e n te r th e c y c le .
● S e v e r a l o th e r p a th w a y s le a d to a m in o a c id s e n te r in g th e
T h e In d iv id u a l R e a c t io n s o f t h e C it r ic A c id C y c le p a th w a y a s su c c in a te , fu m a r a te , o r m a la te .
● A c e t y l-C o A c o n d e n s e s w it h o x a lo a c e t a t e t o g iv e c it r a t e , a ● A lth o u g h th e c itr ic a c id c y c le ta k e s p la c e in m ito c h o n -
s ix -c a r b o n c o m p o u n d . d r ia , m a n y a n a b o lic r e a c tio n s ta k e p la c e in th e c y to so l.
● C itr a te iso m e r iz e s to iso c itr a te , w h ic h th e n u n d e r g o e s ● O x a lo a c e ta te , th e sta r tin g m a te r ia l fo r g lu c o n e o g e n e sis,
a n o x id a tiv e d e c a r b o x y la tio n to -k e t o g lu t a r a t e , a f iv e - is a c o m p o n e n t o f th e c itr ic a c id c y c le .
c a r b o n c o m p o u n d . ● M a la te , b u t n o t o x a lo a c e ta te , c a n b e tr a n sp o r te d a c r o ss
● T h is th e n u n d e r g o e s a n o th e r o x id a tiv e d e c a r b o x y la tio n th e m ito c h o n d r ia l m e m b r a n e .
p r o d u c in g s u c c in y l-C o A , a f o u r -c a r b o n c o m p o u n d . ● A fte r m a la te fr o m m ito c h o n d r ia is c a r r ie d to th e c y to so l,
● T h e tw o d e c a r b o x y la tio n ste p s a lso p r o d u c e N A D H . it c a n b e c o n v e r te d to o x a lo a c e ta te b y m a la te d e h y d r o g e -
● S u c c in y l-C o A is c o n v e r t e d t o s u c c in a t e w it h t h e c o n c o m i- n a se , a n e n z y m e th a t r e q u ir e s N A D 1 .
ta n t p r o d u c tio n o f G T P . ● M a la te , w h ic h c r o sse s th e m ito c h o n d r ia l m e m b r a n e , p la y s
● S u c c in a te is o x id iz e d to fu m a r a te , a n d F A D H 2 is p r o d u c e d . a r o le in lip id a n a b o lism , in a r e a c tio n in w h ic h m a la te is
● F u m a r a te is c o n v e r te d to m a la te , w h ic h is th e n o x id iz e d o x id a tiv e ly d e c a r b o x y la te d to p y r u v a te b y a n e n z y m e th a t
to o x a lo a c e ta te w h ile a n o th e r N A D H is p r o d u c e d . r e q u ir e s N A D P 1 , p r o d u c in g N A D P H .
E n e r g e t ic s a n d C o n t r o l o f t h e C it r ic A c id C y c le T h e G ly o x y la t e C y c le : A R e la t e d P a t h w a y
● T h e o v e r a ll p a th w a y h a s a D G ° ’ o f 2 7 7 .7 k J m o l2 1. ● Iso c itr a te ly a se a n d m a la te sy n th a se a r e th e tw o e n z y m e s
● D u r in g th e c o u r se o f th e c y c le , sta r tin g fr o m p y r u v a te , in p la n ts a n d b a c te r ia th a t a llo w th e m to c o n v e r t fa tty a c -
fo u r N A D H m o le c u le s a n d o n e F A D H 2 a r e p r o d u c e d . id s to g lu c o se .
● B e tw e e n th e G T P fo r m e d d ir e c tly a n d th e r e o x id a tio n o f ● T h e se e n z y m e s a r e n o t p r e se n t in a n im a ls.
th e r e d u c e d e le c tr o n c a r r ie r s b y th e e le c tr o n tr a n sp o r t ● T h is p a th w a y is sig n ific a n t in c o n v e r tin g fa tty a c id s sto r e d
c h a in , th e c itr ic a c id c y c le p r o d u c e s 2 5 A T P . in se e d s to c a r b o h y d r a te s d u r in g g e r m in a tio n .
● C o n tr o l o f th e c itr ic a c id c y c le is e x e r c ise d a t th r e e p o in ts.
T h e C it r ic A c id C y c le in C a t a b o lis m
P re -C y c le R e g u la t io n ● P r o te in s, c a r b o h y d r a te s, a n d tr ia c y g ly c e r o ls c a n b e b r o -
● T h e p y r u v a te d e h y d r o g e n a se r e a c tio n is a c o n tr o l p o in t k e n d o w n in to a m in o a c id s, su g a r m o n o m e r s, a n d a c e ty l-
b e fo r e th e c y c le , th e r e a c tio n in w h ic h p y r u v a te p r o d u c e s C o A r e sp e c tiv e ly ; m o le c u le s th a t c a n a ll e n te r in to th e
a c e t y l-C o A . c itr ic a c id c y c le .
R e g u la t o r y E n z y m e s t h a t C o n t r o l t h e C it r ic A c id C y c le T h e R o le o f P y r u v a t e a n d A c e t y l-C o A t o A n im a ls a n d
● W ith in th e c itr ic a c id c y c le , th e th r e e c o n tr o l p o in ts a r e th e P la n t s
r e a c tio n s c a ta ly z e d b y c itr a te sy n th a se , iso c itr a te d e h y d r o - ● P y r u v a t e c a n n o t b e p r o d u c e d f r o m a c e t y l-C o A in a n im a ls.
g e n a s e , a n d t h e -k e t o g lu t a r a t e d e h y d r o g e n a s e c o m p le x . ● A n im a ls r e q u ir e c a r b o h y d r a te s to o b ta in p y r u v a te , w h ic h
● In g e n e r a l, A T P a n d N A D H a r e in h ib ito r s, a n d A D P a n d c a n th e n e n te r in to th e c itr ic a c id c y c le .
N A D 1 a r e a c tiv a to r s o f th e e n z y m e s a t th e c o n tr o l p o in ts. ● P la n ts c a n p r o d u c e a c e ty l-C o A fr o m fa tty a c id s a n d
● In p la n ts a n d b a c te r ia , th e r e is a p a th w a y r e la te d to th e d o n o t n e e d c a r b o h y d r a te s fo r th e c itr ic a c id c y c le to
c itr ic a c id c y c le : th e g ly o x y la te c y c le . fu n c tio n .
 R e v ie w E x e r c is e s 6 0 7

T h e C it r ic A c id C y c le in L ip id A n a b o lis m ● H o w e v e r, th e o x y g e n in th e e q u a tio n d o e s n o t a p p e a r u n -
● T h e m a la te r e a c tio n is a n im p o r ta n t so u r c e o f N A D P H til th e la st ste p o f th e e le c tr o n tr a n sp o r t c h a in .
fo r lip id a n a b o lism , w ith th e p e n to se p h o sp h a te p a th w a y ● If in su ffic ie n t o x y g e n is a v a ila b le , th e e le c tr o n tr a n sp o r t
th e o n ly o th e r so u r c e . c h a in w ill n o t b e a b le to p r o c e s s th e r e d u c e d e le c tr o n c a r r i-
e r s fr o m th e T C A c y c le , a n d it w ill h a v e to s lo w d o w n a s w e ll.
A m in o A c id s a n d t h e C it r ic A c id C y c le ● C o n tin u e d a c tiv ity u n d e r th e se c ir c u m sta n c e s w ill c a u se
● M o st o f th e in te r m e d ia te s h a v e a n a b o lic p a th w a y s le a d in g th e p y r u v a te p r o d u c e d b y g ly c o ly sis to b e p r o c e sse d a n -
to a m in o a c id s a n d fa tty a c id s, a s w e ll a s so m e th a t le a d to a e r o b ic a lly to la c ta te .
p o r p h y r in s o r p y r im id in e s.
● G ly c o ly sis a n d th e c itr ic a c id c y c le a c c o u n t fo r so m e o f T h e L in k t o O x y g e n
th e o v e r a ll e q u a tio n fo r th e o x id a tio n o f g lu c o se : ● O x y g e n is in te g r a l to th e e le c tr o n tr a n sp o r t c h a in a n d
o x id a tiv e p h o sp h o r y la tio n , w h e r e a s c a r b o n d io x id e is sig -
C 6 H 1 2 O 6 1 O 2 S 6 C O 2 1 6 H 2 O
n ific a n t to th e c itr ic a c id c y c le .
● T h e g lu c o se is se e n in g ly c o ly sis. ● E n e rg y p ro d u c tio n in v o lv in g o x y g e n c o n s is ts o f a c o m b in a -
● T h e d e c a r b o x y la tio n ste p s o f th e c itr ic a c id c y c le a c c o u n t tio n o f th e th r e e r e a c tio n s lis te d in th e p r e v io u s b u lle t p o in t.
fo r th e C O 2.

R E V I E W E X E R C I S E S
1 9 -1 T h e C e n t r a l R o le o f t h e C it r ic A c id C y c le 1 6 . R E C A L L W h a t d o e s it m e a n w h e n a n e n z y m e h a s th e n a m e sy n th a se?
i n  M e t a b o l i s m 1 7 . B IO C H E M IC A L C O N N E C T IO N S W h a t is flu o r o a c e ta te ? W h y is it
1 . R E C A L L W h ic h p a th w a y s a r e in v o lv e d in th e a n a e r o b ic m e ta b o lism u se d ?
o f g lu c o se ? W h ic h p a t h w a y s a r e in v o lv e d in th e a e r o b ic m e ta b o - 1 8 . R E C A L L W ith r e sp e c t to ste r e o c h e m istr y, w h a t is u n iq u e a b o u t th e
lism o f g lu c o se ? r e a c tio n c a ta ly z e d b y a c o n ita se ?
2 . R E C A L L H o w m a n y A T P s c a n b e p r o d u c e d fr o m o n e m o le c u le o f 1 9 . R E C A L L In w h ic h ste p s o f th e a e r o b ic p r o c e ssin g o f p y r u v a te is
g lu c o se a n a e r o b ic a lly ? A e r o b ic a lly ? C O 2 p ro d u c e d ?
3 . R E C A L L W h a t a r e th e d if fe r e n t n a m e s u se d to d e sc r ib e th e p a th - 2 0 . R E C A L L In w h ic h ste p s o f th e a e r o b ic p r o c e ssin g o f p y r u v a te a r e
w a y d isc u sse d in th is c h a p te r ? r e d u c e d e le c tr o n c a r r ie r s p r o d u c e d ?
4 . R E C A L L W h a t is m e a n t b y th e sta te m e n t th a t a p a th w a y is 2 1 . R E C A L L W h a t ty p e o f r e a c tio n is c a ta ly z e d b y iso c itr a te d e h y d r o g e -
a m p h ib o lic ? n a s e a n d -k e t o g lu t a r a t e d e h y d r o g e n a s e ?
2 2 . R E C A L L W h a t a r e th e sim ila r itie s a n d d iffe r e n c e s b e tw e e n th e r e -
19 -2 T h e O v e r a ll P a t h w a y o f t h e C it r ic A c id C y c le a c tio n s c a ta ly z e d b y p y r u v a te d e h y d r o g e n a se a n d -k e t o g lu t a r a t e
5 . R E C A L L In w h a t p a rt o f th e c e ll d o e s th e c itr ic a c id c y c le ta k e p la c e ? d e h y d r o g e n a se ?
D o e s th is d iffe r fro m th e p a r t o f th e c e ll w h e r e g ly c o ly sis o c c u r s? 2 3 . R E C A L L W h a t d o e s it m e a n w h e n a n e n z y m e is c a lle d a sy n th e ta se ?
6 . R E C A L L H o w d o e s p y r u v a te fr o m g ly c o ly sis g e t to th e p y r u v a te d e - 2 4 . R E C A L L H o w d o e s s u b s t r a t e -le v e l p h o s p h o r y la t io n d if f e r f r o m
h y d ro g e n a se c o m p le x ? p h o sp h o r y la tio n lin k e d to th e e le c tr o n tr a n sp o r t c h a in ?
7 . R E C A L L W h a t e le c tr o n a c c e p to r s p la y a r o le in th e c itr ic a c id c y c le ? 2 5 . R E C A L L G iv e a n e x a m p le o f s u b s t r a t e -le v e l p h o s p h o r y la t io n in a
8 . R E C A L L W h a t th r e e m o le c u le s p r o d u c e d d u r in g th e c itr ic a c id p a th w a y o th e r th a n th e c itr ic a c id c y c le .
c y c le a r e a n in d ir e c t o r d ir e c t s o u r c e o f h ig h -e n e r g y c o m p o u n d s ? 2 6 . R E C A L L W h y c a n w e sa y th a t p r o d u c tio n o f a G T P is e q u iv a le n t to
p r o d u c tio n o f a n A T P ?
1 9 -3 H o w P y r u v a t e Is C o n v e r t e d t o A c e t y l-C o A
2 7 . R E C A L L W h a t a r e th e m a jo r d iffe r e n c e s b e tw e e n th e o x id a tio n s in
9 . R E C A L L H o w m a n y e n z y m e s a r e in v o lv e d in m a m m a lia n p y r u v a te th e c itr ic a c id c y c le th a t u se N A D 1 a s a n e le c tr o n a c c e p to r a n d th e
d e h y d r o g e n a se ? W h a t a r e th e ir fu n c tio n s? o n e th a t u se s F A D ?
1 0 . R E C A L L B r ie fly d e sc r ib e th e d u a l r o le o f lip o ic a c id in th e p y ru v a te 2 8 . R E C A L L A T P is a c o m p e titiv e in h ib ito r o f N A D H b in d in g to m a la te
d e h y d r o g e n a se c o m p le x . d e h y d r o g e n a se , a s a r e A D P a n d A M P . S u g g e st a str u c tu r a l b a sis fo r
1 1 . R E C A L L W h a t is th e a d v a n ta g e to th e o r g a n iz a tio n o f th e P D H th is in h ib itio n .
c o m p le x ? 2 9 . R E C A L L Is th e c o n v e r sio n o f fu m a r a te to m a la te a r e d o x ( e le c tr o n
1 2 . R E C A L L In th e P D H r e a c tio n a lo n e , w e c a n se e c o fa c to rs th a t tr a n sfe r ) r e a c tio n ? G iv e th e r e a so n fo r y o u r a n sw e r.
c o m e fr o m fo u r d iffe r e n t v ita m in s. W h a t a r e th e y ? 3 0 . R E F L E C T A N D A P P L Y W e h a v e se e n o n e o f th e fo u r p o ssib le iso -
1 3 . R E F L E C T A N D A P P L Y D r a w th e str u c tu r e s o f th e a c tiv a te d c a r b o n m e r s o f iso c itr a te , th e o n e p r o d u c e d in th e a c o n ita se r e a c tio n .
g r o u p s b o u n d to th ia m in e p y r o p h o sp h a te in th r e e e n z y m e s th a t D r a w th e c o n fig u r a tio n s o f th e o th e r th r e e .
c o n ta in th is c o e n z y m e . H in t: K e to – e n o l ta u to m e r ism m a y e n te r 3 1 . R E F L E C T A N D A P P L Y S h o w , b y L e w is e le c t r o n -d o t s t r u c t u r e s o f t h e
in to th e p ic tu r e . a p p r o p r ia te p o r tio n s o f th e m o le c u le , w h e r e e le c tr o n s a r e lo st in
1 4 . R E F L E C T A N D A P P L Y P r e p a r e a sk e tc h sh o w in g h o w th e in d iv id u a l th e fo llo w in g c o n v e r sio n s:
r e a c tio n s o f th e th r e e e n z y m e s o f th e p y r u v a te d e h y d r o g e n a se ( a ) P y r u v a t e t o a c e t y l-C o A
c o m p le x g iv e r ise to th e o v e r a ll r e a c tio n .
( b ) I s o c it r a t e t o -k e t o g lu t a r a t e
19 -4 T h e In d iv id u a l R e a c t io n s o f t h e C it r ic A c id C y c le ( c ) -K e t o g lu t a r a t e t o s u c c in y l-C o A
1 5 . R E C A L L W h y is th e r e a c tio n c a ta ly z e d b y c itr a te sy n th a se c o n sid - ( d ) S u c c in a te to fu m a r a te
e r e d a c o n d e n sa tio n r e a c tio n ? ( e ) M a la te to o x a lo a c e ta te