Pasos para actualizar la taxonomía del SNIB con la nueva versión de los CAT

1. entrega versión nueva de Catálogos. Avisa mediante correo electrónico y mediante

JIRA.
La ruta de entrega de los catálogos es: J:\USUARIOS\INTERCAMBIO\Catalogos
2. entrega tablas agrupadas con los nombres incluidos en el modelo estrella. Entregará dos
bases de datos: OtrosReinos y Plantas. Los registros que no tengan información, deberán
quedar “nulos”. Ambas bases deben incluir los mismos campos:

llaveagrupado
reinooriginal
divisionphylumoriginal
claseoriginal
ordenoriginal
familiaoriginal
generooriginal
autoraniogenerooriginal
subgenerooriginal
epitetoespecificooriginal
autoranioespecieoriginal
estatusespecieoriginal
catdiccespecieoriginal
categoriainfraespecieoriginal
epitetoinfraespecificooriginal
autoranioinfraespecieoriginal
estatusinfraespecieoriginal
catdiccinfraespecieoriginal
categoriainfraespecieoriginal2
epitetoinfraespecificooriginal2
autoranioinfraespecieoriginal2
catdiccinfraespecieoriginal2
grupo
reinocat
sistemaclasificacionreinocat
divisionphylumcat
sistemaclasificaciondivisionphylumcat
clasecat
sistemaclasificacionclasecat
ordencat
sistemaclasificacionordencat
sistemaclasificacionfamiliacat
familiacat

1
sistemaclasificaciongenerocat
autoraniogenerocat
estatusgenerocat
generocat
sistemaclasificacionsubgenerocat
autoraniosubgenerocat
estatussubgenerocat
subgenerocat
catdiccespeciecat
autoranioespeciecat
estatusespeciecat
epitetoespecificocat
categoriainfraespeciecat
epitetoinfraespecificocat
catdiccinfraespeciecat
autoranioinfraespeciecat
estatusinfraespeciecat
idnombrecat
comentarioscat
fuentecat
catalogocat
cattaxcat
reinocatvalido
sistemaclasificacionreinocatvalido
divisionphylumcatvalido
sistemaclasificaciondivisionphylumcatvalido
clasecatvalido
sistemaclasificacionclasecatvalido
ordencatvalido
sistemaclasificacionordencatvalido
sistemaclasificacionfamiliacatvalido
familiacatvalido
sistemaclasificaciongenerocatvalido
autoraniogenerocatvalido
estatusgenerocatvalido
generocatvalido
sistemaclasificacionsubgenerocatvalido
autoraniosubgenerocatvalido
estatussubgenerocatvalido
subgenerocatvalido
catdiccespeciecatvalido

2
autoranioespeciecatvalido
estatusespeciecatvalido
epitetoespecificocatvalido
categoriainfraespeciecatvalido
epitetoinfraespecificocatvalido
catdiccinfraespeciecatvalido
autoranioinfraespeciecatvalido
estatusinfraespeciecatvalido
idnombrecatvalido
comentarioscatvalido
fuentecatvalido
catalogocatvalido
cattaxcatvalido
Grupo_SCAT Commented [DH1]: Los campos en naranja son los que se
solicitó incluir en SNIB-997
Hibrido
ultimacategoriataxonomicaoriginal
NombreOriginal_limpio_SCAT
CategoriaCat_SCAT
NombreCat_SCAT
EstatusCat_SCAT
AutoridadCat_SCAT
CategoriaValidoCat_SCAT
NombreValidoCat_SCAT
EstatusValidoCat_SCAT
AutoridadValidoCat_SCAT
FechaEntrega_SCAT
Bitacora_SCAT
RefTax_IntermediaCat_SCAT
homonimosfamilia
homonimosgenero
homonimosespecie
homonimosinfraespecie
homonimosgenerocatvalido
homonimosespeciecatvalido
homonimosinfraespeciecatvalido
fuentevalidacionespecie
taxonfosil
ambientenombre
origenambientenombre
prioritarias
nivelprioridad

3
 estatusinvasora

3. utiliza herramienta “TransformaTablaNombre_Modificada” para generar versión

”plana” de los catálogos y usarla como insumo para actualizar la información del modelo
estrella. Dicha herramienta incluye taxonomía, sinonimia, categorías de riesgo, ambiente,
tipo de distribución, invasoras y nombre común. Commented [DH2]: Pendiente definir si se obtiene de los CAT y
cuáles se incluyen y en qué campo/tabla del modelo estrella
4. entrega una base de datos con dos tablas. integra información en SNIB como se
indica en la columna “acción ”:

TABLA Campos incluidos acción

Nombres_validados_compl LlaveNombre, Actualizar toda la información
etamente_con_CAT idnombrecat, taxonómica del modelo estrella con
comentarioscat, base en el IDCAT (campos cat y cat
ultimacategoriataxono válido, incluyendo los campos de
micaoriginal,
reciente adición).
NombreOriginal_limpi
Actualiza campo “comentarioscat”,
o_SCAT, Grupo,
“ultimacategoriataxonomicaoriginal” y
Bitacora_SCAT
“NombreOriginal_limpio_SCAT” con lo
entregado en esta tabla.
A partir del IdCAT del nombre válido,
incluye información de NOM-059,
IUCN, CITES, Prioritarias, Invasoras,
ambiente, endémicas, nombre común.
Nombres_con_vínculo_CAT Todos los de las tablas Actualizar toda la información del
agrupadas modelo estrella con base en la
(mencionados en llaveagrupado. En esta tabla se
punto 2) incluirán los nombres validados
completamente mediante vínculo y los
nombres validados mediante vínculo
(con taxonomía superior homologada).

NOTAS IMPORTANTES:

1. Antes de empezar la actualización, se deberá borrar el contenido de los campos catvalido

en aquellos registros validados al 100% mediante IdCAT.
2. Cuando los taxones de los campos cat se validan al 100% mediante idnombrecat y tienen
estatus sinónimo, es necesario que SI recupere toda la información de los campos válidos
mediante la relación de sinonimia de los catálogos.
3. Cuando los taxones de los campos cat validan al 100% (por idnombrecat o por otra fuente)
tienen estatus válido, es necesario que SI replique la información de los campos cat en los
campos “catvalido” (hacer espejo), con excepción del campo “comentarioscat” (el campo
comentarioscatvalido queda nulo.

4
4. Criterios para incluir información en los campos nuevos solicitados:

Campo Criterio para incluir información

Grupo_SCAT
Hibrido
ultimacategoriataxonomicaoriginal 100% o por vínculo)
NombreOriginal_limpio_SCAT
CategoriaCat_SCAT
NombreCat_SCAT
EstatusCat_SCAT
AutoridadCat_SCAT
CategoriaValidoCat_SCAT
NombreValidoCat_SCAT
EstatusValidoCat_SCAT
AutoridadValidoCat_SCAT
FechaEntrega_SCAT
Bitacora_SCAT
RefTax_IntermediaCat_SCAT
Se incluye en todas las tablas de entrega (al
100% o por vínculo)
Incluir marca cuando en el campo
“NombreOriginal_limpio_SCAT” haya “* x *”
Se incluye en todas las tablas de entrega (al
Se incluye en todas las tablas de entrega (al
100% o por vínculo)
Es la categoría del nombre que se logró
validar.
Nombre que se logró validar. Se incluye
monomio, binomio, trinomio o cuatrinomio
(según corresponda), con el nombre del
subgénero entre paréntesis.
Ejemplos:
Bivalvia
Pseudomonas chlororaphis
Anomala cincta polychalca Phanaeus
(Phanaeus) daphnis herbeus
Estatus del nombre que se logró validar.
Autoridad del nombre que se logró validar.
Es la categoría del nombre válido.
Nombre válido. Se incluye monomio, binomio,
trinomio o cuatrinomio (según corresponda),
con el nombre del subgénero entre
paréntesis.
Estatus del nombre válido.
Autoridad del nombre válido.
Se entregó en cada tabla de actualización
Solo Plantas que ya estaban en modelo
estrella quedarán vacíos.
Se obtiene del campo SistClasCatDicc del
campo idnombrecat. Únicamente para
aquellos registros que tengan en
comentarioscat: “La última categoría
taxonómica original corresponde a un/una
(nombre de la categoría intermedia).”

5. Después de haber hecho los cambios en el modelo estrella, entregar todos los registros
que no se modificaron con este procedimiento para que la SCAT haga una revisión final.
6. Una vez concluida la actualización de la taxonomía, será necesario borrar el contenido de
los campos de homonimia (cat y catvalido) antes de actualizar con la nueva versión. Se
deberán actualizar los campos de homonimia con la base de datos de Homonimia_2016-1

5
 proporcionada por la SCAT y cada vez que se entreguen correcciones debe volver a
actualizarse esta información.
7. Antes de que empiece a correr las consultas de revisión se debe considerar lo siguiente:
a. Los registros con estatus válido en el campo estatuscat y con dato en el campo
reinocat igual a: Plantae, Fungi, Protoctista o Prokaryotae debe cambiarse a
aceptado, esto aplica en todas las categorías taxonómicas. Considerar lo mismo
para los campos validos.
b. Homologar los sistemas de clasificación de acuerdo a la tabla
SistClascatDicc_Homologar que entrega SCAT.
c. Considerar la tabla Cambio de Reinos permitidos antes de correr la consulta
4_ReinoOriginalDifAReinoCat, así como, el comentario “Cambio de reino
permitido” en el capo comentarioscat.
d. Incluir el campo comentarioscat en la consulta
5_TaxonValidadoConDiferenteCategoria, y considerar los criterios para esta
consulta incluidos en el documento Modificaciones Consultas junio2016.docx,
que se encuentra adjunto en el SNIB-917 Refinar criterios de consultas de revisión
taxonomía.
e. El campo ultimacategoriataxonomicavalidada lo deberá actualizar
considerando: la última categoría taxonómica en campos cat donde exista dato,
en el caso de las infraespecies se deberá capturar la información que contenga el
campo categoriainfraespeciecat; es decir, forma, subespecie o variedad; para las
categorías intermedias, se deberá tomar en cuenta el comentario "La última
categoría taxonómica original corresponde a un/una ..." en el campo
comentarioscat; en este caso, se pondrá el nombre de la categoría taxonómica
que aparece en el comentario. P. ej. La última categoría taxonómica original
corresponde a una superfamilia, el dato superfamilia deberá capturarse en el
campo ultimacategoriataxonomicavalidada.
f.
8. Una vez concluida la actualización de la taxonomía y que las consultas de revisión ya no
detecten errores, actualizará la información de ambiente, nombres comunes, invasoras,
categorías de riesgo (NOM, IUCN, CITES y prioritarias) y endemismo a partir del
idnombrecatvalido (que no sea de vínculo) de los registros validados al 100% con CAT.
Aclaraciones:
a. Para incluir el dato de ambiente en el modelo estrella, obtenerlo a partir del
primer nivel del catálogo Tipo de ambiente (Dulceacuícola, Marino, Salobre,
Terrestre).
b. Algunas especies con estatus sinónimo tienen categorías de riesgo debido a
que en las listas oficiales se publicó tanto el nombre válido como el nombre
sinónimo. En estos casos, para la NOM-059 el acuerdo general es que se debe
incluir la categoría de riesgo mayor (esto se aclara en el campo Observaciones
de la tabla RelNombreCatalogo).

6
Elaboró documento: Diana Hernández-Robles

Primera versión: 31 de marzo de 2016

Última edición del documento: Dulce Parra. 29 de junio de 2016