Resumen

La vida celular está inmersa en un océano de virus. La virósfera forma la sombra de

este árbol de la vida basado en células: depende completamente del árbol para existir,
pero el árbol es igualmente incapaz de escapar de su compañero en constante
evolución. ¿Qué papel importante ha jugado la sombra en la evolución de la vida? ¿Es
un mero compañero etéreo o un factor constitutivo? En este capítulo, se analizan
cuatro acertijos en la investigación de virus para explorar algunas de las formas
intrigantes mediante las cuales los virus pueden ayudarnos a comprender la vida en la
Tierra. Estos acertijos consideran el origen de la información genética en los virus, los
virus como socios simbióticos, la diversidad estructural de los virus y el papel de los
virus en el origen de la vida celular.

1 Introducción

La vida en la Tierra está compuesta por multitud de organismos celulares, algunos de

ellos tan pequeños como las bacterias, otros tan complejos como los humanos. Sin
embargo, esta forma de vida celular está abrumada tanto en número como en
diversidad genética por entidades no celulares, cada una de las cuales es capaz de
obligar a los organismos celulares a satisfacer sus necesidades egoístas. Una
palabra virus , un término latino para veneno, comúnmente se refiere a esta estrategia
para la supervivencia. Y para un veneno a menudo son tratados. Esto no sorprende,
dado que la aparente simplicidad y naturaleza inanimada de los virus mortales (van
Regenmortel 2000 ; Moreira y López-García 2009) puede llevarnos a descuidarlos
intuitivamente o ignorarlos por completo en nuestros enfoques para comprender el
espectáculo evolutivo que los seres vivos tienen para ofrecer. Sin embargo, si bien es
relativamente simple en comparación con las células, hay mucho que no sabemos sobre
los virus o sus funciones en los procesos evolutivos. Los virus han estado aquí durante
mucho tiempo (Forterre y Prangishvili 2009a ), y los estudios sugieren que los virus
parecen haber jugado un papel en eventos como el origen de la vida celular (Koonin et
al. 2006 ) y la evolución de los mamíferos (Gifford 2012 ) Pero, ¿cuál ha sido su papel
exactamente? ¿Cuándo la inclusión de virus en el marco de análisis conduce a ideas
evolutivas? ¿O incluso avances?

Lamentablemente, en muchos casos todavía estamos tras una simple corazonada. Por
esta razón, en lugar de proporcionarle un conjunto de respuestas científicamente
analizadas y fundamentadas, le presento cuatro acertijos seleccionados en la
investigación de virus en un intento de determinar dónde se encuentran los límites de
algunos de nuestros conocimientos contemporáneos. Las preguntas presentadas giran
en torno a temas como el origen de nueva información genética, el origen de nuevos
tipos de relaciones simbióticas e incluso el origen de la vida tal como la
conocemos. Rompecabezas naturalmente profundos, ya que estos son terriblemente
difíciles de abordar de una manera completa e integral. Sin embargo, en el espíritu de
este libro, estos acertijos pueden ayudar a determinar si los virus podrían considerarse
realmente como agentes esenciales de la vida.

1.1 Virus y viriones: ¿cuál es la diferencia?

Primero, sin embargo, una idea errónea relativamente común sobre lo que realmente
es un virus biológico debe resolverse porque ha estado detrás de muchos de los
malentendidos sobre los virus. El meollo del problema radica en la idea de que un virus
a menudo se refiere solo a la cápside protectora formada por proteínas, que encierra
información genómica viral en el entorno extracelular (ver discusión en Jacob y
Wollman 1961 ; Forterre y Prangishvili 2009b ; Villarreal y Witzany 2010 ; Moreira y
López-García 2009 ; Jalasvuori 2012) Esta partícula infecciosa se conoce como virión
y generalmente se considera que están muertos (en muchas discusiones
deprimentemente infructuosas). Los viriones son entidades que se entrometen y
asumen el control de los organismos celulares para producir más viriones. Pero,
¿debería este virión muerto ser considerado igual a un virus? ¿Y qué sería entonces un
virus, si no un virión? La diferencia aparentemente trivial entre un virus y un virión
debe abordarse ya que nos permite apreciar los virus como jugadores evolutivos, o
incluso como organismos vivos (Forterre y Prangishvili 2009b ; Villarreal y
Witzany 2010 ; Forterre 2011 ; Jalasvuori 2012) En cualquier caso e
independientemente de nuestras opiniones sobre su estado de vida, los virus son parte
de la biosfera en evolución y, por lo tanto, un factor relevante en varios procesos
evolutivos.

Virion es el paso extracelular en el ciclo de vida de un virus. Virion es la imagen

tradicional que ofrece cada libro para representar un virus. Virion es la etapa
transitoria por la cual la información genética viral pasa de un organismo huésped a
otro. Sin embargo, este virión carece de la vida del virus, ya que es solo la forma
inactiva e inactiva de información genética viral (Brüssow 2009 ). Por esta razón, los
virus pueden aparecer como sustancias tóxicas que tienen la capacidad de causar
ocasionalmente la desaparición de organismos celulares, pero que son esencialmente
otro factor ambiental de menor interés desde el punto de vista evolutivo.

Sin embargo, podría decirse que el virus real es más que su caparazón muerto en el
medio ambiente. El virus es parte de un organismo vivo cuando está dentro de una
célula huésped. Y el fenotipo de este organismo se expresa en parte por el virus
(Forterre y Prangishvili 2009a ; Forterre 2010 ; Jalasvuori 2012 ). Muchos virus
mantienen el potencial de producir viriones inanimados durante su resistencia dentro
del organismo celular, pero el virus en sí debe considerarse como su ciclo reproductivo
completo, incluidas las partes externas e internas (Villarreal y Witzany 2010 ;
Jalasvuori 2012 ). Sin embargo, estrictamente hablando, solo se requiere el ciclo
reproductivo dentro de la célula para la supervivencia de la información genética viral
(Krupovic y Bamford2010 ; Jalasvuori2012 ). Y este requisito nos permite acercarnos
a los virus como una forma de vida genuina que puede explotar vehículos celulares
extraños para preservar y propagar su información genética (Forterre2010 ,2011 ).

En otras palabras, el virus no debe confundirse solo con su forma extracelular no

esencial dado que los virus son igualmente dependientes de las células con todos los
demás replicadores genéticos, ya sean esos cromosomas, plásmidos o cualquier otra
cosa. El virus simplemente no depende de ninguna célula en particular debido a su
capacidad de transferirse de una célula a otra a través de viriones. Y debido a esta forma
de existencia extracelular, los virus no se terminan incluso si su replicación provoca la
desaparición del organismo huésped actual. Sin embargo, saltar de esta noción a la
conclusión de que los virus están muertos y, por lo tanto, son socios irrelevantes de los
procesos evolutivos no está justificado. Naturalmente, nuestras definiciones de virus
incluyen la parte extracelular infecciosa, pero para una comprensión profunda de la
vida viral, debe tenerse en cuenta que cualquier definición de este tipo es artificial. El
virus es una de las formas en que la información genética se ha adaptado para
sobrevivir en esta biosfera. Desde el punto de vista de los organismos celulares, esta
forma de lucha por la existencia es mucho más compleja que la presencia de sustancias
químicas en el medio ambiente. Los virus, a diferencia de los venenos, son capaces de
evolucionar genéticamente y extinguirse. A veces también pueden formar relaciones
más o menos permanentes de beneficio mutuo con sus anfitriones.

Ahora, esto quizás permita una perspectiva de la vida viral y establece una etapa más
apropiada para considerar cualquier rompecabezas relacionado con virus. Cada una de
las preguntas presentadas se acerca a los virus desde diferentes ángulos y es de esperar
 que proporcione una introducción intrigante a la diversidad de formas en que los virus
pueden ayudarnos a comprender la evolución de nuestra biosfera. Sin embargo, deseo
señalar que conscientemente evité ahogar al lector en evidencia de apoyo para
mantener el texto a un ritmo rápido y relativamente fácil de digerir.

2 ¿Pueden surgir genes en los virus?

Las nuevas técnicas de secuenciación y muestreo han permitido determinar la

información genética general en cualquier muestra en particular. Además, las
secuencias de organismos completos han revelado la verdadera diversidad genética de
las entidades vivientes. Estos estudios han llevado a la revelación de que muchos
organismos albergan una variedad de genes que la ciencia desconoce (Mocali y
Benedetti 2010 ). En otras palabras, nuestra biosfera es abundante en información
genética para la cual no podemos asignar un rol, función u origen evolutivo (Cortez et
al. 2009 ). Curiosamente, una buena parte de estos nuevos genes se encuentran en
genomas virales (Yin y Fischer 2008 ; Prangishvili et al. 2006 ) o pertenecen a
elementos genéticos integradores del genoma (Cortez et al.2009 ). ¿Cómo terminaron
estos genes en virus?

2.1 ¿Los virus solo hacen autostop en la información genética?

Los virus dependen completamente de los recursos celulares para la reproducción. Los
virus usan aminoácidos celulares para producir proteínas virales y algunos adquieren
lípidos de las membranas celulares para ensamblar viriones funcionales. Todos los
virus adoptan nucleótidos celulares para producir copias de información genética
viral. Dada la naturaleza profundamente parasitaria de los virus, parece razonable
suponer que los virus también dependen completamente de los genes celulares para la
evolución. De hecho, muchos genes virales parecen haber sido adquiridos de sus
anfitriones y, por lo tanto, los virus podrían considerarse ladrones genéticos,
autoestopistas en la autopista de la información genética. Los virus son algo que ellos
mismos no están evolucionando, sino que son desarrollados por las células (Moreira y
López-García 2009 ). El actual de novo El origen de la información genética ocurriría
dentro de seres celulares estables como las bacterias.

Sin embargo, muchos genes virales parecen no tener contrapartes celulares (Yin y
Fischer 2008 ; Forterre y Prangishvili 2009b ). ¿Por qué es esto? ¿Necesitamos
secuenciar más genomas bacterianos para encontrar el ancestro común de un
cromosoma celular? Sin embargo, a medida que aumenta el número de cromosomas
bacterianos secuenciados, el número de genes desconocidos en los virus no ha
cambiado (Forterre y Prangishvili 2009b ). A veces, cuando finalmente se descubren
algunos tipos raros de genes de virus a partir de los cromosomas del huésped, resulta
que los genes en los cromosomas en realidad pertenecen a virus integrados en el
genoma (Jalasvuori et al. 2009 , 2010) Por lo tanto, la secuenciación de los
cromosomas bacterianos no parece proporcionar una salida fácil del
rompecabezas. Quizás la novedad genética de los virus es de naturaleza genuina y no
se encuentran homologías celulares. ¿O podría ser simplemente que las rápidas tasas
evolutivas de los genes en los virus simplemente están haciendo imposible rastrear la
homología con los genes celulares?

En principio, es posible que la mayoría de los genes evolucionen a un ritmo tan rápido
en los virus que ya no se pueda reconocer que la secuencia es de origen celular (Forterre
y Prangishvili 2009b ). De hecho, los análisis generales de las divergencias de las
secuencias de aminoácidos proponen que incluso las proteínas más conservadas en
nuestra biosfera no han descubierto todas las formas posibles de codificar su función
(Povolotskaya y Kondrashov 2010 ). Por lo tanto, parece haber espacio en el espacio de
secuencia en el que los genes derivados del huésped pueden evolucionar hacia genomas
virales.

Sin embargo, la comparación de secuencias de nucleótidos o aminoácidos no es el único

medio por el cual se pueden estudiar las divergencias genéticas. Si bien la secuencia en
el nivel de ADN o de aminoácidos puede evolucionar rápidamente, la estructura
tridimensional del producto génico, generalmente una proteína, puede permanecer
relativamente sin cambios. De hecho, generalmente no hay una selección para
preservar una secuencia de aminoácidos determinada, sino solo la función (lo que sea)
que está asociada con la conformación tridimensional de la proteína. Salvo por los
aminoácidos que median las reacciones químicas, se puede adquirir la misma
conformación estructural con una variedad de secuencias diferentes.

Los virus parecen tener genes que producen proteínas conservadas estructural y
funcionalmente, que no tienen ancestros celulares aparentes (Bamford et al. 2005 ;
Koonin et al. 2006 ; Keller et al. 2009 ). Estos genes han estado dentro (relativamente)
de genomas virales en evolución independiente tal vez durante miles de millones de
años y todavía se puede demostrar que comparten una ascendencia común. ¿Surgieron
estos genes en genomas de virus en primer lugar? Parece posible, dado que muchos de
estos genes conservados del virus "distintivo" (Koonin et al. 2006 ) codifican para
tareas específicas de virus como proteínas de la cápside o enzimas de empaquetamiento
que facilitan la transferencia del genoma viral a la cápside.

2.2 Si el gen emerge dentro de una célula pero sobrevive en el genoma viral,
¿es un gen viral?

Naturalmente, la aparición de un gen en un virus no indica que el gen apareció dentro

de la cápside protectora en un entorno extracelular (Forterre y Prangishvili 2009b ;
Forterre 2010 ; Jalasvuori 2012 ). Más bien, significaría que un virus, mientras se
replica en una célula, terminó teniendo una secuencia genética alterada. Esta secuencia
alterada abrió el camino para la aparición y evolución de un nuevo gen. En la práctica,
el gen se formaría a través de mutaciones puntuales y otros cambios genéticos de
manera similar a cualquier otro gen emergente (Forterre y Prangishvili 2009b ).

Pero si el nuevo gen surgiera dentro de una célula, ¿no es más un gen celular que uno
viral (Moreira y López-García 2009 )? ¿Acaso esto no solo impone la visión del origen
celular de la información genética viral? No, no lo es, si nos permitimos considerar a
los virus como algo más que sus formas extracelulares encapsuladas
(Forterre 2010 ). Si el gen se formó a través de mutaciones en un genoma viral y el
nuevo gen pudo sobrevivir debido a sus beneficios para el virus y no para el huésped,
entonces parecería razonable considerar que el gen es de origen viral
(Jalasvuori 2012) Por lo tanto, incluso si una célula cumple la función de un vaso para
el desarrollo de un nuevo gen, el gen permanecería en el conjunto de genes global
debido a los virus. Finalmente, cuando se realizan estudios metagenómicos, por
ejemplo, estos nuevos genes podrían descubrirse a partir de genomas de virus
encerrados en la cápside sin contrapartidas aparentes en ningún organismo celular.

Incluso si el origen de novo de los genes realmente ocurriera en los virus, sería solo un
punto de partida para abordar otras preguntas interesantes. ¿Qué hacen estos nuevos
genes? Existen innumerables genes únicos en los virus, pero también están codificando
innumerables funciones únicas. ¿O es posible que solo tengan secuencias únicas
mientras afectan procesos celulares muy similares? ¿Y qué indicaría eso?
 Los virus de bacterias, también conocidos como bacteriopagos, pueden tener genes
para muy diferentes tipos de funciones. Algunos fagos codifican ARN de transferencia
y otras funciones celulares esenciales (Miller et al. 2003 ). Otros pueden llevar
información genética para mediar la fotosíntesis (Mann et al. 2003 ) o producir toxinas
letales (O'Brien et al. 1984 ). Sin embargo, gran parte de los genes del fago afectan la
regulación genética, el ensamblaje del virión y las interacciones virus-huésped. Sin
embargo, otros virus (como Mimivirus) tienen genes que antes se consideraban solo
parte de los cromosomas celulares y, por lo tanto, difuminan la línea entre lo que los
virus pueden y lo que no pueden hacer (Raoult et al. 2004 ).

Sin embargo, en principio, parece posible que el producto de un gen viral pueda influir
en cualquier proceso biológico imaginable. Algunas funciones verdaderamente
novedosas codificadas genéticamente que permiten, por ejemplo, la explotación de
tipos completamente nuevos de recursos o habitan entornos previamente inhabitables,
pueden existir en el genoma de un virus. Quizás las innovaciones virales pueden abrir
nuevos nichos para que los organismos celulares las ocupen: muchos de los nuevos
genes en las bacterias son taxonómicamente restringidos y ecológicamente
importantes (Wilson et al. 2005 ).

3 ¿Pueden los virus convertirse en simbiontes?

Los virus generalmente se ven como parásitos de organismos celulares. Los virus
ingresan a la célula huésped, utilizan los recursos celulares para crear nuevos virus y
luego sacrifican (o dañan) a sus esclavos temporales para escapar de la escena del
crimen. ¿Cómo podría esta estrategia violenta convertirse en una simbiosis
mutuamente beneficiosa?

En una relación mutualista, la idoneidad de las dos entidades juntas es (a menudo)

mayor que la idoneidad de cualquiera de los componentes solos. En otras palabras,
ambos simbiontes sufrirían por abandonar a su compañero. Por lo tanto, si un virus
fuera a ser apreciado como un compañero que se beneficia mutuamente, debería ser
contraproducente que la célula huésped elimine un virus que se ha integrado en el
genoma del huésped. Este parece ser un enfoque problemático, dado que la evitación
de los parásitos se considera uno de los impulsores clave de la evolución y responsable
(al menos en parte) del mantenimiento de rasgos tan fundamentales como la
reproducción sexual (Hamilton et al. 1990 ; King et al. 2011 ).

3.1 Virus endógenos: ¿fósiles o algo más?

Sin embargo, a menudo se encuentra que la información genética viral se incorpora a

los genomas celulares (Holmes 2011 ). Por ejemplo, los cromosomas humanos
contienen más ADN viral que los genes humanos reales. De hecho, los restos de virus
abundan en genomas de muchos organismos diferentes, desde animales hasta
bacterias (Casjens 2003 ; Katzourakis y Gifford 2010 ; Jalasvuori et al. 2010 ). ¿Cómo
llegaron estos elementos virales a todos estos organismos? ¿Qué tipos de procesos
evolutivos pueden ser responsables de estas fusiones genómicas, y podrían ser de
importancia evolutiva?

¿Los restos virales existentes en los genomas son meros sobrantes evolutivamente
insignificantes de infecciones virales previas (Jern y Coffin 2008 )? ¿Eran tan
insignificantes para la aptitud de la célula anfitriona que simplemente no había una
selección para deshacerse del elemento? Muchos de los virus endógenos están
relativamente conservados y han persistido durante el tiempo evolutivo en varias
especies, como los humanos y nuestros primos primates, lo que sugiere que las
polimerasas del huésped relativamente libres de errores que se utilizan para replicar
los virus endógenos pueden preservar estas secuencias. fósiles virales en tiempos
evolutivos (Duffy et al. 2008) Sin embargo, muchos de los elementos del virus también
han demostrado acumular mutaciones inactivadoras y, por lo tanto, evolucionan solo
como pseudogenes no codificantes en genomas animales (Katzourakis y
Gifford 2010 ). Sin embargo, otros genes de virus se han mantenido funcionales, lo que
sugiere que ha habido una selección purificadora para mantener la secuencia correcta.

3.2 ¿Qué beneficios pueden proporcionar los elementos virales al huésped?

¿Podría ser posible que algunos de estos elementos virales en los cromosomas celulares
resulten esencialmente de fusiones genéticas mutuamente beneficiosas aunque
agresivas (Ryan 2009 )? ¿Pueden las simbiosis de virus con células ser pasos
evolutivamente favorables, no meras coincidencias?

Para ser más precisos, la pregunta no es si las fusiones genéticas de los genomas de
virus y células pueden mejorar la tasa reproductiva de las células per se. Hay ejemplos
claros para que esto sea cierto. Como ejemplo trágico, se sabe que varios virus causan
la multiplicación incontrolada de células humanas, lo que resulta en la formación de
tumores. Estas células que contienen virus superan a otras células humanas y, por lo
tanto, terminan teniendo muchos más descendientes que las células libres de
virus. Dentro de este marco limitado, el simbiótico de células de virus puede tener la
mayor aptitud. Pero al ampliar nuestra perspectiva, notamos que este beneficio a corto
plazo fracasa rápidamente debido a la desaparición del animal huésped. El
comportamiento egoísta de algunas células conduce a una tragedia de bienes comunes,
donde la ganancia de unos pocos está disminuyendo la aptitud tanto del huésped como
del virus. Por lo tanto, La verdadera pregunta es si los virus y sus anfitriones pueden
formar una relación simbiótica que puede aumentar la aptitud de todo el organismo
dentro de un marco evolutivo lo suficientemente grande. En otras palabras, podemos
preguntar, por ejemplo, si el simbionte virus-host podría invadir una población de
hosts libres de virus debido a las ventajas que el virus proporciona a sus hosts.

Se sabe que algunos virus que infectan bacterias forman relaciones simbióticas
temporales que se benefician mutuamente con las células bacterianas
(Roossinck 2011 ). Estos virus ingresan a la célula huésped y, en lugar de producir una
gran cantidad de viriones y destruir la célula, se instalan dentro del huésped. Durante
esta infección latente, los virus templados replican sus genomas junto con la célula pero
disuaden de producir viriones. Solo en la angustia de sus anfitriones encienden la
producción de viriones y lo hacen para escapar de la bacteria potencialmente
condenada.

Estos virus bacterianos templados pueden portar genes (por ejemplo, para producir
toxinas) que pueden mejorar significativamente el rendimiento y, por lo tanto, la
reproducción de sus bacterias huésped. La combinación del virus bacteriano y la
bacteria puede terminar siendo el ganador evolutivo en una competencia contra las
bacterias que no tenían la infección viral latente. Por lo tanto, entre los organismos
bacterianos, tales relaciones mutualistas directas pueden surgir de forma regular
(Roossinck 2011) Además, el beneficio a corto plazo proporcionado por el fago no es
contraproducente en el mismo sentido que los tumores en expansión dentro de los
hospedadores animales. Pero entonces, las bacterias y los humanos son bastante
diferentes en múltiples aspectos. ¿Estas simbiosis se limitan solo a seres unicelulares
o pueden surgir tales relaciones entre organismos más complejos que se reproducen a
través de células germinales específicas? De hecho, a pesar de todas las películas, no
conocemos ningún virus que lleve genes de toxinas similares a bacteriófagos, lo que
nos otorgaría algún tipo de superpoderes. Por lo tanto, este enfoque bacteriano puede
ser simplemente inadecuado para comprender las relaciones simbióticas en animales.
Sin embargo, hay otra manera por la cual los virus templados de bacterias aumentan la
supervivencia de sus huéspedes. Cada vez que un virus bacteriano reside dentro de una
bacteria, hace que la célula sea inmune a las infecciones por virus similares. Y esta
calidad de virus, la incapacidad de un solo tipo de virus para infectar de manera
múltiple una célula ya infectada (es decir, la resistencia a la sobreinfección), parece ser
muy común entre todos los virus y, por lo tanto, también aplicable a otros organismos
(Berngruber et al. 2010 ) La prevención de la sobreinfección permite que los virus
establezcan infecciones latentes que son especialmente importantes en condiciones en
las que las posibilidades de transferencia horizontal del virus son limitadas.

Entre las poblaciones bacterianas que están sujetas a virus templados, el medio más
rápido por el cual emergen las células huésped resistentes se debe a las infecciones
latentes por los propios virus templados. Por lo tanto, la presencia del virus selecciona
la población bacteriana para que prevalezca con los virus integrados. Cuando hay
hospedadores susceptibles y viriones infecciosos en el mismo entorno, los
hospedadores resistentes tienen una ventaja aparente (Roossinck 2011) Además, los
virus integrados del genoma a veces producen viriones y, por lo tanto, mantienen la
selección de la presencia del virus latente. El hecho de que los virus mismos contengan
medios genéticos para hacer que las células huésped sean inmunes al virus puede ser
la superpotencia evolutiva que puede facilitar la formación de una relación simbiótica
también entre un virus y su huésped animal.

Sin embargo, incluso si las infecciones virales pueden hacer que el animal huésped sea
resistente a otras infecciones por tipos similares de virus, no es una simbiosis
hereditaria. Somos inmunes a la varicela después de una infección, pero nuestros niños
aún necesitan infectarse para volverse resistentes (o, alternativamente, vacunarse
contra el virus). ¿Es posible que la resistencia se vuelva heredable para que la progenie
de un individuo infectado no tenga que enfrentar los efectos severos de una infección?

Los animales multicelulares complejos se desarrollan a partir de una célula

fertilizada. Esta célula individual se divide y las células divididas se especializan en
diferentes funciones que finalmente producen un organismo completo. La información
genética en todas las células animales permanece esencialmente igual a lo largo de la
vida del organismo, incluso si los fenotipos de las células pueden variar
enormemente. Por lo tanto, si el virus ya estuviera integrado en la célula germinal
original, se heredaría de cada célula del organismo multicelular, incluidas las que
eventualmente se convertirían en las células germinales de la próxima generación. En
tal caso, el virus podría proteger al organismo de las versiones externas del virus y
transmitirse verticalmente a la próxima generación.

3.3 Dominando al enemigo en un aliado

Durante una epidemia de virus itinerante, esta integración de un virus a las células de
la línea germinal podría proporcionar una ventaja a un individuo (Jern y
Coffin 2008 ). De hecho, en muchos casos los virus endógenos parecen proteger a sus
huéspedes contra virus exógenos (Maori et al. 2007 ; Katzourakis y Gifford 2010 ). Sin
embargo, estos virus endógenos parecen ser capaces de reinfectar las células de la línea
germinal (Belshaw et al. 2004 ). Sin embargo, el virus endógeno puede hacer que el
organismo huésped pueda ignorar los efectos nocivos que la epidemia causa a otras
personas. La resistencia naturalmente heredable contra la varicela no es una ventaja
significativa, pero la resistencia contra un virus más grave podría serlo.

Entonces, en principio y bajo ciertas condiciones, la infección de la línea germinal

podría ser un rasgo favorable dentro de una población (Maori et al. 2007 ). Los
nuevos alelos de virus pueden incluso invadir a toda la población, si el mantenimiento
 del virus sigue mejorando la aptitud de los individuos que lo contienen sobre sus
contrapartes libres de virus (Katzourakis y Gifford 2010 ). De hecho, al igual que con
los bacteriófagos, los virus endógenos de los animales pueden permanecer
parcialmente activos incluso después de la endogenización (Coffin et al. 1997 ;
Tarlinton et al. 2006 ) y, por lo tanto, el virus en sí puede mantener la presión para
retener el alelo del virus dentro de la población.

En tal caso, es posible considerar que el virus ha establecido una relación de beneficio
mutuo con su huésped animal. Tal vez, dado que sería una desventaja para el
organismo deshacerse del virus, ya que lo haría susceptible a las infecciones. Por
supuesto, esta asociación simbiótica existiría principalmente en el nivel de información
genética (Ryan 2009), pero aún surgiría a través de una fusión de dos entidades
genéticamente distintas. Al final, todavía se sabe muy poco sobre el proceso de
endogenización. Incluso si se pudiera considerar que los virus forman relaciones
simbióticas a través de cualquier mecanismo, quedan varias preguntas
interesantes. ¿Cómo afecta este nuevo virus integrado a la evolución posterior de sus
hosts? El virus endógeno cambia la composición genética de los cromosomas y puede,
por ejemplo, regular la expresión de genes del huésped (Jern y Coffin 2008 ). Algunos
de los virus son elementos activos y no pueden descartarse como componentes
irrelevantes de los organismos. De hecho, algunos genes derivados de virus en
mamíferos y otros animales parecen haber permanecido activos durante más de
decenas de millones de años (Katzourakis et al. 2005; Katzourakis y
Gifford 2010 ). Pero incluso entonces, es difícil decir con certeza cuán importante
desempeñaron estos virus en la evolución de sus anfitriones. Sin embargo, somos libres
de hacer pocas especulaciones.

Los virus endógenos pueden integrarse repetidamente en varios lugares dentro y entre
los cromosomas del huésped (Katzourakis et al. 2007 ). El número de elementos y el
sitio de integración pueden tener efectos significativos sobre el fenotipo de la célula
huésped. El establecimiento del genoma viral en el cromosoma del huésped parece ser
seguido por la evolución en el genoma (Tarlinton et al. 2006 ; Katzourakis et
al. 2007 ). ¿Esta evolución selecciona que los virus se integren en posiciones donde
inducen el costo más bajo posible en el huésped o, tal vez, incluso inducen cambios que
aumentan la aptitud del huésped?

La reproducción sexual filtra efectivamente la información genética para producir

combinaciones beneficiosas. ¿Podrían los individuos que se reproducen sexualmente
ser favorecidos sobre los fenotipos que se reproducen asexualmente ya que la
recombinación sexual del material genético permite que el virus integrado se asiente
más rápidamente en ubicaciones beneficiosas fijas en los cromosomas? ¿O quizás
permitir que los anfitriones domestiquen los virus endógenos que proliferan
incontrolablemente (Katzourakis et al. 2005 )? ¿Podría la evolución posterior después
de la endogenización del virus inducir cambios notables en el fenotipo del organismo a
medida que el genoma se estabiliza para hacer frente a la presencia del nuevo
elemento?

Algunos o incluso la mayoría de los virus endógenos pueden ser restos insignificantes
de infecciones previas y, como tales, no afectarían mucho la evolución de sus especies
huésped. Pero otros virus simbióticos probablemente hicieron una diferencia
real. Como ejemplo de esto, un gen derivado de virus, etiquetado como sincitina, parece
ser de vital importancia para la morfogénesis de la placenta (Mi et al. 2000 ). ¿Surgió
el embarazo como humanos y otros mamíferos placentarios como resultado de la
endogenización viral?

4 ¿Por qué solo hay unos pocos tipos de bacteriófagos?

Se sabe que los virus evolucionan rápidamente y los genomas virales a menudo
contienen genes únicos para los cuales no se pueden determinar homólogos. Pero, ¿son
los viriones, las formas extracelulares de virus, compuestos de estructuras igualmente
diversas? ¿Existe un diseño estructural novedoso cada vez que recogemos alguno de los
aproximadamente 10 ^ 31 viriones (Suttle 2007 ) del medio ambiente?

Las proteínas en el virión determinan si los virus pueden unirse o no a una célula
huésped adecuada y, por lo tanto, debe haber una selección constante que impulse la
evolución de estas proteínas (así como sus homólogos anfitriones) Weitz et
al. 2005 . De hecho, esto es lo que se ha observado: los genes responsables de codificar
las proteínas virión que median la unión de la célula huésped son los que evolucionan
más rápidamente (Saren et al. 2005 ; Paterson et al. 2010 ). Incluso los virus
estrechamente relacionados pueden tener genes completamente diferentes para
producir los picos que reconocen al huésped en el virión (Jaakkola et al. 2012 ).

Pero virion es más que un medio para mediar en el reconocimiento del huésped. La
cápside sirve como capa protectora para la información genética en el entorno
extracelular y, por lo tanto, los virus también deben codificar proteínas (u otros
medios) para producir esta capa. ¿Son los genes y los principios arquitectónicos para
formar cápsides igualmente diversos con los genes de reconocimiento del huésped?

Si bien los viriones son extremadamente abundantes y la información genética que

contienen puede ser muy diversa, las cápsides de una porción significativa de viriones
en esta biosfera pueden organizarse en unos pocos linajes conservados y homólogos
(Krupovic y Bamford 2011 ). Dado el número astronómico de viriones en la tierra,
parece que vale la pena mirarlo más de cerca.

4.1 Número astronómico de bacteriófagos en un puñado de linajes

Las bacterias son el tipo más abundante de un organismo celular en la tierra y sus virus
son igualmente comunes. Los bacteriófagos forman casi exclusivamente viriones con
una cabeza esférica a la que se une una cola. La cabeza contempla la información
genética del virus, mientras que la cola sirve como una herramienta para unirse a las
nuevas células huésped y, a veces, como una aguja de inyección durante el proceso de
infección. Este grupo homólogo de virus se conoce
como Caudovirales (Ackermann 1998 ). También existen otros tipos de virus
bacterianos, pero no son muchos (Ackermann 2001 ): hay virus icosaédricos con
membranas internas y externas, virus amorfos y virus helicoidales (Oksanen et
al. 2010) En total, hemos descubierto solo menos de diez tipos verdaderamente
diferentes de arquitecturas de viriones de todos los bacteriófagos conocidos
actualmente.

¿Qué está tratando de decirnos esta conservación arquitectónica? ¿Por qué no hay 100
tipos diferentes de virus bacterianos o 100 mil millones de tipos? Incluso si hubiera
100 mil millones de tipos únicos de virus, cada uno de ellos tendría más de mil millones
de viriones. Y un número tan grande de individuos podría retener una población
estable durante los tiempos evolutivos. Esto, sin embargo, no es el caso. Puede calcular
las arquitecturas de virion de bacteriófagos con los dedos. Por lo general, se considera
que los virus son de origen polifilético, lo que indica que hay múltiples ancestros virales
y ninguno común. Aún así, el número aparentemente limitado de tipos arquitectónicos
sugiere que no surgen nuevos tipos de virus de forma regular, ya que, si lo fueran, es
probable que encontremos nuevos virus todo el tiempo. Esto lleva a una pregunta:
Sabemos que la humanidad puede estar enfrentando una epidemia completamente
nueva y altamente letal cualquier día dado. El VIH, el SARS, el Ébola y otros candidatos
del fin del mundo surgieron de la nada solo para llevar la destrucción al mundo. ¿Son
solo los virus bacterianos que ya no están emergiendo, mientras que los organismos
superiores, como los humanos, pueden tener virus completamente nuevos? Pero, ¿los
virus humanos son realmente únicos?

4.2 Conexiones evolutivas profundas entre virus

En 1999, cuando las principales proteínas estructurales del virus bacteriano PRD1 y el
adenovirus humano se compararon a nivel estructural, se observó, sorprendentemente,
que eran muy similares (Benson et al. 1999 ). A pesar de la diferencia en la secuencia,
ambos virus usaron un tipo único pero respectivamente común de barriles de proteínas
interconectados (los llamados barriles beta dobles) para componer sus cápsides
protectoras. Surgió la pregunta obvia: ¿estos dos virus que infectan a los huéspedes
muy distantes (bacterias y humanos) están realmente relacionados entre sí? ¿O es solo
otro caso de evolución convergente en el que dos entidades evolucionaron
independientemente hacia la misma dirección (Moreira y López-García 2009 )?

Un análisis más detallado de estos dos virus y sus otros parientes reveló más cosas en
común (Krupovic y Bamford 2008 ). La gran mayoría de ellos tenía una membrana
lipídica interna debajo de la cápside proteica, un rasgo generalmente raro entre los
virus. Además, estos virus codifican ATPasas relacionadas (con ciertos motivos
específicos) que se ha demostrado que facilitan la transferencia del genoma viral a
cápsidas vacías. Más tarde se descubrió que virus similares infectan crenarcha
termofílica (Khayat et al. 2005 ) y residen en los genomas de la euryarcha termofílica
(Krupovic y Bamford 2008) En términos de intercambio genético, el filo Arqueal de
Crenarchaeota consiste en organismos de ramificación profunda que parecen haber
evolucionado relativamente aislados de todas las demás formas de vida desde la
aparición de la vida celular (Gribaldo y Brochier-Armanet 2006 ). En conjunto, estas
características sugieren que la convergencia parece ser una causa improbable para
explicar todas las características comunes y, por lo tanto, es razonable suponer la
existencia de un antepasado común en algún pasado lejano. Pero esto nos lleva a la
misma pregunta que antes: ¿de qué distancia estamos hablando realmente? 100
millones de años? Mil millones? Cuatro mil millones?

Varios análisis sugieren que las bacterias y eucariotas (un dominio que nos incluye a
los humanos junto con la levadura para hornear) tuvieron su último ancestro común
hace unos cuatro mil millones de años. El mismo tiempo de ramificación se aplica a la
divergencia de bacterias de Archaea. En otras palabras, estos virus de doble barril beta
infectaron todos los dominios de la vida y muchas ramas profundas dentro de esos
dominios. ¿Pero son estos linajes virales tan viejos como sus anfitriones celulares? ¿O
es posible que estos virus surgieron más tarde para propagarse e infectar todos los
dominios de la vida? Sabemos que los virus son muy específicos del huésped y, por lo
general, el árbol viral de la vida se corresponde bastante bien con el árbol evolutivo de
sus anfitriones (McGeoch et al. 2005 ). Sin embargo, hay excepciones y, por lo tanto,
esta línea de razonamiento no proporciona una salida al problema.

Curiosamente, se han descubierto varios otros linajes que abarcan dominios. Los virus
del herpes tienen la misma forma peculiar de producir sus cápsides que los virus de
cola extremadamente abundantes que infectan bacterias y arcaicos. Ciertos virus de
ARN como los cistovirus bacterianos y los reovirus eucariales parecen ser de origen
común debido a la organización única del genoma y la cápside. También hay otros
linajes.
Parece que muchos virus pueden tener representantes que infectan todos los tipos
celulares básicos, pero estos representantes no tienen antepasados comunes
recientes. Además, los virus parecen albergar genes que parecen derivar de ninguno de
los tres dominios de la vida celular, pero que están muy conservados y prevalecen entre
los virus (Koonin et al. 2006 ). Una posible forma de explicar todas estas características
es asumir que el antepasado de estos virus puede haber surgido ya antes de la
separación de bacterias, arqueas y eucariotas en sus dominios independientes.

Recientemente se descubrió que los virus beta-barril dobles parecen haber

evolucionado a partir de un nuevo linaje viral, los llamados virus beta-barril únicos,
que a su vez forman un linaje independiente que abarca el dominio (Krupovic y
Bamford 2008 ; Jalasvuori et al. 2009; Ilona Rissanen comunicación personal). Es
posible que estos dos linajes virales ya divergieran antes de la aparición de los dominios
celulares contemporáneos. Esto, por otro lado, significa que al estudiar linajes virales
podría ser posible remontarse a algunos eventos evolutivos pasados que ocurrieron
antes del último ancestro común universal de las células. Ese período en la evolución
de la vida generalmente está envuelto en desconocido, dado que el último ancestro
común de las células se ha considerado como el límite final más allá del cual no
podemos ir al comparar las diferencias entre los organismos vivos existentes. Pero si
no dependemos únicamente de las células en nuestros análisis, entonces este límite
puede ser rompible. El estudio de los linajes virales y sus orígenes nos puede dar pistas
únicas sobre los primeros pasos de la vida en la Tierra.

4.3 Diversidad estructural de los virus ardientes calientes

Curiosamente, mientras que los bacteriófagos son o bien los virus cabeza-cola o uno de
los pocos otros tipos, los viriones infecciosos hosts crenarchaeal hipertermófilas son
estructuralmente muy diversa (Prangishvili y Garrett 2004 ;. Pina et al 2011 ). Hay
virus en forma de limón, virus en forma de tulipán, virus en forma de botella, hay palos
con ganchos y virus pleomórficos junto con todo tipo de morfologías globulares,
icosaédricas y filamentosas. ¿Por qué hay tal variación, especialmente entre los virus
arqueales? Las bacterias y las arqueas son tan similares entre sí que solo recientemente
pudimos distinguirlas unas de otras.

Las creaarchaea hipertermófilas son organismos muy ramificados en el árbol de la vida

y sus virus son igualmente únicos (Ortmann et al. 2006 ). También habitan en
ambientes extremadamente calurosos. ¿Son relevantes estas pistas para comprender
la diversidad de los fenotipos virales? De hecho, cuando se han estudiado los virus de
organismos arqueológicos menos termofílicos, se encontró que son menos diversos
morfológicamente. ¿Sería posible que hubiera una mayor diversidad de fenotipos
virales durante los primeros pasos de la evolución de la vida? ¿Y esta diversidad ha
prevalecido de alguna manera mejor entre los organismos crenarqueales
hipertermófilos mientras que se perdió entre otros procariotas (Jalasvuori y
Bamford 2009 )? Los virus de la mayoría de las familias de bacterias hipertermófilas de
ramificación profunda (comoThermotoga o Aquifex ) no han sido estudiados. Sería
interesante ver si sus virus se parecen solo a los virus habituales de la cabeza o la cola
o si son más parecidos a los que infectan a la crenarcha, o algo totalmente diferente.

Es probable que todas las formas de vida contemporáneas en la tierra hayan

evolucionado a partir de ancestros termofílicos (Di Giulio 2003 ). Hay al menos dos
posibles explicaciones para esto, las cuales pueden ser correctas. Primero, la vida
puede haber surgido dentro de un hábitat cálido, como los respiraderos hidrotermales
en el fondo del océano. En segundo lugar, la vida puede haber enfrentado múltiples
catástrofes a nivel casi de extinción en las que todos los organismos supervivientes eran
termófilos. De hecho, se sabe que la Tierra estuvo bajo un fuerte bombardeo de cometas
 masivos y asteroides durante el período Hadean (que terminó hace unos 3.800
millones de años). Este bombardeo debe haber elevado significativamente los niveles
de temperatura, barriendo todos los organismos no termofílicos.

Si suponemos que la vida ha evolucionado (repetidamente) para adaptarse para

sobrevivir en condiciones más frías, entonces es posible que solo una parte de los virus
calientes originales hayan podido seguir a sus anfitriones. La virosfera original con
toda su diversidad estructural aún puede sobrevivir parcialmente entre las entidades
vivientes más ramificadas y calientes. Esto sugiere que el estudio de estos virus puede
darnos una idea de la biosfera, ya que era muy temprano en la historia de la vida.

5 ¿Cómo surgieron los virus?

Como se señaló en la sección anterior, la mayoría o posiblemente todos los viriones en

nuestra biosfera se pueden organizar en unos pocos puñados de linajes
estructurales. Estos linajes abarcan diferentes dominios de la vida y posiblemente
tuvieron su origen antes de la aparición de la primera célula reproductora
verdadera. Desafortunadamente, hay un serio problema en esta línea de razonamiento.

¿Cómo es posible que los virus, que dependen completamente de las células para poder
reproducirse, surgieran antes de que existieran células reproductoras en nuestra
biosfera? En la introducción se observó que la etapa extracelular de un virus, el virión,
está completamente inactiva a menos que encuentre una célula huésped adecuada. La
única forma en que los virus pueden considerarse entidades vivientes es cuando se
tiene en cuenta la inclusión de su ciclo de vida dentro de la célula. Por lo tanto, la idea
del origen precelular de los virus parece contradecirse directamente con la naturaleza
misma de los virus y, por lo tanto, debe falsificar cualquier razonamiento que respalde
este escenario de virus primero. ¿O debería?

5.1 ¿ Virus antes de las células?

La teoría celular establece que la vida biológica está compuesta de células que se
reproducen por fisión binaria (o múltiple). Y desde el origen de la teoría celular a
mediados del siglo XIX, la biología evolutiva como disciplina se ha centrado
principalmente en lo que sucede dentro y entre células, organismos multicelulares o
poblaciones de organismos. Siga la historia evolutiva de cualquier célula dada en
nuestra biosfera actual y su viaje terminaría en la Tierra primitiva donde se formó la
primera célula reproductora.

Sin embargo, si se le pregunta a algún biólogo cómo surgió esta primera célula que se
reproduce independientemente, es probable que él o ella proporcione solo pistas sobre
la posible respuesta. Esto se debe a que nuestras ideas sobre el origen de las células son
actualmente hipótesis más o menos vagas de escenarios potenciales. Por lo tanto,
mientras no sepamos cómo surgió la primera célula (o células), el estilo de vida
moderno de los virus no puede usarse como un argumento sólido contra el origen
precelular de los virus.

Incluso la bacteria más simple es demasiado compleja para que haya aparecido
espontáneamente dentro de la vida de nuestro universo. Sin embargo, la evolución
puede producir sistemas cada vez más complejos en escalas de tiempo accesibles y, por
lo tanto, la primera célula verdadera ya debe haber sido un producto de la evolución. De
hecho, podría ser posible que los tipos contemporáneos de células y virus sean
productos del mismo proceso evolutivo precelular y, por lo tanto, comprender el origen
de los virus como parte de este proceso puede ser crítico para nuestra comprensión del
origen de las células mismas ( . Koonin et al 2006 ; Jalasvuori y Bamford 2008 ). Pero
si no hubiera células reproductoras, ¿cómo evolucionó el sistema?

Los intentos de derivar la naturaleza real del último ancestro común de las células han
llevado a una fuerte indicación de que el antepasado no era una célula en particular,
sino una última comunidad común de la que eventualmente surgieron los dominios
modernos de la vida (Doolittle 2000 ; Theobald 2010 ) Esta comunidad parece haber
evolucionado principalmente horizontalmente al intercambiar información genética
entre las protocelulas en lugar de hacerlo de manera “darwiniana” al pasar genes
verticalmente a la descendencia de las protoceldas (Woese 1998 , 2000 , 2002 ; Koonin
y Martin 2005) Esto sugiere que las propias proto-células no eran entidades genéticas
coherentes, sino colecciones más o menos aleatorias de replicadores genéticos
independientes. El sistema probablemente evolucionó colectivamente, lo que podría
haber mantenido el código genético común (Vetsigian et al. 2006 ). Físicamente, las
protoceldas podrían haber sido, por ejemplo, formaciones inorgánicas fijas que
sirvieron como contenedores para enriquecer productos de ciclos bioquímicos y otros
recursos esenciales (Koonin y Martin 2005 ).

5.2 ¿De qué sirve un virus para la vida primordial?

Independientemente de la naturaleza exacta de la comunidad evolutiva temprana, el

movimiento horizontal parece haber sido una característica genuina de este
sistema. ¿Cómo encaja un virus en esta imagen? ¿Es plausible que la estrategia viral de
supervivencia pueda surgir dentro de un sistema primordial incluso antes de que se
reproduzcan células de forma independiente? Curiosamente, todas las tres preguntas
anteriores y sus posibles respuestas pueden ser relevantes para responder a esta última
pregunta.

Si los virus o los replicadores similares a virus pueden generar nuevos genes, como se
discutió en la primera pregunta, entonces los virus podrían haber sido uno de los
elementos en la comunidad primordial que produjeron nuevas innovaciones. Estas
innovaciones podrían haber ayudado a los replicadores similares a virus a, por ejemplo,
aprovechar recursos o sintetizar biomoléculas útiles que, a su vez, mejoraron la tasa
reproductiva del virus. Por lo tanto, es posible que algunos de los genes emergentes
hayan sido seleccionados debido a sus beneficios en la supervivencia de entidades
similares a virus por razones muy similares a las que los genes novedosos en genomas
virales pueden tener incluso hoy en día.

Los virus también proporcionan una posible explicación para la evolución horizontal
de la vida temprana. Esto se debe a que los viriones son esencialmente estructuras
codificadas genéticamente que median la transferencia de información genética de
célula a célula. Los diferentes linajes estructurales de los virus, como se discutió en la
tercera pregunta, pueden haber surgido dentro de esta comunidad temprana cuando la
selección favoreció cualquier rasgo que permitiera que la información genética pasara
de una protocelda a otra. Si el sistema primordial consistía en un conjunto fijo de
protocélulas, entonces la aptitud del replicador se correlacionaba en cierta medida con
su capacidad de distribuirse a todas las protocélulas potenciales de la comunidad. Las
proto-células libres de virus aisladas pueden haber sido propensas a colapsar bajo los
parásitos de replicación (Bresch et al. 1980 ; Szathmáry y Demeter 1987) Quizás el
sistema sobrevivió a tales epidemias de parásitos al distribuir el contenido de células
sanas donde la producción de virus no sucumbió a la replicación agresiva de parásitos.

A medida que avanzó el sistema primordial, algunos de los primeros virus pueden
haber establecido una residencia más permanente en algunas de las proto-células de
una manera similar a la especulada en la segunda pregunta. ¿Podrían estos virus haber
 evitado la sobreexplotación de los recursos celulares por parásitos egoístas al
proporcionar medios genéticos para evitar que otros virus super infecten estas
protocelulas? ¿Estas relaciones mutualistas entre las proto-células y los virus abrieron
el camino para que algunas de las proto-células se vuelvan más independientes del
resto de la comunidad genética? ¿Y estas células cada vez más independientes
finalmente sirvieron como antepasados de los linajes celulares modernos? ¿O estamos
completamente perdidos aquí y, en realidad, fue algo completamente diferente lo que
produjo nuestras células contemporáneas?

Hay muchas preguntas interesantes para abordar en la investigación de virus. Sin

embargo, incluso si los acertijos científicos fundamentales como los introducidos aquí
todavía están enterrados en el océano de incertidumbres, los mismos acertijos pueden
ayudar a darse cuenta del potencial que la investigación de virus puede tener para
ayudar a encontrar las respuestas. En cualquier caso, solo el estudio de los virus puede
decirnos si son o no agentes verdaderamente esenciales de la vida.

Notas