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Protidi da PROTOS = primo per la loro importanza primaria

Sono composti quaternari

a contengono anche S e P

• Nell’organismo umano costituiscono circa il 18% del peso


corporeo

POLIMERI LINEARI di 20 amminoacidi diversi


Le funzioni delle proteine
1 g di proteine = 4 kcal

• La principale funzione delle proteine è di tipo


plastico
-Energetica
-Strutturale
-Enzimatica
-Trasporto
-Ormonale
Quante proteine si possono inventare con 20
amminoacidi?

n = numero di aa
in una data
proteina

Il nostro organismo probabilmente sintetizza circa 100.000-


150.000 diverse proteine, usando non più di 30.000-40.000 geni
diversi.
Esistono 20 amminoacidi diversi

Quante proteine possiamo costruire? Per farci


un’idea, cominciamo con un semplice peptide
fatto da una catena di quattro amminoacidi.
In ciascuna delle quattro posizioni, possiamo
scegliere di mettere uno qualsiasi dei 20
amminoacidi; il numero complessivo di
combinazioni sarà pertanto 20x20x20x20=
160.000. In realtà, le proteine sono fatte da
moltissimi amminoacidi, in media da 200-300.
Questo significa moltiplicare 20 per se stesso
per 200-300 volte (20200-20300). Ne viene
fuori un numero praticamente infinito di
sequenze teoricamente possibili.
Struttura di un α-amminoacido
Tutti gli amminoacidi contengono un gruppo amminico
ed una funzione carbossilica
legate ad un carbonio centrale detto carbonio α, Cα.
H
O
La forma
H H
+ zwitterionica è la
Cα struttura corretta di un
H N C - amminoacido a pH
R O
neutro
H

• Legati al carbonio α ci sono anche un idrogeno


ed una catena laterale, R.

I diversi amminoacidi si distinguono per la


diversa natura del gruppo multifunzionale R.
Forme ioniche dell’alanina nelle soluzioni acide, neutre e
basiche

Quindi a pH fisiologico (7.4) il gruppo carbossilico è


deprotonato (R-COO-) e quello amino protonato (R-NH3+)

Questo composto è chiamato zwitterione, ed ha carica netta=0


Classificazione degli amminoacidi in base al gruppo R

Le catene laterali di tali a.a.


danno origine ad
interazioni idrofobiche che
stabilizzano la struttura
terziaria delle proteine
Classificazione degli amminoacidi in base al gruppo R

Le catene laterali di questi


a.a. sono più idrofiliche di
quelle degli a.a. non polari
per la presenza di gruppi
funzionali in grado di
formare legami idrogeno con
l’acqua
Classificazione degli amminoacidi in base al gruppo R

Amminoacidi con catene


Le catene laterali di laterali basiche
questi a.a. sono più
idrofiliche per la
presenza di cariche
nette positive o
negative

Amminoacidi con
catene laterali acide
LEGAME PEPTIDICO
Struttura del dipeptide valilalanina
Le proteine hanno diversi livelli di struttura
La struttura delle proteine
La forma della proteina è importante per svolgere la sua funzione.
Il riscaldamento provoca la perdita della forma (denaturazione) e la perdita della
funzione delle proteine.

Struttura primaria: sequenza di amminoacidi che


forma una catena polipeptidica. Legami covalenti

Struttura secondaria: catena polipetidica si


ripiega a formare struttura ad α-elica o
struttura a foglietti β . Legami a idrogeno

Struttura terziaria: ripiegamento della catena


polipeptidica dovuto ad interazioni deboli. In tale
ripiegamento sono presenti diversi tipi di
struttura secondaria. Proteine globulari

Struttura quaternaria: interazioni esistenti fra


varie subunità, nel caso in cui le proteine siano
costituite da più catene polipeptidiche. Es.
emoglobina (proteina presente nei globuli rossi,
con funzione di trasporto dell’ossigeno nel
sangue)
La Struttura Primaria
• È lo scheletro della
proteina,
• si ripetono un
atomo di azoto con
due di carbonio,
• la semplice
sequenza
amminoacidica
costituisce la
struttura base
della proteina.
La Struttura Primaria
• La struttura primaria
di una proteina è una
lunga sequenza di
amminoacidi legati
per mezzo del legame
peptidico: il gruppo
carbossilico di un
amminoacido si lega
al gruppo amminico di
quello adiacente con
la liberazione di una
molecola d'acqua. Reazione di
condensazione
L’α-elica
L’α
(L. Pauling, 1951)
Legami a
idrogeno

Premio Nobel per la


Chimica, 1954
La Struttura Secondaria
• L' α-
α-elica ha un passo di 5.4 Å e
ogni spira dell'elica è costituita
da 3.6 residui amminoacidici.
• L'eccezionale stabilità di questa
conformazione dipende dal fatto
che tutti gli NH e i C=O dei
gruppi peptidici sono impegnati
in legami a ponte di idrogeno.

L'α-elica è il risultato del ripiegamento


L'α-
probabilmente più "naturale" che una
catena peptidica possa assumere.
La Struttura Secondaria
• Le catene laterali R dei residui
amminoacidici sono tutte
rivolte verso l'esterno
dell'elica.
• Procedendo dall’azoto
terminale, tutti i gruppi
carbonilici sono rivolti verso
il basso.
• Sono legati con legami ad
idrogeno a gruppi N- N-H che di
trovano avanti lungo la catena.
Struttura β
foglietto pieghettato

Legami a idrogeno
tra catene
Gruppi –R che
sporgono sopra e
sotto il piano
La Struttura Secondaria
• Le catene adiacente
possono svilupparsi in
direzione opposta.

Beta foglietto
anti-parallelo
La Struttura Secondaria
• Le catene adiacente
possono svilupparsi
nella stessa
direzione.

Beta – foglietto
parallelo
La Struttura Secondaria
• I gruppi R delle due
catene si trovano una
volta sopra e una
volta sotto il piano.
• Possono dare
repulsioni.
• Quindi la struttura
beta si trova in
proteine con
amminoacidi che
presentano R piccoli.
STRUTTURE SECONDARIE

- Interazioni idrofobiche
- Legami ionici (ponti salini)
- Legami idrogeno che
coinvolgono le catene laterali
degli aa e/o dei gruppi CO e
NH dei legami peptidici non
impegnati nella stabilizzazione
della struttura secondaria
- Forze attrattive e repulsive
di Van der Waals
La cisteina può formare ponti disolfuro

Ponte disolfuro
La Biochimica dal
parrucchiere: la “permanente”

riduzione piega ossidazione


Molte malattie sono dovute al
difettoso ripiegamento di una
proteina
Alcune patologie derivano da proteine che non sono in grado di
raggiungere la loro struttura funzionale e che tendono a formare grossi
aggregati (fibrille o forme amiloidi): Alzheimer, Parkinson, encefalopatia
spongiforme, diabete di tipo II.

In altri casi mutazioni puntiformi generano proteine che non raggiungono


la loro locazione finale o che non sono più in grado di svolgere la loro
funzione perché incapaci di legare i loro substrati.

Fibrosi cistica: difetto nella proteina transmembrana che agisce come un


canale degli ioni cloro nelle cellule epiteliali (CFTR: 1480 amminoacidi).
La mutazione più comune è la delezione di un amminoacido (Phe 508) e
la proteina mutata non si avvolge correttamente.
Classificazione delle proteine in base ai livelli strutturali
PROTEINE FIBROSE

• Costituite in gran parte da un unico tipo di struttura secondaria

• Hanno catene polipeptidiche disposte in lunghi fasci o in foglietti

• Determinano la resistenza, la forma e la protezione esterna delle


cellule nei vertebrati

• Insolubili in acqua: presenza di molti amminoacidi idrofobici sia


all’interno che all’esterno della proteina

PROTEINE GLOBULARI

• Contengono più tipi di struttura secondaria

• Hanno catene polipeptidiche ripiegate per assumere una forma


globulare o sferica

• La maggior parte degli enzimi e delle proteine regolatrici sono


globulari

• Più solubili in acqua: presentano un interno idrofobo e una superficie


idrofila