Tema 1: Clasificación de microorganismos

• Conceptos de especie biológica, especie bacteriana y cepa

bacteriana
• Taxonomía fenotípica, filogenética y polifásica
• Principales Grupos de Procariotas
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Concepto biológico de especie: “la especie de organismos superiores

consiste en grupos de poblaciones naturales que se cruzan entre si (o que tienen
capacidad potencial de hacerlo) y que están aislados reproductivamente de otros
grupos”

* Este concepto no es válido para los procariotas, que son haploides, carecen de
reproducción sexual y de aislamiento reproductivo
• Concepto de especie bacteriana (o procariótica):
En Microbiología se emplea el concepto “filogenético” o
“genealógico” para definir especie bacteriana:
“ Un grupo monofilético de organismos o “cepas” que muestran un grado
de coherencia o similitud fenotípica y genómica suficiente que permite
diferenciarlos de forma aislada de sus semejantes” (es decir, que se les
puede distinguir de otras “especies” por un número de caracteres
independientes”)

Otra definición práctica: “la especie procariota se define

como una colección de cepas que presentan un alto grado de
similitud en una serie de rasgos independientes”
• Concepto de “cepa” (o “clon”)
Térmico taxonómico muy empleado en Microbiología: “población de
células genéticamente idénticas procedentes de una sola célula
original ”

Cultivo mixto (muestra

ambiental, clínica…. Obtenemos cultivos
puros de colonias
aisladas, las
etiquetamos como
cepas o clones y
conservan a -80ºC
 Taxonomía Fenotípica

• Agrupa a los organismos en base a semejanzas

fenotípicas:

- Clasifica las especies utilizando características observables :

- Caracteres clásicos: morfología, movilidad, nutrición…….
- Marcadores quimiotaxonómicos (tipos de ácidos grasos de membrana….)

- No tiene en cuenta relaciones de parentesco evolutivo

 IDENTIFICACIÓN BACTERIANA

Métodos Clásicos Métodos multiprueba

miniaturizados (rápidos)

* Sistemas API

Procedimiento largo y
tedioso * Sistemas automatizados
(MicroScan, VITEK, BIOLOG…)
Sistemas Multiprueba automatizados
 Taxonomía filogenética
• Determina relaciones de parentesco evolutivo entre las especies
• Basada principalmente en el uso de la secuencia del gen que codifica para
el ARNr 16S (cronómetro evolutivo)

Extracción
del ADN Amplificación del
gen 16S
por PCR
Cepa bacteriana

Secuenciación del gen 16 S

y comparación de de la
secuencia con las existentes en
bases de datos

Construcción del arbol filogenético

 Dos cepas con una identidad en el gen de ARNr 16S superior al 97%, se
consideran como pertenecientes a la misma especie

 Una cepa puede ser considerada como perteneciente a una nueva

especie si la secuencia de su gen 16S rRNA difiere en más del 3% de cepas
de cualquier especie conocida.

Si difiere en más del 5% pertenecería a un nuevo género.

 Taxonomía filogenética (cont.)

• Hibridación DNA–DNA

– Útil complemento a la secuenciación del gen

ARNr 16S
– Proporciona un índice útil de similitud entre dos
organismos
– Valores de hibridación entre cepas del 70% o
superior indican que pertenecen a la misma
especie.
Organisms to Organism 1 Organism 2
be compared:
Genomic DNA Genomic DNA

DNA
Shear and label ( –P ) Shear DNA
preparation
P P P P
P P

P P

Heat to
form P P P P
P
single P

P P
strands.
Probe DNA Target DNA

Hybridization experiment:
Mix DNA on a nylon membrane, adding probe DNA in excess:
P

1x1
P P
Hybridization is 100%.
(Control) P

Hybridized DNA

P
1x2 Hybridization is 25%.
(Experiment)
Hybridized DNA

Results and interpretation:

Same genus, 1x1 1x2
Same but different Different
100% 25%
species species genera

Same strain 1 and 2 are likely

different genera
Taxonomía polifásica (enfoque actual)

• Incluye el estudio de características fenotípicas y

filogenéticas

• Dos cepas pertenecen a especies distintas:

- Si sus secuencias del gen del ARN 16S difieren en más del
3%
- Si el porcentaje de hibridación DNA-DNA es inferior al 70%.
- Si hay varias pruebas fenotípicas que permitan diferenciar
claramente una cepa de otra.
 Clasificación y Nomenclatura
• Sistema binomial de nomenclatura similar al empleado en
otras ciencias:
- nombres específicos (origen latino o griego):
Ej. Staphylococcus aureus; Corynebacterium glutamicum, Vibrio anguillarum, Vibrio
cholerae ……
- nombres comunes (o vulgares):
Ej.- Gonococo (Neiseria gonorrhoeae); Meningococo (Neisseria meningitidis);
Neumococo (Streptococcus pneumoniae) …..

• La asignación de nombres de las especies procariotas está regulado

por el “International Code of Nomenclature of Bacteria”
 Clasificación y Nomenclatura

• El reconocimiento de una nueva especie procariótica

requiere:
– Depósito of una cepa de la especie en dos colecciones de cultivo
independientes.
– Publication de la descripción de la nueva especie en la revista
“International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
(IJSEM)”

• El “International Committee on Systematics of Prokaryotes

(ICSP)” es el responsable de revisar y actualizar la
nomenclatura y taxonomía de Bacterias y Arqueas
 Principales Grupos de bacterias y Arqueas
• Carl Woese estableció el concepto de “dominio” en base a la
secuenciación de los genes de la subunidad pequeña del ARNr

Dominio philum clase orden familia género especie

 Dominio BACTERIA

* Especies relacionadas Deferribacter

fenotípicamente están en
grupos filogenéticamente Cytophaga

diferentes Flavobacteria
Spirochetes Planctomyces/
Pirellula Verrucomicrobiaceae
Green sulfur
bacteria
Deinococci

Green nonsulfur Chlamydia

bacteria

Cyanobacteria
Thermotoga
Actinobacteria
Gram-positive
bacteria
Firmicutes and Mollicutes
Thermodesulfobacterium
Nitrospira


Aquifex 

Proteobacteria


B. rojas
* Hay grupos bacterianos (philum)
están constituídos por especies que
estando relacionadas
filogenéticamente, carecen de
homogeneidad fenotípica

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2015