QFB.

Andrea Guadalupe Flores Valdes

M. en C. de los Alimentos y Biotecnología

ACIDOS NUCLEICOS Y NUCLEOTIDOS

GUÍA
Los nucleótidos no solo son los constituyentes de los de los ácidos nucleicos
encargados de contener la información genética, si no también son componentes
estructurales de una serie de cofactores enzimáticos ( CoA, FADH2, NADH, NADHP),
intermedios metabólicos (UDP-Glucosa, CDP-Colina) y segundos mensajeros (AMPc,
GMPc), además de ser un eslabón para reacciones metabólicas siendo un
componente en la respuesta a hormonas y otros estímulos celulares.

“Los nucleótidos son los bloques de construcción de los ácidos nucleicos”

Los nucleótidos son monómeros compuestos por un azúcar, un grupo fosfato y un
compuesto nitrogenado débilmente básico llamado base.
Las bases nitrogenadas, son compuestos orgánicos cíclicos débilmente básicos, que
incluyen dos o más átomos de nitrógeno y normalmente se clasifican en dos familias:
purinas y pirimidinas.
La pirimidina tiene un solo anillo de cuatro átomos de carbono y dos de nitrógeno,
la purina tiene un sistema de anillos fundidos de pirimidina y de imidazol.

Fig. 1. Estructura química de las 5 bases principales

Las principales pirimidinas que hay en los nucleótidos son uracilo (2,4-
dioxopirimidina, U), timina (2,4-dioxo-5-metilpirimidina, T) y citosina (2-oxo-4-
aminopirimidina, C). Las principales purinas son adenina (6-aminopurina, A) y
guanina (2-amino-6-oxopurina, G).
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pH. Las bases a pH fisiológico (7.4) cercano a la neutralidad pueden presentarse

como hidrofóbicas e insolubles en agua. A pH ácido o alcalino, dentro de las células
y como constituyentes de nucleótidos y poli nucleótidos, adquieren carga y aumenta
su solubilidad en agua.
Según el pH, cada base puede existir cuando menos en dos formas tautómeras.

Fig. 2. Formas tautómericas de las bases principales.

Tanto el DNA como el RNA contienen dos bases purínicas principales, adenina y
guanina y dos pirimidinas principales. Tanto en el DNA como en el RNA una de las
primidinas es la citosina pero la segunda no es la misma en los dos, en el DNA es
timina y en el RNA uracilo. Aunque raramente se encuentra timina en el RNA o uracilo
en el DNA.

Nucleósido
Los nucleósidos están formados por ribosa y desoxirribosa y una base heterocíclica.
En cada nucleósido, un enlace b-N-glicosídico conecta el C-1 del azúcar al N-1 de la
pirimidina o al N-9 de la purina.
Los nombres de los nucleósidos se derivan de los de sus bases. El ribonucleósido
que contiene adenina se llama adenosina; su contraparte desoxi se llama
desoxiadenosina. De igual modo, los ribonucleósidos de guanina, citosina y uracilo
son guanosina, citidina y uridina, respectivamente. Los desoxirribonucleósidos de
guanina, citosina y timina son desoxiguanosina, desoxicitidina y desoxitimidina,
respectivamente.

Nucleótidos

Los nucleótidos son derivados fosforilados de los nucleósidos. Los ribonucleótidos

se polimerizan para formar el RNA, conteniendo esta D-ribosa. Los
desoxirribonucleótidos se polimerizan para formar el DNA con una molécula de 2’ –
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desoxi-D-ribosa. Ambos tipos de pentosa se encuentran en la forma β-furanosa (β-

D-ribofuranosa y β-2’-desoxi-D-ribofuranosa).

Fig. 3. Estructuras químicas de los dos azúcares contenidos en los nucleótidos

Los ribonucleósidos contienen tres grupos hidroxilo que se pueden fosforilar (2’, 3’
y 5’), y los desoxirribonucleósidos contienen dos de esos grupos hidroxilo (3’ y 5’).
En los nucleótidos naturales, los grupos fosforilo suelen estar unidos al átomo de
oxígeno del grupo 5’-hidroxilo.

Nomenclatura de bases nitrogenadas. A los átomos de C de las pentosas se les

añade un signo de prima (´) con el fin de distinguirlos entre las bases nitrogenadas.

Cuando contiene otras bases secundarias: En el DNA, las formas metiladas de las
bases principales, donde solo se indica la posición en el anillo donde se ha producido
la sustituación (*5-metilcitosina); en DNA víricos, ciertas bases pueden estar
hidroximetiladas o glucosiladas. Estas alteraciones sirven como señales específicas
para la regulación o protección de la información genética.

Cuando el átomo sustituido es exocíclico (no incluido en la estructura del anillo), se

identifica el tipo de átomo y se indica la posición del anillo a la que se encuentra
unido mediante un superíndice (el nitrógeno amínico unido al C-6 se denominará
N6).
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Fig. 4. Tabla con la nomenclatura de bases, nucleósidos y nucleótidos

Los nucleósidos polifosfato y los polímeros de nucleótidos también se pueden

abreviar usando un esquema en el que los grupos fosfato se representan con “p” y
los nucleósidos se representan con sus abreviaturas de una letra. La posición de “p”
en relación con la abreviatura del nucleósido indica la posición del fosfato; para un
5’ fosfato la “p” precede a la abreviatura del nucleósido, y para un 3’ fosfato, la “p”
sigue a la abreviatura del nucleósido. Así, 5’-adenilato (AMP) se puede abreviar pA,
el 3’-desoxiadenilato como dAp y el ATP como pppA.

¿Cómo distinguir el DNA del RNA?

1.- Presencia de uracilo en el RNA y de timina en el DNA –en el mayor de los casos-
2.- Las pentosas definen la identidad de un ácido nucleico. Si el ácido nucleico
contiene 2’ –desoxi-D-ribosa es DNA, aunque contenga unos cuantos uracilos.
Si contiene D-ribosa, es RNA con independencia de su composición en bases.
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Fig. 5. Desoxirribonucleótidos y ribonucleotidos de los ácidos nucleicos.

Los secuencia lineal de nucleótidos de los ácidos nucleicos están unidos por
enlaces fosfodiéster.
Unidos covalentemente mediante “puentes” de grupos fosfato, en los cuales el
grupo hidroxilo en 5’ de un nucleótido está unido al grupo hidroxilo en 3’ del
nucleótido siguiente mediante un enlace fosfodiéster. Este enlace se crea por la
polaridad de ambos grupos haciendo que la molécula del DNA y RNA sea hidrofílicos

Las cadenas de polinucleótidos tienen direccionalidad.

La secuencia de una cadena sencilla de ácido nucleico se escribe siempre con el
extremo 5’ a la izquierda y el 3’ a la derecha; es decir, en la dirección 5’ -> 3’.
Se dice que un extremo de una cadena lineal de polinucleótido es 5’ (porque no hay
residuo unido a su carbono 5’) y que el otro es 3’ (porque no hay residuo unido a su
átomo de carbono 3’)
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Oligonucleótido: ácido nucleico de cadena corta, polímeros de hasta 50

nucleótidos, si se presenta mayor longitud se conocen como polinucleótidos.

ESTRUCTURA

Formación de una doble hélice con dos hebras antiparalelas.

Hacia 1950, Erwin Chargaff había deducido que el ADN de todas las especies, tenía
una relación de purinas a pirimidinas 1:1.
El modelo de Watson-Crick explicó las cantidades iguales de purinas y pirimidinas al
sugerir que el ADN tiene doble hebra (doble cadena) y que las bases en una hebra
se apareaban en forma específica con las bases de la otra: A con T y G con C. La
estructura propuesta por Watson y Crick se llama hoy conformación B del ADN, o
simplemente B-ADN.

Las hebras son complementarias, y una puede servir como plantilla para la otra.
La mayor parte de las moléculas de ADN consisten de dos hebras, de polinucleótidos.
Cada una de las bases en una hebra forma puentes de hidrógeno con una base de
la hebra opuesta. La guanina se aparea con citosina y la adenina con timina,
maximizando los puentes de hidrógeno entre sitios potenciales. Entonces, los pares
de bases G/C tienen tres puentes de hidrógeno, y los pares de bases A/T tienen dos.

Antiparalelas
Los esqueletos de azúcar-fosfato en las hebras complementarias de ADN de doble
hebra tienen orientaciones opuestas. En otras palabras, son antiparalelas. Cada
extremo del ADN de doble hebra está formado por el extremo 5’ de una hebra y el
extremo 3’ de la otra.

Las dos cadenas se enrollan entre sí para formar una estructura helicoidal de doble
hebra, o doble hélice.
Las interacciones no covalentes cooperativas entre las superficies superior e inferior
de cada par de base acercan entre sí a esos pares y crean un interior hidrofóbico que
hace que se tuerza el esqueleto de azúcar-fosfato. Son esas interacciones de
apilamiento las que crean la conocida hélice.

Estabilidad
La estructura del ADN es estable gracias a:
- Enlaces de hidrógeno que se forman en los pares de bases
- El apilamiento de las bases nitrogenadas: éstas exhiben la tendencia a apilarse unas
sobre otras con una orientación más o menos perpendicular al eje de la hélice, de
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forma que las interacciones de nubes electrónicas de los orbitales entre las bases
apiladas contribuye a la estabilidad de la doble hélice (fuerzas de van der Waals).
- Interior hidrofóbico
- La hidratación de los grupos polares del esqueleto azúcar-fosfato con el entorno
acuoso.

Surco mayor y surco menor

Tras el apareamiento de las dos cadenas, en la
superficie de la doble hélice se da lugar a la
formación de dos surcos de ancho desigual y como
cada par de bases gira unos 34.6° respecto al
anterior, estos surcos se van repitiendo y
alternando; un surco mayor y uno menor. Dentro
de cada surco, los grupos funcionales en las orillas
de los pares de bases quedan expuestos,
permitiendo así que las proteínas reconozcan sin
equivocación las secuencias de ADN sin tener que
abrir la doble hélice.

Fig. 7. Estructura tridimensional de B-ADN.

El diámetro de la hélice es 2.37 nm y la distancia entre pares de bases es 0.33 nm.
La distancia para completar una vuelta es 3.40 nm.

Desnaturalización
Desenrollamiento y la separación de las hebras individuales complementarias.
Durante la replicación, reparación, recombinación y transcripción del ADN, se da
lugar a alteraciones en distintas regiones localizadas de la doble hélice.
Calor o agente caotrópico (urea o cloruro de guanidinio). Al elevar la T° (85°C), se
dispersan las bases y se rompen puentes de hidrógeno entre éstas.
La temperatura a la que la mitad del ADN se ha convertido en una sola cadena se le
llama punto de fusión, Tm.
El desensamble comienza con el desenrollamiento de un tramo interno corto de
ADN, formando una “burbuja” de una hebra. Esta burbuja de una hebra desestabiliza
rápidamente los pares apilados de bases, y esta desestabilización se propaga en
ambas direcciones a medida que se expande la burbuja.
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Es más fácil fundir ADN rico en A/T que ADN rico en G/C, por las interacciones de
apilamiento más débiles y un puente de hidrógeno menos.

Para medir el grado de desnaturalización se usa la absorción de luz ultravioleta. El

ADN de una hebra absorbe 12 a 14% más luz que el ADN de doble hebra a 260 nm.

En determinadas condiciones, una disolución de DNA monocatenario

(desnaturalizado), puede volver a formar el DNA nativo (de doble hebra). Este
proceso recibe el nombre de renaturalización del DNA. Cuando el DNA
renaturalizado se forma a partir de moléculas de DNA de distinto origen, o entre una
molécula de DNA y otra de RNA, la renaturalización se conoce como hibridación.

Absorbancia
Los dobles enlaces conjugados de derivados de purina y pirimidina (bases
aromáticas nitrogenadas) de las cadenas de DNA absorben luz ultravioleta. Si bien
los espectros son dependientes del pH, a pH de 7.0 todos los nucleótidos comunes
absorben luz a una longitud de onda cercana a 260 nm.
Esta característica es usada para determinar su concentración.

Fig. 8. Curva de absorbancia de los nucleótidos a 250 nm.

Para medir el grado de desnaturalización se usa la absorción de luz ultravioleta. El

ADN de una hebra absorbe 12 a 14% más luz que el ADN de doble hebra a 260 nm.

Tipos de ADN (A,B,Z)

El ADN es una molécula dinámica cuya conformación depende de las secuencias de
nucleótidos. Además de varias formas de B-ADN, hay dos conformaciones muy
diferentes del ADN. Se forma A-ADN cuando se deshidrata el ADN, y se puede
formar Z-ADN cuando están presentes ciertas secuencias (ambas descubiertas por
Rosalind Franklin en 1952).
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- A-ADN: está enrollado más apretadamente que el B-ADN, y los surcos mayor y
menor tienen ancho similar. Hay unos 11 pb por vuelta y los pares de bases están
desplazados unos 20° en relación al eje mayor de la hélice.
- Z-ADN: no hay surcos y la hélice es izquierda, no derecha. Regiones ricas en G/C.

Superenrollamiento del ADN

Retorcimiento o giro sobre si misma de una hélice, de forma que su eje no sigue una
línea recta, sino otra hélice (“superhélice”)

Se dice que está relajada si tal molécula puede reposar plana sobre una superficie.

Fig. 9. ADN relajado y ADN superenrollado.

Esta doble hélice relajada se puede seguir envolviendo o desenvolviendo si se

rompen las hebras del ADN y se tuercen los dos extremos de la molécula lineal en
direcciones opuestas. Cuando se vuelven a unir las hebras para crear un círculo, ya
no hay 10.4 pares de bases por vuelta, las necesarias para mantener la conformación
B estable.
Cada superenrollamiento se compensa por una vuelta de la doble hélice. La mayor
parte de las moléculas de ADN circular están superenrrolladas en las células
Topoisomerasa; Estas notables enzimas rompen una o las dos hebras del ADN,
desenvolviendo o envolviendo el ADN girando los extremos separados y los vuelven
a unir, para crear (o eliminar) superenrollamientos.
Si se destuerce el ADN, se compensa formando superenrollamientos negativos para
mantener la conformación estable B.
El superenrollamiento no es estable, pues nada retiene en los extremos. Además, hay
un libre giro de una hebra con respecto a la otra.

***Estructura primaria del DNA; secuencia de desoxirribonucleótidos de una de las

cadenas. Secundaria; estructura de doble hélice (postulada por W y C, difracción
rayos X Franklin, Equivalencia de bases de Chargaff). Terciaria; superenrollamiento,
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como se almacena el ADN en un volumen reducido. Cuaternaria; ADN se asocia con

proteínas: histonas y no histonas, para formar la cromatina***

ARN. Diversos tipos

Los ARN son moléculas de una hebra, pero con frecuencia tienen estructura
secundaria compleja. Bajo condiciones fisiológicas, la mayor parte de los
polinucleótidos de una cadena se doblan hacia atrás sobre sí mismos para formar
regiones estables de ARN de doble hebra, con bases apareadas.

En la célula se encuentras 3 diferentes tipos de ARN, los cuales cumplen diferentes y

determinadas funciones. (1) RNA ribosómicos (rRNA) son componentes de los
ribosomas y cumplen su función llevando a cabo la síntesis de proteínas, (2) RNA
mensajeros (mRNA) actúan de intermediarios, transportando la información desde
un gen o unos pocos genes hasta el ribosoma, donde se sintetizan las proteínas y el
(3) RNA de transferencia (tRNA) son moléculas adaptadoras que traducen con
fidelidad la información contenida en el mRNA a secuencias específicas de
aminoácidos.

*Cromatina
*Nucleosomas
*Hidrólisis de ac. nucleicos