Capítulo 1

Introdução à Microbiologia Industrial:

Da Bioprospecção à Taxonomia

Andrew Macrae • Angela Michelato Ghizelini • Erika Santoro • José Roberto

Ribeiro • Pedro Henrique Freitas Pereira • Rodrigo Pires do Nascimento •
Selma Soares de Oliveira

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Neste capítulo serão apresentadas as primeiras noções do universo da
Microbiologia, desde os primórdios da origem dos seres vivos até os dias
atuais. Hoje sabemos que existe uma grande e vasta biodiversidade no
planeta e cada vez mais novas espécies vêm sendo identificadas, gra-
ças às diversas metodologias de que dispomos na Taxonomia Numérica e
Molecular. Os micro-organismos isolados e identificados até o presente
momento representam cerca de apenas 1% do total da biodiversidade
microbiana estimada. Conhecer seus potenciais biotecnológicos através de
estudos de bioprospecção é de grande valia para desenvolvermos novos
bioprodutos e processos industriais, bem como as formas mais adequadas
para conservação e depósito em diferentes Coleções de Culturas. Para tal, é
importante conhecer os aspectos legais (Lei 13.123/2015) de acesso ao Pa-
trimônio Genético de acordo com as bases determinadas pela Convenção
da Diversidade Biológica (CDB) e o Protocolo de Nagoya.

1.1 INTRODUÇÃO
Micro-organismo é um termo que inclui todos os seres microscópicos como bac-
térias, protozoários, fungos e mesmo os vírus. Apesar de um conceito superficial,
essa ideia talvez tenha origem na característica ubiquitária da vida microbiana.
 Capítulo 2

Biologia e Biotecnologia
de Procariotos

Diogo de Azevedo Jurelevicius • Renata Estebanez Vollú • Rodrigo Pires do

Nascimento • Rosalie Reed Rodrigues Coelho

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Neste capítulo falaremos sobre as características gerais encontradas nos
microrganismos procarióticos, abordando temas como citologia, fisiologia
e genética de procariotos. Além disso, destacaremos o uso de alguns
grupos de procariotos na biotecnologia.

2.1 INTRODUÇÃO
O objetivo deste capítulo é introduzir um dos principais grupos de microrganis-
mos que são utilizados na biotecnologia: os procariotos. Os procariotos são
divididos em dois grandes grupos, as bactérias e as arqueias. Ambos são organis-
mos haploides e unicelulares, sendo que, geralmente, uma única célula pode
realizar todas as funções necessárias para o seu ciclo de vida, independente da
presença de outras células do mesmo tipo ou de tipos diferentes. Os procariotos
são organismos relativamente simples e, em alguns casos, são fáceis de serem
manipulados e cultivados em laboratórios. Entretanto, a diversidade de bactérias
e arqueias é enorme. Por essas razões, o uso de grupos de procariotos em proces-
sos biotecnológicos cresce ano a ano. Neste capítulo, veremos as características
básicas de bactérias e arqueias.
 Capítulo 3

Biologia e Biotecnologia de Fungos

Vívian Nicolau Gonçalves • Camila Rodrigues de Carvalho • Soraya

Sander Amorim • Graciéle Cunha Alves de Menezes • Gislaine Aparecida
Vitoreli • Jéssica Catarine Silva de Assis • Luiz Henrique Rosa

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Neste capítulo será apresentada a biologia básica dos fungos filamentosos,
a qual envolve sua hierarquia taxonômica, filos e grupos afins reconhecidos,
ciclos reprodutivos, morfologia, diversidade e relações ecológicas com os
outros seres vivos. Além disso, este capítulo também irá tratar das aplicações
biotecnológicas dos fungos filamentosos quanto à produção de moléculas
de interesse nas indústrias farmacêuticas, de alimentos e na agricultura,
além do uso em processos de controle da poluição em ambientes naturais.

3.1 INTRODUÇÃO
Os fungos filamentosos representam um grupo microbiano altamente diversificado
em termos de morfologia, fisiologia e genética. Virtualmente, os fungos filamen-
tosos estão presentes em todos os ecossistemas do planeta, ocupam diferentes
habitats e possuem importantes funções ecológicas na biosfera. Além disso, muitas
espécies são utilizadas em vários processos bitecnológicos.
Os fungos filamentosos são definidos como organismos heterotróficos, sem
presença de quaisquer plastídeos (cloroplastos e amiloplastos), não apresentam
estrutura de reprodução na fase vegetativa, não realizam fagocitose, não execu-
tam movimentos ameboides, são formados por hifas microscópicas que no seu
conjunto constituem o micélio. Os fungos filamentosos apresentam nutrição por
meio da absorção de subprodutos da degradação de substâncias complexas por
 Capítulo 4

Biologia e Biotecnologia de Leveduras

Camila Gontijo de Morais • Marco Aurélio Soares • Mariana Rocha

Lopes • Carlos Augusto Rosa

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

As leveduras são micro-organismos de grande importância biotec-
nológica. Estes fungos são conhecidos pela capacidade de realizar
fermentações alcoólicas, exercendo um papel fundamental na produ-
ção industrial de bioetanol e de diversas bebidas, tais como cerveja,
vinho, sidra, saquê e bebidas destiladas. Além destes produtos, estes
micro-organismos são utilizados em processos de panificação, pro-
dução de queijos, salsichas, entre outros. Também estão presentes
em processos industriais que envolvem a produção de enzimas, lipí-
deos, carotenoides, compostos aromáticos e proteínas heterólogas.
Na agricultura, as leveduras têm sido utilizadas como agentes de con-
trole biológico principalmente para evitar a deterioração de frutas.
As leveduras são também utilizadas como organismos modelo para o
estudo dos eucariotos, principalmente os processos de diferenciação
celular. Por tudo isso, as leveduras superam, na capacidade de produção
e receitas econômicas geradas, qualquer outro micro-organismo indus-
trial em todo o mundo, e uma espécie, o Saccharomyces cerevisiae, é
considerada “domesticada”, pois está presente em praticamente todos
os processos que envolvem fermentação alcoólica conduzidos pelo
homem. O objetivo deste capítulo é dar uma breve visão da classificação
e ecologia das leveduras e descrever alguns processos nos quais estes
micro-organismos são utilizados.
 Capítulo 5

Micro-Organismos Fotossintéticos:
Microalgas

Maria Isabel Queiroz • Leila Queiroz Zepka • Eduardo Jacob-Lopes

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Este capítulo discute os aspectos relacionados com a aplicação industrial
de micro-organismos fotossintéticos, com ênfase em microalgas. Serão
abordados os fundamentos da morfologia, fisiologia e metabolismo de
microalgas, os sistemas de cultivo e as principais aplicações tecnológicas
das microalgas.

5.1 INTRODUÇÃO
A diversidade de seres que compõem o universo biológico que assola o planeta é
simplesmente deslumbrante. Não menos deslumbrante que o todo, sem dúvida,
é cada unidade em especial, ainda que em muitos aspectos possa ser similar
morfo e fisiologicamente aos demais. Independente do padrão específico de síntese
proteica de cada organismo, todos realizam transformações químicas, com suas
devidas diferenças metabólicas, que despertam potencial interesse biotecnológico.
Das múltiplas diversidades metabólicas, vêm se destacando sob o ponto de
vista biotecnológico os micro-organismos fotossintéticos, em especial as micro-
algas. Microalgas são organismos fotossintéticos com altas taxas de crescimento,
que podem converter a energia solar em energia química através da fixação de
dióxido de carbono. Esta terminologia engloba uma variedade de organismos
 Capítulo 6

Engenharia Genética Aplicada

à Microbiologia

Wendel Batista da Silveira • Raphael Hermano Santos Diniz • Tatiana Maria de

Souza-Moreira • Denise Mara Soares Bazzolli

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Inicialmente, uma introdução à biologia molecular será apresentada no
intuito de revisar a estrutura e função dos ácidos nucleicos, bem como as
técnicas moleculares importantes para a manipulação deles. Além disso,
os princípios básicos da regulação da expressão gênica serão abordados à
luz da engenharia genética. Em seguida, serão apresentados os conceitos
de mutação, os tipos de mutação e mutantes. A obtenção de organismos
geneticamente modificados será apresentada utilizando exemplos de
mutagênese e engenharia genética. No tocante à engenharia genética,
atenção especial será dada à superexpressão de genes e à expressão
heteróloga de proteínas. Por fim, os aspectos de biossegurança relacio-
nados com a obtenção de organismos geneticamente modificados serão
apresentados de acordo com a legislação vigente no Brasil.

6.1 INTRODUÇÃO
Os micro-organismos vêm sendo utilizados industrialmente para a produção de
bebidas, alimentos, biocombustíveis, enzimas, proteínas recombinantes, vacinas,
hormônios, biopolímeros e antibióticos, ocupando, assim, um papel de destaque
na biotecnologia (Tabela 6.1). Os micro-organismos utilizados em processos
industriais são comumente modificados geneticamente visando o aumento da
 Capítulo 7

Métodos de Esterilização
e Desinfecção em Bioprocessos

Ariane Gaspar Santos • Carlos Eduardo Conceição de Souza • Bernardo Dias

Ribeiro

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Neste capítulo são apresentados conceitos básicos sobre métodos de
esterilização e desinfecção, abrangendo os principais métodos físicos
e químicos utilizados na microbiologia e também apresentando alguns
mais recentes. O enfoque é dado no modo de ação, aplicabilidade e
importância desses métodos dentro da microbiologia em bioprocessos. A
avaliação da atividade antimicrobiana de desinfetantes e antissépticos é
abordada por meio de métodos que descrevem esses procedimentos
de forma detalhada em esquemas, de acordo com a legislação brasileira
e regulamentações internacionais. Dessa maneira, o capítulo dedica-se a
introduzir o leitor nos principais conceitos sobre controle microbiano,
evidenciando diferentes estratégias e alternativas para realizá-lo, assim co-
mo demonstrar procedimentos para a avaliação de agentes desinfetantes
e antissépticos utilizados para atingir tal finalidade.

7.1 DEFINIÇÃO
Desde 1864, quando Louis Pasteur desacreditou a teoria de geração espontânea
utilizando calor para eliminar contaminantes em seu frasco com meio de cultivo
(Madigan et al., 2012), a esterilização e a desinfecção se tornaram assuntos importantes
para controle de crescimento, ou até a eliminação de micro-organismos. Normalmente
 Capítulo 8

Introdução a Bioprocessos

Maria Alice Zarur Coelho • Nei Pereira Junior • Priscilla Filomena Fonseca Amaral

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

A Biotecnologia é um fator chave no desenvolvimento e implementação de
processos para obtenção de novos produtos alimentícios e farmacêuticos,
para alimentação animal e vários outros produtos específicos obtidos pela
aplicação dos princípios da microbiologia, da tecnologia enzimática e da
engenharia. Os principais aspectos que envolvem um bioprocesso incluem
as características da matéria-prima, sendo possível encontrar substratos
solúveis, pouco solúveis ou insolúveis, e as especificidades do biocatali-
sador, que pode ser um micro-organismo, células animais ou vegetais ou
enzimas. É importante também levar em consideração as várias formas
de condução do processo biotecnológico (batelada, batelada alimentada,
contínuo etc.) em função das características do sistema (efeitos de inibição,
nível de esterilidade, tipo de biocatalisador etc.) e do tipo de cinética do
bioprocesso. Parâmetros cinéticos devem ser calculados para se identificar
a influência de diferentes fatores e, assim, obter as melhores condições para
elevadas produtividades, rendimentos e eficiência. A escolha do biorreator
e seus acessórios é também essencial para o sucesso do bioprocesso e o
tipo de mistura, o tipo e a forma do biocatalisador e a configuração do
equipamento influenciam bastante na conversão e produtividade. Não se
pode deixar de lado as etapas de tratamento da matéria-prima e preparo do
meio (etapas de upstream) e de separação e purificação do produto (etapas
de downstream), pois as mesmas influenciam todo o processo. Todos
esses conceitos são abordados neste capítulo levando em consideração
os aspectos fisiológicos e metabólicos dos micro-organismos de forma a
conferir ao leitor uma visão geral de um bioprocesso típico.
 Capítulo 9

Produção de Enzimas Microbianas

Alane Beatriz Vermelho • Ana Maria Mazotto de Almeida • Maria Cristina

Pinheiro Pereira Reis Mansur • Mateus Gomes de Godoy • Rodrigo Pires do
Nascimento • Selma Soares de Oliveira • Verônica da Silva Cardoso

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Neste capítulo são apresentadas as principais classes de enzimas micro-
bianas que podem ser aplicadas nos diversos setores da indústria. Dentre
as enzimas de maior relevância podemos destacar as peptidases, amilases,
transglutaminases, lipases e o complexo das holocelulases. A definição,
principais reações catalisadas e aplicações industriais são descritas ao lon-
go deste capítulo. Um tópico sobre as estratégias moleculares de produção
das enzimas microbianas descreve as modernas técnicas empregadas hoje
para controle da produção das enzimas microbianas.

9.1 INTRODUÇÃO
As enzimas são catalizadores proteicos específicos ao substrato e podem acelerar
a velocidade de uma reação bioquímica de 102 a 103 vezes, além de oferecerem
processos mais competitivos quando comparadas aos catalizadores químicos
(Braz e Sakuma, 2012). As enzimas podem ser classificadas quanto à forma de
uso e quanto ao mecanismo de ação. Com relação ao seu uso elas podem ser do
tipo que (i) a enzima catalisa a principal reação química do sistema (por exemplo,
Amido sendo convertido a Glucose pela Amilase); (ii) as enzimas são relevantes
nas reações que complementam as características do produto; e (iii) a enzima é o
próprio produto combinada a outro componente (produto farmacêutico). Em se
 Capítulo 10

Produção de Etanol Combustível

Nei Pereira Junior • Luiz Felipe Amarante Modesto • Johanna Méndez

Arias • Carolina Araújo Barcelos • Maria Antonieta Peixoto Gimenes Couto

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Neste capítulo, são apresentados os principais aspectos relativos à pro-
dução de etanol, seja de primeira (1G), segunda (2G) ou terceira (3G)
gerações, conceitos elucidados e discutidos ao longo do texto.
Aspectos gerais da fermentação alcoólica são apresentados como forma
de contextualizar a temática e esclarecer o leitor sobre a estrutura de
produção do etanol. Ao longo do texto são mencionadas as etapas de
processamento da matéria-prima, agentes biológicos que atuam nas
diferentes etapas do processo e aspectos da bioquímica envolvida, enfa-
tizando os principais fatores que exercem influência sobre o processo de
fermentação e também as matérias-primas e insumos utilizados. Detalhada
descrição sobre as diferentes estratégias e concepções de processo são
apresentadas. Ao final, são apontadas perspectivas para o futuro do setor
alcooleiro no país.

10.1 INTRODUÇÃO
Ao longo do século passado, as fontes fósseis de matérias-primas foram a base para
o desenvolvimento da sociedade industrializada. Logo, as pesquisas científicas
se concentraram no desenvolvimento de processos e refinarias baseados nestes
recursos não renováveis — petróleo, carvão mineral e gás natural, principalmente —
para a produção de uma ampla variedade de bens e produtos, tais como plásticos,
fertilizantes, solventes, medicamentos, detergentes, combustíveis etc.
 Capítulo 11

Produção Biotecnológica
de Antibióticos

Ângelo Samir Melim Miguel • Tatiana Souza Porto

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Os antimicrobianos são moléculas importantes dentro da microbiologia
industrial, pois estão relacionadas com o tratamento de doenças causadas
por micro-organismos. Este capítulo abordará de forma simplificada o his-
tórico, a ação e aplicação, a produção e evolução de alguns dos principais
antimicrobianos de uso clínico.

11.1 INTRODUÇÃO
No início, o tratamento de infecções era dominado pela aplicação de produtos
naturais e seus variantes semissintéticos. Assim, o termo antibiótico foi definido
como sendo substâncias produzidas por diversas espécies de micro-organismos
capazes de inibir o crescimento de outros micro-organismos, podendo eventualmente
destruí-los. Contudo, o termo antibiótico é comumente estendido às substâncias sin-
téticas que também são capazes de exercer essas funções (Chambers e Sande, 1996a;
White, 2012). O termo antibiótico foi atualizado, sendo definido como: moléculas
capazes de inibir o crescimento ou destruir fungos ou bactérias. Aqueles com
atividade inibitória são chamados de bacteriostáticos, enquanto os que destroem os
micro-organismos são chamados de bactericidas (Masurekar, 2009).
Os antibióticos podem ser obtidos através de síntese química ou biotecnológica,
ou mesmo da utilização de ambas as técnicas. A via de produção biotecnológica, que
 Capítulo 12

Produção Biotecnológica de Vitaminas

André Ohara • Gabriela Alves Macedo

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Vitaminas são definidas como micronutrientes essenciais para o metabolis-
mo de todos os organismos vivos, requeridas em pequenas quantidades
e que não podem ser sintetizadas pelos mamíferos. Entretanto, a síntese
de vitaminas ocorre naturalmente em plantas e micro-organismos, e sua
produção industrial tem aumentado devido ao seu uso como aditivo
alimentar e agente terapêutico. Atualmente, muitos alimentos proces-
sados, rações animais, produtos farmacêuticos, cosméticos, possuem a
adição de vitaminas ou compostos relacionados.
Atualmente a maioria das vitaminas é produzida via síntese química, pro-
cessos de extração ou pela combinação de ambos. Em relação à produção
via microbiana, foco deste capítulo, seis vitaminas surgem como potenciais
competidoras da síntese química, sendo algumas delas já produzidas
biotecnologicamente em escala industrial.
Entre as vitaminas hidrossolúveis, inúmeros avanços foram obtidos na
produção microbiana de Biotina, Riboflavina (B2), Cobalamina (B12) e Ácido
ascórbico (vitamina C). Entre as quatro vitaminas lipossolúveis (A, D, E, K),
as vitaminas E (α-tocopherol) e K2 (menaquinona) apresentaram resultados
promissores na produção biotecnológica em escala laboratorial.
Os processos biotecnológicos para produção destas seis vitaminas
citadas serão abordados neste capítulo, com foco nos aspectos fisiológi-
cos e metabólicos dos micro-organismos e sua relação com o processo
laboratorial e industrial.
 Capítulo 13

Produção de Biomoléculas Funcionais

em Biorrefinarias

Priscilla Filomena Fonseca Amaral • Tatiana Felix Ferreira

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Este capítulo define biorrefinaria e discute possíveis rotas de obtenção de
intermediários químicos que estão inseridos no conceito de biorrefinaria.
Sendo assim, neste capítulo são apresentadas algumas biomoléculas
funcionais como os ácidos orgânicos e os dióis, também conhecidos
como glicóis. Dentre os ácidos orgânicos possíveis de se sintetizar em
uma biorrefinaria destacam-se o ácido láctico, o ácido succínico e o ácido
3-hidropropiônico. Dentre os dióis merecem destaque o 1,3-propanodiol,
o 2,3-butanodiol e 1,4-butanodiol. Acerca dessas biomoléculas funcionais
citadas, serão abordados características, aplicações, micro-organismos
capazes de sintetizar, substratos e/ou matérias-primas utilizadas na bio-
transformação e as rotas bioquímicas de produção. As moléculas estudadas
neste capítulo são consideradas estratégicas, pois, dentre outras aplicações,
servem como precursoras de uma série de polímeros com demanda cres-
cente no mercado global.

13.1 INTRODUÇÃO
Recursos convencionais, principalmente combustíveis fósseis, estão tornando-se
limitados por causa do rápido aumento na demanda de energia. Este desequilíbrio
na demanda e oferta de energia tem resultado em uma enorme pressão não só sobre
os preços para o consumidor, mas também sobre o meio ambiente, o que leva a
humanidade a procurar fontes de energia sustentáveis. A biomassa é um recurso
 Capítulo 14

Produção de Biopolímeros:
Biopoliésteres

José Gregório Cabrera Gomez

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Há uma enorme diversidade de biopolímeros que podem ser detectados
naturalmente. Além disso, estratégias de química combinatória estão
sendo utilizadas para gerar uma diversidade de compostos não naturais,
mas que atendem a requisitos específicos de propriedades demanda-
das para determinadas aplicações, seja por modificações genéticas nos
organismos produtores, seja pelo uso de estratégias de cultivo. Após uma
breve introdução sobre biopolímeros em geral, este capítulo foca em
diferentes aspectos da produção de biopoliésteres, que têm despertado
grande interesse industrial como plásticos biodegradáveis e que podem
ser produzidos a partir de matérias-primas de fácil renovação.

14.1 INTRODUÇÃO
Polímeros são formados por unidades repetitivas (monômeros) ligadas entre si por
ligações covalentes. Os biopolímeros produzidos por microrganismos podem ser
classificados em pelo menos quatro grandes categorias com base nos monômeros
que os compõem: polinucleotídeos (ácidos nucleicos), polipeptídeos (aminoáci-
dos), polissacarídeos (carboidratos) e poliésteres (ácidos hidroxicarboxílicos).
A enorme variedade de composições monoméricas dos biopolímeros,
associada às possibilidades de alterar de forma controlada sua composição, seja
por estratégias de modificação genética do microrganismo produtor ou de seu
 Capítulo 15

Produção de Biossurfactante

Gizele Cardoso Fontes Sant’Ana • Kelly Alencar Silva • Maria Alice Zarur
Coelho

CONCEITOS APRESENTADOS NESTE CAPÍTULO

Este capítulo trata dos biossurfactantes e inicia-se com a descrição da
classificação química e apresentação dos micro-organismos produtores.
Em seguida são apresentados os fatores que afetam a produção e são
discutidas algumas técnicas comuns utilizadas para a sua recuperação.
Na última parte do capítulo examinaremos várias possíveis aplicações
industriais dos biossurfactantes.

15.1 INTRODUÇÃO
Os compostos de origem microbiana que exibem propriedades surfactantes,
isto é, diminuem a tensão superficial ou possuem capacidade emulsificante
são denominados biossurfactantes e consistem em subprodutos metabólicos de
bactérias, fungos e leveduras.
Os biossurfactantes podem ser encontrados em superfícies de células micro-
bianas ou secretados extracelularmente. São moléculas anfipáticas constituídas
de uma porção hidrofílica e outra hidrofóbica. A porção apolar é frequentemente
uma cadeia hidrocarbonada, enquanto a porção polar pode ser, por exemplo, um
glicídio ou uma cadeia polipeptídica.
Em função da presença de grupos hidrofílicos e hidrofóbicos na mesma
molécula, os surfactantes tendem a se distribuir nas interfaces entre fases fluidas
com diferentes graus de polaridade (óleo/água e água/óleo). A formação de um
filme molecular, ordenado nas interfaces, reduz a tensão interfacial e superficial,
MICROBIOLOGIA INDUSTRIAL: BIOPROCESSOS é dirigido a
estudantes de graduação em Química Industrial, Biologia,
Microbiologia, Engenharia Química, Engenharia de Bioproces-
VRV%LRWHFQRORJLDH£UHDVDŰQVSRGHQGRWDPE«PVHUYLU
como texto de revisão ou nivelamento para estudantes de
pós-graduação em áreas correlatas. Seu conteúdo abrange o
conjunto de tópicos curriculares adotados na maioria dos
cursos de Engenharia do Brasil, com enfoque na área de
microbiologia e bioprocessos.