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"Introduzione all'Epigenetica"

Conference Paper · January 2015

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Aiello Vincenzo
University of Ferrara
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Università degli Studi
di Ferrara

“Introduzione all‟Epigenetica”
Vincenzo Aiello
Dipartimento di Scienze Biomediche e
Chirurgico Specialistiche

Istituto Tecnico “Luigi Einaudi”


9 gennaio 2015
Tra gli “addetti
ai lavori”, il
termine
“epigenetica” ha
assunto negli
ultimi anni un
significato
sempre più
importante.
Epigenetica nella regolazione
dell’espressione genica

Che cosa è l‟epigenetica ?


Epigenetica e Aristotele

A guardar bene è possibile trovare le origini


concettuali dell‟epigenetica già in Aristotele, che
credeva nell‟epigenesi, cioè nello sviluppo di
singole forme organiche a partire dall‟inorganico.

In particolare per produttori si intendono


organismi in grado di organizzare composti, o
meglio elementi minerali di base come
l' ossigeno o l'idrogeno o il magnesio in
composti organici complessi, come le
proteine, i glucidi o i lipidi.
Arthur D. Riggs
La definizione oggi più diffusa del termine: “EPIGENETICA” è riconducibile
ad Arthur D. Riggs. Biologo Molecolare (nato nel 1939) che per primo produsse
l‟ INSULINA per via tecnologica da Escherichia coli.

Ha inoltre dedicato gran parte della sua attività allo studio della replicazione
del DNA e delle proteine.

Iniziando a lavorare nei laboratorio di Bayer nel


1973, iniziò ad intraprendere i suoi studi sulla
replicazione del DNA e dell‟interazione tra
DNA e Proteine.

Definì l‟Epigenetica:
“Lo studio delle variazioni mitotiche e meiotiche
nella funzione genomica che non possono essere
spiegate nei termini di variazioni di sequenze
del DNA”.
Conrad Waddington
Conrad Waddington nel 1942 conia il termine
“epigenetica”, definendola come “la branca della
biologia che studia le interazioni causali fra i geni e il
loro prodotto e pone in essere il fenotipo”.

Studioso dell‟embriogenesi,
famoso per l‟introduzione
del concetto di:

• paesaggio epigenetico;

• canalizzazione.

Conrad Hal Waddington


(1905-1975)
Paesaggio Epigenetico

•Sentiero Epigenetico

• Produzione delle decisioni

• Canalizzazione
Canalizzazione
Esponendo per 4 ore alla temperatura di 40°C pupe di
Drosophila tra la diciassettesima e la ventitreesima ora
dopo la formazione della pupa, Waddington ottenne in alcuni
individui l‟anomala interruzione della venatura posteriore
dell‟ala, simulando così il fenotipo “crossveinless” che
compare a seguito di mutazione sul cromosoma 1
Utilizzando questi esemplari per produrre la seconda
generazione, e ripetendo sia il trattamento sia la selezione,
dopo 14 generazioni ottenne individui con il carattere
“crossveinless” anche senza lo shock termico.
L‟incrocio successivo di questi
individui diede luogo ad un ceppo in
cui ricorrevano con elevata
frequenza “crossveinless”
spontanei. In apparenza, il
trattamento termico aveva indotto
la mutazione nei soggetti
“crossveinless” e tale carattere era
stato trasmesso alle generazione
successive con un processo
selettivo a breve termine.
Canalizzazione
In apparenza, il trattamento termico aveva indotto la
mutazione nei soggetti “crossveinless” e tale carattere
era stato trasmesso alle generazioni successive con un
processo selettivo a breve termine.

Non fu, però, questa l’interpretazione dell’autore.


Le conclusioni di Waddington ed la
definizione di Canalizzazione
Waddington ritenne, invece, che i ceppi studiati
contenessero già le varianti genetiche capaci di indurre il
carattere “crossveinless”, ma che esse rimanessero
criptiche in forza di un meccanismo molecolare capace di
neutralizzare l‟espressione fenotipica del genetico diverso
da quello selvatico.

Egli definì questo processo “canalizzazione”. Lo shock


termico era in grado di compromettere la canalizzazione
consentendo alle alterazioni nascoste (hidden variation) di
emergere ed esprimersi a livello fenotipico.
L‟innovazione del pensiero di Waddington
Waddington ritenne, invece, che i ceppi studiati
contenessero già le varianti genetiche capaci di
indurre il carattere “crossveinless”, ma che esse
rimanessero criptiche in forza di un meccanismo
molecolare capace di neutralizzare l‟espressione
fenotipica del gene diverso da quello selvatico. Egli
definì questo processo “canalizzazione”.

Ruolo
centrale alla
genetica
“In un nucleo di pochi
micrometri sono
contenuti circa 2 metri
di DNA. Stiamo
cercando di capire i
meccanismi di accesso al
DNA, considerando il
ridotto volume del
nucleo”
Gunter Reuter (Halle,
Germania)
• Che cosa è l‟ EPIGENETICA?

• - Col termine di „Epigenetica‟ si indicano


modificazioni del DNA e della cromatina che
influenzano il genoma e l‟espressione genica senza
alterare il DNA stesso.

• - L‟epigenoma decide che gene deve essere


“ON”oppure “OFF” in una singola cellula,
determinando un segnale di espressione genica.

• - L‟epigenoma puo‟ essere ereditato da generazioni


di cellule, salvando lo stesso programma genico o
può cambiare (plasticità dell‟epigenoma).
Sviluppo embrionale
Il nostro corpo contiene
centinaia di differenti tipi di
cellule, benché ciascuna parta
dallo stesso punto di partenza.

Come le cellule si sviluppano il


loro stato è governato
dal fare tacere in modo
selettivo un certo numero di
geni.

Questo silenziamento è
regolato da fattori
Epigenetici. Possiamo dire che
i fattori Epigenetici
governano l‟interpretazione
del DNA che si trova in
ciascuna cellula.
Differenziamento

k Zigote

Mitosi

Sangue,Nervi, Muscolo,Ghiandole, Epitelio,ecc.


Ogni cellula ha un proprio gruppo di geni espressi.
Dogma centrale

Neurogenina Neurogenina

Miogenina Miogenina

Neurone Miotubo
I MECCANISMI EPIGENETICI

REGOLANO L’ESPRESSIONE

GENICA
Epigenetica

Definita come lo studio dei meccanismi


responsabili di cambiamenti ereditabili
nelle funzioni del genoma senza alcuna
modificazione nella sequenza del DNA.

Tutti uguali, Tutti diversi


-stesso genoma
-differenti fenotipi
-differenti profili di espressione
Epigenetica

La differenza tra “Genetica” ed “Epigenetica” può


probabilmente essere spiegata come la differenza che
c‟è, tra scrivere un libro e leggere un libro. Una volta che
il libro è scritto, il testo (i geni o il DNA:depositari delle
informazioni) è uguale in tutte le sue copie distribuite.

I lettori che leggono il libro possono interpretare


la storia in modo differente, dando differenti emozioni o
interpretazioni. In modo simile, l‟Epigenetica permette di
dare differenti interpretazioni di una stessa
informazione genica.
Genetica ed Epigenetica
Mutazione genetica:

…ATAGCTACCGT… …ATAGTTACCGT…

•Perdita o alterazione di funzionalità proteica


•Perdita o alterazione dell‟espressione }IRREVERSIBILE

Modificazione epigenetica:

…ATAGCTACCGT… …ATAGCTACCGT…

•Alterazione dell‟espressione}REVERSIBILE
EPIGENETICA

La manifestazione di “espressioni” complesse differenti a partire dallo stesso materiale


I due principali componenti
del codice epigenetico
sembrano essere la
metilazione del DNA e le
modificazioni della
cromatina. Entrambi sono
necessari per un corretto
sviluppo e differenziamento,
entrambi se mal controllati
sono coinvolti in severe
patologie umane.
La metilazione del DNA

• Dove la troviamo nel nostro genoma;


• Quali enzimi sono necessari per
stabilire la sua specifica distribuzione;
• A cosa serve e come esercita il suo
meccanismo;
• Cosa succede se viene male distribuita
o male interpretata.
La metilazione del DNA

Isole CpG: sequenze CG che sono accoppiate


esattamente alle stesse sequenze in orientamento
opposto sull‟altro filamento dell‟elica di DNA
L’IMPRINTING DURANTE LA DIVISIONE CELLULARE

La metiltrasferasi di mantenimento agisce da stampo sul


filamento parentale, per la metilazione del nuovo filamento.
Tale schema viene ereditato alle cellule figlie, assicurando in tal
modo che nei tessuti differenziati sia mantenuto il profilo di
espressione genica appropriato anche nel caso in cui le cellule
vengano sostituite o ne siano aggiunte di nuove
Distribuzione della Metilazione
nel Genoma dei Vertebrati
• Il 70-80% delle citosine dei dinucleotidi sono
metilati nella maggior parte dei tessuti.

• In genere i geni tessuto specifici non espressi sono


metilati, mentre gli stessi geni sono demetilati nei
tessuti in cui vengono espressi.

• Molti geni Housekeeping sono preceduti da CpG islands


che in genere rimangono demetilati.

A B C D E Tessuto A

A B C D E Tessuto B
I caratteri acquisiti sono dovuti:

“all'ereditarietà (DNA)

o all'ambiente?"
Epigenetica e Ambiente

Alcuni esperimenti hanno


dimostrati che
l‟esposizione al freddo
durante la stagione
invernale determina dei
cambiamenti nella
cromatina che portano al
silenziamento dei geni
della fioritura. All‟arrivo
della primavera (e quindi
delle condizioni migliori
per la riproduzione) i
geni vengono riattivati.
Ciclo della Metionina
Epigenetica e Ambiente
Nei topi il colore del pelo (che dipende dal grado di metilazionde del
gene agouti durante lo sviluppo embrionale) può variare ed esperimenti
dimostrano che viene influenzato dalla dieta: supplementi nel cibo a
base di acido folico o vitamina B12 (ricchi in gruppi metilici)
orienteranno il colore del pelo in un senso più che nell‟altro.
Ambiente e modificazioni epigenetiche

The Hunger Winter Occupied Holland,


1944-1945 by Van Der Zee, Henri A
L’ inattivazione del cromosoma X
L‟inattivazione del cromosoma X è uno dei più noti tra i fenomeni
epigenetici, conosciuto anche come effetto Lyon o Lyonizzazione.
Meccanismi epigenetici e processi patologici
1983 Fine anni ’80-inizio
1999 Mutazione
1971 Perdita di anni ‘90
della proteina
Identificazione metilazione Ipermetilazione del
MeCP2 e sindrome
del primo associata gene RB (Bernard
di Rett, ICD10 F84.2
oncosoppressore, all’insorgenza di Horsthemke,
(Uta Franke e Huda
il gene RB (Alfred tumori (Andrew Thaddeus Dryia,
Zoghbi)
Knudson) Feinberg e Bert Toshiyki Sakai)
Vogelstein)

Primi anni ‘90


1983 Identificazione del
Ipometilazione primo gene imprinted
dell’oncogene Ras IGF2 (perdita
(Andrew Feinberg dell’imprinting e tumore
e Bert Vogelstein) di Wilms)
IMPRINTING
IMPRINTING in biologia
Il termine Imprinting è stato coniato da Konrad Lorenz
(anni „30) per indicare l‟insorgere di un comportamento a
seguito di esperienze vissute in momenti critici dello
sviluppo.

IMPRINTING genomico

Espressione differenziata di un materiale genetico, a


seconda che esso derivi dal genitore di sesso maschile
oppure dal genitore di sesso femminile.

L’imprinting genomico è un meccanismo EPIGENETICO di regolazione


trascrizionale attraverso il quale l‟espressione di un gruppo di geni è
limitata ad un solo allele parentale

Modificazione degli istoni del DNA Metilazione del DNA - isole CpG
metilazione/fosforilazione/acetilazione/
ubiquitinizzazione
La mancanza di un imprinting genetico corretto che
coinvolge i geni del cromosoma 15 causa

SINDROME DI SINDROME DI
ANGELMAN PRADER-WILLI

Due sindromi complesse che influenzano lo stato ormonale, il


metabolismo e la capacità di movimento.
LA GENETICA DELLE MALATTIE DI
E DI
Le due malattie sono di
solito causate da una
microdelezione che
colpisce il braccio
lungo del cromosoma
15 ma, mentre nella
PWS il cromosoma
colpito è quello di
origine paterna, nella
AS è quello di origine
materna. Il fatto che le
due malattie siano
clinicamente molto
diverse è imputabile al
fatto che i geni
presenti in quella stes-
sa regione genomica

sono espressi diversamente nei cromosomi ereditati dall‟uno o dall‟altro


genitore. Mentre la AS è causata dalla mancata espressione del solo gene
UBE3A, la PWS è causata dalla mancata espressione di più geni (SNRPN).
IMPRINTING GENOMICO
Se imprinting materno: viene inibita selettivamente l’espressione
dell’allele materno.
Se imprinting paterno: viene inibita selettivamente l’espressione
dell’allele paterno.
NO IMPRINTING IMPRINTING MATERNO IMPRINTING PATERNO

Espressi ambedue Espresso SOLO Espresso SOLO


gli alleli l’allele paterno l’allele materno

2 alleli uno di origine paterna


CELLULE SOMATICHE ed uno di origine materna
Prader-Willi/Angelman (SNRPN)
15
A PW

Aspetti clinici:
microbrachicefalia mani e piedi piccoli
lingua protusa all’esterno ipogonadismo
spazio tra i denti obesità
ritardo mentale grave ritardo mentale medio
riso ingiustificato facies caratteristica
epilessia problemi comportamentali
Affermazione "Sapevamo che al cancro
di sono associati dei
Lanlan Shen cambiamenti epigenetici,
ma non sapevamo se
fossero la causa o la
conseguenza della malattia.
Lo sviluppo di questo nuovo
approccio di ingegneria
epigenetica ci ha permesso
di verificare che anche
cambiamenti a carico solo
della metilazione del DNA
possono indurre il cancro".
I profili di metilazione del
DNA durante l‟embriogenesi
non sono casuali, e
contribuiscono all‟espressione
genica tessuto-specifica.
In effetti circa il 50% delle
isole CpG è presente in geni
tessuto-specifici.
Il pattern di metilazione delle
isole CpG è unico in ciascun
tessuto o tipo cellulare.
L‟impossibilità di stabilire
profili di metilazione corretti
può portare a letalità
embrionale o può risultare in
malformazioni dello sviluppo
cranio-facciale, inclusa la schisi
del palato.
LABIOPALATOSCHISI
Nell‟eziologia delle malformazioni orofacciali sono stati
implicati diversi fattori ambientali, come l‟abuso di alcol, il
fumo di sigaretta, l‟uso di farmaci (acido retinoico) o
l‟esposizione a determinati composti chimici quali pesticidi,
come pure un‟alterata assunzione di nutrienti (elementi in
traccia o folati).
Tutti questi insulti ambientali possono causare una
metilazione del DNA aberrante in geni suscettibili durante
lo sviluppo embrionale o fetale.
“Malattie epigenetiche”
• Sindrome dell’X fragile.
• Sindrome di Rett.
• Sindrome ICF (Immunodeficienza, instabilità
Centromerica e anomalie Facciali).

• Tumori

• Malattie neurodegenerative (Alzheimer, Parkinson,


Demenza Cardio-Vascolare…).
• Disordini psichiatrici (schizofrenia, eating disorders,
dipendenze e uso di droghe da abuso).
• Autismo
• Morbo di Chron
• Aterosclerosi
Epigenetica
La scienza dell‟Epigenetica, che letteralmente significa
“controllo sul patrimonio genetico”, cambia radicalmente
la nostra comprensione dei meccanismi di controllo della
vita [Pray 2004; Silverman 2004].

Negli ultimi dieci anni, la ricerca epigenetica ha dimostrato


che i modelli di DNA trasmessi attraverso i geni non sono
fissati alla nascita.

I geni non sono il destino!


Si intende per epigenetica una
qualunque attività di regolazione dei
geni attraverso processi chimici che
non comportino cambiamenti nel
codice del DNA, ma possono
modificare il fenotipo dell‟individuo o
della progenie. Questi fenomeni
epigenetici alterano l‟accessibilità
fisica al genoma da parte di
complessi molecolari deputati
all‟espressione genica e quindi
alterano il funzionamento dei geni.
A oggi l‟epigenetica viene definita
come “lo studio delle modifiche
ereditabili nella funzione del genoma
che si verificano senza cambiamenti
della sequenza di DNA”.
Epigenetica
Quindi il modo di emozionarsi/sentire/pensare della
persona influenza e modifica la genetica che è in ogni
sua cellula, e viceversa la modifica genetica influenza
il modo di emozionarsi/sentire/pensare della persona
perché ha una corrispondenza diretta nelle cellule,
cioè nel corpo.
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