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PROGRAMA DE VISUALIZACION DE MOLECULAS

Preparado por: Alexis Salas
Rasmol
Introduccion
RasMol es un programa de gráficos moleculares que permite la visualización de
proteínas, ácidos nucléicos y moléculas pequeñas. Este programa está ideado para hacer
posible la visualización, la enseñanza y la producción de imágenes con calidad de
publicación.
El programa lee archivos de coordenadas moleculares y muestra interactivamente la
molécula en la pantalla en una serie de esquemas de colores y de representaciones
moleculares. Los archivos de entrada incluyen, específicamente, los formatos
Brookhaven Protein Databank (PDB), Tripos Associates' Alchemy y Sybyl Mol2,
Molecular Design Limited's (MDL) Mol, Minnesota Supercomputer Centre's (MSC)
XYZ (XMol) y CHARMm.
La molécula cargada puede ser representada en las formas de estructuras de alambre,
barras que representan los enlaces, esferas de espacio relleno (CPK)que representan los
atomos con sus esferas de Van der Waals, bolas y barras que representan los atomos y
enlaces entre ellos, cintas macromoleculares (lisas, sólidas y en filamentos) y superficie
de puntos.
La molécula exhibida puede ser girada, desplazada, ampliada (zoom) y/o cortada en
rebanadas interactivamente, usando el ratón, las barras de desplazamiento de windows,
o bien la línea de comandos de la caja de ordenes adjunta. Finalmente, la imagen
generada podría exportarse en una variedad de formatos incluyendo GIF, PPM, BMP,
PICT, ficheros de salida Sun o como un script MolScript o Kinemage.
En cualquier plataforma RasMol muestra dos ventanas, la principal de gráficos de
fondo negro y una segunda ventana para la línea de comandos o ventana terminal, de
fondo blanco.

Procedimiento:
Primero haz doble clic sobre el icono del programa rasmol o ejecuta el programa, se
abrirán dos ventanas una de visualización (de fondo negro) y otra de comandos (fondo
blanco) que aparece en la barra de tareas inferior de window, luego ajusta las ventanas
de manera que puedan trabajar con ambas simultáneamente.

Luego abre un archivo de extensión pdb, para esto haz clic en el menú “File” (archivo)
y luego en el item “open” (abrir) por ejemplo 1BTL.pdb que corresponde al archivo de
una B-Lactamasa.

Por defecto aparecerá el fondo negro y la imagen de la proteina en “wireframe”

(estructura de alambres). Mientras en la pantalla de comandos se observa información
general sobre la molécula.

Tú verás algo así.

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Ahora para ahorrar tinta en las impresiones de las imágenes cambiemos el fondo de
visualización. Para ello en la ventana de comandos, la de la derecha, donde el cursor
parpadea haremos un clic con el mouse y tecleamos “background white”, con esto
cambiamos el fondo (background) de visualización desde negro a blanco.

Para trabajar con la molécula revisaremos el uso del “mouse”, para usar este se sigue la
secuencia clic y arrastrar, a continuación se observa una tabla resumen:

Acción Mouse
Rotar X, Y Botón izquierda
Trasladar X, Y Botón derecha
Rotar Z Shift derecha
Zoom Shift izquierda
Plano seleccionado (Slab) Control izquierda

Practica los controles del mouse sobre la molécula. Los movimientos deben ser suaves
para no recargar la memoria del computador.

Luego para mejorar la visualización en el menú “Display” y seleccionaremos los items:

Display Despliegue de la
estructura
Wireframe Alambres
Backbone Esqueleto
Sticks Bastones
Spacefill Esferas de espacio lleno
Ball & Stick Bolas y bastones
Ribbons Cintas
Strands Hebras
Cartoons Caricatura
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Estas son las distintas opciones para visualizar nuestra molécula, selecciona aquella en
la que se represente mejor los que quieres mostrar u observar. En el ejemplo se
seleccionó “cartoons”.

Después selecciona en el menú “Colours” (colores) y prueba todos los ítems de esta
opción:

Colours Coloreada por

Monochrome Un sólo color
CPK Defecto de elemento
Shapely Forma
Group Grupos
Chain Cadenas
Temperature Temperatura
Structure Estructura secundaria
User Usuario
Model Modelo
Alt

Nosotros seleccionamos en el ejemplo “structure” lo cual nos colorea de acuerdo a la

convención que las hélices aparecen púrpuras, las estructuras extendidas en amarillo, las
vueltas en azulino y las zonas de estructura al azar en blanco.

De este modo nuestra molécula se verá aproximadamente así:

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Ahora ensayaremos las distintas opciones de visualización en el menú “Options” tales

como:

Slab Mode Muestra la molécula cortada por el eje Z

Hydrogens Muestra los hidrógenos
Hetero Atoms Muestra heteroátomos
Specular Ilumina las zonas opacas de la molécula
Shadows Sobrea la molécula
Stereo Muestra la molécula en dos planos idénticos
Labels Etiqueta la molécula

En nuestro ejemplo la opción “Hydrogens” no nos será útil ya que nuestra molécula no
los contiene, la opción “Hetero Atoms” tampoco nos servirá, ya que esta molécula
tampoco contiene heteroátomos. Pero si abrimos un nuevo archivo, el de la molécula de
Hemoglobina, Open se despliega la proteína con sus 4 cadenas , si las coloreamos de
acuerdo a las cadenas, cada una de un color distinto, menú Colour opción chain y
hacemos en la ventana de comandos ( la blanca) select hetero, y luego seleccionamos
del menú Display la opción ball&stick aparecerán las moléculas de solvente y de los
grupos Hemo de la Hemoglobina

En nuestro ejemplo seleccionaremos opción “Specular” y “Shadows”, pero al

seleccionar la última opción no se observará cambio para visualizar el efecto de ésta en
nuestra ventana de visualización en el menú “Display” seleccionaremos “spacefill” o lo
tipearemos en la línea de comandos.

Así nuestra molécula se verá de este modo:

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Observa que al hacer clic sobre algún parte de la molécula en la ventana de

visualización en la ventana de comandos aparece la descripción e identificación de
dicho átomo, sin embargo esto no significa que éste se haya seleccionado.

Además si quieres etiquetar tus residuos primero debes seleccionar, y luego tipear en la
línea de comandos “label” para etiquetar el átomo y este puede ir acompañado de otros
parámetros cómo:
%a Nombre del átomo
%b, %t Factor B/temperatura
%c, %s Identificador de cadena
%e Símbolo del elemento atómico
%i Número seriado del átomo.
%n Nombre de residuo en código tres letras
%r Número de residuo
%M Número del modelo NMR
%A Identificador de conformación alternativa

Los comandos del menú “Settings”:

Pick off Desactiva la opción de pinchar un átomo

Pick ident Activa la opción de pinchar un átomo
Pick distance Selecciona dos átomos y la retorna la distancia entre ellos
Pick monitor Selecciona el plano del monitor
Pick angle Selecciona tres átomos y entrega el ángulo
Pick torsion Entrega la torsión del plano
Pick label Etiqueta el átomo seleccionado al pinchar
Pick centre Centra la imagen donde se pinche
El átomo que se pincha entrega sus coordenadas X,Y,Z
Pick coord
en la ventana de comandos
Pick bond Crea enlaces entre dos átomos pinchados
Rotate bond Rota alrededor de un enlace
Rotate mol Rota alrededor de la molécula
Rotate all Rota todo

En fin existen otros comandos que nos pueden ser útiles para obtener información de la
molécula en estudio estos se deben tipear en la ventana de comandos como por ejemplo:

Show information Muestra información sobre la molécula

Show sequence Muestra la secuencia de residuos de la molécula
Show phi/psi Muestra los ángulos phi/psi
Show selected Muestra los átomos seleccionados
Show symmetry Muestra la celda unitaria y la simetría de la molécula
Show ramprint Muestra un gráfico de Ramachandran
Structure Muestra la estructura secundaria
Ssbonds Representa los puentes disulfuro en la molécula
Colour ssbonds green Cambia el color de los puentes disulfuro
H-bonds Representa los puentes hidrógeno
Colour H-bonds cyan Cambia el color de los puentes hidrógeno
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Se puede usar el menú “Files” en los ítems para abrir archivos, obtener información,
imprimir, configurar la impresión, cerrar el archivo o salir del programa. En el menú
“Export” se pueden exportar la imagen en pantalla en los formatos bmp, gif, epsf, ppm
y rast, para ser utilizada en otros programas. Para acceder a ayuda esta el menú “Help”.

Para mayores detalles visite http://www.bernstein-plus-sons.com/software/rasmol/

O para cualquier consulta escribe al e-mail alsalas@udec.cl o jmartine@udec.cl
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SPDVB.
Este programa un poco más complejo por poseer un mayor número de herramientas ya
que no sólo es de visualización de moléculas, sino que ofrece otras alternativas para
trabajar con macromoléculas.

Primero debes correr el programa ya sea haciendo un doble clic sobre el icono o
ejecutándolo directamente. Aparecen dos ventanas una de presentación en primer plano
y la de visualización del programa de fondo, con un clic sobre la presentación esta se
cierra y ya puedes trabajar.

Ahora analizaremos el sitio activo de la -lactamasa de Escherichia coli 1BTL.pdb.

Debes ir al menú “File” y hacer clic en el ítem “Open pdb file” (abrir archivo pdb) y
abre el archivo 1BTL.pdb. Aparece una nueva ventana con información sobre la
conectividad y la molécula que acabas de cargar. Una vez que hayas anotado algún
comentario cierra esta ventana.

La imagen por defecto se observa similarmente a “wireframe de Rasmol”. Selecciona en

el menú "Tools" (Herramientas) el ítem “Compute H-bonds” (calcular puentes
hidrógeno). Con esto podrás ver los puentes hidrógenos formados por los residuos.

Haz click en el menú “Windows” el ítem “Panel de control”, acomoda las ventanas de
manera qué puedas visualizar los cambios que vayas realizando, con la barra de
desplazamiento llega al tope inferior (o presiona la tecla Av Pág), y selecciona el
residuo de Ser70. Este debe de quedar de color rojo al ser seleccionado, uso del mouse
en el panel de control:

Acción Mouse
Selección de un residuo o de grupos de estructura secundaria
Botón izquierda
dependiendo de sobre que objeto se realice el clic
Centrar molécula Botón derecha
Selecciona todos los residuos entre dos seleccionados Shift + botón izquierda
Permite seleccionar o deseleccionar sin afectar el grupo seleccionado Control + botón izquierda
Permite seleccionar o deseleccionar entre dos grupos Control+shift+mouse

Las opciones del panel de control se detallan en la siguiente tabla:

visible Permite visualizar la molécula que se encuentra en la capa activa

Can move Permite mover la molécula con el mouse
? Ayuda sobre el panel de control (en inglés)
Group Muestra el grupo, estructura secundaria y la selección (rojo)
Show Visualiza u oculta los residuos
Side Visualización de las cadenas laterales
Labl Etiqueta los grupos
∷ X Muestra la superficie VDW, accesible, molecular y usuario
Ribn Se visualiza en cintas
Color Muestra el color y con un clic se puede cambiar
BS Esqueleto y cadenas laterales, puede ser modificado
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Ahora, selecciona en el menú “Display” el ítem "Show Only H-bonds from selection"
(mostrar sólo los átomos desde la selección con los puentes hidrógeno). Luego
selecciona el ítem "Show only groups with visible H-bond" (mostrar sólo los grupos
con puentes hidrógeno visible) del mismo menú. Finalmente presiona el botón derecho
del mouse para PC para reescalar y recentrar la vista sobre el residuo que quieres que
quede central en el panel de control.

Ahora sólo observas a la Ser70 más los dos puentes hidrógeno que forma con Lys73,
muestra aquellos residuos de los alrededores desde el 66-76 y luego coloréalos todos,
pero diferenciando aquellos involucrados en la catálisis.

Para ahorrar tinta en el menú “Preferences” en el ítem “colors...” selecciona

“background” y elije el color blanco o uno claro. Luego en este mismo menú selecciona
“labels...” y cambia el color a negro y el tamaño de la letra (size a 14).

Finalmente en el menú “Display” selecciona la opción “Use OpenGL Rendering” y

luego en el mismo menú selecciona “Render in Solid 3D” (lo anterior igual lo puedes
realizar presionando dos veces la “tecla control+3”)

Tú obtendrás una vista así:

Se ha observa un grupo sulfato en la entrada del sitio activo, por lo que también es
interesante visualizarlo. Estos grupos generalmente se encuentran al final del panel de
control y con un clic en el casillero de “show” se podrá ver. El residuo Glu168 ha sido
determinado con una importancia catalítica clave, por lo que es necesario observar su
posición y hacer algunas mediciones. Haz lo mismo que con el grupo sulfato.
Ya haz utilizado la barra de herramientas para mover tú molécula, pero hay que saber
que hace cada icono:
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Centra la vista de la molécula ajustándola a la ventana.

Permite traslaciones del plano de visualización.

Permite hacer zoom in u out con el mouse.

Gira la molécula con el mouse.

Al hacer pick sobre dos átomos mide la distancia entre ellos en Å.

Mide el ángulo entre tres átomos.

Entre los ángulos ω, φ (phi) y ψ (psi), del átomo.

Etiqueta el átomo sobre le cual se hace pick.

Realiza esferas de selección según la disposición espacial de los átomos.

Permite centrar la vista en el átomo sobre el cual se hace pick.

Permite

Al hacer un clic sobre algún residuo este se puede cambiar por otro.

Mueve el enlace seleccionado mostrando las interacciones que se producen.

Hola
o
Permite visualizar el archivo texto de la molécula.

Permite mover toda la vista, pero al hacer clic sobre esta cambia a
que mueve sólo la selección, actualizando las coordenadas al guardar.

Ayuda (en inglés).

Nota: El programa no contiene un undo (deshacer) continuo por lo que

si se realiza algo equivocado o no nos agrada como se ve tenemos que
deshacer inmediatamente antes de ejecutar cualquier otro comando para
ello debes en el menú “Edit” seleccionar el ítem “Undo” (o presionar
la tecla control+Z).
Ahora antes de seguir debemos salvar los cambios realizados hasta ahora, entonces
debes en el menú “File” seleccionar “Save” (Guardar) y luego “Layer...” (Capa) (o
presionar control+S), aquí debes poner un nombre, por ejemplo sitioact1 y luego la tecla
enter.
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Ya que has guardado los cambios hasta ahora puedes realizar mediciones de distancias,
de ángulo phi, psi, de ángulos entre átomos, mutaciones, etc. Tanto para los residuos
Ser70, Lys73, Glu168 y la molécula de sulfato.

Anota algunos registros y guarda imágenes en el menú “File” seleccionar “Save”

(Guardar) y luego “Image...” (imagen) (o presiona control+E). Coloca un nombre y
listo. Puedes obtener imágenes cómo la siguiente:

a b

a) Aquí observas que algunos átomos fueron etiquetados y medidas distancias, tanto desde la Ser70
(Morado) como de la Lys73 hasta el residuo Glu168 (ambos en rojo), siendo 10.73 Å y 11.09 Å,
respectivamente. b) En la figura se observan los puentes hidrógeno en verde igual que en el ejemplo
anterior y la medición de dos ángulos de 108.39 para el de Ser y de 108.45 para Lys.

c d

c) En la figura están las distancias desde la Ser70 (morado) y la Lys 73 (rojo) al sulfato (amarillo y rojo),
siendo 4.74 Å y 6.74 Å, respectivamente. d) Las mismas mediciones pero ahora el residuo de Lys73 fue
mutado por Arg73, eligiéndose el rotámero de puntuación 0, la medida de distancia para Arg73 (rojo) es
de 4.79 Å.

Nota: Cuando se realizan mutaciones existe la posibilidad de

seleccionar rotámeros haciendo clic en los iconos de dirección que
aparecen el score (puntaje) mientras menor existe una mayor
estabilidad.