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ABRIL DE 2007
CONTENIDO
Página
4. “Foldeado” de un archivo 7
5. Cambiando formato de una (1) a ocho (8) columnas del archivo .FOL 8
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Prefacio
Con el ánimo de recopilar la información dispersada acerca del manejo adecuado de usar el
programa MOSFIT, se ha hecho este pequeño manual. En este se recopila la experiencia del
autor, así como la experiencia de profesores y estudiantes del Grupo de Metalurgia y Teoría
Transiciones de Fase, GMTF, en especial, la de los profesores German Pérez Alcázar y
Jesús A. Tabares y del estudiante de doctorado Jhon Fabio Valdertuten.
El programa fue diseñado y escrito por el profesor Jean Marc Greneche, quien es
colaborador del GMTF desde hace ya algún tiempo. El programa es de distribución gratuita
y tiene fortalezas en cuanto a que permite el ajuste de espectros ya sea usando sitios o
componentes individuales, así como distribuciones de campos hiperfinos y distribuciones
cuadrupolares combinadas. En el caso de sitios, el programa permite visualizar hasta cinco
componentes a la vez; en el caso de distribuciones, pueden usarse dos de campos hiperfinos
o combinar distribuciones de campos hiperfinos con cuadrupolares, manteniendo
determinados parámetros ligados.
En esta primera entrega, se pretende mostrar como trabajar con el programa MOSFIT,
partiendo desde el espectro visualizado en la pantalla del equipo que registra los datos
(espectrómetro), hasta llevar el archivo al formato adecuado, finalizando con la manera
adecuada de reportar los parámetros hiperfinos, en especial el desvío isomérico y el campo
hiperfino. El desvío isomérico siempre se reporta respecto al hierro alfa, en todos los
laboratorios Mössbauer de nuestro querido y “aporriado” planeta.
En nuestro grupo, se usa una lámina de hierro alfa para calibrar el espectrómetro, motivo
por el cual se ilustrara el uso del MOSFIT mediante el ajuste de un espectro de calibración.
Aun faltan muchos detalles por considerar, para lo cual el autor desea expresar su deseo de
que todo comentario tendiente a mejorar el presente producto se lo hagan llegar. Deseo
expresar mi gratitud al profesor Jesús A. Tabares quien tuvo la idea de hacer este manual y
quien me ha animado a hacer esta labor y a mejorarla.
Dado en Santiago de Cali a los ocho días del mes de Abril de 2007.
dbetan2005@gmail.com
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1. INSTALACIÓN DE LOS PROGRAMAS PARA AJUSTAR CON MOSFIT
Para ajustar con la aplicación MOSFIT se requieren varios programas: el GNUPLOT, para
graficar y el propio MOSFIT. Adicionalmente, se requieren varios programas pequeños
para cambiar el formato de archivos para que puedan ser leídos por MOSFIT, se reúnen
estos en una carpeta de nombre VAR512.
Hecho esto, se ejecuta el programa MULTI.EXE dando doble clic sobre el icono
correspondiente, y aparece la ventana mostrada en la Figura 1. Se selecciona la opción
cuatro y la aplicación pregunta por el nombre del calibrado, por ejemplo CA190207.DAT,
luego el numero de pico y finalmente la posición de los picos en canales. El procedimiento
y el resultado que arroja se ilustran en la Figura 1.
Nota: el archivos .DAT debe estar en el mismo directorio del programa MULTI. También
se puede trabajar desde un periférico, como una memoria USB o un disquete, indicando el
path correcto.
4
a)
b)
c)
Figura 1 Datos de entrada para la aplicación MULTI y resultado arrojado por la misma. Ponga
especial cuidado en los resultados que arroja el programa.
5
El programa arroja una velocidad de 0.08336362 mm/scanal, que es el factor de calibración
que debe usarse en el programa MOSFIT (en realidad también se usa en el programa
MOSSWINN, entre otros). Nótese que el MULTI corrige la posición de los picos de
entrada y da el coeficiente de correlación.
Este factor de calibración es de gran importancia dado que permite conocer la velocidad
con la que se mueve la fuente. Esto se hace simplemente multiplicando el factor de
calibración por el valor 126.5 (Velocidad 0 en el canal 126.5), lo cual da, en este ejemplo,
10.54 mm/s. Debe tener, entonces, especial cuidado al hallar el factor de calibración.
Hay una manera MANUAL (a ojo) de calcular el valor aproximado del factor de
calibración. Para ello se considera la posición en canales de los picos uno (1) y seis (6),
respectivamente, de la muestra de calibración, en nuestro caso hierro alfa. Debe recordarse
que la “distancia” entre los picos 1 y 6 de un sexteto permite conocer el valor del campo
hiperfino. Así, para el caso del hierro alfa, que tiene un campo hiperfino de 330 kOe (33.0
T), esta distancia corresponde a un valor de 10.625 mm/s (de igual manera, entre los picos
2 y 4 la distancia es de 6.1543 mm/s y entre los picos 3 y 4 (los mas internos) es de 1.6807
mm/s). Por otra parte, esa distancia corresponde a determinado número de canales.
Entonces, existe una relación simple entre valor de campo hiperfino, velocidad de la fuente
y numero de canales, a partir de la cual es posible hallar la velocidad de la fuente, que de
los tres es el factor desconocido. El procedimiento es como sigue:
1 canal F. C. = ?
F.C. = 10.625/128 = 0.0830078 mm/s, muy cercano al valor reportado por el programa
MULTI. Podemos conocer la velocidad del transductor de la misma manera anterior, pero
en este caso multiplicamos por el canal 128 (recordar que hay 128 canales positivos y 128
canales negativos, para un total de 256), con lo cual obtenemos una velocidad de 10.6249
mm/s. Un valor muy cercano al obtenido anteriormente.
Si no se tiene el programa MULTI, se puede usar este procedimiento para calcular el valor
aproximado de la velocidad por canal, esto es, el factor de calibración.
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3. “FOLDEADO” DE UN ARCHIVO
Ahora se debe cambiar el formato de datos del archivo de una sola columna a ocho
columnas. El primer paso es “foldear” o “doblar” el espectro. Nótese que en caso de un
sexteto aparecen 12 picos en la pantalla de visualización, es decir, el espectro aparece
doble; los otros seis picos son una reflexión “especular” de los primeros seis picos
(rememore la forma de la señal del transductor) . El procedimiento para “foldear” es como
sigue:
El primer paso es hallar el punto de “foldeo” o de doblado, para lo cual debemos tener la
posición en canales de todos los picos. En la Figura 2 se esquematiza el procedimiento.
Nótese que se toman picos extremos correspondientes. Aunque en la Figura 2 solo se
muestran tres pares de picos, deben realizarse el procedimiento con todos los pares de
picos, para determinar un valor promedio más “exacto”.
1240000
Posicion en canales entre picos
1220000 extremos correspondientes
1200000
Intesidad (u. a.)
1140000
(323 + 190)/2 -256= 0.5
1120000
420
Prom = 0.1666
92
190
323 446
1100000
66 Tomo la parte entera, esto es
0 100 200 300 400 500 600
Nota: los archivos .DAT y .FOL deben estar en el mismo directorio de la aplicación
FOLDEAR. También se puede trabajar desde un periférico, indicando el path correcto.
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Figura 3 Información requerida por la aplicación Foldear.exe
Para verificar que el “foldeo” ha quedado bien realizado, se pueden graficar tanto el archivo
de datos originales (el .DAT) como el archivo “foldeado” en la mismo hoja de trabajo,
mediante los programas Excel o Originpro7. La idea es que halla la máxima coincidencia
entra ambos archivos y que la intensidad de las líneas del espectro “foldeado” sea
aproximadamente la misma.
Con todo esto, ya están dadas las condiciones para transformar el archivo .FOL de una a
ocho columnas, que es el formato requerido por el programa de ajuste MOSFIT. Para ello
se usa el programa REF1-8.BAS realizado en QBASIC. Para hacer esto, se hace click dos
veces sobre el icono QBASIC, allí se selecciona el programa REF1-8.BAS, luego se hace
clic en RUN y luego en la opción START. En este momento, el programa solicita el
nombre del archivo de entrada (el .FOL) y el nombre del archivo de salida.
Es costumbre colocar al archivo de salida la extensión .COO, para indicar que ya esta en el
formato apropiado para MOSFIT. Luego de escribir el nombre del archivo de salida, se da
una vez <Enter> y se sale del programa. Con esto, ya se tiene el archivo .COO y se puede
empezar a usar el programa MOSFIT. En la Figura 4 se muestra un ejemplo de cómo
ejecutar el programa REF1-8.BAS.
8
a)
b)
c)
Figura 4 Pasos que deben seguirse al momento de ejecutar el programa REF1-8.BAS. En la ultima
parte de la Figura se muestra el formato de salida del archivo .COO. Nótese que la primera columna
indica el canal únicamente.
9
d)
Continuación de la Figura 4 Pasos que deben seguirse al momento de ejecutar el programa REF1-
8.BAS. En la ultima parte de la Figura se muestra el formato de salida del archivo .COO. Nótese
que la primera columna indica el canal únicamente.
Se iniciara con el caso del espectro de una calibración, usando una muestra de hierro alfa
para el efecto. Este caso será útil para describir como debe ser el archivo .COO cuando el
espectro exhibe un solo sexteto bien definido, es decir, con líneas lorentzianas de ancho no
mayor a 0.30 mm/s. Luego se consideraran los casos de espectros correspondientes a un
doblete, un singlete y a varios sitios o componentes (dos o tres sextetos o dobletes, etc.).
También se consideraran los casos donde se encuentre la presencia de una distribución de
campos hiperfinos (distribución de sextetos), una distribución de desplazamiento
cuadrupolares (dobletes) y un caso donde hay combinación de distribución de campos
hiperfinos con componentes cristalinas.
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5. Descripción del archivo .COO
FILA 1:
.0857486 80 1 0 0 0 1 0
FILA 2:
00000000000111000000
FILA 3:
1100000000 Acople
Es la fila para graficar cada una de las componentes del ajuste. En el ejemplo aparece para
el caso de graficar un solo sitio en una sola ventana. Para graficar tres sitios, cada uno en
una ventana, la línea se escribiría así: 1 1 2 2 3 3 0 0 0 0. El programa MOSFIT solo
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permite graficar cinco sitios por separado (nótese que hay diez casillas disponibles), así que
es necesario seleccionar que componentes o sitios se desean ver. Por ejemplo, si se tienen
siete sitios, podemos ver los primeros tres y los dos últimos de la siguiente manera: 1 1 2 2
336677.
Si se desea ver en una sola ventana la contribución de los sitios 1, 2 y 3, y los sitios cuatro y
cinco por separado, la línea se escribiría así: 1 3 4 4 5 5 0 0 0 0. En general, no es necesario
escribir esta Fila cuando se tiene un solo sitio.
FILA 4:
0 0 0 60 0 1 Esta fila indica ángulos, que pueden ser usados para considerar la dirección
de los rayos gamma respecto a la muestra y para considerar efectos de textura. Se debe
completar con ceros si no se requiere la información de ángulos.
Para el caso de la calibración se deja la Fila tal y como esta. La razón es que como muestra
de calibración se usa una lámina de hierro alfa, en cuyo caso pueden existir efectos de
textura (orientación preferida).
FILA 5:
1 1 1 1 1 000100
Con esta Fila se tiene la posibilidad de permitir que los parámetros hiperfinos de entrada
varíen o no, así 0 indica fijo y 1 indica libre. En el caso del ejemplo, están libres todos los
parámetros, excepto cinco de los ángulos de la Fila 4. Note que el encabezado de esta fila
va debajo de cada parámetro hiperfino.
Luego de esta Fila aparecen los datos del espectro, ya transformado en ocho columnas. A
continuación se describirán otros formatos del archivo .COO, de acuerdo con si el espectro
corresponde a un doblete, singlete u otros.
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5.2 Ejemplo doblete
17/01/06 JDBR FEALSI.DAT Mot:H1 8mm/s1mm/s App:1 Temp:300K rd42 PR= 128
.0857486 80 1 0 0 0 1 0 (Fila 1)
00000000000111000000 (Fila 2)
-.13 .135 58000 0.85 0 0 0 0 0 0 0 (Fila 3) Sitio (doblete)
1 1 1 1 0 000000 (Fila 4)
0 1221639 1220175 1221639 1220175 1220110 1219272 1217954 1217726
8 1217280 1218097 1217406 1219526 1218317 1218541 1220586 1219142
FILA 3:
ISO (-0.13 mm/s) WID (0.135 mm/s) #de cuentas (58000) QUA (0.85 mm/s) Campo
hiperfino (0 kOe); lo demás se completa con ceros.
17/01/06 JDBR A7600.DAT Mot:H1 8mm/s1mm/s App:1 Temp:300K rd42 PR= 128
.0857486 80 1 0 0 0 1 0 (Fila 1)
00000000000111000000 (Fila 2)
-.13 .135 58000 0 0 0 0 0 0 0 0 (Fila 3) Sitio (singlete)
1 1 1 0 0 000100 (Fila 4)
0 1221639 1220175 1221639 1220175 1220110 1219272 1217954 1217726
10/02/06 JDBR A1700B.DAT MA24h Mot:H 2mm/s App:1 Temp:300K py53 PR= 511.5
0.07285221 80 3 0 0 0 1 0 (Fila 1)
00000000000111001000 (Fila 2)
1122330000 (Fila 3) Acople
0.205 .18 28000 0 0 0 0 0 0 0 0 (Fila 4) Singlete
1 1 1 0 0 000000 (Fila 5)
0.456 .35 28000 0.986 0 0 0 0 0 0 0 (Fila 6) Doblete
1 1 1 1 0 000000 (Fila 7)
0.15 .15 46000 -0.059 510 0 0 0 60 0 1 (Fila 8) Sexteto
0 1 1 1 1 0 001000 (Fila 9)
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Aquí, hay cambios en la Fila 1 y en la Fila 3, de la siguiente manera:
FILA 1:
0.07285221 80 3 0 0 0 1 0 (Fila 1)
Nótese que luego del numero de iteraciones aparece el numero tres (3), indicando el
numero de componentes o sitios con los que se realizara el ajuste del espectro.
FILA 3:
La Fila esta escrita de modo que se grafique cada sitio en una sola ventana.
Las demás Filas corresponden a los parámetros hiperfinos de cada sitio, del siguiente modo:
FILA 4:
ISO WID #de cuentas QUA Campo hiperfino (0 kOe) Completar con ceros para
el singlete
FILA 5: 0 fijo, 1 libre, para el singlete
FILA 6:
ISO WID #de cuentas QUA ( 0.986) Campo hiperfino (0 kOe) Completar con
ceros para el doblete
FILA 7: 0 fijo, 1 libre, para el doblete
FILA 8:
ISO WID #de cuentas QUA Campo hiperfino (510 kOe) Completar con ceros
para sexteto
Fila 9: 0 fijo, 1 libre, para el doblete
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5.5 Ejemplo distribución de campo hiperfino (sextetos)
13/06/81 JDBR MO(0)600.DAT Mot:H1 8mm/s App:1 Temp:300 K rd59 PR= 126
.0582513 80 19 2 19 0 1 0 (Fila 1)
00000000000111001000 (Fila 2)
1 19 0 0 0 0 0 0 0 0 (Fila 3) Acople
-.06 .15 58000 0 300 0 0 0 0 0 0 (Fila 4)
0 0 1 1 0 000000 (Fila 5)
-.056 0.004 .15 58000 0 0 288 -12 0 0 0 0 0 0 0 (Fila 6) Distribución sextetos
0 0 1 2 0 000000 (Fila 7)
Aquí se describen los cambios mas importantes, respecto del caso con componentes o
sitios.
FILA 1:
.0582513 80 19 2 19 0 1 0
FILA 3:
1 19 0 0 0 0 0 0 0 0
FILA 4:
ISO (-0.13 mm/s) WID (0.135 mm/s) #de cuentas (58000) QUA (0 mm/s) Campo
hiperfino (0 kOe) Completar con ceros.
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FILA 6:
-.056 0.004 es la distribución de desvío isométrico (-0.06+0.004). Recordar que los valores
deben permanecer fijos, de modo que la distribución de desvío isomérico varíe con el
mismo paso en cada iteración. Se debe iniciar en un valor de desvío isomérico razonable, es
decir, acorde con un conocimiento previo de los resultados esperados en el ajuste.
.15, indica el semiancho a la altura media de la línea lorentziana de cada uno de los
subespectros (sextetos).
0 0, nótese que aparece un cero adicional, lo cual se hace asi para considerar una
distribución cuadrupolar. Como este no es ese caso, se dejan estos valores y se fijan,
colocando un par de ceros en la Fila siguiente.
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5.6 Ejemplo de distribución cuadrupolar
04/06/81 JDBR FAN36H.DAT Mot:H1 8mm App:1 Temp:300K rd42 PR= 126
.016 80 14 2 14 0 1 0 (Fila 1)
00000000000111000000 (Fila 2)
1 14 0 0 0 0 0 0 0 0 (Fila 3) Acople
-.11 .105 58000 0.05 0 0 0 0 0 0 0 (Fila 4)
0 0 1 0 0000000 (Fila 5) Distribución dobletes
-.10 0.01 .105 58000 0.15 0.10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 (Fila 6)
0 0 1 0 0 0 00000 (Fila 7)
Solo se describirán los cambios mas notables, pues es casi lo mismo que el caso de
distribución de campos hiperfinos, como puede observarse.
FILA 4: ISO (-0.11 mm/s) WID (0.105 mm/s) #de cuentas (58000) QUA (0.05 mm/s)
Campo hiperfino (0 kOe) Completar con ceros
0.15 0.10, aquí comienza la distribución de dobletes. El primer doblete tiene una separación
cuadrupolar de 0.05 mm/s, el segundo de 0.05 + 0.10 = 0.15 mm/s, el tercero de 0.15 +
0.10 = 0.25mm/s, y asi sucesivamente hasta completar las 14 componentes.
0 0, indica que no hay distribución de campos hiperfinos. Deben fijarse (escribir cero en la
siguiente Fila de parámetros de entrada).
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5.7 Ejemplo distribución de campo y un único sitio (singlete)
10/06/81 JDBR FAN2012H.DAT Mot:H1 8mm/s App:1 Temp:300 K rd48 PR= 126
.0582513 80 21 2 20 0 1 0 (Fila 1)
00000000000111001000 (Fila 2)
1 20 21 21 0 0 0 0 0 0 (Fila 3) Acople
-.06 .15 58000 0 300 0 0 0 0 0 0 (Fila 4)
0 0 1 1 0 000000 (Fila 5)
-.056 0.004 .15 58000 0 0 288 -12 0 0 0 0 0 0 0 (Fila 6) Distribución sextetos
0 0 1 2 0 000000 (Fila 7)
.20 .15 58000 0 0 0 0 0 0 0 0 (Fila 8) Sitio (singlete)
1 1 1 0 0000000 (Fila 9)
FILA 1:
0.0582513, es el factor de calibración
80 numero de iteraciones
21 es el número total de subespectros que se van a tomar: veinte (20) de la distribución de
campos hiperfinos mas uno (1) correspondiente al singlete (Filas 8 y 9).
2 indica el subespectro donde comienza la distribución, en este caso el segundo
20 es el número de sextetos correspondientes a la distribución de campos hiperfinos.
0 nada, si fuese 1 define ventanas de exclusión
1 no sabemos
0 opción para tener en cuenta el ruido.
FILA 3:
1 20 21 21 0 0 0 0 0 0
1 20 acopla y grafica toda la distribución. 21 21 es para graficar en una sola ventana el sitio,
en este caso el singlete. El resto se completa con ceros.
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6. Procedimiento de ajuste con MOSFIT: ajuste de un espectro de calibración
Figura 5 Se observa la carpeta MOSFIT con los accesos directos para ejecutar los programas.
19
Figura 6 Ventana que aparece luego de ejecutar el programa MOSFIT. En este caso no mostró
errores y se ejecuto en forma satisfactoria.
Figura 7 Ítem que se debe seleccionar para observar el espectro mediante el programa GNUPLOT,
en caso un solo sitio.
20
Pero siempre es necesario observar el archivo de salida de datos, el cual se visualiza
haciendo doble clic en el acceso directo “Acceso directo a Fit (2)”. Se muestra en la Figura
8 la parte que nos interesa de este archivo, que es muy importante, pues allí encontramos
los resultados finales del ajuste, lo que permite determinar si este es adecuado o no. Para
ello, deben observando cuidadosamente los valores de los parámetros hiperfinos reportados,
el ajuste mismo del espectro (con GNUPLOT) y el valor de Chi-Cuadrado (2) reportado.
21
6.1 Corrigiendo el factor de calibración
Dado que como muestra de calibración se esta usando hierro alfa, el campo hiperfino
resultante debe ser de 330 kOe y no de 329.998 kOe, como aparece en el archivo. Esto
quiere decir que se debe corregir el factor de calibración (F. C.) que esta escrito en el
archivo .COO y que fue encontrado mediante el programa MULTI o en forma manual
(procedimiento descrito previamente).
El nuevo F.C. se encuentra aplicando una regla de tres simple, de la siguiente manera: Dado
que se tiene que el campo de 329.998 kOe con un factor de calibración de 0.080813,
entonces cual es el factor de calibración para que el campo sea de 330 kOe?
22
Nótese que ahora el campo hiperfino es de 330.000 kOe, que es el valor adecuado para el
hierro alfa. Así mismo, se puede apreciar que el desvío isomérico de la muestra de
calibración es de 0.116 mm/s, el semiancho es de 0.154 mm/s, el corrimiento cuadrupolar
de -0.006 mm/s (cercano a cero, que es adecuado para el -Fe). Se encuentra un valor
cercano a 60o para el ángulo BETA, pero esto lo discutiremos en otra sesión.
23
a) b)
d)
c)
Figura 10 Esquema para obtener la imagen final del espectro Mössbauer, usando el programa
ORIGINPRO7
24
Figura 11 Resultado final del proceso de ajuste. Es claro que se puede cambiar el tipo de letra, la
escala de los ejes, los colores, etc., a gusto de cada persona.
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7. Como reportar el desvío isomérico
El desvío isomérico obtenido del proceso de ajuste debe reportarse respecto al hierro alfa.
Para ello, simplemente al desvío isomérico de la muestra se le resta el desvío isomérico de
la calibración:
Para ello se debe seguir el algoritmo mostrado en el siguiente recuadro. Nótese que solo se
considera el área o la contribución total al espectro de LA DISTRIBUCION DE CAMPOS
HIPERFINOS. Cuando el programa reporta el valor final del campo hiperfino, hace un
promedio ponderado, por lo cual ese valor debe corregirse.
Bhf MOSFIT
Bhf 100
AREA SEXTETOS
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BIBLIOGRAFÍA
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