Documenti di Didattica
Documenti di Professioni
Documenti di Cultura
Sin embargo, no todas las cat�lisis biol�gicas son llevadas a cabo por enzimas
proteicas. Existen mol�culas catal�ticas basadas en el ARN, como las ribozimas y
los ribosomas, esenciales para el splicing alternativo y la traducci�n del ARNm,
respectivamente. La principal diferencia entre las ribozimas y las enzimas radica
en el limitado n�mero de reacciones que pueden llevar a cabo las primeras, aunque
sus mecanismos de reacci�n y sus cin�ticas pueden ser estudiadas y clasificadas por
los mismos m�todos.
�ndice
1 Principios generales
2 Ensayos enzim�ticos
2.1 Factores f�sico-qu�micos que pueden modificar la actividad enzim�tica
3 Reacciones con un sustrato
3.1 Cin�tica de Michaelis-Menten
3.2 Representaci�n de la ecuaci�n de Michaelis-Menten
3.3 Significado de las constantes cin�ticas
4 Reacciones multisustrato
4.1 Mecanismo de complejo ternario
4.2 Mecanismo de ping-pong
5 Cin�ticas no Michaelianas
6 Cin�tica del estado preestacionario
7 Mecanismo qu�mico
8 Inhibici�n enzim�tica
8.1 Inhibidores reversibles
8.2 Inhibidores irreversibles
9 Mecanismos de cat�lisis
10 Cat�lisis enzim�tica
11 V�ase tambi�n
12 Notas
13 Referencias
14 Para m�s informaci�n
15 Enlaces externos
Principios generales
Ensayos enzim�ticos
Art�culo principal: Ensayo enzim�tico
Cin�tica de Michaelis-Menten
Art�culo principal: Cin�tica de Michaelis-Menten
Como las reacciones catalizadas por enzimas son saturables, la velocidad de
cat�lisis no muestra un comportamiento lineal en una gr�fica al aumentar la
concentraci�n de sustrato. Si la velocidad inicial de la reacci�n se mide a una
determinada concentraci�n de sustrato (representado como {\displaystyle {\rm
{[S]}}} {\displaystyle {\rm {[S]}}}), la velocidad de la reacci�n (representado
como {\displaystyle V} V) aumenta linealmente con el aumento de la {\displaystyle
{\rm {[S]}}} {\displaystyle {\rm {[S]}}}, como se puede ver en la figura. Sin
embargo, cuando aumentamos la {\displaystyle {\rm {[S]}}} {\displaystyle {\rm
{[S]}}}, la enzima se satura de sustrato y alcanza su velocidad m�xima
{\displaystyle V_{\rm {max}}} V_{\rm max}, que no sobrepasar� en ning�n caso,
independientemente de la {\displaystyle {\rm {[S]}}} {\displaystyle {\rm {[S]}}}.
Mecanismo de uni�n de �nico sustrato para una reacci�n enzim�tica. k1, k-1 y k2 son
las constantes cin�ticas para cada una de las etapas de la reacci�n.
El modelo de cin�tica michaeliana para una reacci�n de �nico sustrato se puede ver
en la figura de la izquierda. Primeramente, tiene lugar una reacci�n qu�mica
bimolecular entre la enzima {\displaystyle {\rm {E}}} {\displaystyle {\rm {E}}} y
el sustrato {\displaystyle {\rm {S}}} {\displaystyle {\rm {S}}}, form�ndose el
complejo enzima-sustrato {\displaystyle {\rm {ES}}} {\displaystyle {\rm {ES}}}.
Aunque el mecanismo enzim�tico para una reacci�n unimolecular {\displaystyle {\rm
{ES\longrightarrow E+P}}} {\displaystyle {\rm {ES\longrightarrow E+P}}} puede ser
bastante complejo, existe una etapa enzim�tica limitante que permite que el
mecanismo sea simplificado como una etapa cin�tica �nica cuya constante es
{\displaystyle k_{2}} {\displaystyle k_{2}}.
Reacciones multisustrato
Las reacciones multisustrato siguen una serie de complejas ecuaciones que describen
c�mo se unen los sustratos y en qu� orden lo hacen. El an�lisis de estas reacciones
es mucho m�s sencillo si la concentraci�n del sustrato A se mantiene constante y la
del sustrato B var�a. En estas condiciones, la enzima se comporta igual que una
enzima de �nico sustrato, por lo que en una gr�fica de velocidad la concentraci�n
de sustrato dar� unos valores aparentes de las constantes cin�ticas, Km y Vmax,
para el sustrato B. Si se realizan una serie de medidas a diferentes
concentraciones fijas de sustrato A, los datos obtenidos permitir�n saber a qu�
tipo de mecanismo pertenece la reacci�n enzim�tica. Para una enzima que una dos
sustratos A y B, y los transforme en dos productos P y Q, existen dos tipos de
mecanismos descritos hasta ahora.
Entre las enzimas que presentan este mecanismo podemos encontrar la glutation S-
transferasa,15? la dihidrofolato reductasa16? y la ADN polimerasa.17? Los
siguientes enlaces muestran animaciones del mecanismo de complejo ternario de la
dihidrofolato reductasa � y de la ADN polimerasa ?.
Mecanismo de ping-pong
Como se puede apreciar en la figura de la derecha, las enzimas con un mecanismo de
ping-pong pueden presentar dos estados, la conformaci�n normal (E) y la
conformaci�n modificada qu�micamente (E*) o conformaci�n intermedia. En este tipo
de mecanismo, el sustrato A se une a la enzima E, que pasa a un estado intermedio
E*, por ejemplo, por transferencia de un grupo qu�mico al centro activo de la
enzima, pudiendo ya ser liberado en forma de producto P. �nicamente cuando el
sustrato A ya ha sido liberado del centro activo de la enzima puede unirse el
sustrato B, que devuelve a la enzima modificada E* a su estado original E, y
liberarlo en forma de producto Q. Si fijamos la concentraci�n de A y variamos la de
B, y representamos gr�ficamente una enzima con mecanismo de ping-pong en un
diagrama de Lineweaver-Burke, obtendremos una serie de rectas paralelas entre s�.
Cin�ticas no Michaelianas
Curva de saturaci�n de una enzima alost�rica, donde se puede apreciar una cin�tica
sigmoidea.
Algunas reacciones enzim�ticas dan lugar a curvas sigmoideas, al ser representadas
en una curva de saturaci�n, lo que suele indicar una uni�n cooperativa del sustrato
al centro catal�tico de la enzima. Esto quiere decir que la uni�n de una mol�cula
de sustrato influye en la uni�n de las mol�culas de sustrato posteriores. Este
comportamiento es el m�s com�n en las enzimas multim�ricas, que presentan varias
zonas de interacci�n con el sustrato.21? El mecanismo de cooperaci�n es semejante
al observado en la hemoglobina. La uni�n de una mol�cula de sustrato a una de las
zonas de interacci�n altera significativamente la afinidad por el sustrato de las
dem�s zonas de interacci�n. Las enzimas con este tipo de comportamiento son
denominadas alost�ricas. La cooperatividad positiva tiene lugar cuando la primera
mol�cula de sustrato unida incrementa la afinidad del resto de zonas de
interacci�n. Por el contrario, la cooperatividad negativa tiene lugar cuando la
primera mol�cula de sustrato unida reduce la afinidad de la enzima por nuevas
mol�culas de sustrato.
Mecanismo qu�mico
Uno de los objetivos m�s importantes en los estudios de la cin�tica enzim�tica es
determinar el mecanismo qu�mico que subyace en la reacci�n enzim�tica, por ejemplo,
determinar la secuencia ordenada de sucesos que transcurren en la transformaci�n de
sustrato en producto. Las aproximaciones cin�ticas discutidas anteriormente pueden
proporcionar informaci�n relacionada con la velocidad de reacci�n de los
intermediarios enzim�ticos formados, pero no permitir�n identificar qu�
intermediarios son exactamente.
Los is�topos tambi�n pueden ser utilizados para obtener informaci�n acerca del
destino de diversas partes de la mol�cula de sustrato cuando este es transformado
en producto. Por ejemplo, a veces es dif�cil de determinar el origen de un �tomo de
ox�geno en el producto final, ya que puede provenir del agua o de la mol�cula de
sustrato. Esto puede resolverse mediante la sustituci�n sistem�tica de los �tomos
de ox�geno de las mol�culas que participen en la reacci�n, por su is�topo estable
18O, llevando posteriormente a cabo una b�squeda del is�topo en el producto
obtenido. El mecanismo qu�mico tambi�n puede ser elucidado estudiando los efectos
cin�ticos e isot�picos bajo diferentes condiciones de pH,30? alterando los niveles
de iones met�licos u otros cofactores,31? por mutag�nesis dirigida de amino�cidos
conservados, o mediante el estudio del comportamiento de la enzima en presencia de
an�logos del sustrato.
Inhibici�n enzim�tica
Art�culo principal: Inhibidor enzim�tico
Inhibidores reversibles
Los inhibidores enzim�ticos reversibles pueden ser clasificados como competitivos,
acompetitivos, no competitivos y mixtos, seg�n el efecto que produzcan en las
constantes cin�ticas Km y Vmax. Este efecto depender� de que el inhibidor se una a
la enzima E, al complejo enzima-sustrato ES o a ambos, como se puede observar en la
figura de la derecha y en la tabla inferior. Para clasificar correctamente un
inhibidor pueden llevarse a cabo estudios de su cin�tica enzim�tica en funci�n de
la concentraci�n de inhibidor. Los cuatro tipos de inhibici�n dan lugar a diagramas
de Lineweaver-Burke y de Eadie-Hofstee11? que var�an de diferente forma con la
concentraci�n de inhibidor. Para abreviar, se usan dos s�mbolos:
Inhibidores irreversibles
Los inhibidores enzim�ticos tambi�n pueden unirse e inactivar una enzima de forma
irreversible, generalmente por medio de modificaciones covalentes de residuos del
centro catal�tico de la enzima. Estas reacciones decaen de forma exponencial y
suelen ser saturables. Por debajo de los niveles de saturaci�n, mantienen una
cin�tica de primer orden con respecto al inhibidor.
Mecanismos de cat�lisis
Cat�lisis enzim�tica
...
V�ase tambi�n
Enzima
Cat�lisis
Cin�tica de Michaelis-Menten
Cin�tica qu�mica
Ribozima
Ruta metab�lica
Notas
a: Tutorial interactivo de la cin�tica enzim�tica de Michaelis�Menten (requiere
Java)
�: Mecanismo enzim�tico de la dihidrofolato reductasa (Gif)
?: Mecanismo enzim�tico de la ADN-polimerasa (Gif)
d: Mecanismo enzim�tico de la quimiotripsina (requiere Flash)
Referencias
Rodarte, Beatriz (2013). Manual de pr�cticas de biolog�a molecular de la c�lula I.
Facultad de Ciencias, UNAM.
Ebbing, D.D. General chemistry
Eisenthal R. Danson M.J. (Eds), Enzyme Assays: A Practical Approach. Oxford
University Press (2002) ISBN 0-19-963820-9
Johnson, R.J., Hoops, G.C., Savas, C.J., Kartje, Z., Lavis, L.D., A Sensitive and
Robust Enzyme Kinetic Experiment Using Microplates and Fluorogenic Ester
Substrates. Journal of Chemical Education. 2015; 92 (2), 385-388.
Xie XS, Lu HP. Single-molecule enzymology. J Biol Chem. 1999 Jun 4;274(23):15967-
70. PMID 10347141
Gibson Q.H. Rapid mixing: Stopped flow Methods in Enzymology, (1969) 16:187-228
Duggleby, R.G. Analysis of enzyme progress curves by non-linear regression.
Methods in Enzymology, (1995) 249:61-90.
Hammann C, Lilley DM. Folding and activity of the hammerhead ribozyme.
Chembiochem. 2002 Aug 2;3(8):690-700. PMID 11779233
Michaelis L. and Menten M.L. Kinetik der Invertinwirkung Biochem. Z. 1913;
49:333�369
Briggs GE, Haldane JB. A Note on the Kinetics of Enzyme Action. Biochem J.
1925;19(2):338-9. PMID 16743508
Tseng SJ, Hsu JP. A comparison of the parameter estimating procedures for the
Michaelis�Menten model. J Theor Biol. 1990 Aug 23;145(4):457�64. PMID 2246896
Bravo, I.G., Busto, F., De Arriaga, D., Ferrero, M. A., Rodr�guez-Aparicio, L. B.,
Mart�nez-Blanco H., Reglero, A. A normalised plot as a novel and time-saving tool
in complex enzyme kinetic analysis Biochem. J. (2001). 358, 573-583. PMID 11577687
Almaas E, Kovacs B, Vicsek T, Oltvai ZN, Barabasi AL. Global organization of
metabolic fluxes in the bacterium Escherichia coli. Nature. 2004 Feb
26;427(6977):839-43. PMID 14985762
Reed JL, Vo TD, Schilling CH, Palsson BO. An expanded genome-scale model of
Escherichia coli K-12 (iJR904 GSM/GPR). Genome Biol. 2003;4(9):R54. PMID 12952533
Dirr H, Reinemer P, Huber R. X-ray crystal structures of cytosolic glutathione S-
transferases. Implications for protein architecture, substrate recognition and
catalytic function. Eur J Biochem. 1994 Mar 15;220(3):645-61. PMID 8143720
Stone SR, Morrison JF. Dihydrofolate reductase from Escherichia coli: the kinetic
mechanism with NADPH and reduced acetylpyridine adenine dinucleotide phosphate as
substrates. Biochemistry. 1988 Jul 26;27(15):5493-9. PMID 3052577
Fisher PA. Enzymologic mechanism of replicative DNA polymerases in higher
eukaryotes. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol. 1994;47:371-97. PMID 8016325
Akerman SE, Muller S. 2-Cys peroxiredoxin PfTrx-Px1 is involved in the antioxidant
defence of Plasmodium falciparum. Mol Biochem Parasitol. 2003 Aug 31;130(2):75-81.
PMID 12946843
Bravo, I.G., Barrallo, S., Ferrero, M. A., Rodr�guez-Aparicio, L. B., Mart�nez-
Blanco H., Reglero, A. �Kinetic properties of the Acylneuraminate
Cytidylytransferase from Pasteurella haemolytica A2�. Biochem. J. (2001) 358, 585-
598. [1]
Kraut J. Serine proteases: structure and mechanism of catalysis. Annu Rev Biochem.
1977;46:331-58. PMID 332063
Ricard J, Cornish-Bowden A. Co-operative and allosteric enzymes: 20 years on. Eur
J Biochem. 1987 Jul 15;166(2):255-72. PMID 3301336
Helmstaedt K, Krappmann S, Braus GH., Allosteric regulation of catalytic activity:
Escherichia coli aspartate transcarbamoylase versus yeast chorismate mutase.
Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2001 Sep;65(3):404-21 PMID 11528003
Schirmer T, Evans PR., Structural basis of the allosteric behaviour of
phosphofructokinase. Nature. 1990 Jan 11;343(6254):140-5. PMID 2136935
Ward WH, Fersht AR., Tyrosyl-tRNA synthetase acts as an asymmetric dimer in
charging ARNt. A rationale for half-of-the-sites activity. Biochemistry. 1988 Jul
26;27(15):5525-30. PMID 3179266
Hill, A. V. The possible effects of the aggregation of the molecules of
haemoglobin on its dissociation curves. J. Physiol. (Lond.), 1910 40, iv-vii.
Hartley B.S. and Kilby B.A. The reaction of p-nitrophenyl esters with chymotrypsin
and insulin. Biochem J. 1954 Feb;56(2):288-97. PMID 13140189
Alan Fersht, Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme
Catalysis and Protein Folding. W. H. Freeman, 1998. ISBN 0-7167-3268-8
Bender ML, Begue-Canton ML, Blakeley RL, Brubacher LJ, Feder J, Gunter CR, Kezdy
FJ, Killheffer JV Jr, Marshall TH, Miller CG, Roeske RW, Stoops JK. The
Determination of the Concentration of Hydrolytic Enzyme Solutions: a-Chymotrypsin,
Trypsin, Papain, Elastase, Subtilisin, and Acetylcholinesterase. J Am Chem Soc.
1966 Dec 20;88(24):5890-913. PMID 5980876
Cleland WW. The use of isotope effects to determine enzyme mechanisms. Arch
Biochem Biophys. 2005 Jan 1;433(1):2-12. PMID 15581561
Cleland WW. Use of isotope effects to elucidate enzyme mechanisms. CRC Crit Rev
Biochem. 1982;13(4):385-428. PMID 6759038
Christianson DW, Cox JD. Catalysis by metal-activated hydroxide in zinc and
manganese metalloenzymes. Annu Rev Biochem. 1999;68:33-57. PMID 10872443
Leatherbarrow RJ. Using linear and non-linear regression to fit biochemical data.
Trends Biochem Sci. 1990 Dec;15(12):455�8. PMID 2077683
Koshland DE, Application of a Theory of Enzyme Specificity to Protein Synthesis.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1958 Feb;44(2):98-104. PMID 16590179
Para m�s informaci�n
Athel Cornish-Bowden, Fundamentals of Enzyme Kinetics. (3rd edition), Portland
Press 2004, ISBN 1-85578-158-1.
Irwin H. Segel, Enzyme Kinetics: Behavior and Analysis of Rapid Equilibrium and
Steady-State Enzyme Systems. Wiley-Interscience; New Ed edition 1993, ISBN 0-471-
30309-7.
Alan Fersht, Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme
Catalysis and Protein Folding. W. H. Freeman, 1998. ISBN 0-7167-3268-8
Santiago Schnell, Philip K. Maini, A century of enzyme kinetics: Reliability of the
KM and vmax estimates, Comments on Theoretical Biology 8, 169-187, 2004 DOI:
10.1080/08948550390206768
Chris Walsh, Enzymatic Reaction Mechanisms. W. H. Freeman and Company. 1979. ISBN
0-7167-0070-0
Nicholas Price, Lewis Stevens, Fundamentals of Enzymology, Oxford University Press,
1999. ISBN 0-19-850229-X
Tim Bugg, An Introduction to Enzyme and Coenzyme Chemistry Blackwell Publishing,
2004 ISBN 1-4051-1452-5
Enlaces externos
Wikimedia Commons alberga una categor�a multimedia sobre Cin�tica enzim�tica.
Animaci�n de un ensayo enzim�tico
MACiE: Base de datos de mecanismos de reacciones enzim�ticas
ENZYME(Expasy): Base de datos de nomenclatura enzim�tica
ExCatDB: Base de datos de mecanismos catal�ticos enzim�ticos
BRENDA: Base de datos sobre rutas enzim�ticas, donde se muestran diagramas de
reacci�n, sustratos y productos de las reacciones
SABIO-RK: Base de datos de reacciones cin�ticas
Joseph Kraut's Research Group, University of California San Diego: Animaciones de
varias reacciones enzim�ticas
Simbolog�a y Terminolog�a de la cin�tica enzim�tica
Introducci�n a la cin�tica enzim�tica
Categor�as: Cin�tica enzim�ticaReacciones bioqu�micasCat�lisisCin�tica qu�mica
Men� de navegaci�n
No has accedidoDiscusi�nContribucionesCrear una
cuentaAccederArt�culoDiscusi�nLeerEditarVer historialBuscar
Buscar en Wikipedia
Portada
Portal de la comunidad
Actualidad
Cambios recientes
P�ginas nuevas
P�gina aleatoria
Ayuda
Donaciones
Notificar un error
En otros proyectos
Wikimedia Commons
Imprimir/exportar
Crear un libro
Descargar como PDF
Versi�n para imprimir
Herramientas
Lo que enlaza aqu�
Cambios en enlazadas
Subir archivo
P�ginas especiales
Enlace permanente
Informaci�n de la p�gina
Elemento de Wikidata
Citar esta p�gina
En otros idiomas
???????
English
Fran�ais
??????
Bahasa Indonesia
Portugu�s
???????
?????? / srpski
??
20 m�s
Editar enlaces
Esta p�gina se edit� por �ltima vez el 12 jun 2019 a las 23:26.
El texto est� disponible bajo la Licencia Creative Commons Atribuci�n Compartir
Igual 3.0; pueden aplicarse cl�usulas adicionales. Al usar este sitio, usted acepta
nuestros t�rminos de uso y nuestra pol�tica de privacidad.
Wikipedia� es una marca registrada de la Fundaci�n Wikimedia, Inc., una
organizaci�n sin �nimo de lucro.
Pol�tica de privacidadAcerca de WikipediaLimitaci�n de
responsabilidadDesarrolladoresDeclaraci�n de cookiesVersi�n para m�vilesWikimedia
Foundation Powered by MediaWiki